与番茄叶夹角大小紧密连锁的SCAR标记及其应用

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及与番茄叶夹角大小紧密连锁的SCAR标记及其应用。

背景技术

20世纪60年代，Donald(1968)提出了理想株型的概念，即田间竞争最小的株型，能最大限度的提升光能利用率，从而达到增加产量的目的。叶夹角指叶柄与主茎的夹角，是株型的主要构成要素。叶夹角对株型的构成主要影响株幅，通常叶夹角越小，株幅也就越小，可以提高植株的光合利用效率和种植密度，以达到提升单位面积的番茄产量的目的。目前，虽然刘星雨等(2020)已经精确定位了两个位于番茄10号染色体的番茄叶夹角主效QTL(LA1-1和LA1-2)，奠定了我国深入研究番茄叶夹角形成的遗传机理的基础，但我国关于株型育种的研究依然集中在玉米、小麦等大田作物上。有关番茄株型，尤其是叶夹角的研究主要集中于田间管理以及转基因育种领域。传统育种方法针对番茄株型的筛选较为困难，效率低，而结合分子标记技术对番茄株型叶夹角性状进行的早期鉴定方法尚未见报道。

分子标记辅助育种，是指结合分子标记技术筛选并明确个体是否含有目的基因。其特点是利用个体DNA序列进行选择，从而规避环境等因素对植物生长过程的影响，使选育得到的种子更具有遗传稳定性。采用筛选基因性状的方式可以提高育种效率，加快育种的进程。SCAR标记是由RAPD，RFLP，SSR等分子标记转化得到的一种分子标记，由于其无需酶切、简单高效、可重复性好等特点，已经成为分子标记辅助育种的首选标记。开发用于番茄植株叶夹角早期鉴定的SCAR标记具有重要的实际应用价值。

发明内容

本发明要解决的技术问题是为番茄株型的早期筛选提供一种新选择。

本发明的技术方案是与番茄叶夹角大小紧密连锁的SCAR标记，其序列如SEQ IDNo.1和/或SEQ ID No.2所示。

本发明还提供所述SCAR标记的扩增引物对，其序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。

本发明还提供了所述SCAR标记或引物对在番茄育种中的用途。

本发明还提供了所述SCAR标记或引物对在鉴定番茄叶夹角大小中的用途。

本发明有益效果：本发明鉴定得到一个与番茄叶夹角大小紧密连锁的SCAR标记。该标记可以在番茄苗期快速鉴定叶片夹角大小的番茄株型情况，不需要等到番茄生长后期株型稳定，可以大大加快番茄夹角小、株型紧凑种质资源的选育进程。此外，该SCAR标记引物不需要酶切，只需要PCR一步法检测，检测成本低、准确率较高等优点，可较好的用于番茄节间株型分子标记辅助选择育种，通过提取番茄叶片、茎、根等植株中任意可取材的器官或组织的DNA，然后通过PCR的方法准确地对番茄叶片夹角大小进行鉴定，该发明提供的技术准确性可以达到99％。可用于番茄株型分子标记辅助选择育种，也将大大缩短番茄育种进程，对番茄株型改良提供实践依据。

附图说明

图1、番茄品种P

图2、SCAR10标记在夹角大、小间的扩增情况。泳道1-6、8、9、11、12、14表示夹角大的番茄材料，泳道7、10、13、15、16表示夹角小的番茄材料(从左至右)，泳道18为P

具体实施方式

实施例1SCAR10标记的获得

利用田间突变体P

利用番茄田间突变体P

通过BSA关联分析对于父、母本及F

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叶夹角大番茄植株特异条带DNA序列(SEQ ID No.2)为：

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根据上述序列的差异，涉及了扩增引物。上游引物SCAR10-F1(SEQ ID No.3)acctggatggtgttagctgtc，下游引物SCAR10-R1(SEQ ID No.4)tgtcacccaccacattgtgaa。

实施例2分子标记的应用

以表1中的番茄材料(由东北农业大学提供的亲本材料，用于分子标记鉴定的种质资源)进行苗期鉴定。CTAB法(Cetyltrime Thylammonium Ammonium Bromide)提取番茄叶片基因组DNA。

PCR扩增的反应体系为20μL体系：上游引物SCAR10-F1、下游引物SCAR10-R1各1μL，2μL模板DNA，8μL ddH

PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s；55℃退火30s；72℃延伸30s；循环35次；72℃延伸10min；结束反应，扩增产物置于冰箱4℃保存。用0.1～0.2％的琼脂糖电泳进行检测标记带型。

部分检测结果见图2。如图2所示：叶夹角小番茄材料能扩增出一条546bp的特异条带，而叶夹角大的番茄材料扩增出439bp特异条带。待材料进一步培养后观察，分子鉴定和田间表型鉴定吻合率为99％。可见，标记SCAR10可以在苗期准确鉴定番茄叶夹角大小，可用于番茄株型分子标记辅助选择育种，也将大大缩短番茄育种进程，具有一定的生产实践意义。

表1分子标记鉴定和田间表型统计情况

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