一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用
文献发布时间：2023-06-19 12:13:22
技术领域
本发明属于基因检测技术领域，尤其涉及一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用。
背景技术
受体酪氨酸激酶（RTKs）是人体中非常重要的一类蛋白激酶家族，是最大的一类酶联受体，能够同配体结合，并将靶蛋白的酪氨酸残基磷酸化。目前已知58种受体酪氨酸激酶，根据细胞内外区域结构的不同可以被划分为20个亚家族。由RTK介导的细胞信号通路对于机体发育及维持胞内稳态具有重要作用。RTK的异常激活会导致多种病理性改变，尤其是癌症，因此促进了相关的RTK信号传导抑制药物的研发，并在多种癌症中成功应用。
FGFR家族是受体酪氨酸激酶中的一个亚家族，全称为成纤维细胞生长因子受体（Fibroblast Growth Factor Receptor），主要有FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4四个成员。通过与相应的配体结合，FGFR激活下游RAS-RAF-MEK通路、PI3K-AKT通路等。当FGFR基因发生激活突变、基因扩增、重排、激酶结构域重复等变异时，就会导致FGFR激酶活性异常持续激活，进一步导致下游细胞生存和增殖信号通路失调，与肿瘤发生、肿瘤进展和肿瘤治疗耐药密切相关。
市面上已有一些可以检测FGFR基因突变的相关产品。CN103031368A公开了一种FGFR1基因突变检测特异性引物和液相芯片，通过设计5’端带有tag序列的ASPE引物、anti-tag序列包被、具有不同颜色编码的微球以及可以扩增出目标片段的特异性引物，可以对FGFR1基因的突变情况进行检测，用时较短，特异性好，可以避免交叉反应并进行定量分析。但是该产品仅能对FGFR1基因进行检测，无法检测FGFR家族其他基因的突变情况。
目前，可通过PCR法或高通量测序法对基因突变进行检测，但PCR法无法同时对FGFR基因的全部编码区进行变异筛查，且无法实现在同一个反应体系中同时检测基因点突变、小片段插入缺失、拷贝数扩增及融合等多种变异形式，存在检测通量的局限性，不能满足实际应用需求。杂交捕获高通量测序法通过富集目的基因相关的文库片段，结合大规模测序分析，不受通量限制，且由于探针杂交捕获的容错性，可以同时富集变异和野生型的片段，能够同时检测多种变异形式，实现变异筛查，但拷贝数扩增和融合的检测对于探针的设计及杂交捕获体系的优化提出了很高的要求，对不同的变异形式检出的准确度也有较大差异，直接影响了临床对FGFR抑制剂药物的精准使用。
同时对FGFR基因的各种变异形式进行筛查检测，并对该变异位点进行敏感或耐药性分级解读，有助于指导临床FGFR抑制剂药物的精准使用。因此，如何提供一种可以对FGFR家族基因同时进行检测的产品及方法，可以有效克服上述不足，已成为亟待解决的问题。
发明内容
针对现有技术的不足和实际需求，本发明提供一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用，可以同时对FGFR家族基因的点突变、小片段插入、缺失、拷贝数扩增及融合进行高准确性、高灵敏性的筛查，并对变异位点进行FGFR抑制剂敏感性及耐药性评估，从而指导临床FGFR抑制剂药物的精准使用。
为达此目的，本发明采用如下技术方案：
第一方面，本发明提供了一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括以下3类靶标区域对应的探针组合：
类型1：检测FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4的外显子和UTR区变异的探针组合；
类型2：检测FGFR1的第1、3和8号内含子、FGFR2的第2和17号内含子和FGFR3的第7和17号内含子变异的探针组合；
类型3：检测FGFR家族基因融合基因断点两侧序列变异的探针组合；
其中，类型1和类型2中所述的变异的类型包括点突变、小片段插入、缺失、融合或拷贝数扩增中的任意一种或至少两种的组合；类型3中所述的变异的类型包括融合。
本发明中，所述探针库中包括针对FGFR家族的基因FGFR1~FGFR4的外显子、UTR区、内含子以及融合基因断点两侧序列的探针序列，可以对FGFR家族中的多个基因的多种突变类型进行同时检测，检测效率高，突变类型覆盖全面，用时较短；所述探针库中的探针序列特异性良好，检测结果准确。
本发明中，检测并分析点突变、小片段插入和缺失使用的探针序列及方法相同，通过测序序列与基因组参考序列的比对，很容易判断该位点是否发生了点突变、小片段插入或缺失。
优选地，所述融合基因断点两侧序列包括AFF3、BAG4、BAIAP2L1、BICC1、CASP7、CCDC6、ERLIN2、KIAA1967、OFD1、PPHLN1、SLC45A3、TACC1或TACC3的两侧序列中的任意一种或至少两种的组合。
本发明中，上述融合基因断点位置如表1所示。
表1
优选地，所述融合基因断点两侧序列的长度为150~200 bp，或201~250 bp，例如可以是150 bp、160 bp、170 bp、180 bp、190 bp或200 bp，或201 bp、220 bp、230 bp、240 bp或250 bp。
本发明中，所述探针库中包括针对上述融合基因断点两侧序列的检测融合产物序列、与结合处序列完全互补的探针对，包括：
检测FGFR3-BAIAP2L1的探针对SEQ ID NO.1~2；
检测FGFR2-PPHLN1的探针对SEQ ID NO.3~4；
检测FGFR2-CCDC6的探针对SEQ ID NO.5~6；
检测FGFR2-BICC1的探针对SEQ ID NO.7~8；
检测FGFR2-CASP7的探针对SEQ ID NO.9~10；
检测FGFR2-OFD1的探针对SEQ ID NO.11~12；
检测FGFR3-TACC3的探针对SEQ ID NO.13~32；
检测FGFR2-AFF3的探针对SEQ ID NO.33~34；
检测FGFR2-KIAA1967的探针对SEQ ID NO.35~36；
检测FGFR1-TACC1的探针对SEQ ID NO.37~38；
检测SLC45A3-FGFR2的探针对SEQ ID NO.39~40；
检测BAG4-FGFR1的探针对SEQ ID NO.41~42；
检测ERLIN2-FGFR1的探针对SEQ ID NO.43~44。
SEQ ID NO.1：
tgatcatgcgggagtgctggcatgccgcgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacaatgttatggaacagttca；
SEQ ID NO.2：
taccgtgacgtccaccgacaatgttatggaacagttcaatcctgggctgcgaaatttaataaacctggggaaaaattatgagaaagctgtaaacggtaagtctgtttttctgaattgatt；
SEQ ID NO.3：
aacaccagcttctgttaccacagtactatcctatgtgatcctgttggtaatgctatatgccttgcagcctctttctaggtgtatataaacatacactgtttgtctacttaatttagtaat；
SEQ ID NO.4：
atataaacatacactgtttgtctacttaatttagtaattcagttatatacatattccatataacattgtttaaaatgtattaatgttgaaatattttttctttccattcttatttcatga；
SEQ ID NO.5：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgaggagaagaattcattagtaac；
SEQ ID NO.6：
actctcacaaccaatgaggagaagaattcattagtaacactttattcaagaaaattcaggctttgcagaaggagaaagaaacccttgctgtaaattatgagaaagaagaagaattcctca；
SEQ ID NO.7：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgaggatcatggaggaaacaaata；
SEQ ID NO.8：
actctcacaaccaatgaggatcatggaggaaacaaatacgcagattgcttggccatcaaaactgaagatcggagccaaatccaagaaaggtaaattgtgagagggcaagaaataggtggt；
SEQ ID NO.9：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgagggatggcagatgatcagggc；
SEQ ID NO.10：
actctcacaaccaatgagggatggcagatgatcagggctgtattgaagagcagggggttgaggattcagcaaatgaagattcagtggatgctaagccagaccggtcctcgtttgtaccgt；
SEQ ID NO.11：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgaggacacaacttcgaaaccagc；
SEQ ID NO.12：
actctcacaaccaatgaggacacaacttcgaaaccagctaattcatgagttgatgcaccctgtattgagtggagaactgcagcctcggtccatttcagtagaagggagctccctcttaat；
SEQ ID NO.13：
tgatcatgcgggagtgctggcatgccgcgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacgtgccaggcccacccccag；
SEQ ID NO.14：
taccgtgacgtccaccgacgtgccaggcccacccccaggtgttcccgcgcctgggggcccacccctgtccaccggacctatagtggacctgctccagtacagccagaaggacctggatgc；
SEQ ID NO.15：
aggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacgtgagtgctggctctggcctggtgccacccgcctatgctaccgtcgccagatggtcc；
SEQ ID NO.16：
tggtgccacccgcctatgctaccgtcgccagatggtccccagggaggtgcagacagggtggttccggaggccggctggcagggctgggttcaagccccaacatccacaccagtgttgttc；
SEQ ID NO.17：
ttcgagcagtactccccgggtggccaggacacccccagctccagctcctcaggggacgactccgtgtttgcccacgacctgctgcccccggccccacccagcagggtgtccgagagcagc；
SEQ ID NO.18：
tgcccccggccccacccagcagggtgtccgagagcagccacggcaggtcttgcccccggagcgtcccttggtgcccacgtccccccagctgcacacaggcccaggcattgtggcgggctg；
SEQ ID NO.19：
tgcccctccccctgccgtccccggccatcctgccccccagagtgctgaggtgtggggcgggccttctggggcacagcctgggcacagaggtggctgtgcgaaggtcgctgagggtccagg；
SEQ ID NO.20：
cacagaggtggctgtgcgaaggtcgctgagggtccaggcttccacccagtgtccccgcagtcagctgcccaccagcagcctccccgggactctccggcctgggcatggcgttggcctctg；
SEQ ID NO.21：
aggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacgtgagtgctggctctggcctggtgccacccgcctatgcccctccccctgccgtccccggccatccctcaggacgtccgcggg；
SEQ ID NO.22：
ccctgccgtccccggccatccctcaggacgtccgcgggaagccaagcttgtggagttcgatttcttgggagcactggacattcctgtaagtccttgagtccctcttgaactgtcttgtgt；
SEQ ID NO.23：
agtgctggctctggcctggtgccacccgcctatgcccctccccctgccgtccccggccatcctgccccccagagtgctgaggtgtggggcgggccttctggcccaggtgccctggctgac；
SEQ ID NO.24：
tgtggggcgggccttctggcccaggtgccctggctgacctggactgctcaagctcttcccagagcccaggaagttctgagaaccaaatggtgtctccaggaaaagtgtctggcagccctg；
SEQ ID NO.25：
cgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacgtgagtgctggctctggcctggtgccagagagctgtaggcacacaa；
SEQ ID NO.26：
tggctctggcctggtgccagagagctgtaggcacacaaaggggctgggtgtctgcaggcaccactgtgagctaccgtcgccagatggtccccagggaggtgcagacagggtggttccgga；
SEQ ID NO.27：
tgatcatgcgggagtgctggcatgccgcgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgactttaaggagtcggccttga；
SEQ ID NO.28：
taccgtgacgtccaccgactttaaggagtcggccttgaggaagcagtccttatacctcaagttcgaccccctcctgagggacagtcctggtagaccagtgcccgtggccaccgagaccag；
SEQ ID NO.29：
tgatcatgcgggagtgctggcatgccgcgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacggtaaaggcgacacaggag；
SEQ ID NO.30：
taccgtgacgtccaccgacggtaaaggcgacacaggaggagaaccgggagctgaggagcaggtgtgaggagctccacgggaagaacctggaactggggtaaggaggccccgtctcctgtc；
SEQ ID NO.31：
tgatcatgcgggagtgctggcatgccgcgccctcccagaggcccaccttcaagcagctggtggaggacctggaccgtgtccttaccgtgacgtccaccgacggtgccaggcccaccccca；
SEQ ID NO.32：
taccgtgacgtccaccgacggtgccaggcccacccccaggtgttcccgcgcctgggggcccacccctgtccaccggacctatagtggacctgctccagtacagccagaaggacctggatg；
SEQ ID NO.33：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgaggcaacagctgtgttgaagaa；
SEQ ID NO.34：
actctcacaaccaatgaggcaacagctgtgttgaagaaataatccgggtaagattattctttaaacagtcttatcaatctgtgggacatagactctaaatagaaaggaaacctgcggctc；
SEQ ID NO.35：
gatgatgagggactgttggcatgcagtgccctcccagagaccaacgttcaagcagttggtagaagacttggatcgaattctcactctcacaaccaatgaggtgttccttgcctgattaac；
SEQ ID NO.36：
actctcacaaccaatgaggtgttccttgcctgattaacagctcaatatttctagagcttatattcctaacaaatctcactctgtggcatattgcttggctttctgtgtttcatgaccaat；
SEQ ID NO.37：
gtacaacctcaaggctgcggcgtctcttcacctgccccctagcccccaaaccgctgctatgtctagggcctgacattccggcgccctctgggacgtgctcagggctgctggagtcctctg；
SEQ ID NO.38：
gccctctgggacgtgctcagggctgctggagtcctctgcagagaaggcccctgtgtcggtgtcctgtggaggtgagagccccctggatgggatctgcctcagcgaatcagacaagacagc；
SEQ ID NO.39：
gatttaaaagccgccggctggcgcgcgtggggggcaaggaagggggggcggaaccagcctgcacgcgctggctccgggtgacagccgcgcgcctcggccagtgactgcagcagcagcggc；
SEQ ID NO.40：
agccgcgcgcctcggccagtgactgcagcagcagcggcagcgcctcggttcctgagcccaccgcaggctgaaggcattgcgcgtagtccatgcccgtagaggaagtgtgcagatgggatt；
SEQ ID NO.41：
caccatatcctagctacaattctaactattggaattctactgcgagatctagggctccttacccaagtacatatcctgtaagaccagaattgcaaggccaggtccgttatgccacctgga；
SEQ ID NO.42：
accagaattgcaaggccaggtccgttatgccacctggagcatcataatggactctgtggtgccctctgacaagggcaactacacctgcattgtggagaatgagtacggcagcatcaacca；
SEQ ID NO.43：
accctcactttcccatcagctgctgttttaatctctctccaggctgtgcgggtaacaaagcccaacataccagaggcaatccgcagaaactacgagttgatggtcagtttgaaaaggagg；
SEQ ID NO.44：
gcagaaactacgagttgatggtcagtttgaaaaggaggatcgagctcactgtggagtatccatggagatgtggagccttgtcaccaacctctaactgcagaactgggatgtggagctgga。
本发明中，所述探针库中还包括检测FGFR家族基因外显子、UTR区和内含子突变的探针组合，包括SEQ ID No.45~107所示的核苷酸序列。
SEQ ID NO.45：
tctcttaaaaaagagagagaaggggttaggcattcccttgcatactcgcatctgctggctgtgtatgcacatgtgcgtgtgtgtatgcgtgtgcatgtgtgtgtctgcagcccccgccat；
SEQ ID NO.46：
aaaaaaaaaaaaaaactaaaagggaaaggtaataaatctcacttaacatctcccttcgctccctgggcctgcctgaaagttacacgggagcaacgtgcgtggccacatctcagctttgcc；
SEQ ID NO.47：
catctcagctttgcccaactgactggtgtgtcgttggtttgttccagcattcggggattaatagctcggatgcggaggtgctgaccctgttcaatgtgacagaggcccagagcggggagt；
SEQ ID NO.48：
cccagagcggggagtatgtgtgtaaggtttccaattatattggtgaagctaaccagtctgcgtggctcactgtcaccagacctgtggcaaaaggtaatggggagatggatgggaccctgt；
SEQ ID NO.49：
tggatgggaccctgtgctggggatttgatgtaggccccaagctgctggggcaggcggggaagccagtactggactgtccttgccaccctactgtatttctagtgcccagagccatggaaa；
SEQ ID NO.50：
ccagagccatggaaaaatacccggcctgggaggctggtttggtttggtattgtgttggtgtctgtgggttccctctctgccttctgtgtgttccttggctttgtgtggatccatgtgagg；
SEQ ID NO.51：
cacttgaggaagaccgtgtttcaaataagggggagtgaaagagaaaagggagagtagaaaggaaggcagtgaagagccagagtgactgcacgtgtggtatttattgagcaagcatttct；
SEQ ID NO.52：
cataagccactgcacccagcccctggacgttttggatggtggactttgagtagtttggggtaggaggactctggagtggcgctgacagtcctcaggaaggagtaagctttgccatgccag；
SEQ ID NO.53：
ggaaggagtaagctttgccatgccagggaggatgcagccgtgctgaaagcatcccaactggggaggggggggggcgcggtggggagggacagcccctggtagagagaatggggctgggtg；
SEQ ID NO.54：
cctggtagagagaatggggctgggtggagagagtggaagccaattgcagggagtcttgaaggtgaggcagggatgtggattttactctgtacacagggtagattttgatcaggaaaataa；
SEQ ID NO.55：
agggtagattttgatcaggaaaataatgtcaagcacatgacagcttggaagcaggagtctgagctgcagccccagggaggccatttaaaagattatcccggctgggcgccatggctcatg；
SEQ ID NO.56：
gaagggcttcctcacctggggaagtcaagacactgtgaagattgaggctgccttgcacagcggtaaagctggactctggatgtatgatgtatgtggattctggagaaccaggcta；
SEQ ID NO.57：
tcaaagaaaaaaaaaaaaaaacccgaaccatgtttttaatttcttaaaactgagagtactaaatgctcaacgttcatgttgtgtgcataaaagtgagactgaaggatgaatgtgtggggt；
SEQ ID NO.58：
aaagtgagactgaaggatgaatgtgtggggtatggatagatgggatgtgaatgaagcagtctctgggtccaagctctcctggaaattcgtggaacagaccagtggtcccagatttttaga；
SEQ ID NO.59：
tgggcaaagccagtgagtgagtacaacactgcttgcaaggccactgctggtagttggggtgggggtcctgcccccttttcagcagtactgtgggttaaacaccccagtgctcagaaaacc；
SEQ ID NO.60：
acctgcagctcagaagtgatttaatgggctgagttttacagctcctcccacccacccagatttgaaggagtctggtggcttgttagaggggggagaggttgcacttaatggaaaaaccac；
SEQ ID NO.61：
cacacatttccattctggcctcaagccccctggatgccctgtgtgcaccacaaagcggggctttgtctctgtgttttgcagaaacctgcacctatgggggagaggctgtgcgtggtgcca；
SEQ ID NO.62：
gcccacagggagtttatggtcaggagggatgggcaagtacagggataagtaacacaagacagactgtgtttaaaccacccagtgaagttacaaccagaggtggtgggaatgcagaggaag；
SEQ ID NO.63：
aggggagcagagagcacctgagatgggcttgagttcagaaggggaaaaatgaagggccctccaggttgaacagcatgagtgttcagagacagcatgtatatggtttatggagaacggttt；
SEQ ID NO.64：
ccctggtgagtaggtagctctgggaaacaacacttggaaaaattggattgagttagcatatggaaggcttaatgccctgctaagaaaactatacttagggccgggcacggtggctcacg；
SEQ ID NO.65：
tgtgcagtggccactgtgtgggccacaggtctagaatataagacatgaagatggagagtgagaaatgcctttggaaaggttggaagttcctgtccttctgctgccaattaccaaatctcc；
SEQ ID NO.66：
caattaccaaatctcctgagagtgctattaaggagtgactcaaagcactacacaaagagaattataaatatcttaatattatatctgaaatccaaatgcataattctttacatttggttg；
SEQ ID NO.67：
tgtgagccattgtgcctgaccacttattgctaattttttatatgtctcttacttccaaggacatttagacactttttttttttaaagagactcaaaaaattagcatttccattggaccaa；
SEQ ID NO.68：
actaaaatttagcaagctgagctgagtaactttctccatatgtttattaagtacttgccccctgccctctcaacatgtgagtagagaatggtcactttggggaagaaataagtcttattc；
SEQ ID NO.69：
gaggcttgtttaaaagcgaagtagcagggccccgtgggacgcgccttggtctgggtaatcacccccacgcccgggtcatccaccttcctctcggtgaccgaggttcagcagcctctgcta；
SEQ ID NO.70：
ttgccggccgtctttgccgatggcctgcctccctaatgacttgtttacatatcctacccccagtgggttaggagaagctccggggctgccccgaccctccgagtgcagggtgtttgggga；
SEQ ID NO.71：
ccgggaggctgctggggcctgactccagctgggagggttatgaactgcatcagtgacgagctgcttgaaatatctgttgcatttactcttagtcatagctgagtgtcagctttttaatga；
SEQ ID NO.72：
ggttcatccagattgagagccacttggactgcgtacttcactgcctgcttttccaaacatgcctgcagaaatgctcattttcgaggtatttttcccaatgggaattcaggccagagtggg；
SEQ ID NO.73：
caccacttgaacaatcttagggtgcttcttttccttggcctctggccatggagggtgttagacagttccattaggtggccctttgatagcaagggaagcaaaggctcaggaagaaatgga；
SEQ ID NO.74：
gaagcgtcccccactccctaggggcagaggattagatacatcggtgcatccctcaggctgggctagctttattcctggtggactccagagggcaagaaaattgaattgaacactgggtag；
SEQ ID NO.75：
gcagattcaagccttagagaccaaggaaaatccatgggttttgcttttagtggtgtgctctttgttttcagtattgacctgaaacaagactcctaaaatgagagatttgctggtatgaac；
SEQ ID NO.76：
ttgggggtttagcagccggcttctacaaaggcttttttcttgccttcgtttctaaagtgtctttcgtcaaaatggctgttagttatagaacatcctagcaaagtttgagcctgttgctgc；
SEQ ID NO.77：
tggaggaaaaggagttagaattgattcaaatgtcttattctgaaagggcctcacatcacttgatagtttaatttcctcctgggaaatttgtgtcttacatttgtcttccccagagctttg；
SEQ ID NO.78：
taaaaggcctgaacgcaccagggactagtgggagcccagatgcagagctttagagaagattctggtgtttccagagaggatgaaatgtcagacttgggctaggatatttgtttttcctcc；
SEQ ID NO.79：
taaggttgcatctactttaaacagaaattctctcctcgccaccatttatctctcccctgcaatgaaagaaaccatgtttagggccctctcccccatttaatagccctcacatggatgaac；
SEQ ID NO.80：
tatcccaagaatttggtggggttccactcatagtacatcctgtcttcaagagcaaggttttctagattatgtgcagcagttcgtgtttcacttgttgcttttttttttttttttttttt；
SEQ ID NO.81：
aaaaataaaaataaaaaagaaagaaaccgggaaaagcactaaagttctattttaatgatctcatgtctatgctcaaagtgatttatttatatatttacatgtagagtgggtccgttgata；
SEQ ID NO.82：
aaacggttccatttaggacaaaatttcgtttttatcattgtaagcaaaaagttctcttttgatgtggtgggcgtgtttgtttccagttgtgtggttaatgctgatgttgttggaactgat；
SEQ ID NO.83：
tgatacattccccttctgggatgctgggatggggactctttctcttgccaaccctggtgatgaattagagggttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctttaaaaatgt；
SEQ ID NO.84：
gcttctggatgtgtgagcagaactgccccactgtgccagcccagtggaggcagagagacccacaagttcccaatttagaaagcttttcatagcttcagaacaggggtcggcaactgcttt；
SEQ ID NO.85：
ttaatgaggatgcacaatagtgttcttttacacaggaaactaactccaaaccatgcaattgtctcaacaagaaaaaagttaaagtcccccaagtattttagaaggaaaataatacactta；
SEQ ID NO.86：
aaaggaagagattgcacttaaatgaatacagctgaccttcagaagttgaaaggaaaggaacggttcaagggggggaagaaaccaactttcttcttctgccaaaattgttgtttctagtat；
SEQ ID NO.87：
agtaaagtctgagaaacattgcattgatccctactccagtccctctccgtacaccttttgggtggagtgggctggggacgcagactgtctttggctgtgcatgtcctagaggctgaacag；
SEQ ID NO.88：
gaacagtgcccatgtggacaggtaagccagagtgtcagagagagggatgtggggcttggagcaaccaagcctcaatgcgccatgatgttctttgggttttattctctctgactttggagt；
SEQ ID NO.89：
ggtctgtgcctttttaaaagagtagagatcatgtgcttttcagaagattcctctgggggtctgcggtggctacaagaggcgcaccatgggtgatgggttaggcgcattgcagaggtcttg；
SEQ ID NO.90：
ctgctaggttgacccttgtccagtgaggtgattttccagggcctagcctctctgctgtcccttgctggcttcacctgttgatgttgatggaggtggagcagaggccgttgagtgaatgcg；
SEQ ID NO.91：
gtgcagctgggctcagaggcccctcttctcccctcctgtgaggtgcttgcccttgaaggtgtggcgagtgaggaggccggtcaagggcatcccggcggcctccaggccgtatttgagtgg；
SEQ ID NO.92：
gtgtgggcaggatgggattctgcctcctcccaggtgcctcgcctgggggatgccctgtcccagaaagcctacattcgtgggagccggcgcacagcccttctgagatctaaagcttccctc；
SEQ ID NO.93：
ctgaatgctgctttggaggattgtgagaggtagtgactcttcaaagtttgtttgttttcttgaagcttttacctctatgcaaatatgcggtttggagcagggaagaaaggttaactgtga；
SEQ ID NO.94：
tgtggctccgacctgccttccttgggtcctgcggtgcaaaaccagctgggaccgtgtcccgcccacccgaaggcagtgtggggaacctttcctccaggtcattcccattcagctgattgc；
SEQ ID NO.95：
ctgccggctccccaggccacaactctgtgccttcaggcgtctgcacgggtttcgagatgctggccaggcctgaacttggtgagcctcaagcagaccgttcaaacccattcaaatgaggaa；
SEQ ID NO.96：
cctgctgagagaagaaaggccgagccctttaaatcaacttgccaaacagtacccccagaaggtcctgagttgagaaagcaggaggcagccttgccctcctggaataactcttaaccttcc；
SEQ ID NO.97：
ccttttcttttgtagccttggccactttaaaagtatttctttattcagaaagtgcgcagtgtgggagggcctgctctatgggcttgggggaaaatgtcaaacgggatctggacatctatc；
SEQ ID NO.98：
gtaacagtaagtgtggcaaggtgactgtccctgaaaacctgcttctggaatgagtcaggctttagggtatgctctctggaatgcaggccagccgccccaactcgcagtaacgcaggccct；
SEQ ID NO.99：
ttagctctgtggactgcgtgaggcacagctgtggggactcttgcccatggtttggtgtttgcagggttattctcggcatgctgtggggctagggtaagttatccggctcctgagccctgc；
SEQ ID NO.100：
cctctttgtaaattaaacaggcatcatacatgggtgttgataatgatgaatctcacaaaatcttcagatgtttagtctctgggaacattccaggaatcctcatttaggtaacttatatgt；
SEQ ID NO.101：
tgatgagacctatttgttcacttgaaagaaaacctgttttgaagtcagaggaatgcgaatagaggctctcacatggttggaaaaagcaatctgcaggccagttacgccccgtaaacagga；
SEQ ID NO.102：
aaaaaaatcaaaataaataaacaaaaataaaaaatgaagggctaggtccagtcaaaggtgaagattctgtgaaggaaaagcatgggccggaggcatgtgccccatgtttaggagttccca；
SEQ ID NO.103：
cccgtgcgatgacaactttcagagcttggcagaggcaagatggtataaacatgatttttagattgcagggtaattgctgtggtttctttgagttttttcatccatttgctccccaaataa；
SEQ ID NO.104：
ggacctcatcattagtgagtgtgggcccaggtctttgggtgaatgtgttggtgtaagaaaaatttcccttcttcctgagcaggaggattttttttttttgctggagaatgtggtgacccc；
SEQ ID NO.105：
ccagacaataaaaatgtttaatgattatactttgtgattcttctagaatggcttctggtggcatgtgacttattggaaagaggctaaccctgactgctgccaaggagaccaatgggagac；
SEQ ID NO.106：
ttccttgtcccagatgcctctgctggtttgtcctagtgcctgctaaccctcagctgttgccacttggatattatgtcaagcttttcttcccagaatttctgatttacgactgggtatgaa；
SEQ ID NO.107：
agtcaaggcctacctgcatagacagacccctgtacttgggactcccacgaactgtggtcatggaaacaagcaccaaggactacctgacccttctaatgtcacttttctgcagagattagg。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库中探针的长度为110~130 bp，例如可以是110 bp、111 bp、112 bp、113 bp、114 bp、115 bp、116 bp、117 bp、118 bp、119 bp、120 bp、121 bp、122 bp、123 bp、124 bp、125 bp、126 bp、127 bp、128 bp、129 bp或130 bp，优选为120 bp。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括与SEQ IDNo.1~107所示的核苷酸序列具有80%以上的同源性的核苷酸序列，同源性例如可以是80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括与SEQ IDNo.1~107所示的核苷酸序列具有90%以上的同源性的核苷酸序列，同源性例如可以是90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括与SEQ IDNo.1~107所示的核苷酸序列具有95%以上的同源性的核苷酸序列，同源性例如可以是95%、96%、97%、98%、99%或100%。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括SEQ IDNo.1~107所示的核苷酸序列。
第二方面，本发明提供了一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒包括第一方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库。
本发明中，所述试剂盒使用方便，操作简单，可以对待测样本中FGFR家族中的多个基因及多种突变类型同时进行检测，用时较短，检测效率高，结果准确，应用价值高。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒还包括基因组预文库构建试剂、接头、杂交捕获试剂、杂交产物扩增试剂或链霉素亲和磁珠中的任意一种或至少两种的组合。
优选地，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒还包括基因组预文库构建试剂、接头、杂交捕获试剂、杂交产物扩增试剂和链霉素亲和磁珠。
第三方面，本发明提供了一种第二方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒以非疾病诊断和/或治疗为目的的使用方法，所述使用方法包括：
制备基因组预文库，加入探针库进行杂交捕获，扩增测序后进行分析，得到检测结果。
本发明中，所述试剂盒的使用方法简单快捷，技术成熟，相关技术人员容易掌握，促进了产品的推广与使用。
优选地，所述制备基因组预文库前还包括提取样本中的DNA的步骤。
优选地，所述制备基因组预文库包括：
对所得样本DNA进行酶切及末端修复，连接接头后，纯化，富集，质控检测后，得到所述基因组预文库。
优选地，所述纯化包括磁珠纯化。
优选地，所述富集的方式包括PCR扩增。
优选地，所述质控检测包括Qubit定量和2100质控。
优选地，所述扩增测序包括：
对杂交捕获产物进行扩增，纯化，质控检测后，上机测序。
优选地，所述分析包括质控评价和变异注释。
本发明中，根据检测到的FGFR家族基因的突变情况对其进行FGFR抑制剂敏感性分级，包括：
（1）敏感位点：包括FDA批准FGFR抑制剂在临床试验中入组的患者携带的FGFR基因变异，或其他具有临床试验证据支持FGFR抑制剂敏感性的位点，如FGFR3 S249C位点；
（2）可能敏感位点：包括PDX模型或细胞学证据对FGFR抑制剂敏感的位点，如FGFR2-CCDC6融合，以及其他蛋白功能注释为有害突变的位点，所述功能注释依据SIFT及POLYPHEN软件的共同注释结果；
（3）可能不敏感位点：包括蛋白功能注释为非有害突变的位点；
（4）耐药位点：包括实际临床实践中发现的继发性的、导致FGFR药效减弱或消失的位点，如FGFR2 N549K位点。
本发明中，根据样本的敏感性分级检测结果，可以给出临床治疗的建议：检测结果为敏感位点和可能敏感位点，其对FGFR抑制剂敏感，可以使用FGFR抑制剂进行治疗；检测结果为可能不敏感位点和耐药位点，其对FGFR抑制剂不敏感，不建议使用FGFR抑制剂进行治疗。
作为优选技术方案，本发明所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒以非疾病诊断和/或治疗为目的的使用方法，包括以下步骤：
（1）提取样本中的DNA；
（2）制备基因组预文库：对所得样本DNA进行酶切及末端修复，连接接头后，磁珠纯化，PCR扩增富集，Qubit定量和2100质控检测后，得到所述基因组预文库；
（3）加入探针库进行杂交捕获；
（4）扩增测序：对杂交捕获产物进行扩增，纯化，质控检测后，上机测序；
（5）分析：对测序序列进行质控评价，变异注释后，得到检测结果。
第四方面，本发明提供了一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的装置，所述装置包括：
（1）样本DNA提取模块：提取样本中的DNA；
（2）基因组预文库制备模块：对所得样本DNA进行酶切及末端修复，连接接头后，磁珠纯化，PCR扩增富集，Qubit定量和2100质控检测后，得到所述基因组预文库；
（3）杂交捕获模块：加入探针库进行杂交捕获；
（4）扩增测序模块：对杂交捕获产物进行扩增，纯化，质控检测后，上机测序；
（5）分析模块：对测序序列进行质控评价，变异注释后，得到检测结果。
第五方面，本发明提供了第一方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库、第二方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒、第三方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒以非疾病诊断和/或治疗为目的的使用方法或第四方面所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的装置中的任意一种或至少两种的组合在制备检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异产品中的应用。
本发明中，所述探针库可以检测的突变类型较多，覆盖的基因种类全面；所述试剂盒使用方便，检测效率高，耗时较短，结果准确，应用前景广阔。
相比于现有技术，本发明具有如下有益效果：
（1）本发明所述探针库可一次性对FGFR家族内多个基因的多种突变情况进行一次性全方面特异性地筛查，对于现有技术中较难检测到的拷贝数扩增及基因融合也可以进行准确有效的检测；同时，除对探针覆盖区域已知突变进行检测外，还可以发现新的未知突变，并对其进行功能及敏感性预测，给临床治疗提供依据；
（2）本发明所述试剂盒检测灵敏度高，对点突变和短片段插入缺失可实现0.5%以上突变频率变异的准确检出；对融合检测可实现2%以上频率融合的准确检出，并且精确识别融合基因的断点位置（精确到1 bp）；对拷贝数变异可实现3拷贝以上的扩增检测；检测反应通量高，能够同时对多例临床样本进行检查，从而压缩时间成本，应用前景更佳广阔。
附图说明
图1为本发明实施例3中检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的流程图；
图2为本发明实施例4中样本1的扩增区域的读序图；
图3为本发明实施例4中样本2的突变区域的读序图；
图4为本发明实施例4中样本3的突变区域的读序图。
具体实施方式
为进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果，以下结合实施例和附图对本发明作进一步地说明。可以理解的是，此处所描述的具体实施方式仅仅用于解释本发明，而非对本发明的限定。
实施例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件，或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可通过正规渠道商购获得的常规产品。
材料：
基因组预文库构建试剂购自QIAGEN的FX DNA Library Kit（货号180475）；
接头购自IDT的8nt UDI Adapters（货号：2003200）；
杂交捕获试剂购自IDT的xGen® Hybridization and Wash Kit（货号：1080584）和xGen® Universal Blockers-TS Mix（货号：1075475）；
杂交产物扩增试剂购自KAPA的KAPA Library Amplification Kits forIllumina platforms（货号：KK2621）；
提取试剂盒购自Qiagen的QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号：56404）；
标准品HD729购自Horizon discovery；
标准品CBP10422、CBP40037及细胞系CBP20188R购自南京科佰生物科技有限公司；
细胞系SW780购自ATCC（货号：CRL-2169）；
已知突变类型的临床样本及临床FFPE样本均来自临床合作单位。
实施例1
本实施例提供一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库包括：
检测FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4的外显子和UTR区的探针组合；
检测FGFR1的第1、3和8号内含子、FGFR2的第2和17号内含子和FGFR3的第7和17号内含子的探针组合；
以及检测FGFR家族基因融合基因断点两侧序列的探针组合；
所述变异的类型包括点突变、小片段插入、缺失、融合或拷贝数扩增中的任意一种或至少两种的组合。
所述探针库中包括针对上述融合基因断点两侧序列的检测融合产物序列、与结合处序列完全互补的探针对，包括：
检测FGFR3-BAIAP2L1的探针对SEQ ID NO.1~2；
检测FGFR2-PPHLN1的探针对SEQ ID NO.3~4；
检测FGFR2-CCDC6的探针对SEQ ID NO.5~6；
检测FGFR2-BICC1的探针对SEQ ID NO.7~8；
检测FGFR2-CASP7的探针对SEQ ID NO.9~10；
检测FGFR2-OFD1的探针对SEQ ID NO.11~12；
检测FGFR3-TACC3的探针对SEQ ID NO.13~32；
检测FGFR2-AFF3的探针对SEQ ID NO.33~34；
检测FGFR2-KIAA1967的探针对SEQ ID NO.35~36；
检测FGFR1-TACC1的探针对SEQ ID NO.37~38；
检测SLC45A3-FGFR2的探针对SEQ ID NO.39~40；
检测BAG4-FGFR1的探针对SEQ ID NO.41~42；
检测ERLIN2-FGFR1的探针对SEQ ID NO.43~44。
所述探针库中还包括检测FGFR家族基因外显子、UTR区和内含子突变的探针组合，包括SEQ ID No.45~107所示的核苷酸序列。
实施例2
本实施例提供一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒，所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒包括实施例1所述的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库；
所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒还包括基因组预文库构建试剂、接头、杂交捕获试剂、杂交产物扩增试剂和链霉素亲和磁珠，具体组分见表2所示。
表2
本发明所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒操作简便，检测效率高，可同时对多个样本的FGFR家族基因的突变情况进行检测，结果准确，应用价值高。
实施例3
本实施例使用实施例2制备的检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒，对包含FGFR基因点突变、融合及拷贝数变异的3种标准品（HD729、CBP10422和CBP40037）、2种细胞系SW780和CBP20188R及4例已知变异的临床样本进行检测，检测的流程图如图1所示，具体包括以下步骤：
（1）提取样本中的DNA；
按照QIAamp DNA Mini Kit提取试剂盒说明书，进行DNA的提取，通过Qubit进行定量，要求组织DNA≥100 ng。
（2）制备基因组预文库：
① 对所得样本DNA进行酶切及末端修复
反应体系如下：
组分 体积（μL）
缓冲液 5
酶切及修复酶 10
DNA模板 35
总体积 50
将上述混合物充分震荡混匀并离心，然后按照以下程序运行：
4℃ 1 min；32℃，32 min；65℃，30 min；4℃保存。
运行结束后，短暂离心并进行下一步。
② 连接接头：
反应体系如下：
组分 体积（μL）
接头 5
连接缓冲液 20
DNA连接酶 10
无核酸酶的水 15
总体积 50
将上述混合物充分震荡混匀并离心，然后按照以下程序运行：
20℃，15 min，4℃保存。
③ 磁珠纯化：
将磁珠从4℃冰箱拿出，涡旋混匀，室温放置30 min；
震荡混匀磁珠，取80 μL磁珠加入100 μL连接产物中，使用移液器温和反复吹打10次，使其充分混匀，室温孵育5 min；
将离心管在磁力架上静置5 min，待溶液澄清后移弃上清液，保留磁珠；
保持离心管在磁力架上，在反应管中加入200 μL新配制的80%的乙醇，静置30 s后吸弃上清，保留磁珠；
重复上述步骤一次；
将离心管中残留的乙醇尽可能去除，放置在磁力架上静置5 min晾干至亚光色；
向每个样本中加入53 μL无核酸酶的水，枪头吹打混匀，瞬时离心，室温孵育5min；
将离心管放在磁力架上3 min，待溶液澄清；
小心吸取50 μL上清至新的200 μL PCR反应管中，加入混匀好的磁珠50 μL反复吹打10次，使其充分混匀，室温孵育5 min；
将离心管放在磁力架上静置5 min，待溶液澄清后移弃上清液，保留磁珠；
保持离心管在磁力架上，在反应管中加入200 μL新配制的80%的乙醇，静置30 s后吸弃上清，保留磁珠；
重复上述步骤一次；
将离心管中残留的乙醇尽可能去除，放置在磁力架上静置5 min晾干至亚光色；
向每个样本中加入40.6 μL无核酸酶的水，枪头吹打混匀，瞬时离心，室温孵育5min；
将离心管放在磁力架上3 min，待溶液澄清；
小心吸取37.6 μL上清至新的200 μL PCR反应管中备用。
④ PCR扩增富集：
向装有纯化后的反应液的PCR反应管中加入40 μL PCR扩增试剂及2.4 μL文库富集试剂，枪头吹打混匀，瞬时离心后，按如下程序运行：
预变性：98℃，2 min；
扩增循环：98℃，20 s；60℃，30 s；72℃，30 s，循环7~9次；
延伸：72℃，1 min。
对于石蜡包埋的样本，可根据DNA电泳结果中主带大小判断降解程度，从而确定PCR的循环次数，具体见表3。
表3
⑤ 对PCR产物进行纯化，Qubit定量和2100质控检测后，得到所述基因组预文库；
（3）加入探针库进行杂交捕获：
扩增后文库质控合格后加入探针库，参照芯片制造商（IDT）提供的说明书进行杂交捕获。
（4）扩增测序：
对杂交捕获产物进行扩增，纯化，质控检测后，采用Illumina测序平台测序仪进行上机测序，测序实验操作按照制造商提供的操作说明书进行上机测序操作。
（5）分析：
① 对测序序列进行质控评价：统计目标区域覆盖均一性、靶向捕获比例、重复率、平均测序深度及均一性，采用varscan2流程call SNV、InDel、CNVKIT call CNV和LUMPYcall Fusion进行评价；
② 变异注释：注释变异的功能、位点的测序深度、支持变异的读序数目、变异频率、氨基酸变异及变异形式等，得到检测结果。
通过目标区域覆盖度和捕获效率来说明探针的性能，其中，目标区域覆盖度指样本的测序数据经去除重复读序后目标区域覆盖深度≥500×的比例，当覆盖度＞95%时，表明覆盖情况良好；捕获效率指测序数据中来自于目标区域的读序占总测序读序的比例，可以反映特异性捕获的效率。
上述样本中目标区域覆盖度和捕获效率的结果如表4所示，变异检测结果如表5所示。
表4
表5
由表4可以看出，本发明所述的试剂盒的捕获效率均不低于70.39%，效率很好，说明探针的捕获效率高、特异性较好；目标区域覆盖度高于500×的区域比例均不低于93.61%，说明试剂盒具有良好的探针捕获均一性，能够高深度覆盖的区域较广；由表5可知，检测的结果与已知的变异位点及类型完全一致，变异频率也与参考频率一致，说明所述试剂盒检测结果准确。
此外，本实施例还验证了所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒的灵敏性，以HD729（突变类型p.S252W）和CBP40037（突变类型FGFR1扩增）2种标准品以及CBP20188R（突变类型FGFR2-BICC1融合）细胞系作为检测对象，突变样品稀释为4%、1%和0.5%三个频率梯度，融合样品稀释为10%、5%和2%三个频率梯度，拷贝数扩增样品稀释为4拷贝及3拷贝和2个拷贝数梯度，每个梯度两次重复，进行检测，结果如表6所示。
表6
由表6可知，本发明制备的试剂盒的检测下限低至0.5%突变频率、2%融合频率及3拷贝数扩增，且实测频率与预期频率具有高度的一致性，具有良好的重复性，说明所述试剂盒具有良好的灵敏度、准确性和重复性，具有实际应用的价值。
实施例4
本实施例对1例临床输尿管癌FFPE样本（编号1）、1例临床肝癌FFPE样本（编号2）和1例临床尿路上皮癌FFPE样本（编号3）进行检测，检测的方法与实施例3相同，检测结果如表7所示。同时，根据检测结果对其进行FGFR抑制剂敏感性分级，包括：
（1）敏感位点：包括FDA批准FGFR抑制剂在临床试验中入组的患者携带的FGFR基因变异，或其他具有临床试验证据支持FGFR抑制剂敏感性的位点；
（2）可能敏感位点：包括PDX模型或细胞学证据对FGFR抑制剂敏感的位点，以及其他蛋白功能注释为有害突变的位点，所述功能注释依据SIFT及POLYPHEN软件的共同注释结果；
（3）可能不敏感位点：包括蛋白功能注释为非有害突变的位点；
（4）耐药位点：包括实际临床实践中发现的继发性的、导致FGFR药效减弱或消失的位点。
并根据样本的敏感性分级检测结果给出相应的临床治疗的建议。
表7
由表7可知，样本1中发生了FGFR1扩增，预测扩增的拷贝数为5拷贝，扩增区域的读序图如图2所示。依据本发明所述FGFR变异位点分级标准，该位点为敏感位点。具体支持的临床试验为NCT01004224，该试验拟入组FGFR1基因扩增的晚期实体瘤患者用于FGFR抑制剂BGJ398的安全性与剂量研究，初步研究表明36例FGFR1扩增的sqNSCLC患者经BGJ398连续治疗(≥100 mg)的疾病控制率为50％，因此推测具有该位点变异的患者对FGFR抑制剂BGJ398可能敏感。
样本2中发生了c.1124A>G（p.Y375C）的点突变，突变区域的读序图如图3所示。依据本发明所述FGFR变异位点分级标准，该位点为可能敏感位点。目前暂无相关文献及数据库发表该位点对FGFR抑制剂的敏感性。依据SIFT及POLYPHEN2软件的预测结果，该突变位点为有害突变，因此推测具有该位点变异的患者对FGFR抑制剂可能敏感。
样本3中发生了c.1172C>A（p.A391E）的点突变，突变区域的读序图如图4所示。依据本发明所述FGFR变异位点分级标准，该位点为可能敏感位点。文献报道FGFR3 A391E突变位于FGFR3基因激酶区，该突变为激活突变（gain-of-function mutation），属于有害突变，会导致FGFR激酶活性增强，导致疾病的发生。因此推测具有该位点变异的患者对FGFR抑制剂可能敏感。
尽管本发明未呈现FGFR基因小片段插入缺失的实施例，但本专业人员应该理解，在探针覆盖范围内，在保证一定的测序有效深度的条件下，分析流程检测点突变与小片段的插入缺失突变的软件相同且检测原理相同，均为通过测序序列与基因组参考序列的比对，很容易区分该位点是发生了点突变还是小片段插入缺失，即点突变及小片段插入缺失的检测在检测流程及分析流程上均无太大差异，因此可以推测，本发明也具有小片段插入缺失的检测能力。
综上所述，本发明提供了一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库，可对FGFR家族内多个基因的多种突变情况进行全方位筛查；所述检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的试剂盒使用方便，具有良好的目标区域覆盖度和捕获效率，灵敏度高，重复性好，检测结果准确；配合相应使用方法，可以对样本的FGFR突变类型进行检测并进行抑制剂敏感度分级，从而给相应的临床治疗提供依据，具有广阔的应用前景。
申请人声明，本发明通过上述实施例来说明本发明的详细方法，但本发明并不局限于上述详细方法，即不意味着本发明必须依赖上述详细方法才能实施。所属技术领域的技术人员应该明了，对本发明的任何改进，对本发明产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体方式的选择等，均落在本发明的保护范围和公开范围之内。
序列表
<110> 迈杰转化医学研究（苏州）有限公司
<120> 一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用
<130> 2021
<160> 107
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tgatcatgcg ggagtgctgg catgccgcgc cctcccagag gcccaccttc aagcagctgg 60
tggaggacct ggaccgtgtc cttaccgtga cgtccaccga caatgttatg gaacagttca 120
<210> 2
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
taccgtgacg tccaccgaca atgttatgga acagttcaat cctgggctgc gaaatttaat 60
aaacctgggg aaaaattatg agaaagctgt aaacggtaag tctgtttttc tgaattgatt 120
<210> 3
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
aacaccagct tctgttacca cagtactatc ctatgtgatc ctgttggtaa tgctatatgc 60
cttgcagcct ctttctaggt gtatataaac atacactgtt tgtctactta atttagtaat 120
<210> 4
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
atataaacat acactgtttg tctacttaat ttagtaattc agttatatac atattccata 60
taacattgtt taaaatgtat taatgttgaa atattttttc tttccattct tatttcatga 120
<210> 5
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag gagaagaatt cattagtaac 120
<210> 6
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
actctcacaa ccaatgagga gaagaattca ttagtaacac tttattcaag aaaattcagg 60
ctttgcagaa ggagaaagaa acccttgctg taaattatga gaaagaagaa gaattcctca 120
<210> 7
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag gatcatggag gaaacaaata 120
<210> 8
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
actctcacaa ccaatgagga tcatggagga aacaaatacg cagattgctt ggccatcaaa 60
actgaagatc ggagccaaat ccaagaaagg taaattgtga gagggcaaga aataggtggt 120
<210> 9
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag ggatggcaga tgatcagggc 120
<210> 10
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
actctcacaa ccaatgaggg atggcagatg atcagggctg tattgaagag cagggggttg 60
aggattcagc aaatgaagat tcagtggatg ctaagccaga ccggtcctcg tttgtaccgt 120
<210> 11
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag gacacaactt cgaaaccagc 120
<210> 12
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
actctcacaa ccaatgagga cacaacttcg aaaccagcta attcatgagt tgatgcaccc 60
tgtattgagt ggagaactgc agcctcggtc catttcagta gaagggagct ccctcttaat 120
<210> 13
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
tgatcatgcg ggagtgctgg catgccgcgc cctcccagag gcccaccttc aagcagctgg 60
tggaggacct ggaccgtgtc cttaccgtga cgtccaccga cgtgccaggc ccacccccag 120
<210> 14
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
taccgtgacg tccaccgacg tgccaggccc acccccaggt gttcccgcgc ctgggggccc 60
acccctgtcc accggaccta tagtggacct gctccagtac agccagaagg acctggatgc 120
<210> 15
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
aggcccacct tcaagcagct ggtggaggac ctggaccgtg tccttaccgt gacgtccacc 60
gacgtgagtg ctggctctgg cctggtgcca cccgcctatg ctaccgtcgc cagatggtcc 120
<210> 16
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
tggtgccacc cgcctatgct accgtcgcca gatggtcccc agggaggtgc agacagggtg 60
gttccggagg ccggctggca gggctgggtt caagccccaa catccacacc agtgttgttc 120
<210> 17
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
ttcgagcagt actccccggg tggccaggac acccccagct ccagctcctc aggggacgac 60
tccgtgtttg cccacgacct gctgcccccg gccccaccca gcagggtgtc cgagagcagc 120
<210> 18
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
tgcccccggc cccacccagc agggtgtccg agagcagcca cggcaggtct tgcccccgga 60
gcgtcccttg gtgcccacgt ccccccagct gcacacaggc ccaggcattg tggcgggctg 120
<210> 19
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
tgcccctccc cctgccgtcc ccggccatcc tgccccccag agtgctgagg tgtggggcgg 60
gccttctggg gcacagcctg ggcacagagg tggctgtgcg aaggtcgctg agggtccagg 120
<210> 20
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
cacagaggtg gctgtgcgaa ggtcgctgag ggtccaggct tccacccagt gtccccgcag 60
tcagctgccc accagcagcc tccccgggac tctccggcct gggcatggcg ttggcctctg 120
<210> 21
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
aggacctgga ccgtgtcctt accgtgacgt ccaccgacgt gagtgctggc tctggcctgg 60
tgccacccgc ctatgcccct ccccctgccg tccccggcca tccctcagga cgtccgcggg 120
<210> 22
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 22
ccctgccgtc cccggccatc cctcaggacg tccgcgggaa gccaagcttg tggagttcga 60
tttcttggga gcactggaca ttcctgtaag tccttgagtc cctcttgaac tgtcttgtgt 120
<210> 23
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
agtgctggct ctggcctggt gccacccgcc tatgcccctc cccctgccgt ccccggccat 60
cctgcccccc agagtgctga ggtgtggggc gggccttctg gcccaggtgc cctggctgac 120
<210> 24
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
tgtggggcgg gccttctggc ccaggtgccc tggctgacct ggactgctca agctcttccc 60
agagcccagg aagttctgag aaccaaatgg tgtctccagg aaaagtgtct ggcagccctg 120
<210> 25
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
cgccctccca gaggcccacc ttcaagcagc tggtggagga cctggaccgt gtccttaccg 60
tgacgtccac cgacgtgagt gctggctctg gcctggtgcc agagagctgt aggcacacaa 120
<210> 26
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
tggctctggc ctggtgccag agagctgtag gcacacaaag gggctgggtg tctgcaggca 60
ccactgtgag ctaccgtcgc cagatggtcc ccagggaggt gcagacaggg tggttccgga 120
<210> 27
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
tgatcatgcg ggagtgctgg catgccgcgc cctcccagag gcccaccttc aagcagctgg 60
tggaggacct ggaccgtgtc cttaccgtga cgtccaccga ctttaaggag tcggccttga 120
<210> 28
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
taccgtgacg tccaccgact ttaaggagtc ggccttgagg aagcagtcct tatacctcaa 60
gttcgacccc ctcctgaggg acagtcctgg tagaccagtg cccgtggcca ccgagaccag 120
<210> 29
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
tgatcatgcg ggagtgctgg catgccgcgc cctcccagag gcccaccttc aagcagctgg 60
tggaggacct ggaccgtgtc cttaccgtga cgtccaccga cggtaaaggc gacacaggag 120
<210> 30
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
taccgtgacg tccaccgacg gtaaaggcga cacaggagga gaaccgggag ctgaggagca 60
ggtgtgagga gctccacggg aagaacctgg aactggggta aggaggcccc gtctcctgtc 120
<210> 31
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
tgatcatgcg ggagtgctgg catgccgcgc cctcccagag gcccaccttc aagcagctgg 60
tggaggacct ggaccgtgtc cttaccgtga cgtccaccga cggtgccagg cccaccccca 120
<210> 32
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
taccgtgacg tccaccgacg gtgccaggcc cacccccagg tgttcccgcg cctgggggcc 60
cacccctgtc caccggacct atagtggacc tgctccagta cagccagaag gacctggatg 120
<210> 33
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag gcaacagctg tgttgaagaa 120
<210> 34
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
actctcacaa ccaatgaggc aacagctgtg ttgaagaaat aatccgggta agattattct 60
ttaaacagtc ttatcaatct gtgggacata gactctaaat agaaaggaaa cctgcggctc 120
<210> 35
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
gatgatgagg gactgttggc atgcagtgcc ctcccagaga ccaacgttca agcagttggt 60
agaagacttg gatcgaattc tcactctcac aaccaatgag gtgttccttg cctgattaac 120
<210> 36
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
actctcacaa ccaatgaggt gttccttgcc tgattaacag ctcaatattt ctagagctta 60
tattcctaac aaatctcact ctgtggcata ttgcttggct ttctgtgttt catgaccaat 120
<210> 37
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
gtacaacctc aaggctgcgg cgtctcttca cctgccccct agcccccaaa ccgctgctat 60
gtctagggcc tgacattccg gcgccctctg ggacgtgctc agggctgctg gagtcctctg 120
<210> 38
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
gccctctggg acgtgctcag ggctgctgga gtcctctgca gagaaggccc ctgtgtcggt 60
gtcctgtgga ggtgagagcc ccctggatgg gatctgcctc agcgaatcag acaagacagc 120
<210> 39
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 39
gatttaaaag ccgccggctg gcgcgcgtgg ggggcaagga agggggggcg gaaccagcct 60
gcacgcgctg gctccgggtg acagccgcgc gcctcggcca gtgactgcag cagcagcggc 120
<210> 40
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 40
agccgcgcgc ctcggccagt gactgcagca gcagcggcag cgcctcggtt cctgagccca 60
ccgcaggctg aaggcattgc gcgtagtcca tgcccgtaga ggaagtgtgc agatgggatt 120
<210> 41
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 41
caccatatcc tagctacaat tctaactatt ggaattctac tgcgagatct agggctcctt 60
acccaagtac atatcctgta agaccagaat tgcaaggcca ggtccgttat gccacctgga 120
<210> 42
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 42
accagaattg caaggccagg tccgttatgc cacctggagc atcataatgg actctgtggt 60
gccctctgac aagggcaact acacctgcat tgtggagaat gagtacggca gcatcaacca 120
<210> 43
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 43
accctcactt tcccatcagc tgctgtttta atctctctcc aggctgtgcg ggtaacaaag 60
cccaacatac cagaggcaat ccgcagaaac tacgagttga tggtcagttt gaaaaggagg 120
<210> 44
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 44
gcagaaacta cgagttgatg gtcagtttga aaaggaggat cgagctcact gtggagtatc 60
catggagatg tggagccttg tcaccaacct ctaactgcag aactgggatg tggagctgga 120
<210> 45
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 45
tctcttaaaa aagagagaga aggggttagg cattcccttg catactcgca tctgctggct 60
gtgtatgcac atgtgcgtgt gtgtatgcgt gtgcatgtgt gtgtctgcag cccccgccat 120
<210> 46
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 46
aaaaaaaaaa aaaaactaaa agggaaaggt aataaatctc acttaacatc tcccttcgct 60
ccctgggcct gcctgaaagt tacacgggag caacgtgcgt ggccacatct cagctttgcc 120
<210> 47
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 47
catctcagct ttgcccaact gactggtgtg tcgttggttt gttccagcat tcggggatta 60
atagctcgga tgcggaggtg ctgaccctgt tcaatgtgac agaggcccag agcggggagt 120
<210> 48
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 48
cccagagcgg ggagtatgtg tgtaaggttt ccaattatat tggtgaagct aaccagtctg 60
cgtggctcac tgtcaccaga cctgtggcaa aaggtaatgg ggagatggat gggaccctgt 120
<210> 49
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 49
tggatgggac cctgtgctgg ggatttgatg taggccccaa gctgctgggg caggcgggga 60
agccagtact ggactgtcct tgccacccta ctgtatttct agtgcccaga gccatggaaa 120
<210> 50
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 50
ccagagccat ggaaaaatac ccggcctggg aggctggttt ggtttggtat tgtgttggtg 60
tctgtgggtt ccctctctgc cttctgtgtg ttccttggct ttgtgtggat ccatgtgagg 120
<210> 51
<211> 119
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 51
cacttgagga agaccgtgtt tcaaataagg gggagtgaaa gagaaaaggg agagtagaaa 60
ggaaggcagt gaagagccag agtgactgca cgtgtggtat ttattgagca agcatttct 119
<210> 52
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 52
cataagccac tgcacccagc ccctggacgt tttggatggt ggactttgag tagtttgggg 60
taggaggact ctggagtggc gctgacagtc ctcaggaagg agtaagcttt gccatgccag 120
<210> 53
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 53
ggaaggagta agctttgcca tgccagggag gatgcagccg tgctgaaagc atcccaactg 60
gggagggggg ggggcgcggt ggggagggac agcccctggt agagagaatg gggctgggtg 120
<210> 54
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 54
cctggtagag agaatggggc tgggtggaga gagtggaagc caattgcagg gagtcttgaa 60
ggtgaggcag ggatgtggat tttactctgt acacagggta gattttgatc aggaaaataa 120
<210> 55
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 55
agggtagatt ttgatcagga aaataatgtc aagcacatga cagcttggaa gcaggagtct 60
gagctgcagc cccagggagg ccatttaaaa gattatcccg gctgggcgcc atggctcatg 120
<210> 56
<211> 115
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 56
gaagggcttc ctcacctggg gaagtcaaga cactgtgaag attgaggctg ccttgcacag 60
cggtaaagct ggactctgga tgtatgatgt atgtggattc tggagaacca ggcta 115
<210> 57
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 57
tcaaagaaaa aaaaaaaaaa acccgaacca tgtttttaat ttcttaaaac tgagagtact 60
aaatgctcaa cgttcatgtt gtgtgcataa aagtgagact gaaggatgaa tgtgtggggt 120
<210> 58
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 58
aaagtgagac tgaaggatga atgtgtgggg tatggataga tgggatgtga atgaagcagt 60
ctctgggtcc aagctctcct ggaaattcgt ggaacagacc agtggtccca gatttttaga 120
<210> 59
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 59
tgggcaaagc cagtgagtga gtacaacact gcttgcaagg ccactgctgg tagttggggt 60
gggggtcctg cccccttttc agcagtactg tgggttaaac accccagtgc tcagaaaacc 120
<210> 60
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 60
acctgcagct cagaagtgat ttaatgggct gagttttaca gctcctccca cccacccaga 60
tttgaaggag tctggtggct tgttagaggg gggagaggtt gcacttaatg gaaaaaccac 120
<210> 61
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 61
cacacatttc cattctggcc tcaagccccc tggatgccct gtgtgcacca caaagcgggg 60
ctttgtctct gtgttttgca gaaacctgca cctatggggg agaggctgtg cgtggtgcca 120
<210> 62
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 62
gcccacaggg agtttatggt caggagggat gggcaagtac agggataagt aacacaagac 60
agactgtgtt taaaccaccc agtgaagtta caaccagagg tggtgggaat gcagaggaag 120
<210> 63
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 63
aggggagcag agagcacctg agatgggctt gagttcagaa ggggaaaaat gaagggccct 60
ccaggttgaa cagcatgagt gttcagagac agcatgtata tggtttatgg agaacggttt 120
<210> 64
<211> 119
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 64
ccctggtgag taggtagctc tgggaaacaa cacttggaaa aattggattg agttagcata 60
tggaaggctt aatgccctgc taagaaaact atacttaggg ccgggcacgg tggctcacg 119
<210> 65
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 65
tgtgcagtgg ccactgtgtg ggccacaggt ctagaatata agacatgaag atggagagtg 60
agaaatgcct ttggaaaggt tggaagttcc tgtccttctg ctgccaatta ccaaatctcc 120
<210> 66
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 66
caattaccaa atctcctgag agtgctatta aggagtgact caaagcacta cacaaagaga 60
attataaata tcttaatatt atatctgaaa tccaaatgca taattcttta catttggttg 120
<210> 67
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 67
tgtgagccat tgtgcctgac cacttattgc taatttttta tatgtctctt acttccaagg 60
acatttagac actttttttt tttaaagaga ctcaaaaaat tagcatttcc attggaccaa 120
<210> 68
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 68
actaaaattt agcaagctga gctgagtaac tttctccata tgtttattaa gtacttgccc 60
cctgccctct caacatgtga gtagagaatg gtcactttgg ggaagaaata agtcttattc 120
<210> 69
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 69
gaggcttgtt taaaagcgaa gtagcagggc cccgtgggac gcgccttggt ctgggtaatc 60
acccccacgc ccgggtcatc caccttcctc tcggtgaccg aggttcagca gcctctgcta 120
<210> 70
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 70
ttgccggccg tctttgccga tggcctgcct ccctaatgac ttgtttacat atcctacccc 60
cagtgggtta ggagaagctc cggggctgcc ccgaccctcc gagtgcaggg tgtttgggga 120
<210> 71
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 71
ccgggaggct gctggggcct gactccagct gggagggtta tgaactgcat cagtgacgag 60
ctgcttgaaa tatctgttgc atttactctt agtcatagct gagtgtcagc tttttaatga 120
<210> 72
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 72
ggttcatcca gattgagagc cacttggact gcgtacttca ctgcctgctt ttccaaacat 60
gcctgcagaa atgctcattt tcgaggtatt tttcccaatg ggaattcagg ccagagtggg 120
<210> 73
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 73
caccacttga acaatcttag ggtgcttctt ttccttggcc tctggccatg gagggtgtta 60
gacagttcca ttaggtggcc ctttgatagc aagggaagca aaggctcagg aagaaatgga 120
<210> 74
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 74
gaagcgtccc ccactcccta ggggcagagg attagataca tcggtgcatc cctcaggctg 60
ggctagcttt attcctggtg gactccagag ggcaagaaaa ttgaattgaa cactgggtag 120
<210> 75
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 75
gcagattcaa gccttagaga ccaaggaaaa tccatgggtt ttgcttttag tggtgtgctc 60
tttgttttca gtattgacct gaaacaagac tcctaaaatg agagatttgc tggtatgaac 120
<210> 76
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 76
ttgggggttt agcagccggc ttctacaaag gcttttttct tgccttcgtt tctaaagtgt 60
ctttcgtcaa aatggctgtt agttatagaa catcctagca aagtttgagc ctgttgctgc 120
<210> 77
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 77
tggaggaaaa ggagttagaa ttgattcaaa tgtcttattc tgaaagggcc tcacatcact 60
tgatagttta atttcctcct gggaaatttg tgtcttacat ttgtcttccc cagagctttg 120
<210> 78
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 78
taaaaggcct gaacgcacca gggactagtg ggagcccaga tgcagagctt tagagaagat 60
tctggtgttt ccagagagga tgaaatgtca gacttgggct aggatatttg tttttcctcc 120
<210> 79
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 79
taaggttgca tctactttaa acagaaattc tctcctcgcc accatttatc tctcccctgc 60
aatgaaagaa accatgttta gggccctctc ccccatttaa tagccctcac atggatgaac 120
<210> 80
<211> 119
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 80
tatcccaaga atttggtggg gttccactca tagtacatcc tgtcttcaag agcaaggttt 60
tctagattat gtgcagcagt tcgtgtttca cttgttgctt tttttttttt ttttttttt 119
<210> 81
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 81
aaaaataaaa ataaaaaaga aagaaaccgg gaaaagcact aaagttctat tttaatgatc 60
tcatgtctat gctcaaagtg atttatttat atatttacat gtagagtggg tccgttgata 120
<210> 82
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 82
aaacggttcc atttaggaca aaatttcgtt tttatcattg taagcaaaaa gttctctttt 60
gatgtggtgg gcgtgtttgt ttccagttgt gtggttaatg ctgatgttgt tggaactgat 120
<210> 83
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 83
tgatacattc cccttctggg atgctgggat ggggactctt tctcttgcca accctggtga 60
tgaattagag ggttttgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtct ttaaaaatgt 120
<210> 84
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 84
gcttctggat gtgtgagcag aactgcccca ctgtgccagc ccagtggagg cagagagacc 60
cacaagttcc caatttagaa agcttttcat agcttcagaa caggggtcgg caactgcttt 120
<210> 85
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 85
ttaatgagga tgcacaatag tgttctttta cacaggaaac taactccaaa ccatgcaatt 60
gtctcaacaa gaaaaaagtt aaagtccccc aagtatttta gaaggaaaat aatacactta 120
<210> 86
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 86
aaaggaagag attgcactta aatgaataca gctgaccttc agaagttgaa aggaaaggaa 60
cggttcaagg gggggaagaa accaactttc ttcttctgcc aaaattgttg tttctagtat 120
<210> 87
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 87
agtaaagtct gagaaacatt gcattgatcc ctactccagt ccctctccgt acaccttttg 60
ggtggagtgg gctggggacg cagactgtct ttggctgtgc atgtcctaga ggctgaacag 120
<210> 88
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 88
gaacagtgcc catgtggaca ggtaagccag agtgtcagag agagggatgt ggggcttgga 60
gcaaccaagc ctcaatgcgc catgatgttc tttgggtttt attctctctg actttggagt 120
<210> 89
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 89
ggtctgtgcc tttttaaaag agtagagatc atgtgctttt cagaagattc ctctgggggt 60
ctgcggtggc tacaagaggc gcaccatggg tgatgggtta ggcgcattgc agaggtcttg 120
<210> 90
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 90
ctgctaggtt gacccttgtc cagtgaggtg attttccagg gcctagcctc tctgctgtcc 60
cttgctggct tcacctgttg atgttgatgg aggtggagca gaggccgttg agtgaatgcg 120
<210> 91
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 91
gtgcagctgg gctcagaggc ccctcttctc ccctcctgtg aggtgcttgc ccttgaaggt 60
gtggcgagtg aggaggccgg tcaagggcat cccggcggcc tccaggccgt atttgagtgg 120
<210> 92
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 92
gtgtgggcag gatgggattc tgcctcctcc caggtgcctc gcctggggga tgccctgtcc 60
cagaaagcct acattcgtgg gagccggcgc acagcccttc tgagatctaa agcttccctc 120
<210> 93
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 93
ctgaatgctg ctttggagga ttgtgagagg tagtgactct tcaaagtttg tttgttttct 60
tgaagctttt acctctatgc aaatatgcgg tttggagcag ggaagaaagg ttaactgtga 120
<210> 94
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
tgtggctccg acctgccttc cttgggtcct gcggtgcaaa accagctggg accgtgtccc 60
gcccacccga aggcagtgtg gggaaccttt cctccaggtc attcccattc agctgattgc 120
<210> 95
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
ctgccggctc cccaggccac aactctgtgc cttcaggcgt ctgcacgggt ttcgagatgc 60
tggccaggcc tgaacttggt gagcctcaag cagaccgttc aaacccattc aaatgaggaa 120
<210> 96
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
cctgctgaga gaagaaaggc cgagcccttt aaatcaactt gccaaacagt acccccagaa 60
ggtcctgagt tgagaaagca ggaggcagcc ttgccctcct ggaataactc ttaaccttcc 120
<210> 97
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
ccttttcttt tgtagccttg gccactttaa aagtatttct ttattcagaa agtgcgcagt 60
gtgggagggc ctgctctatg ggcttggggg aaaatgtcaa acgggatctg gacatctatc 120
<210> 98
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
gtaacagtaa gtgtggcaag gtgactgtcc ctgaaaacct gcttctggaa tgagtcaggc 60
tttagggtat gctctctgga atgcaggcca gccgccccaa ctcgcagtaa cgcaggccct 120
<210> 99
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
ttagctctgt ggactgcgtg aggcacagct gtggggactc ttgcccatgg tttggtgttt 60
gcagggttat tctcggcatg ctgtggggct agggtaagtt atccggctcc tgagccctgc 120
<210> 100
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
cctctttgta aattaaacag gcatcataca tgggtgttga taatgatgaa tctcacaaaa 60
tcttcagatg tttagtctct gggaacattc caggaatcct catttaggta acttatatgt 120
<210> 101
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 101
tgatgagacc tatttgttca cttgaaagaa aacctgtttt gaagtcagag gaatgcgaat 60
agaggctctc acatggttgg aaaaagcaat ctgcaggcca gttacgcccc gtaaacagga 120
<210> 102
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 102
aaaaaaatca aaataaataa acaaaaataa aaaatgaagg gctaggtcca gtcaaaggtg 60
aagattctgt gaaggaaaag catgggccgg aggcatgtgc cccatgttta ggagttccca 120
<210> 103
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 103
cccgtgcgat gacaactttc agagcttggc agaggcaaga tggtataaac atgattttta 60
gattgcaggg taattgctgt ggtttctttg agttttttca tccatttgct ccccaaataa 120
<210> 104
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 104
ggacctcatc attagtgagt gtgggcccag gtctttgggt gaatgtgttg gtgtaagaaa 60
aatttccctt cttcctgagc aggaggattt tttttttttg ctggagaatg tggtgacccc 120
<210> 105
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 105
ccagacaata aaaatgttta atgattatac tttgtgattc ttctagaatg gcttctggtg 60
gcatgtgact tattggaaag aggctaaccc tgactgctgc caaggagacc aatgggagac 120
<210> 106
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 106
ttccttgtcc cagatgcctc tgctggtttg tcctagtgcc tgctaaccct cagctgttgc 60
cacttggata ttatgtcaag cttttcttcc cagaatttct gatttacgac tgggtatgaa 120
<210> 107
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 107
agtcaaggcc tacctgcata gacagacccc tgtacttggg actcccacga actgtggtca 60
tggaaacaag caccaaggac tacctgaccc ttctaatgtc acttttctgc agagattagg 120
- 一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用
- 一种检测FGFR家族基因抑制剂敏感及耐药变异的探针库及其应用