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用于减少ATXN3表达的化合物和方法

文献发布时间：2023-06-19 09:24:30

序列表

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技术领域

提供用于减少细胞或动物中ATXN3 RNA的量或活性，并且在某些情况下减少细胞或动物中Ataxin-3蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善神经退行性疾病的至少一种症状或标志。此类症状和标志包括共济失调、神经病变和聚集体形成。此类神经退行性疾病包括脊髓小脑共济失调3型(SCA3)。

背景技术

脊髓小脑共济失调3型(SCA3)也称为马查多-约瑟夫病(Machado-Josephdisease；MJD)，是由ATXN3基因的突变引起，并且特征在于进行性小脑性共济失调和可变的发现包括肌紧张不足-僵硬综合征、巴金森氏综合征(parkinsonian syndrome)或肌紧张不足和周围神经病变的组合综合征。SCA3是以常染色体显性方式遗传。受影响个体的后代具有50％机会遗传到所述突变。SCA3的诊断依赖于使用分子遗传学测试来检测ATXN3中异常的CAG三核苷酸重复扩增。受影响个体具有带有52至86个CAG三核苷酸重复的等位基因。此类测试检测出100％受影响个体。ATXN3基因中经扩增的CAG重复被翻译成ataxin-3蛋白中经扩增的聚谷氨酰胺重复(polyQ)，并且此毒性ataxin-3蛋白与聚集体相关联。这些聚集体中聚谷氨酰胺扩增的ataxin-3蛋白被泛素化，并且聚集体含有其他蛋白，包括热休克蛋白和转录因子。通常在SCA3患者的大脑组织中观察到聚集体。SCA3的管理是支持性的，因为没有药物减缓病程；类似巴金森氏症的不宁腿综合征和锥体外系综合征可对左旋多巴或多巴胺激动剂有反应；并且痉挛、流涎和睡眠问题对力奥来素(lioresal)、阿托品样药物和安眠药有不同反应；肉毒杆菌毒素已用于肌紧张不足和痉挛；白天疲劳可对精神刺激剂诸如莫达非尼(modafinil)有反应；伴随的抑郁应被治疗。Riess,O.,Rüb,U.,Pastore,A.等人,Cerebellum(2008)7:125。

目前，缺乏可接受的用于治疗神经退行性疾病诸如SCA3的选项。因此，本文的目标在于提供用于治疗此类疾病的化合物、方法和药物组合物。

发明内容

本文提供用于减少ATXN3 RNA的量或活性，并且在某些实施方案中减少细胞或动物中Ataxin-3蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。在某些实施方案中，动物患有神经退行性疾病。在某些实施方案中，动物患有SCA3。在某些实施方案中，可用于减少ATXN3 RNA的表达的化合物为寡聚化合物。在某些实施方案中，寡聚化合物包含经修饰寡核苷酸。

也提供可用于改善神经退行性疾病的至少一种症状或标志的方法。在某些实施方案中，神经退行性疾病为SCA3。在某些实施方案中，症状和标志包括共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，这些症状的改善导致运动功能改善、神经病变减轻和聚集体数目减少。

具体实施方式

应理解，上文一般性描述和下文详细描述仅具有示范性和说明性且不具有限制性。在本文中，除非另外明确陈述，否则单数的使用包括复数。如本文所用，除非另外陈述，否则“或”的使用意指“和/或”。此外，术语“包括(including)”以及其他形式(诸如“包括(includes)”和“包括(included)”)的使用不具有限制性。此外，除非另外明确陈述，否则诸如“要素”或“组分”的术语涵盖包含一个单元的要素和组分与包含多于一个次单元的要素和组分两者。

本文所用的章节标题仅出于组织目的且不应解释为限制所述标的物。本申请中引用的所有文献或文献的部分(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文)关于本文所述的文献部分明确地以引用方式并入本文中以及以全文引用方式并入本文中。

定义

除非提供特定定义，否则结合本文所述的分析化学、合成有机化学以及医学与药物化学使用的命名法以及所述领域的程序和技术为所属领域中所熟知和常用者。允许时，本公开通篇提及的所有专利、申请、公开申请和其他公布以及其他数据均以全文引用方式并入本文。

除非另外指示，否则以下术语具有以下含义：

如本文所用，“2'-脱氧核苷”意指包含2'-H(H)脱氧核糖基糖部分的核苷，如在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中所见。在某些实施方案中，2'-脱氧核苷可包含经经修饰核碱基或可包含RNA核碱基(尿嘧啶)。

如本文所用，“2'-取代核苷”意指包含2'-取代糖部分的核苷。如本文所用，关于糖部分的“2'-取代”意指糖部分包含至少一个除H或OH之外的2'-取代基。

如本文所用，“5-甲基胞嘧啶”意指经连接至5-位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶为经修饰核碱基。

如本文所用，“施用”意指向动物提供药剂。

如本文所用，“动物”意指人或非人动物。

如本文所用，“反义活性”意指可归因于反义化合物与其靶核酸杂交的任何可检测和/或可测量变化。在某些实施方案中，反义活性为靶核酸或由此种靶核酸编码的蛋白的量或表达与不存在所述反义化合物时靶核酸水平或靶蛋白水平相比减少。

如本文所用，“反义化合物”意指能够达到至少一种反义活性的寡聚化合物。

如本文所用，关于治疗的“改善”意指至少一种症状相对于不存在治疗时相同症状的改善。在某些实施方案中，改善为症状的严重性或频率减小或者症状的严重性或频率的发作延迟或进展减缓。在某些实施方案中，症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，这些症状的改善导致运动功能改善、神经病变减轻或聚集体数目减少。

如本文所用，“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。如本文所用，“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的经修饰糖部分，其中第二环是经由一桥形成，所述桥连接第一环中的两个原子从而形成双环结构。在某些实施方案中，双环糖部分的第一环为呋喃糖基部分。在某些实施方案中，双环糖部分不包含呋喃糖基部分。

如本文所用，“可裂解部分”意指在生理条件下(例如在细胞、动物或人体内)裂解的键或原子团。

如本文所用，关于寡核苷酸的“互补”意指所述寡核苷酸或其一个或多个区的至少70％的核碱基和另一核酸或其一个或多个区的核碱基当将所述寡核苷酸和所述另一核酸的核碱基序列在相反方向上比对时能够彼此氢键结。互补核碱基意指能够彼此形成氢键的核碱基。互补核碱基对包括腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或核酸不必在每个核苷处均具有核碱基互补性。相反，容许一些错配。如本文所用，关于寡核苷酸的“完全互补”或“100％互补”意指寡核苷酸在所述寡核苷酸的每个核苷处与另一寡核苷酸或核酸互补。

如本文所用，“缀合基团”意指直接或间接连接至寡核苷酸的原子团。缀合基团包括缀合部分和将缀合部分连接至寡核苷酸的缀合接头。

如本文所用，“缀合接头”意指单键或包含至少一个将缀合部分连接至寡核苷酸的键的原子团。

如本文所用，“缀合部分”意指经由缀合接头连接至寡核苷酸的原子团。

如本文所用，在寡核苷酸的情境中的“连续”是指核苷、核碱基、糖部分或核苷间键联彼此紧邻。例如，“连续核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。

如本文所用，“限制性乙基”或“cEt”或“cEt修饰糖”意指β-D核糖基双环糖部分，其中所述双环糖的第二环是经由连接所述β-D核糖基糖部分的4'-碳和2'-碳的桥而形成，其中所述桥具有式4'-CH(CH

如本文所用，“cEt核苷”意指包含cEt修饰糖的核苷。

如本文所用，“手性富集群体”意指多个具有相同分子式的分子，其中群体内在特定手性中心处含有特定立体化学构型的分子的数目或百分比大于当所述特定手性中心为立构无规时预期群体内在相同特定手性中心处含有相同特定立体化学构型的分子的数目或百分比。在每个分子内具有多个手性中心的手性富集分子群体可含有一个或多个立构无规手性中心。在某些实施方案中，分子为经修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，分子为包含经修饰寡核苷酸的化合物。

如本文所用，关于核苷间键联的“手性控制”意指在所述键联处的手性富集特定立体化学构型。

如本文所用，“间隔体(gapmer)”意指一种经修饰寡核苷酸，其包含具有多个核苷的内部区域，所述多个核苷支持位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的核糖核酸酶H裂解，其中构成内部区域的核苷在化学上异于构成外部区域的一个或多个核苷。内部区域可称为“间隔”且外部区域可称为“侧翼”。除非另外指示，否则“间隔体”是指糖基序。除非另外指示，否则间隔体的间隔的核苷的糖部分为未修饰2'-脱氧核糖基。因此，术语“MOE间隔体”指示在2'-脱氧核苷的侧翼和间隔两者中具有2'-MOE核苷的糖基序的间隔体。除非另外指示，否则MOE间隔体可包含一个或多个经修饰核苷间键联和/或经修饰核碱基，并且此类修饰不一定遵循糖修饰的间隔体模式。

如本文所用，“热点区域”为靶核酸上易受靶核酸的量或活性的寡聚化合物介导的减少影响的一系列核碱基。

如本文所用，“杂交”意指互补寡核苷酸和/或核酸的配对或粘合(annealing)。尽管不限于特定机制，但是最常见的杂交机制涉及互补核碱基之间的氢键结，其可为沃森-克立克(Watson-Crick)氢键结、胡斯特(Hoogsteen)氢键结或反向胡斯特氢键结。

如本文所用，术语“核苷间键联”为在寡核苷酸中的相邻核苷之间的共价键联。如本文所用，“经修饰核苷间键联”意指除磷酸二酯核苷间键联之外的任何核苷间键联。“硫代磷酸酯核苷间键联”为其中磷酸二酯核苷间键联的非桥联氧原子经硫原子置换的经修饰核苷间键联。

如本文所用，“接头-核苷”意指核苷直接或间接地将寡核苷酸连接至缀合部分。接头-核苷位于寡聚化合物的缀合接头内。接头-核苷不被视为寡聚化合物的寡核苷酸部分的一部分，即使其与寡核苷酸连续也如此。

如本文所用，“非双环经修饰糖部分”意指包含不在糖的两个原子之间形成桥以形成第二环的修饰(诸如取代)的经修饰糖部分。

如本文所用，“错配”或“非互补”意指当将第一寡核苷酸和第二寡核苷酸进行比对时第一寡核苷酸的核碱基不与第二寡核苷酸或靶核酸的对应核碱基互补。

如本文所用，“MOE”意指甲氧基乙基。“2'-MOE”或“2'-MOE修饰糖”意指2'-OCH

如本文所用，“2'-MOE核苷”意指包含2'-MOE修饰糖的核苷。

如本文所用，“基序”意指寡核苷酸中未修饰和/或经修饰糖部分、核碱基和/或核苷间键联的模式。

如本文所用，“神经退行性疾病”意指以神经元的结构或功能的进行性丧失包括神经元死亡为标志的病状。在某些实施方案中，神经退行性疾病为脊髓小脑共济失调3型(SCA3)。

如本文所用，“核碱基”意指未修饰核碱基或经修饰核碱基。如本文所用，“未修饰核碱基”为腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)和鸟嘌呤(G)。如本文所用，“经修饰核碱基”为能够与至少一个未修饰核碱基配对的、除经修饰A、T、C、U或G之外的原子团。“5-甲基胞嘧啶”为经修饰核碱基。通用碱基为可与五种未修饰核碱基的任一者配对的未修饰核碱基。如本文所用，“核碱基序列”意指核酸或寡核苷酸中独立于任何糖或核苷间键联修饰的连续核碱基的次序。

如本文所用，“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物。核碱基和糖部分各自独立地为未经修饰或经修饰的。如本文所用，“经修饰核苷”意指包含经修饰核碱基和/或经修饰糖部分的核苷。经修饰核苷包括缺乏核碱基的无碱基核苷。“连接的核苷”为在连续序列中经连接的核苷(即，在连接的核苷之间不存在额外的核苷)。

如本文所用，“寡聚化合物”意指寡核苷酸和任选地一个或多个额外特征，诸如缀合基团或端基。寡聚化合物可与互补于第一寡聚化合物的第二寡聚化合物配对或可为不成对的。“单链寡聚化合物”为不成对寡聚化合物。术语“寡聚双链体”意指由具有互补核碱基序列的两种寡聚化合物形成的双链体。寡聚双链体的每种寡聚化合物可称为“双链体寡聚化合物”。

如本文所用，“寡核苷酸”意指经由核苷间键联连接的连接的核苷的链，其中每个核苷和核苷间键联可经修饰或为未修饰的。除非另外指示，否则寡核苷酸由8-50个连接的核苷组成。如本文所用，“经修饰寡核苷酸”意指一寡核苷酸，其中至少一个核苷或核苷间键联经修饰。如本文所用，“未修饰寡核苷酸”意指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的寡核苷酸。

如本文所用，“药学上可接受的载体或稀释剂”意指合适于用于向动物施用的任何物质。某些此类载体使药物组合物能够调配成例如由受试者口服摄取的片剂、丸剂、糖衣锭、胶囊、液体、凝胶剂、糖浆、浆液、混悬液和口含锭。在某些实施方案中，药学上可接受的载体或稀释剂为无菌水、无菌盐水、无菌缓冲溶液或无菌人工脑脊髓液。

如本文所用，“药学上可接受的盐”意指化合物的生理学上和和药学上可接受的盐。药学上可接受的的盐保留亲本化合物的所要生物活性，并且不会对其产生非所要毒理学作用。

如本文所用，“药物组合物”意指合适于向受试者施用的物质的混合物。例如，药物组合物可包含寡聚化合物和无菌水溶液。在某些实施方案中，药物组合物在对某些细胞系的自由吸收测定中展示活性。

如本文所用，“磷部分”意指包含磷原子的原子团。在某些实施方案中，磷部分包含单磷酸酯、二磷酸酯或三磷酸酯或者硫代磷酸酯。

如本文所用，“前药”意指在体外以一种形式、在动物体内或其细胞内转化成不同形式的治疗剂。通常，前药在动物体内的转化是通过细胞或组织中存在的酶(例如，内源酶或病毒酶)或化学物质的作用和/或通过生理学条件促进。

如本文所用，“减少或抑制量或活性”是指相对于未处理或对照样品中的转录表达或活性降低或阻断转录表达或活性且不一定指示完全消除转录表达或活性。

除非另外指定，否则如本文所用，“RNA”意指RNA转录物且包括前体mRNA和成熟mRNA。

如本文所用，“RNAi化合物”意指至少部分通过RISC或Ago2起作用以调节靶核酸和/或靶核酸所编码的蛋白的反义化合物。RNAi化合物包括但不限于双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微小RNA(包括微小RNA模拟物)。在某些实施方案中，RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物不包括通过核糖核酸酶H起作用的反义化合物。

如本文所用，关于寡核苷酸的“自身互补”意指寡核苷酸至少部分地与自身杂交。

如本文所用，“标准细胞测定”意指实施例1中所述的测定和其合理的变化。

如本文所用，“标准体内测定”意指实施例4中所述的实验和其合理的变化。

如本文所用，在具有相同分子式的分子群体的情境下，“立构无规”意指手性中心具有随机立体化学构型。例如，在包含立构无规手性中心的分子群体中，具有立构无规手性中心的(S)构型的分子数可与具有立构无规手性中心的(R)构型的分子数相同但不是必要的。当手性中心的立体化学构型为未设计成控制立体化学构型的合成方法的结果时，其被视为随机的。在某些实施方案中，立构无规手性中心为立构无规硫代磷酸酯核苷间键联。

如本文所用，“糖部分”意指未修饰糖部分或经修饰糖部分。如本文所用，“未修饰糖部分”意指2'-OH(H)核糖基部分，如见于RNA(“未修饰RNA糖部分”)；或2'-H(H)部分，如见于DNA(“未修饰DNA糖部分”)。未修饰的糖部分在1'、3'和4'位中的每一者具有一个氢，在3'位具有氧，并且在5'位具有两个氢。如本文所用，“经修饰糖部分”或“经修饰糖”意指经修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物。

如本文所用，“糖替代物”意指具有除呋喃糖基部分之外、可将核碱基连接至另一基团(诸如寡核苷酸中的核苷间键联、缀合基团或端基)的经修饰糖部分。包含糖替代物的经修饰的核苷可并入至寡核苷酸内的一个或多个位置，并且此类寡核苷酸能够与互补寡聚化合物或核酸杂交。

如本文所用，“症状或标志”意指指示疾病或病症的存在或程度的任何身体特征或测试结果。在某些实施方案中，症状对于受试者或检查或测试所述受试者的医学专业人员是显而易见的。在某些实施方案中，标志在包括但不限于死后测试的侵入性诊断测试中是显而易见的。

如本文所用，“靶核酸”和“靶RNA”意指反义化合物经设计以对其起作用的核酸。

如本文所用，“靶区域”意指反义化合物经设计以与之杂交的靶核酸的部分。

如本文所用，“端基”意指共价连接至寡核苷酸的末端的化学基团或原子团。

如本文所用，“治疗有效量”意指向动物提供治疗益处的药剂的量。例如，治疗有效量改善疾病的症状。

本公开提供以下非限制性经编号实施方案：

实施方案1.一种包含经修饰寡核苷酸的寡聚化合物，所述经修饰寡核苷酸由12至50个连接的核苷组成，其中所述经修饰寡核苷酸的核碱基序列与ATXN3核酸的同等长度部分至少90％互补，并且其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个选自经修饰糖、糖替代物和经修饰核苷间键联的修饰。

实施方案2.一种包含经修饰寡核苷酸的寡聚化合物，所述经修饰寡核苷酸由12至50个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:15-2787的核碱基序列中任一者的至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。

实施方案3.一种包含经修饰寡核苷酸的寡聚化合物，所述经修饰寡核苷酸由12至50个连接的核苷组成且具有包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的一部分的核碱基序列，其中所述部分与以下互补：

SEQ ID NO:1的核碱基138-175的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基392-436的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基1120-1146的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基1823-1882的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基3042-3098的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基3749-3801的同等长度部分；

SEQ ID NO:1的核碱基5997-6021的同等长度部分；

SEQ ID NO:2的核碱基19437-19476的同等长度部分；

SEQ ID NO:2的核碱基34440-34486的同等长度部分；

SEQ ID NO:2的核碱基39883-39904的同等长度部分；或

SEQ ID NO:2的核碱基6597-6618的同等长度部分。

实施方案4.如实施方案1-3中任一项的寡聚化合物，其中所述ATXN3核酸具有SEQID NO:1、2、3、4或5中任一者的核碱基序列。

实施方案5.如实施方案1-4中任一项的寡聚化合物，其由单链经修饰寡核苷酸组成。

实施方案6.如实施方案1-5中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的至少一个核苷间键联为经修饰核苷间键联。

实施方案7.如实施方案6的寡聚化合物，其中所述经修饰核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案8.如实施方案1-5中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的每个核苷间键联为经修饰核苷间键联。

实施方案9.如实施方案8的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的每个经修饰核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案10.如实施方案1-7中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案11.如实施方案1-7和10中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的每个核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案12.如实施方案1-11中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的至少一个核碱基包括经修饰核碱基。

实施方案13.如实施方案12的寡聚化合物，其中所述经修饰核碱基为5-甲基胞嘧啶。

实施方案14.如实施方案1-13中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含经修饰糖部分的经修饰核苷。

实施方案15.如实施方案14的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含双环糖部分的经修饰核苷。

实施方案16.如实施方案15的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含具有2'-4'桥的双环糖部分的经修饰核苷，其中所述2'-4'桥选自-O-CH2-和-O-CH(CH3)-。

实施方案17.如实施方案1-13中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含非双环糖部分的经修饰核苷。

实施方案18.如实施方案17的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含经修饰非双环糖部分的经修饰核苷，所述经修饰非双环糖部分包含2'-MOE或2'-OMe。

实施方案19.如实施方案18的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的每个经修饰核苷包含有包含2'-MOE或2'-OMe的经修饰非双环糖部分。

实施方案20.如实施方案1-13项中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个包含糖替代物的经修饰核苷。

实施方案21.如实施方案20的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸包含至少一个选自吗啉代和PNA的糖替代物的经修饰核苷。

实施方案22.如实施方案1-18和20-21中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸为间隔体。

实施方案23.如实施方案1-18和20-21中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸具有包含以下的糖基序：

5'-区，其由1-6个连接的5'-核苷组成；

中心区，其由6-10个连接的中心区核苷组成；和

3'-区，其由1-6个连接的5'-核苷组成；其中所述5'-区核苷的每一者和所述3'-区核苷的每一者包含经修饰糖部分，并且所述中心区核苷的每一者包含2'-脱氧核糖基糖部分。

实施方案24.如实施方案1-7或10-23中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有以下核苷间基序：sooosssssssssssooss；其中，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

实施方案25.如实施方案1-23中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸由12-22、12-20、14-20、16-20、18-20或18-22个连接的核苷组成。

实施方案26.如实施方案1-23和25中任一项的寡聚化合物，其中所述经修饰寡核苷酸由16、17、18、19或20个连接的核苷组成。

实施方案27.如实施方案1-26中任一项的寡聚化合物，其由所述经修饰寡核苷酸组成。

实施方案28.如实施方案1-26中任一项的寡聚化合物，其包含有包含缀合部分和缀合接头的缀合基团。

实施方案29.如实施方案28的寡聚化合物，其中所述缀合基团包含有包含1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。

实施方案30.如实施方案28或29的寡聚化合物，其中所述缀合接头由单键组成。

实施方案31.如实施方案28的寡聚化合物，其中所述缀合接头为可裂解的。

实施方案32.如实施方案28的寡聚化合物，其中所述缀合接头包含1-3个接头-核苷。

实施方案33.如实施方案28-32中任一项的寡聚化合物，其中所述缀合基团在所述经修饰寡核苷酸的5'-端连接至所述经修饰寡核苷酸。

实施方案34.如实施方案28-32中任一项的寡聚化合物，其中所述缀合基团在所述经修饰寡核苷酸的3'-端连接至所述经修饰寡核苷酸。

实施方案35.如实施方案1-26或28-34中任一项的寡聚化合物，其包含端基。

实施方案36.如实施方案1-35中任一项的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物为单链寡聚化合物。

实施方案37.如实施方案1-31或33-34中任一项的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物不包含接头-核苷。

实施方案38.一种寡聚双链体，其包含如实施方案1-35和37中任一项的寡聚化合物。

实施方案39.一种反义化合物，其包含如实施方案1-37中任一项的寡聚化合物或如实施方案38的寡聚双链体或者由其组成。

实施方案40.一种经修饰寡核苷酸，其由12至50个连接的核苷组成且具有包含SEQID NO:15-2787的核碱基序列中任一者的至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。

实施方案41.一种药物组合物，其包含如实施方案1-37中任一项的寡聚化合物、如实施方案38的寡聚双链体、如实施方案39的反义化合物或如实施方案40的经修饰寡核苷酸和药学上可接受的载体或稀释剂中的至少一者。

实施方案42.如实施方案41的药物组合物，其中所述经修饰寡核苷酸为钠盐。

实施方案43.一种方法，其包括向动物施用如实施方案41-42中任一项的药物组合物。

实施方案44.如实施方案43的方法，其中所述动物为人。

实施方案45.一种治疗与ATXN3相关联的疾病的方法，其包括向患有与ATXN3相关联的疾病或处于发展所述疾病的风险的个体施用治疗有效量的如实施方案41和42的药物组合物，并从而治疗与ATXN3相关联的所述疾病。

实施方案46.如实施方案45的方法，其中与ATXN3相关联的所述疾病为神经退行性疾病。

实施方案47.如实施方案46的方法，其中所述神经退行性疾病为SCA3。

实施方案48.如实施方案47的方法，其中所述神经退行性疾病的至少一种症状或标志被改善。

实施方案49.如实施方案48的方法，其中所述症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成。

实施方案50.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:423)，

或其盐。

实施方案51.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:1226)，

或其盐。

实施方案52.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:1673)，

或其盐。

实施方案53.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:423)。

实施方案54.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:1226)。

实施方案55.一种经修饰寡核苷酸，其根据以下化学结构：

(SEQ ID NO:1673)。

实施方案56.如实施方案50、52或54中任一项的经修饰寡核苷酸，其为所述式的钠盐。

实施方案57.一种药物组合物，其包含如实施方案50-56中任一项的经修饰寡核苷酸和药学上可接受的载体或稀释剂。

实施方案58.如实施方案57的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为人工脑脊髓液。

实施方案59.如实施方案57的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述经修饰寡核苷酸和人工脑脊髓液组成。

实施方案60.一种包含根据以下化学符号(从5'至3')的经修饰寡核苷酸的化合物：Ges

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

实施方案61.一种包含根据以下化学符号(从5'至3')的经修饰寡核苷酸的化合物：Ges

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

实施方案62.一种包含根据以下化学符号(从5'至3')的经修饰寡核苷酸的化合物：Ges Teo Teo Aeo Aes Tds Ads

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

实施方案63.如实施方案60-62中任一项的化合物，其包含共价连接至缀合基团的所述经修饰寡核苷酸。

实施方案64.如实施方案1-63中任一项的化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的至少一个核苷间键联是手性控制的。

实施方案65.如实施方案1-64中任一项的化合物，其中所述经修饰寡核苷酸的至少一个核苷间键联是立构无规的。

实施方案66.一种药物组合物，其包含如实施方案60-65中任一项的化合物和药学上可接受的稀释剂或载体。

实施方案67.如实施方案66的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为人工脑脊髓液。

实施方案68.如实施方案66的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述经修饰寡核苷酸和人工脑脊髓液组成。

实施方案69.一种如实施方案50-55中任一项的经修饰寡核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案70.如实施方案69的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案71.如实施方案69的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案72.如实施方案69的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有特定的、经独立选择的立体化学构型。

实施方案73.如实施方案73的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型。

实施方案74.如实施方案73的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型。

实施方案75.如实施方案73的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸在一个特定硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型并且在每个其余硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型。

实施方案76.如实施方案69或实施方案73的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰寡核苷酸，所述经修饰寡核苷酸在5'至3'方向上具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的连续硫代磷酸酯核苷间键联。

实施方案77.一种实施方案50-55中任一项的经修饰寡核苷酸的手性富集群体，其中所述经修饰寡核苷酸的所有所述硫代磷酸酯核苷间键联均为立构无规的。

在某些实施方案中，本文提供由连接的核苷组成的寡核苷酸。寡核苷酸可为未修饰寡核苷酸(RNA或DNA)或可为经修饰寡核苷酸。经修饰寡核苷酸包含相对于未修饰RNA或DNA的至少一个修饰。即，经修饰寡核苷酸包含至少一个未修饰核苷(包含经修饰糖部分和/或经修饰核碱基)和/或至少一个经修饰核苷间键联。

经修饰核苷包含经修饰糖部分或经修饰核碱基或经修饰糖部分和经修饰核碱基两者。

在某些实施方案中，经修饰糖部分为非双环经修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰糖部分为双环或三环糖部分。在某些实施方案中，经修饰糖部分为糖替代物。此类糖替代物可包含一个或多个对应于其他类型经修饰糖部分的取代的取代。

在某些实施方案中，经修饰糖部分为包含具有一个或多个取代基的呋喃糖基环的非双环经修饰糖部分，所述一个或多个取代基均不桥联呋喃糖基环的两个原子以形成双环结构。此类非桥联取代基可位于呋喃糖基的任何位置，包括但不限于在2'、4'和/或5'位的取代基。在某些实施方案中，非双环经修饰糖部分的一个或多个非桥联取代基为具支链的。合适于非双环经修饰糖部分的2'-取代基的实例包括但不限于：2'-F、2'-OCH

在某些实施方案中，2'-非双环经修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的非桥联2'-取代基：F、NH

在某些实施方案中，2'-取代核苷非双环经修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的非桥联2'-取代基：F、OCF

在某些实施方案中，2'-取代非双环经修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的非桥联2'-取代基：F、OCH

某些经修饰糖部分包含桥联呋喃糖基环的两个原子以形成第二环从而得到双环糖部分的取代基。在某些此类实施方案中，双环糖部分在4'与2'呋喃糖环原子之间包含桥。此类4'至2'桥联糖取代基的实例包括但不限于：4'-CH

在某些实施方案中，此类4'至2'桥独立地包含1至4个独立地选自以下的连接的基团：-[C(R

其中：

x为0、1或2；

n为1、2、3或4；

每个R

每个J

额外双环糖部分为所属领域中已知的，参见例如：Freier等人,Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443；Albaek等人,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740；Singh等人,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Kumar等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc.,20017,129,8362-8379；Wengel等人,U.S.7,053,207；Imanishi等人,U.S.6,268,490；Imanishi等人U.S.6,770,748；Imanishi等人,U.S.RE44,779；Wengel等人,U.S.6,794,499；Wengel等人,U.S.6,670,461；Wengel等人,U.S.7,034,133；Wengel等人,U.S.8,080,644；Wengel等人,U.S.8,034,909；Wengel等人,U.S.8,153,365；Wengel等人,U.S.7,572,582；和Ramasamy等人,U.S.6,525,191；Torsten等人,WO 2004/106356；Wengel等人,WO 1999/014226；Seth等人,WO 2007/134181；Seth等人,U.S.7,547,684；Seth等人,U.S.7,666,854；Seth等人,U.S.8,088,746；Seth等人,U.S.7,750,131；Seth等人,U.S.8,030,467；Seth等人,U.S.8,268,980；Seth等人,U.S.8,546,556；Seth等人,U.S.8,530,640；Migawa等人,U.S.9,012,421；Seth等人,U.S.8,501,805；和Allerson等人,美国专利公布第US2008/0039618号和Migawa等人,美国专利公布第US2015/0191727号。

在某些实施方案中，双环糖部分和并入此类双环糖部分中的核苷进一步由异构构型定义。例如，LNA核苷(本文所述)可处于α-L构型或处于β-D构型。

α-L-亚甲氧基(4'-CH

在某些实施方案中，经修饰糖部分包含一个或多个非桥联糖取代基和一个或多个桥联糖取代基(例如，5'-取代和4'-2'桥联糖)。

在某些实施方案中，经修饰糖部分为糖替代物。在某些此类实施方案中，糖部分的氧原子经例如硫、碳或氮原子置换。在某些此类实施方案中，此类经修饰糖部分也包含如本文所述的桥联和/或非桥联取代基。例如，某些糖替代物包含4'-硫原子和在2'-位(参见例如，Bhat等人,U.S.7,875,733和Bhat等人,U.S.7,939,677)和/或5'位的取代。

在某些实施方案中，糖替代物包含具有除5个原子之外的环。例如，在某些实施方案中，糖替代物包含六元四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃可进一步经修饰或取代。包含此类经修饰四氢吡喃的核苷包括但不限于己糖醇核酸(“HNA”)、anitol核酸(“ANA”)、甘露醇核酸(“MNA”)(参见例如，Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟代HNA：

(“F-HNA”，参见Swayze等人,U.S.8,088,904；Swayze等人,U.S.8,440,803；Swayze等人,U.S.8,796,437；和Swayze等人,U.S.9,005,906；F-HNA也可称为F-THP或3'-氟代四氢吡喃)和包含额外具有下式的经修饰THP化合物的核苷：

其中，对于所述经修饰THP核苷的每一者，独立地：

Bx为核碱基部分；

在某些实施方案中，提供经修饰THP核苷，其中q

在某些实施方案中，糖替代物包含具有多于5个原子和多于一个杂原子的环。例如，已报导包含吗啉代糖部分的糖苷和其在寡核苷酸中的使用(参见例如，Braasch等人,Biochemistry,2002,41,4503-4510和Summerton等人,U.S.5,698,685；Summerton等人,U.S.5,166,315；Summerton等人,U.S.5,185,444；和Summerton等人,U.S.5,034,506)。如此处所用，术语“吗啉代”意指具有以下结构的糖替代物：

在某些实施方案中，吗啉代可例如通过添加或改变来自以上吗啉代结构的各种取代基来修饰。此类糖替代物在本文中称为“经修饰吗啉代”。

在某些实施方案中，糖替代物包含无环部分。包含此类无环糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括但不限于：肽核酸(“PNA”)、无环丁基核酸(参见例如，Kumar等人,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)、以及Manoharan等人,WO2011/133876中所述的核苷和寡核苷酸。

许多其他双环和三环糖和糖替代物环系为可用于经修饰的核苷的所属领域中已知的。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个包含未修饰核碱基的核苷。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰核碱基的核苷。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个不包含核碱基的核苷，称为无碱基核苷。

在某些实施方案中，经修饰核碱基选自：5-取代嘧啶、6-氮嘧啶、烷基或炔基取代嘧啶、烷基取代嘌呤、以及N-2、N-6和O-6取代嘌呤。在某些实施方案中，经修饰核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤；5-羟基甲基胞嘧啶；黄嘌呤；次黄嘌呤、；2-氨基腺嘌呤；6-N-甲基鸟嘌呤；6-N-甲基腺嘌呤；2-丙基腺嘌呤；2-硫尿嘧啶；2-硫胸腺嘧啶；和2-硫胞嘧啶；5-丙炔基(-C≡C-CH

教导某些上文所说明的经修饰核碱基以及其他经修饰核碱基的制备的公布包括但不限于：Manoharan等人,US2003/0158403；Manoharan等人,US2003/0175906；Dinh等人,U.S.4,845,205；Spielvogel等人,U.S.5,130,302；Rogers等人,U.S.5,134,066；Bischofberger等人,U.S.5,175,273；Urdea等人,U.S.5,367,066；Benner等人,U.S.5,432,272；Matteucci等人,U.S.5,434,257；Gmeiner等人,U.S.5,457,187；Cook等人,U.S.5,459,255；Froehler等人,U.S.5,484,908；Matteucci等人,U.S.5,502,177；Hawkins等人,U.S.5,525,711；Haralambidis等人,U.S.5,552,540；Cook等人,U.S.5,587,469；Froehler等人,U.S.5,594,121；Switzer等人,U.S.5,596,091；Cook等人,U.S.5,614,617；Froehler等人,U.S.5,645,985；Cook等人,U.S.5,681,941；Cook等人,U.S.5,811,534；Cook等人,U.S.5,750,692；Cook等人,U.S.5,948,903；Cook等人,U.S.5,587,470；Cook等人,U.S.5,457,191；Matteucci等人,U.S.5,763,588；Froehler等人,U.S.5,830,653；Cook等人,U.S.5,808,027；Cook等人,6,166,199；和Matteucci等人,U.S.6,005,096。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷可使用任何核苷间键联连接在一起。两种主要类别的核苷间连接基是通过存在或不存在磷原子来限定。代表性含磷核苷间键联包括但不限于磷酸酯(其含有磷酸二酯键(“P＝O”)(也称为未修饰或天然存在的键联))、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯(“P＝S”)、以及二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性非含磷核苷间连接基包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH

具有手性中心的代表性核苷间键联包括但不限于烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。包含具有手性中心的核苷间键联的经修饰寡核苷酸可制备成包含立构无规核苷间键联的经修饰寡核苷酸群体或包含处于特定立体化学构型的硫代磷酸酯键联的经修饰寡核苷酸群体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸群体包含硫代磷酸酯核苷间键联，其中所有硫代磷酸酯核苷间键联为立构无规的。此类经修饰寡核苷酸可使用导致每个硫代磷酸酯键联的立体化学构型的任意选择的合成方法生成。然而，如所属领域技术人员所理解，每个个别寡核苷酸分子的每个个别硫代磷酸酯具有定义的立体构型。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸群体富集包含一个或多个处于特定的经独立选择立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键联的特定构型存在于群体中至少65％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键联的特定构型存在于群体中至少70％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键联的特定构型存在于群体中至少80％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键联的特定构型存在于群体中至少90％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键联的特定构型存在于群体中至少99％的分子中。经修饰寡核苷酸的此类手性富集群体可使用所属领域中已知的合成方法生成，例如以下中所述的方法：Oka等人,JACS 125,8307(2003)；Wan等人,Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)；和WO 2017/015555。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸群体富集具有至少一个处于(Sp)构型的指示硫代磷酸酯的经修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸群体富集具有至少一个处于(Rp)构型的硫代磷酸酯的经修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的经修饰寡核苷酸分别包含下式的一者或多者，其中“B”指示核碱基：

除非另外指示，否则本文所述的经修饰寡核苷酸的手性核苷间键联可为立构无规或处于特定立体化学构型。

中性核苷间键联包括但不限于磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰糖的经修饰核苷。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰核碱基的经修饰核苷。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含一个或多个经修饰核苷间键联。在此类实施方案中，经修饰寡核苷酸的经修饰、未修饰和经不同修饰糖部分、核碱基和/或核苷间键联限定模式或基序。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间键联的模式各自彼此独立。因此，经修饰寡核苷酸可通过其糖基序、核碱基基序和/或核苷间键联基序进行描述(如本文所用，核碱基基序描述独立于核碱基序列对核碱基进行的修饰)。

在某些实施方案中，寡核苷酸包含一种或多种类型的以限定的模式或糖基序的形式沿寡核苷酸或其区域排列的经修饰糖和/或未修饰糖部分。在某些情况下，此类糖基序包括但不限于本文所讨论的任何糖修饰。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含具有间隔体基序的区域或由其组成，所述间隔体基序通过两个外部区域或“侧翼”和中心或内部区域或“间隔”所限定。间隔体基序的三个区域(5'-侧翼区、间隔区和3'-侧翼区)形成连续的核苷序列，其中每个侧翼的核苷的至少一些糖部分不同于间隔的核苷的至少一些糖部分。具体而言，至少每个侧翼的最靠近间隔的核苷(5'-侧翼的3'-最近核苷和3'-侧翼的5'-最近核苷)的糖部分不同于相邻间隔核苷的糖部分，因此限定侧翼与间隔之间的边界(即，侧翼/间隔接点)。在某些实施方案中，间隔内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，间隔包括一个或多个具有不同于间隔的一个或多个其他核苷的糖部分的糖部分的核苷。在某些实施方案中，两个侧翼的糖基序彼此相同(对称间隔体)。在某些实施方案中，5'-侧翼的糖基序不同于3'-侧翼的糖基序(不对称间隔体)。

在某些实施方案中，间隔体的侧翼包含1-5个核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的每个核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的每个核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的至少一个核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的至少两个核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的至少三个核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的至少四个核苷为经修饰核苷。

在某些实施方案中，间隔体的间隔包含7-12个核苷。在某些实施方案中，间隔体的间隔的每个核苷为未修饰2'-脱氧核苷。

在某些实施方案中，间隔体为脱氧间隔体。在实施方案中，每个侧翼/间隔接点的间隔侧的核苷为未修饰2'-脱氧核苷，并且每个侧翼/间隔接点的侧翼侧的核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔的每个核苷为未修饰2'-脱氧核苷。在某些实施方案中，间隔体的每个侧翼的每个核苷为经修饰核苷。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含具有经完全修饰糖基序或由其组成。在此类实施方案中，经修饰寡核苷酸的经完全修饰区域的每个核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，整个经修饰核苷酸的每个核酸包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含具有经完全修饰糖基序的区域或由其组成，其中经完全修饰的区域内的每个核苷包含相同经修饰糖部分，本文中称为均匀修饰糖基序。在某些实施方案中，经完全修饰寡核苷酸为均匀修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，均匀修饰寡核苷酸的每个核苷包含相同2'-修饰。

在本文中，间隔体的三个区域的长度(核苷数)可使用符号[5'-侧翼中的核苷数]-[间隔中的核苷数]-[3'-侧翼中的核苷数]来提供。因此，5-10-5间隔体由每个侧翼中的5个连接的核苷和间隙中的10个连接的核苷组成。在特定修饰遵循此类命名法的情况下，所述修饰为每个侧翼的每个糖部分的修饰，并且间隔核苷包含未修饰脱氧核苷糖。因此，5-10-5MOE间隔体由5'-侧翼中的5个连接的MOE修饰核苷、间隔中的10个连接的脱氧核苷和3'-侧翼中的5个连接的MOE核苷组成。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为5-10-5MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为3-10-3BNA间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为3-10-3cEt间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为3-10-3LNA间隔体。

在某些实施方案中，寡核苷酸包含以定义的模式或基序的形式沿寡核苷酸或其区域排列的经修饰和/或未修饰核碱基。在某些实施方案中，每个核碱基经修饰。在某些实施方案中，没有核碱基经修饰。在某些实施方案中，每个嘌呤或每个嘧啶经修饰。在某些实施方案中，每个腺嘌呤经修饰。在某些实施方案中，每个鸟嘌呤经修饰。在某些实施方案中，每个胸腺嘧啶经修饰。在某些实施方案中，每个尿嘧啶经修饰。在某些实施方案中，每个胞嘧啶经修饰。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸中的一些或全部胞嘧啶核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，全部胞嘧啶核碱基为5-甲基胞嘧啶，并且经修饰寡核苷酸的全部其他核碱基为未修饰核碱基。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸包含经修饰核碱基的区块。在某些此类实施方案中，区块位于寡核苷酸的3'-端。在某些实施方案中，区块在寡核苷酸的3'-端的3个核苷内。在某些实施方案中，区块位于寡核苷酸的5'-端。在某些实施方案中，区块在寡核苷酸的5'-端的3个核苷内。

在某些实施方案中，具有间隔体基序的寡核苷酸包含有包含经修饰核碱基的核苷。在某些此类实施方案中，一个包含经修饰核碱基的核苷在具有间隔体基序的寡核苷酸的中心间隔中。在某些此类实施方案中，所述核苷的糖部分为2'-脱氧核糖基部分。在某些实施方案中，经修饰核碱基选自：2-硫嘧啶和5-丙炔嘧啶。

在某些实施方案中，寡核苷酸包含以定义的模式或基序的形式沿寡核苷酸或其区域排列的经修饰和/或未修饰核苷间键联。在某些实施方案中，每个核苷间连接基为磷酸二酯核苷间键联(P＝O)。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的每个核苷间连接基为硫代磷酸酯核苷间键联(P＝S)。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的每个核苷间键联独立地选自硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中，每个硫代磷酸酯核苷间键联独立地选自立构无规硫代磷酸酯、(Sp)硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的糖基序为间隔体，并且间隔内的核苷间键联全部经修饰。在某些此类实施方案中，侧翼中的一些或全部核苷间键联为未修饰磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中，末端核苷间键联经修饰。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的糖基序为间隔体，并且核苷间键联基序在至少一个侧翼中包含至少一个磷酸二酯核苷间键联，其中所述至少一个磷酸二酯键联不为末端核苷间键联，并且其余核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。在某些此类实施方案中，所有硫代磷酸酯键联为立构无规的。在某些实施方案中，侧翼中的所有硫代磷酸酯键联为(Sp)硫代磷酸酯，并且间隔包含至少一个Sp、Sp、Rp基序。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸群体富集包含此类核苷间键联基序的经修饰寡核苷酸。

有可能在不消除活性的情况下增加或减少寡核苷酸的长度。例如，在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)中，测试长度为13-25个核碱基的一系列寡核苷酸在卵母细胞注射模型中诱导靶RNA裂解的能力。长度为25个核碱基且在接近寡核苷酸的末端处具有8或11个错配碱基的寡核苷酸能够导引靶RNA的特异性裂解，但程度低于不含错配的寡核苷酸。类似地，靶特异性裂解可使用具有13个核碱基的寡核苷酸(包括具有1或3个错配者)达到。

在某些实施方案中，寡核苷酸(包括经修饰寡核苷酸)可具有多种长度范围中的任一种。在某些实施方案中，寡核苷酸由X至Y个连接的核苷组成，其中X表示范围中核苷的最少数目，并且Y表示范围中核苷的最大数目。在某些此类实施方案中，X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50；限制条件为X≤Y。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸由12至13个、12至14个、12至15个、12至16个、12至17个、12至18个、12至19个、12至20个、12至21个、12至22个、12至23个、12至24个、12至25个、12至26个、12至27个、12至28个、12至29个、12至30个、13至14个、13至15个、13至16个、13至17个、13至18个、13至19个、13至20个、13至21个、13至22个、13至23个、13至24个、13至25个、13至26个、13至27个、13至28个、13至29个、13至30个、14至15个、14至16个、14至17个、14至18个、14至19个、14至20个、14至21个、14至22个、14至23个、14至24个、14至25个、14至26个、14至27个、14至28个、14至29个、14至30个、15至16个、15至17个、15至18个、15至19个、15至20个、15至21个、15至22个、15至23个、15至24个、15至25个、15至26个、15至27个、15至28个、15至29个、15至30个、16至17个、16至18个、16至19个、16至20个、16至21个、16至22个、16至23个、16至24个、16至25个、16至26个、16至27个、16至28个、16至29个、16至30个、17至18个、17至19个、17至20个、17至21个、17至22个、17至23个、17至24个、17至25个、17至26个、17至27个、17至28个、17至29个、17至30个、18至19个、18至20个、18至21个、18至22个、18至23个、18至24个、18至25个、18至26个、18至27个、18至28个、18至29个、18至30个、19至20个、19至21个、19至22个、19至23个、19至24个、19至25个、19至26个、19至29个、19至28个、19至29个、19至30个、20至21个、20至22个、20至23个、20至24个、20至25个、20至26个、20至27个、20至28个、20至29个、20至30个、21至22个、21至23个、21至24个、21至25个、21至26个、21至27个、21至28个、21至29个、21至30个、22至23个、22至24个、22至25个、22至26个、22至27个、22至28个、22至29个、22至30个、23至24个、23至25个、23至26个、23至27个、23至28个、23至29个、23至30个、24至25个、24至26个、24至27个、24至28个、24至29个、24至30个、25至26个、25至27个、25至28个、25至29个、25至30个、26至27个、26至28个、26至29个、26至30个、27至28个、27至29个、27至30个、28至29个、28至30个或29至30个连接的核苷组成。

在某些实施方案中，将上文修饰(糖、核碱基、核苷间键联)并入至经修饰寡核苷酸中。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸通过其修饰基序和总体长度来表征。在某些实施方案中，此类参数各自彼此独立。因此，除非另外指示，否则具有间隔体糖基序的寡核苷酸的每个核苷间键联可是经修饰或未修饰，并且可遵循或不遵循糖修饰的间隔体修饰模式。例如，糖间隔体的侧翼区内的核苷间键联可彼此相同或不同，并且可与糖基序的间隔区的核苷间键联相同或不同。同样，此类糖间隔体寡核苷酸可包含一个或多个独立于糖修饰的间隔体模式的经修饰核碱基。除非另外指示，否则所有修饰均独立于核碱基序列。

群体的所有经修饰寡核苷酸具有相同分子式的经修饰寡核苷酸群体可为立构无规群体或手性富集群体。立构无规群体中所有经修饰寡核苷酸的所有手性中心均为立构无规的。在手性富集群体中，群体的经修饰寡核苷酸中至少一个特定手性中心不为立构无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的经修饰寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分，并且所有硫代磷酸酯核苷间键联均为立构无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的经修饰寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分和至少一个处于特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中，通过核碱基序列进一步描述寡核苷酸(未修饰或经修饰寡核苷酸)。在某些实施方案中，寡核苷酸具有与第二寡核苷酸或鉴别的参考核酸(诸如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些此类实施方案中，寡核苷酸的区域具有与第二寡核苷酸或鉴别的参考核酸(诸如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸的区域或整个长度的核碱基序列与第二寡核苷酸或核酸(诸如靶核酸)至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。

在某些实施方案中，本文提供寡聚化合物，其由寡核苷酸(经修饰或未修饰)和任选地一个或多个缀合基团和/或端基组成。缀合基团由一个或多个缀合部分和将缀合部分连接至寡核苷酸的缀合接头组成。缀合基团可连接至寡核苷酸的任一端或两端和/或在任何内部位置。在某些实施方案中，缀合基团连接至经修饰寡核苷酸的核苷的2'-位。在某些实施方案中，连接至寡核苷酸的任一端或两端的缀合基团为端基。在某些此类实施方案中，缀合基团或端基连接在寡核苷酸的3'-端和/或5'-端。在某些此类实施方案中，缀合基团(或端基)连在寡核苷酸的3'-端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的3'-端附近。在某些实施方案中，缀合基团(或端基)连接在寡核苷酸的5'-端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的5'-端附近。

端基的实例包括但不限于缀合基团、加帽基团、磷酸酯部分、保护基、经修饰或未修饰核苷和两个或更多个独立地经修饰或未经修饰的核苷。

在某些实施方案中，寡核苷酸共价连接至一个或多个缀合基团。在某些实施方案中，缀合基团修改所连接寡核苷酸的一个或多个性质，包括但不限于药效学性质、药代动力学性质、稳定性、结合性、吸收性、组织分布、细胞分布、细胞吸收、电荷和清除率。在某些实施方案中，缀合基团为所连接寡核苷酸赋予新的性质，例如能够检测寡核苷酸的荧光团或信息基团。先前已描述某些缀合基团和缀合部分，例如：胆固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)；胆酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)；硫醚，例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)；硫胆固醇(Oberhauser等人,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538)；脂族链，例如十二烷二醇或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人,EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人,FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人,Biochimie,1993,75,49-54)；磷脂，例如二-十六基-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六基-外消旋-甘油-3-H-膦酸三乙铵(Manoharan等人,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654；Shea等人,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)；多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)；或金刚烷乙酸，棕榈基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)；十八胺或己氨基-羰基-氧基胆固醇部分(Crooke等人,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)；生育酚基团(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；和Nishina等人,Molecular Therapy,2008,16,734-740)；或GalNAc簇(例如，WO2014/179620)。

缀合部分包括但不限于嵌入物、报告分子、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素、荧光团和染料。

在某些实施方案中，缀合部分包含活性原料药，例如阿司匹林、华法林、保泰松、布洛芬、舒洛芬、芬布芬、酮洛芬、(S)-(+)-普拉洛芬、卡洛芬、丹酰基肌氨酸、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德、氟芬那酸、亚叶酸、苯丙噻二嗪(benzothiadiazide)、氯噻嗪(chlorothiazide)、二氮呯、吲哚美辛(indo-methicin)、巴比妥酸盐、头孢菌素、磺胺药、抗糖尿病药、抗菌剂或抗生素。

缀合部分通过缀合接头连接至寡核苷酸。在某些寡聚化合物中，缀合接头为单化学键(即，缀合部分通过单键直接连接至寡核苷酸)。在某些实施方案中，缀合接头包含链结构，诸如烃基链；或重复单元的寡聚物，重复单元诸如乙二醇、核苷或氨基酸单元。

在某些实施方案中，缀合接头包含一个或多个选自以下的基团：烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟氨基基团。在某些此类实施方案中，缀合接头包含选自以下的基团：烷基、氨基、氧代基、酰胺和醚基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自以下的基团：烷基和酰胺基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自以下的基团：烷基和醚基团。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个磷部分。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个磷酸酯基团。在某些实施方案中，缀合接头包括至少一个中性接头。

在某些实施方案中，缀合接头包括上文所述的缀合接头为双官能连接部分，例如，所属领域中已知实用于将缀合基团连接至亲本化合物的缀合接头，诸如本文所提供的寡核苷酸。一般而言，双官能连接部分包含至少两个官能团。官能团之一经选择以结合至亲本化合物的特定位点，并且另一官能团经选择以结合至缀合基团。双官能连接部分中所用的官能团的实例包括但不限于用于与亲核基团反应的亲电子剂和用于与亲电子基团反应的亲核剂。在某些实施方案中，双官能连接部分包含一个或多个选自以下的基团：氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基。

缀合接头的实例包括但不限于吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其他缀合接头包括但不限于取代的或未取代的C

在某些实施方案中，缀合接头包含1-10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含2-5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头精确地包含3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含TCA基序。在某些实施方案中，此类接头-核苷为经修饰核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，接头-核苷为未修饰的。在某些实施方案中，接头-核苷包含任选地经保护杂环碱基，其选自嘌呤、取代的嘌呤、嘧啶或取代的嘧啶。在某些实施方案中，可裂解部分为选自以下的核苷：尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基-胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤。通常期望接头-核苷在化合物到达目标组织之后从寡聚化合物裂解。据此，接头-核苷通常连接彼此连接且通过可裂解键连接至寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键为磷酸二酯键。

在本文中，接头-核苷不视为寡核苷酸的一部分。据此，在寡聚化合物包含由指定数目或范围的连接的核苷组成和/或与参考核酸具有指定互补性百分比的寡核苷酸且寡聚化合物也包含接头-核苷的实施方案中，那些接头-核苷不计入寡核苷酸的长度且不用于确定参考核酸的寡核苷酸的互补性百分比。例如，寡聚化合物可包含(1)由8-30个核苷组成的经修饰寡核苷酸和(2)包含1-10个与经修饰寡核苷酸的核苷连续的接头-核苷。此种寡聚化合物中连续连接的核苷的总数多于30。替代地，寡聚化合物可包含由8-30个核苷组成且无缀合基团的经修饰寡核苷酸。此种寡聚化合物中连续连接的核苷的总数不多于30。除非另外指示，否则缀合接头包含不多于10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不多于5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不多于3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不多于2个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不多于1个接头-核苷。

在某些实施方案中，期望缀合基团自寡核苷酸裂解。例如，在某些情形下，包含特定缀合部分的寡聚化合物优选由特定细胞型吸收，但是一旦寡聚化合物经吸收，期望所述缀合基团裂解以释放未缀合或亲本寡核苷酸。因此，某些缀合接头可包含一个或多个可裂解部分。在某些实施方案中，可裂解部分为可裂解键。在某些实施方案中，可裂解部分为包含至少一个可裂解键的原子团。在某些实施方案中，可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或多于四个可裂解键的原子团。在某些实施方案中，可裂解部分在细胞或亚细胞区室诸如溶酶体内选择性裂解。在某些实施方案中，可裂解部分由内源酶诸如核酸酶选择性裂解。

在某些实施方案中，可裂解键选自：酰胺、酯、醚、磷酸二酯的一酯或两酯、磷酸酯、氨甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可裂解键为磷酸二酯的一酯或两酯。在某些实施方案中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可裂解部分为寡核苷酸与缀合部分或缀合基团之间的磷酸酯键联。

在某些实施方案中，可裂解部分包含一个或多个接头-核苷或由其组成。在某些此类实施方案中，所述一个或多个接头-核苷彼此连接和/或通过可裂解键连接至寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键为未修饰磷酸二酯键。在某些实施方案中，可裂解部分为通过磷酸酯核苷间键联连接至寡核苷酸的3'或5'-端核苷且通过磷酸酯或硫代磷酸酯键联共价连接至缀合接头或缀合部分的其余部分的2'-脱氧核苷。在某些此类实施方案中，可裂解部分为2'-脱氧腺苷。

在某些实施方案中，寡聚化合物包含一个或多个端基。在某些此类实施方案中，寡聚化合物包含稳定化5'-磷酸酯。稳定化5'-磷酸酯包括但不限于5'-膦酸酯，包括但不限于5'-乙烯基膦酸酯。在某些实施方案中，端基包含一个或多个无碱基核苷和/或反向核苷。在某些实施方案中，端基包含一个或多个2'-连接的核苷。在某些此类实施方案中，2'-连接的核苷为无碱基核苷。

III.

在某些实施方案中，本文所述的寡聚化合物包含寡核苷酸，其具有与靶核酸的核碱基序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡聚化合物与第二寡聚化合物配对以形成寡聚双链体。此类寡聚双链体包含第一寡聚化合物和第二寡聚化合物，所述第一寡聚化合物具有与靶核酸互补的区域，所述第二寡聚化合物具有与所述第一寡聚化合物互补的区域。在某些实施方案中，寡聚双链体的第一寡聚化合物包含以下或由以下组成：(1)经修饰或未修饰寡核苷酸和任选地缀合基团和(2)第二经修饰或未修饰寡核苷酸和任选地缀合基团。寡聚双链体的任一或两种寡聚化合物可包含缀合基团。寡聚双链体的每种寡聚化合物的寡核苷酸可包括非互补突出(overhanging)核苷。

在某些实施方案中，寡聚化合物和寡聚双链体能够与靶核酸杂交，产生至少一种反义活性；此类寡聚化合物和寡聚双链体为反义化合物。在某些实施方案中，当反义化合物在标准细胞测定中降低或抑制靶核酸的量或活性25％或更多时，其具有反义活性。在某些实施方案中，反义化合物选择性影响一种或多种靶核酸。此类反应化合物包含核碱基序列，所述核碱基序列与一种或多种靶核酸杂交，产生一种或多种所要反义活性，并且不与一种或多种非靶核酸杂交或不以此产生显著非所要反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交。

在某些反义活性中，反义化合物与靶核酸的杂交产生裂解靶核酸的蛋白的补充。例如，某些反义化合物导致靶核酸的核糖核酸酶H介导的裂解。核糖核酸酶H为裂解RNA:DNA双链体的RNA链的细胞内切酶。此种RNA:DNA双链体中的DNA不一定为未修饰DNA。在某些实施方案中，本文描述足够“像DNA”以引出核糖核酸酶H活性的反义化合物。在某些实施方案中，间隔体的间隔中一个或多个不像DNA的核苷是耐受的。

在某些反义活性中，反义化合物或反义化合物的一部分经加载至RNA诱导的静默复合物(RISC)中，最终导致目标核酸的裂解。例如，某些反义化合物导致靶核酸由Argonaute裂解。加载至RISC中的反义化合物为RNAi化合物。RNAi化合物可为双链化合物(siRNA)或单链化合物(ssRNA)。

在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交不导致裂解靶核酸的蛋白的补充。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸的剪接的改变。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸与蛋白或另一核酸之间的结合相互作用的抑制。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸的翻译的改变。

可直接或间接地观察到反义活性。在某些实施方案中，观察或检测反义活性涉及观察或检测靶核酸或此类靶核酸所编码的蛋白的量、核酸或蛋白的剪接变体的比率和/或细胞或动物的表型变化。

在某些实施方案中，寡聚化合物包含以下寡核苷酸或由其组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的区域。在某些实施方案中，靶核酸为内源RNA分子。在某些实施方案中，靶核酸编码蛋白。在某些此类实施方案中，靶核酸分子选自：成熟RNA和前体mRNA，包括内含子区域、外显子区域和未翻译区域。在某些实施方案中，靶RNA为成熟mRNA。在某些实施方案中，靶核酸为前体mRNA。在某些此类实施方案中，靶区域完全在内含子内。在某些实施方案中，靶区域跨越内含子/外显子接点。在某些实施方案中，靶区域至少50％在内含子内。在某些实施方案中，靶核酸为反转录基因(retrogene)的RNA转录产物。在某些实施方案中，靶核酸为非编码RNA。在某些此类实施方案案中，靶非编码RNA选自：长非编码RNA、短非编码RNA、内含子RNA分子。

有可能引入错配碱基而不消除活性。例如，Gautschi等人(J.Natl.CancerInst.93:463-471,2001年3月)表明与bcl-2mRNA具有100％互补性且与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸在体外和体内减少bcl-2和bcl-xL两者表达的能力。此外，此寡核苷酸展现有效力的体内抗肿瘤活性。Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)分别测试一系列具有14个核碱基的串联寡核苷酸以及包含所述串联寡核苷酸中的两者或三者的序列的具有28个和42个核碱基的寡核苷酸在兔网织红细胞测定中阻止人DHFR翻译的能力。3个具有14个核碱基的寡核苷酸各自单独能够抑制翻译，但程度相比于具有28个或42个核碱基的寡核苷酸而言较适中。

在某些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的整个长度上与靶核酸互补。在某些实施方案中，寡核苷酸与靶核酸99％、95％、90％、85％或80％互补。在某些实施方案中，寡核苷酸在寡核苷酸的整个长度上与靶核酸至少80％互补，并且包含与靶核酸100％或完全互补的区域。在某些实施方案中，完全互补的区域的长度为6至20、10至18或18至20个核碱基。

在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个相对于靶序列错配的核碱基。在某些实施方案中，针对靶标的反义活性因此类错配而减小，但是针对非靶标的活性减少较大量。因此，在某些实施方案中，寡核苷酸的选择性经改良。在某些实施方案中，错配特别位于具有间隔体基序的寡核苷酸中。在某些实施方案中，错配在间隔区的5'-端的1、2、3、4、5、6、7或8位。在某些实施方案中，错配在间隔区的3'-端的9、8、7、6、5、4、3、2、1位。在某些实施方案中，错配在侧翼区的5'-端的1、2、3或4位。在某些实施方案中，错配在侧翼区的3'-端的4、3、2或1位。

在某些实施方案中，寡聚化合物包含以下寡核苷酸或由其组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的区域，其中所述靶核酸为ATXN3。在某些实施方案中，ATXN3核酸具有以下所示的序列：SEQ ID NO:1(GENBANK登录号：NM_004993.5)；SEQ ID NO:2(与自核苷酸92,056,001至92,110,000截短的GENBANK登录号NC_000014.9互补)；SEQ ID NO:3(GENBANK登录号：NM_001164781.1)；SEQ ID NO:4(GENBANK登录号：NM_001127697.2)；和SEQ ID NO:5(集合(ensemble)转录物编号：ENST00000558190.5)。

在某些实施方案中，将细胞与互补于SEQ ID NO:1-5中任一者的寡聚化合物接触减少ATXN3 RNA的量，并且在某些实施方案中减少Ataxin-3蛋白的量。在某些实施方案中，寡聚化合物由经修饰寡核苷酸组成。在某些实施方案中，将动物体内的细胞与互补于SEQID NO:1-5中任一者的寡聚化合物接触改善神经退行性疾病的一个或多种症状或标志。在某些实施方案中，症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，将动物体内的细胞与互补于SEQ ID NO:1-5中任一者的寡核苷酸接触导致运动功能改良、神经病变减轻和/或聚集体数目减少。在某些实施方案中，寡聚化合物由经修饰寡核苷酸组成。

在某些实施方案中，寡聚化合物包含以下寡核苷酸或由其组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的区域，其中所述靶核酸在药理学相关组织中表达。在某些实施方案中，药理学相关组织为构成中枢神经系统(CNS)的细胞和组织，包括脊髓、皮质、小脑、脑干和桥脑。

在某些实施方案中，本文描述包含一种或多种寡聚化合物的药物组合物。在某些实施方案中，所述一种或多种寡聚化合物各自由经修饰寡核苷酸组成。在某些实施方案中，药物组合物包含药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种寡聚化合物或由其组成。在某些实施方案中，无菌盐水为医药级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和无菌水或由其组成。在某些实施方案中，无菌水为医药级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)或由其组成。在某些实施方案中，无菌PBS为医药级PBS。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和人工脑脊髓液或由其组成。在某些实施方案中，人工脑脊髓液为医药级。

在某些实施方案中，药物组合物包含经修饰寡核苷酸和人工脑脊髓液。在某些实施方案中，药物组合物由经修饰寡核苷酸和人工脑脊髓液组成。在某些实施方案中，药物组合物基本上由经修饰寡核苷酸和人工脑脊髓液组成。在某些实施方案中，人工脑脊髓液为医药级。

在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和一种或多种赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂选自：水、盐溶液、醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。

在某些实施方案中，寡聚化合物可与药学上可接受的活性和/或惰性物质混合以用于制备药物组合物或制剂。组成物和调配药物组合物的方法取决于许多标准，包括但不限于施用途径、疾病程度或待施用的剂量。

在某些实施方案中，包含寡聚化合物的药物组合物涵盖寡聚化合物的任何药学上可接受的盐、寡聚化合物的酯或此类酯的盐。在某些实施方案中，在向动物包括人施用时，包含有包含一种或多种寡核苷酸的寡聚化合物的药物组合物能够提供(直接或间接地)生物活性代谢物或其残余物。据此，例如，本公开也关于寡聚化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐和其他生物等效物。合适的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐和钾盐。在某些实施方案中，前药包含一个或多个连接至寡核苷酸的缀合基团，其中缀合基团通过体内的内源核酸酶而裂解。

已在多种方法中在核酸疗法中使用脂质部分。在某些此类方法中，将核酸诸如寡聚化合物引入至由阳离子脂质和中性脂质的混合物制成的预成型脂质体或脂复合体(lipoplexe)中。在某些方法中，在无中性脂质存在的情况下形成具有单阳离子脂质或聚阳离子脂质的DNA复合体。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂至向特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂至向脂肪组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂至向肌肉组织的分布。

在某些实施方案中，药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括但不限于脂质体和乳液。某些递送系统实用于制备某些药物组合物，包括包含疏水性化合物的药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂，诸如二甲亚砜。

在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种经设计以将本发明的一种或多种药剂递送至特定组织或细胞型的组织特异性递送分子。例如，在某些实施方案中，药物组合物包括包覆有组织特异性抗体的脂质体。

在某些实施方案中，药物组合物包含共溶剂系统。某些此类共溶剂系统包含例如苄醇、非极性表面活性剂、水可混溶性有机聚合物和水相。在某些实施方案中，此类共溶剂系统用于疏水性化合物。此种共溶剂系统的非限制性实例为VPD共溶剂系统，其为包含3％w/v苄醇、8％w/v非极性表面活性剂Polysorbate 80

在某些实施方案中，药物组合物是制备用于口服施用。在某些实施方案中，药物组合物是制备用于经颊施用。在某些实施方案中，药物组合物是制备用于通过注射施用(例如静脉内、皮下、肌肉内、鞘内(IT)、脑室内(ICV)等)。在某些此类实施方案中，药物组合物包含载体且于水溶液中调配，诸如水或生理上相容的缓冲液，诸如汉克氏溶液(Hanks'ssolution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理盐水缓冲液。在某些实施方案中，包括其他成分(例如有助于溶解或充当防腐剂的成分)。在某些实施方案中，可注射混悬液是使用适当液体载体、悬浮剂和其类似物制备。某些注射用药物组合物是以单位剂型存在于例如安瓿或多剂量容器中。某些注射用药物组合物为于油性或水性媒介物中的混悬液、溶液或乳液，并且可含有调配剂，诸如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。某些适用于注射用药物组合物中的溶剂包括(但不限于)亲脂性溶剂和脂肪油诸如芝麻油、合成脂肪酸酯诸如油酸乙酯或三酸甘油酯和脂质体。可含有水性注射混悬液。

在某些条件下，本文所公开的某些化合物充当酸。尽管此类化合物可以以质子化(自由酸)形式、以离子化(阴离子)形式或以离子化且结合阳离子(盐)形式结合来绘制或描述，但是此类化合物的水溶液以在此类形式之间平衡的方式存在。例如，水溶液中寡核苷酸的磷酸酯键联以在自由酸、阴离子和盐形式之间平衡的方式存在。除非另外指示，否则本文所述的化合物旨在包括所有此类形式。此外，某些寡核苷酸具有若干此类键联，每个键联处于平衡状态。因此，溶液中的寡核苷酸以在多个位置处形式的集合存在，所有形式均处于平衡状态。术语“寡核苷酸”旨在包括所有此类形式。所绘制的结构必定描绘单一形式。然而，除非另外指示，否则此类图式同样旨在包括对应形式。本文中，描述化合物的游离酸，之后是术语“或其盐”的结构明确地包括可以完全或部分质子化/去质子化/结合阳离子的所有此类形式。在某些情况下，鉴别出一种或多种特定阳离子。

在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸是于具有钠的水溶液中。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸是于具有钾的水溶液中。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸是于PBS中。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸是于水中。在某些此类实施方案中，用NaOH和/或HCl调节溶液的pH以达到所要pH。

在某些实施方案中，化合物编号1100673的特征在于具有(从5'至3')GCTCATTTATTCTCAAGTAC(SEQ ID NO:423)的序列的5-10-5MOE间隔体，其中核苷1-5和16-20(从5'至3')中的每一者包含2'-MOE糖部分且核苷6-15的每一者为2'-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，化合物编号1100673由以下化学符号(从5'至3')表示：Ges

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

在某些实施方案中，化合物编号1100673由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:423)。

结构1.化合物编号1100673

在某些实施方案中，化合物编号1100673的钠盐由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:423)。

结构2.化合物编号1100673的钠盐

在某些实施方案中，化合物编号1101657的特征在于具有(从5'至3')GCACCATATATATCTCAGAA(SEQ ID NO:1226)的序列的5-10-5MOE间隔体，其中核苷1-5和16-20(从5'至3')中的每一者包含2'-MOE糖部分且核苷6-15的每一者为2'-β-D-脱氧核苷(从5'至3')，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联(从5'至3')且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联(从5'至3')，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，化合物编号1101657由以下化学符号(从5'至3')表示：Ges

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

在某些实施方案中，化合物编号1101657由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:1226)。

结构3.化合物编号1101657

在某些实施方案中，化合物编号1101657的钠盐由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:1226)。

结构4.化合物编号1101657的钠盐

在某些实施方案中，化合物编号1102130的特征在于具有(从5'至3')GTTAATACTTTTTCCAGCCT(SEQ ID NO:1673)的序列的5-10-5MOE间隔体，其中核苷1-5和16-20(从5'至3')中的每一者包含2'-MOE糖部分且核苷6-15的每一者为2'-β-D-脱氧核苷(从5'至3')，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联(从5'至3')且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联(从5'至3')，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，化合物编号1102130由以下化学符号(从5'至3')表示：GesTeo Teo Aeo Aes Tds Ads

A＝腺嘌呤核碱基，

G＝鸟嘌呤核碱基，

T＝胸腺嘧啶核碱基，

e＝2'MOE糖部分，

d＝2'-β-D脱氧核糖基糖部分，

s＝硫代磷酸酯核苷间键联，并且

o＝磷酸二酯核苷间键联。

在某些实施方案中，化合物编号1102130由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:1673)。

结构5.化合物编号1102130

在某些实施方案中，化合物编号1102130的钠盐由以下化学结构表示：

(SEQ ID NO:1673)。

结构6.化合物编号1102130的钠盐

在某些实施方案中，Moore等人,Mol.Ther.Nucleic Acids,2017,7:200-210(Moore,2017)(“ASO-5”)、WO 2018/089805和McLoughlin等人,Ann.Neurol.,2018,84:64-77(McLoughlin,2018)(其各自以引用方式并入本文中)中所述的化合物编号650528用作比较化合物。化合物编号650528为5-8-5MOE间隔体，其具有序列(从5'至3')GCATCTTTTCATACTGGC(SEQ ID NO:2788)，其中每个胞嘧啶为5'-甲基胞嘧啶，每个核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联，并且核苷间键联基序为sooosssssssssooss，其中‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键联且‘o’表示磷酸二酯核苷间键联，并且核苷1-5和14-18的每一者包含2'-MOE糖部分。

在某些实施方案中，Moore,2017(“ASO-2”)、WO 2018/089805和McLoughlin,2018中所述的化合物编号650668用作比较化合物。化合物编号650668为5-8-5MOE间隔体，其具有序列(从5'至3')AGCCATTAATCTATACTG(SEQ ID NO:2792)，其中每个胞嘧啶为5'-甲基胞嘧啶，每个核苷间键联为磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联，并且核苷间键联基序为sooosssssssssooss，其中‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键联且‘o’表示磷酸二酯核苷间键联，并且核苷1-5和14-18的每一者包含2'-MOE糖部分。

选择化合物编号650528和化合物编号650668作为比较化合物，是因为根据Moore,2017所知，这些化合物是有效和可耐受的“顶级ASO候选者”。参见例如第206页，第2栏，第1段。在追踪手稿中，化合物650528被进一步表征为“鉴于此短期安全和功效研究的最佳ASO候选者”。参见McLoughlin,2018。

在某些实施方案中，WO2013/138353(其以引用方式并入)中所述的化合物编号1244463(“SH06”)为比较化合物。化合物编号1244463为3-9-3LNA间隔体，其具有序列(从5'至3')ATAGGTCCCGCTGCT(SEQ ID NO:2793)，并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中，WO2013/138353中所述的化合物编号1244464(“SH10”)为比较化合物。化合物编号1244464为3-10-3LNA间隔体，其具有序列(从5'至3')TGATAGGTCCCGCTGC(SEQ ID NO:2794)，并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中，WO2013/138353中所述的化合物编号1244465(“SH13”)为比较化合物。化合物编号1244465为3-10-3LNA间隔体，其具有序列(从5'至3')CTGATAGGTCCCGCTG(SEQ ID NO:2795)，并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中，WO2013/138353中所述的化合物编号1244466(“SH16”)为比较化合物。化合物编号1244466为3-9-3LNA间隔体，其具有序列(从5'至3')CTGATAGGTCCCGCT(SEQ ID NO:2796)，并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中，WO2013/138353中所述的化合物编号1244467(“SH20”)为比较化合物。化合物编号1244467为2-9-3LNA间隔体，其具有序列(从5'至3')CTGATAGGTCCCGC(SEQ ID NO:2797)，并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。

选择化合物编号1244463、化合物编号1244464、化合物编号1244465、化合物编号1244466和化合物编号1244467作为比较化合物，是因为根据WO2013/138353的实施例2所知，这些化合物被选择用于进一步研究。因此，在进一步研究中测试这些化合物。

在某些实施方案中，本文所述的化合物优于Moore,2017、WO2018/089805和WO2013/138353中所述的化合物，因为其显示出一个或多个改良的性质，诸如效力和耐受性。

例如，如本文所述，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在下文实施例7中分别达到0.10μM、0.69μM和0.47μM的IC

例如，如本文所述，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在体内比比较化合物有功效和有效力。参见例如下文实施例4、6和9。例如，如实施例4和6所提供，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在转基因动物的脊髓中分别达到了13％、23％和27％的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号650528(“ASO-5”)在转基因动物的脊髓中达到了32％的平均表达水平(对照％)。例如，如实施例4和6所提供，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在转基因动物的皮质中分别达到了13％、23％和42％的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号650528(“ASO-5”)在转基因动物的皮质中达到了43％的平均表达水平(对照％)。例如，如实施例4和6所提供，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在转基因动物的小脑中分别达到了60％、62％和68％的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号650528(“ASO-5”)在转基因动物的小脑中达到了75％的平均表达水平(对照％)。例如，如实施例4和6所提供，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在转基因动物的脑干中分别达到了14％、26％和23％的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号650528(“ASO-5”)在转基因动物的脑干中达到了35％的平均表达水平(对照％)。因此，在此测定中，本文所述的某些化合物比比较化合物化合物编号650528(“ASO-5”)有功效。具体而言，在此测定中测试的所有组织中，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130比化合物编号650528(“ASO-5”)有功效。

例如，如本文所述，某些化合物化合物编号1100673、化合物编号1101657和化合物编号1102130在小鼠中分别达到1.00(表9)和0.00(表20)、1.00(表9)和0.00(表20)和0.00(表8和表20)的3小时FOB分数，而每种比较化合物化合物编号1244463、化合物编号1244464、化合物编号1244465、化合物编号1244466和化合物编号1244447在小鼠中达到7.00(表26)的3小时FOB分数。因此，在此测定中，本文所述的某些化合物比比较化合物化合物编号1244463、化合物编号1244464、化合物编号1244465、化合物编号1244466和化合物编号1244447更具耐受性。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基138-175包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基138-175互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联。

SEQ ID No:1060、1061、1062、1063、1064和1065的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基138-175互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基138-175互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少79％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基392-436包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基392-436互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基392-436互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基392-436互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的平均77％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基1120-1146包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基1120-1146互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:313、314、315、316和317的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基1120-1146互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基1120-1146互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少60％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基1823-1882包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基1823-1882互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:413-423的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基1823-1882互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基1823-1882互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少60％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基3042-3098包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基3042-3098互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:43、44、45和635-653的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基3042-3098互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基3042-3098互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少64％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基3749-3801包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基3749-3801互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:719-732的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基3749-3801互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:1的核碱基3749-3801互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少52％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基5997-6021包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基5997-6021互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:920-924的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基5997-6021互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:2的核碱基5997-6021互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少75％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基19437-19476包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基19437-19476互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:1671、1672、1673和1674的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基19437-19476互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:2的核碱基19437-19476互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少83％减少。

在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基34440-34486包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基34440-34486互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:2233、2234、2235、2236和2237的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基34440-34486互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:2的核碱基34440-34486互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少71％减少。

10.

在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基39883-39904包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基39860-39904互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:2510、2511和2512的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基39883-39904互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:2的核碱基39883-39904互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少89％减少。

11.

在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基6597-6618包含热点区。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基6597-6618互补。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸为间隔体。在某些实施方案中，间隔体为MOE。在某些实施方案中，经修饰寡核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联连接。

SEQ ID No:1226、1227和1228的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基6597-6618互补。

在某些实施方案中与SEQ ID NO:2的核碱基6597-6618互补的经修饰寡核苷酸在标准细胞测定中达到体外ATXN3 RNA的至少75％减少。

本文所列举的每个文献和专利公布是以全文引用的方式并入本文。

尽管本文所述的某些化合物、组成物和方法已根据某些实施方案经特定描述，但以下实施例仅用于说明本文所述的化合物且不旨在对其加以限制。本专利申请中所引用的每个参考文献、GenBank登录号和其类似物是以全文引用的方式并入本文中。

尽管随附于本申请的序列表根据需要将每个序列鉴别为“RNA”或“DNA”，但实际上，所述序列可用任何化学修饰组合修饰。所属领域技术人员将易于了解诸如“RNA”或“DNA”的用以描述经修饰寡核苷酸的名称在某些情况下为随意的。例如，包含有包含2'-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的寡核苷酸可描述为具有经修饰糖(2'-OH代替DNA的一个2'-H)的DNA或具有经修饰碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)代替RNA的尿嘧啶)的RNA。据此，本文所提供的核酸序列(包括但不限于序列表中的核酸序列)旨在涵盖含有天然或经修饰RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括但不限于具有经修饰核碱基的此类核酸。进一步举例且不加限制，具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡聚化合物涵盖具有此种核碱基序列(无论经修饰或未修饰)的任何寡聚化合物，包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物，诸如具有序列“AUCGAUCG”者和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基者(诸如“AUCGATCG”)和具有其他经修饰碱基的寡聚化合物，诸如“AT

本文所述的某些化合物(例如，经修饰寡核苷酸)具有一个或多个不对称中心且因此产生对映异构体、非对映异构体和其他立体异构构型，其可定义为(R)或(S)(就绝对立体化学而言)、α或β(诸如就糖变旋异构体而言)或(D)或(L)(诸如就氨基酸而言)等等。画出或描述为具有某些立体异构构型的本文所提供的化合物仅包括所指示化合物。除非另外指定，否则画出或描述为具有未限定立体化学的本文所提供的化合物包括所有此类可能的异构体，包括其立构无规和任选地纯形式。同样，除非另外指示，否则本文化合物的互变异构形式也包括在内。除非另外指示，否则本文所述的化合物旨在包括对应的盐形式。

本文所述的化合物包括以下变化，其中一个或多个原子经所指示元素的非放射同位素或放射同位素置换。例如，包含氢原子的本文化合物涵盖每个

实施例

以下实施例说明本公开的某些实施方案但不具有限制性。此外，在提供特定实施方案的情况下，发明人已考虑到那些特定实施方案的一般应用。例如，具有特定基序的寡核苷酸的公开为具有相同或类似基序的额外寡核苷酸提供合理的支持。并且，除非另外指示，否则例如在特定位置出现特定高亲和力修饰的情况下，在相同位置的其他高亲和力修饰被视为合适的。

实施例1：具有混合核苷间键联的5-10-5MOE间隔体在体外对人ATXN3的作用，单剂量

设计出与人ATXN3核酸互补的经修饰寡核苷酸且测试其在体外对ATXN3 RNA的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰寡核苷酸。

通过自由吸收，用4,000nM浓度经修饰寡核苷酸或就未处理对照而言无经修饰寡核苷酸转染在每孔10,000个细胞的密度下的培养A431细胞。在约24小时之后，自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量ATXN3 RNA水平。人引物探针组RTS38920(正向序列CTATCAGGACAGAGTTCACATCC，在本文中指定为SEQ ID NO:6；反向序列GTTTCTAAAGACATGGTCACAGC，在本文中指定为SEQ ID NO:7；探针序列AAAGGCCAGCCACCAGTTCAGG，在本文中指定为SEQ ID:8)用于测量RNA水平。根据如通过

下表中的经修饰寡核苷酸为5-10-5MOE间隔体。间隔体的长度为20个核碱基，其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在各自包含5个2'-MOE核苷的5'端和3'端侧接侧翼段。间隔体的糖基序为(自5'至3')：eeeeeddddddddddeeeee；其中‘d’表示2'-脱氧核糖且‘e’表示2'-MOE修饰糖。遍及每个间隔体的所有胞嘧啶残基均为5-甲基胞嘧啶。核苷间键联为混合磷酸二酯和硫代磷酸酯键联。间隔体的核苷间键联基序为(自5'至3')：sooosssssssssssooss；其中‘o’表示磷酸二酯核苷间键联且‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键联。“起始位点”指示人核酸序列中与间隔体互补的5'-最近核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与间隔体互补的3'-最近核苷。

下表中所列举的每个经修饰寡核苷酸与人ATXN3核酸序列SEQ ID No:1、SEQ IDNo:2、SEQ ID No:3、SEQ ID No:4或SEQ ID No:5互补，如所指示。‘N/A’指示经修饰寡核苷酸不以100％互补性与那个特定核酸序列互补。如以下所示，与人ATXN3互补的经修饰寡核苷酸减少人ATXN3 RNA的量。

表1

使用具有混合苷间键联的5-10-5MOE间隔体时人ATXN3 RNA的对照百分比

表2