用于治疗TDP-43蛋白病的组合物和方法
文献发布时间:2024-04-18 20:00:50
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背景技术
神经退行性疾病肌萎缩性侧索硬化(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)的标志性病理学特征是脑和脊髓中的神经元的细胞核中RNA结合蛋白TDP-43的耗竭。由TARDBP编码的TDP-43是一种丰富的、普遍表达的RNA结合蛋白,通常定位于细胞核。其在包括RNA转录、选择性剪接和RNA转运在内的基本RNA加工活动中发挥作用(1)。TDP-43可以结合成千上万的前信使RNA/mRNA靶标(2,3)。其他方面正常的成人神经系统的TDP-43的减少改变了超过1,500个RNA的剪接或表达水平,包括含长内含子的转录物(2)。TDP-43的主要剪接调节功能是在剪接期间阻止包含隐蔽外显子(4–7)。与正常的保守外显子不同,这些隐蔽外显子潜伏在内含子中,通常被排除在成熟mRNA之外。当细胞中的TDP-43被耗竭时,这些隐蔽外显子被拼接成信使RNA,通常引入读框移位和提前终止或甚至无义介导的mRNA衰减。然而,对疾病至关重要的隐蔽剪接事件仍有待鉴定。因此,需要受TDP-43调控且也在TDP-43蛋白病的发病机理中起作用的隐蔽剪接靶标作为治疗靶标的发现。
发明内容
在一个方面,本公开提供了一种减少细胞中的UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达的方法,其包括施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中:(a)UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子;并且(b)UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸。
在另一个方面,本公开提供了一种减少细胞中的磷酸化TAR-DNA结合蛋白-43(TDP-43)的方法,其包括施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中:(a)UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子;并且(b)UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸。
在另一个方面,本公开提供了一种治疗受试者的TAR-DNA结合蛋白-43(TDP-43)蛋白病的方法,其包括向受试者施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中:(a)UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子;并且(b)UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸。
在另一个方面,本公开提供了一种治疗已被鉴定为具有在内含子20-21中的UNC13A基因突变的受试者的方法,其包括向受试者施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中:(a)UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子;并且(b)UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸。
在实施方案中,隐蔽外显子包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6的碱基序列。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸,其与以下序列互补:(a)具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端;或(b)具有SEQID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸,其与以下序列互补:(a)具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端;或(b)具有SEQID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括反义寡核苷酸,其与以下序列互补:(a)编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;(b)编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;(c)编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或(d)编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。
在实施方案中,编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成;或者编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域包SEQ ID NO:299含或由其组成。
在实施方案中,反义寡核苷酸具有15-40个碱基。在实施方案中,反义寡核苷酸具有20-30个碱基。在实施方案中,反义寡核苷酸具有18-25个碱基。在实施方案中,反义寡核苷酸具有18-22个碱基。
在实施方案中,反义寡核苷酸的碱基序列与SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640中的任一者具有至少80%、85%、90%或95%同一性。在实施方案中,反义寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640中的任一者或由其组成的碱基序列。在实施方案中,反义寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:423-432、439-443、491-498、502-507和513-514中的任一者或由其组成的碱基序列。
在实施方案中,反义寡核苷酸:(a)具有与SEQ ID NO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(b)具有与SEQ ID NO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(c)具有与SEQ ID NO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(d)具有与SEQ ID NO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;或者(e)具有与SEQ ID NO:654互补的18-21个碱基。
在实施方案中,反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括2’OMe反义寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基反义寡核苷酸、硫代磷酸酯反义寡核苷酸或LNA反义寡核苷酸。
本公开还提供了一种药物组合物,其包含反义寡核苷酸和药学上可接受的赋形剂,所述反义寡核苷酸具有15-40个碱基并且包含与SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640中的任一者具有至少80%同一性的碱基序列。
本公开还提供了一种药物组合物,其包含反义寡核苷酸和药学上可接受的赋形剂,所述反义寡核苷酸具有:(a)与SEQ ID NO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(b)与SEQ ID NO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(c)与SEQ ID NO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;(d)与SEQ ID NO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基;或(e)与SEQ ID NO:654互补的18-21个碱基。
在另一个方面,本公开提供了一种经修饰的反义寡核苷酸,其具有15-40个碱基并且包含与SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640中的任一者具有至少80%同一性的碱基序列。
在另一个方面,本公开提供了一种经修饰的反义寡核苷酸,其具有15-40个碱基,其中碱基序列与以下序列互补:(a)具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端;或(b)具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端。
本公开还提供了试剂盒,其包含本公开的UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸。
附图简要说明
图1A-1J.TDP-43的细胞核耗竭导致UNC13A RNA中包含隐蔽外显子,并降低UNC13A蛋白的表达。图1A:对从7名FTD/FTD-ALS患者的额叶皮质分离的TDP-43阳性和TDP-43阴性神经元细胞核产生的RNA测序结果进行剪接分析。FACS,荧光活化细胞分选。图1B:由MAJIQ(P(ΔΨ>0.1)>0.95)(ΔΨ,两种条件之间局部剪接变异的变化)和LeafCutter(P<0.05)鉴定的65个选择性剪接基因。图1C:UNC13A(hg38)中外显子20和外显子21之间的RNA测序比对的可视化。如(图1A)中所述产生文库。CE,隐蔽外显子。图1D:TDP-43的iCLIP表明TDP-43与内含子20-21结合。内含子20-21中经常被TDP-43结合的区域的实例。TDP-43结合基序(UG)n以橙色突出显示。图1E和图1H:RT-qPCR证实了在SH-SY5Y细胞(对于每种条件进行5次独立的细胞培养实验)(图1E)和3个独立的诱导运动神经元(iMN)(对于每种iMN进行4次独立的细胞培养实验)(图1H)中在TDP-43耗竭后UNC13A mRNA中包含隐蔽外显子。示出了跨越隐蔽外显子相关区域的引物的位置。使用RPLP0来使qRT-PCR归一化。(双侧Welch双样品t检验(two sided-Welch Two Sample t-test),*P<0.05,**P<0.01,P<0.001,***P<0.0001;平均值±s.e.m.)。图1F和图1I:用混杂shRNA或TDP-43shRNA(n=3)处理的SH-SY5Y细胞(图1F)和iMN(图1I)中UNC13A蛋白和TDP-43的免疫印迹。GAPDH用作加载对照。图1G:(图1F)中印迹的定量(双侧Welch双样品t检验,*P<0.05,**P<0.01)。图1J:RT-qPCR(n=5)分析证实了在来源于人iPS细胞的神经元中在TDP-43耗竭后包含UNC13A隐蔽外显子(3个独立的细胞培养实验)。使用RPLP0和GAPDH来使qRT-PCR归一化(双侧Welch双样品t检验;***P<0.001,***P<0.0001;平均值±s.e.m.)。
图2A-2D.人TDP-43蛋白病中包含UNC13A隐蔽外显子。图2A:UNC13A隐蔽外显子表达水平在FTLD-TDP患者的额叶皮质中显著增加。顶部示出了用于隐蔽外显子检测的qRT-PCR引物对。GAPDH和RPLP0用于使qRT-PCR归一化(双侧Mann-Whitney检验,****P<0.0001;误差条表示95%的置信区间)。图2B:在NYGC ALS联合群组中神经病理学证实的FTLD-TDP患者的近50%额叶皮质组织和颞叶皮质组织中检测到UNC13A隐蔽外显子。在来自健康对照、FTLD-FUS、FTLD-TAU和ALS-SOD1患者的组织中,隐蔽外显子也明显缺失。图2C:UNC13A隐蔽外显子信号与梅奥诊所脑库(Mayo Clinic brain bank)中的FTLD-TDP患者额叶皮质的磷酸化TDP-43水平正相关(Spearman的ρ=0.572,p值<0.0001)。数据点根据患者报告的基因突变进行着色。图2D:UNC13A隐蔽外显子信号和磷酸化TDP-43水平之间的Spearman相关性。以绿色着色的行表示每个基因突变组内的相关性。以蓝色着色的行显示每个疾病组内的相关性。
图3A-3B.UNC13A隐蔽剪接是人脑中与细胞核TDP-43缺失相关的病理特征。图3A:BaseScope
图4A-4J.当TDP-43为功能失调的时,与ALS/FTD易感性相关的风险单体型增强了隐蔽外显子包含。图4A:示出UNC13A中与ALS/FTD相关的SNP的LocusZoom图。选择最显著的GWAS命中(rs12608932)作为参考。其他SNP基于其与欧洲群体中rs12608932的连锁平衡水平进行着色。内含子20-21(黑色三角形)中的两个SNP(rs12608932和rs12973192)处于强连锁不平衡状态。图4B:在UNC13A剪接变体中,rs12973192处风险等位基因(G)的包含率较高(双侧配对t检验,**P=0.0094)。简单线性回归模型(图4C)和多元回归模型(图4D)都示出了UNC13A隐蔽外显子的丰度和风险等位基因的数量之间的强相关性。残差的正态性通过Shapiro-Wilk正态性检验进行检验(p值=0.2604)。图4D:使用rs12973192处的风险等位基因的数量、TDP-43磷酸化水平、性别、报告的基因突变作为预测变量的多元回归分析的汇总结果。以同一颜色着色的行表示同一变量内的因子。残差的正态性通过Shapiro-Wilk正态性检验进行检验(p值=0.1751)。图4E:rs 56041637相对于两个已知GWAS命中和UNC13A隐蔽外显子的位置的图。图4F:UNC13A隐蔽外显子小基因报告基因构建体的设计和用于RT-PCR的引物对的位置。GFP和mCherry的转录由双向启动子(蓝色)控制。黑色三角形表示基因变体的位置,如(E)所示。图4G:在WT和TDP-43-/-HEK293T细胞中评估小基因的剪接。HEK293T细胞不内源性表达UNC13A。每个条带表示的PCR产物标记在每个凝胶的左侧。除了包含隐蔽外显子(b)以外,一些剪接变体还包含更长版本的隐蔽外显子(c)(图5)或隐蔽外显子上游的完整内含子(d)。携带风险等位基因的小基因显示典型剪接产物(a)几乎完全丧失且选择性剪接产物增加。图4H:在表达不同UNC13A小基因报告基因的HeLa细胞中,siRNA(和环己酰亚胺(CHX)处理)对TDP-43的耗竭导致包含隐蔽外显子,这可以通过过量表达TDP-43蛋白(GFP-TDP-43)而不是通过RNA结合缺陷型突变体TDP-43(GFP-TDP-43-5FL)来拯救。图4I:FTLD-TDP患者的存活曲线基于他们携带的风险单体型的数量(0、1或2)来分层。风险单体型为杂合和纯合的患者在疾病发作后的存活时间较短(n=205,梅奥诊所脑库)(得分(对数秩)检验,p值=0.01)。虚线表示每种基因型的中位存活率。使用对基因突变、性别和发病年龄进行调整的Cox多变量分析将风险单体型的影响建模为加性模型。底部示出了风险表。分析的汇总结果在图15A中。图4J:UNC13A蛋白表达水平如何在携带UNC13A风险单体型并表现出TDP-43病理学的患者中最显著降低的模型。
图5A-5D.使用MAJIQ的剪接分析证明在UNC13A的外显子20和外显子21之间包含隐蔽外显子。图5A和5B:TDP-43的耗竭在内含子20-21中引入两个选择性3'剪接受体:一个受体在chr19:17642591(ΔΨ=0.05184)处,并且另一个受体在chr19:17642541(ΔΨ=0.48865)处。图5C和5D:在chr19:17642414(ΔΨ=0.772)处也引入选择性5'剪接供体。由于观察到chr19:17642541 3'剪接受体的高得多的使用率(图5B),由该3'剪接受体和选择性5'剪接供体定义的128bp隐蔽外显子(图5C)成为焦点。图5A和5C是显示在UNC13A的外显子20和外显子21之间包含隐蔽外显子(CE)的拼接图。图5B和5D:是分别对应于图5A和5C的小提琴图。(图5B和5D)中的每个小提琴表示拼接图中颜色匹配接合处的预期相对包含(PSI或Ψ)的后验概率分布。每个小提琴的尾部表示第10百分位和第90百分位。方框表示四分位范围,中间的线表示中位数。白色圆圈表示预期的PSI(E[ψ])。两种条件之间每个接合处的相对包含水平的变化称为ΔΨ或ΔPSI(12)。
图6A-6D.UNC13A的内含子20-21在大多数灵长类动物中是保守的。UCSC(39)基因组浏览器(http://genome.ucsc.edu)上的灵长类动物多序列比对和保护跟踪包括20种哺乳动物,其中17种是灵长类动物。图6A:UNC13A的外显子20和外显子21在哺乳动物中非常保守。然而,内含子20-21(图6B)、隐蔽外显子(图6C)和隐蔽外显子上游的剪接受体位点(图6C)以及隐蔽外显子下游的剪接供体位点(图6D)仅在灵长类动物中是保守的。
图7A-7B.诱导运动神经元(iMN)中TDP-43的耗竭导致UNC13A中包含隐蔽外显子。图7A:RT-PCR证实了在三个独立的iMN中在TDP-43耗竭后含有隐蔽外显子的UNC13A mRNA亚型的表达(对于每种iMN和条件进行4次独立的细胞培养实验)。除了含有隐蔽外显子的剪接变体以外,还检测到包含更长版本的隐蔽外显子(图5A)和隐蔽外显子上游的完整内含子(图4G)。每个条带表示的PCR产物标记在每个凝胶的左侧。所用PCR引物对的位置示出在每个凝胶图像的顶部。图7B:跨越隐蔽外显子和外显子21接合处的PCR引物对证实隐蔽外显子包含仅在TDP-43敲低时出现。
图8.在梅奥诊所脑库的大多数FTLD-TDP患者的额叶皮质中,总UNC13A转录物没有显著变化。在没有报告基因突变的FTD患者和有GRN突变的FTD患者中观察到总UNC13A转录物的降低。这可能是由于目前尚不清楚的特定病理。顶部示出了用于检测的qRT-PCR引物对。使用GAPDH和RPLP0来使qRT-PCR归一化(双侧Mann-Whitney检验,ns:P>0.05;**P<0.01;****P<0.0001:误差条表示95%的置信区间)。
图9.在ALS/FTLD、ALS-TDP和ALS/AD患者的疾病相关组织中也可以检测到UNC13A隐蔽外显子。这些患者的诊断未得到神经病理学确认。因此,尚不清楚这些患者是否存在TDP-43错误定位。ALS患者基于他们是否携带SOD1突变(ALS-SOD1对比ALS-TDP)来进行分类。ALS-AD是指患有疑似阿尔茨海默病的ALS患者。ALS-FTLD是指同时患有FTD和ALS的患者。
图10A-10H.UNC13A隐蔽外显子信号和总UNC13A信号与梅奥诊所脑库中的FTLD-TDP患者额叶皮质的磷酸化TDP-43水平相关。图10A:UNC13A隐蔽外显子信号与梅奥诊所脑库中的FTLD-TDP患者额叶皮质的磷酸化TDP-43水平正相关(Spearman的ρ=0.572,p值<0.0001)。数据点根据患者的疾病类型进行着色。图10B和10C:总UNC13A信号与相同样品中的磷酸化TDP-43水平负相关。数据点分别根据患者报告的基因突变(图10B)和疾病类型(图10C)进行着色。图10D:总UNC13A信号和磷酸化TDP-43水平之间的Spearman相关性。以绿色着色的行示出了每个基因突变组之间的相关性。以蓝色着色的行示出了每个疾病组内的相关性。图10E-10H:使用未转换数据作为输入的散点图。图10E-10F:隐蔽外显子信号对比磷酸化TDP-43水平。图10G-10H:总UNC13A信号对比磷酸化TDP-42水平。qRT-PCR引物对示出在每个图的顶部。
图11A-11E.UNC13A隐蔽剪接与人脑中细胞核TDP-43的丧失相关。图11A:靶向选择性剪接的UNC13A转录物的UNC13A e20/CE BaseScope
图12A-12C.rs12973192处的基因型影响隐蔽外显子包含的水平。图12A:UNC13A的外显子20和外显子21之间的RNA-seq比对的可视化。RNA-seq文库由TDP-43阴性神经元细胞核产生,如图1A所述。图12B:除SRR8571945以外,在rs12973192处杂合(C/G)或纯合(G/G)的样品具有隐蔽外显子的较高相对包含率(ψ)。图12C:TDP-43耗竭的iMN和SRR8571950神经元细胞核中UNC13A剪接变体中C和G等位基因的百分比。对每个重复进行精确的二项式检验,以检验观察到的百分比差异是否不同于在两个等位基因同等地包含在隐蔽外显子中时所预期的差异。
图13A-13F.UNC13A隐蔽外显子的丰度与风险等位基因的数量相关。使用未转化数据的简单线性回归模型(图13A)和多元回归模型(图13B)示出了UNC13A隐蔽外显子的丰度和风险等位基因的数量之间的强相关性。图13B:使用风险等位基因数、TDP-43磷酸化水平、性别、报告的基因突变作为预测变量的多元回归分析的汇总结果。以同一颜色着色的行表示同一变量内的因子。图13C和13E:简单线性回归模型和图13D和13F:多元回归模型(使用转化的数据(图13A和13D)和未转化的数据(13E和13F))显示总UNC13A mRNA转录物的丰度与患者携带者中rs12971392处的风险等位基因的数量不显著相关。这可能是来自不受TDP-43病理学影响的神经元的UNC13A表达的结果,如图3B和图11D中所示。残差的正态性通过Shapiro-Wilk正态性检验进行测试,并且结果示出在每个图的底部。每个图的顶部示出了用于检测的qPCR引物对。
图14.rs56041637和rs62121687与UNC13A的内含子20-21中的两个GWAS命中处于强连锁不平衡状态。使用在来自297名欧洲血统的ALS患者的全基因组测序数据中鉴定的基因变体(2020年7月,Answer ALS),我们在内含子20-21中寻找在之前的GWAS中没有出现的其他基因变体。沿着热点图的轴是297名患者中显示变异的所有位点。每个图块表示卡方检验中Bonferroni调整的p值。小于0.05的p值显示为黄色,其他显示为蓝色或灰色。蓝色和红色区块分别突出了rs 12608932和rs12973192与内含子20-21中其他基因变体的关联性。两者共有的重要关联性用黑色圈出。发现另外两个SNP rs56041637(与rs12608932的Bonferroni调整的p值<0.0001,与rs12973192的Bonferroni调整的p值<0.0001)和rs62121687(与rs12608932的Bonferroni调整的p值<0.0001,与rs12973192的Bonferroni调整的p值<0.0001)与两者在LD中。然而,由于rs62121687包含在GWAS中并且其p值为0.0186585(36),因此将其排除在进一步分析之外。
图15A-15E.UNC13A风险单体型减少FTLD-TDP患者的存活时间。图15A:加性模型的Cox多变量分析(针对基因突变、性别和发病年龄进行调整)的汇总结果。图15B和15D:根据显性模型(图15B)和隐性模型(图15C)以及它们相应的风险表,FTLD-TDP患者(n=205,梅奥诊所脑库)的存活曲线。显性模型(图15C)和隐性模型(图15D)的Cox多变量分析(针对基因突变、性别和发病年龄进行调整)的汇总结果。显性模型(图15B和15C)和隐性模型(图15D和15E)都显示风险单体型的存在会降低FTLD-TDP患者的存活率。虚线表示每种基因型的中位存活率。使用计分检验计算对数秩p值。以绿色着色的行表示一个变量内的因子。
图16A-16F.在C9ORF72六核苷酸重复扩增携带者和GRN突变携带者中,UNC13A风险单体型对存活率的影响更显著。图16A、16C和16E:根据加性模型(图16A)、显性模型(图16C)和隐性模型(图16E)以及其相应风险表,携带C9ORF72或GRN突变的FTLD-TDP患者的存活曲线(n=80,梅奥诊所脑库)。加性模型(图16B)、显性模型(图16D)和隐性模型(图16F)的Cox多变量分析(针对基因突变、性别和发病年龄进行调整)的汇总结果。当我们仅包括具有与TDP-43病理学相关的突变的FTLD-ALS患者时,加性模型(图16A和16B)和显性模型(图16C和16D)都表明风险单体型对存活时间的影响变得更显著。虽然两组的存活分布没有显著差异(对数秩p值=0.3),但风险单体型的数量仍然是强有力的预后因素(p值=0.03800)。虚线表示每种基因型的中位存活率。使用计分检验计算对数秩p值。
图17示出了UNC13A基因组区域,其包含外显子20、隐蔽外显子#1(128bp)和外显子21。
图18示出了参考转录物的STMN2外显子结构和含有隐蔽外显子2a(顶部)和外显子2a序列(底部)的剪接变体。
图19A-19D示出用UNC13A特异性2’MOE反义寡核苷酸处理后运动神经元中的UNC13A mRNA水平,如通过qPCR测量的。图19A-19B示出使用对UNC13A隐蔽外显子包含具有特异性的引物/探针的qPCR结果。图19C-19D示出了使用对参考UNC13A具有特异性的引物/探针的qPCR结果。
具体实施方式
在更详细地阐述本公开之前,提供本文使用的某些术语的定义可能有助于理解本公开。在本公开中阐述了另外的定义。
在本说明书中,任何浓度范围、百分比范围、比率范围或整数范围都应理解为包括所述范围内的任何整数的值,并且当合适时,包括其分数(例如整数的十分之一和百分之一)或子范围,除非另有说明。
除非另有说明,否则如本文所用,术语“约”是指所示范围、数值或结构的±20%。
应该理解,如本文所用,术语“一个/种(a/an)”是指“一个/种或多个/种”列举的组件。替代词(例如“或”)的使用应理解为表示替代物中的一种、两种或其任何组合。
如本文所用,术语“包括”、“具有”和“包含”是同义使用的,这些术语及其变型旨在被解释为非限制性的。
“任选的”或“任选地”是指随后描述的元素、组分、事件或情况可能发生或可能不发生,并且该描述包括该元素、组分、事件或情况发生的情况和它们不发生的情况。
如本文所用,“核酸”或“核酸分子”或“多核苷酸”是指任何脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、寡核苷酸、例如通过聚合酶链式反应(PCR)或通过体外翻译产生的分子以及通过连接、断裂、核酸内切酶作用、核酸外切酶作用或机械作用(例如剪切)中的任何一种产生的分子。核酸可以由多种单体组成,这些单体是天然存在的核苷酸(诸如脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸)、天然存在的核苷酸的类似物(例如天然存在的核苷酸的α-对映体形式)或两者的组合。经修饰的核苷酸可以具有糖部分或嘧啶或嘌呤碱基部分的修饰或置换(例如,吗啉代核苷酸)。多核苷酸的核酸单体可以通过磷酸二酯键或此类键的类似物连接。磷酸二酯键的类似物包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、硫代苯胺磷酸酯(hosphoroanilothioate)、苯胺磷酸酯(phosphoranilidate)、磷酰胺(phosphoramidate)等。核酸分子可以是单链或双链的。
如本文所用,如本文所用的“蛋白质”或“多肽”是指由通过肽键共价连接的氨基酸残基组成的化合物。术语“蛋白质”可以与术语“多肽”同义,或者还可以指两个或更多个多肽的复合物。在某些实施方案中,多肽可以是片段。如本文所用,“片段”是指缺少一个或多个在参考序列中发现的氨基酸的多肽。片段可以包含在参考序列中发现的结合结构域、抗原或表位。参考5多肽的片段可以具有参考序列的氨基酸序列的至少约20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的氨基酸。
术语“分离的”意指材料、复合物、化合物或分子从其原始环境(例如,如果它是天然存在的,则是自然环境)中移出。例如,存在于活体动物中的天然存在的多核苷酸或多肽不是分离的,但从天然系统中一些或所有共存材料分离的相同多核苷酸或多肽是分离的。此类核酸可以是载体的一部分和/或此类核酸或多肽可以是组合物(例如细胞裂解物)的一部分,并且仍然是分离的,因为此类载体或组合物不是核酸或多肽的天然环境的一部分。术语“基因”是指参与产生多肽链的DNA片段;它包括编码区“前导和尾部”之前和之后的区域以及如果存在的话在各个编码片段(外显子)之间的插入序列(内含子)。
如本文所用,术语“重组的”或“基因工程化的”是指已经通过人为干预进行基因修饰的细胞、微生物、核酸分子、多肽或载体。例如,重组多核苷酸通过人或机器引入外源或异源核酸分子来修饰,或是指已经通过人或机器干预而改变,使得内源核酸分子或基因的表达被控制、去调节或为组成型的细胞或微生物。人产生的基因改变可包括例如引入编码一种或多种蛋白质或酶的核酸分子(可包括表达控制元件,诸如启动子)的修饰,或其他核酸分子的添加、缺失、取代,或对细胞遗传物质或编码产物的其他功能破坏或添加。示例性人或机器引入的修饰包括来自参考或亲本分子的异源或同源多肽的编码区或其功能片段中的修饰。
“野生型”基因或基因产物是在群体中最常观察到的,因此被任意设计为基因的“正常”或“参考”或“野生型”形式。
如本文所用,“突变”分别是指与参考或野生型核酸分子或多肽分子相比,核酸分子或多肽分子的序列变化。突变可导致几种不同类型的序列变化,包括核苷酸或氨基酸的取代、插入或缺失。
“保守取代”是指不显著影响或改变特定蛋白质的结合特性的氨基酸取代。通常,保守取代是指如下取代,其中取代的氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基替换。保守取代包括在以下组之一中发现的取代:第1组:丙氨酸(Ala或A)、甘氨酸(Gly或G)、丝氨酸(Ser或S)、苏氨酸(Thr或T);第2组:天冬氨酸(Asp或D)、谷氨酸(Glu或Z);第3组:天冬酰胺(Asn或N)、谷氨酰胺(Gln或Q);第4组:精氨酸(Arg或R)、赖氨酸(Lys或K)、组氨酸(His或H);第5组:异亮氨酸(Ile或I)、亮氨酸(Leu或L)、甲硫氨酸(Met或M)、缬氨酸(Val或V);第6组:苯丙氨酸(Phe或F)、酪氨酸(Tyr或Y)、色氨酸(Trp或W)。另外地或替代地,氨基酸可以通过相似的功能、化学结构或组成(例如酸性、碱性、脂族、芳族或含硫)被分组为保守取代组。例如,为了取代的目的,脂族分组可以包括Gly、Ala、Val、Leu和Ile。其他保守取代组包括:含硫:Met和半胱氨酸(Cys或C);酸性:Asp、Glu、Asn和Gln;小的脂族、非极性或弱极性残基:Ala、Ser、Thr、Pro和Gly;极性、带负电荷的残基及其酰胺:Asp、Asn、Glu和Gln;极性、带正电荷的残基:His、Arg和Lys;大的脂族非极性残基:Met、Leu、Ile、Val和Cys;以及大的芳族残基:Phe、Tyr和Trp。其他信息可以在Creighton(1984)Proteins,W.H.Freeman and Company中找到。
如本文所用,术语“表达”是指基于核酸分子(诸如基因)的编码序列而产生多肽的过程。该过程可以包括转录、转录后控制、转录后修饰、翻译、翻译后控制、翻译后修饰或其任何组合。
如本文所用,“序列同一性”是指在比对序列并引入缺口(如果必要的话)以获得最大百分比的序列同一性之后,一个序列中与另一个参考多核苷酸(多肽)序列中的核苷酸(氨基酸残基)相同的核苷酸(氨基酸残基)的百分比,并且不将任何保守取代视为序列同一性的一部分。可以使用Altschul等人.(1997)"Gapped BLAST and PSI-BLAST:anewgeneration of protein database search programs",Nucleic Acids Res.25:3389-3402定义的NCBI BLAST2.0软件来生成序列同一性百分比值,其中参数设置为默认值。
如本文所用,“UNC13A”是指在中枢和神经肌肉突触中发现的调节神经递质、肽和激素释放的突触前蛋白质。UNC13A参考或野生型mRNA转录物含有编码1,703个氨基酸的蛋白质的44个外显子。在实施方案中,NCBI参考序列NP_001073890.2(SEQ ID NO:11)是野生型或参考UNC13A蛋白的实例。在实施方案中,NCBI参考序列NM_001080421.3(SEQ ID NO:1)是野生型或参考UNC13A mRNA转录物的实例。在实施方案中,UNC13A包括所有形式的UNC13A,包括野生型、剪接同种型、变体、突变体、天然构象、错误折叠和翻译后修饰形式。在实施方案中,UNC13A不包括UNC13A隐蔽外显子剪接变体。
如本文所用,术语“预加工的mRNA”或“前mRNA”或“前体mRNA”是指从DNA模板转录合成并且没有经过加工(例如剪接、添加5'帽和添加3'polyA尾)以变成成熟mRNA的初级转录物。成熟mRNA能够被核糖体翻译成蛋白质。
如本文所用,术语“隐蔽外显子”或“假外显子”是指野生型前mRNA中不存在或检测不到使用,但在变体同种型中选择的外显子,隐蔽外显子可能由于产生新的剪接位点或去除剪接阻遏物的现有结合位点的突变而产生。隐蔽外显子也可以从转座元件(例如Alu元件)中出现。
如本文所用,“UNC13A隐蔽外显子剪接变体”是指mRNA或由所述mRNA编码的蛋白质,其包含外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子。隐蔽外显子从UNC13A基因的内含子20-21获得。在实施方案中,隐蔽外显子具有SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6的核苷酸序列。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体可具有编码SEQ ID NO:8的蛋白质序列的SEQ ID NO:7的核苷酸序列,或编码SEQ ID NO:10的蛋白质序列的SEQ ID NO:9的核苷酸序列。
如本文所用,“反式活化反应元件DNA结合蛋白43”或“TAR-DNA结合蛋白-43”或“TDP-43”是指由TARDBP编码的通常414个氨基酸残基的蛋白质。在实施方案中,野生型TDP43氨基酸序列由Uniprot登录号Q13148(SEQ ID NO:378)提供。在实施方案中,TDP43包括所有形式的TDP-43,包括野生型、剪接同种型、变体、突变体、天然构象、错误折叠和翻译后修饰(例如,泛素化、磷酸化、乙酰化、类泛素化(sumoylated)或切割成C末端片段)的蛋白质。
如本文所用,“TAR-DNA结合蛋白-43蛋白病”或“TDP-43蛋白病”是指一种神经退行性疾病,其特征在于受试者的脑和/或脊髓中TDP-43阳性蛋白包含物的沉积。过度磷酸化、泛素化、切割形式的TDP-43的细胞质包含是疾病的病理特征,所述疾病包括但不限于肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞叶变性(FTLD)、原发性侧索硬化(PLS)、进行性肌萎缩(PMA)、面部发作感觉和运动神经元病(FOSMN)、海马硬化(HS)、边缘系统为主的年龄相关性TDP-43脑病(LATE)、脑年龄相关性TDP-43伴硬化(CARTS)、关岛帕金森-痴呆综合征(Guam Parkinson-dementia complex,G-PDC)、Guan ALS(G-ALS)、多系统蛋白病(MSP)、佩里病(Perrydisease)、阿尔茨海默病(Alzheimer’sdisease,AD)和慢性创伤性脑病(CTE)。
术语“互补的”和“互补性”是指由碱基配对规则相关的多核苷酸(即,核苷酸序列)。例如,序列“A-G-T”与序列“T-C-A”是互补的。互补性可以是“部分的”,其中仅一些核酸的碱基根据碱基配对规则匹配,或者核酸之间可以存在“完全的”或“全部的”互补性。核酸链之间的互补程度对核酸链之间杂交的效率和强度具有显著影响。尽管通常需要完美互补性,但是一些实施方案可以包括一个或多个但优选6、5、4、3、2或1个相对于靶核酸(例如RNA)的错配。包括寡聚物内任何位置处的变化。在某些实施方案中,寡聚物末端附近的序列变化通常比内部变化更优选,并且如果存在的话,通常在5'和/或3'末端的约6、5、4、3、2或1个核苷酸内。
术语“反义寡聚物”或“反义化合物”或“反义寡核苷酸”或“寡核苷酸”可互换使用,并且是指由DNA、RNA或两者构成的短单链多核苷酸(例如10-50个亚基),其通过沃森-克里克碱基配对与核酸(通常是RNA)中的靶序列杂交,以在靶序列内形成核酸:寡聚物异源双链体。反义寡核苷酸可包含未修饰的核苷酸或可含有经修饰的核苷酸、非天然核苷酸或类似物核苷酸,诸如吗啉代、硫代磷酸酯、肽核酸、LNA、2'-O-Me RNA、2'F-RNA、2'-O-MOE-RNA、2'F-ANA或其任何组合。
这种反义寡聚物可被设计成阻断或抑制mRNA的翻译或抑制天然的前mRNA剪接加工,或诱导靶向mRNA的降解,并且可以被认为是“针对”或“靶向”与其杂交的靶序列。在实施方案中,靶序列是围绕或包括mRNA的AUG起始密码子、预加工mRNA的3'或5'剪接位点或分支点的区域。靶序列可以是在外显子内或内含子内或其组合内。剪接位点的靶序列可以包括在预加工mRNA中正常剪接受体接合处下游1至约25个碱基对处具有5'端的mRNA序列。剪接位点的示例性靶序列是包括剪接位点或完全包含在外显子编码序列内或跨越剪接受体或供体位点的预加工mRNA的任何区域。当寡聚物以上述方式靶向靶标的核酸时,所述寡聚物更一般地被称为是“靶向”生物学相关靶标,诸如在本公开中,编码UNC13A蛋白的人UNC13A基因前mRNA。示例性靶向序列包括表2-5中列出的那些。
术语“寡核苷酸类似物”是指具有以下的寡核苷酸:(i)经修饰的主链结构,例如除了天然寡核苷酸和多核苷酸中发现的标准磷酸二酯键以外的主链,和(ii)任选地经修饰的糖部分,例如除了核糖或脱氧核糖部分以外的吗啉代部分。寡核苷酸类似物支持能够通过沃森-克里克碱基配对与标准多核苷酸碱基形成氢键的碱基,其中类似物主链以允许在寡核苷酸类似物分子和标准多核苷酸中的碱基(例如,单链RNA或单链DNA)之间以序列特异性方式形成氢键的方式呈现碱基。示例性类似物是具有基本上不带电的含磷主链的类似物。
寡核苷酸的“亚基”是指包含嘌呤或嘧啶碱基配对部分的一个核苷酸(或核苷酸类似物)单位。该术语可以是指具有或不具有连接的亚基间键的核苷酸单位,尽管当提及“带电荷的亚基”时,电荷通常位于亚基间键内(例如,磷酸或硫代磷酸键或阳离子键)。
嘌呤或嘧啶碱基配对部分,在本文中也简称为“核碱基”、“碱基(base)”或“碱基(bases)”,可以是腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶或肌苷。还包括碱基,诸如吡啶-4-酮、吡啶-2-酮、苯基、假尿嘧啶、2,4,6-三115甲氧基苯、3-甲基尿嘧啶、二氢尿苷、萘基、氨基苯基、5-烷基胞苷(例如5-甲基胞苷)、5-烷基尿苷(例如胸苷)、5-卤尿苷(例如5-溴尿苷)或6-氮杂嘧啶或6-烷基嘧啶(例如6-甲基尿苷)、丙炔、辫苷(quesosine)、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、怀丁苷、怀丁氧苷(wybutoxosine)、4-乙酰基胞苷(acetyltidine)、5-(羰基羟基甲基)尿苷、5′-羧基甲基氨基甲基-2-硫代尿苷、5-羰基甲基氨基甲基尿苷、β-D-半乳糖基辫苷、1-甲基腺苷、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鸟苷、3-甲基胞苷、2-甲基腺苷、2-甲基鸟苷、N6-甲基腺苷、7-甲基鸟苷、5-甲氧基氨基甲基-2-硫代尿苷、5-甲基氨基甲基尿苷、5-甲基羰基乙基尿苷、5-甲基氧基尿苷、5-甲基-2-硫代尿苷、2-甲基硫代-N6-异戊烯基腺苷、β-D-甘露糖基辫苷、尿苷-5-氧基乙酸、2-硫代胞苷、苏氨酸衍生物和其他碱基(Burgin等人,1996,Biochemistry,35:14090;Uhlman和Peyman,同上)。在这方面,“经修饰的碱基”意指除腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)以外的核苷酸碱基,如上所述;此类碱基可以用于反义分子的任何位置。本领域技术人员将理解,根据寡聚物的用途,Ts和Us是可互换的。例如,对于其他反义化学物质,诸如更像RNA的2’-O-甲基反义寡核苷酸,T碱基可以显示为U。
术语“靶向序列”是寡聚物或寡聚物类似物中与RNA基因组中的“靶序列”互补(此外,意味着基本上互补)的序列。反义寡聚物的整个序列或仅一部分可以与靶序列互补。例如,在具有20-30个碱基的寡聚物中,约6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28或29个碱基可以是与靶区域互补的靶向序列。通常,靶向序列由寡聚物中的连续碱基形成,但是也可以由不连续序列形成,所述不连续序列当放置在一起时,例如从寡聚物的反向端,构成跨越靶序列的序列。
“靶向序列”可以与靶序列“接近”或“基本上”互补,并且仍对本公开的目的起作用,即,仍是“互补的”。优选地,本公开中使用的寡聚物类似物化合物与靶序列在10个核苷酸中最多具有一个错配,优选地在20个核苷酸中最多具有一个错配。或者,所用的反义寡聚物与如本文指定的示例性靶向序列具有至少90%序列同一性,优选至少95%序列同一性。
“氨基酸亚基”或“氨基酸残基”可以是指α-氨基酸残基(-CO-CHR-NH-)或β-氨基酸残基或其他氨基酸残基(例如,–CO-(CH
术语“天然存在的氨基酸”是指存在于自然界中发现的蛋白质中的氨基酸,例如在蛋白质生物合成期间利用的20(L)-氨基酸以及其他氨基酸,例如4-羟基脯氨酸、羟基赖氨酸、锁链素、异锁链素、高半胱氨酸、瓜氨酸和鸟氨酸。术语“非天然氨基酸”是指不存在于自然界中发现的蛋白质中的氨基酸,实例包括β-丙氨酸(β-Ala)、6-氨基己酸(Ahx)和6-氨基戊酸。“非天然氨基酸”的其他实例包括但不限于(D)-氨基酸、正亮氨酸、正缬氨酸、对氟苯丙氨酸、乙硫氨酸等,它们是本领域技术人员已知的。
术语“靶序列”是指寡核苷酸或反义试剂所针对的靶RNA的一部分,即寡核苷酸将通过互补序列的沃森-克里克碱基配对与之杂交的序列。在实施方案中,靶序列可以是包括内含子和外显子靶序列的前mRNA的连续区域。在实施方案中,靶序列将仅由内含子或外显子序列组成。
当杂交以反平行构型发生时,靶序列和靶向序列被描述为彼此“互补”。靶向序列可以与靶序列“接近”或“基本上”互补,并且仍对本公开的目的起作用,即它仍可以是功能上“互补的”。在某些实施方案中,寡核苷酸可以与靶序列在10个核苷酸中最多具有一个错配,优选在20个核苷酸中最多具有一个错配。或者,寡核苷酸可以与本文所述的示例性反义靶向序列具有至少90%序列同一性,优选至少95%序列同一性。
如果寡核苷酸在生理条件下与靶标“特异性杂交”,则所述寡聚物与靶多核苷酸“特异性杂交”,其中Tm基本上大于45℃,优选地至少50℃,并且通常为60℃-80℃或更高。这种杂交优选对应于严格杂交条件。在给定的离子强度和pH下,Tm是50%靶序列与互补多核苷酸杂交的温度。同样,这种杂交可以在反义寡聚物与靶序列“接近”或“基本”互补的情况下发生,也可以在精确互补的情况下发生。
“核酸酶抗性”寡聚分子(寡聚物)是指以下分子,其主链以非杂交或杂交形式基本上抵抗核酸酶切割;通过体内常见的细胞外和细胞内核酸酶;也就是说,在正常核酸酶条件下,寡聚物在寡聚物暴露的体内几乎没有显示出核酸酶切割。
“有效量”或“治疗有效量”是指以单剂量或一系列剂量的一部分的形式向哺乳动物受试者施用的治疗剂(诸如UNC13A隐蔽剪接变体抑制剂)的量,其可有效产生所需的治疗效果。对于反义寡核苷酸,这种效果通常是通过抑制所选靶序列的翻译或天然剪接加工而产生的。靶向UNC13A隐蔽外显子剪接变体mRNA的“有效量”也涉及有效调节UNC13A隐蔽外显子剪接变体蛋白的表达的量。
术语“抑制”或“抑制剂”是指相对于(1)对照、内源或参考靶标或途径,或(2)靶标或途径的缺乏,直接或间接改变、干扰、减少、下调、阻断、抑制、消除或降解靶基因、靶蛋白或信号传导途径的表达、量或活性,其中所述改变、干扰、减少、下调、阻断、抑制、消除或降解在统计学、生物学或临床上是显著的。术语“抑制”或“抑制剂”包括例如通过染色体编辑实现的基因“敲除”和基因“敲低”方法。
例如,“UNC13A隐蔽外显子剪接变体抑制剂”可以与未处理UNC13A隐蔽外显子剪接变体相比通过降低UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达或促进其降解来阻断、灭活、降低或最小化UNC13A隐蔽外显子剪接变体活性或降低活性约20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多。
对个体或细胞的“治疗”是作为改变个体或细胞中疾病或病理的自然进程的手段而提供的任何类型的干预。治疗包括但不限于施用例如药物组合物,并且可以预防性地进行,或者在病理事件开始或与病原体接触后进行。治疗包括对与炎症相关的疾病或疾患的症状或病理学的任何期望效果,以及本文所述的其他效果。
还包括“预防性”治疗,其可涉及降低所治疗的疾病或疾患的进展速度,延迟该疾病或疾患的发作,或降低其发作的严重性。“治疗”或“预防”不一定表示疾病或疾患或其相关症状的完全根除、治愈或预防。
以下部分提供了其他定义。
UNC13A隐蔽外显子剪接变体
在一方面,本公开提供了新型UNC13A隐蔽剪接变体,其包含外显子20和21之间的隐蔽外显子。这些隐蔽外显子不存在于神经元细胞核的野生型UNC13A中,也不存在于任何已知的UNC13A同种型中。隐蔽外显子从UNC13A基因(SEQ ID NO:4)的内含子20-21获得。TDP-43的耗竭在内含子20-21中引入两个选择性3'剪接受体,一个受体在chr19:17642591(ΔΨ=0.05184)处,并且另一个受体在chr19:17642541(ΔΨ=0.48865)处。在chr19:17642414(ΔΨ=0.772)处也引入一个选择性5'剪接供体。比chr19:17642591 3'剪接受体更频繁用的chr19:17642541 3'剪接受体以及选择性5'剪接供体产生具有如SEQ ID NO:5中所示的核苷酸序列的128bp隐蔽外显子(“隐蔽外显子#1”)。UNC13A隐蔽外显子#1变体包含如SEQ ID NO:7中所示的核苷酸序列,其编码包含如SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的蛋白质。chr19:17642591 3'剪接受体和选择性5'剪接供体产生具有如SEQ IDNo:6中所示的核苷酸序列的179bp隐蔽外显子(“隐蔽外显子#2”)。UNC13A隐蔽外显子#2变体包含如SEQID NO:9中所示的核苷酸序列,其编码包含如SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列的蛋白质。
与正常对照组相比,在额颞叶变性伴TDP-43包含(FTLD-TDP)患者的额叶皮质中,UNC13A隐蔽外显子#1剪接变体的表达水平显著增加。在ALS患者的疾病相关组织中也检测到UNC13A隐蔽外显子#1剪接变体。在实施方案中,UNC13A隐蔽剪接变体#1或UNC13A隐蔽剪接变体#2的表达可用作鉴定患有TDP-43蛋白病(例如FTLD或ALS)的受试者的生物标志物。
一旦TDP-43从细胞核中耗竭并积聚在细胞质中,它就会被磷酸化。过度磷酸化的TDP43(pTDP-43)是TDP-43蛋白病病理学的关键特征。UNC13A隐蔽外显子#1剪接变体与FTD/ALS患者的磷酸化TDP-43水平密切相关。在实施方案中,UNC13A隐蔽剪接变体#1或UNC13A隐蔽剪接变体#2的表达可用作受试者中磷酸化TDP-43水平的生物标志物。
UNC13A的内含子20-21中的几个基因突变已被鉴定为在TDP-43耗竭时促进UNC13A隐蔽外显子包含。此类基因突变的实例包括rs12608932(hg38 chr19:17.641,880A→C)、rs12973192(hg38 chr19:17,642,430C→G)、rs56041637(hg38 chr19:17,642,033-17,642,056CATC 0-2重复→3-5CATC重复)和rs62121687(hg38 chr19:17,642,351C→A)。此外,增加隐蔽外显子包含的UNC13A基因突变与FT D-ALS患者存活率下降相关。在实施方案中,受试者中UNC13A的内含子20-21中基因突变的鉴定可用作UNC13A隐蔽外显子包含的生物标志物。在实施方案中,对患有TDP-43蛋白病(例如,FTD、AL S)的受试者中UNC13A的内含子20-21中的基因突变的鉴定可用作存活率降低的生物标志物。
表1:UNC13A序列
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UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂
本公开还提供了UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其可用于本文所述的研究和治疗方法。在实施方案中,相对于全长UNC13A或其其他变体(即不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体,诸如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6),UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性结合UNC13A隐蔽外显子剪接变体,或降低或抑制其表达或活性。在实施方案中,相对于全长UNC13A或其其他变体,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性结合UNC13A隐蔽外显子剪接变体#1、UNC13A隐蔽外显子剪接变体#2或UNC13A隐蔽外显子剪接变体#1和UNC13A隐蔽外显子剪接变体#2两者,或降低或抑制其活性。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂特异性靶向内含子20-21的隐蔽外显子,例如SEQ IDNO:5或SEQ ID NO:6,或由其编码的肽区域。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂表现出全长UNC13A或与UNC13A隐蔽外显子剪接变体相比不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体的约90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或更少的活性。
UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括但不限于抑制性核酸(例如,RNA干扰剂、反义寡核苷酸)、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶和适体。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括小分子。小分子是质量小于2000道尔顿的化合物。小分子的分子量优选小于1000道尔顿,更优选小于600道尔顿,例如化合物小于500道尔顿、小于400道尔顿、小于300道尔顿、小于200道尔顿或小于100道尔顿。
小分子可以是有机的或无机的。示例性有机小分子包括但不限于脂肪烃、醇、醛、酮、有机酸、酯、单糖和二糖、芳香烃、氨基酸和脂类。示例性无机小分子包括微量矿物质、离子、自由基和代谢物。或者,小分子可以被合成工程化为由片段、或小部分、或更长氨基酸链组成,以填充酶的结合口袋。通常小分子小于一千道尔顿。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括抗体或其结合片段。术语“抗体”是指包含通过二硫键相互连接的至少两条重链(H)和两条轻链(L)的完整抗体,以及完整抗体的具有或保留结合由完整抗体识别的抗原靶分子的能力的任何抗原结合部分或片段,例如scFv、Fab或Fab'2片段。因此,术语“抗体”在本文中以最广泛的意义使用,并且包括多克隆抗体和单克隆抗体,包括完整抗体及其功能性(抗原结合)抗体片段,包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))和单结构域抗体(例如sdAb、sdFv、纳米抗体)。该术语包括基因工程化和/或其他修饰形式的免疫球蛋白,诸如胞内抗体、肽体(peptibody)、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异源缀合抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、双抗体、三抗体、四抗体、串联双scFv和串联三scFv。除非另有说明,否则术语“抗体”应理解为包括其功能性抗体片段。该术语还包括完整或全长抗体,包括任何类别或亚类的抗体,包括IgG及其亚类(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA和IgD。
单克隆抗体或其抗原结合部分可以是非人类的、嵌合的、人源化的或人的。免疫球蛋白的结构和功能在例如HHarlow等人编,Antibodies:A Laboratory Manual,第14章(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,1988)中综述。
术语“VL”和“VH”分别是指来自抗体轻链和抗体重链的可变结合区。可变结合区包含被称为“互补决定区”(CDR)和“框架区”(FR)的离散的、明确的亚区。术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义,并且是指抗体可变区内的氨基酸序列,它们通常一起赋予抗体的抗原特异性和/或结合亲和力,其中连续的CDR(即CDR1和CDR 2、CDR2和CDR3)在一级氨基酸序列中被框架区彼此分开。每个可变区中存在三个CDR(HCDR 1、HCDR2、HCDR3;LCDR1、LCD R2、LCDR3;也分别称为CDRH和CDRL)。在实施方案中,抗体VH包含如下四个FR和三个CDR:FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4;抗体VL包含如下四个FR和三个CDR:FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。通常,VH和VL通过它们各自的CD R一起形成抗原结合位点。
CDR和框架区的编号可以根据任何已知的方法或方案来确定,例如Kabat、Chothia、EU、IMGT和AHo编号方案(参见例如Kabat等人,"Sequences of Proteins ofImmunological Interest,USDept.Health and Human Services,Public Health ServiceNational Institutes of Health,1991,第5版;Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987));Lefranc等人,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003;Honegger和Plückthun,J.Mol.Bio.309:657-670(2001))。可以使用抗原受体编号和受体分类(ANARCI)软件工具(2016,Bioinformatics 15:298-300)对等同的残基位置进行注释,并对不同的分子进行比较。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抗体或其抗原结合片段结合由SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6编码的肽。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。“抑制性核酸”是指具有与靶基因或mRNA转录物互补的序列并且能够降低靶基因或mRNA转录物的表达的短的单链或双链核酸分子。表达降低可以通过多种方法实现,包括阻断转录或翻译(例如空间位阻)、降解靶mRNA转录物、阻断前mRNA剪接位点、阻断mRNA加工(例如封端、聚腺苷酸化)。抑制性核酸可以是单链或双链的。抑制性核酸可以由DNA、RNA或两者组成。抑制性核酸可含有未修饰的核苷酸或可含有经修饰的核苷酸、非天然核苷酸或类似物核苷酸。抑制性核酸包括但不限于反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)和内切核糖核酸酶制备的siRNA(esiRNA)。
如本文所用,术语“siRNA”或“短干扰RNA”是指短的双链多核苷酸序列(例如17-30亚基),其介导动物中序列特异性转录后基因沉默、翻译抑制、转录抑制或表观遗传RNAi的过程(Zamore等人,Cell101:25-33,2000;Fire等人,Nature 391:806,1998;Hamilton等人,Science 286:950-951,1999;Lin等人,Nature 402:128-129,1999;Sharp,Genes Dev.13:139-141,1999;以及Strauss,Science 286:886,1999)。
在实施方案中,siRNA包含具有相同核苷数量的第一条链和第二条链;然而,第一条链和第二条链是偏移的,使得第一条链和第二条链上的两个末端核苷是突出的。在实施方案中,两个突出的核苷是胸苷残基。siRNA的反义(或引导)链包含至少部分与靶RNA互补的区域。在实施方案中,siRNA的反义链和靶RNA之间存在100%互补性。在siRNA反义链具有部分互补性的实施方案中,互补性必须足以使siRNA或其切割产物指导序列特异性沉默,诸如通过靶RNA的RNAi切割。在一些实施方案中,siRNA的反义链相对于靶RNA包含一个或多个,诸如10、8、6、5、4、3、2个或更少的错配。错配在末端区域是最能容忍的,如果存在的话,优选地在一个或多个末端区域,例如5'或3'末端的6、5、4或3个核苷酸内。siRNA的有义(或随从)链仅需要与反义链充分互补,以保持分子RNA诱导的沉默复合物(RISC)的总体双链特征。
在实施方案中,siRNA可以被修饰或包括核苷类似物。siRNA的单链区域可以被修饰或包括核苷类似物,例如发夹结构的一个或多个不成对区域或连接两个互补区的区域。在实施方案中,siRNA可被修饰以稳定siRNA的3'-末端、5'-末端或两者。例如,修饰可以稳定siRNA,防止其被核酸外切酶降解,或者有利于反义链进入RNA诱导的沉默复合物(RISC)。在实施方案中,siRNA的每条链的长度可以等于或小于30、25、24、23、22、21或20个核苷酸。在其他实施方案中,每条链的长度为至少19个核苷酸。例如,每条链的长度可以是21至25个核苷酸,使得siRNA具有至少17、18、19、29、21、22、23、24或25个核苷酸对的双链区,以及一个或多个2-3个核苷酸的突出端,例如一个或两个3'端的突出端。
内切核糖核酸酶制备的siRNA(esiRNA)是由内切核糖核酸酶诸如RNA酶III或dicer切割长双链RNA产生的siRNA。esiRNA产物是靶向相同mRNA序列的siRNA的异源混合物。
如本文所用,术语“miRNA”或“微小RNA”是指约20-22个核苷酸的小的非编码RNA,其由称为pri-miRNA的较长RNA发夹环前体结构产生。pri-miRNA经过两步切割过程形成微小RNA双链体,并整合到RISC中。miRNA引导链和靶RNA之间的互补性水平决定了采用哪种沉默机制。与RNA靶序列(通常在3'-UTR中)完全互补或广泛互补结合的miRNA通过RNA介导的干扰(RNAi)途径诱导靶的切割。与靶RNA的互补性有限的miRNA在翻译水平上抑制靶基因的表达。
如本文所用,术语“shRNA”或“短发夹状RNA”是指由短环(4-11nt)连接的双链结构形成的两个互补(19-22bp)RNA序列。shRNA通常由引入到细胞中的载体编码,并且shRNA在胞质溶胶中被Dicer加工成siRNA双链体,所述双链体被整合到RISC复合物中,其中引导链和RNA靶之间的互补性介导RNA靶特异性切割和降解。
如本文所用,术语“核酶”是指能够位点特异性切割靶mRNA的催化活性RNA分子。在某些实施方案中,核酶是Varkud卫星核酶、发夹核酶、锤头核酶或丁型肝炎核酶。
在实施方案中,本公开的反义寡核苷酸靶向内含子20-21和/或外显子20或外显子21中的相邻序列。可以使用剪接转换反义寡核苷酸纠正异常剪接。剪接转换反义寡核苷酸通过在剪接位点处或附近杂交来阻断异常剪接位点,从而防止被细胞剪接机制识别。在实施方案中,剪接转换反义寡核苷酸被修饰为对核酸酶有抗性,并且所得靶核酸:寡核苷酸异源双链体不被RNA酶H切割剪接转换反义寡核苷酸可以包含当与RNA或核苷酸化学混合物配对时不形成RNA酶H底物,从而避免连续DNA样碱基运行的核苷酸。因此,在实施方案中,剪接转换反义寡核苷酸可以修饰UNC13A剪接,而不改变UNC13AmRNA转录物的丰度。
在实施方案中,反义寡核苷酸与以下互补:编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。在实施方案中,编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成。在实施方案中,编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成。在实施方案中,编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成。在实施方案中,编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:299或由其组成。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基,例如约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个碱基的长度。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与表2-7中的任一序列(例如,SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640)具有至少80%、85%、90%、95%或100%同一性的碱基序列。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸包含表2-5中的任一序列(例如,SEQ ID NO:13-90、92-219、221-298、300-377和423-640)或由其组成。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸包含SEQ ID NO:423-432、439-443、491-498、502-507和513-514中所示的任一序列或由其组成。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:650互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:651互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:652互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:653互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:654互补的18-21个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:654互补的18、19、20或21个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。经修饰的反义寡核苷酸可以包含至少一个主链修饰、核碱基修饰、2’-核糖取代或桥接核酸,经修饰的寡核苷酸化学性质的实例包括但不限于磷酰胺吗啉代寡核苷酸和磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸(PMO)、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸包含2’O-Me修饰的核苷酸和硫代磷酸酯键。
在一些实施方案中,本文提供的组合物可组装成药物或研究试剂盒,以促进其在治疗或研究用途中的使用。试剂盒可包括一个或多个容器,所述容器包含:(a)本文所述的UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸;和(b)使用说明书。在一些实施方案中,试剂盒组分(a)可以是适用于特定用途和施用方式的药物制剂和剂量。例如,试剂盒组分(a)可以存在于单位剂量或多剂量容器,例如密封的安瓿或小瓶中。试剂盒的组分可能需要在使用前混合一种或多种组分,或者可以以预混合状态下制备。试剂盒的组分可以是液体或固体形式,可能需要添加溶剂或进一步稀释。试剂盒的组分可以是无菌的。说明书可以是书面或电子形式,并且可以与试剂盒相关联(例如,书面插页、CD、DVD)或通过互联网或基于网络的通信提供。试剂盒可以在冷藏或冷冻温度下运输和储存。
药物组合物
在一些方面,本公开提供了药物组合物,其包含如本文所述的UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂和药学上可接受的载体。如本文所用,术语“药学上可接受的”是指那些化合物、材料、组合物和/或剂型在合理的医学判断范围内适合用于与细胞和/或组织接触,而没有过度的毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症,与合理的效益/风险比相称。
如本文所用,术语“药学上可接受的载体”是指药学上可接受的材料、组合物或载体,诸如液体或固体填充剂、稳定剂、分散剂、悬浮剂、稀释剂、赋形剂、增稠剂、溶剂或包封材料,其参与在患者体内或向患者运送或转运本发明中有用的化合物,以使其可实现其预期功能。每种载体必须在与制剂的其他成分相容并且对接触的细胞或组织无害的意义上是“可接受的”。可包含在用于实施本发明的药物组合物中的其他成分是本领域已知的,并描述于例如Remington'sPharmaceutical Sciences(Genaro编,Mack Publishing Co.,1985,Easton,PA)中,所述文献以引用方式并入本文。
如医学领域众所周知的,任何一个患者的剂量取决于许多因素,包括患者的体型、体重、体表面积、年龄、达到治疗效果所需的UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂的水平、UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂的稳定性、所治疗的具体疾病、疾病阶段、性别、施用时间和途径、一般健康状况以及同时施用的其他药物。
药物组合物可以按照医学领域技术人员确定的适于待治疗(或预防)的疾病或疾患的方式施用。组合物施用的合适剂量和合适的持续时间和频率将由以下因素决定,诸如患者的健康状况、患者的体型(即体重、质量或身体面积)、患者疾病的类型和严重性、活性成分的具体形式和施用方法。一般而言,合适的剂量和治疗方案以足以提供治疗和/或预防益处(诸如本文所述,包括改善的临床结果,诸如更频繁的完全或部分缓解、或更长的无病存活期和/或总存活期、或症状严重性的减轻)的量提供组合物。对于预防性用途,剂量应足以预防疾病或病症相关的疾病、延迟与疾病或病症相关的疾病的发作或减轻其严重性。根据本文所述的方法施用的组合物的预防益处可通过进行临床前(包括体外和体内动物研究)和临床研究,并通过适当的统计学、生物学和临床方法和技术分析从中获得的数据来确定,所有这些方法和技术可由本领域技术人员容易地实施。
组合物(例如药物组合物)可以通过任何途径施用,包括肠内(例如口服)、胃肠外、静脉内、肌内、动脉内、髓内、鞘内、软膜下、脑实质内、纹状体内、颅内、脑池内、脑内、脑室内(intracerebral ventricular)、眼内、脑室内(intraventricular)、腰髓内、皮下、经皮、皮间(interdermal)、直肠、阴道内、腹膜内、局部(通过粉末、软膏、乳膏和/或滴剂)、粘膜、经鼻、经颊、舌下;通过气管内滴注、支气管滴注和/或吸入;和/或作为口腔喷雾剂、鼻喷雾剂和/或气雾剂。一般来说,最合适的施用途径将取决于多种因素,包括剂的性质(例如,其在胃肠道环境中的稳定性)和/或受试者的状况。在一些实施方案中,将组合物直接注射到受试者的CNS中。在一些实施方案中,向CNS中直接注射是脑内注射、实质内注射、鞘内注射、软膜下注射或其任何组合。在一些实施方案中,向CNS中直接注射是向受试者的脑脊液(CSF)中直接注射,任选地其中直接注射是脑池内注射、脑室内注射和/或腰髓内注射。
使用UNC13A隐蔽剪接变体抑制剂的方法
本公开提供了将本文公开的UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂用于各种研究和治疗用途的方法。在一个方面,本公开提供了一种减少细胞中的UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达的方法,其包括施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子。在实施方案中,相对于全长UNC13A(野生型)或其其他变体(即不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体,诸如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6),UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性抑制UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达或活性。
在实施方案中,隐蔽外显子从UNC13A基因的内含子20-21获得。在实施方案中,隐蔽外显子包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶或适体。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。抑制性核酸可以是反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)或esiRNA。在实施方案中,抑制性核酸包括与以下互补的反义寡核苷酸:编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。在实施方案中,外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成。在实施方案中,外显子21剪接受体位点包含SEQ ID NO:299或由其组成。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基的长度,优选地约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基的长度。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与表2(例如,SEQ IDNO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID NOS:523-640)中列出的任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%同一性的碱基序列。在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有包含表2(例如,SEQ ID NO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ IDNO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID No:523-640)中列出的任一序列或由其组成的碱基序列。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:650互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:651互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:652互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:653互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:654互补的18-21个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:654互补的18、19、20或21个碱基。在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括磷酰胺吗啉代寡核苷酸、磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟-修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环-DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)或其任何组合。
在实施方案中,细胞在受试者内。如本文所用,“患者”或“受试者”包括动物,诸如人、牛、马、绵羊、羔羊、猪、鸡、火鸡、鹌鹑、猫、狗、小鼠、大鼠、兔或豚鼠。动物可以是哺乳动物,例如非灵长类动物和灵长类动物(例如猴子和人)。在实施方案中,患者是人,例如人类婴儿、儿童、青少年或成人。
在实施方案中,受试者已被鉴定为具有在内含子20-21中的UNC13A基因突变。在实施方案中,UNC13基因突变包括rs12608932(hg38 chr19:17.641,880A→C)、rs12973192(hg38 chr19:17,642,430C→G)、rs56041637(hg38 chr19:17,642,033-17,642,056 0-2CATC重复→3-5CATC重复)和rs62121687(hg38 chr19:17,642,351C→A)或其任何组合。
在另一个方面,本公开提供了一种减少细胞中的磷酸化TAR-DNA结合蛋白-43(TDP-43)的方法,其包括施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子。
在实施方案中,相对于全长UNC13A(野生型)或其其他变体(即不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体,诸如SEQ ID NO:5或SEQ IDNO:6),UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性抑制UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达或活性。
在实施方案中,隐蔽外显子从UNC13A基因的内含子20-21获得。在实施方案中,隐蔽外显子包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶或适体。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。抑制性核酸可以是反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)或esiRNA。在实施方案中,抑制性核酸包括与以下互补的反义寡核苷酸:编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。在实施方案中,外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成。在实施方案中,外显子21剪接受体位点包含SEQ ID NO:299或由其组成。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基的长度,优选地约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基的长度。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与表2(例如,SEQ IDNO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID NOS:523-640)中列出的任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%同一性的碱基序列。在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有包含表2(例如,SEQ ID NO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID No:523-640)中列出的任一序列或由其组成的碱基序列。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:650互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:651互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:652互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:653互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:654互补的18-21个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:654互补的18、19、20或21个碱基。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括磷酰胺吗啉代寡核苷酸、磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟-修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环-DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)或其任何组合。
在实施方案中,细胞在受试者内。在实施方案中,受试者已被鉴定为具有在内含子20-21中的UNC13A基因突变。在实施方案中,UNC13基因突变包括rs12608932(hg38 chr19:17.641,880A→C)、rs12973192(hg38 chr19:17,642,430C→G)、rs56041637(hg38chr19:17,642,033-17,642,056 0-2CATC重复→3-5CATC重复)和rs62121687(hg38 chr19:17,642,351C→A)或其任何组合。
在另一个方面,本公开提供了一种治疗受试者的TAR-DNA结合蛋白-43(TDP-43)蛋白病的方法,其包括向受试者施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子;
在实施方案中,相对于全长UNC13A(野生型)或其其他变体(即不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体,诸如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6),UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性抑制UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达或活性。
在实施方案中,隐蔽外显子从UNC13A基因的内含子20-21获得。在实施方案中,隐蔽外显子包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶或适体。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。抑制性核酸可以是反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)或esiRNA。在实施方案中,抑制性核酸包括与以下互补的反义寡核苷酸:编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。在实施方案中,外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成。在实施方案中,外显子21剪接受体位点包含SEQ ID NO:299或由其组成。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基的长度,优选地约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基的长度。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与表2(例如,SEQ IDNO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID NOS:523-640)中列出的任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%同一性的碱基序列。在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有包含表2(例如,SEQ ID NO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)和表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID No:523-640)中列出的任一序列或由其组成的碱基序列。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:650互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:651互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:652互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:653互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:654互补的18-21个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:654互补的18、19、20或21个碱基。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括磷酰胺吗啉代寡核苷酸、磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟-修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环-DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)或其任何组合。
在实施方案中,细胞在受试者内。在实施方案中,受试者已被鉴定为具有在内含子20-21中的UNC13A基因突变。在实施方案中,UNC13基因突变包括rs12608932(hg38 chr19:17.641,880A→C)、rs12973192(hg38 chr19:17,642,430C→G)、rs56041637(hg38chr19:17,642,033-17,642,056 0-2CATC重复→3-5CATC重复)和rs62121687(hg38 chr19:17,642,351C→A)或其任何组合。
在实施方案中,TDP-43蛋白病包括肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞叶变性(FTLD)、原发性侧索硬化(PLS)、进行性肌萎缩(PMA)、面部发作感觉和运动神经元病(FOSMN)、海马硬化(HS)、边缘系统为主的年龄相关性TDP-43脑病(LATE)、脑年龄相关性TDP-43伴硬化(CARTS)、关岛帕金森-痴呆综合征(G-PDC)、Guan ALS(G-ALS)、多系统蛋白病(MSP)、佩里病、阿尔茨海默病(AD)和慢性创伤性脑病(CTE)或其任何组合。
在另一个方面,本公开提供了一种治疗已被鉴定为具有在内含子20-21中的UNC13A基因突变的受试者的方法,其包括向受试者施用UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂,其中UNC13A隐蔽外显子剪接变体包含UNC13A隐蔽外显子剪接变体成熟mRNA转录物的外显子20和外显子21之间的隐蔽外显子。在实施方案中,UNC13基因突变包括rs12608932(hg38 chr19:17.641,880A→C)、rs12973192(hg38 chr19:17,642,430C→G)、rs56041637(hg38 chr19:17,642,033-17,642,056 0-2CATC重复→3-5CATC重复)和rs62121687(hg38chr19:17,642,351C→A)或其任何组合。
在实施方案中,受试者具有降低的TDP-43表达。在实施方案中,受试者表现出降低的细胞核TDP-43。
在实施方案中,相对于全长UNC13A(野生型)或其其他变体(即不含内含子20-21的隐蔽外显子的变体,诸如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6),UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性抑制UNC13A隐蔽外显子剪接变体的表达或活性。
在实施方案中,隐蔽外显子从UNC13A基因的内含子20-21获得。在实施方案中,隐蔽外显子包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的多核苷酸序列。在实施方案中,UNC13隐蔽外显子剪接变体包含SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶或适体。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。抑制性核酸可以是反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)或esiRNA。在实施方案中,抑制性核酸包括与以下互补的反义寡核苷酸:编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子20剪接供体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接受体位点区域;编码UNC13A的预加工mRNA中的隐蔽外显子剪接供体位点区域;或编码UNC13A的预加工mRNA中的外显子21剪接受体位点区域。在实施方案中,外显子20剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:12或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接受体位点区域包含SEQ ID NO:91或由其组成。在实施方案中,隐蔽外显子剪接供体位点区域包含SEQ ID NO:220或由其组成。在实施方案中,外显子21剪接受体位点包含SEQ ID NO:299或由其组成。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:641中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:642中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:643中所示序列的隐蔽外显子的5'端互补的序列。在实施方案中,抑制性核酸(例如反义寡核苷酸)包含与具有SEQ ID NO:644中所示序列的隐蔽外显子的3'端互补的序列。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基的长度,优选地约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基的长度。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与表2(例如,SEQ IDNO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID NOS:523-640)中列出的任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%同一性的碱基序列。在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有包含表2(例如,SEQ ID NO:13-90)、表3(SEQ ID NO:92-219)、表4(SEQ ID NO:221-298)、表5(SEQ ID NO:300-377)、表7B(SEQ ID NO:423-522)和表8B(SEQ ID No:523-640)中列出的任一序列或由其组成的碱基序列。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:650互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:650互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:651互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:651互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:652互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:652互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:653互补的18-30个碱基、18-25个碱基或18-22个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:653互补的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基。
在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ IDNO:654互补的18-21个碱基。在实施方案中,UNC13A隐蔽外显子剪接变体特异性反义寡核苷酸具有与SEQ ID NO:654互补的18、19、20或21个碱基。
在实施方案中,UNC13隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括磷酰胺吗啉代寡核苷酸、磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟-修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环-DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)或其任何组合。
在实施方案中,受试者患有TDP-43蛋白病。在实施方案中,TDP-43蛋白病包括肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞叶变性(FTLD)、原发性侧索硬化(PLS)、进行性肌萎缩(PMA)、面部发作感觉和运动神经元病(FOSMN)、海马硬化(HS)、边缘系统为主的年龄相关性TDP-43脑病(LATE)、脑年龄相关性TDP-43伴硬化(CARTS)、关岛帕金森-痴呆综合征(G-PDC)、Guan ALS(G-ALS)、多系统蛋白病(MSP)、佩里病、阿尔茨海默病(AD)和慢性创伤性脑病(CTE)或其组合。
在实施方案中,本公开的治疗方法减少、预防TDP-43蛋白病的一种或多种特征性症状或减缓其发展或进展。TDP-43蛋白病特征性症状的实例包括运动功能障碍、认知功能障碍、情绪/行为功能障碍、瘫痪、颤抖、不稳定、强直、抽搐、肌无力、肌肉痉挛、肌肉僵硬、肌肉萎缩、吞咽困难、呼吸困难、言语和语言困难(例如,口齿不清)、运动缓慢、行走困难、痴呆、抑郁、焦虑或其任何组合。
在实施方案中,本公开的治疗方法包括施用UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂作为单一疗法或其与一种或多种额外疗法的组合用于治疗TDP-43蛋白病。组合疗法可以意指在一种或多种额外治疗的同时、之前、之后向受试者施用本公开的组合物(例如,反义寡核苷酸)。组合疗法的同时施用可能意味着本公开的组合物(例如,反义寡核苷酸)和额外疗法被配制成以相同剂型施用或以分开剂型施用。
在实施方案中,可与本公开的UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂组合使用的一种或多种疗法包括:靶向神经退行性疾病相关基因或转录物(例如,C9ORF72)的抑制性核酸或反义寡核苷酸、靶向神经退行性疾病相关基因(例如,C9ORF72)的基因编辑剂(例如,基于CRISPR、TALEN、ZFN的系统)、降低氧化应激的剂诸如自由基清除剂(例如,Radicava(依达拉奉(edaravone))、溴隐亭);抗谷氨酸剂(例如利鲁唑(Riluzole)、托吡酯、拉莫三嗪、右美沙芬、加巴喷丁和AMPA受体拮抗剂(例如他仑帕奈(Talampanel)));抗凋亡剂(例如米诺环素、苯丁酸钠和阿瑞洛莫(Arimoclomol));抗炎药(例如神经节苷脂、塞来昔布、环孢霉素、尼美舒利、硫唑嘌呤、环磷酰胺、血浆除去法、醋酸格拉替雷(Glatiramer acetate)和沙利度胺);β-内酰胺类抗生素(青霉素及其衍生物、头孢曲松和头孢菌素);多巴胺激动剂(普拉克索(Pramipexole)、右旋普拉克索(Dexpramipexole));和神经营养因子(例如,IGF-1、GDNF、BDNF、CTNF、VEGF、Colivelin、扎利罗登(Xaliproden)、促甲状腺素释放激素和ADNF)。
在实施方案中,本公开的UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂与靶向C9ORF72的额外疗法组合施用。在一些实施方案中,靶向C9ORF72的额外疗法包括靶向C9ORF72转录物的抑制性核酸、C9OR F72特异性反义寡核苷酸或C9ORF72特异性基因编辑剂。C9ORF72特异性疗法的实例描述于美国专利号9,963,699(反义寡核苷酸);PCT公布号WO2019/032612(反义寡核苷酸);美国专利号10,221,414(反义寡核苷酸);美国专利号10,407,678(反义寡核苷酸);美国专利号9,963,699(反义寡核苷酸);美国专利公布US2019/0316126(抑制性核酸);美国专利公开号2019/0167815(基因编辑);PCT公布号WO2017/109757(基因编辑),所述专利各自以引用方式整体并入。
在实施方案中,本公开的治疗方法,包括治疗TDP-43蛋白病诸如ALS或FTD,可以与STMN2隐蔽剪接变体特异性抑制剂组合使用。STMN2编码称为抑微管装配蛋白(Stathmin)-2的微管稳定性调节因子,是当TDP-43从神经元中耗竭时表达最显著减少的基因。抑微管装配蛋白-2基因被注释为含有5个组成型外显子,外加提出的在外显子4和5之间的替代性外显子(参见表10)。STMN2携带内含子1中所含有的隐蔽外显子(外显子2a),其通常被排除在成熟STMN2 mRNA之外(参见图18)。STMN2的第一个内含子(表10)含有TDP-43结合位点。当TDP-43丢失或其功能受损时,外显子2a被整合到成熟mRNA中。外显子2a携带终止密码子和多聚腺苷酸化信号(图18),导致STMN2 mRNA截短和抑微管装配蛋白-2减少8倍。异常剪接和抑微管装配蛋白-2水平降低似乎是散发性和家族性ALS病例(除了具有SOD1突变的病例)和FTLD-TDP的主要特征。
表10:STMN2转录序列和内含子1序列
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在实施方案中,相对于全长STMN2(野生型)或其其他变体(即不含内含子1中所含的隐蔽外显子2a的变体),STMN2隐蔽外显子剪接变体特异性抑制剂选择性抑制STMN2隐蔽外显子剪接变体的表达或活性。
在实施方案中,STMN2隐蔽外显子从STMN2基因的内含子1获得。在实施方案中,隐蔽外显子2a包含图19所示的红色序列。
在实施方案中,STMN2隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸、肽、抗体、结合蛋白、小分子、核酶或适体。
在实施方案中,STMN2隐蔽剪接变体特异性抑制剂靶向隐蔽外显子2a。
在实施方案中,STMN2隐蔽剪接变体特异性抑制剂包括抑制性核酸。抑制性核酸可以是反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、miRNA、双链RNA(dsRNA)或esiRNA。在实施方案中,抑制性核酸包括与以下互补的反义寡核苷酸:编码STMN2的预加工mRNA中的外显子1剪接供体位点区域;编码STMN2的预加工mRNA中的隐蔽外显子2a剪接受体位点区域。
在实施方案中,STMN2隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸具有约15-40个碱基的长度,优选长度为约18-30个碱基、18-25个碱基、18-22个碱基或20-30个碱基。
在实施方案中,STMN2隐蔽剪接变体特异性反义寡核苷酸是经修饰的反义寡核苷酸。在实施方案中,经修饰的反义寡核苷酸包括磷酰胺吗啉代寡核苷酸、磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸、硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸、2’O-甲基(2’O-Me)修饰的寡核苷酸、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二硫代磷酸酯寡核苷酸、2’O-甲氧基乙基(2’-MOE)修饰的寡核苷酸、2’-氟-修饰的寡核苷酸、2'O,4'C-亚乙基桥接的核酸(ENA)、三环-DNA、三环-DNA硫代磷酸酯核苷酸、受限制的乙基桥接的核酸、2'-O-[2-(N-甲基氨基甲酰基)乙基]修饰的寡核苷酸、吗啉代寡核苷酸和肽缀合的磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PPMO)或其任何组合。
本公开的UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂可通过任何途径向受试者施用,所述途径包括肠内(例如,口服)、肠胃外、静脉内、肌内、动脉内、髓内、鞘内、软膜下、脑实质内、纹状体内、颅内、脑池内、脑内、脑室内(intracerebral ventricular)、眼内、脑室内(intraventricular)、腰髓内、皮下、经皮、皮间、直肠、阴道内、腹膜内、局部(如通过粉剂、软膏、乳膏和/或滴剂)、粘膜、经鼻、经颊、舌下;通过气管内滴注、支气管滴注和/或吸入;和/或作为口服喷雾剂、鼻喷雾剂和/或气雾剂。优选地,例如通过鞘内、软膜下、脑实质内、纹状体内、颅内、脑池内、脑内、脑室内(intracerebral ventricular)、眼内、脑室内(intraventricular)、腰髓内施用或其任何组合,向受试者的CNS直接施用本公开的UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂(例如反义寡核苷酸)。
在实施方案中,与尚未与UNC13A隐蔽剪接变体特异性抑制剂接触的细胞中的UNC13A隐蔽剪接变体的表达水平相比,本公开的方法将细胞中的UNC13A隐蔽剪接变体表达或活性降低至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或更多。在一些实施方案中,与尚未与抑制性核酸接触的细胞中的UNC13A隐蔽剪接变体的表达水平相比,本公开的方法将细胞中的UNC13A隐蔽剪接变体表达或活性降低10-20%、10-30%、10-40%、10-50%、10-60%、10-70%、10-80%、10-90%、10-95%、20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100%。
在实施方案中,与未治疗受试者的CNS中的UNC13A隐蔽剪接变体的表达水平相比,本公开的方法将受试者CNS中的UNC13A隐蔽剪接变体表达或活性降低至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或更多。在一些实施方案中,与未治疗受试者的CNS中的UNC13A隐蔽剪接变体的表达水平相比,本公开的方法将受试者CNS中的UNC13A隐蔽剪接变体表达或活性降低10-20%、10-30%、10-40%、10-50%、10-60%、10-70%、10-80%、10-90%、10-95%、20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100%。
实施例
实施例1:TDP-43抑制FTD/ALS基因UNC13A中的隐蔽外显子包含
材料和方法
RNA-Seq比对和剪接分析
用于RNA-Seq比对和剪接分析的详细流水线v2.0.1可在https://github.com/emc2cube/Bioinformatics/sh_RNAseq.sh上获得。FASTQ文件作为GSE126543从基因表达综合(GEO)数据库下载。使用trimmo matic(0.39)(ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:36)去除FASTQ文件中的适体。然后使用FastQC(v0.11.9)评估所得文件的质量。然后使用STAR v2.7.3a将RNA-Seq读段绘制到人(hg38)上。
剪接分析
MAJIQ:使用MAJIQ(2.2)和VOILA(12)分析选择性剪接事件。简言之,MAJIQ使用独特作图的跨越接合处的读段,使用以下参数“majiq build-c config--min-intronic-cov1--simplify”,通过使用补充有从头检测的接合处的UCSC转录组注释(82版)来构建转录物的剪接图。在此,从头是指不在UCSC转录组注释中,但在RNA-Seq数据中有足够的证据(-min-intron-cov 1)的接合处。在基因剪接图中鉴定了不同的局部剪接变异(LSV),并且MAJIQ量化器(majiq psi)评估了每个RNA-Seq样品中每个LSV中每个接合处的分数,表示为剪接的百分比(PSI或ψ)。在两种条件下(TDP-43阳性神经元细胞核对比TDP-43阴性神经元细胞核)每个接合处的PSI的变化(ΔPSI或ΔΨ)通过使用命令“majiq deltapsi”来计算。基因剪接图、PSI的后验分布和ΔPSI使用VOILA可视化。
LeafCutter(commit 249fc26 on https://github.com/davidaknowle s/leafcutter):使用如前所述的已比对的RNA-Seq读段,使用filter_cs.py以默认设置从比对(bam)文件中提取跨越外显子-外显子接合处和每个外显子中至少6np的图谱的读段。使用leafcutter_cluster.py中的默认设置进行内含子聚类。在两种情况(TDP-43阳性神经元细胞核对比TDP-43阴性神经元核)之间内含子的差异切除使用leafcutter_ds.R计算。
细胞培养
使SH-SY5Y(ATCC)细胞在37℃、5% CO2下在补充有Glutamax(ThermoScientific)、10%胎牛血清和10%青霉素-链霉素的DMEM/F12培养基中生长。对于shRNA处理,在第0天铺种细胞,在第2天用shRNA转导,随后在第3天更新培养基,并在第6天收获用于读出(RT-qPCR,免疫印迹)。如(37)中所述产生HEK293T TDP-43敲除细胞和亲代HEK-293T细胞。将细胞在37℃、5% CO2下在补充有10%胎牛血清(Invitrogen 16000-044)、1%青霉素–链霉素、2mM L-谷氨酰胺(Gemini Biosciences)、1x MEM非必需氨基酸溶液(Gibco)的DMEM培养基(Gibco 10564011)中培养。
免疫印迹
将SH-SY5Y细胞和iPSC来源的运动神经元(iPSCs-MN)如上所述进行转染和处理,之后裂解。在补充有蛋白酶抑制剂混合物(Thermo Fisher 78429)和磷酸酶抑制剂(ThermoFisher 78426)的冰冷的RIPA缓冲液(Sigma-Aldrich R0278)中裂解细胞。在4℃下在台式离心机上以最大速度将裂解物沉淀15分钟后,进行二辛可宁酸(Invitrogen 23225)测定,以确定蛋白质浓度。将每个样品的60μg(SH-SY5Y)和30μg(iPSCs-MN)蛋白质在70℃下在含有2.5%2-巯基乙醇(Sigma-Aldrich)的LDS样品缓冲液(Invitrogen NP0008)中变性10分钟。将这些样品加载到4–12% Bis–Tris凝胶(Thermo Fisher NP0335BOX)上进行凝胶电泳,然后使用湿转移法(Bio-Rad Mini Trans-Blot电泳池170-3930)在100V下转移到0.45-μm硝酸纤维素膜(Bio-Rad 162-0115)上持续2h。将膜在Odyssey封闭缓冲液(LiCOr 927-40010)中封闭1小时,然后在室温下在含有针对UNC13A(1:500,Proteintech 55053-1-AP)、TDP-43(1:1,000,Abnova H00023435-M01)或GAPDH(Cell Signaling Technologies5174S)的抗体的封闭缓冲液中孵育过夜。随后将膜在含有HRP缀合的抗小鼠IgG(H+L)(1:2000,Fisher 62-6520)或HRP缀合的抗兔IgG(H+L)(1:2000,Life Technologies 31462)的封闭缓冲液中孵育一小时。使用ECL Prime试剂盒(Invitrogen)进行印迹显影,使用ChemiDox XRS+系统(BIO-RAD)对印迹进行成像。使用Fiji对条带的强度进行量化,然后以相应对照作归一化。
用于检测UNC13A剪接变体的RNA提取、cDNA合成和RT-qPCR/RT-PCR
按照制造商的说明书使用RNeasy Micro试剂盒(Qiagen)提取总RNA,使裂解物穿过QIAshredder柱(Qiagen)以使产量最大化。通过Nanodrop(Thermo Scientific)定量RNA,使用75ng用SuperScript IV VILO Master Mix(Thermo Scientific)合成cDNA。使用PowerTrack SYBR Green Master Mix(Thermo Scientific)在20ul反应中用6ng cDNA输入运行qPCR,在QuantStudio 6Flex上使用标准循环参数读出(95℃持续2分钟,95℃持续15秒/60℃持续60秒的40个循环),然后进行标准解离(95℃以1.6℃/秒持续15秒,60℃以1.6℃/秒持续60秒,95℃以0.075℃/秒持续15秒)。ΔΔCt用RPLP0作为管家并以相关shScramble作为参考计算;大于40的测量的Ct值被设置为40用于可视化。使用以下引物对:
使用NEBNext Ultra IIQ5 Master Mix(New England Biolabs)在100ul反应中用15ng cDNA输入进行RT-PCR,使所得产物在1.5%TAE凝胶上可视化。使用以下引物对:
shRNA克隆、慢病毒包装和细胞转导
shRNA序列来源于Broad GPP门户网站(TDP-43:AGATCTTAAGACTGGTCATTC(SEQ IDNO:391),乱序:GATATCGCTTCTACTAGTAAG(SEQ ID NO:392))。为了克隆,合成互补寡核苷酸以产生4nt突出端,退火,并连接到pRSITCH(Tet诱导型U6)或pRSI16(组成型U6)(Cellecta)中。将连接物转化到Stbl3化学感受态细胞(Thermo Scientific)中,并在30℃下生长。使用Maxiprep柱(Promega)进行大规模质粒生产,将纯化的质粒用作用第二代包装质粒psPAX2和pMD2.G(Cellecta)进行慢病毒包装的输入,在Lenti-X 293T细胞(Takara)中用Lipofectamine 2000(Invitrogen)转导。在转染后48和72小时收集病毒上清液,并使用Lenti-X浓缩器(Takara)浓缩。通过在相关细胞系中进行系列稀释并通过流式细胞术读出BFP+%来确定病毒滴度,稀释度达到最小80% BFP+细胞,选择用于实验。
变体验证
通过从UNC13A外显子19到外显子21的PCR扩增建立iPSC来源的运动神经元细胞中的变体(UNC13A_19_21FWD 5’-3’=CAACCTGGACAAGCGAACTG(SEQ ID NO:387),UNC13A_19_21RVS 5’-3’=GGGCTGTCTCATCGTAGTAAAC(SEQ ID NO:388))。使用Wizard SV凝胶和PCR净化柱(Promega)对所得产物进行纯化,并提交用于进行Sanger和NGS(扩增子EZ)(Genewiz)。
iPSC维持和分化为运动神经元(iPSC-MN)
iPSC系从公共生物库(GM 25256-Corriell Institute;NDS00262,NDS00209-NINDS)获得并维持在matrigel(Corning)上的mTeSR1培养基(StemCell Technologies)中。根据制造商的说明书,使用ReLeSR(StemCell Technologies)每天喂养iPSC并每4-7天分离一次。iPSC向运动神经元的分化如前所述进行(41)。简言之,将iPSC解离并置于超低粘附烧瓶(Corning)中,以在含有DMEMF12/神经元基础培养基(Thermo Fisher)、N2补充物(ThermoFisher)和B-27补充物-无异种成分(Thermo Fisher)的培养基中形成3D球体。添加小分子以诱导球状体的神经元祖细胞模式(LDN193189、SB-431542、Chir99021),随后进行运动神经元诱导(RA、SAG、DAPT)。14天后,用木瓜蛋白酶和DNA酶(沃星顿生化公司)分离神经元球状体,并铺种在聚-D-赖氨酸/层粘连蛋白涂覆的板上含有神经营养因子(BDNF、GDNF、CNTF;R&D Systems)的神经元基础培养基(Thermo Fisher)中。对于病毒转导,将神经元培养物与含有shScramble或shTDP-43的慢病毒颗粒的培养基一起孵育18小时。通过RFP表达评估超过90%的感染效率。转导后7天,分析神经元培养物的RNA和蛋白质。
用于检测UNC13A剪接变体的人iPSC神经元
互补cDNA可从CRISPRi-i
用于检测UNC13A剪接变体的死后脑组织
来自FTLD-TDP患者和认知正常对照个体的死后脑组织从梅奥诊所佛罗里达脑库(Mayo Clinic Florida Brain Bank)获得。由训练有素的神经科医师和神经病理学医师分别根据神经学和病理学检查独立确定诊断。所有参与者或授权家庭成员都提供了书面知情同意书,并且所有协议都经过了梅奥诊所机构审查委员会和伦理委员会的批准。从来自内侧额叶皮质的500ng RNA(RIN≥7.0)中获得的互补DNA(cDNA)可从先前的研究,以及来自相同样品的匹配pTDP-43数据中获得(42)。遵循标准方案,使用SYBR GreenER qPCR SuperMix(Invitrogen,Carlsbad,CA,USA)对所有样品一式三份进行定量实时PCR(RT-qPCR)。用于检测UNC13A剪接变体的引物对是UNC 13A_CE FWD 5’-3’=TGGATGGAGAGATGGAACCT(SEQID NO:379),UNC13A_CE RVS 5’-3’=GGGCTGTCTCATCGTAGTAAAC(SEQ ID NO:380)。在QuantStudio
UNC13A剪接变体的定量
从NCBI基因表达综合(GEO)数据库(GSE137810、GSE124439、GSE116622和GSE153960)下载由NYGC ALS联合群组生产的RNA-Seq数据。使用按照(10)中所述分类的1658个可用的质量控制样品。如前所述预加工读段并与人(hg38)比对后,使用RSEM(v1.3.2)估计全长UNC13A的表达。来自所有个体的所有组织样品的UNC13A的平均TPM平均为10.5。使用命令“MarkDuplicates REMOVE_DUPLI CATES=true CREATE_INDEX=true”使用来自Picard Tools(2.23.0)的MarkDuplicates去除PCR重复。使用bedtools(2.27.1)使用命令“bedtools intersect-split”对跨越“外显子19-外显子20”接合处、“外显子20-CE”接合处、“CE-外显子21”接合处或“外显子20-外显子21”接合处的读段进行定量。因为UNC13A在死后组织中表达水平相对较低并且组织具有异质性,可能不是所有组织都具有足够的可检测的UNC13A来检测剪接变体。由于UNC13A含有超过40个外显子,并且mRNA转录物的RNA-Seq覆盖率通常不是均匀分布的(43),因此检查了跨越“外显子19-外显子20”接合处的读段,其包括在典型同种型和剪接变体中,并且在映射到“外显子19-外显子20”接合处和“外显子20-外显子21”接合处的读段的数量之间存在很强的相关性(Pearson’s r=0.99)。观察到具有跨越“外显子20-CE”接合处或“CE-外显子21”接合处的至少2个读段的样品具有至少UNC13A TPM=1.55或跨越“外显子19-外显子20”接合处的20个读段。因此,选择具有TPM≥1.55或映射到“外显子19-外显子20”接合处的至少20个读段的1151个样品作为适用于UNC13A剪接变体分析的样品。
人死后脑中rs12608932和rs12973192SNP基因型的测定
根据制造商的说明书,使用Wizard基因组DNA纯化试剂盒(Promega)从人额叶皮质提取基因组DNA(gDNA)。使用由引物对和对每个SNP具有特异性的VIC/FAM标记的探针组成的商业预混合物(目录号4351379,rs12608932的测定ID“43881386_10”和rs12973192的测定ID“11514504_10”,Thermo Fisher Scientific),每个测定对20ng gDNA进行TaqMan SNP基因分型测定,并根据制造商的说明书在QuantStudio
剪接报告基因分析
在计算机上设计小基因构建体,通过GeneScript合成,并亚克隆到具有GFP剪接对照的载体中。将HEK293T TDP-43敲除细胞和亲本HEK-293T细胞接种到标准P12组织培养板中(1.6×10
pTBUNC13A小基因构建体的生成
使用以下引物从人基因组DNA扩增含有人UNC13A隐蔽外显子序列和隐蔽外显子上游(内含子19末端的50bp、整个外显子20、隐蔽外显子上游的整个内含子20序列)和下游(约300bp内含子20)的核苷酸侧翼序列的pTB UNC13A小基因构建体:FWD 5’-3’=AGGTCATATGCACTGCTATAGTGGGAAGTTC(SEQ ID NO:411)和RVS 5’-3’=CTTACATATGTAATAACTCAACCACACTTCCATC SEQ ID NO:412);并亚克隆到pTB载体的NdeI位点中。注意先前使用类似的方法研究其他TDP-43靶的TDP-43剪接调控(44)。
使用pTB小基因和TDP-43过表达构建体拯救UNC13A剪接
使HeLa细胞在Opti-MEM I减少血清培养基、GlutaMAX补充物(Gibco)加10%胎牛血清(Sigma)和1%青霉素/链霉素(Gibco)中生长。对于双转染和敲低实验,首先在无血清培养基中并使用Lipofectamine 2000,遵循制造商的说明书(Invitrogen),用1.0μg ofpTB UNC13A小基因构建体和1.0μg以下质粒之一转染细胞:GFP、GFP-TDP-43或GFP-TDP-435FL(先前已描述了表达GFP-标记的TDP-43蛋白的构建体(40,44)。转染后四小时,将培养基用含有siLentfect(Bio-Rad)和siRNA复合物(AllStars Neg)的完全培养基替换。遵循制造商的方案,对照siRNA或针对TARDBP 3’UTR的siRNA,其为在TDP-43过表达构建体中不包含的区域)(Qiagen)。在收获细胞前六小时,添加终浓度为100μg/ml的环己酰亚胺(Sigma)。然后收获细胞,并遵循制造商的说明书,使用TRIzol试剂(Zymo Research)提取RNA。使用具有RNA抑制剂的高容量cDNA逆转录试剂盒(Applied Biosystems)将约1μg RNA转化为cDNA。使用SYBR GreenER qPCR SuperMix(Invitrogen)使用QuantStudio7
使用以下引物对:
在死后脑样品中的原位杂交UNC13A隐蔽外显子分析
患者和诊断性神经病理学评估
用于本研究的死后脑组织样品从加州大学旧金山分校(University ofCalifornia San Francisco,UCSF)神经退行性疾病脑库获得。表6提供了人口统计学、临床和神经病理学信息。根据《赫尔辛基宣言(Declaration of Helsinki)》并遵循UCSF人类研究委员会批准的程序,从受试者或其代理决策者处获得脑捐献的同意书。将脑新鲜切成1cm厚的冠状厚片,并将替代性切片在10%中性缓冲福尔马林中固定72h。将来自内侧额叶极的块从固定的冠状厚片中解剖出来,在分级蔗糖溶液中冷冻保护,冷冻,并如前所述切成50μm厚的切片(45)。如前所述进行临床和神经病理学诊断(44)。基于临床和神经病理学评估选择受试者。所选患者的主要临床诊断为行为变异型额颞叶痴呆(bvFTD),伴或不伴肌萎缩性侧索硬化(ALS)/运动神经元疾病(MND),以及2)神经病理学诊断为B型额颞叶变性(FTLD)-TDP。如果受试者具有已知的致病突变、死后间隔≥24h、阿尔茨海默病神经病理学变化>低、Thal淀粉样阶段>2、Braak神经原纤维缠结阶段>4、CERAD神经炎性斑块密度>稀疏和Lewy小体病>脑干为主,则排除受试者(45)。
表6:死后脑组织样品
原位杂交(ISH)和免疫荧光
为了检测单个RNA分子,使用BaseScope Red测定试剂盒(ACDBIO,USA)。将来自每个受试者的一个50μm厚的固定冷冻组织切片用于染色。在适当时在无RNA酶条件下进行实验。使用靶向所关注转录物UNC13A的探针,该探针对mRNA(外显子20/21接合处)或含有剪接靶的隐蔽外显子(外显子20/隐蔽外显子接合处)具有特异性。还包括阳性(智人PPIB)和阴性(大肠杆菌DapB)对照探针。原位杂交基于BaseScope Red测定试剂盒的供应商规格来进行。简言之,将冷冻组织切片在PBS中洗涤,并在4℃下置于LED生长灯(HTG Supply,LED-6B240)室中48h,以淬灭组织自发荧光。在PBS中快速冲洗切片,并阻断内源过氧化物酶活性。将切片转移到载玻片上并干燥过夜。对载玻片进行靶检索和蛋白酶处理,然后进行ISH。用TSA Plus-Cy3(Akoya Biosciences)检测探针,并用针对TDP-43(兔多克隆抗体,Proteintech,RRID:AB_615042)和NeuN(豚鼠多克隆抗体,Synaptic systems)的抗体进行免疫荧光染色,并用DAPI(Life Technologies)对细胞核进行复染。
图像采集和分析
使用具有63x油浸物镜(1.4NA)的Leica SP8共焦显微镜捕获z-栈图像。对于RNA探针,在最初采集期间基于PPIB和DAPB信号建立图像捕获设置,并在UNC13A探针和受试者中保持不变。基于病例之间的染色强度差异,修改TDP-43和NeuN图像采集设置。对于每种情况,跨越第2-3皮质层捕获6个不重叠的Z-堆栈图像。使用ImageJ中的“分析颗粒”插件对UNC13A隐蔽外显子的RNA点进行定量。简言之,使用相似的参数对所有图像的亮度进行调整,并转换为最大强度Z投影,对图像的自动阈值(模态间)进行调整,并对点进行计数(大小:6-无穷大,圆形度–0-1)。
连锁不平衡分析
2020年7月,从Answer ALS下载由GATK HaplotypeCallers生成的重新校准的VCF文件。将VCFtools(0.1.16)用于筛选内含子20-21中的位点。使用BCFtools(1.8)合并过滤的VCF文件。由于存在含有超过2个等位基因的位点,通过使用命令“vcftools--geno-chisq--min-alleles 2--max-alleles 8”(4.0.0),使用卡方统计来测试基因型独立性。
统计学方法
使用存活(3.1.12)R软件包中的coxph函数比较存活曲线,所述软件包拟合多变量Cox比例风险模型,所述模型含有性别、报告的基因突变和发病年龄,并进行评分(对数秩)检验。效应大小被报告为风险比。使用cox.zph()函数测试比例风险假设。使用suvminer(v.0.4.8)R软件包中的ggsurvplot()绘制存活曲线。
在过滤掉所有不具有隐蔽外显子信号的样品(n=4)后,进行隐蔽外显子信号和TDP-43磷酸化水平或风险单体型数量之间的相关性分析。使用lmerTest R软件包(3.1.3)分析线性混合效应模型。
使用R(版本4.0.0)或Prism 8(GraphPad)进行统计学分析,它们也用于生成图表。
结果
为了发现由TDP-43(也可能在疾病发病机理中发挥作用)调节的隐蔽剪接靶标,利用了最近生成的RNA测序(RNA-seq)数据集(11)。为了确定与细胞核中TDP-43的损失相关的变化,Liu等人聪明地意识到,他们可以使用荧光活化细胞分选(FACS)来富集含有或不含有TDP-43的神经元细胞核,然后进行RNA-seq来比较TDP-43阳性和TDP-43阴性神经元细胞核之间的转录组,这些细胞核来自FTD/ALS患者死后大脑的7个冷冻新皮质。鉴定了大量有趣的差异表达基因(11)。本研究以不同的方式重新分析了这些数据——不像Liu等人那样寻找差异表达基因,而是寻找受TDP-43损失影响的新型选择性剪接事件。使用两条流水线MAJIQ(12)和LeafCutter(13)进行剪接分析,旨在检测新型剪接事件(图1A)。每个RNA-seq文库含有约50M个长度为125bp的配对端读段,更大的读段长度和覆盖率有助于发现由TDP-43损失引起的剪接变化。用MAJIQ和152与LeafCutter(P<0.05)鉴定197个选择性剪接事件(P(ΔΨ>0.1)>0.95)(ΔΨ,两个条件之间局部剪接变异的变化;P:概率)。两次分析之间共有65个选择性剪接基因(图1B),可能是因为每个工具使用不同的转录变异定义和不同的标准来控制假阳性。值得注意的是,通过两种工具鉴定的选择性剪接基因为STMN2和POLDIP3,这两种基因都被广泛验证为真正的TDP-43剪接靶标(8–10,14)。
出乎意料地,发现UNC13A是TDP-43从核中缺失的神经元中最显著的选择性剪接基因之一(图1B和图5A-5D)。TDP-43的耗竭导致在典型外显子20和21之间包含128bp隐蔽外显子#1(hg38;chr19:17642414-17642541)(图1C和1D)或在外显子20和21之间包含###bp隐蔽外显子#2(hg38;chr19:17642414-17642591)。由于观察到chr19:17642541 3’剪接受体的较高使用率,研究的焦点在于128bp隐蔽外显子#1。在下文中,在该实施例中,如果没有指定,提到的隐蔽外显子是指128bp的隐蔽外显子#1。该新的外显子被称为CE#1(隐蔽外显子),在野生型神经元细胞核中不存在(图1C),并且不存在于UNC13A的任何已知人同种型中(15)。此外,对SH-SY5Y细胞中TDP-43的紫外交联和免疫沉淀(iCLIP)数据的分析(3)提供了TDP-43直接结合携带该隐蔽外显子的内含子的证据(图1D)。通过直接测序证实了128bp隐蔽外显子序列插入到成熟转录物中。UNC13A的内含子20-21和CE序列在大多数灵长类动物中是保守的(图6A和6B),但在小鼠中不是保守的,类似于STMN2以及TDP-43的其他隐蔽剪接靶标(4,8,9)。总之,这些结果表明,TDP-43的功能是抑制UNC13AmRNA转录物中隐蔽外显子的包含。
为了测试TDP-43是否直接调节该UNC13A隐蔽剪接事件,使用强力霉素诱导的shRNA来降低SH-SY5Y细胞中的TDP-43水平。使用定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测隐蔽外显子包含,其存在于TDP-43耗竭的细胞中(通过用shTARDBP处理),但不存在于对照shRNA处理的细胞中(图1E)。随着隐蔽外显子水平的增加,在TDP-43耗竭时典型UNC13A转录物的水平相应降低(图1E)。通过免疫印迹,还观察到TDP-43耗竭细胞中UNC13A蛋白的显著减少(图1F、1G)。TDP-43水平在诱导性运动神经元(iMN)(图1H、1I;图7A和7B)和源自人iPS细胞的兴奋性神经元(I
UNC13A属于最初在秀丽隐杆线虫(C.elegans)中发现的基因家族,这是基于在这些基因中具有突变(16)的动物表现出的不协调(unc)运动,这是由于神经递质释放的缺陷。UNC13A编码在神经系统中表达的大的多结构域蛋白,在神经系统中,它定位于神经肌肉接合处,并在囊泡启动步骤中发挥重要作用,之后进行突触囊泡融合(17–20)。体外研究表明,TDP-43耗竭时的隐蔽外显子剪接事件导致UNC13A表达显著降低(图1F)。缺乏Unc13a(也称为Munc13-1)的小鼠表现出脊髓运动神经元的形态学缺陷和神经肌肉接合处的功能缺陷。这些数据表明TDP-43的耗竭导致UNC13A功能丧失(21)。
为了将这种对UNC13A隐蔽外显子包含的分析扩展到更大的患者样品集合,首先分析了来自梅奥诊所脑库的一系列115个额叶皮质脑样品,并且发现与健康对照相比,FTLD-TDP患者中的UNC13A隐蔽外显子(CE)水平显著增加(图2A)。还观察到一些亚型的FTD患者的额叶皮质中总UNC13A转录物的降低(图8)。接下来,分析来自纽约基因组中心(New YorkGenome Center,NYGC)的脑样品。在对相对高质量的数据(方法)进行过滤后,该数据集包括来自413个个体的1151个样品(每个个体多于一个组织)的RNA-seq数据,其中330个是ALS或FTD患者。因为Liu等人的FACS分析(11)表明,TDP-43损失的病理性神经元细胞核仅占所有神经元细胞核的约7%并且占所有皮质细胞的不到2%(11),所以预期剪接分析算法将难以检测从大量RNA测序生成的RNA-seq数据中的差异剪接基因。为了克服这个问题,特别寻找跨越外显子20-CE和CE-外显子21接合处的读数。由于由批量测序生成的噪声,如果跨越至少一个外显子-外显子接合处有两个以上的读段,则UNC13A剪接变体被评分为存在。鉴定符合上述标准的来自49名患者的63份样品。值得注意的是,UNC13A剪接变体在由神经病理学证实的FTLD-TDP患者捐献的近50%的额叶皮质和颞叶皮质组织中被检测到。在一些ALS患者中也检测到剪接变体,这些ALS患者的病理学尚未得到证实(图9)。值得注意的是,UNC13ACE未在来自FTLD-FUS(n=9)、FTLD-TAU(n=18)和ALS-SOD1(n=22)患者的任何样品中观察到,也未在任何对照样品(n=197)中观察到。因此,UNC13A隐蔽外显子包含是TDP-43蛋白病的强大而特异的病理学方面(图2B)。
一旦TDP-43从细胞核中耗竭并积聚在细胞质中,它就会被磷酸化。过度磷酸化TDP-43(pTDP-43)是病理学的关键特征(22)。为了确定pTDP-43水平和UNC13A隐蔽外显子包含之间的关系,对来自梅奥诊所脑库的一组86名FTD患者进行了分析,从额叶皮质获得这些患者的RNA-seq和pTDP-43水平。在所有疾病亚型的患者中发现了较高pTDP-43水平和较高UNC13A隐蔽外显子包含水平之间的显著关联(Spearman的ρ=0.564,P<0.0001)(图3C和3D,以及图10A;使用未转换数据的图:图10E和10F)。总UNC13A转录物的水平也与pTDP-43水平负相关(图10B、10C、10G和10H)。因此,UNC13A隐蔽外显子包含和降低的全长转录水平似乎是多发性TDP-43蛋白病的一个共同特征,并与TDP-43病理学的负荷密切相关。
为了在单细胞灵敏度下以空间分辨率可视化UNC13A CE,设计了定制BaseScope
UNC13A是ALS和FTD-ALS的顶级GWAS命中之一,在多项研究中重复(23–28)。UNC13A中的SNP与散发性ALS(24)和散发性FTD伴TDP-43病理学(23)的风险增加相关。除了增加对ALS的易感性以外,UNC13A中的SNP也与ALS患者的较短存活期相关(29–32)。但是UNC13A的基因变异增加ALS和FTD风险的机制尚不清楚。值得注意的是,两个最显著相关的SNPrs12608932(A>C)和rs12973192(C>G),都位于我们发现携带隐蔽外显子的同一内含子中,rs12973192正好位于隐蔽外显子本身(图4A)。这立即表明了一个假设,即这些SNP(或由这些SNP标记的附近的其他基因变异)可能使UNC13A在TDP-43耗竭时更容易受到隐蔽外显子包含的影响。为了检验这一假设,分析了跨越内含子20-21的支持包含隐蔽外显子的RNA-seq读段的百分比(图12A和12B)。在初始剪接分析中包括的7个来自TDP-43耗竭的神经元细胞核的RNA-Seq文库中,3名患者中对于rs12973192处风险等位基因为纯合(G/G)的2名患者和为杂合(C/G)的一名患者显示几乎每个映射于内含子20-21的UNC13A mRNA中都包含隐蔽外显子。相比之下,对于参考等位基因(C/C)为纯合的患者显示包含隐蔽外显子少得多。另一种直接评估UNC13A风险等位基因对隐蔽外显子包含的影响的方式是测量来自对于风险等位基因为杂合的个体的RNA中潜在的等位基因不平衡。换言之,从作为保护性等位基因的风险等位基因中产生的具有隐蔽外显子包含的RNA数量相等吗?还是更多来自风险等位基因?用于检测在TDP-43敲低后隐蔽外显子包含的两个iMN系(图1G,iMN1和iMN2)在rs12973192处是杂合的(C/G)。对跨越隐蔽外显子的RT-PCR产物进行测序,并分析这两个样品的等位基因分布,以及来自原始RNA-seq数据集的一个患者样品(图1A),其在rs12973192处是杂合的(C/G)(图12B)。在剪接变体中发现了C和G等位基因百分比之间的显著差异,其中风险等位基因的包含率更高(p值=0.01,双侧配对t检验;图4B和图12C)。鉴于风险等位基因对隐蔽外显子包含的影响的证据,通过对梅奥诊所脑库数据集中的FTD-TDP患者(n=86)在rs12973192和rs12608932处的UNC13A风险等位基因进行基因分型来扩展分析。排除了一名在rs12973192处对于参考等位基因(C/C)为纯合的但在rs12608932处为杂合(A/C)的患者。其余患者(n=85)在两个基因座上具有完全相同数量的风险等位基因。首先将隐蔽外显子包含的水平(来自额叶皮质的RNA-seq)和rs12973192处的风险等位基因数量之间的相关性建模为简单的线性回归,这是在风险等位基因数量和UNC13A隐蔽外显子包含的丰度之间的强相关性(P=0.0136)(图4C)。在多元线性回归模型(调整的R
GWAS SNP通常不会导致该性状,而是“标记”其他邻近的基因变异(33)。因此,人类遗传学的主要挑战是从GWAS命中到识别增加疾病风险的致病基因变异(34)。使用ALS GWAS结果的线性混合模型分析(36)生成的LocusZoom(35)图(图4A)表明,UNC13A上最强的关联信号确实是在两个前导SNP(rs12973192和rs12608932)周围的区域中。为了寻找也可能通过影响隐蔽外显子包含而导致疾病风险,但不包括在原始GWAS中的内含子20-21中的其他基因变体,分析了ALS患者的全基因组测序数据(Answer ALS)中鉴定的基因变体。该数据集包括297名欧洲血统的ALS患者。通过寻找内含子20-21中与rs12608932和rs12973192都处于连锁不平衡的其他基因座来寻找可以被这两个SNP标记的新的基因变体。发现一个符合这些标准,rs56041637(与rs12608932的FDR-校正的P-值<0.0001,与rs12973192的P-值<0.0001)(图14)。rs56041637是CATC重复插入。在患者数据集中,观察到对于在rs12608932和rs12973192处的风险等位基因为纯合的患者倾向于在rs56041637处具有3至5个CATC重复;对于在rs12608932和rs12973192处的参考等位基因为纯合的患者倾向于在rs56041637处具有较短(0至2)重复。因此,除了两个前导GWAS SNP(rs12608932和rs12973192),现在另一个rs56041637被命名为,当TDP-43从细胞核中耗竭时,通过使UNC13A更容易受到隐蔽外显子包含影响而潜在地增加疾病风险。
为了直接测试UNC13A中的这三种变体(它们是FTD/ALS风险单体型的一部分)是否在TDP-43耗竭后增加隐蔽外显子包含,我们合成了含有风险单体型或保护性单体型的小基因报告基因构建体(图4F)。该报告分子使用双向报告分子共表达全长EGFP和被UNC13A内含子20-21中断的mCherry构建体,该构建体具有参考序列(对照)或rs12608932(C)、rs56041637((CATC)4)和rs12973192(G)处的ALS/FTD风险等位基因。用每种小基因报告基因构建体转染不内源性表达UNC13A的WT和TDP-43缺陷型HEK-293T细胞(37)。使用RT-PCR,发现两个版本的内含子20-21在WT细胞中都被有效地剪接出来(图4G,泳道1-4)。然而,在TDP43-/-细胞中,完全切除内含子20-21的剪接产物降低。相反,含有隐蔽外显子、隐蔽外显子的较长变体(隐蔽外显子#2)(图5A)或CE和内含子20-CE两者(图4G,泳道5-6)的剪接产物。引人注目的是,在用内含子携带风险单体型的小基因构建体转染的TDP-43–/–细胞中,完整内含子20-21剪接降低甚至更大,同时隐蔽剪接产物增加(图4G,泳道7-8)。不依赖于TDP-43的剪接报告基因的表达和剪接机制的效率由不依赖于TDP-43的EGFP的表达水平显示。还测试了不同的小基因报告基因构建体,该构建体具有嵌入在CFTR基因背景中的UNC13A内含子。在用该构建体转染的HeLa细胞中TDP-43的敲低导致了错误剪接缺陷。证明了TDP-43在调节这种剪接事件中的直接作用,表达WT TDP-43(但不是具有五个突变为亮氨酸(5FL)的苯丙氨酸残基的RNA结合缺陷型突变体版本)挽救了错误剪接(图4H)。总之,这两种测定提供了直接的功能证据,即1)TDP-43调节UNC13A内含子20-21的剪接,和2)当TDP-43为功能失调的时,与ALS和FTD易感性相关的基因变体增强了隐蔽外显子包含。
为了确定这些SNP是否影响梅奥诊所脑库中FTD-ALS患者(n=205)的存活,评估了风险单体型与疾病发作后的存活时间的相关性。使用Cox多变量分析调整已知影响存活的其他因素(基因突变、性别、发病年龄),在加性模型下,风险单体型与存活时间相关(对数秩p值=0.01)((图4I)。个体携带的风险单体型数量是强有力的预后因素(风险比(HR)=1.733,p值=0.00717)(图15A)。在显性模型(对数秩p值=0.05,图15B和15C)和隐性模型(对数秩p值=0.02,图15D和15E)下,该关联仍显著,表明携带风险单体型会减少患者疾病发作后的存活时间。当仅包括携带C9ORF72六核苷酸重复扩增或GRN突变的患者时,效果更显著(图16A-16F)。因此,UNC13A中增加隐蔽外显子包含的基因变体与患者存活率降低相关。
在此,发现TDP-43调节FTD/ALS基因UNC13A中的隐蔽剪接事件。与疾病风险相关的最重要的基因变体,包括我在此提名的一个新的变体,就位于具有携带隐蔽外显子本身的内含子中。来自携带这些SNP的FTLD-TDP患者的脑样品比来自不含风险等位基因的FTLD-TDP患者的样品表现出更多的UNC13A隐蔽外显子包含。这些风险等位基因似乎不足以引起隐蔽外显子包含,因为我们没有在来自健康对照样品(例如GTEx)的RNA-seq数据中检测到它们。相反,在UNC13A中的风险等位基因是真正的基因风险因子或修饰因子,并且隐蔽剪接事件是TDP-43损失依赖性的。这样,UNC13A风险等位基因被认为是一种阿喀琉斯之踵(Achilles’heel),潜伏在表面之下,直到TDP-43开始功能失调才引发问题(图4J)。预期不会观察到UNC13A编码区的严重功能缺失突变,因为这些突变会导致早期致死,如在小鼠中。促进隐蔽外显子包含的SNP本身似乎是无害的,只有当TDP-43功能受损(例如,突变或细胞核耗竭)时才变得有害。在真正的FTD-ALS风险基因中发现一种新型TDP-43依赖性隐蔽剪接事件,为验证UNC13A作为ALS和FTD的生物标志物和治疗靶标开辟了许多新的方向。仍然难以理解为什么TDP-43病理与ALS或FTD或FTD/ALS或甚至其他年龄相关性神经病理学变化相关联(38)。TDP-43功能失调相关性隐蔽剪接在人脑的不同区域和神经元情形中发挥作用。很容易推测,除了STMN2和现在的UNC13A以外,可能还有其他重要的隐蔽外显子剪接事件(以及增加或减少对某些事件易感性的基因变异)的疾病亚型特异性组合,这些事件造成TDP-43功能失调临床表现的异质性。
实施例2:使用反义寡核苷酸抑制UNC13A隐蔽外显子剪接变体
合成靶向UNC13A转录物的反义寡核苷酸(ASO)(表2-5),并通过脂质转染或裸(自由)摄取递送至培养的iPSC来源的运动神经元(MN)。将iMN在ASO存在下培养2-3天,随后引入递送乱序或TDP-43靶向shRNA的慢病毒。慢病毒感染后再培养细胞另外4-5天,然后分离mRNA和蛋白质。将mRNA逆转录成cDNA,用对UNC13A隐蔽外显子包含具有特异性的引物/探针进行qPCR,此外还用靶向正确剪接的(WT)UNC13A和管家基因的引物/探针进行。通过蛋白质印迹处理蛋白水解物用于UNC13A检测。
表2:靶向UNC13A的外显子20剪接供体区域的反义寡核苷酸
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表3:靶向UNC13A的隐蔽外显子剪接受体区域的反义寡核苷酸
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表4:靶向UNC13A的隐蔽外显子剪接供体区域的反义寡核苷酸
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表5:靶向UNC13A的外显子21剪接受体区域的反义寡核苷酸
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实施例3:反义寡核苷酸筛选
反义寡核苷酸(ASO)被设计成靶向UNC13A转录物的隐蔽外显子(表7A)。表7B的ASO1-45(SEQ ID NO:423-467)是18mer,以3个核苷酸间距平铺在含有剪接受体区(SEQ ID NO:641)的隐蔽外显子的5'端。表7B的ASO 121-142(SEQ ID NO:468-489)是18mer,以1个核苷酸间距平铺在隐蔽外显子的5'端。表7B中的ASO 248-280(SEQ ID NO:490-522)是18mer,以3个核苷酸间距平铺在含有剪接供体区(SEQ ID NO:642)的隐蔽外显子的3'端。ASO的基因组坐标如下所示:隐蔽外显子的5'端:chr19:17,642,491-17,642,641;隐蔽外显子的3'端:chr19:17,642,363-17,642,470。合成了具有靶向UNC13A转录物的隐蔽外显子的2’MOE修饰的ASO(表7B),并通过自由摄取以3mM的浓度递送至培养的iPSC来源的运动神经元(MN)。将运动神经元在UNC13A特异性ASO以及三种非靶向ASO存在下培养两天,随后引入递送乱序或TDP-43靶向shRNA的慢病毒。慢病毒感染后,将细胞再培养七天,然后分离mRNA。将mRNA逆转录成cDNA,并用对UNC13A隐蔽外显子包含具有特异性的引物/探针进行qPCR(图19A-19B),此外还用靶向正确剪接的UNC13A的引物/探针进行(图19C-19D)。鉴定了活性ASO减少隐蔽外显子包含同时增加总UNC13ARNA水平的区域(5'剪接受体区域中的ASO:ASO 1-10和17-21对应于SEQ ID NO:423-432和439-443;3'剪接供体区中的ASO:分别对应于SEQ ID NO:491-498、502-507和513-514的ASO 249-256、260-265和271-272。21mer ASO被设计成进一步平铺这些区域(表8B)。表8B中的ASO 306-354(SEQ ID NO:523-571)是21聚体,以1个核苷酸间距平铺在隐蔽外显子(SEQ ID NO:643)的5'端。表8B中的ASO 355-423(SEQ ID NO:572-640)是21mer,以1个核苷酸间距平铺在隐蔽外显子(SEQ ID NO:644)的3'端。
表7A:UNC13A隐蔽外显子靶向区域
表7B:靶向UNC13A隐蔽外显子的18mer反义寡核苷酸
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表8A:UNC13A隐蔽外显子靶向区域
表8B:间隔1bp的靶向UNC13A的21mer反义寡核苷酸
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表9:活性18mer ASO靶向的隐蔽外显子亚区,减少了隐蔽外显子包含,同时增加了总UNC13A RNA水平
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上文和附录A中描述的各种实施方案可以组合起来以提供其他实施方案。本说明书中引用的和/或申请数据表中列出的所有美国专利、美国专利申请公布、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利出版物,包括但不限于2021年4月6日提交的美国临时专利申请号63/171,522和2022年2月22日提交的美国临时专利申请号63/312,808,均以引用的方式整体并入本文如果需要采用各种专利、申请和出版物的概念来提供其他实施方案,可以修改实施方案的方面。
可以根据以上详细描述对实施方案进行这些和其他改变。通常,在所附权利要求书中,所用术语不应被解释为将权利要求限制于说明书和权利要求中公开的具体实施方案,而是应该被解释为包括所有可能的实施方案以及此类权利要求被授权的等同物的全部范围。因此,权利要求不受本公开的限制。
序列表
<110>梅兹治疗公司(Maze Therapeutics, Inc.)
<120>用于治疗TDP-43蛋白病的组合物和方法
<130>630264.403WO
<150>US 63/171,522
<151>2021-04-06
<150>US 63/312,808
<151>2022-02-22
<160>654
<170>PatentIn version 3.5
<210>1
<211>9985
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(9985)
<223>UNC13A参考mRNA NM_001080421.3
<400>1
gcccccggtg ctgaaccaag atggccggtg gcggccgggc cccggcgtga gccaagcgcg60
ggctgcagcc gggagatgcc ccagcccagc ggccgctgag cccgacccga cagagccggc 120
ccggccgcct ccggcccacc tgcgagctcg gagacatgtc tctgctttgc gttggagtca 180
aaaaagccaa gtttgatggt gcccaagaga aattcaacac gtacgtgacc ctgaaagtgc 240
agaatgtcaa gagcacgacc atcgcggtgc ggggcagcca gcccagctgg gagcaggatt 300
tcatgttcga gattaaccgt ctggatttgg gactgacggt ggaggtgtgg aataagggtc 360
tcatctggga cacaatggtg ggcactgtgt ggatcccact gaggaccatc cgccagtcca 420
atgaggaggg ccctggagag tggctgacgc tggactccca ggtcatcatg gcagacagtg 480
agatctgtgg caccaaggac cccaccttcc accgcatcct cctggacacg cgctttgagc 540
tacccttaga cattcctgaa gaggaggctc gctactgggc caagaagctg gagcagctca 600
atgctatgcg ggaccaggat gaatattcgt tccaagatga gcaagacaag cctctgcctg 660
tccccagcaa ccagtgctgc aactggaatt attttggctg gggtgagcag cacaacgatg 720
accccgacag tgcagtggat gatcgtgaca gtgactaccg cagtgaaacg agcaacagca 780
tcccgccgcc ctattatact acgtcacaac ccaacgcctc agtccaccaa tattctgttc 840
gcccaccacc cctgggctcc cgggagtcct acagtgactc catgcacagt tacgaggagt 900
tctctgagcc acaagccctc agccccacgg gtagcagccg ctatgcctct tccggggagc 960
tgagccaggg aagctctcag ctgagcgagg acttcgaccc tgacgagcac agcctgcagg1020
gctccgacat ggaggatgag cgggaccggg actcctacca ctcctgccac agctcggtca1080
gctaccacaa agactcgcct cgctgggacc aggatgagga agagctggag gaggacctgg1140
aggacttcct ggaggaggag gagctgcctg aagatgagga ggagctggag gaggaggagg1200
aggaggtgcc tgacgatttg ggcagctatg cccagcgtga agacgtagct gtggctgagc1260
ccaaagactt caaacgcatc agcctcccgc cagctgcccc agggaaggag gacaaggccc1320
cagtggcacc caccgaggcc cccgacatgg ccaaggtggc ccccaagcca gccacgcccg1380
acaaggtgcc tgcagctgag cagatccctg aggctgagcc acccaaggac gaggagagtt1440
tcaggccgag agaggatgag gaaggccagg aggggcagga ctccatgtcc agggccaagg1500
ccaactggct gcgtgccttc aacaaggtgc ggatgcagct gcaggaggcc cggggagaag1560
gagagatgtc taaatcccta tggttcaaag gcggcccagg gggcggtctc atcatcatcg1620
acagcatgcc agacatccgc aagaggaaac ctatcccact cgtgagcgac ttggccatgt1680
ccctggtcca gtccaggaaa gcgggcatca cctcggcctt ggcctccagc acgttgaaca1740
acgaggagct gaaaaaccac gtttacaaga agaccctgca agccttaatc taccccatct1800
cgtgcacgac gccacacaac ttcgaagtgt ggacggccac cacgcccacc tactgctacg1860
agtgcgaggg gctgctgtgg ggcatcgcga ggcagggcat gcgctgcacc gagtgcggtg1920
tcaagtgcca cgagaagtgc caggacctgc tcaacgccga ctgcctgcag cgggctgcgg1980
agaagagctc caagcacggg gcggaggacc ggacacagaa catcatcatg gtgctcaagg2040
accgcatgaa gatccgggag cgcaacaagc ccgagatctt cgagctcatc caggagatct2100
tcgcggtgac caagacggcg cacacgcagc agatgaaggc ggtcaagcag agcgtgctgg2160
acggcacgtc caagtggtcc gccaagatca gcatcaccgt ggtctgcgcc cagggcttgc2220
aggcaaagga caagacagga tccagtgacc cctatgtcac cgtccaggtc gggaagacca2280
agaaacggac aaaaaccatc tatgggaacc tcaacccggt gtgggaggag aatttccact2340
ttgaatgtca caattcctcc gaccgcatca aggtgcgcgt ctgggacgag gatgacgaca2400
tcaaatcccg cgtgaaacag aggttcaaga gggaatctga cgatttcctg gggcagacga2460
tcattgaggt gcggacgctc agcggcgaga tggacgtgtg gtacaacctg gacaagcgaa2520
ctgacaaatc tgccgtgtcg ggtgccatcc ggctccacat cagtgtggag atcaaaggcg2580
aggagaaggt ggccccgtac catgtccagt acacctgtct gcatgagaac ctgttccact2640
tcgtgaccga cgtgcagaac aatggggtcg tgaagatccc agatgccaag ggtgacgatg2700
cctggaaggt ttactacgat gagacagccc aggagattgt ggacgagttt gccatgcgct2760
acggcgtcga gtccatctac caagccatga cccactttgc ctgcctctcc tccaagtata2820
tgtgcccagg ggtgcctgcc gtcatgagca ccctgctcgc caacatcaat gcctactacg2880
cacacaccac cgcctccacc aacgtgtctg cctccgaccg cttcgccgcc tccaactttg2940
ggaaagagcg cttcgtgaaa ctcctggacc agctgcataa ctccctgcgg attgacctct3000
ccatgtaccg gaataacttc ccagccagca gcccggagag actccaggac ctcaaatcca3060
ctgtggacct tctcaccagc atcaccttct ttcggatgaa ggtacaagaa ctccagagcc3120
cgccccgagc cagccaggtg gtaaaggact gtgtgaaagc ctgccttaat tctacctacg3180
agtacatctt caataactgc catgaactgt acagccggga gtaccagaca gacccggcca3240
agaaggggga agttctccca gaggaacagg ggcccagcat caagaacctc gacttctggt3300
ccaagctgat taccctcata gtgtccatca ttgaggaaga caagaattcc tacactccct3360
gcctcaacca gtttccccag gagctgaatg tgggtaaaat cagcgctgaa gtgatgtgga3420
atctgtttgc ccaagacatg aagtacgcca tggaggagca cgacaagcat cgtctatgca3480
agagtgccga ctacatgaac ctccacttca aggtgaaatg gctctacaat gagtatgtga3540
cggaacttcc cgccttcaag gaccgcgtgc ctgagtaccc tgcatggttt gaacccttcg3600
tcatccagtg gctggatgag aatgaggagg tgtcccggga tttcctgcac ggtgccctgg3660
agcgagacaa gaaggatggg ttccagcaga cctcagagca tgccctattc tcctgctccg3720
tggtggatgt tttctcccaa ctcaaccaga gctttgaaat catcaagaaa ctcgagtgtc3780
ccgaccctca gatcgtgggg cactacatga ggcgctttgc caagaccatc agtaatgtgc3840
tcctccagta tgcagacatc atctccaagg actttgcctc ctactgctcc aaggagaagg3900
agaaagtgcc ctgcattctc atgaataaca ctcaacagct acgagttcag ctggagaaga3960
tgttcgaagc catgggagga aaggagctgg atgctgaagc cagtgacatc ctgaaggagc4020
ttcaggtgaa actcaataac gtcttggatg agctcagccg ggtgtttgct accagcttcc4080
agccgcacat tgaagagtgt gtcaaacaga tgggtgacat ccttagccag gttaagggca4140
caggcaatgt gccagccagt gcctgcagca gcgtggccca ggacgcggac aatgtgttgc4200
agcccatcat ggacctgctg gacagcaacc tgaccctctt tgccaaaatc tgtgagaaga4260
ctgtgctgaa gcgagtgctg aaggagctgt ggaagctggt tatgaacacc atggagaaaa4320
ccatcgtcct gccgcccctc actgaccaga cgatgatcgg gaacctcttg agaaaacatg4380
gcaagggatt agaaaagggc agggtgaaat tgccaagcca ctcagacgga acccagatga4440
tcttcaatgc agccaaggag ctgggtcagc tgtccaaact caaggatcac atggtacgag4500
aagaagccaa gagcttgacc ccaaagcagt gcgcggttgt tgagttggcc ctggacacca4560
tcaagcaata tttccacgcg ggtggcgtgg gcctcaagaa gaccttcctg gagaagagcc4620
cggacctgca atccttgcgc tatgccctgt cgctctacac gcaggccacc gacctgctaa4680
tcaagacctt tgtacagacg caatcggccc agggcttggg tgtagaagac cctgtgggtg4740
aagtctctgt ccatgttgag ctgttcactc atccaggaac tggggaacac aaggtcacag4800
tgaaagtggt ggctgccaat gacctcaagt ggcagacttc tggcatcttc cggccgttca4860
tcgaggtcaa catcattggg ccccagctca gcgacaagaa acgcaagttt gcgaccaaat4920
ccaagaacaa tagctgggct cccaagtaca atgagagctt ccagttcacg ctgagcgccg4980
acgcgggtcc cgagtgctat gagctgcagg tgtgcgtcaa ggactactgc ttcgcgcgcg5040
aggaccgcac ggtggggctg gccgtgctgc agctgcgtga gctggcccag cgcgggagcg5100
ccgcctgctg gctgccgctc ggccgccgca tccacatgga cgacacgggc ctcacggtgc5160
tgcgaatcct ctcgcagcgc agcaacgacg aggtggccaa ggagttcgtg aagctcaagt5220
cggacacgcg ctccgccgag gagggcggtg ccgcgcctgc gccttagcgc gggcggtcgg5280
ccgagcggca ctgcgcctgc gcggagggcg ctgggcgggg agggacgggg cttgcgcctt5340
ggtgggacct ccccaggggc ggggctcggg gggctccacg ccaagggtgg gctgcgccta5400
cgcccttgac tcagctttcc cttttgggga attaggaatg gaggatgccc cgccctctcg5460
ggaggccacg cccaagggcg cgacgaagga aggagccaca tccccaactt gaggccacgc5520
ccccagcacc tagggggcat tttgagctgg gatgggggaa acctcgtccc tatggaggag5580
gccacatccc ggggctctgg taccgggagg caccacctca tgtcccctgg aaaagccata5640
agatgggacc cagacccctg ggaccccaga ccaattgcca agtatggaaa tctcagctcc5700
ctcgaggggg ggccctgggc aaggggtagg gctctctgga gcgcccctct aggtggcctg5760
gggactggag ggaccaggat gctggttgga gggccccgga ataccggagt ccctttagat5820
atttgtgcaa aaaataaatg gggggagggg ggaggatggg atttcaaaag cacatgcgcc5880
cttgggcgcc caaaccctgg gggccgaggg gacggctctg gttccccacg ctgcccctac5940
ttccctttgg gagtttgcct ctccctctcc cccaacaaac ccagtcctca tatcatagag6000
ttcaacacac ccatttgaca gatggcaaaa ctgaggctta aagagctgct tgagacttgg6060
ccaaggttcc aggtgccata ccctctgtgc ccctccctta ggcctgtgtg ccccatggaa6120
gggtgggctg agatcgggat gacctgacac agctccctat tgctgctaat tccccctcgg6180
cctcctccaa ggggtgggaa ttccaggcca agacccctac ttcgcctttc cttctccggc6240
tgccaagcag gacctttgcc ctcagccctt tctcctggga tctccatggg ggatgccatg6300
agggcctccc accacaaaag agaatttggg atcccctggt cccaggtttc tccatccctt6360
cttccttttc cagaattttc caaataggaa agaacagaag gagaccagaa actctagggg6420
ggagaaagag aatgagagaa agagaatgag agagagagaa acacaaacac agtgacacag6480
tgagagctta gtctccaaga gcctattcat tgattcaaac acccaagcca caggatacct6540
cagatggccc tcttgccagc tggaagctct ttctccaatg agcaaagtta cagtgacctg6600
gctggagtta cctggtgcac ataggacctt aggggaaagt tcagcgtgga ctacacttgc6660
tctgggatct gcttttccac atgtgtgtat ggcacgcctt tttctgctgg attgggaagg6720
acaagatttt gctgtgctag ggagaaatga aaacggggtg agctgagtag ctgggtttct6780
ggaggataga acatcagatg gggaggcttt ccgaggtgaa gaatgagagg gaaccactta6840
ctagagagaa aagagctcca ggcctgggga acagcacgtg cgaaggccag gagagaagaa6900
ctgttgaaac aacgagaagg gtggcacggc tggagctgag ccagcaaggg ggatcgtgag6960
gagccttggg gttggggaga tctgcagaag catcagacca ggcagggcct cgtacgcagt7020
cctgaggagt tttactttta ttctaagaca gttggggagc tccaggagct gttttaagtt7080
ggggagagac tggattccag cctgcaaaag ctgttttgtg aagactaaaa ccagtgagga7140
gaggtggagg tgctttgggg acactgaaat ggattcttgg aaagattctg aaggctgtgt7200
tgaaaagaca cctatagctg tggggacatg actataatcc cagcatttgg ggagaccgag7260
gctggcagat cacttaaggt caggagtttg agaccagcct ggccaacatg gcgaaacccc7320
atctctgcta aaaatacaaa aattagctgg gtgcagtggt gcatgcctgt agtcccagct7380
actcaggaga ctgaggcggg agaattgttt gaaccctgga ggcagaggtt gtagtgagtc7440
gtgatcacac aactgcactc cagcctgggc aacagaacaa tactccattc cctcccctct7500
accccaccaa aaaaaaaaaa aaatcctgcc cttagatgag ctctagggct gctgagtaca7560
gttgtcccag ttgcacagtg cccaagggtt tggcattgct aagaaggcca cgtgcaaatc7620
ctagatattg agtgttgtat gtttgtgacg ttggtttccc gacatgtgaa tggcccaagt7680
gtctggaaga agtggcgcca ctttctaatt tgcttggaga tgttgcatgt cccttaaatt7740
cagacaggtg caggtaactg gaggttctga accaaaggtt aaaatgcaaa ttctcataca7800
gggttgggaa gttgtagcca gggataagct tatgtgactg ttatatggac tgaggagcag7860
atgtgaattt cgaaccatga catggctgag ggtaggggtc gggtggatgg atgattcagg7920
gttgtaaccc atagagccca aaggggaagt gatctgtgac ctggggtgag ggtgatctgg7980
aagatttttg gatggctgga aagaaatggg gaagtcgagc tgcctgagag agccaagtta8040
tttcccaaaa gattccttag gagtctttct gttcaagacc tccgtgtgtg tgtgtgtgtg8100
tttagggttc cccagcaatg gcccaggcat gtgaaggaaa caagcttctt cagggaatat8160
ttgttgaatg agttttcctg actcccaggc tagaactgtt tttgcaattt ccaccctctt8220
ttctttcccc cagagaactc ctattcgtcc ttcaaaaccc atcacggaaa cccctcttgg8280
agaaaaccct ccttccttcc cctcaggact ttcccagcca ccgtctctcc tccagtccag8340
cctgatgcca tgggactggg ggtttctctg tccagctctg tttctcccag actggggtct8400
gaggactctc aggaccccca actttaccta gcacaggctg ggcacaagtg ggtgacaggg8460
agtctacgcc tagtggaatt atgtattggg gcagggtcag tgtgagaata cacatccgca8520
tgcatgtctg tccatgtctg tccgtaccaa ccttcccctt ccacacggac ctgggcacat8580
aggaggtgtc tgagcctgac acatgggaca gagagtggac atggctgaga cacggacaga8640
gaaaagacaa ggagtccagg gggctgaaag ccttttgaaa tcaggaagtt cctgtattgg8700
cagaacaaag cccagagagg agcagggctt tcctcaacgc cacccagcaa gtggacacag8760
agcccggcct tggatgacac ctccagggtt ctgaaccctg gacctcgctt tatgcaagga8820
gctggcccca catttccatg aatcggggaa acagcacaag aaggttggcc tgtggcaggg8880
caagggttaa aggggtgaca ttgagggatg cctcagagtc aaagtcccct gaccaagagg8940
aatagagtag aaaacacaga gacagagggt gagatcacgc cccgatgagg acggagagag9000
acagagatgg agagagacat agaggtggaa atatacagag aaagataaat gcagagacca9060
aggcagggag tgtcggggga agtaaagagg gtgtcctgaa gaaagaagga tctgttcact9120
cttaccagtc tgtcctcgaa tgatttgcat aaaatgagga ggtgcctgtc cacaccccca9180
attcctctct caggccccag agcctgagac ctcaccatgc ccccatcaga gatgcaaaaa9240
actaaacacc caactagaaa tccttgggac ctctctcggc tgggatctca gagcctttct9300
gtcccctacc cctaccccat gtgctgtcga ttttgcagat ggggacaacc tggggcctcc9360
cggaactctg ccaccctggg gaagttgggg gagggcctta gtcccggatc acaaccccgt9420
ctgctcccca gaatcctttc ctaagaatcg ttgaggacca aagttgtctt tgctgacacg9480
tgttgctttt ctctttgcct tttattgttt cagagaaaaa tcaagttgac tgtgtcaagt9540
aacaccccac cccttacccc cgtccagcca tagtggctct ctggagacac aggtcacagg9600
cggagggtcc cctgatcatc cccaaccaca cagccagggg gacttgaccc ctgtccaccc9660
ctgtctcgtg ctccctcaga cccccacaaa ccggccaagc agtccgggga ggcttcccct9720
ccacacaact cttagcatgt gattgcagat gtgaaatcaa aacgttgttt gttttttgtt9780
ttgttttgat tctaccccgt cggtccagtg tctgcacaga cgccttcatt tctctgtaaa9840
tatgtgactt ggaacaaatg tttaacacaa acgagaagtg gtcatgaatg catggtgttg9900
agatgttttg cactattctg actttttggt ctctgtaaaa atattttatt aacagcagac9960
attaaaaaaa gaaaaaccac acaca9985
<210>2
<211>116
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(116)
<223>外显子20
<400>2
acaagcgaac tgacaaatct gccgtgtcgg gtgccatccg gctccacatc agtgtggaga60
tcaaaggcga ggagaaggtg gccccgtacc atgtccagta cacctgtctg catgag 116
<210>3
<211>164
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(164)
<223>外显子21
<400>3
aacctgttcc acttcgtgac cgacgtgcag aacaatgggg tcgtgaagat cccagatgcc60
aagggtgacg atgcctggaa ggtttactac gatgagacag cccaggagat tgtggacgag 120
tttgccatgc gctacggcgt cgagtccatc taccaagcca tgac164
<210>4
<211>1288
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1288)
<223>内含子20-21
<400>4
gtgagggtca ttgctcggcc cctcccatgc cacttccact caccattcct gcctgcccag60
ctcttcctct ttctggccac accatccaca ctctcctggc cctctgagac tgcccgccat 120
gccattccct ttacctggaa aactcctccc tatccatcaa agtccagatt cagggtcacc 180
tcctctggga agcccacctt ggcctccagg ttgactctca ctactcatca tcaggttctt 240
ccttctattc cagccctaac cactcaggat tgggccgttt gtgtctgggt atgtctcttc 300
cagctgcctg ggtttcctgg aaagaactct tatccccagg aactagtttg ttgaataaat 360
gctggtgaat gaatgaatga ttgaacagat gaatgagtga tgagtagata aaaggatgga 420
tggagagatg ggtgagtaca tggatggata gatggatgag ttggtgggta gattcgtggc 480
tagatggatg atggatggat ggacagatgg atggatatat gattgaacta ttgaaagtat 540
agatgtatgg atgggtgaat ttgggggtaa ttgttagatg atggatgagt atagatgaat 600
gatggatgga taacttgatg agtggataga tagattgctg gatagatgat tgactgggtg 660
gatagatgaa atgttggatg agcagattaa gttgtattgg atgggatgga tggaagtgtg 720
gttgagttat tagaaggaag attgagtaga taggtgaatt tgttgatagt cagatgggta 780
gataggtaga tggatggatg gatggatgga tgtataggca gatggacaaa tggatgaatg 840
ggtgggtgga tgaatggaag gatgtgtggt tgaactattg caagtattga taattgggtt 900
cataatttct gaatatttag atggatggtt gtgagtggct ggtggacaga cgaaaaatgg 960
atggttggat aaattgatgg gtggatggat ggttggttgt atgaaagaat gaatgattgg1020
gtaggtggat taagttgcgg atcaatgtat gggatggatg aatggatgga tggatggatg1080
tgtggttgaa ttactgaaag gttggaagag tggatgggtg aaatttgggg tagttagatg1140
ggtgggtgtg tggatggata aaagagtaga tgaatgaatt aatgaataaa caggcagatg1200
gatgatgtaa gctgccccag accctgggac ctctgacccc cggcgacccc ttgcactctc1260
catgacactt tctctcccat ggtggcag 1288
<210>5
<211>128
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(128)
<223>隐蔽外显子1
<400>5
ctgcctgggt ttcctggaaa gaactcttat ccccaggaac tagtttgttg aataaatgct60
ggtgaatgaa tgaatgattg aacagatgaa tgagtgatga gtagataaaa ggatggatgg 120
agagatgg128
<210>6
<211>179
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(179)
<223>隐蔽外显子2
<400>6
ccctaaccac tcaggattgg gccgtttgtg tctgggtatg tctcttccag ctgcctgggt60
ttcctggaaa gaactcttat ccccaggaac tagtttgttg aataaatgct ggtgaatgaa 120
tgaatgattg aacagatgaa tgagtgatga gtagataaaa ggatggatgg agagatggg179
<210>7
<211>10113
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(10113)
<223>隐蔽外显子剪接变体1
<400>7
gcccccggtg ctgaaccaag atggccggtg gcggccgggc cccggcgtga gccaagcgcg60
ggctgcagcc gggagatgcc ccagcccagc ggccgctgag cccgacccga cagagccggc 120
ccggccgcct ccggcccacc tgcgagctcg gagacatgtc tctgctttgc gttggagtca 180
aaaaagccaa gtttgatggt gcccaagaga aattcaacac gtacgtgacc ctgaaagtgc 240
agaatgtcaa gagcacgacc atcgcggtgc ggggcagcca gcccagctgg gagcaggatt 300
tcatgttcga gattaaccgt ctggatttgg gactgacggt ggaggtgtgg aataagggtc 360
tcatctggga cacaatggtg ggcactgtgt ggatcccact gaggaccatc cgccagtcca 420
atgaggaggg ccctggagag tggctgacgc tggactccca ggtcatcatg gcagacagtg 480
agatctgtgg caccaaggac cccaccttcc accgcatcct cctggacacg cgctttgagc 540
tacccttaga cattcctgaa gaggaggctc gctactgggc caagaagctg gagcagctca 600
atgctatgcg ggaccaggat gaatattcgt tccaagatga gcaagacaag cctctgcctg 660
tccccagcaa ccagtgctgc aactggaatt attttggctg gggtgagcag cacaacgatg 720
accccgacag tgcagtggat gatcgtgaca gtgactaccg cagtgaaacg agcaacagca 780
tcccgccgcc ctattatact acgtcacaac ccaacgcctc agtccaccaa tattctgttc 840
gcccaccacc cctgggctcc cgggagtcct acagtgactc catgcacagt tacgaggagt 900
tctctgagcc acaagccctc agccccacgg gtagcagccg ctatgcctct tccggggagc 960
tgagccaggg aagctctcag ctgagcgagg acttcgaccc tgacgagcac agcctgcagg1020
gctccgacat ggaggatgag cgggaccggg actcctacca ctcctgccac agctcggtca1080
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aggacttcct ggaggaggag gagctgcctg aagatgagga ggagctggag gaggaggagg1200
aggaggtgcc tgacgatttg ggcagctatg cccagcgtga agacgtagct gtggctgagc1260
ccaaagactt caaacgcatc agcctcccgc cagctgcccc agggaaggag gacaaggccc1320
cagtggcacc caccgaggcc cccgacatgg ccaaggtggc ccccaagcca gccacgcccg1380
acaaggtgcc tgcagctgag cagatccctg aggctgagcc acccaaggac gaggagagtt1440
tcaggccgag agaggatgag gaaggccagg aggggcagga ctccatgtcc agggccaagg1500
ccaactggct gcgtgccttc aacaaggtgc ggatgcagct gcaggaggcc cggggagaag1560
gagagatgtc taaatcccta tggttcaaag gcggcccagg gggcggtctc atcatcatcg1620
acagcatgcc agacatccgc aagaggaaac ctatcccact cgtgagcgac ttggccatgt1680
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acgaggagct gaaaaaccac gtttacaaga agaccctgca agccttaatc taccccatct1800
cgtgcacgac gccacacaac ttcgaagtgt ggacggccac cacgcccacc tactgctacg1860
agtgcgaggg gctgctgtgg ggcatcgcga ggcagggcat gcgctgcacc gagtgcggtg1920
tcaagtgcca cgagaagtgc caggacctgc tcaacgccga ctgcctgcag cgggctgcgg1980
agaagagctc caagcacggg gcggaggacc ggacacagaa catcatcatg gtgctcaagg2040
accgcatgaa gatccgggag cgcaacaagc ccgagatctt cgagctcatc caggagatct2100
tcgcggtgac caagacggcg cacacgcagc agatgaaggc ggtcaagcag agcgtgctgg2160
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aggcaaagga caagacagga tccagtgacc cctatgtcac cgtccaggtc gggaagacca2280
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ttgaatgtca caattcctcc gaccgcatca aggtgcgcgt ctgggacgag gatgacgaca2400
tcaaatcccg cgtgaaacag aggttcaaga gggaatctga cgatttcctg gggcagacga2460
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ctggaaagaa ctcttatccc caggaactag tttgttgaat aaatgctggt gaatgaatga2700
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gttccacttc gtgaccgacg tgcagaacaa tggggtcgtg aagatcccag atgccaaggg2820
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caagtatatg tgcccagggg tgcctgccgt catgagcacc ctgctcgcca acatcaatgc3000
ctactacgca cacaccaccg cctccaccaa cgtgtctgcc tccgaccgct tcgccgcctc3060
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tgacctctcc atgtaccgga ataacttccc agccagcagc ccggagagac tccaggacct3180
caaatccact gtggaccttc tcaccagcat caccttcttt cggatgaagg tacaagaact3240
ccagagcccg ccccgagcca gccaggtggt aaaggactgt gtgaaagcct gccttaattc3300
tacctacgag tacatcttca ataactgcca tgaactgtac agccgggagt accagacaga3360
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cttctggtcc aagctgatta ccctcatagt gtccatcatt gaggaagaca agaattccta3480
cactccctgc ctcaaccagt ttccccagga gctgaatgtg ggtaaaatca gcgctgaagt3540
gatgtggaat ctgtttgccc aagacatgaa gtacgccatg gaggagcacg acaagcatcg3600
tctatgcaag agtgccgact acatgaacct ccacttcaag gtgaaatggc tctacaatga3660
gtatgtgacg gaacttcccg ccttcaagga ccgcgtgcct gagtaccctg catggtttga3720
acccttcgtc atccagtggc tggatgagaa tgaggaggtg tcccgggatt tcctgcacgg3780
tgccctggag cgagacaaga aggatgggtt ccagcagacc tcagagcatg ccctattctc3840
ctgctccgtg gtggatgttt tctcccaact caaccagagc tttgaaatca tcaagaaact3900
cgagtgtccc gaccctcaga tcgtggggca ctacatgagg cgctttgcca agaccatcag3960
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ggagaagatg ttcgaagcca tgggaggaaa ggagctggat gctgaagcca gtgacatcct4140
gaaggagctt caggtgaaac tcaataacgt cttggatgag ctcagccggg tgtttgctac4200
cagcttccag ccgcacattg aagagtgtgt caaacagatg ggtgacatcc ttagccaggt4260
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tgagaagact gtgctgaagc gagtgctgaa ggagctgtgg aagctggtta tgaacaccat4440
ggagaaaacc atcgtcctgc cgcccctcac tgaccagacg atgatcggga acctcttgag4500
aaaacatggc aagggattag aaaagggcag ggtgaaattg ccaagccact cagacggaac4560
ccagatgatc ttcaatgcag ccaaggagct gggtcagctg tccaaactca aggatcacat4620
ggtacgagaa gaagccaaga gcttgacccc aaagcagtgc gcggttgttg agttggccct4680
ggacaccatc aagcaatatt tccacgcggg tggcgtgggc ctcaagaaga ccttcctgga4740
gaagagcccg gacctgcaat ccttgcgcta tgccctgtcg ctctacacgc aggccaccga4800
cctgctaatc aagacctttg tacagacgca atcggcccag ggcttgggtg tagaagaccc4860
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gaccaaatcc aagaacaata gctgggctcc caagtacaat gagagcttcc agttcacgct5100
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cgcgcgcgag gaccgcacgg tggggctggc cgtgctgcag ctgcgtgagc tggcccagcg5220
cgggagcgcc gcctgctggc tgccgctcgg ccgccgcatc cacatggacg acacgggcct5280
cacggtgctg cgaatcctct cgcagcgcag caacgacgag gtggccaagg agttcgtgaa5340
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tgcgcctacg cccttgactc agctttccct tttggggaat taggaatgga ggatgccccg5580
ccctctcggg aggccacgcc caagggcgcg acgaaggaag gagccacatc cccaacttga5640
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ctttagatat ttgtgcaaaa aataaatggg gggagggggg aggatgggat ttcaaaagca6000
catgcgccct tgggcgccca aaccctgggg gccgagggga cggctctggt tccccacgct6060
gcccctactt ccctttggga gtttgcctct ccctctcccc caacaaaccc agtcctcata6120
tcatagagtt caacacaccc atttgacaga tggcaaaact gaggcttaaa gagctgcttg6180
agacttggcc aaggttccag gtgccatacc ctctgtgccc ctcccttagg cctgtgtgcc6240
ccatggaagg gtgggctgag atcgggatga cctgacacag ctccctattg ctgctaattc6300
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atgccatgag ggcctcccac cacaaaagag aatttgggat cccctggtcc caggtttctc6480
catcccttct tccttttcca gaattttcca aataggaaag aacagaagga gaccagaaac6540
tctagggggg agaaagagaa tgagagaaag agaatgagag agagagaaac acaaacacag6600
tgacacagtg agagcttagt ctccaagagc ctattcattg attcaaacac ccaagccaca6660
ggatacctca gatggccctc ttgccagctg gaagctcttt ctccaatgag caaagttaca6720
gtgacctggc tggagttacc tggtgcacat aggaccttag gggaaagttc agcgtggact6780
acacttgctc tgggatctgc ttttccacat gtgtgtatgg cacgcctttt tctgctggat6840
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gggtttctgg aggatagaac atcagatggg gaggctttcc gaggtgaaga atgagaggga6960
accacttact agagagaaaa gagctccagg cctggggaac agcacgtgcg aaggccagga7020
gagaagaact gttgaaacaa cgagaagggt ggcacggctg gagctgagcc agcaaggggg7080
atcgtgagga gccttggggt tggggagatc tgcagaagca tcagaccagg cagggcctcg7140
tacgcagtcc tgaggagttt tacttttatt ctaagacagt tggggagctc caggagctgt7200
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gaaaccccat ctctgctaaa aatacaaaaa ttagctgggt gcagtggtgc atgcctgtag7500
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agtgagtcgt gatcacacaa ctgcactcca gcctgggcaa cagaacaata ctccattccc7620
tcccctctac cccaccaaaa aaaaaaaaaa atcctgccct tagatgagct ctagggctgc7680
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cttcccctcc acacaactct tagcatgtga ttgcagatgt gaaatcaaaa cgttgtttgt9900
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cagcagacat taaaaaaaga aaaaccacac aca10113
<210>8
<211>840
<212>PRT
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(1)..(840)
<223>隐蔽外显子剪接变体1
<400>8
Met Ser Leu Leu Cys Val Gly Val Lys Lys Ala Lys Phe Asp Gly Ala
1 5 1015
Gln Glu Lys Phe Asn Thr Tyr Val Thr Leu Lys Val Gln Asn Val Lys
202530
Ser Thr Thr Ile Ala Val Arg Gly Ser Gln Pro Ser Trp Glu Gln Asp
354045
Phe Met Phe Glu Ile Asn Arg Leu Asp Leu Gly Leu Thr Val Glu Val
505560
Trp Asn Lys Gly Leu Ile Trp Asp Thr Met Val Gly Thr Val Trp Ile
65707580
Pro Leu Arg Thr Ile Arg Gln Ser Asn Glu Glu Gly Pro Gly Glu Trp
859095
Leu Thr Leu Asp Ser Gln Val Ile Met Ala Asp Ser Glu Ile Cys Gly
100 105 110
Thr Lys Asp Pro Thr Phe His Arg Ile Leu Leu Asp Thr Arg Phe Glu
115 120 125
Leu Pro Leu Asp Ile Pro Glu Glu Glu Ala Arg Tyr Trp Ala Lys Lys
130 135 140
Leu Glu Gln Leu Asn Ala Met Arg Asp Gln Asp Glu Tyr Ser Phe Gln
145 150 155 160
Asp Glu Gln Asp Lys Pro Leu Pro Val Pro Ser Asn Gln Cys Cys Asn
165 170 175
Trp Asn Tyr Phe Gly Trp Gly Glu Gln His Asn Asp Asp Pro Asp Ser
180 185 190
Ala Val Asp Asp Arg Asp Ser Asp Tyr Arg Ser Glu Thr Ser Asn Ser
195 200 205
Ile Pro Pro Pro Tyr Tyr Thr Thr Ser Gln Pro Asn Ala Ser Val His
210 215 220
Gln Tyr Ser Val Arg Pro Pro Pro Leu Gly Ser Arg Glu Ser Tyr Ser
225 230 235 240
Asp Ser Met His Ser Tyr Glu Glu Phe Ser Glu Pro Gln Ala Leu Ser
245 250 255
Pro Thr Gly Ser Ser Arg Tyr Ala Ser Ser Gly Glu Leu Ser Gln Gly
260 265 270
Ser Ser Gln Leu Ser Glu Asp Phe Asp Pro Asp Glu His Ser Leu Gln
275 280 285
Gly Ser Asp Met Glu Asp Glu Arg Asp Arg Asp Ser Tyr His Ser Cys
290 295 300
His Ser Ser Val Ser Tyr His Lys Asp Ser Pro Arg Trp Asp Gln Asp
305 310 315 320
Glu Glu Glu Leu Glu Glu Asp Leu Glu Asp Phe Leu Glu Glu Glu Glu
325 330 335
Leu Pro Glu Asp Glu Glu Glu Leu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Val Pro
340 345 350
Asp Asp Leu Gly Ser Tyr Ala Gln Arg Glu Asp Val Ala Val Ala Glu
355 360 365
Pro Lys Asp Phe Lys Arg Ile Ser Leu Pro Pro Ala Ala Pro Gly Lys
370 375 380
Glu Asp Lys Ala Pro Val Ala Pro Thr Glu Ala Pro Asp Met Ala Lys
385 390 395 400
Val Ala Pro Lys Pro Ala Thr Pro Asp Lys Val Pro Ala Ala Glu Gln
405 410 415
Ile Pro Glu Ala Glu Pro Pro Lys Asp Glu Glu Ser Phe Arg Pro Arg
420 425 430
Glu Asp Glu Glu Gly Gln Glu Gly Gln Asp Ser Met Ser Arg Ala Lys
435 440 445
Ala Asn Trp Leu Arg Ala Phe Asn Lys Val Arg Met Gln Leu Gln Glu
450 455 460
Ala Arg Gly Glu Gly Glu Met Ser Lys Ser Leu Trp Phe Lys Gly Gly
465 470 475 480
Pro Gly Gly Gly Leu Ile Ile Ile Asp Ser Met Pro Asp Ile Arg Lys
485 490 495
Arg Lys Pro Ile Pro Leu Val Ser Asp Leu Ala Met Ser Leu Val Gln
500 505 510
Ser Arg Lys Ala Gly Ile Thr Ser Ala Leu Ala Ser Ser Thr Leu Asn
515 520 525
Asn Glu Glu Leu Lys Asn His Val Tyr Lys Lys Thr Leu Gln Ala Leu
530 535 540
Ile Tyr Pro Ile Ser Cys Thr Thr Pro His Asn Phe Glu Val Trp Thr
545 550 555 560
Ala Thr Thr Pro Thr Tyr Cys Tyr Glu Cys Glu Gly Leu Leu Trp Gly
565 570 575
Ile Ala Arg Gln Gly Met Arg Cys Thr Glu Cys Gly Val Lys Cys His
580 585 590
Glu Lys Cys Gln Asp Leu Leu Asn Ala Asp Cys Leu Gln Arg Ala Ala
595 600 605
Glu Lys Ser Ser Lys His Gly Ala Glu Asp Arg Thr Gln Asn Ile Ile
610 615 620
Met Val Leu Lys Asp Arg Met Lys Ile Arg Glu Arg Asn Lys Pro Glu
625 630 635 640
Ile Phe Glu Leu Ile Gln Glu Ile Phe Ala Val Thr Lys Thr Ala His
645 650 655
Thr Gln Gln Met Lys Ala Val Lys Gln Ser Val Leu Asp Gly Thr Ser
660 665 670
Lys Trp Ser Ala Lys Ile Ser Ile Thr Val Val Cys Ala Gln Gly Leu
675 680 685
Gln Ala Lys Asp Lys Thr Gly Ser Ser Asp Pro Tyr Val Thr Val Gln
690 695 700
Val Gly Lys Thr Lys Lys Arg Thr Lys Thr Ile Tyr Gly Asn Leu Asn
705 710 715 720
Pro Val Trp Glu Glu Asn Phe His Phe Glu Cys His Asn Ser Ser Asp
725 730 735
Arg Ile Lys Val Arg Val Trp Asp Glu Asp Asp Asp Ile Lys Ser Arg
740 745 750
Val Lys Gln Arg Phe Lys Arg Glu Ser Asp Asp Phe Leu Gly Gln Thr
755 760 765
Ile Ile Glu Val Arg Thr Leu Ser Gly Glu Met Asp Val Trp Tyr Asn
770 775 780
Leu Asp Lys Arg Thr Asp Lys Ser Ala Val Ser Gly Ala Ile Arg Leu
785 790 795 800
His Ile Ser Val Glu Ile Lys Gly Glu Glu Lys Val Ala Pro Tyr His
805 810 815
Val Gln Tyr Thr Cys Leu His Glu Leu Pro Gly Phe Pro Gly Lys Asn
820 825 830
Ser Tyr Pro Gln Glu Leu Val Cys
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<210>9
<211>10164
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(10164)
<223>隐蔽外显子剪接变体2
<400>9
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aaaaagccaa gtttgatggt gcccaagaga aattcaacac gtacgtgacc ctgaaagtgc 240
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tcatgttcga gattaaccgt ctggatttgg gactgacggt ggaggtgtgg aataagggtc 360
tcatctggga cacaatggtg ggcactgtgt ggatcccact gaggaccatc cgccagtcca 420
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agatctgtgg caccaaggac cccaccttcc accgcatcct cctggacacg cgctttgagc 540
tacccttaga cattcctgaa gaggaggctc gctactgggc caagaagctg gagcagctca 600
atgctatgcg ggaccaggat gaatattcgt tccaagatga gcaagacaag cctctgcctg 660
tccccagcaa ccagtgctgc aactggaatt attttggctg gggtgagcag cacaacgatg 720
accccgacag tgcagtggat gatcgtgaca gtgactaccg cagtgaaacg agcaacagca 780
tcccgccgcc ctattatact acgtcacaac ccaacgcctc agtccaccaa tattctgttc 840
gcccaccacc cctgggctcc cgggagtcct acagtgactc catgcacagt tacgaggagt 900
tctctgagcc acaagccctc agccccacgg gtagcagccg ctatgcctct tccggggagc 960
tgagccaggg aagctctcag ctgagcgagg acttcgaccc tgacgagcac agcctgcagg1020
gctccgacat ggaggatgag cgggaccggg actcctacca ctcctgccac agctcggtca1080
gctaccacaa agactcgcct cgctgggacc aggatgagga agagctggag gaggacctgg1140
aggacttcct ggaggaggag gagctgcctg aagatgagga ggagctggag gaggaggagg1200
aggaggtgcc tgacgatttg ggcagctatg cccagcgtga agacgtagct gtggctgagc1260
ccaaagactt caaacgcatc agcctcccgc cagctgcccc agggaaggag gacaaggccc1320
cagtggcacc caccgaggcc cccgacatgg ccaaggtggc ccccaagcca gccacgcccg1380
acaaggtgcc tgcagctgag cagatccctg aggctgagcc acccaaggac gaggagagtt1440
tcaggccgag agaggatgag gaaggccagg aggggcagga ctccatgtcc agggccaagg1500
ccaactggct gcgtgccttc aacaaggtgc ggatgcagct gcaggaggcc cggggagaag1560
gagagatgtc taaatcccta tggttcaaag gcggcccagg gggcggtctc atcatcatcg1620
acagcatgcc agacatccgc aagaggaaac ctatcccact cgtgagcgac ttggccatgt1680
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785 790 795 800
His Ile Ser Val Glu Ile Lys Gly Glu Glu Lys Val Ala Pro Tyr His
805 810 815
Val Gln Tyr Thr Cys Leu His Glu Asn Leu Phe His Phe Val Thr Asp
820 825 830
Val Gln Asn Asn Gly Val Val Lys Ile Pro Asp Ala Lys Gly Asp Asp
835 840 845
Ala Trp Lys Val Tyr Tyr Asp Glu Thr Ala Gln Glu Ile Val Asp Glu
850 855 860
Phe Ala Met Arg Tyr Gly Val Glu Ser Ile Tyr Gln Ala Met Thr His
865 870 875 880
Phe Ala Cys Leu Ser Ser Lys Tyr Met Cys Pro Gly Val Pro Ala Val
885 890 895
Met Ser Thr Leu Leu Ala Asn Ile Asn Ala Tyr Tyr Ala His Thr Thr
900 905 910
Ala Ser Thr Asn Val Ser Ala Ser Asp Arg Phe Ala Ala Ser Asn Phe
915 920 925
Gly Lys Glu Arg Phe Val Lys Leu Leu Asp Gln Leu His Asn Ser Leu
930 935 940
Arg Ile Asp Leu Ser Met Tyr Arg Asn Asn Phe Pro Ala Ser Ser Pro
945 950 955 960
Glu Arg Leu Gln Asp Leu Lys Ser Thr Val Asp Leu Leu Thr Ser Ile
965 970 975
Thr Phe Phe Arg Met Lys Val Gln Glu Leu Gln Ser Pro Pro Arg Ala
980 985 990
Ser Gln Val Val Lys Asp Cys ValLys Ala Cys Leu AsnSer Thr Tyr
995 1000 1005
Glu TyrIle Phe Asn Asn CysHis Glu Leu Tyr SerArg Glu Tyr
1010 1015 1020
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1025 1030 1035
Gly ProSer Ile Lys Asn LeuAsp Phe Trp Ser LysLeu Ile Thr
1040 1045 1050
Leu IleVal Ser Ile Ile GluGlu Asp Lys Asn SerTyr Thr Pro
1055 1060 1065
Cys LeuAsn Gln Phe Pro GlnGlu Leu Asn Val GlyLys Ile Ser
1070 1075 1080
Ala GluVal Met Trp Asn LeuPhe Ala Gln Asp MetLys Tyr Ala
1085 1090 1095
Met GluGlu His Asp Lys HisArg Leu Cys Lys SerAla Asp Tyr
1100 1105 1110
Met AsnLeu His Phe Lys ValLys Trp Leu Tyr AsnGlu Tyr Val
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1130 1135 1140
Trp PheGlu Pro Phe Val IleGln Trp Leu Asp GluAsn Glu Glu
1145 1150 1155
Val SerArg Asp Phe Leu HisGly Ala Leu Glu ArgAsp Lys Lys
1160 1165 1170
Asp GlyPhe Gln Gln Thr SerGlu His Ala Leu PheSer Cys Ser
1175 1180 1185
Val ValAsp Val Phe Ser GlnLeu Asn Gln Ser PheGlu Ile Ile
1190 1195 1200
Lys LysLeu Glu Cys Pro AspPro Gln Ile Val GlyHis Tyr Met
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Arg ArgPhe Ala Lys Thr IleSer Asn Val Leu LeuGln Tyr Ala
1220 1225 1230
Asp IleIle Ser Lys Asp PheAla Ser Tyr Cys SerLys Glu Lys
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Glu LysVal Pro Cys Ile LeuMet Asn Asn Thr GlnGln Leu Arg
1250 1255 1260
Val GlnLeu Glu Lys Met PheGlu Ala Met Gly GlyLys Glu Leu
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1310 1315 1320
Ser GlnVal Lys Gly Thr GlyAsn Val Pro Ala SerAla Cys Ser
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Ser ValAla Gln Asp Ala AspAsn Val Leu Gln ProIle Met Asp
1340 1345 1350
Leu LeuAsp Ser Asn Leu ThrLeu Phe Ala Lys IleCys Glu Lys
1355 1360 1365
Thr ValLeu Lys Arg Val LeuLys Glu Leu Trp LysLeu Val Met
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Thr MetIle Gly Asn Leu LeuArg Lys His Gly LysGly Leu Glu
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Lys GlyArg Val Lys Leu ProSer His Ser Asp GlyThr Gln Met
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Cys AlaVal Val Glu Leu AlaLeu Asp Thr Ile LysGln Tyr Phe
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Ala AlaPro Ala Pro
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<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(101)
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<400>13
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<400>76
aggtgtactg gacatggtac ggggc25
<210>77
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0064
<400>77
ggtgtactgg acatggtacg gggcc25
<210>78
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0065
<400>78
gtgtactgga catggtacgg ggcca25
<210>79
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0066
<400>79
tgtactggac atggtacggg gccac25
<210>80
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0067
<400>80
gtactggaca tggtacgggg ccacc25
<210>81
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0068
<400>81
tactggacat ggtacggggc cacct25
<210>82
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0069
<400>82
actggacatg gtacggggcc acctt25
<210>83
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0070
<400>83
ctggacatgg tacggggcca ccttc25
<210>84
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0071
<400>84
tggacatggt acggggccac cttct25
<210>85
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0072
<400>85
ggacatggta cggggccacc ttctc25
<210>86
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0073
<400>86
gacatggtac ggggccacct tctcc25
<210>87
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0074
<400>87
acatggtacg gggccacctt ctcct25
<210>88
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0075
<400>88
catggtacgg ggccaccttc tcctc25
<210>89
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0076
<400>89
atggtacggg gccaccttct cctcg25
<210>90
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0077
<400>90
tggtacgggg ccaccttctc ctcgc25
<210>91
<211>151
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(151)
<223>隐蔽外显子剪接受体,位置
chr19:17,642,491-17,642,641
<400>91
ctccaggttg actctcacta ctcatcatca ggttcttcct tctattccag ccctaaccac60
tcaggattgg gccgtttgtg tctgggtatg tctcttccag ctgcctgggt ttcctggaaa 120
gaactcttat ccccaggaac tagtttgttg a151
<210>92
<211>151
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(151)
<223>隐蔽外显子剪接受体,反向互补序列
<400>92
tcaacaaact agttcctggg gataagagtt ctttccagga aacccaggca gctggaagag60
acatacccag acacaaacgg cccaatcctg agtggttagg gctggaatag aaggaagaac 120
ctgatgatga gtagtgagag tcaacctgga g151
<210>93
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0078
<400>93
tcaacaaact agttcctggg gataa25
<210>94
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0079
<400>94
caacaaacta gttcctgggg ataag25
<210>95
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0080
<400>95
aacaaactag ttcctgggga taaga25
<210>96
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0081
<400>96
acaaactagt tcctggggat aagag25
<210>97
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0082
<400>97
caaactagtt cctggggata agagt25
<210>98
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0083
<400>98
aaactagttc ctggggataa gagtt25
<210>99
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0084
<400>99
aactagttcc tggggataag agttc25
<210>100
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0085
<400>100
actagttcct ggggataaga gttct25
<210>101
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0086
<400>101
ctagttcctg gggataagag ttctt25
<210>102
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0087
<400>102
tagttcctgg ggataagagt tcttt25
<210>103
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0088
<400>103
agttcctggg gataagagtt ctttc25
<210>104
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0089
<400>104
gttcctgggg ataagagttc tttcc25
<210>105
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0090
<400>105
ttcctgggga taagagttct ttcca25
<210>106
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0091
<400>106
tcctggggat aagagttctt tccag25
<210>107
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0092
<400>107
cctggggata agagttcttt ccagg25
<210>108
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0093
<400>108
ctggggataa gagttctttc cagga25
<210>109
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0094
<400>109
tggggataag agttctttcc aggaa25
<210>110
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0095
<400>110
ggggataaga gttctttcca ggaaa25
<210>111
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0096
<400>111
gggataagag ttctttccag gaaac25
<210>112
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0097
<400>112
ggataagagt tctttccagg aaacc25
<210>113
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0098
<400>113
gataagagtt ctttccagga aaccc25
<210>114
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0099
<400>114
ataagagttc tttccaggaa accca25
<210>115
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0100
<400>115
taagagttct ttccaggaaa cccag25
<210>116
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0101
<400>116
aagagttctt tccaggaaac ccagg25
<210>117
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0102
<400>117
agagttcttt ccaggaaacc caggc25
<210>118
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0103
<400>118
gagttctttc caggaaaccc aggca25
<210>119
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0104
<400>119
agttctttcc aggaaaccca ggcag25
<210>120
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0105
<400>120
gttctttcca ggaaacccag gcagc25
<210>121
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0106
<400>121
ttctttccag gaaacccagg cagct25
<210>122
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0107
<400>122
tctttccagg aaacccaggc agctg25
<210>123
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0108
<400>123
ctttccagga aacccaggca gctgg25
<210>124
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0109
<400>124
tttccaggaa acccaggcag ctgga25
<210>125
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0110
<400>125
ttccaggaaa cccaggcagc tggaa25
<210>126
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0111
<400>126
tccaggaaac ccaggcagct ggaag25
<210>127
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0112
<400>127
ccaggaaacc caggcagctg gaaga25
<210>128
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0113
<400>128
caggaaaccc aggcagctgg aagag25
<210>129
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0114
<400>129
aggaaaccca ggcagctgga agaga25
<210>130
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0115
<400>130
ggaaacccag gcagctggaa gagac25
<210>131
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0116
<400>131
gaaacccagg cagctggaag agaca25
<210>132
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0117
<400>132
aaacccaggc agctggaaga gacat25
<210>133
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0118
<400>133
aacccaggca gctggaagag acata25
<210>134
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0119
<400>134
acccaggcag ctggaagaga catac25
<210>135
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0120
<400>135
cccaggcagc tggaagagac atacc25
<210>136
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0121
<400>136
ccaggcagct ggaagagaca taccc25
<210>137
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0122
<400>137
caggcagctg gaagagacat accca25
<210>138
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0123
<400>138
aggcagctgg aagagacata cccag25
<210>139
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0124
<400>139
ggcagctgga agagacatac ccaga25
<210>140
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0125
<400>140
gcagctggaa gagacatacc cagac25
<210>141
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0126
<400>141
cagctggaag agacataccc agaca25
<210>142
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0127
<400>142
agctggaaga gacataccca gacac25
<210>143
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0128
<400>143
gctggaagag acatacccag acaca25
<210>144
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0129
<400>144
ctggaagaga catacccaga cacaa25
<210>145
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0130
<400>145
tggaagagac atacccagac acaaa25
<210>146
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0131
<400>146
ggaagagaca tacccagaca caaac25
<210>147
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0132
<400>147
gaagagacat acccagacac aaacg25
<210>148
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0133
<400>148
aagagacata cccagacaca aacgg25
<210>149
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0134
<400>149
agagacatac ccagacacaa acggc25
<210>150
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0135
<400>150
gagacatacc cagacacaaa cggcc25
<210>151
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0136
<400>151
agacataccc agacacaaac ggccc25
<210>152
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0137
<400>152
gacataccca gacacaaacg gccca25
<210>153
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0138
<400>153
acatacccag acacaaacgg cccaa25
<210>154
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0139
<400>154
catacccaga cacaaacggc ccaat25
<210>155
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0140
<400>155
atacccagac acaaacggcc caatc25
<210>156
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0141
<400>156
tacccagaca caaacggccc aatcc25
<210>157
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0142
<400>157
acccagacac aaacggccca atcct25
<210>158
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0143
<400>158
cccagacaca aacggcccaa tcctg25
<210>159
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0144
<400>159
ccagacacaa acggcccaat cctga25
<210>160
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0145
<400>160
cagacacaaa cggcccaatc ctgag25
<210>161
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0146
<400>161
agacacaaac ggcccaatcc tgagt25
<210>162
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0147
<400>162
gacacaaacg gcccaatcct gagtg25
<210>163
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0148
<400>163
acacaaacgg cccaatcctg agtgg25
<210>164
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0149
<400>164
cacaaacggc ccaatcctga gtggt25
<210>165
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0150
<400>165
acaaacggcc caatcctgag tggtt25
<210>166
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0151
<400>166
caaacggccc aatcctgagt ggtta25
<210>167
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0152
<400>167
aaacggccca atcctgagtg gttag25
<210>168
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0153
<400>168
aacggcccaa tcctgagtgg ttagg25
<210>169
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0154
<400>169
acggcccaat cctgagtggt taggg25
<210>170
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0155
<400>170
cggcccaatc ctgagtggtt agggc25
<210>171
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0156
<400>171
ggcccaatcc tgagtggtta gggct25
<210>172
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0157
<400>172
gcccaatcct gagtggttag ggctg25
<210>173
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0158
<400>173
cccaatcctg agtggttagg gctgg25
<210>174
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0159
<400>174
ccaatcctga gtggttaggg ctgga25
<210>175
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0160
<400>175
caatcctgag tggttagggc tggaa25
<210>176
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0161
<400>176
aatcctgagt ggttagggct ggaat25
<210>177
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0162
<400>177
atcctgagtg gttagggctg gaata25
<210>178
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0163
<400>178
tcctgagtgg ttagggctgg aatag25
<210>179
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0164
<400>179
cctgagtggt tagggctgga ataga25
<210>180
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0165
<400>180
ctgagtggtt agggctggaa tagaa25
<210>181
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0166
<400>181
tgagtggtta gggctggaat agaag25
<210>182
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0167
<400>182
gagtggttag ggctggaata gaagg25
<210>183
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0168
<400>183
agtggttagg gctggaatag aagga25
<210>184
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0169
<400>184
gtggttaggg ctggaataga aggaa25
<210>185
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0170
<400>185
tggttagggc tggaatagaa ggaag25
<210>186
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0171
<400>186
ggttagggct ggaatagaag gaaga25
<210>187
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0172
<400>187
gttagggctg gaatagaagg aagaa25
<210>188
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0173
<400>188
ttagggctgg aatagaagga agaac25
<210>189
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0174
<400>189
tagggctgga atagaaggaa gaacc25
<210>190
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0175
<400>190
agggctggaa tagaaggaag aacct25
<210>191
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0176
<400>191
gggctggaat agaaggaaga acctg25
<210>192
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0177
<400>192
ggctggaata gaaggaagaa cctga25
<210>193
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0178
<400>193
gctggaatag aaggaagaac ctgat25
<210>194
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0179
<400>194
ctggaataga aggaagaacc tgatg25
<210>195
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0180
<400>195
tggaatagaa ggaagaacct gatga25
<210>196
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0181
<400>196
ggaatagaag gaagaacctg atgat25
<210>197
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0182
<400>197
gaatagaagg aagaacctga tgatg25
<210>198
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0183
<400>198
aatagaagga agaacctgat gatga25
<210>199
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0184
<400>199
atagaaggaa gaacctgatg atgag25
<210>200
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0185
<400>200
tagaaggaag aacctgatga tgagt25
<210>201
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0186
<400>201
agaaggaaga acctgatgat gagta25
<210>202
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0187
<400>202
gaaggaagaa cctgatgatg agtag25
<210>203
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0188
<400>203
aaggaagaac ctgatgatga gtagt25
<210>204
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0189
<400>204
aggaagaacc tgatgatgag tagtg25
<210>205
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0190
<400>205
ggaagaacct gatgatgagt agtga25
<210>206
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0191
<400>206
gaagaacctg atgatgagta gtgag25
<210>207
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0192
<400>207
aagaacctga tgatgagtag tgaga25
<210>208
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0193
<400>208
agaacctgat gatgagtagt gagag25
<210>209
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0194
<400>209
gaacctgatg atgagtagtg agagt25
<210>210
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0195
<400>210
aacctgatga tgagtagtga gagtc25
<210>211
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0196
<400>211
acctgatgat gagtagtgag agtca25
<210>212
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0197
<400>212
cctgatgatg agtagtgaga gtcaa25
<210>213
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0198
<400>213
ctgatgatga gtagtgagag tcaac25
<210>214
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0199
<400>214
tgatgatgag tagtgagagt caacc25
<210>215
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0200
<400>215
gatgatgagt agtgagagtc aacct25
<210>216
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0201
<400>216
atgatgagta gtgagagtca acctg25
<210>217
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0202
<400>217
tgatgagtag tgagagtcaa cctgg25
<210>218
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0203
<400>218
gatgagtagt gagagtcaac ctgga25
<210>219
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0204
<400>219
atgagtagtg agagtcaacc tggag25
<210>220
<211>101
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(101)
<223>隐蔽外显子剪接供体,位置chr19:17,642,363-17,642,463
<400>220
tgaacagatg aatgagtgat gagtagataa aaggatggat ggagagatgg gtgagtacat60
ggatggatag atggatgagt tggtgggtag attcgtggct a 101
<210>221
<211>101
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(101)
<223>隐蔽外显子剪接供体,反向互补序列
<400>221
tagccacgaa tctacccacc aactcatcca tctatccatc catgtactca cccatctctc60
catccatcct tttatctact catcactcat tcatctgttc a 101
<210>222
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0205
<400>222
tagccacgaa tctacccacc aactc25
<210>223
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0206
<400>223
agccacgaat ctacccacca actca25
<210>224
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0207
<400>224
gccacgaatc tacccaccaa ctcat25
<210>225
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0208
<400>225
ccacgaatct acccaccaac tcatc25
<210>226
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0209
<400>226
cacgaatcta cccaccaact catcc25
<210>227
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0210
<400>227
acgaatctac ccaccaactc atcca25
<210>228
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0211
<400>228
cgaatctacc caccaactca tccat25
<210>229
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0212
<400>229
gaatctaccc accaactcat ccatc25
<210>230
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0213
<400>230
aatctaccca ccaactcatc catct25
<210>231
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0214
<400>231
atctacccac caactcatcc atcta25
<210>232
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0215
<400>232
tctacccacc aactcatcca tctat25
<210>233
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0216
<400>233
ctacccacca actcatccat ctatc25
<210>234
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0217
<400>234
tacccaccaa ctcatccatc tatcc25
<210>235
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0218
<400>235
acccaccaac tcatccatct atcca25
<210>236
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0219
<400>236
cccaccaact catccatcta tccat25
<210>237
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0220
<400>237
ccaccaactc atccatctat ccatc25
<210>238
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0221
<400>238
caccaactca tccatctatc catcc25
<210>239
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0222
<400>239
accaactcat ccatctatcc atcca25
<210>240
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0223
<400>240
ccaactcatc catctatcca tccat25
<210>241
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0224
<400>241
caactcatcc atctatccat ccatg25
<210>242
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0225
<400>242
aactcatcca tctatccatc catgt25
<210>243
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0226
<400>243
actcatccat ctatccatcc atgta25
<210>244
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0227
<400>244
ctcatccatc tatccatcca tgtac25
<210>245
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0228
<400>245
tcatccatct atccatccat gtact25
<210>246
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0229
<400>246
catccatcta tccatccatg tactc25
<210>247
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0230
<400>247
atccatctat ccatccatgt actca25
<210>248
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0231
<400>248
tccatctatc catccatgta ctcac25
<210>249
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0232
<400>249
ccatctatcc atccatgtac tcacc25
<210>250
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0233
<400>250
catctatcca tccatgtact caccc25
<210>251
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0234
<400>251
atctatccat ccatgtactc accca25
<210>252
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0235
<400>252
tctatccatc catgtactca cccat25
<210>253
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0236
<400>253
ctatccatcc atgtactcac ccatc25
<210>254
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0237
<400>254
tatccatcca tgtactcacc catct25
<210>255
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0238
<400>255
atccatccat gtactcaccc atctc25
<210>256
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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<400>256
tccatccatg tactcaccca tctct25
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<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
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ccatccatgt actcacccat ctctc25
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<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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catccatgta ctcacccatc tctcc25
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<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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atccatgtac tcacccatct ctcca25
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<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0243
<400>260
tccatgtact cacccatctc tccat25
<210>261
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0244
<400>261
ccatgtactc acccatctct ccatc25
<210>262
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0245
<400>262
catgtactca cccatctctc catcc25
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<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0246
<400>263
atgtactcac ccatctctcc atcca25
<210>264
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0247
<400>264
tgtactcacc catctctcca tccat25
<210>265
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0248
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gtactcaccc atctctccat ccatc25
<210>266
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0249
<400>266
tactcaccca tctctccatc catcc25
<210>267
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0250
<400>267
actcacccat ctctccatcc atcct25
<210>268
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0251
<400>268
ctcacccatc tctccatcca tcctt25
<210>269
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0252
<400>269
tcacccatct ctccatccat ccttt25
<210>270
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0253
<400>270
cacccatctc tccatccatc ctttt25
<210>271
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0254
<400>271
acccatctct ccatccatcc tttta25
<210>272
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0255
<400>272
cccatctctc catccatcct tttat25
<210>273
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0256
<400>273
ccatctctcc atccatcctt ttatc25
<210>274
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0257
<400>274
catctctcca tccatccttt tatct25
<210>275
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0258
<400>275
atctctccat ccatcctttt atcta25
<210>276
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0259
<400>276
tctctccatc catcctttta tctac25
<210>277
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0260
<400>277
ctctccatcc atccttttat ctact25
<210>278
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0261
<400>278
tctccatcca tccttttatc tactc25
<210>279
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0262
<400>279
ctccatccat ccttttatct actca25
<210>280
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0263
<400>280
tccatccatc cttttatcta ctcat25
<210>281
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0264
<400>281
ccatccatcc ttttatctac tcatc25
<210>282
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0265
<400>282
catccatcct tttatctact catca25
<210>283
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0266
<400>283
atccatcctt ttatctactc atcac25
<210>284
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0267
<400>284
tccatccttt tatctactca tcact25
<210>285
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0268
<400>285
ccatcctttt atctactcat cactc25
<210>286
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0269
<400>286
catcctttta tctactcatc actca25
<210>287
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0270
<400>287
atccttttat ctactcatca ctcat25
<210>288
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0271
<400>288
tccttttatc tactcatcac tcatt25
<210>289
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0272
<400>289
ccttttatct actcatcact cattc25
<210>290
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0273
<400>290
cttttatcta ctcatcactc attca25
<210>291
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0274
<400>291
ttttatctac tcatcactca ttcat25
<210>292
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0275
<400>292
tttatctact catcactcat tcatc25
<210>293
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0276
<400>293
ttatctactc atcactcatt catct25
<210>294
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0277
<400>294
tatctactca tcactcattc atctg25
<210>295
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0278
<400>295
atctactcat cactcattca tctgt25
<210>296
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0279
<400>296
tctactcatc actcattcat ctgtt25
<210>297
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0280
<400>297
ctactcatca ctcattcatc tgttc25
<210>298
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0281
<400>298
tactcatcac tcattcatct gttca25
<210>299
<211>101
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(101)
<223>外显子21 剪接受体,位置chr19:17,641,506-17,641,606
<400>299
cccggcgacc ccttgcactc tccatgacac tttctctccc atggtggcag aacctgttcc60
acttcgtgac cgacgtgcag aacaatgggg tcgtgaagat c 101
<210>300
<211>101
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(101)
<223>外显子21 剪接受体,反向互补序列
<400>300
gatcttcacg accccattgt tctgcacgtc ggtcacgaag tggaacaggt tctgccacca60
tgggagagaa agtgtcatgg agagtgcaag gggtcgccgg g 101
<210>301
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0282
<400>301
gatcttcacg accccattgt tctgc25
<210>302
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0283
<400>302
atcttcacga ccccattgtt ctgca25
<210>303
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0284
<400>303
tcttcacgac cccattgttc tgcac25
<210>304
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0285
<400>304
cttcacgacc ccattgttct gcacg25
<210>305
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0286
<400>305
ttcacgaccc cattgttctg cacgt25
<210>306
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0287
<400>306
tcacgacccc attgttctgc acgtc25
<210>307
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0288
<400>307
cacgacccca ttgttctgca cgtcg25
<210>308
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0289
<400>308
acgaccccat tgttctgcac gtcgg25
<210>309
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0290
<400>309
cgaccccatt gttctgcacg tcggt25
<210>310
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0291
<400>310
gaccccattg ttctgcacgt cggtc25
<210>311
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0292
<400>311
accccattgt tctgcacgtc ggtca25
<210>312
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0293
<400>312
ccccattgtt ctgcacgtcg gtcac25
<210>313
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0294
<400>313
cccattgttc tgcacgtcgg tcacg25
<210>314
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0295
<400>314
ccattgttct gcacgtcggt cacga25
<210>315
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0296
<400>315
cattgttctg cacgtcggtc acgaa25
<210>316
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0297
<400>316
attgttctgc acgtcggtca cgaag25
<210>317
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0298
<400>317
ttgttctgca cgtcggtcac gaagt25
<210>318
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0299
<400>318
tgttctgcac gtcggtcacg aagtg25
<210>319
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0300
<400>319
gttctgcacg tcggtcacga agtgg25
<210>320
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0301
<400>320
ttctgcacgt cggtcacgaa gtgga25
<210>321
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0302
<400>321
tctgcacgtc ggtcacgaag tggaa25
<210>322
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0303
<400>322
ctgcacgtcg gtcacgaagt ggaac25
<210>323
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0304
<400>323
tgcacgtcgg tcacgaagtg gaaca25
<210>324
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0305
<400>324
gcacgtcggt cacgaagtgg aacag25
<210>325
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0306
<400>325
cacgtcggtc acgaagtgga acagg25
<210>326
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0307
<400>326
acgtcggtca cgaagtggaa caggt25
<210>327
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0308
<400>327
cgtcggtcac gaagtggaac aggtt25
<210>328
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0309
<400>328
gtcggtcacg aagtggaaca ggttc25
<210>329
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0310
<400>329
tcggtcacga agtggaacag gttct25
<210>330
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0311
<400>330
cggtcacgaa gtggaacagg ttctg25
<210>331
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0312
<400>331
ggtcacgaag tggaacaggt tctgc25
<210>332
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0313
<400>332
gtcacgaagt ggaacaggtt ctgcc25
<210>333
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0314
<400>333
tcacgaagtg gaacaggttc tgcca25
<210>334
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0315
<400>334
cacgaagtgg aacaggttct gccac25
<210>335
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0316
<400>335
acgaagtgga acaggttctg ccacc25
<210>336
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0317
<400>336
cgaagtggaa caggttctgc cacca25
<210>337
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0318
<400>337
gaagtggaac aggttctgcc accat25
<210>338
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0319
<400>338
aagtggaaca ggttctgcca ccatg25
<210>339
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0320
<400>339
agtggaacag gttctgccac catgg25
<210>340
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0321
<400>340
gtggaacagg ttctgccacc atggg25
<210>341
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0322
<400>341
tggaacaggt tctgccacca tggga25
<210>342
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0323
<400>342
ggaacaggtt ctgccaccat gggag25
<210>343
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0324
<400>343
gaacaggttc tgccaccatg ggaga25
<210>344
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0325
<400>344
aacaggttct gccaccatgg gagag25
<210>345
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0326
<400>345
acaggttctg ccaccatggg agaga25
<210>346
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0327
<400>346
caggttctgc caccatggga gagaa25
<210>347
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0328
<400>347
aggttctgcc accatgggag agaaa25
<210>348
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0329
<400>348
ggttctgcca ccatgggaga gaaag25
<210>349
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0330
<400>349
gttctgccac catgggagag aaagt25
<210>350
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0331
<400>350
ttctgccacc atgggagaga aagtg25
<210>351
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0332
<400>351
tctgccacca tgggagagaa agtgt25
<210>352
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0333
<400>352
ctgccaccat gggagagaaa gtgtc25
<210>353
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0334
<400>353
tgccaccatg ggagagaaag tgtca25
<210>354
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0335
<400>354
gccaccatgg gagagaaagt gtcat25
<210>355
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0336
<400>355
ccaccatggg agagaaagtg tcatg25
<210>356
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0337
<400>356
caccatggga gagaaagtgt catgg25
<210>357
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0338
<400>357
accatgggag agaaagtgtc atgga25
<210>358
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0339
<400>358
ccatgggaga gaaagtgtca tggag25
<210>359
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0340
<400>359
catgggagag aaagtgtcat ggaga25
<210>360
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0341
<400>360
atgggagaga aagtgtcatg gagag25
<210>361
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0342
<400>361
tgggagagaa agtgtcatgg agagt25
<210>362
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0343
<400>362
gggagagaaa gtgtcatgga gagtg25
<210>363
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0344
<400>363
ggagagaaag tgtcatggag agtgc25
<210>364
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0345
<400>364
gagagaaagt gtcatggaga gtgca25
<210>365
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0346
<400>365
agagaaagtg tcatggagag tgcaa25
<210>366
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0347
<400>366
gagaaagtgt catggagagt gcaag25
<210>367
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0348
<400>367
agaaagtgtc atggagagtg caagg25
<210>368
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0349
<400>368
gaaagtgtca tggagagtgc aaggg25
<210>369
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0350
<400>369
aaagtgtcat ggagagtgca agggg25
<210>370
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0351
<400>370
aagtgtcatg gagagtgcaa ggggt25
<210>371
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0352
<400>371
agtgtcatgg agagtgcaag gggtc25
<210>372
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0353
<400>372
gtgtcatgga gagtgcaagg ggtcg25
<210>373
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0354
<400>373
tgtcatggag agtgcaaggg gtcgc25
<210>374
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0355
<400>374
gtcatggaga gtgcaagggg tcgcc25
<210>375
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0356
<400>375
tcatggagag tgcaaggggt cgccg25
<210>376
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0357
<400>376
catggagagt gcaaggggtc gccgg25
<210>377
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_0358
<400>377
atggagagtg caaggggtcg ccggg25
<210>378
<211>414
<212>PRT
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(1)..(414)
<223>TDP-43
<400>378
Met Ser Glu Tyr Ile Arg Val Thr Glu Asp Glu Asn Asp Glu Pro Ile
1 5 1015
Glu Ile Pro Ser Glu Asp Asp Gly Thr Val Leu Leu Ser Thr Val Thr
202530
Ala Gln Phe Pro Gly Ala Cys Gly Leu Arg Tyr Arg Asn Pro Val Ser
354045
Gln Cys Met Arg Gly Val Arg Leu Val Glu Gly Ile Leu His Ala Pro
505560
Asp Ala Gly Trp Gly Asn Leu Val Tyr Val Val Asn Tyr Pro Lys Asp
65707580
Asn Lys Arg Lys Met Asp Glu Thr Asp Ala Ser Ser Ala Val Lys Val
859095
Lys Arg Ala Val Gln Lys Thr Ser Asp Leu Ile Val Leu Gly Leu Pro
100 105 110
Trp Lys Thr Thr Glu Gln Asp Leu Lys Glu Tyr Phe Ser Thr Phe Gly
115 120 125
Glu Val Leu Met Val Gln Val Lys Lys Asp Leu Lys Thr Gly His Ser
130 135 140
Lys Gly Phe Gly Phe Val Arg Phe Thr Glu Tyr Glu Thr Gln Val Lys
145 150 155 160
Val Met Ser Gln Arg His Met Ile Asp Gly Arg Trp Cys Asp Cys Lys
165 170 175
Leu Pro Asn Ser Lys Gln Ser Gln Asp Glu Pro Leu Arg Ser Arg Lys
180 185 190
Val Phe Val Gly Arg Cys Thr Glu Asp Met Thr Glu Asp Glu Leu Arg
195 200 205
Glu Phe Phe Ser Gln Tyr Gly Asp Val Met Asp Val Phe Ile Pro Lys
210 215 220
Pro Phe Arg Ala Phe Ala Phe Val Thr Phe Ala Asp Asp Gln Ile Ala
225 230 235 240
Gln Ser Leu Cys Gly Glu Asp Leu Ile Ile Lys Gly Ile Ser Val His
245 250 255
Ile Ser Asn Ala Glu Pro Lys His Asn Ser Asn Arg Gln Leu Glu Arg
260 265 270
Ser Gly Arg Phe Gly Gly Asn Pro Gly Gly Phe Gly Asn Gln Gly Gly
275 280 285
Phe Gly Asn Ser Arg Gly Gly Gly Ala Gly Leu Gly Asn Asn Gln Gly
290 295 300
Ser Asn Met Gly Gly Gly Met Asn Phe Gly Ala Phe Ser Ile Asn Pro
305 310 315 320
Ala Met Met Ala Ala Ala Gln Ala Ala Leu Gln Ser Ser Trp Gly Met
325 330 335
Met Gly Met Leu Ala Ser Gln Gln Asn Gln Ser Gly Pro Ser Gly Asn
340 345 350
Asn Gln Asn Gln Gly Asn Met Gln Arg Glu Pro Asn Gln Ala Phe Gly
355 360 365
Ser Gly Asn Asn Ser Tyr Ser Gly Ser Asn Ser Gly Ala Ala Ile Gly
370 375 380
Trp Gly Ser Ala Ser Asn Ala Gly Ser Gly Ser Gly Phe Asn Gly Gly
385 390 395 400
Phe Gly Ser Ser Met Asp Ser Lys Ser Ser Gly Trp Gly Met
405 410
<210>379
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_CE FWD 5'-3'
<400>379
tggatggaga gatggaacct20
<210>380
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_CE RVS 5'-3'
<400>380
gggctgtctc atcgtagtaa ac 22
<210>381
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A FWD 5'-3'
<400>381
ggacgtgtgg tacaacctgg20
<210>382
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A RVS 5'-3'
<400>382
gtgtactgga catggtacgg g21
<210>383
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物TARDBP_1 FWD 5'-3'
<400>383
aattctgcat gccccaga18
<210>384
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物TARDBP_1 RVS 5'- 3'
<400>384
gaagcatctg tctcatccat ttt23
<210>385
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物RPLP0_1 FWD 5'-3'
<400>385
tctacaaccc tgaagtgctt gat23
<210>386
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物RPLP0_1 RVS 5'-3'
<400>386
caatctgcag acagacactg g21
<210>387
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_19_21 FWD 5'-3'
<400>387
caacctggac aagcgaactg20
<210>388
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_19_21 RVS 5'-3'
<400>388
gggctgtctc atcgtagtaa ac 22
<210>389
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_CE FWD 5'-3'
<400>389
tggatggaga gatggaacct20
<210>390
<211>2314
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(2314)
<223>STMN2转录物,NCBI参考NM_001199214.1序列
<400>390
agctcctagg aagcttcagg gcttaaagct ccactctact tggactgtac tatcaggccc60
ccaaaatggg gggagccgac agggaaggac tgatttccat ttcaaactgc attctggtac 120
tttgtactcc agcaccattg gccgatcaat atttaatgct tggagattct gactctgcgg 180
gagtcatgtc aggggacctt gggagccaat ctgcttgagc ttctgagtga taattattca 240
tgggctcctg cctcttgctc tttctctagc acggtcccac tctgcagact cagtgcctta 300
ttcagtcttc tctctcgctc tctccgctgc tgtagccgga ccctttgcct tcgccactgc 360
tcagcgtctg cacatcccta caatggctaa aacagcaatg gcctacaagg aaaaaatgaa 420
ggagctgtcc atgctgtcac tgatctgctc ttgcttttac ccggaacctc gcaacatcaa 480
catctatact tacgatgata tggaagtgaa gcaaatcaac aaacgtgcct ctggccaggc 540
ttttgagctg atcttgaagc caccatctcc tatctcagaa gccccacgaa ctttagcttc 600
tccaaagaag aaagacctgt ccctggagga gatccagaag aaactggagg ctgcagagga 660
aagaagaaag tctcaggagg cccaggtgct gaaacaattg gcagagaaga gggaacacga 720
gcgagaagtc cttcagaagg ctttggagga gaacaacaac ttcagcaaga tggcggagga 780
aaagctgatc ctgaaaatgg aacaaattaa ggaaaaccgt gaggctaatc tagctgctat 840
tattgaacgt ctgcaggaaa agctggtcaa gtttatttct tctgaactaa aagaatctat 900
agagtctcaa tttctggagc ttcagaggga aggagagaag caatgagagg catgctgcgg 960
aggtgcgcag gaacaaggaa ctccaggttg aactgtctgg ctgaagcaag ggagggtctg1020
gcacgcccca ccaatagtaa atccccctgc ctatattata atggatcatg cgatatcagg1080
atggggaatg tatgacatgg tttaaaaaga actcattata aaaaaaaaaa aacaaaaaaa1140
atcaaaaatt aaaaaaaatc aatgcggtct ctttgcagaa tgttttgctt gatgtttaaa1200
aaataccttg gatcttattt tgtaaatact tacatttttg ttaaaaaata caagtattgc1260
attatgcaag ttatttcata atcttacatg tcctgtaaca ggcttttgat gttgtgtctt1320
tccactcaaa tgaatttgct aggtctgttc tttttgaagc tccccatgtc taactccatt1380
ccaaaagaaa aatgaggtca gtagacagtc tatggtgcta gaaacccacc attgcctaat1440
gacctagaag gctttgttgt ctctgagctt gactaagacc atacctagat cacaggtatt1500
atgactccac atgaaccttc acatttgttc gctcataatc tacttactgc ctaaaaacta1560
caaaaccagg ctaagaaata ccaccagtca tagcatttac ttctgcttct cctggattat1620
gtgctacaaa tgtgctttgg ctttagaaag ggatggatga gaagacagac ctgagaccaa1680
tctgggtaga agcaaaaagt tgaacctttt aaagtgctga acacaaatcc aaattcgaat1740
ggttcaagca gccgtgaaat cgctcttcat aaagtgggct taattctcta gtttaagttc1800
ttttgatgga atgaattaat taatgtgtca ggtggcttat ttgtggatgc catgattgat1860
gatgttcatt ttaagctctt acctatagta caagtacatg atgctactga atatttttcc1920
acttggaaac tgtgagctgg ttgttgcatt aaaacacaca tacaaacaaa atcaaaaaca1980
ctgcggactt tcactcaagc tggtctttct tccccagtgt aaggcaatcc tgcctactaa2040
caacaccaac aacaaaacac tccatctgtg aagctgacgc agttaagggg gctaggcagg2100
gcatttgtgc caactaagaa tcaccagata cccaccataa gtacctatcg cagttttgaa2160
gtcgtttctc cccaactccc aactcctgaa ggttgctgcc tgcatattta ctcttcatta2220
gtgctatttt cctgtatgtc attgtgagca agctgtgatt aataaagaat tggagttctg2280
tgaactaata aaggtttggt ctgttaaaaa aaaa2314
<210>391
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>shRNA TDP-43
<400>391
agatcttaag actggtcatt c21
<210>392
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>shRNA乱序
<400>392
gatatcgctt ctactagtaa g21
<210>393
<211>25587
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(25587)
<223>STMN2内含子1序列
<400>393
gtaaggcact gcgcctcgtt ctccgtcggc tctacctgga gcccacctct cacctcctct60
cttgagctct agaagcattc agagatattt tataaagaaa aagatgttaa tggtaacaca 120
ggaccaggaa ggacagggca gttctggggg aggtgggagg gcagagaaga ggtctatgga 180
aatctaaagc gaagaatttc ttttaaaagg tagaagcggg taagttgccc tcctatgggt 240
agagaattta ttctgtttcc atatttaaaa ttaggactca atcgtgaggg gaggaagcta 300
ccttaactgt ttgccttaaa tgggcttaag ggacattttg gaaagtgctt tataacgacc 360
tttttttttt ttatttcttc tctagtttaa gaagaaaata ggaaaggggt aaagggaagg 420
tgggagaaag gaaaaagaaa attgcaaagt caaagcggtc ccatcccgct gtttgaaaga 480
tgggtggaga cggggggagg ggatggagag aactgggcac attttacggt attgtctcgt 540
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ttgcacagca cttcagtttc tcaatacatt acctaactca atccttacaa caacacccta 14880
tccccatttt gtggataaat aaactcatgt tcagaaggtt gaataaatta tctaaggtta 14940
atagttcctg acctagagct caaatcttca gtttctatca tattcttgcc cttaccctgg 15000
ggtagctaac attcactcac tagtattgga gctaaaataa gggagagaac atataaatga 15060
atacaaagga gacattcacc tgccttctct ttctccttac atagagaagg ttgattatct 15120
gctattgtga agtttgcctt ttgaaggata gaaatgagaa gactttctta aattttgcct 15180
ctacgccaag aaattagagt ggtaccacca gtagttccat tttcaaacta tcactgtagc 15240
taaagctatg tggtaagggc caaggaaaag aagtattctt gcacttcaaa atgcactgaa 15300
ataccagtca gtagcataat ataaaggaat ttagtggaga gaagagttga cctcaatctg 15360
gctccaacat ctcggctctt aacccctacc ctacacttgt tcttcatggg gaagctaatt 15420
gggccactgg aagattcagc agctaccatt tgcagctgag ggacagcccc tccctgctta 15480
gcaaccaatg gatatgcatt tatggaacac ctgctaactg cgacacacac tcctatgtat 15540
gagggaaaat acaaaaaatg ttaaaggaga tgccttccct tgccctcagg aaacttaagt 15600
atagttgcaa agaaatgatt agcagcaaac gaaaccatgg agaagtaagg gctaaggtct 15660
gtgaaacaag cctagaaaat aaccttgtcc ttgaaaaaca caaaaagaaa gaaagaaaga 15720
aaagaaactc caaggccctt gtgaaggaaa ccattaagtt tgcttcactt ctgtgtttag 15780
gaagacacaa acccagtctt aatgaacctc aaggccacaa ctactggaga catttaggaa 15840
ttgtcaccac attctaatgt atatatcctc tgtttggccc ttcctattaa tattttgtaa 15900
aatttttgaa gatatgagca atgtttaaaa ccatgaatcc cccttttttt ataagtaata 15960
tttaggctga ataaacaaga gaaaatagga cataaagggg agccaacgtg tgccttcatt 16020
tataatgtat tcccaagttg tgagtttggt ttatcagcaa tttatcatgc caaattccaa 16080
gtcatattta tctatgcaga tcaaacactt gattctattt ttgccttaat ttttttattg 16140
ggtatgttta tgaccaagtc atatggtatt ttctgtgaca gataaaatgc acaggttatt 16200
ccaatctggc tcagccagtc atagcaacat gtagtccttc tcatgtctta agaatgagta 16260
tcaagaattc aaagggagtt ccagatggca tccaaaaagc ttacagttta tgcatcactt 16320
attctaacag tagaaaaaga atatttgaag ccaaaaatag accttgcatg tagcatgtgg 16380
aagagtagaa attgccctga tagttaaaca atttgaaatt caagacatta atttctttat 16440
gaagcatttg tcacatcata ggtaatattt tatgcctatc atatatatac ttattatgaa 16500
atacaaagaa attattcatt ctatctaaga ctttgtatcc tttaccaata tctctccatt 16560
ctcccacctc caccctagcc cctggaaacc acccttctac tctctgcttc tatgagttct 16620
tttttagtga gatcatgcag tatttgtctt tctgttcctg tcttatttca cttgacataa 16680
tgtccttcag gcttatccat gttgtcacaa atgacagaat ttccttctta aggctgaata 16740
gtattccatt gtgtgtatgt agcacatttt ctttattaat tcatttgttg atggatactc 16800
atattgattc catatcttgg gtcttgtgaa taatgatgca gtgaacatag gagtgcagat 16860
atctttttga catactgatt ccactttgat gggatatata cccagtagtg ggactgctgg 16920
atcatctagt agttttattt ttttttattt tttatttttt ttattttgag acagagcctt 16980
gctatgtcgc ccaggctgga gtacagtggt gccatctagg ctcactgcaa tctctgcctc 17040
ctgggttcaa gcaattttcc tgcctcagcc tcctgagtag ctgggattac aggcacgcac 17100
caccatgccc ggctaatttt tgtatgttta gtagagacgg ggtttcacca tgtctcgaac 17160
tcctgtcttc aagtgatccg tccacctcag actcccaaag tgctgcgatt acaggtgtga 17220
gccaccacgc ctggcctagt agttctgttt ttaatttttt gaggagcctc catactgctt 17280
tccataatgg ctctaggaat ttacattcca ccagcagtgc acaaggattg cttttctcca 17340
cattctggct aaccagtctc ctgtcttttt gagaacagac atttcaacac gtgtgagata 17400
atatctcatt gtggttttga tttgcatttc cctgatgatt agtgatcttg tgcctttttt 17460
catataactg ctggacatta atatgccttc ctttgagaac tgtgtataca ggagaaaata 17520
atcacttctc agaggagctt tcatttcaaa atatccggga aaaaaataga aaaaatggaa 17580
aatttatcct agagtaagtt gtcttttata ttttgaccct gtttgtgaca taaactggat 17640
gatacaaaac tggaatgcaa aggctttagg aggattactt acttacttgt atattgcttt 17700
aggttgtttg cagaaaatta tactaattga agttcaggct atgatgtgat aaaatctatg 17760
tcaggagatg agtctacatg caaagtttga ggaagtgaca tttgagtttc aaaacaaaaa 17820
agcaattttc aatgtcatat ctaggttaac ccaaaagatt tctttcaccc tatttagctg 17880
cctctaagat ggatgctgag gataattaca ctgtagaaca ataggacgat gcttcacact 17940
cacctcacag gctctgttat tcccacatac tgccagagat actccaaaat aaaatcactg 18000
caacatcagg cagttataaa cctcaacggt attattttct atttatatac agtatatttt 18060
atattttaca agtataaaat agaatatatt tattctattc tctttgacac aaagtgacca 18120
taagacatat tacttaagta tgactagcaa agtcatgggg cttgtcattc aggaggaaac 18180
tcttaactaa ctgttcagtt tttgttcact gcaccattta cataagccaa actaatgctt 18240
cacactgtgc aaaacaatgc acagtgttgt gaatgaatgg ctaaaataaa actctaatga 18300
gtggggtttg aaaaatgcaa ctttagaaaa ctgttgagaa aatgttgcac actgcgcatt 18360
ttacaaaatt tcgttgaagg acactggata ttctttttag gattatggag ggaagcaaaa 18420
ttttggctcc tacatgcagt ttttgtggcc tttgcctgaa atagtcatct cccattaatt 18480
atttagatat cattcatttc ctaagacaac atttagggag actgccttaa gtacaatttg 18540
tacactaccc agataagaat tctttttggt gaaacatcga taaatattac ttggcagtaa 18600
caccaagtta aaatatttgt ttcacagtcg acgttaataa ctattataga taaagtgaat 18660
tttataagac atactcagat ctaaaacagc aatatggagc tcttcaaatc cattgaaact 18720
tcataccagc ctacggaagt agaggttttt atgcaaactc ttcaagaaat atgctctgaa 18780
cttttaattc cttagattga tagaggaatt aaatcatgat ataactaata ggtttgtggt 18840
acaaattgct gctgcttaat ctgactctgt gtcttcccag tgttctatat gaattagata 18900
ttccattatc taaagacaat caaccccatc ccacggtgat agctctagga ctccctttga 18960
gttcattaaa tctgtattct cagtctccaa acttctggtt aattcaaaca gaaaagtcaa 19020
ctggcccatg aactaaaata aagtcatctg aatttttttt ttattttgca gtgtgataaa 19080
agtctcgcac tttttatttc tgaaagtttc tgctttcact gagagcataa taggctatcc 19140
acccttatgc aatcttacat acaaagtcat agtcaggcta aattcaaaaa cacatgtgag 19200
atagaagtca acgtttattt tctggagaaa agccacacat tacaacaaag tgaacaatga 19260
agctggcatc cttatcactg gtgaccaaaa catttgtgac tctggacatt ggccccacaa 19320
atgcgataaa cattctgcat aggaagtgag ttttgctaat taaaaatgga tccaaaatac 19380
tttctactct tcagccaaga attaaaaagt aatagggagg aattgaaatc acttgggtgc 19440
tacattgagc cattctggag aagcaattca gagaatgtca tggcagcctc aaattgctgc 19500
tcaggagcat cccagcttag aagattgcag gaaaggaaga gcaaagtcat tcttacatga 19560
gaactgtcct taaccagatg aatagactct ccatttttta ccctggcttt gtctcattta 19620
agtcccaacc aatctagcta tcattttagg ttttactacc tgctagtatt taggagctta 19680
gggggataaa aaaatccctc aatactcaga attagacttg gtgataaaaa tcttgacaca 19740
taaacagaat aaagcgcttt cattactcct ctaaaccaca gtgtcatttg gtctctatca 19800
aggactgtaa gaatttcttt catcagggga aagaaaaaaa ggacaagagc ctgcaagatg 19860
tagcggaact ctcattaaac acagcaggag ctttaactgg aatccagagt aaggtgaggt 19920
accaggttac aacaatttac tgcttttatt acaattttga tcacaaggac tgattcatgt 19980
catctagttt cttttccttg tcactatcac tggtgctaag aatacatcaa attgaaattt 20040
aagagcctca tatgtttctg tataacccag tgatgggttg tactgctttg accttcttaa 20100
atgtcccttt atttcatttg atatccattc ccatagaaaa actataatgc tttggttggt 20160
caaaatatta atctttcaaa acctccctgg cttagaaaac caaatttttg tagagagaga 20220
tgggtagaat ctaattttat tctaaagcaa ttagcattac atcatcacag cagaaatatc 20280
tagaatatta cctcatgtca gtgatcttct gatatgttaa aaagggtatt ttaaaatctg 20340
agttatttct ttttcttttt aaagttacat cattaattac atactcatca accaaaatat 20400
tttatgctcc aaatttgaac cgatatagta tgtaagaagt gttcaaaatg aaattatttt 20460
ggtctatttt gtctttgaag aagatcacag ggatggacct cccaaaagga tttttaaatg 20520
ggattacata tctgactttt aaaaaaaatt atctgacctt gagttatagt gccccaaagt 20580
aagcaaagtt ccaaacacac agtatcatca gaattgagtt aaaattatca ccaggggctt 20640
aatttctgaa attaaaaagg aaatgttatt tccttatgaa aagaaaagga accaaaaatg 20700
aacttcaagg tagctgattt ctgtctatgt taagacttag gtaatgggag aaagggaaaa 20760
ggaaggacag aattaggaga ggagcagtgt ttaacaattg cgggtgcaag actcaagttt 20820
tttagaatcc attagcagag aaccctattt ctcccattaa ctgctgtcct tttaaatcct 20880
ggcaccagct ctgaggactg cagggtccat agctagtgcc ccactctacc cagtttaaag 20940
acaccactgc ctggaaatga caggggtttt tttcttaagg aaagaggtgc tttctgccac 21000
gtatatataa attggtaagc ttcaaataaa gtgcttttgt cctttctgtc tatcagaaac 21060
tgtgcaaatc gaattgctgt aaaaccaagg gcaagagaca tcaatcctgc attctatagc 21120
atctgatttt atcctttatc cccaggcaca tttcaaaagg aaaaaaatga ggttgcattt 21180
aaattgagta tttgggactt gccaggaaaa cctcccgcta gactaatatg attgcaggga 21240
aaacaagaga aaggaaaagt ggagagggag tgtgctaaca gatcctgggc ctcgtcagca 21300
gagccgtcct gagcacaagg ccatggtcag acatctggtc ccgcgaatga cgttttcttt 21360
atggtcatta agaacaccag tgtgtcggga cacaaacaag tattcctttc agggattatg 21420
acacattttc tcccaaagta gtatattaat gacatttcca gagcattctt tactatcttt 21480
tatatgtgat caggaagact aatacatatc actacttctt ttacacacag cattagccaa 21540
aactaaagtg tcaaatacaa ttttgcctag gatgaataaa cagaagaaat ttttatgata 21600
ctgcactatc aattccaaat taaataacaa caaaatgata agtgttaaaa ttcatattaa 21660
tgattgttcc cacacaagcc ggaaaaaatc tttctaagaa gtctttcatg agttaatccc 21720
atctttcaaa gtgttcagtg gctccgaatt cagttactgt ttcctatcag ttcttctttc 21780
attaagtctc ttcccttttt tttctctttg cactatttcc cttagccggg tacataatct 21840
gctgtgcttt attcatttgt gtcttaagtt tgtttcccga tgacatacct ttccagcaac 21900
gccatctggg gagtttgggc aactgtacca cgttaggagg aaacccttct tcacaggaga 21960
gtgtgccttt gctgcaggga aggaattagg atttgcttgg actgtggttg cagctggctt 22020
ttaaggatct ccttagaatg caagcaactc atcaatgaga atctctgcaa tggttgtcac 22080
tgggtagagt catgctatgt ggggtcatag cctttgaaac aaataacagt aaagataaaa 22140
atgctattaa aggaatcacc acccacagag gttaactggg ttttgtcccc agaccacctc 22200
gaacaagaaa gaacattttt atcagtcatt ttcttagttt tagctgataa aacaaagtac 22260
catagactag gtggcttata aacaacagaa atttattttt cacagctttg gaaactggaa 22320
gtctgagatc aggccgccag aatgatcaga ttctagttag ggcctacttt gcttttgcag 22380
actgccaact tctagctgca ttttcatgtg gcaaaaggag attgagctag ctctctggtc 22440
tcttcttata aggacactaa tcccattcat gaaggcttca ccttcatcat ctaattactc 22500
tccaaagacc ccacctccaa atactatcac attgggaatt agatttcaaa tacaaatttt 22560
gcggggacac aaatattcag tccataatag taatgattac tcattataca tagggctcta 22620
aatgtgctag cttctgatag tttttacact cacttctctt tattagcttg tcaagcataa 22680
ttagggcagt ggccttactg aaaattattg aatttagttt cctaaggaca gatattgagg 22740
agttttttct tcactaaaaa ttcacgttcc gatacagctt tcatctgtta ctactttgtg 22800
agatggaaaa tcttttattt tatttttatg tttggattga cccttcttaa taaagtcggc 22860
atgtaatatg cttcatgtgt ttctaatatg tgcttaattt tgcaaaatgt tttgcatacc 22920
agaatgcatt tctcttccaa aaaaggtacc agcctacaaa accttgctgt tactgttttc 22980
aattagttca tggaattaaa tgtattaaat gttttatgct ctggcagaaa ttatgattct 23040
cacttaactc catataaatc tggatctgcc tgggccttta taagtgacac aatttcatta 23100
actgaataaa caaatgatac aaagaaattt ggtttagcct tctaaaattc caaaggcgtt 23160
caacaaaata tctcagaatg gatgttccag gacttttatg gcacaggaca acatgtattg 23220
cttattttaa gaaaataagc taaatagtga ggggattctt ttagcagatc ctcaggatgt 23280
gttaggttga atcataggca aatgatattt gatcattgca cctgttaaca cattgaacct 23340
catcctaaaa ttgtagagct agaagaaagc cttctggcag tttttaaata gattgattta 23400
ctgcaattta tccagaagct tcaccgttgt cactggctac atgtgacttt ggcctctgtg 23460
gggctatatc ctcatttgta aaattggtgg tgaggtaggt ggacagttga ctaaataatc 23520
tcttagaata attctagtat ctgtggatct aaagcatcca ggggttgaat atgtttcttt 23580
ctggccaaga aaagatgcac ctgtcaataa tgcccaaact catcttctga gaatcctctt 23640
tcccaagata cccactctcc cttgggttat attatagtaa tgatcagaag cccctgccaa 23700
gaagaaactg ttaacctggg aggtctatat tttatttcac agccatctgt ttatactttc 23760
tcacaagtta gtgcacagta tacccatcat tttctaccat tttccttaat ttattaattt 23820
tactaattgc ataattaaca aaagtaagaa gattttacct ccttatcccc atctggtagt 23880
ttgcagatac ttggcctgat gacaactgac agtgatgaga tactcaccaa gtttaccagg 23940
gcaggaggct tcctagagaa aaaatgagaa aatgaaatgg ggaaggggag tgaaggattg 24000
aggaggtgac aatctggact cttgcaactg catggcaagg ttggcacaca agctgggttg 24060
caacggaggg aaggagatcc ttatcagatg taatcagagc tcagatcgag ggctttggtg 24120
tgtgtagaaa gagggagaga caaagaactt aaaacagagc tgccatttga ccttgcaatc 24180
ccattacttg gtgtataccc aaaggagaat aaatcattct attaaaaaga cacatgtgct 24240
tgtatgttca tggcagcact attcacaata gctaagacat ggaatcaaac taggtgtcca 24300
tctatggcag attggataaa gaaaatgggg taaatataaa gcatgcaata caacatggcc 24360
ataagaaaaa atgaaatcat gtcctttgct gcaacatgga tgcagttggg acccataatc 24420
ctaagtgaat taacacagga acagaaaacc aaatacagca tgttctcact tataagtggg 24480
agctaaacac tgagcacaca tggacataaa tatgagaaca ataaacactg tggactacta 24540
gaggggggaa ggagagaggt ttgtaaaact acctatcagg tgctatgctc aatacctggg 24600
tgatgggatt tacaccccaa acatcagcat catttaatat tcccatgtaa aaagactgca 24660
catatacccc ttgtatctaa aataaaactt gaaattaaaa aaaaaagaaa gaaagaaaga 24720
ggctggaaat agaggctcac acctgtaatc ccagcacttt gggtggccaa ggtgggtgga 24780
ttgcttgagc ccgggaattc aagaccagcc tgagaaacct ggtgaaactc tgtctgtaca 24840
aaaaatacaa aaattatcca ggcatggtgg agcgcacctg tagtcccagc taatggggag 24900
gctgaggggg gaacatcact tgagcccagg aggtggaggt tgcagtgagc tgggatcaca 24960
ccactgcact acagcctggg taacagagca actctgtctc aaagagagag aggaaagaaa 25020
aaagaaaaga tggacagata agaaaatgca cttggagatt aagagaaagc agcaacatag 25080
gaccctggat aatgtgtttg cttaataact atcctgatga gttatctgac tattcccaaa 25140
tgagtacgtg gcaattcagg ctgaaccatc agagtagccc tccggaatct tacttatgta 25200
caatagacct gcatgcacat ttactagaat gagcctctct ctctggtaat catgtctgct 25260
tccactaatt ccatctgttt cctctctctc cctcctatcc tgctagatct taattccttc 25320
gaccttcctt tgtttttcta actccctttc tttctcttgt tatttaacct gctatactat 25380
gcaattgatc tcctctgcac taaggaacat gcacttcaga attctgttga catcttgcat 25440
tcctttatat ttagtgaaag aatgcaaagg agtctacctg gcaatattca ctctgcagga 25500
ggcaataatt attattcaaa ttaaaggaag cagtaaagag aaattcagaa aaaatgaaat 25560
atactaatct tcagcttttc atttcag 25587
<210>394
<400>394
000
<210>395
<400>395
000
<210>396
<400>396
000
<210>397
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物GAPDH FWD 5'-3'
<400>397
gttcgacagt cagccgcatc20
<210>398
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物GAPDH RVS 5'-3'
<400>398
ggaatttgcc atgggtgga 19
<210>399
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物RPLP0_2 FWD 5'-3'
<400>399
tctacaaccc tgaagtgctt gat23
<210>400
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>RPLP0_2 RVS 5'-3'
<400>400
caatctgcag acagacactg g21
<210>401
<400>401
000
<210>402
<400>402
000
<210>403
<400>403
000
<210>404
<400>404
000
<210>405
<400>405
000
<210>406
<400>406
000
<210>407
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物mCherry FWD 5'-3'
<400>407
gttcatgcgc ttcaaggtg 19
<210>408
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物mCherry RVS 5'-3'
<400>408
ttggtcacct tcagcttgg 19
<210>409
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物EGFP FWD 5'-3'
<400>409
acaggtactg tgcctatcaa ag 22
<210>410
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物EGFP RVS 5'-3'
<400>410
tgtggcggat cttgaagtta g21
<210>411
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>UNC13A小基因FWD引物
<400>411
aggtcatatg cactgctata gtgggaagtt c 31
<210>412
<211>34
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>UNC13A小基因RVS引物
<400>412
cttacatatg taataactca accacacttc catc34
<210>413
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_CE_小基因FWD 5'-3'
<400>413
gattgaacag atgaatgagt gatga25
<210>414
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物UNC13A_CE_小基因RVS 5'-3'
<400>414
tgtctggacc aatgttggtg20
<210>415
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物GFP_OE FWD 5'-3'
<400>415
gaagcgcgat cacatggt18
<210>416
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物GFP_OE RVS 5'-3'
<400>416
ccatgccgag agtgatcc18
<210>417
<400>417
000
<210>418
<400>418
000
<210>419
<400>419
000
<210>420
<400>420
000
<210>421
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物TARDBP_2 FWD 5'-3'
<400>421
tggacgatgg tgtgactgca a21
<210>422
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物TARDBP_2 RVS 5'-3'
<400>422
agagaagaac tcccgcagct ca 22
<210>423
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_1
<400>423
tcaacaaact agttcctg18
<210>424
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_2
<400>424
acaaactagt tcctgggg18
<210>425
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
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atccatcctt ttatctac18
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catcctttta tctactca18
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ccttttatct actcatca18
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tactcatcac tcattcat18
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ctcattcatc tgttcaat18
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attcatctgt tcaatcat18
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catctgttca atcattca18
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ctgttcaatc attcattc18
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ttcaatcatt cattcatt18
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<212>DNA
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aatcattcat tcattcac18
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<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_388
<400>605
atccatcctt ttatctactc a21
<210>606
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_389
<400>606
tccatccttt tatctactca t21
<210>607
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_390
<400>607
ccatcctttt atctactcat c21
<210>608
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_391
<400>608
catcctttta tctactcatc a21
<210>609
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_392
<400>609
atccttttat ctactcatca c21
<210>610
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_393
<400>610
tccttttatc tactcatcac t21
<210>611
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_394
<400>611
ccttttatct actcatcact c21
<210>612
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_395
<400>612
cttttatcta ctcatcactc a21
<210>613
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_396
<400>613
ttttatctac tcatcactca t21
<210>614
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_397
<400>614
tttatctact catcactcat t21
<210>615
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_398
<400>615
ttatctactc atcactcatt c21
<210>616
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_399
<400>616
tatctactca tcactcattc a21
<210>617
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_400
<400>617
atctactcat cactcattca t21
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<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_401
<400>618
tctactcatc actcattcat c21
<210>619
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_402
<400>619
ctactcatca ctcattcatc t21
<210>620
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_403
<400>620
tactcatcac tcattcatct g21
<210>621
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_404
<400>621
actcatcact cattcatctg t21
<210>622
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_405
<400>622
ctcatcactc attcatctgt t21
<210>623
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_406
<400>623
tcatcactca ttcatctgtt c21
<210>624
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_407
<400>624
catcactcat tcatctgttc a21
<210>625
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_408
<400>625
atcactcatt catctgttca a21
<210>626
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_409
<400>626
tcactcattc atctgttcaa t21
<210>627
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_410
<400>627
cactcattca tctgttcaat c21
<210>628
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_411
<400>628
actcattcat ctgttcaatc a21
<210>629
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_412
<400>629
ctcattcatc tgttcaatca t21
<210>630
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_413
<400>630
tcattcatct gttcaatcat t21
<210>631
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_414
<400>631
cattcatctg ttcaatcatt c21
<210>632
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_415
<400>632
attcatctgt tcaatcattc a21
<210>633
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_416
<400>633
ttcatctgtt caatcattca t21
<210>634
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_417
<400>634
tcatctgttc aatcattcat t21
<210>635
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_418
<400>635
catctgttca atcattcatt c21
<210>636
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_419
<400>636
atctgttcaa tcattcattc a21
<210>637
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_420
<400>637
tctgttcaat cattcattca t21
<210>638
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_421
<400>638
ctgttcaatc attcattcat t21
<210>639
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_422
<400>639
tgttcaatca ttcattcatt c21
<210>640
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>反义寡核苷酸MTx_ASO_423
<400>640
gttcaatcat tcattcattc a21
<210>641
<211>150
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(150)
<223>隐蔽外显子剪接受体hg38 chr19:17,642,640-17,642,491
<400>641
tccaggttga ctctcactac tcatcatcag gttcttcctt ctattccagc cctaaccact60
caggattggg ccgtttgtgt ctgggtatgt ctcttccagc tgcctgggtt tcctggaaag 120
aactcttatc cccaggaact agtttgttga150
<210>642
<211>114
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(114)
<223>隐蔽外显子剪接供体hg38 chr19 17,642,504-17,642,391
<400>642
aactagtttg ttgaataaat gctggtgaat gaatgaatga ttgaacagat gaatgagtga60
tgagtagata aaaggatgga tggagagatg ggtgagtaca tggatggata gatg 114
<210>643
<211>69
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(69)
<223>隐蔽外显子剪接受体hg38 chr19 17,642,562-17,642,494
<400>643
gtctgggtat gtctcttcca gctgcctggg tttcctggaa agaactctta tccccaggaa60
ctagtttgt69
<210>644
<211>89
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(89)
<223>隐蔽外显子剪接供体hg38 chr19 17,642,479-17,642,391
<400>644
tgaatgaatg aatgattgaa cagatgaatg agtgatgagt agataaaagg atggatggag60
agatgggtga gtacatggat ggatagatg89
<210>645
<211>45
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>ASO 1-10编译序列
<400>645
tcaacaaact agttcctggg gataagagtt ctttccagga aaccc45
<210>646
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>ASO 17-21编译序列
<400>646
cagctggaag agacataccc agacacaaac 30
<210>647
<211>39
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>ASO 249-256编译序列
<400>647
ctatccatcc atgtactcac ccatctctcc atccatcct 39
<210>648
<211>33
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>ASO 260-265编译序列
<400>648
catcctttta tctactcatc actcattcat ctg 33
<210>649
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223>ASO 271-272编译序列
<400>649
ttcaatcatt cattcattca c21
<210>650
<211>45
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(45)
<223>ASO 1-10编译序列反向互补序列
<400>650
gggtttcctg gaaagaactc ttatccccag gaactagttt gttga45
<210>651
<211>30
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(30)
<223>ASO 17-21编译序列反向互补序列
<400>651
gtttgtgtct gggtatgtct cttccagctg 30
<210>652
<211>39
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(39)
<223>ASO 249-256编译序列反向互补序列
<400>652
aggatggatg gagagatggg tgagtacatg gatggatag 39
<210>653
<211>33
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(33)
<223>ASO 260-265编译序列反向互补序列
<400>653
cagatgaatg agtgatgagt agataaaagg atg 33
<210>654
<211>21
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(21)
<223>ASO 271-272编译序列反向互补序列
<400>654
gtgaatgaat gaatgattga a21