一种番茄节间长短早期鉴定的SCAR标记及鉴定方法

技术领域

本发明属于植物分子标记技术领域，特别是涉及一种番茄节间长短早期鉴定的SCAR标记及鉴定方法。

背景技术

广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。SCAR标记是通常是由RAPD、SRAP、SSR标记转化而来的一种分子标记。由于其不需要酶切，省钱省时，结果稳定性好，可重复性强，已成为分子标记辅助选择育种的首选标记。番茄属于茄科，番茄属，已成为世界性蔬菜作物之一，然而在番茄育种过程中可用的分子标记较少，仍以传统选择育种为主，效率较低，难以快速获得满足市场需求的新品种。番茄短节间品种其株型疏松，夹角大，单位面积种植数量少，而且侧枝易相互遮阴引发病虫害。番茄长节间品种，其株型紧凑，夹角小，可以提高单位面积种植数量，通风透光效果良好，极大的促进果实产量和品质的提高(图1A)。因此，番茄节间长短早期鉴定在生产上具有重要的实际应用价值。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种分子标记，用于番茄节间长短的早期鉴定。

为实现上述目的及其他相关目的，本发明的技术方案是一种番茄节间长短早期鉴定的SCAR标记TTHH-F0R0，其核苷酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。

本发明还提供了所述SCAR标记的扩增引物对，上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

本发明还提供了所述SCAR标记在番茄节间长短早期鉴定中的应用。

本发明还提供了所述SCAR标记的扩增引物对在番茄节间长短早期鉴定中的应用。

本发明还提供了番茄节间长短早期鉴定的方法，包括如下步骤：提取待测番茄的基因组DNA为模板，以SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示核苷酸为引物，进行PCR扩增；将扩增产物进行鉴定，产物核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的为长节间番茄品种，产物核苷酸序列如SEQ ID No.2所示的为短节间番茄品种。

进一步的，采番茄叶片提取基因组DNA。

具体的，PCR扩增的反应体系为：10μL 2×Mix Master，1μL DNA模板，上、下游引物各1μL，7μL ddH

具体的，PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s；56℃退火40s；72℃延伸50s；循环35次；72℃延伸10min；结束反应，扩增产物置于冰箱4℃保存。

本发明的有益效果：本发明鉴定得到一个与番茄节间长短紧密连锁的SCAR标记。采用该标记进行鉴定不需要经番茄株型稳定时期，在苗期就可以准确快速的鉴定出番茄节间长短的株型情况,可大大加快番茄优异株型品种的选育进程。本发明SCAR标记引物不需要酶切，只需要PCR一步法检测，检测成本低、准确率较高等优点，可较好的用于番茄节间株型分子标记辅助选择育种。并进一步基于该SCAR标记提供了番茄节间长短早期鉴定的方法，通过提取番茄叶片、茎、根等植株中任意可取材的器官或组织的DNA，然后通过PCR的方法准确地对番茄节间长短进行鉴定，该发明提供的技术准确性可以达到100％，低至10mg的番茄新鲜组织就可以达到鉴定要求，不影响番茄的生长发育，而且取材的时间不受限制。

附图说明

图1、番茄品种16615(节间正常野生型)和16578(节间长突变体)的表型变异比较；A为番茄品种16615(节间正常野生型)和16578(节间长突变体)的田间株型表现；B为番茄品种16615)和突变体16578从第一个节间到第五个节间的比较；C为番茄品种16615)和突变体16578第一个节间到第五个节间长度的统计。

图2、SCAR标记THH-F0R0在节间长亲本P

图3、SCAR标记THH-F0R0标记在节间长、短之间的扩增情况。

具体实施方式

本发明中PCR扩增酶Mix Master,琼脂购买与Genstar公司提供。

实施例1SCAR标记的获得

利用野生型番茄16615和长节间田间自然突变体16578为材料，构建P

经测序，长节间植株特异条带的DNA序列(SEQ ID No.1)为：

atgagaaagaagaacatcacttataaaggcgatggatgttttggctcaaagtccaatgttatttctacatttcatatttggtacaaggagaaccatccagctagtcatatgatattttgaaagttttttttgcattctgacacttggtatcttgagaaagacctaacttactcacttagaagcacttaagtagaaacaattagaaaattccccttttgacttcgcatgttcccttggg

短节间植株特异条带DNA序列(SEQ ID No.2)为：

atgcatttggatgagaaagaagaacatcacttataaaggcgatggatgttttggctcaaagtccaatgttatttctacatttcatatttggtacaaggagaaccatccagctagtcatataatattttgagagtttttttgcattctgacactttgtatcttgagaaagacctacaatacctgaaatttgttgtacccagtccagaactaaatgacactttactcacttagaagcacttaagtagaaacaattagaaaattccccttttgacttcgcatgttcccttggg

根据THH-F0R0标记序列，进一步设计了扩增引物对，上游引物的核苷酸序列如SEQID No.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

上游引物：AACCCAAGGGAACATGCGAA(SEQ ID No.3)。

下游引物：TGGACGACTTGAGCCACATC(SEQ ID No.4)。

实施例2THH-F0R0标记的应用

通过亲本节间长亲本P1(16578)和短节间P2(16615)杂交获得F

结果显示，分子鉴定和田间表型鉴定吻合率为100％，部分检测结果见图2。如图2所示：长节间番茄亲本P

序列表

<110> 东北农业大学

<120> 一种番茄节间长短早期鉴定的SCAR标记及鉴定方法

<160> 4

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 238

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

atgagaaaga agaacatcac ttataaaggc gatggatgtt ttggctcaaa gtccaatgtt 60

atttctacat ttcatatttg gtacaaggag aaccatccag ctagtcatat gatattttga 120

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<210> 2

<211> 290

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

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<212> DNA

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

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