羰基还原酶突变体及在制备手性β’-羟基-β-氨基酸酯中的应用

技术领域

本发明涉及酶工程和生物技术领域，具体涉及羰基还原酶突变体及其在制备手性β’-羟基-β-氨基酸酯及结构类似物中的应用。

背景技术

碳青霉烯类抗生素是当前临床应用的抗生素中具有最广泛的抗菌谱和最高的抗菌活 性的一类β-内酰胺类抗生素，且不存在与其他β-内酰胺类抗生素之间的交互耐药性，可以用来治疗对其他抗生素有耐药性的菌种。

碳青霉烯类抗生素结构通式

手性β’-羟基-β-氨基酸酯是合成碳青霉烯类抗生素的关键中间体。目前文献中报道较多的是利用金属配合物（Dynamic kinetic resolution of β-keto-β-amino estersusing Ru-DTBM-Sunphos catalyzed asymmetric hydrogenation, Tetrahedron, 2013,69, 7152-7156; New Chiral Diphosphine Ligands Designed to Have a NarrowDihedral Angle in the Biaryl Backbone, Adv. Synth. Catal. 2001, 343, 264-267）实现动态动力学拆分获得（2

羰基还原酶可以实现羰基的立体选择性还原，在制备手性醇方面应用广泛，通过对羰基还原酶的改造可以实现提高酶活力和立体选择性，底物的氨基被苯甲酰基保护，野生型或改造后的羰基还原酶实现其还原（醛酮还原酶及其在合成（2

发明内容

为了解决上述问题，本发明提供了一种通过基因工程手段改造后的羰基还原酶突变体，具体地，改造后的羰基还原酶突变体合成手性（2

首先，本发明提供一种羰基还原酶突变体，所述的羰基还原酶突变蛋白与SEQ IDNO.:1所示的氨基酸序列具有至少90%同一性，且所述突变蛋白具有合成手性（2

优选地，本发明提供的羰基还原酶突变体是：在对应于SEQ ID NO. 1的氨基酸序列的第1至342位中仅存在第207，224，226，242，245在内的一个或多个位点突变。

更具体地，本发明提供的羰基还原酶突变体是：在对应于SEQ ID NO. 1的氨基酸序列的第1至342位中仅存在下述突变：S134I且T135I；T135R且S224A；Y208I且S224A；M242A且Q245S；M242V且Q245L；M242F且Q245T；M242V且Q245S；P243F且Q245G；S224A、M242V且Q245S；M242V、Q245S且W226I。更优选地，M242F且Q245T；M242V且Q245S；P243F且Q245G；S224A、M242V且Q245S；M242V、Q245S且W226I，其氨基酸序列为SEQ ID NO. 3-7之一所示。

本发明还提供上述突变体的编码基因。进一步提供含所述基因的表达载体、重组细胞。

本发明还提供本发明的羰基还原酶突变体或其编码基因在制备手性（2

在具体实施方式中，所述应用是以下式的β’-羰基-β-（保护）氨基酸酯化合物作为底物：

具体地，将本发明所述的羰基还原酶突变体与反应底物接触，进行催化反应，从而获得所述（2

在一个具体实施方式中，所述催化反应以表达所述羰基还原酶突变体的编码基因的工程菌经发酵培养获得的湿菌体为催化剂，以β’-羰基-β-（邻苯二甲酰亚胺）甲基丁酸甲酯化合物为底物，以pH为6.0-11.0的缓冲液作为反应介质，在25℃-50℃条件下进行反应。

在更优选的实施方式中，所述反应中，反应体系中的催化底物浓度为50-250 g/L，更佳地，底物浓度为100-150 g/L；反应体系含有菌体量为10-150 g/L，更佳地，30-100 g/L；反应体系的pH为6.0-9.0，最佳为7.0；反应温度为25℃-35℃，最佳为30℃。

具体的反应体中加入NADP

在另外的优选方式中，反应体系还添加有助溶剂，更具体地助溶剂为乙腈、丙酮、甲醇、乙醇、二甲基亚砜、N，N-二甲基甲酰胺、二氯甲烷、1,4-二氧六环，较佳地，无助溶剂、甲醇、乙醇、二甲基亚砜。

本发明的羰基还原酶突变体，催化获得的（2

附图说明

图1 β’-羰基-β-（邻苯二甲酰亚胺）甲基丁酸甲酯的还原后消旋体混合物的液相谱图。其中，保留时间分别为39.5 min, 43.4 min, 60.6 min, 62.6 min，对应的结构式如下：

图2 突变体12转化粗品的液相谱图。

具体实施方式

下面通过具体实施方式对本发明作进一步的阐述，以期更好的理解本发明，但并不构成对本发明的限制。其中，如本文所用，术语“AxxB”表示第xx位的氨基酸A变为氨基酸B，例如“Q245H”表示第245位的缬氨酸Q突变为丙氨酸H，以此类推。

在本发明的优选实施方式中，本发明的羰基还原酶突变体的制备方法如下：大肠杆菌为表达宿主。

具体地，该制备方法包括以下步骤：（1）羰基还原酶相应突变位点的基因构建到pET-21a表达载体上，获得带有目的酶基因的重组质粒。（2）将重组质粒转入宿主菌细胞(优选大肠杆菌BL21 (DE3))，获得相应的工程菌株。（3）将工程菌株接种至 LB 培养基中，37℃ 培养6 小时，加入0.1 mM 的异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)，25℃ 培养6-12 小时。（4）离心收集菌体。

实施例1: 羰基还原酶库的筛选

以β’-羰基-β-（邻苯二甲酰亚胺）甲基丁酸甲酯为筛选底物，对实验室现有156个的羰基还原酶进行筛选，筛选体系为1 mL，羰基还原酶的浓度为2 g/L,底物浓度为10 g/L，葡萄糖20 g/L，NAD(P)

实施例2: 羰基还原酶SSCR突变位点的选择及突变体的构建

利用羰基还原酶SSCR的晶体结构（PDB ID: 1Y1P）与底物进行Docking，使用的软件为Discover Studio 4.1 (Accelrys, USA)，经过分析，推测出与底物有相互作用的氨基酸为：134，135，207，208，224，226，242，243，245，278，280，将这些位点作为候选突变位点。

将SEQ ID NO. 1的氨基酸序列对应的核苷酸序列SEQ ID NO. 2全合成并克隆到pET-21a载体的限制性内切酶位点NdeI和XhoI间，得到重组质粒pET-21a-SSCR，进一步转化至表达宿主E.coli BL21 (DE3)，挑取阳性克隆，即获得重组表达转化体E.coli BL21(DE3)/ pET-21a-SSCR。

构建羰基还原酶单点突变体：以pET-21a-SSCR为模板，选择通过软件推测与底物有相互作用的氨基酸134，135，207，208，224，226，242，243，245，278，280进行定点突变。设计引物（引物序列见表1），采用质粒滚换扩增的方法构建突变体，高保真聚合酶KOD-plus进行PCR。PCR反应条件如下：总体积为50 μL的PCR反应体系中，加入5 μL 10×KODbuffer，5 μL dNTP(2mM)，2 μLMgSO

组合突变体的构建方法同单点突变体。突变位点及突变后的氨基酸见表2。

表1 突变位点的引物序列

实施例3：羰基还原酶突变体的诱导表达

将上述突变体的基因工程菌的单菌落分别接入4 mL含有氨苄抗生素的LB液体培养基(蛋白胨10 g/L，酵母粉5 g/L，NaCl 10 g/L)中，于37℃，200 rpm摇床中培养过夜，即为种子液。将过夜培养的种子液以1%的接种量转接到50 mL含有氨苄抗生素的LB 培养基，37℃，200 rpm培养至OD600为0.6-1.0左右，加入0.5 mM的IPTG，并置于25℃，200 rpm 诱导8～12h。4℃，6000 rpm 条件下离心收集菌体。用磷酸钾缓冲液(100 mM，pH 7.5)重悬菌体，并用C超声或者高压匀浆机破碎，4℃，12000 rpm条件下离心留取上清液，进行后续的SDS-PAGE及酶活检测。

实施例4：羰基还原酶酶活检测

通过检测340 nm下NADPH吸光值的变化来计算SSCR突变体的催化活性，酶活检测底物为β’-羰基-β-（邻苯二甲酰亚胺）甲基丁酸甲酯，体系为底物0.875 g/L, 30% DMSO助溶，0.5g/L NADPH，缓冲液为100 mM pH 7.5磷酸钾缓冲液。检测的比活力和催化得到的产物结果见表2。由表2中可知，单个位点的突变，比活力提高不明显，甚至与野生型的持平。但双位点或三位点的突变，比活力有明显的增加。但突变体12，13，14，15，16的比活力增加更为明显一些，其中，活力最高突变体是突变体16，粗酶液比活为54.02 U/mg，其次是M242V/Q245S的为粗酶液比活为42.89 U/mg。1 U表示每分钟内催化1微摩尔(μmol)底物转化为产物所需的酶量。

表2 突变体活力及其催化结果

实施例5：羰基还原酶突变体催化合成(2

将野生型及比活力最高的突变体12，13，14，15，16，氨基酸序列为SEQ ID NO. 3-7，分别按照实施例3培养诱导表达方法进行蛋白诱导表达后收集菌体，以菌体作为生物催化剂。

取20 g/L菌体（野生型）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物20 g/L，加入0.2 g/L NADP

取20 g/L菌体（突变体12）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物20 g/L，加入0.2 g/L NADP

取20 g/L菌体（突变体13）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物20 g/L，加入0.2 g/L NADP

取20 g/L菌体（突变体13）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物40 g/L，加入0.2 g/L NADP

取20 g/L菌体（突变体14）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物40 g/L，加入0.2 g/L NADP

取20 g/L菌体（突变体15）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物40 g/L，加入0.3 g/L NADP

取40 g/L菌体（突变体15）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物80 g/L，加入0.3 g/L NADP

取40 g/L菌体（突变体16）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物100 g/L，加入0.2 g/L NADP

取80 g/L菌体（突变体16）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物200 g/L，加入0.2 g/L NADP

取100 g/L菌体（突变体16）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物250 g/L，加入0.2 g/L NADP

取100 g/L菌体（突变体12）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物250 g/L，加入0.2 g/L NADP

取100 g/L菌体（突变体13）重悬于磷酸钾缓冲液（pH 7.5，100 mM, 100 mL），称取底物250 g/L，加入0.2 g/L NADP

序列表

<110> 中国科学院天津工业生物技术研究所

<120> 羰基还原酶突变体及在制备手性β’-羟基-β-氨基酸酯中的应用

<160> 29

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 343

<212> PRT

<213> Ralstonia sp.

<400> 1

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1 5 10 15

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<210> 2

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<212> DNA

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ggtaccgctc gttccgcttc caaactggct aacctgcaga aacgttggga cgctaaatac 180

ccgggtcgtt tcgaaaccgc tgttgttgaa gacatgctga aacagggtgc ttacgacgaa 240

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<210> 3

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<212> PRT

<213> Ralstonia sp.

<400> 3

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<210> 4

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<212> PRT

<213> Ralstonia sp.

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<210> 5

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<213> Ralstonia sp.

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<212> PRT

<213> Ralstonia sp.

<400> 7

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Leu Glu His Gly Tyr Lys Val Arg Gly Thr Ala Arg Ser Ala Ser Lys

35 40 45

Leu Ala Asn Leu Gln Lys Arg Trp Asp Ala Lys Tyr Pro Gly Arg Phe

50 55 60

Glu Thr Ala Val Val Glu Asp Met Leu Lys Gln Gly Ala Tyr Asp Glu

65 70 75 80

Val Ile Lys Gly Ala Ala Gly Val Ala His Ile Ala Ser Val Val Ser

85 90 95

Phe Ser Asn Lys Tyr Asp Glu Val Val Thr Pro Ala Ile Gly Gly Thr

100 105 110

Leu Asn Ala Leu Arg Ala Ala Ala Ala Thr Pro Ser Val Lys Arg Phe

115 120 125

Val Leu Thr Ser Ser Thr Val Ser Ala Leu Ile Pro Lys Pro Asn Val

130 135 140

Glu Gly Ile Tyr Leu Asp Glu Lys Ser Trp Asn Leu Glu Ser Ile Asp

145 150 155 160

Lys Ala Lys Thr Leu Pro Glu Ser Asp Pro Gln Lys Ser Leu Trp Val

165 170 175

Tyr Ala Ala Ser Lys Thr Glu Ala Glu Leu Ala Ala Trp Lys Phe Met

180 185 190

Asp Glu Asn Lys Pro His Phe Thr Leu Asn Ala Val Leu Pro Asn Tyr

195 200 205

Thr Ile Gly Thr Ile Phe Asp Pro Glu Thr Gln Ser Gly Ser Thr Ser

210 215 220

Gly Ile Met Met Ser Leu Phe Asn Gly Glu Val Ser Pro Ala Leu Ala

225 230 235 240

Leu Val Pro Pro Ser Tyr Tyr Val Ser Ala Val Asp Ile Gly Leu Leu

245 250 255

His Leu Gly Cys Leu Val Leu Pro Gln Ile Glu Arg Arg Arg Val Tyr

260 265 270

Gly Thr Ala Gly Thr Phe Asp Trp Asn Thr Val Leu Ala Thr Phe Arg

275 280 285

Lys Leu Tyr Pro Ser Lys Thr Phe Pro Ala Asp Phe Pro Asp Gln Gly

290 295 300

Gln Asp Leu Ser Lys Phe Asp Thr Ala Pro Ser Leu Glu Ile Leu Lys

305 310 315 320

Ser Leu Gly Arg Pro Gly Trp Arg Ser Ile Glu Glu Ser Ile Lys Asp

325 330 335

Leu Val Gly Ser Glu Thr Ala

340

<210> 8

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 8

ctgacctcct ccnnkgtttc cgctctgatt ccgaaac 37

<210> 9

<211> 35

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 9

cagagcggaa acmnnggagg aggtcagaac gaaac 35

<210> 10

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 10

ctgacctcct ccaccnnktc cgctctgatt ccgaaac 37

<210> 11

<211> 35

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 11

cagagcggam nnggtggagg aggtcagaac gaaac 35

<210> 12

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 12

cgctgtactg ccannktaca ctattggcac tattttc 37

<210> 13

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 13

gtgccaatag tgtamnntgg cagtacagcg ttcagag 37

<210> 14

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 14

cgctgtactg ccaaacnnka ctattggcac tattttc 37

<210> 15

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 15

gtgccaatag tmnngtttgg cagtacagcg ttcagag 37

<210> 16

<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 16

cggttccacc nnkggttgga tgatgtccct gtttaac 37

<210> 17

<211> 36

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 17

catcatccaa ccmnnggtgg aaccggactg agtttc 36

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<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

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cggttccacc tccggtnnka tgatgtccct gtttaac 37

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<212> DNA

<213> 人工序列()

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gggacatcat mnnaccggag gtggaaccgg actg 34

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<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

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ggctctggct ctgnnkccac cgcagtacta cgtttcc 37

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<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 21

tactgcggtg gmnncagagc cagagccggg gaaac 35

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<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 23

ggctctggct ctgatgnnkc cgcagtacta cgtttcc 37

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<211> 35

<212> DNA

<213> 人工序列()

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tactgcggmn ncatcagagc cagagccggg gaaac 35

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<211> 36

<212> DNA

<213> 人工序列()

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<212> DNA

<213> 人工序列()

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<212> DNA

<213> 人工序列()

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<211> 36

<212> DNA

<213> 人工序列()

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tgttccaatc mnnagtacca gccgtaccgt aaacac 36

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<211> 37

<212> DNA

<213> 人工序列()

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gtactttcga tnnkaacacc gttctggcta ccttccg 37

<210> 30

<211> 36

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 30

cagaacggtg ttmnnatcga aagtaccagc cgtacc 36