一种避免近交的家禽配种方法

技术领域

本发明涉及本发明属于养殖业技术领域，涉及家禽配种技术，具体为一种避免近交的家禽配种方法。

背景技术

畜禽品种资源是畜牧业生产发展的基础，是畜禽遗传育种工作的基本素材，随着国家畜禽种业战略的实施，亟需加强种质资源保护和加速新品种培育；

选配是动物保种和育种工作的重要环节，在选配中，如果交配的个体之间亲缘关系交近、个体的遗传相似性较高，会导致一些不利基因的聚集，从而增加了某些有害性状的表现和疾病的发生率，因此，在选配方案制定过程中，要尽可能的避免近交；

鸡等家禽的保种工作中，可采用随机交配的配种方案，在配种过程中采用人工判别避免全同胞和半同胞配对(近2个代次内没有共同祖先)，但也未能有效避免堂兄妹、表兄妹等亲缘关系较近的个体间的交配(近3个代次内没有共同祖先)；鸡等家禽的育种工作中，可采用随机交配的配种方案，但是一般要求配种的公禽和母禽应在3个代次及以上没有共同祖先；

在保种育种实践中，通常采用人工核查近3个代次以上的系谱，并判断公禽和母禽是否能够进行交配，但是其容易发生错误；按照公母比例，逐个组建家系，配种方案制定难度大；在配种过程大量调整母禽笼位、工作强度大、动物群体应激反应大；

鉴于上述情况，有必要对现有的家禽配种方法加以改进，使其能够适应现在对家禽配种使用的需要。

发明内容

本发明的目的是为了解决上述问题，设计了一种避免近交的家禽配种方法。

实现上述目的本发明的技术方案为，一种避免近交的家禽配种方法，包括以下工作步骤：

步骤一、建立系谱；

步骤二、选择后备种禽；

步骤三、组建配种方案；

步骤四、实施现场配种；

步骤五、系谱孵化。

对本技术方案的进一步补充，所述步骤一中建立系谱的方法为：在雏禽出雏后，佩戴唯一标识的的翅号或条码，根据雏禽和亲本的标识编号，建立完整的系谱记录。

对本技术方案的进一步补充，所述步骤二中选择后备种禽的方法为：根据育种目标，测定个体的相关性状，采用个体选择、家系选择、个体选择与家系选择相结合手段，选留后备种禽，淘汰标识脱落或标识无法辨认的个体，建立笼号翅号对应表。

对本技术方案的进一步补充，根据育种规划，按照公母比例为1:5进行配种。

对本技术方案的进一步补充，所述步骤三组建配种方案的方法包括以下步骤：

(1)使用R语言read.table命令读取系谱，预配种公禽的笼号和翅号信息，预配种母禽的笼号和翅号信息；

(2)使用！duplicated命令过滤系谱可能存在的重复数据和其他错误；

(3)使用as.numeric命令获取公母配种比例和设定不近交代次数；

(4)使用for循环语句，获取个体的父辈、祖父和外祖父辈等多个世代的祖先信息，形成系谱追踪信息表；

(5)使用for循环语句和逻辑判断，分析每一只预配种母禽和所有预配公禽在设定的代次内是否有共同祖先；

(6)使用嵌套for循环语句和逻辑判断，按照母禽笼位顺序和配种比例，确定具有最大可配数量的预配种公禽；

(7)使用嵌套for循环语句和逻辑判断，调整预配种母禽笼位，成功组建配种方案；

(8)使用write.csv函数输出配种使用数据和配种方案。

对本技术方案的进一步补充，所述步骤四实施现场配种的方法为：按照配种方案，生成配种信息表和笼位调整信息表，调整笼位。

对本技术方案的进一步补充，调整预配种公禽和种母禽笼位，采集对应公鸡精液，对相应母鸡进行人工授精。

对本技术方案的进一步补充，所述步骤五系谱孵化的方法为：收集种蛋，种蛋标记母鸡信息，按照家系进行孵化、落盘和出雏。

其有益效果在于，通过以上操作，能够准确而快速地进行三代或多代次不近交配种，配种方案自动生成，避免了人工查阅系谱信息，有效减轻了工作量，降低了人工判别的错出率；数据经处理后直接生成可以被Excel读取的CSV等格式文件，其包括个体的系谱追踪信息和配种方案表等，便于后续的分析和处理；有效降低了母禽笼位调整的数量，减少了笼位调整的工作量以及由于笼位调整造成的动物应激反应，本发明方法在家禽育种中具有较高的推广应用价值。

附图说明

图1是本发明的操作流程示意图；

图2是本发明为选择对应的系谱文件、预配公禽和预配母禽信息文件图；

图3是本发明弹出窗口输入公母配种比例图；

图4是本发明弹出窗口输入不近交世代数图；

图5是本发明个体的系谱追踪信息；

图6是本发明配种方案表。

具体实施方式

为了便于本领域技术人员对本技术方案更加清楚，下面将通过实施例详细阐述本发明的技术方案：

利用本发明实现北京油鸡育种群避免3代以内近交的配种。

步骤一、建立系谱。

采用系谱孵化，出雏时佩戴并记录翅号，根据雏鸡和种鸡的翅号建立系谱。如表1所示，系谱信息表包括三列，第一列ID为世代号+雏鸡的翅号，第二列FID为世代号+雏鸡父亲的翅号，第三列MID为世代号+雏鸡母亲的翅号。

表1系谱信息表示例

步骤二、选择预配种鸡。

根据育种目标，测定个体的相关性状。并采用个体选择、家系选择、个体选择与家系选择相结合等手段，选留种鸡，淘汰翅号脱落或翅号无法辨认的个体。根据育种规划，按照公母比例为1:5进行配种，拟组建家系30个，选择预配种公鸡30只以上，预配种母鸡150只以上。建立种鸡笼号和翅号对应表，预配留种公鸡和预配留种母鸡信息表如表2。

表2预配留种公鸡和预配留种母鸡信息表步骤三、利用R语言实施3代不近交配种。

1)读取系谱和预配种禽信息。

程序运行后，自动弹出窗口，选择对应的系谱文件、预配公禽和预配母禽信息，见图2。

2)设定公母鸡配种比例

程序运行后，自动弹出窗口，输入公母配种比例，见图3。

3)设定不近交代次数

#设定不近交代次数

ped<-as.numeric(winDialogString(message＝"请输入不近交世代数",default＝""))

程序运行后，自动弹出窗口，输入不近交世代数，见图4。

4)系谱追踪

row<-nrow(female)

col<-2^(ped)

FemaleAn<-matrix(0,row,col)

female<-female[order(female[,1]),]

FemaleAn[,1]<-female[,1]

FemaleAn[,2]<-female[,2]

femaleTemp<-female

for(iin 2:2^(ped-1)){

femaleTemp[,2]<-FemaleAn[,i]

mj<-merge(femaleTemp,pedigree,by＝c("ID"),all.x＝TRUE)

mj<-mj[order(mj[,2]),]

FemaleAn[,i+i-1]<-mj[,3]

FemaleAn[,i+i]<-mj[,4]

}

#输出名为“母鸡系谱追踪.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(FemaleAn,file＝"母鸡系谱追踪.csv")

row<-nrow(male)

col<-2^(ped)

MaleAn<-matrix(0,row,col)

male<-male[order(male[,1]),]

MaleAn[,1]<-male[,1]

MaleAn[,2]<-male[,2]

maleTemp<-male

for(iin 2:2^(ped-1)){

maleTemp[,2]<-MaleAn[,i]

gj<-merge(maleTemp,pedigree,by＝c("ID"),all.x＝TRUE)

gj<-gj[order(gj[,2]),]

MaleAn[,i+i-1]<-gj[,3]

MaleAn[,i+i]<-gj[,4]

}

#输出名为“公鸡系谱追踪.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(MaleAn,file＝"公鸡系谱追踪.csv")

程序运行后，自动在工作目录下生成"公禽系谱追踪.csv"和"母禽系谱追踪.csv"两个数据表格，这些表格对应的列的含义见图5，其中，a.系谱追踪结果，列变量V1表示笼号；b.呈现了a图中列变量V2-V16在系谱树中的位置。

5)配种方案组建

6)输出配种方案

#将预配公鸡信息，生成“预配公禽.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(male,file＝"预配公禽.csv")

#将预配母鸡信息，生成“预配母禽.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(female,file＝"预配母禽.csv")

#将系谱信息，生成“系谱.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(pedigree,file＝"系谱.csv")

#将配种结果，生成“配种结果.csv”的可读文件，便于后续处理分析

write.csv(Mate,file＝"配种结果.csv")

程序运行后，自动输出“预配公禽.csv”“预配母禽.csv”“系谱.csv”“配种结果.csv”文件，便于后续分析。其中配种方案表整理后见图6。

图中1表示对应公鸡和对应母鸡满足配种条件，0表示对应公鸡和对应母鸡不满足配种条件。

步骤四、制作配种表，实施现场配种。

根据配种方案表，制作配种表，如表3所示：

表3配种表示例

实施现场配种，制作笼位调整表，见表4，调整笼位，采集对应公鸡精液，对相应母鸡进行人工授精。

表4笼位调整表示例

步骤五、系谱孵化

收集种蛋，种蛋标记母鸡信息。按照家系进行孵化、落盘和出雏。

通过以上操作，能够准确而快速地进行三代或多代次不近交配种。配种方案自动生成，避免了人工查阅系谱信息，有效减轻了工作量，降低了人工判别的错出率。数据经处理后直接生成可以被Excel读取的CSV等格式文件，包括个体的系谱追踪信息和配种方案表等，便于后续的分析和处理。本发明方法在家禽育种中具有较高的推广应用价值。

上述技术方案仅体现了本发明技术方案的优选技术方案，本技术领域的技术人员对其中某些部分所可能做出的一些变动均体现了本发明的原理，属于本发明的保护范围之内。