通过免疫治疗来治疗特应性疾病的生物标志物方法
文献发布时间:2023-06-19 10:14:56
技术领域
本发明提供了涉及检测特异性生物标志物的方法,所述方法与用于治疗特应性疾病的免疫治疗产品组合使用。更具体地,生物标志物可用于选择对象以通过使用免疫治疗,例如过敏原特异性免疫治疗来治疗、预防哮喘或降低哮喘的风险。此外,本发明提供了用于涉及检测一种或多种生物标志物的方法的免疫治疗产品,以及用于检测与哮喘相关的生物标志物的部件试剂盒。
背景技术
哮喘是一种异质性病症,包括以气道炎症和支气管高反应性为常见特征的多种临床表型。
在一些对象中,哮喘与特应性有关,例如,是特应性疾病,其中空气中的过敏原如屋尘螨或花粉可能是过敏性哮喘的重要诱因。早发性哮喘通常与过敏性哮喘相关,所述过敏性哮喘通常始于儿童期,并常伴有或先有其它特应性疾病,如过敏性鼻炎、特应性皮炎和/或食物过敏。过敏性哮喘的比例在儿童中约为30%至80%,在成年人中为30%至60%(2017年的EAACI指南)。过敏性进展是指经常观察到的特应性疾病的进展模式,其中在儿童早期,最初发展为特应性皮炎并伴随对食物和气源性致敏原的致敏,在儿童晚期或成年逐渐发展为哮喘和过敏性鼻炎。
哮喘也可能与特应性无关,而是与其它因素有关,如鼻窦炎和/或鼻息肉、呼吸道病毒感染、儿童早期接触吸烟,或与肥胖有关。迟发性哮喘通常与特应性无关。上述哮喘表型可以进一步分为与疾病的潜在分子、功能或病理机制相关的内型。
哮喘的遗传率估计为70%至90%,但在全基因组关联研究(GWAS)中仅验证了有限数量的敏感性基因座。Ober和Yao(2011年)以及Moffat等人(2010年)的文章讨论了多种GWAS研究、单核苷酸多态性(SNP)和使用单核苷酸多态性预测哮喘疾病的复杂性。此外,专利申请WO2008155396、WO2009140699和WO2018018004公开了许多与哮喘相关的SNP,包括位于17q12-21基因座、6q21.31、6q21.32-33、1q31、7q22.3、5q22.1、9q21.2和10q21.3基因座的SNP。
多项GWAS和非GWAS研究表明,在不同种族背景的人群中,染色体区域17q12-21中的单核苷酸多态性(SNP)与哮喘有很强的遗传连锁(Stein等人,2018年,包括其中引用的参考文献)。特别地,在17q21区域中的一个SNP(rs7216389(SEQ ID NO:10))已显示出与不同种族群体中的儿童哮喘和成人哮喘的最强关联(Moffatt等人,2007年;WO2008155396;Galanter等人,2008年;Madore等人,2008年)。
大量研究报道了基因-环境的相互作用,其中发现特定的环境因素会影响具有17q12-21区域中的SNP的对象的哮喘风险。此外,Loss等人在2016年报道了具有17q21 SNPrs8076131(SEQ ID NO:12)、rs7216389(SEQ ID NO:10)和rs2290400的对象出现学龄期哮喘的早期喘息风险增加,但是对于具有rs8076131(SEQ ID NO:12)SNP的对象,暴露于动物棚内显著降低了其出生后第一年喘息的发生率。作者认为,暴露于动物棚可以通过提高应对早期病毒感染的能力来降低遗传上确定的哮喘风险,其中早期病毒感染通常与非特应性相关哮喘有关。Blelic等人在2013年发现,17q12-21区域的一些SNP降低了患哮喘的风险,但只有在出生后第一年中家里有毛茸茸的宠物时才是这样。在其它携带17q12-21区域中的其它SNP的儿童中,饲养宠物增加了住院的风险。Stokholm等人在2017年报道,在具有rs7216389(SEQ ID NO:10)高风险TT基因型的儿童中,出生后暴露于猫和/或狗与哮喘患病率较低相关。
尽管存在这些基因与环境的相互作用,但Bisgaard等人报道的另一项研究得出结论:rs7216389(SEQ ID NO:10)SNP不会导致湿疹、鼻炎或过敏性致敏的风险,并且17q21基因座是儿童中非特应性(即,非过敏性)哮喘的重要遗传决定因素(Bisgaard等人,2009年)。Ober和Yao在2012年的综述文章支持了该发现,所述文章提到17q21基因座的变异似乎是哮喘特异性的,而不是IgE水平特异性的,并且有令人信服的证据表明,该重要基因座是独立于特应性或IgE介导的途径发挥作用的主要哮喘易感性基因座(Ober和Yao,2012年;Moffat等人,2010年)。
当涉及哮喘的治疗时,有很多选择。哮喘的主要治疗是每天使用控制药物,优选地用于减少气道炎症以减少哮喘发作的风险。目前的控制药物主要通过使用吸入性皮质类固醇(ICS)如二丙酸倍氯米松或布地奈德来缓解症状,在更严重的哮喘病例中,ICS与长效β
但是,这些方法具有很多缺点:
·人们担心ICS的全身效应,特别是对儿童。长期使用ICS可能导致生长受损、骨矿物质密度降低、皮肤变薄和挫伤以及白内障(Dahl等人,2006年)。因此,在医疗上对能够减少长期使用ICS的治疗干预措施有相当大的需求,特别是因为即使那些患有通过适当管理的ICS使用而得到很好控制的相对轻度疾病的患者也会担心长期使用ICS的潜在负面作用。
·另外,将ICS与β
·通常可以通过吸入性ICS和/或使用β
在过去的十年中,已经探索了哮喘的替代治疗,包括抗体疗法(生物制剂),如抗IgE(奥马珠单抗(Omalizumab))、抗IL4Rα(Dupilumab)、抗IL13(Tralokinumab)、抗IL5(美泊利单抗(Mepolizumab)、瑞利珠单抗(Reslizumab))和抗IL5受体(Benralizumab)抗体(见Katial等人,2017年);以及过敏原特异性免疫治疗(AIT)。根据EAACI指南(EAACI指南,2017年),如果通过药物治疗(例如,哮喘控制药物)充分控制了过敏性哮喘,则可以建议AIT用于治疗患有轻度和中度过敏性哮喘的患者。关于抗体疗法,通常仅在以具有高血液嗜酸性粒细胞计数为表征的患者中推荐这些疗法,以针对于具有Th2-高的炎症性内型和/或具有高血清IgE水平的患者的治疗。
为了为给定患者选择最有益的治疗,需要生物标志物,其可用于预测给定疗法是否提供治疗哮喘的功效,从而提供用于哮喘治疗的精准医疗。
精准医疗的基本原则是为每个患者匹配最适合他或她的治疗。为了能够在患有哮喘的患者中使用精准医疗,需要一套经过验证的生物标志物,所述生物标志物可以对哮喘患者进行精确的内分型(endotyping),从而为选择与患者最相关的治疗提供指导。根据精准医疗的原则,最近批准的用于治疗患有重度哮喘的患者的生物制剂仅限于具有高血液嗜酸性粒细胞计数的患者,以富集Th2高的炎症性内型的目标群体。然而,考虑到哮喘中疾病内型的复杂性,需要更多的生物标志物来实现精准医疗的全部潜力(例如,见Katial等人,2017年;Chiappori等人,2015年和Zissler等人,2016年)。
关于AIT,对于具有疗效的候选替代生物标志物或生物标志物组合能否作为对AIT的临床反应的预后、预测和/或替代,尚未达成共识(FDA 2008和Shamji等人,2007年)。在AIT疫苗的临床开发期间使用的常见生物标志物包括监测过敏原特异性IgE和IgG4抗体水平的变化。尽管这些生物标志物在整个临床试验中给出非常一致的结果,但尚未证明与临床效果相关(Shamji等人,2017年)。
因此,需要可以为已经诊断出患有哮喘的对象指导适当的哮喘治疗的生物标志物。另外,需要这样一种生物标志物:其能够为例如由于过敏性进展现象而处于发展成哮喘的风险的对象指导适当的哮喘预防疗法。
WO 2010/102387 A1公开了用于检测关于多个多态性基因分型的SNP的商业试剂盒,所述SNP包括在17q12-21基因座处的rs907092、rs9303277、rs2305480、rs2290400和rs7216389,其中关于通过Infinium全球筛选阵列-24检测SNP的信息可以在网站上公布的文件中找到:URL:https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016。
WO 2009/117547 A2公开了基于TNFRSF1基因中特定SNP的等位基因同一性来预测患有严重或持续性哮喘的患者对抗TNF抗体治疗(即,免疫治疗)的反应的方法。
WO 2017/121883公开了基于来自患者的样品中IL-10RNA的水平来预测患者对用屋尘螨过敏原进行的免疫治疗的反应性的方法。
Stein等人(2018年)报道了位于染色体区域17q12-21的SNP,其似乎与患哮喘的风险有关。
发明内容
本发明提供了可用于预测用免疫治疗产品治疗特应性疾病,例如用过敏原特异性免疫治疗来治疗哮喘的有益效果的生物标志物。更具体地,提供了单核苷酸多态性和/或Th2标志物,其可用于在患有特应性疾病(例如,哮喘)的对象中预测用免疫治疗产品进行治疗的效果和/或选择用免疫治疗产品进行治疗的患者。
本发明的发明人惊奇地发现当用免疫治疗产品(过敏原特异性免疫治疗)治疗对象时,17q12-21区域的SNP和/或高水平的特异性Th2标志物(嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白)的存在与特应性疾病(例如,哮喘)的治疗功效或有益反应相关。例如,这在实施例1中得到证实,实施例1描述了一项研究,其中用过敏原特异性免疫治疗进行的治疗能够显著地降低在17q12-21区域具有一种或多种SNP且患有过敏性哮喘的对象中、或具有高水平的一种或多种Th2标志物的对象中的中度至重度哮喘加重的风险,其中所述Th2标志物选自血液嗜酸性粒细胞计数、血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、血清类胰蛋白酶和血清骨膜蛋白。这是一个特别的优势,因为即使是通常能够通过使用家庭药物(如ICS)控制哮喘症状的患者,仍处于经历中度和/或重度哮喘加重的重大风险,需要住院和/或急诊室就诊,并且可能具有致命的后果。此外,选择患有不能通过ICS与SABA、LABA或LAMA组合使用很好地控制的严重哮喘、但是受益于用例如过敏原特异性免疫治疗进行的治疗的一组患者,可以有助于降低与住院治疗或可用于这样的患者的替代治疗相关的成本。
本发明的生物标志物的优点在于,可以在开始用免疫治疗产品进行治疗之前测量所述生物标志物并用于预测治疗的有益效果,因此,可促进使用免疫治疗产品来治疗对象,例如,可用于选择患者使用这样的产品进行治疗。
此外,与其它生物标志物相比,检测17q12-21区域的一种或多种SNP具有以下优势:可以相对容易地以低成本进行基因分型,而无需采用侵入性方法。
此外,使用基因分型或SNP分析的优点在于可以在早期阶段,在一种或多种特应性疾病(例如,哮喘)的表现出现之前,或在特应性状态发展为更严重的特应性疾病状态(如重度哮喘)之前进行检测。例如,可以治疗具有17q12-21区域的一种或多种SNP并具有特应性皮炎的症状和/或对一种或多种过敏原致敏的儿童,以预防其发展为哮喘。或者可以治疗具有17q12-21区域的一种或多种SNP并患有过敏性鼻炎的儿童,以预防其发展为哮喘。类似地,可以治疗具有17q12-21区域的一种或多种SNP且被诊断患有轻度哮喘的成年患者,以预防其发展为重度哮喘,从而减少使用皮质类固醇和/或SABA或其它哮喘药物的需要。
根据本发明的一个方面是一种用于选择对象以用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗)进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,所述方法包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果检测到步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
在上述方面的一些实例中,所述方法进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
在本发明各方面的一些实例中,一种方法涉及检测来自所述对象的样品是否具有表1的一种或多种SNP,优选为选自rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)的SNP,或与一种或多种所述SNP连锁不平衡的SNP,或其互补SNP。优选地,所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)或与一种或多种所述SNP连锁不平衡的SNP,或其互补SNP。在本发明的一些实例中,如果检测到对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10)或与一种或多种所述SNP连锁不平衡的SNP,或其互补SNP,则选择所述对象进行治疗和/或在所述对象中预测有益反应。在一些实例中,所述对象相对于在来自对象的生物样品中检测到的一种或多种SNP'是纯合子。
在本发明各方面的一些实例中,所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,其例如包含一种或多种屋尘螨过敏原,或包含一种或多种草花粉过敏原。
本发明的另一方面提供了一种在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法,所述方法包括:
a)从所述对象获得和/或提供包含核酸的生物样品;和
b)检测从所述对象获得的所述核酸是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
c)如果在所述生物样品中包含的所述核酸中鉴定出步骤b)中的一种或多种SNP,则确认或选择所述对象用免疫治疗进行治疗;以及
d)向根据步骤c)确认或选择的所述对象施用免疫治疗产品(例如,用于过敏原特异性免疫治疗)。
在本发明各方面的一些实例中,所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,其例如包含一种或多种屋尘螨过敏原,或包含一种或多种草花粉过敏原。
本发明的另一方面提供了用于治疗、预防一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中的免疫治疗产品,其中所述治疗方法如以上方面中所定义。
本发明的另一方面是过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中用于治疗特应性疾病的药物是用于治疗方法中的免疫治疗产品,所述治疗方法包括如上所述的检测位于染色体17q12-21区域的SNP的步骤。
本发明的又一方面是部件试剂盒(kit of parts),其包括在如本文所定义的方法中使用的装置和说明书。本发明的又一方面是本文所述的SNP用于预测对治疗的反应性的用途,以及如本文所述的SNP用于选择患者进行治疗的用途。
本发明的其它方面涉及Th2生物标志物的用途,可选地与上述方面所述的17q12-21区域的SNP组合使用。因此,本发明的一个方面提供了用于选择对象用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗(例如,用于过敏原特异性免疫治疗)的反应的方法,所述方法包括:
a)对选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
b)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
这样的方法可进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
本发明的其它方面提供了一种在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法,所述方法包括:
a)从所述对象获得和/或提供生物样品;和
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则鉴定或选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗(例如,用于过敏原特异性免疫治疗)的有益反应;以及
d)向根据步骤c)鉴定或选择的所述对象施用免疫治疗产品。
本发明的另一方面提供了在用于治疗、预防一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中使用的免疫治疗产品,其中所述治疗方法如以上使用Th2标志物的方面中所定义。
本发明的另一方面是过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中用于治疗特应性疾病的药物是在包括对以上提及的Th2标志物进行计数、对其水平进行定量或测量其浓度的步骤的治疗方法中使用的免疫治疗产品。
本发明的又一方面是部件试剂盒,其包括用于如本文所定义的方法中的装置和说明书。本发明的又一方面是本文所述的Th2标志物用于预测对治疗的反应性的用途,以及如本文所述的Th2标志物用于选择患者进行治疗的用途。
附图说明
图1:在实施例1的三个治疗组中,经历哮喘加重的具有特定rs7216389(SEQ IDNO:10)基因型的试验参与者的比例。误差条表示95%置信区间。条形图示出了经历哮喘加重的每个亚群(由SNP基因型和治疗组定义)的比例。
图2:在实施例1的三个治疗组中,经历哮喘加重的具有“高”和“正常”基线水平的ECP的试验参与者的比例。误差条表示95%置信区间。条形图示出了经历哮喘加重的每个亚群(由ECP水平和治疗组定义)的比例。
图3:维恩图示出了基于单一生物标志物或2种、3种或4种生物标志物的组合而被定义为“Th2高”的对象的数量。
图4:条形图示出了在实施例1的三个治疗组中经历哮喘加重的“Th2高”和“Th2正常”组中的试验参与者的比例。Th2水平是基于A)嗜酸性粒细胞计数和类胰蛋白酶水平以及B)ECP、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的组合定义的。如果组合中考虑的Th2标志物的至少一个测量值高于阈值,所述阈值表示试验群体中给定生物标志物的20%的最高值,则将对象定义为“Th2高”。误差条表示95%置信区间。条形图示出了经历哮喘加重的每个亚群(由Th2水平和治疗组定义)的比例。
具体实施方式
定义
如本文所使用的“等位基因”是指SNP的变体(在给定群体的DNA中发现核苷酸类型变化的位置)。当在多态位点处有两个、三个或四个替代核苷酸时,每个核苷酸序列被称为等位基因或“多态变体”或“核酸变体”。“参考等位基因”是在大多数参考群体中发现的等位基因,例如,在大多数健康对象的群体中发现的等位基因。当在本文中使用时,“效应等位基因”是与降低疾病或病症(例如,特应性病症如哮喘)的风险的效果增加或与其治疗效果增加相关的等位基因,或与大于1的优势比或相对效应相关的等位基因。“效应等位基因”可以是次要等位基因或主要等位基因。当在本文中使用时,“效应基因型”是与增加的效应相关的多态性的基因型,所述增加的效应例如体现在降低特应性疾病或病症(例如,哮喘)的风险或治疗特应性疾病或病症(例如,哮喘),或减少如本文所定义的特应性疾病的发生,或改善如本文所定义的特异性疾病的症状或体征。当在本文中使用时,“风险等位基因”是与疾病或病症(例如,特应性病症如哮喘)的风险增加相关或与大于1的优势比或相对风险相关的等位基因。“风险等位基因”可以是次要等位基因或主要等位基因。当在本文中使用时,“风险基因型”是与特应性疾病(例如,哮喘)的风险增加、诊断测量如本文所述的特应性疾病的症状和体征相关的多态性的基因型。当存在两个多态变体时,将来自群体的大多数样品中表现的多态变体称为“普遍等位基因”或“主要等位基因”,而将在群体中不太普遍的多态变体称为“不常见等位基因”或“次要等位基因”。就多态性或等位基因而言,在特定染色体的两条染色体上携带相同等位基因的个体是“纯合子”。就多态性而言,在特定染色体的两条染色体上携带两个不同等位基因的个体是“杂合子”。等位基因中的特定核苷酸取决于用于从基因分型平台提取数据的链,因为正向链的核苷酸与反向链的核苷酸是互补的。
术语“过敏原”是指引发、诱导、刺激或增强暴露的对象如动物(例如,人类)的免疫系统细胞的免疫反应的抗原或试剂。当特异性免疫反应是对抗原的敏感性或超敏性增强的发展时,抗原是过敏原,但抗原本身通常不是天生有害的。因此,过敏原是特定类型的抗原,其可以引起对象中增强或增加的敏感性或超敏性的发展。例如,过敏原可以引发易感对象中IgE抗体的产生。
术语“过敏反应”是指对通常无害的环境物质(称为过敏原)的超敏免疫反应。过敏反应的常见机制是IgE与肥大细胞和嗜碱性粒细胞表面的结合,这可能导致特应性疾病如哮喘、过敏性鼻炎和/或过敏性结膜炎以及其它常见的过敏反应的症状或体征。
如本文所使用的术语“抗体”包括任何类型和来自任何物种的多克隆和单克隆抗体,以及免疫球蛋白片段如Fv、Fab、Fab'、F(ab')2,或与分子(如蛋白质)的分子特异性(例如,表现出特异性结合)相互作用的其它抗原结合抗体片段、序列或子序列。
术语“特应性”或“特应性疾病”涉及对一种或多种过敏原的致敏和/或对常见环境蛋白质或其它过敏原有反应的可检测IgE的存在。个体中存在特应性与罹患一种或多种特应性疾病(如特应性皮炎、过敏性哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎或过敏性鼻结膜炎、食物过敏、过敏性反应、过敏性休克、过敏性支气管肺曲霉病、风疹、瘙痒和荨麻疹)的风险增加相关。特应性或特应性疾病可能伴有或可能不伴有过敏症状,如过敏的临床症状。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文中可互换使用,是指DNA、RNA、单核苷酸多态性(SNP)、蛋白质、碳水化合物或糖脂基分子标志物,其在对象或患者样品中的表达或存在可以通过标准方法(或本文公开的方法)检测,并且例如可用于鉴定对象对于疾病、病症和病状的风险概况和/或哺乳动物对象对治疗(例如,用免疫治疗进行的治疗,例如AIT)的反应或敏感的可能性。从患者获得的样品中这样的生物标志物的表达可以测定为高于或低于参考水平(包括:例如来自一组/一群患者(例如,哮喘患者)的样品中生物标志物的中度表达水平;来自一组/一群对照个体(例如,健康个体)的样品中生物标志物的水平;或在较早时间从所述个体先前获得的样品中的水平)。
术语“有效量”是指有效治疗对象或患者如哺乳动物(例如,人)的疾病或病症的药物的量。
术语“基因型”是指个体或样品中所含基因的等位基因的描述。在本发明的上下文中,在个体的基因型与源自个体的样品的基因型之间没有区别。尽管通常从二倍体细胞的样品中确定基因型,但是也可以从单倍体细胞如精子细胞的样品中确定基因型。
当用于本文中时,“基因变异”是指来自一种或多种核酸分子的野生型或参考序列的改变。基因变异包括但不限于:来自已知序列的核酸分子的至少一个核苷酸的碱基对替换、添加和缺失。
当用于本文中时,“单倍型”是指在单个染色体上的一组等位基因,其足够紧密地相连,通常可以作为一个单元遗传。
“连锁”表示由于基因、等位基因、基因座或遗传标志物在特定染色体上的位置而一起遗传的趋势,并通过两个等位基因、基因、基因座或遗传标志物之间的重组百分比(也称为重组分数或Θ)来测量。如果两个基因座位于染色体上的物理接近位置,则重组分数通常较低。
当在本文中使用时,“连锁不平衡”或“LD”是指不同基因座处的等位基因不是随机相关的,即,不是与其频率成比例地相关。如果等位基因处于正连锁不平衡,则在假设统计独立性的情况下,等位基因一起出现的频率比预期的要高。相反,如果等位基因处于负连锁不平衡状态,则在假设统计独立性的情况下,等位基因一起出现的频率比预期的要低。连锁不平衡可以通过计算两个SNP(例如,位于17q12-21区域中)之间的成对的r
当在本文中使用时,“优势比”或“OR”是指不同组中的个体的疾病或疾病表现(如疾病的一种或多种症状的存在)的优势的比值,例如具有标志物(等位基因或多态性)的个体组相对于没有标志物(等位基因或多态性)的个体的优势,或者例如用治疗产品治疗的个体组与用安慰剂治疗的个体组相比的优势。
术语“样品”和“生物样品”在本文中可互换使用,是指从个体获得的任何生物样品,包括体液、身体组织(例如,毛发、皮肤或肺样品)、鼻样品(包括鼻拭子或鼻息肉)、痰、细胞或其它来源。体液例如包括淋巴、血清、新鲜全血、冷冻全血、血浆(包括新鲜或冷冻)、外周血单核细胞、鼻液、唾液、支气管肺泡灌洗液、尿液、精液、滑液和脊髓液。从哺乳动物获得组织活检和体液的方法是本领域公知的。如本文所使用的生物样品可以在用免疫治疗产品治疗之前或在用免疫治疗产品治疗期间获得。
如本文所使用的“单核苷酸多态性(SNP)”是指在给定群体中发现变异的基因组中的位置。在这样的位置中,DNA中的单个核苷酸(或碱基)在对象之间不同。这些单个碱基的变化称为SNP或“snips”。在人类基因组中已经鉴定出非常多的SNP。发现一些SNP与多种疾病或表型如眼睛颜色有关。其它SN P是基因组中的正常变异。SNP涉及两个互补碱基替换,每个DNA链上一个。存在许多人类基因组的SNP数据库,例如,在www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/上的dbSNP和在www.ensembl.org/info/genome/variation/index.html上的Ensembl变异。
如本文所定义的“链”是指核苷酸的串或链,即,由核苷酸组成的多核苷酸,其可以是多种类型。如本文所定义的“DNA链”是指含有脱氧核糖的核苷酸串,即,由脱氧核糖核苷酸组成的多核苷酸。当存在于细胞内时,通常发现基因组DNA是由两条互补的脱氧核苷酸链形成的双螺旋,这两条脱氧核苷酸链通过G-C和A-T碱基对之间的氢键结合保持在一起,然而,两条DNA链可以分离,例如在DNA的转录或复制期间。“RNA链”是含有核糖的核苷酸串,即,由核糖核苷酸组成的多核苷酸。
本文所指的个体或“有需要的对象”是指可受益于施用如本文所定义的免疫治疗产品的个体。这样的个体可能患有特应性疾病,例如哮喘,或有患特应性疾病例如哮喘的风险。有需要的对象可进一步包括处于患特应性疾病的风险的那些对象,或要预防特应性疾病如哮喘的那些对象。对象可以是任何人类:男性或女性,婴儿,儿童,中年或老年人。有需要的对象中要治疗或预防的特应性疾病(如哮喘或哮喘类型)可能与对象的年龄、对象的一般健康状况、用于治疗对象的药物以及对象或其近亲(例如,一位或多位双亲)以前是否有过可能患有或诱发过个体中的特应性疾病的疾病或病症史有关。
如本文所使用的术语免疫治疗产品的“治疗有效量”是指足以治疗、治愈、缓解、预防给定疾病或病症及其并发症、降低其风险或部分抑制其临床表现的量。
如本文所使用的,“疗法(therapy)”或“治疗(treatment)”是指试图改变被治疗的个体或细胞的自然病程的临床干预,并且可以用于预防或在临床病理学过程中进行。
用于免疫治疗的生物标志物
本文提出的方法和其它方面涉及生物标志物用于预测用治疗特应性疾病的免疫治疗产品进行治疗的疗效的用途,或用于选择对象用治疗特应性疾病的免疫治疗产品进行治疗的用途。
单核苷酸多态性
在一些实例中,用于本文所述各方面的生物标志物是选自以下的一种或多种生物标志物:17q12-21区域的单核苷酸多态性(SNP),或与17q12-21区域的SNP连锁不平衡的一种或多种SNP。17q12-21区域是位于人类第17号染色体上的区域,在“q”臂上,也被称为“长队列(queue)”臂,第12至21区带。在更具体的实例中,17q12-21区域的SNP位于第17号染色体的构建体GRCh37.p13中的位置37830800与位置38128700之间的区域中。在另一个实例中,17q12-21区域的SNP位于第17号染色体的构建体GRCh37.p13中的位置37830800与位置38082810之间的区域中。当提到“染色体方向”时,有两个独有的实例:正向(或“沃森(Watson)”)(FWD),即从pter(短臂端粒端)到qter(长臂端粒端)的方向;以及反向(REV),即从qter到pter的方向。当在本文中将基因或基因组DNA序列表示为正向时,应当理解,基因方向5'→3'处于与FWD染色体方向相同的方向,并且当基因或基因组DNA序列在本文中表示为反向时,应当理解,方向5'→3'处于与REV染色体方向相同的方向。由于基因组DNA通常由两条互补的核苷酸链或串组成,因此可以在DNA的正向链和反向链中检测到SNP。技术人员将理解,所述链可以互换地用于检测如本文所定义的17q12-21区域的SNP。
因此,本发明的一个方面的一个实例提供了用于选择对象用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,其包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果检测到步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
根据所述实例的方法可以进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
在上述方法的一个实例中,所述方法用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗,所述免疫治疗产品用于治疗特应性疾病,例如哮喘。
在上述方法的另一个实例中,所述方法用于预测对用免疫治疗产品进行的治疗的反应,所述免疫治疗产品用于治疗特应性疾病,例如哮喘。
本发明的一个方面的另一个实例提供了一种在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法,所述方法包括以下a)至d):
a)从所述对象获得和/或提供包含核酸的生物样品;和
b)检测从所述对象获得的所述核酸是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
c)如果在所述生物样品中包含的所述核酸中鉴定出步骤b)中的一种或多种SNP,则确认或选择所述对象用免疫治疗进行治疗;以及
d)向根据步骤c)确认或选择的所述对象施用免疫治疗产品。
在如本文所定义的各方面的一些实例中,17q12-21区域的一种或多种SNP选自:
i.表1的等位基因,即,rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7)或其互补SNP(即,在反向链中);或
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
下面的表1包括上面在i中列出的这些SNP,以及正向链中所示的SNP的侧翼区域。
在本文所定义的方面的一些实例中,与表1的一种或多种SNP处于连锁不平衡的SNP位于染色体17q12-21区域中。
在另一个具体实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是表1的17q12-21区域的一种或多种SNP并且选自:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ IDNO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7)或其互补SNP,以及与上述一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在另一个具体实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是表1的17q12-21区域的一种或多种SNP并且选自:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ IDNO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),如表1所示,或其互补SNP。
在另一个具体实例中,当如用于本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP以及与其一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在另一个实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ IDNO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP。
在其它实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ IDNO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或反向链中的互补SNP,或与其一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在其它实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP是选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ IDNO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或反向链中的互补SNP。
在其它实例中,当用于如本文所定义的方面时,17q12-21区域的SNP为rs7216389(SEQ ID NO:10)和与rs7216389(SEQ ID NO:10)连锁不平衡的SNP或反向链中的互补SNP。
在如本文所定义的方面的另一个实例中,17q12-21区域的SNP至少为rs7216389(SEQ ID NO:10)T效应等位基因或反向链中的互补SNP。
在一个具体实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,SNP的检测涉及检测或鉴定与17q12-21区域的一种或多种SNP相关的杂合子或纯合子,如与表1的SNP的一种或多种效应等位基因相关的杂合子或纯合子。例如,具体对象可能是与表1的rs7216389(SEQ ID NO:10)SNP相关的杂合子,即对象的第17号染色体的一条具有表1的rs7216389(SEQ ID NO:10)效应等位基因,而对象的第17号染色体的另一条不具有rs7216389(SEQ ID NO:10)效应等位基因。
在一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,17q12-21区域的一种或多种SNP的检测涉及检测或鉴定相对于17q12-21区域的一种或多种SNP是纯合子的对象,例如,相对于上述表1的一种或多种SNP(或效应等位基因)是纯合子的对象。例如,所述对象可以是rs7216389(SEQ ID NO:10)SNP纯合子,即,对象的第17号染色体的两条染色体均具有与增加的免疫治疗效果相关的rs7216389(SEQ ID NO:10)SNPT效应等位基因。
在另一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,17q12-21区域的一种或多种SNP的检测涉及检测或鉴定相对于表1中的一种或多种SNP是纯合子的对象并且所述一种或多种SNP选自rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ IDNO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)或与其一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在本发明的另一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,如果检测到所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10)或与一种或多种SNP连锁不平衡的SNP,则选择对象进行治疗和/或在对象中预测有益反应。
在本发明的另一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,如果检测到所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10),则选择对象进行治疗和/或在对象中预测有益反应。
在另一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,17q12-21区域的一种或多种SNP的检测涉及检测或鉴定相对于表1中的一种或多种SNP是纯合子的对象并且所述一种或多种SNP选自rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ IDNO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)。因此,检测17q12-21区域的一种或多种SNP涉及检测为rs907092(SEQ ID NO:1)纯合子的对象,或为rs9303277(SEQID NO:13)纯合子的对象,或为rs9303277(SEQ ID NO:13)纯合子的对象,或为rs8069176(SEQ ID NO:11)纯合子的对象,或为rs2305480(SEQ ID NO:3)纯合子的对象,或为rs11078927(SEQ ID NO:14)纯合子的对象,或为rs2290400(SEQ ID NO:2)纯合子的对象或为rs7216389(SEQ ID NO:10)纯合子的对象。
在如本文所定义的方面的一些实例中,检测17q12-21区域的一种或多种SNP涉及检测或鉴定至少相对于rs7216389(SEQ ID NO:10)效应等位基因为纯合子的对象。
在如本文所定义的方面的另一个实例中,如果检测到对象相对于rs7216389(SEQID NO:10)效应等位基因或与rs7216389(SEQ ID NO:10)效应等位基因连锁不平衡的SNP是纯合子,则选择对象进行治疗和/或在对象中预测有益反应。
在如本文所定义的方面的另一个实例中,如果检测到对象相对于rs7216389(SEQID NO:10)效应等位基因是纯合子,则选择对象进行治疗和/或在对象中预测有益反应。
在一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,对象具有1种或多种,如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或更多种选自表1的SNP和与表1的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,所述对象具有1种或多种,如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或更多种选自以下的SNP:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),以及与上述一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
在另一实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,所述对象具有1种或多种,如2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或更多种选自以下的SNP:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID No:7)。
在另一个实例中,当在如本文所定义的方面中使用17q12-21区域的一种或多种SNP时,所述对象具有1种或多种,如2种、3种、4种、5种、6种选自以下的SNP:rs907092(SEQID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)。
在一些实例中,可以在如本文所定义的方面中使用与17q12-21区域的SNP连锁不平衡的SNP。如上所提及的,如本文所使用的连锁不平衡的SNP或等位基因是指预期与风险等位基因和/或效应等位基因表现相似的等位基因,并且是基于本文所定义的风险等位基因、效应等位基因和/或所选SNP的等位基因频率和/或高r
在如本文定义的方面中所使用的连锁不平衡的SNP或等位基因,可以是与如表1中所示的选自以下的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ IDNO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7)。在其它实例中,在如本文定义的方面中所使用的连锁不平衡的SNP或等位基因,可以是与选自以下的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)。
在其它更具体的实例中,在如本文所定义的方面中所使用的连锁不平衡的SNP或等位基因,可以是与rs2941504(SEQ ID NO:5)连锁不平衡的SNP,或与rs2517955(SEQ IDNO:4)连锁不平衡的SNP,或与rs2952156(SEQ ID NO:6)连锁不平衡的SNP,或与rs907092(SEQ ID NO:1)连锁不平衡的SNP,或与rs9303277(SEQ ID NO:13)连锁不平衡的SNP,或与rs12936231(SEQ ID NO:17)连锁不平衡的SNP,或与rs8069176(SEQ ID NO:11)连锁不平衡的SNP,或与rs2305480(SEQ ID NO:3)连锁不平衡的SNP,或与rs11078927(SEQ ID NO:14)连锁不平衡的SNP,或与rs11078928(SEQ ID NO:15)连锁不平衡的SNP,或与rs2290400(SEQID NO:2)连锁不平衡的SNP,或与rs7216389(SEQ ID NO:10)连锁不平衡的SNP,或与rs4065275(SEQ ID NO:9)连锁不平衡的SNP,或与rs8076131(SEQ ID NO:12)连锁不平衡的SNP,或与rs12603332(SEQ ID NO:16)连锁不平衡的SNP,或与rs3894194(SEQ ID NO:8)连锁不平衡的SNP,或与rs3859192(SEQ ID NO:7)连锁不平衡的SNP。
在本文描述的方面中检测的SNP可以通过使用能够检测SNP的任何合适的方法来表征。这样的方法包括:对位点进行直接或间接测序;基于杂交的方法,如动态(dynamix)等位基因特异性杂交、分子信标和SNP微阵列;基于酶的方法如限制性片段长度多态性、基于聚合酶链式反应(PCR)的方法(如侧翼核酸内切酶、引物延伸、5'-核酸酶和寡核苷酸连接测定);其它基于DNA物理特性的扩增后方法,如单链构象多态性、温度梯度凝胶电泳、变性高效液相色谱法、整个扩增子的高分辨率熔化、使用DNA错配蛋白(例如,抗体)、SNPlex和检验员(surveyor)核酸酶测定法。
这些以上提及的方法中的许多方法都包括使用能够与DNA或RNA链中特定核苷酸序列结合或相互作用的核酸或蛋白质的串。因此,在如本文所定义的方面的具体实例中,检测17q12-21区域的一种或多种SNP涉及使用能够与以上表1的序列或其片段和/或其互补序列结合或相互作用的一个或多个核苷酸串(例如,DNA或RNA)。
检测方法的一个特定实例涉及使用Taq DNA聚合酶的5'-核酸酶活性,例如,其在TaqMan测定中用于SNP基因分型。TaqMan测定可商用于大量的SNP,包括17q12-21区域的SNP。TaqMan测定与PCR反应同时进行,并且随着PCR反应的进行,可以实时读取结果(McGuigan&Ralston 2002)。所述测定需要正向和反向PCR引物,所述引物将扩增包含SNP多态性位点的区域。将荧光共振能量转移(FRET)与一种或两种与SNP多态性位点杂交的等位基因特异性探针组合使用可以实现等位基因识别。探针将在其5'端连接荧光团,并在其3'端连接淬灭剂分子。当探针完好无损时,淬灭剂将保持在荧光团附近,以消除荧光团的信号。在PCR扩增步骤中,如果等位基因特异性探针与SNP等位基因完全互补,则所述探针将与目标DNA链结合,然后随着其从PCR引物中延伸出DNA而由Taq聚合酶的5'核酸酶活性降解。探针的降解导致荧光团与淬灭剂分子分离,从而产生可检测的信号。如果等位基因特异性探针不完全互补,则其将具有较低的解链温度并且不能有效结合。这阻止了核酸酶作用于探针上(McGuigan&Ralston 2002)。由于TaqMan测定基于PCR,因此其实施起来相对简单。通过在一个反应中对多达七种SNP的检测进行组合,可以对TaqMan测定进行多重分析。通过在微量滴定板中同时进行多个反应,可以大大增加测定的规模。
生物样品中SNP标志物的检测和定量可以在疾病进展之前或期间的不同时间进行,或者在治疗之前、期间或之后的不同阶段进行。在如本文所定义的方面的一些实例中,在用本文所定义的免疫治疗产品进行治疗之前获得生物样品。在如本文所定义的方面的一些实例中,在用本文所定义的免疫治疗产品进行治疗之前进行SNP标志物的检测和定量。
Th2炎症生物标志物
2型T辅助细胞(Th2)细胞能够协调保护性的所谓“2型”免疫反应,例如那些靶向helmiths并促进组织修复的免疫反应,但也导致慢性炎症疾病,如哮喘和过敏。与Th2反应有关的生物标志物例如是血液嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的水平或浓度,这些都与Th2反应有关。
根据本发明的一个方面的一个实例提供了用于选择对象用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,所述方法包括:
a)对选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
b)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加、等于或高于参考水平,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
在上述方法的一个实例中,所述方法用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗,所述免疫治疗产品用于治疗特应性疾病,例如哮喘。
在上述方法的另一个实例中,所述方法用于预测对用免疫治疗产品进行的治疗的反应,所述免疫治疗产品用于治疗特应性疾病,例如哮喘。
在一些实例中,上述方法进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
根据本发明的一个方面的另一个实例,提供了在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作和/或降低其风险的方法,所述方法包括:
a)从所述对象获得和/或提供生物样品;和
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加、等于或高于参考水平,则确认或选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应;以及
d)向根据步骤c)确认或选择的所述对象施用免疫治疗产品。
在上述方法的一个实例中,所述方法用于治疗、预防哮喘(例如,过敏性哮喘)、延缓其发作和/或降低其风险。
对生物样品中Th2标志物(即,血液嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和IgE)的检测和定量可以在疾病进展过程中的不同时间点或在不同的治疗阶段进行。在如本文所定义的方面的一些实例中,在用如本文所定义的免疫治疗产品进行治疗之前获得生物样品。
可以使用本领域中任何合适的标准方法来对生物样品中的Th2标志物(即,血液嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和IgE)进行检测和定量。例如,可以使用免疫测定法如夹心免疫测定法(例如,ImmunoCap,Thermo Scientific)来测量骨膜蛋白、ECP、类胰蛋白酶和IgE(例如总IgE)。类似地,可以通过使用ELISA(例如,使用Human Periostin/OSF-2DuoSet ELISA,R&D Systems,DY3548B)来测量骨膜蛋白。可以通过使用标准方法来对血液嗜酸性粒细胞进行计数,所述标准方法例如是:手动计数血液涂片中的嗜酸性粒细胞;自动实验室方法,例如,通过流式细胞术方法如自动荧光流式细胞术方法;使用临近患者的装置,例如,NPT HemoCue
在如本文所定义的方面的一些实例中,方法涉及包括对样品中一种或多种Th2标志物进行检测、定量、计数或测量其浓度的步骤,所述一种或多种Th2标志物选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE。
在如本文所定义的方面的一些实例中,方法涉及包括对样品中的一种或多种Th2标志物进行检测、定量、计数或测量其浓度的步骤,所述一种或多种Th2标志物选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白。
在如本文所定义的方面的一些实例中,这样的方法涉及包括对嗜酸性粒细胞进行检测、定量或计算数量的步骤。在本文所定义的方面的一些实例中,这样的方法涉及包括对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)进行检测、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,这样的方法涉及包括对类胰蛋白酶进行检测、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,这样的方法涉及包括对骨膜蛋白进行检测、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,这样的方法涉及包括对IgE(优选为总IgE)进行检测、定量或测量其浓度的步骤。
当在如本文所定义的方面中使用时,Th2标志物的测量或检测可以在任何合适的生物样品中进行。在如本文所定义的方面的优选实例中,在全血、血清或血浆中检测或测量一种或多种Th2标志物。在如本文所定义的方面的优选实例中,嗜酸性粒细胞水平的检测、计数或测量是在痰或全血、优选在全血或用抗凝剂(例如,EDTA)处理的全血中进行的。在如本文所定义的方面的优选实例中,在血清中测定ECP、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和/或IgE。
在与如本文所定义的Th2标志物有关的方面的某些实例中,本文所述术语“参考水平”是指预定值。如技术人员将理解的,参考水平是预先确定的并且被设置为在例如特异性和/或敏感性方面满足要求。这些要求可以例如因监管机构的不同而不同。例如,可能必须将测定灵敏度或特异性分别设置为一定限度,例如80%、90%或95%。这些要求也可以根据正预测值或负预测值来定义。但是,基于本发明给出的教导,总是有可能达到满足那些要求的参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组健康对象中确定参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组随机选择的对象中预先确定参考水平。在一个实施方案中,已经在患者所属的疾病实体(例如,特应性疾病,如选自过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性哮喘,或更具体地是过敏性哮喘,或更具体地是中度或重度的过敏性哮喘)中预先确定参考值。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组被诊断出患有与所述对象相同的特应性疾病的对象中预先确定参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组被诊断出患有一种或多种特应性疾病的对象中预先确定参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组被诊断出患有一种或多种疾病的对象中预先确定参考水平,所述一种或多种疾病选自过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组被诊断出患有过敏性哮喘的对象中预先确定参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,在一组被诊断出患有中度或重度过敏性哮喘的对象中预先确定参考水平。
在某些实施方案中,可以将参考水平设置为例如在所研究的疾病实体中的值的总体分布的20%、25%和75%之间的任何百分比。在另一些实施方案中,可以将参考水平例如设置为由所研究的疾病实体或给定群体中的值的总体分布确定的中位数、三分位数、四分位数或五分位数。在一个实施方案中,将参考水平设置为由所研究的疾病实体中的值的总体分布确定的中位值。在一个实施方案中,参考水平可以取决于患者的性别或年龄,例如,男性可以具有与女性不同的参考水平。在如本文所定义的方面的一些实例中,参考水平是一组对象中的平均值或中位值。
在与如本文所定义的Th2标志物相关的方面的某些实例中,术语“增加”或“高于”是指处于参考水平的水平,或指与来自参考样品的水平相比,通过本文所述的方法检测的标志物(例如,嗜酸性粒细胞计数、ECP、类胰蛋白酶、骨膜蛋白、总IgE)的水平总体增加5%、10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、100%或更大。
在与如本文所定义的Th2标志物相关的方面的某些实例中,术语“降低”或“低于”是指低于参考水平的水平,或指与来自参考样品的水平相比,通过本文所述的方法检测的标志物(例如,例如,嗜酸性粒细胞计数、ECP、类胰蛋白酶、骨膜蛋白、总IgE)的水平总体降低5%、10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大。
在生物样品(如全血)中计数的嗜酸性粒细胞的水平可根据对象中Th2介导的炎症程度而变化。在如本文所定义的方面的一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞计数的水平时,嗜酸性粒细胞计数的参考水平,例如在全血中,为150个细胞/微升或更高,如高于200个细胞/微升,如200个细胞/微升至500个细胞/微升,如225个细胞/微升,如250个细胞/微升,如275个细胞/微升,或如200个细胞/微升至300个细胞/微升,如225个细胞/微升,如250个细胞/微升,或如275个细胞/微升,或如300个细胞/微升至400个细胞/微升,如325个细胞/微升,如350个细胞/微升,或如375个细胞/微升,如400个细胞/微升至500个细胞/微升,如425个细胞/微升,如450个细胞/微升,或如475个细胞/微升,或如600个细胞/微升至800个细胞/微升,或更高。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞计数的水平时,嗜酸性粒细胞计数的参考水平,例如在全血中,为100个细胞/微升至300个细胞/微升,如约150个细胞/微升,或如约200个细胞/微升。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞计数的水平时,嗜酸性粒细胞计数的参考水平,例如在全血中,为300个细胞/微升至500个细胞/微升,如约325个细胞/微升,如约350个细胞/微升,或如约375个细胞/微升,如约400个细胞/微升,如约425个细胞/微升,如约450个细胞/微升,或如约475个细胞/微升。
生物样品(例如,血清样品)中的嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平可根据对象中Th2介导的炎症程度而变化。在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平时,嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的参考水平,例如在血清中,为3微克/L或更高,如3微克/L至8微克/L,如4微克/L、5微克/L、6微克/L或7微克/L,或如8微克/L至14微克/L,如8微克/L、9微克/L、10微克/L、11微克/L、12微克/L、13微克/L、或14微克/L或更高,如14微克/L至20微克/L,如14微克/L至16微克/L,如15微克/L,或如16微克/L至18微克/L,如17微克/L,或如18微克/L至20微克/L,如19微克/L,或如20微克/L至40微克/L,如20微克/L至30微克/L,如20微克/L至22微克/L,如21微克/L,或如22微克/L到24微克/L,如23微克/L,或如24微克/L至26微克/L、如25微克/L,或如26微克/L至28微克/L,如27微克/L,或如28微克/L至30微克/L,例如29微克/L,或如30微克/L至40微克/L,如30微克/L至32微克/L,如33微克/L,或如32微克/L至34微克/L,如33微克/L,或如34微克/L至36微克/L,如35微克/L,或如36微克/L至38微克/L,如37微克/L,或如38微克/L至40微克/L,如39微克/L,或如高于40微克/L,如高于50微克/L。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平时,嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的参考水平,例如在血清中,为10微克/L至15微克/L,如约14微克/L,如14.4微克/L。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平时,嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的参考水平,例如在血清中,为25微克/L至约35微克/L,如约29微克/L,如29.4微克/L。
生物样品(例如,血清样品)中的骨膜蛋白的水平可根据对象中Th2介导的炎症程度而变化。在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用骨膜蛋白的水平时,骨膜蛋白的参考水平,例如在血清中,为高于15纳克/mL,如15纳克/mL至40纳克/mL,如15纳克/mL至17纳克/mL,或如17纳克/mL至20纳克/mL,或如20纳克/mL至35纳克/mL,如20纳克/mL,或如21纳克/mL,如22纳克/mL,如23纳克/mL,如24纳克/mL,如25纳克/mL,如26纳克/mL,如27纳克/mL,如28纳克/mL,如29纳克/mL,如30纳克/mL,如31纳克/mL,如32纳克/mL,如33纳克/mL毫升,如34纳克/mL,或如35纳克/mL至40纳克/mL,或如高于40纳克/mL。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用骨膜蛋白的水平时,骨膜蛋白的参考水平,例如在血清中,为15纳克/mL至25纳克/mL,如约21纳克/mL。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用骨膜蛋白的水平时,骨膜蛋白的参考水平,例如在血清中,为22纳克/mL至32纳克/mL,如约27纳克/mL。
生物样品(例如,血清样品)中的类胰蛋白酶的水平可根据对象中Th2介导的炎症程度而变化。在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用类胰蛋白酶的水平时,类胰蛋白酶的参考水平,例如在血清中,为高于1微克/L,如1微克/L至4微克/L,如1微克/L至2微克/L,如1微克/L至1.5微克/L,如1.1微克/L、1.2微克/L、1.3微克/L或1.4微克/L,或如1.5微克/L至2微克/L,如1.5微克/L、1.6微克/L、1.7微克/L、1.8微克/L或1.9微克/L,或如2微克/L至4微克/L,如2微克/L至3.5微克/L,如2.1微克/L至2.5微克/L,如2.2微克/L,如2.3微克/L,或如2.4微克/L,或如2.5微克/L至3.5微克/L,如2.6微克/L、2.47微克/L、2.48微克/L、2.49微克/L,或如3微克/L至3.5微克/L,如3.1微克/L、3.2微克/L、3.3微克/L、3.4微克/L,或如3.5微克/L至4微克/L,如3.6微克/L、3.7微克/L、3.8微克/L、3.9微克/L,或如高于4微克/L,如4微克/L至8微克/L,如5微克/L、6微克/L、7微克/L,或高于8微克/L,如9微克/L或更高。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用类胰蛋白酶的水平时,类胰蛋白酶的参考水平,例如在血清中,为1微克/L至4微克/L,如约2微克/L,或如约3微克/L,或如约3.5微克/L。
生物样品(例如,血清样品)中的总IgE的水平可根据对象中Th2介导的炎症程度或暴露于一种或多种过敏原的程度而变化。在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用总IgE的水平时,总IgE的参考水平,例如在血清中,为0.35kU/L或更高,如0.35kU/L至100kU/L,如高于1kU/L,如25kU/L,如50kU/L,或如75kU/L,或如100kU/L至150kU/L,如125kU/L,或如150kU/L至600kU/L,如150kU/L至250kU/L,如175kU/L,或如200kU/L,或如225kU/L,或如250kU/L至600kU/L,如275kU/L,或如300kU/L,或如325kU/L,或如350kU/L至600kU/L,如375kU/L,或如400kU/L,或如400kU/LL至600kU/L,如425kU/L,如450kU/L,如450kU/L,如460kU/L,如461kU/L,如462kU/L,如463kU/L,如464kU/L,如465kU/L,如466kU/L,如467kU/L,如468kU/L,如469kU/L,如470kU/L,如475kU/L,如480kU/L,如490kU/L,或如500kU/L至600kU/L,如525kU/L,如550kU/L,或如575kU/L,或高于600kU/L。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用总IgE的水平时,总IgE的参考水平,例如在血清中,为约0.35kU/L至约10kU/L,如高于1kU/L。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用总IgE的水平时,总IgE的参考水平,例如在血清中,为约150kU/L至约200kU/L,如约186kU/L。
在一些实例中,当在如本文所定义的方法中使用总IgE的水平时,总IgE的参考水平,例如在血清中,为约400kU/L至约500kU/L,如约464kU/L。
当在本发明的方面中使用时,Th2标志物可以与用如本文所定义的免疫治疗产品进行治疗的有益效果相关。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对一种或多种Th2标志物的水平进行检测、定量或测量其浓度的步骤,所述一种或多种Th2标志物选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞的水平进行检测、定量或至少对嗜酸性粒细胞的水平进行计数的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平进行检测、定量或测量至少嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平的浓度的步骤,所述嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)例如为血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对类胰蛋白酶的水平进行检测、定量或测量至少类胰蛋白酶的水平的浓度的步骤,所述类胰蛋白酶例如为血清类胰蛋白酶。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对骨膜蛋白的水平进行检测、定量或测量至少骨膜蛋白的水平的浓度的步骤,所述骨膜蛋白例如为血清骨膜蛋白。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对总IgE的水平进行检测、定量或测量至少总IgE的水平的浓度的步骤,所述总IgE例如为血清中的总IgE。
在如本文所定义的方面中,对至少两种Th2生物标志物的定量水平与参考水平进行定量和比较可以改善对患者的确认或选择,所述患者可能从用本文所述的免疫治疗产品进行的治疗中经历有益效果。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对两种或更多种Th2生物标志物的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤,所述两种或更多种Th2生物标志物选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞进行计数和对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平进行定量的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞进行计数和对类胰蛋白酶的水平进行定量的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞进行计数和对骨膜蛋白的水平进行定量的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和类胰蛋白酶的水平进行检测、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和骨膜蛋白的水平进行检测、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行检测、定量或测量其浓度的步骤。
甚至更多的Th2标志物的组合可以改善对对象的确认或选择,所述对象可能从用免疫治疗产品进行的治疗中获得有益效果。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对三种或更多种Th2标志物的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤,所述三种或更多种Th2标志物选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和类胰蛋白酶的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和骨膜蛋白的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞计数、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。
在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对血液嗜酸性粒细胞计数、血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、血清类胰蛋白酶和血清骨膜蛋白的水平进行检测、计数、定量或测量其浓度的步骤。在如本文所定义的方面的一些实例中,方法或用途涉及对血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和血清类胰蛋白酶以及可选地对血清骨膜蛋白的水平进行检测、定量或测量其浓度的步骤。
在某些情况下,将一种或多种SNP标志物与一种或多种Th2标志物组合使用可改善对患者的选择。因此,在如本文所定义的所有方面的一些实例中,方法或用途涉及检测17q12-21区域的至少一种SNP的步骤,以及对如本文所定义的至少一种Th2标志物进行定量的步骤,以及使用结果来选择患者用免疫治疗产品进行治疗和/或预测对治疗的反应。
因此,如本文所定义的方面的一些实例涉及两种或更多种生物标志物的组合,其中
a)至少一种标志物被检测到,其为17q12-21区域的SNP,或如上所定义的与17q12-21区域的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;并且
b)至少一种标志物被定量,其为选自血液嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的Th2标志物。
如本文所定义的方面的一些实例涉及两种或更多种生物标志物的组合,其中
a)至少一种标志物被检测到,其为17q12-21区域的SNP,或与选自以下的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10);并且
b)至少一种标志物被定量,其为选自血液嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的Th2标志物。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对两种或更多种生物标志物的组合进行检测和定量,其中
a)至少一种标志物是rs7216389(SEQ ID NO:10)T等位基因,或如上所定义的与17q12-21区域的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;并且
b)至少一种生物标志物是选自血液嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的Th2标志物。
在如本文所定义的方面的一些优选实例中,检测两种或更多种生物标志物的组合,其中至少一种生物标志物是rs7216389(SEQ ID NO:10)T等位基因或与rs7216389(SEQID NO:10)连锁不平衡的一种或多种SNP,并且至少一种生物标志物是选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的Th2标志物。在一些更优选的实例中,检测两种或更多种生物标志物的组合,其中至少一种生物标志物是rs7216389(SEQID NO:10)T等位基因,并且至少一种生物标志物是选自血液嗜酸性粒细胞计数、血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、血清类胰蛋白酶和血清骨膜蛋白的Th2标志物。
免疫治疗产品
本文的方面涉及生物标志物与一种或多种免疫治疗产品组合的使用,其中将所述免疫治疗产品施用于有需要的对象以预防特应性疾病或病症(例如,哮喘)、降低其风险、治疗和/或改善其症状和体征。免疫治疗产品包含活性成分,所述活性成分例如选自抗体(例如,具有免疫调节作用的抗体)、用于治疗哮喘的抗体、过敏原、修饰的过敏原、类过敏原(allergoids)或过敏原的片段、益生菌或细菌裂解物。
本文提供的免疫治疗产品在如本文所定义的用于治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法中使用。因此,本发明的一方面的一个实例提供了在用于在所选择的对象中治疗、预防一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中使用的免疫治疗产品,所述方法包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果在来自所述对象的所述生物样品中鉴定出步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象并用所述免疫治疗产品治疗所述对象。
本发明的一方面的另一个实例提供了在用于治疗、预防对象中的一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中使用的免疫治疗产品,所述方法包括:
a)从对象获得或提供生物样品;
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤b)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象并用免疫治疗产品治疗所述对象和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
当用于如本文所定义的方面中时,抗体(通常是指作为生物制剂)可以是任何类型的、来自任何物种的多克隆和单克隆抗体,以及免疫球蛋白片段如Fv、Fab、Fab'、F(ab')
已经开发了许多抗体用于治疗特应性疾病,例如哮喘。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,免疫治疗产品包含可用于治疗特应性疾病(例如,哮喘)的抗体。在如本文所定义的方面的一些实例中,免疫治疗产品包含选自以下的抗体:抗IgE(例如奥马珠单抗(Omalizumab))、抗IL4Rα(例如,Dupilumab)、抗IL4(例如,VAK694)、抗IL13(例如,Tralokinumab和Lebrikizumab)、抗IL5(例如,美泊利单抗(Mepolizumab)和瑞利珠单抗(Reslizumab))、抗IL5受体(例如,Benralizumab)、抗IL25、抗胸腺基质淋巴细胞生成素(抗TSLP)(例如,Tezepelumab)、抗IL13/IL17受体(例如,BITS7201A/RG7990)和抗IL33(例如,AMG282)。
过敏原特异性免疫治疗(AIT)是用于治疗IgE介导的过敏性或特应性疾病的免疫治疗形式。成功的AIT的特征在于临床和免疫耐受性的改善,并改变了对过敏原暴露的反应。其具有改善疾病的作用,改善过敏患者的生活质量,以及减少症状和对其它过敏药物(如抗组胺药和类固醇)的需求。因此,在本文公开的方面的一些优选实例中,免疫治疗产品是用于过敏原特异性免疫治疗的产品,即,过敏原特异性免疫治疗产品。
在如本文所定义的所有方面的更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗产品用于预防特应性疾病、降低其风险、治疗或改善特应性疾病,例如,哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎或食物过敏。
本质上,AIT涉及免疫治疗产品(IT产品)的施用,所述产品包含一种或多种引发IgE的产生增加的令人不快的过敏原。令人不快的过敏原可以是单一的过敏原物质或这样的物质的混合物,并且可以是野生型过敏原的形式或其结构修饰的形式。可选地,所述结构修饰的形式具有降低的过敏性,但是保持了免疫原性。过敏性是由过敏原的B细胞表位与IgE抗体的Fab区域的相互作用决定的,而免疫原性是过敏原诱导体液介导和/或细胞介导的免疫反应的能力。
(一种或多种)野生型过敏原可以以提取物的形式提供,所述提取物是通过温和提取(一种或多种)令人不快的过敏原的天然来源而生产的。这样的提取物被称为天然过敏原提取物。或者,可以从天然来源中分离出野生型过敏原以获得纯化形式的野生型,或者可以通过重组工程方法或合成方法将其复制。
为了AIT的目的,已经产生了多种结构修饰的过敏原,至少包括:
a)化学改变的野生型过敏原的类过敏原提取物,通常通过用氰酸钾、甲醛或戊二醛处理天然过敏原提取物以形成蛋白质结构/功能的构象变化而产生,与野生型过敏原相比,其通常导致IgE结合能力更有限。
b)与野生型过敏原相比具有改变的氨基酸序列的重组蛋白,例如寡聚体、突变体、镶嵌分子、嵌合体或杂交体,其具有降低的IgE反应性和保留的T细胞反应性,这意味着T细胞表位基本上是保持在改变后的氨基酸序列中。这样的重组蛋白通常被称为低过敏原。
c)含有T细胞表位的肽,所述肽为包含至少一种T细胞表位的过敏原的片段,其缺乏IgE抗体结合,但能够减轻过敏性炎症。
根据较新的方法,可以通过施用编码令人不快的过敏原或过敏原片段的质粒DNA或RNA来进行AIT。
因此,用于AIT目的的免疫治疗产品可包含选自以下任一种的免疫原性剂:天然过敏原提取物、类过敏原提取物、重组野生型过敏原、重组低过敏原、含B细胞和/或T细胞表位的过敏原的片段、编码过敏原或其片段的质粒DNA以及编码过敏原或其片段的mRNA。因此,在如本文所定义的方面的特定实例中,过敏原特异性免疫治疗产品包含一种或多种免疫原性剂,所述免疫原性剂选自天然过敏原提取物、类过敏原提取物、重组野生型过敏原、重组低过敏原、含B细胞和/或T细胞表位的过敏原的片段、编码过敏原或其片段的质粒DNA以及编码过敏原或其片段的mRNA。在如本文所定义的方面的更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗产品包含一种或多种选自天然过敏原提取物、类过敏原提取物和重组过敏原的免疫原性剂。
免疫原性剂、过敏原(例如本文所述的过敏原提取物)可以衍生自选自以下的物质或由选自以下的物质产生:屋尘螨(例如粉尘螨(Dermatophagoides farinae)、翼尘螨(Dermatophagoides pterinussinus)、热带布洛米螨(Blomia tropicalis))、草花粉(例如,假褶叶花粉(Pleum pretense pollen)、鸭茅花粉(Dactylus glomerata pollen)、多年生黑麦草花粉(Lolium perenne pollen)、草地早熟禾花粉(Poa pratensis pollen))、树花粉(例如,桦树花粉、榛子花粉、桤木花粉、角木花粉、山毛榉花粉、橡树花粉、雪松花粉、白蜡树花粉、橄榄花粉)、杂草花粉(例如,豚草花粉、麦汁花粉)、昆虫毒液、动物(例如,蟑螂、猫、狗或马)和食物物质(例如,花生、蛋、牛奶、鱼、小麦、大豆、桃子、猕猴桃、榛子、贝类(例如,甲壳类、软体动物))、霉菌(例如,烟曲霉(Aspergillus fumigatus))和真菌(例如,马拉色菌属(Malassezia species))。
在所本文定义的方面的特定实例中,过敏原特异性免疫治疗是向由此需要的对象施用选自以下的过敏原提取物:树花粉过敏原提取物、杂草花粉过敏原提取物、雪松花粉过敏原提取物、屋尘螨过敏原提取物和草花粉过敏原。
在本文所定义的方面的其它更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗产品包含屋尘螨过敏原提取物和/或草花粉过敏原提取物。在本文所定义的方面的更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗产品包含屋尘螨过敏原。在本文所定义的方面的另一个更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗产品包含草花粉过敏原提取物。
因此,在本发明一个方面的一些具体实例中,本发明提供了过敏原特异性免疫治疗产品(例如,包含屋尘螨过敏原),其在用于在所选择的对象中治疗、预防哮喘或降低哮喘风险的方法中使用,所述方法包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性(例如选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP),和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果检测到所述对象是步骤a)中的一种或多种SNP的纯合子,则选择所述对象并用所述过敏原特异性免疫治疗产品治疗所述对象。
在本发明一个方面的另一个具体实例中提供了过敏原特异性免疫治疗产品(例如,包含屋尘螨过敏原),其在用于在对象中治疗、预防哮喘或降低哮喘风险的方法中使用,所述方法包括:
a)从对象获得或提供生物样品;
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤b)中的一种或多种(例如,两种或更多种)标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象并用免疫治疗产品治疗所述对象和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
如在本文所有实例中所述的免疫治疗产品可包含赋形剂。赋形剂通常是与药物的活性成分(API)一起配制的药学上无活性的物质。赋形剂通常用于填充含有有效活性成分的制剂(因此通常称为“增量剂”、“填充剂”或“稀释剂”),以使得在生产剂型时,方便和准确地分配药物物质。在如本文所定义的方面的一个实例中,免疫治疗产品包含一种或多种赋形剂。所述一种或多种赋形剂可以用作固体载体、稀释剂、调味剂、增溶剂、润滑剂、助流剂、助悬剂、粘合剂、填充剂、防腐剂、抗粘剂、润湿剂、片剂崩解剂、吸附剂和/或包囊/包衣材料。
在如本文所定义的方面中,将免疫治疗产品以治疗有效剂量施用于需要治疗的个体。治疗有效量的免疫治疗产品是指足以治疗、治愈、预防给定特应性疾病或病症(例如,哮喘)及其并发症、降低其风险、缓解或部分抑制其临床表现(即,体征和症状)的量。对于特定治疗目的有效的量将取决于特应性病症的严重程度和种类以及对象的体重和整体状态。
通常可以针对任何合适的施用途径配制如本文各方面所使用的免疫治疗产品。应当理解,如本文所定义的免疫治疗产品的优选施用途径将取决于待治疗的对象的整体状况和年龄、待治疗的病状的性质、待治疗的组织在身体中的位置和所选择的活性成分。
这样的施用途径是任何合适的途径,如肠内途径、口服途径、直肠途径、鼻途径、肺途径、颊途径、舌下途径、经皮途径、脑池内途径、腹膜内途径和肠胃外(包括皮下、皮内、肌内、鞘内、静脉内和鞘内)途径。通常,可以通过本领域已知的合适技术来制备用于如本文所述的免疫治疗产品的这样的施用的剂型。
在如本文所定义的方面的更具体的实例中,免疫治疗产品通过肠胃外施用如通过皮下、皮内、静脉内或肺内注射来施用。
在如本文所定义的方面的其它具体实例中,将免疫治疗产品例如通过吸入或雾化施用于气道。
口腔黏膜施用,如舌下施用通常用于过敏原特异性免疫治疗。因此,在如本文所定义的方面的其它实例中,免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)通过口腔黏膜施用如颊或舌下施用来施用。
对于口腔黏膜施用,如舌下施用,可以将免疫治疗产品例如配制成片剂或液体。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,所述免疫治疗产品通过将一种或多种包含过敏原提取物的片剂舌下施用给对象来进行过敏原特异性免疫治疗。可以将这样的片剂配制成用于快速摄取,例如,如快速分散片。在如本文所定义的方面的其它实例中,所述免疫治疗产品通过将过敏性提取物的液体制剂舌下施用给对象来进行过敏原特异性免疫治疗。
在如本文所定义的方面的更具体的实例中,所述免疫治疗产品用于舌下过敏原特异性免疫治疗和/或皮下过敏原特异性免疫治疗。在一些更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗涉及将包含屋尘螨过敏原提取物的产品经口腔黏膜施用给需要的对象,如将屋尘螨过敏原提取物经舌下施用给需要的对象。在其它更具体的实例中,过敏原特异性免疫治疗包括将包含草花粉过敏原提取物的产品经口腔黏膜施用给需要的对象,如将草花粉过敏原提取物经舌下施用给有需要的对象。
当免疫治疗产品用于本文所定义的治疗方法时,其可以与其它活性成分组合施用以治疗哮喘,例如,通过单独、同时或顺序施用。因此,在本发明的方面的一些实例中,将免疫治疗产品与至少一种用于治疗哮喘的第二活性成分组合施用。
在本发明的方面的一个实例中,过敏原特异性免疫治疗产品例如与用于治疗哮喘的抗体组合施用,所述抗体例如选自:抗IgE(例如奥马珠单抗)、抗IL4Rα(例如,Dupilumab)、抗IL4(例如,VAK694)、抗IL13(例如,Tralokinumab和Lebrikizumab)、抗IL5(例如,美泊利单抗和瑞利珠单抗)、抗IL5受体(例如,Benralizumab)、抗IL25、抗胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)(例如,Tezepelumab)、抗IL13/IL17受体(例如,BITS7201A/RG7990)和抗IL33(例如,AMG282),可选地与另外的用于治疗哮喘的活性成分组合施用。在如本文所定义的方面的一个实例中,所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且与抗IL4Rα抗体例如Dupilumab组合施用。
在本发明的方面的一个实例中,将免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)与一种或多种选自以下的用于哮喘治疗的第二种剂组合施用:皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服)、β
在本发明的方面的一个实例中,免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德(budesonide)、丙酸氟替卡松(fluticasonepropionate)、糠酸氟替卡松(fluticasone furoate)或倍氯米松(beclomethasone))和可选的短效β
在本发明的方面的一个实例中,将免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
在本发明的方面的一个实例中,将免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
在本发明的方面的一个实例中,将免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗产品)与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
在本发明的方面的一个实例中,将包含屋尘螨过敏原提取物的过敏原特异性免疫治疗产品与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
在如本文所定义的方面的更具体的实例中,免疫治疗产品用于将屋尘螨过敏原提取物经舌下施用给有需要的对象,并且与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的β
特应性疾病
特应性疾病涉及对一种或多种过敏原的致敏和/或对常见环境蛋白质或其它过敏原有反应的可检测IgE的存在。可以通过使用皮肤点刺试验来测量对一种或多种过敏原的致敏,其中在皮肤表面正下方施用少量的过敏原。观察施用过敏原的皮肤区域持续例如约15分钟的时间段,看是否发生反应。“风团”(凸起、发红、发痒的肿块和周围的“潮红”)表明对给定的过敏原敏感。风团和潮红越大,敏感性越高。另外,可以使用常规的免疫测定方法例如Immunocap(Thermo Scientific)、微阵列或其它方法来检测针对过敏原的IgE的存在,其中检测和/或测量过敏原特异性的IgE。当使用Immunocap方法时,通常,在生物样品(例如,血清)中检测到高于0.35kU/L的水平的IgE与特应性疾病或过敏相关。
个体中存在特应性与罹患一种或多种特应性疾病或病状(如特应性皮炎、哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎或过敏性鼻结膜炎、食物过敏、过敏性反应、过敏性休克、过敏性支气管肺曲霉病、风疹、瘙痒和荨麻疹)的风险增加相关。
在如本文所定义的方面的一些实例中,特应性疾病选自特应性皮炎、哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性鼻结膜炎,更优选地选自哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性鼻结膜炎。在一个更优选的实例中,特应性疾病是哮喘。
特应性皮炎,也称为特应性湿疹,是一种类型的皮肤炎症。特应性皮炎通常伴有一种或多种选自以下的体征和症状:皮肤干燥,皮肤瘙痒(例如,通常在夜间更明显),红色至棕色或灰色皮肤斑块,其通常位于手、脚、脚踝、手腕、脖子、上胸部、肘部和/或膝盖弯曲内侧、面部和/或头皮,皮肤上的小突起肿块,其可能漏液、变厚、开裂、鳞皮以及皮肤粗糙、敏感或肿胀。
过敏常表现为过敏性鼻炎和/或过敏性结膜炎,通常伴有一种或多种选自以下的体征和症状:打喷嚏、(鼻子、眼睛、耳朵、上颚)瘙痒、鼻漏(流鼻涕)、后鼻滴涕、充血、嗅觉缺失、头痛、耳痛、流泪、红眼、眼睛肿胀、咳嗽、疲劳、嗜睡和不适。其它类型的过敏包括食物过敏,其通常伴有一种或多种选自以下的体征和症状:皮疹,荨麻疹,嘴、嘴唇、舌头、喉咙、眼睛、皮肤或其它部位的瘙痒,嘴唇、舌头、眼睑或整个脸部的肿胀(血管性水肿),吞咽困难,流鼻涕和/或鼻塞,声音嘶哑,喘息和/或呼吸短促,腹泻,腹痛和/或胃痉挛,头晕,昏厥,恶心和呕吐。
哮喘是肺气道的常见的长期炎症性疾病。其特征是变化和反复出现的症状、可逆性气流阻塞和支气管痉挛。哮喘通常伴有一种或多种选自以下的体征和症状:喘息(例如,呼吸时的哨声、吱吱声)、呼吸短促、胸闷、呼吸急促、增加的咳嗽、疲劳、夜间觉醒和/或睡眠问题(例如,由于咳嗽或呼吸困难)、肺功能降低(如呼气流量峰值(PEF)降低、一秒用力呼气量(FEV1)减少、或如用力肺活量(FVC)降低、或FEV1与FVC的比值(FEV1/FVC)降低、呼出一氧化氮(FeNO)比例增加)以及血液和/或痰中嗜酸性粒细胞数量增加。对象可能经历一种或多种哮喘的症状和体征的这些发作在不同对象中可能以不同的频率发生,例如一天几次或每周几次。此外,取决于对象,哮喘的一种或多种症状或体征的出现在昼夜周期的不同时间点可能更频繁(例如,在夜间或醒来时更频繁),或在特定事件(例如,病毒感染、锻炼、大笑、哭泣、天气变化、冷空气、汽车尾气、烟雾或强烈气味)发生时可能更频繁。
过敏性哮喘是一种哮喘表型,其通常但不总是与过敏性疾病的过去和/或家族病史相关,所述过敏性疾病例如是特应性皮炎、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎、食物过敏和/或药物过敏。过敏性哮喘通常开始于儿童期,但也可能在以后的生活中开始。在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘是过敏性哮喘,即,对象对一种或多种过敏原敏感或具有特异性结合一种或多种过敏原的IgE,所述一种或多种过敏原例如为一种或多种屋尘螨过敏原,即,屋尘螨的第1组和/或第2组过敏原,如Der p 1、Der p 2、Der f 1和/或Der f 2。暴露于屋尘螨可能会引起特应性疾病,如哮喘,如过敏性哮喘。
通常,哮喘是根据对象中首次出现哮喘的最初症状和体征或对象首次被诊断出患有哮喘时的年龄进行分类的。早期发作或儿童期哮喘通常用于表示对象在儿童期已被诊断出患有哮喘和/或经历过哮喘的症状和体征的哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘是儿童期和/或早期发作的哮喘,并且对象在儿童期已被诊断出患有哮喘和/或经历过哮喘的症状和体征,所述儿童期如12岁之前,例如5岁之前,例如在1岁、2岁、3岁或4岁时,或者例如在8岁之前,例如在5岁、6岁或7岁时,或者例如在12岁之前,例如在8岁、9岁、10岁或11岁时,或者例如在18岁之前。
在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘是过敏性哮喘,并且对象在儿童期例如12岁之前已被诊断出患有哮喘和/或经历过哮喘的症状和/或体征。
可以根据基于哮喘的发生、持续和特定症状和体征的严重程度以及治疗哮喘加重和/或减少、突变或改善哮喘的体征和症状所需的治疗方式,进一步对哮喘进行分类。哮喘类别包括间歇性哮喘、轻度(持续)哮喘、中度(持续)哮喘、重度(持续)哮喘和难治性哮喘。
术语间歇性哮喘用于以下病例:其中观察到或经历喘息和咳嗽每周不超过2天,和/或其中最多每月出现两次夜间加重,以及其中除了这些少数加重之外,对象没有哮喘症状。
轻度(持续性)哮喘用于表示如下哮喘病例:其中症状每周发生超过两次但每天少于一次,且加重可能影响活动(如运动),和/或其中夜间加重发生频率每月超过两次,但每周少于一次。在这样的病例中,以预测的FEV1或FEV1/FVC测量的肺功能通常为约正常值的80%或更高。
中度(持续性)哮喘用于表示每天都出现哮喘症状的哮喘病例。通常,该类型的哮喘的哮喘加重每天都发生并可能持续数天。咳嗽和喘息可能会扰乱对象的正常活动并使其难以入睡。夜间加重可能每周发生超过一次。在这样的病例中,肺功能降低,例如预测的FEV1可能在约60%至约80%之间和/或FEV1/FVC可能在约75%至约80%之间。
重度(持续性)哮喘用于表示每天全天都出现哮喘症状的哮喘病例。因此,每天的活动非常有限。根据年龄,对象可能在一周中经历一次或多次夜间醒来,通常每周约5次、6次或7次。在这样的病例中,肺功能降低,例如预测的FEV1可能小于约60%和/或FEV1/FVC可能小于约75%。在一些称为(重度)难治性哮喘的重度哮喘的实例中,不能使用常规治疗(如具有或不具有全身性皮质类固醇的ICS)来治疗或缓解哮喘症状和体征,并且重度哮喘加重每年发生约2次或更多次(见Bel等人,2010年)。
在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘选自一组哮喘类型中的一种或多种,所述哮喘类型由间歇性哮喘、轻度(持续性)哮喘、中度(持续性)哮喘、重度(持续性)哮喘和难治性哮喘组成。在如本文所定义的方面的其它更具体的实例中,哮喘是选自中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘的一种或多种类型的哮喘。在如本文所定义的方面的其它的实例中,哮喘是选自中度哮喘和重度哮喘的一种或两种类型的哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘是中度和/或重度过敏性哮喘。
哮喘加重、哮喘发作或哮喘“爆发”由急性或亚急性发作组成,其中气道变得肿胀和发炎。此外,气道周围的肌肉收缩,气道也产生额外的粘液,这导致支气管变窄。哮喘加重可以通过哮喘的一种或多种症状和体征的恶化来观察。在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘加重是两种或更多种哮喘症状和体征的恶化,如2种、3种、4种、5种、6种、7种或更多种哮喘症状和/或体征的恶化。在如本文所定义的方面的一些实例中,哮喘加重是选自呼吸短促、咳嗽、喘息和胸闷的至少两种症状的恶化。
可以根据基于哮喘的发生、持续、增加、具体症状和体征的严重程度以及治疗哮喘加重和/或减少、突变或改善哮喘的体征和症状所需的量、频率和治疗方式,对哮喘加重进行分组。当症状增加,或药物用于区分不同严重类型的哮喘加重时,通常会与基线或正常值进行比较。
例如,吸入性皮质类固醇(ICS)和/或短效β
轻度哮喘加重通常是哮喘的症状和体征超过基线的相对较小的增加,并且取决于个体对象。
通常将对可用于治疗哮喘加重的SABA的增加使用的需要用于定义哮喘加重的某些实例。在如本文所定义的方面的一些实例中,轻度哮喘加重可能涉及需要用SABA治疗一天或一夜,或者可能涉及在一天或一夜期间增加SABA治疗的剂量。在如本文所定义的方面的一些实例中,在连续的两天或两夜中,轻度哮喘加重不需要SABA治疗或增加SABA剂量。
在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重通常涉及需要用SABA治疗至少连续两天或至少连续两夜,如至少2天、3天、4天、5天、6天、7天或更多天或夜。在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重是当对SABA的需要可能因所需的每日施用次数而进一步增加时,例如每天增加3个、4个、5个、6个、7个或更多个剂量或次数(puffs)的SABA。在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重涉及在至少连续2天使用SABA的情况下较基线值有所增加(例如,每天最少增加4次)。
治疗哮喘加重的住院治疗或急诊室就诊的需要可进一步用于确定某些类型的哮喘加重。在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重需要住院或急诊治疗,但不需要使用全身性皮质类固醇。在一些重度哮喘加重的实例中,治疗需要住院超过12小时和/或急诊室就诊。
肺功能降低的程度可进一步用于确定某些类型的哮喘加重。在如本文所定义的方面的一些实例中,轻度哮喘加重是这样的加重:其中与基线或先前的测量相比,观察到FEV1减少<约20%,和/或其中与基线或先前的测量相比,观察到PEV减少<约20%。
在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重可以是这样的加重:其中与基线或先前的测量相比,观察到FEV1减少≥约20%,和/或其中与基线或先前的测量相比,观察到PEV减少≥约20%。可以在一天或多天进一步观察肺功能降低,例如在至少连续2天,如连续2天、3天、4天、5天、6天、7天或更多天观察。
通常将对使用全身性皮质类固醇(例如,口服皮质类固醇(OCS))来治疗哮喘加重的需要用于定义哮喘加重的某些实例。在如本文所定义的方面的一些实例中,重度哮喘加重涉及需要用全身性皮质类固醇治疗。在如本文所定义的方面的一个实例中,重度哮喘加重通常涉及需要用全身性皮质类固醇治疗至少3天和/或由于哮喘需要全身性皮质类固醇而到急诊室就诊或因哮喘而住院超过12小时。
在如本文所定义的方面的一些实例中,中度哮喘加重可以使用以下标准a)至d)中的一个或多个来定义:
a)由于哮喘需要使用SABA至少连续2夜或在至少连续2天哮喘症状较基线值显著增加(例如,每日症状评分最低0.75)而导致的(一次或多次)夜间觉醒。
b)在至少连续2天使用SABA的情况下较基线值有所增加(每天最少增加4次)。
c)在至少连续2个早晨或晚上,呼气流量峰值(PEF)与基线值相比减少≥20%,或者FEV1与基线值相比减少≥20%。
d)去急诊室或不定期去医疗中心进行不需要全身性皮质类固醇的哮喘治疗。
在如本文所定义的方面的一些实例中,重度哮喘加重可以使用以下标准e)至f)中的一个或两个来定义:
e)需要全身性皮质类固醇治疗哮喘症状至少3天。
f)因为哮喘需要全身性皮质类固醇而到急诊室就诊或因哮喘住院超过12小时。
在本发明的一个方面的一个具体实例中,提供了用于选择对象用治疗哮喘的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗哮喘的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,其包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性(如选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP)
和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果检测到所述对象是步骤a)中的一种或多种SNP的纯合子,则选择所述对象并用所述过敏原特异性免疫治疗产品治疗所述对象。
本发明的一方面的另一个具体实例提供了治疗、预防对象中的哮喘或降低其风险的方法,所述方法包括:
d)从对象获得或提供生物样品;
e)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
f)如果步骤b)中的一种或多种(例如,两种或更多种)标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象并用过敏原特异性免疫治疗产品(例如,包含一种或多种屋尘螨过敏原)治疗所述对象和/或预测在所述对象中对用过敏原特异性免疫治疗产品(例如,包含一种或多种屋尘螨过敏原)进行的治疗的有益反应。
哮喘可以使用选自以下的多种不同的其它第二剂(或活性成分)进行治疗:皮质类固醇(吸入性、全身性、口服或注射)、β
在如本文所定义的方面的优选实例中,至少使用皮质类固醇(吸入性、全身性、口服或注射)和可选的β
对治疗的反应
根据对象和特应性疾病的相关类型、年龄、基因遗传和环境,用如本文所定义的免疫治疗产品进行的治疗可能导致不同的反应。
用免疫治疗产品进行治疗(或对免疫治疗产品的反应)的期望或有益效果包括预防或延迟特应性疾病的发生(例如,首次发生或复发)、缓解症状、减轻特应性疾病的任何直接或间接病理后果、降低特应性疾病的进展速度、改善或减轻特应性疾病状态以及缓解或改善预后。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,用如本文所定义的免疫治疗产品进行的治疗对一种或多种特应性疾病具有有益效果。
在如本文所定义的方面的一些实例中,免疫治疗产品的使用是为了获得选自以下的反应或效果:预防一种或多种特应性疾病、降低一种或多种特应性疾病的风险、治疗一种或多种特应性疾病、改善一种或多种特应性疾病的症状和体征。在如本文所定义的方面的更多实例中,免疫治疗产品的使用是为了获得选自以下的反应或效果:预防一种或多种特应性疾病、降低一种或多种特应性疾病的风险、治疗一种或多种特应性疾病、改善一种或多种特应性疾病的症状和体征,所述一种或多种特应性疾病选自特应性皮炎、哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性鼻结膜炎,更优选地选自哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性鼻结膜炎。
如上所提及的,哮喘是经常严重影响对象的生活的疾病,其甚至可能具有致命的后果。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗)的使用是为了获得选自以下的反应:预防(至少)哮喘、降低(至少)哮喘的风险、治疗(至少)哮喘、改善(至少)哮喘的症状和体征。在如本文所定义的方面的一些更具体的实例中,免疫治疗产品(例如,过敏原特异性免疫治疗)的使用是为了降低哮喘加重的风险,如增加到出现中度和/或重度哮喘加重时的时间,和/或降低哮喘的一种或多种症状和体征恶化的风险。
在如本文所定义的方面的一些更具体的实例中,对用免疫治疗进行的治疗的有益反应治疗了哮喘、改善了哮喘的一种或多种体征和症状或降低了哮喘的一种或多种体征和症状的风险,哮喘的所述一种或多种体征和症状选自:喘息(例如,呼吸时的哨声、吱吱声)、呼吸短促、胸闷、呼吸急促、增加的咳嗽、疲劳、夜间觉醒和/或睡眠问题(例如,由于咳嗽或呼吸困难)、肺功能降低(如呼气流量峰值(PEF)降低、一秒用力呼气量减少(FEV1)、或如用力肺活量(FVC)降低、或FEV1与FVC的比值(FEV1/FVC)降低、呼出一氧化氮(FeNO)比例增加)以及血液和/或痰中嗜酸性粒细胞数量增加。
通常可以通过吸入ICS和/或SABA迅速缓解症状的哮喘患者,仍然可能有经历重度哮喘加重或者因哮喘而死亡的风险。因此,确定能够降低更严重的哮喘加重风险的治疗和/或治疗方法是非常重要的。因此,在如本文所定义的方面的一些更具体的实例中,对用免疫治疗(例如,过敏原特异性免疫治疗)进行的治疗的反应是降低中度至重度哮喘加重的风险、速率或频率。
此外,由于哮喘可能影响对象的日常生活和活动,因此确定能够降低经历一种或多种哮喘体征和症状的风险的治疗和/或治疗方法是进一步有益的。因此,在如本文所定义的方面的一些具体实例中,对治疗的(有益)反应是降低经历一种或多种哮喘体征和症状的风险和/或改善一种或多种哮喘体征和症状。在如本文所定义的方面的一些实例中,对治疗的(有益)反应是减少使用哮喘药物,例如,ICS、SABA、OCS或这些药物的任意组合。在如本文所定义的方面的一些更多实例中,对治疗的(有益)反应是减少对使用选自吸入性、全身性或口服皮质类固醇的哮喘药物的需要。在如本文所定义的方面的一些更多实例中,对治疗的(有益)反应是减少对使用β
在如本文所定义的方面的一些实例中,对治疗的(有益)反应是降低哮喘加重和/或哮喘症状恶化的风险。
用免疫治疗进行治疗的对象
本发明的方面涉及可从施用免疫治疗产品获益的患者或“有需要的对象”的鉴定和/或选择。在如本文所定义的方面的一些实例中,有需要的对象具有如上所定义的17q12-21染色体区域的一种或多种SNP。
如本文所定义的方面中的需要用免疫治疗产品进行治疗的对象可能或可能没有被诊断出患有一种或多种特应性疾病(例如,哮喘),或经历过一种或多种特应性疾病(例如,哮喘)的症状。在本文所定义的方面的一些实例中,对象已被诊断出患有一种或多种特应性疾病和/或经历过一种或多种特应性疾病的症状,所述一种或多种特应性疾病选自特应性皮炎、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎、食物过敏和哮喘。在本文所定义方面的一些实例中,对象已被诊断出患有过敏性鼻炎和/或过敏性结膜炎和/或经历过过敏性鼻炎和/或过敏性结膜炎的症状。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象已经经历过哮喘的症状和/或体征,或先前已被诊断出患有哮喘。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象已经经历过哮喘的症状和/或体征,或者先前已被诊断出患有哮喘,并且还患有一种或多种其它特应性疾病,例如过敏性鼻炎和/或过敏性结膜炎。
在如本文所定义的方面的其它实例中,对象先前未被诊断出患有哮喘,也没有经历过哮喘的一种或多种症状。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象没有经历过哮喘的症状和/或体征,或者先前没有被诊断出患有哮喘,并且还患有一种或多种其它特应性疾病,例如过敏性鼻炎或过敏性结膜炎。
如上所提及的,根据首次观察到疾病症状和/或诊断出疾病的年龄,哮喘可分为不同的表型。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象患有或已被诊断出患有早发性哮喘和/或经历过早发性哮喘的症状。
此外,如上所提及的,哮喘可以分为不同的严重程度。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,所述对象患有或先前已被诊断出患有一种或多种严重程度的哮喘和/或经历过一种或多种严重程度的哮喘的症状,所述一种或多种严重程度的哮喘选自间歇性哮喘、轻度哮喘、中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,对象先前已被诊断出患有间歇性和/或轻度哮喘和/或经历过间歇性和/或轻度哮喘的症状。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象先前已被诊断出患有一种或多种类型的哮喘和/或经历过一种或多种类型的哮喘的体征和症状,所述一种或多种类型的哮喘选自中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘。
在如本文所定义的方面的一些甚至更优选的实例中,对象先前已被诊断出患有中度哮喘和/或重度哮喘(如中度哮喘,或如重度哮喘)和/或经历过中度哮喘和/或重度哮喘(如中度哮喘,或如重度哮喘)的体征和症状。
在如本文所定义的方面的一些甚至更优选的实例中,对象先前已被诊断出患有中度过敏性哮喘和/或重度过敏性哮喘(如中度过敏性哮喘,或如重度过敏性哮喘)和/或经历过中度过敏性哮喘和/或重度过敏性哮喘(如中度过敏性哮喘,或如重度过敏性哮喘)的体征和症状。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象先前已被诊断出患有中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重,或如重度哮喘加重)和/或经历过中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重,或如重度哮喘加重)的体征和症状。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象先前未被诊断出患有中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重,或如重度哮喘加重)和/或经历过中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重,或如重度哮喘加重)的体征和症状。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象被诊断出或先前已被诊断出和/或经历过针对一种或多种过敏原的过敏症状。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,通过检测或测量针对一种或多种过敏原的特异性IgE,和/或通过使用一种或多种过敏原的阳性皮肤点刺测试,将对象诊断为患有过敏或先前诊断为患有过敏。在如本文所定义的方面的一些甚至更具体的实例中,对象被诊断出或已被诊断出患有至少屋尘螨过敏。
AIT背后的概念是,通过施用给定对象对其过敏的一种或多种特异性过敏原来治疗对象。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象对一种或多种过敏原过敏,经历过对一种或多种过敏原的过敏或敏感症状,或已被诊断出患有对一种或多种过敏原的过敏或敏感,将所述一种或多种过敏原包含在用于治疗的过敏原特异性免疫治疗产品中。
在如本文所定义的方面的一些实例中,对象对屋尘螨敏感或过敏,并且过敏原免疫治疗是通过向对象施用一种或多种屋尘螨过敏原(例如,屋尘螨过敏原提取物)进行的。因此,在如本文所定义的方面的一些更具体的实例中,对象有屋尘螨过敏,如患有屋尘螨相关的过敏性鼻炎或屋尘螨相关的过敏性结膜炎,并且过敏原免疫治疗是通过向对象施用一种或多种屋尘螨过敏原(例如,屋尘螨过敏原提取物)进行的。在一些其它实例中,对象对草花粉过敏原敏感或过敏,并且过敏原免疫治疗是通过向对象施用一种或多种草花粉过敏原(例如,草花粉过敏原提取物)进行的。因此,在如本文所定义的方面的一些更具体的实例中,对象有草花粉过敏,如患有草花粉相关的过敏性鼻炎或草花粉相关的过敏性结膜炎,并且过敏原免疫治疗是通过向所述对象施用一种或多种草花粉过敏原(例如,草花粉过敏原提取物)进行的。
在如本文所定义的方面的一些更优选的实例中,对象已被诊断出患有过敏性哮喘和/或经历过过敏性哮喘的症状。在如本文所定义的方面的一些更优选的实例中,对象已被诊断出患有中度和/或重度过敏性哮喘和/或经历过中度和/或重度过敏性哮喘的症状。
在如本文所定义的方面的一些更优选的实例中,对象已被诊断出患有中度和/或重度过敏性哮喘和/或经历过中度和/或重度过敏性哮喘的症状,并且具有一种或多种类型的过敏,例如,屋尘螨过敏。
如上所提及的免疫治疗产品(特别是AIT产品)具有调节免疫反应的能力,并且在一些情况下可防止特应性疾病的进展(例如,从过敏进展为过敏性哮喘)。由于遗传标志物(例如,染色体17q12-21区域的SNP)固有地存在,甚至在特应性疾病发展或进展之前就固有地存在,因此在对象没有经历一种或多种特应性疾病的症状或被诊断出患有一种或多种特应性疾病的时间点,用如本文所定义的免疫治疗产品进行治疗可能具有有益的效果。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象没有经历过特应性疾病的症状,也没有被诊断出患有特应性疾病,所述特应性疾病选自特应性皮炎、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎、食物过敏和哮喘。在如本文所定义方面的一些更多实例中,对象没有经历过哮喘的症状或体征,也没有被诊断出患有哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,对象先前没有经历过选自轻度哮喘加重、中度哮喘加重和重度哮喘加重的哮喘加重。在如本文所定义的方面的更具体的实例中,对象先前没有经历过选自中度哮喘加重和重度哮喘加重的哮喘加重。
遗传在特应性疾病的发展中起着很大的作用,这些潜在的遗传风险通常对环境中的触发因素做出反应从而导致特应性疾病。近亲,例如父母及其孩子,通常在很大程度上共享相同环境。因此,如果对象的近亲已被诊断出患有特应性疾病或经历过特应性疾病的体征和症状,则对象也将经历特应性疾病的体征和症状的风险增加。因此,在如本文所定义的方面的一些实例中,对象的一个或多个近亲已被诊断出患有特应性疾病和/或经历过特应性疾病的症状,如特应性皮炎、过敏和/或哮喘。在如本文所定义的方面的一些实例中,对象的一个或多个父母已被诊断出患有特应性疾病(如过敏和/或哮喘)和/或经历过特应性疾病(如过敏和/或哮喘)的症状。在如本文所定义的方面的一些实例中,对象的一个或多个父母已被诊断出患有中度至重度特应性疾病(如中度至重度过敏和/或中度至重度哮喘)和/或经历过中度至重度特应性疾病(如中度至重度过敏和/或中度至重度哮喘)的症状和体征。
在具有不同血统、祖先或基因遗传的对象中,遗传生物标志物,例如本文所定义的17q12-21染色体区域的SNP,可能在不同程度上与特应性疾病(例如,哮喘)相关。类似地,如本文所定义的17q12-21染色体区域的SNP可能在不同程度上与免疫治疗产品对特应性疾病(如哮喘)的治疗效果相关,这取决于对象的祖先或血统。在本文所定义的方面的一些实例中,有需要的对象是欧洲人、西班牙人(拉丁美洲人)和/或亚洲人血统,如欧洲裔、拉丁美洲裔和/或亚洲裔。在本文所定义的方面的其它实例中,有需要的对象不是非洲或非裔美国人的血统或后裔。在本文所定义方面的具体实例中,对象是高加索裔或欧洲血统。
如上文所定义的有需要的对象可以具有不同的年龄和性别。不同年龄的对象的一些实例包括成人、青少年和儿童。在如本文所定义的方面的一个具体实例中,对象是成人,例如,17岁或18岁以上的成人,如17岁至83岁,例如,约18岁至约80岁的成人。在如本文所定义的方面的其它具体实例中,对象是青少年。在如本文所定义的方面的又一些其它具体实例中,对象是小于约17岁或小于约18岁,如约5岁至约17岁,如约5岁至约12岁的儿童,或小于约5岁,如1个月至5岁,如1个月至6个月大,或如6个月至12个月大,或如约1岁至约5岁,如约1岁、约2岁、约3岁或约4岁的儿童。
部件试剂盒
在一些实例中,用于如本文所定义的不同方面的部件试剂盒可以是包括多个部件,可选地包括用于如本文所定义的方面所述的方法的说明书的任何制品(例如,包装或容器)。优选地,将所述制品作为用于进行如本文所定义的方法的单元进行推广、分配或销售。
在如本文所定义的试剂盒的一些实例中,试剂盒是包括至少一种试剂的任何制品(例如包装或容器),例如,用于确定多态性基因型的探针,可选地具有用于与本文所述的免疫治疗产品组合使用的说明书。
在一些实例中,如本文所定义的试剂盒可进一步包括用于收集生物样品(例如,血液样品)的装置。
在如本文所定义的试剂盒的一些实例中,试剂盒包括至少一种过敏原特异性免疫治疗产品,并且进一步包括与如本文所定义的方法组合使用的说明书。
在如本文所定义的试剂盒的其它实例中,试剂盒是包括至少一种免疫治疗产品,并且进一步包括说明书的任何制品(例如,包装或容器),所述说明书与17q12-21区域的一种或多种SNP或与17q12-21区域的一种或多种SNP连锁不平衡的任何SNP的检测组合使用,例如是在如本文所定义的方法中使用的说明书。
在如本文所定义的试剂盒的优选实例中,试剂盒包括至少一种过敏原特异性免疫治疗产品,并且进一步包括说明书,所述说明书与17q12-21区域的一种或多种SNP或与17q12-21区域的一种或多种SNP连锁不平衡的任何SNP的检测组合使用,例如是在本文所述方法中与表1中的一种或多种SNP的检测组合使用的说明书,优选地检测选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)。
在如本文所定义的试剂盒的一些实例中,部件试剂盒包括:
a)用于对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量的装置;和
b)用于所述试剂盒与免疫治疗产品的组合使用的说明书。
在如本文所定义的试剂盒的一些实例中,部件试剂盒包括至少一种过敏原特异性免疫治疗产品,并且进一步包括说明书,所述说明书与17q12-21区域的一种或多种SNP(例如,选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10))的检测组合使用,并与选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的定量组合使用。
在一些实例中,部件试剂盒包括:
a)用于检测17q12-21区域的一种或多种SNP(例如,选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10))的装置;以及
b)用于对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量的装置。
在如本文所定义的试剂盒的一些实例中,部件试剂盒可进一步包括用于诊断对过敏原过敏或致敏的装置,例如,用于进行皮肤点刺测试或测量生物样品中的IgE(例如,屋尘螨皮肤点刺测试,或用于检测对一种或多种屋尘螨过敏原特异的IgE)的装置。
在如本文所定义的部件试剂盒的一些实例中,部件试剂盒可进一步包括一种或多种第二活性成分,用于单独、顺序或单独施用。这样的第二活性成分可选自其它免疫治疗产品、皮质类固醇(例如,口服或吸入性)和其它哮喘治疗产品如SABA、LABA或LAMA。
本发明的其它方面
根据本发明的一个方面的另一个实例提供了过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中所述治疗包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果在来自所述对象的生物样品中鉴定出步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象用所述药物进行治疗和/或预测对用所述药物进行的治疗的反应。
根据本发明的一个方面的另一个实例提供了过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中所述治疗包括:
a)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
b)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品治疗的有益反应。
本发明一个方面的又一个实例提供了选自以下的一种或多种单核苷酸多态性(SNP)用于预测对象对用免疫治疗产品进行的治疗的反应性的用途:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
本发明一个方面的又一个实例提供了选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物用于预测对象对用免疫治疗产品进行的治疗的反应性的用途。
本发明一个方面的又一个实例提供了选自以下的一种或多种单核苷酸多态性(SNP)用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗的用途:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
本发明一个方面的又一个实例提供了选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗的用途。
以下实施方案进一步定限定了本发明的各方面及其实例:
实施方案
实施方案1.用于选择对象用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,其包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果检测到步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案2.根据实施方案1所述的方法,其进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
实施方案3.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中ii的所述SNP位于染色体17q12-21区域中。
实施方案4.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中i的SNP是选自表1中所列的SNP的一种或多种SNP,即,选自:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP。
实施方案5.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有选自表1中所列的SNP的一种或多种SNP,即,选自:rs2941504(SEQ IDNO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP。
实施方案6.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有选自表1中所列的SNP的一种或多种SNP,即,选自:rs2941504(SEQ IDNO:5)A等位基因、rs2517955(SEQ ID NO:4)C等位基因、rs2952156(SEQ ID NO:6)A等位基因、rs907092(SEQ ID NO:1)G等位基因、rs9303277(SEQ ID NO:13)C等位基因、rs12936231(SEQ ID NO:17)C等位基因、rs8069176(SEQ ID NO:11)G等位基因、rs2305480(SEQ ID NO:3)G等位基因、rs11078927(SEQ ID NO:14)C等位基因、rs11078928(SEQ ID NO:15)T等位基因、rs2290400(SEQ ID NO:2)T等位基因、rs7216389(SEQ ID NO:10)T等位基因、rs4065275(SEQ ID NO:9)G等位基因、rs8076131(SEQ ID NO:12)A等位基因、rs12603332(SEQ ID NO:16)C等位基因、rs3894194(SEQ ID NO:8)A等位基因和rs3859192(SEQ ID NO:7)T等位基因。
实施方案7.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中i的SNP选自:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP。
实施方案8.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有选自以下SNP的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs3894194(SEQ IDNO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),或其互补SNP。
实施方案9.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ IDNO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP。
实施方案10.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有选自以下的一种或多种SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP。
实施方案11.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs907092(SEQ ID NO:1)SNP或其互补SNP。
实施方案12.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs9303277(SEQ ID NO:13)SNP或其互补SNP。
实施方案13.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs8069176(SEQ ID NO:11)SNP或其互补SNP。
实施方案14.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs2305480(SEQ ID NO:3)SNP或其互补SNP。
实施方案15.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs11078927(SEQ ID NO:14)SNP或其互补SNP。
实施方案16.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs2290400(SEQ ID NO:2)SNP或其互补SNP。
实施方案17.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中步骤a)是检测来自所述对象的样品是否具有rs7216389(SEQ ID NO:10)SNP或其互补SNP。
实施方案18.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中选择所述对象用免疫治疗进行治疗和/或预测在所述对象中对使用免疫治疗进行的治疗的有益反应需要检测所述对象相对于染色体17q12-21区域的一种或多种SNP是纯合子。
实施方案19.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中如果所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs2941504(SEQ ID NO:5)、rs2517955(SEQ ID NO:4)、rs2952156(SEQ ID NO:6)、rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs12936231(SEQ ID NO:17)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs11078928(SEQ ID NO:15)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs4065275(SEQ ID NO:9)、rs8076131(SEQ ID NO:12)、rs12603332(SEQ ID NO:16)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),则选择所述对象用所述免疫治疗产品进行治疗和/或预测所述对象对使用所述免疫治疗产品进行的治疗具有有益反应。
实施方案20.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中如果所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)、rs7216389(SEQ ID NO:10)、rs3894194(SEQ ID NO:8)和rs3859192(SEQ ID NO:7),则选择所述对象用所述免疫治疗产品进行治疗和/或预测所述对象对使用所述免疫治疗产品进行的治疗具有有益反应。
实施方案21.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中如果所述对象相对于选自以下的一种或多种SNP是纯合子:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),则选择所述对象用所述免疫治疗产品进行治疗和/或预测所述对象对使用所述免疫治疗产品进行的治疗具有有益反应。
实施方案22.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品选自用于治疗哮喘的抗体和过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案23.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品包含选自以下的一种或多种抗体:抗IgE(例如,奥马珠单抗)、抗IL4Rα(例如,Dupilumab)、抗IL4(例如,VAK694)、抗IL13(例如,Tralokinumab和Lebrikizumab)、抗IL5(例如,美泊利单抗和瑞利珠单抗)、抗IL5受体(例如,Benralizumab)、抗IL25、抗胸腺基质淋巴细胞生成素(抗TSLP)(例如,Tezepelumab)、抗IL13/IL17受体(例如,BITS7201A/RG7990)和抗IL33(例如,AMG282)。
实施方案24.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,可选地与一种或多种其它免疫治疗产品组合施用。
实施方案25.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案26.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品并且包含选自以下的一种或多种免疫原性剂:天然过敏原提取物、类过敏原提取物、重组野生型过敏原、重组低过敏原、含B细胞和/或T细胞表位的过敏原的片段、编码过敏原或其片段的质粒DNA以及编码过敏原或其片段的mRNA。
实施方案27.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品,并且包含由天然来源材料和/或一种或多种重组过敏原制备的过敏原提取物。
实施方案28.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗并且包含选自以下的物质的过敏原:屋尘螨(例如粉尘螨、翼尘螨和热带布洛米螨)、草花粉(例如,假褶叶花粉、鸭茅花粉、多年生黑麦草花粉、草地早熟禾花粉)、树花粉(例如,桦树花粉、榛子花粉、桤木花粉、角木花粉、山毛榉花粉、橡树花粉、雪松花粉、白蜡树花粉、橄榄花粉)、杂草花粉(例如,豚草花粉、麦汁花粉)、昆虫毒液、动物(例如,蟑螂、猫、狗或马)和食物物质(例如,花生、蛋、牛奶、鱼、小麦、大豆、桃子、猕猴桃、榛子、贝类(例如,甲壳类、软体动物))、霉菌(例如,烟曲霉)和真菌(例如,马拉色菌属)。
实施方案29.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗并且包含选自草花粉提取物、树花粉过敏原提取物、杂草花粉过敏原提取物、雪松花粉过敏原提取物和屋尘螨过敏原提取物的过敏原提取物。
实施方案30.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗并且包含屋尘螨过敏原提取物和/或草花粉提取物。
实施方案31.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗并且包含屋尘螨过敏原提取物。
实施方案32.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗并且包含草花粉过敏原提取物。
实施方案33.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗与同时、随后或单独施用的至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分组合使用。
实施方案34.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与同时、随后或单独施用的至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分组合使用。
实施方案35.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫产品与选自以下的一种或多种用于哮喘治疗的第二种剂组合施用:皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服),例如,丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松、布地奈德、倍氯米松,β
实施方案36.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫产品与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和可选的短效β
实施方案37.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫产品与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案38.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫产品与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
实施方案39.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫产品与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案40.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与皮质类固醇(例如,吸入性)和可选的短效β
实施方案41.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案42.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案43.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于屋尘螨过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与吸入性布地奈德和可选的沙丁胺醇组合施用。
实施方案44.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与用于治疗哮喘的抗体组合施用。
实施方案45.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是至少一种用于过敏原特异性免疫治疗的产品,并且与抗IL4Rα抗体例如Dupilumab组合施用。
实施方案46.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过肠胃外施用的,例如通过皮下、皮内、肌内、静脉或肺内注射施用。
实施方案47.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中将所述免疫治疗产品施用到气道中,如通过吸入或雾化施用。
实施方案48.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过口腔黏膜施用的,如口腔和/或舌下施用。
实施方案49.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品通过舌下施用来施用。
实施方案50.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于舌下过敏原特异性免疫治疗或皮下过敏原特异性免疫治疗。
实施方案51.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品用于将屋尘螨过敏原提取物经口腔黏膜施用给有需要的对象,如将屋尘螨过敏原提取物经舌下施用给有需要的对象。
实施方案52.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是将屋尘螨过敏原提取物经舌下施用给有需要的对象,并且与吸入性皮质类固醇(布地奈德)和可选的β
实施方案53.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过将草花粉过敏原提取物经口腔黏膜施用给所述对象,如将草花粉过敏原提取物经舌下施用给所述对象来用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案54.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过将包含过敏原提取物的片剂经舌下施用给所述对象来用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案55.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过将包含过敏原提取物的快速分散片经舌下施用给所述对象来用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案56.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是通过将包含过敏原提取物的液体制剂经舌下施用给所述对象来用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案57.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象具有欧洲血统、西班牙裔(拉丁美洲)血统和/或亚洲血统。
实施方案58.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象没有非洲血统或非裔美国人血统。
实施方案59.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象具有欧洲祖先或血统。
实施方案60.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是成人。
实施方案61.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是大于17岁或18岁,如17岁至83岁的成人。
实施方案62.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是约18岁至约80岁的成人。
实施方案63.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是儿童。
实施方案64.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是小于约17岁或小于约18岁的儿童。
实施方案65.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是约5岁至约18岁,如约5岁至约12岁的儿童。
实施方案66.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象是小于约5岁,如1个月至5岁,如1个月至6个月大,或如6个月至12个月大,或如约1岁至约5岁,如约1岁、约2岁、约3岁或约4岁的儿童。
实施方案67.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象已被诊断出患有一种或多种特应性疾病和/或经历过一种或多种特应性疾病的症状和体征。
实施方案68.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象已被诊断出患有一种或多种特应性疾病和/或经历过一种或多种特应性疾病的症状和体征,所述一种或多种特异性疾病选自特应性皮炎、哮喘、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性鼻结膜炎。
实施方案69.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象已被诊断出患有哮喘和/或经历过哮喘的症状和体征。
实施方案70.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象已被诊断出患有对一种或多种过敏原的过敏或敏感和/或经历过对一种或多种过敏原的过敏或敏感的症状。
实施方案71.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中通过测量对一种或多种过敏原的IgE,和/或通过对一种或多种过敏原的阳性皮肤点刺测试,将所述对象诊断为患有过敏。
实施方案72.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有早发性哮喘和/或过敏性哮喘和/或经历过早发性哮喘和/或过敏性哮喘的症状和体征。
实施方案73.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有一种或多种严重程度的哮喘和/或经历过一种或多种严重程度的哮喘的症状,所述一种或多种严重程度的哮喘选自轻度哮喘、中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘。
实施方案74.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前未被诊断出患有哮喘,也没有经历过哮喘的一种或多种症状。
实施方案75.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前未被诊断出患有哮喘,或者没有经历过哮喘的一种或多种症状和体征,但是患有一种或多种其它特应性疾病,例如,过敏性鼻炎、过敏性结膜炎或过敏性鼻结膜炎。
实施方案76.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象患有一种或多种严重程度的哮喘,或先前已被诊断出患有一种或多种严重程度的哮喘和/或经历过一种或多种严重程度的哮喘的症状,所述一种或多种严重程度的哮喘选自间歇性哮喘、轻度哮喘、中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘。
实施方案77.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有间歇性哮喘和/或轻度哮喘和/或经历过间歇性哮喘和/或轻度哮喘的症状。
实施方案78.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象患有一种或多种严重程度的哮喘,或先前已被诊断出患有一种或多种严重程度的哮喘和/或经历过一种或多种严重程度的哮喘的症状,所述一种或多种严重程度的哮喘选自中度哮喘、重度哮喘和难治性哮喘。
实施方案79.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象患有中度哮喘和/或重度哮喘(如中度哮喘或如重度哮喘),或先前已被诊断出患有中度哮喘和/或重度哮喘(如中度哮喘或如重度哮喘)和/或经历过中度哮喘和/或重度哮喘(如中度哮喘或如重度哮喘)的体征和症状。
实施方案80.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象患有中度过敏性哮喘和/或重度过敏性哮喘(如中度过敏性哮喘或如重度过敏性哮喘),或先前已被诊断出患有中度过敏性哮喘和/或重度过敏性哮喘(如中度过敏性哮喘或如重度过敏性哮喘)和/或经历过中度过敏性哮喘和/或重度过敏性哮喘(如中度过敏性哮喘或如重度过敏性哮喘)的体征和症状。
实施方案81.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象患有中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重或如重度哮喘加重),或先前已被诊断出患有中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重或如重度哮喘加重)和/或经历过中度和/或重度哮喘加重(如中度哮喘加重或如重度哮喘加重)的体征和症状。
实施方案82.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中哮喘的症状和/或体征选自:喘息(例如,呼吸时的哨声、吱吱声)、呼吸短促、胸闷、呼吸急促、增加的咳嗽、疲劳、夜间觉醒和/或睡眠问题(例如,由于咳嗽或呼吸困难)、肺功能降低(如呼气流量峰值(PEF)降低、一秒用力呼气量减少(FEV1)、或如用力肺活量(FVC)降低、或FEV1与FVC的比值(FEV1/FVC)降低、呼出一氧化氮(FeNO)比例增加)以及血液和/或痰中嗜酸性粒细胞数量增加。
实施方案83.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有屋尘螨过敏或对屋尘螨敏感,并且所述免疫治疗产品包含屋尘螨过敏原(如屋尘螨过敏原提取物)和/或用于治疗哮喘的抗体。
实施方案84.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有屋尘螨过敏,如屋尘螨相关的过敏性鼻炎或屋尘螨相关的过敏性结膜炎,并且所述免疫治疗产品包含屋尘螨过敏原,如屋尘螨过敏原提取物。
实施方案85.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有草花粉过敏或对草花粉敏感,并且所述免疫治疗产品包含草花粉过敏原(如草花粉过敏原提取物)和/或用于治疗哮喘的抗体。
实施方案86.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象先前已被诊断出患有草花粉过敏,如草花粉相关的过敏性鼻炎或草花粉相关的过敏性结膜炎,并且所述免疫治疗产品包含草花粉过敏原(如草花粉过敏原提取物)。
实施方案87.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象的一个或多个近亲已被诊断出患有特应性疾病(如过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和/或哮喘)和/或经历过特应性疾病(如过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和/或哮喘)的症状。
实施方案88.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象的一个或多个父母已被诊断出患有特应性疾病(如过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和/或哮喘)和/或经历过特应性疾病(如过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和/或哮喘)的症状。
实施方案89.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对象的一个或多个父母已被诊断出患有中度至重度特应性疾病(如中度至重度过敏性鼻炎或过敏性结膜炎和/或中度至重度哮喘)和/或经历过中度至重度特应性疾病(如中度至重度过敏性鼻炎或过敏性结膜炎和/或中度至重度哮喘)的症状。
实施方案90.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应选自预防一种或多种特应性疾病、降低一种或多种特应性疾病的风险、治疗一种或多种特应性疾病、改善一种或多种特应性疾病的症状和体征,所述一种或多种特应性疾病选自特应性皮炎、过敏和哮喘。
实施方案91.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应选自预防至少哮喘、降低至少哮喘的风险、治疗至少哮喘、改善至少哮喘的症状和体征。
实施方案92.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是降低哮喘加重和/或哮喘症状恶化的风险。
实施方案93.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述哮喘的体征和症状选自:喘息(例如,呼吸时的哨声、吱吱声)、呼吸短促、胸闷、呼吸急促、增加的咳嗽、疲劳、夜间觉醒和/或睡眠问题(例如,由于咳嗽或呼吸困难)、肺功能降低(如呼气流量峰值(PEF)降低、一秒用力呼气量减少(FEV1)、或如用力肺活量(FVC)降低、或FEV1与FVC的比值(FEV1/FVC)降低、呼出一氧化氮(FeNO)比例增加)以及血液和/或痰中嗜酸性粒细胞数量增加。
实施方案94.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应降低了中度至重度哮喘加重的风险、速率或频率。
实施方案95.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是改善哮喘的一种或多种体征和症状。
实施方案96.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是降低经历一种或多种哮喘体征和/或症状的风险和/或减少对使用哮喘药物的需要。
实施方案97.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是减少哮喘药物的使用。
实施方案98.根据前述实施方案中任一项所述的方法,所述对治疗的反应是减少对使用选自吸入性、全身性或口服皮质类固醇的哮喘药物的需要。
实施方案99.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是减少对使用全身施用的皮质类固醇的需要。
实施方案100.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是减少对使用β
实施方案101.根据前述实施方案中任一项所述的方法,其中所述对治疗的反应是减少吸入性皮质类固醇与β
实施方案102.在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法,所述方法包括:
a)从所述对象获得和/或提供包含核酸的生物样品;和
b)检测从所述对象获得的所述核酸是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
c)如果在所述生物样品中包含的所述核酸中鉴定出步骤b)中的一种或多种SNP,则鉴定或选择所述对象用免疫治疗进行治疗;以及
d)向根据步骤c)鉴定或选择的所述对象施用免疫治疗产品。
实施方案103.根据实施方案102所述的免疫治疗产品,其中所述SNP进一步由前述实施方案3至21中任一项限定。
实施方案104.根据实施方案102至103中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品选自抗体和过敏原特异性免疫治疗。
实施方案105.根据实施方案102至104中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品如实施方案22至56中任一项所限定。
实施方案106.根据实施方案102至105中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案107.根据实施方案102至106中任一项所述的方法,其中所述对象由实施方案57至89中任一项限定。
实施方案108.根据实施方案102至107中任一项所述的方法,其中所述特应性疾病由实施方案67至89中任一项限定。
实施方案109.根据实施方案102至108中任一项所述的方法,其中执行所述方法以获得如实施方案90至101中任一项所限定的对治疗的反应。
实施方案110.根据实施方案102至109中任一项所述的方法,其中所述方法降低了哮喘加重和/或哮喘症状和体征恶化的风险。
实施方案111.根据实施方案102至110中任一项所述的方法,其中所述方法降低了中度至重度哮喘加重的风险。
实施方案112.根据实施方案102至111中任一项所述的方法,其中所述方法降低了经历哮喘的一种或多种体征和症状的风险和/或减少了哮喘药物的使用。
实施方案113.根据实施方案102至112中任一项所述的方法,其中所述方法降低了经历哮喘的一种或多种体征和症状的风险,和/或改善了哮喘的一种或多种体征和症状。
实施方案114.根据实施方案102至113中任一项所述的方法,其中所述方法减少了哮喘药物(例如吸入性、全身性或口服皮质类固醇)和/或β
实施方案115.根据实施方案102至114所述的方法,其中所述方法进一步包括施用至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分。
实施方案116.根据实施方案102至115所述的方法,其中所述方法进一步包括施用可用于治疗哮喘的抗体。
实施方案117.根据实施方案102至116所述的方法,其中所述方法进一步包括施用一种或多种用于哮喘治疗的第二种剂,所述第二种剂选自皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服)、β
实施方案118.根据实施方案102至117所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和可选的短效β
实施方案119.根据实施方案102至118所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案120.根据实施方案102至119所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
实施方案121.根据实施方案102至120所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案122.在用于在所选择的对象中治疗、预防一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中使用的免疫治疗产品,所述方法包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果在来自所述对象的所述生物样品中鉴定出步骤a)中的一种或多种SNP,则选择所述对象并用所述免疫治疗产品治疗所述对象。
实施方案123.根据实施方案122所述的免疫治疗产品,其中所述SNP进一步由前述实施方案3至21中任一项限定。
实施方案124.根据实施方案122和123中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品进一步由前述实施方案22至56中任一项限定。
实施方案125.根据前述实施方案122至124中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案126.根据实施方案122至125中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述对象进一步由实施方案57至89中任一项限定。
实施方案127.根据实施方案122至126中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含用于舌下施用的屋尘螨过敏原提取物。
实施方案128.根据实施方案122至127中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含配制为用于舌下施用的快速分散片的屋尘螨过敏原提取物。
实施方案129.根据实施方案122至128中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含用于舌下施用的草花粉过敏原提取物。
实施方案130.根据实施方案122至129中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含配制为用于舌下施用的快速分散片的草花粉过敏原提取物。
实施方案131.根据实施方案122至130中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法用于获得如根据实施方案90至101中任一项所限定的反应。
实施方案132.根据实施方案122至131中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括同时、随后或单独施用至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分。
实施方案133.根据前述实施方案122至132中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用选自以下的一种或多种用于哮喘治疗的第二种剂:皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服),例如,丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松、布地奈德、倍氯米松,β
实施方案134.根据实施方案122至133中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和可选的短效β
实施方案135.根据实施方案122至134中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案136.根据实施方案122至135中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
实施方案137.根据实施方案122至136中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案138.根据实施方案122至137中任一项所述的免疫治疗产品,其用于降低哮喘加重的风险和/或降低哮喘的一种或多种症状和体征恶化的风险。
实施方案139.根据实施方案122至138中任一项所述的免疫治疗产品,其用于降低中度至重度哮喘加重的风险。
实施方案140.过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中所述治疗包括:
a)检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
b)如果在来自所述对象的生物样品中鉴定出步骤b)中的一种或多种SNP,则选择所述对象用所述药物进行治疗和/或预测对用所述药物进行的治疗的反应。
实施方案141.根据实施方案140所述的用途,其中所述药物是免疫治疗产品。
实施方案142.根据实施方案140和141中任一项所述的用途,其中所述药物是根据实施方案22至56和122至139中任一项所限定的免疫治疗产品。
实施方案143.部件试剂盒,其包括:
c)用于检测选自组i)和/或组ii)的一种或多种SNP的装置:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
d)用于所述试剂盒与免疫治疗产品组合使用的说明书。
实施方案144.根据实施方案143所述的部件试剂盒,所述方法检测根据实施方案3至21中任一项所限定的SNP。
实施方案145.根据实施方案143至144中任一项所述的部件试剂盒,其中所述免疫治疗产品根据实施方案22至56和122至139中任一项限定。
实施方案146.根据实施方案143至145中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于获得一种或多种生物样品的装置。
实施方案147.根据实施方案143至146中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于诊断对过敏原的过敏或致敏的装置。
实施方案148.根据实施方案143至147中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于皮肤点刺测试或用于测量生物样品中的IgE的装置。
实施方案149.部件试剂盒,其包括:
a)免疫治疗产品;以及
b)用于所述免疫治疗产品与以下的检测组合使用的说明书:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
实施方案150.根据实施方案149所述的部件试剂盒,所述方法检测根据实施方案3至21中任一项所限定的SNP。
实施方案151.根据实施方案149至150中任一项所述的部件试剂盒,其中所述免疫治疗产品根据实施方案22至56和122至139中任一项限定。
实施方案152.根据实施方案149至151中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于检测如实施方案3至21中所限定的一种或多种SNP的装置。
实施方案153.根据实施方案149至152中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于获得一种或多种生物样品的装置。
实施方案154.选自以下的一种或多种单核苷酸多态性(SNP)用于预测对象对用免疫治疗产品进行的治疗的反应性的用途:
a)单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
b)与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案155.根据实施方案154所述的用途,其中所述免疫治疗产品由实施方案22至56和122至139中任一项限定。
实施方案156.选自以下的一种或多种单核苷酸多态性(SNP)用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗的用途:
a)单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
b)与如上面i)中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案157.根据实施方案156所述的用途,其中所述免疫治疗产品由实施方案22至56和122至139中任一项限定。
实施方案158.用于选择对象用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行治疗和/或预测对用治疗特应性疾病(例如,哮喘)的免疫治疗产品进行的治疗的反应的方法,其包括:
a)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
b)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案159.根据实施方案158所述的方法,其进一步包括治疗步骤c),其中将免疫治疗产品施用于根据步骤b)选择的进行治疗和/或根据步骤b)预测的对治疗具有有益反应的对象。
实施方案160.根据实施方案158至159中任一项所述的方法,其中在一组被诊断出患有与所述对象相同的特应性疾病的对象中预先确定所述参考水平。
实施方案161.根据实施方案158至160中任一项所述的方法,其中在一组被诊断出患有一种或多种特应性疾病的对象中预先确定所述参考水平。
实施方案162.根据实施方案158至161中任一项所述的方法,其中在一组被诊断出患有一种或多种疾病的对象中预先确定所述参考水平,所述一种或多种疾病选自过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性哮喘。
实施方案163.根据实施方案158至162中任一项所述的方法,其中在一组被诊断出患有过敏性哮喘的对象中预先确定所述参考水平。
实施方案164.根据实施方案158至163中任一项所述的方法,其中在一组被诊断出患有中度或重度过敏性哮喘的对象中预先确定所述参考水平。
实施方案165.根据实施方案158至164中任一项所述的方法,其中在一组健康对象中预先确定所述参考水平。
实施方案166.根据实施方案158至165中任一项所述的方法,其中在一组随机选择的对象中预先确定所述参考水平。
实施方案167.根据实施方案158至166中任一项所述的方法,其中所述参考水平是一组对象的平均值或中位数。
实施方案168.根据实施方案158至167中任一项所述的方法,其中对选自嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量。
实施方案169.根据实施方案158至168中任一项所述的方法,其中对至少嗜酸性粒细胞的水平进行定量。
实施方案170.根据实施方案158至169中任一项所述的方法,其中对至少血液嗜酸性粒细胞计数的水平进行定量。
实施方案171.根据实施方案158至170中任一项所述的方法,其中对至少嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平进行定量。
实施方案172.根据实施方案158至171中任一项所述的方法,其中对至少血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平进行定量。
实施方案173.根据实施方案158至172中任一项所述的方法,其中对至少类胰蛋白酶的水平进行定量。
实施方案174.根据实施方案158至173中任一项所述的方法,其中对至少血清类胰蛋白酶的水平进行定量。
实施方案175.根据实施方案158至174中任一项所述的方法,其中对至少骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案176.根据实施方案158至175中任一项所述的方法,其中对至少血清骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案177.根据实施方案158至176中任一项所述的方法,其中对至少总IgE的水平进行定量。
实施方案178.根据实施方案158至177中任一项所述的方法,其中对至少总IgE的水平进行定量。
实施方案179.根据实施方案158至178中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数和嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)的水平进行定量。
实施方案180.根据实施方案158至179中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数和类胰蛋白酶的水平进行定量。
实施方案181.根据实施方案158至180中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案182.根据实施方案158至181中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和类胰蛋白酶的水平进行定量。
实施方案183.根据实施方案158至182中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案184.根据实施方案158至183中任一项所述的方法,其中对类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案185.根据实施方案158至184中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和类胰蛋白酶的水平进行定量。
实施方案186.根据实施方案158至185中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案187.根据实施方案158至186中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞计数、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案188.根据实施方案158至187中任一项所述的方法,其中对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的水平进行定量。
实施方案189.根据实施方案158至188中任一项所述的方法,其中在血液中、例如在可选地用抗凝血剂处理的全血中对嗜酸性粒细胞计数的水平进行定量。
实施方案190.根据实施方案158至189中任一项所述的方法,其中在血清中对嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的水平进行定量。
实施方案191.根据实施方案158至190中任一项所述的方法,其中对选自血液嗜酸性粒细胞计数、血清嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、血清类胰蛋白酶和血清骨膜蛋白的一种或多种生物标志物的水平进行定量。
实施方案192.根据实施方案158至191中任一项所述的方法,其中血液嗜酸性粒细胞计数的所述参考水平为150个细胞/微升或更高,如高于200个细胞/微升,如200个细胞/微升至500个细胞/微升,如225个细胞/微升,如250个细胞/微升,如275个细胞/微升,或如200个细胞/微升至300个细胞/微升,如225个细胞/微升,如250个细胞/微升,或如275个细胞/微升,或如300个细胞/微升至400个细胞/微升,如325个细胞/微升,如350个细胞/微升,或如375个细胞/微升,如400个细胞/微升至500个细胞/微升,如425个细胞/微升,如450个细胞/微升,或如475个细胞/微升,或如600个细胞/微升至800个细胞/微升,或更高。
实施方案193.根据实施方案158至192中任一项所述的方法,其中血液嗜酸性粒细胞计数的所述参考水平为约200个细胞/微升。
实施方案194.根据实施方案158至193中任一项所述的方法,其中血液嗜酸性粒细胞计数的所述参考水平为约400个细胞/微升。
实施方案195.根据实施方案158至194中任一项所述的方法,其中血清ECP的所述参考水平为3微克/L或更高,如3微克/L至8微克/L,如4微克/L、5微克/L、6微克/L或7微克/L,或如8微克/L至14微克/L,如8微克/L、9微克/L、10微克/L、11微克/L、12微克/L、13微克/L、或14微克/L或更高,如14微克/L至20微克/L,如14微克/L至16微克/L,如15微克/L,或如16微克/L至18微克/L,如17微克/L,或如18微克/L至20微克/L,如19微克/L,或如20微克/L至40微克/L,如20微克/L至30微克/L,如20微克/L至22微克/L,如21微克/L,或如22微克/L到24微克/L,如23微克/L,或如24微克/L至26微克/L、如25微克/L,或如26微克/L至28微克/L,如27微克/L,或如28微克/L至30微克/L,例如29微克/L,或如30微克/L至40微克/L,如30微克/L至32微克/L,如33微克/L,或如32微克/L至34微克/L,如33微克/L,或如34微克/L至36微克/L,如35微克/L,或如36微克/L至38微克/L,如37微克/L,或如38微克/L至40微克/L,如39微克/L,或如高于40微克/L,如高于50微克/L。
实施方案196.根据实施方案158至195中任一项所述的方法,其中血清ECP的所述参考水平为约14微克/L,如14.4微克/L。
实施方案197.根据实施方案158至196中任一项所述的方法,其中血清ECP的所述参考水平为约29微克/L,如29.4微克/L。
实施方案198.根据实施方案158至197中任一项所述的方法,其中血清骨膜蛋白的所述参考水平高于15纳克/mL,如15纳克/mL至40纳克/mL,如15纳克/mL至17纳克/mL,或如17纳克/mL至20纳克/mL,或如20纳克/mL至35纳克/mL,如20纳克/mL,或如21纳克/mL,如22纳克/mL,如23纳克/mL,如24纳克/mL,如25纳克/mL,如26纳克/mL,如27纳克/mL,如28纳克/mL,如29纳克/mL,如30纳克/mL,如31纳克/mL,如32纳克/mL,如33纳克/mL毫升,如34纳克/mL,或如35纳克/mL至40纳克/mL,或如高于40纳克/mL。
实施方案199.根据实施方案158至198中任一项所述的方法,其中血清骨膜蛋白的所述参考水平为约21纳克/mL。
实施方案200.根据实施方案158至199中任一项所述的方法,其中血清骨膜蛋白的所述参考水平为约27纳克/mL。
实施方案201.根据实施方案158至200中任一项所述的方法,其中血清类胰蛋白酶的所述参考水平高于1微克/L,如1微克/L至4微克/L,如1微克/L至2微克/L,如1微克/L至1.5微克/L,如1.1微克/L、1.2微克/L、1.3微克/L、或1.4微克/L,或如1.5微克/L至2微克/L,如1.5微克/L、1.6微克/L、1.7微克/L、1.8微克/L、或1.9微克/L,或如2微克/L至4微克/L,如2微克/L至3.5微克/L,如2.1微克/L至2.5微克/L,如2.2微克/L,如2.3微克/L,或如2.4微克/L,或如2.5微克/L至3.5微克/L,如2.6微克/L、2.47微克/L、2.48微克/L、2.49微克/L,或如3微克/L至3.5微克/L,如3.1微克/L、3.2微克/L、3.3微克/L、3.4微克/L,或如3.5微克/L至4微克/L,如3.6微克/L、3.7微克/L、3.8微克/L、3.9微克/L,或如高于4微克/L,如4微克/L至8微克/L,如5微克/L、6微克/L、7微克/L,或高于8微克/L,如9微克/L或更高。
实施方案202.根据实施方案158至201中任一项所述的方法,其中血清类胰蛋白酶的所述参考水平为约2微克/L。
实施方案203.根据实施方案158至202中任一项所述的方法,其中血清类胰蛋白酶的所述参考水平为约3微克/L。
实施方案204.根据实施方案158至203中任一项所述的方法,其中血清类胰蛋白酶的所述参考水平为约3.5微克/L。
实施方案205.根据实施方案158至204中任一项所述的方法,其中血清总IgE的所述参考水平为0.35kU/L或更高,如0.35kU/L至100kU/L,如25kU/L,如50kU/L,或如75kU/L,或如100kU/L至150kU/L,如125kU/L,或如150kU/L至600kU/L,如150kU/L至250kU/L,如175kU/L,或如200kU/L,或如225kU/L,或如250kU/L至600kU/L,如275kU/L,或如300kU/L,或如325kU/L,或如350kU/L至600kU/L,如375kU/L,或如400kU/L,或如400kU/L至600kU/L,如425kU/L,如450kU/L,如450kU/L,如460kU/L,如461kU/L,如462kU/L,如463kU/L,如464kU/L,如465kU/L,如466kU/L,如467kU/L,如468kU/L,如469kU/L,如470kU/L,如475kU/L,如480kU/L,如490kU/L,或如500kU/L至600kU/L,如525kU/L,如550kU/L,或如575kU/L,或高于600kU/L。
实施方案206.根据实施方案158至205中任一项所述的方法,其中血清总IgE的所述参考水平为约0.35kU/L。
实施方案207.根据实施方案158至206中任一项所述的方法,其中血清总IgE的所述参考水平为约186kU/L。
实施方案208.根据实施方案158至207中任一项所述的方法,其中血清总IgE的所述参考水平为约464kU/L。
实施方案209.根据实施方案158至208中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种的步骤:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
并且进一步地,其中步骤b)为:如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,或检测到步骤d)中的一种或多种SNP,或者两者皆有,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案210.根据实施方案158至209中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下SNP的步骤:
i.一种或多种选自以下的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP,或
ii.与如上面i中定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案211.根据实施方案158至210中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有选自以下的一种或多种SNP的步骤:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10),或其互补SNP。
实施方案212.根据实施方案158至211中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品如前述实施方案22至49中任一项所限定。
实施方案213.根据前述实施方案158至212中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案214.根据前述实施方案158至213中任一项所述的方法,其中所述对象由实施方案57至89中任一项限定。
实施方案215.根据前述实施方案158至214中任一项所述的方法,其中所述特应性疾病由前述实施方案67至89中任一项限定。
实施方案216.根据前述实施方案158至215中任一项所述的方法,其中执行所述方法以获得如实施方案90至101中任一项所限定的对治疗的反应。
实施方案217.在有需要的对象中治疗、预防特应性疾病如哮喘、延缓其发作或降低其风险的方法,所述方法包括:
a)从所述对象获得和/或提供生物样品;和
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则确认或选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应;以及
d)向根据步骤c)确认或选择的所述对象施用免疫治疗产品。
实施方案218.根据实施方案217所述的方法,其中所述免疫治疗产品如实施方案22至56中任一项所限定。
实施方案219.根据实施方案217至218中任一项所述的方法,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案220.根据实施方案217至219中任一项所述的方法,其中所述Th2标志物由实施方案161至190中任一项限定。
实施方案221.根据实施方案217至220中任一项所述的方法,其中所述参考水平由实施方案160至167和192至208中任一项限定。
实施方案222.根据实施方案217至221中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种的步骤:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
并且进一步地,其中步骤b)为:如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,或检测到步骤d)中的一种或多种SNP,或者两者皆有,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案223.根据实施方案217至222中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下SNP的步骤:
i.一种或多种选自以下的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP,或
ii.与如上面i中定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案224.根据实施方案217至223中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有选自以下的一种或多种SNP的步骤:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10),或其互补SNP。
实施方案225.根据实施方案217至224中任一项所述的方法,其中所述对象由实施方案57至89中任一项限定。
实施方案226.根据实施方案217至225中任一项所述的方法,其中所述特应性疾病由实施方案67至89中任一项限定。
实施方案227.根据实施方案217至226中任一项所述的方法,其中执行所述方法以获得如实施方案90至101中任一项所限定的对治疗的反应。
实施方案228.根据实施方案217至227中任一项所述的方法,其中所述方法降低了哮喘加重和/或哮喘症状和体征恶化的风险。
实施方案229.根据实施方案217至228中任一项所述的方法,其中所述方法降低了中度至重度哮喘加重的风险。
实施方案230.根据实施方案217至229中任一项所述的方法,其中所述方法降低了经历哮喘的一种或多种体征和症状的风险和/或减少了哮喘药物的使用。
实施方案231.根据实施方案217至230中任一项所述的方法,其中所述方法降低了经历哮喘的一种或多种体征和症状的风险,和/或改善了哮喘的一种或多种体征和症状。
实施方案232.根据实施方案217至231中任一项所述的方法,其中所述方法减少了哮喘药物(例如吸入性、全身性或口服皮质类固醇)和/或β
实施方案233.根据实施方案217至232所述的方法,其中所述方法进一步包括施用至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分。
实施方案234.根据实施方案217至233所述的方法,其中所述方法进一步包括施用可用于治疗哮喘的抗体。
实施方案235.根据实施方案217至234中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括施用一种或多种用于哮喘治疗的第二种剂,所述第二种剂选自皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服)、β
实施方案236.根据实施方案217至235中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和可选的短效β
实施方案237.根据实施方案217至236中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案238.根据实施方案217至237中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
实施方案239.根据实施方案217至238中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案240.在用于在对象中治疗、预防一种或多种特应性疾病如哮喘或降低其风险的方法中使用的免疫治疗产品,所述方法包括:
a)从对象获得或提供生物样品;
b)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
c)如果步骤b)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象并用免疫治疗产品治疗所述对象和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案241.根据实施方案240所述的免疫治疗产品,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案242.根据实施方案240至241中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述参考水平由实施方案160至167和192至208中任一项限定。
实施方案243.根据实施方案240至242中任一项所述的免疫治疗产品,其中步骤b)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种的步骤:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
并且进一步地,其中步骤c)为:如果步骤b)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,或检测到步骤d)中的一种或多种SNP,或者两者皆有,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案244.根据实施方案240至243中任一项所述的免疫治疗产品,其中步骤b)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下SNP的步骤:
i.一种或多种选自以下的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP,或其互补SNP,或
ii.与如上面i中定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案245.根据实施方案240至244中任一项所述的免疫治疗产品,其中步骤b)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有选自以下的一种或多种SNP的步骤:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP。
实施方案246.根据实施方案240至245中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品进一步由前述实施方案22至49中任一项限定。
实施方案247.根据实施方案240至246中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗。
实施方案248.根据实施方案240至247中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述对象进一步由实施方案57至89中任一项限定。
实施方案249.根据实施方案240至248中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含用于舌下施用的屋尘螨过敏原提取物。
实施方案250.根据实施方案240至249中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含配制为用于舌下施用的快速分散片的屋尘螨过敏原提取物。
实施方案251.根据实施方案240至250中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含用于舌下施用的草花粉过敏原提取物。
实施方案252.根据实施方案240至251中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述免疫治疗产品用于过敏原特异性免疫治疗,并且包含配制为用于舌下施用的快速分散片的草花粉过敏原提取物。
实施方案253.根据实施方案240至252中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法用于获得根据实施方案90至101中任一项所限定的反应。
实施方案254.根据实施方案240至253中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括同时、随后或单独施用至少一种可用于治疗哮喘的第二活性成分。
实施方案255.根据实施方案240至253中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用选自以下的一种或多种用于哮喘治疗的第二种剂:皮质类固醇(吸入性、全身性和/或口服),例如,丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松、布地奈德、倍氯米松,β
实施方案256.根据实施方案240至255中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和可选的短效β
实施方案257.根据实施方案240至256中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和可选的短效β
实施方案258.根据实施方案240至257中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德、丙酸氟替卡松、糠酸氟替卡松或倍氯米松)和长效β
实施方案259.根据实施方案240至258中任一项所述的免疫治疗产品,其中所述方法进一步包括施用吸入性皮质类固醇(例如,布地奈德)和长效β
实施方案260.根据实施方案240至259中任一项所述的免疫治疗产品,其用于降低哮喘加重的风险和/或降低哮喘的一种或多种症状和体征恶化的风险。
实施方案261.根据实施方案240至260中任一项所述的免疫治疗产品,其用于降低中度至重度哮喘加重的风险。
实施方案262.过敏原和/或抗体在制备用于治疗特应性疾病如哮喘的药物中的用途,其中所述治疗包括:
a)对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量;
b)如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案263.根据实施方案262所述的用途,其中所述药物是免疫治疗产品。
实施方案264.根据实施方案262和263中任一项所述的用途,其中所述药物是根据实施方案22至49、122至139和240至261中任一项所限定的免疫治疗产品。
实施方案265.根据实施方案262和264中任一项所述的用途,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案266.根据实施方案262和265中任一项所述的用途,其中所述参考水平由实施方案160至167和192至208中任一项限定。
实施方案267.根据实施方案262和266中任一项所述的用途,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下一种或多种的步骤:
i.单核苷酸多态性(SNP),其选自位于染色体17q12-21区域中的单核酸多态性,和/或;
ii.与如上面i中所定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP;
并且进一步地,其中步骤b)为:如果步骤a)中的一种或多种标志物的水平增加或高于参考水平,或检测到步骤d)中的一种或多种SNP,或者两者皆有,则选择所述对象用免疫治疗产品进行治疗和/或预测在所述对象中对用免疫治疗产品进行的治疗的有益反应。
实施方案268.根据实施方案262和267中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有以下SNP的步骤:
i.一种或多种选自以下的SNP:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ ID NO:10),或其互补SNP,或
ii.与如上面i中定义的一种或多种SNP连锁不平衡的SNP。
实施方案269.根据实施方案262和268中任一项所述的方法,其中步骤a)进一步包括检测从所述对象获得的生物样品是否具有选自以下的一种或多种SNP的步骤:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)和rs7216389(SEQ IDNO:10),或其互补SNP。
实施方案270.部件试剂盒,其包括:
a)用于对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量的装置;和
b)用于所述试剂盒与免疫治疗产品组合使用的说明书。
实施方案271.根据实施方案270所述的方法,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案272.根据实施方案270至271中任一项所述的方法,其中所述参考水平由实施方案160至167和192至208中任一项限定。
实施方案273.根据实施方案270至272中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于检测如实施方案3至21中所限定的一种或多种SNP的装置。
实施方案274.根据实施方案270至273中任一项所述的部件试剂盒,其中所述免疫治疗产品根据实施方案22至49、122至139和240至261中任一项进行限定。
实施方案275.根据实施方案270至274中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于获得一种或多种生物样品的装置。
实施方案276.根据实施方案270至275中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于诊断对过敏原过敏或致敏的装置。
实施方案277.根据实施方案270至276中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于皮肤点刺测试或用于测量生物样品中的IgE的装置。
实施方案278.部件试剂盒,其包括:
a)免疫治疗产品;以及
b)用于所述免疫疗法产品与如实施方案1至121和158至239中任一项所限定的方法组合使用的说明书。
实施方案279.根据实施方案278所述的部件试剂盒,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案280.根据实施方案278至279中任一项所述的方法,其中所述参考水平由实施方案160至167和192至208中任一项限定。
实施方案281.根据实施方案278至280中任一项所述的部件试剂盒,其中所述免疫治疗产品根据实施方案22至49、122至139和240至261中任一项进行限定。
实施方案282.根据实施方案278至281中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物的水平进行定量的装置。
实施方案283.根据实施方案278至282中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于对选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的一种或多种Th2标志物的水平进行定量的装置。
实施方案284.根据实施方案278至283中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于所述免疫疗法产品与所述方法组合使用的装置或说明书,所述方法包括检测如实施方案3至21中所限定的一种或多种SNP的步骤。
实施方案285.根据实施方案278至284中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于检测如实施方案3至21中所限定的一种或多种SNP的装置。
实施方案286.根据实施方案278至285中任一项所述的部件试剂盒,其进一步包括用于获得一种或多种生物样品的装置。
实施方案287.选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物用于预测对象对用免疫治疗产品进行的治疗的反应性的用途。
实施方案288.根据实施方案287所述的用途,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案289.根据实施方案287和288中任一项所述的用途,其进一步包括使用由实施方案160至167和192至208中任一项所限定的参考水平。
实施方案290.根据实施方案287至289中任一项所述的用途,其中所述免疫治疗产品由实施方案22至49、122至139和240至261中任一项限定。
实施方案291.根据实施方案287至290中任一项所述的用途,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施方案292.选自嗜酸性粒细胞、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE的一种或多种Th2标志物用于选择对象用免疫治疗产品进行治疗的用途。
实施方案293.根据实施方案292所述的用途,其中所述Th2标志物由实施方案168至191中任一项限定。
实施方案294.根据实施方案292至293中任一项所述的用途,其进一步包括使用由实施方案160至167和192至208中任一项所限定的参考水平。
实施方案295.根据实施方案292至294中任一项所述的用途,其中所述免疫治疗产品由实施方案22至49、122至139和240至261中任一项限定。
实施方案296.根据实施方案292至295中任一项所述的用途,其中所述免疫治疗产品是过敏原特异性免疫治疗产品。
实施例
实施例1
本实施例公开了一项临床试验,其中测试了屋尘螨过敏原提取物用于治疗哮喘对象。
所述研究是一项双盲、随机、安慰剂对照试验,包括834名患有屋尘螨(HDM)过敏原相关的哮喘和鼻炎的成年人(平均年龄为33岁[范围,17岁至83岁];女性为48%,高加索血统(Caucasian descent)为99%)(Virchow等人在2016年进行了更详细的描述)。纳入研究中的成年人在皮肤点刺试验中测试出对HDM特异性血清IgE和HDM敏感性呈阳性。他们有超过1年的过敏性哮喘和过敏性鼻炎的临床病史,其中认为HDM是主要诱因。试验参与者的哮喘症状在纳入时没有被吸入性皮质类固醇(ICS)很好地控制。
将试验参与者随机分配以接受作为快速分散片经舌下施用的HDM过敏原提取物治疗,剂量为6SQ-HDM(n=275)或12SQ-HDM(n=282)或无HDM过敏原提取物(即,安慰剂)(n=277)。在使用安慰剂或HDM过敏原提取物的第一个治疗期过程中,患者还用作为布地奈德粉提供的ICS进行治疗,吸入剂量为每剂100微克至200微克,用于哮喘的维持治疗,以及用作为沙丁胺醇施用的短效β
临床试验的首个终点是到ICS减少和停药期过程中首次出现中度或重度哮喘加重的时间。通过在ICS减少和停药期之前的最后2周观察并记录每位患者的症状评分、药物使用和肺功能评分来获得这些评分的基线值。
标准a)至d)定义了中度加重:
a)由于哮喘需要使用SABA至少连续2夜或由于在至少连续2天每日症状评分较基线值增加最小0.75而导致的(一次或多次)夜间觉醒。
b)在至少连续2天使用SABA的情况下较基线值有所增加(每天最少增加4次)。
c)在至少连续2个早晨或晚上,呼气流量峰值(PEF)与基线值相比降低≥20%,或者FEV
d)去急诊室或不定期去试验中心进行不需要全身性皮质类固醇的哮喘治疗。
标准e)至f)定义了重度加重:
e)需要全身性皮质类固醇治疗哮喘症状至少3天。
f)因为哮喘,需要全身性皮质类固醇而到急诊室就诊或因哮喘住院超过12小时。
与安慰剂相比,在6个月的疗效评估期内,用屋尘螨过敏原提取物(6SQ-HDM和12SQ-HDM片剂)进行治疗可显著降低经历中度或重度哮喘加重的风险(对于6SQ-HDM,风险比(hazard ratio)(HR)=0.72[0.52-0.99],p=0.045;对于12SQ-HDM,HR=0.69[0.5-0.96],p=0.03)。
后续的终点是到伴有哮喘症状恶化的首次哮喘加重的时间(白天症状或夜间觉醒,需要作为沙丁胺醇施用的SABA,吸入剂量为每剂200微克)以控制哮喘症状。与安慰剂相比,伴有哮喘症状恶化的加重的风险降低,对于6SQ-HDM组,HR=0.72[0.49-1.02],P=0.11,对于12SQ-HDM组,HR=0.64[0.42-0.96],P=0.03。
与安慰剂相比,在6个月的疗效评估期内,6SQ-HDM和12SQ-HDM片剂显著降低了经历中度或重度哮喘加重的风险。此外,与安慰剂相比,用6SQ-HDM和12SQ-HDM片剂的积极治疗显著降低了伴有哮喘症状恶化的加重的风险。
为了进行进一步分析,定义了664名试验参与者的亚组,所述亚组完成了完整的研究,而没有任何可能影响试验主要终点的主要方案偏差(所谓的“符合方案”参与者组)。
参与者的基因分型研究
在每个方案参与者的子集上进行基因分型研究,其中a)DNA样本是可用的,以及b)已经获得遗传研究的知情同意(n=526)。SNP分型使用Infinium全球筛选分析(GSA)(Illumina公司)进行。汇编了21种先前与哮喘和/或过敏相关的且在GSA芯片上存在的SNP的列表,参见下表2(Moffatt等人,2007年;Moffatt等人,2010年;
使用软件Plink v1.9从GSA数据中提取这些SNP的基因型(Purcell等人,2007年)。然后评估每种SNP对三个治疗组(安慰剂、6SQ-HDM和12SQ-HDM)中的任一组中经历中度或重度哮喘加重的风险的影响。
使用Cox比例风险(CoxPH)回归分析评估每种SNP对经历哮喘加重的风险的影响,同时考虑到第一次哮喘加重的天数,并包括治疗组与SNP基因型之间的相互作用。从该模型中,然后,我们得出了在每个治疗组中当将某种SNP基因型与另一种基因型相比时经历哮喘加重的风险比。此外,我们得出了每种SNP基因型内治疗组之间的风险比。两个亚群之间的风险比表示,在ICS停药/减少期过程中的任何给定一天,一个亚群相对于另一个亚群的经历加重的风险。如果风险比大于1,则风险增加,而如果风险比小于1,则相对于其它亚群,风险降低。95%的置信区间表示模型的统计不确定性。如果置信区间不与1重叠(表示各组之间相同风险的线),则两个被比较的亚群之间的风险差异在统计学上是显著的(P<0.05)。
另外,采用逻辑回归检验了ICS减少/停药6个月内SNP对经历至少一次中度至重度哮喘加重的几率的影响。在逻辑回归模型中,反应变量是对每个对象在整个6个月时间段内是否经历哮喘加重的二元反应。SNP基因型作为固定影响包括在治疗组的相互作用项中。
在安慰剂组中,引起注意的一种具有明显增加的经历哮喘加重的风险的SNP是17q12-21区域的SNP rs7216389(参见图1和表3)。已知rs7216389的纯合子T:T基因型与发生哮喘的风险有关,尤其是在儿童期。在我们的临床试验群体中,携带T:T基因型的亚群在12SQ-HDM和6SQ-HDM剂量下均表现出较大的治疗效果(表3中的比较:T:T.12SQ-T:T安慰剂,以及T:T.6SQ-T:T安慰剂)。从图1所示的条形图中也可以明显看出与T:T基因型相关的哮喘加重风险和治疗效果。条形图示出了经历哮喘加重的每个亚群(由SNP基因型和治疗组定义)的比例。误差线表示95%的置信区间,该置信区间根据
基于本研究的数据,在安慰剂组中,rs7216389(SEQ ID NO:10)的纯合子T:T基因型与经历中度或重度哮喘加重的风险大于2倍高有关。见表3:与C:C基因型携带者相比,T:T基因型携带者在安慰剂组中经历哮喘加重的风险比为2.29(p=0.03)。类似地,与T:C基因型携带者相比,T:T基因型携带者的风险比为2.5(p=0.002)。这意味着,在6个月ICS减少/停药期过程中的任何给定的一天,携带T:T基因型的安慰剂对象经历中度至重度哮喘加重的风险是携带其它rs7216389(SEQ ID NO:10)基因型的安慰剂对象的大于2倍高。
最值得注意的是,在T:T基因型内,观察到了很大的治疗效果,其中对于12SQ-HDM治疗,经历中度至重度加重的风险降低了66%(风险比:0.34,p=0.002),对于6SQ-HDM治疗,风险降低了71%(风险比:0.29,p=0.001)。
逻辑回归的结果证实了所述发现,参见表4。
这些结果表明,用过敏原特异性免疫治疗进行治疗可以降低遗传易感性对增加哮喘加重风险的影响。
用于上述基因分型的对象的亚组进一步针对8个其它SNP等位基因进行基因分型,所述等位基因均位于染色体区域17q12-21,并且与患哮喘的风险相关(见Stein等人,2018年)。在与如上所述相同的试验人群中,进一步测试了它们与治疗效果以及经历中度或重度哮喘加重的风险的相关性。大多数测试的SNP显示出与治疗效果显著相关,并且加重的风险呈增加趋势,参见下表,其示出了针对以下SNP的CoxPH回归分析和逻辑回归分析的结果:rs907092(SEQ ID NO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2)。
与上述rs7216389(SEQ ID NO:10)的结果一致,在携带这些SNP(rs907092(SEQ IDNO:1)、rs9303277(SEQ ID NO:13)、rs8069176(SEQ ID NO:11)、rs2305480(SEQ ID NO:3)、rs11078927(SEQ ID NO:14)、rs2290400(SEQ ID NO:2))中任何一种的风险基因型的试验亚群中观察到很大的治疗效果,因而在携带风险基因型的亚群中,当将分别用12SQ-HDM或6SQ-HDM的治疗与用安慰剂的治疗相比较时,加重的风险降低至少50%(由上表中风险比<0.5表示)。
下面的表11示出了在纳入基因分型研究的对象群体中,具有与治疗效果相关的基因型的试验参与者的比例。
在从试验人群获得的数据中,在两种SNP rs3894194(SEQ ID NO:4)和rs3859192(SEQ ID NO:7)的基因型与治疗效果之间没有发现显著关联,也没有增加经历中度至重度哮喘加重的风险。
染色体上紧邻的核苷酸是遗传连锁的,因为其不是独立遗传的。可以通过根据成对的SNP之间的r
参与者的Th2标志物研究
在上述试验群体的参与者的“符合方案(per protocol)”组中,选择了许多候选标志物用于评估与治疗效果的相关性。标志物中有血液嗜酸性粒细胞的数量(或计数)、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(ECP)、类胰蛋白酶、骨膜蛋白和总IgE。在试验安全性评估的背景下,在患者血液中测量嗜酸性粒细胞计数作为标准全血计数的一部分。通过ImmunoCAP(ThermoScientific)在患者血清中测量ECP、类胰蛋白酶和总IgE。ECP的检测下限为0.5μg/L,类胰蛋白酶的检测下限为1μg/L,总IgE的检测下限为1kU/L。通过ELISA(Human Periostin/OSF-2DuoSet ELISA,R&D Systems,DY3548B)来测量血清骨膜蛋白水平。在试验筛选阶段,即,在将试验参与者随机分入治疗组之前对样品进行所有测量。
为了定义在试验参与者中Th2高的亚群,我们将Th2标志物值分为“高”或“正常”,其中将“高”定义为落入所有试验样品的该标志物的测量值的前20%的值,“正常”是落入所有试验样品的该标志物的测量值的其余80%的值。
参见表13中为每个标志物定义Th2高阈值的值。
我们评估了在三个治疗组的每一组中,各Th2标志物对经历哮喘加重风险的影响。对符合方案分析集(以上定义的)进行统计分析。与上述基因分型研究中的分析相似,通过CoxPH回归分析评估各Th2标志物对经历哮喘加重的风险的影响,考虑了到首次哮喘加重的天数,并且包括治疗组与Th2标志物水平(“高”或“正常”)之间的相互作用。另外,我们使用逻辑回归测试了ICS减少/停药6个月内Th2标志物对经历至少一次中度至重度哮喘加重的几率的影响。在逻辑回归模型中,反应变量是对每个对象在整个6个月时间段内是否经历哮喘加重的二元反应。将Th2标志物水平包括在治疗组的相互作用项中。
在所测试的五个标志物中,只有总IgE不会导致与治疗组的显著相互作用。对于安慰剂治疗的试验参与者,当比较Th2标志物“高”的对象的组与“正常”的对象的组时,CoxPH回归分析得出,ECP的风险比为2.09,嗜酸性粒细胞的风险比为1.74,骨膜蛋白的风险比为2.13,类胰蛋白酶的风险比为1.88(参见表14、表15、表16、表17和表18)。这意味着,就任何显著的标志物而言,在ICS减少/停药期间过程中的任何给定的一天,Th2水平高的安慰剂治疗的对象经历哮喘加重的风险约为Th2水平正常的安慰剂治疗的对象的两倍。对于四个显著标志物中的任何一个,当比较试验参与者的Th2高的子集与Th2正常的子集时,通过逻辑回归分析得到了优势比大于2的类似结果。这意味着,Th2高的对象在ICS完全减少/停药期内经历至少一次哮喘加重的几率是Th2正常的对象的两倍多。
图2示出了不同治疗组中经历加重的患者的比例的实例,根据测量的ECP浓度,将所述治疗组进一步分为Th2高和Th2正常。可以看出,Th2高的组中安慰剂治疗的对象经历加重的比例为约50%,而在用12 SQ-HDM或6 SQ-HDM治疗的Th2高的组中,所述比例降低到20%至30%之间的水平。
发现Th2标志物ECP、血液嗜酸性粒细胞、骨膜蛋白和类胰蛋白酶的水平彼此之间仅有很弱的相关性,这意味着其在对哮喘加重风险的影响方面不是多余的。图3显示维恩图,其中Th2高的组的各组合中的对象数量取决于如上所提及的定量的一种或多种生物标志物的水平。因此,我们将这4种标志物以2种、3种或4种标志物的所有可能组合组合为Th2meta评分,从而产生11种组合(例如,嗜酸性粒细胞&ECP、ECP&类胰蛋白酶、ECP&类胰蛋白酶&骨膜蛋白,等等)。对于2种、3种或4种标志物的每种可能组合,如果一种或多种组合标志物高,则我们将试验参与者定义为“Th2高”状态。参见表19,其表明在组合的Th2标志物的各“Th2高”的组中的对象与总试验群体相比的百分比。从数字可以看出,当使用两种标志物的组合时,Th2高的患者占总试验群体的百分比在总试验群体的27%至36%之间。当使用三种标志物的组合时,Th2高的患者的百分比在总试验群体的39%至45%之间,并且当使用四种标志物的组合时,Th2高的患者与总试验群体相比的百分比为49%。
然后在三个治疗组中测试这些Th2 meta评分中的每一种对加重风险的影响,并且这些Th2 meta评分中的每一种均产生了显著的CoxPH模型。当将Th2高的个体加重的风险与Th2正常的个体加重的风险进行比较时,这些模型导致安慰剂治疗组中较大的风险比,其中风险比从当组合嗜酸性粒细胞计数与ECP时的1.97(P值=0.005)到当组合ECP、类胰蛋白酶和骨膜蛋白时的3.24(P值<1e-05)(参见表20、表21、表22、表23、表24和表25中“高.安慰剂-正常.安慰剂”的比较)。
此外,当将分别用12SQ-HDM和6SQ-HDM治疗的亚群与安慰剂组进行比较时,我们观察到对于所有组合,在Th2高的亚群中均具有大的治疗效果,其中风险比范围在0.37(对于ECP&类胰蛋白酶&骨膜蛋白,P值=0.0005)至0.57(对于嗜酸性粒细胞&ECP&类胰蛋白酶&骨膜蛋白,P值=0.01))之间(参见在表20、表21、表22、表23、表24和表25中的“高.12SQ-高.安慰剂”和“高.6SQ-高.安慰剂”比较)。这意味着在ICS减少/停药期过程中的任何给定一天,用6SQ-HDM或12SQ-HDM这两种剂量中的任一种进行治疗均可将加重的风险降低43%至63%,这取决于Th2标志物组合。
图4示出了不同治疗组中经历加重的患者比例的实例,根据嗜酸性粒细胞计数和类胰蛋白酶的测量浓度(图4A),或根据ECP、类胰蛋白酶和骨膜蛋白的测量浓度(图4B),将所述不同治疗组进一步分为Th2高和Th2正常。可以看出,Th2高的组中安慰剂治疗的对象经历加重的比例为约45%至约50%,而在用12SQ-HDM或6SQ-HDM治疗的Th2高的组中,所述比例降低到20%至30%之间的水平。相似的结果表明,对于四种标志物嗜酸性粒细胞计数、ECP、类胰蛋白酶和骨膜蛋白中的两种或更多种的其它组合,看到经历加重的对象的比例显著降低。
因此,结果表明,在患有过敏性哮喘的对象中对一种或多种Th2标志物的定量可用于选择具有高可能性的有益治疗效果的患者,因为其降低了哮喘加重的风险。
实施例2
本实施例公开了一项临床试验,其中测试了用于舌下施用的包含草花粉过敏原提取物的快速分散片对在具有草花粉过敏性鼻结膜炎临床病史且无哮喘病史的儿童中预防哮喘的作用。
首个终点是从随机分组到哮喘发作的以天数测量的时间。将哮喘定义为满足以下3项标准中的1项或多项,所述标准是在“自上次就诊以来”的每个时间段的每次试验就诊时进行评估的:
(1)施用β
(2)在身体检查和吸入哮喘药物时观察到有或没有用力呼气延长期的喘息,从而产生临床相关效果;
(3)在身体检查中观察到有或没有用力呼气延长期的喘息,并且施用β
根据试验方案,认为哮喘发作是每个对象只能发生一次的二元事件(哮喘是/否)。因此,只有在单次就诊时符合标准的情况下,才将儿童归类为患有哮喘,并且在进行这种分类时,不会考虑先前或后续就诊的临床信息。未将在试验就诊时频繁报告哮喘症状但肺功能无明显的可逆性损害的儿童归类为患有哮喘。试验结束时(从第5年的冬季就诊到第5年的GPS就诊的时间段)的哮喘症状和哮喘药物治疗状态是预定义的后续的哮喘终点。在试验过程中,对有哮喘症状和/或使用哮喘药物的儿童比例进一步进行事后(post hoc)特征分析,并在整个试验和随访期间进行分析。此外,在2年的随访期内,对需要治疗的儿童数量(NNT)进行事后分析以防止1名另外的儿童具有哮喘症状并使用哮喘药物。
由预先规定的哮喘诊断标准定义的到哮喘发作的时间的首次疗效分析显示,SQ草SLIT片剂与安慰剂之间没有差异。
然而,在根据上述方案标准诊断出未患有哮喘的739名儿童中,有147名儿童在2年的随访期过程中发现了哮喘症状或使用了哮喘药物,这些儿童中有66名(41名儿童使用安慰剂,25名儿童使用SQ草SLIT片剂)在此期间发现了哮喘症状和药物使用两者。
在试验结束时对哮喘症状和药物状态的预定义的疗效分析(在第5年GPS就诊时评估)显示,与安慰剂治疗的儿童相比,使用SQ草SLIT片剂治疗的儿童经历过哮喘症状或使用过哮喘药物的人数更少;优势比(OR)=0.66;P<0.036,对应的相对风险降低了29.4%。
在5年试验期的每一年对经历哮喘症状或使用哮喘药物的儿童比例进一步进行事后特征分析。每年,使用SQ草SLIT片剂相比于安慰剂治疗,经历哮喘症状或使用哮喘药物的OR均偏向SQ草SLIT片剂,从第2年开始具有统计学意义(P值<0.05),对应的相对风险降低范围为36.2%至50.7%。
此外,草过敏性鼻结膜炎的症状减少了22%至30%(所有5年的P<0.005)。在试验结束时,过敏性鼻结膜炎药物治疗的使用显著减少(与安慰剂的相对差异为27%,P<0.001)。
总而言之,在无哮喘先前体征与病史的儿童中,使用草花粉过敏原提取物的过敏原免疫治疗进行的治疗与安慰剂治疗相比,显著降低了经历哮喘症状的风险并显著减少了哮喘药物的使用。
实施例3
本实施例涉及实施例2的临床试验中纳入的对象的基因分型研究。在实施例2中所述的临床研究中,对参与者的生物学样品进行实施例1中所述的基因分型和后续分析。
实施例4
本实施例涉及在实施例2的临床试验中纳入的对象中的与Th2介导的炎症相关的生物标志物的研究。在实施例2中所述的临床研究中,对参与者的生物学样品进行实施例1中所述的Th2生物标志物的定量和后续分析。
实施例5
本实施例描述了17q12-21区域的一个特定SNP标志物关于选择患者用过敏原特异性免疫治疗进行治疗方面的用途的实施例。技术人员将理解,本文公开的其它标志物(即,SNP标志物和/或Th2标志物,或其组合)可以在以下方法中使用。
经测试,患有哮喘的患者对屋尘螨特异性血清IgE呈阳性,并且包含基因组DNA的生物样品的基因分型显示,所述患者是rs7216389T效应等位基因的纯合子。随后通过每天舌下施用包含屋尘螨过敏原提取物的过敏原特异性免疫治疗产品治疗所述患者。与用过敏原特异性免疫治疗进行治疗之前相比,在治疗期间和之后,对象经历中度至重度哮喘加重的风险降低(发生间隔时间增加)。
实施例6
本实施例描述了17q12-21区域的一个特定SNP标志物关于选择患者用过敏原特异性免疫治疗进行治疗方面的用途的实施例。技术人员将理解,本文公开的其它标志物(即,SNP标志物和/或Th2标志物,或其组合)可以在以下方法中使用。
先前被诊断出患有屋尘螨过敏的患者由于经历哮喘症状如喘息、呼吸短促、胸闷、增加的咳嗽、疲劳和夜间觉醒而与医生联系。来自患者的包含基因组DNA的生物样品的基因分型显示,所述患者是rs7216389T效应等位基因的纯合子。随后通过每天舌下施用包含屋尘螨过敏原提取物的过敏原特异性免疫治疗产品治疗所述患者。与用过敏原特异性免疫治疗进行治疗之前相比,在治疗期间和之后,对象经历的哮喘症状得到改善且经历中度至重度哮喘加重的频率降低。
参考文献
Anonymous.Infinium Global Screening Array-24,document published onthe the website:URL:https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016
Bel EH,Sousa A,Fleming L,Bush A,Chung KF,Versnel J,Wagener AH,WagersSS,Sterk PJ,Compton CH;Unbiased Biomarkers for the Prediction of RespiratoryDisease Outcome(U-BIOPRED)Consortium,Consensus Generation.Diagnosis anddefinition of severe refractory asthma:an international consensus statementfrom the Innovative Medicine Initiative(IMI).Thorax.2011Oct;66(10):910-7.doi:10.1136/thx.2010.153643.Epub 2010 Nov 23.
Bisgaard H,
Blekic M,Kljaic Bukvic B,Aberle N,Marinho S,Hankinson J,Custovic A,Simpson A.17q12-21 and asthma:interactions with early-life environmentalexposures.Ann Allergy Asthma Immunol.2013 May;110(5):347-353.e2.doi:10.1016/j.anai.2013.01.021.
Chiappori A,De Ferrari L,Folli C,Mauri P,Riccio AM,CanonicaGW.Biomarkers and severe asthma:a critical appraisal.Clin Mol Allergy.2015Oct1;13:20.doi:10.1186/s12948-015-0027-7.eCollection 2015.Review.
Dahl R.Systemic side effects of inhaled corticosteroids in patientswith asthma.Respir Med.2006 Aug;100(8):1307-17.Epub 2006 Jan 18.
FDA(Food,Drug Administration)HHS.International Conference onharmonisation;guidance on E15 pharmacogenomics definitions and sample coding;availability.Notice.Fed Regist 2008;73:19074-19076.
Ferreira MA,Matheson MC,Tang CS,Granell R,Ang W,Hui J,Kiefer AK,Duffy,DL,Baltic S,Danoy P,Bui M,Price L,Sly PD,Eriksson N,Madden PA,Abramson,MJ,Holt PG,Heath AC,Hunter M,Musk B,Robertson CF,Le
Galanter J,Choudhry S,Eng C,Nazario S,Rodriguez-Santana JR,et al.(2008)ORMDL3 gene is associated with asthma in three ethnically diversepopulations.Am J Respir Crit Care Med 177:1194-1200.
Hill WG,Robertson A.Linkage disequilibrium in finitepopulations.Theoretical and Applied Genetics.1968;38:226–231.PMID:24442307
Katial RK,Bensch GW,Busse WW,Chipps BE,Denson JL,Gerber AN,Jacobs JS,Kraft M,Martin RJ,Nair P,Wechsler ME.Changing Paradigms in the Treatment ofSevere Asthma:The Role of Biologic Therapies.J Allergy Clin ImmunolPract.2017 Mar-Apr;5(2S):S1-S14.doi:10.1016/j.jaip.2016.11.029.
Loss GJ,Depner M,Hose AJ,Genuneit J,Karvonen AM,Hyvarinen A,et al.Theearly development of wheeze.Environmental determinants and geneticsusceptibility at 17q21.Am J Respir Crit Care Med 2016;193:889-97.
Madore AM,Tremblay K,Hudson TJ,Laprise C(2008)Replication of anassociation between 17q21 SNPs and asthma in a French-Canadian familialcollection.Hum Genet 123:93-95.
Moffatt MF,Kabesch M,Liang L,Dixon AL,Strachan D,Heath S,Depner M,vonBerg A,Bufe A,Rietschel E,Heinzmann A,Simma B,Frischer T,Willis-Owen SA,WongKC,Illig T,Vogelberg C,Weiland SK,von Mutius E,Abecasis GR,Farrall M,Gut IG,Lathrop GM,Cookson WO.Genetic variants regulating ORMDL3 expressioncontribute to the risk of childhood asthma.Nature.2007 Jul 26;448(7152):470-3.
Moffatt MF,Gut IG,Demenais F,Strachan DP,Bouzigon E,Heath S,vonMutius E,Farrall M,Lathrop M,Cookson WOCM;GABRIEL Consortium.A large-scale,consortium-based genomewide association study of asthma.N Engl J Med.2010 Sep23;363(13):1211-1221.doi:10.1056/NEJMoa0906312.
Ober C,Yao TC.The genetics of asthma and allergic disease:a 21stcentury perspective.Immunol Rev.2011 Jul;242(1):10-30.doi:10.1111/j.1600-065X.2011.01029.x.Review.
Possa SS,Leick EA,Prado CM,Martins MA,Tiberio IF.Eosinophilicinflammation in allergic asthma.Front Pharmacol 2013;4:46.
Purcell S,Neale B,Todd-Brown K,Thomas L,Ferreira MAR,Bender D,MallerJ,Sklar P,de Bakker PIW,Daly MJ&Sham PC.PLINK:a toolset for whole-genomeassociation and population-based linkage analysis.Am J Hum Genet.2007 Sep;81(3):559-75.
Shamji MH,Kappen JH,Akdis M,Jensen-Jarolim E,Knol EF,Kleine-Tebbe J,Bohle B,Chaker AM,Till SJ,Valenta R,Poulsen LK,Calderon MA,Demoly P,Pfaar O,Jacobsen L,Durham SR,Schmidt-Weber CB.Biomarkers for monitoring clinicalefficacy of allergen immunotherapy for allergic rhinoconjunctivitis andallergic asthma:an EAACI Position Paper.Allergy.2017 Aug;72(8):1156-1173.doi:10.1111/all.13138.Epub 2017 Apr 6.
Stein MM,Thompson EE,Schoettler N,Helling BA,Magnaye KM,Stanhope C,Igartua C,Morin A,Washington C 3rd,Nicolae D,
Stokholm J,Chawes BL,Vissing N,
Tamm M,Richards DH,Beghe B,Fabbri L.Inhaled corticosteroid and long-acting beta2-agonist pharmacological profiles:effective asthma therapy inpractice.Respir Med 2012;106 Suppl 1:S9-19.
Virchow JC,Backer V,Kuna P,Prieto L,Nolte H,Villesen HH,
Valovirta E,Petersen TH,Piotrowska T,Laursen MK,Andersen JS,
Woodruff PG,Modrek B,Choy DF,et al.T-helper type 2-driveninflammation defines major subphenotypes of asthma.Am J Respir Crit CareMed.2009;180(5):388-395.
Zissler UM,Esser-von Bieren J,Jakwerth CA,Chaker AM,Schmidt-WeberCB.Current and future biomarkers in allergic asthma.Allergy.2016Apr;71(4):475-94.doi:10.1111/all.12828.Epub 2016 Jan 18.Review.
序列表
<110> ALK-Abelló A/S
<120> 通过免疫治疗来治疗特应性疾病的生物标志物方法
<130> 206269
<150> EP18173551.5
<151> 2018-05-22
<160> 35
<170> BiSSAP 1.3.6
<210> 1
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs907092
<400> 1
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<210> 2
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs2290400
<400> 2
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<210> 3
<211> 61
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<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
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<400> 3
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<211> 61
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<213> Homo sapiens
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<221>
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<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
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<220>
<221>
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<221>
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<221>
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<213> Homo sapiens
<220>
<221>
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<223> rs7216389
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs8069176
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs8076131
<400> 12
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
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<213> Homo sapiens
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<213> Homo sapiens
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<223> rs12936231
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<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs10197862
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<210> 19
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs3771166
<400> 19
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<210> 20
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs4833095
<400> 20
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<210> 21
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs1837253
<400> 21
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<210> 22
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs1438673
<400> 22
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t 61
<210> 23
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs2073643
<400> 23
atagatttgg agttagaagt atttcatctc ttgagtatta gcaattattc attaaaaaga 60
a 61
<210> 24
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs1295686
<400> 24
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<210> 25
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs9273349
<400> 25
atctctcttt cttttcccca cagctacaca cagagactga ggacaccctg gacaacccag 60
c 61
<210> 26
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221>
<222>
<223> rs6967330
<400> 26
gagaactcca gctggtaact aaagtggact atgaaacaac ccccatctat attctcagaa 60
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t 61
- 通过免疫治疗来治疗特应性疾病的生物标志物方法
- 针对开发癌症、自身免疫性疾病和传染性疾病免疫治疗的天然HLA限制肽的差异化量化方法