真核系统中环状多核糖核苷酸的产生

优先权申请的引用

根据专利合作条约提交的本国际专利申请要求2021年5月17日提交的美国临时专利申请序列号63/189,619和2021年3月26日提交的美国临时专利申请序列号63/166,467的权益。

序列表

本申请包含序列表，该序列表已以ASCII格式电子提交，并通过引用以其全文特此并入。所述ASCII副本创建于2022年3月23日，名为VL70004WO1_ST25，并且大小为316,185字节。通过引用以其全文并入本文的还有在美国临时专利申请序列号63/189,610中提交的序列表，该序列表创建于2021年5月17日，名为51484-005001_Sequence Listing_5_17_21_ST25，并且大小为300,429字节。通过引用以其全文并入本文的还有在美国临时专利申请序列号63/166,467中提交的序列表，该序列表创建于2021年3月25日，名为51484-003001_Sequence_Listing_3.25.21_ST25，并且大小为166,651字节。

背景技术

环状多核糖核苷酸是多核糖核苷酸的一个亚类，以连续环的形式存在。内源性环状多核糖核苷酸在人体组织和细胞中普遍表达。大多数内源性环状多核糖核苷酸是通过反向剪接(backsplicing)产生的，并且主要发挥非编码作用。已提出将合成的环状多核糖核苷酸(包括编码蛋白质的环状多核糖核苷酸)用于各种治疗性应用和工程应用。需要产生、纯化、和使用环状多核糖核苷酸的方法。

发明内容

本披露提供了用于产生、纯化、和使用环状RNA的组合物和方法。

在第一方面，本披露的特点在于用于使多核糖核苷酸环化的真核系统，该真核系统包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物(cargo)；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)包含RNA连接酶的真核细胞。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以通过间隔子序列隔开，如本文所述。

在另一方面，本披露提供了一种用于使多核糖核苷酸环化的真核系统，该真核系统包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)包含RNA连接酶的真核细胞。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以通过间隔子序列隔开，如本文所述。

在另一方面，本披露提供了一种产生环状RNA的方法，该方法包括在真核细胞中使(a)与(b)接触：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。在一些实施例中，将该环状RNA从真核细胞分离。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。

在另一方面，本披露提供了一种产生环状RNA的方法，该方法包括在真核细胞中使(a)与(b)接触：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。在一些实施例中，将该环状RNA从真核细胞分离。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。

在另一方面，本披露提供了一种真核细胞，该真核细胞包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。在一些实施例中，该真核细胞进一步包含环状RNA。

在另一方面，本披露提供了一种真核细胞，该真核细胞包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。在一些实施例中，该真核细胞进一步包含环状RNA。

在一些实施例中，该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该5'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状(Hammerhead)核酶、发夹状(Hairpin)核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转(Twister)核酶、扭转姐妹(Twister sister)核酶、斧头(Hatchet)核酶和手枪(Pistol)核酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶是锤头状核酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括与SEQ ID NO:2的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括SEQ ID NO:2的核酸序列。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括SEQ ID NO:38-585中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

在一些实施例中，该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该3'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。在一些实施例中，该3'自切割核酶是丁型肝炎病毒(HDV)核酶。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:13的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括SEQ ID NO:13的核酸序列。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括SEQ ID NO:38-585中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

在一些实施例中，该5'自切割核酶和该3'自切割核酶产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割产生游离的5'-羟基基团，并且3'自切割核酶的切割产生游离的2',3'-环磷酸基团。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享至少80％、85％、90％、95％、98％、或99％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶来自相同的自切割核酶家族。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享100％的序列同一性。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享低于100％、99％、95％、90％、85％、或80％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶并非来自相同的自切割核酶家族。

在一些实施例中，该5'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至100、2至80、2至50、2至30、2至20、5至100、5至80、5至50、5至30、5至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至100、2至80、2至50、2至30、2至20、5至100、5至80、5至50、5至30、5至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。

在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区各自包括互补区(例如，形成一对互补区)。在一些实施例中，该5'退火区包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的5'互补区；并且该3'退火区包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的3'互补区。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有在50％与100％之间的序列互补性(例如，在60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％之间、或100％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol(例如，低于-10kcal/mol、低于-20kcal/mol、或低于-30kcal/mol)的结合自由能。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃、至少15℃、至少20℃、至少30℃、至少40℃、至少50℃、至少60℃、至少70℃、至少80℃、或至少90℃的结合Tm。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区包括不多于10个错配，例如10、9、8、7、6、5、4、3、或2个错配，或1个错配。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区不包括任何错配。

在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区各自包括非互补区。在一些实施例中，该5'退火区进一步包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的5'非互补区。在一些实施例中，该3'退火区进一步包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的3'非互补区。在一些实施例中，该5'非互补区位于该5'互补区的5'(例如，在该5'自切割核酶与该5'互补区之间)。在一些实施例中，该3'非互补区位于该3'互补区的3'(例如，在该3'互补区与该3'自切割核酶之间)。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性(例如，在0％-40％、0％-30％、0％-20％、0％-10％之间、或0％的序列互补性)。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于10℃的结合Tm。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个错配。在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区不包括任何非互补区。

在实施例中，该5'退火区和该3'退火区具有高GC百分比(计算为GC核苷酸的数目除以总核苷酸、乘以100)，即其中相对大量的GC对参与在该5'退火区与该3'退火区之间的退火，例如，其中该GC百分比为至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、或甚至约100％。例如，在其中5'和3'退火区短(例如，其中每个退火区的长度为2、3、4、5、6、7、8、9、10个核苷酸)的实施例中，退火区中增加的GC百分比将增加两个区域之间的退火强度。在一些实施例中，该5'退火区包括与SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该5'退火区包括SEQ ID NO:4的核酸序列。在一些实施例中，该3'退火区包括与SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该3'退火区包括SEQ ID NO:12的核酸序列。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码序列、或包含非编码序列、或包含编码序列和非编码序列的组合。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个编码序列(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个编码序列)、两个或更多个非编码序列(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个非编码序列)、或其组合。在该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个编码序列的情况下，该编码序列可以是单个编码序列的两个或更多个拷贝、或者两个或更多个不同的编码序列中的每个编码序列的至少一个拷贝。在该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个非编码序列的情况下，该非编码序列可以是单个非编码序列的两个或更多个拷贝、或者两个或更多个不同的非编码序列中的每个非编码序列的至少一个拷贝。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括至少一个编码序列和至少一个非编码序列。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码RNA序列。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含调节RNA。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列反式调节靶序列。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的上调。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的下调。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列的可诱导表达。例如，该至少一个非编码RNA序列可以通过环境条件(例如，光、温度、水或营养可用性)、通过昼夜节律、通过内源性或外源性提供的诱导剂(例如，小RNA、配体)进行诱导。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列可被真核系统的生理状态(例如，生长期、转录调节状态、和细胞内代谢物浓度)诱导。例如，可以提供外源性提供的配体(例如，阿拉伯糖、鼠李糖、或IPTG)以使用诱导型启动子(例如，PBAD、Prha、和lacUV5)诱导表达。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA[例如，包含一个或多个茎环的RNA]；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)或其前体[例如，pre-miRNA或pri-miRNA]；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含指导RNA(gRNA)或其前体。

在一些实施例中，靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列。在一些实施例中，受试基因组是脊椎动物、无脊椎动物、真菌、卵菌、植物、或微生物的基因组。在一些实施例中，受试基因组是人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼的基因组。在一些实施例中，受试基因组是昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物的基因组。在一些实施例中，受试基因组是单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类的基因组。在一些实施例中，受试基因组是细菌、真菌、卵菌、或古细菌的基因组。在一些实施例中，靶序列包含在多个受试基因组中(例如，在给定属内的多个物种的基因组中)发现的基因的核苷酸序列。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽的编码序列。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括与编码多肽的编码序列可操作地连接的IRES。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含与编码多肽的表达序列可操作地连接的科扎克(Kozak)序列。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。在一些实施例中，该多肽是例如用于人或非人动物的治疗性多肽。在一些实施例中，该多肽是具有在脊椎动物(例如，非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼)、无脊椎动物(例如，昆虫、蛛形纲(arachnid)、线虫(nematode)、或软体动物)、植物(例如，单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、真核藻类)、或微生物(例如，细菌、真菌、古细菌、卵菌)的基因组中编码的序列的多肽。在一些实施例中，当与脊椎动物、无脊椎动物、或植物接触时，或当与脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞接触时，该多肽具有生物学作用。在一些实施例中，该多肽是植物修饰多肽。在一些实施例中，当与以下各者接触时，该多肽提高脊椎动物、无脊椎动物、或植物的适应度，或提高脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞的适应度。在一些实施例中，当与以下各者接触时，该多肽降低脊椎动物、无脊椎动物、或植物的适应度，或降低脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞的适应度。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在受试者或生物体中表达的核苷酸序列的RNA序列。用于在特定类型的生物体中表达的密码子优化的方法是本领域已知的并且作为商业载体或多肽设计服务的一部分提供。参见例如，美国专利号6,180,774(用于在单子叶植物中表达)、7,741,118(用于在双子叶植物中表达)、以及5,786,464和6,114,148(两者均用于在哺乳动物中表达)中描述的密码子优化的方法，将所有这些专利都通过引用以其全文并入本文。密码子优化可以使用几种公开获得的工具中的任一种来执行，例如，在例如以下中提供的多种密码子优化工具：www[dot]idtdna[dot]com/pages/tools/codon-optimization-tool；www[dot]novoprolabs[dot]com/tools/codon-optimization、en[dot]vectorbuilder[dot]com/tool/codon-optimization[dot]html，其中用于受试者的适当的属的密码子使用表可从门户网站下拉菜单中选择。

在一些实施例中，受试者包含(a)真核细胞；或(b)原核细胞。此类细胞的实施例包括永生化细胞系和原代细胞系。实施例包括位于组织、器官、或完整多细胞生物体内的细胞。例如，在实施例中，将如在本披露中所述的环状多核糖核苷酸(或含有该环状多核糖核苷酸的真核细胞)以靶向方式递送至多细胞生物体中的一个或多个特定细胞、组织、或器官。

在一些实施例中，受试者包括脊椎动物、无脊椎动物、真菌、卵菌、植物、或微生物。在一些实施例中，该脊椎动物选自人、非人哺乳动物(例如，小家鼠(Mus musculus))、爬行动物(例如，安乐蜥(Anolis carolinensis))、鸟(例如，家鸡(Gallus domesticus))、两栖动物(例如，热带爪蟾(Xenopus tropicalis))、或鱼(例如，Danio rerio(斑马鱼))。在一些实施例中，该无脊椎动物选自昆虫(例如，科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata))、蛛形纲(例如，中东金蝎(Scorpio maurus))、线虫(例如，南方根结线虫(Meloidogyne incognita))、或软体动物(例如，散斑角蜗牛(Cornu aspersum))。在一些实施例中，该植物选自单子叶植物(例如，玉蜀黍(Zea mays))、双子叶植物(例如，橹豆(Glycine max))、裸子植物(例如，北美乔松(Pinus strobus))、或真核藻类(例如，棒叶蕨藻(Caulerpa sertularioides))。在一些实施例中，该微生物选自细菌(例如，大肠杆菌(Escherichia coli))、真菌(例如，酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)或巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris))、卵菌(例如，寡雄腐霉(Pythium oligandrum)、致病疫霉(Phytophthora infestans)和其他疫霉属物种(Phytophthora spp.))、或古细菌(例如，激烈火球菌(Pyrococcus furiosus))。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸进一步包括在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为至少5个多核糖核苷酸的间隔子区。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸进一步包括在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为在5与1000个之间的多核糖核苷酸的间隔子区。在一些实施例中，间隔子区包括聚A序列。在一些实施例中，间隔子区包括聚A-C序列。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是至少1kb。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是1kb至20kb。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是100至约20,000个核苷酸。在一些实施例中，该线性RNA的大小是至少100、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1,000、1,100、1,200、1,300、1,400、1,500、1,600、1,700、1,800、1,900、2,000、2,500、3,000、3,500、4,000、4,500、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、或10,000个核苷酸。

在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的(例如，该RNA连接酶在该细胞中天然存在)。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的(例如，该RNA连接酶在该细胞中不是天然存在的，例如，该细胞已被基因工程化以表达或过表达该RNA连接酶)。在一些实施例中，通过在真核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该真核细胞提供该RNA连接酶。在一些实施例中，向该真核细胞提供作为外源性蛋白的RNA连接酶(例如，使该RNA连接酶在细胞外表达并向该细胞提供)。

在一些实施例中，该RNA连接酶是tRNA连接酶。在一些实施例中，该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体。

在一些实施例中，该RNA连接酶包含选自由SEQ ID NO:586-602组成的组的氨基酸序列。

在一些实施例中，该RNA连接酶选自由以下组成的组：植物RNA连接酶、质体(例如，叶绿体)RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、或线粒体RNA连接酶、或其变体。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是从脱氧核糖核酸转录的，该脱氧核糖核酸包括与编码本文所述的线性多核糖核苷酸的序列可操作地连接的RNA聚合酶启动子。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子与编码该线性多核糖核苷酸的序列是异源的。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、SP6启动子、CaMV 35S、冠瘿碱(opine)启动子、植物泛素启动子、水稻肌动蛋白1启动子、ADH-1启动子、GPD启动子、CMV启动子、EF1α启动子、CAG启动子、PGK启动子、U6核启动子、TRE启动子、OpIE2启动子、或OpIE1启动子。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子提供编码线性多核苷酸的序列的表达的特异性；例如，可以选择启动子以提供细胞、组织、或器官特异性表达、时间特异性表达(例如，对昼夜节律、细胞周期、或季节性具有特异性)、或发育特异性表达。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子是植物小RNA或微小RNA基因的启动子或动物小RNA或微小RNA基因的启动子；参见例如，美国专利号9,976,152和7,786,351；de Rie(2017)NatureBiotechnol.[自然生物技术],35:872-878。在本文所述的任何方面的一些实施例中，本披露提供了一种用于使多核糖核苷酸环化的真核系统，该真核系统包含：(a)编码本文所述的线性多核糖核苷酸的多脱氧核糖核苷酸(例如，cDNA、环状DNA载体、或线性DNA载体)，以及(b)包含RNA连接酶的真核细胞。

在一些实施例中，向该真核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸。在一些实施例中，在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性重组DNA分子瞬时转录。在一些实施例中，在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性DNA分子转录。在一些实施例中，该外源性DNA分子不整合到该真核细胞的基因组中。在一些实施例中，该外源性DNA分子包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。在一些实施例中，该异源性启动子选自由以下组成的组：T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、SP6启动子、CaMV 35S、冠瘿碱启动子、植物泛素启动子、水稻肌动蛋白1启动子、ADH-1启动子、GPD启动子、CMV启动子、EF1α启动子、CAG启动子、PGK启动子、U6核启动子、TRE启动子、OpIE2启动子、或OpIE1启动子。在一些实施例中，在该真核细胞中将线性多核糖核苷酸从并入该真核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

在一些实施例中，该真核细胞在培养基中生长。在一些实施例中，生物反应器中含有真核细胞。

在一些实施例中，该真核细胞是单细胞真核细胞。在一些实施例中，该单细胞真核细胞选自由以下组成的组：单细胞真菌细胞、单细胞动物细胞、单细胞植物细胞、单细胞藻类细胞、卵菌细胞、原生生物细胞、和原生动物细胞。在实施例中，该真核细胞是多细胞真核生物的细胞。在一些实施例中，该多细胞真核生物选自由以下组成的组：脊椎动物、无脊椎动物、多细胞真菌、多细胞卵菌、多细胞藻类、和多细胞植物。

在另一方面，本披露提供了一种环状多核糖核苷酸，该环状多核糖核苷酸通过本文所述的真核系统或包括真核系统的任何方法产生。

在另一方面，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的组合物或配制品来改良该受试者的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向真核受试者提供该核酸分子。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的真核细胞、或包括本文所述的真核细胞。

在另一方面，本披露提供了一种通过向有需要的受试者提供本文所述的组合物或配制品治疗该受试者的病症的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向真核受试者提供该核酸分子。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的真核细胞或包括本文所述的真核细胞。

在另一方面，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的真核细胞而向该受试者提供环状多核糖核苷酸的方法。

在另一方面，本披露提供了一种配制品，该配制品包含本文所述的真核系统、真核细胞、或多核糖核苷酸。在一些实施例中，该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

在另一方面，本披露提供了一种配制品，该配制品包含本文所述的真核细胞。在一些实施例中，该真核细胞是干燥的或冷冻的。在一些实施例中，该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

定义

为了有助于对本披露的理解，下面定义了多个术语。本文定义的术语具有如与本披露相关的领域中的普通技术人员通常理解的含义。术语如“一个/种(a、an)”和“该”并不旨在仅指单个实体，而是包括可以使用特定实例来说明的一般类别。术语“或”用于意指“和/或”，除非明确指出仅指替代物或者替代物相互排斥，尽管本披露支持仅指替代物和“和/或”的定义。

本文的术语用于描述特定的实施例，但它们的使用不应被视为限制，除非在权利要求中列出。

如本文使用的，在值的范围内提供的任何值都包括上限和下限、以及该上限和下限内含有的任何值。

如本文使用的，术语“circRNA”或“环状多核糖核苷酸”或“环状RNA”或“环状多核糖核苷酸分子”可互换使用，并且意指具有没有游离端(即，没有游离3'和/或5'端)的结构的多核糖核苷酸分子，例如通过共价或非共价键形成环状或环形结构的多核糖核苷酸分子。

如本文使用的，术语“环化效率”是所得环状多核糖核苷酸相对于其非环状起始材料的测量。

词语“用于治疗、调节等的化合物、组合物、产物等”应理解为是指本身适合于所指示的治疗、调节等目的的化合物、组合物、产物等。词语“用于治疗、调节等的化合物、组合物、产物等”作为优选的实施例额外地披露了这种化合物、组合物、产物等用于治疗、调节等。

词语“用于……的化合物、组合物、产品等”或“化合物、组合物、产品等在制造用于……的药物、药物组合物、兽用组合物、诊断组合物等中的用途”指示此类化合物、组合物、产品等将用于可在人体或动物体上实施的治疗性方法中。它们被认为是涉及治疗方法等的实施例和权利要求的等同披露。如果实施例或权利要求因此是指“用于治疗疑似患有疾病的人或动物的化合物”，则这也被认为是披露“化合物在制造用于治疗疑似患有疾病的人或动物的药物中的用途”或“通过向疑似患有疾病的人或动物施用化合物的治疗方法”。

如本文使用的，术语“疾病”、“障碍”和“病症”各自指亚健康状态，例如，典型地被或将会被医疗专业人员诊断或治疗的状态。

“异源”意指发生在与天然存在的(天然的)背景不同的背景中。“异源”多核苷酸序列指示多核苷酸序列以在该序列的天然基因组中发现的方式不同的方式使用。例如，“异源启动子”用于驱动序列的转录，该序列不是由该启动子天然转录的序列；因此，“异源启动子”序列通常通过重组核酸技术包括在表达构建体中。术语“异源”也用于指被置于与另一序列的非天然存在的关系中的给定序列；例如，异源编码或非编码核苷酸序列通常通过基因组转化技术被插入基因组中，产生经基因修饰的基因组或重组基因组。

如本文使用的，“提高受试者的适应度”或“促进受试者的适应度”是指由于施用本文所述的肽或多肽而产生的生理学的或受试生物体进行的任何活动的任何有利的改变，包括但不限于以下所希望效果中的任何一种或多种：(1)使对生物或非生物应激的耐受性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(2)使产率或生物量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(3)使开花时间调整约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(4)使对有害生物或病原体的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(4)使对除草剂的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(5)使受试生物体(例如，农业上重要的昆虫)的群体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(6)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的繁殖速率提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(7)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的迁移提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(8)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的体重增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(9)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的代谢速率或活性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(10)使通过受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)进行的授粉(例如，在给定时间内被授粉的植物数量)提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(11)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)副产物(例如，来自蜜蜂的蜂蜜或来自蚕的蚕丝)的产量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(12)使受试生物体(例如，昆虫)的营养物(例如，蛋白质、脂肪酸、或氨基酸)含量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；或(13)使受试生物体对杀有害生物剂(例如，新烟碱(例如，吡虫啉)或有机磷杀昆虫剂(例如，硫代磷酸酯，例如，杀螟硫磷))的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(14)使受试生物体(如人或非人动物)的健康提高或使受试生物体(如人或非人动物)的疾病减少。相比于未施用调节剂的受试生物体，可以确定宿主适应度的提高。相反地，“降低受试者的适应度”是指由于施用本文所述的肽或多肽而产生的生理学的或受试生物体进行的任何活动的任何不利的改变，包括但不限于以下预期效果中的任何一种或多种：(1)使对生物或非生物应激的耐受性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(2)使产率或生物量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(3)使开花时间调整约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(4)使对有害生物或病原体的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(4)使对除草剂的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(5)使受试生物体(例如，农业上重要的昆虫)的群体减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(6)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的繁殖速率降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(7)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的迁移降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(8)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的体重减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(9)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的代谢速率或活性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(10)使通过受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)进行的授粉(例如，在给定时间内被授粉的植物数量)降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(11)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)副产物(例如，来自蜜蜂的蜂蜜或来自蚕的蚕丝)的产量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(12)使受试生物体(例如，昆虫)的营养物(例如，蛋白、脂肪酸、或氨基酸)含量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；或(13)使受试生物体对杀有害生物剂(例如，新烟碱(例如，吡虫啉)或有机磷杀昆虫剂(例如，硫代磷酸酯，例如，杀螟硫磷))的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(14)使受试生物体(如人或非人动物)的健康降低或使受试生物体(如人或非人动物)的疾病减少。相比于未施用调节剂的受试生物体，可以确定宿主适应度的降低。对本领域技术人员而言将显而易见的是，受试者的生理学、表型、或活性的某些变化(例如，植物开花时间的调整)可以被认为提高该受试者的适应度或降低该受试者的适应度，这取决于背景(例如，以适应气候或其他环境条件的变化)。例如，开花时间的延迟(例如，在给定日历日期开花的群体中的植物减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％)可以是对较晚或较凉的春季的有益适应，并因此被认为提高植物的适应度；相反，在春季较早或较暖的背景下，相同的开花时间的延迟可以被认为会降低植物的适应度。

如本文使用的，术语“线性RNA”或“线性多核糖核苷酸”或“线性多核糖核苷酸分子”可互换使用，并且意指具有5'和3'端的多核糖核苷酸分子。5'和3'端中的一者或两者可以是游离端或接合至另一个部分。线性RNA包括未经历环化(例如，经预环化)并可用作环化的起始材料的RNA。

如本文使用的，术语“经修饰的核糖核苷酸”意指具有至少一个针对糖、核碱基、或核苷间键的修饰的核苷酸。

术语“药物组合物”旨在同样披露包括在药物组合物中的环状或线性多核糖核苷酸可用于通过疗法治疗人体或动物体。

如本文使用的，术语“多核苷酸”意指包括一个或多个核酸亚基或核苷酸的分子，并且可以与“核酸”或“寡核苷酸”互换使用。多核苷酸可以包括一个或多个选自腺苷(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)或其变体的核苷酸。核苷酸可以包括核苷和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个磷酸(PO

如本文使用的，本文的术语“多核糖核苷酸负载物”包括含有至少一个多核糖核苷酸的任何序列。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个编码序列，其中每个编码序列编码多肽。在实施例中，多核糖核苷酸负载物包括一个或多个非编码序列，如具有调节或催化功能的多核糖核苷酸。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码序列和非编码序列的组合。在实施例中，多核糖核苷酸负载物包括一个或多个本文所述的多核糖核苷酸序列，如一个或多个调节元件、内部核糖体进入位点(IRES)元件、和/或间隔子序列。

如本文使用的，如果核酸构建体或载体的元件位于该构建体或载体上使得它们能够执行其功能(例如，促进转录或终止转录)，则它们是“可操作地连接的(operablyconnected或operably linked)”。例如，包括与编码线性前体RNA的DNA序列可操作地连接的启动子的DNA构建体指示该编码线性前体RNA的DNA序列可以被转录以形成线性前体RNA，例如，然后可以使用本文提供的方法环化成环状RNA的线性前体RNA。

多脱氧核糖核苷酸或脱氧核糖核酸或DNA意指包括经由磷酸二酯键聚合的多个脱氧核糖核苷酸的大分子。核苷酸可以是核苷一磷酸或核苷多磷酸。核苷酸意指包括可检测标签(如发光标签)或标志物(例如，荧光团)的脱氧核糖核苷多磷酸，如例如脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)，其可以选自脱氧腺苷三磷酸(dATP)、脱氧胞苷三磷酸(dCTP)、脱氧鸟苷三磷酸(dGTP)、尿苷三磷酸(dUTP)和脱氧胸苷三磷酸(dTTP)dNTP。核苷酸可以包括可以掺入正在生长的核酸链中的任何亚基。这种亚基可以是A、C、G、T或U，或对一个或多个互补A、C、G、T或U有特异性或与嘌呤(即，A或G或其变体)或嘧啶(即，C、T或U或其变体)互补的任何其他亚基。在一些实例中，多核苷酸是脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)或其衍生物或变体。在一些情况下，仅举数例，多核苷酸是短干扰RNA(siRNA)、微小RNA(miRNA)、质粒DNA(pDNA)、短发夹RNA(shRNA)、小核RNA(snRNA)、信使RNA(mRNA)、前体mRNA(pre-mRNA)、反义RNA(asRNA)，并且涵盖核苷酸序列及其任何结构实施例，如单链、双链、三链、螺旋、发夹等。在一些情况下，多核苷酸分子是环状的。多核苷酸可以具有各种长度。核酸分子可以具有至少约10个碱基、20个碱基、30个碱基、40个碱基、50个碱基、100个碱基、200个碱基、300个碱基、400个碱基、500个碱基、1千碱基(kb)、2kb、3kb、4kb、5kb、10kb、50kb或更大的长度。可以从细胞或组织中分离多核苷酸。多核苷酸序列的实施例包括分离和纯化的DNA/RNA分子、合成的DNA/RNA分子和合成的DNA/RNA类似物。

多核苷酸(例如多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸)的实施例包括含有一种或多种核苷酸变体的多核苷酸，这些核苷酸变体包括一个或多个非标准核苷酸、一个或多个非天然核苷酸、一个或多个核苷酸类似物和/或经修饰的核苷酸。经修饰的核苷酸的实例包括但不限于二氨基嘌呤、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黄嘌呤、黄嘌呤、4-乙酰胞嘧啶、5-(羧基羟甲基)尿嘧啶、5-羧甲基氨基甲基-2-硫代尿苷、5-羧甲基氨基甲基尿嘧啶、二氢尿嘧啶、β-D-半乳糖基辨苷(galactosylqueosine)、肌苷、N6-异戊烯腺嘌呤、1-甲基鸟嘌呤、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鸟嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基氨基甲基尿嘧啶、5-甲氧基氨基甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基辫苷(mannosylqueosine)、5'-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-D46-异戊烯腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧乙酸(v)、怀丁苷(wybutoxosine)、假尿嘧啶、辫苷(queosine)、2-硫胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、尿嘧啶-5-氧乙酸(v)、5-甲基-2-硫尿嘧啶、3-(3-氨基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶、(acp3)w、2,6-二氨基嘌呤等。在一些情况下，核苷酸在其磷酸部分中包括修饰，包括对三磷酸部分的修饰。此类修饰的非限制性实例包括较大长度的磷酸链(例如，具有4、5、6、7、8、9、10个或更多个磷酸部分的磷酸链)和具有硫醇部分的修饰(例如，α-硫代三磷酸和β-硫代三磷酸)。在实施例中，核酸分子在碱基部分(例如，在典型地可用于与互补核苷酸形成氢键的一个或多个原子处和/或在典型地不能与互补核苷酸形成氢键的一个或多个原子处)、糖部分或磷酸骨架处被修饰。在实施例中，核酸分子含有胺修饰的基团，如氨基烯丙基1-dUTP(aa-dUTP)和氨基己基丙烯酰胺-dCTP(aha-dCTP)，以允许共价附接胺反应性部分，如N-羟基琥珀酰亚胺酯(NHS)。本披露的寡核苷酸中的标准DNA碱基对或RNA碱基对的替代物可以提供更高的位/立方mm密度，更高的安全性(抵抗天然毒素的意外或有目的的合成)，光编程聚合酶的更容易区分，或更低的二级结构。在Betz K,Malyshev DA,Lavergne T,Welte W,Diederichs K,Dwyer TJ,Ordoukhanian P,RomesbergFE,Marx A.Nat.Chem.Biol.[自然-化学生物学]2012年7月；8(7):612-4中描述了与用于从头和/或扩增合成的天然和突变体聚合酶相容的此类替代性碱基对，该文献出于所有目的通过引用并入本文中。

如本文使用的，“多肽”意指最常通过肽键连接在一起的氨基酸残基(天然或非天然)的聚合物。如本文使用的，该术语是指任何大小、结构或功能的蛋白质、多肽和肽。多肽可以包括基因产物、天然存在的多肽、合成的多肽、同源物、直系同源物、旁系同源物、片段以及前述物质的其他等同物、变体和类似物。多肽可以是单分子或多分子复合物，如二聚体、三聚体或四聚体。它们还可以包括单链或多链多肽(如抗体或胰岛素)，并且可以是缔合的或连接的。最常见的二硫键存在于多链多肽中。术语多肽也可以应用于其中一个或多个氨基酸残基是对应的天然存在的氨基酸的人工化学类似物的氨基酸聚合物。

如本文使用的，“前体线性多核糖核苷酸”或“前体线性RNA”是指通过在真核系统中转录(例如，体内转录)(例如，从本文提供的多脱氧核糖核苷酸模板)创建的线性RNA分子。前体线性RNA是一种或多种自切割核酶切割之前的线性RNA。在一种或多种自切割核酶切割后，线性RNA被称为“连接酶相容的线性多核糖核苷酸”或“连接酶相容的RNA”。

如本文使用的，术语“植物修饰多肽”是指能以导致植物适应度提高或降低的方式改变植物的遗传特性(例如，增加基因表达、减少基因表达或以其他方式改变DNA或RNA的核苷酸序列)、表观遗传特性、或生物化学或生理特性的多肽。

如本文使用的，术语“调节元件”是修饰与其可操作地连接的核酸序列的表达或转录的部分，如核酸序列。调节元件包括启动子、转录因子识别位点、终止子元件、小RNA识别位点(小RNA(例如微小RNA)与其结合并进行切割)、和转录稳定元件(参见例如，美国专利申请公开2007/0011761中描述的稳定元件)。例如，在实施例中，调节元件(如启动子)修饰环状或线性多核糖核苷酸内编码或非编码序列的表达。在另一实施例中，调节元件(如小RNA识别和切割位点)修饰RNA转录物的表达，例如通过限制其在特定细胞、组织、或器官中的表达(参见例如，美国专利号8,334,430和9,139,838)。

如本文使用的，术语“RNA等同物”是指RNA序列，该RNA序列是DNA序列的RNA等同物。因此，DNA序列的RNA等同物是指其中每个胸苷(T)残基被尿苷(U)残基替代的DNA序列。例如，本披露提供了通过生物信息学方法鉴定的核酶的DNA序列。本披露特别考虑了这些DNA序列中的任何一个DNA序列都可以转化为对应的RNA序列并包括在本文所述的RNA分子中。

如本文使用的，术语“序列同一性”是通过使用全局或局部比对算法对两个肽或两个核苷酸序列进行比对来确定的。当序列在最佳比对时(例如，当通过程序(如GAP或BESTFIT)使用默认参数进行比对时)共享至少某个最小百分比的序列同一性时，这些序列被称为“基本上相同的”或“基本上相似的”。GAP使用Needleman和Wunsch全局比对算法在两个序列的整个长度上对其进行比对，从而最大程度地增加了匹配数目并最大程度地减少了空位数目。通常，使用GAP默认参数，空位产生罚分＝50(核苷酸)/8(蛋白质)，空位延伸罚分＝3(核苷酸)/2(蛋白质)。对于核苷酸，使用的默认评分矩阵是nwsgapdna，而对于蛋白质，默认评分矩阵是Blosum62(Henikoff和Henikoff,1992,PNAS[美国科学院院报]89,915-919)。序列比对和百分比序列同一性的评分例如使用计算机程序来确定，这些计算机程序如从美国92121-3752加州圣地亚哥斯克兰顿路9685号的阿赛乐德公司(Accelrys Inc.,9685Scranton Road,San Diego,CA)获得的GCG Wisconsin软件包10.3版或EmbossWin2.10.0版(使用程序“needle”)。可替代地或额外地，通过例如使用如FASTA、BLAST等算法对数据库进行搜索来确定同一性百分比。序列同一性是指在序列的整个长度上的序列同一性。

如本文使用的，关于RNA，“结构化”是指由RNAFold软件或类似预测工具预测与其自身或相同RNA分子中的其他序列形成有序的或可预测的二级或三级结构(例如，发夹环)的RNA序列。

如本文使用的，“核酶”是指催化RNA或RNA的催化区。“自切割核酶”是能够催化在核酶序列自身内的核苷酸位点处或在核酶序列自身的末端处发生的切割反应的核酶。

如本文使用的，“核酶”是指催化RNA或RNA的催化区。“自切割核酶”是能够催化在核酶序列自身内的核苷酸位点处或在核酶序列自身的末端处发生的切割反应的核酶。

如本文使用的，术语“受试者”是指生物体，如动物、植物、或微生物。在实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在实施例中，该受试者是人，包括成人和非成人(婴儿和儿童)。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物(例如，猴、猿)、有蹄类动物(例如，牛科动物，包括牛、水牛、野牛、绵羊、山羊、和麝牛；猪；骆驼科动物，包括骆驼、美洲驼、和羊驼；鹿，羚羊；和马科动物，包括马和驴)、肉食动物(例如，狗、猫)、啮齿动物(例如，大鼠、小鼠、豚鼠、仓鼠、松鼠)、或兔类动物(例如，兔子、野兔)。在实施例中，该受试者是鸟，如以下鸟类分类群的成员：鸡形目(例如鸡、火鸡、野鸡、鹌鹑)、雁形目(例如鸭、鹅)、古颚下纲(例如鸵鸟、鸸鹋)、鸽形目(例如鸽子、野鸽)、或鹦形目(例如鹦鹉)。在实施例中，该受试者是无脊椎动物，如节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、甲壳动物)、线虫、环节动物、蠕虫、或软体动物。在实施例中，该受试者是无脊椎动物农业有害生物或寄生在无脊椎动物或脊椎动物宿主上的无脊椎动物。在实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是真核藻类(单细胞或多细胞)。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。

植物和植物细胞是任何目的物种(包括双子叶植物和单子叶植物)的植物和植物细胞。目的植物包括行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。商业上重要的栽培作物、树木、和植物的实例包括：苜蓿(紫苜蓿(Medicago sativa))，杏仁(扁桃(Prunus dulcis))，苹果(栽培苹果(Malus xdomestica))，杏子(杏(Prunus armeniaca)，布里扬松杏(P.brigantine)，东北杏(P.mandshurica)，梅(P.mume)，西伯利亚杏(P.sibirica))，芦笋(asparagus)(芦笋(Asparagus officinalis))，香蕉(芭蕉属物种(Musa spp.))，大麦(barley)(大麦(Hordeum vulgare))，豆类(菜豆属物种(Phaseolus spp.))，蓝莓和蔓越莓(越橘属物种(Vaccinium spp.))，可可(cocao)(可可(Theobroma cacao))，卡诺拉和油菜籽或油菜(欧洲油菜(Brassica napus))，波兰卡诺拉(芜青(Brassica rapa))以及相关的十字花科蔬菜，包括西兰花，羽衣甘蓝，卷心菜，和萝卜(埃塞俄比亚芥(Brassica carinata)、芥菜(B.juncea)、甘蓝(B.oleracea)、甘蓝型油莱(B.napus)、黑芥(B.nigra)、和芜青(B.rapa)、以及这些的杂交体)，康乃馨(香石竹(Dianthus caryophyllus))，胡萝卜(胡萝卜(Daucuscarota sativus))，木薯(cassava)(木薯(Manihot esculentum))，樱桃(欧洲甜樱桃(Prunus avium))，鹰嘴豆(chickpea)(鹰嘴豆(Cicer arietinum))，菊苣(chicory)(菊苣(Cichoriumintybus))，红辣椒和其他辣椒属(capsicum)辣椒(辣椒(Capsicum annuum)，尖椒(C.frutescens)，中华辣椒(C.chinense)，绒毛辣椒(C.pubescens)，灯笼辣椒(C.baccatum))，菊花(菊属物种(Chrysanthemum spp.))，椰子(coconut)(椰子(Cocosnucifera))，咖啡(咖啡属物种(Coffea spp.)，包括小粒咖啡(Coffea arabica)和中粒咖啡(Coffea canephora))，棉花(陆地棉(Gossypium hirsutum L.))，豇豆(cowpea)(豇豆(Vigna unguiculata)和其他豇豆属物种(Vigna spp.))，蚕豆(fava bean)(蚕豆(Viciafaba))，黄瓜(cucumber)(黄瓜(Cucumis sativus))，红醋栗和醋栗(茶藨子属物种(Ribesspp.))，枣(海枣(Phoenix dactylifera))，浮萍(浮萍科(Lemnoideae))，茄子或矮瓜(茄(Solanummelongena))，桉树(桉属物种(Eucalyptus spp.))，亚麻(flax)(亚麻(Linumusitatissumum L.))，天竺葵(天竺葵属物种(Pelargonium spp.))，葡萄柚(grapefruit)(葡萄柚(Citrus x paradisi))，葡萄(grape)(葡萄属物种(Vitus spp.))，包括酿酒葡萄(酿酒用葡萄(Vitus vinifera)及其杂交体)，番石榴(guava)(番石榴(Psidiumguajava))，啤酒花(hops)(啤酒花(Humulus lupulus))，苎麻和大麻(cannabis)(大麻(Cannabis sativa)和大麻属物种(Cannabis spp.))，鸢尾花(鸢尾属物种(Iris spp.))，柠檬(lemon)(柠檬(Citrus limon))，生菜(莴苣(Lactuca sativa))，酸橙(柑橘属物种(Citrus spp.))，玉米(玉蜀黍(Zea mays L.))，芒果(芒果(Mangifera indica))，山竹(莽吉柿(Garcinia mangostana))，瓜(甜瓜(Cucumis melo))，小米(狗尾草属物种(Setariaspp.)、稗属物种(Echinochloa spp.)、穇属物种(Eleusine spp.)、黍属物种(Panicumspp.)、狼尾草属物种(Pennisetum spp.))，燕麦(oat)(燕麦(Avena sativa))，油棕(oilpalm)(油棕(Ellis quineensis))，橄榄(木犀榄(Olea europaea))，洋葱(onion)(洋葱(Allium cepa))和其他葱蒜类植物(葱属物种(Allium spp.))，橙(甜橙(Citrussinensis))，木瓜(番木瓜(Carica papaya))，桃子和油桃(碧桃(Prunus persica))，梨(梨属物种(Pyrus spp.))，豌豆(pea)(豌豆(Pisa sativum))，花生(落花生(Arachishypogaea))，牡丹(芍药属物种(Paeonia spp.))，矮牵牛(碧冬茄属物种(Petunia spp.))，菠萝(凤梨(Ananas comosus))，大蕉(芭蕉属物种)，李子(欧洲李(Prunus domestica))，圣诞红(一品红(Euphorbia pulcherrima))，白杨(杨属物种(Populus spp.))，马铃薯(马铃薯(Solanum tuberosum))，南瓜(pumpkin)和倭瓜(西葫芦(Cucurbita pepo)、笋瓜(C.maximus)、南瓜(C.moschata))，水稻(稻(Oryza sativa L.))，玫瑰(蔷薇属物种(Rosaspp.))，橡胶(橡胶树(Hevea brasiliensis))，黑麦(rye)(黑麦(Secale cereale))，红花(safflower)(红花(Carthamus tinctorius L))，芝麻籽(芝麻(Sesame indium))，高粱(sorghum)(高粱(Sorghum bicolor))，大豆(橹豆(Glycine max L.))，草莓(strawberry)(草莓属物种(Fragaria spp.)，草莓(Fragaria x ananassa))，甜菜(sugar beet)(甜菜(Beta vulgaris))，甘蔗(甘蔗属物种(Saccharum spp.))，向日葵(sunflower)(向日葵(Helianthus annuus))，甘薯(sweet potato)(甘薯(Ipomoea batatas))，橘子(福橘(Citrus tangerina))，茶(茶树(Camellia sinensis))，烟草(tobacco)(烟草(Nicotianatabacum L.))，番茄(tomato)(番茄(Solanum lycopersicum或Lycopersiconesculentum))，郁金香(郁金香属物种(Tulipa spp.))，核桃(胡桃属物种(Juglansspp.L.))，西瓜(watermelon)(西瓜(Citrullus lanatus))，小麦(普通小麦(Triticumaestivum))，和山药(薯蓣属物种(Discorea spp.))。

许多无脊椎动物被认为是有害生物，因为它们会破坏对人重要的资源，或在人、非人动物(特别是家畜)、或植物中引起或传播疾病。控制有害生物无脊椎动物的努力通常采用合成的化学物质，这些化学物质本身可能会因其毒性(包括对人和其他非靶标生物体，如有益的无脊椎动物)、缺乏特异性、在环境中的持久性、以及通过食物链转运而具有不希望的影响。

损害植物(特别是作为作物种植的驯化植物)的无脊椎农业有害生物包括但不限于节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、多足类)、线虫、扁形动物、和软体动物。重要的农业无脊椎有害生物包括以下昆虫的代表性有害生物：鞘翅目(甲虫)、双翅目(苍蝇)、鳞翅目(蝴蝶、飞蛾)、直翅目(蚱蜢、蝗虫)、缨翅目(蓟马)、和半翅目(椿象)、蛛形纲(如螨虫和蜱)，各种蠕虫(如线虫(蛔虫)和扁形动物(扁虫))，以及软体动物(如蛞蝓和蜗牛)。

农业昆虫有害生物的实例包括蚜虫、球蚜(adalgids)、根瘤蚜、潜叶虫、粉虱、毛虫(蝴蝶或蛾幼虫)、水蜡虫、介壳虫、蚱蜢、蝗虫、苍蝇、蓟马、蠼螋、臭虫、跳甲、象鼻虫、螟蛉虫、神枪手(sharpshooter)、根或茎蛀虫、叶蝉、潜叶虫、和蠓。重要的鳞翅目农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，小菜蛾(diamondback moth)(小菜蛾(Plutellaxylostella))，各种“螟蛉虫”(例如，棉铃虫属物种(Diparopsis spp.)、钻夜蛾属物种(Earias spp.)、铃虫属物种(Pectinophora spp.)、和铃夜蛾属物种(Helicoverpa spp.)，包括玉米穗虫(corn earworm)、谷实夜蛾(Helicoverpa zea)、和棉铃虫(棉铃虫(Helicoverpa armigera))，欧洲玉米蛀虫(玉米螟(Ostrinia nubilalis))，黑色切根虫(小地老虎(Agrotis ipsilon))，“粘虫”(例如，草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)、甜菜夜蛾(Spodoptera exigua)、海灰翅夜蛾(Spodoptera littoralis)、一星黏虫(Pseudaletia unipuncta))，玉米秆蛀虫(普通蛀茎夜蛾(Papaipema nebris))，豆白缘切根虫(菜豆白缘切根虫(Striacosta albicosta))，舞毒蛾(gypsy moth)(毒蛾属物种(Lymatria spp.))，菜青虫(Pieris rapae)，红铃麦蛾(Pectinophora gossypiella)，小桃翅蛾(Synanthedon exitiosa)，南瓜藤透翅蛾(Melittia cucurbitae)，苹果小卷蛾(Cydiapomonella)，梨小食心虫(Grapholita molesta)，印度谷斑螟(Plodia interpunctella)，大蜡螟(Galleria mellonella)，烟草天蛾(Manduca sexta)，番茄天蛾(Manducaquinquemaculata)，舞毒蛾(Lymantria dispar)，黄毒蛾(Euproctis chrysorrhoea)，粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)，甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)，梨豆夜蛾(Anticarsiagemmatalis)，大豆尺金夜蛾(Pseudoplusia includens)，菜豆小卷蛾(Epinotiaaporema)，烟芽夜蛾(Heliothis virescens)，三化螟(Scripophaga incertulus)，蛀茎夜蛾属物种(Sesamia spp.)，Buseola fusca，稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis)和二化螟(Chilo suppressalis)。重要的鞘翅目(甲虫)农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，马铃薯甲虫(Colorado potato beetle)(科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata))和其他金花虫属物种(Leptinotarsa spp.)，例如，伪马铃薯叶甲(L.juncta)(假马铃薯甲虫)、L.haldemani(霍尔德曼(Haldeman)绿色马铃薯甲虫)、膜苞菊叶甲(L.lineolata)(菊科灌木叶甲虫)、L.behrensi、L.collinsi、L.defecta、L.heydeni、蒺藜叶甲(L.peninsularis)、柔毛茄叶甲(L.rubiginosa)、胡颓子叶茄叶甲(L.texana)、蒺藜四条叶甲(L.tlascalana)、L.tumamoca、和L.typographica；“玉米根虫”和“黄瓜甲虫”，包括西方玉米根虫(玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera))、北方玉米根虫(Northern corn rootworm)(北方玉米根虫(D.barberi))、南方玉米根虫(十一星叶甲食根亚种(D.undecimpunctata howardi))、葫芦甲虫(南美叶甲(D.speciosa))、带状黄瓜甲虫(带纹黄瓜萤叶甲(D.balteata))、条纹黄瓜甲虫(带纹条叶甲(Acalymma vittatum))、和西部条纹黄瓜甲虫(西部黄瓜条叶甲(A.trivittatum))；“跳甲”，例如，蚤凹胫跳甲(Chaetocnema pulicaria)、条跳甲属物种(Phyllotreta spp.)、和蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)；“玉米种甲虫”，例如，玉米小蝼甲(Stenolophus lecontei)和玉米籽步甲(Clivinia impressifrons)；谷类叶甲虫(橙足负泥虫(Oulema melanopus))；日本甲虫(日本弧丽金龟(Popillia japonica))和其他“白蛴螬(white grubs)”，例如，鳃角金龟属物种(Phyllophaga spp.)、方头甲属物种(Cyclocephala spp.)；谷斑皮蠹(khaprabeetle)(谷斑皮蠹(Trogoderma granarium))；棕榈核小蠹(date stone beetle)(棕榈核小蠹(Coccotrypes dactyliperda))；棉铃象鼻虫(boll weevil)(棉铃象鼻虫(Anthonomusgrandis grandis))；蛀茎虫(Dectes stem borer)(蛀茎虫(Dectes texanus))；“线虫”“磕头虫”，例如，梳爪叩头虫属物种(Melanotus spp.)、小麦叩甲(Agriotes mancus)、和甜菜叩甲(Limonius dubitans)。重要的半翅目(椿象)农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，褐纹蝽(茶翅蝽(Halyomorpha halys))、绿蝽象(green stinkbug)(绿蝽(Chinaviahilaris))；象甲，例如，玉米长喙象(Sphenophorus maidis)；吹沫虫，例如，牧场沫蝉(meadow spittlebug)(长沫蝉(Philaenus spumarius))；叶蝉，例如，马铃薯叶蝉(苹果小绿叶蝉(Empoasca fabae))、甜菜叶蝉(beet leafhopper)(甜菜叶蝉(Circulifertenellus)、蓝绿神枪手(blue-green sharpshooter)(蓝绿叶蝉(Graphocephalaatropunctata))、玻璃翅神枪手(翅尖头叶蝉(Homalodisca vitripennis))、玉米叶蝉(maize leafhopper)(玉米叶蝉(Cicadulina mbila)、两斑叶蝉(two-spottedleafhopper)(双斑夜蛘(Sophonia rufofascia))、普通褐叶蝉(南斑叶蝉(Orosiusorientalis))、水稻绿叶蝉(黑尾叶蝉属物种(Nephotettix spp.))、和白苹果叶蝉(苹白小叶蝉(Typhlocyba pomaria))；蚜虫(例如，缢管蚜属物种(Rhopalosiphum spp.)、蚜虫属物种(Aphis spp.)、瘤蚜属物种(Myzus spp.))，葡萄根瘤蚜(grape phylloxera)(葡萄根瘤蚜(Daktulosphaira vitifoliae))和木虱，例如，亚洲柑橘木虱(柑桔木虱(Diaphorinacitri))、非洲柑橘木虱(African citrus psyllid)(柑桔木虱(Trioza erytreae))、马铃薯/番茄木虱(番茄木虱(Bactericera cockerelli))。重要农业有害生物的其他实例包括蓟马(例如，西方花蓟马(Frankliniella occidentalis)、麦花蓟马(F.tritici)、唐菖蒲简蓟马(Thrips simplex)、棕榈蓟马(T.palmi))；双翅目的成员，包括地种蝇属物种(Deliaspp.)、果蝇(例如，铃木氏果蝇(Drosophila suzukii)和其他果蝇属物种(Drosophilaspp.)、地中海实蝇(Ceratitis capitata)、果实蝇属物种(Bactrocera spp.))、潜叶虫(斑潜蝇属物种(Liriomyza spp.))和蠓(例如，黑森瘿蚊(Mayetiola destructor))。

造成农业损害的其他无脊椎动物包括以植物为食的螨虫，例如，两斑螨虫或红蜘蛛螨虫(二斑叶螨(Tetranychus urticae))和云杉蜘蛛螨虫(针叶小爪螨(Oligonychusunungui))；各种线虫或蛔虫，例如，根结线虫属物种(Meloidogyne spp.)，包括南方根结线虫(M.incognita)(南方根结)、象耳豆根结线虫(M.enterlobii)(番石榴根结)、爪哇根结线虫(M.javanica)(爪哇根结)、北方根结线虫(M.hapla)(北方根结)、和花生根结线虫(M.arenaria)(花生根结)，长针线虫属物种(Longidorus spp.)，滑刃线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，茎线虫属物种(Ditylenchus spp.)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)和其他球孢囊线虫属物种(Globodera spp.)，真珠线虫属物种(Nacobbusspp.)，异皮线虫属物种(Heterodera spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和其他伞滑刃线虫属物种(Bursaphelenchus spp.)，短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)，毛刺线虫属物种(Trichodorus spp.)，标记剑线虫(Xiphinema index)，异尾剑线虫(Xiphinema diversicaudatum)和其他剑线虫属物种(Xiphinema spp.)；以及蜗牛和蛞蝓(例如，颈蛞蝓属物种(Deroceras spp.)、褐色蛞蝓(Vaginulus plebius)、和Veronicaleydigi)。

有害生物无脊椎动物还包括破坏人造结构或食品储藏、或以其他方式造成滋扰的那些，例如，干木和地下白蚁、木蚁、象鼻虫(例如，三齿豆象属物种(Acanthoscelidesspp.)、瘤背豆象属物种(Callosobruchus spp.)、象鼻属物种(Sitophilus spp.))、面粉甲虫(赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、杂拟谷盗(Tribolium confusum))和其他甲虫(例如，药材甲(Stegobium paniceum)、谷斑皮蠹、锯谷盗属物种(Oryzaephilus spp.))、飞蛾(例如大蜡螟，其破坏蜂箱；印度谷斑螟(Plodia interpunctella)，地中海粉螟(Ephestiakuehniella)，谷蛾属物种(Tinea spp.)，幕谷蛾属物种(Tineola spp.))、蠹虫、和螨虫(例如，粗脚粉螨(Acarus siro)、粉尘螨(Glycophagus destructor)。

许多无脊椎动物被认为是人或兽的有害生物(如叮咬或寄生于人或其他动物的无脊椎动物)，并且许多是致病微生物(例如，细菌、病毒)的载体。这些的实例包括双翅目，如叮咬苍蝇和蠓(例如，白蛉属物种(Phlebotomus spp.)、罗蛉属物种(Lutzomyia spp.)、虻属物种(Tabanus spp.)、斑虻属物种(Chrysops spp.)、麻虻属物种(Haematopota spp.)、蚋属物种(Simulium spp.))和绿头苍蝇(螺旋锥蝇(screwworm flies))(例如，次生锥蝇(Cochliomyia macellaria)、美洲锥蝇(C.hominivorax)、C.aldrichi和C.minima(极小锥蝇)；还有红颜金蝇(Chrysomya rufifacies)和大头金蝇(Chrysomya megacephala)、采采蝇(舌蝇属物种(Glossina spp.))、肤蝇(人肤蝇(Dermatobia hominis)、皮蝇属物种(Dermatobia spp.))；蚊子(例如，伊蚊属物种(Aedes spp.)、按蚊属物种(Anophelesspp.)、库蚊属物种(Culex spp.)、脉毛蚊属物种(Culiseta spp.))；臭虫(例如，温带臭虫(Cimex lectularius)、热带臭虫(Cimex hemipterus))和“接吻虫”(锥猎蝽属物种(Triatoma spp.))；昆虫虱目(Phthiraptera)(吸虱和嚼虱，例如，人虱(Pediculushumanus)、耻阴虱(Pthirus pubis))和蚤目(Siphonaptera)(跳蚤，例如穿皮潜蚤(Tungapenetrans))的成员。寄生蛛形纲也包括重要的疾病载体；实例包括蜱(例如，肩突硬蜱(Ixodes scapularis)、太平洋硬蜱(Ixodes pacificus)、蓖子硬蜱(Ixodes ricinus)、Ixodes cookie、美洲花蜱(Amblyomma americanum)、海湾花蜱(Amblyomma maculatum)、变异革蜱(Dermacentor variabilis)、安氏革蜱(Dermacentor andersoni)、白纹革蜱(Dermacentor albipictus)、血红扇头蜱(Rhipicephalus sanguineus)、微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)、具环牛蜱(Rhipicephalus annulatus)、长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)、和璃眼蜱属物种(Hyalomma spp.))和螨虫，这些螨虫包括疥螨(人疥螨(Sarcoptes scabiei)和其他疥螨属物种(Sarcoptes spp.))、马痒螨(痒螨属物种(Psoroptes spp.))、恙螨(阿氏真恙螨(Trombicula alfreddugesi)、秋恙螨(秋恙螨))、蠕形螨(毛囊蠕形螨(Demodex folliculorum)、皮脂蠕形螨(Demodex brevis)、犬蠕形螨(Demodex canis))、蜂螨(例如，狄斯瓦蜂螨(Varroa destructor)、大蜂螨(Varroajacobosoni)和其他蜂螨属物种(Varroa spp.))、气管螨(武氏蜂盾螨(Acarapis woodi))和厉螨属物种(Tropilaelaps spp.)。可以感染人和/或非人动物的寄生虫包括外寄生虫(如水蛭(环节动物的一种类型))和内寄生虫，统称为“蠕虫”，其感染消化道、皮肤、肌肉、或其他组织或器官。蠕虫包括环节动物门(环形虫或节肢虫)、扁形动物门(扁虫，例如绦虫、吸虫)、线虫动物门(蛔虫)、和棘头动物门(Acanthocephala)(棘头虫)的成员。寄生线虫的实例包括人蛔虫(Ascaris lumbricoides)、蛔虫属物种(Ascaris spp.)、副蛔属物种(Parascaris spp.)、贝蛔属物种(Baylisascaris spp.)、马来丝虫(Brugia malayi)、帝纹丝虫(Brugia timori)、班氏丝虫(Wuchereria bancrofti)、罗阿丝虫(Loa loa)、卷尾丝虫(Mansonella streptocerca)、奥氏曼森线虫(Mansonella ozzardi)、常现丝虫(Mansonella perstans)、盘尾丝虫(Onchocerca volvulus)、犬恶丝虫(Dirofilariaimmitis)和其他恶丝虫属物种(Dirofilaria spp.)、麦地那龙线虫(Dracunculusmedinensis)、十二指肠钩虫(Ancylostoma duodenale)、锡兰钩口线虫(Ancyclostomacelanicum)、和其他钩虫属物种(Ancylostoma spp.)、美洲板口线虫(Necatoramericanus)和其他板口线虫属物种(Necator spp.)、管圆属物种(Angriostrongylusspp.)、狭头刺口钩虫(Uncinaria stenocephala)、牛仰口线虫(Bunostomumphlebotomum)、蠕形住肠蛲虫(Enterobius vermicularis)、格氏蛲虫(Enterobiusgregorii)和其他蛲虫属物种(Enterobius spp.)、粪类圆线虫(Strongyloidesstercoralis)、福氏类圆线虫(Strongyloides fuelleborni)、乳突类圆线虫(Strongyloides papillosus)、兰氏类圆线虫(Strongyloides ransomi)和其他类圆线虫属物种(Strongyloides spp.)、加利福尼亚吸吮线虫(Thelazia californiensis)、结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)、毛首鞭虫(Trichuris trichiura)、犬鞭虫(Trichurisvulpis)、旋毛虫(Trichinella spiralis)、布氏旋毛虫(Trichinella britovi)、纳氏旋毛虫(Trichinella nelson)、本地毛形线虫(Trichinella nativa)、犬弓蛔虫(Toxocaracanis)、猫蛔虫(Toxocara cati)、狮弓蛔虫(Toxascaris leonina)、班氏丝虫(Wuchereriabancrofti)、和捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)。寄生扁形动物的实例包括牛肉绦虫(Taenia saginata)、猪肉绦虫(Taenia solium)、多头绦虫(Taenia multiceps)、阔节裂头绦虫(Diphyllobothrium latum)、细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)、多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)、伏氏棘球绦虫(Echinococcus vogeli)、少节棘球绦虫(Echinococcus oligarthrus)、短膜壳绦虫(Hymenolepis nana)、缩小膜壳绦虫(Hymenolepis diminuta)、欧猥迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、埃及血吸虫(Schistosoma haematobium)、曼氏血吸虫(Schistosoma mansoni)、日本血吸虫(Schistosoma japonicum)、间插血吸虫(Schistosoma intercalatum)、湄公血吸虫(Schistosoma mekongi)、布氏姜片虫(Fasciolopis buski)、异形异形吸虫(Heterophyesheterophyes)、肝片吸虫(Fasciola hepatica)、大片吸虫(Fasciola gigantica)、华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)、Clonorchis vivirrini、支双腔吸虫(Dicrocoeliumdendriticum)、拟人腹盘吸虫(Gastrodiscoides hominis)、横川后殖吸虫(Metagonimusyokogawai)、结合次睾吸虫(Metorchis conjunctus)、麝猫后睾吸虫(Opisthorchisviverrine)、猫后睾吸虫(Opisthorchis felineus)、卫氏并殖吸虫(Paragonimuswestermani)、非洲并殖吸虫(Paragonimus africanus)、并殖吸虫属物种(Paragonimusspp.)、多刺棘口吸虫(Echinostoma echinatum)、和regenti毛毕吸虫(Trichobilharziaregenti)。

内寄生的原生动物无脊椎动物包括棘阿米巴属物种(Axanthamoeba spp.)、巴氏阿米巴(Balamuthia mandrillaris)、分歧巴贝斯虫(Babesia divergens)、双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)、马巴贝斯虫(Babesia equi)、微小巴贝斯虫(Babesia microfti)、邓肯巴贝斯虫(Babesia duncani)、结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli)、芽囊原虫属物种(Blastocystis spp.)、隐孢子虫属物种(Cryptosporidium spp.)、卡耶塔环孢子虫(Cyclospora cayetanensis)、脆双核阿米巴(Dientamoeba fragili)、溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)、贝氏等孢球虫(Isosporabelli)、利什曼虫属物种(Leishmania spp.)、福氏耐格里阿米巴(Naegleria fowleri)、恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(Plasmodium vivax)、三日疟原虫(Plasmodium malariae)、卵形疟原虫柯氏亚种(Plasmodium ovale curtisi)、卵形疟原虫沃氏亚种(Plasmodium ovale wallikeri)、诺氏疟原虫(Plasmodium knowlesi)、西伯氏鼻孢子虫(Rhinosporidium seeberi)、肉孢子虫属物种(Sarcosystis spp.)、刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)、阴道毛滴虫(Trichomonas vaginalis)、布氏锥虫(Trypanosomabrucei)、克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)。

如本文使用的，术语“治疗(treat或treating)”是指对受试者的疾病或障碍(例如，感染性疾病、癌症、中毒、或过敏反应)的预防性或治疗性治疗。治疗的效果可以包括如与没有治疗性治疗的情况下该疾病或障碍的状态和/或病症相比，逆转、减轻、降低疾病的严重程度，治愈疾病，抑制疾病的进展，降低该疾病、或该疾病或障碍的一种或多种症状或表现的复发的可能性，稳定(即，不恶化)该疾病或障碍的状态，和/或预防该疾病或障碍的传播。实施例包括治疗植物以控制由无脊椎动物有害生物或微生物(例如，细菌、真菌、卵菌、或病毒)病原体引起或与之相关的疾病或不利病症。实施例包括治疗植物以增加植物的先天防御或免疫能力以耐受有害生物或病原体压力。

如本文使用的，术语“终止元件”是终止环状或线性多核糖核苷酸中编码序列的翻译的部分，如核酸序列。

如本文使用的，术语“翻译效率”是从核糖核苷酸转录物产生蛋白质或肽的速率或量。在一些实施例中，翻译效率可以表示为给定量的编码蛋白或肽的转录物产生的蛋白质或肽的量，例如在给定的时间段内，例如在给定的翻译系统(例如像真核细胞的真核系统)中。

如本文使用的，术语“翻译起始序列”是在环状或线性多核糖核苷酸中起始编码序列的翻译的核酸序列。

如本文使用的，术语“治疗性多肽”是指当向受试者施用或在受试者中表达时提供一些治疗性益处的多肽。在实施例中，通过向受试者施用治疗性肽或通过在受试者中表达治疗性多肽，将治疗性多肽用于治疗或预防受试者的疾病、障碍、或病症。在替代性的实施例中，使治疗性多肽在细胞中表达，并且向受试者施用该细胞以提供治疗性益处。

如本文使用的，“载体”意指一段DNA，它是合成的(例如，使用PCR)，或取自外来DNA片段可以或已经插入其中用于克隆和/或表达目的的病毒、质粒、或高等生物体的细胞。在一些实施例中，载体可以稳定地维持在生物体中。载体可以包括例如复制的起点、可选择标志物或报告基因，如抗生素抗性或GFP、和/或多克隆位点(MCS)。该术语包括线性DNA片段(例如，PCR产物、线性化质粒片段)、质粒载体、病毒载体、粘粒、细菌人工染色体(BAC)、酵母人工染色体(YAC)等。在一个实施例中，本文提供的载体包括多克隆位点(MCS)。在另一实施例中，本文提供的载体不包括MCS。

从以下详细说明以及权利要求中，本发明的其他特征和优点将会是显而易见的。

附图说明

附图旨在说明本披露的一个或多个特征、方面或实施例，而非旨在进行限制。

图1是描绘设计示例性DNA构建体以产生连接酶相容的线性RNA以及后续通过在真核宿主细胞中使该连接酶相容的线性RNA与RNA连接酶接触而环化的示意图。

图2是描绘转录DNA构建体以产生连接酶相容的线性RNA和转录DNA构建体以产生RNA连接酶、以及后续通过在真核宿主细胞中使该连接酶相容的线性RNA与异源RNA连接酶接触而环化的示意图。

图3示出了RNA样品的PCR扩增，其表明在大肠杆菌中成功产生环化RNA。单个条带指示线性前体的表达和对预测的“单位长度”扩增子的正确核酶加工。阶梯样的图案指示环化，观察到较高分子量的条带，这表明由于在环化RNA分子周围扩增两次，导致两倍单位长度的扩增子。测试了两种构建体：min1(“单位长度”或核酶加工后的长度为275nt；两倍单位长度是550nt)和min2(“单位长度”是128nt；两倍单位长度是256nt)。泳道1：min1，体外转录，无连接酶。泳道2：min2，体外转录，无连接酶。泳道3：min1，体外转录，具有RtcB连接酶。泳道4：min2，体外转录，具有RtcB连接酶。泳道5：min1，在大肠杆菌中体内转录。泳道6：min2，在大肠杆菌中体内转录。

图4示出了在转化后6h和16h取样的经转化的玉米和鼠耳芥属(Arabidopsis)细胞的总RNA的RT-PCR分析。泳道1：用“min1”构建体转化的细胞(单位长度＝275nt；两倍单位长度＝550)。泳道2：用Nanoluc构建体转化的细胞。泳道3：用“min2”构建体转化的细胞(单位长度＝128nt；两倍单位长度＝256nt)。泳道1和3示出了特征性阶梯样条带图案，其指示线性RNA前体在体内成功环化。在来自用Nanoluc构建体转化的细胞的RNA中没有清楚地观察到阶梯样条带图案；二级结构预测指示这可能是由于在RNA的单链区处的核酸内切酶切割导致Nanoluc序列(823nt)和min2-ike序列的分离。参见实例18、19、20和28。

图5示出了来自转化的酵母(酿酒酵母)细胞的总RNA的RT-PCR分析。泳道1-4：经受RT和PCR的样品。泳道5-8：未经受RT的PCR样品(阴性对照)。泳道1和5：野生型酵母(阴性对照)。泳道2和6：用Nanoluc构建体转化的酵母。泳道3和7：用“min1”构建体转化的酵母。泳道4和8：用“min2”构建体转化的酵母。泳道3和4示出了特征性阶梯样条带图案，其指示线性RNA前体在体内成功环化。参见实例18、23和28。

图6示出了来自转化的SF9(草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda))昆虫细胞的总RNA的RT-PCR分析。泳道1-5：经受RT和PCR的样品。泳道6-10：未经受RT的PCR样品(阴性对照)。泳道1和6：未转染的SF9(阴性对照)。泳道2和7：用空杆粒载体转化的SF9细胞(阴性对照)。泳道3和8：用Nanoluc构建体转化的SF9细胞。泳道4和9：用“min1”构建体转化的SF9细胞。泳道5和10：用“min2”构建体转化的SF9细胞。泳道4和5示出了特征性阶梯样条带图案，其指示线性RNA前体在体内成功环化。参见实例18、25、26和28。

图7示出了来自转化的HeLa和HEK 293T(智人(Homo sapiens))人细胞的总RNA的RT-PCR分析。最左泳道：RNA大小阶梯。凝胶示出了如通过标签指示的每个DNA构建体的重复转化实验的样品。阴性对照分别是未转化的HeLa和HEK 293T细胞。来自用“min1”构建体或用“min2”构建体转化的HeLa或HEK 293T细胞的泳道示出了特征性阶梯样条带图案，其指示线性RNA前体在体内成功环化。参见实例18、27和28。

具体实施方式

总体来说，本披露提供了用于产生、纯化、和使用来自真核系统的环状RNA的组合物和方法。

多核苷酸

本披露的特点在于环状多核糖核苷酸组合物和制备环状多核糖核苷酸的方法。

在实施例中，环状多核糖核苷酸从线性多核糖核苷酸(例如，通过连接线性多核糖核苷酸的连接酶相容的末端)产生。在实施例中，线性多核糖核苷酸从多脱氧核糖核苷酸模板(例如，载体、线性化载体、或cDNA)转录。因此，本披露的特点在于可用于产生环状多核糖核苷酸的多脱氧核糖核苷酸、线性多核糖核苷酸、和环状多核糖核苷酸组合物。

模板多脱氧核糖核苷酸

本披露的特点在于用于制备环状RNA的多脱氧核糖核苷酸。该多脱氧核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的以下项：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶。在实施例中，该多脱氧核糖核苷酸包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。在实施例中，如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者通过间隔子序列隔开。图1提供了示例性模板多脱氧核糖核苷酸的设计。

在实施例中，该多脱氧核糖核苷酸是例如环状DNA载体、线性化DNA载体、或线性DNA(例如，(例如从DNA载体产生的)cDNA)。

在一些实施例中，该多脱氧核糖核苷酸进一步包括与编码本文所述的线性RNA的序列可操作地连接的RNA聚合酶启动子。在实施例中，该RNA聚合酶启动子与编码该线性RNA的序列是异源的。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP6病毒启动子、或SP3启动子。

在一些实施例中，该多脱氧核糖核苷酸包括多克隆位点(MCS)。

在一些实施例中，使用该多脱氧核糖核苷酸产生大小范围为约100至约20,000个核苷酸的环状RNA。在一些实施例中，该环状RNA的大小是至少100、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1,000、1,100、1,200、1,300、1,400、1,500、1,600、1,700、1,800、1,900、2,000、2,500、3,000、3,500、4,000、4,500、或5,000个核苷酸。在一些实施例中，该环状RNA的大小不多于20,000、15,000、10,000、9,000、8,000、7,000、6,000、5,000或4,000个核苷酸。

前体线性多核糖核苷酸

本披露的特点还在于以5'至3'方向可操作地连接的包括以下的线性多核糖核苷酸(例如，前体线性多核糖核苷酸)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；以及(E)3'自切割核酶。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以通过间隔子序列隔开，如本文所述。

在某些实施例中，本文提供了使用本文提供的多脱氧核糖核苷酸(例如，载体、线性化载体、或cDNA)作为模板(例如，本文提供的RNA聚合酶启动子置于编码线性RNA的区的上游的载体、线性化载体、或cDNA)通过在真核系统中进行转录(例如，体内转录)来生成前体线性RNA的方法。

图2是描绘用于从前体线性RNA产生环状RNA的示例性过程的示意图。例如，可以转录多脱氧核糖核苷酸模板以产生前体线性RNA。在表达时，在合适的条件下，并且不按特定的顺序，5'和3'自切割核酶各自经历切割反应，从而产生连接酶相容的末端(例如，5'-羟基和2',3'-环磷酸)并且5'和3'退火区使游离端靠近。因此，前体线性多核糖核苷酸产生连接酶相容的多核糖核苷酸，其可以被连接(例如，在连接酶存在下)以产生环状多核糖核苷酸。

连接酶相容的线性多核糖核苷酸

本披露的特点还在于以5'至3'方向可操作地连接的包括以下的线性多核糖核苷酸(例如，连接酶相容的线性多核糖核苷酸)：(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；以及(D)3'退火区。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(B)、(C)和(D)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，如本文所述，任何元件(B)、(C)和/或(D)可以通过间隔子序列隔开。

在一些实施例中，该连接酶相容的线性多核糖核苷酸包括游离的5’-羟基基团。在一些实施例中，该连接酶相容的线性多核糖核苷酸包括游离的2’,3’-环磷酸。

在一些实施例中，并且在合适的条件下，3'退火区和5'退火区促进游离的3'和5'端的缔合(例如，通过导致热力学有利的缔合的部分或完全互补，例如杂交)。

在一些实施例中，在5'端处的游离的羟基与在3'端处的游离的2',3'-环磷酸的靠近有利于通过连接酶识别进行识别，从而改善环化的效率。

环状多核糖核苷酸

在一些实施例中，本披露提供了环状RNA。

在一些实施例中，该环状RNA包括第一退火区、多核苷酸负载物、和第二退火区。在一些实施例中，该第一退火区与该第二退火区连接，从而形成环状多核糖核苷酸。

在一些实施例中，该环状RNA通过本文所述的多脱氧核糖核苷酸模板、前体线性RNA、和/或连接酶相容的线性RNA产生(参见例如，图2)。在一些实施例中，该环状RNA通过本文所述的任一方法产生。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸是至少约20个核苷酸、至少约30个核苷酸、至少约40个核苷酸、至少约50个核苷酸、至少约75个核苷酸、至少约100个核苷酸、至少约200个核苷酸、至少约300个核苷酸、至少约400个核苷酸、至少约500个核苷酸、至少约1,000个核苷酸、至少约2,000个核苷酸、至少约5,000个核苷酸、至少约6,000个核苷酸、至少约7,000个核苷酸、至少约8,000个核苷酸、至少约9,000个核苷酸、至少约10,000个核苷酸、至少约12,000个核苷酸、至少约14,000个核苷酸、至少约15,000个核苷酸、至少约16,000个核苷酸、至少约17,000个核苷酸、至少约18,000个核苷酸、至少约19,000个核苷酸或至少约20,000个核苷酸。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸具有足够的大小以容纳核糖体的结合位点。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸的大小是足以编码有用的多肽的长度，例如，至少20,000个核苷酸、至少15,000个核苷酸、至少10,000个核苷酸、至少7,500个核苷酸、至少5,000个核苷酸、至少4,000个核苷酸、至少3,000个核苷酸、至少2,000个核苷酸、至少1,000个核苷酸、至少500个核苷酸、至少1400个核苷酸、至少300个核苷酸、至少200个核苷酸、或至少100个核苷酸。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括一个或多个本文其他处所述的元件。在一些实施例中，这些元件可以通过间隔子序列彼此隔开。在一些实施例中，这些元件可以被1个核糖核苷酸、2个核苷酸、约5个核苷酸、约10个核苷酸、约15个核苷酸、约20个核苷酸、约30个核苷酸、约40个核苷酸、约50个核苷酸、约60个核苷酸、约80个核苷酸、约100个核苷酸、约150个核苷酸、约200个核苷酸、约250个核苷酸、约300个核苷酸、约400个核苷酸、约500个核苷酸、约600个核苷酸、约700个核苷酸、约800个核苷酸、约900个核苷酸、约1000个核苷酸、最多约1kb、至少约1000个核苷酸、或其间任意量的核苷酸彼此分开。在一些实施例中，一个或多个元件彼此邻接，例如，缺少间隔子元件。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸可以包括一个或多个本文其他处所述的重复元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个本文其他处所述的修饰。在一个实施例中，环状RNA含有至少一个核苷修饰。在一个实施例中，高达100％的环状RNA的核苷被修饰。在一个实施例中，至少一个核苷修饰是尿苷修饰或腺苷修饰。

作为其环化的结果，环状多核糖核苷酸可能包括某些使其区别于线性RNA的特征。例如，如与线性RNA相比，环状多核糖核苷酸较不易被核酸外切酶降解。这样，环状多核糖核苷酸比线性RNA更稳定，尤其是在核酸外切酶存在下孵育时。环状多核糖核苷酸与线性RNA相比的增加的稳定性使得环状多核糖核苷酸作为产生多肽的细胞转化试剂更加有用，并且与线性RNA相比，存储更容易且时间更长。可以使用本领域标准的方法测试用核酸外切酶处理的环状多核糖核苷酸的稳定性，这些方法确定是否已经发生RNA降解(例如，通过凝胶电泳)。此外，与线性RNA不同，当环状多核糖核苷酸与磷酸酶(如小牛肠磷酸酶)一起孵育时，环状多核糖核苷酸较不易去磷酸化。

核酶

本文所述的多核苷酸组合物可包括一种或多种自切割核酶，例如本文所述的一种或多种自切割核酶。核酶是催化RNA或RNA的催化区。自切割核酶是能够催化在核酶序列自身内的核苷酸位点处或在核酶序列自身的末端处发生的切割反应的核酶。

示例性自切割核酶是本领域已知的和/或在本文中提供。示例性自切割核酶包括锤头状、发夹状、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。另外的示例性自切割核酶在下文描述。在一些实施例中，该5'自切割核酶是锤头状核酶。

在一些实施例中，本披露的多核糖核苷酸包括第一(例如，5')自切割核酶。在一些实施例中，该核酶选自本文所述的任一核酶。在一些实施例中，本披露的多核糖核苷酸包括第二(例如，3')自切割核酶。在一些实施例中，该核酶选自本文所述的任一核酶。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享至少80％、85％、90％、95％、98％、或99％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶来自相同的自切割核酶家族。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享100％的序列同一性。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享低于100％、99％、95％、90％、85％、或80％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶并非来自相同的自切割核酶家族。

在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割产生在对应的线性多核糖核苷酸上的游离的5'-羟基残基。在一些实施例中，该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该3'自切割核酶的切割产生在对应的线性多核糖核苷酸上的游离的3'-羟基残基。在一些实施例中，该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

以下是本披露考虑的示例性自切割核酶。该列表不应被视为限制本披露的范围。

使用RFam鉴定以下自切割核酶家族。RFam是公共数据库，其含有对非编码RNA元件和序列的广泛注释，并且原则上是管理蛋白家族成员的PFam数据库的RNA类似物。RFam数据库的区别性特征在于结合一级序列信息，RNA二级结构是家庭成员的主要预测因子。非编码RNA基于从共同的祖先的进化分为多个家族。这些进化关系通过以下来确定：为推定的RNA家族建立共有的二级结构，然后执行专门版本的多序列比对。

扭转：扭转核酶(例如，扭转P1、P5、P3)被认为是小型自切割核酶家族的成员，该家族包括锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒(HDV)核酶、Varkud卫星(VS)核酶、和glmS核酶。扭转核酶产生2',3'-环磷酸和5'羟基产物。对于扭转P1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03160；对于扭转P3核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03154；并且对于扭转P5核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02684。

扭转姐妹：twister姐妹核酶(TS)是与扭转核酶家族具有结构相似性的自切割核酶。催化产物是环2',3'磷酸和5'-羟基基团。对于扭转姐妹核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02681。

斧头：斧头核酶是通过生物信息学分析发现的自切割核酶。对于斧头核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02678。

HDV：丁型肝炎病毒(HDV)核酶是丁型肝炎病毒中的自切割核酶。对于HDV核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00094。

手枪核酶：手枪核酶是自切割核酶。手枪核酶是通过比较基因组分析发现的。通过质谱法发现产物含有5'-羟基和2',3'-环磷酸官能团。对于手枪核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02679。

HHR 1型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HHR 1型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00163。

HHR 2型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HHR 2型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02276。

HHR 3型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。这些RNA结构基序遍布自然界。对于HHR 3型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00008。

HH9：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HH9核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02275。

HH10：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HH10核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02277。

glmS：氨基葡萄糖-6-磷酸核糖开关核酶(glmS核酶)是驻留在glmS基因的mRNA转录物的5'非翻译区(UTR)中的RNA结构。对于glmS核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00234。

GIR1：套索加帽(Lariat capping)核酶(以前称为GIR1分支核酶)是与组I核酶具有明显的相似之处的约180nt的核酶。对于GIR1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01807。

CPEB3：哺乳动物CPEB3核酶是位于CPEB3基因的第二内含子中的自切割非编码RNA。对于CPEB核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00622。

drz-Agam 1和drz-Agam 2：drz-Agam-1和drz-Agam 2核酶是通过使用限制性结构描述符发现的，并且与HDV和CPEB3核酶非常相似。对于drz-Agam 1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01787，并且对于drz-Agam 2核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01788。

发夹：发夹状核酶是可以充当核酶的一小部分RNA。与锤头状核酶相似，它见于植物病毒的RNA卫星中。对于发夹状核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00173。

RAGATH-1：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03152。

RAGATH-5：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-5核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02685。

RAGATH-6：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-6核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02686。

RAGATH-13：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-13核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02688。

在一些实施例中，自切割核酶是本文所述的核酶(例如来自本文所述的类别)、或其催化活性片段或部分。在一些实施例中，核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％相同的序列、或其对应的RNA等同物。在一些实施例中，自切割核酶是本文所述的核酶(例如来自本文所述的类别)、或其催化活性片段或部分。在一些实施例中，核酶包括与SEQ ID NO:38-585中的任一者至少95％、96％、97％、98％、或99％相同的序列、或其对应的RNA等同物。在一些实施例中，核酶包括SEQ ID NO:38-585中的任一者的序列。在实施例中，自切割核酶是SEQ ID NO:38-585中的任一者的核酶的片段、或其对应的RNA等同物，例如，含有完整核酶序列的至少20个邻接核苷酸(例如，至少20、25、30、35、40、45、50、55、或60个邻接核苷酸)并且具有完整核酶的至少30％(例如，至少约30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％)的催化活性的片段。在一些实施例中，核酶包括SEQ ID NO:38-585中的任一者的催化区(例如，能够自切割的区域)、或其对应的RNA等同物，其中该区域的长度是至少10个核苷酸、20个核苷酸、30个核苷酸、40个核苷酸、或50个核苷酸，或该区域在10-200个核苷酸、10-100个核苷酸、10-50个核苷酸、10-30个核苷酸、10-200个核苷酸、20-100个核苷酸、20-50个核苷酸、20-30个核苷酸之间。

退火区

本文所述的多核苷酸组合物可包括两个或更多个退火区，例如本文所述的两个或更多个退火区。退火区或退火区对是含有具有在合适的条件下促进杂交的高度互补性的部分的那些。

退火区包括至少下文所述的互补区。该互补区的高度互补性促进退火区对的缔合。在第一退火区(例如，5'退火区)位于或接近线性RNA的5'端并且第二退火区(例如，3'退火区)位于或接近线性RNA的3'端的情况下，这些退火区的缔合使5'和3'末端靠近。在一些实施例中，这种缔合有利于通过5'和3'端的连接使线性RNA环化。

在实施例中，退火区进一步包括如下文所述的非互补区。可以将非互补区添加至互补区以允许RNA的末端保持灵活性、非结构化、或与互补区相比更少结构化。灵活和/或单链的游离的5'和3'端的可用性支持连接，并因此支持环化效率。

在一些实施例中，每个退火区包括2至100个核糖核苷酸(例如，5至80、5至50、5至30、5至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该5'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至100、2至80、2至50、2至30、2至20、5至100、5至80、5至50、5至30、5至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至100、2至80、2至50、2至30、2至20、5至100、5至80、5至50、5至30、5至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。

互补区

互补区是在合适的条件下有利于与对应的互补区缔合的区。例如，一对互补区可以共享高度的序列互补性(例如，第一互补区至少部分是第二互补区的反向互补物)。当两个互补区缔合(例如，杂交)时，它们可以形成高度结构化的二级结构，如茎或茎环。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸包括5'互补区和3'互补区。在一些实施例中，该5'退火区包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的5'互补区；并且该3'退火区包括具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个)的3'互补区。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有在50％与100％之间的序列互补性(例如，在60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％之间、或100％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol(例如，低于-10kcal/mol、低于-20kcal/mol、或低于-30kcal/mol)的结合自由能。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃、至少15℃、至少20℃、至少30℃、至少40℃、至少50℃、至少60℃、至少70℃、至少80℃、或至少90℃的结合Tm。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区包括至少一个但不多于10个错配，例如10、9、8、7、6、5、4、3、或2个错配，或1个错配(即，当该5'互补区和该3'互补区相互杂交时)。例如，错配可以是5'互补区中的核苷酸和3'互补区中的核苷酸彼此相对(即，当该5'互补区和该3'互补区杂交时)但不形成沃森-克里克(Watson-Crick)碱基对。例如，错配可以是在5'互补区或3'互补区形成扭结或凸起的未配对的核苷酸。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区不包括任何错配。

非互补区

非互补区是在合适的条件下不利于与对应的非互补区缔合的区。例如，一对非互补区可以共享低度的序列互补性(例如，第一非互补区不是第二非互补区的反向互补物)。当两个非互补区靠近时，它们不形成高度结构化的二级结构，如茎或茎环。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸包括5'非互补区和3'非互补区。在一些实施例中，该5'非互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'非互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。

在一些实施例中，该5'非互补区位于该5'互补区的5'(例如，在该5'自切割核酶与该5'互补区之间)。在一些实施例中，该3'非互补区位于该3'互补区的3'(例如，在该3'互补区与该3'自切割核酶之间)。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性(例如，在0％-40％、0％-30％、0％-20％、0％-10％之间、或0％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于10℃的结合Tm。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个错配。

多核糖核苷酸负载物

本文所述的多核糖核苷酸负载物包括含有至少一个多核糖核苷酸的任何序列。

例如，多核糖核苷酸负载物可以包括至少约40个核苷酸、至少约50个核苷酸、至少约75个核苷酸、至少约100个核苷酸、至少约200个核苷酸、至少约300个核苷酸、至少约400个核苷酸、至少约500个核苷酸、至少约1,000个核苷酸、至少约2,000个核苷酸、至少约5,000个核苷酸、至少约6,000个核苷酸、至少约7,000个核苷酸、至少约8,000个核苷酸、至少约9,000个核苷酸、至少约10,000个核苷酸、至少约12,000个核苷酸、至少约14,000个核苷酸、至少约15,000个核苷酸、至少约16,000个核苷酸、至少约17,000个核苷酸、至少约18,000个核苷酸、至少约19,000个核苷酸、或至少约20,000个核苷酸。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括1-20,000个核苷酸、1-10,000个核苷酸、1-5,000个核苷酸、100-20,000个核苷酸、100-10,000个核苷酸、100-5,000个核苷酸、500-20,000个核苷酸、500-10,000个核苷酸、500-5,000个核苷酸、1,000-20,000个核苷酸、1,000-10,000个核苷酸、或1,000-5,000个核苷酸。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个编码(或表达)序列，其中每个编码序列编码多肽。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个非编码序列。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物完全由一个或多个非编码序列组成。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码(或表达)序列和非编码序列的组合。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括单个编码序列的多个拷贝(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个)。例如，该多核糖核苷酸可包括编码单个蛋白质的序列的多个拷贝。在其他实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或多于10个)不同的编码序列中每个编码序列的至少一个拷贝(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个拷贝)。例如，该多核苷酸负载物可以包括第一编码序列的两个拷贝和第二编码序列的三个拷贝。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括至少一个非编码序列的一个或多个拷贝。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括至少一个调节RNA，例如至少一个选自由以下组成的组的RNA：微小RNA(miRNA)或miRNA前体(参见例如，美国专利号8,395,023、8,946,511、8,410,334或10,570,414)、微小RNA识别位点(参见例如，美国专利号8,334,430或10,876,126)、小干扰RNA(siRNA)或siRNA前体(如但不限于形成RNA发夹或RNA茎环或RNA茎的RNA序列)(参见例如，美国专利号8,404,927或10,378,012)、小RNA识别位点(参见例如，美国专利号9,139,838)、反式作用siRNA(ta-siRNA)或ta-siRNA前体(参见例如，美国专利号8,030,473)、相位sRNA或相位RNA前体(参见例如，美国专利号8,404,928)、相位sRNA识别位点(参见例如，美国专利号9,309,512)、miRNA诱饵(参见例如，美国专利号8,946,511或10,435,686)、miRNA切割阻断剂(参见例如，美国专利号9,040,774)、顺式作用核糖开关、反式作用核糖开关、和核酶；所有这些引用的美国专利都以其全文并入本文。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括与靶序列(例如，由信使RNA编码或由受试者基因组的DNA编码的靶序列)互补或反义的RNA序列；这种RNA序列可用于例如通过沃森-克里克碱基配对识别靶序列并与靶序列结合。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括单个非编码序列的多个拷贝(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个)。例如，该多核糖核苷酸可以包括编码单个微小RNA前体的序列的多个拷贝或指导RNA序列的多个拷贝。在其他实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或多于10个)不同的非编码序列中每个非编码序列的至少一个拷贝(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个拷贝)。在一个实例中，该多核苷酸负载物包括第一非编码序列的两个拷贝和第二非编码序列的三个拷贝。在另一实例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个不同miRNA前体中的每个miRNA前体的至少一个拷贝。在另一实例中，该多核糖核苷酸负载物包括(a)与靶序列互补或反义的RNA序列，和(b)核酶或适配体。

在一些实施例中，如本文所述制备的环状多核糖核苷酸在疗法和/或农业中用作效应子。多核糖核苷酸可包括编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在受试者中表达的核苷酸序列的RNA序列。例如，可以向受试者施用通过本文所述的方法(例如，本文所述的真核方法)制备的环状多核糖核苷酸(例如，在药物、兽用、或农业组合物中)。在另一实例中，可以将通过本文所述的方法(例如，本文所述的真核方法)制备的环状多核糖核苷酸递送至细胞。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括如国际专利公开号WO 2019/118919(通过引用以其全文特此并入本文)中披露的任何特征或特征的任何组合。

多肽编码序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个编码序列，其中每个编码序列编码多肽。在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个编码序列。

每个编码的多肽可以是直链或支链的。多肽的长度可以是从约5个至约40,000个氨基酸、约15个至约35,000个氨基酸、约20个至约30,000个氨基酸、约25个至约25,000个氨基酸、约50个至约20,000个氨基酸、约100个至约15,000个氨基酸、约200个至约10,000个氨基酸、约500个至约5,000个氨基酸、约1,000至约2,500个氨基酸、或其间的任何范围。在一些实施例中，多肽具有以下长度可能是有用的：少于约40,000个氨基酸、少于约35,000个氨基酸、少于约30,000个氨基酸、少于约25,000个氨基酸、少于约20,000个氨基酸、少于约15,000个氨基酸、少于约10,000个氨基酸、少于约9,000个氨基酸、少于约8,000个氨基酸、少于约7,000个氨基酸、少于约6,000个氨基酸、少于约5,000个氨基酸、少于约4,000个氨基酸、少于约3,000个氨基酸、少于约2,500个氨基酸、少于约2,000个氨基酸、少于约1,500个氨基酸、少于约1,000个氨基酸、少于约900个氨基酸、少于约800个氨基酸、少于约700个氨基酸、少于约600个氨基酸、少于约500个氨基酸、少于约400个氨基酸、少于约300个氨基酸、或更少。

本文包括的多肽可以包括天然存在的多肽或非天然存在的多肽。在一些情况下，该多肽可以是参考多肽的功能性片段或变体(例如，酶的酶解活性片段或变体)。例如，该多肽可以是本文所述的任一多肽的功能活性变体，例如在指定区域或整个序列上与本文所述的多肽或天然存在的多肽的序列具有至少70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性。在一些情况下，多肽可以与目的蛋白具有至少50％(例如，至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、99％、或更大)同一性。

多肽的一些实例包括但不限于荧光标签或标志物、抗原、治疗性多肽、或用于农业应用的多肽。

治疗性多肽可以是激素、神经递质、生长因子、酶(例如，氧化还原酶、代谢酶、线粒体酶、加氧酶、脱氢酶、不依赖ATP的酶、溶酶体酶、去饱和酶)、细胞因子、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、Fc融合蛋白、抗凝剂、血液因子、骨形态发生蛋白、干扰素、白细胞介素、和溶栓剂。

在一些情况下，环状多核糖核苷酸表达非人蛋白。

用于农业应用的多肽可以是细菌素、溶素、抗微生物多肽、抗真菌多肽、富含结节C的肽、细菌细胞调节肽、肽毒素、杀有害生物多肽(例如，杀昆虫多肽和/或杀线虫多肽)、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、酶(例如，核酸酶、淀粉酶、纤维素酶、肽酶、脂肪酶、几丁质酶)、肽信息素、和转录因子。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体，例如抗体片段或其一部分。在一些实施例中，由环状多核糖核苷酸表达的抗体可以是任何同种型的，如IgA、IgD、IgE、IgG、IgM。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一部分，如轻链、重链、Fc片段、CDR(互补决定区)、Fv片段、或Fab片段、其另外的部分。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一个或多个部分。例如，环状多核糖核苷酸可以包括多于一个编码序列，其中每一个表达抗体的一部分，并且其总和可以构成抗体。在一些情况下，环状多核糖核苷酸包括一个编码抗体重链的编码序列和另一个编码抗体轻链的编码序列。在一些情况下，当环状多核糖核苷酸在细胞(例如，真核细胞)环境中表达时，轻链和重链可以经受适当的修饰、折叠或其他翻译后修饰以形成功能性抗体。

在实施例中，多肽包括多个多肽，例如，一个多肽序列的多个拷贝、或多个不同的多肽序列。在实施例中，多个多肽通过接头氨基酸或间隔氨基酸连接。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码信号肽的序列。已经描述了许多信号肽序列，例如，Tat(双精氨酸易位)信号序列典型地是含有共有SRRxFLK“双精氨酸”基序的N末端肽序列，其用于将含有这种Tat信号肽的折叠蛋白易位跨过脂质双层。还参见例如，可在www[dot]signalpeptide[dot]de上公开获得的信号肽数据库(Signal Peptide Database)。信号肽也可用于将蛋白质导向特定的细胞器；参见例如，在Spdb信号肽数据库中披露的实验确定的和计算预测的信号肽，其可在proline[dot]bic[dot]nus[dot]edu[dot]sg/spdb公开获得。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码细胞穿透肽(CPP)的序列。已经描述了数百个CPP序列；参见例如，细胞穿透肽的数据库CPPsite，其可在crdd[dot]osdd[dot]net/raghava/cppsite/上公开获得。常用的CPP序列的实例是可以融合到CGI肽的C末端的聚精氨酸序列，例如八精氨酸或九精氨酸。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码自组装肽的序列；参见例如，Miki等人(2021)Nature Communications[自然通讯],21:3412,DOI:10.1038/s41467-021-23794-6。

治疗性多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码治疗性多肽的编码序列。治疗性多肽是当向受试者施用或在受试者中表达时提供一些治疗性益处的多肽。向受试者施用或在受试者中表达治疗性多肽可用于治疗或预防疾病、障碍、或病症或其症状。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种治疗性多肽。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码治疗性蛋白的编码序列。所述蛋白质可以治疗有需要的受试者的疾病。在一些实施例中，治疗性蛋白可补偿有需要的受试者中突变的、表达不足的、或缺少的蛋白。在一些实施例中，治疗性蛋白可靶向有需要的受试者中的细胞、组织或病毒，与有需要的受试者中的细胞、组织或病毒相互作用或结合。

治疗性多肽可以是可从细胞分泌或定位于细胞的细胞质、细胞核或膜区室的多肽。

治疗性多肽可以是激素、神经递质、生长因子、酶(例如，氧化还原酶、代谢酶、线粒体酶、加氧酶、脱氢酶、不依赖ATP的酶、溶酶体酶、去饱和酶)、细胞因子、转录因子、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、Fc融合蛋白、抗凝剂、血液因子、骨形态发生蛋白、干扰素、白细胞介素、溶栓剂、抗原(例如，肿瘤、病毒、或细菌抗原)、核酸酶(例如核酸内切酶，如Cas蛋白，例如Cas9)、膜蛋白(例如，嵌合抗原受体(CAR)、跨膜受体、G蛋白偶联受体(GPCR)、受体酪氨酸激酶(RTK)、抗原受体、离子通道、或膜转运蛋白)、分泌蛋白、基因编辑蛋白(例如，CRISPR-Cas、TALEN、或锌指)、或基因书写蛋白(参见例如，国际专利申请公开WO/2020/047124，将其通过引用以其全文并入本文)。

在一些实施例中，治疗性多肽是抗体，例如，全长抗体、抗体片段、或其一部分。在一些实施例中，由环状多核糖核苷酸表达的抗体可以是任何同种型的，如IgA、IgD、IgE、IgG、IgM。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一部分，如轻链、重链、Fc片段、CDR(互补决定区)、Fv片段、或Fab片段、其另外的部分。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一个或多个部分。例如，环状多核糖核苷酸可以包括多于一个编码序列，其中每一个表达抗体的一部分，并且其总和可以构成抗体。在一些情况下，环状多核糖核苷酸包括一个编码抗体重链的编码序列和另一个编码抗体轻链的编码序列。当环状多核糖核苷酸在细胞中表达时，轻链和重链可以经受适当的修饰、折叠或其他翻译后修饰以形成功能性抗体。

在一些实施例中，如本文所述制备的环状多核糖核苷酸在疗法和/或农业中用作效应子。例如，可以向受试者施用通过本文所述的方法(例如，本文所述的无细胞的方法)制备的环状多核糖核苷酸(例如，在药物、兽用、或农业组合物中)。在实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在实施例中，该受试者是人。在实施例中，该方法受试者是非人哺乳动物。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物(例如，猴、猿)、有蹄类动物(例如，牛、水牛、绵羊、山羊、猪、骆驼、美洲驼、羊驼、鹿、马、驴)、肉食动物(例如，狗、猫)、啮齿动物(例如，大鼠、小鼠)、或兔类动物(例如，兔)。在实施例中，该受试者是鸟，如以下鸟类分类群的成员：鸡形目(例如鸡、火鸡、野鸡、鹌鹑)、雁形目(例如鸭、鹅)、古颚下纲(例如鸵鸟、鸸鹋)、鸽形目(例如鸽子、野鸽)、或鹦形目(例如鹦鹉)。在实施例中，该受试者是无脊椎动物，如节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、甲壳动物)、线虫、环节动物、蠕虫、或软体动物。在实施例中，该受试者是无脊椎动物农业有害生物或寄生在无脊椎动物或脊椎动物宿主上的无脊椎动物。在实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是真核藻类(单细胞或多细胞)。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。

植物修饰多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码植物修饰多肽的编码序列。植物修饰多肽是指能以导致植物适应度提高或降低的方式改变植物的遗传特性(例如，增加基因表达、减少基因表达或以其他方式改变DNA或RNA的核苷酸序列)、表观遗传特性、或生理或生物化学特性的多肽。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种不同的植物修饰多肽，或一种或多种植物修饰多肽的多个拷贝。植物修饰多肽可以增加多种植物的适应度，或者可以是靶向一种或多种特定植物(例如植物的特定物种或属)的植物修饰多肽。

本文可用的多肽的实例可以包括酶(例如，代谢重组酶、解旋酶、整合酶、RNA酶、DNA酶、或泛素化蛋白)、成孔蛋白、信号传导配体、细胞穿透肽、转录因子、受体、抗体、纳米抗体、基因编辑蛋白(例如，CRISPR-Cas核酸内切酶、TALEN、或锌指)、基因书写蛋白(参见例如，国际专利申请公开WO/2020/047124，将其通过引用以其全文并入本文)、核糖蛋白、蛋白适配体、或伴侣蛋白。

农业多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码农业多肽的编码序列。农业多肽是适合于农业用途的多肽。在实施例中，将农业多肽应用于植物或种子(例如，通过叶面喷雾、喷粉、注射、或种子包衣)或应用于植物的环境(例如，通过土壤浸透或颗粒土壤应用)，导致植物的适应度改变。农业多肽的实施例包括改变寄宿于植物或非人动物宿主中或寄宿于其上的一种或多种微生物的水平、活性或代谢的多肽，该改变导致该宿主的适应度提高。在一些实施例中，该农业多肽是植物多肽。在一些实施例中，农业多肽是昆虫多肽。在一些实施例中，当与非人脊椎动物、无脊椎动物、微生物、或植物细胞接触时，农业多肽具有生物学作用。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种农业多肽，或一种或多种农业多肽的多个拷贝。

可用于农业应用的多肽的实施例包括例如细菌素、溶素、抗微生物肽、富含结节C的肽、和细菌性细胞调节肽。此类多肽可用于改变靶微生物的水平、活性或代谢以提高昆虫(如，蜜蜂和蚕)的适应度。农业上有用的多肽的实施例包括肽毒素，如由昆虫病原细菌(例如，苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、发光杆菌(Photorhabdus luminescens)、嗜虫沙雷氏菌(Serratia entomophila)或嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus nematophila))天然产生的那些，如本领域中已知的。农业上有用的多肽的实施例包括用于控制农业上重要的有害生物或病原体的多肽(包括小肽，如环二肽或二酮哌嗪)，例如用于控制植物疾病的抗微生物多肽或抗真菌多肽，或用于控制无脊椎有害生物(如昆虫或线虫)的杀有害生物多肽(例如，杀昆虫多肽和/或杀线虫多肽)。农业上有用的多肽的实施例包括抗体、纳米抗体、及其片段，例如，保留完整抗体或纳米抗体的至少一些(例如，至少10％)特异性结合活性的抗体或纳米抗体片段。农业上有用的多肽的实施例包括转录因子，例如，植物转录因子；参见例如，列出了在模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)中鉴定的转录因子家族的“AtTFDB”数据库，其可在agris-knowledgebase[dot]org/AtTFDB/上公开获得。农业上有用的多肽的实施例包括核酸酶，例如，外切核酸酶或内切核酸酶(例如，Cas核酸酶，如Cas9或Cas12a)。农业上有用的多肽的实施例进一步包括细胞穿透肽、酶(例如，淀粉酶、纤维素酶、肽酶、脂肪酶、几丁质酶)、肽信息素(例如，酵母交配信息素、无脊椎动物繁殖和幼虫信号传导信息素，参见例如Altstein(2004)Peptides[肽],25:1373-1376)。

农业上有用的多肽的实施例赋予有益的农艺性状，例如除草剂耐受性，昆虫控制，改良的产率，增加的真菌或卵菌病抗性，增加的病毒抗性，增加的线虫抗性，增加的细菌疾病抗性、植物生长和发育，改良的淀粉产量，改良的油产量，高油产量，改良的脂肪酸含量，高蛋白产量，果实成熟，增加的动物和人营养、生物聚合物的产量、环境应激抗性、药用肽和可分泌肽，改善的加工性状，改善的消化率(例如，降的低毒素的水平或降低的具有“抗营养”特性的化合物(如木质素、凝集素、和植酸盐)的水平)、酶产量、风味、氮固定、杂交种子产量、纤维产量、和生物燃料产量。农业上有用的多肽的非限制性实例包括赋予以下的多肽：除草剂抗性(美国专利号6,803,501；6,448,476；6,248,876；6,225,114；6,107,549；5,866,775；5,804,425；5,633,435；和5,463,175)，增加的产率(美国专利号RE38,446；6,716,474；6,663,906；6,476,295；6,441,277；6,423,828；6,399,330；6,372,211；6,235,971；6,222,098；和5,716,837)，昆虫控制(美国专利号6,809,078；6,713,063；6,686,452；6,657,046；6,645,497；6,642,030；6,639,054；6,620,988；6,593,293；6,555,655；6,538,109；6,537,756；6,521,442；6,501,009；6,468,523；6,326,351；6,313,378；6,284,949；6,281,016；6,248,536；6,242,241；6,221,649；6,177,615；6,156,573；6,153,814；6,110,464；6,093,695；6,063,756；6,063,597；6,023,013；5,959,091；5,942,664；5,942,658，5,880,275；5,763,245；5,763,241；10,017,549；10,233,217；10,487,123；10,494,408；10,494,409；10,611,806；10,612,037；10,669,317；10,827,755；11,254,950；11,267,849；11,130,965；11,136,593；和11,180,774)，真菌疾病抗性(美国专利号6,653,280；6,573,361；6,506,962；6,316,407；6,215,048；5,516,671；5,773,696；6,121,436；6,316,407；和6,506,962)，病毒抗性(美国专利号6,617,496；6,608,241；6,015,940；6,013,864；5,850,023；和5,304,730)，线虫抗性(美国专利号6,228,992)，细菌疾病抗性(美国专利号5,516,671)、植物生长和发育(美国专利号6,723,897和6,518,488)、淀粉产量(美国专利号6,538,181；6,538,179；6,538,178；5,750,876；6,476,295)，改良的油产量(美国专利号6,444,876；6,426,447；和6,380,462)，高油产量(美国专利号6,495,739；5,608,149；6,483,008；和6,476,295)，改良的脂肪酸含量(美国专利号6,828,475；6,822,141；6,770,465；6,706,950；6,660,849；6,596,538；6,589,767；6,537,750；6,489,461；和6,459,018)，高蛋白产量(美国专利号6,380,466)，果实成熟(美国专利号5,512,466)、增加的动物和人营养(美国专利号6,723,837；6,653,530；6,5412,59；5,985,605；和6,171,640)、生物聚合物(美国专利号RE37,543；6,228,623；以及美国专利号5,958,745和6,946,588)、环境应激抗性(美国专利号6,072,103)、药物肽和可分泌肽(美国专利号6,812,379；6,774,283；6,140,075；和6,080,560)，改善的加工性状(美国专利号6,476,295)，改善的消化率(美国专利号6,531,648)，低棉子糖(美国专利号6,166,292)，工业酶产量(美国专利号5,543,576)，改善的风味(美国专利号6,011,199)、氮固定(美国专利号5,229,114)、杂交种子产量(美国专利号5,689,041)、纤维产量(美国专利号6,576,818；6,271,443；5,981,834；和5,869,720)和生物燃料产量(美国专利号5,998,700)。

示例性分泌的多肽效应子

能够被表达的示例性分泌的蛋白质在本文中描述，例如在下表中描述。

细胞因子和细胞因子受体：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表1的细胞因子或其功能变体或片段，例如，与表1中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的细胞因子受体结合，其Kd比对应的野生型细胞因子在相同条件下对于相同受体的Kd高或低不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，效应子包含融合蛋白，该融合蛋白包含第一区(例如，表1的细胞因子多肽或其功能变体或片段)和第二异源区。在一些实施例中，第一区是表1的第一细胞因子多肽。在一些实施例中，第二区是表1的第二细胞因子多肽，其中该第一和第二细胞因子多肽在野生型细胞中彼此形成细胞因子异二聚体。在一些实施例中，表1的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含结合表1的细胞因子的抗体或其变体。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表1.示例性细胞因子和细胞因子受体

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多肽激素和受体

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表2的激素或其功能变体，例如，与表2中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的受体结合，其Kd比对应的野生型激素在相同条件下对于相同受体的Kd高不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表2的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表2的激素结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表2的激素受体结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表2.示例性多肽激素和受体

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生长因子：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表3的生长因子或其功能变体，例如，与表3中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的受体结合，其Kd比对应的野生型生长因子在相同条件下对于相同受体的Kd高不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表3的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表3的生长因子结合的抗体或其变体。在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表3的生长因子受体结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表3.示例性生长因子

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凝血因子：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表4的多肽或其功能变体，例如，与表4中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体催化与对应的野生型蛋白相同的反应，例如，催化速率比野生型蛋白低或高不少于10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表4的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

表4.凝血相关的因子

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酶替代治疗剂：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表5的酶或其功能变体，例如，与表5中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体催化与对应的野生型蛋白相同的反应，例如，催化速率比野生型蛋白低不少于或不多于10％、20％、30％、40％或50％。

表5.用于酶缺乏症的示例性酶效应子

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其他非酶效应子：

在一些实施例中，本文所述的治疗性多肽包含表6的多肽或其功能变体，例如，与表6中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表6.示例性非酶效应子和对应的适应症

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再生、修复和纤维化因子

本文所述的治疗性多肽还例如包括如在表7中披露的生长因子或其功能变体，例如，与表7中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。还包括针对此类生长因子的抗体或其片段、或促进再生和修复的miRNA。

表7

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转化因子：

本文所述的治疗性多肽还包括转化因子，例如将成纤维细胞转化为分化细胞的蛋白因子，例如在表8中披露的因子或其功能变体，例如，与表8中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表8：指示用于通过转化成纤维细胞进行器官修复的多肽

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刺激细胞再生的蛋白质：

本文所述的治疗性多肽还包括刺激细胞再生的蛋白质，例如在表9中披露的蛋白质或其功能变体，例如，与表9中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表9

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在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包含一个或多个表达序列(编码序列)，并且被配置用于在受试者体内细胞中持续表达。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸被配置为使得一个或多个表达序列在细胞中在较晚的时间点的表达等于或高于较早的时间点的表达。在此类实施例中，一个或多个表达序列的表达可以维持在相对稳定的水平或可以随时间增加。表达序列的表达可以在延长的时间段内相对稳定。例如，在一些情况下，一个或多个表达序列在细胞中在至少7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、23或更多天的时间段内的表达不会减少50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。在一些情况下，在一些情况下，一个或多个表达序列在细胞中在至少7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、23或更多天的表达维持在变化不超过50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％的水平。

内部核糖体进入位点(IRES)

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个内部核糖体进入位点(IRES)元件。在一些实施例中，IRES与一个或多个编码序列可操作地连接(例如，每个IRES与一个或多个编码序列可操作地连接)。在实施例中，IRES位于异源启动子与编码序列的5'端之间。

包括在环状多核糖核苷酸中的合适的IRES元件包括能够接合真核核糖体的RNA序列。在一些实施例中，IRES元件是至少约5nt、至少约8nt、至少约9nt、至少约10nt、至少约15nt、至少约20nt、至少约25nt、至少约30nt、至少约40nt、至少约50nt、至少约100nt、至少约200nt、至少约250nt、至少约350nt、或至少约500nt。

在一些实施例中，IRES元件衍生自生物体的DNA，该生物体包括但不限于病毒、哺乳动物和果蝇。此类病毒DNA可以衍生自但不限于小核糖核酸病毒互补DNA(cDNA)、脑心肌炎病毒(EMCV)cDNA和脊髓灰质炎病毒cDNA。在一个实施例中，衍生IRES元件的果蝇DNA包括但不限于来自黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的触角足基因。

在一些实施例中，如果存在，IRES序列是以下病毒的IRES序列：桃拉综合征(Taurasyndrome)病毒、锥猎蝽(Triatoma)病毒、泰勒氏脑脊髓炎病毒(Theiler'sencephalomyelitis virus)、猿猴病毒40、红火蚁(Solenopsis invicta)病毒1、禾谷缢管蚜(Rhopalosiphum padi)病毒、网状内皮组织增生病毒、福尔曼脊髓灰质炎病毒(fumanpoliovirus)1、普劳提娅失速肠病毒(Plautia stall intestine virus)、克什米尔蜜蜂病毒、人鼻病毒2、假桃病毒叶蝉病毒-1(Homalodisca coagulata virus-1)、人类免疫缺陷病毒1型、假桃病毒叶蝉病毒-1、Himetobi P病毒、丙型肝炎病毒、甲型肝炎病毒、GB型肝炎病毒、口蹄疫病毒、人类肠道病毒71、马鼻炎病毒、茶尺蠖(Ectropis obliqua)小核糖核酸样病毒、脑心肌炎病毒(EMCV)、果蝇C病毒、十字花科烟草病毒、蟋蟀麻痹病毒、牛病毒性腹泻病毒1、黑皇后细胞病毒、蚜虫致死性麻痹病毒、禽脑脊髓炎病毒、急性蜜蜂麻痹病毒、木槿褪绿环斑病毒(Hibiscus chlorotic ringspot virus)、经典猪瘟病毒、人FGF2、人SFTPA1、人AML1/RUNX1、果蝇触角足、人AQP4、人AT1R、人BAG-l、人BCL2、人BiP、人c-IAPl、人c-myc、人eIF4G、小鼠NDST4L、人LEF1、小鼠HIF1α、人n.myc、小鼠Gtx、人p27kipl、人PDGF2/c-sis、人p53、人Pim-l、小鼠Rbm3、果蝇reaper、犬Scamper、果蝇Ubx、人UNR、小鼠UtrA、人VEGF-A、人XIAP、萨里病毒(Salivirus)、科萨病毒(Cosavirus)、副肠孤病毒(Parechovirus)、果蝇无毛、酿酒酵母(S.cerevisiae)TFIID、酿酒酵母YAP1、人c-src、人FGF-l、猿猴小核糖核酸病毒、芜菁皱缩病毒(Turnip crinkle virus)、eIF4G的适配体、柯萨奇病毒(Coxsackievirus)B3(CVB3)或柯萨奇病毒A(CVB1/2)。在又另一实施例中，IRES是柯萨奇病毒B3(CVB3)的IRES序列。在另外的实施例中，IRES是脑心肌炎病毒的IRES序列。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括侧接至少一个(例如，2、3、4、5或更多个)编码序列的至少一个IRES。在一些实施例中，IRES侧接至少一个(例如，2、3、4、5或更多个)编码序列的两侧。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸在每个编码序列的一侧或两侧上包括一个或多个IRES序列，导致所得的一个或多个肽和/或一个或多个多肽的隔开。

调节元件

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个调节元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括调节元件，例如修饰环状多核糖核苷酸内编码序列的表达的序列。

调节元件可以包括与编码表达产物的编码序列相邻定位的序列。调节元件可以与相邻序列可操作地连接。如与不存在调节元件时表达的产物的量相比，调节元件可以增加表达的产物的量。另外，一个调节元件可以增加串联连接的多个编码序列表达的产物的量。因此，一个调节元件可以增强一个或多个编码序列的表达。多个调节元件是本领域普通技术人员熟知的。

在一些实施例中，调节元件是翻译调节子。翻译调节子可以调节环状多核糖核苷酸中编码序列的翻译。翻译调节子可以是翻译增强子或翻译抑制子。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与至少一种编码序列相邻的至少一种翻译调节子。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与每个编码序列相邻的翻译调节子。在一些实施例中，翻译调节子存在于每个编码序列的一侧或两侧，导致例如一个或多个肽和/或一个或多个多肽的编码产物的隔开。

在一些实施例中，多核糖核苷酸负载物包括至少一种包括调节RNA的非编码RNA序列。在一些实施例中，非编码RNA序列反式调节靶序列。在一些实施例中，靶序列包括受试基因组的基因的核苷酸序列，其中该受试基因组是脊椎动物、无脊椎动物、真菌、卵菌、植物、或微生物的基因组。在实施例中，受试者基因组是人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼的基因组。在实施例中，受试者基因组是昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物的基因组。在实施例中，受试者基因组是单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类的基因组。在实施例中，受试基因组是细菌、真菌、卵菌、或古细菌的基因组。在实施例中，靶序列包含在多个受试者基因组中(例如，在给定属内的多个物种的基因组中)发现的基因的核苷酸序列。

在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的上调。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的下调。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的可诱导表达。例如，可诱导表达可以通过环境条件(例如，光、温度、水、或营养可用性)、通过昼夜节律、通过内源性或外源性提供的诱导剂(例如，小RNA、配体)进行诱导。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列可被真核系统的生理状态(例如，生长期、转录调节状态、和细胞内代谢物浓度)诱导。例如，可以提供外源性提供的配体(例如，阿拉伯糖、鼠李糖、或IPTG)以使用诱导型启动子(例如，PBAD、Prha、和lacUV5)诱导表达。

在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列包括选自由以下组成的组的调节RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA(例如，包含一个或多个茎环的RNA)；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)或其前体(例如pre-miRNA或pri-miRNA)；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列包括指导RNA(gRNA)或其前体、或可识别且可被指导RNA结合的异源RNA序列。在一些实施例中，调节元件是微小RNA(miRNA)或miRNA结合位点、或siRNA或siRNA结合位点。

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一种农业上有用的非编码RNA序列，当提供给特定的植物组织、细胞、或细胞类型时，该非编码RNA序列赋予所希望的特征，如所希望的与植物形态学、生理学、生长、发育、产量、产品、营养特性、疾病或有害生物抗性、和/或环境或化学耐受性相关的特征。在实施例中，农业上有用的非编码RNA序列引起内源性基因的基因表达的靶向调节，例如经由反义(参见例如美国专利号5,107,065)；抑制性RNA(“RNAi”，包括经由miRNA、siRNA、反式作用siRNA、和相位sRNA介导的机制调节基因表达，例如，如在公开的申请US2006/0200878和US2008/0066206中以及在美国专利申请序列号11/974,469中所述)；或共抑制介导的机制。在实施例中，农业上有用的非编码RNA序列是催化RNA分子(例如，核酶或核糖开关；参见例如，US2006/0200878)，其经工程化以切割所希望的内源性mRNA产物。农业上有用的非编码RNA序列是本领域已知的，例如，调节植物细胞中的基因表达的反义定向RNA披露于美国专利号5,107,065和5,759,829中，以及调节植物中的基因表达的正义定向RNA披露于美国专利号5,283,184和5,231,020中。向植物细胞提供农业上有用的非编码RNA也可用于调节与植物相关的生物体中的基因表达，该生物体例如植物的无脊椎有害生物或感染植物的微生物病原体(例如，细菌、真菌、卵菌、或病毒)、或与植物的无脊椎有害生物相关(例如，共生)的微生物。

翻译起始序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个翻译起始序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列可操作地连接的翻译起始序列。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码多肽并且可以包括翻译起始序列，例如起始密码子。在一些实施例中，翻译起始序列包括科扎克(Kozak)或夏因-达尔加诺(Shine-Dalgarno)序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列相邻的翻译起始序列，例如科扎克序列。在一些实施例中，翻译起始序列是非编码起始密码子。在一些实施例中，翻译起始序列(例如，科扎克序列)存在于每个编码序列的一侧或两侧，导致编码产物的隔开。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列相邻的至少一个翻译起始序列。在一些实施例中，翻译起始序列为环状多核糖核苷酸提供构象柔性。在一些实施例中，翻译起始序列基本上在环状多核糖核苷酸的单链区域内。

环状多核糖核苷酸可以包括多于1个起始密码子，例如但不限于至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17、至少18个、至少19个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少50个、至少60个或多于60个起始密码子。翻译可以在第一个起始密码子上起始或可以在第一个起始密码子的下游起始。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸可以起始于不是第一起始密码子的密码子，例如AUG。环状多核糖核苷酸的翻译可以起始于替代的翻译起始序列，如但不限于ACG、AGG、AAG、CTG/CUG、GTG/GUG、ATA/AUA、ATT/AUU、TTG/UUG。在一些实施例中，翻译在例如应激诱导条件的选择性条件下在替代的翻译起始序列处开始。作为非限制性实例，环状多核糖核苷酸的翻译可以在替代的翻译起始序列，如ACG处开始。作为另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸翻译可以在替代的翻译起始序列CTG/CUG处开始。作为又另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸翻译可以在替代的翻译起始序列GTG/GUG处开始。作为又另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸可以在重复相关的非AUG(RAN)序列，如包括短段的重复RNA(例如CGG、GGGGCC、CAG、CTG)的替代的翻译起始序列处开始翻译。

终止元件

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个终止元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列可操作地连接的终止元件。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个编码序列，并且每个编码序列可以具有或可以不具有终止元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个编码序列，并且编码序列缺少终止元件，使得环状多核糖核苷酸被连续翻译。终止元件的排除可导致滚环翻译或编码产物的连续表达。

非编码序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个非编码序列，例如，不编码多肽的表达的序列。在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个非编码序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸不编码多肽编码序列。

非编码序列可以是天然的或合成的序列。在一些实施例中，非编码序列可以改变细胞行为，如例如淋巴细胞行为。在一些实施例中，该非编码序列对于细胞RNA序列是反义的。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括调节核酸，该调节核酸是RNA或RNA样结构，典型地在约5-500个碱基对(bp)之间(取决于特定的RNA结构，例如miRNA 5-30bp，lncRNA 200-500bp)并且可以具有与细胞内表达的靶基因中的编码序列相同(互补)或几乎相同(基本上互补)的核碱基序列。在实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码RNA前体的调节核酸，该RNA前体可以被加工成较小的RNA，例如miRNA前体(其可以是从约50至约1000bp)可以被加工成较小的miRNA中间体或成熟的miRNA。

长非编码RNA(lncRNA)定义为长于100个核苷酸的非蛋白编码转录物。许多lncRNA被表征为组织特异性。以与附近的蛋白编码基因相反的方向转录的反向型lncRNA占大比例(例如，占哺乳动物基因组中总lncRNA的约20％)并可能会调节附近基因的转录。在一个实施例中，本文提供的环状多核糖核苷酸包括lncRNA的正义链。在一个实施例中，本文提供的环状多核糖核苷酸包括lncRNA的反义链。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码与内源性基因或基因产物(例如，mRNA)的全部或与其至少一个片段基本上互补或完全互补的调节核酸。在实施例中，调节核酸与内含子和外显子之间的边界处、在外显子之间的内部、或与外显子相邻的序列互补，从而防止特定基因的新生成的核RNA转录物成熟化为用于转录的mRNA。与特定基因互补的调节核酸可与该基因的mRNA杂交并防止其翻译。反义调节核酸可以是DNA、RNA或其衍生物或杂交体。在一些实施例中，调节核酸包括可以与参与内源性基因或外源性基因的表达调节的蛋白结合的蛋白结合位点。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码至少一个与目的转录物杂交的调节RNA，其中该调节RNA的长度是约5与30个之间的核苷酸，约10与30个之间的核苷酸，或约11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、或多于30个核苷酸。在实施例中，调节核酸与靶向转录物的序列同一性程度是至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码与靶基因的约5至约25个连续的核苷酸相同的微小RNA(miRNA)分子，或编码该miRNA的前体。在一些实施例中，该miRNA具有允许miRNA识别特定靶mRNA并与其结合的序列。在实施例中，miRNA序列以二核苷酸AA开始，包括含量为约30％-70％(约30％-60％、约40％-60％、或约45％-55％)的GC，并且与除了待引入其中的受试者(例如，哺乳动物)的基因组中的靶标之外的任何核苷酸序列不具有高同一性百分比，例如，如通过标准BLAST检索确定的。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括至少一种miRNA(或miRNA前体)，例如2种、3种、4种、5种、6种或更多种miRNA或miRNA前体。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码miRNA(或其前体)的序列，该miRNA(或其前体)与靶序列具有至少约75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％核苷酸互补性。

siRNA和shRNA类似于内源性微小RNA(miRNA)基因的加工途径中的中间体。在一些实施例中，siRNA可以充当miRNA，并且反之亦然。像siRNA一样，微小RNA使用RISC来下调靶基因，但与siRNA不同，大多数动物miRNA都不切割mRNA。相反，miRNA通过翻译抑制或聚A去除和mRNA降解来降低蛋白输出。已知的miRNA结合位点位于mRNA 3'UTR内；miRNA似乎靶向与从miRNA 5'端的第2-8个核苷酸几乎完全互补的位点。该区域称为种子区域。因为成熟siRNA和miRNA是可互换的，所以外源性siRNA下调具有与siRNA的种子互补性的mRNA。

已知miRNA序列的列表可在研究组织维护的数据库中找到，这些组织如维康信托基金会桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)、宾夕法尼亚生物信息学中心(Penn Center for Bioinformatics)、斯隆凯特灵癌症中心(Memorial Sloan KetteringCancer Center)和欧洲分子生物学实验室(European Molecule Biology Laboratory)等。已知的有效的siRNA序列和同源结合位点也很好地呈现在相关文献中。通过本领域已知的技术，RNAi分子易于设计和产生。此外，存在增加发现有效且特异性的序列基序的机会的计算工具。

植物miRNA、它们的前体、和它们的靶基因是本领域已知的；参见例如，美国专利号8,697,949、8,946,511、和9,040,774，并且还参见可在miRbase[dot]org获得的可公开获得的微小RNA数据库“miRbase”。天然存在的miRNA或miRNA前体序列可以被工程化或对其序列进行修饰，以使所得的成熟miRNA识别所选的靶序列并与其结合；工程化植物和动物miRNA和miRNA前体两者的实例已经得到充分表明；参见例如，美国专利号8,410,334、8,536,405和9,708,620。所有引用的专利以及其中披露的miRNA和miRNA前体序列均通过引用并入本文。

间隔子序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸包括一个或多个间隔子序列。间隔子是指提供两个相邻多核苷酸区之间的距离和/或灵活性的任何邻接的(例如，一个或多个核苷酸的)核苷酸序列。间隔子可以存在于本文所述的任一核酸元件之间。间隔子也可存在于本文所述的核酸元件内。

例如，其中核酸包括以下元件中的任何两种或更多种：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和/或(E)3'自切割核酶；间隔子区可以存在于任何一种或多种元件之间。如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以通过间隔子序列隔开。例如，间隔子可以在(A)与(B)之间、(B)与(C)之间、(C)与(D)之间、和/或(D)与(E)之间。

间隔子也可存在于本文所述的核酸区内。例如，多核苷酸负载物区可以包括一个或多个间隔子。间隔子可以隔开多核苷酸负载物内的区域。

在一些实施例中，间隔子序列的长度可以是例如，至少5个核苷酸、至少10个核苷酸、至少15个核苷酸、或至少30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。

在一些实施例中，在5'退火区与多核糖核苷酸负载物之间，间隔子区的长度可以是在5与1000、5与900、5与800、5与700、5与600、5与500、5与400、5与300、5与200、5与100、100与200、100与300、100与400、100与500、100与600、100与700、100与800、100与900、或100与1000个多核糖核苷酸之间。间隔子序列可以是聚A序列、聚A-C序列、聚C序列、或聚U序列。

间隔子序列可用于将IRES与相邻的结构元件隔开，以维持IRES或相邻的元件的结构和功能。可以根据IRES将间隔子特异性工程化。在一些实施例中，可以利用RNA折叠计算机软件(如RNAFold)指导载体的各种元件(包括间隔子)的设计。

在一些实施例中，多核糖核苷酸包括5'间隔子序列(例如，在5'退火区与多核糖核苷酸负载物之间)。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是至少10个核苷酸。在另一实施例中，5'间隔子序列的长度是至少15个核苷酸。在另外的实施例中，5'间隔子序列的长度是至少30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，5'间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。在一个实施例中，5'间隔子序列是聚A序列。在另一实施例中，5'间隔子序列是聚A-C序列。

在一些实施例中，多核糖核苷酸包括3'间隔子序列(例如，在3'退火区与多核糖核苷酸负载物之间)。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是至少10个核苷酸。在另一实施例中，3'间隔子序列的长度是至少15个核苷酸。在另外的实施例中，3'间隔子序列的长度是至少30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，3'间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。在一个实施例中，3'间隔子序列是聚A序列。在另一实施例中，5'间隔子序列是聚A-C序列。

在一个实施例中，多核糖核苷酸包括5'间隔子序列，但不包括3'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸包括3'间隔子序列，但不包括5'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸既不包括5'间隔子序列，又不包括3'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸不包括IRES序列。在另外的实施例中，多核糖核苷酸不包括IRES序列、5'间隔子序列或3'间隔子序列。

在一些实施例中，间隔子序列包括至少3个核糖核苷酸、至少4个核糖核苷酸、至少5个核糖核苷酸、至少约8个核糖核苷酸、至少约10个核糖核苷酸、至少约12个核糖核苷酸、至少约15个核糖核苷酸、至少约20个核糖核苷酸、至少约25个核糖核苷酸、至少约30个核糖核苷酸、至少约40个核糖核苷酸、至少约50个核糖核苷酸、至少约60个核糖核苷酸、至少约70个核糖核苷酸、至少约80个核糖核苷酸、至少约90个核糖核苷酸、至少约100个核糖核苷酸、至少约120个核糖核苷酸、至少约150个核糖核苷酸、至少约200个核糖核苷酸、至少约250个核糖核苷酸、至少约300个核糖核苷酸、至少约400个核糖核苷酸、至少约500个核糖核苷酸、至少约600个核糖核苷酸、至少约700个核糖核苷酸、至少约800个核糖核苷酸、至少约900个核糖核苷酸、或至少约100个核糖核苷酸。

连接酶

RNA连接酶是一类利用ATP催化在RNA分子的末端之间形成磷酸二酯键的酶。内源性RNA连接酶修复植物、动物、人、细菌、古细菌、卵菌、和真菌细胞以及病毒内单链双份RNA中的核苷酸断裂。

本披露提供了一种在真核系统中通过使线性RNA(例如，如本文所述的连接酶相容的线性RNA)与RNA连接酶接触产生环状RNA的方法。

在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。在一些实施例中，通过在真核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该真核细胞提供该RNA连接酶。在一些实施例中，通过在真核细胞中将内源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该真核细胞提供该RNA连接酶；例如，可以向该真核细胞提供编码对于该真核细胞内源的RNA连接酶的载体，用于在该真核细胞中过表达。在一些实施例中，向该真核细胞提供作为外源蛋白的RNA连接酶。

在一些实施例中，该RNA连接酶是tRNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、和Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体(例如，保留连接酶功能的突变性变体)。

在一些实施例中，该RNA连接酶是植物RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是叶绿体RNA连接酶或其变体。在实施例中，该RNA连接酶是真核藻类RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是来自古细菌的RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是细菌RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是真核RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是病毒RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是线粒体RNA连接酶或其变体。

在一些实施例中，该RNA连接酶是在表10中描述的连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶包括选自由SEQ ID NO:586-602组成的组的氨基酸序列。

表10：示例性tRNA连接酶

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产生方法

本披露还提供了在真核系统中产生环状RNA的方法。图2是描绘用于从前体线性RNA产生环状RNA的示例性过程的示意图。在一些实施例中，向真核细胞提供外源性多核糖核苷酸(例如，本文所述的线性多核糖核苷酸或编码用于转录本文所述的线性多核糖核苷酸的DNA分子)。可在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性DNA分子转录。可在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性重组DNA分子转录。在一些实施例中，该外源性DNA分子不整合到该真核细胞的基因组中。在一些实施例中，在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从并入该真核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

在一些实施例中，该DNA分子包括与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。该异源性启动子可以是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、或SP6启动子。在一些实施例中，该异源性启动子可以是组成型启动子。在一些实施例中，该异源性启动子可以是诱导型启动子。例如，该异源性启动子可以是花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子、冠瘿碱启动子、植物泛素(Ubi)启动子、水稻肌动蛋白1启动子、醇脱氢酶(ADH-1)启动子(例如，玉米ADH-1和酵母ADH-1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GPD)启动子(例如，酿酒酵母GPD启动子)、巨细胞病毒(CMV)启动子(例如，人巨细胞病毒启动子)、延伸因子1α(EF1α)启动子(例如，人EF1α)、鸡β肌动蛋白基因(CAG)启动子、磷酸甘油酸激酶基因(PGK)启动子、U6核启动子(例如，人U6核启动子)、四环素响应元件(TRE)启动子、OPIE2启动子(例如，杆状病毒OpIE2启动子)、OpIE1启动子(例如，杆状病毒OpIE1启动子)。用于真核系统的其他有用的启动子包括可在https://[dot]edp[dot]epfl[dot]ch处在线公开获得的真核蛋白数据库中披露的那些。

在细胞中表达时，5'和3'自切割核酶各自经历切割反应，从而产生连接酶相容的末端(例如，5'-羟基和2',3'-环磷酸)并且5'和3'退火区使游离端靠近。因此，前体线性多核糖核苷酸产生连接酶相容的多核糖核苷酸，其可以被连接(例如，在连接酶存在下)以产生环状多核糖核苷酸。

线性RNA在真核系统中从DNA模板转录(例如，体内转录)、前体线性RNA自切割以形成连接酶相容的线性RNA、以及连接酶相容的线性RNA连接以产生环状RNA在真核细胞中进行。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸在真核系统中的转录(例如，体内转录)在具有内源性连接酶的真核细胞中进行。在一些实施例中，该内源性连接酶过表达。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸在真核系统中的转录(例如，体内转录)在具有异源性连接酶的真核细胞中进行。

在一些实施例中，该真核细胞包括RNA连接酶，例如本文所述的RNA连接酶。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。在该RNA连接酶对于该细胞是异源的情况下，该RNA连接酶可以作为外源性RNA连接酶向该细胞提供，或者可以由向该细胞提供的多核苷酸编码。在该RNA连接酶对于该细胞是内源的情况下，可以通过向该细胞提供编码该RNA连接酶的表达的多核糖核苷酸使该RNA连接酶在该细胞中过表达。

在实施例中，包括本文所述的多核糖核苷酸的真核细胞是单细胞真核细胞。在一些实施例中，该单细胞真核细胞是单细胞真菌细胞，如酵母细胞(例如，酿酒酵母和其他酵母菌属物种(Saccharomyces spp.)、酒香酵母属物种(Brettanomyces spp.)、裂殖酵母属物种(Schizosaccharomyces spp.)、有孢圆酵母属物种(Torulaspora spp.)、和毕赤酵母属物种(Pichia spp.))。在一些实施例中，单细胞真核细胞是单细胞动物细胞。单细胞动物细胞可以是从多细胞动物中分离并在培养中生长的细胞、或其子细胞。在一些实施例中，单细胞动物细胞可以去分化。在一些实施例中，单细胞真核细胞是单细胞植物细胞。单细胞植物细胞可以是从多细胞植物中分离并在培养中生长的细胞、或其子细胞。在一些实施例中，单细胞植物细胞可以去分化。在一些实施例中，单细胞植物细胞来自植物愈伤组织。在实施例中，单细胞细胞是植物细胞原生质体。在一些实施例中，单细胞真核细胞是单细胞真核藻类细胞，如单细胞绿藻、硅藻、眼虫、或甲藻。目的单细胞真核藻类的非限制性实例包括杜氏盐藻(Dunaliella salina)、普通小球藻(Chlorella vulgaris)、食用小球藻(Chlorellazofingiensis)、雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)、富油新绿藻(Neochlorisoleoabundans)和其他新绿藻属物种(Neochloris spp.)、原管藻(Protosiphonbotryoides)、布朗葡萄藻(Botryococcus braunii)、隐球菌属物种(Cryptococcus spp.)、莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)和其他衣藻属物种(Chlamydomonas spp.)。在一些实施例中，真核细胞是卵菌细胞。在一些实施例中，单细胞真核细胞是原生生物细胞。在一些实施例中，单细胞真核细胞是原生动物细胞。

在一些实施例中，该真核细胞是多细胞真核生物的细胞。例如，该多细胞真核生物可选自由以下组成的组：脊椎动物、无脊椎动物、多细胞真菌、多细胞卵菌、多细胞藻类、和多细胞植物。在一些实施例中，真核生物体是人。在一些实施例中，真核生物体是非人脊椎动物。在一些实施例中，真核生物体是无脊椎动物。在一些实施例中，真核生物体是多细胞真菌或多细胞卵菌。在一些实施例中，真核生物体是多细胞植物。在实施例中，真核细胞是人的细胞或非人哺乳动物的细胞，该非人哺乳动物如非人灵长类动物(例如，猴、猿)、有蹄类动物(例如，牛科动物，包括牛、水牛、野牛、绵羊、山羊、和麝牛；猪；骆驼科动物，包括骆驼、美洲驼、和羊驼；鹿，羚羊；和马科动物，包括马和驴)、肉食动物(例如，狗、猫)、啮齿动物(例如，大鼠、小鼠、豚鼠、仓鼠、松鼠)、或兔类动物(例如，兔子、野兔)。在实施例中，该真核细胞是鸟的细胞，该鸟如以下鸟类分类群的成员：鸡形目(例如，鸡、火鸡、野鸡、鹌鹑)、雁形目(例如，鸭、鹅)、古颚下纲(例如，鸵鸟、鸸鹋)、鸽形目(例如，鸽子、野鸽)、或鹦形目(例如，鹦鹉)。在实施例中，该真核细胞是节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、甲壳动物)、线虫、环节动物、蠕虫、或软体动物的细胞。在实施例中，该真核细胞是多细胞植物的细胞，该多细胞植物如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该真核细胞是真核多细胞藻类的细胞。在实施例中，该真核细胞是具有农业或园艺重要性的植物的细胞，该植物如行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)；参见例如，上文描述“受试者”的段落中列出的商业上重要的栽培植物物种的非限制性列表。

这些真核细胞可以在培养基中生长。这些真核细胞可以包含在生物反应器中。

纯化的方法

本披露提供了从真核细胞纯化环状多核糖核苷酸的方法。例如，实验室规模研究的纯化可以通过以下进行：添加苯酚、氯仿和异戊醇(西格玛公司(Sigma)：P3803)，以及涡旋以破坏真核细胞并将RNA(例如，从线性前体RNA形成的环化RNA分子)提取到水相中。将水相用氯仿洗涤以去除残余的苯酚，并通过添加乙醇从水相沉淀RNA。可以将含有RNA的沉淀物风干并重悬于例如无核酸酶的水或水性缓冲液中。

生物反应器

本文所述的真核细胞可以包含在生物反应器中。在一些实施例中，本文所述的任何产生环状多核糖核苷酸的方法都可以在生物反应器中进行。生物反应器是指在其中进行涉及生物体或衍生自此类生物体的生物化学活性物质的化学过程的任何容器。特别地，生物反应器可以与本文所述的使用真核系统的用于产生环状RNA的方法相容。用于生物反应器的容器可以包括培养瓶、皿、或袋，其可以是单次使用的(一次性的)、可高压灭菌的、或可消毒的。生物反应器可以由玻璃制成，或者其也可以是基于聚合物的，或者其也可以由其他材料制成。

生物反应器的实例包括但不限于搅拌罐(例如，充分混合的)生物反应器和管式(例如，活塞流)生物反应器、气升式生物反应器、膜搅拌罐、旋转过滤搅拌罐、振动混合器、流化床反应器、和膜生物反应器。操作生物反应器的模式可以是间歇的或连续的过程。当试剂和产物流连续地进出系统时，生物反应器是连续的。间歇式生物反应器可以具有连续的再循环流，但没有连续的试剂进料或产物收获。间歇式生物反应器可以具有连续的再循环流，但没有连续的营养物进料或产物收获。对于间歇性收获和分批进料(fed-batch或batchfed)培养，将细胞以较低的活细胞密度接种在与分批培养基的组成相似的培养基中。允许细胞在基本上没有外部操作的情况下呈指数生长，直到营养物有些耗尽并且细胞接近稳定生长期。此时，对于间歇性收获分批进料过程，可以收获部分的细胞和产物，并用新鲜培养基补充去除的培养基。该过程可以重复几次。对于重组蛋白的生产，可以使用分批进料过程。当细胞呈指数增长，但营养物逐渐耗尽时，连续地或间歇地添加浓缩的进料培养基(例如，10-15倍浓缩的基础培养基)以供应额外的营养物，从而允许细胞浓度和转化期时长的进一步增加。可以在不去除培养基(肉汤)的情况下按照与细胞浓度成比例的方式添加新鲜培养基。为了容纳添加的培养基，分批进料培养以远低于生物反应器的全部容量的体积(例如，最大体积的大约40％至50％)开始。

本披露的一些方法针对环状多核糖核苷酸的大规模生产。对于大规模生产方法，该方法可以在1升(L)至50L或更大(例如，5L、10L、15L、20L、25L、30L、35L、40L、45L、50L、或更大)的体积中进行。在一些实施例中，该方法可以在5L至10L、5L至15L、5L至20L、5L至25L、5L至30L、5L至35L、5L至40L、5L至45L、10L至15L、10L至20L、10L至25L、20L至30L、10L至35L、10L至40L、10L至45L、10L至50L、15L至20L、15L至25L、15L至30L、15L至35L、15L至40L、15L至45L、或15至50L的体积中进行。

在一些实施例中，生物反应器可以产生至少1g的环状RNA。在一些实施例中，生物反应器可产生1-200g的环状RNA(例如，1-10g、1-20g、1-50g、10-50g、10-100g、50-100g、或50-200g的环状RNA)。在一些实施例中，产生的量是测量值/升(例如，1-200g/升)、/批或反应(例如，1-200g/批或反应)、或/单位时间(例如，1-200g/小时或/天)。

在一些实施例中，可以串联使用多于一个生物反应器以增加产生能力(例如，可以串联使用一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或九个生物反应器)。

使用方法

在一些实施例中，本文所述的组合物或配制品在疗法和/或农业中用作效应子。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的组合物或配制品来改良该受试者的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向真核受试者提供该多核苷酸。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的真核细胞或包括本文所述的真核细胞。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向有需要的受试者提供本文所述的组合物或配制品治疗该受试者的病症的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向真核受试者提供该多核苷酸。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的真核细胞或包括本文所述的真核细胞。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的真核细胞而向该受试者提供环状多核糖核苷酸的方法。

在一些实施例中，受试者包括真核细胞。在一些实施例中，受试者包括脊椎动物、无脊椎动物、真菌、卵菌、植物、或微生物。在一些实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在一些实施例中，该受试者是人。在一些实施例中，该受试者是非人哺乳动物。在一些实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物、有蹄类动物、肉食动物、啮齿动物、或兔类动物。在一些实施例中，该受试者是鸟、爬行动物、或两栖动物。在一些实施例中，受试者是无脊椎动物(例如，昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物)。在一些实施例中，该受试者是植物或真核藻类。在一些实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物(gnetophyte)、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、水果、蔬菜、树木、或观赏植物。在一些实施例中，微生物选自细菌、真菌、卵菌、或古细菌。

配制品或组合物

在本披露的一些实施例中，可将本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，通过本文所述的方法使用真核系统制备的环状多核糖核苷酸)提供为配制品或组合物，例如，用于递送至细胞、植物、无脊椎动物、非人脊椎动物、或人受试者的组合物，例如农业、兽用、或药物组合物。在一些实施例中，本披露提供了一种真核细胞(例如，通过本文所述的方法使用真核系统制备的真核细胞)，该真核细胞可配制为例如用于递送至细胞、植物、无脊椎动物、非人脊椎动物、或人受试者的组合物，例如农业、兽用、或药物组合物。在一些实施例中，向受试者提供在适当的组合物中(例如，在农业、兽用、或药物配制品中)的本文所述的真核系统。

因此，在一些实施例中，本披露还涉及组合物，这些组合物包括环状多核糖核苷酸(例如，通过本文所述的真核方法制备的环状多核糖核苷酸)或包含该环状多核糖核苷酸的真核细胞和药学上可接受的载剂。在一个方面，本披露提供了药物组合物或兽用组合物，这些药物组合物或兽用组合物包括有效量的本文所述的多核糖核苷酸(或包含该多核糖核苷酸的真核细胞)和药学上可接受的赋形剂。本披露的药物组合物或兽用组合物可以包括如本文所述的多核糖核苷酸(或包含该多核糖核苷酸的真核细胞)与一种或多种药学上或生理学上可接受的载剂、赋形剂或稀释剂的组合。

在一些实施例中，药学上可接受的载剂可以是药物组合物或兽用组合物中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载剂可以包括但不限于缓冲液、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。药学上可接受的载剂的实例是生理学上相容的溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等，如盐、缓冲液、糖、抗氧化剂、水性或非水性载剂、防腐剂、润湿剂、表面活性剂或乳化剂、或其组合。药物组合物或兽用组合物中的一种或多种药学上可接受的载剂的量可以基于一种或多种载剂的活性和所希望的配制品的特征(如稳定性和/或最小氧化)通过实验确定。

在一些实施例中，此类组合物可包括缓冲液，如乙酸、柠檬酸、组氨酸、硼酸、甲酸、琥珀酸、磷酸、碳酸、苹果酸、天冬氨酸、Tris缓冲液、HEPPSO、HEPES、中性缓冲盐水、磷酸盐缓冲盐水等；碳水化合物，如葡萄糖、蔗糖、甘露糖、或葡聚糖、甘露醇；蛋白质；多肽或氨基酸，如甘氨酸；抗氧化剂；螯合剂，如EDTA或谷胱甘肽；佐剂(例如，氢氧化铝)；抗细菌剂和抗真菌剂；以及防腐剂。

在某些实施例中，本披露的组合物可配制用于多种肠胃外或非肠胃外施用方式。在一个实施例中，这些组合物可配制用于输注或静脉内施用。本文披露的组合物可以提供为例如可以缓冲至所希望的pH的无菌液体制剂，例如等渗水性溶液、乳液、悬浮液、分散体、或粘性组合物。适合于口服使用的配制品可以包括液体溶液、胶囊、药袋、片剂、锭剂、和糖锭剂、在适当的液体中的粉末液体悬浮液和乳液。

本披露的药物组合物或兽用组合物可以以适合待治疗或预防的疾病或病症的方式施用。施用的数量和频率将由如受试者的状况、以及受试者疾病或病症的类型和严重程度等因素确定，尽管适当的剂量可通过临床试验确定。

在实施例中，如本披露中描述的环状多核糖核苷酸以适合农业应用的配制品提供，例如作为液体溶液或乳液或悬浮液、浓缩物(液体、乳液、悬浮液、凝胶、或固体)、粉末、颗粒、糊剂、凝胶、饵剂、或种子包衣或种子处理剂。将此类农业配制品的实施例应用于植物或植物的环境，例如作为叶面喷雾、喷粉应用、颗粒应用、根或土壤浸透、沟内处理、颗粒土壤处理、饵剂、水培溶液、或可植入或可注射的配制品。此类农业配制品的一些实施例包括额外的组分，如赋形剂、稀释剂、表面活性剂、铺展剂、粘合剂、安全剂、稳定剂、缓冲液、漂移控制剂、保留剂、油浓缩物、消泡剂、泡沫标志物、香味剂、载剂、或封装剂。用于农业配制品的有用佐剂包括在Compendium of Herbicide Adjuvants[除草剂佐剂概要],第13版(2016)中披露的那些，可在www[dot]herbicide-adjuvants[dot]com上在线公开获得。在实施例中，含有如本披露中所述的环状多核糖核苷酸的农业配制品(或含有该环状多核糖核苷酸的真核细胞)进一步含有一种或多种选自由以下组成的组的组分：载剂、表面活性剂、润湿剂、铺展剂、阳离子脂质、有机硅、有机硅表面活性剂、抗氧化剂、多核苷酸除草分子、非多核苷酸除草分子、非多核苷酸杀有害生物分子、安全剂、昆虫信息素、昆虫引诱剂、和昆虫生长调节剂。

实施例

本文所述的真核系统、真核细胞、配制品、方法、和其他组合物的各种实施例在以下编号的实施例集合中阐述。

1.一种用于使多核糖核苷酸环化的真核系统，该真核系统包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)包含RNA连接酶的真核细胞。

2.如实施例1所述的真核系统，其中该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

3.如实施例1或2所述的真核系统，其中该5'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。

4.如实施例3所述的真核系统，其中该5'自切割核酶是锤头状核酶。

5.如实施例1-4中任一项所述的真核系统，其中该5'自切割核酶包含与SEQ IDNO:2的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

6.如实施例5所述的真核系统，其中该5'自切割核酶包含SEQ ID NO:2的核酸序列。

7.如实施例1或2所述的真核系统，其中该5'自切割核酶包含与SEQ ID NO:38-585中的任一者具有至少95％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

8.如实施例7所述的真核系统，其中该5'自切割核酶包含SEQ ID NO:38-585中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

9.如实施例1-8中任一项所述的真核系统，其中该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

10.如实施例1-9中任一项所述的真核系统，其中该3'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。

11.如实施例10所述的真核系统，其中该3'自切割核酶是丁型肝炎病毒(HDV)核酶。

12.如实施例1-10中任一项所述的真核系统，其中该3'自切割核酶包含与SEQ IDNO:13的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

13.如实施例12所述的真核系统，其中该3'自切割核酶包含SEQ ID NO:13的核酸序列。

14.如实施例1-9中任一项所述的真核系统，其中该3'自切割核酶包含与SEQ IDNO:38-585中的任一者具有至少95％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

15.如实施例14所述的真核系统，其中该3'自切割核酶包含SEQ ID NO:38-585中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

16.如实施例1-15中任一项所述的真核系统，其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。

17.如实施例1-16中任一项所述的真核系统，其中该5'自切割核酶的切割产生游离的5'-羟基基团，并且3'自切割核酶的切割产生游离的2',3'-环磷酸基团。

18.如实施例1-17中任一项所述的真核系统，其中该5'退火区具有2至100个核糖核苷酸。

19.如实施例1-18中任一项所述的真核系统，其中该3'退火区具有2至100个核糖核苷酸。

20.如实施例1-19中的一项所述的真核系统，其中该5'退火区包含具有在2与50个之间的核糖核苷酸的5’互补区；并且该3'退火区包含具有在2与50个之间的核糖核苷酸的3'互补区；并且其中该5’互补区和该3’互补区具有在50％与100％之间的序列互补性；或其中该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol的结合自由能；或其中该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃的结合Tm。

21.如实施例20所述的真核系统，其中该5'退火区进一步包含具有在2与50个之间的核糖核苷酸并且位于该5'互补区的5'的5'非互补区；并且3'退火区进一步包含具有在2与50个之间的核糖核苷酸并且位于该3'互补区的3'的3'非互补区；并且其中该5’非互补区和该3’非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性；或其中该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能；或其中该5'非互补区和该3'非互补区具有低于10℃的结合Tm。

22.如实施例1-21中任一项所述的真核系统，其中该5'退火区包含与SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

23.如实施例22所述的真核系统，其中该5'退火区包含SEQ ID NO:4的核酸序列。

24.如实施例1-23中任一项所述的真核系统，其中该3'退火区包含与SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

25.如实施例24所述的真核系统，其中该3'退火区包含SEQ ID NO:12的核酸序列。

26.如实施例1-25中任一项所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码序列、或包含非编码序列、或包含编码序列和非编码序列的组合。

27.如实施例26所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码RNA序列。

28.如实施例26或27所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。

29.如实施例26或27所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含调节RNA。

30.如实施例29所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列反式调节靶序列。

31.如实施例30所述的真核系统，其中该靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列。

32.如实施例30或31所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的表达的上调。

33.如实施例30或31所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的表达的下调。

34.如实施例30或31所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的可诱导表达。

35.如实施例27所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)、或其前体；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。

36.如实施例27所述的真核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含指导RNA(gRNA)或其前体。

37.如实施例26-36中任一项所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽的编码序列。

38.如实施例26-37中任一项所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含与编码多肽的编码序列可操作地连接的IRES。

39.如实施例26-37中任一项所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含与编码多肽的表达序列可操作地连接的科扎克序列。

40.如实施例26-39中任一项所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。

41.如实施例39或40所述的真核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在该受试者中表达的核苷酸序列的RNA序列。

42.如实施例39-41中任一项所述的真核系统，其中该受试者包含(a)真核细胞；或(b)原核细胞。

43.如实施例39-42中任一项所述的真核系统，其中该受试者包含脊椎动物、无脊椎动物、真菌、卵菌、植物、或微生物。

44.如实施例43所述的真核系统，其中该脊椎动物选自人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼。

45.如实施例43所述的真核系统，其中该无脊椎动物选自昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物。

46.如实施例43所述的真核系统，其中该植物选自单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类。

47.如实施例43所述的真核系统，其中该微生物选自细菌、真菌、卵菌、或古细菌。

48.如实施例1-47中任一项所述的真核系统，其中该线性多核糖核苷酸进一步包含在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为至少5个多核糖核苷酸的间隔子区。

49.如实施例1-48中任一项所述的真核系统，其中该线性多核糖核苷酸进一步包含在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为在5与1000个之间的多核糖核苷酸的间隔子区。

50.如实施例48或49所述的真核系统，其中该间隔子区包含聚A序列。

51.如实施例48或49所述的真核系统，其中该间隔子区包含聚A-C序列。

52.如实施例1-51中任一项所述的真核系统，其中该线性多核糖核苷酸是至少1kb。

53.如实施例1-52中任一项所述的真核系统，其中该线性多核糖核苷酸是1kb至20kb。

54.如实施例1-53中任一项所述的真核系统，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。

55.如实施例1-53中任一项所述的真核系统，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。

56.如实施例1-55所述的真核系统，其中通过在该真核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该真核细胞提供该RNA连接酶。

57.如实施例55所述的真核系统，其中向该真核细胞提供作为外源蛋白的RNA连接酶。

58.如实施例1-57中任一项所述的真核系统，其中该RNA连接酶是tRNA连接酶。

59.如实施例58所述的真核系统，其中该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体。

60.如实施例59所述的真核系统，其中该RNA连接酶包含选自由SEQ ID NO:586-602组成的组的氨基酸序列。

61.如实施例1-57中任一项所述的真核系统，其中该RNA连接酶选自由以下组成的组：植物RNA连接酶、叶绿体RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、或线粒体RNA连接酶、或其变体。

62.如实施例1-61中任一项所述的真核系统，其中向该真核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸。

63.如实施例1-62中任一项所述的真核系统，其中在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性重组DNA分子瞬时转录。

64.如实施例1-62中任一项所述的真核系统，其中在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该真核细胞提供的外源性DNA分子转录。

65.如实施例63或64所述的真核系统，其中该外源性DNA分子不整合到该真核细胞的基因组中。

66.如实施例63-65中任一项所述的真核系统，其中该外源性DNA分子包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。

67.如实施例66所述的真核系统，其中该异源性启动子选自由以下组成的组：T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、SP6启动子、CaMV 35S、冠瘿碱启动子、植物泛素、水稻肌动蛋白1、ADH-1启动子、GPD启动子、CMV启动子、EF1α启动子、CAG启动子、PGK启动子、U6核启动子、TRE启动子、OpIE2启动子、或OpIE1启动子。

68.如实施例63或64所述的真核系统，其中在该真核细胞中将该线性多核糖核苷酸从并入该真核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

69.如实施例1-68中任一项所述的真核系统，其中该真核细胞在培养基中生长。

70.如实施例69所述的真核系统，其中该真核细胞包含在生物反应器中。

71.如实施例1-69中任一项所述的真核系统，其中该真核细胞是单细胞真核细胞。

72.如实施例71所述的真核系统，其中该单细胞真核细胞选自由以下组成的组：单细胞真菌细胞、卵菌细胞、单细胞动物细胞、单细胞植物细胞、单细胞藻类细胞、原生生物细胞、和原生动物细胞。

73.如实施例1-72中任一项所述的真核系统，其中该真核细胞是多细胞真核生物。

74.如实施例73所述的真核细胞，其中该多细胞真核生物选自由以下组成的组：脊椎动物、无脊椎动物、多细胞真菌、多细胞卵菌、多细胞藻类、和多细胞植物。

75.一种配制品，该配制品包含如实施例1-74中任一项所述的真核系统。

76.如实施例75所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

77.一种产生环状RNA的方法，该方法包括在真核细胞中使(a)与(b)接触：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)RNA连接酶；其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸，并且其中该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。

78.如实施例77所述的方法，其中将该环状RNA从该真核细胞分离。

79.如实施例77或78所述的方法，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。

80.如实施例77或78所述的方法，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。

81.一种环状RNA，该环状RNA通过如实施例77-80中任一项所述的方法产生。

82.一种配制品，该配制品包含如实施例81所述的环状RNA。

83.如实施例82所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

84.一种治疗有需要的受试者的障碍的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例82或83所述的配制品。

85.一种真核细胞，该真核细胞包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)RNA连接酶；其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸，并且其中该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。

86.如实施例85所述的真核细胞，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是内源的。

87.如实施例85所述的真核细胞，其中该RNA连接酶对于该真核细胞是异源的。

88.如实施例85所述的真核细胞，该真核细胞进一步包含该环状RNA。

89.一种向受试者提供环状RNA的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例88所述的真核细胞。

90.一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例88所述的真核细胞。

91.一种配制品，该配制品包含如实施例88所述的真核细胞。

92.如实施例91所述的配制品，其中该真核细胞是干燥的或冷冻的。

93.如实施例91或92所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

94.一种治疗有需要的受试者的障碍的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例91-93中任一项所述的配制品。

实例

提出以下实例是为了向本领域普通技术人员提供可以如何使用、制备和评价本文所述的组合物和方法的描述，并且旨在纯粹作为本披露的示例，而不旨在限制诸位发明人认为是其发明的范围。表11汇总了提供的实例。

表11：关于在真核细胞中产生功能性环状RNA的实例的汇总

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实例1：玉米原生质体植物细胞中环状RNA的产生

本实例描述了来自包括植物细胞玉米原生质体的真核系统的环状RNA的设计、产生、和纯化。图1中提供了描绘用于在玉米原生质体细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体使用HBT质粒进行设计并且从5'至3'编码：组成型启动子和增强子，如具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:1)；在其3'端切割的5'自切割核酶，如锤头状核酶(SEQ ID NO:2)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体(如Pepper(SEQ ID NO:6))、IRES(如EMCV IRES(SEQ ID NO:8))、和编码序列(如纳米荧光素酶(SEQ ID NO:10))；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:13)；以及转录终止子序列，如NOS终止子(SEQ ID NO:15)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；内部核糖体进入位点(IRES)(SEQ IDNO:9)；编码多肽的编码区(SEQ ID NO:11)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；以及在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在玉米原生质体细胞中的环化的过程的示意图。

设计编码RNA连接酶的DNA构建体以维持玉米原生质体植物细胞中的RNA连接酶表达。该DNA构建体基于HBT质粒构建并且从5'至3'包括：用于RNA连接酶的组成型表达的启动子，如35S启动子(SEQ ID NO:17)；编码RNA连接酶的编码序列，如AtRNL-单子叶的RNA连接酶，其是密码子优化的拟南芥(Arabidopsis thaliana)RNA连接酶(Uniprot参考AT1G07910)(SEQ ID NO:18)；以及转录终止子序列，如NOS终止子序列(SEQ ID NO:16)。将DNA构建体转录以产生RNA连接酶的RNA序列，然后翻译以在玉米原生质体植物细胞中产生RNA连接酶。

将如在编码纳米荧光素酶和RNA连接酶中所述设计的DNA构建体转化到玉米B73原生质体中。按照如在molbio.[dot]mgh.[dot]harvard.[dot]edu/sheenweb/protocols_reg.[dot]html处所述的改良叶肉原生质体制备方案，对8-10天龄的幼苗进行玉米B73原生质体分离。该方案通常用于单子叶植物，如玉蜀黍和稻(Oryza sativa)。

制备含有0.6M甘露醇、10mM MES(pH 5.7)、1.5％纤维素酶RIO、和0.3％离析酶RIO的酶溶液。将酶溶液在50℃-55℃下加热10分钟以灭活蛋白酶并加速酶溶解。然后将溶液冷却至室温，然后添加1mM CaCl

额外地，获得植物的叶子，并切出中间的6-8厘米。将十个叶子片段堆叠起来并切成0.5毫米宽的条而不伤到叶子。将叶条完全浸没在培养皿中的酶溶液中，用铝箔覆盖，并应用真空30分钟以渗入叶组织。将培养皿转移至平台振荡器，并在40rpm轻轻振荡下孵育用于额外的2.5小时的消化。消化后，使用血清移液器小心地将含有原生质体的酶溶液通过35μm尼龙网转移到圆底管中。然后用5mL的洗涤溶液冲洗培养皿，并且还通过筛网过滤。将原生质体悬浮液在摆桶式离心机中以1200rpm离心2分钟。在不接触沉淀物的情况下尽可能多地抽吸上清液；用20mL的洗涤缓冲液轻轻洗涤沉淀物一次，并小心去除上清液。然后通过在少量的洗涤溶液中轻轻涡旋使沉淀物重悬，然后重悬于10-20mL的洗涤缓冲液中。将管直立置于冰上持续30分钟至4小时，但不超过4小时。在冰上静置后，通过抽吸去除上清液，并用在2mL与5mL之间的洗涤缓冲液使沉淀物重悬。使用血细胞计数器测量原生质体的浓度，并用洗涤缓冲液将浓度调节至2x 10

然后如Niu和Sheen(2011)所述对原生质体进行PEG转染。简言之，将10μL的DNA载体(每个载体10μg)、100μL的在洗涤溶液中的原生质体、和110μL的PEG溶液(40％(w/v)的PEG 4000(西格玛奥德里奇公司(Sigma-Aldrich))、0.2M甘露醇、和0.1M CaCl

通过从100μL原生质体细胞收获细胞并测量适配体荧光来监测原生质体细胞中RNA的产生。为了使用适配体荧光测量RNA的产生，对原生质体细胞补充500nM HBC525，其在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光，参见Chen等人(2019)NatureBiotechnol.[自然生物技术],37:1287-1293,doi:10.1038/s41587-019-0249-1。通过使用分光光度计测量525nm处的荧光来量化从DNA构建体产生的RNA的量。

然后从细胞提取由原生质体细胞产生的RNA。RNA提取通过以下进行：离心1mL原生质体细胞，将细胞沉淀物重悬于TRIzol(赛默飞世尔科技公司(ThermoFisherScientific))中，并将重悬的沉淀物添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司(Zymo Research))中。在15μL的无核酸酶的水中洗脱提取的RNA。

使用凝胶移位法和/或聚A聚合酶法确认在包括玉米原生质体细胞的真核系统中环化的线性RNA被环化。

实例2：本氏烟植物细胞中环状RNA的产生

本实例描述了来自真核系统的环状RNA的设计、产生、和纯化，该真核系统包括来自本氏烟的植物细胞。图1中提供了描绘用于在本氏烟植物细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体使用pCAMBIA-1302质粒(艾博抗公司(Abcam))设计并且从5'至3'编码：组成型启动子，如35S启动子(SEQ ID NO:19)；在其3'端切割的5'自切割核酶，如锤头状核酶(SEQ ID NO:2)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体(如Pepper(SEQ ID NO:6))、IRES(如EMCV IRES(SEQ ID NO:8))、和编码序列(如纳米荧光素酶(SEQ ID NO:10))；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:13)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；内部核糖体进入位点(IRES)(SEQ IDNO:9)；编码多肽的编码区(SEQ ID NO:11)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；以及在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在植物细胞中的环化的过程的示意图。

设计编码RNA连接酶的DNA构建体以维持本氏烟植物细胞中的RNA连接酶表达。该DNA构建体基于pCAMBIA-1302质粒(艾博抗公司)构建并且从5'至3'包括：用于RNA连接酶的组成型表达的启动子，如35S启动子(SEQ ID NO:17)；编码RNA连接酶的编码序列，如AtRNL、拟南芥RNA连接酶(Uniprot参考AT1G07910)(SEQ ID NO:20)；以及转录终止子序列，如NOS终止子序列(SEQ ID NO:16)。将DNA构建体转录以产生RNA连接酶的RNA序列，然后翻译以在植物细胞中产生RNA连接酶。

将DNA构建体转化到农杆菌GV3101株系(Lifeasible公司)中。根据Norkunas等人，2018的方法进行本氏烟的农杆菌浸润。简言之，将重组细菌的单个菌落接种到含有卡那霉素(50mg/L)和利福平(25mg/L)的液体LB培养基中。然后将培养物在28℃下伴随振荡孵育过夜。使细菌沉淀并在MMA基本培养基(包括10mM MES(pH 5.6)、10mM MgCl2、和200μM乙酰丁香酮)中重悬至OD600为1.0。然后将培养物在室温下伴随轻轻摇动孵育2-4小时。将来自携带具有RNA负载物序列的质粒的重组细菌和携带具有RNA连接酶的质粒的重组细菌的培养物以1:1混合，然后使用钝头塑料注射器并施加轻轻的压力递送到1-2月龄小植株的叶子背侧。

通过测量适配体荧光来监测本氏烟细胞中RNA的产生。为了使用适配体荧光测量RNA的产生，将500nM HBC525(其在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光，参见Chen等人(2019)Nature Biotechnol.[自然生物技术],37:1287-1293,doi:10.1038/s41587-019-0249-1)递送到用农杆菌转化的叶子的背面。通过使用分光光度计测量525nm处的荧光来量化从DNA构建体产生的RNA的量。

然后从细胞提取由本氏烟细胞产生的RNA。RNA提取通过以下进行：收获经渗透的叶子并在TRIzol(赛默飞世尔科技公司)中研磨样品，并将重悬的沉淀物添加到Direct-zolRNA microprep(Zymo研究公司)中。在15μL的无核酸酶的水中洗脱提取的RNA。

使用凝胶移位法和/或聚A聚合酶法确认在包括本氏烟细胞的真核系统中环化的线性RNA被环化。

实例3：酿酒酵母细胞中环状RNA的产生

本实例描述了来自包括酿酒酵母细胞的真核系统的环状RNA的设计、产生、和纯化。图1中提供了描绘用于在酿酒酵母细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体使用pYES2质粒(赛默飞世尔科技公司)进行设计并且从5'至3'编码：用于诱导RNA表达的启动子，如pGAL启动子(SEQ ID NO:21)；在其3'端切割的5'自切割核酶，如锤头状核酶(SEQ ID NO:2)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体(如Pepper(SEQ ID NO:6))、IRES(如EMCV IRES(SEQ ID NO:8))、和编码序列(如纳米荧光素酶(SEQ ID NO:10))；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:13)；以及转录终止子序列，如CYC1终止子(SEQ ID NO:23)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；内部核糖体进入位点(IRES)(SEQ IDNO:9)；编码多肽的编码区(SEQ ID NO:11)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在酿酒酵母细胞中的环化的过程的示意图。

设计编码RNA连接酶的DNA构建体以维持真菌细胞中的RNA连接酶表达。该DNA构建体基于pYES2质粒构建并且从5'至3'包括：用于RNA连接酶的诱导表达的启动子，如pGAL(SEQ ID NO:22)；编码RNA连接酶的编码序列，如乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis)tRNA连接酶(GenBank：CAG98435.1)；以及转录终止子序列，如CYC1终止子序列(SEQ ID NO:24)。将DNA构建体转录以产生RNA连接酶的RNA序列，然后翻译以在酿酒酵母真菌细胞中产生RNA连接酶。

根据pYES2质粒手册(赛默飞世尔科技公司)，将编码多核糖核苷酸负载物的DNA构建体和编码RNA连接酶的DNA构建体两者都转化到感受态INVSc1细胞中。使用SC-U选择板选择转化体。将细胞维持在SC-U介质中。

通过从1mL酵母收获细胞并测量适配体荧光来监测真菌细胞中RNA的产生。为了使用适配体荧光测量RNA的产生，对原生质体细胞补充500nM HBC525，其在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光，参见Chen等人(2019)Nature Biotechnol.[自然生物技术],37:1287-1293,doi:10.1038/s41587-019-0249-1。通过使用分光光度计测量525nm处的荧光来量化从DNA构建体产生的RNA的量。

然后从酵母细胞提取由真菌细胞产生的RNA。RNA提取通过以下进行：离心1mL酵母细胞，将细胞沉淀物重悬于TRIzol(赛默飞世尔科技公司)中，并将重悬的沉淀物添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司)中。在15μL的无核酸酶的水中洗脱提取的RNA。

使用凝胶移位法和/或聚A聚合酶法确认在包括酿酒酵母细胞的真核系统中环化的线性RNA被环化。

实例4：环状RNA的表征

本实例描述了如何表征通过实例1、2和3中描述的方法生成的提取的环状RNA。

为了表征通过实例1、2和3中描述的方法生成的环状RNA，将1μg提取的RNA在50％甲酰胺中煮沸并加载到6％ PAGE尿素凝胶上用于变性电泳。在分离核苷酸后，将凝胶用溴化乙锭染色并成像。通过观察与线性RNA种类相比的环状RNA的凝胶移位来确认RNA的环状性。额外地或可替代地，为了表征环状RNA，根据制造商的说明，用聚A聚合酶(新英格兰生物实验室公司(New England Biolabs))处理1μg提取的RNA。

可替代地，环状RNA通过以下表征：根据制造商的说明，用聚A尾聚合酶(新英格兰生物实验室公司)处理1μg提取的RNA。在37℃下的1小时反应中，向线性多核糖核苷酸酶促添加长度为约100、200、或300个核苷酸的聚A尾。不将聚A尾添加到环状多核糖核苷酸中，因为它们不具有游离的3'端。用聚A尾处理后，产物在6％ PAGE尿素凝胶上经历凝胶电泳。所得的凝胶将未处理的样品与经聚A聚合酶处理的RNA提取物进行比较，以鉴定与观察到的环状RNA的分子量没有变化相比的线性RNA的分子量的变化。

实例5：从环状RNA进行的功能性蛋白的表达

本实例描述了如何确认功能性蛋白从通过实例1、2和3中描述的方法生成的环状RNA表达。

使用小麦胚芽提取物(WGE)体外翻译系统(普洛麦格公司(PromegaCorporation))和昆虫细胞提取物(ICE)体外翻译系统(普洛麦格公司)测量由实例1、2和3中描述的DNA构建体编码的功能性纳米荧光素酶蛋白的产生。

根据制造商的说明，使用小麦胚芽提取物(WGE)体外翻译系统(普洛麦格公司)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将如实例1、2和3所述的1μg提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上在室温下冷却20分钟。将RNA转移到1x小麦胚芽提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。然后在Nano-Glo荧光素酶测定(普洛麦格公司)中分析体外翻译反应的产物。将10μl的小麦胚芽提取产物与10μl的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。

可替代地，根据制造商的说明，使用昆虫细胞提取物(ICE)体外翻译系统(普洛麦格公司)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将如实例1、2和3所述的1μg提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上在室温下冷却20分钟。将RNA转移到1x昆虫细胞提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。然后在Nano-Glo荧光素酶测定(普洛麦格公司)中分析体外翻译反应的产物。将10μl的昆虫细胞提取产物与10μl的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。

实例6：用于在昆虫细胞中环化的RNA构建体的设计

本实例描述了来自包括昆虫细胞的真核系统的环状RNA的设计、产生、和纯化。图1中提供了描绘用于在昆虫细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体从5'至3'编码：用于诱导RNA表达的启动子，如密码子优化的OpIE1启动子(SEQ IDNO:25)；在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:4)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体，如Pepper(SEQ ID NO:6)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:13)；以及转录终止子序列(SEQ ID NO:27)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；编码多肽的编码区，如适配体Pepper(SEQ ID NO:7)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在昆虫细胞中的环化的过程的示意图。

设计另一编码RNA连接酶的DNA构建体以维持昆虫细胞中的RNA连接酶表达。构建该DNA构建体并且其从5'至3'包括：用于在编码RNA连接酶(如RNA 2',3'-环磷酸和5'-OH(RtCB)连接酶(GenBank：CAG33456.1))的编码序列中诱导RNA连接酶表达的启动子，如以3'至5'方向用于驱动表达的T7lac聚合酶启动子(SEQ ID NO:29)；以及转录终止子序列(SEQID NO:30)。

实例7：进入昆虫细胞的RNA构建体的产生

本实例描述了将RNA构建体转染到昆虫细胞中并随后产生环状RNA。

将实例6中所述的线性RNA构建体克隆到pFastBac供体质粒中用于在草地贪夜蛾细胞中表达，如之前所述(赛默飞世尔公司(ThermoFisher)，美国)。然后将这些构建体转化到感受态DH10Bac大肠杆菌细胞和Lac7-大肠杆菌细胞中，使得它们含有重组杆粒，该重组杆粒含有实例6中所述的构建体。将SF9或SF21细胞用CELLFECTIN试剂(赛默飞世尔公司，美国)和含有实例6中所述的构建体的杆粒共转染。通过用IPTG诱导进行构建体的环化。将SF9或SF21细胞以单层或以悬浮形式培养，然后收集RNA。

实例8：从昆虫细胞进行的环状RNA的纯化

本实例描述了从昆虫细胞纯化环状RNA。

然后将实例7中所述的细胞培养物以80,000x g超离心75分钟以从细胞沉淀物中去除剩余的病毒和上清液。一旦去除上清液，用磷酸盐缓冲盐水洗涤细胞沉淀物并以1,000x g离心1分钟。然后将细胞重悬于Tri试剂(西格玛密理博公司(Sigma Millipore)，美国)中。然后使细胞经受来自-80℃或来自液氮的冻融循环以裂解细胞，为RNA提取作准备。然后将细胞在4℃下以12,000x g离心1分钟以沉淀细胞碎片，并将上清液转移到新的管中，为RNA纯化作准备。如前所述(Zymo公司，USA)使用RNA清洁与浓缩器(Clean andConcentrator)柱进行RNA纯化。为了确认从昆虫细胞产生的RNA是环状种类，接着用核酸外切酶处理纯化的RNA。然后在与单链RNA相比的情况下，将剩余的RNA在PAGE凝胶上跑胶，以确认环状RNA分子的富集。

实例9：昆虫细胞中环状RNA的产生

本实例描述了来自包括昆虫细胞的真核系统的环状RNA的设计、产生、和纯化。图1中提供了描绘用于在昆虫细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体从5'至3'编码：用于诱导RNA表达的启动子，如OpIE1启动子(SEQ ID NO:25)；在其3'端切割的5'自切割核酶，如锤头状核酶(SEQ ID NO:2)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体，如Pepper(SEQ ID NO:6)；IRES，如EMCV IRES(SEQ ID NO:8)；和表达蛋白，如3X-Flag蛋白(SEQ ID NO:36)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:13)；以及转录终止子序列，如IE1终止子序列(SEQ ID NO:28)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；编码多肽的编码区，如适配体Pepper(SEQ ID NO:7)；表达序列，如3X-FLAG蛋白(SEQ ID NO:37)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在昆虫细胞中的环化的过程的示意图。

设计另一编码RNA连接酶的DNA构建体以维持昆虫细胞中的RNA连接酶表达。构建该DNA构建体并且其从5'至3'包括：用于在编码RNA连接酶(如RNA 2',3'-环磷酸和5'-OH(RtCB)连接酶(GenBank：CAG33456.1))的编码序列中诱导RNA连接酶表达的启动子，如以3'至5'方向用于驱动表达的T7lac聚合酶启动子(SEQ ID NO:29)；以及转录终止子序列(SEQID NO:30)。

在草地贪夜蛾SF9或SF21细胞中产生环化RNA。将环状RNA纯化并在小麦胚芽提取物中孵育持续4至8小时，用于发生高效的蛋白翻译。为了确认来自环状RNA的3X-FLAG肽的表达，将环状RNA在抗FLAG包被的板中孵育，然后根据制造商的方案(西格玛密理博公司，美国)通过ELISA测定法检测。将蛋白酶处理的和未处理的蛋白质相比以确认高效的蛋白质表达。

实例10：用于在哺乳动物细胞中环化和表达的RNA构建体的设计

本实例描述了用于在哺乳动物细胞中表达RNA和RNA连接酶的DNA载体的设计。图1中提供了描绘用于在哺乳动物细胞中产生环状RNA的示例性DNA构建体的设计的示意图。将使用pcDNA3.1质粒骨架的DNA构建体在多克隆位点处进行修饰以从5'至3'包括：用于诱导RNA表达的组成型启动子，如密码子优化的CMV启动子(SEQ ID NO:31)；在其3'端切割的5'自切割核酶，如锤头状核酶(SEQ ID NO:2)；5'退火区(SEQ ID NO:4)；多核糖核苷酸负载物，包括例如适配体，如Pepper(SEQ ID NO:6)；IRES，如EMCV IRES(SEQ ID NO:8)；和表达蛋白，如报告蛋白NanoLuc(SEQ ID NO:10)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:13)；以及转录终止子序列，如SV40(SEQ ID NO:33)。

将该DNA构建体转录以产生线性RNA，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；5'退火区(SEQ ID NO:5)；编码多肽的编码区，如适配体Pepper(SEQ ID NO:7)；3'退火区(SEQ ID NO:12)；在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:14)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA。通过添加RNA连接酶使该连接酶相容的线性RNA环化。图2中提供了描绘在哺乳动物细胞中的环化的过程的示意图。

设计另一编码RNA连接酶的DNA构建体以维持昆虫细胞中的RNA连接酶表达。构建该DNA构建体并且其从5'至3'包括：用于在编码RNA连接酶(如RNA 2',3'-环磷酸和5'-OH(RtCB)连接酶(GenBank：CAG33456.1))的编码序列中诱导RNA连接酶表达的启动子，如以3'至5'方向用于驱动表达的TREG3G启动子(SEQ ID NO:35)；以及转录终止子序列(SEQ IDNO:30)。

实例11：哺乳动物细胞的转染

该实例描述了将DNA构建体转染到哺乳动物细胞中。将实例9和10中所述的DNA构建体转化到HEK293 Tet-On 3G细胞(宝生物工程株式会社(Takara Bio))中。在标准组织培养条件下，将细胞维持在具有10％胎牛血清(FBS)、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的1×杜尔贝科改良伊格尔培养基(Dulbecco’s Modified Eagle Medium，DMEM)(生命技术公司(Life Technologies))中。使用OptiMEM

实例12：监测哺乳动物细胞中的RNA产生

本实例描述了使用荧光适配体Pepper监测哺乳动物细胞中的RNA产生。通过从1mL中收获细胞并测量适配体荧光来监测哺乳动物细胞中RNA的产生。为了使用适配体荧光测量RNA的产生，对哺乳动物细胞补充500nM HBC525，其在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光，参见Chen等人(2019)Nature Biotechnol.[自然生物技术],37:1287-1293,doi:10.1038/s41587-019-0249-1。通过使用分光光度计测量525nm处的荧光来量化从DNA构建体产生的RNA的量。

实例13：从哺乳动物细胞进行的RNA的提取

本实例描述了从哺乳动物细胞提取RNA。然后提取由实例12中所述的哺乳动物细胞产生的RNA。RNA提取通过以下进行：去除培养基并用1x磷酸盐缓冲盐水(赛默飞世尔公司)剥离细胞并将这些细胞重悬于TRIzolTM LS试剂(英杰公司(Invitrogen))中，并根据制造商的说明纯化RNA。使用微量分光光度计(例如，NanoDrop 2000(赛默飞世尔科技公司))对总RNA浓度进行测量和归一化。

实例14：哺乳动物细胞中产生的环状RNA的确认

本实例描述了使用凝胶移位法从总RNA分离并确认哺乳动物细胞中产生的环状RNA。

使用凝胶移位法确认了在哺乳动物细胞中环化的线性RNA被环化。为了表征环状RNA，将1μg提取的RNA在50％甲酰胺中煮沸并加载到6％ PAGE尿素凝胶上用于变性电泳。在分离核苷酸后，将凝胶用溴化乙锭染色并成像。通过观察与线性RNA种类相比的环状RNA的凝胶移位来确认RNA的环状性。

实例15：哺乳动物细胞中产生的环状RNA的确认

本实例描述了使用聚A聚合酶法从总RNA分离并确认环状RNA。环状RNA通过以下表征：根据制造商的说明，用聚A尾聚合酶(新英格兰生物实验室公司)处理1μg提取的RNA。在37℃下的1小时反应中，向线性多核糖核苷酸酶促添加长度为约100、200、或300个核苷酸的聚A尾。不将聚A尾添加到环状多核糖核苷酸中，因为它们不具有游离的3'端。用聚A尾处理后，产物在6％ PAGE尿素凝胶上经历凝胶电泳。所得的凝胶将未处理的样品与经聚A聚合酶处理的RNA提取物进行比较，以鉴定与观察到的环状RNA的分子量没有变化相比的线性RNA的分子量的变化。

实例16：哺乳动物细胞中环状RNA的环化效率的测量

本实例描述了测量环状RNA产生的效率。哺乳动物细胞中的RNA产生效率计算为(产生的环状RNA的质量)/(总RNA的质量)。由哺乳动物细胞产生的环状RNA的量是通过使用适配体荧光来测量的。适配体荧光通过以下测量：用500nM HBC525染色含有分离的目的RNA的6％ PAGE尿素凝胶和通过体外转录(IVT)产生的同源RNA的标准曲线，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光；以及使用ImageJ软件分析荧光的相对亮度。然后使用标准曲线计算质量并除以实例15中测量的总RNA质量。

实例17：由哺乳动物细胞中产生的环状RNA产生的蛋白质的表征

本实例示出了在哺乳动物细胞中产生的环状RNA是功能性的并且能够表达报告蛋白。使用兔网织红细胞裂解物翻译系统测量由上述DNA构建体编码的功能性纳米荧光素酶蛋白的产生。根据制造商的说明，使用兔网织红细胞裂解物(RRL)核酸酶处理的体外翻译系统(普洛麦格公司)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将如实例14中所述的1μg提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上在室温下冷却20分钟。将RNA转移到70％ RRL中并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。然后在Nano-Glo荧光素酶测定(普洛麦格公司)中分析体外翻译反应的产物。将10μl的RRL产物与10μl的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。

实例18：细胞中线性多核糖核苷酸的环化的检测

本实例描述了使用RT-PCR确认细胞中多核糖核苷酸的环状构象的一般方法。该方法适合于分析来自任何细胞、原核或真核细胞的RNA样品。

此处用来自原核细胞的RNA的分析来说明该方法。将来自大肠杆菌细菌细胞的总RNA制剂用作逆转录酶(RT)反应的模板。使用随机六聚体起始反应。线性多核糖核苷酸产生了互补DNA(cDNA)，该互补DNA(cDNA)具有比“单位长度”(即在5'与3'核酶切割位点之间的距离)短的长度。由于滚环扩增，环状多核糖核苷酸产生了较短(短于单位长度)和较长(长于单位长度)长度的cDNA。使用多核糖核苷酸序列内的寡核苷酸引物，将来自RT反应的cDNA产物用作PCR反应中的模板。单位长度cDNA的PCR扩增产生了单位长度的扩增子。长于单位长度的cDNA的PCR扩增产生了单位长度的扩增子和长于单位长度(典型地是整数倍单位长度，最常见的是两倍单位长度)的扩增子两者，这在凝胶上生成了特征性阶梯图案。在RNA连接酶不存在的情况下将体外生成的线性多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阴性对照；这些PCR生成了缺少阶梯图案的单位长度的扩增子。将通过使体外生成的线性多核糖核苷酸与RNA连接酶接触而生成的环状多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阳性对照；这些PCR生成了呈阶梯图案的长于单位长度的扩增子。以这种方式对来自细菌细胞(这些细菌细胞含有预定用于通过RNA连接酶进行环化的线性多核糖核苷酸前体)的总RNA进行的RT-PCR示出了长于单位长度的扩增子具有特征性阶梯图案，这确认了线性前体的环化，同时从缺少多核糖核苷酸或缺少RNA连接酶的细菌细胞分离的总RNA没有示出这种图案。图3展示了细菌细胞中线性多核糖核苷酸的环化和环化RNA产物的RT-PCR检测的实例。测试了两种构建体，其编码各自的线性多核糖核苷酸前体“min1”(SEQ ID NO:603)(其具有392nt的未加工长度和在核酶切割后275nt的加工长度)、以及“min2”(SEQ ID NO:604)(其具有245nt的未加工长度和在核酶切割后128nt的加工长度)。min1的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(275nt)和两倍单位长度扩增子(550nt)的条带形成。min 2的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(128nt)和两倍单位长度扩增子(256nt)的条带形成。

验证线性RNA前体的环化的替代性方法使用地高辛标记和RNA印迹分析。简言之，使用DIG标记的UTP代替UTP，并使用编码线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体的PCR扩增子作为模板，使用SP6 Mega IVT试剂盒根据制造商的说明在体外转录地高辛标记的RNA分子。将待分析的样品提取为来自转染的细菌细胞的总RNA，通过凝胶电泳分离，然后转移到硝酸纤维素膜上。按照制造商的方案(DIG Northern Starter试剂盒，罗氏公司(Roche)，12039672910)制备被设计为具有与线性多核糖核苷酸前体互补的序列的地高辛标记的探针，将其纯化(例如，使用Monarch50ug RNA纯化柱)，并用于在硝酸纤维素膜上使RNA可视化。

实例19：玉米细胞中环化RNA的产生

本实例描述了用于向植物细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在玉米细胞中成功产生了环状RNA。

合成DNA载体以在植物细胞中表达线性多核糖核苷酸前体。在实例中，载体在HBT质粒上构建，该质粒可以从的鼠耳芥属生物资源中心，俄亥俄州立大学，俄亥俄州哥伦布(Arabidopsis Biological Resource Center,Ohio State University,Columbus OH)，43210获得(库存号HBT-sGFP(S65T)/CD3-911)。线性多核糖核苷酸前体从5'至3'包括：(a)具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于组成型RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

合成了用于在单子叶植物细胞中异源表达RNA连接酶的第二DNA载体。该载体也在HBT质粒上构建并且从5'至3'包括：(a)具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于在植物中组成型表达；(b)从拟南芥鉴定并经密码子优化用于在单子叶植物中表达的RNA连接酶(SEQ ID NO:615)；以及(c)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

接着是制备单子叶原生质体的一般程序。按照叶肉原生质体制备方案(改良自在molbio[dot]mgh[dot]Harvard[dot]edu/sheenweb/protocols_reg[dot]html公开获得的方案)，从8-10天龄的幼苗中分离玉米(玉蜀黍)B73原生质体。该方案通常适合于单子叶植物，如玉米(玉蜀黍)和水稻(稻)。制备含有0.6摩尔甘露醇、10毫摩尔MES(pH 5.7)、1.5％纤维素酶RIO、和0.3％离析酶RIO的酶溶液。将酶溶液在50-55摄氏度加热10分钟以灭活蛋白酶和加速酶溶解并冷却至室温，然后添加1毫摩尔CaCl2、5毫摩尔巯基乙醇、和0.1％牛血清白蛋白。使酶溶液通过0.45微米的过滤器。制备含有0.6摩尔甘露醇、4毫摩尔MES(pH 5.7)、和20毫摩尔KCl的洗涤溶液。

获得植物的第二批叶子，并切出中间的6-8厘米。将十个叶子片段堆叠起来并切成0.5毫米宽的条而不伤到叶子。将叶条完全浸没在培养皿中的酶溶液中，用铝箔覆盖，并应用真空30分钟以渗入叶组织。将培养皿转移至平台振荡器，并在轻轻振荡(40rpm)下孵育用于额外的2.5小时的消化。消化后，使用血清移液器小心地将含有原生质体的酶溶液通过35微米尼龙网转移到圆底管中；用5毫升的洗涤溶液冲洗培养皿，并且还通过筛网过滤。将原生质体悬浮液在摆桶式离心机中以1200rpm离心2分钟。在不接触沉淀物的情况下尽可能多地抽吸上清液；用20毫升的洗涤缓冲液轻轻洗涤沉淀物一次，并小心去除上清液。通过在少量的洗涤溶液中轻轻涡旋使沉淀物重悬，然后重悬于10-20毫升的洗涤缓冲液中。将管直立置于冰上持续30分钟-4小时(不长于4小时)。在冰上静置后，通过抽吸去除上清液，并用2-5毫升的洗涤缓冲液使沉淀物重悬。使用血细胞计数器测量原生质体的浓度，并用洗涤缓冲液将浓度调节至2x 10^5个原生质体/毫升。

接着是在植物细胞中产生环状RNA的一般程序。如Niu和Sheen(2011)所述对原生质体进行聚乙二醇(PEG)转染。简言之，将10微升的DNA载体(每个载体10微克)、100微升的在洗涤溶液中的原生质体和110微升的PEG溶液(40％(w/v)的PEG 4000(西格玛奥德里奇公司、0.2M甘露醇、和0.1M CaCl2)在室温下孵育5-10min。添加440微升的洗涤溶液并通过颠倒轻轻混合以停止转染。然后通过以110x g旋转1min使原生质体沉淀，并去除上清液。在12孔组织培养板的每个孔中，用500微升的孵育溶液(0.6摩尔甘露醇、4毫摩尔MES(pH 5.7)、和4毫摩尔KCl)将原生质体轻轻重悬，并孵育12、24和48小时。

通过收获细胞的等分试样并测量适配体荧光来监测RNA的产生。适配体荧光通过补充500nM HBC525来测量，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光。

RNA提取通过以下进行：离心1毫升原生质体细胞，将细胞沉淀物重悬于TRIzol(赛默飞世尔科技公司，目录号15596026)中并添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司，目录号R2060)中。在15微升的无核酸酶的水中洗脱总RNA。

RNA可以通过合适的方法来表征。对于凝胶移位分析，将1微克提取的RNA在50％甲酰胺中煮沸并加载到6％ PAGE尿素凝胶上用于变性凝胶电泳。在分离核苷酸后，将凝胶用溴化乙锭染色并成像。对环状RNA种类相比于线性RNA种类的凝胶位移的观察确认了植物细胞中的环化。对于聚A聚合酶分析，根据制造商的说明，用聚A尾聚合酶(目录号M0276S，新英格兰生物实验室公司，伊普斯威奇(Ipswich)，马塞诸塞州(MA))处理1微克提取的RNA。在37摄氏度下的1小时反应中，对线性核苷酸酶促添加约100nt、约200nt、或约300nt的聚A尾。环状核苷酸不具有游离的3'端，因此它们不能添加聚A尾。如上所述，使聚A尾反应的产物在6％ PAGE尿素凝胶上跑胶。未处理的和聚A聚合酶处理的RNA提取物的比较揭示了线性种类的分子量增加，并且环状种类的分子量没有变化。

RNA产生效率计算为(产生的所希望的RNA的质量)/(总RNA的质量)。质量的一种测量值可以通过来自环状RNA的适配体荧光获得，该环状RNA在负载物序列中包括荧光RNA适配体，如Pepper适配体；荧光通过以下测量：用500nM HBC525染色含有来自体内转录样品的分离RNA的6％ PAGE尿素凝胶和体外转录的同源RNA的标准曲线，并使用ImageJ软件分析相对亮度。然后使用标准曲线计算给定目的RNA的质量并除以总RNA质量。

在实例中，在单子叶植物玉米(maize)(玉蜀黍；“玉米(corn)”)的细胞中产生环状RNA。在HBT质粒上构建的DNA载体从5'至3'含有：(a)具有增强子的花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于组成型RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

按照上述一般程序将玉米(B73)原生质体制备成浓度为4x 10^5个原生质体/毫升。使用编码线性多核糖核苷酸前体的CaMV 35s启动子驱动的DNA载体和编码经密码子优化用于在单子叶植物中表达的拟南芥RNA连接酶的DNA载体，按照上述一般程序转染原生质体，并孵育6h和16h。

根据制造方案，使用来自Zymo研究公司(尔湾市(Irvine)，加利福尼亚州(CA))的Quick-RNA植物微型制备试剂盒进行RNA提取。简言之，收获1毫升转染的原生质体并重悬于800微升的RNA裂解缓冲液中。离心后，收集400微升上清液并使其通过一系列Zymo柱，然后在30微升无核酸酶的水中洗脱RNA。

使用上述实例18中的RT-PCR方法分析RNA。图4展示了长于单位长度的扩增子的存在，这确认了在玉米细胞中成功产生了环化RNA。

实例20：鼠耳芥属细胞中环化RNA的产生

本实例描述了用于向植物细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在双子叶植物细胞中产生环状RNA。

在实例中，在双子叶植物拟南芥的细胞中产生环状RNA。在HBT质粒上构建的DNA载体从5'至3'含有：(a)具有增强子的花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于组成型RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

合成了用于在双子叶植物细胞中异源表达RNA连接酶的第二DNA载体。该载体也在HBT质粒上构建并且从5'至3'包括：(a)具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于在植物中组成型表达；(b)从拟南芥鉴定的RNA连接酶(参见AT1G07910，DOI:10.1261/rna.043752.113)；以及(c)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

按照该制备双子叶植物原生质体的一般程序制备鼠耳芥属原生质体。制备含有0.4摩尔甘露醇、20毫摩尔MES(pH 5.7)、20毫摩尔KCl、1.5％纤维素酶R10、和0.4％离析酶R10的酶溶液。将酶溶液在50-55摄氏度加热10分钟以灭活蛋白酶和加速酶溶解并冷却至室温，然后添加10毫摩尔CaCl2、1毫摩尔巯基乙醇、和0.1％牛血清白蛋白。使酶溶液通过0.45微米的过滤器。制备含有154毫摩尔NaCl、125毫摩尔CaCl2、2毫摩尔MES(pH 5.7)、和5毫摩尔KCl的W5溶液。制备含有0.5摩尔甘露醇、4毫摩尔MES(pH 5.7)、和20毫摩尔KCl的WI溶液。含有0.4毫摩尔甘露醇、15毫摩尔MgCl2、和4毫摩尔MES(pH 5.7)的MMg溶液。

获得植物的充分展开的叶子，将中间部分切成0.5至1毫米的条而不压碎边缘。立即将这些叶条转移并完全浸没在铝箔覆盖的培养皿中的酶溶液中。将培养皿转移至平台振荡器，并在轻轻振荡(40rpm)下孵育用于额外的2.5至3小时的消化。消化后，将同等体积的W5溶液添加至含有原生质体的酶溶液，并使用血清移液器小心地将所得的溶液通过35微米尼龙网转移到圆底管中；用5毫升的W5溶液冲洗培养皿，并且还通过筛网过滤。将原生质体悬浮液在摆桶式离心机中以100x g离心2分钟。在不接触沉淀物的情况下尽可能多地抽吸上清液；将沉淀物轻轻重悬于0.5毫升的W5溶液中。使用血细胞计数器测量原生质体的浓度，并用MMg溶液将浓度调节至4x 10^5个原生质体/毫升。

接着是在双子叶植物细胞中产生环状RNA的一般程序。按照上述一般原生质体程序，从生长在半强度MS培养基上的三周龄拟南芥的充分展开的叶子分离原生质体。使用编码线性多核糖核苷酸前体的CaMV 35s启动子驱动的DNA载体和编码拟南芥RNA连接酶的DNA载体转染原生质体。如Niu和Sheen(2011)所述对原生质体进行PEG转染。简言之，将10微升的DNA载体(每个载体10微克)、100微升的在洗涤溶液中的原生质体和110微升的PEG溶液(40％(w/v)的PEG 4000(西格玛奥德里奇公司、0.2M甘露醇、和0.1M CaCl2)在室温下孵育5-10min。添加440微升的洗涤溶液并通过颠倒轻轻混合以停止转染。然后通过以110x g旋转2min使原生质体沉淀，并去除上清液。在12孔组织培养板的每个孔中，用500微升的孵育溶液(0.6摩尔甘露醇、4毫摩尔MES(pH 5.7)、和4毫摩尔KCl)将原生质体轻轻重悬。将经转染的鼠耳芥属细胞孵育6h和16h。

根据制造方案，使用来自Zymo研究公司(尔湾市，加利福尼亚州)的Quick-RNA植物微型制备试剂盒进行RNA提取。简言之，收获1毫升转染的原生质体并重悬于800微升的RNA裂解缓冲液中。离心后，收集400微升上清液并使其通过一系列Zymo柱，然后在30微升无核酸酶的水中洗脱RNA。

使用上述实例18中的RT-PCR方法分析RNA。图4展示了长于单位长度的扩增子的存在，这确认了在拟南芥细胞中成功产生了环化RNA。

实例21：烟草植物中环化RNA的产生

本实例描述了用于向植物提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在烟草植物中产生环状RNA。

在实例中，在双子叶植物烟草(本氏烟)的叶子中产生环状RNA。在pCAMBIA-1302质粒(目录号ab275760，艾博抗公司，剑桥市(Cambridge)，英国)上构建的DNA载体从5'至3'含有：(a)具有增强子的花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于组成型RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

合成了用于在双子叶植物细胞中异源表达RNA连接酶的第二DNA载体。该载体也在pCAMBIA-1302质粒上构建并且从5'至3'包括：(a)具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于在植物中组成型表达；(b)从拟南芥鉴定的RNA连接酶；以及(c)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

将DNA载体瞬时转化到根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)GV3101株系(目录号ACC-100，Lifeasible公司，雪莉市(Shirley)，纽约州)中。根据来自Norkunas等人(2018)(DOI:10.1186/s13007-018-0343-2)的方法使农杆菌渗入(“农杆菌渗入”)到本氏烟的叶子中。简言之，将重组农杆菌细菌的单个菌落接种到含有卡那霉素(50mg/L)和利福平(25mg/L)的液体LB培养基中。将培养物在28℃下伴随振荡孵育过夜。使细菌沉淀并在MMA(10mM MES(pH 5.6)、10mM MgCl2、200微摩尔乙酰丁香酮)中重悬至OD600＝1.0。将培养物在室温下伴随轻轻摇动孵育2-4小时。将来自携带编码具有RNA负载物序列的线性RNA前体的质粒的重组细菌和携带具有RNA连接酶的质粒的重组细菌的培养物以1:1混合，然后使用钝头塑料注射器并施加轻轻的压力递送到1-2月龄小植株的叶子背侧。

通过测量适配体荧光来监测RNA的产生。通过将500nM HBC525递送到农杆菌渗入的叶片的背面测量适配体荧光。HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光。

RNA提取通过以下进行：收获经渗入的叶子并将样品在TRIzol(赛默飞世尔科技公司，目录号15596026)中研磨并添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司，目录号R2060)中。如实例19中所述，将总RNA在无核酸酶的水中洗脱，并且可以通过凝胶移位测定法或通过聚A聚合酶测定法来表征。

使用上述实例18中的RT-PCR方法分析RNA。长于单位长度的扩增子的存在确认了在瞬时转染的烟草叶子中成功产生了环化RNA。

实例22：单细胞绿藻中环化RNA的产生

本实例描述了用于向藻类提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在单细胞绿藻普通小球藻中产生环状RNA。

在实例中，在悬浮培养物中生长的单细胞绿藻普通小球藻中产生环状RNA。在pCAMBIA-1302质粒(目录号ab275760，艾博抗公司，剑桥市，英国)上构建的DNA载体从5'至3'含有：(a)具有增强子的花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于组成型RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCVIRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

合成了用于在双子叶植物细胞中异源表达RNA连接酶的第二DNA载体。该载体也在pCAMBIA-1302质粒上构建并且从5'至3'包括：(a)具有增强子的35S启动子(SEQ ID NO:605)，用于在植物中组成型表达；(b)从拟南芥鉴定的RNA连接酶；以及(c)转录终止子序列，NOS终止子(SEQ ID NO:613)。

根据Kumar等人(2017)(DOI:10.1007/s10811-018-1396-3)中所述的方法将这些DNA载体转化到普通小球藻中。简言之，通过在黑暗中以50rpm轻轻旋转通过酶促细胞壁消化长达15h从培养的小球藻属(Chlorella)细胞制备原生质体。通过用伯乐公司(Bio-Rad)的Gene Pulser Xcell电穿孔系统(伯乐公司，赫拉克勒斯市(Hercules)，加利福尼亚州)电穿孔将两种DNA载体转化到小球藻属原生质体细胞中。电穿孔后，接着将细胞转移到含有BG11培养基(1.5g/L NaNO3、0.04g/LK2HPO4、0.075g/L MgSO4.7H2O、0.036g/LCaCl2.2H2O、0.006g/L柠檬酸、0.006g/L柠檬酸铁铵、0.001g/L EDTA、0.02g/L Na2CO3、1ml/L痕量金属混合物A5；Stanier等人(1971)DOI:10.1128/br.35.2.171-205.1971)的12孔板中。将细胞在黑暗中于25℃培养24h。收获这些细胞并铺板到含有70微克/毫升潮霉素的BG11琼脂板上，并在25℃下用60μmol光子m-1s-1在连续的荧光灯下孵育。

通过收获小球藻属细胞的等分试样并测量适配体荧光来监测RNA的产生。适配体荧光通过补充500nM HBC525来测量，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光。

RNA提取通过以下进行：离心1毫升培养的细胞，将细胞沉淀物重悬于TRIzol(赛默飞世尔科技公司，目录号15596026)中并添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司，目录号R2060)中。如实例19中所述，将总RNA在无核酸酶的水中洗脱，并且可以通过凝胶移位测定法或通过聚A聚合酶测定法来表征。

实例23：酵母中环化RNA的产生

本实例描述了用于向酵母细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在酵母酿酒酵母中产生环状RNA。

在实例中，在酵母酿酒酵母中产生环状RNA。在pYES2酵母表达质粒(目录号V82520，赛默飞世尔科技公司，沃尔瑟姆市(Waltham)，马塞诸塞州)上构建的DNA载体从5'至3'含有：(a)GAL1启动子(SEQ ID NO:614)，用于可诱导的RNA表达；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列，CYC1终止子(SEQ ID NO:616)。(用于酵母的替代性DNA载体包括PSF-TEFI-URA3质粒(目录号OGS534，西格玛奥德里奇公司，圣路易斯市(St.Louis)，密苏里州(MO))；替代性启动子包括组成型启动子，如用于组成型RNA表达的TEF1启动子。)

合成了用于在双子叶植物细胞中异源表达RNA连接酶的第二DNA载体。该载体也在pYES2质粒上构建并且从5'至3'包括：(a)GAL1启动子(SEQ ID NO:614)，用于可诱导表达；(b)KlaTrl1，一种从乳酸克鲁维酵母鉴定的tRNA连接酶(GenBank：CAG98435.1，DOI：10.1261/rna.043752.113，SEQ ID NO:617)；以及(c)转录终止子序列，CYC1终止子(SEQ IDNO:616)。

根据pYES2质粒手册将两种DNA构建体转化到感受态INVSc1酿酒酵母细胞中。在SC-U选择板上选择转化子，并将这些细胞维持在SC-U培养基中。

通过收获经转化的酵母细胞的等分试样并测量适配体荧光来监测RNA的产生。适配体荧光通过补充500nM HBC525来测量，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光。

RNA提取通过以下进行：离心1毫升培养的细胞，将细胞沉淀物重悬于TRIzol(赛默飞世尔科技公司，目录号15596026)中并添加到Direct-zol RNA microprep(Zymo研究公司，目录号R2060)中。如实例19中所述，将总RNA在无核酸酶的水中洗脱，并且通过凝胶移位测定法或通过聚A聚合酶测定法来表征。

使用上述实例18中的RT-PCR方法分析RNA。凝胶上由长于单位长度的扩增子(最常见的是两倍单位长度)引起的特征性阶梯样条带图案确认了如在图5中示出的在经转化的酿酒酵母细胞中成功产生了环化RNA。

实例24：包括编码序列的环化RNA负载物的功能性。

可以测试环化RNA产物的功能性(例如，用于在实例19-23中所述的实验中产生的环状RNA)以确定作为环化RNA的负载物的一部分的Nanoluc荧光素酶编码序列是否可以被翻译并发挥作用。根据制造商的说明，使用小麦胚芽提取物(WGE)体外翻译系统(目录号L4380，普洛麦格公司，麦迪逊市(Madison)，威斯康星州(WI))测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将1微克提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上冷却20分钟。将RNA转移到1x小麦胚芽提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。使用Nano-Glo荧光素酶测定法(目录号N1110，普洛麦格公司，麦迪逊市，威斯康星州)分析所得的翻译反应产物，在分光光度计中测量Nanoluc荧光素酶发光。高于背景的发光指示功能性荧光素酶从环状RNA翻译。

还根据制造商的说明，使用昆虫细胞提取物(ICE)体外翻译系统(目录号L1101，普洛麦格公司，麦迪逊市，威斯康星州)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将1微克提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上冷却20分钟。将RNA转移到1x昆虫细胞提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。使用Nano-Glo荧光素酶测定法(目录号N1110，普洛麦格公司，麦迪逊市，威斯康星州)分析所得的翻译反应产物，在分光光度计中测量Nanoluc荧光素酶发光。高于背景的发光指示功能性荧光素酶从环状RNA翻译。

实例25：昆虫细胞中环状RNA的产生

本实例描述了用于向昆虫细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在秋粘虫(草地贪夜蛾，鳞翅目)细胞中产生环状RNA。

编码用于在昆虫细胞中产生环状RNA的线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体的实例包括以下。在非限制性实例中，该DNA构建体从5'至3'包括：(a)OpIE1启动子(SEQ ID NO:618)或诱导型T7lac聚合酶启动子(SEQ ID NO:619)；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(g)转录终止子序列(SEQ ID NO:620)。在另一实例中，该DNA构建体从5'至3'包括：(a)用于生成重组杆粒DNA的细菌转座子Tn7左臂序列(SEQ ID NO:621)；(b)用于驱动核糖核苷酸转录的多角体蛋白启动子(SEQ ID NO:622)；(c)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(d)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(e)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(f)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(g)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；(h)SV40聚(A)信号序列(SEQ ID NO:623)；以及(i)用于生成重组杆粒DNA的细菌转座子Tn7右臂序列(SEQ ID NO:624)。

用于向昆虫细胞提供RNA连接酶的第二DNA构建体的实例从5'至3'包括诱导型T7lac聚合酶启动子(SEQ ID NO:619)，其与编码异源RtCB连接酶的DNA序列(SEQ ID NO:625)可操作地连接，随后是转录终止子序列(SEQ ID NO:620)。

将编码用于在昆虫细胞中产生环状RNA的线性多核糖核苷酸前体和编码异源RtCB连接酶的DNA构建体克隆到pFastBac供体质粒中，用于在草地贪夜蛾SF9或SF21细胞(可从赛默飞世尔公司，沃尔瑟姆市，马塞诸塞州获得)中表达。然后将它们转化到感受态DH10Bac大肠杆菌细胞和Lac7大肠杆菌细胞中以生成重组杆粒。将草地贪夜蛾SF9或SF21细胞用CELLFECTIN试剂(赛默飞世尔公司，沃尔瑟姆市，马塞诸塞州)和含有线性多核糖核苷酸前体DNA构建体和异源RtCB连接酶的重组杆粒共转染。通过用IPTG诱导异源RtCB连接酶实现线性多核糖核苷酸前体的环化。将SF9或SF21细胞以单层或以悬浮形式培养，然后收集RNA。

在另一实例中，将编码用于在昆虫细胞中产生环状RNA的线性多核糖核苷酸前体和编码异源RtCB连接酶的DNA构建体克隆到在MCS区的BamHI与NotI之间的pFastBac1供体质粒中，并使用Bac至Bac杆状病毒表达系统(目录号10359016，赛默飞世尔公司，沃尔瑟姆市，马塞诸塞州)转化到感受态DH10Bac大肠杆菌细胞中以生成重组杆粒。通过NanodropOne(赛默飞世尔公司，沃尔瑟姆市，马塞诸塞州)对重组杆粒DNA进行定量。将草地贪夜蛾SF9或SF21细胞用CELLFECTIN试剂(赛默飞世尔公司，沃尔瑟姆市，马塞诸塞州)和含有该线性多核糖核苷酸前体DNA构建体和该异源RtCB连接酶的重组杆粒共转染。通过用IPTG诱导异源RtCB连接酶实现线性多核糖核苷酸前体的环化。将SF9细胞在27℃下在黑暗中以单层培养。在转染后72小时，收集细胞用于RNA提取。如实例18所述使这些RNA样品经受RT-PCR。具有特征性阶梯图案的长于单位长度的扩增子的存在确认了线性前体的环化(图6)。这表明在昆虫细胞中成功产生了环状RNA。

任选地，接着将细胞培养物以80,000x g超离心75分钟以从细胞沉淀物中去除剩余的病毒和上清液。一旦去除上清液，用磷酸盐缓冲盐水洗涤细胞沉淀物并以1,000x g离心1分钟。然后将细胞重悬于Tri试剂(西格玛密理博公司，美国)中。然后使细胞经受来自-80℃或来自液氮的冻融循环以裂解细胞，为RNA提取作准备。然后将细胞在4℃下以12,000xg离心1分钟以沉淀细胞碎片，并将上清液转移到新的管中，为RNA纯化作准备。使用RNA清洁与浓缩器柱(Zymo公司，USA)进行RNA纯化。为了确认从昆虫细胞产生的RNA是环状种类，接着用含有RNA酶R和核酸外切酶T的核酸外切酶混合物(新英格兰生物实验室公司)处理纯化的RNA，以降解单链RNA分子。然后将剩余的RNA在PAGE凝胶上跑胶并与单链RNA进行比较，以确认环状RNA分子的富集。

实例26：昆虫细胞中环状RNA的产生以及负载物编码的多肽的表征

本实例描述了用于向昆虫细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更具体地，本实例描述了在草地贪夜蛾细胞中产生携带编码序列负载物的环状RNA和编码的多肽的表征。

在本实例中，编码线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体从5'至3'包括：(a)OpIE1启动子(SEQ ID NO:618)；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ ID NO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)5'EMCV IRES(SEQ ID NO:609)；(e)3X-Flag肽编码序列(SEQ ID NO:628)；(f)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(g)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；以及(h)转录终止子序列(SEQ ID NO:620)。

编码RNA连接酶的DNA构建体从5'至3'包括诱导型T7lac聚合酶启动子(SEQ IDNO:619)，其与编码异源RtCB连接酶的DNA序列(SEQ ID NO:625)可操作地连接，随后是转录终止子序列(SEQ ID NO:620)。

按照如实例25中的程序在SF9和SF21细胞中产生环化RNA。将环状RNA纯化并在小麦胚芽提取物中孵育4至8小时，用于高效的蛋白质翻译。为了确认3X-FLAG肽的表达，将来自体外翻译反应的蛋白质在抗FLAG包被的板(目录号P2983，密理博-西格玛公司)中孵育并通过ELISA检测。将蛋白酶处理的和未处理的蛋白质进行比较以确认高效的蛋白表达。

实例27：哺乳动物细胞中环状RNA的产生

本实例描述了用于向哺乳动物细胞提供线性多核糖核苷酸前体和异源连接酶的重组DNA载体，用于该线性多核糖核苷酸的转录和环化。更特别地，本实例描述了在哺乳动物细胞系(具体地人胚肾(HEK 293)细胞和人宫颈上皮(HeLa)细胞)中产生携带编码序列负载物的环状RNA。

在本实例中，编码线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体是通过在pcDNA3.1质粒的多克隆位点处进行修饰而构建的，以包括(1)以5'至3'方向用于表达线性RNA前体的以下项：(a)CMV启动子(SEQ ID NO:626)；(b)在其3'端切割的自切割RNA，如锤头状核酶(SEQ IDNO:606)；(c)5'退火区(SEQ ID NO:607)；(d)多核糖核苷酸负载物，其包括Pepper适配体(SEQ ID NO:608)、EMCV IRES(SEQ ID NO:609)、和NanoLuc(SEQ ID NO:610)；(e)3'退火区(SEQ ID NO:611)；(f)在其5'端切割的自切割RNA，如丁型肝炎病毒核酶(SEQ ID NO:612)；和(g)SV40转录终止子序列(SEQ ID NO:627)；(2)以5'至3'方向用于RNA连接酶表达的以下项：(a)密码子优化的诱导型TRE3G启动子(SEQ ID NO:629)，其与编码异源RtcB连接酶的DNA(SEQ ID NO:625)可操作地连接，随后是SV40转录终止子序列(SEQ ID NO:627)。

将该载体转化到人胚肾HEK 293 Tet-On 3G细胞(目录号CRL-3216，美国典型培养物保藏中心(American Type Culture Collection)，马纳萨斯(Manassas)，弗吉尼亚州(VA))或永生化人宫颈上皮HeLa细胞(目录号CCL-2，美国典型培养物保藏中心，马纳萨斯，弗吉尼亚州)中。在标准组织培养条件下，将细胞维持在1×DMEM(生命技术公司11995-065)中，该DMEM含有10％胎牛血清、100U/毫升青霉素和100微克/毫升的链霉素。使用OptiMEM

通过从1毫升培养物样品收获细胞并测量适配体荧光来监测RNA的产生。适配体荧光通过补充500nM HBC525来测量，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光(提供参考)。在525nm处测量荧光。

通过去除培养基并用1x磷酸盐缓冲盐水(PBS)(赛默飞世尔公司10010031)剥离细胞，从细胞收获RNA。将细胞悬浮液与TRIzol

根据制造商的说明，使用兔网织红细胞裂解物、核酸酶处理的(RRL)体外翻译系统(目录号L4960，普洛麦格公司，麦迪逊市，威斯康星州)测量Nanoluc报告子的表达。简言之，将1微克提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上冷却20分钟。将RNA转移到70％RRL中并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。使用Nano-Glo荧光素酶测定法(目录号N1110，普洛麦格公司，麦迪逊市，威斯康星州)分析该体外翻译反应的产物；将10微升的RRL产物与10微升的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。

实例28：各种真核细胞中体内产生的RNA的环化的确认

本实例描述了使用RT-PCR以验证作为在各种真核细胞中体内转录的线性前体产生的多核糖核苷酸的环状构象，并确认这些线性前体在体内成功环化。

采用实例18中描述的RT-PCR分析方案评估来自真核细胞的RNA的体内转录和环化，这些真核细胞包括单子叶植物(玉米)、双子叶植物(鼠耳芥属)、酵母、昆虫、和哺乳动物(人)。如实例18-27中所述，用适当的DNA载体转化酵母细胞、昆虫SF9细胞、玉米原生质体细胞、鼠耳芥属原生质体细胞、和人HEK293和HeLa细胞，这些DNA载体编码各自的线性多核糖核苷酸前体“min1”(SEQ ID NO:603)(其具有392nt的未加工长度和在核酶切割后275nt的加工长度)、或“min2”(SEQ ID NO:604)(其具有245nt的未加工长度和在核酶切割后128nt的加工长度)。将从经转化的真核细胞细胞制备的总RNA用作逆转录酶(RT)反应的模板。在使用寡核苷酸引物AAGGATGTGTTCCCTAGGAGGGTGG(SEQ ID NO:630)和GAAAGGGGATAGTACCTGGGAGGGGG(SEQ ID NO:631)的PCR反应中将这些RT反应的cDNA产物用作模板。在RNA连接酶不存在的情况下将体外生成的线性多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阴性对照；这些PCR生成了缺少阶梯图案的单位长度的扩增子。将通过使体外生成的线性多核糖核苷酸与RNA连接酶接触而生成的环状多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阳性对照；这些PCR生成了长于单位长度(典型地为整数倍单位长度)的扩增子，这些扩增子在凝胶上生成了特征性阶梯样条带图案。min1的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(275nt)和两倍单位长度扩增子(550nt)的条带形成，并且偶尔也观察到微弱的三倍单位长度的条带。min 2的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(128nt)和两倍单位长度扩增子(256nt)的条带形成，并且偶尔也观察到微弱的三倍单位长度。从用编码线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体转化的酵母细胞、昆虫SF9细胞、玉米原生质体细胞、鼠耳芥属原生质体细胞、以及人HEK293和HeLa细胞获得的总RNA的RT-PCR分析全部示出了长于单位长度的扩增子具有指示该线性前体环化的特征性阶梯图案，而从缺少该多核糖核苷酸的酵母、昆虫、植物、或哺乳动物细胞分离的总RNA没有示出这种图案(图4、图5、图6和图7)。这些结果确认了通过在真核细胞中线性RNA前体的体内转录和线性RNA前体的环化成功产生了环状RNA。

本申请提到的所有引用的专利和专利公开均通过引用以其全文并入本文。本文披露和要求保护的所有材料和方法都可以如通过上述披露指示的和通过实例说明的进行制备和使用，而无需进行过多实验。尽管与本发明相关的材料和方法已在实施例和说明性实例方面进行了描述，但对于本领域技术人员而言将显而易见的是，在不背离本发明的概念、精神和范围的情况下，可以对本文所述的材料和方法做出替代和变化。因此，本发明的广度和范围不应受上述任一实例的限制，而应仅根据前述实施例、以下权利要求、以及它们的等同物来定义。

序列表

<110>旗舰创业创新七公司（FLAGSHIP PIONEERING INNOVATIONS VII, LLC）

<120>真核系统中环状多核糖核苷酸的产生

<130>P13752WO00

<150>63/189619

<151>2021-05-17

<150>63/166467

<151>2021-03-26

<160>631

<170>PatentIn 3.5版

<210>1

<211>557

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>1

uacuccaaga auaucaaaga uacagucuca gaagaccaaa gggcuauuga gacuuuucaa60

caaaggguaa uaucgggaaa ccuccucgga uuccauugcc cagcuaucug ucacuucauc 120

aaaaggacag uagaaaagga agguggcacc uacaaaugcc aucauugcga uaaaggaaag 180

gcuaucguuc aagaugccuc ugccgacagu ggucccaaag auggaccccc acccacaagg 240

agcaucgugg aaaaagaaga cguuccaacc acgucuucaa agcaagugga uugaugugau 300

aucuccacug acguaaggga ugacgcacaa ucccacuauc cuucgcccca agcuugggcc 360

caagcuuggg ucgcgcccca cggaugguau aagaauaaag gcauuccgcg ugcaggauuc 420

acccguucgc cucucaccuu uucgcuguac ucucucgcca cacacacccc cucuccagcu 480

ccguuggagc uccggacagc agcaggcgcg gggcggucac guaguaagca gcucucggcu 540

cccucucccc uugcucc557

<210>2

<211>49

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>2

uuuccccuga ugaguccgug aggacgaaac gaguaagcuc gucgggaaa49

<210>3

<211>49

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>3

tttcccctga tgagtccgtg aggacgaaac gagtaagctc gtcgggaaa49

<210>4

<211>20

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>4

gggaaaaaaa ugccgucggu20

<210>5

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>5

gggaaaaaaa tgccgtcggt20

<210>6

<211>53

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>6

uuggaccaau cguggcgugu cggccugcuu cggcaggcac uggcgccguc cag 53

<210>7

<211>53

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>7

ttggaccaat cgtggcgtgt cggcctgctt cggcaggcac tggcgccgtc cag 53

<210>8

<211>464

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>8

gagggcccgg aaaccuggcc cugucuucuu gacgagcauu ccuagggguc uuuccccucu60

cgccaaagga augcaagguc uguugaaugu cgugaaggaa gcaguuccuc uggaagcuuc 120

uugaagacaa acaacgucug uagcgacccu uugcaggcag cggaaccccc caccuggcga 180

caggugccuc ugcggccaaa agccacgugu auaagauaca ccugcaaagg cggcacaacc 240

ccagugccac guugugaguu ggauaguugu ggaaagaguc aaauggcucu ccucaagcgu 300

auucaacaag gggcugaagg augcccagaa gguaccccau uguaugggau cugaucuggg 360

gccucggugc acaugcuuua cauguguuua gucgagguua aaaaaacguc uaggcccccc 420

gaaccacggg gacgugguuu uccuuugaaa aacacgauga uaau464

<210>9

<211>464

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>9

gagggcccgg aaacctggcc ctgtcttctt gacgagcatt cctaggggtc tttcccctct60

cgccaaagga atgcaaggtc tgttgaatgt cgtgaaggaa gcagttcctc tggaagcttc 120

ttgaagacaa acaacgtctg tagcgaccct ttgcaggcag cggaaccccc cacctggcga 180

caggtgcctc tgcggccaaa agccacgtgt ataagataca cctgcaaagg cggcacaacc 240

ccagtgccac gttgtgagtt ggatagttgt ggaaagagtc aaatggctct cctcaagcgt 300

attcaacaag gggctgaagg atgcccagaa ggtaccccat tgtatgggat ctgatctggg 360

gcctcggtgc acatgcttta catgtgttta gtcgaggtta aaaaaacgtc taggcccccc 420

gaaccacggg gacgtggttt tcctttgaaa aacacgatga taat464

<210>10

<211>516

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>10

auggucuuca cacucgaaga uuucguuggg gacuggcgac agacagccgg cuacaaccug60

gaccaagucc uugaacaggg aggugugucc aguuuguuuc agaaucucgg gguguccgua 120

acuccgaucc aaaggauugu ccugagcggu gaaaaugggc ugaagaucga cauccauguc 180

aucaucccgu augaaggucu gagcggcgac caaaugggcc agaucgaaaa aauuuuuaag 240

gugguguacc cuguggauga ucaucacuuu aaggugaucc ugcacuaugg cacacuggua 300

aucgacgggg uuacgccgaa caugaucgac uauuucggac ggccguauga aggcaucgcc 360

guguucgacg gcaaaaagau cacuguaaca gggacccugu ggaacggcaa caaaauuauc 420

gacgagcgcc ugaucaaccc cgacggcucc cugcuguucc gaguaaccau caacggagug 480

accggcuggc ggcugugcga acgcauucug gcguaa 516

<210>11

<211>516

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>11

atggtcttca cactcgaaga tttcgttggg gactggcgac agacagccgg ctacaacctg60

gaccaagtcc ttgaacaggg aggtgtgtcc agtttgtttc agaatctcgg ggtgtccgta 120

actccgatcc aaaggattgt cctgagcggt gaaaatgggc tgaagatcga catccatgtc 180

atcatcccgt atgaaggtct gagcggcgac caaatgggcc agatcgaaaa aatttttaag 240

gtggtgtacc ctgtggatga tcatcacttt aaggtgatcc tgcactatgg cacactggta 300

atcgacgggg ttacgccgaa catgatcgac tatttcggac ggccgtatga aggcatcgcc 360

gtgttcgacg gcaaaaagat cactgtaaca gggaccctgt ggaacggcaa caaaattatc 420

gacgagcgcc tgatcaaccc cgacggctcc ctgctgttcc gagtaaccat caacggagtg 480

accggctggc ggctgtgcga acgcattctg gcgtaa 516

<210>12

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>12

accgacggca aaaaaaaaaa20

<210>13

<211>68

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>13

ggccggcaug gucccagccu ccucgcuggc gccggcuggg caacaugcuu cggcauggcg60

aaugggac 68

<210>14

<211>68

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>14

ggccggcatg gtcccagcct cctcgctggc gccggctggg caacatgctt cggcatggcg60

aatgggac 68

<210>15

<211>250

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>15

cguucaaaca uuuggcaaua aaguuucuua agauugaauc cuguugccgg ucuugcgaug60

auuaucauau auauuucugu ugauuacguu aagcauguaa uaauuaacau guaaugcaug 120

acguuauuua ugagaugggu uuuuaugauu agagucccgc aauuauacau uuaauacgcg 180

auagaaaaca aaauauagcg cgcaaacuag gauaaauuau cgcgcgcggu gucaucuaug 240

uuacuagauc250

<210>16

<211>250

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>16

cgttcaaaca tttggcaata aagtttctta agattgaatc ctgttgccgg tcttgcgatg60

attatcatat atatttctgt tgattacgtt aagcatgtaa taattaacat gtaatgcatg 120

acgttattta tgagatgggt ttttatgatt agagtcccgc aattatacat ttaatacgcg 180

atagaaaaca aaatatagcg cgcaaactag gataaattat cgcgcgcggt gtcatctatg 240

ttactagatc250

<210>17

<211>60

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>17

aaccagtttg gtggactgtc gcttaaagaa agcaatacaa atgctccggt gttgccgtct60

<210>18

<211>60

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>18

atggacgccc cctttgaatc tggcgacagc agcgccaccg tcgtcgctga ggctgtcaac60

<210>19

<211>60

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>19

aaccaguuug guggacuguc gcuuaaagaa agcaauacaa augcuccggu guugccgucu60

<210>20

<211>3315

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>20

atggacgccc cctttgaatc tggcgacagc agcgccaccg tcgtcgctga ggctgtcaac60

aaccagtttg gtggactgtc gcttaaagaa agcaatacaa atgctccggt gttgccgtct 120

caaactacgt ccaaccaccg tgttcagaac ctggtgtgga agccaaagag ctacggcacg 180

gtttcgggct cctcatctgc aaccgaggtc ggcaagacaa gtgcagtttc acagattggg 240

tcatcaggtg atactaaggt tggactgaat ctctcaaaga ttttcggggg taatttgctg 300

gagaaattct cagtcgacaa atcgacctac tgccacgccc agatccgcgc aacattttat 360

cccaagtttg agaacgagaa gactgaccaa gagatccgga cgcggatgat tgagatggtg 420

agcaagggtt tggctactct tgaagtttcc ctgaagcact ctggatctct tttcatgtac 480

gcgggacata aagggggtgc atatgcaaaa aattcgttcg gcaacatata taccgcagtg 540

ggggtgttcg tgctgagtag gatgttccgt gaggcgtggg ggactaaggc tcccaagaaa 600

gaggctgagt tcaacgattt cctggagaag aatcgcatgt gcatttctat ggagttggtc 660

actgccgtcc ttggtgatca tggacaacga ccactcgatg actacgtggt ggtgacggca 720

gtcacagagc tcgggaatgg gaagccgcag ttctattcta cttcagaaat catctcgttc 780

tgtaggaaat ggcggctccc caccaaccac gtttggctgt tcagcactcg caagagtgtt 840

acaagcttct tcgcagcgtt cgacgcgctg tgtgaggaag gcatagccac cagcgtgtgc 900

cgggccctcg acgaggtagc ggatatttct gtgccagcct ccaaagatca tgtaaaagtg 960

cagggcgaga ttctagaagg gttggtcgcc aggattgtat cgtcacagag cagtcgcgac1020

atggaaaatg tacttcgaga ccaccctcca ccaccttgcg acggagcaaa cctagacctc1080

gggctgtccc taagagaaat ctgcgcagct caccgctcca atgagaaaca gcagatgcgg1140

gctctcctcc gctccgtggg tccttctttt tgtccgtctg atgttgaatg gtttggcgac1200

gagtcccacc caaagtccgc ggacaagagc gtcatcacaa aattcctcca gtcacaacct1260

gctgactaca gtacatctaa acttcaggag atggtccgac tgatgaaaga gaagcgccta1320

cccgccgcat ttaagtgcta ccataacttc cacagggccg aggacattag tccagataac1380

ctcttctaca agctcgtggt ccatgtgcat tccgattctg ggtttcgtcg gtatcacaag1440

gagatgagac acatgccatc tctttggccg ctgtaccgcg ggttctttgt agacatcaac1500

ctgttcaagt cgaacaaggg cagagatctc atggcgctca aaagcattga taatgccagc1560

gagaatgatg gaaggggcga aaaggacggg ctggcagatg atgacgccaa cctcatgatc1620

aaaatgaagt tcttgacata caagctaagg acattcctca ttagaaatgg cttgtctatc1680

cttttcaagg atggtgcggc tgcttataaa acttactatc tccgccaaat gaagatatgg1740

ggcacgtcag acggcaaaca gaaggagctt tgtaagatgc tcgacgaatg ggcggcttac1800

atcaggagga aatgcggaaa tgaccagcta tcatcctcaa cgtatctgtc cgaggctgaa1860

ccattcctag agcagtacgc caaaagatcc ccaaaaaatc atattttaat tggctctgcc1920

gggaacttag ttagaactga agatttcctt gccatagttg atggggactt ggatgaggag1980

ggagacttag tgaagaagca gggtgtaacc ccagcaaccc cggaacctgc tgttaaggag2040

gccgtacaaa aggatgaagg cttgatcgtc ttttttcctg gcatccccgg aagtgccaag2100

agcgccctgt gcaaagagct gctcaacgcc cctggcggct ttggtgacga ccgtcccgtt2160

cacactttga tgggtgacct cgtcaagggt aagtactggc ctaaggtggc ggatgagcgg2220

agaaagaagc cacaatcaat catgctcgcc gataaaaatg cgcccaacga agacgtctgg2280

cgtcaaatag aggatatgtg tagacgtacg agggcgtccg ccgtccctat tgtggctgat2340

tcagagggaa ccgacacaaa cccttacagc ctggatgctc tcgcagtttt tatgttccgc2400

gtcctgcagc gggtgaacca tccaggtaaa cttgacaagg agagttccaa cgctggatat2460

gttctcctga tgttttacca cctctatgag ggcaagaaca gaaatgaatt tgaatcagaa2520

ctgattgaac gatttggatc attgataaag atgccgctgc ttaaatcaga taggaccccc2580

cttccggatc ctgtcaaatc tgttcttgaa gaaggcattg atctgtttaa tcttcattct2640

agacgtcacg gccggcttga gtcaacaaag gggacgtacg cggcggagtg gacaaagtgg2700

gagaagcaac tgcgggatac cctagtagcc aattctgagt atttaagctc catccaagtg2760

ccgttcgaga gcatggttca tcaggtgaga gaagaattga agaccatcgc gaaaggagat2820

tataaacccc cctccagcga aaagcgcaag catggcagca tagtcttcgc ggcaataaat2880

ttacctgcta cacaggttca ctcgcttttg gaaaaactag cagccgccaa cccgaccatg2940

aggtctttcc ttgaaggcaa gaaaaagagt atacaggaaa agttggagcg gtcacatgta3000

accctggctc ataagaggtc gcatggtgtc gcgacggttg cgtcctatag ccagcacttg3060

aatagggagg tgccagtgga gctcacggag cttatctaca atgataagat ggccgcgtta3120

acggcgcacg ttgggtcagt cgacggcgag accgtcgtca gtaaaaacga gtggcctcat3180

gtaacactgt ggacggcaga gggcgtgact gctaaggaag cgaacactct gccacaactg3240

tacttagagg ggaaagcatc gcgcctcgtg atcgacccgc cggtgtcgat atccggcccg3300

ttggaatttt tttga 3315

<210>21

<211>451

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>21

acggauuaga agccgccgag cgggugacag cccuccgaag gaagacucuc cuccgugcgu60

ccucgucuuc accggucgcg uuccugaaac gcagaugugc cucgcgccgc acugcuccga 120

acaauaaaga uucuacaaua cuagcuuuua ugguuaugaa gaggaaaaau uggcaguaac 180

cuggccccac aaaccuucaa augaacgaau caaauuaaca accauaggau gauaaugcga 240

uuaguuuuuu agccuuauuu cugggguaau uaaucagcga agcgaugauu uuugaucuau 300

uaacagauau auaaaugcaa aaacugcaua accacuuuaa cuaauacuuu caacauuuuc 360

gguuuguauu acuucuuauu caaauguaau aaaaguauca acaaaaaauu guuaauauac 420

cucuauacuu uaacgucaag gagaaaaaac c451

<210>22

<211>451

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>22

acggattaga agccgccgag cgggtgacag ccctccgaag gaagactctc ctccgtgcgt60

cctcgtcttc accggtcgcg ttcctgaaac gcagatgtgc ctcgcgccgc actgctccga 120

acaataaaga ttctacaata ctagctttta tggttatgaa gaggaaaaat tggcagtaac 180

ctggccccac aaaccttcaa atgaacgaat caaattaaca accataggat gataatgcga 240

ttagtttttt agccttattt ctggggtaat taatcagcga agcgatgatt tttgatctat 300

taacagatat ataaatgcaa aaactgcata accactttaa ctaatacttt caacattttc 360

ggtttgtatt acttcttatt caaatgtaat aaaagtatca acaaaaaatt gttaatatac 420

ctctatactt taacgtcaag gagaaaaaac c451

<210>23

<211>249

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>23

aucauguaau uaguuauguc acgcuuacau ucacgcccuc cccccacauc cgcucuaacc60

gaaaaggaag gaguuagaca accugaaguc uaggucccua uuuauuuuuu uauaguuaug 120

uuaguauuaa gaacguuauu uauauuucaa auuuuucuuu uuuuucugua cagacgcgug 180

uacgcaugua acauuauacu gaaaaccuug cuugagaagg uuuugggacg cucgaaggcu 240

uuaauuugc 249

<210>24

<211>249

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>24

atcatgtaat tagttatgtc acgcttacat tcacgccctc cccccacatc cgctctaacc60

gaaaaggaag gagttagaca acctgaagtc taggtcccta tttatttttt tatagttatg 120

ttagtattaa gaacgttatt tatatttcaa atttttcttt tttttctgta cagacgcgtg 180

tacgcatgta acattatact gaaaaccttg cttgagaagg ttttgggacg ctcgaaggct 240

ttaatttgc 249

<210>25

<211>351

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>25

uuggucaugc gaaacacgca cggcgcgcgc acgcagcuua gcacaaacgc gucguugcac60

gcgcccaccg cuaaccgcag gccaaucggu cggccggccu cauauccgcu caccagccgc 120

guccuaucgg gcgcggcuuc cgcgcccauu uugaauaaau aaacgauaac gccguuggug 180

gcgugaggca uguaaaaggg uuacaucauu aucuuguucg ccauccgguu gguauaaaua 240

gacguucaug uugguuuuug uuucaguugc aaguuggcug cggcgcgcgc agcaccuuug 300

ccgggaucug ccgggcugca gcacguguug acaauuaauc aucggcauag u351

<210>26

<211>351

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>26

ttggtcatgc gaaacacgca cggcgcgcgc acgcagctta gcacaaacgc gtcgttgcac60

gcgcccaccg ctaaccgcag gccaatcggt cggccggcct catatccgct caccagccgc 120

gtcctatcgg gcgcggcttc cgcgcccatt ttgaataaat aaacgataac gccgttggtg 180

gcgtgaggca tgtaaaaggg ttacatcatt atcttgttcg ccatccggtt ggtataaata 240

gacgttcatg ttggtttttg tttcagttgc aagttggctg cggcgcgcgc agcacctttg 300

ccgggatctg ccgggctgca gcacgtgttg acaattaatc atcggcatag t351

<210>27

<211>307

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>27

uuauacauau auuuugaauu uaauuaauua uacauauauu uuauauuauu uuugucuuuu60

auuaucgagg ggccguuguu gguguggggu uuugcauaga aauaacaaug ggaguuggcg 120

acguugcugc gccaacacca ccucccuucc cuccuuucau cauguaucug uagauaaaau 180

aaaauauuaa accuaaaaac aagaccgcgc cuaucaacaa aaugauaggc auuaacuugc 240

cgcugacgcu gucacuaacg uuggacgauu ugccgacuaa accuucaucg cccaguaacc 300

aaucuag 307

<210>28

<211>307

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>28

ttatacatat attttgaatt taattaatta tacatatatt ttatattatt tttgtctttt60

attatcgagg ggccgttgtt ggtgtggggt tttgcataga aataacaatg ggagttggcg 120

acgttgctgc gccaacacca cctcccttcc ctcctttcat catgtatctg tagataaaat 180

aaaatattaa acctaaaaac aagaccgcgc ctatcaacaa aatgataggc attaacttgc 240

cgctgacgct gtcactaacg ttggacgatt tgccgactaa accttcatcg cccagtaacc 300

aatctag 307

<210>29

<211>43

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>29

ggaattgtta tccgctcaca attccctata gtgagtcgta tta43

<210>30

<211>540

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>30

gcacaaggac aaaaaagcag gccagaaacg aaacgaccac gaaaagcccc ggaaaaaggg60

accaaaggcg gccggagagg ccgagcgcgc agcaacaaaa cggcgaagag ccgacaaaca 120

agcggaagcc gagacaccgg gaaaggccac caggagcgga cccgaccaaa ggggcgaacc 180

ggcggcgggg gcgggaaggc gggaagaacg cgcgcgaccg cgaacggcgg aagaccgccg 240

aaaaccggca gagcgcgcag gcgagaaacg gccggccgca cgggcgacca cggccggaaa 300

cggaaaaggg ccgggaaaac caccgaacgc gagcaaaggg cgagcgaagc cggacaggga 360

acgcaaaaaa ccccgccgaa accaaaacaa aacaccggga acgcgggaac cggaaccaca 420

gaaacgccga gagcggacca gggggaagcg cacccggcac gcggaaggaa cgccacggga 480

cacacgacgg cacaaaaaga gagcaggaaa cgcgagacgg ccgcgcggac ggcgacagga 540

<210>31

<211>499

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>31

cguuacauaa cuuacgguaa auggcccgcc uggcugaccg cccaacgacc cccgcccauu60

gacgucaaua augacguaug uucccauagu aacgccaaua gggacuuucc auugacguca 120

auggguggag uauuuacggu aaacugccca cuuggcagua caucaagugu aucauaugcc 180

aaguacgccc ccuauugacg ucaaugacgg uaaauggccc gccuggcauu augcccagua 240

caugaccuua ugggacuuuc cuacuuggca guacaucuac guauuaguca ucgcuauuac 300

cauggugaug cgguuuuggc aguacaucaa ugggcgugga uagcgguuug acucacgggg 360

auuuccaagu cuccacccca uugacgucaa ugggaguuug uuuuggcacc aaaaucaacg 420

ggacuuucca aaaugucgua acaacuccgc cccauugacg caaaugggcg guaggcgugu 480

acggugggag gucuauaua499

<210>32

<211>508

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>32

cgttacataa cttacggtaa atggcccgcc tggctgaccg cccaacgacc cccgcccatt60

gacgtcaata atgacgtatg ttcccatagt aacgccaata gggactttcc attgacgtca 120

atgggtggag tatttacggt aaactgccca cttggcagta catcaagtgt atcatatgcc 180

aagtacgccc cctattgacg tcaatgacgg taaatggccc gcctggcatt atgcccagta 240

catgacctta tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tcgctattac 300

catggtgatg cggttttggc agtacatcaa tgggcgtgga tagcggtttg actcacgggg 360

atttccaagt ctccacccca ttgacgtcaa tgggagtttg ttttggcacc aaaatcaacg 420

ggactttcca aaatgtcgta acaactccgc cccattgacg caaatgggcg gtaggcgtgt 480

acggtgggag gtctatataa gcagagct508

<210>33

<211>192

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>33

cagacaugau aagauacauu gaugaguuug gacaaaccac aacuagaaug cagugaaaaa60

aaugcuuuau uugugaaauu ugugaugcua uugcuuuauu uguaaccauu auaagcugca 120

auaaacaagu uaacaacaac aauugcauuc auuuuauguu ucagguucag ggggaggugu 180

gggagguuuu uu 192

<210>34

<211>192

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>34

cagacatgat aagatacatt gatgagtttg gacaaaccac aactagaatg cagtgaaaaa60

aatgctttat ttgtgaaatt tgtgatgcta ttgctttatt tgtaaccatt ataagctgca 120

ataaacaagt taacaacaac aattgcattc attttatgtt tcaggttcag ggggaggtgt 180

gggaggtttt tt 192

<210>35

<211>379

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>35

gagtttactc cctatcagtg atagagaacg tatgaagagt ttactcccta tcagtgatag60

agaacgtatg cagactttac tccctatcag tgatagagaa cgtataagga gtttactccc 120

tatcagtgat agagaacgta tgaccagttt actccctatc agtgatagag aacgtatcta 180

cagtttactc cctatcagtg atagagaacg tatatccagt ttactcccta tcagtgatag 240

agaacgtata agctttaggc gtgtacggtg ggcgcctata aaagcagagc tcgtttagtg 300

aaccgtcaga tcgcctggag caattccaca acacttttgt cttataccaa ctttccgtac 360

cacttcctac cctcgtaaa379

<210>36

<211>66

<212>RNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>36

gacuacaaag accaugacgg ugauuauaaa gaucaugaca ucgauuacaa ggaugacgau60

gacaag 66

<210>37

<211>66

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>合成的构建体

<400>37

gactacaaag accatgacgg tgattataaa gatcatgaca tcgattacaa ggatgacgat60

gacaag 66

<210>38

<211>61

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D66A6B_12908

<400>38

caugcucagc ggucccaagu ccgcaucaaa gccugagggc ugcaguaaag guacugagcu60

g61

<210>39

<211>76

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6AAF0_12908

<400>39

uuauuuagcc gucuaaaguc ggcaaugaau ugagauagca cccuguaaau uuucagggug60

uaaacaaacu aaauga76

<210>40

<211>72

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6663E_12908

<400>40

uuaauugccg guugccaguc cguuaaauug ugagcagucc ggccauugug ccggauuaaa60

caaaccaauu aa72

<210>41

<211>72

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6C266_12908

<400>41

uuaguuaacg guugcacguc cgauaaauug ugagcagucc cggagcaauc cgggauuaaa60

caaacuaacu aa72

<210>42

<211>74

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6AF2A_12908

<400>42

ugauuuaggc guuccaaacc gccgcaaauu gugaggacug cucgccaaaa gcgggcagua60

aacaaguuaa auca74

<210>43

<211>80

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6A2C3_12908

<400>43

aauucuugcg guucaaaguc cgcguaaaau ccagaugaca cauucccgua auaaacggga60

guguguaaug aacaagaauu80

<210>44

<211>73

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6726E_12908

<400>44

acacccaccu guuacaaguc aggacagaag cagaguaacg guugcuuacg caaccgguaa60

ugcuacuggg ugu 73

<210>45

<211>74

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D66C2E_12908

<400>45

caauaaagcg guuacaagcc cgcaaaaaua gcagaguaau gucgcgauag cgcggcauua60

augcagcuuu auug74

<210>46

<211>72

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D659B0_12908

<400>46

uguuuaaugc agccaugagu auuuaauacu augaagguga uaagcuccuu guaaaguaau60

gcagaaucga ca72

<210>47

<211>57

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6D1CA_12908

<400>47

gccguaaagc cacuaugacc ggguugcaag ucccggcugc gauaggcuga gcacggu 57

<210>48

<211>119

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67E2B_12908

<400>48

guucuaaugc agccagcacg acuuugucau agauaaaaua ucauuaauac acuauuuaca60

cagauguaug cgauuacuag ugcugggagu ccuaagccuc cauaaaugca gaagggaac119

<210>49

<211>93

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68054_12908

<400>49

ucuguaaccc caccaccgug gacauccugg cagggauaau ggccaggaug aucauggugg60

agguccaaag uccucaaaag aggggauggc aga 93

<210>50

<211>84

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6D330_12908

<400>50

acaauaaugc ggccucgcua ccaauacgca uuuauuagua uugguaacgu gacaguccca60

agccuguaaa acgcagaggg uugu 84

<210>51

<211>57

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A800_12908

<400>51

gucguaaugc agccguugcc acgugccaag ucguggauua gaaaugcaga ggcggaa 57

<210>52

<211>61

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68297_12908

<400>52

gguguaaugc gacucgcuca cagagcgaca gguucacagu ccuacaaacg cagaugacac60

c61

<210>53

<211>97

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68DD8_12908

<400>53

agcuuaauac agguagauaa gcaagcaagg ugcggcuauc uacacggucc caacuccgua60

aagguuagag ugacaacuaa ucgaaguaga gggagcu 97

<210>54

<211>52

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D66D37_12908

<400>54

uaaauaaugu cgccaaugga gguaucaagc ccucauaaag acagagauaa aa52

<210>55

<211>73

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68577_12908

<400>55

acguuaaugu ggcuguaugu gugggugcac acacauacac uagucccaag ccuagguaaa60

cacagaggga uug 73

<210>56

<211>62

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68F79_12908

<400>56

aaaguaaugc aacuacaaga aauuguaucg gugacaaguc cgagauaaau gcagagucau60

uu 62

<210>57

<211>56

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68EE0_12908

<400>57

ucuguaauga ugccgauggc gguugcaagc ccgcaggaag aaacucagag cacaga56

<210>58

<211>55

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67CC2_12908

<400>58

acuauaaucu ugccaucguc aguuccaagc cugagugaga aaaagagagg auagu 55

<210>59

<211>58

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65864_12908

<400>59

acucuaaccc agcggcaauc uuuugcccgu guccgaagcc acuaaugggg acgggagu58

<210>60

<211>55

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68DB5_12908

<400>60

ccgcuaacca ugccguggcc agucccaagc cuggauguga aaaugggagg ggcgg 55

<210>61

<211>60

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6B540_12908

<400>61

uuuuuaauga agccacagug aucacuguga ggguccuaag ccccuaauuc agaagggaaa60

<210>62

<211>68

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A03C_12908

<400>62

uguguaaugc uacuaugaua gcacauugcg aaucauacgg guugcaaguc ccucaagcag60

agcacacg 68

<210>63

<211>51

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6C02F_12908

<400>63

uuuuuaaccc agccagagac ggucacaagc ccgugaaaug gggaguggaa a 51

<210>64

<211>58

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6AF09_12908

<400>64

gcucuaaugu ggccacccga cagggugugu guuucaagcc accaacacag agaagagc58

<210>65

<211>83

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67A5B_12908

<400>65

gguguaacac ggcuauaguc aggcauuaca agauuaaguc cugcuauaaa ggucuaaagc60

ccuuguaaac aguggauagc acu83

<210>66

<211>57

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D66DD2_12908

<400>66

uguguaaugc gagcauugua uggucacaac uccauaauua aaaacgcaga gugcaca 57

<210>67

<211>56

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D667E4_12908

<400>67

gcuuuaacac agccaaagaa gguuccaagc ccuuuaguga aauuguggag gaaagc56

<210>68

<211>67

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A251_12908

<400>68

aaaguaaugc agccgcccgc cgcgcgcggg gacgucggua gcaagcccgu guaaugcaga60

guuuucu67

<210>69

<211>61

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A995_12908

<400>69

gcuuuaaugc ggcccguuuu gauacggcag guuacaagcc cugguaaacg cagaguagag60

c61

<210>70

<211>69

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A5FC_12908

<400>70

uucguaaugc ggccgugcug guaacguucc agcgcgacgg ucccaagccc gaaaaacgca60

gagggagaa69

<210>71

<211>80

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67156_12908

<400>71

ccgguaaugc ggcacgcgug gucacaagcc caccgcccuu cguugagcgg aaacguucac60

guugggacgc agagugacgg80

<210>72

<211>53

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6CC8F_12908

<400>72

ggcuuaacuc agccaacggc gguccaaagc ccgcguguaa ugaggaugga gcc 53

<210>73

<211>66

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65A05_12908

<400>73

agcguaaugu agccuagucc gacuuuggac uagaggguuc acagccccuu uaauacagau60

gacgca 66

<210>74

<211>81

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6967F_12908

<400>74

gguguaaagc uacuaaacag gcaauacaaa aauaaguccu guuuaaaggu ucaaaguccu60

uguaaaaaag cugaugacac g81

<210>75

<211>62

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6755D_12908

<400>75

ccucuaaugc ggcccggcau ggugccggac ggugguaagc ccgugcaaac gcagaaccua60

gg 62

<210>76

<211>52

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68D61_12908

<400>76

cucguaaugc ggcgaaccgg uggcaagccc ggugguggac gcagagccag ag52

<210>77

<211>53

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67BA2_12908

<400>77

uccucaaugc ggcaagccgg ugacaagccc ggcgguagac gcagagucaa gga 53

<210>78

<211>62

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6B09E_12908

<400>78

uuuguaaugu ggccuaaauu uuuauuuaga acguuccaag ccguuaaaac acagaggaca60

aa 62

<210>79

<211>55

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65D7A_12908

<400>79

cucuuaaagu ugccuaagaa cguugcaagc cguuuuacga aaaacugagc aagaa 55

<210>80

<211>71

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D694CE_12908

<400>80

auuguaaugc agcauauaga uguauuaaca ccuauauaga guucaaagcc ucuacaaaug60

cagaugacaa u 71

<210>81

<211>72

<212>RNA

<213>豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）

<220>

<223>豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）（豌豆蚜虫）P1型扭转核酶，URS0000D68632_7029

<400>81

uuuuuaauca uaccaguagu cuaauuuuua gauuacugac aguccuaagu cuguaaaaaa60

ugagaaggga aa72

<210>82

<211>106

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D67356_12908

<400>82

aacucagcua gggagaguau aacauucaug uugacgagac cuagacgaaa cacagaggaa60

aauuauuaau cacuggauag uauuaguaau gacucugugu ccauga106

<210>83

<211>77

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6976A_12908

<400>83

uugucagcua aggagacaga aaaauuaucu acugaugaga cuuagccgaa accaccucuu60

uuaggggugg ucuagau 77

<210>84

<211>85

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6B94F_12908

<400>84

aagucagcca ggagacuaua aaauucauac ugaugagacu ggacgaaaua ccuaguaaca60

guuguacguu auuagguauc uauga85

<210>85

<211>119

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D698D3_12908

<400>85

aacucagcua gggagaguag cgagcauuac guaauacuac guauuacucc aauaacauug60

ucacugauga gaccuagacg aaacuacggu aaacauuugc aucauacugu agucugaua119

<210>86

<211>76

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D68882_12908

<400>86

aagacagccu aggagucuau aaaauaugug cugacgagac uaggacgaaa cuauccucag60

uugaggauag uccacu76

<210>87

<211>73

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6A535_12908

<400>87

aagacagucu aggagucuau aaaauuguua cugaagagac uagaacgaaa cuucuuuaau60

uagaagucua aca 73

<210>88

<211>63

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6B98C_12908

<400>88

aacucaacca ggagaguaua aaauguuuac ugaugagacu ggacgaaacc aauagguuua60

aac63

<210>89

<211>74

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D68B88_12908

<400>89

aagacaucca ggagucuaua aaauagucac ugaugagacu ggacgaaacc ucugcuauau60

guagaggucu gauu74

<210>90

<211>163

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>韦荣氏球菌属物种（Veillonella sp.）CAG:933基因组支架，scf58，HF986131.1

<400>90

attgcctgtg aaggtagtgc atatttttat tattagatca tcagaagatg acaagcatgt60

ggggcgtaag tagtattttt atgcgggaga agaagaatgg caattgttct aattagtact 120

gataattgca aatactatga tcgtgcggac gttaaaatca tgc 163

<210>91

<211>176

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000328，BAAZ01000328.1

<400>91

ttataatgtt agcataaata caataaagtt aatgcagtag aaatactgcg ctctttaagg60

tgagaatcct tgacaagcat gtggggctta tatctattca tacagagcaa gtacgtacgg 120

gaaagcttaa aatactcatc tgtaaaatag tattagtgca gactttaaaa tcatgc 176

<210>92

<211>128

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F1-T_010313，BAAV01010313.1

<400>92

acagaaaaag aagctaaaga agcaagaaag tattactgtg agaatcagta ataagcatgt60

ggggcttatg tcttatcaaa agggtggcca acttttagat agcattagtg cggacgttaa 120

aatcatgc128

<210>93

<211>157

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1091142135580，全基因组鸟枪序列，AACY021400709.1

<400>93

acattttgtg gttttaaggg ttaatcctta aggttgataa accttgacaa gcctatgggg60

ctactatagt attctcttat tacgggtaag agtatcaagc ataagcgaaa ttccgtgctt 120

atgtaatgct aagttagtgc agacttaaaa attaggc157

<210>94

<211>170

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-A_012728，BABB01012728.1

<400>94

cttgttcgtg agaataggtg caattgccta aatgaatgtc ttcagaagat gacaaacctg60

tggggcgtaa gtaataaaga gtctgaaaga ttgcagataa gagtatgcac ttattggcaa 120

tatgcatacc agaataattt attatgatcg tgcggacgtt aaaatcaggt170

<210>95

<211>159

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000328，BAAZ01000328.1

<400>95

tcagtctgtg aagatagagt atacgtcctc agaagatgac aaacctgtgg ggcgtaagta60

aatgcatatc gtatattatt cccttgaata cggcaatagc gggtaatatc cgagatactc 120

gtatttgtgt ttataatcgt gcagacgtta aaatcaggt159

<210>96

<211>78

<212>DNA

<213>达马拉鼹鼠（Fukomys damarensis）

<220>

<223>达马拉鼹鼠（Fukomys damarensis）重叠群106618，全基因组鸟枪序列，AYUG01106618.1

<400>96

ggaggataac agggggccac agcacaagcg ttcacgtcgc agcccctgtc ggattctgag60

gaatctgcga attctgca78

<210>97

<211>78

<212>DNA

<213>欧亚野猪（Sus scrofa）

<220>

<223>欧亚野猪（Sus scrofa）TJ Tabasco分离株杜洛克品种染色体14，全基因组鸟枪序列，CM000825.5

<400>97

agaggataac tggcagccac agtagaagca ttcacattgt ggtccatgtc agattctggt60

gaatttgcaa attctgct78

<210>98

<211>78

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_60，全基因组鸟枪序列，AKHW03000178.1

<400>98

tttatgtcac tgggggccat agcggaagtg ttcatatcat ggccccaatc ggattccaac60

aaatctgaga attctgct78

<210>99

<211>77

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群145668，全基因组鸟枪序列，AFYH01145668.1

<400>99

gggtactatt gggggaccgt agcaggagcg ttcacatcgc ggtccctgtc agactattac60

agtctgcgaa tcctgct 77

<210>100

<211>83

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_55，全基因组鸟枪序列，AKHW03006769.1

<400>100

attgcagctt agggggccat agcagaagca ttcatgttgc agcccctgtc aggtaatagc60

tggtaatacc tgctaattct gat83

<210>101

<211>79

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群100904，全基因组鸟枪序列，AFYH01100904.1

<400>101

attgtttatt ttgggggcca tagcagaagt gttcatgtcg cggcccctgt cagattctta60

tgaatctgca aattctgct 79

<210>102

<211>78

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群227694，全基因组鸟枪序列，AFYH01227694.1

<400>102

ttacccacaa ctggggccat agcagaagcg ttcatgtcgc ggcccctgtc atattcttac60

aaacctgtga attctgct78

<210>103

<211>75

<212>DNA

<213>佛罗里达文昌鱼（Branchiostoma floridae）

<220>

<223>佛罗里达文昌鱼（Branchiostoma floridae）基因组支架BRAFLscaffold_190，全基因组鸟枪序列，GG666606.1

<400>103

cgccactaca tgggggccac agaaggagcg ttcacgtcgc ggtccctgtc aggtgttcta60

cctgcggatc cttct 75

<210>104

<211>83

<212>DNA

<213>扬子鳄（Alligator sinensis）

<220>

<223>扬子鳄（Alligator sinensis）未放置的基因组支架scaffold150_1，全基因组鸟枪序列，KE695878.1

<400>104

agcagttggc taggggtcat agtagaagtg ttcatgccac aacccctgtc aggtaatacc60

tagtaatacc tgcaaattct gct83

<210>105

<211>81

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_1.1，全基因组鸟枪序列，AKHW03001485.1

<400>105

agaggtcaca agtccgaggc cgcggcagaa gtgctcacgg cacgggccct gtcagattcc60

agcgaatctg caaattctgc t81

<210>106

<211>77

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_58，全基因组鸟枪序列，AKHW03000416.1

<400>106

caggggttgc atgaggccat agcaaaagca ctcacagtgc tgccctgtca gattccaaca60

aatctgcaaa ttctgct 77

<210>107

<211>83

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_121，全基因组鸟枪序列，AKHW03004037.1

<400>107

aatgctttga tgggggtcat agcagaagca ttaatgttgt gacccctgtc aggtaatacc60

tgataatacc tgtgaattct gct83

<210>108

<211>78

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群110885，全基因组鸟枪序列，AFYH01110885.1

<400>108

tgcacatcta tgggggcctt agcagaagca ttcacgtcgc agcccctgtc ggattcttaa60

gaatttgcga attctgct78

<210>109

<211>78

<212>DNA

<213>扬子鳄（Alligator sinensis）

<220>

<223>扬子鳄（Alligator sinensis）未放置的基因组支架scaffold277_1，全基因组鸟枪序列，KE695937.1

<400>109

caattaagat gcagggccac agcagacatg tttatgttgt ggtccctgtc ggattctaat60

gaatctgaga attctgct78

<210>110

<211>75

<212>DNA

<213>紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）

<220>

<223>紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）重叠群100549_fixed，全基因组鸟枪序列，AAGJ05100549.1

<400>110

acagtaaaaa agtggggcca ttgaaggagc gttcacgtcg tggtccctgt cagatgaaaa60

tctgcgaatc cttca 75

<210>111

<211>76

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_244，全基因组鸟枪序列，AKHW03003332.1

<400>111

agttgctata acggccacaa cagaaatgtt cacatcgtgg ccccggtcag attccagcaa60

atctgcaaat tctgct76

<210>112

<211>81

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_72，全基因组鸟枪序列，AKHW03000533.1

<400>112

agaggttaca agtgcaaggc cagagcagaa gtgttcacag catagccctt gtcagatacc60

aatgaatctg tgaattctgc t81

<210>113

<211>78

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群070068，全基因组鸟枪序列，AFYH01070068.1

<400>113

agcttgcgaa tgggggccat agcagaagag ttcacgtcgc ggcccctgtc agagttctac60

gaatttgcga attctgct78

<210>114

<211>78

<212>DNA

<213>九带犰狳（Dasypus novemcinctus）

<220>

<223>九带犰狳（Dasypus novemcinctus）cont2.425401，全基因组鸟枪序列，AAGV020425402.1

<400>114

atagaagata atggggccac agcagaagca ttcatgttgc agcccttgtg agattcaagt60

gaatctgtga attctgct78

<210>115

<211>104

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.106基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477291.1

<400>115

tacccagcaa atcctatccc tacctcctta aggtactggc tgaagtacga gtaactttag60

gaaagatcgg gtaaccaacc ccggtccaat tctgactgag aagg104

<210>116

<211>96

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.16，全基因组鸟枪序列，KB663677.1

<400>116

cactggcaaa atccgatccc tgcctccacg tggcgctgct ggatgtcggt tttggtgagg60

cttatcacct cagccaagac ctaaccaaag ggacgg96

<210>117

<211>116

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群96443，全基因组鸟枪序列，JXUM01096443.1

<400>117

ttcccaacaa ctcctatccc tacctcctcg tgacactcac tggaccgcca gctactttag60

acaagatcgg ataacccacc ctgacggata atttggccgt tggctgacag ggcagg 116

<210>118

<211>133

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.33基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477218.1

<400>118

tgctcagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggt acgagtatgg gtggtaccgg60

tacgagtaac cttggggaag atcgggtaac caatcccggg gggggaactt tggtcgtatg 120

cagacaggga agg133

<210>119

<211>123

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.2284基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH479147.1

<400>119

tgtccagtaa ctcctatccc tacctccccg tggtgccgcc tggggtacga gtaatcgtag60

gcaacattgg gtaaccaacc ctgacaggga aggctcctct cttctgtatg ctgacaggga 120

agg 123

<210>120

<211>109

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群57437，全基因组鸟枪序列，JXUM01057437.1

<400>120

tgcccagcaa ctcttatccc tacttcctcg tggtaccagc cggaaactac gagaaaccta60

agggaagatc gggtaaccac aagtgtggcg ggggcgcaga gggggggag 109

<210>121

<211>92

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群160006，全基因组鸟枪序列，JXUM01160006.1

<400>121

tgcccagcac ctcctatccc tgcctccacg cggtagggaa gatcgggtaa ccaaccccgg60

tgagaagttt ggtcgtaggc tgacagggaa gg92

<210>122

<211>106

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.267基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477452.1

<400>122

tgcacagcaa ctcctatccc tatctcctcg cggtactgac cgaggtacga gcaaccttag60

ggaagatcgg gttctgcaaa cctagagcgt ctgtacatgg agtagg106

<210>123

<211>110

<212>DNA

<213>中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223>中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000690996，全基因组鸟枪序列。

<400>123

tattcttgaa ctccgatccc aacctcctcg tggtgctagc tgaagtatga tcttggaact60

tattaagttc ttcagcacat tgtgcaacga tcgtatacca atagggacgg110

<210>124

<211>135

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.263基因组支架，全基因组鸟枪序列，KE524294.1

<400>124

tgcctagcaa ctcctatccc tacctcttca tggtactgcc cggggtactg gccggagtat60

tagcaactca agcaattaga gaagatcggg taactaaccc cggtctcaac tttgatcgta 120

tgctgatatg gaagg135

<210>125

<211>99

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群149242，全基因组鸟枪序列，JXUM01149242.1

<400>125

tgcccagcaa ctccaatccc tacatccgcg aggtaccggt tgtagactac gagcaccgag60

caaccggtgg taactttggt cgtattctga cagggaagg 99

<210>126

<211>76

<212>DNA

<213>长须白蛉（Lutzomyia longipalpis）

<220>

<223>长须白蛉（Lutzomyia longipalpis）重叠群2844，全基因组鸟枪序列，AJWK01002842.1

<400>126

ggtaatccaa ctcctacttc aacctccacg tggtgacacc tgggcaccca atttattggg60

tggctaactg aagagg76

<210>127

<211>113

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.353基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477538.1

<400>127

tgctcagcag ctcctatctc tacctcgtcg cattactggc cggggtccga gcaaccttat60

ggaaaatcgc cccaaccccg agggaaactt tggtcgtatg ctgacaggga agg113

<210>128

<211>64

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）亚伯达（Alberta）株系scaffold25490，全基因组鸟枪序列，NNAY01025263.1

<400>128

ggcgtacaaa atcctatcgt gcaacctccc cgtggtgtat gccgggttat gctaatgcgg60

aagg 64

<210>129

<211>76

<212>DNA

<213>豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）

<220>

<223>豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）LSR1株系重叠群29506，全基因组鸟枪序列，ABLF02028779.1

<400>129

ggtcggtgaa gtcctacccc caccaccacg tggtgccgac tggaaacgga actccggttc60

cagccaacgg gggagg76

<210>130

<211>99

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群110469，全基因组鸟枪序列，JXUM01110469.1

<400>130

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg cggtaccggc cggaaactat aaggcaatct60

agcgctcatc acccttctct ctcaagcaaa cacagaaga 99

<210>131

<211>95

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.12，全基因组鸟枪序列，KB663633.1

<400>131

cattggcaaa atcctattcc tacctcctcg tggtgctggt ggatgagggc atgctgagtc60

tcactagctc agtatgtctt aactaaaagg gaagg 95

<210>132

<211>95

<212>DNA

<213>眼斑雀鳝（Lepisosteus oculatus）

<220>

<223>眼斑雀鳝（Lepisosteus oculatus）连锁群LG14，全基因组鸟枪序列，CM001417.1

<400>132

ggctggcaaa atcctatcac cacctcctcg cggtgccagg tggatacggc tggatacaac60

tggatacaac gactcgttgg aactaacggt gaagg 95

<210>133

<211>96

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.686基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477871.1

<400>133

tggccagcac ctcccatccc cacctccttg tggtactggc cagggtacga gcaaccaatc60

ccggtggaca ctcttgtcgt atgctgacag ggaaag96

<210>134

<211>126

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.594基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477779.1

<400>134

tgcccagcaa ctcttatccc tacctcctct tacttcctcg tggtaatggc cagggtacga60

gcaaccttag ggaagatcgg ataaccaacc ctggtgagag ctctcgtcgt atgctggcag 120

ggaagg126

<210>135

<211>98

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群77081，全基因组鸟枪序列，JXUM01077081.1

<400>135

taaccaggaa ctcctatccc tacctccccg cggtactgac cgggatacga tcagtcccaa60

tcaccgtggg aactttggtc gtatgctgac agggaagg98

<210>136

<211>88

<212>DNA

<213>法老按蚊（Anopheles farauti）

<220>

<223>法老按蚊（Anopheles farauti）FAR1株系未放置的基因组支架supercont2.12，全基因组鸟枪序列，KI915051.1

<400>136

ggccggcaaa gcccgacccc cacctcctcg tggtgccggc tggatgcata agaccctacc60

cgtcgtgggt tgcagccaac gggggcgg 88

<210>137

<211>89

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1120基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478303.1

<400>137

tgccaagaaa ctcctcccca acctcctcgt ggtactggcc gggctacgag taaccttgga60

gaactttagt cgtatgatga caagaaagg89

<210>138

<211>97

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群8119，全基因组鸟枪序列，JXUM01008119.1

<400>138

tgcccagcaa ctcttatccc tacctccacg tggtaccgca cagaaaaaaa aatattcatg60

taaaattcag cgacaaatca tgcacataaa gggaatg 97

<210>139

<211>130

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1096基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478279.1

<400>139

tgctcagtaa ctcctatccc tgacctcccc gaggtgccgg ctggggtgcg aacaacccaa60

aggttgaaag gcgaattcac gtagcctaat gagctcaaag cgaactcagg tcgcatgctg 120

acagggaagg130

<210>140

<211>80

<212>DNA

<213>长红锥蝽（Rhodnius prolixus）

<220>

<223>长红锥蝽（Rhodnius prolixus）Rhodnius_prolixus-3.0.3-200.47，全基因组鸟枪序列，ACPB03013890.1

<400>140

tgctcggtaa aatctgatct ctacctcctt gtggtcctac caggaccttt tacctactaa60

gaataggcca acagagacgg80

<210>141

<211>102

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群176146，全基因组鸟枪序列，JXUM01176146.1

<400>141

tgcccagcaa caccaacccc tacctccgcg gggcaccagc cggactgcat gcggctgtat60

gcggactaca tgggaccttt ggtcgtaggc tgacagggaa gg102

<210>142

<211>109

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群103962，全基因组鸟枪序列，JXUM01103962.1

<400>142

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtaccggc cggaaactat gattagcatc60

acggggatca tcaagaataa tttcggaccg cacaagctaa atgggtgag 109

<210>143

<211>97

<212>DNA

<213>淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223>淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系cont1.2834，全基因组鸟枪序列，APCK01002835.1

<400>143

cgtctcggaa cacctatctc tacctccacg tggtgcctgc tggattatgg tgcatgcgac60

ggtacagctc acatgaacca tataccgaca gagaagg 97

<210>144

<211>81

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群45626，全基因组鸟枪序列，JXUM01045626.1

<400>144

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggt tggaaactac gctggaatca60

acgtccgagt tccagggaag g81

<210>145

<211>82

<212>DNA

<213>淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223>淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系染色体3L，全基因组鸟枪序列，CM008154.1

<400>145

aactcggaac tcctatcctc acctccacgt ggtgccggct ggaatatgat tgtattagtc60

tatcatatac agacgaggaa gg 82

<210>146

<211>108

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1004基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478188.1

<400>146

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggggtacga gttgttgatc60

taagcaaccg gaagtccatg tccatgatca aagcacccat agaggaag108

<210>147

<211>94

<212>DNA

<213>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.615，全基因组鸟枪序列，KB664972.1

<400>147

tgctttagaa ctccgatctc aaacctcctc gtggtgctgg ctggaggata attgttgcac60

attttacaca acaattattc actgattgag acgg94

<210>148

<211>94

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.438基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477623.1

<400>148

agcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggctgcgaa aggcctggaa60

aagtttcaga aaatggagtc gctaaaaccg aagg94

<210>149

<211>120

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.461基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477646.1

<400>149

tgcccaataa ttcctatccc tatctcccca cgatgccgcc cagagtacga gtaatcatct60

ttccgatctt ttccagtaat caaccccggt gagaccttgg tcgtatgctg acaagaaagg 120

<210>150

<211>134

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.161基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477346.1

<400>150

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggggtacga gtaaccttgg60

ggaagtagta ggaagtagta ggaaggagta accaaccccc ggtgggaact ttggtcgtat 120

gctgacagga aagg 134

<210>151

<211>80

<212>DNA

<213>赤拟谷盗（Tribolium castaneum）

<220>

<223>赤拟谷盗（Tribolium castaneum）格鲁吉亚（Georgia ）GA2株系连锁群LGX，全基因组鸟枪序列，CM000276.3

<400>151

tcctggcaaa aatgctctaa acctccacgt ggttcttgct ggacaaatta gttattagct60

aatttgacca attagagcaa80

<210>152

<211>89

<212>DNA

<213>法老按蚊（Anopheles farauti）

<220>

<223>法老按蚊（Anopheles farauti）FAR1株系未放置的基因组支架supercont2.15，全基因组鸟枪序列，KI915054.1

<400>152

gcctttggaa ctccgttttc taacctccac gtggtgctgg ctggaatatg gtctttcctt60

tatggtcgat catatacaaa tagaaacgg89

<210>153

<211>105

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.281基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477466.1

<400>153

tgttcatcaa ctcctatccc tacctcctcg cggtactgtc cggggtacga gcaaccttag60

agaagatccc gcaacggctt cgtggcgcga gccgagatgt gcagg 105

<210>154

<211>104

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群134552，全基因组鸟枪序列，JXUM01134552.1

<400>154

aacccagtaa ctccgatccc ttccttcacg cggcgccggc cggggtgcga ccatccgaaa60

ggtagattaa gcttgaagct taggtcgtat gttgacaggg aagg104

<210>155

<211>119

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>致倦库蚊（Culex pipiens quinquefasciatus）supercont3.1335基因组支架，全基因组鸟枪序列，DS233147.1

<400>155

tgttcagtaa ctccgatacc ctggcctccc cgcggcgctg gccgggatac tagtaaccat60

tggagagatc gggtaaccaa ccccggtggg aactatggta gtatgctgac agggtaagg119

<210>156

<211>83

<212>DNA

<213>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.133，全基因组鸟枪序列，KB669981.1

<400>156

ggccgacaaa accctctccc aacctccacg tggtgtcggc tggaaagtgc ctcatgtaat60

gttgcattta ccaactggga agg83

<210>157

<211>104

<212>DNA

<213>淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223>淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系染色体3R，全基因组鸟枪序列，CM008155.1

<400>157

aatctcggaa ctcctatccc cacctcctcg tggtgccggc tggaatatgg tagatgtgca60

tggtatccga ccaatatcat cttaccatat acagacgggg aagg104

<210>158

<211>92

<212>DNA

<213>埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223>埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.294基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477479.1

<400>158

tgccaagcat ctcctatccc taccatctcg tggtactggc cgtggtacga gcctcccaga60

tgggaacgat ggtcgtatgg tgacagcgaa gg92

<210>159

<211>55

<212>DNA

<213>白符跳（Folsomia candida）

<220>

<223>白符跳（Folsomia candida）VU株系Fcan01_Sc032群体，全基因组鸟枪序列，LNIX01000032.1

<400>159

aacaaatata cgggtgcccc cgtactgatg aggccatggc aggccgaaat ttgtg 55

<210>160

<211>55

<212>DNA

<213>温氏类芽孢杆菌（Paenibacillus wynnii）

<220>

<223>温氏类芽孢杆菌（Paenibacillus wynnii）株系DSM 18334 unitig_3_1r，全基因组鸟枪序列，JQCR01000003.1

<400>160

cttgcttatg gactcagttc actgacgagc tcgtgagatt cgagcgaaaa gtatc 55

<210>161

<211>60

<212>DNA

<213>双孢蘑菇（Agaricus bisporus）

<220>

<223>双孢蘑菇四孢变种（Agaricus bisporus var. burnettii）JB137-S8未放置的基因组支架AGABI1scaffold_33，全基因组鸟枪序列，JH971417.1

<400>161

gtcggattag ggcagcggtt aagccctctg atgagcccct tcgcaagggc gaaatccgca60

<210>162

<211>58

<212>DNA

<213>巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223>巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_11，全基因组鸟枪序列，KK198763.1

<400>162

aattagttgg gagttgatgc tgctctcctg atgaggccat agcaggccga aaccagtt58

<210>163

<211>58

<212>DNA

<213>巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223>巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_2，全基因组鸟枪序列，KK198754.1

<400>163

aattggttgg gagctaatgc tattctcctg acgaggccat ggcaggctga aactattt58

<210>164

<211>75

<212>DNA

<213>laboriosa回条蜂（Habropoda laboriosa）

<220>

<223>laboriosa回条蜂（Habropoda laboriosa）重叠群20310，全基因组鸟枪序列，LHQN01020310.1

<400>164

gtggcgtctg gggcatggac cggctacatc agcctcactg atgagtctgt ggtcggtctc60

gagacgaaac gcttc 75

<210>165

<211>57

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>脱硫球茎菌属物种（Desulfobulbus sp.）Tol-SR contig_572，全基因组鸟枪序列，JROS01000118.1

<400>165

gtgatgtctg cggctgaatc tgccgcactg acgagcccat ccagggcgaa acatcca 57

<210>166

<211>58

<212>DNA

<213>长角长虫兆（Orchesella cincta）

<220>

<223>长角长虫兆（Orchesella cincta）Ocin01_Sc3888，全基因组鸟枪序列，LJIJ01003888.1

<400>166

gacgcgtcta gaagtgaagc ccttctactg atgaggttat ggcagaccga aacgcaaa58

<210>167

<211>58

<212>DNA

<213>向日葵（Helianthus annuus）

<220>

<223>向日葵（Helianthus annuus）连锁群3，全基因组鸟枪序列，CM007892.1

<400>167

cactagttga gagttgtcgc tggtttcctg atgagtccaa ggcaagacaa aaccagta58

<210>168

<211>56

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>柠檬胞菌属物种（Citreicella sp.）357 C357_106，全基因组鸟枪序列，AJKJ01000094.1

<400>168

cccaggtacc cggatgtgtt ttccgggctg atgagtccgt gaggacgaaa cctggg56

<210>169

<211>67

<212>DNA

<213>绿猴（Chlorocebus sabaeus）

<220>

<223>绿猴（Chlorocebus sabaeus）1994-021分离株染色体4，全基因组鸟枪序列，CM001944.2

<400>169

attcagtcag gagttttttc tgctgatgag ttcctggtct tgctaacttc aaagaacgaa60

gctgcag67

<210>170

<211>60

<212>DNA

<213>松生拟层孔菌（Fomitopsis pinicola）

<220>

<223>松生拟层孔菌（Fomitopsis pinicola）FP-58527 SS1未放置的基因组支架FOMPIscaffold_81，全基因组鸟枪序列，KE504202.1

<400>170

ggacggtcgg ggcagcgggt aagccccctg acgaggactt tcgcaggtcc gaaaccgctg60

<210>171

<211>75

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold10693，全基因组鸟枪序列，NNAY01010628.1

<400>171

tgcgcgtctg aggcagggtt accatcggat gccttactga cgagtccacg atggtaacct60

gggacgaaac gcaac 75

<210>172

<211>60

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>葡萄（Vitis vinifera），PN40024系的全基因组鸟枪序列，未定向的染色体13，chr13，FN597036.1

<400>172

aactggtcaa gagctggagt cattcccctg atgaatccat gaatcaggat gaaaccagtt60

<210>173

<211>57

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>乌尔菌门细菌暂定种（Candidatus Uhrbacteria bacterium）RIFOXYB2_FULL_45_11 rifoxyb2_full_scaffold_3973，全基因组鸟枪序列，MGFD01000034.1

<400>173

tttttgtctt tagatacagt atctaaactg atgagtcctg taaggacgaa acaaaag 57

<210>174

<211>61

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>亚洲柑橘木虱（Asian citrus Psyllid），柑桔木虱（Diaphorina citri） - 佛罗里达株系，全基因组鸟枪序列，AWGM01152003.1

<400>174

aacgcgtctt aggctgctct caggtgctag ctgatgagtt ccaacaagaa cgaaacgcgt60

c61

<210>175

<211>79

<212>DNA

<213>杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）

<220>

<223>杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）重叠群3158，全基因组鸟枪序列，LGHO01003158.1

<400>175

caggcgtctg gggttggggt cgtctaccgt cagtcccact gacgaatctt ggttgacgat60

tctcgagacg aaacgccat 79

<210>176

<211>58

<212>DNA

<213>巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223>巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_1，全基因组鸟枪序列，KK198753.1

<400>176

aactggtcag gagcttatgc taccatccta atgaggccat ggtaggccga aaccagtt58

<210>177

<211>58

<212>DNA

<213>克莱门柚（Citrus clementina）

<220>

<223>克莱门柚（Citrus clementina）Clemenules栽培种未放置的基因组支架scaffold_5，全基因组鸟枪序列，KI536799.1

<400>177

cactggttgg gaactgaagc cgttctcctg acgagcccac ggtagggcga aaccagtc58

<210>178

<211>56

<212>DNA

<213>卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）

<220>

<223>卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）埃及株系基因组组装，支架：ECPE_scaffold0022838, LL256423.1

<400>178

ctggagtgat atttgctgat atttactgat gagctccaat aagagcgaaa ctcgag56

<210>179

<211>58

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>葡萄（Vitis vinifera），PN40024系的全基因组鸟枪序列，染色体6，chr6，FN597024.1

<400>179

aactagttgg gagctagagc cattcccctt atgagtccat ggcaagacga aaccagtc58

<210>180

<211>68

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>乌尔菌门细菌暂定种（Candidatus Uhrbacteria bacterium）RIFOXYC2_FULL_47_19 rifoxyc2_full_scaffold_469，全基因组鸟枪序列，MGFG01000021.1

<400>180

accacttctg ccgttgagta cggcactgat gagtccattc gattgtaaac agcaggacga60

aaagtaaa 68

<210>181

<211>55

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Taylorbacteria细菌暂定种（Candidatus Taylorbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_02_FULL_46_40 rifcsplowo2_02_scaffold_68864，全基因组鸟枪序列，MHSH01000051.1

<400>181

cgttgctctc ggaatgtgta ttccgactga tgagtccaaa aggacgaaag cagaa 55

<210>182

<211>56

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>杂食菌门（Omnitrophica）细菌暂定种CG1_02_46_14 cg1_0.2_scaffold_5404_c，全基因组鸟枪序列，MNVS01000076.1

<400>182

cggctgtttc ccgatgtgtt atcgggactg atgagtccga aaggacgaaa cagcgt56

<210>183

<211>58

<212>DNA

<213>根瘤菌（Rhizobium）噬菌体

<220>

<223>根瘤菌（Rhizobium）噬菌体RHEph01，完整基因组，JX483873.1

<400>183

aataggtacg gggctgatgc tgccccgctg atgaggccaa gctatggccg aaaccatc58

<210>184

<211>58

<212>DNA

<213>巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223>巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_11，全基因组鸟枪序列，KK198763.1

<400>184

aactggtcga gagttgatgt cgctctcttg acgaggccat ggcaggtcga aaccaatt58

<210>185

<211>58

<212>DNA

<213>双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223>双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold62703_contig_4，全基因组鸟枪序列，LGKD01404090.1

<400>185

aatgagtcaa gtgacgcgaa catctctgat gagaccctca aaaaggtcga aattcgat58

<210>186

<211>57

<212>DNA

<213>海水派金虫（Perkinsus marinus）

<220>

<223>海水派金虫（Perkinsus marinus）ATCC 50983 gcontig_1104296167808，全基因组鸟枪序列，AAXJ01016906.1

<400>186

ggtgtgtctg gcgccgttag ccactgatga gtccctgtgg tgaggacgaa acactac 57

<210>187

<211>56

<212>DNA

<213>cornetzi皱切叶蚁（Trachymyrmex cornetzi）

<220>

<223>cornetzi皱切叶蚁（Trachymyrmex cornetzi）重叠群48241，全基因组鸟枪序列，LKEY01048241.1

<400>187

tatatgtcag tttgcgtttg ctctgaggag ggctcaggaa tgagccgaaa catgta56

<210>188

<211>55

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>俭菌总门（Parcubacteria）（乔凡诺尼菌门（Giovannonibacteria））细菌GW2011_GWF2_42_19 UV11_C0020，全基因组鸟枪序列，LCDF01000020.1

<400>188

ccactgtcct agagtgtgta ctctagctga tgagtcggaa acgacgaaac agaaa 55

<210>189

<211>53

<212>DNA

<213>双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223>双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold54493_contig_334，全基因组鸟枪序列，LGKD01378372.1.

<400>189

ccgaagtcga gctgtcttaa ttgatgaggc gaaggaaaat gccgaaacta cgc 53

<210>190

<211>74

<212>DNA

<213>杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）

<220>

<223>杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）重叠群944，全基因组鸟枪序列，LGHO01000944.1

<400>190

cccgcgtcta aggcagggtc tgctagaaaa gccttactga cgagtccact agcatgccca60

ggacgaaacg ctcc74

<210>191

<211>60

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0008277，LL965256.1

<400>191

tggatgtata ttcatgatat aggattgctg atgagtccca aagataggac gaaacaaccg60

<210>192

<211>55

<212>DNA

<213>糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）

<220>

<223>糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）PC15未放置的基因组支架scaffold_10，全基因组鸟枪序列，KL198013.1

<400>192

tttgtgttgg gaggtgtgtg cctctcctga tgaatccaaa aggacgaaac acatt 55

<210>193

<211>99

<212>DNA

<213>四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）

<220>

<223>四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）111107301分离株未放置的基因组支架scaffold95，全基因组鸟枪序列，KQ435798.1

<400>193

agggcgtctg gggtaggagt cactgccatc aaaacacccc cctccccccc ccccccccca60

ctgatgagtc taggcagcga ctccgagacg aaacgcatc 99

<210>194

<211>58

<212>DNA

<213>牵牛花（Ipomoea nil）

<220>

<223>牵牛花（Ipomoea nil）DNA，支架：scaffold1407，栽培种：东京-kokei标准品，BDFN01001407.1

<400>194

aactagtcgg gagctattga cgttcccctg atgagcccat gacgggacaa aaccagtt58

<210>195

<211>52

<212>DNA

<213>粗环点革菌（Punctularia strigosozonata）

<220>

<223>粗环点革菌（Punctularia strigosozonata）HHB-11173 SS5未放置的基因组支架PUNSTscaffold_19，全基因组鸟枪序列，JH687556.1

<400>195

gctcggtcat ctcgggcaga accctgatga gcctataaag gcgaaacagg gc52

<210>196

<211>62

<212>DNA

<213>四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）

<220>

<223>四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）111107301分离株未放置的基因组支架scaffold98，全基因组鸟枪序列，KQ435803.1

<400>196

caagcgtttt ggggccagcc ccactgatga gtctaggcag cgactccaag acgaaacgca60

tc 62

<210>197

<211>55

<212>DNA

<213>奧布分支杆菌（Mycobacterium obuense）

<220>

<223>奧布分支杆菌（Mycobacterium obuense）UC1株系Mobu_contig000008，全基因组鸟枪序列，LAUZ02000008.1

<400>197

ctgctctcca gggtcaccct gctgacgagc ccgtgaaagt cgggcgaaag agccc 55

<210>198

<211>74

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>乔凡诺尼菌门暂定种（Candidatus Giovannonibacteria）RIFCSPLOWO2_01_FULL_46_13 rifcsplowo2_01_scaffold_439，全基因组鸟枪序列，MFIE01000019.1

<400>198

gaacgctcgc gagatgtgtg tctcgcctga tgagcccgcc aaaggcgggc aagtccaaaa60

ggacgaaagc gtgt74

<210>199

<211>54

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0102769，LL113166.1

<400>199

aatgcatcca gtacatccac tggctgacga gtccgagata agacgaaatg catg54

<210>200

<211>59

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002697，LL959675.1

<400>200

gacatgtctg ggatgcaggt acatccaact gacgagtccc aaatacgacg aaacatgca 59

<210>201

<211>69

<212>DNA

<213>白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223>白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群106395，全基因组鸟枪序列，JXUM01106395.1

<400>201

tcaaagtctt gacgaaaggc caacgggcca aaacgtcaac tgatgagtcc ttgatggacg60

aaactttgt69

<210>202

<211>55

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Lloydbacteria细菌暂定种（Candidatus Lloydbacteria bacterium）RIFCSPHIGHO2_02_FULL_54_17 rifcsphigho2_02_scaffold_4023，全基因组鸟枪序列，MHLO01000032.1

<400>202

ttgctgtaga gaagtgcatg cttctcctga cgagtcggaa acgacgaaac agcac 55

<210>203

<211>110

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 细菌SM23_31 WORSMTZ_22961，全基因组鸟枪序列，LJUD01000105.1

<400>203

agcagagacc gggaagggat tctcttatta tgaaaatatt gaaaatagca tgaaacacta60

aaccccgggg atcctcccgg taatgcagcc gtagccggtc acaagcccgg110

<210>204

<211>58

<212>DNA

<213>热纤梭菌（Clostridium thermocellum）

<220>

<223>热纤梭菌（Clostridium thermocellum）ATCC 27405，完整基因组，CP000568.1

<400>204

tccagagtga cggaacgact cttcctccgg taatgcggtg gcccggtcac aagtccgg58

<210>205

<211>60

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>候选分类NC10细菌CSP1-5 XU15_C0011，全基因组鸟枪序列，LDXR01000011.1

<400>205

cgcagagagg ggctaggcca taggcttagc tctaatgcgg cataccggtc tcaagcccgg60

<210>206

<211>51

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>黑冠鹤东非亚种（Balearica pavonina gibbericeps）重叠群83242，全基因组鸟枪序列，JJRR01083242.1

<400>206

tgcagatgga ataatttaat gcaactgtag ttactcaggt tccaagtcct g 51

<210>207

<211>63

<212>DNA

<213> 螺旋体属（Spirochaetes）细菌

<220>

<223>螺旋体属细菌GWB1_66_5 gwb1_scaffold_16834，全基因组鸟枪序列，MIAS01000104.1

<400>207

tgcagagggg gccgggacgc gcgaagcgac tcggcctaat gcacaggccg gtcccaagtc60

cgg63

<210>208

<211>57

<212>DNA

<213>天门冬型梭菌（Clostridium asparagiforme）

<220>

<223>天门冬型梭菌（Clostridium asparagiforme）DSM 15981基因组支架Scfld9，全基因组鸟枪序列，GG657595.1

<400>208

cgcagagcaa cggggcagca atgccccggt aatgcggggg aacggttgca accccgt 57

<210>209

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>亨氏梭菌（Clostridium hungatei）DSM 14427株系CLHUN_contig000001，全基因组鸟枪序列，MZGX01000001.1

<400>209

tgcagatggg cggccttatg gccgttaatg cgctcccgga taccgggaac ccgtccaaag60

ccggg65

<210>210

<211>60

<212>DNA

<213>紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）

<220>

<223>紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）重叠群102072_fixed，全基因组鸟枪序列，AAGJ05102072.1

<400>210

agggagggag gggtattgga accaaacctc ttaaccaacc gtcgcccgtc ccaagtcggg60

<210>211

<211>56

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 脱硫芽孢弯曲菌属物种（Desulfosporosinus sp.）I2重叠群00035，全基因组鸟枪序列，JYNH01000035.1

<400>211

cgcagagtga ccgcccatcg cgggcgggta atgcggctag ccggtcacaa gcccgg56

<210>212

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）W14A NODE_41，全基因组鸟枪序列，MBSV01000063.1

<400>212

cgcagagcag cggagaaact gacttcgtta atgcggcctg acgtttttcg tctgacggtt60

gcaagcccgc 70

<210>213

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>生物反应器宏基因组PBDCA2_GBB5CE401D1Q9V_left，全基因组鸟枪序列，AGTN01047810.1

<400>213

tgcagatggg cgccttcggg cgttaatgcg ctgaaaccaa aggttccacc aggtccaaag60

tcctg65

<210>214

<211>59

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>叠层石宏基因组35133330，全基因组鸟枪序列，ABMG01007509.1

<400>214

ggtgagcggc cccgcccgta aggacgggga ctaaaccaca agtccggtcg caagtccgg 59

<210>215

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>未培养的瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）细菌TS29_contig142355，全基因组鸟枪序列，ADJT01008886.1

<400>215

tgcagagtga gaaagctcat taccgtttgg tgatgggctt ttgtaatgca gagcgccggt60

cacaatcccg g 71

<210>216

<211>56

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>淡水沉积物宏基因组lwFormaldehyde_BCIB5337_x1，全基因组鸟枪序列，ABSN01019877.1

<400>216

cgcagatgac ggtgccacca cggcaccgta atgcgacaag caggttccaa tccctg56

<210>217

<211>72

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组ctg_1101668267133，全基因组鸟枪序列，ABSN01019877.1

<400>217

tgatgagggg cggggggcca gagacccccc gttaaatcgc catgtcaacc gacatgctgg60

tcccaagccc ag72

<210>218

<211>61

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>堆肥宏基因组重叠群24470，全基因组鸟枪序列，ADGO01024387.1

<400>218

agtgagggga tcgatctaaa ctactggctt gtttcgtgca agtcaccggt cccaagtccg60

g61

<210>219

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>堆肥宏基因组FHNL2OP04YM6SP，全基因组鸟枪序列，ADGO01161384.1

<400>219

cgcagagcac gccctacggg gcgtaatgcg gcctcaccac tggggtgagc cagttgcaag60

cctgg65

<210>220

<211>63

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>堆肥宏基因组FHNL2OP04YQ5F0，全基因组鸟枪序列，ADGO01160766.1

<400>220

cgcagagggc agcccttcgg ggctgtaatg cactccccac ctggggagcg gtcccaagtc60

cgc63

<210>221

<211>64

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>生物反应器宏基因组PBDCA2_FISUTAU01BA9VK，全基因组鸟枪序列，AGTN01403367.1

<400>221

cgcagagtga cgggagggtt tatcggccct cccggtaatg cggcagcccg gttcgcaagc60

ccgg 64

<210>222

<211>55

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>生物反应器宏基因组PBDCA2_contig37489，全基因组鸟枪序列，AGTN01271243.1

<400>222

cgcagagtga gccgggaaac cggcttaatg cgggcagagg cggtcacaac cccgc 55

<210>223

<211>219

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 纳氏虫属物种（Naegleria sp.）NG872 SSU rRNA基因I组内含子，NG872株系，AJ001399.1

<400>223

ctgttattgg aatttgatag ttgtgcgatg gggttcatac cttaactgcc aaaacgggac60

cccttttggg gtataaatct tgtaaaagga ttatattccg tactaaggat atttgataat 120

atccggaatg tctagagact acacggcaag ccaattggtg gtatgaatgg atagtcccta 180

gtttttttta ccatctaggt atcccataca aaatggtaa219

<210>224

<211>196

<212>DNA

<213>钙皮黏菌（Didymium iridis）

<220>

<223>钙皮黏菌（Didymium iridis）部分IGS、18S rRNA基因、I-DirI基因和部分ITS1，Pan2-16分离株，AJ938153.1

<400>224

ttttggttgg gttgggaagt atcatggcta atcaccatga tgcaatcggg ttgaacactt60

aattgggtta aaacggtggg ggacgatccc gtaacatccg tcctaacggc gacagactgc 120

acggccctgc ctcttaggtg tgttcaatga acagtcgttc cgaaaggaag catccggtat 180

cccaagacaa tcaaat 196

<210>225

<211>200

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>纳氏虫属物种（Naegleria sp.）NG458组I样核酶GIR1，NG458株系，AM497931.1

<400>225

ctgttattga aggacgttct agagtgcgat ggggttcata cctttatctg ccaaaacggg60

acctctgttg aggtatatat tgaatattcc gtactaagga tttaatccgg aacgtctaga 120

gactacacgg cagaccattg ttggtggtat gaatggatag tccctagtga accatctagg 180

catcccatac aaaatggtta 200

<210>226

<211>209

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>异叶足纲物种（Heterolobosea sp.）BA 16S小亚基核糖体RNA基因，部分序列；以及His-Cys盒归巢核酸内切酶基因，完整cds，DQ388519.1

<400>226

cagctgtttt gatacatgct cgactttctt tttctcttgt gcaatggggt ttatgagtta60

attagccaaa acgggacctt aaaaaggtgt aagtaaccgt actaagttcg taagaacgga 120

atgtctagag actacacggc tgagcgattt agctctcata aatggatagt cctcagtata 180

ccatctgagc atcccataca aaatggtta 209

<210>227

<211>76

<212>DNA

<213>反刍真杆菌（Eubacterium ruminantium）

<220>

<223>反刍真杆菌（Eubacterium ruminantium）ATCC 17233株系基因组组装，重叠群：EI46DRAFT_scaffold00014.14，FUXA01000016.1

<400>227

agtcgtcaga gcgactataa ataggcttta ggctctgagc gtgccgaccg tcaataaaag60

gcggtcagcg gtagca76

<210>228

<211>71

<212>DNA

<213>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST全基因组鸟枪测序项目，全基因组鸟枪序列，AAAB01006002.1

<400>228

actcgactaa gcgagtataa aaaggtttca agcttagagc gttgataggg ataaaaacct60

atcaggtaac a 71

<210>229

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>冢村氏菌属（Tsukamurella）噬菌体TIN3，完整基因组，KR011063.1

<400>229

cctcgtcagg gcgaggttaa atagccgcat aggccctgag cgtccccgcc ccacaagggc60

ggggggacgg g 71

<210>230

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>类芽孢杆菌属物种（Paenibacillus sp.）TCA20 DNA，重叠群：PspTCA2nb10，BBIW01000010.1

<400>230

agtcggcttg gcgactataa ataggctttt ggccaagcgc gggctcccaa ctcgggagta60

tagca65

<210>231

<211>69

<212>DNA

<213> 噬萘类芽孢杆菌（Paenibacillus naphthalenovorans）

<220>

<223> 噬萘类芽孢杆菌（Paenibacillus naphthalenovorans）32O-Y株系，完整基因组，CP013652.1

<400>231

actcgtgcca gcgagtttaa atagaccaat aggctggcag cgttccactc ataaagagtg60

gaggaggta69

<210>232

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）SR1 5基因组草图，FP929053.1

<400>232

agtggtcaca gccactataa acagggcttt aagctgtgag cgttgaccgt cacaacggcg60

gtcaggtagt c 71

<210>233

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）ASF502基因组支架acMal-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KB822441.1

<400>233

agtagtcatg gctactataa atagagactt aagccatgag cgttcccatc tttgtgatgg60

gaggtgtct69

<210>234

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>大头茶属（Gordonia）噬菌体GTE7，完整基因组，JN035618.1

<400>234

cgtcgtctga gcgacgttaa atagccgtta ggctcagagc ggtacacctc ccctattctc60

ggggttggg69

<210>235

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>噬纤维素菌属（Cellulophaga）噬菌体phi19:3，完整基因组，KC821608.1

<400>235

agccgttgca gcggcataaa ataggttatt aggctgcaag cgttcgccct taattgggcg60

gtgtta 66

<210>236

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>鞘氨醇杆菌属物种（Sphingobacterium sp.）ML3W，完整基因组，CP009278.1

<400>236

agtcgtttga gcgacttaaa ataggtttta agctcaaagc gccccgataa taatcgggag60

taaca65

<210>237

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>布劳特氏菌属物种（Blautia sp.）YL58，完整基因组，CP015405.2

<400>237

agaggttgca acctctataa atagggcttt aagttgcaag cgttcccgct ggaaacagtg60

ggagatagcc 70

<210>238

<211>66

<212>DNA

<213>毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）

<220>

<223>毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）细菌A2基因组支架acPFL-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE159636.1

<400>238

agccgtccca acggctctaa aaagtccatt aagttgggag cgtccggcag aaatgccggg60

gttgga 66

<210>239

<211>75

<212>DNA

<213>梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223>梭菌目（Clostridiales）细菌42_27 Ley3_66761_scaffold_13135，全基因组鸟枪序列，MNRF01000152.1

<400>239

gctcgtctgg gcgagggtaa atagtaatta ggcccagagc gtcttggctg gcagatctgc60

cggtcggggg tttag 75

<210>240

<211>64

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>短芽孢杆菌属（Brevibacillus）噬菌体Jenst，完整基因组，KT151955.1

<400>240

tagtgttgcg gcacttacaa gcccattaag ccgcaagcgt tagcccttcc ggggctaggt60

tggg 64

<210>241

<211>74

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>大头茶属（Gordonia）噬菌体Orchid，完整基因组，KU998253.1

<400>241

acacgactgg acgtgtataa ataggcgtta ggtccagtgc gggtgatggt attgagtatt60

ttggaatcgg tgcc74

<210>242

<211>64

<212>DNA

<213>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）

<220>

<223>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）GO-13株系contig_36，全基因组鸟枪序列，LECW02000030.1

<400>242

agtcgtggcg gcaacattaa acaggcatta agccgccagc attcccctta ttggggaggt60

tgca 64

<210>243

<211>69

<212>DNA

<213>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）

<220>

<223>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）GO-13株系contig_9，全基因组鸟枪序列，LECW02000082.1

<400>243

ggacgtgacg gcggctcaaa aaagtgcatt aagccgcaag agtttccccg tttttggggg60

aaggtttca69

<210>244

<211>80

<212>DNA

<213>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400>244

caccgtggcg gcggtgtaaa acaaacatta agccgccagc gtcccggaac aaggcatttt60

ccgattctcc gggggttgca80

<210>245

<211>70

<212>DNA

<213>梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223>梭菌目（Clostridiales）细菌44_9 Ley3_66761_scaffold_7759，全基因组鸟枪序列，MNRG01000094.1

<400>245

gctcgtctgg gcgaggataa acagctatta agcccagagc gttctgagtc tttaagattc60

ggaggtttag 70

<210>246

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>芽孢杆菌属（Bacillus）噬菌体B4，完整基因组，JN790865.1

<400>246

agtcgtgtga gcgactataa acaggcttta ggctcacagc gtcgcggggt ttatcccccg60

tgggtagca69

<210>247

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>鞘氨醇杆菌属物种（Sphingobacterium sp.）ML3W，完整基因组，CP009278.1

<400>247

agtggattgc gccactttaa aaaggtttta agcgtaaagc gttgcaaggt tttgagcctt60

gcaggtaaca 70

<210>248

<211>64

<212>DNA

<213>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）

<220>

<223>大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）GO-13株系contig_3，全基因组鸟枪序列，LECW02000023.1

<400>248

actcgtcaca gcgagtataa agaggcatta ggctgtgagc gttccccgtc atggggaggt60

tgca 64

<210>249

<211>67

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌目物种（Clostridiales sp.）SS3 4基因组草图，FP929062.1

<400>249

acacgttgcg ccgtgtataa atagccagtt agggcgcaag cgtcccggca ttttgccggg60

ggtctgg67

<210>250

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>另枝菌属物种（Alistipes sp.）CHKCI003分离株CHKC3基因组组装，FCNT01000042.1

<400>250

agccgttcgg gtggctataa atagacctta ggcccgaagc gtggcggcac ctgccgccgg60

tggta65

<210>251

<211>78

<212>DNA

<213>表兄链球菌（Streptococcus sobrinus）

<220>

<223>表兄链球菌（Streptococcus sobrinus）TCI-98重叠群00583，全基因组鸟枪序列，AGGO01000583.1

<400>251

agtcgttgtg gcgactataa ccaagctctt taagccacaa gcgttgctga tgaggtttca60

taacatcagc aggtagag78

<210>252

<211>67

<212>DNA

<213>埃吉类芽孢杆菌（Paenibacillus elgii）

<220>

<223>埃吉类芽孢杆菌（Paenibacillus elgii）B69重叠群93，全基因组鸟枪序列，AFHW01000093.1

<400>252

actggttcga gccagtaaaa aaaggccgat aagctcgaag cgttccactc ttagagtgga60

ggaggca67

<210>253

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组35801239，全基因组鸟枪序列，ABLZ01250225.1

<400>253

agtcgttagg gcgactataa acagacatta agccctaagc gtcccctact agctaggggg60

gttgta 66

<210>254

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组ctg_1101668203871，全基因组鸟枪序列，AACY023396520.1

<400>254

agtcggtaga gcgactttaa aaaggcatta ggctctacgc gttccaggag gaaactcctg60

gaggttgtt69

<210>255

<211>64

<212>DNA

<213>韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌

<220>

<223>韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌2_2_44A cont1.7，全基因组鸟枪序列，ADCZ01000007.1

<400>255

attcgactag acgagtataa ataggtgtca ggtctagtgc ggcagggttc ttccctgcat60

cata 64

<210>256

<211>69

<212>DNA

<213>韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌

<220>

<223>韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌2_2_44A cont1.7，全基因组鸟枪序列，ADCZ01000007.1

<400>256

aatcgactag gcgattttaa ataggtgtta agcctagtgc ggtaagaggt ataaccctct60

tgcgtcacg69

<210>257

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>微生物垫宏基因组hsmat10_BHWZ5893_b1，全基因组鸟枪序列，ABPY01006745.1

<400>257

gctggtcacg gccagtataa acagacatta agccgtgagc gtctcctgtt ctgtgaacgg60

gagggttgta 70

<210>258

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>活性污泥宏基因组contig01440，全基因组鸟枪序列，AERA01001428.1

<400>258

actcgttagg gcgagtataa atagccatta ggccctaagc gtcaatgata agctcattgg60

gttgga 66

<210>259

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1096626606346，全基因组鸟枪序列，AACY020454254.1

<400>259

agtcgtttgg gcgactataa acagacgaat aagcccaaag cgtttcctcg taagaggaag60

gacgga 66

<210>260

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>珊瑚宏基因组39763165，全基因组鸟枪序列，ABNK01016853.1

<400>260

agtcgtctga gcgactataa acagagtttt aggctcagag cgcctcccct tcgggggagg60

gtacta 66

<210>261

<211>79

<212>DNA

<213>哥伦比亚芭切叶蚁（Atta colombica）

<220>

<223>哥伦比亚芭切叶蚁（Atta colombica）真菌圃Top 2030450980，全基因组鸟枪序列，AGFS01138167.1

<400>261

actcgactag acgagtataa actacattaa gcctagtgcg ttatagccgt aaataagaag60

taaacggcta taggttgta 79

<210>262

<211>70

<212>DNA

<213>多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）

<220>

<223>多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）E681，完整基因组，CP000154.1

<400>262

gttcgtctga gcgaacgcaa acaggccatt aagctcagag cgttcactgg attcgtccag60

tgagattggc 70

<210>263

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组ctg_1101667068628，全基因组鸟枪序列，AACY022661277.1

<400>263

actggactac gccagtataa ataggcatta agcgtagtgc gttccaatgt tgtgaaacat60

cggaggttgt t 71

<210>264

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1096626660187，全基因组鸟枪序列，AACY020496190.1

<400>264

agtcgtctaa gcgactctaa aaaggcttta agcttagagc gttcgcccat attgggcgag60

gttgta 66

<210>265

<211>73

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1096626606768，全基因组鸟枪序列，AACY020454584.1

<400>265

actggttgcg gccagtataa atagtcttta agccgcaagc gtgtcctgga gttaatcttc60

cagggcggta gca 73

<210>266

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组ctg_1101667160699，全基因组鸟枪序列，AACY022753348.1

<400>266

agtcgactaa gcgactctaa acagcattta ggcttagtgc gttcccctgc tcacgcgggg60

gaggtatgg69

<210>267

<211>78

<212>DNA

<213>球形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sphaericus）

<220>

<223>球形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sphaericus）C3-41，完整基因组，CP000817.1

<400>267

actcgactaa gcgagtataa acaggcatta ggcttagagc gttctcacgt tatctgaatg60

atgatgtgag aggttgca78

<210>268

<211>55

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组32650920，全基因组鸟枪序列，ABLX01143204.1

<400>268

actcgacagg gcgaggctaa atagcattta ggccctgagc ggctcccttc gggag 55

<210>269

<211>58

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组2065701，全基因组鸟枪序列，AACY021048934.1

<400>269

gctcggtgcg gcgagcctaa atagtgcctt aggccgcacg cgttatgcat aggtggca58

<210>270

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>微生物垫宏基因组hsmat10_BHWZ5893_b1，全基因组鸟枪序列，ABPY01006745.1

<400>270

acaggtttgc gcctgtataa atagacatta agcgcaaagc gtcccgcaat tgttgcgggg60

gttgta 66

<210>271

<211>67

<212>DNA

<213>奥湖甲苯单胞菌（Tolumonas auensis）

<220>

<223>奥湖甲苯单胞菌（Tolumonas auensis）DSM 9187，完整基因组，CP001616.1

<400>271

aagcgaaaca ggccccggag ggcctgtctg ccggaggtgg tgctccggta ctgatgagca60

gcctagc67

<210>272

<211>69

<212>DNA

<213>万巴氏分枝杆菌（Mycobacterium vanbaalenii）

<220>

<223>万巴氏分枝杆菌（Mycobacterium vanbaalenii）PYR-1，完整基因组，CP000511.1

<400>272

tgccgaaacg ccgactcggg tcggcgtccc tgggaggtgg cattctcagg ctgatgatgg60

ctgccgcag69

<210>273

<211>77

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>奥奈达希瓦氏菌（Shewanella oneidensis）MR-1，完整基因组，AE014299.2

<400>273

aagcgaaaca agcaaggcgc ttaggtgcct tgcctgtctg ctcggcgtgg ttgccgagca60

ctgatgagca gccaaag 77

<210>274

<211>87

<212>DNA

<213>脱硫杆菌科（Desulfobacteraceae）细菌

<220>

<223>脱硫杆菌科（Desulfobacteraceae）细菌4572_35.1 ex4572_35.1_scaffold_634，全基因组鸟枪序列，NBLX01000010.1

<400>274

atgcgaaacc gcgatcattt tgccgccatt ggcaaggtga tcgcggtcat cagggtgcgg60

cgatcctgat ctgatgagca gccaaga87

<210>275

<211>70

<212>DNA

<213>耐碱脱硫弧菌（Desulfovibrio alkalitolerans）

<220>

<223>耐碱脱硫弧菌（Desulfovibrio alkalitolerans）DSM 16529 ctg12，全基因组鸟枪序列，ATHI01000003.1

<400>275

aagcgaaacc gccctgagtg ggcggtcgtt ccggagagac ggcgaccggg gcctgatgag60

ccagccgaat 70

<210>276

<211>77

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400>276

atgcgaaaca tctcgccggc tggaccggtg aggtgtcggc ccagggcggt tcctgggtcc60

tgacgatgca accggga 77

<210>277

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>热原体古细菌（Thermoplasmatales archaeon）SG8-52-4 WOR_8-12_1532，全基因组鸟枪序列，LSSF01000016.1

<400>277

agccgaaaca ggggtctgtg cgcccctgtc caccatgggt ggtgccatgg tgccgatgat60

ggtagccaca a 71

<210>278

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>类芽孢杆菌属物种（Paenibacillus sp.）MSt1 Contig_22，全基因组鸟枪序列，JNVM01000022.1

<400>278

agccgaaacg cctcgcgata ggaggcgtcg cggggatatg gcctaccccg cctgatgatg60

gcaggccgga 70

<210>279

<211>74

<212>DNA

<213>南极海神单胞菌（Neptunomonas antarctica）

<220>

<223>南极海神单胞菌（Neptunomonas antarctica）DSM 22306株系基因组组装，重叠群：Ga0111702_106，FTOE01000006.1

<400>279

ccgcgaaacg cccacacctt aacgggacgg gcgtctatcc agcgtggcaa ctgggtactg60

atgagcagcc acta74

<210>280

<211>67

<212>DNA

<213>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400>280

agccgaaacg gggtgaaagc cctgtccgct ggggatggcc tcctcgcgct gatgatggca60

ggccaac67

<210>281

<211>84

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>红杆菌目（Rhodobacterales）细菌65-51 scnpilot_p_inoc_scaffold_125，全基因组鸟枪序列，MKWD01000005.1

<400>281

atgcgaaacc gcatccgggg cggcgtgtgc cccgggtgcc ggtcggccgg gcgtggtggc60

ccggtcctga tgatgcagcc ggag 84

<210>282

<211>68

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>小梨形菌属物种（Pirellula sp.）SH-Sr6A，完整基因组，CP011272.1

<400>282

agccgaaacg cggtagcgat ccgcgtcgcc gatcggtggt tcgatcggcc tgacgatggc60

agccaacc 68

<210>283

<211>74

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 德沃斯氏菌属物种（Devosia sp.）66-22 SCNpilot_expt_1000_bf_scaffold_212，全基因组鸟枪序列，MKUZ01000009.1

<400>283

ttgcgaaacg cctcccggct ccggctgggg gcgtcgtcca cgggtcgcgc cgtgggcctg60

atgagcagcg acac74

<210>284

<211>77

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）细菌GAS474基因组组装，LT629781.1

<400>284

tgccgaaacg gcttcctcgt gccccgaggt gccgtcctgc cgggctgagc tcccagcagc60

tgatgaggca gctccct 77

<210>285

<211>68

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400>285

cggcgaaacc gcctccccgg aggcggtcca cgggattggc attcccgtgc tgaggatgcc60

tgccgagc 68

<210>286

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海单胞菌属物种（Marinomonas sp.）S3726 contig0030，全基因组鸟枪序列，JXYC01000030.1

<400>286

tagcgaagcg cggctaggta tagccgcgtc aatctcgtgt agtggctaga tactgatgag60

cagctaaaa69

<210>287

<211>75

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>鲁杰氏菌属物种（Ruegeria sp.）ANG-R contig_12，全基因组鸟枪序列，JWLJ01000012.1

<400>287

atgcgaaacc gtcccggtgt tcacgccggg atggtcatcg gggcgtggtg accccggtct60

gatgagcagc cagaa 75

<210>288

<211>67

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>贝格阿托氏菌属物种（Beggiatoa sp.）IS2 Ga0073106_1108，全基因组鸟枪序列，MTEL01000108.1

<400>288

aaccgaaact cccctcacgg ggagtccgac cgggattaat cacccggcgc tgatgaggca60

gattcct67

<210>289

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400>289

tgccgaaaca cccttcgggg tgtcggggtg gggtggcgct cacctcctga cgatggcagc60

cacga65

<210>290

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 蓝绿藻菌属物种（Lachnoclostridium sp.）An76 An76_contig_9，全基因组鸟枪序列，NFHL01000009.1

<400>290

agccgaaacg gtcagtaatg accgtcagcc gggaagtgac tgccccggct ctgatgatgg60

caggtcatg69

<210>291

<211>66

<212>DNA

<213>织片草螺菌（Herbaspirillum seropedicae）

<220>

<223>织片草螺菌（Herbaspirillum seropedicae）SmR1，完整基因组，CP002039.1

<400>291

agccgaaaca tcctcaaagg gtgtctctca gaggtggcct cctgagactg atgatggctg60

gctgtg 66

<210>292

<211>71

<212>DNA

<213>粘放线菌（Moritella viscosa）

<220>

<223>粘放线菌（Moritella viscosa）基因组组装，LN554852.1

<400>292

aagcgaaaca cgtcttagtg ataagtcgtg tctactcagc gttgtggttg agtactgatg60

agcagcaact t 71

<210>293

<211>67

<212>DNA

<213>金属还原菲维菌（Fervidicella metallireducens）

<220>

<223>金属还原菲维菌（Fervidicella metallireducens）AeB重叠群00024，全基因组鸟枪序列，LN554852.1

<400>293

aaccgaaaca agggtatgtc ccttgtctgc tgaggataac ctctcagcac tgatgaggta60

ggttaaa67

<210>294

<211>67

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400>294

cggcgaaacc gtccggtgtg gacggtcccg agggctggca tccctcggct gatgatgcct60

gccaaga67

<210>295

<211>61

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400>295

aggcgaaacg ccgtgaggcg tccggccggg tggtacccgg tcgctgatga gccagcctgc60

t61

<210>296

<211>67

<212>DNA

<213>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223>哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400>296

agccgaaacg ggactttggt cctgtctgcc gggaatggcc gcccggcact gaggatggca60

ggctgct67

<210>297

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>颤杆菌克属物种（Oscillibacter sp.）KLE 1745基因组支架Scaffold306，全基因组鸟枪序列，KI271721.1

<400>297

agccgaaacg ccctccgggg cgtcatcggg gggagccctc ccccggtctg aagatggcag60

ggcacg 66

<210>298

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>罕见小球菌属物种（Subdoligranulum sp.）4_3_54A2FAA基因组支架supercont1.5，全基因组鸟枪序列，JH414702.1

<400>298

agccgaaaca gccctgcggg gctgtcgtgc gggggctgac cgccccgtgc ctgatgatgg60

caggtcaag69

<210>299

<211>69

<212>DNA

<213>鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）

<220>

<223>鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）株系SDF，完整基因组，CU468230.2

<400>299

aagcgaaaca caggcattcg tgcctgtgtc tactggatgt cgtgatccag tactgatgag60

cagcgatag69

<210>300

<211>66

<212>DNA

<213>吸水链霉菌（Streptomyces hygroscopicus）

<220>

<223>吸水链霉菌井冈亚种（Streptomyces hygroscopicus subsp.jinggangensis）5008，完整基因组，CP003275.1

<400>300

tgccgaaacc ccttggtgag gggtcgttcc ggggtggtgc ccggagcctg acgacggcag60

ccgccc 66

<210>301

<211>70

<212>DNA

<213>伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus）

<220>

<223>伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus）ATCC 27760基因组支架Scaffold724，全基因组鸟枪序列，KI260480.1

<400>301

agccgaaaca gcggcagaga gccgctgtct gccggaactg gtctaccggc actgatgatg60

gcagaccgga 70

<210>302

<211>65

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400>302

aggcgaaacc cggctggcac cgggtccgta gggctggcat ccctgcgctg atgagcctgc60

caacg65

<210>303

<211>67

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>布劳特氏菌属物种（Blautia sp.）An249 An249_contig_12，全基因组鸟枪序列，NFJL01000012.1

<400>303

agccgaaacg gggaacttac cccgtccgct gcgggatcgc ctcccggcgc tgatgaggca60

ggcgaga67

<210>304

<211>78

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>小红卵菌属物种（Rhodovulum sp.）P5，完整基因组，CP015039.1

<400>304

ccgcgaaacc ccgccaggcc catcggtctg gcggcggtcg gccgggcgtg gtggcccgac60

cctgatgagc agccggag78

<210>305

<211>81

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>地杆菌科（Geobacteraceae）细菌GWC2_58_44 gwc2_scaffold_235，全基因组鸟枪序列，MGZL01000059.1

<400>305

atgcgaaacg atcattttgc cggcgtcgac aaaatgatcg tcatcccggc gtggcggccg60

gggtctgatg agcagccgcg g81

<210>306

<211>68

<212>DNA

<213>横须链霉菌（Streptomyces yokosukanensis）

<220>

<223>横须链霉菌（Streptomyces yokosukanensis）DSM 40224株系基因组支架PRJNA299221_s003，全基因组鸟枪序列，KQ948208.1

<400>306

cggcgaaacc cgctggtgag gcgggtcgcg aagcggtggt gcgcttcgcc tgatgatgcc60

agccagca 68

<210>307

<211>84

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>内生小单胞菌属物种（Endozoicomonas sp.）（总合草苔虫（Bugula neritina）AB1）AB1-5分离株ACH42_contig000207，全基因组鸟枪序列，MDLD01000207.1

<400>307

ttgcgaaaca ctcccgccgt acctgtcccc acaggtggga gtgtcagtcc agtgtggtga60

ctgggctctg atgagcagcc aaag 84

<210>308

<211>68

<212>DNA

<213>绿弯菌门（Chloroflexi）细菌

<220>

<223>绿弯菌门（Chloroflexi）细菌RBG_13_60_13 RBG_13_scaffold_3543，全基因组鸟枪序列，MGNC01000101.1

<400>308

agccgaaacg ggggcatcgg cccccgtcgt cccgggcagt ccactgggac ctgacgaggc60

aaagcgcg 68

<210>309

<211>72

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>奥奈达希瓦氏菌（Shewanella oneidensis）MR-1，完整基因组，AE014299.2

<400>309

aagcgaaacc cgccccattc atggggcgcg gtctgtctaa tgtagtgatt aggcactgat60

gagcagctaa cc72

<210>310

<211>66

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400>310

aggcgaaacc acccgagagg gtggtcggac cgggcggttc ccggttcctg acgatgccaa60

ccactg 66

<210>311

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>乙醇酸脱硫棒菌（Desulfofustis glycolicus）DSM 9705基因组组装，重叠群：EJ46DRAFT_scaffold00001.1，FQXS01000001.1

<400>311

aggcgaaacg ccggggtgac ccggcgtcgt cggagggtga tgcctccggc ctgacgatgc60

cagttacag69

<210>312

<211>68

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>脱硫弧菌属物种（Desulfovibrio sp.）TomC contig00038，全基因组鸟枪序列，JSEH01000038.1

<400>312

aggcgaaacc gttctcctcg gagcggtcgg ccgggtgtgg tggcccggcc ctgatgagcc60

agccgctc 68

<210>313

<211>76

<212>DNA

<213>南方脱硫单胞菌（Desulfuromonas soudanensis）

<220>

<223>南方脱硫单胞菌（Desulfuromonas soudanensis）WTL株系染色体，完整基因组，CP010802.1

<400>313

aagcgaaacg accacccccc caggggggta gtcgtcgctc gggggtggtg ccccgggcct60

gatgatgcag ccaagt76

<210>314

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海单胞菌属物种（Marinomonas sp.）S3726 contig0020，全基因组鸟枪序列，JXYC01000020.1

<400>314

aagcgaaaca tggctcgttg tagccgtgtc tattcagcgt agtggctggg tactgatgag60

cagctaaaa69

<210>315

<211>57

<212>DNA

<213>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400>315

gcggacactt tcaagggctg caccgctgcc gcaaaagcaa ccctatgcca ccgcccc 57

<210>316

<211>54

<212>DNA

<213>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400>316

acggatgcct tgacgggccg caccgaacga aaagcgaccc gatcccacac cccg54

<210>317

<211>53

<212>DNA

<213>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400>317

acggatactc tagccgggtt gcaccgttca aagcagccca gccccagccg caa 53

<210>318

<211>54

<212>DNA

<213>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）SL3 3基因组草图，FP929046.1

<400>318

tgggataccc tagcagggcc gcaccccaga aaagcggccc cgccccacac ccgg54

<210>319

<211>53

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig14193，全基因组鸟枪序列，ADJT01006171.1

<400>319

ccggatattt tggcagggct gcaccgggca aagcaacccc gccccactac ccc 53

<210>320

<211>53

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-D_005494.，BABD01005494.1

<400>320

gcggacacct cagcagggcc gcaccggaca aagcggcccc gccccaccgc cca 53

<210>321

<211>57

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig122416，全基因组鸟枪序列，ADJT01006524.1

<400>321

gcggatgccc tggcagggtc gcaccgctca aacaaagcgg ccccgcccca taacccc 57

<210>322

<211>52

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F1-S_028045，BAAU01028045.1

<400>322

tcggacactc tggcagggca agcaccgtat agcagccccg accaactacc cc52

<210>323

<211>54

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-R_005008，BABG01005008.1

<400>323

ccggaagccc tggcagggtg cgcaccggat aaagcggccc tacctcaccg gcac54

<210>324

<211>247

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Parasitella parasitica CBS 412.66株系基因组组装，重叠群：contig_63，CCXP01000063.1

<400>324

aaaagcacct cttaaatagt gatccgtaaa atgaggttca tataaaattt ttcactatat60

gctggaaaat cttaaagctt taagtacctc aatggtaaca atcttaaaga tattacaata 120

gacaatcagc aggaaaccaa cataattcta ttatttttag taggatcctc agagactaca 180

cgtgaaacac cgtattttta ttaagaatac gctgaagata tagtccgccc cacttcgaaa 240

gatgtgg 247

<210>325

<211>262

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Taylorbacteria细菌暂定种（Candidatus Taylorbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_12_FULL_43_20 rifcsplowo2_12_scaffold_4872，全基因组鸟枪序列，MHSK01000028.1

<400>325

ctgttatagt tctgttaatg caataaaatg taaaaacatt ttgataaact aaataaacaa60

taatcagtac actattcaaa gctgcctcgc tctgtagtaa tacaaagcag gtccgcacca 120

tggctatatg cggggaagtc tgtaatttgc agatcatccg cagggaagtt ctaaaatttt 180

ttttagaacc cctcagagac cacacgccat gctccagctg gtttgtacca gctggatgaa 240

gatatggtcc ttcgttaaag ag262

<210>326

<211>428

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>雅诺夫斯基菌门（Yanofskybacteria）细菌暂定种RIFCSPHIGHO2_02_FULL_43_15c rifcsphigho2_02_scaffold_6549，全基因组鸟枪序列，MGJT01000029.1

<400>326

caaggcggct tgttacttgc cgcaggggcc attgagaagc aattctcaat agcaaattcg60

actatatgct ggaaactccg ccagtatctc taggtactat gatattatga tatatcatag 120

tgaaaatcct aagagtgatg cggacaatca gcaggcaacc ccgctcaaat ttttggaaat 180

aaaaaagtgg atttctggga ttcaggatcc ggcctcgatt agaggttgcc atcctttcgg 240

aaggatgccc tgaaatgctt cccacgcaaa atccactttc atgctagtat atcaaataaa 300

taatgcactt gtcaagtgtt tgtttctaaa aatttgagcg ggagagtcct caacgactga 360

aagtcgaacc agttatattt caaaaaaatg actggatgat acagtctgaa cttataggcg 420

actataag428

<210>327

<211>501

<212>DNA

<213>丝盘虫（Trichoplax adhaerens）

<220>

<223>丝盘虫（Trichoplax adhaerens）Grell红海分离株线粒体，完整基因组，DQ112541.1

<400>327

aagattaaat aatataagtt tttgactttt acctccggca ctttttttac tattaggttc60

ctctttagta gaacaaggag cgggtacagg gtggacggtt gaaaggccgc ccgagttagt 120

gatgacttgg tgaaaatttt gctcaatgcg agaacatcct caaaaaaaag gtgctttggc 180

tcattgatta accctaaaaa ggtacctttt gatggcccca tgcaaaaatc cttttttacg 240

ccgaaggcgc cgtggacaac tcgccggggg cccaagccta tgggcccctc agagactaaa 300

tgcagaatat cttctatttt ttgataggcg ccgggcccct taacgggcgc cgaaggcgcc 360

caatgggagc caacgaccga tggcgccata ggcgccgaag gcgccgatag aaataaaggg 420

cccgaagcga ccgattcacc aatcggtcgc ttcggccgat ggaagataaa ggaatagtcc 480

gatccgactc taaagggtcg g 501

<210>328

<211>307

<212>DNA

<213>纹缘盔孢伞（Galerina marginata）

<220>

<223>纹缘盔孢伞（Galerina marginata）CBS 339.88 GALMAscaffold_102_Cont1090，全基因组鸟枪序列，AYUM01001090.1

<400>328

ttgcctgggt tttcttaatt gaattcccga atttaaatgc tagtccaagt taaaacttgg60

gcaagacctt caaactgacg gggaactcct aaagcttcag acaccaagcc ttattccgaa 120

agggtagggt ggccaggtta atagcctcgg gtatggtaaa agatctgaag atattacaat 180

ggacaatccg cagccaaggc cctaacgaag tgtttcactt ctatgggaca ggttcagaga 240

ctagatggag gtcggtctca tgtaaatgag gcttaaggta tagtccggct tcaagtgaaa 300

acttgtt 307

<210>329

<211>215

<212>DNA

<213>核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）

<220>

<223>核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）1980 UF-70线粒体，完整基因组，KT283062.1

<400>329

ttatattttt attactaaaa aaaaaaggga aaaaacagca aataaaaaaa cttcttctta60

ctaattgctg gaaactcctg tttaatagga caatcagcag gagcctgctg tatatgttta 120

tacagtaggg ttcttcagag actacacgta agatatccta gaatcattaa ataaatagga 180

taaagatata gtccgctctt aatagaaata ttaag215

<210>330

<211>564

<212>DNA

<213>木本鸡脚棉（Gossypium arboreum）

<220>

<223>木本鸡脚棉（Gossypium arboreum）AKA8401栽培种重叠群_3227_1，全基因组鸟枪序列，JRRC01306379.1

<400>330

ctacggactt aattggattg agccttggta tggaaaccta ctaagtgata actttcaaat60

tcagagaaac cctggaatga aaaatgggca atcctgagcc aaatcctatt attttattat 120

tttacgaaaa taaacatgaa caaaggttca gcaagcgaga ataagaaaaa aaggaaagga 180

taggtgcaga gactcaatgg aagctattct aacaaatggg gttgactgtt ggtaaaggaa 240

tccttatatc gaatatcgaa actctagaaa ggatgcaaga tatacctatt ttttttatag 300

gtatactaat gaaaaactat ctcaaaaaag acgtaccgaa cccgtatttt tttttttatt 360

tctattatat gcaatatcaa tttatattta tatgaaaata tgaaaaataa aaagaattgt 420

tgtgaatcga ttccaagttg aagaaagaat cgaatagaat agtcattaat caaatcattc 480

actccatagt ctgataaatc ttttgaaaaa ctgattaatc ggacgagaat aaagatagag 540

tcccgttcta catgtcaata tcaa564

<210>331

<211>227

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>多噬棘阿米巴（Acanthamoeba polyphaga）姆姆病毒，完整基因组，JX962719.1

<400>331

attccttatt ggttcctaag tatatatcga aaggtatata tggtaatagt taatcactat60

tagaggaaaa atatcaataa ggtcatagtc aatccgcagc aaagctccta aacccgttat 120

gctagggcat ggagaatgtt caacgactaa acggatgtgg gcatgaagga attagcactt 180

cctaatgatt gcttaagata tagtctaaac ccaccagtga tggtgtt 227

<210>332

<211>370

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>韩国芽孢杆菌（Bacillus koreensis）DSM 16467株系scaffold4，全基因组鸟枪序列，LILC01000037.1

<400>332

ttcgtgacgt agattatgct ttagctgcgt aagcagtaac aagcacagtc gtcctagctg60

gtaacggcta gagatcataa ttgggtgaat tgctggaaac cccttagagc tttcttcccc 120

acagcggagt tggaaacgac agacgcgatg ggtttaagaa gaagagagat tgggcaatca 180

gcagccgagc tcctgttccg aaaggatgga gaaggttcaa cgactaggat agaccatcta 240

aaagctaaag ctcaagatga tgaaatccat aggtgaagca gtagatcatc actactgtga 300

atccgaagtg cccaacccct accgaatacg gagggtgaag atatagtcta gtcatttatg 360

aaagtaaatg370

<210>333

<211>282

<212>DNA

<213>长蒴黄麻（Corchorus olitorius）

<220>

<223>长蒴黄麻（Corchorus olitorius）O-4栽培种重叠群18264，全基因组鸟枪序列，AWUE01018231.1

<400>333

ccacggactt aattaaattg gattgagctt tggcatggta acctactaag tgataacttt60

caaattcaga gaaatcctgg aatgaaaaat gggcaatcct gagtcaaatc ctattatttc 120

acgaaaataa acaaaggttc agcaggggag acatctttaa cagctgccaa tgaatctcca 180

atatatttgg taatttccta cttatagtag ttaaagaagc tgaataacaa gcattttaag 240

gtagaagagt gctgacctgt gaggttagtg gaggtcgtgt gg282

<210>334

<211>214

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>杂食菌门（Omnitrophica）WOR_2细菌SM23_29 WORSMTZ_35813，全基因组鸟枪序列，LJUB01000113.1

<400>334

agcgggctgt gctcaagcgc agcttccaca ggaaactgtg gttgacaaag caggagaatt60

gctggaagcc cctctggggt aatcagcagc cgagcccgtc attattttgg cgggaaggtt 120

cagagactat gtacctgcct cccgaaacgc aatgtccgcc tatggcggaa agtcgtggga 180

gaagatatag tccaagtccg atagtaatat cggg 214

<210>335

<211>243

<212>DNA

<213>米根霉（Rhizopus oryzae）

<220>

<223>米根霉（Rhizopus oryzae）RA 99-880 supercont3.83线粒体支架，全基因组鸟枪序列，GG669565.1

<400>335

gttcggagat ttgtggagtt caccacgggt aggtaataag ccccctcatt attagatggg60

gataatctca ctatatgccc gaaactccta aagcccaatt tacggaaacc gtgataataa 120

ttgggataat acaatggaca atgggcagga aacagaaaat ttattctggc tcctcagaga 180

ctacatgtga aacattcatt ttaatgaatg aagatatagt cccatccatg acgagattca 240

tgg 243

<210>336

<211>251

<212>DNA

<213>乌拉尔图小麦（Triticum urartu）

<220>

<223>乌拉尔图小麦（Triticum urartu）G1812栽培种重叠群97470，全基因组鸟枪序列，AOTI010097470.1

<400>336

atttgaatac aatagtattg agcccaagta aaactggatg aattgcaggg aaaactaaaa60

atgaatttag ttaatctgca gcgaagctat tatcggcacc ttattaactt atcagttaat 120

ttgtagataa tagaacgttc aacgactaat cggtgagctg tgctagcaat aatccggaca 180

cgagcgtcca gcagaaaata attaatattt attttctgat gaaatagtct gaacaatggt 240

gtgaatcatt g251

<210>337

<211>825

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>莱氏微球黑粉菌-异株p1A1拉莫勒（Microbotryum lychnidis-dioicae p1A1Lamole）未放置的基因组支架supercont1.89，全基因组鸟枪序列，GL541731.1

<400>337

attttaggat tcattgtttg gtcttggttg ggactccctc acagtgatgt gggggtaaga60

aatttcgcta tttgctgaaa cagttttacg ttgttaggta tcaagatata gtaaaatcct 120

agcagcaata ctcaatcagc agggagccgt cactttatta atgcgggttc ttcagagact 180

atacgcgaga catcttggca taactttaca gccttctata cccttttaat ggttatatca 240

acactatgag tcagcttttt tctagttagc cttttttttt ggcctgtcgt ttttgctctc 300

ttttttagaa aaacagcccg ctcattattt ttgcttttat ttttcttttt ctttttactc 360

tctttttcta ccggaggagt aaaaacagca gcgcttattt tcactcggta gaaaataaag 420

gccaaataag cgcccttttt ctgtttttat aaagcgcctc gcccagccga gctgggcgct 480

tcattcgccc agccgagctg cttttcatca aagatgaagc gcccagctcg gctgggcgag 540

gcgcttagtt tttatttttg ctttttttgt cctgcttttt gattaatcaa aaaagacaaa 600

aacagcaaaa agcacaaaaa aggaaaaggc agctcggctg ggcgaggaaa aagacaaaaa 660

aataaaaaaa aagggaaaga gcatttaaca ccagacggat tacagcagat tcgatccctt 720

tacaggcaaa ttaatgtctg taactaagaa tcagctaaga cagatcatct cggccataaa 780

gcgacaagat gaagatatag tccgaacttt actcgcgaga gtaag 825

<210>338

<211>269

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>青枯韧皮杆菌暂定种（Candidatus Liberibacter solanacearum）CLso-ZC1，完整基因组，CP002371.1

<400>338

atatgtggtt tatgtttgta aacttcataa taggtaatga aaaaaaattg tggatgtggc60

ggaataggta gacgcagcag acttaatgtt attgggtgcc catagagaaa tcgatggagt 120

agaactgctc aaattcgggg aaagcttttg caaagctaat cccgagccaa atcttgttat 180

tcaagagagg tgtagagact ggacgggcag cacctaaggc atttaaaacg ttatggtgaa 240

gggacagtcc agaccacaaa cactgcaaa 269

<210>339

<211>324

<212>DNA

<213>酪蛋白溶酶体龟孢菌（Tortispora caseinolytica）

<220>

<223>酪蛋白溶酶体龟孢菌（Tortispora caseinolytica）NRRL Y-17796未放置的基因组支架CANCAscaffold_5，全基因组鸟枪序列，KV453845.1

<400>339

agcgggtcgt tttctgaaag gaaagcggcg ttgctgaaag ctaggttcta aaacgttggg60

ccagtcgcgc tgaaaggcgc ggctagtcgt gcatatgcac ggcgacactg tcaaattgcg 120

gcgacaccct gagagcttca agtaccaagc tagcgtcgaa agacagctag tggccgagtt 180

agtaaccctg ggtacggtaa aaaccttgaa gattgggcga gcacgcagcc aagtcctacg 240

gcgcaagcta cggatgcagt tcacagacta aatggcagtg ggcgaaagct taagatatag 300

tcgggcctct ggcgaaagcc aggt324

<210>340

<211>847

<212>DNA

<213>长孢轮枝菌（Verticillium longisporum）

<220>

<223>长孢轮枝菌（Verticillium longisporum）VL1分离株基因组组装，重叠群：scaffold_246，CVQH01016224.1

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(333)..(345)

<223>n是a、c、g、或t

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(510)..(517)

<223>n是a、c、g、或t

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(625)..(633)

<223>n是a、c、g、或t

<400>340

aaatcggcgt catttgagac gaggactttc gggcccgaaa gggtgtccac caacgaggac60

cgtagcacgg cttgtgtacc gtagtctcct cggaggcgac accctcaaat tgcgggaaac 120

tcctaaagct cacgctccaa agccgtctgt gaaagcagtt cggtggccag gttaattgcc 180

tcgggtattg gaacaacgcg tgagatgcaa caatggacaa tccgcagcca agcctctaag 240

tctcttgtga ctctgggtga acgtgcttca cccagtttgc tcaaggcggg aggactcaca 300

gatcgaaacc ggagtcacga cctctggtca tgnnnnnnnn nnnnnctccg gtggttcggc 360

gtctcgattc tgctgagtcc tggttcgcgt cccagagcca aactgcctct ggcagcacct 420

agacggagac ttaagtgccg tagacggagg cttaagtccc caactgccta acaggcggtt 480

ggttctgatt caggaccagc ctgagtcacn nnnnnnncca gcctgagtca cgagagatat 540

ggggaaggtt cagagacttg acgggggtgg gtgaattcac tgctgctgca acaatataaa 600

tggggagaga tcctcttctt cttcnnnnnn nnntcttctt cttccaacaa ccaaaccaaa 660

ccacaactga acctcaaaca agacccacaa gctcttcaaa atgtcccatt cttctccctc 720

tcctgttctc gctaacggga gcgagtatgt cgtgagggat ggaggttcgt ctggtcaggc 780

ataaggaacg agaatgcagt ggcgtggttt gcttaagata aagtccgggc ttatgggaaa 840

ccatagg 847

<210>341

<211>365

<212>DNA

<213>不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）

<220>

<223>不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis DAOM 181602）DAOM 197198株系GLOINscaffold_4832_Cont4827线粒体，全基因组鸟枪序列，AUPC01004827.1

<400>341

ctatagtttt ataagccctg aagctataga tgtctatctg gctatatgct gggaaaccca60

ctaactttct atttaagtta agaatatggt gaagtggaca atcagcaggt aaccctcctt 120

agcaaagtag ggaggctacc tcagagacta aacgccagag cctgcagtat gaattgcatt 180

ccctctgggc taaattggaa gggagtctgg gacactatct tgccgggtta atagaaggag 240

acggagctat tattgtttct tctaaaataa ccttgttctt tttgataaaa tcccggtaag 300

gtgagtcaaa gcatgctgtt caatctgcag gtaagatata gtccgatcca aatagtgatg 360

tttgg 365

<210>342

<211>311

<212>DNA

<213>Paludisphaera borealis

<220>

<223>Paludisphaera borealis PX4株系，完整基因组，CP019082.1

<400>342

gcaggggact catcaaccaa aatggtggcg ccggagggcg accttcggat gcgaaccggg60

tgaattgcgg gaaacctaaa cctctgtttt gaggcacggc gatccgcagc caagcctggc 120

cgggctttgg tggccaggaa ggttcagaga ctagcggggt gagtcccaac gataatcccc 180

gcctcgagcg cccggcctcc ctcgaatgct tcgaggcggt cacgtcaagc ggtccgtcaa 240

cgaccgccac gcaaccgttt cgatcgtcgc aggcgaggat gagatagtcc aagccccgtg 300

gaaacgcggg g311

<210>343

<211>346

<212>DNA

<213>普通小麦（Triticum aestivum）

<220>

<223>普通小麦（Triticum aestivum）基因组组装，重叠群：Triticum_aestivum_CS42_TGACv1_scaffold_435076_5DL，FAOM01435076.1

<400>343

attcatcgat tagctgctag ataatagcat gtgacatttt tagtcgctaa gtggtaactt60

ccaaattcag agaaaccctg gaattaaaaa agggcaatcc tgagccaaat ccgtgttttg 120

agaaaacaag gggttctcga actagaatac aaaggagaag gataggtgta gagactcaat 180

ggaagctgtt ctaacgaatc gagttaatta cgttgtgttg ttagtggaat tccgaagtga 240

gtggcatcgt gccttctttt agagcgggtc acatccaatt tcgatatggc tcacctttga 300

atcacttgtt ggtaattatt ccatagaaat gacttattag gatacg346

<210>344

<211>322

<212>DNA

<213>西伯利亚微小杆菌（Exiguobacterium sibiricum）

<220>

<223>西伯利亚微小杆菌（Exiguobacterium sibiricum）255-15，完整基因组，CP001022.1

<400>344

gtaatttgat ttcaccgggc gtctgatcga gtaactgatc agagcatgac tgggtgaatt60

gctggaactc cttagagcct tgatgtacga caacgtggct ggaaacggtg agcgtgaccg 120

ttctgaaaaa cgtcaaggat tggacaatca gcagccaagc acctgtaggg aaaccttggt 180

gaaggttcaa cgactaggat agacgaccta atggagactt ctgatggtta tgaaatccgt 240

actccgtaaa cggcggggga agcgcccagc tcctagtata cctaggatga agatatagtc 300

ttatcattag cgaaagttaa tg322

<210>345

<211>349

<212>DNA

<213>Parasitella parasitica

<220>

<223>Parasitella parasitica CBS 412.66株系基因组组装，重叠群：contig_1784，CCXP01001784.1

<400>345

atatttgggt aaactataca cttgccccat attagttaat aactaatatg caaatctcac60

tatatgctgg aaactcctta gagcttgcaa tacctagatc cctttgggta tcttacccca 120

ggcgctacgc gcccggggct agatggtgac aatttacaag attggacaat cagcaggaaa 180

ccaaaggaat attaatattc caagtttcgg cgggccctgc gggcccgccg tcaccgaacc 240

cgcgcgcttt gcgcgcggga aaagtaggat cttcagagac tacacgtgag acatcctata 300

gtatatttga cggatgatga tatagtccaa cctttattga aagatgaaa 349

<210>346

<211>306

<212>DNA

<213>斑点小壶菌（Spizellomyces punctatus）

<220>

<223>斑点小壶菌（Spizellomyces punctatus）DAOM BR117染色体未知supercont1.30，全基因组鸟枪序列，KQ257479.1

<400>346

aagaccatgt tatgcagtga tcagcacgtg cacttgcaaa gaaagtaaca tggataggat60

cttctggctc aactgcgtgt ggcagagatc gtcaaattgt tcggggaagc ccttagagct 120

caagctacca accattggtt gaaagaccag tggggccctt cctagggatg gtaataatgc 180

tttgagattg ggtaatccgc agccaagctc ctaaaacttg cttagcaagt catggagaag 240

gttcaacgac tgtaaggcgt accgcgcaag cggaatatac agtctagccc cacgggaaac 300

tgtgcc306

<210>347

<211>302

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>鞘丝藻属物种（Lyngbya sp.）PCC 8106 1099428180522，全基因组鸟枪序列，AAVU01000005.1

<400>347

ggaaaatggt taatattagc cctttatatc agtaatgata taaatgcacc tcctgaattg60

ctgggaaacc ctaaagctgt tttaacgaca acataactag aaatagtcag tgtgaacgtt 120

taaaaataaa acagatgaaa caatgggtga tcagcagccg agattctgtt aaatgaatca 180

ggttcaacga ctattccaaa cggaagtaca ctcaagcgag tggaagtagg aggtatcctg 240

tagtcaaatc tctaaattat tacaggataa agatatagtc tggtcttaca tgaaagtgta 300

ag302

<210>348

<211>288

<212>DNA

<213>核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）

<220>

<223>核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）1980 scaffold_35基因组支架，全基因组鸟枪序列，DS267914.1

<400>348

gtaagagggg atgcgaatag cattccttta gtgatgagat cgcaacactg tcaaattgcg60

gggagttcct aaagctcagg ctaccgcctc aggtgctgaa aagccctgaa ggcaccaagg 120

ttagcaacct tgggtatggt aataacgcct gtagatacta caatggatga tccgcagcca 180

agctctaaca atcttttcac gattcacgag cggggttcaa cgactagacg gcagtgggcc 240

tgcaaaacag gtttaagata tagtctgcgc ctagggaaaa atcccaag288

<210>349

<211>305

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>杨盘二孢菌属物种（Marssonina brunnea f. sp.）'多菌种'线粒体，完整基因组，JN204424.1

<400>349

gtttgtgttt ttaaatggtg aatattgaat attacaatca actcctcgtg atataaataa60

aaggtaatga cattagcccc ttcaaatctt tctatatgct ggaaactctt aaaggcttaa 120

gtactatata aaattcatat ttaattttat aagtaaaaat cttaagtata tctagacaat 180

cagcaggaaa ccaacggata atatagattt attctagtag gatcctcaga gactacacga 240

aagagatggt atagcgtaaa gtctgtacca ttaagacata gtccaatttg tttgtaatgt 300

aacat 305

<210>350

<211>213

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>俭菌总门（Parcubacteria）（雅诺夫斯基菌门（Yanofskybacteria））细菌GW2011_GWA2_44_9 UW79_C0037，全基因组鸟枪序列，LCJR01000037.1

<400>350

tcgggctcat aaataattgt gacctaccat agtaatgtgg catggaaaaa ctctctaaat60

tgtctggaaa ccccactcgc ctatcagcga agggcaatca gcagcgaaac cttaagctca 120

tcgaaaggga cgttcagaga ctataatggg agcacccgta accgtaacaa aagttgggtg 180

atggtatagt ccgtcactgc aagtaattgc aga213

<210>351

<211>269

<212>DNA

<213>黑-翠绿颤藻（Oscillatoria nigro-viridis）

<220>

<223>黑-翠绿颤藻（Oscillatoria nigro-viridis）PCC 7112，完整基因组，CP003614.1

<400>351

caaaagccct agtgacatag cagctctatc cggtaacggg tactgaaaaa tcgggtgaat60

tcaaggaaac cgcagcactt cgggtggcga caatcttgag ccaagtctgg cgaaaggcag 120

cggttgcgat cgcaagtagc cggaaaggtg cagagactag agatgaggag cctaaccaat 180

aaatctcaca gcgcccgaca tccgacgaca gatcgcacaa atgatttgta gggatgatga 240

aatagtccgc ccccttcgga aacgttggg 269

<210>352

<211>292

<212>DNA

<213>西伯利亚阔口罐病毒（Pithovirus sibericum）

<220>

<223>西伯利亚阔口罐病毒（Pithovirus sibericum）P1084-T分离株，完整基因组，KF740664.1

<400>352

tgacacgcat ttgatcttga atgtgtgttg agcaagaccc tcaaattcag ggaaacccct60

aaagcttttg aataccaagc ttccagcgaa agttggaggt ggccgcgagt aaatctcgta 120

gggtatggtg aaaacgtcaa aagatatccg ggaaaccggt aatgggcaat cctgagccaa 180

gcaaccgaaa tgccgtatgg tagaggttga aggtgcaacg acttgacggg ggtcggtcag 240

aaacgacagt ttcaggctta aggtaaagtc tactccttag cgaaagttaa gg 292

<210>353

<211>221

<212>DNA

<213>色二孢属真菌（Diplodia seriata）

<220>

<223>色二孢属真菌（Diplodia seriata）DS_831_scaffold_v01_13，全基因组鸟枪序列，LAQI01000013.1

<400>353

agaagcattt aactcagttg agcatatatt cccacataat gtgctcatta aaccaggctg60

tttgctggga actctgccgc attaaaccgg ttgacaatca gcaggaacca aggggttttt 120

taaaatcctg atgggttctt cagagactat acgcctggcg cttaattatt aaagaaaaaa 180

attaaatgat gatatagtcc ttctactatt gaaaaattgt a 221

<210>354

<211>359

<212>DNA

<213>立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）

<220>

<223>立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）株系AG-1 IB完整线粒体基因组，HF546977.1

<400>354

gcacctcgat agtaacatgt cgagttaaat tagaaataat ttatgggaaa ttgggttaat60

ttcaagaaaa tctttacact ccaaaatttt ttctatatgt taagcttcaa gcttaacaaa 120

cccacttacg gtgggttgcc tctacttttt cgggggtgcc cagcgaagct gggtcacccg 180

atggttaaaa atttttggag ttaaagacaa cttgaagcga agctagttct gacaataagc 240

taattatgga actagaacgt tcaacgacta gtgggtgagt tttgtcaaca ataatcccgc 300

cacgaatgcc caacaactaa agtcacagat agaatcggaa tttgtgattg aaacaatta359

<210>355

<211>317

<212>DNA

<213>嗜热毛壳菌（Chaetomium thermophilum）

<220>

<223>嗜热毛壳菌嗜热变种（Chaetomium thermophilum var. thermophilum）DSM1495株系线粒体，完整基因组，JN007486.1

<400>355

agaaggagtt ttctatggtc atccccatta agggactaac tgacattggc ctaaactgta60

gtgaacctac ggttaaaaac catcaaattg cgggaaaccc ctaaaggaat cttaaccaag 120

taagtatggt aacataactt atggcacagg taatgactcg tggtatggta aaatcaagat 180

tcattattca atgggcaatc cgcagccaag tgccaaatat aaaatatttg gtatgcagtt 240

catcgactag acggtggttg gtattattag ttttaataat gcttaagata tagtcaacac 300

ccccctgaaa gggtgcg317

<210>356

<211>216

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Limnohabitans属物种103DPR2，完整基因组，CP011834.1

<400>356

gcagaggact catatttctc aaatgtgcct tacacgtgga aactgtgtaa gggatggtgt60

caaattcgat gaaacctaag tgtggcaaca catatggcaa tgtcgagcga agcttagtgc 120

gaaagcactt tgaacgtgta gagacttgac ggcacccacc taagtacagc gatgtatatg 180

gtgaaggcaa agtccagcga gtgatgaaag tcacac 216

<210>357

<211>334

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>葡萄球菌属物种（Staphylococcus sp.）HGB0015基因组支架aczIz-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE150417.1

<400>357

ttcagtgtgt agagaaatct gcacatcgtg acagtacgac tgtccaacaa agaaattgaa60

ttgcttgaaa accctaaagc ctgcttgacc acaacgtaga gataatcaaa ctcaagcgtg 120

aaggttgcga aactgcagaa aaaataagca ggatgacata aggttaaaac ctaagtgttt 180

tttgcaatgg gcaactagca gccaagccta gaaataggaa ggttcaacga ctattcctct 240

tgagggaagt acacacaagc gtgtggaagt ggtttcgccg taatggataa tgccaacgga 300

aaagatatag tctgtgcttg tatgaaaata caag 334

<210>358

<211>383

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>俭菌总门（Parcubacteria）（乌尔菌门（Uhrbacteria））细菌GW2011_GWC2_53_7UY82_C0027，全基因组鸟枪序列，LCRN01000027.1

<400>358

atagcgacat tctgtataaa tcgtcttttc gtctaaaaat tgttcaatca tatgattgaa60

ctcgaccgtg ctgtcataaa atctggctat atgctggaac atctggcatc tcccaaccat 120

caggagaatg ggagattgga gaatctcaca ctacgtagta aactacttgt aaaagatacg 180

tgaaaatgtg ttgagtgcag ataaccagca gggaagacta agatatgaca gcgtcgattc 240

atccaaatct tgtttataca atgaacaagt ctggcaagta tcgacgttgt aaacatcatc 300

tatcttagaa ccctcagaga ctatacgccg gactccgatg tccatcggag aagatatagt 360

ccgaaccgca tggcgacatg cag 383

<210>359

<211>262

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘦鞘丝藻属物种（Leptolyngbya sp.）Heron Island J，全基因组鸟枪序列，AWNH01000034.1

<400>359

ctgcggactt agaaaactga gccttagtgg agaaatctgc taagtggaag ctctcaaact60

cagggaaacc taagtcttgg ttggttactt gaccttctga gatatggcaa tcctgagcca 120

agcccttcaa aaggcgaaaa atagagggta aagttcatcc tttatctttt cgatttcatc 180

cttttgaagg gaaggtgcag aggcccgacg ggagctaccc taacgtcaag tcgagggtaa 240

agggagggtc caatcctcaa ag262

<210>360

<211>339

<212>DNA

<213>长枝被孢霉（Mortierella elongata）

<220>

<223>长枝被孢霉（Mortierella elongata）AG-77未放置的基因组支架K457scaffold_276，全基因组鸟枪序列，KV442285.1

<400>360

tcatatattc ataatattat gaatgtatat taatgattta attaggcatg gccgggtaat60

atagtaatat attactttct tttcactatc tgctggaaca ccttaagagt atttaaaact 120

agttctgcat gctttcttta atgaaaagcg gtaggaaaca gtgacattta aataattagg 180

caatcagcag gaaaccaaag ataaaagggc ttaactttaa gcattaaaca cttttattga 240

gtaggatcct cagagactac acgtgaaata ccctattaag tgattattct taattattta 300

agggtaaaga tatagtccaa ccattaacga aagttaatg339

<210>361

<211>209

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>戈茨曼菌门细菌暂定种（Candidatus Gottesmanbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_01_FULL_49_10 rifcsplowo2_01_scaffold_16705，全基因组鸟枪序列，MFJZ01000013.1

<400>361

acagaaggct caacatatgg gctgtcctga gtttaatcga aggatagaat tcggctatat60

cggtgaaacc ctaagaccaa cgtccgggta ataccgagga aagatcccga gcttgtcgag 120

ggaaatccgt agagactata cgccgaatcc ctccgaagct tttgagcgaa gggggaaaga 180

tatagtccga cactctcagt aatgggagg 209

<210>362

<211>258

<212>DNA

<213>殊异肠球菌（Enterococcus dispar）

<220>

<223>殊异肠球菌（Enterococcus dispar）ATCC 51266基因组支架acpMG-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE136354.1

<400>362

atattcggtt tgttgaaatc ccatattcaa tgaccgataa agaaatagaa aaagccatat60

ttgaattaac tatgccaatc atgagccaag cctgtcggga aactgcagga aggtgcaacg 120

actagataaa ttaacctaag caaaagcagt catttatttg attgcttttt ttgtatggcg 180

aaatatccac gagcgcttga taccttaacg tttaaggcga aggtaatgat atagtctgaa 240

cttataggaa actataag 258

<210>363

<211>345

<212>DNA

<213>抑食金球藻（Aureococcus anophagefferens）

<220>

<223>抑食金球藻（Aureococcus anophagefferens）未放置的基因组支架AURANscaffold_2，全基因组鸟枪序列，GL833121.1

<400>363

ttagttgcgt gtctattgtg cgctagtcgc accgttccgc gaactgcacg ggaacggcgg60

cggcaacatc atcgaattgc tgggaaacct cgataggccg gagctactaa aggctcgggg 120

aaacccgggt caaatcgagc ttagacgctc gaagtgaaaa tgcttcggat agaggcaatc 180

agcagccaag cgcctaaagc cgcgtgtatt acagtgtatt acagttgggt atacatgtat 240

tgcaagcggt cacggtgaag gtccagagac taagtggtga tgggtgtcgg cgcggttgac 300

cgcgccgatg cttaagatat agtccgcccc tcttgagaga gagct 345

<210>364

<211>272

<212>DNA

<213>黑孢块菌（Tuber melanosporum）

<220>

<223>黑孢块菌（Tuber melanosporum）全基因组鸟枪序列组装，scaffold_368，株系Mel28，FN430284.1

<400>364

caaaaagtat aggtaaaccc tctgctagtt cctaaaggga gcaaaaccat caaattgcgg60

gaacatctta aagcaatttt taaccaagcg agaacggtaa cgtatttcgt ggcgcaggta 120

atgactcgcg gtaaggtaaa ataaaaattg atgtacgaaa ggaaatagaa aatccgcagc 180

caagttcgaa ataaaattcg aatgcagttc atcgactaaa tgttggttgg cgcaagctta 240

aaatatagtc agacctcaat cgaaagattt ag 272

<210>365

<211>203

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>薄壁芽孢杆菌属（Gracilibacteria）细菌暂定种CG1_02_38_174 cg_0.2_sub10_scaffold_1404_c，全基因组鸟枪序列，MNXD01000034.1

<400>365

agatatgatt tctgtcaagg gctactagag aagtaatttt ctagtgaaaa tccgtcaaat60

tcggggaaac cttcatttct agttatagaa atatggcaat cccgagccaa gcctatttat 120

aggaaggtgt agagactaga tggcggacat cctgatactc aggatgaagg gatagtccag 180

accacgaacc cgaaaggggc gat 203

<210>366

<211>207

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>集胞藻属物种（Synechocystis sp.）PCC 6803 DNA，完整基因组，BA000022.2

<400>366

cttggcatct catcttgcaa aaaggggctg cgcaaaagga aacttctgcg tgattatctc60

tcaaattcgg ggaagccttt caaatggtaa tcccgagcca aacctaggaa tgcttggtgt 120

ttctgggaag gtgtagagac ttaatgggag acaccctaac agaaaagctg agggtgaaga 180

gaaagtccag accacaaact gacagag 207

<210>367

<211>355

<212>DNA

<213>俭菌总门（Parcubacteria）细菌

<220>

<223>俭菌总门（Parcubacteria）细菌GW2011_GWA2_46_9 UX68_C0001，全基因组鸟枪序列，LCND01000001.1

<400>367

ataaatgcgt tttattgtgc gcgaattgtc acagagaagt acatgctggt gtaatcgcag60

ccccgcgtag gaatgcgcgg agaaaaactg ggtgaattcg gggaagccca gccccacttt 120

ttgataagat gccaccagta gataaataat tgtgtattta tttgctgacg ttagtactag 180

tcattatcgg ttttgtcaga aagtggggct gggtaatccc gagccaatac ctgacgggta 240

aaagtgtcag gaaaggtgta gagactagcg ggtgagtccc aacgataatc ccgccacgag 300

cgcccagcgc ctagaacagg cgatgagata gtccgtccct attggtaaca gtagg355

<210>368

<211>92

<212>DNA

<213>菲氏军团菌（Legionella feeleii）

<220>

<223>菲氏军团菌（Legionella feeleii）株系WO-44C Lfee_ctg085，全基因组鸟枪序列，LNYB01000085.1

<400>368

acgggtttac ccccgaatcg agccttgtgg cccttgccaa gcatcatgta tatgagctgc60

tcgaataaca ctaaacacaa tcctgggtaa ac92

<210>369

<211>96

<212>DNA

<213>莎士比亚军团菌（Legionella shakespearei）

<220>

<223>莎士比亚军团菌（Legionella shakespearei）DSM 23087株系ATCC 49655Lsha_ctg016，全基因组鸟枪序列，LNYW01000016.1

<400>369

cttgatttgc ctcatcattt cgagccttgc agcgcaagct ggatatcctc tttgagtgaa60

tcgctcgatt aacactaaac caaagacagg gcaaat96

<210>370

<211>96

<212>DNA

<213>沃尔特氏军团菌（Legionella waltersii）

<220>

<223>沃尔特氏军团菌（Legionella waltersii）ATCC 51914株系Lwal_ctg060，全基因组鸟枪序列，LNZB01000060.1

<400>370

attgatttgc cccccccgtt ggagccttgt ggcgtaagcc tggtatcgct tttgagtgag60

ccgctcgatc aacactaaac caaagtcagg gcaagt96

<210>371

<211>96

<212>DNA

<213>詹姆斯敦军团菌（Legionella jamestowniensis）

<220>

<223>詹姆斯敦军团菌（Legionella jamestowniensis）JA-26-G1-E2株系Ljam_ctg012，全基因组鸟枪序列，LNYG01000012.1

<400>371

actgatttgc ccctgaactg agccttgagg cactacgcct ggtactgcaa ccttgcaggc60

cgctctacca acactaaaca aaataccagg gcaaat96

<210>372

<211>96

<212>DNA

<213>法氏军团菌（Legionella fallonii）

<220>

<223>法氏军团菌（Legionella fallonii）LLAP-10基因组组装，质粒： III，LN614829.1

<400>372

attgatttgc cccctctttg agcatttcgg cttttgccgg gtatcaattt tttggattga60

gccgctcgac caacactaaa cacaaacagg gcaaat96

<210>373

<211>126

<212>DNA

<213>黑狐蝠（Pteropus alecto）

<220>

<223>黑狐蝠（Pteropus alecto）重叠群92670，全基因组鸟枪序列，ALWS01092670.1

<400>373

caagaaatgt ttcttgacca gttgcctgca gctgatgagc tccagtaaga gcgaaaccag60

ttctcactcc actgaaacaa ttttgaagtg tgaattggtc ctgtagtact gtgtcagaaa 120

caactc126

<210>374

<211>126

<212>DNA

<213>黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）

<220>

<223>黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）重叠群91464，全基因组鸟枪序列，JMFR01091464.1

<400>374

aggtttatga tgttaaacca gttgcctaca gctgatgagt gccaggaaga gcgaaaccag60

ttctgttctg tttcaacagt tatgaaaagt aaggactggt cctgtagtac tgtccagcat 120

caaaat126

<210>375

<211>206

<212>DNA

<213>大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223>大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.9，全基因组鸟枪序列，KB673645.1

<400>375

tagaaatgca gcactggtac gggtacggat ccgacgcctc tcgtaggata cttaggctct60

ccgtacccta ctcctactca aaacgtcccc gacgtacata ttcgtgtttc ttatcccgtt 120

tctctcgatt agtgatagcg tagtgatctg ttcactggca ccgataggta aaaatccttt 180

caaaatacta tacgaaacta aaagac206

<210>376

<211>150

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.15，全基因组鸟枪序列，KB663666.1

<400>376

ttgtacttat gctctgcaat ggggtaggac ccggaacctt ttgaaggtta cacaggttct60

cctattcaac tccttttcta ctacgtatcc aagcttggat acatgggcca tctacatccc 120

ctggagtggg cagaaacgaa actgggctac150

<210>377

<211>192

<212>DNA

<213>库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223>库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.7520，全基因组鸟枪序列，KB663666.1

<400>377

agtaaaattt cactggtaag ggatggatct gaaaacctat cgaaaatcaa caaaggctct60

ccatattcta ctccgactca atagaagtcc ccgacgtata gaacggtaac ctgtctcact 120

aaatatctga gcttgggtat atggagaaac ccaacccttg ggaagatggg cggctagctt 180

cctttctatc ct 192

<210>378

<211>167

<212>DNA

<213>催命按蚊（Anopheles funestus）

<220>

<223>催命按蚊（Anopheles funestus）FUMOZ株系未放置的基因组支架supercont1.144，全基因组鸟枪序列，KB668664.1

<400>378

agcaataccg cactgatata gatatggatt caaagtctct tgaaggataa tataggttct60

ccgtcccgac cctactatac gtccatgtcg tatatacata tctctacaaa tatctgagct 120

tgggtatacg aggaaaccct ggagactaga tgttcctcat gccctgg 167

<210>379

<211>176

<212>DNA

<213>中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223>中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696013，全基因组鸟枪序列，KE525305.1

<400>379

ttgaccattt agtctgacca tgggtctgca aaggaactat aagctatcct cccccactcc60

tactcaatgc gtccgcgaag tacagaacgg cagcttgtcg cttaaatatc caagcttggg 120

tacatgggga aacccacccc cttgggcgaa tggccggcaa ggctgaattg agagga 176

<210>380

<211>162

<212>DNA

<213>黑小按蚊（Anopheles atroparvus）

<220>

<223>黑小按蚊（Anopheles atroparvus）EBRO株系未放置的基因组支架supercont1.22，全基因组鸟枪序列，KI421903.1

<400>380

gtctgtgttg gtctgtgaat ggggcaggat ccgacgcctc ctgaaggcta cataggctct60

cctatctaac tcatattctg gtatgtccaa gccatacaga ccgtgtacgg gttcaatccc 120

aaccccctgg gaggatgggg ttgcacggct aatgtagaag gg162

<210>381

<211>186

<212>DNA

<213>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.4036，全基因组鸟枪序列，APCM01004036.1

<400>381

agcaatactt cgctgacacg ggaatggatc cgaagcctcc agaaggctaa cataggctct60

ccgttgccta ctcctactaa atattcacta cattcctaca gaacggcaac ttgtttctca 120

attatccaaa cttgatgcaa catgcaaccc cttgggaaga tggaaggaat ggcaaaatta 180

ggctgg186

<210>382

<211>181

<212>DNA

<213>大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223>大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.24，全基因组鸟枪序列，KB672913.1

<400>382

tttacattat gaaacacaaa tctacaatct tcacgcctgt cgaaggatgc acaggctctt60

cttactctac tcctactcaa aacgttcccg actgtaacat gtctatccgc atatctgagc 120

ttgggtatac gaggaaacgc aaccccttgg gcgaatggat gatgtggcta atttgagtgg 180

a 181

<210>383

<211>164

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925491374基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ090202.1

<400>383

aataatgttt aaattcgaaa ctgacttgga aaaccctgta atatagactc tctcatccaa60

cttctattct tagccgtcat tggtaacatg tgtcaccaca tatgagtact tagactagat 120

ccaaaccctt gggcggatgg tggcatatgg cgaaccagga gagg164

<210>384

<211>201

<212>DNA

<213>阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）

<220>

<223>阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）DONG5_A株系未放置的基因组支架supercont1.17，全基因组鸟枪序列，KB704418.1

<400>384

ttaagtagca aatgcaatcg gataggtttc gaagcctctc tgagggataa tagaggctct60

actattcaac ttctaatcga acacgaccct attcgtgtag agtggtaaca tgtggattcg 120

gactagttcg aagggtccca aagggaacac ggactagttc caactcctcg cacagatggt 180

ggcatatggc gaatgaggcg a 201

<210>385

<211>167

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.186，全基因组鸟枪序列，KB663706.1

<400>385

atcaaatttc tgtgagttgg tgtggtagaa ataccgcagg agaatactcc tactcaatac60

gtccccggcg tacagagtgg taacatgtct ctccaaatat ctgagcttgg gtatacggga 120

aaatccatcc tcttgggagg atgggtgata tggctaaatt gagagga 167

<210>386

<211>208

<212>DNA

<213>密拉斯按蚊（Anopheles melas）

<220>

<223>密拉斯按蚊（Anopheles melas）CM1001059_A株系cont2.23244，全基因组鸟枪序列，AXCO02023244.1

<400>386

agcaccaaat tatctgcaaa tgagttaata tccgacacct ccttgaaggt taatatagac60

tctcttactc tcttactctt tctcctatcc tgcgacgtcc gtttcgtata gtggtaacat 120

gtatcatagt atattcaagc atggctgcac gggcccagtc ccaacccctt gggcggatga 180

tggtacatac atggccaacc aggagggg208

<210>387

<211>180

<212>DNA

<213>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.5619，全基因组鸟枪序列，APCM01005619.1

<400>387

ctcattggct ggatcaggtg aagcgggact tgtcggagac ataggctctc ctattcaatt60

cccatacgga cacgtcccag ttcgtgcaga gtagtaactt ggatcatcga atatccaagc 120

ttgggtacac gggcttgttc caaccccttg ggcggatggc tcatggcaaa tcaggagggc 180

<210>388

<211>140

<212>DNA

<213>多斑按蚊（Anopheles maculatus）

<220>

<223>多斑按蚊（Anopheles maculatus）maculatus3株系cont1.9278，全基因组鸟枪序列，AXCL01009283.1

<400>388

gtcagtataa cacactagta ttgatatggg tccgaagcct gtccaaggat aatataggct60

ctccatgtac tccatatatc ttagatagag cataagggaa aactcttgga gagatgggtg 120

ttttagctaa attgagcggt 140

<210>389

<211>186

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925491386基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ090214.1

<400>389

attcttctgt gctctgcaat gggataggat ccgaagccct tctgagggat aatataggct60

ctcttattta actcctactc ggacaagtcc ctgttcgtgc agagtggcaa catgtgtcat 120

cacatattca agcttgagtg cacggactag ttccaacccc tcgggaaaca gagtcgtaat 180

aaagga186

<210>390

<211>148

<212>DNA

<213>中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223>中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000695538，全基因组鸟枪序列，KE524837.1

<400>390

tgaatgagtt gttctgcaaa tggattgaat cacttgcccc tatcccaggg cagtatgaag60

gcgtgttcat tcctagatcc tactcaacac gtccacgtcg tgcagaatgg tagcatttca 120

ttacgatgaa atgactaagt tgagaggg148

<210>391

<211>169

<212>DNA

<213>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.178，全基因组鸟枪序列，KB670480.1

<400>391

actactacta gcttcttgaa gggttttgaa gccaggctct tctacttcta ctcttctaca60

atttgtcctt atcgtacaga gcactaacat atattcaaat atctgagctt ggcaaaacgg 120

cgaaacccaa tcacaactcc atggatgaaa gacatggagt ttgagaggg 169

<210>392

<211>225

<212>DNA

<213>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST染色体2L，全基因组鸟枪序列，CM000356.1

<400>392

ctctttgcct caaaagtttg ccgaccgctg ctctagaagg ttaacatagg ctctccaccc60

cctaccctta ctcaatacgt tcccgtcgta cggatgtccc tcaattattc agatgtccag 120

atatccagat gtacagatgt ccaatgtccc tcaattatcc aagcttgggt ataaggggaa 180

acctaacccc ttgggctgat ggattgcatg gctaaattaa gagga 225

<210>393

<211>175

<212>DNA

<213>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.3711，全基因组鸟枪序列，APCM01003711.1

<400>393

agcaataccc cgctagtgcg ggaatggatc caaagcttcc agaagatgaa catacgctct60

ccattccata ctcctactca atacgtcctc ggcgtacaga acaacaccat gtatctctat 120

tatccaagct tgggtaaatg gcgaaaatca tacaatttgg ggagatggga ggcag175

<210>394

<211>173

<212>DNA

<213>多斑按蚊（Anopheles maculatus）

<220>

<223>多斑按蚊（Anopheles maculatus）maculatus3株系cont1.28980，全基因组鸟枪序列，AXCL01028988.1

<400>394

aaaaacaacc aattgggcca cgcaaaacga cttttgcaac atgatacatt acaaattgga60

acataatacc tgtcgtacat aatactgaaa taaacatacc aaatatctga gcttgggtat 120

acggggaaac ccaacctcta gggaaaatgg gtgatatggc taaatttacc gaa173

<210>395

<211>188

<212>DNA

<213>密拉斯按蚊（Anopheles melas）

<220>

<223>密拉斯按蚊（Anopheles melas）CM1001059_A株系cont2.8943，全基因组鸟枪序列，AXCO02008943.1

<400>395

ggtagttcta ctggcaatgg ttggcagatt cgaaacctct agaaggttaa caaaggctct60

ccatcaccga cttctactca atacgtcctt gtcgtacaga atggtaacat gtttcttaat 120

tatccaagct ttggtacacg gggaaaccca accccttgga cattggttgc atggctaaat 180

tgagagga188

<210>396

<211>121

<212>DNA

<213>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.383，全基因组鸟枪序列，KB664714.1

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(105)..(121)

<223>n是a、c、g、或t

<400>396

attaatctgg ctctgttaat ggggtaggaa ccgaagctcc tctcggggtt acacaggctc60

tcctacccaa ctcctattcc gtcacgtcct cgtcgtacag agtgnnnnnn nnnnnnnnnn 120

n 121

<210>397

<211>175

<212>DNA

<213>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223>克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.2748，全基因组鸟枪序列，APCM01002748.1

<400>397

tacttcatat gtattgcaat aagataagtt ccgtagcccc tttgagggat aatacaggct60

ctccaattca actcctatcc gaaaacgtcc tagttcgtac aaagattcgt caccgctttt 120

cttgttgacc tgttctaacc ccttgggagg ttggcgcaag gctaatcagg agagt175

<210>398

<211>167

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.2，全基因组鸟枪序列，KB663721.1

<400>398

tctagcaatg gtaagggaat ggatctggag cctctcgaag gataataaag gttctatata60

tcatattact actcaacggt aacatgtatc gccaaatacc ctgagcttgg gaatatgaag 120

aaattcaacc actcggcagg atgaggaatg ttgtgaagct tggaaga 167

<210>399

<211>222

<212>DNA

<213>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.505，全基因组鸟枪序列，KB664850.1

<400>399

cctaaaagtt gctctgttaa tgaaatagga tccgagactc ctttcagggt tacacagggg60

ggtaggagag agtttcaggg taggagagtc ctacccaact cctattccgt cacgtcctcg 120

tcgtacagag tggtaacttt tcccaccata tatctaagct tgggtacacg gacctgtccc 180

aaccccttgg gcggatggtg gagaaaggct aaacaggagg ag222

<210>400

<211>158

<212>DNA

<213>大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223>大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.30，全基因组鸟枪序列，KB672980.1

<400>400

tagaaatgca gcactggtaa gggtacggat ccgacgcctc tcgaaggata cctaggctct60

ccgtacccta ctcctactca aaacgtcccc gattttcctc ctgtctaacc taagacgcgt 120

tccgcgagag atcttagctt atggttagtt tggttggt 158

<210>401

<211>189

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.12，全基因组鸟枪序列，KB663633.1

<400>401

ttcacatagg ctctgcaata aggtagaact cggaacctat tgaaggtcac acaggctctc60

ctactcaact cccattctgc aacgtcctcg tcgtgcagag tgacgagaac taccgtatat 120

ccaatattga gtacacggac tagctccaac cctttgatcg ggtagtgatg ctcggcaaaa 180

gaggagggc 189

<210>402

<211>193

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925488698基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ087528.1

<400>402

cccagtgttt ttcctttttc ctgtttttcc agaaacccct cgagggatag taccggctct60

tccatccaac tcctattccg acacgtcctc gtcgtgcaga gtggtagcat gtgccaccat 120

atatcctagg ttggatacac gggctagatc caacccttcg ggcggatggt ggcatatgac 180

gaaccaggag ggg193

<210>403

<211>167

<212>DNA

<213>中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223>中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696059，全基因组鸟枪序列，KE525351.1

<400>403

tctagtagta gtcctttaac gggttggatc cggcgcctcg tgaaggctac tataggctct60

ccttctcaaa atctattcga tgcgtccgcg acgtacagaa cggtaccttg tcgcccaaat 120

atccatcagt tcatcctcga gcggctgtcc tccatgttag gagcggc 167

<210>404

<211>189

<212>DNA

<213>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST染色体2R，全基因组鸟枪序列，CM000357.1

<400>404

agcaatacgt cgctgatatg gcagtggagc cgaagcctct agaaggttaa caaaggctca60

ccatccttta ctcatattcc atacgtcctc aatgtacaga tcggtaacat gcctctcaat 120

tatctaagct tagctatacg aggttcttca tgactgttct ccatattagg agcggctccc 180

tccaagcgt 189

<210>405

<211>117

<212>DNA

<213>阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）

<220>

<223>阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）DONG5_A株系未放置的基因组支架supercont1.5，全基因组鸟枪序列，KB704784.1

<400>405

ctcgacttgc cgttcgaaca ccatgatcag gccacatata ggctaatttt ctatgcttag60

atatacgggg aaacccaagc ccttgggcgg atgggttgta tggctaaatt gagtatt117

<210>406

<211>155

<212>DNA

<213>中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223>中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696013，全基因组鸟枪序列，KE525305.1

<400>406

agtatcgtta aaaccacata ttgtcctttg caaaccttcc gtaccaaaat tacggagagt60

acagaacggt agcctgttgc ctaaatattc aagcttgggt acacggggaa acccaccccc 120

ttgggcgaat gggcgacaag gccgaattga gacgg155

<210>407

<211>136

<212>DNA

<213>拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）

<220>

<223>拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）MAF株系未放置的基因组支架supercont2.196，全基因组鸟枪序列，KI915351.1

<400>407

ctgagacgag gatagatcca aaggtagatc cgaagaaggt taataaagga tctccaaccc60

ctacaccaac taaatatgtc cccgtagtac ggcccggtaa catgtggtaa ccctctcagt 120

ggatgtacag acccga 136

<210>408

<211>119

<212>DNA

<213>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223>表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.208，全基因组鸟枪序列，KB670814.1

<400>408

tcaatcatgt gaaactgtta tgggatggga tccgaagcct ccagaagatt ccatctaact60

cctgttccga cacgtccacg tcgtgcaggg tggggcaaca tggacctaac cagggggtc119

<210>409

<211>208

<212>DNA

<213>达氏按蚊（Anopheles darlingi）

<220>

<223>达氏按蚊（Anopheles darlingi）Cont6653，全基因组鸟枪序列，ADMH02001348.1

<400>409

gcaattggtt gctctacaaa tgaggttagg atccgaagca ctaggctaat ttaggctctc60

ctcccctaac tcctactcgt cgcgtcctcg cggggctcat gggttctgct cgtgtagagc 120

ggtaacatgc ctcccacacg tctgagcttg ggtacacggg taacaccaac cccttgggaa 180

gatggggggt atggctgaga cgagaggg208

<210>410

<211>172

<212>DNA

<213>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.182，全基因组鸟枪序列，KB664491.1

<400>410

cgtagcaata atgcactagt aaggtatgga tctgaagctt cttgagggtt aacaaaacct60

ctccatacgc tacttcgact caatacgtcg tacgggcgta cagaactctc catacatatg 120

aacttgggtc atacggggaa acccaacccc ttgggaagag agatagcgag cg 172

<210>411

<211>193

<212>DNA

<213>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223>冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST全基因组鸟枪测序项目，全基因组鸟枪序列，AAAB01008842.1

<400>411

aacattttta gatcgtcagc atataataac aatttaacat gaggaatagc aaacacgaca60

tcgttaataa atataataaa tagtaaaggt cctaatcacc acattgatat gtgtcaccac 120

atatccaagc ttgggtacac gggcttgacc caaccccttg ggcggatggt ggcacatggc 180

gaaccaggag ggg193

<210>412

<211>153

<212>DNA

<213>大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223>大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.20，全基因组鸟枪序列，KB672869.1

<400>412

tgcaacaacc atttcgtaca tgagggaatg aaaacaagaa gaggtggggt gacaaactta60

aagaatttta acactatagt agatatctga gcttgggtat acggggaaac ccaacccctt 120

gggaggatgg aagacatggc taatttgaga gga153

<210>413

<211>110

<212>DNA

<213>库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223>库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.7295，全基因组鸟枪序列，AXCM01007295.1

<400>413

atcaatcgtt gctctgtaag taggtgtggt actgttaaga taagctctcc ataccgtact60

cctactcaat acgtcctcgg cgtacagagc ggtaacatgt ctctccaaat110

<210>414

<211>201

<212>DNA

<213>大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223>大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.25，全基因组鸟枪序列，KB672924.1

<400>414

cgtatctttc tactatataa tgggataaga tccaatacct tttgcaagct aacgcatgct60

ctattattct cttctgtcgc gacacgtccc caacgtacag cttggtagca tatatgattt 120

attttccaag cttgggtagt ccggacaaat ggcaatctca acgttggaga agagctagac 180

gatatactca actacttcaa g 201

<210>415

<211>129

<212>DNA

<213>库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223>库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.8016，全基因组鸟枪序列，AXCM01008016.1

<400>415

aaatggatcc gaagcctctc gaaggataat tgagggctac tcctacttac atgtctctac60

aaatatctga gctcgggtat tcagggaaat ccaacccttt gggagtatga tacggctgaa 120

ttgagagga 129

<210>416

<211>129

<212>DNA

<213>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223>斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.68，全基因组鸟枪序列，KB665043.1

<400>416

gctagttctg cagctgttgt ggtagcatta ctgaagcctc ttgcaggtta acaaaggctc60

tccataccct acctcgactc aatacgttcc cctgtcgtac aaaacggtag catgtctcaa 120

cggaaatga 129

<210>417

<211>190

<212>DNA

<213>微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223>微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.11，全基因组鸟枪序列，KB663622.1

<400>417

accataatat cctgctaacg gggtagaata tgaagtcgct taaaggttac acaggctctc60

ctactcaacc cttattcccc ctagcatcct cgtcgtgcag agcggcaact tgaaccatcg 120

catatccaag cttgggtacg cgggttagtt ccccttgggc ggatggtggt gtatgattaa 180

acaggaggga190

<210>418

<211>183

<212>DNA

<213>拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）

<220>

<223>拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）MAF株系未放置的基因组支架supercont2.33，全基因组鸟枪序列，KI915188.1

<400>418

ttcagatcat ctgctcagca atggaacagg atccgaagtt tccctgaatg ataacatagg60

ttatccgatc taactcgtat ccagacaagt gtcagttcgt tacatgtgtc atcacatatc 120

caagcttatg tacacggacc tgttgcaacc gttcgggcgg attgttgcag tcatttgatt 180

gca 183

<210>419

<211>127

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:221基因组支架，scf67，FR883402.1

<400>419

aactaagttg acgaggatga gatttatcga attttttcgg cggatatctc acgtaaatag60

cactagcgtt aataattaac aaaactacaa agtaatttgt aggacaaatt taattatgtg 120

caatcta 127

<210>420

<211>159

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>Clostridium neopropionicum DSM-3847株系CLNEO_contig000018，全基因组鸟枪序列，LRVM01000018.1

<400>420

ttgaaaaatg aagcgccaga accgcagata gggcggttga cgaggtagaa gtgatcgaat60

ttttcggcgg atgcttctcg cccattcgtt cagggacgca ggtctttcta caaataggag 120

aaggtaattc ttctgacaaa gggaaaggca acggacgaa159

<210>421

<211>154

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:465基因组支架，scf33，FR891245.1

<400>421

taacattaaa tagcgcatga acataccttt cgtatgtgac gaggatgata gttatcgaac60

attcagcgga tactatcacg gtgatttagc atcgatatat atagtacaaa aagtaaaatc 120

tttaattact acaaaaacta tataatctaa atat 154

<210>422

<211>178

<212>DNA

<213>暗黑菌门（Atribacteria）细菌

<220>

<223>暗黑菌门（Atribacteria）细菌34_128 MPI_scaffold_1295，全基因组鸟枪序列，LGGA01000028.1

<400>422

aattgaatac aagcgccaga acttactcaa tttgaagggc taagtgtttt gataaggtaa60

gttgacgagg aaggagttta tcgaaaattc ggcggatgct cctgggttgg ccagaccctt 120

agaaaacctg taaaacttgt gagtaattgc aaggacagag aggtttttat ggcaaaat 178

<210>423

<211>150

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:793基因组支架，scf49，HF993644.1

<400>423

ttatttaagt aagcgccagg acattttttt aatgttgacg aggatagaac ttatcgaaat60

tttcggcgga tggttctagg gaatgctact tcctaaaata ttgtcaaaaa ataatagcga 120

tattataaca aatcaatatt actagctgtg150

<210>424

<211>171

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>库特氏菌属物种（Kurthia sp.）11kri321，完整基因组，CP013217.1

<400>424

aaaacagtta tagcgccagt actgaagaaa tcggacgaca agtatcttca gtagacgagg60

tggaggagta tcgaaagttt cggcggatgc ctcccggtcg acagcccgat cgtaagttca 120

tctttaaaat agtgaagtga ttcattagac aaagagatga aatggcaaat c171

<210>425

<211>148

<212>DNA

<213>脓肿分枝杆菌（Mycobacterium abscessus）

<220>

<223>脓肿分枝杆菌（Mycobacterium abscessus）株系PAP053基因组组装，重叠群：ERS075544SCcontig000014，CSXB01000014.1

<400>425

caatatcgga tagcgccaga cctgaacgtt caggtgacga ggagagagct tatcgaagat60

tcggcgggtg gctctaggga ctgcactcta cagataacaa agaaaaacta attgtgaagt 120

tagaacaaag cggttatcac gcaggtag148

<210>426

<211>189

<212>DNA

<213>Shuttleworthia satelles

<220>

<223>Shuttleworthia satelles DSM 14600基因组支架Scfld0，全基因组鸟枪序列，GG665866.1

<400>426

tcaaaaactt tagcgccatg tacccggccg cttttcatcc ctctgtattt ttggaggaac60

gttttggccc gggttgacga ggtgtcaggt gatcgaagat tcggcggatg cctgatcgcg 120

gatgcggccg cgcatacagt tgacaaaaga tccggtaacg gagagacaaa gagactgtaa 180

ccgtatgga 189

<210>427

<211>324

<212>DNA

<213>拜氏梭菌（Clostridium beijerinckii）

<220>

<223>拜氏梭菌（Clostridium beijerinckii）NCIMB 8052，完整基因组，CP000721.1

<400>427

aatcaataaa aagcgccagg actaagtgga atttagttga aagtgaattt ttacagggtt60

ggtttttata aaaggaattt agttaatagt aagctttgat ataagctacg cgaatagcta 120

atgaaatctt tttaaaggaa actcgactca cgttcgttcg ctgagtaaat tcaactatcc 180

aaatcgaaga tttggagttt catttacgtc gacgaggttg gggagtatcg aaacttcggc 240

gggtgcccca cggtatcgca ctaccgtaaa cgactggtaa aactgtgaag tgattcacag 300

gacaaattca gtctggtgtt aaaa324

<210>428

<211>147

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CAG:988基因组支架，scf27，FR897768.1

<400>428

gaattctttc tagcgccaga actttgaata gttgacgagg atagtagtga tcgaaaattc60

ggcggatgct actacgtagg gaagatgcgt taggtatgtc taaaaagcaa aatcgacatt 120

gtaacaacag atgtatcact tttcaga 147

<210>429

<211>155

<212>DNA

<213>还原脱硫肠状菌（Desulfotomaculum reducens）

<220>

<223>还原脱硫肠状菌（Desulfotomaculum reducens）MI-1，完整基因组，CP000612.1

<400>429

taaataactg aagcgccaga accttttaca aagtaagggt tgacgaggag agggagtatc60

gatgtttcgg cggatgccct ccggcccagt tgcggccgta aaagcagaac aaagctggaa 120

ggtaactttc ggtacaaaaa ctgcgggtga ctaaa155

<210>430

<211>148

<212>DNA

<213>澳大利亚马赫氏菌（Mahella australiensis）

<220>

<223>澳大利亚马赫氏菌（Mahella australiensis）50-1 BON，完整基因组，CP002360.1

<400>430

ttcgatataa aagcgccgga actcattttg agttgacgag gtcagggttt atcgattttt60

cggcgggtgc cctgcggcat acggctgccg acaaaggttc cacaaaagca aaaagcgatt 120

tttgctacaa acgggactgg gccaaaat148

<210>431

<211>202

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:7基因组支架，scf260，HF990741.1

<400>431

agtaaagcta tagcgccatg cacctgggtc gggtcgtgaa cagtaacgga tgaatgaata60

ataacttact gctgacacag gttaacgagg tggagagaga atcgaacata ttcggcgggt 120

gctctcccat gcagtccggg cgtgttttat accagaaaaa tatgcgggta actgcaaaac 180

aaagctggta taaccggaca ga202

<210>432

<211>173

<212>DNA

<213>巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）

<220>

<223>巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）QM B1551，完整基因组，CP001983.1

<400>432

agtgaataca aagcgcctga actaagtaaa gggacggaaa cgacttagtt gacgaggagg60

aggtttatcg aagtatcggc ggatgcctcc cggttgttga ttatcacggc cgaaaacttg 120

atgtgaaaaa caatgaggtg acttattgga caaaagcatt gagatgataa tca173

<210>433

<211>197

<212>DNA

<213>解糖热解纤维菌（Caldicellulosiruptor saccharolyticus）

<220>

<223>解糖热解纤维菌（Caldicellulosiruptor saccharolyticus）DSM 8903，完整基因组，CP000679.1

<400>433

ggttttttca aagcgccagg acctctggaa attatagcgc tattgccttt gcgcattttt60

tccagaggtt gacgaggact ggggagaatc gaggttttcg gcgggtgccc cagcggggtt 120

ttgccttttt ccctcgcaac tttctgctac aaaccccgga aggcaacttc tgggacaaag 180

gcagaaagaa aaaaggc197

<210>434

<211>159

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>纤维素梭菌（Clostridium cellulosi）基因组组装，染色体：I，LM995447.1

<400>434

ttaaatatta aagcgccagg accgatataa atcggttgac gaggtgggga gttatcgaaa60

gattcggcgg gtgctcctcc ggccgttagt gttgcggtcg ttagctcatg ctacaaaaaa 120

cgcgggtaac cgcgcaaaaa aaggctgagc attcagcgc159

<210>435

<211>152

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:245基因组支架，scf154，FR880072.1

<400>435

agttcatttt tagcgccagg acagcgtttg tgctgttgac gaggttagag tttatcgaaa60

tattcggcgg atgctctagg gctttctacg gtccttataa attagcaaaa cctagcagtg 120

atgttagaac agatataatt ttgagtagtt ta 152

<210>436

<211>157

<212>DNA

<213>蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）

<220>

<223>蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）cytotoxis亚种NVH 391-98，完整基因组，CP000764.1

<400>436

agagtgatta aagcgccaga actacaaatt gtgtagttga cgaggaggag ttttatcgag60

atttcggcgg atgactcccg gttattcatc ataaccgcaa gcttttattt aaatcactga 120

ggcgacttgg tggacaaaga taaaagtgtg atgagag157

<210>437

<211>209

<212>DNA

<213>金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）

<220>

<223>金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）C0673基因组支架aedLz-supercont1.14，全基因组鸟枪序列，KK222758.1

<400>437

aggaaactta tagcgcctga acaaagcgca tacacgattg tagaggcatg tataatcaga60

tacatgctga atgagtgtta tgacctttgt tgacgaggag gatagttatc gaattttcgg 120

cggatgctat cccggatgtg gcccattcga agttcaatgt ttaaagcata taggtgactg 180

tatgtccaaa gacgttgaaa tagccataa 209

<210>438

<211>156

<212>DNA

<213>格氏梭菌（Clostridium grantii）

<220>

<223>格氏梭菌（Clostridium grantii）DSM 8605基因组组装，重叠群：EJ34DRAFT_scaffold00005.5，FQXM01000006.1

<400>438

atattatagt tagcgccaga agtagtgggt aaagtgctac ttgacgagga tggggagtat60

cgaaatttcg gcggatgccc cacggtataa cactatcgat aaacattggc aaagcaaaga 120

agtgattctt tgtacaaatt caatggagtg tgaatc 156

<210>439

<211>153

<212>DNA

<213>巴氏梭菌（Clostridium bartlettii）

<220>

<223>巴氏梭菌（Clostridium bartlettii）CAG:1329基因组支架，scf11，HF999313.1

<400>439

agtgtttata aagcgccaga acttaatttt ttaagttgac gaggtcagag ttaatcgaaa60

tatcggcgga tgctctgcgg tgtgccacca tcgaaggatt tctacaaagg gtgaaagcaa 120

tttcactaca caaaaagaaa cccatgtgga ttg153

<210>440

<211>154

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）SCN 57-10 ABT01_C0138，全基因组鸟枪序列，MEFT01000138.1

<400>440

acacgttcaa aagcgccggg actgcgtgtg cagttgacga ggcggaggat gatcgaacca60

ttcggcgggt gcctcctttt cgcgtcgcgc ggaaaagagc cgatgctcaa aacccgttcg 120

caaggacggc gacaaaagca cggcacgcga caca 154

<210>441

<211>178

<212>DNA

<213>耐辐射奇球菌（Deinococcus radiodurans）

<220>

<223>耐辐射奇球菌（Deinococcus radiodurans）R1染色体1，完整序列，AE000513.1

<400>441

cttcttcggg cagcgcaagg ccccggcgac acgtgatgtc acaagccggg gagacgaggt60

ggaggtcagc gacttttctg cggatgcctc caggccccgg tgaacgggcc tacccggcgc 120

gtgctttgcc gctctgagtc aaagactccg gcaggcagaa ccacgcgcaa gcccggcg 178

<210>442

<211>167

<212>DNA

<213>澳门假芽孢杆菌（Fictibacillus macauensis）

<220>

<223>澳门假芽孢杆菌（Fictibacillus macauensis）ZFHKF-1重叠群05，全基因组鸟枪序列，AKKV01000005.1

<400>442

gcaataccac aagcgcctga actattttcg accggaatga aaatagttga cgaggaagag60

gatcatcgag atttcggcgg atgcctctcg gatgacgtca catccgtaag cttttataca 120

aaccaggtaa ggtgacttcc tgtacaaaca taaaagtagt gacgaat 167

<210>443

<211>153

<212>DNA

<213>甲基戊糖梭菌（Clostridium methylpentosum）

<220>

<223>甲基戊糖梭菌（Clostridium methylpentosum）DSM 5476 Scfld6基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ973344.1

<400>443

gggtacaacc aagcgccagg cccggataca gctccgggtg acgaggtgga gagtgatcga60

acagaatcgg cggatgctct cccggtcccg gcaggaggat cgtcagatgg ttcacaaaag 120

cgcgttgcgc acaaaagagc caccccatcc cgc153

<210>444

<211>158

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:470基因组支架，scf38，FR898135.1

<400>444

gttatttttc aagcgccagg accactattt tcaggaggtt gacgaggtct agagttatcg60

aaatattcgg cggatgctct agtggctttt acttaaggtc atcagtatta attaaaaact 120

aatagtaata ttagaacaga agttaatatt ttaagttt 158

<210>445

<211>159

<212>DNA

<213>白蚁孢杆菌（Sporobacter termitidis）

<220>

<223>白蚁孢杆菌（Sporobacter termitidis）DSM 10068基因组组装，重叠群：EK05DRAFT_scaffold00008.8，FQXV01000008.1

<400>445

taaaatttag aagcgccaga cttcacgcag agcgcggagt tgacgagggc ggggtttatc60

gaagtattcg gcgggtgccc cgtgctgcgg tccatcagca ttacaggttt tacaaatcct 120

caagcaattg acgggacaaa ataaacctga ttgggcctt159

<210>446

<211>165

<212>DNA

<213>格氏李斯特菌（Listeria grayi）

<220>

<223>格氏李斯特菌（Listeria grayi）DSM 20601基因组支架SCAFFOLD1，全基因组鸟枪序列，GL538352.1

<400>446

aatttaatag aagcgccaga actgatcgaa cggggtatca gttgacgagg aggagattaa60

tcgagttttt tcggcgggag tctcccggtt attcatgtag ccgttatgtc tgagttacaa 120

aacaagcagg cgactgtttg gacagaaagc ttagacgcat gagtt 165

<210>447

<211>157

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223> 颤杆菌克属物种（Oscillibacter sp.）KLE 1745基因组支架Scaffold170，全基因组鸟枪序列，KI271673.1

<400>447

cggcccatca cagcgccagc gcccgccgcc agcggcggga cgacgagggg aagggagtat60

cgaaggattc ggcggatgcc cttccgtgcc cacgggcgcg tacacagccg gcaaatatgc 120

gggcaaccgc aaaacaaggg ggctgtgacc gtgaaga157

<210>448

<211>155

<212>DNA

<213>解糖热厌氧杆菌（Thermoanaerobacterium saccharolyticum）

<220>

<223>解糖热厌氧杆菌（Thermoanaerobacterium saccharolyticum）JW SL-YS485，完整基因组，CP003184.1

<400>448

aactgaataa aagcgcctgg gcttagggga aactctaagt tgacgaggac agggttaatc60

gagttatcgg cggatgccct gcggcttcct gcggccgata gagaaccggg aaaaccatgg 120

gtgaccattg gcatagagcg gtttgagcag ggata155

<210>449

<211>171

<212>DNA

<213>嗜盐薄壁芽孢杆菌（Gracilibacillus halophilus）

<220>

<223>嗜盐薄壁芽孢杆菌（Gracilibacillus halophilus）YIM-C55.5重叠群_7，全基因组鸟枪序列，APML01000007.1

<400>449

tattaatgga aagcgccagg gctatggtga acgaagaatc catagctgac gaggtggagg60

ttttatcgag tttgatcggc ggatgcctcc cggttgttgc atctcaaccg tcacattttt 120

attcgaaaac atgaaggtaa ctttatgaac aagaataaaa ataagatgcc t171

<210>450

<211>152

<212>DNA

<213>嗜碱盐水球菌（Salinicoccus alkaliphilus）

<220>

<223>嗜碱盐水球菌（Salinicoccus alkaliphilus）DSM 16010基因组组装，重叠群：EJ97DRAFT_scaffold00003.3，FRCF01000004.1

<400>450

aaaatcggaa tagcgcccgg gcagctttgc tgctgacgag gaggacggtc atcgatcatc60

ggcggatacc gtcccggaca ctgaagtgtt cgttacaccg gatgttaaaa cccgcaagcg 120

attgcgggga cagagcaccg gtcgataatt gt 152

<210>451

<211>168

<212>DNA

<213>布替利西柯普利卡柯伦菌（Butyricicoccus pullicaecorum）

<220>

<223>布替利西柯普利卡柯伦菌（Butyricicoccus pullicaecorum）1.2基因组支架acBRa-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KB976103.1

<400>451

tgcatatcga tagcgccaga actgcggagc agcccgtttc gcagtggacg aggtaagggt60

tgatcgaaaa ttcggcggat gacccttcgg ccgcgagtga gccggtcgtt agcaggacgt 120

gtaaaccccg ggagtgatcc cggaaacaga gcgtcttcgc atgaccca168

<210>452

<211>198

<212>DNA

<213>厚壁菌门（Firmicutes）细菌

<220>

<223>厚壁菌门（Firmicutes）细菌CAG:176_63_11 Ley3_66761_scaffold_4747，全基因组鸟枪序列，MNSY01000086.1

<400>452

tcctgcgctt ttgcgccttg tcttgacgaa aaatctctcg ccggcaggcc ggcggatatt60

tttcttttcc gccgccgtgg gataacgagg tggggagcga tcgaaaattc ggcggatgct 120

cctccgcatc gtccggatgc gcacacagct cataaatatg cgggagaccg caaaacagag 180

gggctgtgac cggatgcg 198

<210>453

<211>168

<212>DNA

<213>小基因组菌总门（Microgenomates）细菌

<220>

<223>小基因组菌总门（Microgenomates）细菌OLB23 UZ22_OP11002CONTIG000039，全基因组鸟枪序列，LMZU01000039.1

<400>453

cattgttata tagcgtgtgg cccccatctg cattggcagc ggggatacga ggagagggct60

agcgaataat ctgcgggtac cctcaggccg aagccaagct gtcgacctta agtgtgctct 120

taaatccttc tggcaacaga agggacacgg gagcttgcat acagcata168

<210>454

<211>174

<212>DNA

<213>鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter piscolens）

<220>

<223>鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter piscolens）W5455重叠群00008，全基因组鸟枪序列，ADFP01000071.1

<400>454

gaacgaacgg aagcgccagg actgaaccgc ttctcactcc gcggcgacag tcgacgagga60

cgaaagtgat cgaaccattc ggcggatgct ttcgtggcgg gcgaagggga gccatgaacc 120

tccgtcacaa aaccccgggg cgacccggga acaaacggcg gaggcccttc aatg 174

<210>455

<211>172

<212>DNA

<213>芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CHD6a

<220>

<223>芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CHD6a重叠群17，全基因组鸟枪序列，LBMD01000017.1

<400>455

tagatataca aagcgcctga actaagcgac ggacgaaacc atgcttagtt gacgaggagg60

aggtttatcg atctatcggc ggatgcctcc cggttgccaa tcacaaccga ctttagggac 120

agtttaaagc ataaaggcaa ctttatgtac aaagactgtt actatgattg ca 172

<210>456

<211>147

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>支原体属物种（Mycoplasma sp.）CAG:472基因组支架，scf184，FR899424.1

<400>456

atttttgtaa tagcgcatgg cctatttagg tgacgaggac ttacattgtc gatttatcag60

cggatgtgta agcggagaag ttttacttcg taaaatacct taaaaaaata aaatcaaaat 120

tataacaaag aggtatttaa taaaaca 147

<210>457

<211>297

<212>DNA

<213>诺维氏梭菌（Clostridium novyi）

<220>

<223>诺维氏梭菌（Clostridium novyi）NT，完整基因组，CP000382.1

<400>457

aataatatta aagcgccaga acttaagttg agtaaatgag ggaataaagg aaactcaaac60

tagacgtttg agtaagttcg actaactaaa tcatagattt aagaagttaa ggaaactcaa 120

actaaatgtt tgagtaagtt cgccttaacc aaatcgtaga tttggaggct cacttaagtt 180

gacgaggatg gggagtatcg agaattcggc ggatgtccca cggtatttat gtactaccga 240

taacagttag caaatctaaa aagcgatttt tagcacaaat ctaactaggt acatgat297

<210>458

<211>228

<212>DNA

<213>南极类芽孢杆菌（Paenibacillus antarcticus）

<220>

<223>南极类芽孢杆菌（Paenibacillus antarcticus）株系CECT 5836 PBAT34，全基因组鸟枪序列，LVJI01000034.1

<400>458

tgtatattaa aagcgccaga acttgactag cgcgggatgt aagatggacc gagggtatgg60

atgagtacga tccgtttcgg tgcctgatta caacggcaga tcaagttgac gaggtggggg 120

tgttcgaaat gttcggcggg gacctcccgg tgatgcacca gagccgtgaa tcatatacgg 180

aaaataagcg ggcgactgct catacaacgt agtgatgggt gctaatta228

<210>459

<211>224

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>戈茨曼菌门细菌暂定种（Candidatus Gottesmanbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_01_FULL_48_11 rifcsplowo2_01_scaffold_16357，全基因组鸟枪序列，MFJY01000009.1

<400>459

cagagaacat aagcgtgtgg cccggctatc atgttcctcg ccgagctcgt cacaccagcc60

gggcaagccc ggttgatgcg agcgaagcga gcataataac cgggatacga ggaaagggct 120

tatcggataa atctgcgggt gccctttggt agtactctct accacaacgg taatcagaaa 180

ctccaccggt aacggtggga acaaatgatt atcggcagag tcgc224

<210>460

<211>144

<212>DNA

<213>解乳厌氧球菌（Anaerococcus lactolyticus）

<220>

<223>解乳厌氧球菌（Anaerococcus lactolyticus）ATCC 51172基因组支架SCAFFOLD12，全基因组鸟枪序列，GG666055.1

<400>460

aaaaacaaca aagcgccaga tccctttggg atgacgaggg aggaagttat cgaaaattcg60

gcgggagctt cctgggttca cagccttagt gttagacaaa agcagagagc aatttctgcg 120

acagagaaga cacagtggcc tcat144

<210>461

<211>149

<212>DNA

<213>肠球菌属物种（Enterococcus sp.）9D6_DIV0238

<220>

<223>肠球菌属物种（Enterococcus sp.）9D6_DIV0238 scaffold00002，全基因组鸟枪序列，NIBQ01000002.1

<400>461

aatataggaa tagcgccagg cctgttgttt caggtgacga ggagagagct tatcgaaaca60

ttcggcggat agctctaggg gctgcactct acaagctgga aataaaaaat aattgcaaaa 120

ttataacaaa gattcagcta agcagaata 149

<210>462

<211>328

<212>DNA

<213>解淀粉梭菌（Clostridium amylolyticum）

<220>

<223>解淀粉梭菌（Clostridium amylolyticum）DSM 21864株系基因组组装，重叠群：Ga0131114_103，FQZO01000003.1

<400>462

tacaatataa aagcgccagg actagagtag agccaaatta aaatttggaa catatgatta60

acttaccatg acgtatggag aagttggagc atatgataaa aggaaacttc ttctccgatg 120

ctaaagctta aaaaataaga aatatgaagc tttagcatct acgaagaaga aagcgaccgc 180

gccaaattaa aatttagagc ctctgcttta gttgacgagg atggggagta tcgagtcttc 240

ggcgggtgcc ccacggtagc gcactaccgt taacgattga taaagccggg aagtgatttc 300

tggaaacaac atcaatcagg tgttaaaa328

<210>463

<211>84

<212>DNA

<213>长蒴黄麻（Corchorus olitorius）

<220>

<223>长蒴黄麻（Corchorus olitorius）O-4栽培种重叠群22559，全基因组鸟枪序列，AWUE01022526.1

<400>463

gcaataactc cgcctgtggc tgcactaaat acctacctct gcaaccacag ccggtcccaa60

gcccggaaaa aggaggaggg ttgc 84

<210>464

<211>92

<212>DNA

<213>陆地棉（Gossypium hirsutum）

<220>

<223>陆地棉（Gossypium hirsutum）TM-1栽培种染色体15，全基因组鸟枪序列，CM003264.1

<400>464

atgataactc cgcctgtgcc atattgaaac ctgagagtat atatcctttt cggcactgcc60

ggtcccaagc ccggataaag gaggagggtc at92

<210>465

<211>74

<212>DNA

<213>墨西哥丽脂鲤（Astyanax mexicanus）

<220>

<223>墨西哥丽脂鲤（Astyanax mexicanus）染色体6，全基因组鸟枪序列，CM008305.1

<400>465

ttagtaactc tgccaaagtg tctcttttaa ggtcactttg ccggtcccaa gcccggataa60

aagaggaggg ttaa74

<210>466

<211>81

<212>DNA

<213>土瓶草（Cephalotus follicularis）

<220>

<223>土瓶草（Cephalotus follicularis）DNA，支架：scaffold3557，分离株：St1，BDDD01003557.1

<400>466

gtcataactc cgcctgtgta gcaatatgta taaccatgtg tacacagccg gtcccaagcc60

cggatgaagg aggagggtga c81

<210>467

<211>80

<212>DNA

<213>博落回（Macleaya cordata）

<220>

<223>博落回（Macleaya cordata）BLH2017分离株scaffold525，全基因组鸟枪序列，MVGT01000217.1

<400>467

tttttaactc cgccaatgca aatgttatgc cataacattt gcattgccgg tcccaagccc60

gggtaaagga ggagggggaa80

<210>468

<211>63

<212>DNA

<213>博落回（Macleaya cordata）

<220>

<223>博落回（Macleaya cordata）BLH2017分离株scaffold7799，全基因组鸟枪序列，MVGT01000535.1

<400>468

tttttaactc cgccaatgca tatgcattgc cggtctcaag cccgggtaaa ggaggaggga60

gaa63

<210>469

<211>57

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6C49D_12908

<400>469

gcacuaaugu agcucagacc ugugacaagc caaggcuaga aaaauacaga gucgugc 57

<210>470

<211>56

<212>RNA

<213>未知

<220>

<223>未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D669BF_12908

<400>470

ggccuaaugc agcauagucc ugucacaagc caggcugaaa aaugcagagu gaggca56

<210>471

<211>85

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-R_005008，BABG01005008.1

<400>471

gaaacccgct aggccgacag cctcaccgct gccgctggtg caagcccagc cgccccagac60

cggggcgggc gctcatgggt aacag85

<210>472

<211>82

<212>DNA

<213>阿德利企鹅（Pygoscelis adeliae）

<220>

<223>阿德利企鹅（Pygoscelis adeliae）重叠群107431，全基因组鸟枪序列，JMFP01107431.1

<400>472

ttaggccgtt acctacagct gatgagctcc aagaagagcg aaacctttta agataggtcc60

tgtagtattg gcctaacaat ct 82

<210>473

<211>77

<212>DNA

<213>刺鹩（Acanthisitta chloris）

<220>

<223>刺鹩（Acanthisitta chloris）重叠群104940，全基因组鸟枪序列，JJRS01104940.1

<400>473

attggctgtt agctgctgct cttgagctcc agaaagagca acactgctta ggtcctgcag60

tactggccta caggtgt 77

<210>474

<211>109

<212>DNA

<213>海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223>海龟（Chelonia mydas）重叠群57739，全基因组鸟枪序列，AJIM01057739.1

<400>474

ttaaccagtt acctacagct gatgagctcc aggaagagcg aaaccagttc cgccctgttt60

cagtagttat gaaaagttcg gactggtcct gtagtactgt cctgcagca 109

<210>475

<211>82

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>非洲鸵鸟南非亚种（Struthio camelus australis）重叠群33602，全基因组鸟枪序列，JJRT01033602.1

<400>475

ttaggctgtt acctatagct gatgagcttc aaaatgaatg aaaccactta aaataggtcc60

tgtagaacta tccttagggc ca 82

<210>476

<211>77

<212>DNA

<213>金领娇鹟（Manacus vitellinus）

<220>

<223>金领娇鹟（Manacus vitellinus）重叠群47454，全基因组鸟枪序列，JMFM02047454.1

<400>476

tcaggccatt gcctataggt gatgagctcc atgaagagtg aaaccagtta ggtcctgtat60

tgctagccta atgagca 77

<210>477

<211>83

<212>DNA

<213>海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223>海龟（Chelonia mydas）重叠群198956，全基因组鸟枪序列，AJIM01198956.1

<400>477

ttgggctata gcctacagct aatgagcttc aaaaaggagc aaaagcattt aaaataggcc60

ctgtagtatt agcctaatct aat83

<210>478

<211>78

<212>DNA

<213>海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223>海龟（Chelonia mydas）重叠群141094，全基因组鸟枪序列，AJIM01141094.1

<400>478

ttaagacatt gcctacagct gacaagctcc acaaagagca aaaccagtga ggatcctgta60

acactgtcct acagagct78

<210>479

<211>86

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群061484，全基因组鸟枪序列，AFYH01061484.1

<400>479

acgttccagt tatctacagc tgatgagctc aaaggagagc gaaaccggac atcctgtccg60

gtcttgtagt actggcttag ttgtct 86

<210>480

<211>77

<212>DNA

<213>绒啄木鸟（Picoides pubescens）

<220>

<223>绒啄木鸟（Picoides pubescens）重叠群42547，全基因组鸟枪序列，JJRU01042547.1

<400>480

ctgcaccgtt acctgcagcc gatgagctcc aaaaagagca aaaccagcca ggtcctgcag60

tactggctgc agccttc 77

<210>481

<211>77

<212>DNA

<213>绿头鸭（Anas platyrhynchos）

<220>

<223>绿头鸭（Anas platyrhynchos）北京鸭品种重叠群108924，全基因组鸟枪序列，ADON01108924.1

<400>481

aatgtctgtt acttgaagct gatgagctcc aaatagagca aaaccattta ggtcctatag60

tactggcctg taagctt 77

<210>482

<211>111

<212>DNA

<213>斑尾非洲咬鹃（Apaloderma vittatum）

<220>

<223>斑尾非洲咬鹃（Apaloderma vittatum）重叠群91687，全基因组鸟枪序列，JMFV01091687.1

<400>482

ttaaaccagt tacctacagc tgatgagctc cggaaagagc aaaaccagtt ctgttctatt60

tcagcagtta tgaatgctaa gaactggtcc tgtagtaatg ttgaacatcg a111

<210>483

<211>77

<212>DNA

<213>黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）

<220>

<223>黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）重叠群86319，全基因组鸟枪序列，JMFR01086319.1

<400>483

ttaggccatt atctgcagct gatgagctcc aagaagagca aaatccgtta ggtcctacaa60

tgctggccta atacaca 77

<210>484

<211>77

<212>DNA

<213>原鸡（Gallus gallus）

<220>

<223>原鸡（Gallus gallus）分离株RJF #256红丛林鸡品种，自交系UCD001染色体10，全基因组鸟枪序列，CM000102.4

<400>484

cttggccatt acctgcagct ggtgagctcc aaaaagagcg gtgccattta ggtcatgtca60

ttctggccta tatgttt 77

<210>485

<211>77

<212>DNA

<213>白领姬鹟（Ficedula albicollis）

<220>

<223>白领姬鹟（Ficedula albicollis）OC2分离株染色体10，全基因组鸟枪序列，CM001999.1

<400>485

attgaatgtt acttgcagct gatgggctcc aaaaagagag aagcccctta ggtcctgtag60

tactggactt gaaacat 77

<210>486

<211>77

<212>DNA

<213>斑鼠鸟（Colius striatus）

<220>

<223>斑鼠鸟（Colius striatus）重叠群35117，全基因组鸟枪序列，JJRP01035117.1

<400>486

attggctgtt acatgcagct agtgagctcc aaaaagagtg aaaccactta gctcctgtaa60

ttctggctta taagtgt 77

<210>487

<211>77

<212>DNA

<213>朱红蜂鸟（Calypte anna）

<220>

<223>朱红蜂鸟（Calypte anna）重叠群32988，全基因组鸟枪序列，JJRV01032988.1

<400>487

attggccatt atctgcagct gatgagctcc aaaaagagca ggaccacttg gatcctttag60

tactgcccta taagtgt 77

<210>488

<211>85

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群209269，全基因组鸟枪序列，AFYH01209269.1

<400>488

aatttcagtt atctgcagct gatgagctta aataaaagca aaactggaat taatttccag60

tcctgcagta ctggttaata tgcct85

<210>489

<211>78

<212>DNA

<213>洋红蜂虎（Merops nubicus）

<220>

<223>洋红蜂虎（Merops nubicus）重叠群71858，全基因组鸟枪序列，JJRJ01071858.1

<400>489

attgtccact acctgcagct gatgaacctc aaaaaagagc aaaactccct aggtcctgta60

gtagtggcca gtaagtgt78

<210>490

<211>80

<212>DNA

<213>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223>矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群106573，全基因组鸟枪序列，AFYH01106573.1

<400>490

caatccagtt atctacagct gacgagctct aatgagagcg aaactgggga accggtcctg60

tggtactggc atgaaagaaa80

<210>491

<211>77

<212>DNA

<213>白鹭（Egretta garzetta）

<220>

<223>白鹭（Egretta garzetta）重叠群72922，全基因组鸟枪序列，JJRC01072922.1

<400>491

attggccact acccgcagcc ggtgagctct aaaaagagtg aaaccacttg ggtcttgtgg60

tattggccga taagcgt 77

<210>492

<211>83

<212>DNA

<213>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223>美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_152，全基因组鸟枪序列，AKHW03006215.1

<400>492

gcaggccatt acttgcagct aatgagttcc acagagaatg aaaccatttg aaattggtcc60

ctgaagtact ggcctagaaa act83

<210>493

<211>77

<212>DNA

<213>小马岛猬（Echinops telfairi）

<220>

<223>小马岛猬（Echinops telfairi）cont1.498693，全基因组鸟枪序列，AAIY01498693.1

<400>493

ccgagccgtt gcctgcagct gatgagctcc aacaagagcg aaaccgaaca ggtcctgcag60

tacgggtggg gtcagca 77

<210>494

<211>52

<212>DNA

<213>菊苣黄斑驳病毒病毒（Chicory yellow mottle virus）

<220>

<223>用于假定蛋白的菊苣黄斑驳病毒（Chicory yellow mottle virus）卫星RNA基因，D00721.1

<400>494

caacagcgaa gcgcgccagg gaaacacacc atgtgtggta tattatctgg ca52

<210>495

<211>52

<212>DNA

<213>南芥菜花叶病毒（Arabis mosaic virus）

<220>

<223>南芥菜花叶病毒（Arabis mosaic virus）小卫星RNA，完整基因组，M21212.1

<400>495

caacagcgaa gcggaacggc gaaacacacc ttgtgtggta tattacccgt tg52

<210>496

<211>50

<212>DNA

<213>烟草环斑病毒（Tobacco ringspot virus）

<220>

<223>烟草环斑病毒（Tobacco ringspot virus）卫星RNA，M14879.1

<400>496

aaacagagaa gtcaaccaga gaaacacacg ttgtggtata ttacctggta 50

<210>497

<211>70

<212>DNA

<213>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）

<220>

<223>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群21873，全基因组鸟枪序列，LKEX01021873.1

<400>497

gattctcaac aatcgtctac ctccccgtgg tgagaatcgg gaaacatttc aaataatggc60

taaagacgat 70

<210>498

<211>73

<212>DNA

<213>长牡蛎（Crassostrea gigas）

<220>

<223>长牡蛎（Crassostrea gigas）株系05x7-T-G4-1.051#20 contig28208，全基因组鸟枪序列，AFTI01028208.1

<400>498

cctgctcaaa atcctacttc cacctccccg cggcgagcag ggggcaacgg acatttgtcc60

ggcgaacgga aga 73

<210>499

<211>74

<212>DNA

<213>解糖梭菌（Clostridium saccharolyticum）

<220>

<223>解糖梭菌（Clostridium saccharolyticum）样K10基因组草图，FP929037.1

<400>499

gctgctcgaa actttgcaca cctcttcgtg gtgagcagca ggcaacgatc ttatggtcgg60

ctaagaatgc agag74

<210>500

<211>75

<212>DNA

<213>不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）

<220>

<223>不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）DAOM 197198wjcf7180003189428，全基因组鸟枪序列，JEMT01023831.1

<400>500

cctgaacgaa gcttgccacc tctacgtggt gttcaggaga aacagttgta agttaataac60

tggccaagag caagc 75

<210>501

<211>74

<212>DNA

<213>佛罗里达弓背蚁（Camponotus floridanus）

<220>

<223>佛罗里达弓背蚁（Camponotus floridanus）CamFlo_1.0_4.contig2489，全基因组鸟枪序列，AEAB01026452.1

<400>501

gattttccat tatatgttta cctccacgcg gtgaaaatcg ggcaacgtca aataaattgg60

cggcaaaaga acgt74

<210>502

<211>72

<212>DNA

<213>美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）

<220>

<223>美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）MUT 4182未放置的基因组支架scaffold_124，全基因组鸟枪序列，KN823065.1

<400>502

ggggctcgat gatgcgcaca cctccccgtg gtgagccctg tcaacgtcgg caaggacggc60

caagatgcgc at72

<210>503

<211>72

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold26742，全基因组鸟枪序列，NNAY01026514.1

<400>503

gatgttttga ctcattcacc tccacgcggt aagtatcggg atacgttgta catcaacggc60

taagaaatga ga72

<210>504

<211>69

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>普氏粪杆菌（Faecalibacterium cf. prausnitzii）KLE1255 F_prausnitziiKLE1255.K95-1.0_Cont34.1，全基因组鸟枪序列，AECU01000025.1

<400>504

gctgtccgaa aatgctgcct ctacgtggcg gacggcaggc aacggagcgt gtctccggct60

aaagcatga69

<210>505

<211>73

<212>DNA

<213>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_contig0000132，LM398097.1

<400>505

gggcaacgta tactcataca cctccacgtg gtgcaccctg ggcaacgtat attcatatgg60

caaaaatgtc tat 73

<210>506

<211>75

<212>DNA

<213>梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223>梭菌目（Clostridiales）细菌41_21_two_genomes Ley3_66761_scaffold_672，全基因组鸟枪序列，MNRE01000164.1

<400>506

gctgtttgga taatcacaca ccgatgcgag gttagcagca ggcaacacag cggaagctat60

ggcgaagatg caatg 75

<210>507

<211>75

<212>DNA

<213>美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）

<220>

<223>美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）MUT 4182未放置的基因组支架scaffold_99，全基因组鸟枪序列，KN823040.1

<400>507

ggggttcgag ctgtacgcgt acctcctcgt ggtgaaccct gggcaacgct ctgacggagc60

ggctgaatcg cgtac 75

<210>508

<211>68

<212>DNA

<213>毕氏粗角猛蚁（Cerapachys biroi）

<220>

<223>毕氏粗角猛蚁（Cerapachys biroi）未放置的基因组支架scaffold278，全基因组鸟枪序列，KK107279.1

<400>508

aactctaaaa cgtccacctc cacgtggtta gagttgggca acgttaaaca ttaacggcta60

acggacga 68

<210>509

<211>69

<212>DNA

<213>梭状梭菌（Clostridium clostridioforme）

<220>

<223>梭状梭菌（Clostridium clostridioforme）CAG:132基因组支架，scf345，FR886101.1

<400>509

gccgcccata ggtgctgcct ctgcgtggcg ggtggcaggc aacggaggag ttctccggct60

aaagcactg69

<210>510

<211>78

<212>DNA

<213>肠道寄生线虫（Heligmosomoides polygyrus）

<220>

<223>肠道寄生线虫（Heligmosomoides polygyrus）基因组组装，支架：HPBE_contig0009563，LL216641.1

<400>510

gcttcccgat gacggtgcca cctccacgtg gtgggaagcg ggcaacgggt ttggattggc60

gcccggctaa gagcaccg78

<210>511

<211>77

<212>DNA

<213>丽蝇蛹集金小蜂（Nasonia vitripennis）

<220>

<223>丽蝇蛹集金小蜂（Nasonia vitripennis）未放置的基因组支架ChrUn_0243，全基因组鸟枪序列，GL341474.1

<400>511

gggttttcaa tgaacgttca ccttcacgtg gtgaaacccg ggcaacgtta cattcagcag60

cggctaagaa cgttcac 77

<210>512

<211>70

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）CAG:724基因组支架，scf297，HF994873.1

<400>512

gttacgcaag atcaaagcct cctcgcggcg cgtagcgggc aacgaatttt cattcggctg60

atttgatcga 70

<210>513

<211>79

<212>DNA

<213>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）

<220>

<223>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群15289，全基因组鸟枪序列，LKEX01015289.1

<400>513

agttttcgaa agtcgttcac ctcctcgtgg tgaaaactgg ataacgttta aataactgat60

aaacggcaaa gaaacgaca 79

<210>514

<211>72

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）18P13基因组草图，FP929052.1

<400>514

gccgcacaaa atcaaagcct ccacgtggcg tgcggcggac aacggatgat tgatccggct60

aagattgatt ga72

<210>515

<211>77

<212>DNA

<213>热带秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis tropicalis）

<220>

<223>热带秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis tropicalis）JU1373株系未放置的基因组支架Scaffold629，全基因组鸟枪序列，GL637601.1

<400>515

cttctacacg tacttcgcct ctccgtggcg tagaagaggc aacactcctg ggcaaccaga60

gtggctaaga agtacac 77

<210>516

<211>75

<212>DNA

<213>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_contig0006064，LM407409.1

<400>516

ggggtgctag atagacttac ctccacgcgg tgtaccctgg gcaacgtata ctcatcatac60

ggcaaataag tcaat 75

<210>517

<211>75

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>厌氧棍状菌属物种（Anaerotruncus sp.）CAG:390基因组支架，scf127，FR897605.1

<400>517

accgcacagg gtcaaagcct ccacgtggcg tgcggtgggc aacggacaac tcgctcgtcc60

ggctgatttg accat 75

<210>518

<211>70

<212>DNA

<213>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223>普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400>518

gccgctcaga tatgctacct ctccgtggtg agcagcaggc aacgagagtt ttctctcggc60

taaagcatat 70

<210>519

<211>75

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold35，全基因组鸟枪序列，NNAY01000035.1

<400>519

ggttctcttt catcgttcac ctccccgtgg tgagaaccgg gcaacacaac atttcagagt60

ggcaaagaaa cgatt 75

<210>520

<211>84

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold18563，全基因组鸟枪序列，NNAY01018372.1

<400>520

gattctcaaa agcgttcacc tcctcgtggt gagaatcggg caactctgat gtttacgaat60

aaatcagagg caaagaacgc gtga 84

<210>521

<211>82

<212>DNA

<213>格氏斯坦线虫（Steinernema glaseri）

<220>

<223>格氏斯坦线虫（Steinernema glaseri）NC株系未放置的基因组支架GLAS_3282，全基因组鸟枪序列，KN169778.1

<400>521

ggaagacgac gagctacacc tccacgtggt gtcttccggg caacgttagg gcttctgggt60

cctaacggca aagacagctc ta 82

<210>522

<211>83

<212>DNA

<213>有齿食道口线虫（Oesophagostomum dentatum）

<220>

<223>有齿食道口线虫（Oesophagostomum dentatum）株系OD-Hann O_dentatum-1.0_Cont728411.1，全基因组鸟枪序列，JOOK01112482.1

<400>522

ggtcctcata gctgccacct ccacgtggtg aggaccgggc aacgttggtg cttctggagc60

caccaacggc taaggcagcg tgg83

<210>523

<211>71

<212>DNA

<213>层出节水霉（Gonapodya prolifera）

<220>

<223>层出节水霉（Gonapodya prolifera）JEL478未放置的基因组支架M427scaffold_56，全基因组鸟枪序列，KQ965786.1

<400>523

ggagcgcgat ggcccgccca cctctacgtg gtgcgctcta gaaacaccag tttggtggct60

gagaggcggg c 71

<210>524

<211>71

<212>DNA

<213>层出节水霉（Gonapodya prolifera）

<220>

<223>层出节水霉（Gonapodya prolifera）JEL478未放置的基因组支架M427scaffold_140，全基因组鸟枪序列，KQ965870.1

<400>524

ggggtacacg gtgactgcct cctcgtggcg taccccgggc aacgttcgat tttcgaacgg60

ctgaagtcac c 71

<210>525

<211>74

<212>DNA

<213>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223>麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold15944，全基因组鸟枪序列，NNAY01015791.1

<400>525

gattctcaat gtttgctaac ctccacgtgg tgagaatcgg gcaacgttta tttataaacg60

gcaaagaggc aata74

<210>526

<211>82

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>梭菌属物种（Clostridium sp.）C105KSO13 分离株 C105KSO131基因组组装，FBWL01000170.1

<400>526

gctactcgga caaatcaaaa aattacacac ctcttcgtgg taagcagcag acaacgattt60

tatgatcggc gaagatgtga ga 82

<210>527

<211>77

<212>DNA

<213>梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223>梭菌目（Clostridiales）细菌41_21_two_genomes Ley3_66761_scaffold_1913，全基因组鸟枪序列，MNRE01000064.1

<400>527

gttgctcgaa tgcgaatgaa tcacacacct ctccgtggtg agcagcaggc aatgaagtta60

tatcataaaa tttttaa 77

<210>528

<211>76

<212>DNA

<213>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）

<220>

<223>costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群10795，全基因组鸟枪序列，LKEX01010795.1

<400>528

ggttatcgat aagcgtccac ctcctcgcgg tgataaccgg gcaacgttga attcatcagc60

ggcaaaggac gtctaa76

<210>529

<211>74

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）CAG:353基因组支架，scf176，FR901357.1

<400>529

gctgctcgaa aaatgcacac cgctacgagg tgagcagcag acaacacagc agagactgtg60

gctaagaggc aaga74

<210>530

<211>72

<212>DNA

<213>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223>短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_scaffold0000733，LM398231.1

<400>530

ggggtgtgag acagacttac ctcaacgtgg tacaccccag gcaacgtata tttatgcggc60

aaaaaagttt at72

<210>531

<211>75

<212>DNA

<213>布氏秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis brenneri）

<220>

<223>布氏秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis brenneri）株系PB2801 C_brenneri-6.0.1_Cont82.14，全基因组鸟枪序列，ABEG02002846.1

<400>531

cttcttcgac ggtactaacc tctacgcggt gaagaagaga caacagtttc tgatgaaact60

ggctaataag tacca 75

<210>532

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_007529，BAAZ01007529.1

<400>532

gctactcaaa aaaagacagc ctccacgcgg cgagcagcgg gcaacgggaa agacccggca60

gatagtcttt a 71

<210>533

<211>80

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig04278，全基因组鸟枪序列，ADJT01005907.1

<400>533

tccgctcgaa actttgcaca cctctacgcg gtgggcggca ggcaacacag tgtgtagatg60

ctgtggcaaa gaatgcaaga80

<210>534

<211>76

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）5_1_39B_FAA cont1.60，全基因组鸟枪序列，ACII01000060.1

<400>534

gctgctcaga aatgcacact gcgactggtg agcagtaggt gatgtttatc aaaggataag60

cggctaagat gtagaa76

<210>535

<211>75

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1577600，全基因组鸟枪序列，AACY021109846.1

<400>535

gggggacgaa gtcgaactga acacctccat cgtggtgtcc cccgggcaac gcttgcaaaa60

gcggctaacg ttcag 75

<210>536

<211>89

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-V_032439，BAAX01032439.1

<400>536

gctgctcgta ataatcacac acctctccgt ggtgagcagc aggcaacgat ttaagaatgt60

atggttcgat gatcggcgaa gatgtgcga89

<210>537

<211>71

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_004974，BAAZ01004974.1

<400>537

actgcacaaa accaacagcc ttcacgcggc gtgcagtgag caacgtatag ttttatacgg60

ccaatgttga a 71

<210>538

<211>76

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-W_003903，BAAY01003903.1

<400>538

gccgctttat attttgtaca cctctacgtg gtaagcggca ggcaacgttt attttataga60

cggctaagat gcaaaa76

<210>539

<211>89

<212>DNA

<213>陪伴粪球菌（Coprococcus comes）

<220>

<223>陪伴粪球菌（Coprococcus comes）ATCC 27758 C_comes-1.0.1_Cont1600，全基因组鸟枪序列，ABVR01000037.1

<400>539

gctgctcgaa tgaatcacac acctctttgt ggtgagtagc aggcaacgat ctaagaatca60

gggatccggt gatcggctga gatgtgaag89

<210>540

<211>78

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>海洋宏基因组1095527145240，全基因组鸟枪序列，AACY021449234.1

<400>540

atctcacaac gttaatcgcc tcctcgtggc gtgagatgga aacagcatat ttgcaaatat60

gttggctaag attaacag78

<210>541

<211>45

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold1749_15，全基因组鸟枪序列，AMPZ01025371.1

<400>541

tcccggctga cgagtctcaa acagaacgta atgcgcgtcc tggat45

<210>542

<211>49

<212>DNA

<213>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_contig0008514，LM184686.1

<400>542

atccatctga tgaatcctaa aataggacga aacatgcgtc aaactggat49

<210>543

<211>45

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000569，LL877594.1

<400>543

atccaactga tgtgtcttag gtaaaacgaa acacgcgtcc tggat45

<210>544

<211>45

<212>DNA

<213>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0001340，LM066427.1

<400>544

accctaatga aaagtgccaa atagtacgaa acttaagtct agggt45

<210>545

<211>216

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold839_8，全基因组鸟枪序列，AMPZ01016641.1

<400>545

attcagctga cgagtcccaa tgtcgtgttt gaatgaacaa atgattcctt tgtacttgtt60

gaatgcttga tttcgaattc taaatacagt acattcgctt gtgcttatct actacttctt 120

gatccaatta cgttatttct ggaattctta gttcatacta taactcaaag actcctaatt 180

atcacacccg agtaggatga aacgcgcgtc ctgaat 216

<210>546

<211>68

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0004017，LL960995.1

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(33)..(55)

<223>n是a、c、g、或t

<400>546

atccagctga cgagtcccga ataggacaaa acnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnngagcg60

ttctggat 68

<210>547

<211>45

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0005707，LL962685.1

<400>547

atccagacga cgagtccaag acaggaccaa acgcgctttt tgtat45

<210>548

<211>45

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002741，LL959719.1

<400>548

acccagatga tgagtctcac ataaaacgaa acgtacgtct tagat45

<210>549

<211>49

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0001662，LL001662.1

<400>549

atccagatga cgagtcccag gtcgaacgaa atgcgcatcc tggctggat49

<210>550

<211>46

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold572_14，全基因组鸟枪序列，AMPZ01012007.1

<400>550

attctactga cgagtcccaa acaggacgag atggatttta tagaat 46

<210>551

<211>48

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0038465，LL038740.1

<400>551

atccggatga cgagtccaaa atagggtgaa atacgcgtaa tcctggat 48

<210>552

<211>45

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold265_6，全基因组鸟枪序列，AMPZ01005699.1

<400>552

accttgcgga cgagtaccaa atagcacgaa acccgggtcc agggt45

<210>553

<211>45

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0003196，LL960174.1

<400>553

atccatctga cgagccctaa atggggcgaa atgcacatcc tgcac45

<210>554

<211>46

<212>DNA

<213>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体1，完整基因组，HE601624.1

<400>554

atccagccga agagttcaaa atttagacga aatgtgcgtc caggat 46

<210>555

<211>45

<212>DNA

<213>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体4，完整基因组，HE601627.1

<400>555

gtccagccga tgagttcgaa ataggatgaa acgcacgtcc tgaat45

<210>556

<211>45

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0001143，LL878569.1

<400>556

attcaactga tgggttcaaa ataggacgga gctcgcgtcc tgaat45

<210>557

<211>48

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000066，LL877199.1

<400>557

atctagctga cgtgtctcaa atagggtgaa acgcgcatca aactggat 48

<210>558

<211>46

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0007499，LL964478.1

<400>558

gtcttgctga ggagtcccac aattggacaa aacgatcgtc cagtac 46

<210>559

<211>45

<212>DNA

<213>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_scaffold0000113，LM149431.1

<400>559

atccagacga tgagtcgcaa tcaggacaaa acgcgtgtcc tgcat45

<210>560

<211>314

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002417，LL959395.1

<400>560

tcactgctga ggagtcccac aacagggtga aacgaccatc cagtgctttc aggttctcca60

tagtggtcca gcttcaatcg actcatgatt tcaactgtta aaatactaaa tctccacaaa 120

aacccttctg ataattcata atagatcaga ggggggtttg tggagaattt agtattttaa 180

cagttgaaat catgagtcga ttgaagctag accatcattg aaaacctgaa agcactggac 240

ggccatttcg ttctattatg ggaatcctca gcagtgcgca tccataataa taggacgaaa 300

cggccgtcca gtgc 314

<210>561

<211>45

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000011，LL876856.1

<400>561

attcagctga cgagtgttga ataagacgga acgtgcatcc tgaat45

<210>562

<211>51

<212>DNA

<213>卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）

<220>

<223> 卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）埃及株系基因组组装，支架：ECPE_scaffold0005374, LL238470.1

<400>562

gcactgctga cgagtcccag acaggacgaa acaacaacaa ctgtccagtg c 51

<210>563

<211>45

<212>DNA

<213>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_contig0027497，LM120165.1

<400>563

accttggtga cgagtgtcaa ataggacgaa acttaggtcc atgat45

<210>564

<211>46

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0038963，LL039251.1

<400>564

gtatcaccga agagtcccaa actaggacga aacagcagtc taatac 46

<210>565

<211>45

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0000311，LL957289.1

<400>565

attcaactaa tgaatcccaa gtagaacgaa acgtacgtcc tgaat45

<210>566

<211>141

<212>DNA

<213>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223>羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_scaffold0017800，LM169888.1

<400>566

attcagctga cgagtcccac ttagctattg agtcctgata attacttgct tgtgcaattt60

ctgaagagaa catcaactct gggatgtagg cacatcctgc tgatgggtcg caaataggac 120

gaaacgcgcg tcaaaccgga t 141

<210>567

<211>45

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000349，LL878022.1

<400>567

atctatctga caagtcctaa ataggactaa acgtgcgttc tgaat45

<210>568

<211>46

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0003993，LL003993.1

<400>568

gcaccgatga agagtcctaa aataggacga aacggctgtc tggcgc 46

<210>569

<211>45

<212>DNA

<213>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0002666，LM067904.1

<400>569

acctagccga cgagtctgaa ataggacaaa acgtgtgtcc ttgat45

<210>570

<211>46

<212>DNA

<213>双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223>双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold16004_contig_23，全基因组鸟枪序列，LGKD01170204.1

<400>570

ttctggctga cgaaacacaa caggtcgaaa caccggtgtc ccagaa 46

<210>571

<211>45

<212>DNA

<213>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体7，完整基因组，HE601630.1

<400>571

atttagctga tgtatcccaa acaaaacgaa acacacgtca tgaat45

<210>572

<211>45

<212>DNA

<213>麝猫后睾吸虫（Opisthorchis viverrini）

<220>

<223>麝猫后睾吸虫（Opisthorchis viverrini）opera_v5_148.27，全基因组鸟枪序列，JACJ01014299.1

<400>572

gcactgctga tgagctctaa ttagagcgaa actcgagtcc agtgc45

<210>573

<211>45

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold104_9，全基因组鸟枪序列，AMPZ01005908.1

<400>573

attcaactga taagtcccaa acaggatgaa ataagcatct tgaat45

<210>574

<211>49

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold15_47，全基因组鸟枪序列，AMPZ01001461.1

<400>574

gcattgctga ggagtcccac aataagacga aacgtccgtc aaacaatac49

<210>575

<211>214

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold555_12，全基因组鸟枪序列，AMPZ01011692.1

<400>575

attgctgagg agtcccatac tagtatttta gtattttaga ttgaataaaa cttcataaac60

aaagatggat agtggctagc agtggaatcc aggacacgcg tttcgtccta tttgtgactc 120

gttagctaga tggtcctgca tttcagagtt gatgttcact ctaggactcg aacccagtac 180

cgttcgctac aaggacgaaa cgcgcgtcct gaat 214

<210>576

<211>46

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000277，LL877183.1

<400>576

gcactactga ggagtcccag aacaaaagga aacggccgtc tagtgt 46

<210>577

<211>46

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold631_7，全基因组鸟枪序列，AMPZ01013432.1

<400>577

acactgctga agagtcctac aatgggacga aacagccgtc tggtat 46

<210>578

<211>45

<212>DNA

<213>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223>埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold313_14，全基因组鸟枪序列，AMPZ01007250.1

<400>578

atccaactga caaatcccaa acaggatgaa acgcacgtcc tctat45

<210>579

<211>45

<212>DNA

<213>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223>罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0000033，LL957011.1

<400>579

atccaactga tgagtgtcaa ataggacaaa actctagttc tgtat45

<210>580

<211>46

<212>DNA

<213>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223>柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0004111，LM069637.1

<400>580

gtattgttga ggagtcgcat accagggcga aacggccgtc caatac 46

<210>581

<211>45

<212>DNA

<213>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223>马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000159，LL877504.1

<400>581

atccgtctga caagtcctag atagaacgag acgcgcgtct tggat45

<210>582

<211>55

<212>DNA

<213>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223>曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体W，完整基因组，HE601631.1

<400>582

atccaactga tgagtcccaa atagaaccaa ataggacgaa atgcatgtcc tggat 55

<210>583

<211>108

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0029912，LL030011.1

<220>

<221>尚未归类的特征

<222>(21)..(85)

<223>n是a、c、g、或t

<400>583

atccagctga tgagtcccaa nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn60

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnaggac gaaatgtgca tcttggat108

<210>584

<211>46

<212>DNA

<213>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223>毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0035981，LL036185.1

<400>584

atcgaaatga cgagtcccaa atggaacgaa acccgtgtct tttgat 46

<210>585

<211>151

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000382，BAAZ01000382.1

<400>585

aattcattcg caaagtaatt attctatgaa atgcaaatta tcttcatatg ttgtgaaaca60

tagcttaacc acgttaaagt ataataatat aagttaggta tgcccttata aagacttagg 120

tagcgctaag gactatatta ttatacttct t151

<210>586

<211>484

<212>PRT

<213>耐超高温热棒菌（Pyrobaculum aerophilum）

<400>586

Met Arg Asn Ile Pro Ile Asn Lys Ile Asn Asp Tyr Val Trp Glu Ile

1 5 1015

Pro Pro Gly Val Lys Pro Cys Gln Lys Val Pro Val Arg Ile Tyr Ala

202530

Asp Ser Val Leu Leu Glu Lys Met Lys Ser Asp Met Thr Leu Glu Gln

354045

Gly Ile Asn Val Gly Cys Leu Pro Gly Ile Tyr Arg Trp Ser Ile Val

505560

Leu Pro Asp Ala His Gln Gly Tyr Gly Phe Pro Ile Gly Gly Val Ala

65707580

Ala Ile Asp Ala Glu Glu Gly Val Ile Ser Pro Gly Gly Ile Gly Tyr

859095

Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Val Leu Arg Thr Asn Leu Thr Glu Glu

100 105 110

Asp Val Arg Pro Lys Leu Lys Glu Leu Val Asp Thr Ile Phe Arg Leu

115 120 125

Val Pro Pro Gly Val Gly Gly Thr Gly His Leu Arg Leu Ser Pro Ser

130 135 140

Glu Phe Glu Arg Val Leu Ala Glu Gly Val Glu Trp Ala Val Gln Lys

145 150 155 160

Gly Tyr Gly Trp Ala Glu Asp Met Glu Tyr Ile Glu Glu Arg Gly Ser

165 170 175

Trp Lys Leu Ala Asp Pro Ser Lys Val Ser Glu Lys Ala Lys Ala Arg

180 185 190

Gly Arg Asp Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ser Gly Asn His Phe Leu Glu

195 200 205

Ile Gln Val Val Asp Lys Ile Tyr Asp Glu Lys Ile Ala Lys Leu Phe

210 215 220

Gly Ile Glu Arg Glu Gly Gln Val Val Val Met Ile His Thr Gly Ser

225 230 235 240

Arg Gly Phe Gly His Gln Val Ala Thr Asp Tyr Leu Leu Ile Met Glu

245 250 255

Arg Lys Met Arg Gln Trp Gly Leu Asn Leu Pro Asp Arg Glu Leu Ala

260 265 270

Ala Ala Pro Leu Lys Asp Lys Val Ala Glu Asp Tyr Ile Lys Ala Met

275 280 285

Ala Ser Ala Ala Asn Phe Ala Trp Thr Asn Arg His Ile Ile Met His

290 295 300

Trp Val Arg Glu Ala Phe Lys Lys Val Phe Gly Ser Ile Glu Lys Val

305 310 315 320

Gly Leu Glu Val Val Tyr Asp Val Ala His Asn Ile Ala Lys Leu Glu

325 330 335

Glu His Val Val Asp Glu Lys Gly Thr Val Arg Lys Val Trp Val His

340 345 350

Arg Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro Gly Arg Ser Glu Ile Pro

355 360 365

Ala Lys Tyr Arg Glu Val Gly Gln Pro Val Leu Ile Pro Gly Ser Met

370 375 380

Gly Thr Ala Ser Trp Ile Leu Val Gly Thr His Asp Ala Met Arg Leu

385 390 395 400

Thr Phe Gly Thr Ala Pro His Gly Ala Gly Arg Val Leu Ser Arg Glu

405 410 415

Ala Ala Ile Arg Met Tyr Pro Pro His Lys Val Gln Glu Glu Met Ala

420 425 430

Lys Arg Gly Ile Ile Val Arg Ser Ala Glu Thr Glu Val Ile Ser Glu

435 440 445

Glu Ala Pro Trp Ala Tyr Lys Asp Val Asp Arg Val Val Glu Ala Ala

450 455 460

His Gln Val Gly Phe Ala Lys Lys Val Val Arg Gln Arg Pro Ile Gly

465 470 475 480

Val Val Lys Gly

<210>587

<211>482

<212>PRT

<213>嗜酸热硫化叶菌（Sulfolobus acidocaldarius）

<400>587

Met Gln Thr Gln Ile Lys Arg Ile Gly Asn Tyr Glu Trp Arg Ile Glu

1 5 1015

Lys Gly Ala Gln Glu Cys Met Lys Val Pro Val Thr Val Phe Ala Asp

202530

Asp Val Leu Ile Asp Lys Met Lys Gln Asp Leu Thr Leu Arg Gln Ala

354045

Thr Asn Val Ser Cys Leu Gln Gly Val Gln Glu Ser Val Tyr Val Leu

505560

Pro Asp Gly His Gln Gly Tyr Gly Phe Pro Ile Gly Gly Ile Ala Ala

65707580

Ser Ala Ile Asp Glu Glu Gly Val Val Ser Pro Gly Gly Ile Gly Tyr

859095

Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Leu Leu Arg Thr Asn Leu Asp Tyr Lys

100 105 110

Asp Val Lys Asp Lys Leu Lys Asp Leu Val Glu Glu Ile Tyr Arg Asn

115 120 125

Val Pro Ser Gly Val Gly Ser Glu Gly Arg Val Lys Leu Ser Tyr Gln

130 135 140

Gln Leu Asp Asn Val Leu Ser Glu Gly Val Lys Trp Ala Val Asp Asn

145 150 155 160

Gly Tyr Gly Trp Asn Arg Asp Met Glu His Ile Glu Gln Ser Gly Ser

165 170 175

Trp Asn Leu Ala Asp Pro Ser Lys Val Ser Pro Ile Ala Lys Gln Arg

180 185 190

Gly His Thr Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ala Gly Asn His Phe Leu Glu

195 200 205

Ile Gln Val Val Asp Lys Ile Tyr Asp Glu Lys Val Ala Lys Ala Ile

210 215 220

Gly Ile Thr His Glu Gly Gln Ile Thr Val Met Val His Thr Gly Ser

225 230 235 240

Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Ser Asp Tyr Leu Gln Val Met Glu

245 250 255

Arg Ala Met Lys Lys Tyr Asn Ile Lys Val Pro Asp Arg Glu Leu Ala

260 265 270

Ala Ile Pro Phe Asn Thr Arg Glu Ala Gln Asp Tyr Ile His Ala Met

275 280 285

Ser Ser Ala Ala Asn Phe Ala Trp Thr Asn Arg Gln Met Ile Thr His

290 295 300

Trp Ala Arg Glu Ser Phe Gly Arg Val Tyr Arg Ile Asp Pro Glu Lys

305 310 315 320

Leu Asp Leu Asn Ile Val Tyr Asp Val Ala His Asn Ile Ala Lys Ile

325 330 335

Glu Glu Tyr Asp Ile Asp Gly Lys Arg Lys Lys Val Leu Val His Arg

340 345 350

Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro Gly Ser Thr Glu Ile Pro Ala

355 360 365

Asp His Arg Asn Val Gly Gln Ile Val Leu Ile Pro Gly Ser Met Gly

370 375 380

Thr Ala Ser Tyr Ile Met Ala Gly Ile Pro Glu Gly Arg Arg Thr Trp

385 390 395 400

Phe Thr Ala Pro His Gly Ala Gly Arg Trp Met Ser Arg Glu Ala Ala

405 410 415

Val Arg Ser Tyr Pro Val Asn Ser Val Val Gln Asn Leu Glu Glu Lys

420 425 430

Gly Ile Ile Val Arg Ala Ala Thr Lys Arg Val Val Ala Glu Glu Ala

435 440 445

Pro Gly Ala Tyr Lys Asp Val Asp Arg Val Ala Lys Val Ala His Glu

450 455 460

Val Lys Ile Ala Lys Leu Val Ala Arg Leu Lys Pro Ile Gly Val Thr

465 470 475 480

Lys Gly

<210>588

<211>970

<212>PRT

<213>激烈火球菌（Pyrococcus furiosus）

<400>588

Met Ile Ile Leu Arg Val Val Asn Val Ala Val Pro Leu Lys Arg Ile

1 5 1015

Asp Lys Ile Arg Trp Glu Ile Pro Lys Phe Asp Lys Arg Met Lys Val

202530

Pro Gly Arg Val Tyr Ala Asp Asp Val Leu Ile Glu Lys Met Arg Gln

354045

Asp Arg Thr Leu Glu Gln Ala Ala Asn Val Ala Met Leu Pro Gly Ile

505560

Tyr Lys Tyr Ser Ile Val Met Pro Asp Gly His Gln Gly Tyr Gly Phe

65707580

Pro Ile Gly Gly Val Ala Ala Phe Asp Ile Lys Glu Gly Val Ile Ser

859095

Pro Gly Gly Ile Gly Tyr Asp Ile Asn Cys Leu Ala Pro Gly Thr Lys

100 105 110

Val Leu Thr Glu His Gly Tyr Trp Leu Lys Ile Glu Glu Met Pro Glu

115 120 125

Lys Phe Lys Leu Gln Arg Leu Arg Leu Tyr Asn Ile Glu Glu Gly His

130 135 140

Asn Asp Phe Ser Arg Val Ala Phe Val Ala Glu Arg Asn Ile Glu Lys

145 150 155 160

Asp Glu Thr Ala Ile Arg Ile Val Thr Glu Thr Gly Thr Leu Ile Glu

165 170 175

Gly Ser Glu Asp His Pro Val Leu Thr Pro Gln Gly Tyr Val Tyr Leu

180 185 190

Lys Asn Ile Lys Glu Gly Asp Tyr Val Ile Val Tyr Pro Phe Glu Gly

195 200 205

Val Pro Tyr Glu Glu Lys Lys Gly Ile Ile Ile Asp Glu Ser Ala Phe

210 215 220

Glu Gly Glu Asp Pro Gln Val Ile Lys Phe Leu Lys Glu Arg Asn Leu

225 230 235 240

Leu Pro Leu Arg Trp Glu Asp Pro Lys Ile Gly Thr Leu Ala Arg Ile

245 250 255

Leu Gly Phe Ala Leu Gly Asp Gly His Leu Gly Glu Met Gly Gly Arg

260 265 270

Leu Val Leu Ala Phe Tyr Gly Arg Glu Glu Thr Leu Arg Glu Leu Lys

275 280 285

Lys Asp Leu Glu Ser Leu Gly Ile Lys Ala Asn Leu Tyr Val Arg Glu

290 295 300

Lys Asn Tyr Arg Ile Lys Thr Glu Ser Gly Glu Tyr Ser Gly Lys Thr

305 310 315 320

Val Leu Ala Glu Leu Arg Val Ser Ser Arg Ser Phe Ala Leu Leu Leu

325 330 335

Glu Lys Leu Gly Met Pro Arg Gly Glu Lys Thr Lys Lys Ala Tyr Arg

340 345 350

Ile Pro Val Trp Ile Met Glu Ala Pro Leu Trp Val Lys Arg Asn Phe

355 360 365

Leu Ala Gly Phe Phe Gly Ala Asp Gly Ser Ile Val Glu Phe Lys Gly

370 375 380

Thr Thr Pro Leu Pro Ile His Leu Thr Gln Ala Lys Asp Val Ala Leu

385 390 395 400

Glu Glu Asn Leu Lys Glu Phe Leu Tyr Asp Ile Ser Arg Ile Leu Glu

405 410 415

Glu Phe Gly Val Lys Thr Thr Ile Tyr Lys Val Asn Ser Lys Lys Ser

420 425 430

Val Thr Tyr Arg Leu Ser Ile Val Gly Glu Glu Asn Ile Arg Asn Phe

435 440 445

Leu Gly Lys Ile Asn Tyr Glu Tyr Asp Pro Lys Lys Lys Ala Lys Gly

450 455 460

Leu Ile Ala Tyr Ala Tyr Leu Lys Phe Lys Glu Ser Val Lys Lys Glu

465 470 475 480

Arg Arg Lys Ala Met Glu Ile Ser Lys Lys Ile Tyr Glu Glu Thr Gly

485 490 495

Asn Ile Asp Arg Ala Tyr Lys Ala Val Lys Asp Ile Val Asn Arg Arg

500 505 510

Phe Val Glu Arg Thr Ile Tyr Glu Gly Glu Arg Asn Pro Arg Val Pro

515 520 525

Lys Asn Phe Leu Thr Phe Glu Glu Phe Ala Lys Glu Arg Gly Tyr Glu

530 535 540

Gly Gly Phe Val Ala Glu Lys Val Val Lys Val Glu Arg Ile Lys Pro

545 550 555 560

Glu Tyr Asp Arg Phe Tyr Asp Ile Gly Val Tyr His Glu Ala His Asn

565 570 575

Phe Ile Ala Asn Gly Ile Val Val His Asn Cys Gly Val Arg Leu Ile

580 585 590

Arg Thr Asn Leu Thr Glu Lys Asp Val Arg Pro Lys Ile Lys Gln Leu

595 600 605

Val Asp Thr Leu Phe Lys Asn Val Pro Ser Gly Val Gly Ser Gln Gly

610 615 620

Lys Val Arg Leu His Trp Thr Gln Ile Asp Asp Val Leu Val Asp Gly

625 630 635 640

Ala Lys Trp Ala Val Asp Gln Gly Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Leu Glu

645 650 655

Arg Leu Glu Glu Gly Gly Arg Met Glu Gly Ala Asp Pro Asp Ala Val

660 665 670

Ser Gln Arg Ala Lys Gln Arg Gly Ala Pro Gln Leu Gly Ser Leu Gly

675 680 685

Ser Gly Asn His Phe Leu Glu Val Gln Val Val Asp Lys Ile Phe Asp

690 695 700

Glu Glu Ile Ala Lys Ala Tyr Gly Leu Phe Glu Gly Gln Val Val Val

705 710 715 720

Met Val His Thr Gly Ser Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Ser Asp

725 730 735

Tyr Leu Arg Ile Met Glu Arg Ala Ile Arg Lys Tyr Gly Ile Pro Trp

740 745 750

Pro Asp Arg Glu Leu Val Ser Val Pro Phe Gln Ser Glu Glu Gly Gln

755 760 765

Arg Tyr Phe Ser Ala Met Lys Ala Ala Ala Asn Phe Ala Trp Ala Asn

770 775 780

Arg Gln Met Ile Thr His Trp Val Arg Glu Ser Phe Gln Glu Val Phe

785 790 795 800

Arg Gln Asp Pro Glu Gly Asp Leu Gly Met Glu Ile Val Tyr Asp Val

805 810 815

Ala His Asn Ile Gly Lys Val Glu Glu His Glu Val Asp Gly Lys Lys

820 825 830

Val Lys Val Ile Val His Arg Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro

835 840 845

Gly His Glu Ala Ile Pro Lys Ile Tyr Arg Asp Val Gly Gln Pro Val

850 855 860

Leu Ile Pro Gly Ser Met Gly Thr Ala Ser Tyr Val Leu Ala Gly Thr

865 870 875 880

Glu Gly Ala Met Ala Glu Thr Phe Gly Ser Thr Cys His Gly Ala Gly

885 890 895

Arg Val Leu Ser Arg Ala Ala Ala Thr Arg Gln Tyr Arg Gly Asp Arg

900 905 910

Ile Arg Asp Glu Leu Leu Arg Arg Gly Ile Tyr Val Arg Ala Ala Ser

915 920 925

Met Arg Val Val Ala Glu Glu Ala Pro Gly Ala Tyr Lys Asn Val Asp

930 935 940

Asn Val Val Lys Val Val Ser Glu Ala Gly Ile Ala Lys Leu Val Ala

945 950 955 960

Arg Met Arg Pro Ile Gly Val Ala Lys Gly

965 970

<210>589

<211>444

<212>PRT

<213>蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）

<400>589

Met Asn Val Lys Leu Leu Met Asp Glu Ser Thr Lys Glu Leu Ser Ile

1 5 1015

Tyr Leu Lys Gly Ile Glu Glu Phe Leu Asn Asn Phe Ser Glu Met Lys

202530

His Ile Lys Lys Pro Ile Asn Ile Phe Pro Asp Ala Tyr Ile Lys Arg

354045

Trp Gly Phe Pro Ser Gly Ile Thr Ile Ile Ser Glu Glu Asp Gly Leu

505560

Val Phe Pro Ala Ala Ala Pro Asp Leu Gly Cys Gly Phe Arg Ile Ile

65707580

Lys Thr Asn Leu Asp Ile His Thr Phe Asn Asp Asp Leu Ala Lys Glu

859095

Ile Leu Ile Gln Leu Glu Asp Met Ala Gly Val Asp Ser Lys Ile Arg

100 105 110

Met Lys Lys Val Ala Asn Leu Asp Lys Glu Arg Ile Phe Ser Gln Gly

115 120 125

Val Leu Tyr Leu Leu Glu Met Gly Ile Gly Ser Gln Glu Asp Leu Glu

130 135 140

Lys Ile Gln Gly Ile Ser Thr Asn Lys Ser Lys Lys Leu His Ile Ser

145 150 155 160

Glu Lys Asp Lys Asp Leu Leu Ile Glu Asn Phe Gly Ile Cys Ala Gly

165 170 175

His Phe Leu Glu Val Arg Tyr Val Thr Asp Ile Phe Asn Lys Thr Val

180 185 190

Gly Ser Lys Leu Asn Leu Ser Val Gly Gln Ile Ile Ile Ile Ile His

195 200 205

Ser Ser Ser Tyr Val Gly Lys Glu Ile Ile Leu Glu Asn Tyr Tyr Arg

210 215 220

Pro Ala Ile Glu Phe Met Leu Ser Lys Lys Leu Val Ser Asn Glu Gln

225 230 235 240

Leu Asn Arg Gly Ile Phe Gly Leu Pro Ile Lys Ser Glu Leu Gly Lys

245 250 255

Ala Tyr Ile Glu Ala Ser Asn Ala Leu Val Glu Tyr Ser Tyr Ala Ser

260 265 270

Arg His Phe Ala Gln Tyr Leu Val Asn Glu Val Leu Asn Asn Val Phe

275 280 285

Gly Asp Lys Val Glu Phe Glu Leu Ile Ser Asp Ile Cys His Ser Lys

290 295 300

Ile Glu Tyr Leu Asp Asn Gly Asp Val Leu His Gly Arg Gly Val Gln

305 310 315 320

Lys Ile Tyr Pro Ile Gly His Ala Asn Thr Leu Pro Tyr Tyr Ser Asp

325 330 335

Thr Gly Asp Val Ala Leu Leu Ala Gly Gln Lys Gly Thr Glu Ser His

340 345 350

Leu Ile Ile Pro Thr Ser Gln Ile Lys Glu Thr Ser Tyr Leu Cys Ser

355 360 365

His Gly Thr Gly Glu Phe Leu Val Glu Lys Asp Val His Asp Val Pro

370 375 380

Val Ser Val Arg Lys Glu Leu Glu Leu Cys Ser Phe Asp Thr Gln Tyr

385 390 395 400

Asp Glu Leu Asp Glu Phe Thr Leu Asp Tyr Phe Asn Thr Lys Met Cys

405 410 415

Leu Lys Glu Leu Glu Glu Asn Gln Lys Ile Ile Asn Lys Val Cys Arg

420 425 430

Leu Ala Pro Leu Ile Asn Tyr Trp Gly Asp Lys Glu

435 440

<210>590

<211>408

<212>PRT

<213>大肠杆菌（Escherichia coli）

<400>590

Met Asn Tyr Glu Leu Leu Thr Thr Glu Asn Ala Pro Val Lys Met Trp

1 5 1015

Thr Lys Gly Val Pro Val Glu Ala Asp Ala Arg Gln Gln Leu Ile Asn

202530

Thr Ala Lys Met Pro Phe Ile Phe Lys His Ile Ala Val Met Pro Asp

354045

Val His Leu Gly Lys Gly Ser Thr Ile Gly Ser Val Ile Pro Thr Lys

505560

Gly Ala Ile Ile Pro Ala Ala Val Gly Val Asp Ile Gly Cys Gly Met

65707580

Asn Ala Leu Arg Thr Ala Leu Thr Ala Glu Asp Leu Pro Glu Asn Leu

859095

Ala Glu Leu Arg Gln Ala Ile Glu Thr Ala Val Pro His Gly Arg Thr

100 105 110

Thr Gly Arg Cys Lys Arg Asp Lys Gly Ala Trp Glu Asn Pro Pro Val

115 120 125

Asn Val Asp Ala Lys Trp Ala Glu Leu Glu Ala Gly Tyr Gln Trp Leu

130 135 140

Thr Gln Lys Tyr Pro Arg Phe Leu Asn Thr Asn Asn Tyr Lys His Leu

145 150 155 160

Gly Thr Leu Gly Thr Gly Asn His Phe Ile Glu Ile Cys Leu Asp Glu

165 170 175

Ser Asp Gln Val Trp Ile Met Leu His Ser Gly Ser Arg Gly Ile Gly

180 185 190

Asn Ala Ile Gly Thr Tyr Phe Ile Asp Leu Ala Gln Lys Glu Met Gln

195 200 205

Glu Thr Leu Glu Thr Leu Pro Ser Arg Asp Leu Ala Tyr Phe Met Glu

210 215 220

Gly Thr Glu Tyr Phe Asp Asp Tyr Leu Lys Ala Val Ala Trp Ala Gln

225 230 235 240

Leu Phe Ala Ser Leu Asn Arg Asp Ala Met Met Glu Asn Val Val Thr

245 250 255

Ala Leu Gln Ser Ile Thr Gln Lys Thr Val Arg Gln Pro Gln Thr Leu

260 265 270

Ala Met Glu Glu Ile Asn Cys His His Asn Tyr Val Gln Lys Glu Gln

275 280 285

His Phe Gly Glu Glu Ile Tyr Val Thr Arg Lys Gly Ala Val Ser Ala

290 295 300

Arg Ala Gly Gln Tyr Gly Ile Ile Pro Gly Ser Met Gly Ala Lys Ser

305 310 315 320

Phe Ile Val Arg Gly Leu Gly Asn Glu Glu Ser Phe Cys Ser Cys Ser

325 330 335

His Gly Ala Gly Arg Val Met Ser Arg Thr Lys Ala Lys Lys Leu Phe

340 345 350

Ser Val Glu Asp Gln Ile Arg Ala Thr Ala His Val Glu Cys Arg Lys

355 360 365

Asp Ala Glu Val Ile Asp Glu Ile Pro Met Ala Tyr Lys Asp Ile Asp

370 375 380

Ala Val Met Ala Ala Gln Ser Asp Leu Val Glu Val Ile Tyr Thr Leu

385 390 395 400

Arg Gln Val Val Cys Val Lys Gly

405

<210>591

<211>505

<212>PRT

<213>秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）

<400>591

Met Pro Arg Thr Phe Glu Glu Glu Cys Asp Phe Ile Asp Arg Leu Thr

1 5 1015

Asp Thr Lys Phe Arg Ile Lys Lys Gly Phe Val Pro Asn Met Asn Val

202530

Glu Gly Arg Phe Tyr Val Asn Asn Ser Leu Glu Gln Leu Met Phe Asp

354045

Glu Leu Lys Phe Ser Cys Asp Gly Gln Gly Ile Gly Gly Phe Leu Pro

505560

Ala Val Arg Gln Ile Ala Asn Val Ala Ser Leu Pro Gly Ile Val Gly

65707580

His Ser Ile Gly Leu Pro Asp Ile His Ser Gly Tyr Gly Phe Ser Ile

859095

Gly Asn Ile Ala Ala Phe Asp Val Gly Asn Pro Glu Ser Val Ile Ser

100 105 110

Pro Gly Gly Val Gly Phe Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Leu Leu Arg

115 120 125

Thr Asn Leu Phe Glu Glu Asn Val Lys Pro Leu Lys Glu Gln Leu Thr

130 135 140

Gln Ser Leu Phe Asp His Ile Pro Val Gly Val Gly Ser Arg Gly Ala

145 150 155 160

Ile Pro Met Leu Ala Ser Asp Leu Val Glu Cys Leu Glu Met Gly Met

165 170 175

Asp Trp Thr Leu Arg Glu Gly Tyr Ser Trp Ala Glu Asp Lys Glu His

180 185 190

Cys Glu Glu Tyr Gly Arg Met Leu Gln Ala Asp Ala Ser Lys Val Ser

195 200 205

Leu Arg Ala Lys Lys Arg Gly Leu Pro Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ala

210 215 220

Gly Asn His Tyr Ala Glu Val Gln Val Val Asp Glu Ile Tyr Asp Lys

225 230 235 240

His Ala Ala Ser Thr Met Gly Ile Asp Glu Glu Gly Gln Val Val Val

245 250 255

Met Leu His Cys Gly Ser Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Thr Asp

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Ser Leu Val Glu Met Glu Lys Ala Met Ala Arg Asp Gly Ile Val Val

275 280 285

Asn Asp Lys Gln Leu Ala Cys Ala Arg Ile Asn Ser Val Glu Gly Lys

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Asn Tyr Phe Ser Gly Met Ala Ala Ala Ala Asn Phe Ala Trp Val Asn

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Arg Ser Cys Ile Thr Phe Cys Val Arg Asn Ala Phe Gln Lys Thr Phe

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Lys Leu Ile Met Glu Glu Ala Pro Glu Ser Tyr Lys Asn Val Thr Asp

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500 505

<210>592

<211>827

<212>PRT

<213>酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）

<400>592

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<212>PRT

<213>拟南芥（Arabidopsis thaliana）

<400>593

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Leu Lys Ser Ile Asp Asn Ala Ser Glu Asn Asp Gly Arg Gly Glu Lys

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Gly ProLeu Glu Phe Phe

1100

<210>594

<211>334

<212>PRT

<213>肠杆菌噬菌体（Enterobacteria phage）T4

<400>594

Met Phe Lys Lys Tyr Ser Ser Leu Glu Asn His Tyr Asn Ser Lys Phe

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<210>595

<211>832

<212>PRT

<213>白色念珠菌（Candida albicans）

<400>595

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Ala Asn Gly Asn Glu Gly Leu Ser Thr Thr Thr Lys Tyr Ile Phe Val

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Asn Asn Leu Phe Pro Gln Trp Thr His Ile Gln Asn Asp Asn Ile Ser

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Lys Lys Ala Lys Leu Lys Ile Cys Asp Leu Thr Leu Leu Ala Leu Glu

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485 490 495

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Glu Asn Leu Val Glu Ser Val Met Lys Gly Phe Ile Gln Arg Tyr Gln

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Asn Val Arg Ile Ile Ile Asp Asp Leu Val Gln Asn Phe Pro Asp Leu

595 600 605

Ile Lys Glu Lys Pro Ala Asp Glu Leu Ile Asn Glu Cys Phe Gln Lys

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Ile Lys Lys Asp Pro Thr Tyr Tyr Gly Ile Ala Met His Tyr Ser Ser

645 650 655

Ile Leu Glu Asn Leu Glu Ile Val Ser His Asn Glu His Phe Gln Asn

660 665 670

Ile Lys Ser His Ile Gln Thr Glu Phe His Val Thr Leu Gly His Ile

675 680 685

Ala Ser Ser Lys Gln Asp Lys Ala Gly Arg Val Lys Trp Lys Lys Leu

690 695 700

Val Lys Thr Leu Gly Lys Gly Asp Pro Asn Lys Pro Lys Ser Ala Leu

705 710 715 720

Lys Phe Phe Ala Asp Val Lys Leu Leu Gln Ile Val Ile Asn Thr Asp

725 730 735

Lys Leu Ala Cys Ile Lys Val Glu Ile Leu Lys Ile Tyr Asp Thr Asn

740 745 750

Asp Val Leu Gln Ser Glu Ile Glu Pro Ile Asn Lys Gln Leu His Ile

755 760 765

Thr Ile Gly Cys Ile Pro Pro Ala Thr Ala Val Glu Ser Asn Ile Thr

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Leu Glu Glu Leu Tyr Asp Asn Pro Asp Glu Gln Glu Leu Lys Pro Asp

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Gly Thr Tyr Lys Cys Gly Asp Asp Thr Leu His Val Phe Asn Phe Asp

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<210>596

<211>469

<212>PRT

<213>布氏锥虫指名亚种（Trypanosoma brucei brucei）

<400>596

Met Gln Leu Gln Arg Leu Gly Ala Pro Leu Leu Lys Arg Leu Val Gly

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Gly Cys Ile Arg Gln Ser Thr Ala Pro Ile Met Pro Cys Val Val Val

202530

Ser Gly Ser Gly Val Phe Leu Thr Pro Val Arg Thr Tyr Met Pro Leu

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65707580

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859095

Leu Ile Asn Gln Gly Asp His Glu Val Val Arg Phe Ala Lys Arg Ser

100 105 110

Gly Ile Met Asp Pro Asn Glu Asn Phe Phe Gly Tyr His Ile Leu Ile

115 120 125

Asp Glu Phe Thr Ala Gln Ile Arg Ile Leu Asn Asp Leu Leu Lys Gln

130 135 140

Lys Tyr Gly Leu Ser Arg Val Gly Arg Leu Val Leu Asn Gly Glu Leu

145 150 155 160

Phe Gly Ala Lys Tyr Lys His Pro Leu Val Pro Lys Ser Glu Lys Trp

165 170 175

Cys Thr Leu Pro Asn Gly Lys Lys Phe Pro Ile Ala Gly Val Gln Ile

180 185 190

Gln Arg Glu Pro Phe Pro Gln Tyr Ser Pro Glu Leu His Phe Phe Ala

195 200 205

Phe Asp Ile Lys Tyr Ser Val Ser Gly Ala Glu Glu Asp Phe Val Leu

210 215 220

Leu Gly Tyr Asp Glu Phe Val Glu Phe Ser Ser Lys Val Pro Asn Leu

225 230 235 240

Leu Tyr Ala Arg Ala Leu Val Arg Gly Thr Leu Asp Glu Cys Leu Ala

245 250 255

Phe Asp Val Glu Asn Phe Met Thr Pro Leu Pro Ala Leu Leu Gly Leu

260 265 270

Gly Asn Tyr Pro Leu Glu Gly Asn Leu Ala Glu Gly Val Val Ile Arg

275 280 285

His Val Arg Arg Gly Asp Pro Ala Val Glu Lys His Asn Val Ser Thr

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Ile Ile Lys Leu Arg Cys Ser Ser Phe Met Glu Leu Lys His Pro Gly

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Lys Gln Lys Glu Leu Lys Glu Thr Phe Ile Asp Thr Val Arg Ser Gly

325 330 335

Ala Leu Arg Arg Val Arg Gly Asn Val Thr Val Ile Ser Asp Ser Met

340 345 350

Leu Pro Gln Val Glu Ala Ala Ala Asn Asp Leu Leu Leu Asn Asn Val

355 360 365

Ser Asp Gly Arg Leu Ser Asn Val Leu Ser Lys Ile Gly Arg Glu Pro

370 375 380

Leu Leu Ser Gly Glu Val Ser Gln Val Asp Val Val Leu Met Leu Ala

385 390 395 400

Lys Asp Ala Leu Lys Asp Phe Leu Lys Glu Val Asp Ser Leu Val Leu

405 410 415

Asn Thr Thr Leu Ala Phe Arg Lys Leu Leu Ile Thr Asn Val Tyr Phe

420 425 430

Glu Ser Lys Arg Leu Val Glu Gln Lys Trp Lys Glu Leu Met Gln Glu

435 440 445

Glu Ala Ala Ala Gln Ser Glu Ala Ile Pro Pro Leu Ser Pro Ala Ala

450 455 460

Pro Thr Lys Gly Glu

465

<210>597

<211>416

<212>PRT

<213>布氏锥虫指名亚种（Trypanosoma brucei brucei）

<400>597

Met Leu Arg Arg Leu Gly Val Arg His Phe Arg Arg Thr Pro Leu Leu

1 5 1015

Phe Val Gly Gly Asp Gly Ser Ile Phe Glu Arg Tyr Thr Glu Ile Asp

202530

Asn Ser Asn Glu Arg Arg Ile Asn Ala Leu Lys Gly Cys Gly Met Phe

354045

Glu Asp Glu Trp Ile Ala Thr Glu Lys Val His Gly Ala Asn Phe Gly

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Ile Tyr Ser Ile Glu Gly Glu Lys Met Ile Arg Tyr Ala Lys Arg Ser

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Lys Gln Lys Lys Lys Leu His Val Val Leu Ile Asn Gly Glu Leu Phe

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Gly Gly Lys Tyr Asp His Pro Ser Val Pro Lys Thr Arg Lys Thr Val

130 135 140

Met Val Ala Gly Lys Pro Arg Thr Ile Ser Ala Val Gln Thr Asp Ser

145 150 155 160

Phe Pro Gln Tyr Ser Pro Asp Leu His Phe Tyr Ala Phe Asp Ile Lys

165 170 175

Tyr Lys Glu Thr Glu Gly Gly Asp Tyr Thr Thr Leu Val Tyr Asp Glu

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Ala Ile Glu Leu Phe Gln Arg Val Pro Gly Leu Leu Tyr Ala Arg Ala

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Thr Gly Asn Trp Ala Glu Gly Leu Val Val Lys His Ser Arg Leu Gly

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Leu Lys Asp Thr Glu Pro Ser Ile Val Asn Ile Pro Val Leu Ile Arg

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405 410 415

<210>598

<211>374

<212>PRT

<213>肠杆菌噬菌体（Enterobacteria phage）T4

<400>598

Met Gln Glu Leu Phe Asn Asn Leu Met Glu Leu Cys Lys Asp Ser Gln

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Arg Lys Phe Phe Tyr Ser Asp Asp Val Ser Ala Ser Gly Arg Thr Tyr

202530

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505560

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65707580

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Arg Leu Lys Glu Leu Ala Glu Asp Gly Phe Thr Ala Asn Phe Glu Phe

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165 170 175

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370

<210>599

<211>694

<212>PRT

<213>苜蓿尺蠖（Autographa californica）核型多角体病毒

<400>599

Met Leu His Val Ser Arg Leu Leu Ala Asn Gly Gly Val Lys Asn Leu

1 5 1015

Cys Asp Lys Phe Lys Val Lys Ile Lys Asn Tyr Thr Glu His Asp Leu

202530

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100 105 110

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180 185 190

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195 200 205

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210 215 220

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245 250 255

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260 265 270

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275 280 285

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290 295 300

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325 330 335

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340 345 350

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355 360 365

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Ala Pro Thr Ile Lys Leu Pro Ser Ser Lys Gln Leu Leu Val Leu Ile

385 390 395 400

Gly Ile Ser Gly Ser Gly Lys Ser Thr Tyr Ala Lys Ser Leu Lys Gly

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<210>600

<211>184

<212>PRT

<213>激烈火球菌（Pyrococcus furiosus）

<400>600

Met Arg Ala Phe Ile Ala Ile Asp Val Ser Glu Ser Val Arg Asp Ala

1 5 1015

Leu Val Arg Ala Gln Asp Tyr Ile Gly Ser Lys Glu Ala Lys Ile Lys

202530

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180

<210>601

<211>176

<212>PRT

<213>大肠杆菌（Escherichia coli）

<400>601

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1 5 1015

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202530

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Gly Arg Ile Arg Gln Pro Gly Phe Thr Leu Thr Leu Asp Asp Ala Gly

65707580

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100 105 110

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115 120 125

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Trp Ser Tyr Ala Val Thr Glu Phe Thr Leu Tyr Ala Ser Ser Phe Ala

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Arg Gly Arg Thr Arg Tyr Thr Pro Leu Lys Arg Trp Ala Leu Thr Gln

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<211>183

<212>PRT

<213>枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）

<400>602

Met Pro Asp Ile Arg Pro His Tyr Phe Ile Gly Val Pro Ile Pro Glu

1 5 1015

Gly Ile Ala Asn Pro Ile Tyr Gln Ala Ala Lys Asn Glu Pro Ile Leu

202530

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354045

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cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

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agagagagau uccguguccg cuuguuguag uagauuguga ggacugagga ccgagaagca 300

gccacaccuc ucccccuccc agguacuauc cccuuucaac acugccaaug ccggucccaa 360

gcccggauaa aaguggaggg aaaggggaua gu 392

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<211>245

<212>RNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>604

gggaauuccu agggaacccg gucccaagcc cggauaaaau ccgagggggc gggaaaccgc60

cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca ggagagacac cucucccccu cccagguacu 180

auccccuuuc aacacugcca augccggucc caagcccgga uaaaagugga gggaaagggg 240

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caaagggtaa tatcgggaaa cctcctcgga ttccattgcc cagctatctg tcacttcatc 120

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<213>人工

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<220>

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atcatgtaat tagttatgtc acgcttacat tcacgccctc cccccacatc cgctctaacc60

gaaaaggaag gagttagaca acctgaagtc taggtcccta tttatttttt tatagttatg 120

ttagtattaa gaacgttatt tatatttcaa atttttcttt tttttctgta cagacgcgtg 180

tacgcatgta acattatact gaaaaccttg cttgagaagg ttttgggacg ctcgaaggct 240

ttaatttgc 249

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<212>DNA

<213>人工

<220>

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atggcagaac aagatgtgac agagcttgtg aaaagactcg aagaagcttc tcatttgaag60

aagcatggta aagctactaa gatcacatgt tctatatttg atagacccga tgtgaagttg 120

gacagttgga aattcaatga atgggactat ggcaaatcta aaagagtgtt accttgtagt 180

gccagaggtt tatttatcca aaatgctgat tcagagccca ggatagttac tagaggatac 240

gataagttct ttaacatcga cgaagtgcaa agaactagct ggaggtcaat tcaagataac 300

actgaggggc catatgagat tactgtcaaa gagaacggat gtataatttt gattggagga 360

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tattgcgatg atacctttga agaacatatt ttggaatata acagagacaa tgcaggtcta 600

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gggaagggta taataaaatt gagaaaactc tttctagaag attacggtat gtcaggccta1080

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gtaatcgatg aaaatacaaa atttttacta gtgacaattg ctacaatcgg atgtggtaaa1200

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gacaatataa cctctaataa aacagactac attaaatcag ccttgcaatt attcaaagac1320

gggaaacaat ttgtgcttgc tgataaaaac aatcatcagt tccgtgaaag ggcagctgtt1380

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atagcattgt gttttgtaga cgaggtatcc ccagaaatga gagcattaac catcgacagg1500

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cctgataaca aatttgactt ccatatacaa ttggaagttg gcaagaactc gtcgttgaaa1680

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tcagctaatg taattgacac agacctttta ttgcaacatg tcagaaaaac cattgaaaca1920

catgcatcag agtacccttc tttgcttaaa agtctggatt caactccttt caaagacgct1980

ttgcatataa ccctatacca taagtctcaa atcaggtctg ttggtataaa agctaaacaa2040

atgtgggcca aatacttgga tagatacaaa gagtatctct caaaagaaaa taactcagag2100

gctaccaaaa acattatcgc tacggaggat agtgtctctt tcaaattgag agatttaatc2160

tgggataagc acgtaattct agctaccgtt tccctgctag atgataccca tccaattgtt2220

atgccagatg gtactcattt ggaccatttg acttgcctta acaaagttcc tcacataaca2280

cttgcattgt tttccaatga gaaaacagcg aagtattctg gtgaattggc taaagaagtg2340

tatgagttcg gtatacaaga atcggatact gatacaggta tgatcagtct agggacaact2400

gacaaccttc agtttagcgg gaaagtctgt attaatttat aa 2442

<210>618

<211>351

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>618

ttggtcatgc gaaacacgca cggcgcgcgc acgcagctta gcacaaacgc gtcgttgcac60

gcgcccaccg ctaaccgcag gccaatcggt cggccggcct catatccgct caccagccgc 120

gtcctatcgg gcgcggcttc cgcgcccatt ttgaataaat aaacgataac gccgttggtg 180

gcgtgaggca tgtaaaaggg ttacatcatt atcttgttcg ccatccggtt ggtataaata 240

gacgttcatg ttggtttttg tttcagttgc aagttggctg cggcgcgcgc agcacctttg 300

ccgggatctg ccgggctgca gcacgtgttg acaattaatc atcggcatag t351

<210>619

<211>43

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>619

taatacgact cactataggg aattgtgagc ggataacaat tcc43

<210>620

<211>307

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>620

ttatacatat attttgaatt taattaatta tacatatatt ttatattatt tttgtctttt60

attatcgagg ggccgttgtt ggtgtggggt tttgcataga aataacaatg ggagttggcg 120

acgttgctgc gccaacacca cctcccttcc ctcctttcat catgtatctg tagataaaat 180

aaaatattaa acctaaaaac aagaccgcgc ctatcaacaa aatgataggc attaacttgc 240

cgctgacgct gtcactaacg ttggacgatt tgccgactaa accttcatcg cccagtaacc 300

aatctag 307

<210>621

<211>166

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>621

aaccagataa gtgaaatcta gttccaaact attttgtcat ttttaatttt cgtattagct60

tacgacgcta cacccagttc ccatctattt tgtcactctt ccctaaataa tccttaaaaa 120

ctccatttcc acccctccca gttcccaact attttgtccg cccaca166

<210>622

<211>92

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>622

atcatggaga taattaaaat gataaccatc tcgcaaataa ataagtattt tactgttttc60

gtaacagttt tgtaataaaa aaacctataa at92

<210>623

<211>135

<212>DNA

<213>猿猴病毒40

<400>623

aacttgttta ttgcagctta taatggttac aaataaagca atagcatcac aaatttcaca60

aataaagcat ttttttcact gcattctagt tgtggtttgt ccaaactcat caatgtatct 120

tatcatgtct ggatc135

<210>624

<211>225

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>624

tgtgggcgga caataaagtc ttaaactgaa caaaatagat ctaaactatg acaataaagt60

cttaaactag acagaatagt tgtaaactga aatcagtcca gttatgctgt gaaaaagcat 120

actggacttt tgttatggct aaagcaaact cttcattttc tgaagtgcaa attgcccgtc 180

gtattaaaga ggggcgtggc caagggcatg gtaaagacta tattc 225

<210>625

<211>701

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>625

gtcacaagtt tgtacaaaaa agcaggctct atgaattacg aattactgac cactgaaaat60

gccccggtaa aaatgtggac caaaggcgtg ccggtagagg ccgatgcgcg tcagcaactt 120

attaatacgg cgaagatgcc gtttattttc aaacatattg cggtaatgcc tgatgtacac 180

ctgggtaaag gttccaccat tggtagcgtg atcccgacca aaggggcgat tattccggcg 240

gcggtgggcg tggatattgg ctgtggaatg aacgcgctgc gtaccgcgtt aacggcggaa 300

gacctgcctg aaaacctggc agagctgcgt caggcgattg aaacggccgt gccgcacggg 360

cgtaccactg gccgttgtaa acgtgataaa ggtgcctggg aaaatccacc tgttaacgtc 420

gatgctaaat gggctgagct tgaagccggt tatcagtggt taacgcaaaa atatccccgt 480

ttcctgaata ccaataacta taaacacctg ggaacgctgg gaaccggtaa ccactttatt 540

gaaatctgcc ttgatgagtc ggaccaggtg tggattatgc tgcactccgg ttcacgcgga 600

attggtaacg ccatcgggac ttactttatc gatctggcac aaaaagagat gcaggaaacg 660

cttgagacgt tgccgtcgcg tgatctggcg tactttatgg a 701

<210>626

<211>655

<212>DNA

<213>未知

<220>

<223>巨细胞病毒（Cytomegalovirus）

<400>626

cgatgtacgg gccagatata cgcgttgaca ttgattattg actagttatt aatagtaatc60

aattacgggg tcattagttc atagcccata tatggagttc cgcgttacat aacttacggt 120

aaatggcccg cctggctgac cgcccaacga cccccgccca ttgacgtcaa taatgacgta 180

tgttcccata gtaacgccaa tagggacttt ccattgacgt caatgggtgg actatttacg 240

gtaaactgcc cacttggcag tacatcaagt gtatcatatg ccaagtacgc cccctattga 300

cgtcaatgac ggtaaatggc ccgcctggca ttatgcccag tacatgacct tatgggactt 360

tcctacttgg cagtacatct acgtattagt catcgctatt accatggtga tgcggttttg 420

gcagtacatc aatgggcgtg gatagcggtt tgactcacgg ggatttccaa gtctccaccc 480

cattgacgtc aatgggagtt tgttttggca ccaaaatcaa cgggactttc caaaatgtcg 540

taacaactcc gccccattga cgcaaatggg cggtaggcgt gtacggtggg aggtctatat 600

aagcagagct ctctggctaa ctagagaacc cactgcttac tggcttatcg aaatt655

<210>627

<211>60

<212>DNA

<213>猿猴病毒40

<400>627

aacttgttta ttgcagctta taatggttac aaataaagca atagcatcac aaatttcaca60

<210>628

<211>66

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>628

gactacaaag accatgacgg tgattataaa gatcatgaca tcgattacaa ggatgacgat60

gacaag 66

<210>629

<211>379

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>629

gagtttactc cctatcagtg atagagaacg tatgaagagt ttactcccta tcagtgatag60

agaacgtatg cagactttac tccctatcag tgatagagaa cgtataagga gtttactccc 120

tatcagtgat agagaacgta tgaccagttt actccctatc agtgatagag aacgtatcta 180

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agaacgtata agctttaggc gtgtacggtg ggcgcctata aaagcagagc tcgtttagtg 300

aaccgtcaga tcgcctggag caattccaca acacttttgt cttataccaa ctttccgtac 360

cacttcctac cctcgtaaa379

<210>630

<211>25

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>630

aaggatgtgt tccctaggag ggtgg25

<210>631

<211>26

<212>DNA

<213>人工

<220>

<223>合成的

<400>631

gaaaggggat agtacctggg aggggg 26