抗PD-1抗体在制备治疗尿路上皮癌的药物中的用途

技术领域

本发明涉及癌症治疗领域。具体而言，本发明涉及治疗患有尿路上皮癌的患者的方法。本发明还涉及预测患有尿路上皮癌的患者对治疗的应答的方法。

背景技术

患有局部晚期或转移性尿路上皮癌(mUC)患者的预后较差，5年生存率仅为15％左右。铂类化疗仍然是mUC的一线标准治疗。虽然大约50％的患者对铂类化疗能产生应答，但持续应答时间很短。而二线化疗的效果有限，其中单药的应答率约为10％，然而，免疫检查点抑制剂(ICI)提供了其他选择，特别是针对程序性细胞死亡1蛋白(PD-1)或其配体PD-L1的抗体。在未经特定筛选的人群中，观察到的ICI治疗的客观应答率(ORR)在15-21％之间。

因此，需要一种生物标志物来确定最有可能对ICI治疗产生应答的特定尿路上皮癌患者群体。

发明内容

在一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括测定患者的肿瘤突变负荷(TMB,tumor mutational burden)；确定其中高肿瘤突变负荷的候选患者，其中高肿瘤突变负荷为≥10个突变/Mbp(million base pairs)；并向候选患者施用治疗有效量的抗PD-1抗体。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括确定肿瘤细胞中可能包含以下一个或多个基因的突变的候选患者：SMARCA4和RB1；并向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性的尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的方法，该方法包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定的参考值的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的免疫检查点抑制剂选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的方法，该方法包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了用于测定肿瘤突变负荷的试剂在制造用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物中的用途，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了测定突变的试剂，在制造用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物中的用途，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者在肿瘤细胞中发生以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种测定肿瘤突变负荷的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种用于测定突变的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌患者的有效成分，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌的患者的有效成分，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含选自抗PD-1抗体的治疗有效量的抑制剂的治疗的应答的组合物，其包含测定肿瘤突变负荷的试剂，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其中包含测定突变的试剂作为有效成分，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因中发生突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

附图说明

下列附图仅作说明或解释之用，而并非限制性的。

图1显示了来自三种癌症类型的肿瘤活检样本中的不同PD-L1 IHC染色抗体(包括JS311，SP263，SP142和22C3)的相关性研究。JS311显示出与SP263抗体相似的PD-L1染色模式和评分。PD-L1阳性定义为肿瘤细胞阳性比例评分(TPS)≥1％，即在≥1％的肿瘤细胞(TC)中存在任何强度的膜染色。肿瘤活检样本编号：1-10为非小细胞肺癌；11-20为黑色素瘤；21-30为尿路上皮癌。

图2显示了标准治疗失败后特瑞普利单抗在治疗局部晚期或转移性尿路上皮癌患者中的II期研究的CONSORT图。

图3中图(A)显示了根据RECIST v1.1由IRC评估的基线肿瘤大小的最大变化。条的长度表示目标病灶的最大减少或最小增加。PD-L1阳性状态定义为存活患者在≥1％的肿瘤细胞中存在任何强度的膜染色。肿瘤突变负荷(TMB)通过全外显子组测序确定。图(B)显示了个体肿瘤负荷随时间的变化，基线由IRC根据RECIST v1.1评估。图(C)显示了根据RECISTv1.1评估的暴露和响应持续时间。

图4中图(A)和图(B)分别显示了研究中所有患者的无进展生存期和总生存期(n＝151)。图(C)显示了研究中患者的应答持续时间(n＝39)。图中显示了特定时间点上存活患者的百分比。删失的患者在图中以“┃”表示。特定时间点上有风险的患者数量显示于x轴下方。

图5中图(A)显示了与肿瘤PD-L1表达以及肿瘤突变负荷相关的临床应答。PD-L1阳性状态定义为通过JS311进行IHC染色在≥1％的肿瘤细胞中存在任何强度的膜染色。通过全外显子组测序在编码区域内的总体细胞突变来计算肿瘤突变负荷(TMB)。PD-L1+，PD-L1-，TMB

图6显示了通过全外显子组测序(WES)测定135名患者的遗传变异和频率。患者按临床应答效果分组。

发明内容

本研究通过全外显子组测序(WES)和肿瘤突变负荷(TMB)分析进行，是目前探究PD-1抗体在二线环境中对mUC患者的安全性和抗肿瘤活性的最大研究。

通过特瑞普利单抗单药治疗得到的客观应答率(ORR)为25.8％，无进展生存期(PFS)为2.3个月，意向治疗人群(ITT)中的总生存期(OS)为14.4个月，客观应答率(ORR)为41.7％，无进展生存期(PFS)为3.7个月，PD-L1+患者中的总生存期(OS)为35.6个月。

出人意料的是，每百万碱基对≥10个突变的肿瘤突变负荷(TMB)患者表现出48.1％的客观应答率(ORR)，无进展生存期(PFS)为12.9个月，未达到总生存期(OS)，显著高于TMB未确定组。此外，高TMB组的ORR(48.1％对22.2％)、PFS(中位PFS 12.9个月对1.8个月)和OS(未达到中位OS与10.0个月)明显优于低TMB组。

具有染色质重塑因子SMARCA4或肿瘤抑制因子RB1突变的患者对特瑞普利单抗的应答明显更好，ORR为58.3％，而野生型为24.4％。

具有仅位于淋巴结的转移患者的ORR显著优于具有内脏转移的患者，分别为52.6％和22.0％。

根据上述结果可以得知，结合生物标志物筛选的二线转移性尿路上皮癌的免疫检查点抑制剂(ICI)治疗，可以得到大于40％的应答率，这是具有前瞻意义的临床试验结果。该研究首次报道了对于转移性尿路上皮癌患者，肿瘤突变负荷(TMB)等生物标志物在预测免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的ORR，PFS和OS中的用途。

用于预测尿路上皮癌患者对特瑞普利单抗应答的生物标志物包括以下任何一种生物标志物：肿瘤突变负荷(TMB)≥每百万碱基对10个突变；SMARCA4中的基因组突变；RB1的基因组突变；仅位于淋巴结的转移；肿瘤样本中PD-L1的阳性表达；以及上述生物标志物的组合。

特瑞普利单抗作为mUC的二线疗法显示出具有临床意义的抗肿瘤活性和可控的安全性。免疫检查点抑制剂(ICI)类别药物在PD-L1表型未筛选患者和PD-L1+患者中观察到的客观应答率最高。而具有选自下列一种或多种生物标志物的患者表现为更好的应答效果(例如更高ORR、PFS、OS等)：肿瘤突变负荷(TMB)每百万个碱基对≥10个突变；SMARCA4中的基因组突变；RB1的基因组突变；仅位于淋巴结的转移；肿瘤样本中PD-L1表达阳性。为了进一步增强治疗效果，可从下列生物标志物中选出任何一种或多种的组合，用于筛选最有可能从ICI单药(如特瑞普利单抗)的二线治疗的中获益的mUC患者：肿瘤突变负荷(TMB)为每百万个碱基对中≥10个突变；SMARCA4中的基因组突变；RB1的基因组突变；仅位于淋巴结的转移；肿瘤样本中PD-L1表达阳性。

在一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括测定患者的肿瘤突变负荷；确定表现为高肿瘤突变负荷的候选患者，其中高肿瘤突变负荷为≥10个突变/Mbp；并向高TMB患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，肿瘤突变负荷通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，候选患者还在以下一个或多个基因中具有基因组突变：SMARCA4和RB1。在另一个实施方案中，候选患者还在FGFR2和/或FGFR3基因中具有基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因中或FGFR2/FGFR3融合基因中。在另一个实施方案中，该方法还包括向候选患者施用erdafitinib。在另一个实施方案中，候选患者还在NECTIN4中具有基因组突变，可选地，突变位于NECTIN4的扩增基因。在另一个实施方案中，该方法还包括向候选患者施用enfortumab vedotin。

在一个实施方案中，候选患者还在其肿瘤样品中表现为PD-L1阳性表达。在另一个实施方案中，候选患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括确定在肿瘤细胞中发生以下一个或多个基因的突变的候选患者：SMARCA4和RB1；并向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，所述免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的方法，该方法包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，患者还表现为肿瘤样本中PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答的方法，该方法包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。在另一个实施方案中，患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。在另一个实施方案中，所述组合物还包括erdafitinib。在另一个实施方案中，患者还具有NECTIN4的基因组突变，可选地，突变位于NECTIN4的扩增基因。在另一个实施方案中，所述组合物还包括enfortumab vedotin。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1或抗PD-L抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了测定肿瘤突变负荷的试剂在制造预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物中的用途，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了测定突变的试剂的用途，用于制造预测患有尿路上皮癌的患者对治疗的应答的试剂，该试剂包含选自抗PD-1抗体的治疗有效量的抑制剂，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在一个实施方案中，抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。在另一个实施方案中，所述组合物还包括erdafitinib。在另一个实施方案中，患者还具有NECTIN4的基因组突变，可选地，突变位于NECTIN4的扩增基因。在另一个实施方案中，所述组合物还包括enfortumabvedotin。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种用于测定肿瘤突变负荷的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种测定突变的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌患者的有效成分，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。在另一个实施方案中，患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。在另一个实施方案中，所述组合物还包括erdafitinib。在另一个实施方案中，患者还具有NECTIN4的基因组突变，可选地，突变位于NECTIN4的扩增基因。在另一个实施方案中，所述组合物还包括enfortumab vedotin。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌的患者的有效成分，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含选自抗PD-1抗体的治疗有效量的抑制剂的治疗的应答，其包含测定肿瘤突变负荷的试剂，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。在另一个实施方案中，患者在以下一个或多个基因中具有基因组突变：SMARCA4和RB1。

在一个实施方案中，患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。在另一个实施方案中，患者还具有仅位于淋巴结的转移。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其中包含测定突变的试剂作为有效成分，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因中发生突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在另一个实施方案中，所述突变是体细胞突变。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在一个方面，本发明提供了使用包含特瑞普利单抗的组合物用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在另一个方面，本发明提供了使用包含特瑞普利单抗的组合物用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个的基因突变：SMARCA4和RB1。

在另一个方面，本发明提供了用于测定肿瘤突变负荷的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗的应答，包括治疗有效量的特瑞普利单抗，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在另一个方面，本发明提供了用于测定突变的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的特瑞普利单抗的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

(一)治疗方法和预测方法

在第一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括测定患者的肿瘤突变负荷；确定表现为高肿瘤突变负荷的候选患者，其中高肿瘤突变负荷为≥10个突变/Mbp；并向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

在一个实施方案中，高肿瘤突变负荷为≥6、7、8或9个突变/Mbp。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，尿路上皮癌是非转移性尿路上皮癌。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是起源于膀胱或尿道的下尿路尿路上皮癌(LTUC)。在另一个实施方案中，尿路上皮癌是来自肾盂或输尿管的上尿路尿路上皮癌(UTUC)。在一个实施方案中，肿瘤的转移仅位于淋巴结。在另一个实施方案中，肿瘤的转移位于内脏。

在一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在一个实施方案中，患者既往接受过一线化疗。在另一个实施方案中，患者既往没有接受过一线化疗。在另一个实施方案中，患者既往接受过二线化疗。在一个实施方案中，患者既往接受过基于铂类的化疗。在另一个实施方案中，患者既往接受过非铂类化疗。在一个实施方案中，患者既往接受的标准化疗失败。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定肿瘤突变负荷。在另一个实施方案中，通过进行全基因组测序来测定肿瘤突变负荷。在一个实施方案中，全外显子组测序或全基因组测序是在肿瘤样品上进行的，例如肿瘤活检。

在一个实施方案中，通过分析基因组突变来测定肿瘤突变负荷，包括微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合、错义突变、移码突变、无义突变、重复突变和重复片段扩增。在另一个实施方案中，基因组突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，基因组突变是编码区域内的体细胞突变。在另一个实施方案中，基因组突变是编码区和非编码区内的体细胞突变。在一个实施方案中，通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定肿瘤突变负荷，其中基因组突变是体细胞突变(可选地，在编码区域内)。

在一个实施方案中，以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。

在一个实施方案中，候选患者还在FGFR2和/或FGFR3中具有基因组突变，优选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。在这种情况下，将选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的抑制剂和erdafitinib的组合施用于候选患者。在另一个实施方案中，候选患者还在NECTIN4中具有基因组突变，可选地，候选患者具有在NECTIN4中具有基因扩增。在这种情况下，将选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的抑制剂和enfortumab vedotin的组合施用于候选患者。近年来，美国FDA批准了用于mUC非一线治疗的其他靶向疗法，包括将erdafitinib用于特定的FGFR3基因突变或FGFR2/FGFR3基因融合的患者，或者将enfortumab vedotin用于nectin-4阳性的mUC患者。

在一个实施方案中，患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，患者还具有SMARCA4中的基因组突变。在另一个实施方案中，患者还具有RB1中的基因组突变。在另一个实施方案中，患者还同时具有SMARCA4和RB1中的基因组突变。同时具有高TMB(≥10个突变/Mb)特征以及以下一个或多个生物标志物的基因组突变的患者：SMARCA4和RB1(可选，肿瘤细胞中的体细胞突变)，对特瑞普利单抗的应答(如ORR，PFS，OS等)明显优于仅具有其中一种生物标志物或其中两种生物标志物基因组突变的患者。高TMB(≥10个突变/Mb)特征与以下一个或多个基因的基因组突变相组合：SMARCA4和RB1(可选，肿瘤细胞中的体细胞突变)可用于确定最有可能受益于选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂的mUC患者。

在一个实施方案中，患者仅具有位于淋巴结的转移。具有仅位于淋巴结的转移的患者对特瑞普利单抗的应答(如ORR，PFS，OS等)明显优于内脏转移患者。在一个方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括确定仅位于淋巴结的转移的候选患者；并向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂。

在一个实施方案中，患者还仅具有仅位于淋巴结的转移。具有高TMB(≥10个突变/Mb)和仅位于淋巴结的转移的患者对特瑞普利单抗的应答(如ORR、PFS、OS等)明显优于没有这两种生物标志物的患者、仅具有高TMB(≥10个突变/Mb)的患者或仅具有仅位于淋巴结的转移的患者。同时具有高TMB(≥10个突变/Mb)和仅位于淋巴结的转移可用于确定最有可能受益于选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂的mUC患者。

在一个实施方案中，候选患者还在肿瘤样品中表现为PD-L1阳性表达。在另一个实施方案中，候选患者还在免疫细胞中表现为PD-L1的阳性表达。肿瘤细胞中高TMB(≥10个突变/Mb)且PD-L1+的患者，对特瑞普利单抗的应答(如ORR，PFS，OS等)明显优于没有这两种生物标志物的患者、仅具有高TMB(≥10个突变/Mb)的患者或仅具有PD-L1+特征的患者。同时具有高TMB(≥10个突变/Mb)与肿瘤细胞中PD-L1+可用于确定最有可能受益于选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂的mUC患者。

在一个实施方案中，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体(例如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂的治疗的应答的生物标志物，生物标志物包括以下一种或多种：肿瘤突变负荷≥10个突变/Mbp；SMARCA4中的基因组突变；RB1的基因组突变；仅位于淋巴结的转移；FGFR2和/或FGFR3的基因组突变(优选FGFR3基因突变或FGFR2/FGFR3基因融合)；NECTIN4中的基因组突变(优选NECTIN4基因扩增)；以及肿瘤样本中PD-L1表达阳性。与没有相应生物标志物的患者相比，具有上述一种或多种生物标志物的患者对选自抗PD-1抗体(如特瑞普利单抗)的免疫检查点抑制剂的应答明显更好。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

染色质重塑因子SMARCA4和/或肿瘤抑制因子RB1突变的患者对特瑞普利单抗的应答(如ORR，PFS，OS等)明显优于野生型基因患者。

在第二方面，本发明提供了一种治疗患有尿路上皮癌的患者的方法，包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的候选患者：SMARCA4和RB1；并向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

SMARCA4基因编码一种蛋白质，该蛋白质是大型的ATP依赖的染色质重塑复合体SWI/SNF的一部分，该基因被确定为一种肿瘤抑制基因。RB1基因是一种肿瘤抑制基因，编码细胞周期的负调节因子；其蛋白质由位于13号染色体上的RB1基因编码，更具体地，该基因位于13q14.1-q14.2。

在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，尿路上皮癌是非转移性尿路上皮癌。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是起源于膀胱或尿道的下尿路尿路上皮癌(LTUC)。在另一个实施方案中，尿路上皮癌是来自肾盂或输尿管的上尿路尿路上皮癌(UTUC)。在一个实施方案中，肿瘤的转移是仅位于淋巴结的转移。在另一个实施方案中，肿瘤的转移位于内脏。

在一个实施方案中，患者既往接受过化疗。在一个实施方案中，患者既往接受过一线化疗。在另一个实施方案中，患者既往没有接受过一线化疗。在另一个实施方案中，患者既往接受过二线化疗。在一个实施方案中，患者既往接受过基于铂类的化疗。在另一个实施方案中，患者既往接受过非铂类化疗。在一个实施方案中，患者既往接受的标准化疗失败。

在一个实施方案中，突变是体细胞突变。在另一个实施方案中，所述突变是编码区域内的体细胞突变。在另一个实施方案中，基因组突变是编码区和非编码区内的体细胞突变。

在一个实施方案中，通过全外显子组测序来测定突变。在另一个实施方案中，通过全基因组测序来测定突变。在另一个实施方案中，突变包括微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异、基因重排和融合、错义突变、移码突变、无义突变、重复突变和重复片段扩增。在另一个实施方案中，突变选自微卫星稳定性状态、单碱基取代、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合。

在一个实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。在另一个实施方案中，所述抑制剂是帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

对于第二个方面的其它优选实施例，请参考第一个方面的内容。

在第三个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答的方法，包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在第四个方面，本发明提供了一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答的方法，包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

关于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的进一步或优选的实施方案(第三方面和第四方面)，详情请参阅第一个方面和第二方面(治疗方法)的进一步或优选的实施方案。

(二)组合物在制造治疗药物中的应用和试剂在制造预测药物中的应用

在一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在另一个方面，本发明提供了包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

在另一个方面，本发明提供了测定肿瘤突变负荷的试剂在制造用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物中的用途，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在另一个方面，本发明提供了测定突变的试剂，在制造用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物的用途，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

关于上述方面的进一步或优选实施例，请参阅第(I)节。

(三)用于治疗的组合物和用于预测的试剂

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变：SMARCA4和RB1。

在另一个方面，本发明提供了一种用于测定肿瘤突变负荷的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在另一个方面，本发明提供了一种用于测定突变的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

关于上述方面的进一步或优选的实施例，请参阅第(I)节。

(四)包含抑制剂作为治疗有效成分的组合物和包含试剂作为预测有效成分的组合物

在一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌患者的有效成分，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌的患者的有效成分，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变：SMARCA4和RB1。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其包含测定肿瘤突变负荷的试剂，其中预测过程包括测定患者的肿瘤突变负荷；并将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；经推断得出，与相应的对照组相比，肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值的患者更有可能对治疗产生应答。

在另一个方面，本发明提供了一种组合物，包含用于测定突变的试剂作为有效成分，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；经推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。在一个实施方案中，所述尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。在另一个实施方案中，所述抑制剂是特瑞普利单抗。

关于上述方面的进一步或优选实施例，请参阅第(一)节。

(五)定义和简称

下列缩写可能应用于本发明的说明书和权利要求书中：

ORR 客观应答率

PFS 无进展生存期

OS 总生存期

DCR 疾病控制率

DOR 应答持续时间

PK 药代动力学

TMB 肿瘤突变负荷

WES 全外显子组测序

IC 免疫检查点抑制剂

IHC 免疫组化

TPS 肿瘤比例评分

IC 免疫细胞

TC 肿瘤细胞

PBMC 外周血单核细胞

CI 置信区间

AE 不良事件

PD-1 程序性死亡蛋白-1

PD-L1 程序性细胞死亡蛋白-1配体-1

本文中技术和科学术语具体如下所定义，以便更容易地理解本发明。除非在本文献的其他地方明确定义，本文中使用的所有其他技术和科学术语具有本发明所属领域的普通技术人员所普遍理解的含义。

本文中所用的“或”表示其中一种或两种可能性，除非上下文仅明确指定了其中一种可能性。

本文中所用的包括于权利要求书中，诸如“一个”、“一种”和“该”的单数形式的词包括其相应的复数引用，除非上下文另有明确规定。

本文中所用的术语“肿瘤突变负荷”是指肿瘤样本中突变的数量或概率。

本文中所用的术语“基因组突变”是指DNA序列的永久性变化。在一些实施方案中，突变的大小范围从单个DNA构建单位(DNA碱基)到大段的染色体不等。在一些实施方案中，突变可以包括微卫星稳定性状态、错义突变、移码突变、无义突变、插入、缺失、重复突变和重复片段扩增、拷贝数变异以及基因重排和融合。在一些实施方案中，错义突变是一个DNA碱基对的变化，其导致该基因表达产生的蛋白质中，一个氨基酸被另一个氨基酸取代。在一些实施方案中，无义突变也是一个DNA碱基对的变化，然而，其中DNA序列的改变不是以一种氨基酸代替另一种氨基酸，而是过早地向细胞发出信号，使其停止组成蛋白质。在一些实施方案中，插入是通过添加一段DNA来改变基因中DNA碱基的数量。在一些实施方案中，缺失是通过去除一段DNA来改变DNA碱基的数量。在一些实施方案中，小的缺失可以是去除一个基因中的一个或几个碱基对，而较大的缺失可以是去除整个基因或几个相邻的基因。在一些实施方案中，重复突变涉及的片段会被异常复制一次或多次。在一些实施方案中，当DNA碱基的添加或丢失改变基因的阅读框时，就会发生移码突变。阅读框由3个碱基组成，每3个碱基编码一个氨基酸。在一些实施方案中，移码突变改变了这些碱基的分组并改变了氨基酸的编码。在一些实施方案中，插入、删除和重复都可以造成移码突变。在一些实施方案中，重复片段扩增是另一种类型的突变。在一些实施方案中，核苷酸重复片段是连续重复多次的短DNA序列。

本文中所用的术语“客观应答”是指将癌性肿块的大小减小一定的尺寸。在一些实施方案中，癌性肿块是肿瘤。

本文中所用的术语“客观应答率”(ORR)具有本领域所惯常理解的含义，指的是瘤体缩小达到预计值，并能持续到预计的最小时限要求的患者比例。在一些实施方案中，应答持续时间通常记为从初始应答时间到肿瘤进展的记录时间。在一些实施方案中，ORR为部分应答率和完全应答率的总和。

本文中所用的术语“无进展生存期”(PFS)具有本领域所惯常理解的含义，涉及患者在疾病(例如癌症)治疗期间和之后，患者患有该疾病但没有恶化的时间长度。在一些实施方案中，测量无进展生存期用于评估新治疗的效果。在一些实施方案中，PFS是在随机化的临床试验中测定的。在一些这样的实施方案中，PFS是指从随机化过程到客观肿瘤进展和/或死亡的时间。

本文中所用的术语“应答”可以指治疗导致的或与治疗相关的受试者状况的改变。在一些实施方案中，应答是有益应答或包括有益应答。在一些实施方案中，有益应答可以包括病情的稳定(例如，不给予治疗的时候，所能预期的或通常观察到的病情恶化的预防或延迟)、一种或多种病症症状的改善(例如，频率和/或强度的降低)，和/或改善病症治愈的前景等。在一些实施方案中，应答是临床的应答或包括临床的应答。在一些实施方案中，应答的存在、程度和/或性质可以根据特定标准进行测量和/或表征；在一些实施方案中，所述特定标准可以包括临床标准和/或客观标准。

本文中所用的术语“野生型”具有本领域所惯常理解的含义，指在自然界中以“正常”(与突变、患病、变异等相区别)状态或上下文中发现的结构和/或活性的实体。如本领域技术人员所理解，野生型的基因和多肽通常以多种不同形式(例如等位基因)存在。

本文中所用的术语“体细胞突变”包括非种系细胞中的DNA改变，并且通常发生在癌细胞中。

本文中所用的术语“抗体”或“抗原结合片段”可互换使用，是指能够与表位结合的多肽。在一些实施方案中，抗体是全长抗体，并且，在一些实施方案中，抗体小于全长抗体但包括至少一个结合位点(包括至少一个，优选为至少两个具有抗体结构的“可变区域”序列)。在一些实施方案中，术语“抗体”是指表现出所需的生物活性或结合活性的任何形式的抗体。因此，它用以表示最广泛的含义，具体包括但不限于单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、人源化抗体、全人源抗体、嵌合抗体、scFv等。

本文中所用的术语“抗PD-1抗体”是指任何能与PD-1受体结合的化合物或生物分子，并能阻断表达在肿瘤细胞上的PD-L1与表达在免疫细胞上的PD-1(如T、B或NK细胞)的结合，优选地，还可以阻断表达在肿瘤细胞上的PD-L2与表达在免疫细胞上的PD-1之间的结合。

本文中所用的除非另有定义，当提及“抗PD-1抗体”时，该术语包括其抗原结合片段。

其中适用于本发明的任何用途、方法、试剂或组合物的抗PD-1抗体，都能阻断PD-L1或PD-L2与PD-1之间的结合，并能抑制PD-1信号转导产生的免疫抑制作用。本文公开的任何用途、方法、试剂或组合物中，所述抗PD-1抗体包括可结合PD-1的全长抗体和任何抗原结合部分或碎片，并且在抑制与受体的结合和上调免疫系统方面具有与全长抗体相似的功能特性。

在一些实施方案中，抗PD-1抗体或其抗原结合片段是抗PD-1抗体或能与特瑞普利单抗竞争结合人PD-1的抗原结合片段。优选地，在一些实施方案中，本发明的用途、方法、试剂或组合物中，PD-1抗体是单克隆抗体或其抗原结合片段，它包含至少一个如SEQ ID NO：1、2、3、4、5或6所示的CDR序列。更优选地，在一些实施方案中，本发明的用途、方法、试剂或组合物中，PD-1抗体是单克隆抗体或其抗原结合片段，它包含如SEQ ID NOs：1、2和3所示的LCDR序列，以及如SEQ ID NOs：4、5和6所示的HCDR序列。更优选地，在一些实施方案中，本发明的用途、方法、试剂或组合物中的PD-1抗体是单克隆抗体或其抗原结合片段，它包括如SEQ ID NO：

9所示的轻链序列和/或如SEQ ID NO：10所示的重链序列(特瑞普利单抗)。

因此，在一些实施方案中，本文提供的结合PD-1的示例性抗PD-1抗体或抗原结合片段，其轻链CDR的LCDR1、LCDR2和LCDR3的氨基酸序列以及重链CDR的HCDR1、HCDR2和HCDR3的氨基酸序列如下列出：

结合至人PD-1且可用于本发明所述的用途、疗法、药物及试剂盒的抗PD-1抗体的实施例阐述于WO2014206107中。

在一些实施方案中，可用于本发明的任何用途、方法、试剂或组合物的抗PD-1抗体还包括纳武利尤单抗、帕博利珠单抗、特瑞普利单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗、替雷利珠单抗和西米普利单抗或其组合。

本文中所用的术语“施用”、“给药”、“给与”或“处理”是指将组合物施用给受试者。施用可以通过任何适当的途径进行。例如，在一些实施方案中，施用可以通过支气管(包括通过支气管滴注)、口腔、肠内、皮间、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、脑室内、粘膜鼻腔、口腔、直肠、皮下、舌下、局部、气管(包括通过气管内滴注)、透皮、阴道和玻璃体等途径进行。

本文中提及的“一个实施例”或“另一个实施例”是指包含在至少一个实施例中，与实施例的描述相结合的特定的特征、结构或特性。因此，位于本文不同处的短语“在一个实施例中”或“在另一个实施例中”不一定均指同一实施例。此外，特定的特征、结构或特征可以以任何合适的方式组合在一个或多个实施方案中。

实施例

1.方法和材料

1.1患者和研究设计

本研究是一项II期，多中心，单臂，开放标签的临床试验(NCT03113266)，旨在评估特瑞普利单抗在标准治疗失败后的局部晚期或转移性尿路上皮癌患者中的安全性和临床活性。研究方案和所有修订案均已获得所有参与中心的机构伦理委员会的批准。本研究遵照《赫尔辛基宣言》和GCP国际标准进行。

适格患者至少满18岁，患有病理上证实的局部晚期或转移性尿路上皮癌，并且既往接受过全身治疗。根据实体瘤应答评估标准(RECIST)1.1版，患者在基线时必须至少有一个可测量的病灶，东部肿瘤协作组(ECOG)的活动状态为0或1，器官和骨髓功能充足，并自愿同意提供活检样本。排除标准包括自身免疫性疾病史、持续感染或先前接受过基于抗PD-1、抗PD-L1或抗PD-L2的免疫疗法。

1.2治疗和终点

患者每两周一次接受3mg/kg特瑞普利单抗静脉输注，直至疾病进展、毒性无法耐受或主动撤回知情同意。根据国家癌症研究所通用术语标准(CTCAE)4.0版对不良事件进行持续监测并分级。在这项研究中，“绝对相关”，“可能相关”和“可能相关”被归类为“治疗相关”的AE(TRAE)。“可能无关”和“绝对无关”被归类为“治疗无关”。放射成像在治疗前进行，然后在第一年每8周进行一次，从第二年开始每12周进行一次，直到疾病进展，并经研究人员根据RECIST v1.1进行评估。如果研究者认为患者从进一步的治疗中获益，则按照RECISTv1.1标准发生最初疾病进展的患者可以继续进行治疗。

本研究的主要终点是通过独立放射学审查委员会根据RECIST v1.1确定的客观应答率(ORR)的安全性和临床疗效。次要终点包括药代动力学(PK)、特瑞普利单抗的免疫原性(抗药物抗体，ADA)、疾病控制率(DCR)、应答持续时间(DOR)、无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)。

1.3肿瘤活检中PD-L1的表达分析

在治疗前获得患者保存的或新鲜的肿瘤活检样本。在Ventana Benchmark Ultra平台的中心实验室，采用经过验证的免疫组化(IHC)染色方法，使用JS311抗体进行样本的染色，以评估样本的PD-L1表达。JS311是针对IHC染色而开发的单克隆兔抗人PD-L1抗体

1.4肿瘤突变负荷分析

使用SureSelect人全外显子V6试剂盒(安捷伦)对肿瘤活检和成对的外周血单核细胞(PBMC)样本进行全外显子组测序(WES)。对基因组改变进行了评估，包括微卫星稳定性状态、单碱基替代(SNV)、短插入/缺失(INDELs)、拷贝数变异(CNV)以及基因重排和融合。肿瘤突变负荷(TMB)通过分析每兆碱基(Mb)的体细胞突变(包括上述基因组改变)来测定。

1.5统计分析

根据Clopper-Pearson法，在单侧显著性水平为0.025，纳入150名患者时，特瑞普利单抗作为替代二线疗法可以提供91％的统计功效，得到的靶向ORR为20％，其对照组ORR为10％。本研究计划的样本量为150名患者，最终招募了151名患者。

安全性分析涵盖了所有接受了至少1剂研究药物的患者(n＝151)。ORR及其95％精确置信区间(CI)通过Clopper-Pearson方法确定。通过Fisher’s精确检验计算列联表中的双尾P值。使用Kaplan-Meier方法绘制PFS和OS，中位数和相应的双侧置信区间为95％。使用SAS 9.4版本或GraphPad Prism软件进行统计分析。

2.结果

2.1患者人群

在2017年5月至2019年9月期间，来自15个参与的中心的共计151名患者入组(图2)。患者的基线人口统计学和临床特征总结于表1。132例(87％)患者在入组时有内脏转移，其中50％为肺转移，29％为骨转移，15％为肝转移。原发肿瘤部位包括47％的上尿路和52％的下尿路。48例(32％)患者的肿瘤活检中PD-L1表达阳性。所有患者既往均接受过全身化疗，包括95％的铂类治疗和5％的非铂类化疗。

2.2治疗相关毒性

截至2020年9月15日，即最后一次入组后12个月，患者接受特瑞普利单抗的中位剂量为8个剂量(从1剂量至66剂量不等)。中位随访时间为10.5个月。与同类别的ICI相比，没有发现特瑞普利单抗作为单药治疗时新的安全性问题。128名(84.8％)患者经历了治疗相关不良事件(TRAEs)。表2列出了常见的TRAE(>10％)。30例(19.9％)患者出现3级及以上TRAE，包括27例(17.9％)3级TRAE和3例(2.0％)4级TRAE患者(表3)。没有出现5级TRAE。5例(3.3％)患者因TRAE而永久停药，22例(14.6％)患者因TRAE导致剂量中断。2例患者出现输注反应(1级1例，2级1例)，均通过对症治疗缓解。免疫相关不良事件(irAE)包括15例(9.9％)甲状腺功能减退症，12例(7.9％)甲状腺功能亢进，4例(2.6％)肝功能异常，2例(1.3％)间质性肺疾病，2例(1.3％)肾上腺皮质功能减退，1例(0.7％)自身免疫性肝炎和1例(0.7％)心肌炎。

表1.基线人口统计学和临床特征总结

ECOG，东部肿瘤合作组；TNM，肿瘤，淋巴结，转移分期系统；

a上尿路包括肾盂和输尿管；下尿路包括膀胱和尿道。

b辅助治疗包括14例在最后一次辅助化疗或新辅助化疗后6个月内出现疾病进展的患者。

c阳性定义为≥1％的肿瘤细胞通过JS311 IHC染色表达PD-L1。

表2.研究中常见的(>10％)治疗相关不良事件(TRAE)(N＝151)

“绝对相关”、“很可能相关”和“可能相关”被归类为“治疗相关”AE(TRAE)。“可能无关”和“绝对无关”被归类为“治疗无关”。ALT，丙氨酸氨基转移酶；AST，天冬氨酸转氨酶。

表3.研究中与治疗相关的3级及以上不良事件。

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2.3抗肿瘤活性

截至2020年9月15日的截止日期，81名(54％)患者死亡，46名(30％)患者停止治疗，11名(7％)随访中丢失，13名(9％)仍在接受治疗。中位治疗持续时间为3.3个月(从0.03至30.7个月不等)。由IRC根据RECIST v1.1进行评估，在意向治疗(ITT)人群(n＝151)中，经确认的ORR为25.8％(95％CI：19.1至33.6)，DCR为45.0％(95％CI:36.9至53.3)(表4和图3)。既往接受铂类化疗失败的患者(n＝143)的ORR与特瑞普利单抗单药治疗患者相似，为25.9％。原发性肿瘤部位位于上尿路(n＝71)和下尿路(n＝78)的患者的ORR相似，分别为26.8％和24.4％。中位DOR为19.7个月(95％CI：NE为13.9)(图4C)，证明了应答的持续性。中位响应时间为1.8个月(95％CI：1.7-1.8)。对于ITT人群，中位PFS为2.3个月(95％CI：1.8至3.6)，中位OS为14.4个月(95％CI：

9.3至23.1)(图4)。

表4.由独立审查委员会(IRC)和研究者根据RECIST v1.1在意向治疗(ITT)人群中评估得到的临床疗效

CR，完全响应；PR，部分应答；SD，疾病稳定；PD，疾病进展；NE，不可评估；ORR，客观应答率；DCR，疾病控制率；CI，置信区间。

a ORR＝(CR+PR)/总计*100％。

b DCR＝(CR+PR+SD)/总计*100％。

截至2021年9月8日的截止日期，与上一年度报告相比，没有发现新的安全信号。截至截止日期，经IRC评估，ITT人群中观察到3例CR，37例PR和28例SD，ORR为26.5％，DCR为45.0％。应答的中位持续时间长达25.8个月。中位OS为14.6个月。

2.4 PD-L1在肿瘤中的表达

肿瘤活检样本取自所有151名患者。PD-L1 IHC染色发现48例(32％)阳性、96例(64％)阴性和7例(5％)未知状态。

PD-L1+患者(定义为肿瘤细胞(TC)阳性染色≥1％)ORR和PFS明显优于PD-L1-患者，ORR分别为41.7％和16.7％，p＝0.0019；中位PFS分别为3.7个月和1.8个月，HR＝0.60(95％CI 0.41-0.88)，p＝0.001(图5)。此外，PD-L1+患者的总生存期在数值上优于PD-L1-患者，中位OS分别为35.6个月和11.2个月，HR＝0.85(95％CI 0.53至1.36)，p＝0.49。然而，该差异没有统计学意义。

对免疫细胞(IC)的PD-L1表达进行了测定。PD-L1 IC+患者定义为IC阳性染色≥1％，该部分患者占ITT人群的72％(109/151)。PD-L1 IC+患者的ORR也明显优于PD-L1 IC-患者，分别为30.3％和8.6％，p＝0.012。绝大多数(96％，46/48)的PD-L1 TC+样本同样为PD-L1 IC+。PD-L1 IC+但PD-L1 TC-的患者ORR为22.2％，PD-L1 TC-且PD-L1 IC-患者的ORR仅为6.1％(表5)。

表5.JS311 PD-L1 IHC染色结果和临床疗效。

从所有151例患者中获取肿瘤活检并用JS311抗体染色，以检测PD-L1表达。其中7例(5％)无法确定PD-L1的表达状态。

ORR，客观应答率；TC，肿瘤细胞；IC，免疫细胞。

PD-L1 TC+定义为肿瘤细胞(TC)阳性染色≥1％。

PD-L1 IC+定义为免疫细胞(IC)阳性染色≥1％。

2.5基因组突变分析与肿瘤突变负荷

对肿瘤活检样本以及成对的PBMC进行全外显子组测序，得到135名患者的测序结果(图6)。本研究中发现的最常见的发生改变的基因包括TP53(58％)，TERT(51％)，KMT2D(40％)，CDKN2A(24％)，CDKN2B(21％)，KDM2A(20％)，ERBB2(17％)，MTAP(17％)，ARID1A(15％)，CCND1(15％)，FGF19(14％)，PIK3CA(14％)，FGF4(13％)，FGF3(13％)，FGFR3(13％)，CREBBP(13％)，E2F3(12％)，KMT2C(12％)，NOTCH1(11％)，ATM1(10％)和NECTIN4(9％)(图6)。

染色质重塑因子SMARCA4(n＝12)或肿瘤抑制因子RB1(n＝12)突变的患者对特瑞普利单抗的应答明显优于野生型基因患者。具有任一突变患者的ORR为58.3％，野生型为24.4％，p＝0.019。

具有FGFR3突变或FGFR2/FGFR3基因融合患者的ORR为30％(6/20)，NECTIN4基因组改变(包括11例NECTIN4基因扩增)患者的ORR为41.7％(5/12)。而23例ERBB2/HER2基因组改变患者的ORR为17.4％，9例基因组ERBB2/HER2扩增的患者对特瑞普利单抗没有应答。

通过分析人类基因组编码区域内的体细胞突变来测定肿瘤突变负荷(TMB)。样本的TMB中位数为每百万碱基对(Mb)4.1个突变。27名(20％)患者的肿瘤组织中TMB高于10个突变/Mb。高TMB(≥10个突变/Mb)患者对特瑞普利单抗单药治疗的应答明显优于低TMB(<10个突变/Mb)患者，ORR分别为48.1％和22.2％，p＝0.014(图5A)。更重要地，高TMB患者相对于低TMB患者在PFS和OS方面也显示出显著的生存期优势(图5D和5E)，中位PFS分别为12.9个月与1.8个月，HR＝0.48(95％CI 0.31-0.74)，p＝0.0009，中位OS分别为未达到与10.0个月，HR＝0.52(95％CI 0.31至0.89)，p＝0.018。值得注意的是，20％的全体患者以及20％的PD-L1+患者表现为高TMB，因此PD-L1+患者中高TMB患者并不占多数(图5A)。

高TMB(≥10个突变/Mb)且PD-L1+患者表现出显著的高ORR 77.8％(7/9)。

2.6其他生物标志物和亚群特征分析

临床疗效相关性的其他生物标志物或亚组特征包括年龄、性别、基线ECOGPS评分、转移状态、基线LDH水平、既往化疗方案、既往治疗线数、原发肿瘤部位和抗药物抗体(ADA)状态(表6)。在亚组中，具有仅位于淋巴结的转移的患者(n＝19)的ORR显著优于内脏转移患者(n＝132)，分别为52.6％和22.0％，p＝0.0092。肺转移、骨转移和肝转移患者的ORR分别为18.3％、20.9％和8.7％。

表6.所有151名患者的生物标志物和亚组特征与临床疗效的相关性分析。

ECOG，东部肿瘤合作组；LDH，乳酸脱氢酶；ULN，正常上限；N/A，无法得知，

NE，不可评估

a上尿路包括肾盂和输尿管；下尿路包括膀胱和尿道。

b辅助治疗包括14例在最后一次辅助化疗或新辅助化疗后6个月内出现疾病进展的患者。

c阳性定义为通过JS311 IHC染色，≥1％的肿瘤细胞表达PD-L1。

参考文献

1.Wang Z,Ying J,Xu J,et al.Safety,Antitumor Activity,andPharmacokinetics of Toripalimab,a Programmed Cell Death 1Inhibitor,inPatients With Advanced Non-Small Cell Lung Cancer:A Phase 1Trial.JAMA NetwOpen 2020；3(10):e2013770.

等效性

应当理解，虽然本发明已经结合具体文字说明的进行了描述，但上述说明旨在阐述而不是限制本发明的范围，其范围应由权利要求书的范围所界定。发明的其他方面、优点和改进均包含在下述权利要求的范围之内。

优选实施方案

1.一种治疗尿路上皮癌患者的方法，包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)确定表现为高肿瘤突变负荷的候选患者，其中高肿瘤突变负荷为≥10个突变/Mbp；和

c)向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

2.如实施方案1所述的方法，其中，所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

3.如实施方案1或2所述的方法，其中患者既往接受过化疗。

4.如实施方案1-3中任一项所述的方法，其中肿瘤突变负荷通过进行全外显子组测序来测定。

5.如实施方案1-4中任一项所述的方法，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

6.如实施方案5所述的方法，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53，TERT，KMT2D，CDKN2A，CDKN2B，KDM2A，ERBB2，MTAP，ARID1A，CCND1，FGF19，PIK3CA，FGF4，FGF3，FGFR3，CREBBP，E2F3，KMT2C，NOTCH1，ATM1和NECTIN4。

7.如实施方案5所述的方法，其中候选患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

8.如实施方案5所述的方法，其中候选患者还在FGFR2和/或FGFR3中具有基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。

9.如实施方案8所述的方法，其中该方法还包括向候选患者施用erdafitinib。

10.如实施方案5所述的方法，其中候选患者还在NECTIN4中具有基因组突变，可选地，突变位于NECTIN4的扩增基因。

11.如实施方案10所述的方法，其中该方法还包括向候选患者施用enfortumabvedotin。

12.如实施方案1-11中任一项所述的方法，其中候选患者还在肿瘤样品中表现为PD-L1表达阳性。

13.如实施方案1-12中任一项所述的方法，其中候选患者还具有仅位于淋巴结的转移。

14.如实施方案1-13中任一项所述的方法，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

15.如实施方案14所述的方法，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

16.如实施方案14所述的方法，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

17.一种治疗尿路上皮癌患者所述的方法，包括

a)确定在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的候选患者：SMARCA4和RB1；和

b)向候选患者施用治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂。

18.如实施方案17所述的方法，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

19.如实施方案17或18所述的方法，其中患者既往接受过化疗治疗。

20.如实施方案17-19中任一项所述的方法，其中所述突变为体细胞突变。

21.如实施方案17-20中任一项所述的方法，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

22.如实施方案21所述的方法，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

23.如实施方案21所述的方法，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

24.一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答的方法，包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；

c)推断得出，与相应的对照组相比，如果肿瘤突变负荷为高于或等于预定参考值，则患者更有可能对治疗产生应答。

25.如实施方案24所述的方法，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

26.如实施方案24或25所述的方法，其中患者既往接受过化疗治疗。

27.如实施方案24-26中任一项所述的方法，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

28.如实施方案24-27中任一项所述的方法，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

29.如实施方案28所述的方法，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

30.如实施方案28所述的方法，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

31.如实施方案24-30中任一项所述的方法，其中患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。

32.如实施方案24-31中任一项所述的方法，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

33.如实施方案24-32中任一项所述的方法，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

34.如实施方案33所述的方法，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

35.如实施方案33所述的方法，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

36.一种预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂治疗的应答的方法，包括

a)确定肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；和

b)推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

37.如实施方案36所述的方法，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

38.如实施方案36或37所述的方法，其中患者既往接受过化疗治疗。

39.如实施方案36-38中任一项所述的方法，其中所述突变为体细胞突变。

40.如实施方案36-39中任一项如实施方案所述的方法，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

41.如实施方案40所述的方法，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

42.如实施方案40所述的方法，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

43.包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

44.如实施方案43所述的用途，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

45.如实施方案43或44所述的用途，其中患者既往接受过化疗。

46.如实施方案43-45中的任一项所述的用途，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

47.如实施方案43-46中的任一项所述的用途，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

48.如实施方案47所述的用途，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

49.如实施方案47所述的用途，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

50.如实施方案47所述的用途，其中患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，在FGFR3基因突变或FGFR2/FGFR3基因融合。

51.如实施方案50所述的用途，其中组合物还包括erdafitinib。

52.如实施方案47所述的用途，其中患者还具有NECTIN4的基因组突变，可选地，在NECTIN4中具有基因扩增。

53.如实施方案52所述的用途，其中所述组合物还包括enfortumab vedotin。

54.如实施方案43-53中的任一项所述的用途，其中患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。

55.如实施方案43-54中的任一项所述的用途，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

56.如实施方案43-55中的任一项所述的用途，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体或抗PD-L抗体。

57.如实施方案56所述的用途，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

58.如实施方案56所述的用途，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

59.包含选自抗PD-1抗体的抑制剂的组合物在制造用于治疗患有尿路上皮癌的患者的药物中的用途，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变：SMARCA4和RB1。

60.如实施方案59所述的用途，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

61.如实施方案59-60中的任一项所述的用途，其中患者既往接受过化疗治疗。

62.如实施方案59-61中的任一项所述的用途，其中所述突变为体细胞突变。

63.如实施方案59-62中任一项所述的用途，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

64.如实施方案63所述的用途，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

65.如实施方案63所述的用途，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

66.用于测定肿瘤突变负荷的试剂在制造用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的药物中的用途，其中预测过程包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；

c)推断得出，与相应的对照组相比，如果肿瘤突变负荷为高于或等于预定参考值，则患者更有可能对治疗产生应答。

67.如实施方案66所述的用途，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

68.如实施方案66或67所述的用途，其中患者既往接受过化疗治疗。

69.如实施方案66-68中的任一项所述的用途，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序测定。

70.如实施方案66-69中的任一项所述的用途，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

71.如实施方案70所述的用途，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

72.如实施方案70所述的用途，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

73.如实施方案66-72中的任一项所述的用途，其中患者在肿瘤样本中还表现为PD-L1表达阳性。

74.如实施方案66-73中的任一项所述的用途，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

75.如实施方案66-74中任一项用途，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

76.如实施方案75所述的用途，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

77.如实施方案75所述的用途，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

78.测定突变的试剂在用于制造预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的药物中用途，其中预测过程包括

a)确定肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；和

b)推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

79.如实施方案78所述的用途，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

80.如实施方案78或79所述的用途，其中患者既往接受过化疗治疗。

81.如实施方案78-80中的任一项所述的用途，其中所述突变为体细胞突变。

82.如实施方案78-81中任一项所述的用途，其中所述抑制剂为抗PD-1抗体。

83.如实施方案82所述的用途，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

84.如实施方案82所述的用途，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

85.一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，用于治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

86.如实施方案85所述的组合物，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

87.如实施方案85或86所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

88.如实施方案85-87中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

89.如实施方案85-88中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

90.如实施方案89所述的组合物，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

91.如实施方案89所述的组合物，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

92.如实施方案89所述的组合物，其中患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。

93.如实施方案92所述的组合物，其中该组合物还包括erdafitinib。

94.如实施方案89所述组合物，其中患者还具有NECTIN4中的基因组突变，可选地，在NECTIN4中具有基因扩增。

95.如实施方案94所述组合物，其中该组合物还包括enfortumab vedotin。

96.如实施方案85-95中任一项所述的组合物，其中患者在肿瘤样品中还表现为PD-L1表达阳性。

97.如实施方案85-96中任一项所述的组合物，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

98.如实施方案85-97中任一项所述的组合物，其中抑制剂是抗PD-1抗体。

99.如实施方案98的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

100.如实施方案98的组合物，其中所述抑制剂为特瑞普利单抗。

101.一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂，治疗患有尿路上皮癌的患者，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

102.如实施方案101所述的组合物，其中尿路上皮癌是局部晚期或转移性尿路上皮癌。

103.如实施方案101或102所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

104.如实施方案101-103中任一项所述的组合物，其中所述突变为体细胞突变。

105.如实施方案101-104中任一项所述的组合物，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

106.如实施方案105中所述的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

107.如实施方案105所述的组合物，其中抑制剂是特瑞普利单抗。

108.一种测定肿瘤突变负荷的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；

c)推断得出，与相应的对照组相比，如果肿瘤突变负荷为高于或等于预定参考值，则患者更有可能对治疗产生应答。

109.如实施方案108所述的试剂，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

110.如实施方案108或109所述的试剂，其中患者既往接受过化疗治疗。

111.如实施方案108-110中任一项所述的试剂，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

112.如实施方案108-111中任一项所述的试剂，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

113.如实施方案112所述的试剂，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

114.如实施方案112所述的试剂，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

115.如实施方案108-114中任一项所述的试剂，其中患者在肿瘤样品中还表现为PD-L1表达阳性。

116.如实施方案108-115中任一项所述的试剂，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

117.如实施方案108-116中任一项所述的试剂，其中抑制剂是抗PD-1抗体。

118.如实施方案117所述的试剂，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

119.如实施方案117所述的试剂，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

120.一种测定突变的试剂，用于预测患有尿路上皮癌的患者对治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括

a)确定肿瘤细胞中具有的以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；和

b)推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

121.如实施方案120所述的试剂，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

122.如实施方案120或121所述的试剂，其中患者既往接受过化疗治疗。

123.如实施方案120-122中任一项的试剂，其中所述突变为体细胞突变。

124.如实施方案120-123中任一项的试剂，其中抑制剂是抗PD-1抗体。

125.如实施方案124的试剂，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替列珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

126.如实施方案124的试剂，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

127.一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌的患者的有效成分，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

128.如实施方案127所述的组合物，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

129.如实施方案127-128中任一项所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

130.如实施方案127-129中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

131.如实施方案127-130中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

132.如实施方案131所述的组合物，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

133.如实施方案131所述的组合物，其中患者还具有以下一个或多个基因的基因组突变：SMARCA4和RB1。

134.如实施方案131所述的组合物，其中患者还具有FGFR2和/或FGFR3的基因组突变，可选地，突变位于FGFR3基因或FGFR2/FGFR3融合基因中。

135.如实施方案134所述的组合物，其中该组合物还包括erdafitinib。

136.如实施方案131所述的组合物，其中患者还具有NECTIN4中的基因组突变，可选地，在NECTIN4中具有基因扩增。

137.如实施方案136所述的组合物，其中该组合物还包括enfortumab vedotin。

138.如实施方案127-137中任一项所述的组合物，其中患者在肿瘤样品中还表现为PD-L1表达阳性。

139.如实施方案127-138中任一项所述的组合物，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

140.如实施方案127-139中任一项所述的组合物，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

141.如实施方案140的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

142.如实施方案140的组合物，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

143.一种组合物，其包含选自抗PD-1抗体的抑制剂作为治疗患有尿路上皮癌的患者的有效成分，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因的突变：SMARCA4和RB1。

144.如实施方案143中任一项所述的组合物，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

145.如实施方案143或144所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

146.如实施方案143-145中任一项所述的组合物，其中所述突变为体细胞突变。

147.如实施方案143-146中任一项所述的组合物，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

148.如实施方案147所述的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

149.如实施方案147所述的组合物，其中抑制剂是特瑞普利单抗。

150.一种组合物，其包含测定肿瘤突变负荷的试剂，作为预测患有尿路上皮癌的患者对包括治疗有效量的选自抗PD-1抗体的抑制剂的治疗的应答的有效成分，其中预测过程包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；

c)推断得出，与相应的对照组相比，如果肿瘤突变负荷高于或等于预定参考值，则患者更有可能对治疗产生应答。

151.如实施方案150所述的组合物，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

152.如实施方案150或151所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

153.如实施方案150-152中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷通过全外显子组测序来测定。

154.如实施方案150-153中任一项所述的组合物，其中肿瘤突变负荷是通过分析选自微卫星稳定性状态、单碱基替换、短插入/缺失、拷贝数变异以及基因重排和融合的基因组突变来测定的，其中基因组突变是体细胞突变。

155.如实施方案154所述的组合物，其中患者在以下一个或多个基因中具有至少一个基因组突变：TP53、TERT、KMT2D、CDKN2A、CDKN2B、KDM2A、ERBB2、MTAP、ARID1A、CCND1、FGF19、PIK3CA、FGF4、FGF3、FGFR3、CREBBP、E2F3、KMT2C、NOTCH1、ATM1和NECTIN4。

156.如实施方案154所述的组合物，其中患者在以下一个或多个基因中具有基因组突变：SMARCA4和RB1。

157.如实施方案150-156中任一项所述的组合物，其中患者在肿瘤样品中还表现为PD-L1的阳性表达。

158.如实施方案150-157中任一项所述的组合物，其中患者还具有仅位于淋巴结的转移。

159.如实施方案150-158中任一项所述的组合物，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

160.如实施方案159所述的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

161.如实施方案159所述的组合物，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

162.一种组合物，其包含测定突变的试剂作为有效成分，用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含选自抗PD-1抗体的治疗有效量的抑制剂的治疗的应答，其中预测过程包括

a)确定肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；和

b)推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。

163.如实施方案162所述的组合物，其中所述尿路上皮癌为局部晚期或转移性尿路上皮癌。

164.如实施方案162或163所述的组合物，其中患者既往接受过化疗治疗。

165.如实施方案162-164中任一项所述的组合物，其中所述突变为体细胞突变。

166.如实施方案162-165中任一项所述组合物，其中所述抑制剂是抗PD-1抗体。

167.如实施方案166所述的组合物，其中所述抑制剂为帕博利珠单抗、纳武利尤单抗、替雷利珠单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗或西米普利单抗。

168.如实施方案166所述的组合物，其中抑制剂为特瑞普利单抗。

169.包含特瑞普利单抗的组合物用于治疗患有尿路上皮癌的患者的用途，其中患者表现为≥10个突变/Mbp的高肿瘤突变负荷。

170.包含特瑞普利单抗的组合物用于治疗患有尿路上皮癌的患者的用途，其中患者在肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因中发生突变：SMARCA4和RB1。

171.测定肿瘤突变负荷的试剂用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的特瑞普利单抗的治疗的应答的用途，其中预测过程包括

a)测定患者的肿瘤突变负荷；

b)将肿瘤突变负荷与预定参考值进行比较，其中预定参考值为10个突变/Mbp；

c)推断得出，与相应的对照组相比，如果肿瘤突变负荷为高于或等于预定参考值，则患者更有可能对治疗产生应答。

172.测定突变的试剂用于预测患有尿路上皮癌的患者对包含治疗有效量的特瑞普利单抗的治疗的应答的用途，其中预测过程包括

a)确定肿瘤细胞中具有以下一个或多个基因突变的患者：SMARCA4和RB1；和

b)推断得出，与相应的对照组相比，具有上述突变的患者更有可能对治疗产生应答。