一种用于遗传改良鸡生长性状的SNP位点及其应用

技术领域

本发明涉及生物育种技术领域，特别是涉及一种用于遗传改良鸡生长性状的SNP位点及其应用。

背景技术

鸡肉是消费水平仅次于猪肉的第二大肉类，人均蛋消费量也在逐年提升。因此，加快优质肉鸡、蛋鸡品种的遗传改良具有重大的经济效益。与引进的白羽肉鸡品种相比，尽管地方鸡种特色鲜明、肉质优良，并且同时具备对饲养环境要求低、抗病力强、成活率高等优点，但由于没有经过高强度的系统选育，存在生长缓慢、体重低等缺陷，导致生产效率低下，制约了地方鸡种的规模化生产和产业化应用。而生长是一个综合性状且遗传力都偏低，传统育种难以得到好的改良效果。因此，研究生长性状的遗传学基础，对改善鸡生长具有重要意义。

为了改善鸡生长性状，一般使用选育方法来筛选生长性状好的鸡，但是传统的选育方法是通过家系选择的方法，进展缓慢；严重限制了鸡生长性状的改善。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于遗传改良鸡生长性状的SNP位点及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明首次发现与鸡生长性状相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID NO.1序列中的第600位TT基因型的地方鸡种生长性状较好，为本领域技术人员提供了一种高效筛选生长性状的优良的地方鸡种的方法。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与鸡生长性状相关的SNP位点，所述SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示序列中的第600处的碱基，碱基突变为C或T。

本发明还提供一种检测所述的与鸡生长性状相关的SNP位点的引物对，所述引物对核苷酸序列如SEQ ID NO.2-3所示。

本发明还提供一种检测鸡生长性状的方法，利用上述引物对进行PCR扩增，检测待测鸡在所述SNP位点处基因型，基因型为TT时生长性状最佳，基因型为CT时生长性状为中等，基因型为CC时生长性状最差；所述生长性状包括宰前活重、平均日增重、屠体重、屠宰率、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿重、体斜长、胸围、胸深中的至少一种。

进一步地，PCR扩增反应体系包括：2X PCR MIX 15μl，上下游引物各1μl，DNA模板1μl，补充ddH

进一步地，PCR扩增反应程序包括：95℃，3min，35个循环94℃，20s，58℃，20s，72℃，40s，72℃，5min。

本发明还提供一种鸡生长性状遗传改良的方法，利用所述引物对检测种群中个体在所述SNP位点处基因型，保留基因型为TT或CT的个体，淘汰基因型为CC的个体，以逐代提高种群中该位点处等位基因T的频率；所述生长性状包括宰前活重、平均日增重、屠体重、屠宰率、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿重、体斜长、胸围、胸深中的至少一种。

进一步地，利用所述引物对检测种群中个体在所述SNP位点处基因型，仅保留基因型为TT个体，淘汰基因型为CT或CC的个体。

本发明还提供一种所述的SNP位点或者所述的引物对在鸡生长性状选育中的应用。

本发明公开了以下技术效果：

鸡生长性状为重要的经济性状，而体重、屠体重、体斜长和胸围等是生长性状的重要指标。本发明首次发现与鸡生长性状相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID No.1所述序列中的第600位TT基因型的地方鸡种生长性状较好，为本领域技术人员提供了一种高效筛选生长性状优良的地方鸡种的方法，该检测方法周期短，速度快，从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只需要2天时间，每人每天至少可以完成216个体的检测。另外，该方法是检测与生长性状紧密连锁的突变的基因型，因此该方法可以做到100％准确，能够在地方鸡种生长性状选育改良方面推广应用，具有重大的商业价值，能够产生巨大的经济效益。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为本发明SNP位点基因分型图。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。

在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。

关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。

实施例1

一、引物设计：根据鸡的参考基因组中PHKG1基因序列设计一对引物，引物序列(5’→3’)如下所示：

F：TAAAGACTCCGAAACTCACT(SEQ ID NO.2)

R：ACGCACCATAGACTCATT(SEQ ID NO.3)

二、PCR扩增：以鸡DNA为模板，以上述引物进行PCR扩增。扩增程序：95℃，3min，35个循环(94℃，20s，58℃，20s，72℃，40s)，72℃，5min，4℃保存。扩增体系：2X PCR MIX，15μl，上下游引物各1μl，DNA模板1μl，最后补充ddH

三、测序筛选多态位点：将PCR产物送上海捷瑞生物工程有限公司进行测序，序列如SEQ ID NO.1所示：

TTTGATGTGATATGAAAATAGATTGAGCGTAAAGACTCCGAAACTCACTTTGGGCTAAACTTAAAACACATAATTCTGGGATCTGCTTTGAGAAGTTACTTCACGAGTGTAGATGTGATCTTAAACAAATTTGAATCCAAGAAGTACCTAGCATGGCCCAGTCTTCTTATTAACTTTAGAGAGCTTTGGGTGACATCTAGGATTTCGTAATATTTGGGGAGTGTTTTTGTATCAGGAGGATAATGGCCTTGTTCTGTTGTACAAGTTAATTGCTGTTACTAGATTCTAAAGAATATGGAATTTCGTCCATTGAAAGAAAGGGTCGATATCATGTTGGCATTTCATTCCTGCGCTGGTAGTAATACAAATGATGCCCAATGAATAGAGAGTATTTCCAAAAAATAACTTCTGAAATAACCCTCTGTTTGTGTATTTAATGGCACAGTTGTCTGGACCAACTGATTACAGCTACTTTGACAGCTATCCACCTGAAGAGGGAATGCCTCCAGACGAACTTTCTGGCTGGGACAAGGATTTCTGACACTTTTTTTCTTCCAGGACATCAATAGAGACTCATGGGCATCAGTTCTAAACCTGTTYTTGTGTTTCTTGCTTAAAACCAAAGTACGCGATGTTTTTGAAAAACGTTATGTTCCCTGGAGAAGATGGTACAGCAACCAGAACTTGTTTGGGTAATGCACCAAATTCTGAGTGCATCTCCTTGTAACAAAAGCATGCAGATGCAACCTGAATAATTTTTGATACACAATATCTCTATGAGCATTTTCTGACACTATGGATGGATGCATGGTTTTGCCACAGGGAATTTCACTAGCAAATATTTTGATATCAACAAGGTTACCACGTCTTTATTTTGAACAGAGAGAATGAAGATTATGGGCCCATAACTTTGTAGAATTTGTCAATACCTGACACTACAGGCATTTATTTTTCATTTTATAATGAGTCTATGGTGCGTTTTGCTCTTTCCAGTAATGGGCA

利用DNAstart软件的SeqMan模块读取测序结果，并统计多态位点，发现在SEQ IDNO.1所示序列中的第600处存在C/T突变。

实施例2

试验动物：随机选取399只同一批次健康的1日龄宁都黄鸡，由江西南师科技有限公司提供。试验在江西省进贤县二塘乡南师科技有限公司成鸡场进行，399只1日龄宁都黄鸡在相同条件下饲养至16周龄。屠宰测定生长性状的表型，所述生长性状包括宰前活重、平均日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、体斜长、胸围、胸肌重、胸深、屠宰率、初生重、胫长、背宽。测量方法参考《动物性食品卫生理化检验手册》，表型数据用lsmeans方法计算。

一、DNA提取：采用一次性无菌注射器从宁都黄鸡翅下静脉中抽取约1ml血液，注入经高压灭菌并装有约200μl的2％无菌EDTA抗凝剂的1.5ml离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，-20℃保存备用。

二、基因组DNA的提取采用苯酚-氯仿抽提法(奥斯泊F等，1998)。

1、取全血30μl置于1.5ml离心管，分别加入470μl 1×SET缓冲液、12.5μl 20％SDS和6μl 10mg/ml蛋白酶K，混合均匀后放于55℃水浴过夜；

2、取出样本于1.5ml离心管，加入500μl饱和苯酚，轻摇20min，10,000rpm离心10min；

3、取上清，再次加入500μl饱和苯酚，轻摇20min，10,000rpm离心10min；

4、取上清，加入500μl氯仿-异戊醇(23:1)，轻摇20min，10,000rpm离心10min；

5、取上清，加入1ml冰无水乙醇(-20℃)，来回摇摆以沉淀DNA，10,000rpm离心10min后倒出乙醇；

6、用1ml 75％乙醇清洗DNA一次，倒掉乙醇，至于37℃干燥箱内烘干；

7、待DNA完全干燥后加入300μl灭菌后的双蒸水溶解；

8、存放于-20℃冰箱中保存备用。

三、PCR扩增。

以实施例1的引物进行PCR扩增，扩增体系30μl，具体为：2X PCR MIX，15μl，上下游引物各1μl，DNA模板1μl，ddH

扩增程序：95℃，3min，35个循环(94℃，20s，58℃，20s，72℃，40s)，72℃，5min，4℃保存PCR扩增产物。

四、测序分型以及表型统计结果：

根据测序结果得到各个个体的基因型，其三种不同基因型如图1所示。

利用plink软件进行基因型对生长性状表型的影响效应分析(见表1)。

表1SNP突变位点对生长性状的影响效应

注：表型数据用lsmeans方法计算

结果表明在宁都黄鸡群体中，在SEQ ID NO.1所示序列中的第600处的C/T突变位点与宰前活重、平均日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、体斜长以及胸围等表型呈极显著相关性：TT型个体的宰前活重、平均日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、体斜长以及胸围均比CC型个体提高。与胸肌重、胸深以及屠宰率等表型呈显著相关性：TT型个体的胸肌重、胸深以及屠宰率均比CC型个体提高。而对于初生重、胫长和背宽等性状，并未检测到显著相关(P>0.05)。

本发明选育优良生长性状地方鸡种的方法不仅适用于宁都黄鸡，对丝羽乌骨鸡、安义瓦灰鸡、崇仁麻鸡、白耳黄鸡、东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡等地方鸡种同样适用。

以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。

序列表

<110> 南昌师范学院

<120> 一种用于遗传改良鸡生长性状的SNP位点及其应用

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 1002

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

tttgatgtga tatgaaaata gattgagcgt aaagactccg aaactcactt tgggctaaac 60

ttaaaacaca taattctggg atctgctttg agaagttact tcacgagtgt agatgtgatc 120

ttaaacaaat ttgaatccaa gaagtaccta gcatggccca gtcttcttat taactttaga 180

gagctttggg tgacatctag gatttcgtaa tatttgggga gtgtttttgt atcaggagga 240

taatggcctt gttctgttgt acaagttaat tgctgttact agattctaaa gaatatggaa 300

tttcgtccat tgaaagaaag ggtcgatatc atgttggcat ttcattcctg cgctggtagt 360

aatacaaatg atgcccaatg aatagagagt atttccaaaa aataacttct gaaataaccc 420

tctgtttgtg tatttaatgg cacagttgtc tggaccaact gattacagct actttgacag 480

ctatccacct gaagagggaa tgcctccaga cgaactttct ggctgggaca aggatttctg 540

acactttttt tcttccagga catcaataga gactcatggg catcagttct aaacctgtty 600

ttgtgtttct tgcttaaaac caaagtacgc gatgtttttg aaaaacgtta tgttccctgg 660

agaagatggt acagcaacca gaacttgttt gggtaatgca ccaaattctg agtgcatctc 720

cttgtaacaa aagcatgcag atgcaacctg aataattttt gatacacaat atctctatga 780

gcattttctg acactatgga tggatgcatg gttttgccac agggaatttc actagcaaat 840

attttgatat caacaaggtt accacgtctt tattttgaac agagagaatg aagattatgg 900

gcccataact ttgtagaatt tgtcaatacc tgacactaca ggcatttatt tttcatttta 960

taatgagtct atggtgcgtt ttgctctttc cagtaatggg ca 1002

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

taaagactcc gaaactcact 20

<210> 3

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

acgcaccata gactcatt 18