使用周期蛋白依赖性激酶7(CDK7)的非共价抑制剂治疗生物标志物鉴定的患者中的癌症的方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年11月1日提交的美国临时申请62/754,398；2019年7月22日提交的美国临时申请62/877,189；2019年10月16日提交的美国临时申请62/915,983和2019年10月29日提交的美国临时申请62/927,469的申请日权益。这些在先申请中的每一个的内容均通过引用整体并入本文。

背景技术

医疗保健的长期发展已经到了开始实现生物标志物分析前景的时间点。当医生可以将患者(即使是那些具有许多相似生理特征并表现出给定疾病的共同症状的患者)分成更具体的组时，他们可以更好地定制治疗并优化每位患者的结果。然而，开发分子诊断方法具有挑战性，而且很少有商业应用。

发明内容

本发明的特征尤其在于用于鉴定用本文所述的非共价CDK7抑制剂治疗的癌症患者的诊断方法(即，选择用于治疗的患者的诊断方法)和用这种抑制剂单独或与一种或多种另外的治疗剂(例如，第二抗癌剂)组合治疗鉴定的患者的方法，如下文进一步描述的。所述诊断方法包括鉴定患有癌症的患者的步骤，该患者可能对结构式(I)、(Ia)表示的非共价CDK7抑制剂、其种类或其指定形式的治疗响应良好，如下所示和进一步描述。所述治疗方法包括将这种非共价CDK7抑制剂施用于已鉴定患者的步骤，所述患者的响应可以是，例如，显著的肿瘤生长抑制(TGI；例如，超过约80-90％TGI和/或停止治疗后的一段时间内持续的肿瘤抑制)。因此，本发明涵盖其中患者仅被诊断为治疗的良好候选者(即，鉴定为治疗)的方法、其中已被确定为治疗的良好候选者(例如，先前鉴定的)的患者被治疗的方法，以及要求患者如本文所述被诊断和治疗的方法。

鉴定患者以进行治疗的诊断方法包括通过确定、已经确定或接收关于生物标志物状态的信息来分析从患者获得的生物样品中的一种或多种本文所述生物标志物的步骤。在各种实施方案中，分析生物标志物以确定：它是否存在和/或以什么量存在(例如，分析遗传缺失或扩增(例如，拷贝数变异(CNV))；它的位置(例如，染色体易位)；它的序列(即，分析可以包括确定基因是否以野生型形式存在或包括突变)；它是否包括表观遗传修饰(例如，组蛋白和/或DNA甲基化或组蛋白乙酰化)；它是否与超级增强子(SE)或具有一定强度的SE相关；其表达水平(例如，由转录RNA(例如，初级RNA或mRNA)的水平证明)；和/或是否通过生物标志物基因编码的蛋白质具有异常水平的表达或活性(在有疑问的情况下，由本文所述的生物标志物基因编码的蛋白质也可用作生物标志物)。可以通过检查刚刚列出的任何一个或多个特征来评估生物标志物的状态，当我们提到“分析一个/该生物标志物”时，我们的意思是分析这些特征中的一个或多个(即，序列、拷贝数、与SE的关联、RNA表达水平等，如上所述)。例如，当我们提到分析生物标志物RB1时，我们的意思是分析或确定RB1基因是否，例如，在生物样品中不存在、含有突变(例如，使患者易患癌症的突变)、易位、具有CNV(拷贝数改变(CNA))，带有表观遗传修饰、与超级增强子(SE)相关、过度表达或表达不足(通过例如，其RNA(例如，初级RNA或mRNA)的水平证明)，和/或编码表达或活性水平高于或低于预定阈值水平的蛋白质。正如这暗示的那样，分析的每个特征可以被确定为等于或高于预定阈值水平或者等于或低于预定阈值水平，如下文进一步描述的。更具体地，在本发明的方法中，可以通过确定、已经确定和/或接收信息，即该生物标志物的状态(如由刚刚描述的特征(例如，RNA水平)所证明的)等于或高于(例如，高于)预定阈值水平，来分析选自以下基因的生物标志物：BRAF、c-myc(也称为MYC)、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员的某些基因(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2；另见下表)或由其编码的蛋白质。或者或此外，可以通过确定、已经确定和/或接收信息，即该生物标志物的状态等于或低于(例如，低于)预定阈值水平，来分析选自以下基因的生物标志物：Bcl2-样1、CDK7、CDK9、CDKN2A和RB(也称为RB1或另一种E2F途径成员，例如RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C和FBXW7)，或由其编码的蛋白质。由刚刚在本方法中作为有用生物标志物列出的基因编码的蛋白质是本领域已知的。例如，BRAF编码B-Raf；c-myc编码MYC，CCNE1编码周期蛋白E1(参见Koff等，Cell 66:1217-1228,1991)；FGFR1编码FGFR1，一种具有酪氨酸激酶活性的细胞表面膜受体；RB编码pRB，它与活化剂E2F的活化剂域结合；Bcl2-样1编码BCL-XL，一种线粒体中的跨膜蛋白；CDK7编码CDK7；CDK9编码CDK9；PIK3CA编码p110α蛋白(I类PI3-激酶的催化亚单位)，以及CDKN2A编码p16和p14arf。在智人和除智人以外的物种中，本文描述为生物标志物的基因和蛋白质的别名、染色体位置、剪接变体和同源物也是已知的。

本发明的治疗方法和相应的“用途”包括施用或使用式(I)的化合物，所述式(I)的化合物中的任何一个可包含在药学上可接受的组合物中并，例如，通过本文所述的途径和方案施用于本文所述鉴定的患者。可用于本方法的化合物具有结构式(I)：

更具体地，在式(Ia)的化合物中或在其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体、同位素形式或其他指定形式中(i)R

因此，本发明的特征在于治疗选定患者的癌症的治疗方法，其包括施用结构式(I)的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的步骤，任选地在药物组合物中，R

在任选地在药物组合物中使用或施用式(I)、(Ia)，其种类或其指定形式的化合物的任何本方法中，患者可以是已经接受、目前正在接受、或开处方用以下进行治疗：BET抑制剂，例如ABBV-075、BAY-299、BAY-1238097、BMS-986158、CPI-0610、CPI-203、FT-1101、GS-5829、GSK-2820151、GSK-525762、I-BET151、I-BET762、INCB054329、JQ1、MS436、OTX015、PFI-1、PLX51107、RVX2135、TEN-010、ZEN-3694，或美国申请12/810,56中公开的化合物；CDK4/6抑制剂，例如BPI-1178、G1T38、帕博西尼、瑞博西尼、ON 123300、曲拉西利(trilaciclib)或阿贝西利，优选帕博西尼；FLT3抑制剂，如CDX-301、CG'806、CT053PTSA、克拉尼布(crenolanib)(例如，克拉尼布苯磺酸盐)、ENMD-2076、FF-10101-01、FLYSYN、吉列替尼(gilteritinib)(ASP2215)、HM43239、lestautinib、帕纳替尼、NMS-088、索拉非尼、舒尼替尼、帕瑞替尼、培西达替尼/PLX3397、奎扎替尼(quizartinib)、米哚妥林、SEL24、SKI-G-801或SKLB1028，优选克拉尼布、吉列替尼或米哚妥林；或MEK抑制剂，诸如曲美替尼、考比替尼或比美替尼(binimetinib)。更具体地说，已经接受、目前正在接受或开处方：以CDK4/6抑制剂治疗的患者患有乳腺癌，优选TNBC或雌激素受体阳性(ER

在任选地在药物组合物中使用或施用式(I)、(Ia)、其种类或其指定形式的化合物的任何本方法中，患者可以是已经接受、目前正在接受、或开处方以以下进行治疗：Bcl-2抑制剂，例如APG-1252、APG-2575、BP1002(普瑞柏生(prexigebersen))，称为奥利默森(oblimersen)的反义寡核苷酸(G3139)、S55746/BCL201或维奈托克；CDK9抑制剂如阿伏西地/DSP-2033/夫拉平度(flavopiridol)、AT7519、AZD5576、BAY1251152、BAY1143572、CYC065、nanoflavopiridol、NVP2、塞利西利(CYC202)、TG02、TP-1287、VS2-370或沃卢西利(voruciclib)(原来的P1446A-05)；激素受体(例如，雌激素受体)降解剂，诸如氟维司群；Flt3(FMS样酪氨酸激酶3)抑制剂如CDX-301、CG'806、CT053PTSA、克拉尼布(例如，克拉尼布苯磺酸盐)、ENMD-2076、FF-10101-01、FLYSYN、吉列替尼(ASP2215)、HM43239、lestautinib、帕纳替尼、NMS-088、索拉非尼、舒尼替尼、帕瑞替尼(pacritinib)、培西达替尼(pexidartinib)/PLX3397、奎扎替尼(quizartinib)、米哚妥林、SEL24、SKI-G-801或SKLB1028；PARP抑制剂，诸如奥拉帕尼、卢卡帕尼(rucaparib)、他拉唑帕利(talazoparib)、维利帕尼(veliparib)(ABT-888)或尼拉帕尼；BET抑制剂，诸如ABBV-075、BAY-299、BAY-1238097、BMS-986158、CPI-0610、CPI-203、FT-1101、GS-5829、GSK-2820151、GSK-525762、I-BET151、I-BET762、INCB054329、JQ1、MS436、OTX015、PFI-1、PLX51107、RVX2135、TEN-010、ZEN-3694或在美国专利申请12/810,564(现为美国专利8,476,260)中公开的化合物；铂基治疗剂，例如顺铂、奥沙利铂、奈达铂、卡铂、菲铂、吡铂、赛特铂(JM216)或四硝酸三铂；CDK4/6抑制剂，诸如BPI-1178、G1T38、帕博西尼、瑞博西尼、ON 123300、曲拉西利或阿贝西利；MEK抑制剂，诸如曲美替尼；或磷酸肌醇3激酶(PI3激酶)抑制剂，任选地为I类(例如，IA类)和/或任选地针对具体的PI3K亚型(isoform)，诸如艾代拉里斯、库潘尼西、度维利司、阿培利斯(alpelisib)或卡培他滨。更具体地，所述第二药剂选自Bcl-2抑制剂，例如维奈托克、PARP抑制剂，诸如奥拉帕尼或尼拉帕尼、铂基抗癌剂，例如卡铂或奥沙利铂、紫杉烷类(taxane)，诸如紫杉醇(paclitaxel)、CDK4/6抑制剂，诸如帕博西尼、瑞博西尼、阿贝西利、曲拉西利、选择性雌激素受体调节剂，例如他莫昔芬，以及选择性雌激素受体降解剂，诸如氟维司群。

本发明的特征还在于试剂盒，其包括式I、I(a)的化合物、其种类或其指定形式，以及描述合适/鉴定的患者、鉴定此类患者用于治疗的方法(例如，通过本文所述的用于分析生物标志物的任何一种诊断分层方法)的说明材料(例如，产品插页)和/或用于单独或与至少一种其他治疗剂(例如，包括本文所述的任何一种或多种第二药剂的另外的/第二抗癌治疗剂)组合施用式I、I(a)的化合物、其种类或其指定形式的说明。本发明的试剂盒还可包括第二药剂(例如，抗癌剂)，其包括本文所述的任何一种或多种第二药剂以及用于如所述鉴定的患者群体的使用说明。

附图说明

图1是描述了所示化合物(本发明的三种化合物和四种比较物)对CDK2、CDK7、CDK9和CDK12的抑制常数和解离常数以及选择性的表。

图2是描绘了在耐帕博西尼的HR+BC PDX模型(ST1799)(如以下实施例中描述)中肿瘤体积(mm

图3是描绘了在耐帕博西尼和耐氟维司群的HR+BC PDX模型ST941(如下文实施例中描述)中肿瘤体积(mm

图4为显示了三个线图的组图，所述三个线图描绘了TNBC(BR5010；顶部)、小细胞肺癌(LU5178；中)和卵巢癌(OV15398；底部)的PDX模型中肿瘤体积(mm

图5是一组线图，其显示了在所示的PDX模型中的肿瘤生长和相应的等效线图，每个等效线图均如实施例11所述产生。将化合物101与所示的第二药剂组合以所示浓度施加于细胞。

图6是根据在实施例12中描述的用化合物101治疗的PDX模型中收集的数据生成的一组图。带有正方形的黑线表示经媒介物治疗的动物。灰线代表用化合物101治疗的动物。误差棒为SEM。BID＝每天两次；CNV＝拷贝数变化；MPK＝毫克每千克体重；PO＝口服；QD＝每天一次；RB＝视网膜母细胞瘤；SCLC＝小细胞肺癌；TNBC＝三阴性乳腺癌。垂直的虚线表示治疗的最后一天。

图7是总结如实施例12中描述的所研究的12种PDX模型的TGI值和遗传状态的表。表中的模型基于研究结束时的最高至最低响应来分类。BID、CNV、RB、SCLC和TNBC的定义如图6和本文其他地方所示。在有疑问的情况下，CCNE1＝编码周期蛋白E1的基因；CDKN2A＝周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A、EoS＝研究结束、EoT＝治疗结束、HGSOC＝高级浆液性卵巢癌、OVA＝卵巢癌、TGI＝肿瘤生长抑制。对于LU5210模型，组织不可获得以用于确认RB途径遗传学。

发明详述

尽管式(I)化合物具有功效，但我们相信这种功效在具有某些遗传特征(即，可如本文所述分析的特定状态的生物标志物)的患者中会更高。此外，我们相信式(I)化合物在如本文所述鉴定的新诊断的和难治的癌症患者中与其他抗癌疗法组合时的功效可以增强。

除非上下文另外明确指出，否则以下定义适用于本文所述的组合物、方法和用途，并且应当理解，当需要或期望，可以将权利要求书修改为在定义内包括的语言。此外，该定义适用于已定义术语的语言和语法变体(例如，术语的单数和复数形式)，下面特别提及一些语言变体(例如，“施用(administration)”和“施用(administrating)”)。根据PeriodicTable of the Elements(元素周期表，CAS版本)、Handbook of Chemistry and Physics(化学和物理手册，第75版)对化学元素进行标识。另外，有机化学的一般原理已经很好地建立，并且如果需要的话，本领域的普通技术人员可以查阅Thomas Sorrell的OrganicChemistry，University Science Books，Sausalito，1999；和Smith和March，March’sAdvanced Organic Chemistry，第5版，John Wiley&Sons，Inc.，New York，2001；Larock，Comprehensive Organic Transformations，VCH Publishers，Inc.，New York，1989；和Carruthers，Some Modern Methods of Organic Synthesis，第三版，CambridgeUniversity Press，Cambridge，1987。

术语“约”在指代某个值时，表示为加上或减去所述值的10％的任何值或范围(例如，在加上或减去1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％的所述值的范围内)。例如，约10mg的剂量表示比10mg低至10％(9mg)的任何剂量，比10mg高至10％(11mg)的任何剂量，以及其间的任何剂量或剂量范围(例如，9-11mg；9.1-10.9mg；9.2-10.8mg；依此类推)。作为另一个实例，在人群中约80％的流行等级是指72-88％的流行等级(例如79.2-80.8％)。在有疑问的情况下，“约X”可以是“X”(例如，约80％可以是80％)。当不能超过所述值(例如，100％)，则“约”表示小于或等于所述值10％(包括10％)的任何值或值范围(例如，纯度为约100％表示90％-100％的纯度(例如，95％-100％的纯度，96％-100％的纯度，97％-100％的纯度等等))。如果测量某个值的仪器或技术的误差范围大于10％，则当给定值都在该仪器或技术的误差范围内时，给定值将与所述值大致相同。

术语“施用(administration)”及其变体，例如“施用(administrating)”，是指本文所述化合物的施用(例如，式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式(例如，式(I)、(Ia)的化合物，或其种类的药学上可接受的盐)，或另外的/第二药剂)，或含有该化合物的组合物，用于受试者(例如，人类患者)或系统(例如，离体维持的基于细胞或组织的系统)；施用后，化合物或含有该化合物的组合物(例如，药物组合物)被引入受试者或系统。除了可用于组合疗法的本发明的组合物和第二药剂之外，还可以“施用”用作阳性对照、阴性对照和安慰剂的物品，它们中的任何一个也可以是化合物。本领域普通技术人员将知道在适当情况下可用于对受试者或系统施用的多种途径。例如，施用途径可以是口服的(即，通过吞咽药物组合物)或可以是肠胃外的。更具体地，施用途径可以是支气管的(例如，通过支气管滴注的)、口腔的(即，口服的)、皮肤的(其可以是或包含局部施加到真皮或皮内、皮内或透皮的施用)，胃内或肠内(即，分别直接进入胃或肠)，髓内、肌肉内、鼻内、腹膜内、鞘内、肿瘤内、静脉内(或动脉内)、心室内，通过施加或注射到特定器官(例如，肝内)、粘膜(例如，颊、直肠、舌下或阴道)、皮下、气管(例如，通过气管内滴注)或眼部(例如，局部，结膜下或玻璃体内)。施用可以包括间歇性给药(即，不同时间间隔的给药)和/或周期性施用(即，以相同的时间段间隔(例如，每隔几个小时、每天(例如，每天一次口服剂量)、每周一次、每周量次等)，在其他实施方案中，施用可涉及在选定的时间段内(例如，大约1-2小时)连续给药(例如，灌注)。

如果第一个的一个或多个特征(例如，其存在、水平和/或形式)与第二个的特征相关联，则这两个事件、这两个实体或这个事件和这个实体彼此“关联”。例如，如果第一个实体(例如，一种酶(例如，CDK7))、基因表达谱、遗传特征(即，细胞中具有独特基因表达模式的一单个组基因或一组合组基因)、代谢物或事件(例如，髓样浸润)的存在、水平和/或形式与疾病(例如，本文公开的癌症)的发生率、严重性和/或易感性相关，则其与事件(例如，特定疾病的发作或进展)相关联。本文所述的生物标志物以本文所述的方式(例如，凭借其表达水平)与所鉴定的患者相关联，并且取决于其状态，还可以与临床结果相关联(例如，更好的预后，其基于本文所述的治疗方案将更成功，例如通过TGI证明的增加的可能性，优选是在停止治疗之后)增加本文所述的治疗方案将更成功的可能性。协会通常在相关人群中进行评估。如果两个或多个实体直接或间接相互作用，则在物理上彼此“关联”，以使它们在给定情况下(例如，在生理条件下维持的细胞内(例如，在细胞培养基中)或药物组合物内)是和/或保持彼此物理接近。彼此物理关联的实体可以通过例如氢键、范德华力、疏水相互作用、磁性或其组合而彼此共价连接或非共价关联。式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式(例如，药学上可接受的盐)可以与CDK7非共价关联。

术语“生物样品”是指从感兴趣的生物来源(例如，组织或生物体(例如，动物或人类患者)或细胞培养基)获得或衍生的样品。例如，生物学样品可以是从患有疾病(通过本发明的方法来诊断和/或治疗)的个体(例如，患者或动物模型)(或在动物模型的情况下，在人类患者中模拟该疾病)获得的样品，或从参考或对照(或其样品有助于参考标准或对照人群)的个体获得的样品。生物样品可以包含生物细胞、组织或流体或其任何组合。例如，生物样品可以是或可以包括腹水；血液；血细胞；体液，其中任何一种都可以包括或排除细胞(例如，肿瘤细胞(例如，至少在血液或淋巴血管中发现的循环肿瘤细胞(CTC)))或循环肿瘤DNA(ctDNA)；骨髓或其成分(例如，造血细胞，骨髓脂肪组织或基质细胞)；脑脊液(CSF)；粪便；弯曲液(flexural fluid)；自由浮动的核酸(例如，循环肿瘤DNA)；妇科液体；毛发；免疫浸润物；淋巴；腹膜液；血浆；唾液；皮肤或其组成部分(例如，毛囊)；痰；手术获得的标本；从皮肤或粘膜上刮擦或擦拭的组织(例如，在鼻子、嘴或阴道中)；组织或细针活检样本；尿；洗涤物或灌洗物，例如导管灌洗物或支气管肺泡灌洗物；或其他体液、组织、分泌物和/或排泄物。体液(例如，血液、CSF、淋巴、血浆或尿液)的样品或从中获得的样品可包括肿瘤细胞(例如，CTCs)和/或肿瘤的自由漂浮或无细胞的核酸。样品中的细胞(例如，癌细胞)可已从要治疗的个体患者中获得。以其获得形式使用的样品可以称为“初级”样品，而经过进一步处理(例如，通过去除样品中的一种或多种成分)的样品可以称为“次级”或“已处理”的样品。此类处理后的样品可能包含或富集了特定的细胞类型(例如，表达CDK7的细胞，其可能是肿瘤细胞)、细胞成分(例如，膜级分)或细胞材料(例如，一种或多种细胞蛋白，包括CDK7、DNA或RNA(例如，mRNA)，其可以编码CDK7，并可以进行扩增)。如本文所用，术语“生物标志物”是指其状态与特定生物事件相关的实体，因此它被认为是该事件的“标志物”(例如，特定癌症的存在及其对式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的敏感性)。可以在核酸或蛋白质水平分析生物标志物；在核酸水平上，可以分析野生型或突变型基因的存在(例如，拷贝数改变(CNA))、不存在或染色体位置、表观遗传改变(例如，甲基化)、其与超级增强子的关联和/或其表达水平(例如，通过初级RNA转录物或mRNA水平证明)。在蛋白质水平上，可以分析由生物标志基因编码的蛋白质的表达水平和/或活性。生物标志物可以指示其治疗结果或可能性(例如，增加的可能性)。因此，生物标志物可以是预测性的或预后性的，因此可用于如本文所述的鉴定或治疗患者的方法。

术语“癌症”是指其中生物细胞表现出异常生长表型的疾病，其特征在于在将损害患有该疾病的患者的程度上失去对细胞增殖的控制。可以根据癌症起源的组织类型(组织学类型)和/或根据癌症最初在体内的主要部位进行分类。根据组织学类型，癌症通常分为六大类：癌；肉瘤；骨髓瘤；白血病；淋巴瘤和混合类型。如本文所述治疗的癌症可以是这些类型中的任何一种，并且可以包含癌前(例如，良性)、恶性、转移前、转移和/或非转移的细胞。患有恶性肿瘤或恶性病变的患者患有癌症。本公开具体地确定了与其教导可能特别相关的某些癌症，并且这些癌症中的一种或多种可以以实体瘤或血液肿瘤为特征，也可以称为血癌(例如，本文所述的类型)。尽管并非所有癌症都表现为实体瘤，但我们可以互换使用术语“癌细胞”和“肿瘤细胞”来指代任何恶性细胞。

术语“组合疗法”是指受试者暴露于两种或更多种治疗方案(例如，两种或更多种治疗剂)以治疗单一疾病(例如，癌症)的情况。两种或多种方案/试剂可以同时或顺序施用。当同时施用时，约同时施用第一试剂的剂量和第二药剂的剂量，以使两种试剂对患者同时产生作用或在重叠的时间段内产生作用(如果第一试剂比第二药剂更快或更慢)。当顺序施用时，第一试剂和第二药剂的给药在时间上分开，使得它们可以或可以不同时对患者产生作用。例如，可以在同一小时或同一天之内给予第一和第二药剂，在这种情况下，当施用第二药剂时，第一试剂可仍保持活性。或者，在施用第一试剂和第二药剂之间可能要花费更长的时间，使得当施用第二药剂时第一试剂不再具有活性(例如，所有剂量的第一方案都在施用任何剂量的第二种方案之前通过相同或不同的施用途径施用，如治疗难治性癌症中可发生)。为了清楚起见，尽管在一些实施方案中，组合疗法不需要将两个试剂一起以单一组合物或同时施用，但是两种或更多种试剂，包括式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式和本文所述的第二药剂，可以在同一时间段内(例如，在同一小时、一天、一周或一个月内)施用。

术语“截止(cutoff)”和“截止值”意指在测定中测量的值，其定义群体的两个子集(例如，可能的响应者和非响应者(例如，对式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的响应者和非响应者))之间的分界线。在某些情况下，等于或高于截止值的值定义了群体的一个子集，而低于截止值的值定义了群体的另一子集。在其他情况下，等于或低于截止值的值定义了群体的一个子集，而高于截止值的值则定义另一子集。如下面进一步描述的，截止或截止值可以定义阈值。

如本文所用，“诊断信息”是用于确定患者是否患有疾病和/或用于将疾病分类(分层)为基因型或表型类别或对疾病的预后具有重要意义或可能响应于疾病的治疗(本文所述的一般治疗或任何特定治疗)的任何类别的信息。类似地，“诊断”是指获得或提供任何类型的诊断信息，包括但不限于受试者是否可能患有或发展疾病；该疾病是否已经或可能达到某种状态或阶段或表现出特定特征(例如，对治疗剂的耐药性)；与肿瘤的性质或分类有关的信息；与预后有关的信息(也可能与耐药有关)；和/或可用于选择合适的治疗方法的信息(例如，选择式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式，用于已鉴定患有可能对此类抑制剂或其他治疗方法有反应的癌症的患者)。根据本文所述方法分类(分层)并选择用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式治疗的患者可能对治疗反应良好，这意味着与尚未被鉴定且不在同一阶层的患有相同类型癌症的患者相比，该患者更有可能获得成功的治疗。可用的治疗方法包括治疗剂和其他治疗方式，例如手术，放射治疗等，选择合适的治疗方法包括选择不使用特定治疗剂；选择给药方案；以及采用组合疗法的选择。诊断信息可用于对患者进行分层，因此可用于根据，例如，生物标记物状态对给定患者进行鉴定和分类。获取诊断信息可以构成本文所述的任何患者分层方法中的步骤。

本领域技术人员将理解术语“剂型”可用于指活性剂(例如，治疗剂或诊断剂)物理上离散的单位以便向受试者施用。通常，每个这样的单位含有预定量的活性剂。在一些实施方案中，这样的量是适合于根据给药方案施用的单位剂量(或其整个部分)，所述给药方案已被确定为当向相关群体施用时(即，用治疗给药方案)与所需或有益的结果相关。本领域普通技术人员理解，向特定受试者施用的治疗组合物或药剂的总量由一名或多名主治医师确定，并且可包括施用多种剂型。

本领域技术人员将理解术语“给药方案”可用于指相隔相等或不等的时间来单独地向受试者施用的一组单位剂量(通常一个以上)。给定治疗剂通常具有可涉及一个或多个剂量的推荐给药方案，每个都可以包含相同或不同的单位剂量。在一些实施方案中，给药方案包括第一剂量量的第一剂量，然后是不同于第一剂量量的第二剂量的一个或多个另外的剂量。在一些实施方案中，当在相关人群中施用时，给药方案与期望或有益的结果相关(即，所述方案是治疗性给药方案)。

如本文所用，试剂(例如，本文所述的化合物，例如式(I)的化合物)的“有效量”，是指对于其施用产生或预期产生期望的效果的量。有效量将取决于以下因素而变化，例如期望的生物学终点、所施用化合物的药代动力学、所治疗的病症、所施用的方式和患者的特征，如下文进一步讨论并在本领域中公认的。该术语可以应用于治疗和预防方法。例如，治疗有效量是减少疾病的一种或多种体征或症状的发生率和/或严重性的量。例如，在治疗癌症中，有效量可以减少肿瘤负担，停止肿瘤生长，抑制转移或延长患者生存期。本领域普通技术人员将理解，该术语实际上并不要求在任何特定个体中实现成功的治疗。相反，治疗有效量是当施用于需要这种治疗的患者时在大量患者中提供特定期望的药理反应的量。在一些实施方案中，提及治疗有效量可以是指在一种或多种特定组织(例如，受疾病影响的组织)或液体(例如，血液、唾液、血清、汗液、眼泪、尿液等)中的施用量或测量。例如，作为给药方案的一部分，可以以单剂量或多剂量配制和/或施用有效量。

如本文所用，“增强子”是基因组DNA区域，其帮助调节基因的表达。已经发现增强子与它们调控的基因相距高达1Mbp。增强子可以重叠但通常不由基因编码区组成。增强子通常与转录因子结合，并由特定的组蛋白标记指定。

术语“患者”是指正在或可能经受本文所述的诊断方法或对其施用或可以施用本文所述的化合物或其指定形式以用于例如，实验、诊断、预防和/或治疗目的的任何生物。典型的患者包括动物(例如，哺乳动物，例如小鼠、大鼠、兔子、非人灵长类动物和人类；家养动物，例如狗和猫；以及家畜或任何其他具有农业或商业价值的动物)。患者可能患有或易患(即具有高于平均风险的罹患可能)本文所述的疾病，并且可能表现出其一种或多种症状或体征。

术语“药学上可接受的”当应用于用于配制本文公开的组合物(例如，药物组合物)的载体时，意为与组合物的其他成分相容并且对患者无害的载体(例如，其以所需和/或施用的量(例如，以单位剂型)无毒)。

当应用于本文所述的化合物的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式时，术语“药学上可接受的”是指在安全医学判断内的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式，其适用于与人类(例如，患者)和低等动物(包括但不限于实验室研究中使用的小鼠和大鼠)的组织接触而没有不可接受的毒性、刺激性、过敏响应等，以及可以与合理的收益/风险比相称的方式使用。许多药学上可接受的盐是本领域众所周知的(参见，例如，Berge等人，J.Pharm.Sci.66:1-19,1977)。本发明化合物的药学上不可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式也在本发明的范围内，并且可用于例如化学方法和合成以及体外进行的实验中。在药学上不可接受的组合物中，其化合物、盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式可能以太浓或太稀的量存在而不能施用于患者。本文描述的化合物的药学上可接受的盐包括衍生自合适的无机和有机酸和碱的那些。药学上可接受的、无毒的酸加成盐的实例是与无机酸例如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸或与有机酸例如乙酸、草酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸或通过使用本领域已知的其他方法，例如离子交换形成的氨基的盐。其他药学上可接受的盐包括己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐，硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡萄糖酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸、氢碘化物、2-羟基乙磺酸盐、乳生物酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一烷酸盐、戊酸盐等。衍生自适当的碱的盐包括碱金属，碱土金属、铵和N

如本文所用，术语“群体”是指一些数量的项目(例如，至少30、40、50或更多)，其足以合理反映较大群体中所测量的值在群体中的分布。在本发明的上下文中，所述群体可以是人类、实验动物或细胞系(例如)的离散组，其由至少一个共同特征来标识，以用于数据收集和分析。例如，“样本群体”是指足够大以合理反映值(例如，与生物标志物的状态有关的值)在较大样本组中的分布的多个样本。如本文所述，群体中的项目可以是生物学样品。例如，样本群体中的每个样本可以是细胞系的细胞或从患者或异种移植物获得的生物样品(例如，通过将致瘤细胞系或患者样品植入小鼠体内而在小鼠中生长的肿瘤)。如上所述，群体中的个体可以是由共同特征所标识的离散群体，该共同特征可以是相同的疾病(例如，相同类型的癌症)，无论该样本是从患有相同类型癌症的生物中获得的还是从代表该癌症的细胞系或异种移植物中获得的。

如本文所用，术语“流行率截止(prevalence cutoff)”相对于特定值(例如，与生物标记基因相关的SE的强度)意指定义群体的两个子集(例如，“响应者”的子集和“非响应者”的子集，顾名思义，分别包括可能或不太可能对一种或多种治疗剂产生有益反应的患者)之间的分界线的流行率等级(prevalence rank)。因此，等于或高于(例如，较低百分比值)流行率截止的流行率等级定义所述群体的一个子集；低于(例如，较高百分比值)流行率截止的流行率等级定义另一个子集。

如本文所用，术语“流行率等级”对于指定值(例如，特定生物标志物的mRNA水平)意指等于或大于所述特定值的群体的百分比。例如，测试细胞中特定生物标志物mRNA量的35％流行率等级表示35％的群体具有该水平的生物标志物mRNA或高于测试细胞。

如本文所用，术语“预后信息”和“预测信息”用于指可用于指示在不存在或存在治疗的情况下疾病或病症过程的任何方面的任何诊断信息。此类信息可包括但不限于患者的平均预期寿命、患者存活给定量时间(例如，6个月、1年、5年等)的可能性、患者将治愈疾病的可能性、患者的疾病将对特定疗法产生响应的可能性(其中响应可以以多种方式中的任何一种定义)。诊断信息可以是预后性的或预测性的。

如本文所用，术语“排序”是指值从最高到最低或从最低到最高的排列。

如本文所用，术语“RB-E2F途径”和“RB-E2F家族”是指一组基因和由其编码的蛋白质，如上下文将阐明的，其表达或活性调节RB基因家族的活性并转而调节E2F转录因子家族的活性，这些转录因子是进入细胞周期和细胞周期进展所必需的。下表含有RB-E2F家族中的基因列表，表明当前了解的编码蛋白质的功能以及这些生物标志物在癌症中的状态。我们使用简写“活化或过度表达”来表示基因的属性(例如，其拷贝数或表达水平)或其编码的蛋白质(例如，其表达或活性水平)在一些患有某些特定癌症的患者中高于健康受试者。此类活化或过度表达的RB-E2F家族成员的预定阈值可以通过比较分析确定，并且是当发现或在癌症患者中超过时，确定该患者是本文所述治疗的候选者的水平(例如，mRNA水平、蛋白质水平、基因拷贝数、与基因相关的增强子的强度)。我们使用简写“失活或表达不足”来表示基因的属性(例如，其拷贝数或表达水平)或其编码的蛋白质(例如，其表达或活性水平)在一些患有某些特定癌症的患者中低于健康受试者。此类失活或表达不足的RB-E2F家族成员的预定阈值可以通过比较分析来确定，并且是当在癌症患者中未得到时，确定该患者是本文所述治疗的候选者的水平(例如，mRNA水平、蛋白质水平、CNV、与基因相关的增强子的强度)。

对于本领域普通技术人员来说显而易见的是，对于那些在癌症中处于活化或过度表达的RB-E2F途径中的基因，将选择那些具有以下的患者：(1)在编码这种导致表达增加(例如基因拷贝数升高、导致活性增加的突变、导致表达增加的甲基化变化)的基因的DNA中的改变；(2)与导致表达增加(例如导致表达增加的组蛋白甲基化或组蛋白乙酰化模式)的基因相关的表观遗传改变；(3)由该基因编码的mRNA或蛋白质的表达水平增加。对于RB-E2F途径中那些在癌症中失活或表达不足的基因，将选择那些具有以下的患者：(1)编码这种导致表达或活性降低(例如基因拷贝数降低、导致活性降低或无活性的突变、导致表达降低的甲基化变化)的基因的DNA中的改变；(2)与导致表达降低(例如导致表达降低的组蛋白甲基化或组蛋白乙酰化模式)的基因相关的表观遗传改变；(3)由该基因编码的mRNA或蛋白质的表达水平降低。

如本文所用，“参考”是指相对于其进行比较的标准或对照。例如，将感兴趣的试剂、患者、群体、样品、序列或值与参考试剂、患者、群体、样品、序列或值进行比较。可以与感兴趣的项目的分析或确定基本同时地分析或确定该参考，或者该参考可以构成历史标准或对照，可以在较早的时间点确定并任选地包含在有形介质中。本领域普通技术人员在选择合适的参考方面受过良好的训练，这些参考通常是在与感兴趣的项目所遇到的条件相当的条件下确定或表征的。当存在足够的相似性以证明依赖于和/或与特定可能的参考或对照进行比较时，本领域技术人员将理解。

如本文所用，对治疗的“响应”是由治疗引起或与治疗相关的患者病症的任何有益改变。所述改变可以是病症的稳定(例如，抑制在没有治疗的情况下会发生的恶化)、一种或多种体征或症状的改善、延迟发作和/或频率降低。病症的治愈前景的改善、更长的存活时间等。响应可以是患者的响应或肿瘤的响应。

如本文所用，当术语“强度”用于指增强子或SE的一部分时，它是指相对于分析的基因组DNA片段的长度绘制的H3K27Ac或其他基因组标记读数的数量的曲线下面积。因此，“强度”是在限定选择要测量的区域的碱基对跨度上测量给定碱基对处的标记所产生的信号的积分。

如本文所用，术语“超级增强子”(SE)是指相对于特定细胞或细胞类型中的其他增强子，含有不成比例的组蛋白标记和/或转录蛋白份额的增强子子集。预计由SE调节的基因对细胞功能非常重要。SE通常是通过基于强度对细胞中所有增强子进行排序，并使用可用软件(例如ROSE(bitbucket.org/young_computation/rose))确定在细胞中强度显著高于中值增强子的增强子子集来确定的(参见，例如，美国专利9,181,580，其全文通过引用方式并入本文)。

术语“阈值”和“阈值水平”是指定义群体的两个子集(例如，响应者和非响应者)之间的分界线的水平。阈值或阈值水平可以定义流行率截止或截止值。

如本文所用，术语“治疗(treatment)”、“治疗(treat)”和“治疗(treating)”是指逆转、减轻、延迟本文所述的“病理状况”(例如，疾病，如癌症)的发作和/或抑制其进展。在一些实施方案中，“治疗(treatment)”、“治疗(treat)”和“治疗(treating)”要求疾病的体征或症状已经发展或已经被观察到。在其他实施方案中，可以在不存在疾病或病症的体征或症状的情况下(例如，根据症状史和/或根据遗传或其他易感性因素)施用治疗。也可以在症状消退后继续治疗，例如，以延迟或抑制复发。

由于本发明涉及用于诊断和治疗患有癌症的患者的组合物和方法，术语“活性剂”、“抗癌剂”、“药剂”和“治疗剂”可互换使用(除非上下文明确指出否则)且式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式将被本领域普通技术人员理解为活性剂、抗癌剂、药物剂或治疗剂。如上所述，治疗方法和用途涵盖组合疗法/用途，其中式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式与一种或多种如本文所述的另外的药剂(例如，另外的抗癌治疗剂)组合施用或使用。按照惯例，在需要两种药剂的任何实施方案中，我们可以将一种称为“第一”药剂并且将另一种称为“第二”药剂以强调第一和第二药剂彼此不同。在采用三种药剂的情况下，我们称为“第三药剂”。

如所指出的，使用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式的每种治疗方法和任何诊断方法也可以在用途方面表示，反之亦然。例如，本发明涵盖本文所述的化合物或组合物用于治疗本文所述的疾病(例如，癌症)的用途；用于诊断和/或治疗疾病(例如，癌症)的化合物或组合物；以及该化合物或组合物在制备用于治疗本文所述疾病(例如，癌症)的药物中的用途。

接受本文所述的诊断或治疗方法的患者可能患有血癌，其也可称为造血或血癌症或恶性肿瘤，并且本文所述的任何方法可能需要分析生物样品，例如，从患者获得的血液或淋巴液中的本文所述的生物标志物。更具体地，在各种实施方案中，所述血癌可以是白血病，诸如急性淋巴细胞性白血病(ALL；例如，B细胞ALL或T细胞ALL)、急性髓细胞性白血病(AML；例如，B细胞AML或T细胞AML)、慢性髓细胞性白血病(CML；例如，B细胞CML或T细胞CML)、慢性淋巴细胞白血病(CLL；例如，B细胞CLL(例如，毛细胞白血病)或T细胞CLL)、慢性中性髓细胞性白血病(CNL)或慢性粒单核细胞白血病(CMML)。所述血癌也可以是淋巴瘤，诸如霍奇金淋巴瘤(HL；例如，B细胞HL或T细胞HL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL，其可以被认为是侵袭性的；例如，B细胞NHL或T细胞NHL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤(CLL/SLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、边缘区淋巴瘤(MZL)，例如B细胞淋巴瘤(例如，脾边缘区B细胞淋巴瘤)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤(例如，脾边缘区B细胞淋巴瘤)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤(BL)、淋巴浆细胞性淋巴瘤(即Waldenstrom巨球蛋白血症)、免疫原性大细胞淋巴瘤、前体B淋巴母细胞淋巴瘤或原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤。所述B细胞NHL可以是弥散性大细胞淋巴瘤(DLCL；例如，弥散性大B细胞淋巴瘤(DLBCL；例如，生发中心B细胞样(GCB)DLBCL或活化的B细胞样(ABC)DLBCL))，并且所述T细胞NHL可以是前体T淋巴母细胞淋巴瘤或周围性T细胞淋巴瘤(PTCL)。接下来，所述PTCL可以是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)，例如蕈样肉芽肿或Sezary综合征、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤、结外自然杀伤性T细胞淋巴瘤、肠病型T细胞淋巴瘤、皮下神经炎样T细胞淋巴瘤或间变性大细胞淋巴瘤。

在其他实施方案中，所述癌症的特征在于实体瘤被认为是其主要部位或为转移性的。例如，在各种实施方案中，如本文所述治疗或预防的癌症或肿瘤是听神经瘤；腺癌；肾上腺癌；肛门癌；血管肉瘤(例如，淋巴管肉瘤、淋巴管内皮细胞肉瘤、血管内皮瘤)；阑尾癌；良性单克隆丙种球蛋白病(也称为未知意义的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)；胆道癌(例如，胆管癌)；膀胱癌；乳腺癌(例如，乳腺腺癌、乳腺乳头状癌、乳腺癌(mammary cancer)，乳腺髓样癌；其中任何一种都可能存在于具有特定特征的受试者中，例如HR+(ER+或PR+)、HER2+、HR-(既没有雌激素也没有孕酮受体)、三阴性乳腺癌(TNBC；ER-/PR-/HER2-)或三阳性的乳腺癌(ER+/PR+/HER2+)；脑癌(例如，脑膜瘤、胶质母细胞瘤，神经胶质瘤(例如星形细胞瘤，少突胶质细胞瘤)，髓母细胞瘤)；支气管癌；类癌，其可能是良性的；子宫颈癌(例如，子宫颈腺癌)；绒毛膜癌；脊索瘤；颅咽管瘤；大肠内存在的癌症，例如结直肠癌(CRC，例如结肠癌、直肠癌或结直肠腺癌)；结缔组织癌；上皮癌；室管膜瘤；内皮肉瘤(例如，卡波西肉瘤或多发性特发性出血肉瘤)；子宫内膜癌(例如，子宫癌、子宫肉瘤)；食道癌(例如，食道腺癌，巴雷特氏腺癌(Barrett’s adenocarcinoma))；尤文氏肉瘤(或其他小儿肉瘤，诸如胚胎性横纹肌肉瘤或肺泡横纹肌肉瘤)；眼癌(例如，眼内黑色素瘤、视网膜母细胞瘤)；熟悉的嗜曙红细胞过多增多症(familiar hypereosinophilia)；胆囊癌；胃癌(例如，胃腺癌)；胃肠道间质瘤(GIST)；生殖细胞癌；头颈癌(例如，头部或颈部鳞状细胞癌、口腔癌(例如，口腔鳞状细胞癌)、喉癌(例如，喉癌、咽喉癌(pharyngeal cancer)，鼻咽癌、口咽癌))；下咽癌；炎性肌纤维母细胞瘤；免疫细胞淀粉样变性；肾癌(例如，肾母细胞瘤又称威尔姆氏瘤、肾细胞癌)；肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)，恶性肝癌)；肺癌(例如，支气管癌、小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、腺癌、鳞状细胞癌或肺大细胞癌)；平滑肌肉瘤(LMS)；肥大细胞增多症(例如，全身性肥大细胞增多症)；口腔癌；肌肉癌；骨髓增生异常综合征(MDS)；间皮瘤；骨髓增生性障碍(MPD)(例如，真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)、特发性髓样化生(AMM)又称骨髓纤维化(MF)、慢性特发性骨髓纤维化、高嗜酸细胞综合征(HES))；成神经细胞瘤；神经纤维瘤(例如，1型或2型神经纤维瘤(NF)、神经鞘瘤(schwannomatosis))；神经内分泌癌(例如，胃肠道胰腺神经内分泌肿瘤(GEP-NET)，类癌)；骨肉瘤(例如，骨癌)；卵巢癌(例如，囊腺癌、卵巢胚胎癌、卵巢腺癌、HGSOC、LGSOC、上皮性卵巢癌(例如，卵巢透明细胞癌或黏液性癌)、性索间质肿瘤(粒细胞)和子宫内膜样肿瘤)；乳头状腺癌；胰腺癌(无论是外分泌性肿瘤(例如，胰腺腺癌，胰腺导管腺癌(PDAC))、导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)还是神经内分泌肿瘤(例如，PNET或胰岛细胞瘤)；阴茎癌(例如，阴茎和阴囊的Paget病)；松果体瘤；原发性腹膜癌，原始神经外胚层肿瘤(PNT)；浆细胞瘤；副肿瘤综合征；前列腺癌，其可能是去势抵抗性的(例如，前列腺腺癌)；横纹肌肉瘤；唾液腺癌；皮肤癌(例如，鳞状细胞癌(SCC)、角膜棘皮瘤(KA)、黑色素瘤、基底细胞癌(BCC))；小肠(small bowel)或小肠(smallintestine)癌；软组织肉瘤(例如，恶性纤维组织细胞瘤(MFH)、脂肪肉瘤、恶性周围神经鞘瘤(MPNST)、软骨肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤)；皮脂腺癌；汗腺癌；滑膜瘤；睾丸癌(例如，精原细胞瘤、睾丸胚胎癌)；甲状腺癌(例如，甲状腺乳头状癌、乳头状甲状腺癌(PTC)、甲状腺髓样癌)；尿道癌；阴道癌和外阴癌(例如，外阴的Paget病)。我们使用术语“胃肠道癌”来指代胃肠道中任何地方存在的癌症，包括口腔、咽喉、食道、胃、大肠或小肠，直肠和肛门的癌症。如上所述，所述癌症可以是神经内分泌癌，并且可以如本文所述地治疗这类肿瘤，而与它们所处的器官无关。可以在含有刚刚列出的任何癌症类型的肿瘤细胞或ctDNA的生物样品中分析本文所述的生物标志物。此外，通过分析如本文所述的生物标志物鉴定的患者可以是“新诊断的”并且因此先前未接触式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式，并且类似地，先前未接触到如本文所述的第二药剂。我们可以将这样的患者称为未经治疗的患者。

涉及诊断和/或治疗本文所述癌症(或一种或多种化合物用于此类目的的用途)的本发明方法可明确排除本文所述的任何一种或多种类型的癌症。例如，本发明的特征在于通过施用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式来治疗癌症的方法，前提是所述癌症不是乳腺癌；前提是所述癌症不是乳腺癌或白血病；前提是所述癌症不是乳腺癌、白血病或卵巢癌；依此类推，从本文列出的任何癌症中选择排除，并从与本发明其他方面和实施方案相关的元素列表中选择变量的相同概念排除(例如，本文所述化合物的化学取代基或试剂盒和药物组合物的成分)。因此，在将元素表示为列表的情况下(例如，以Markush组格式)，该元素的每个可能的子组也被公开，并且可以从该组中删除任何一个或多个元素。

一方面，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式在通过分析含有来自患者的癌细胞或ctDNA的生物样品中生物标志物BCL2、RB1、RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C或FBXW7而鉴定的患者中治疗癌症的用途。分析生物标志物可包括分析其序列以检测突变或确定CNA、与SE的关联、RNA表达水平(例如，mRNA表达)或上述指示生物标志物状态的另一特征。通过分析BCL2、RB1、RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C或FBXW7确定的患者可以：用铂基治疗剂(例如卡铂、顺铂或奥沙利铂)作为第二药剂治疗；为具有对铂基治疗剂(例如卡铂、顺铂或奥沙利铂)产生耐药性的癌症的患者；或为经历CDK4/6抑制剂单独使用或与芳香酶抑制剂、选择性雌激素受体调节剂(SERM)、选择性雌激素受体降解剂(SERD)或雌激素抑制剂中的一种或多种组合使用治疗的患者，其中任何一种都可选自本文提供的或本领域已知的此类试剂的描述。患者的癌症可能已经对CDK4/6抑制剂产生了耐药性，或者有变成这样的风险。在这些用途的背景下(例如，在通过分析生物标志物BCL2、RB1、RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C或FBXW7来鉴定患者的情况下)，所述癌症可以是乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)、HR+或本文所述的其他类型的乳腺癌)、卵巢癌(例如，HGSOC)、肺癌(例如，SCLC、NSCLC或本文所述的其他肺癌))、视网膜母细胞瘤或血癌(例如，急性髓性白血病(AML))。

治疗此类患者的方法包括施用有效量的式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤，任选地在本文所述的药物组合物中和/或根据本文所述的给药方案。

在另一方面，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式在通过在含有来自患者的癌细胞或ctDNA的生物样品中分析生物标志物CCNE1、CCNE2、RB1、CDK6、CCND1、CCND2、CCND3或CCKN2A而鉴定的患者中治疗癌症的用途。分析生物标志物可包括分析其序列以检测突变或确定CNA、与SE的关联、RNA表达水平(例如，mRNA表达)或上述指示生物标志物状态的另一特征。通过分析CCNE1、CCNE2、RB1、CDK6、CCND1、CCND2、CCND3或CCKN2A确定的患者可以是已经接受、目前正在接受或将接受(例如，已经开处方)以下治疗的患者：Bcl-2抑制剂，如维奈托克、SERM，如他莫昔芬、SERD，如氟维司群，或PARP抑制剂，如奥拉帕尼或尼拉帕尼。在这些方法的背景下，患者可能患有乳腺癌(例如，TNBC或HR+乳腺癌)、淋巴瘤、黑色素瘤(例如，家族性黑色素瘤)、卵巢癌(例如，HGSOC)或胰腺癌(例如，PDAC)。例如，当生物标志物是CDKN2A时，患者可能患有TNBC、PDAC或HGSOC。例如，当生物标志物是CCNE1时，患者可能患有TNBC、HGSOC、黑色素瘤(例如家族性黑色素瘤)或淋巴瘤。如上所述，本领域普通技术人员将认识到给定基因与其编码的蛋白质之间的关系，这在本领域中是众所周知的。因此，很明显我们对例如“生物标志物BCL2”的提及涵盖对生物标志物基因Bcl2-样1和由其编码的生物标志物蛋白(BCL2)的分析；“生物标志物CCNE1”包括对生物标志物基因CCNE1及其编码的生物标志物蛋白(周期蛋白E1)的分析；等等。治疗此类患者的方法包括施用有效量的式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤，任选地在本文所述的药物组合物中和/或根据本文描述的给药方案。

在另一方面，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式在通过在含有来自患者的癌细胞或ctDNA的生物样品中分析生物标志物MYC(参见Kalkat等人，Genes 8(6):151,2017)、CDK1、CDK2、CDK4、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、ESR-1或FGFR1而鉴定的患者中治疗癌症的用途。分析生物标志物可包括分析MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、ESR-1或FGFR1内的任何突变或确定CNA、与SE的关联、RNA表达水平(例如，mRNA表达)或以上描述为指示生物标志物状态的另一特征。患者可能患有乳腺癌(例如，TNBC或卵巢癌(例如，HGSOC)，并且可能对铂基抗癌剂(如卡铂、顺铂或奥沙利铂)耐药，对吉西他滨耐药，对PARP抑制剂(如奥拉帕尼或尼拉帕尼)耐药，或对紫杉烷类(如紫杉醇)耐药。治疗此类患者的方法包括施用有效量的式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤，任选地在本文所述的药物组合物中和/或根据本文描述的给药方案。C-myc编码至少两种表观分子量分别为62,000和66,000的磷蛋白(参见Ramsay等，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)81(24):7742-7746,1984)，并且已经通过H3K27Ac ChIP-seq(ChIP-sequencing)方法确定在chr8:128628088-128778308(人类基因组构建(genomebuild)hg19/GRCh37的Gencode v19注释)有与MYC基因相关的SE基因座。

在另一方面，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式在治疗已通过分析生物标志物CDK7或CDK9鉴定的患者的癌症中的用途。分析生物标志物可包括分析CDK7或CDK9内的任何突变或确定CNA、与SE的关联、RNA表达水平(例如，mRNA表达)或上述指示生物标志物状态的另一特征。在生物标志物是CDK7或CDK9的情况下，患者可能患有淋巴瘤并且诊断/鉴定步骤可以更具体地基于对CDK7的分析(例如，CDK7mRNA的水平)；患者可能患有乳腺癌(例如，TNBC)，诊断/鉴定步骤更具体地基于CDK9(例如，CDK9 mRNA的水平)；患者可能患有TNBC或肺癌(例如，SCLC)，诊断步骤更具体地基于CDK19(例如，基于CDK19 mRNA的水平)。治疗此类患者的方法包括施用有效量的式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤，任选地在本文所述的药物组合物中和/或根据本文描述的给药方案。

在另一方面，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式在治疗已通过在含有来自患者的癌细胞或ctDNA的生物样品中分析生物标志物BRAF、E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7或E2F8鉴定的患者的癌症中的用途。分析生物标志物可包括分析其序列以检测突变或确定CNA、与SE的关联、RNA表达水平(例如，mRNA表达)或上述指示生物标志物状态的另一特征。通过分析BRAF、E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7或E2F8(由于具有等于或高于预定阈值的特征，如本文所述)鉴定的患者可以是已接受、正在接受或将接受(例如，已被开处方)以下的患者：PI3K抑制剂治疗，例如阿培利斯或卡培他滨、铂类抗癌剂，例如卡铂、顺铂或奥沙利铂，或长春新碱。在这些方法的背景下，患者可能患有黑色素瘤、肺癌(例如，NSCLC)、胃肠道癌(例如，CRC)、甲状腺癌、成视网膜细胞瘤或白血病(例如，毛细胞白血病)。治疗此类患者的方法包括施用有效量的式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤，任选地在本文所述的药物组合物中和/或根据本文描述的给药方案。

本文所述的化合物或其他组合物(例如，包含式(I)、(Ia)的化合物，其种类或指定形式的药物组合物)可以在组合疗法中(例如，如本文所定义和进一步描述)与本文所述的第二药剂或其多种(即，如本文所述被鉴定为可以用第一、第二和第三药剂治疗的患者)施用。组合疗法中使用的另外的/第二药剂极有可能对相同的障碍(例如，相同的癌症)达到预期的效果，但是它可能会实现对患者有帮助的不同效果。因此，本发明的特征在于药物组合物，其包含任选地以治疗有效量的式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式(例如，药学上可接受的盐)，用于治疗如本文所述鉴定的患者。所述药物组合物可任选地包括本文所述的任何另外的/第二药剂；和药学上可接受的载体。所述第二/另外的试剂可以选自Bcl-2抑制剂，例如维奈托克(维奈托克)、PARP抑制剂，例如奥拉帕尼或尼拉帕尼，铂基抗癌剂，例如卡铂、顺铂或奥沙利铂，紫杉烷类，诸如多西他赛或紫杉醇(paclitaxel)(或紫杉醇蛋白结合(可作为

除非另有说明，当在本发明的方法中使用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其特定变体与第二治疗剂的组合时，所述第二治疗剂可与式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式同时施用、在其之前或之后施用。可以以针对该药剂确定的剂量和/或时间表施用第二治疗药剂。另外的/第二治疗剂也可以与式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式一起以单一剂型施用或以不同剂型分开施用。一般而言，但不限于，预期与式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式组合使用的第二治疗剂将以不超过它们被单独使用的水平使用。在一些实施方案中，由于协同效应，组合使用的第二治疗剂的水平将低于单一疗法中使用的水平。

特别是针对如本文所述鉴定的患者的组合疗法：(a)所述癌症为TNBC、ER

关于组合疗法，如本文所述鉴定的患者可用式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式与一种或多种第二药剂的组合进行治疗，所述第二药剂可以是但不限于Bcl-2抑制剂，例如APG-1252、APG-2575、BP1002(prexigebersen)、称为奥利默森(oblimersen)的反义寡核苷酸(G3139)、S55746/BCL201或维奈托克(例如，维奈托克片剂，以

APG-1252是一种双重Bcl-2/Bcl-XL抑制剂，在早期临床试验中显示出前景，当患有SCLC或其他实体瘤的患者每周两次静脉内给药10-400mg(例如160mg)之间，在28天的周期中持续3周。(参见Lakhani等人，J.Clin.Oncol.36:15_suppl,2594，以及ClinicalTrials.gov识别码NCT03080311)。APG-2575是Bcl-2选择性抑制剂，已在FL和DLBCL与依鲁替尼组合的临床前研究中显示出前景(参见Fang等人，AACR Annual Meeting2019,Cancer Res.79(13Suppl)：摘要No.2058)，并已开始作为血癌患者的单药疗法进行临床试验；在剂量递增研究中，患者每天一次口服20mg，连续四个星期作为一个周期。计划将其逐步升高至50、100、200、400、600和800mg，以鉴定MTD(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT03537482)。BP1002是靶向Bcl-2mRNA的不带电荷的P-乙氧基反义寡聚脱氧核苷酸，与其他反义类似物相比，可能具有更少的不良反应，并且在抑制BP1002孵育四天的人淋巴瘤细胞系和植入SCID小鼠中的CJ细胞(转化的FL细胞)的生长方面显示出了前景(参见Ashizawa等人，AACR Annual Meeting 2017,Cancer Res.77(13Suppl：摘要No.5091)。BP1002也已与阿糖胞苷(LDAC)组合治疗患有AML的患者(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT04072458)。S55746/BCL201是口服可用的选择性Bcl-2抑制剂，在小鼠中证明其在两种血癌异种移植模型中均具有抗肿瘤功效(Casara等人，Oncotarget 9(28):20075-88,2018)。I阶段的剂量递增研究设计为将含有50或100mg的S55746的薄膜包衣片剂以高达1500mg的剂量施用至具有CLL或B细胞NHL的患者(包括FL、MCL、DLBCL、SLL、MZL和MM(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT02920697)。维奈托克片剂已被批准用于治疗成年CLL或SLL患者，并与氮杂胞苷或地西他滨或低剂量阿糖胞苷组合用于在至少75岁或患有不能使用强化诱导化疗的合并症的患者中治疗新诊断的AML。CLL/SLL的剂量可以遵循为期五周的启动时间表，而AML的剂量可以遵循为期四天的启动时间表，两者均在产品插页中进行了介绍，并附有其他相关信息(也参见美国专利8,546,399；9,174,982和9,539,251，其全部内容通过引用并入本文)。在AML患者中Alvocidib与阿糖胞苷/米托蒽醌或阿糖胞苷/柔红霉素组合被研究，其施用细节可在ClinicalTrials.gov上获得，识别码为NCT03563560(另请参见Yeh等人，Oncotarget 6(5):2667-2679,2015、Morales等人Cell Cycle 15(4):519-527,2016和Zeidner等人，Haematologica 100(9):1172-1179,2015)。AT7519已按剂量递增方式向患有难治性实体瘤的合格患者施用。尽管有一些临床活性的证据，但按照Mahadevan等人描述的剂量方案，QTc延长的出现妨碍了其进一步发展(J.Clin.Oncol.ASCO摘要No.3533；另见Santo等人，Oncogene 29:2325-2336,2010，其描述了AT7519在MM中的临床前活性)。AZD5576在纳摩尔水平上诱导乳腺癌和肺癌细胞系的凋亡(参见Li等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.27(15):3231-3237,2017)，并且已检查单独或与acalabrutinib组合用于治疗NHL(参见AACR 2017摘要No.4295)。BAY1251152是I期临床试验的对象，以表征晚期血癌患者的MTD；在21天的周期内每周注入该试剂(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT02745743；另参见Luecking等人，AACR 2017摘要No.984)。Voruciclib是临床阶段的口服CDK9抑制剂，其抑制MCL-1并使高危DLBCL对BCL2抑制敏感。Dey等人(Scientific Reports 7:18007,2017)表明，沃卢西利和维奈托克的组合有望用于一部分高危DLBCL患者(另参见ClinicalTrials.gov识别码NCT03547115)。氟维司群已被批准施用于具有晚期激素受体(HR)阳性、HER2阴性乳腺癌，带有HR阳性转移性乳腺癌的绝经后妇女，其病情在经过其他抗雌激素疗法治疗后进展，并与帕博西尼

当组合疗法使用本发明的化合物和：CDK4/6抑制剂，患者可能患有乳腺癌(例如，TNBC或ER+乳腺癌)、胰腺癌、肺癌(例如，SCLC或NSCLC)，或头部或颈部鳞状细胞癌；CDK9抑制剂，患者可能患有乳腺癌，更具体地说，患有Her2

在与使用RB-E2F途径基因(或它们编码的蛋白质)作为生物标志物有关的一些方面，本发明提供了治疗患有癌症并如本文所述鉴定的患者的方法，其包括向鉴定为具有以下任一者的患者施用有效量的式(I)的CDK7抑制剂：(a)癌症中CCNE1 mRNA或蛋白质的水平等于或高于预定阈值；和/或(b)癌症中RB1 mRNA或蛋白质的水平等于或低于预定阈值。在这些实施方案的一些方面，该方法进一步包括确定存在于来自患者的癌细胞样品中的RB1和/或CCNE1 mRNA或蛋白质的水平。在各种实施方案中，人类患者被诊断为患有响应该测定的对CDK7抑制剂敏感的癌症；患有卵巢癌；或患有乳腺癌(例如，TNBC或HR

本发明还提供治疗基于对CDK4/6抑制剂治疗具有耐药性而选择的人类患者中生物标志物鉴定的HR+乳腺癌的方法，其包括向患者施用式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的步骤。在一些实施方案中，在施用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式之前，患者是、已确定为或已经对之前使用CDK4/6抑制剂单独或与除CDK7抑制剂以外的其他乳腺癌SOC试剂的组合治疗变得耐药(在一些初始反应之后)，所述SOC试剂例如芳香酶抑制剂(例如，来曲唑、阿那曲唑)或SERM(例如，他莫昔芬、雷洛昔芬，或托瑞米芬)、SERD(例如，氟司维群)，或雌激素抑制剂，如阿那曲唑(可作为

增强子或SE可以通过本领域已知的各种方法来鉴定(参见Hinsz等人，Cell,155:934-947,2013；McKeown等人，Cancer Discov.,7(10):1136-53；和PCT/US2013/066957，其各自通过引用整体并入本文)。可以通过从患者获得生物样品来鉴定SE(例如，从活组织或其他来源，如本文所述)。增强子测量的重要指标出现在两个维度上：沿着DNA的长度，在该长度上连续检测到基因组标记(例如，H3K27Ac)，以及沿该DNA跨度的每个碱基对的基因组标记的编译发生率，构成幅度的编译发生率。由长度和幅度分析的积分产生的曲线下面积(“AUC”)的测量决定了增强子的强度。BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)的某些基因SE的强度相对于适当参考可用于诊断(分层)患者，从而确定患者是否可能对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式有响应。对于本领域普通技术人员而言，特别是根据本说明书，以下将是显而易见的：对于BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA，或编码E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)的某些基因和参考/对照中的每一个，如果检测到基因组标记的DNA长度相同，则BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)的某些基因SE的幅度比相对于对照将等同于强度并且还可用于确定患者是否将对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式有响应。细胞中的BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)的某些基因SE的强度可以在将其与其他样本进行比较之前进行归一化。归一化是通过与同一细胞中已知包含普遍存在的SE或在所有细胞中都以相似的水平存在的增强子的区域进行比较来实现的。这种普遍存在的超级增强子区域的一个例子是MALAT1超级增强子基因座(chr11:65263724-65266724)(基因组构建hg19)。

已经通过H3K27Ac ChIP-seq(ChIP-测序)方法确定存在在chr1:205399084-205515396处与CDK18基因相关的SE基因座；在chr6:110803523-110896277处与CDK19基因相关的SE基因座；在chr19:30418503-30441450处与CCNE1基因相关的SE基因座；和在chr8:38233326-38595483处与FGFR1基因相关的SE基因座。所有基因座均基于人类基因组构建hg19/GRCh37的Gencode v19注释。

ChIP-seq通过将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模平行DNA测序相结合来鉴定DNA相关蛋白的结合位点，从而分析蛋白质与DNA的相互作用。它可用于为任何感兴趣的蛋白质精确绘制全局结合位点。以前，ChIP-on-chip是用于研究这些蛋白质-DNA关系的最常用技术。成功的ChIP-seq取决于许多因素，包括超声处理强度和方法、缓冲液成分、抗体质量和细胞数量(参见，例如，Furey,Nature Reviews Genetics 13:840-852,2012)；Metzker,Nature Reviews Genetics 11:31-46,2010；和Park,Nature Reviews Genetics 10:669-680,2009)。除H3K27Ac外，可用于使用ChIP-seq鉴定SE的基因组标记包括P300、CBP、BRD2、BRD3、BRD4、介质复合物的成分(Loven等人，Cell,153(2):320-334,2013)、组蛋白3赖氨酸4单甲基化(H3K4me1)和其他组织特异性增强子相关转录因子(Smith和Shilatifard,NatureStruct.Mol.Biol.,21(3):210-219,2014；和Pott和Lieb，Nature Genetics,47(1):8-12,2015)。增强子强度的量化和SE的鉴定可以使用SE评分来确定(McKeown等人，CancerDiscov.7(10):1136-1153,2017；DOI:10.1158/2159-8290.CD-17-0399)。

在某些情况下，细胞系或患者样本的整个基因组的H3K27Ac或其他标记ChIP-seq数据SE图已经存在。然后可以简单地确定在chr8:128628088-128778308(基因组构建hg19)基因座的此类图中增强子或SE的强度或有序等级(ordinal rank)是否等于或高于预定阈值水平。在一些实施方案中，将简单地确定在chr1:205399084-205515396(基因组构建hg19)基因座的此类图中增强子或超级增强子的强度或有序等级是否等于或高于预定阈值水平。

应当理解，BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)的某些基因的特定染色体位置和MALAT1可能因不同的基因组构建和/或不同的细胞类型而异。对于Bcl2-样1、CDK7、CDK9、CDKN2A和RB1或其他在癌症中表达不足的E2F途径成员(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2)也是如此。然而，本领域技术人员，特别是鉴于本说明书，可以通过在此类其他基因组构建中定位对应于基因组构建hg 19中的基因座的特定序列来确定此类不同位置。

在本方法的上下文中可用于鉴定SE的其他方法包括染色质免疫沉淀(Delmore等人，Cell,146(6):904-917,2011)、芯片阵列(ChIP-chip)和染色质免疫沉淀然后qPCR(ChIP-qPCR)，其使用相同的免疫沉淀基因组标记和寡核苷酸序列，这些序列与chr8:128628088-128778308(基因组构建hg19)MYC基因座或chr1:205399084-205515396(基因组构建hg19)CDK18基因座杂交(例如)。在ChIP-chip的情况下，与其他基于阵列的技术一样，信号通常通过探针和输入分析样品杂交产生的强度荧光检测。对于ChIP-qPCR，在插入PCR反应中生成的双链DNA后会发出荧光的染料用于测量模板的扩增。

在一些实施方案中，确定细胞是否具有BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因SE强度等于或高于必要阈值水平，是通过比较在测试细胞中BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度与相应的在细胞样品群中的BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因强度来实现的，其中每个细胞样品获自反映相同的待治疗疾病的不同来源(例如，不同的患者、不同的细胞系、不同的异种移植物)。在一些实施方案中，仅使用来自患者的原发性肿瘤细胞样品来确定阈值水平。在这些实施方案的一些方面，至少一些群体中的样本将测试对特定CDK7抑制剂(例如，式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式)的反应性以建立：(a)在对特定化合物有响应的群体中的样本的最低M BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度(“最低响应者”)；并且，任选地，(b)在对该特定化合物没有响应的群体中的样本的最高BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度(“最高无响应者”)。在这些实施方案中，将BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度的截止(高于其的测试细胞将被视为对该特定化合物有响应)设置为：i)在群体中最低响应者中等于或最多5％高于BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度；或ii)在群体中最高无响应者中等于或最多5％高于BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度；或iii)在群体中最低响应者和最高无响应者中BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度之间的值。

在上述实施方案中，并非群体中的所有样品都必须测试对特定CDK7抑制剂(例如，式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式)的响应性，但所有样本都测量了BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PICKCA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度。在一些实施方案中，样品基于MBRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PICKCA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度进行等级排序。选择上述三种方法中的哪一种来建立截止将取决于在群体中最低响应者和最高无响应者之间的BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度的差异，以及目标是最小化假阳性的数量还是最小化错过潜在响应样本或患者的可能性。当最低响应者和最高无响应者之间的差异很大时(例如，当有许多未测试响应性的样本以BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度的等级排序位于最低响应者和最高无响应者之间时)，截止通常设置为等于或最多5％高于在群体中最低响应者中BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度。该截止最大化了潜在响应者的数量。当这种差异很小时(当有很少或没有未测试响应性的样本以BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度的等级排序位于最低响应者和最高无响应者之间时)，截止通常设置为介于最低响应者和最高无响应者BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度之间的值。该截止最小化假阳性的数量。当最高无响应者具有BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度大于最低响应者，截止通常设置为等于或最多5％高于在群体中最高无响应者中BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因增强子强度。这种方法也最小化假阳性的数量。

在一些实施方案中，上文讨论的方法可用于简单地确定来自患者的患病细胞(例如，癌细胞)是否具有与本文所述的生物标志物基因(例如，BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA，或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因或由其编码的蛋白质)相关的SE。SE的存在表明患者可能对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式响应良好。当增强子的强度等于或高于与MALAT-1相关的增强子时，确定细胞具有与生物标志物(例如，BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA，或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因或由其编码的蛋白质)相关的SE。在替代实施方案中，当BRAF-、MYC-、CDK1-、CDK2-、CDK4-、CDK6-、CDK17-、CDK18-、CDK19-、CCNA1-、CCNB1-、CCNE1-、ESR-1-、FGFR1-、PIK3CA-或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因相关的增强子具有的强度为细胞中所有增强子的中值强度的至少10倍时，确定细胞具有与BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA，或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因相关的SE。在其他实施方案中，当基因相关的增强子的强度高于其中细胞中每个增强子的强度的等级排序图中切线斜率为1的点时，确定细胞具有与前述基因相关的SE。

对于任何生物标志物(例如，在涉及CDK18的实施方案中)，增强子强度的截止可以转换为流行率截止，然后可以将其应用于生物标志物RNA水平(例如，CDK18 mRNA)水平以确定在给定的mRNA测定中的mRNA截止值。

在一些实施方案中，使用相同的测定将患者中的生物标志物mRNA水平(如，例如在从患者获得的生物样品中评估的)与具有相同的疾病或病症的患者群体中的相同感兴趣的基因/生物标志物mRNA水平进行比较以鉴定对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式的可能响应者。当生物标志物的另一个特征被选择用于分析时(例如，它的拷贝数、染色体位置、初级RNA水平或表达蛋白水平)，可以进行类似的比较。在生物标志物(例如CDK18、CDK19和CCNE1)与对本发明化合物的响应性相关(例如，为其mRNA表达相关者)的实施方案中，至少群体中的一些样本将测试对抑制剂(例如，式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式)的响应性以建立：(a)对该特定化合物有响应的群体样本中最低水平(例如，mRNA水平)(“最低mRNA响应者”)；和，任选地，(b)对该特定化合物无响应的群体样品中的最高水平(例如，最高mRNA水平)(“最高mRNA无响应者”)。在这些实施方案中，生物标志物mRNA水平的截止(高于该水平，测试细胞将被视为对该特定化合物有响应)设置为：i)等于或最多5％高于群体中最低mRNA响应者中的水平(例如，mRNA水平)；或ii)等于或最多5％高于群体中最高mRNA无响应者的水平(例如，mRNA水平)；或iii)群体中最低响应者(例如，最低mRNA响应者)和最高响应者(例如，最高mRNA)非响应者的水平(例如，mRNA水平)之间的值。

在mRNA水平与对式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的敏感性呈正相关的实施方案中，不需要测试群体中的所有样品对化合物的响应性，但测量所有样品的感兴趣的基因mRNA水平。在一些实施方案中，样品基于感兴趣的基因mRNA水平等级排序。选择使用上述三种方法中的哪一种来建立截止将取决于群体中最低mRNA响应者和最高mRNA无响应者之间的感兴趣的基因mRNA水平的差异，以及截止是否设计为最小化假阳性还是最大化响应者的潜在数量。当这种差异很大时(例如，当有许多未测试响应性的样本在mRNA水平的排序中位于最低mRNA响应者和最高mRNA无响应者之间时)，截止通常设置为等于或最多5％高于最低mRNA响应者的mRNA水平。当这种差异很小时(例如，当很少或没有未测试响应性的样本在mRNA水平的排序中处于最低mRNA响应者和最高mRNA无响应者之间时)，截止通常设置为在最低mRNA响应者和最高mRNA无响应者的mRNA水平之间的值。当最高mRNA无响应者的mRNA水平高于最低mRNA响应者时，截止通常设置为等于或最多5％高于群体中最高mRNA无响应者mRNA水平的值。

在生物标志物是其mRNA表达与对式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的响应性反向相关的实施方案中(即BCL-XL、CDK7、CDK9或RB1家族成员)，至少群体中的一些样本将测试对化合物的响应性以建立：(a)对该特定化合物有响应的群体样本中最高mRNA水平(“最高mRNA响应者”)；和，任选地，(b)对该特定化合物无响应的群体样品中的最低mRNA水平(“最低mRNA无响应者”)。在这些实施方案中，mRNA水平的截止(高于该水平，测试细胞将被视为对该特定化合物有响应)设置为：i)等于或最多5％低于群体中最高mRNA响应者的mRNA水平；或ii)等于或最多5％低于群体中最低mRNA无响应者的mRNA水平；或iii)群体中最低mRNA无响应者和最高mRNA响应者的mRNA水平之间的值。

在mRNA水平与对本发明化合物的敏感性成反向相关的实施方案中，不需要测试群体中的所有样品对化合物的响应性，但测量所有样品的感兴趣的基因mRNA水平。在一些实施方案中，样品基于感兴趣的基因mRNA水平排序。选择使用上述三种方法中的哪一种来建立截止将取决于群体中最高mRNA响应者和最低mRNA无响应者之间的感兴趣基因mRNA水平的差异，以及截止是否设计为最小化假阳性或最大化响应者的潜在数量。当这种差异很大时(例如，当有许多未测试响应性的样本在mRNA水平的排序中位于最高mRNA响应者和最低mRNA无响应者之间时)，截止通常设置为等于或最多5％低于最高mRNA响应者的mRNA水平。当这种差异很小时(例如，当很少或没有未测试响应性的样本在mRNA水平的排序中处于最高mRNA响应者和最低mRNA无响应者之间时)，截止通常设置为在最高mRNA响应者和最低mRNA无响应者的mRNA水平之间的值。当最高mRNA响应者的mRNA水平低于最低mRNA响应者时，截止通常设置为等于或最多5％低于群体中最低mRNA无响应者mRNA水平的值。

在涉及CDK18的实施方案中，CDK18 mRNA水平的截止可以使用基于CDK18增强子强度建立的流行率截止来确定，如上所述。在一些实施方案中，测量群体的mRNA水平并且将先前确定的流行率截止应用于该群体以确定mRNA截止水平。在这些实施方案的一些方面，创建群体中CDK18 mRNA水平的等级顺序标准曲线，并且将预定流行率截止应用于该标准曲线以确定CDK18 mRNA截止水平。

在将测试细胞或样本与群体进行比较的实施方案的一些方面中，将针对群体获得的截止mRNA水平值转换为流行率等级，并且将mRNA水平截止表示为具有截止值或更高，例如流行率截止的群体的百分比。不受理论的束缚，申请人相信测试样品的流行率等级和群体中的流行率截止将是相似的，而不管用于确定mRNA水平的方法如何。

如果通过例如，来自患者的生物样本中的RNA(例如，mRNA水平)确定的BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因的状态对应于(例如，等于或大于)约80％、79％、78％、77％、76％、75％、74％、73％、72％、71％、70％、69％、68％、67％、66％、65％、64％、63％、62％、61％、60％、59％、58％、57％、56％、55％、54％、43％、42％、51％、50％、49％、48％、47％、46％、45％、44％、43％、42％、41％、40％、39％、38％、37％、36％、35％、34％、33％、32％、31％、30％、29％、28％、27％、26％、25％、24％、23％、22％、21％或20％的群体中的流行率等级(分别由BRAF、MYC、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK7、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、CCNE1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员(见上文)的某些基因的状态通过评估群体中的相同参数(例如mRNA水平)确定)，可以鉴定患者可能对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式响应良好。如果Bcl2-样1、CDK7、CDK9、CDKN2A和RB的状态(通过例如，来自患者的生物样本中的RNA(例如，mRNA)水平或相应的蛋白质水平确定)低于约80％、79％、78％、77％、76％、75％、74％、73％、72％、71％、70％、69％、68％、67％、66％、65％、64％、63％、62％、61％、60％、59％、58％、57％、56％、55％、54％、43％、42％、51％、50％、49％、48％、47％、46％、45％、44％、43％、42％、41％、40％、39％、38％、37％、36％、35％、34％、33％、32％、31％、30％、29％、28％、27％、26％、25％、24％、23％、22％、21％或20％的群体中的流行率等级(分别由Bcl2-样1、CDK7、CDK9、CDKN2A和RB的状态通过评估群体中的相同参数(例如mRNA水平)确定)，可以鉴定患者可能对式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式响应良好。在一些实施方案中，截止值或阈值是基于生物标志物(例如，mRNA)流行率值而建立的。

在其他实施方案中，群体可分为三组：响应者、部分响应者和非响应者，并且设置或确定两个截止值(或阈值)或流行率截止值(或阈值)。部分响应者组可包括响应者和非响应者以及对式(I)、(Ia)、其种类或其指定形式的化合物的响应不如响应者组高的那些患者。当在群体中，最高mRNA无响应者的mRNA水平高于最低mRNA响应者的mRNA水平时，这种类型的分层可能特别有用。在这种情况下，对于CDK18或CDK19，响应者和部分响应者之间的截止水平或流行率截止设置为等于或最多5％高于最高CDK18或CDK19 mRNA无响应者的CDK18或CDK19 mRNA水平；并且部分响应者和非响应者之间的截止水平或流行率截止设置为等于或最多5％低于最低CDK18或CDK19 mRNA响应者的CDK18或CDK19 mRNA水平。对于BCL-xL、CDK7或CDK9，当最高mRNA响应者的mRNA水平低于最低mRNA无响应者的mRNA水平时，这种类型的分层可能有用。在这种情况下，对于BCL-XL、CDK7或CDK9，响应者和部分响应者之间的截止水平或流行率截止设置为等于或最多5％低于最低mRNA无响应者的mRNA水平；部分响应者和非响应者之间的截止水平或流行率截止设置为等于或最多5％高于最高mRNA响应者的mRNA水平。部分响应者是否应施用式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式的决定将取决于治疗医师的判断和/或监管机构的批准。

可用于量化生物样品中特定RNA序列的方法是本领域已知的，包括但不限于荧光杂交，例如NanoString Technologies提供的服务和产品中使用的、基于阵列的技术(Affymetrix)、如

在一些实施方案中，在比较之前将测试生物样品(即，来自患者)和参考标准或群体的所有成员中的生物标志物的状态(例如，通过RNA转录物的水平评估)归一化。归一化涉及通过与另一种天然存在于两种细胞中并以相同水平存在的RNA转录物(例如，GADPHmRNA、18S RNA)或固定水平的外源性RNA(在超级增强子强度确定之前，“掺入”每个细胞的样本中)进行比较来调整RNA转录物的确定水平。(Lovén等人，Cell,151(3):476-82,2012；Kanno等人，BMC Genomics 7:64,2006；Van de Peppel等人，EMBO Rep.,4:387-93,2003)。

患有本文所述的癌症并且基于生物标志物状态如本文所述鉴定的患者(例如，人)可能已被确定为对在式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式之前施用的治疗剂具有耐药性(或在一些初始功效之后获得耐药性)。例如，所述癌症可能对以下化疗剂具有耐药性或难治性：例如Bcl-2抑制剂如维奈托克、BET抑制剂、CDK4/6抑制剂如帕博西尼或瑞博西尼、CDK9抑制剂如阿伏西地、FLT3抑制剂、MEK抑制剂如曲美替尼、PARP抑制剂，如奥拉帕尼或尼拉帕尼、PI3K抑制剂，如阿培利斯或卡培他滨、铂基治疗剂，如顺铂、奥沙利铂、奈达铂、卡铂、菲铂、吡铂、赛特铂(JM216)，或四硝酸三铂、SERM，如他莫昔芬、faloxifene或托瑞米芬，或类固醇受体降解剂(例如，SERD，如氟维司群)。包括一种或多种这些试剂的组合疗法也在本发明的范围内并且在本文中进一步讨论。例如，在一个实施方案中，该方法涵盖使用或施用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式与SERD，例如氟维司群组合，用于治疗对CDK4/6抑制剂(例如，帕博西尼或瑞博西尼)治疗具有耐药性的癌症(例如，乳腺癌(例如，ER+乳腺癌))。

在一些实施方案中，在先治疗剂可以是作为单一疗法或与SOC剂组合施用的铂基抗癌剂。大多数癌症患者最终通过以下一种或多种机制对铂基疗法产生耐药性：(i)细胞膜转运蛋白的分子改变减少了铂试剂的摄取；(ii)阻止细胞诱导细胞死亡的细胞凋亡信号途径的分子改变；(iii)某些基因(例如，BRCA1/2、CHEK1、CHEK2、RAD51)恢复细胞修复铂试剂诱导的DNA损伤的能力的分子改变。K.N.Yamamoto等人，2014,PloS ONE 9(8):e105724。术语“分子改变”包括参与这些功能的基因的mRNA表达增加或减少；来自这些基因的蛋白质表达增加或减少；以及从这些基因表达的mRNA/蛋白质的突变。

耐药性通常由治疗期间的疾病进展(例如，肿瘤大小和/或数量的增加)或肿瘤缩小率的降低确定。在某些情况下，当患者的癌症在治疗期间有响应或稳定，但在使用铂基试剂治疗后1-6个月内出现进展，则该患者将被视为对该试剂产生耐药性。耐药性可能出现在任意次数的使用铂试剂治疗后。在某些情况下，疾病进展发生在完成治疗期间或完成治疗后1个月内。在这种情况下，患者被认为从未表现出对试剂的响应。这也称为对治疗的“难治性”。当铂试剂不再被认为是癌症的有效治疗方法时，耐药性也可以由治疗医师确定。

在一些实施方案中，患者被或已经被确定对用作为单一疗法或与SOC剂组合施用的CDK4/6抑制剂的治疗具有耐药性。

已知癌症(例如，HR+乳腺癌)中的CDK4/6抑制剂通过诱导G1期阻滞来阻止进入细胞周期的S期。癌症(例如，HR+转移性乳腺癌)对CDK4/6抑制剂的耐药性已被证明部分由以下分子改变介导：1)增强CDK4/6活性，例如CDK6、CCND1或FGFR1的扩增(Formisano等人，SABCS 2017,Publication Number GS6-05；Cruz等人，SABCS 2017 Publication NumberPD4-05)，或2)重新活化CDK4/6下游的细胞周期进入，例如RB1丢失和CCNE1扩增(Condorelli,Ann.Oncol.,2017 PMID:29236940；Herrera-Abreu,Cancer Research 2016PMID:27020857)。

与铂基试剂通常施用一段时间，然后再一段时间不治疗不同，CDK4/6抑制剂，例如帕博西尼、瑞博西尼或阿贝西利一直施用直至观察到疾病进展。在某些情况下，当患者的癌症在治疗期间最初有响应或稳定，但最终在治疗期间开始进展时，所述患者将被视为对CDK4/6抑制剂产生耐药性。在某些情况下，如果癌症在治疗期间进展而没有表现出任何显著的响应或稳定，则所述患者将被视为对CDK4/6抑制剂治疗具有耐药性(或难治性)。当CDK4/6抑制剂不再被认为是癌症的有效治疗方法时，耐药性也可以由治疗医师确定。

在有疑问的情况下，式(I)、(Ia)的化合物或其种类的任何指定形式可包含在根据本发明所用和所施用的药物组合物中(例如，以有效量(例如，治疗有效量))。用于本发明的方法的药物组合物可以通过药理学领域已知的相关方法制备。通常，此类制备方法包括以下步骤：将本文所述的化合物，包括式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体，或其同位素形式)与载体和/或一种或多种其他活性成分(例如，本文所述的第二药剂)和/或辅助成分联合在一起，然后，如果必要和/或期望，进行成型和/或将产品包装成所需的单剂量或多剂量单位(例如，口服)。辅助成分可以提高式(I)、(Ia)，其种类或其指定形式的化合物的生物利用度，可以减少和/或改变其代谢，可以抑制其排泄，和/或可以改变其生物利用度。所述药物组合物可以以各种方式包装，包括装在散装容器中，以及作为单个单位剂量(例如，包含离散的、预定量的活性剂)或其多种包装，并且任何这样的包装或分开的剂型都在本发明的范围内。活性成分的量可以等于构成单位剂量或方便分数的剂量，例如，一半或三分之一的剂量的量。

活性剂/成分、药学上可接受的载体和/或本发明药物组合物中的任何其他成分的相对量可以变化，这取决于所治疗的受试者的身份、大小和/或病症，并进一步取决于组合物的施用途径和待治疗的疾病。举例来说，组合物可包含约0.1％至99.9％(w/w或w/v)的活性剂/成分。

用于制造本文所述药物组合物的药学上可接受的载体在药物制剂领域中是众所周知的，包括惰性稀释剂、分散剂和/或粒化剂、表面活性剂和/或乳化剂、崩解剂、粘合剂、防腐剂、缓冲剂、润滑剂和/或油。可用于制造本文所述的药物组合物的药学上可接受的载体包括但不限于离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、血清蛋白(例如人血清白蛋白)、缓冲物质(例如磷酸盐、甘氨酸、山梨酸)、山梨酸钾、饱和植物脂肪酸的部分甘油酯混合物、水、盐或电解质，例如硫酸鱼精蛋白、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素基物质、聚乙二醇、羧甲基纤维素钠、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧丙烯嵌段聚合物，聚乙二醇和羊毛脂。

本文所述的药物组合物可以口服施用。此类口服可接受的剂型可以是固体(例如，胶囊、片剂、囊剂、粉剂、颗粒剂和口服分散膜)或液体(例如，安瓿、半固体、糖浆、悬浮液或溶液(例如，水性悬浮液或分散液和溶液)。对于片剂，常用的载体包括乳糖和玉米淀粉。也可以包括润滑剂，例如硬脂酸镁。对于胶囊剂，可用的稀释剂包括乳糖和干燥的玉米淀粉。当配制水性悬浮液时，可以将活性剂/成分与乳化剂和悬浮剂混合。在任何口服制剂中，也可以添加甜味剂、调味剂或着色剂。在本文所述的各种实施方案中的任何一个中，口服制剂可以被配制用于立即释放或持续/延迟释放，并且可以被包衣或不被包衣。提供的组合物也可以是微囊化的。

适用于颊或舌下施用的组合物包括片剂、锭剂和含药。制剂也可以被制备用于皮下、静脉内、肌内、眼内、玻璃体内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、腹膜病灶内以及通过颅内注射或输注技术。优选地，所述组合物经口服、皮下、腹膜内或静脉内施用。本发明组合物的无菌注射形式可以是水性或油性悬浮液。可以根据本领域已知的技术，使用合适的分散剂或湿润剂和悬浮剂来配制这些悬浮液。无菌注射制剂也可以是在无毒的肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液或悬浮液，例如在1,3-丁二醇中的溶液。可以使用的可接受的媒介物和溶剂包括水、林格氏溶液和等渗氯化钠溶液。另外，无菌的不挥发油通常用作溶剂或悬浮介质。

尽管本文提供的药物组合物的描述主要针对适合于向人施用的药物组合物，但是本领域普通技术人员将理解，此类组合物通常适合于向一切种类的动物给药。为了使组合物适合于向各种动物施用，适合于向人施用的药物组合物的修饰是众所周知的，并且普通技术的兽医药理学家可以设计和/或进行这种修饰。

本文所述的化合物通常以单位剂型，例如单一单位剂型的形式配制，以便于施用和剂量的均匀性。对于任何特定受试者或生物体而言，具体的治疗或预防有效剂量水平将取决于多种因素，包括正在治疗的疾病和障碍的严重程度；所使用的具体活性成分的活性；使用的具体组合物；受试者的年龄、体重、总体健康状况、性别和饮食；施用时间、施用途径和所用具体活性成分的排泄速率；治疗的持续时间；与所使用的具体活性成分组合使用或与之同时使用的药物；以及医学领域众所周知的因素。

达到最佳临床结果所需的化合物的量可能因受试者而异，这取决于例如，受试者的种类、年龄和一般状况、副作用的严重程度、要治疗的癌症、待施用的特定化合物的特性和施用模式。所需剂量可以一天二或三次、一天一次、隔天一次、每三天一次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次递送。在某些实施方案中，可以使用多次施用(例如，两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次、十一次、十二次、十三次、十四次或更多次施用)来递送所需剂量。

在某些实施方案中，每天向70kg成年人施用一次或多次(例如，一次)的化合物的有效量可包含约1-100mg，约1-50mg，约1-35mg(例如，约1-5、1-10、1-15、1-20、1-25或1-30mg)、约2-20mg、约3-15mg或约10-30mg(例如，10-20或10-25mg)。在此，无论哪个参考范围，都将包括端点。本公开中提供的剂量可以针对体重或体表不同的患者进行缩放，并且可以以每m

如上所述，本发明提供了配置用于治疗癌症的药物试剂盒，其包括式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式和任选的选自本文所述的另外的/第二治疗剂(例如，第二和第三试剂)。例如，所述第二/另外的试剂可以是：(a)Bcl-2抑制剂或双重Bcl-2/BCL-XL抑制剂，(b)CDK抑制剂(例如，CDK4/6、CDK7或CDK9抑制剂)，(c)Flt3抑制剂，(d)PARP抑制剂，(e)BET抑制剂，(f)芳香酶抑制剂，(g)SERM、SERD或雌激素抑制剂，(h)MEK抑制剂，或(i)PI3激酶抑制剂，如上所述，其可选自本文公开的那些。所述试剂盒可包括任选的说明书用于：(a)重构(如果需要)式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式和/或第二治疗剂；(b)施用式(I)、(Ia)化合物、其种类或其指定形式和/或第二治疗剂中的每一种；和/或(c)试剂盒对其有用的具体癌症的列表或可用于确定它们的诊断方法。所述试剂盒还可包括用于施用包含在其中的活性剂的任何类型的用具(例如，管子、注射器、针头、无菌敷料、胶带等)。无论被配置为递送由式(I)、(Ia)化合物、其种类或其特定变体组成的单一疗法，还是包括选自本文所述的那些中的任一种另外的/第二药剂的组合疗法，此类试剂盒在本文所述的诊断和治疗方法中具有效用。在一些情况下，第一和第二药剂将在分开的容器中(例如，第一药剂被限制在第一容器中而第二药剂被限制在第二容器中)和/或配制在药学上可接受的组合物中，任选地以单位剂量形式，其包括第一药剂、第二药剂和药学上可接受的载体。在一些情况下，所述试剂盒包括带有在患有癌症(例如，如本文所述)和经鉴定适合通过本文所述方法治疗的患者中使用两种(或更多)治疗剂的说明书的书面插入物或标签。所述说明书可以被粘附或以其他方式附在包含治疗剂的一个或多个容器上。或者，所述说明书和容器可以彼此分开但一起存在于单个试剂盒、包装、盒子、袋子或其他类型的容器中。替代地或另外地，书面说明可以指定并将用户引导至网站或其他媒体。所述试剂盒中的说明书通常由批准组合治疗用途(例如，在如本文所述鉴定的患者群体中)的政府机构强制或推荐。所述说明书可以任选地包括每种治疗剂的剂量信息、批准或可以开处方联合治疗的癌症类型、关于每种治疗剂的物理化学信息、关于每种治疗剂的药代动力学信息、药物-药物相互作用信息，或诊断信息(例如，基于生物标志物或鉴定患者以进行如本文所述的治疗的方法)。本发明的试剂盒还可包括可用于本文所述诊断方法的试剂。

实施例

本文所述的化合物可以由容易获得的起始原料并根据下述合成方案制备。可替代地，本领域普通技术人员可以容易地修改所公开的方案。例如，将理解的是，在给出工艺条件(例如，反应温度、反应时间、反应物的摩尔比、溶剂、压力等)的情况下，也可以使用其他工艺条件。另外，并且对于本领域普通技术人员将显而易见的是，保护基可用于防止某些官能团发生不希望的反应。选择用于特定官能团的合适的保护基团以及用于保护和脱保护的合适条件是本领域众所周知的。例如，Greene等人公开了许多保护基及其引入和除去的指导(Protecting Groups in Organic Synthesis,第二版，Wiley,New York,1991，以及其中引用的参考文献)。

下列实施例中还包括一些研究，这些研究表明，化合物101的每日口服剂量可在卵巢和乳腺肿瘤异种移植物中诱导剂量依赖性TGI，并且在低至MTD的五分之一的剂量观察到肿瘤消退。我们还观察到与剂量成比例的化合物101的血浆暴露在小鼠中以治疗剂量(1-6mg/kg)重复拨入给药(repeated dialing dosing)后没有积累。化合物101在异种移植肿瘤组织中诱导了快速(4小时)和持续(24小时)的剂量依赖性药效学响应，其与TGI相关，支持但不强制执行QD给药方案。我们还观察到，在SCLC、TNBC和HGSOC的多个PDX模型中，以良好耐受的剂量，终止用化合物101治疗后持续的肿瘤消退。持续的消退与RB途径改变有关。在组合疗法的研究中，化合物101与氟维司群组合在ER+乳腺癌的具有治疗抗性的PDX模型中诱导了稳健的抗肿瘤活性。总之，这些研究突出了本发明化合物在各种实体瘤类型中的广泛潜力。

实施例1：(2R,5R)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯和(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯的合成

步骤1：5-(叔丁氧羰基氨基)-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

在0℃，我们向含有市售外消旋反式N-(6-甲基-3-哌啶基)氨基甲酸叔丁酯(5g，23.33mmol，1当量)和NaHCO

步骤2：(2R,5R)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯和(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯：

向外消旋的反式5-(叔丁氧羰基氨基)-2-甲基-吡啶-1-甲酸苄酯(9.7g，27.84mmol，1当量)在EtOAc(100mL)中的混合物中添加HCl/EtOAc(15mL，4M)，并将该混合物在15℃搅拌1小时。然后，我们过滤该混合物并收集滤饼。将固体溶于甲醇(MeOH；15mL)中，使用强酸性阳离子交换树脂(此处为

实施例2：7-二甲基磷酰基-3-[2-[[(3S,6S)-6-甲基-3-哌啶基]氨基]-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈(化合物100)的合成

步骤1：(2S,5S)-5-[[4-(7-氯-6-氰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

我们将7-氯-3-[2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈(0.81g，2.27mmol，1当量)、(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯(732.20mg，2.95mmol，1.3当量)和N,N-二异丙基乙胺(DIEA或DIPEA；879.41mg，6.80mmol，1.19mL，3当量)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP；8mL)中的混合物于140℃搅拌1小时。该反应混合物用H

步骤2：(2S,5S)-5-[[4-(6-氰基-7-二甲基磷酰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

我们制备了(2S,5S)-5-[[4-(7-氯-6-氰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯(1.05g，1.85mmol，1当量)、甲基膦酰甲烷(720.17mg，9.23mmol，5当量)、K

步骤3：7-二甲基磷酰基-3-[2-[[(3S,6S)-6-甲基-3-哌啶基]氨基]-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈

我们在N

将反应与50mg规模的另一反应合并以通过液相色谱质谱(LCMS)纯化。LCMS：ET6034-1492-P1C：(M+H

实施例3：(S)-6,6-二甲基哌啶-3-胺的合成

我们将(S)-(6-氧代哌啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(1.00g，4.67mmol)(TetrahedronLetters,36:8205,1995)溶解在THF(47mL)中并将溶液冷却至-10℃。加入氯化锆(IV)(2.61g，11.22mmol)，并将该混合物在该温度搅拌30分钟。加入甲基溴化镁溶液(3M于乙醚中，20.25mL，60.75mmol)，并使反应混合物缓慢升温至室温，在室温搅拌过夜。该溶液用30％NaOH水溶液淬灭，用EtOAc稀释，过滤，然后用EtOAc萃取3次。合并有机物，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩以得到粗产物，为黄色油状，其无需纯化即可使用。将该油溶解在二氯甲烷(DCM；47mL)中，并加入三氟乙酸(TFA；3.58mL，46.73mmol)。我们在室温搅拌该反应混合物16小时，将其真空浓缩并与DCM共蒸发几次以得到粗制标题化合物，为棕色油状，将其不经进一步纯化用于下一步。

实施例4：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(化合物101)的合成。

步骤1：7-溴-1H-吲哚-6-甲酸

我们在-78℃搅拌乙烯基溴化镁(1.0M于THF(159mL，159mmol中)溶液，在1小时的时间内滴加2-溴-3-硝基苯甲酸(10.0g，39.8mmol)于THF(159mL)中的溶液。使该反应混合物达到室温并在该温度搅拌过夜，然后将该反应混合物倒入饱和氯化铵水溶液(150mL)中并用1M HCl水溶液酸化至pH 2。我们用EtOAc(3x200mL)萃取粗产物，用硫酸钠干燥萃取物，过滤，真空浓缩。然后将残余物在DCM(100mL)中研磨，并伴随空气流干燥过夜以提供标题化合物，为浅棕色固体(7.58g，31.58mmol，79％产率)。

步骤2：7-溴-1H-吲哚-6-甲酰胺

我们在0℃搅拌7-溴-1H-吲哚-6-甲酸(6.58g，27.4mmol)于DMF(54.8mL)中的溶液并加入部分1,1'-羰基二咪唑(CDI；8.89g，54.8mmol)。将该混合物搅拌5分钟，并通过LCMS观察到中间体。然后，我们在0℃添加NH

步骤3：7-溴-1H-吲哚-6-甲腈

我们在0℃将Et

步骤4：7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们将AlCl

步骤5：(S)-7-溴-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在NMP(4mL)中溶解了7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(200mg，0.498mmol)、(S)-6,6-二甲基哌啶-3-胺(95.8mg，0.747mmol)和DIPEA(174μL，0.996mmol)，然后在油浴中于130℃搅拌该反应混合物直至完全转化(3小时)。将该混合物冷却至室温，直接负载到C18柱上，并通过反相色谱(具有0.1％FA(甲酸)的MeCN于也含有0.1％FA的水中，0至100％梯度)纯化。获得标题化合物，为米色固体(245mg，0.497mmol，定量产率)。

步骤6：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)-嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在氮气下将(S)-7-溴-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)-嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(180.0mg，0.365mmol)、Xantphos(21.5mg，36.5μmol)、乙酸钯(II)(4.14mg，18.2μmol)和K

实施例5：(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-哌啶-3-胺的合成

步骤1：(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸甲酯

我们在0℃向(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸(117g，906.18mmol，1当量)在MeOH(500mL)中的溶液中添加了SOCl

步骤2:(S)-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯

我们在0℃向(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸甲酯(147g，1.03mol，1当量)、DMAP(4-二甲基氨基吡啶；15.06g，123.24mmol，0.12当量)和TEA(259.80g，2.57mol，357.35mL，2.5当量)在EtOAc(500mL)中的溶液中滴加叔丁氧羰基叔丁基碳酸酯(291.37g，1.34mol，306.71mL，1.3当量)。然后将该混合物在20℃搅拌16小时。然后，我们将反应混合物用HCl(0.5M，1000mL)、饱和NaHCO

步骤3:(S)-4,4-二甲基-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯

我们在-78℃和N

步骤4：N-[(1S)-4-羟基-1-(羟甲基)-3,3-二甲基-丁基]氨基甲酸叔丁酯

我们在0℃和N

步骤5：甲磺酸[(2S)-2-(叔丁氧羰基氨基)-4,4-二甲基-5-甲磺酰氧基-戊基]酯

我们在0℃向N-[(1S)-4-羟基-1-(羟甲基)-3,3-二甲基-丁基]氨基甲酸叔丁酯(3.67g，14.84mmol，1当量)和TEA(6.01g，59.35mmol，8.26mL，4当量)在EtOAc(25mL)中的溶液中滴加甲磺酰氯(5.10g，44.52mmol，3.45mL，3当量)。将所得混合物在20℃搅拌12小时，然后倒入H

步骤6：N-[(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯

在烧瓶中装有甲磺酸[(2S)-2-(叔丁氧羰基氨基)-4,4-二甲基-5-甲基-磺酰氧基戊基]酯(6.06g，15.02mmol，1当量)、苯甲胺(5.15g，48.06mmol，5.24mL，3.2当量)和二甲氧基乙烷(DME；50mL)。我们将反应混合物加热至70℃持续16小时，然后将其倒入H

步骤7：(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-哌啶-3-胺

在烧瓶中装有N-[(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(300mg，942.05μmol，1当量)在HCl/EtOAc(15mL)中的溶液。将该混合物在25℃搅拌1小时，然后形成一些白色沉淀。我们过滤该混合物，滤饼用EtOAc(5mL)洗涤，收集并真空干燥以得到标题化合物，为白色固体(220mg，738.23μmol，78.36％收率，85.5％纯度，HCl)，白色固体可直接用于下一步。

实施例6：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(化合物102)的合成

步骤1：(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-溴-1H-吲哚-6-甲腈

我们将7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(168mg，0.418mmol)、(S)-1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-胺(128mg，0.585mmol)和DIPEA(221μL，1.26mmol)溶解于NMP(2mL)中。我们在油浴中于130℃搅拌该反应混合物直至完全转化(4小时)。将该混合物冷却至室温，用EtOAc稀释并用饱和LiCl水溶液洗涤。分离有机层，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩以得到粗制标题化合物(240mg，0.411mmol，定量收率)，其无需进一步纯化即可用于下一步。

步骤2：(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-(二甲基磷酰基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在氮气下将(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-溴-1H-吲哚-6-甲腈(240mg，0.411mmol)、Xantphos(24.3mg，41.1μmol)、乙酸钯(II)(4.66mg，20.6μmol)和K

步骤3：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

在氮气气氛下，我们向(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-(二甲基磷酰基)-1H-吲哚-6-甲腈(58.0mg，0.10mmol)在EtOH(12.5mL)中的搅拌溶液中添加10％w/w的Pd/C(1.1mg，0.01mmol)和Boc

实施例7：CDK激酶活性的抑制。我们使用Caliper/LabChip EZ Reader(PerkinElmer，Waltham，MA)开发的每种CDK的激酶测定法，在Biortus Biosciences测定了一些化合物对CDK7、CDK9、CDK12和CDK2活性的抑制作用。这些测定法测量用以下组分于27℃孵育一段时间后作为总肽的一部分产生的磷酸化肽底物的量：待测化合物(在一系列3倍连续稀释中从10μM降至0.508nM的不同浓度)、活性CDK蛋白(具有指定的周期蛋白，对每种CDK在下面列出)、ATP(以下面所列的每种CDK/周期蛋白的K

具体而言，CDK7抑制测定使用CDK7/周期蛋白H/MAT1复合物(6nM)和“5-FAM-CDK7tide”肽底物(2μM，合成的荧光团标记的肽，序列为5-FAM-YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSKKKK(SEQ ID NO:1)，其中“5-FAM”是5-羧基荧光素)，且在上面列出的缓冲液组合物中使用6mM MgCl

选择每种CDK抑制测定在27℃的温育时间，以使每种测定中产生的磷酸化肽产物的分数相对于总肽浓度而言，对于未抑制的激酶约为20％(±5％)(CDK7为35分钟，CDK2为35分钟，CDK12为3小时，CDK9为15分钟)。在测试化合物滴定并导致抑制肽产物形成的情况下，将这些数据拟合以产生最佳拟合IC

由于紧密结合(tight-binding)抑制作用和CDK7/周期蛋白H/MAT1测定的局限性，没有计算每种抑制剂的表观K

实施例8：CDK7/周期蛋白H表面等离子体共振(SPR)测定方法。

我们使用Biacore T200表面等离振子共振(SPR)仪器(GE Healthcare)测量了所选化合物与CDK7/周期蛋白H二聚体的结合动力学和亲和力。在10mM MES缓冲液中，以12.5μg/mL的浓度和10μL/min的流速将二聚体胺偶联至pH 6.5的CM5传感器芯片。将靶蛋白固定在两个流通池上12-16秒以达到200-400响应单位的固定蛋白水平。

在具有150mM NaCl、0.05％表面活性剂P20和0.0002％DMSO的pH 7.5的10mMHEPES缓冲液中分9步以2倍连续稀释从0.08-20nM滴定化合物。每个化合物浓度周期以100μL/min运行，接触时间为70秒，解离时间为300秒，再生时间为60秒，使用10mM甘氨酸pH 9.5，稳定时间为400秒。对于每种化合物，减去0nM化合物对照和参考流通池结合以去除背景并归一化数据。使用动力学模式通过Biacore T200 Evaluation Software(GE Healthcare)对化合物滴定进行全局拟合。确定了CDK7/周期蛋白H的化合物结合速率(binding on-rate，k

基于脱靶CDK的K

所示化合物(本发明的三种化合物和四种比较物)对CDK2、CDK7、CDK9和CDK12的抑制常数和解离常数以及选择性如图1中的表所示。可以看出，本发明的每种化合物对CDK7的特异性为对其他测试的CDK的至少1300倍，并且至多40,000倍。

实施例9：抑制细胞增殖(化合物100-102)。

HCC70细胞系衍生自人类TNBC，我们测试了不同浓度(4μM至126.4pM；0.5log连续稀释)的本发明代表性化合物抑制这些细胞增殖的能力。更具体地说，我们测试了与上面测试对CDK7选择性的相同的化合物(其结构如图1所示)，并且我们使用了已知的CDK抑制剂地那西利(dinaciclib)(或N-((1S,3R)-3-((5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基)氨基)环己基)-5-((E)-4-(二甲基氨基)丁-2-烯酰胺基)吡啶甲酰胺)和雷公藤甲素作为阳性对照。使细胞在添加有10％胎牛血清(FBS)的ATCC配制的RPMI-1640培养基(ATCC 30-2001)中，在5％CO

实施例10：在患者来源的异种移植物(PDX)模型中的TGI。

在体内选择的对CDK4/6抑制剂帕博西尼(ST1799，n＝1)具有抗药性或对帕博西尼和氟维司群(ST941，n＝1)具有抗药性的雌激素受体阳性乳腺癌(ER+BC)PDX模型中评估肿瘤生长抑制。当肿瘤为100-200mm

在耐帕博西尼的ER+BC PDX(ST1799)模型中，化合物101和氟维司群的组合诱导了显著的TGI(89％)，在停药后直至21天都没有明显的肿瘤再生长，从而将观察到的效应与当以单一药剂施用化合物101(83％)、氟维司群(60％)或帕博西尼(21％)时区别开。此外，化合物101和氟维司群的组合优于帕博西尼和氟维司群的护理标准(SOC)组合(75％)。在帕博西尼和氟维司群双重耐药性ER+BC PDX模型(ST941)中，以单一试剂的化合物101施用导致33％的TGI而氟维司群和帕博西尼以单一试剂或氟维司群和帕博西尼组合没有活性。相反，化合物101和氟维司群的组合显示出显著的TGI(68％；相对于氟维司群单一试剂，p＜0.0001)，表明对氟维司群的重新敏化。

图2示出了耐帕博西尼HR+BC PDX模型ST1799的TGI结果，以及图3示出了耐帕博西尼和氟维司群的HR+BC PDX模型ST941的TGI结果。我们还在另外四个PDX模型中观察到了TGI；BR5010(模拟TNBC)、LU5178(模拟小细胞肺癌(SCLC))、OV15398(模拟高级浆液性卵巢癌(HGSOC))和ST390(模拟胰管腺癌(PDAC))。在TNBC模型中，将化合物101以10mg/kg QD或5mg/kg BID向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用21天。在SCLC和HGSOC模型中，将化合物101以3mg/kg BID向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用21天。在PDAC模型中，将化合物101以6mg/kg QD向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用。在TNBC、SCLC和HGSOC模型中，在治疗期间以及停止治疗后的另外21天中测量肿瘤体积。在治疗结束时(第21天)观察到的％TGI的计算公式为：1-[(治疗结束时的平均TV化合物101–第0天时的平均TV化合物101)/(治疗结束时的平均TV Veh–第0天时的平均TV Veh)]x100。％消退的计算公式为：(治疗结束时的平均TV化合物101)/(第0天时的平均TV化合物101)x100。研究结束时(第42天)使用相同的计算。结果示于图4。这些结果表明，在各种肿瘤类型中，以良好耐受的剂量达到深度和持续性TGI，包括消退。在给药后4小时内观察到异种移植组织中剂量依赖性转录响应并持续24小时。当在TNBC PDX模型中以QD或BID施用相同的总剂量时，观察到相似的TGI，这表明该作用是AUC或C

实施例11.化合物101与各种第二药剂组合的体外研究

在此处描述的研究中，来自HR+乳腺癌(T47D系；PIK3CA p.H1047R，MCF7；PIK3CAp.E545K)、SCLC(NCI-H1048)和CRC(RCO；BRAF p.V600E，SW480；KRAS p.G12V)的癌细胞系根据制造商的建议在其偏好的培养基中生长至70％的融汇度。在SCLC细胞系(NCI-H1048)中，将化合物101与SOC化疗剂吉西他滨(DNA合成抑制剂)和卡铂(DNA损伤剂)组合测试。在CRC细胞系(RKO；BRAF p.V600E)中，将化合物101与SOC化疗剂奥沙利铂(DNA损伤剂)组合测试。此外，在CRC中，化合物101与选择性MAPK途径抑制剂曲美替尼组合在两种具有MAPK途径改变的CRC细胞系中进行了测试；RKO(BRAF p.V600E突变体)和SW480(KRAS p.G12V突变体)。在HR+MCF-7细胞中，将化合物101与SOC试剂卡培他滨(抗代谢药)组合进行测试。在PIK3CA激酶具有活化突变的HR+细胞系MCF7和T47D中，将化合物101与PIK3CA选择性抑制剂阿培利斯组合进行测试。

在测定当天，提取细胞并使用Countess II FL(Life Technologies)计数。使用自动分配器(此处为Multidrop

将化合物101从左到右以从高到低的浓度(8列)铺板，从顶部到底部(7行)将不同浓度的卡铂或奥沙利铂(TEST)铺板在协同作用孔中。基于单一试剂的活性选择浓度以覆盖活性的全等效线图。将单一试剂按剂量铺板在两列中，三分之一的列为仅用DMSO/媒介物处理的孔。对每种细胞系接种单独的平板以测定细胞的“零时间”/“第零天”数，以分析不同的细胞生长抑制作用与细胞毒性作用。在添加化合物的当天，确定零时间板的活力以从细胞杀伤作用中识别生长抑制作用。

加入化合物后，将细胞板在37℃培养箱中培养5天。按照制造商的规程，使用

我们发现化合物101与SOC化疗(SCLC中的吉西他滨或卡铂，CRC中的奥沙利铂或HR+乳腺癌中的卡培他滨)的组合显示出协同作用，并且优于单独使用任何一种药剂。化合物101与靶向试剂曲美替尼(一种经批准用于治疗BRAF p.V600E突变黑色素瘤和NSCLC的选择性MAPK途径抑制剂)的组合在BRAF p.V600E突变CRC和KRAS p.G12V突变CRC(其在MAPK途径中具有不同的突变)中显示出显著的协同作用。化合物101与靶向试剂阿培利斯(一种批准用于治疗PIK3CA突变HR+BC的选择性PIK3CA抑制剂)的组合在代表PIK3CA两种最常见活化突变(p.E545K和p.H1047R)的两种HR+细胞系中均表现出显著的协同作用。使用CalcuSyn利用Chou-Talalay提出的中值效应原理确定所有协同作用，并使用GraphPad PrismSoftware进行可视化。通过在添加卡铂或奥沙利铂下化合物101的IC

实施例12.在TNBC、HGSOC和SCLC PDX模型中对化合物101的深度和持续响应

我们在12种不同的PDX模型(Crown Biosciences)中评估了各种肿瘤适应症中的TGI，其中PDX代表SCLC(n＝5；LU5180、LU5178、LU5192、LU5173、LU5210)、TNBC(n＝4；BR5010、BR1458、BR5399、BR10014)和HGSOC(n＝3；OV15398、OV5392、OV15631)。当肿瘤为150-300mm

为了执行全外显子组测序(WES)，我们使用

在这些剂量下，在所有模型中的21天给药期结束时，化合物101诱导了至少50％的TGI。在模型的子集(58％，7/12)中，化合物101的响应较深(>95％TGI或消退)并且持续存在，在停止治疗后的21天中没有肿瘤再生的迹象(参见图6)。化合物101具有良好的耐受性，在所有测试的每日一次剂量下均没有明显的体重减轻，表明在携带肿瘤的小鼠中，MTD大于10mg/kg每天一次。在所测试的每种适应症中均观察到了深度而持续的响应，并且与包括RB1缺失或突变、CDKN2A缺失或CCNE1扩增的RB途径的改变相关(图7)。这些结果突出了化合物101在TNBC、HGSOC和SCLC中的治疗潜力，特别是在具有RB途径改变和异常细胞周期控制的肿瘤中。

应当理解，通常，当本发明或本发明的方面被称为包括特定的元素和/或特征时，本发明或本发明的方面的某些实施方案由以下组成或基本上由以下组成：此类元素和/或特征。为了简单起见，这些实施方案没有在本文中具体阐述。在给出范围的地方，包括端点。此外，除非另外指出或从上下文和本领域普通技术人员的理解中显而易见，否则在本发明的不同实施方案中，表示为范围的值可以假定为所述范围内的任何具体值或子范围至范围下限的十分之一单位，除非上下文另有明确规定。

仅通过常规实验，本领域技术人员将认识到或能够确定本文描述和要求保护的本公开的具体实施方案有许多等同形式。这样的等同方案旨在由所附权利要求书涵盖。