一种导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的应用及检测试剂

技术领域

本发明属于基因诊断技术领域，具体涉及一种导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的应用及检测试剂。

背景技术

CHARGE综合征是一种常染色体显性遗传疾病，具有先天性、罕见、散发的特点。该病在新生儿的发病率大约为1/15000到1/10000，30％的患者在5岁前死亡。CHARGE综合征又叫Hall-Hittner综合征，由Hall和Hittner于1979年首次描述，Pagon等于1981年再次报告该病例并提出以疾病的英文首字母命名本病，即眼组织缺损(coloboma，C)、心脏疾病(heart disease，H)、后鼻孔闭锁(atresia choanae，A)、生长迟滞和(或)中枢神经系统异常(retarded growth and retarded development and/or central nervous systemanomalies，R)、生殖系统发育不良(genital hypoplasia，G)，以及耳形态异常和(或)耳聋(ear anomalies and/or deafness，E)。

CHD7基因(MIM 608892)基因突变是导致CHARGE综合征(MIM 214800)的原因，CHD7基因定位于染色体8q12.2，包括38个外显子和37个内含子，基因长189.3kb，编码2997个氨基酸序列的蛋白Chromodomain helicase DNA-binding protein 7(CHD7)，包含6个结构域，分别为Med15结构域(控制多细胞动物早期发育关键的基因激活信号转导子)、2个CH结构域(约50个保守氨基酸的染色质结构修饰结构域，主要在真核细胞核的功能组织中起作用，与蛋白中的组氨酸或RNA的甲基化调控相关)、SNF2家族N端结构域(涉及转录调节、DNA修复、DNA重组和染色质解旋功能)，以及2个BRK结构域(通常与解旋酶和转录因子相关)。CHD7蛋白是哺乳动物细胞中ATP依赖性染色质域解旋酶DNA结合蛋白家族的九个成员之一，对起源于外胚层发育的神经嵴形成的广泛分化潜能与在全身迁移能力的功能至关重要。目前发现CHD7有数百种突变可导致CHARGE综合征，包括无义突变、移码突变、错义突变、剪切突变，以及涉及CHD7基因大片段缺失突变，大片段插入，微缺失/微插入等。

因此，基因突变是导致疾病发生发展的重要遗传基础，基因诊断是确诊CHARGE综合征的重要遗传学标准。临床上需要针对不同突变建立相应的检测技术并用于明确病因和疾病诊断。现有技术中对基因突变位点的基因型进行检测，可以采用其他方法限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交等等，但这些检测方法均不能同时满足定性、定量及明确突变基因的序列的目的，所以需要针对特异突变位点的特异性扩增引物。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的应用，不仅能丰富基因诊断CHARGE综合征的突变位点，还能作为靶点为药物筛选、药效评价及靶向治疗提供基础。

本发明的目的还在于提供一种检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的试剂，助力CHARGE综合征基因突变的筛查和诊断。

本发明提供了一种基因CHD7突变位点在制备防治CHARGE综合征诊断试剂或制备防治CHARGE综合征的药物中的应用，所述基因CHD7突变位点为CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。

本发明提供了一种用于检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的试剂，包括检测致病基因CHD7突变位点c.8077-1G>A的引物；

所述检测致病基因CHD7突变位点c.8077-1G>A的引物包括核苷酸序列如SEQ IDNO:1所示的CHD7-F和核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的CHD7-R。

优选的，所述试剂还包括测序引物；

所述测序引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的CHD7-SeqF和核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示的CHD7-SeqR。

本发明提供了一种CHARGE综合征诊断试剂盒，包括所述试剂和PCR扩增试剂。

优选的，所述PCR扩增试剂包括dNTP、10×PCR缓冲液、镁离子和Tap聚合酶；

所述10×PCR缓冲液包含以下组分的水溶液：500mmol/LKCl、pH 8.3的100mmol/LTris-Cl和15mmol/LMgCl

本发明提供了所述试剂在制备检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的试剂盒中的应用。

本发明提供了一种检测基因CHD7突变位点的引物在制备CHARGE综合征辅助诊断试剂盒中的应用，所述基因CHD7突变位点为CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。

优选的，所述引物为所述试剂。

优选的，利用所述试剂盒辅助诊断CHARGE综合征的方法，包括以下步骤：

用所述试剂盒检测样本中CHD7基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有CHARGE综合征：

若检测基因型存在单个杂合突变“c.8077-1G>A杂合突变”，则个体患CHARGE综合征；

若检测基因型是“野生型”，则诊断受试个体为正常人。

优选的，所述样本为血液、羊水和活检组织中的至少一种。

本发明提供了一种基因CHD7突变位点在制备防治CHARGE综合征诊断试剂或制备防治CHARGE综合征的药物中的应用，所述基因CHD7突变位点为CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。本发明通过外显子组测序技术首次发现了CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点突变导致CHARGE综合征发病。一方面，通过检测受试者是否携带有上述突变，用于筛查或诊断CHARGE综合征致病基因突变患者，以提供优生优育和治疗干预指导。另一方面，本发明为CHARGE综合征的发病机制研究奠定了重要基础，为CHARGE综合征患者的治疗提供全新的理论依据。第三方面，本发明可以为治疗CHARGE综合征提供可能的药物靶点。

本发明所提供的诊断试剂盒，通过优化检测致病基因CHD7突变位点的引物和反应体系，大大提高检测结果的准确性和可靠性，可用于快速、有效地预测或诊断CHARGE综合征。

附图说明

图1显示CHARGE综合征1号家系遗传图谱；其中，○表示正常女性个体，□表示正常男性个体，■表示男性患者，↗表示先证者。

图2显示利用Sanger测序检测CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型的结果图，其中1号家系先证者为“c.8077-1G>A”杂合突变，先证者父母为野生型(测序图中箭头所指为突变发生位置)。

图3显示CHARGE综合征2号家系遗传图谱；其中，○表示正常女性个体，□表示正常男性个体，■表示男性患者，◇表示正常胎儿，↗表示先证者。

图4显示利用试剂盒检测2号家系CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型的结果图，其中2号家系先证者为“c.8077-1G>A”杂合突变，先证者父亲、先证者母亲、胎儿为野生型(测序图中箭头所指为突变发生位置)。

具体实施方式

本发明提供了一种基因CHD7突变位点在制备防治CHARGE综合征诊断试剂或制备防治CHARGE综合征的药物中的应用，所述基因CHD7突变位点为CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。

本发明首先利用外显子测序筛选与CHARGE综合征高度相关的致病基因突变，为了避免假阳性结果出现，之后通过Sanger测序进行验证，最终获得CHARGE综合征的致病基因突变，CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。本发明筛选的致病基因突变中可以将CHARGE综合征患者和正常人群区分开，因此，本发明的致病基因突变可以作为诊断CHARGE综合征的生物标志物。本发明所述CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A突变位点指野生型CHD7基因的第38号外显子的第8077位碱基G突变为A，形成CHD7基因突变体，所述CHD7基因突变体的核苷酸序列优选如SEQ ID NO：5(ACTCCAAGGTTTT)所示。

本发明提供了一种用于检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的试剂，包括检测致病基因CHD7突变位点c.8077-1G>A的引物；所述检测致病基因CHD7突变位点c.8077-1G>A的引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1(TGTTGGGTAGATGAGGTATG)所示的CHD7-F和核苷酸序列如SEQ ID NO:2(GTGGTGTTTCCAGTAGCAG)所示的CHD7-R。

在本发明中，所述试剂优选还包括测序引物。所述测序引物包括核苷酸序列如SEQID NO:3(GAACTACTTAGGTATTTCCATTT)所示的CHD7-SeqF和核苷酸序列如SEQ ID NO:4(TGAAGGCTCGTCAGGTC)所示的CHD7-SeqR。本发明对所述引物的来源没有特殊限制，采用本领域所熟知的引物合成方法即可。

本发明提供了所述试剂在制备检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的试剂盒中的应用。

在本发明中，所述检测导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的方法，优选包括以下步骤：

提取待测样本的基因组DNA；

以所述基因组DNA为模板，用所述试剂扩增CHD7基因序列；

对扩增的CHD7基因序列进行DNA测序；

将待检测样本DNA测序结果与正常人基因组DNA序列比对，结果完全一致时说明待检样本中CHD7基因未发生突变为野生型；若比对结果出现CHD7基因(NM_017780.4)的第38号外显子中8077位碱基G突变为A，则判断该基因型为“c.8077-1G>A纯合突变”。

在本发明中，扩增CHD7基因序列的反应体系优选为10×PCR缓冲液2.0μL、10mmol/L dNTPs0.4μL、100ng/μL CHD7-F 0.5μL、100ng/μL CHD7-R 0.5μL、100ng/μL抽提DNA 1.0μL、5U/μL Taq酶0.2μL,ddH

本发明提供了一种CHARGE综合征诊断试剂盒，包括所述试剂和PCR扩增试剂。

在本发明中，所述PCR扩增试剂优选包括dNTP、10×PCR缓冲液、镁离子和Tap聚合酶。所述10×PCR缓冲液包含以下组分的水溶液：500mmol/LKCl、pH 8.3的100mmol/LTris-Cl和15mmol/LMgCl

本发明提供了一种检测基因CHD7突变位点的引物在制备CHARGE综合征辅助诊断试剂盒中的应用，所述基因CHD7突变位点为CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A。

在本发明中，基于所述基因CHD7突变位点上下游序列设计特异性引物，采用所述引物扩增含所述突变位点的DNA片段，通过DNA片段的基因型判断是否有患CHARGE综合征的风险。在本发明实施例中，所述引物优选为所述试剂。

在本发明中，利用所述试剂盒辅助诊断CHARGE综合征的方法，优选包括以下步骤：

用所述试剂盒检测样本中CHD7基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有CHARGE综合征：

若检测基因型存在单个杂合突变“c.8077-1G>A杂合突变”，则个体为携带者；

若检测基因型是“野生型”，则诊断受试个体为正常人。

在本发明中，所述样本优选为血液、羊水和活检组织中的至少一种。

在本发明中，除非另有说明，否则本文中使用的科学和技术名词具有本领域技术人员所通常理解的含义。并且，本文中所用的分子遗传学、核酸化学和分子生物学相关术语和实验室操作步骤均为相应领域内的广泛使用的术语和常规步骤。同时，为了更好地理解本发明，下面提供相关术语的定义和解释。

文中术语“诊断”包括疾病风险的预测、疾病发病与否的诊断、还包括对疾病预后的评估。

文中术语“突变”是指野生型的多核苷酸序列发生改变，指基因序列或DNA序列中一个或数个(例如几个)碱基的添加、缺失和/或置换，成为变异体，变异体可以是天然发生的或非天然发生的。术语“突变”当用于描述基因所编码的产物或者蛋白质时，“突变”指的是所述蛋白质或编码产物中一个或数个(例如几个)氨基酸残基的添加、缺失和/或置换。

在本发明中，术语“纯合突变”/“杂合突变”是指是等位基因中只有其中一个基因出现突变。

文中术语“产前诊断”是指是在遗传咨询的基础上，主要通过遗传学检测和影像学检查，对高风险胎儿进行明确诊断，通过对患病胎儿的选择性流产达到胎儿选择的目的，从而降低出生缺陷率，提高优生质量和人口素质。

在本发明中，“引物”指用于在PCR反应中扩增靶标核酸的多核苷酸片段，其通常为寡核苷酸，例如含有至少5个碱基，例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或者更多个碱基的多核苷酸片段。引物不必与待扩增的目的基因或其互补链完全互补，只要其能够特异性扩增目的基因。如本文中所使用的，

术语“特异性扩增”是指引物能够通过PCR反应扩增目的基因，而不扩增其他基因。例如，特异性扩增CHD7基因是指，在PCR反应中引物只扩增CHD7基因，而不扩增其他基因。

下面结合实施例对本发明提供的一种导致CHARGE综合征的致病基因CHD7突变位点的应用及检测试剂进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。

下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如Sambrook等人，分子克隆实验室手册(NewYork：Cold Spring Harbor LaboratoryPress，2014)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1

样本获取

发明人发现了1个CHARGE综合征家系(简称1号家系)，该家系部分成员的临床信息见表1。图1家系图谱，其中，○表示正常女性个体，□表示正常男性个体，■表示男性患者，↗表示先证者。

1.诊断标准：

可参照《人类单基因遗传疾病》2010版和《罕见病诊疗指南》2019版：

1.CHD7基因突变可导致常染色体显性遗传的CHARGE综合征。CHARGE综合征是一种典型的先天性多发器官畸形疾病，诊断主要基于临床表现，包括主要和次要表现(特征)。

CHARGE综合征诊断：两个主要特征+次要特征(无或多个)。

主要特征：1)先天性缺损；2)后鼻孔闭锁或腭裂；3)外耳、中耳或内耳异常，包括半规管发育不全；4)致病性CHD7基因突变。

次要特征：1)颅神经麻痹或脑干功能障碍包括听力障碍；2)吞咽困难/喂养困难3)脑结构异常；4)发育迟缓/智力障碍/自闭症；5)下丘脑垂体功能障碍(促性腺激素或生长激素缺乏)和生殖器异常；6)器官(心脏和/或食管)畸形；7)肾异常，骨骼/肢体异常。

表1 CHARGE综合征1号家系成员的临床信息

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如图1所示，编号采用Ⅰ(第一代)、Ⅱ(第二代)。

1号家系人员Ⅰ1(先证者父亲)、Ⅰ2(先证者母亲)和Ⅱ1(先证者)外周血DNA用于测序分析。

实施例2

外显子测序

1.仪器设备如表2所示。

表2仪器设备一览表

2.试剂耗材

人类全外显子测序试剂盒(Agilent)、DNA 1000试剂盒(Agilent)、96孔板(Axygen)、不同型号枪头(Axygen)、200μL离心管(Eppendorf)、1.5mL离心管(Eppendorf)、毛细管电泳缓冲液(Thermo)、测序标准物(Thermo)、无水乙醇(Thermo)、BigDye Ter分钟ator V3.1(Thermo)、外周血gDNA提取试剂盒(TIANGEN)、琼脂糖(TIANGEN)、EB染液(Amresco)。

3.试剂配方

5×TBE电泳液贮存液按照表3配制。

表3 5×TBE电泳液配方

用ddH

0.5×TBE电泳液工作液，用ddH

10×红细胞裂解液按照表4配制。

表4 10×红细胞裂解液配方

高压灭菌，4℃保存。

1×细胞核裂解液按照表5配制。

表5 1×细胞核裂解液配方

4.实验步骤

签署知情同意书后，采集1号家系中Ⅰ1(先证者父亲)、Ⅰ2(先证者母亲)和Ⅱ1(先证者)成员的外周血3～5mL。

4.1样本DNA提取

1)将样本3～5mL装入15mL离心管中，加2～3倍体积的1×红细胞裂解液，混匀，冰上静置30分钟，直至溶液变透明。

2)4℃，3000转/分钟离心10分钟，小心去上清液。沉淀中加1mL 1×细胞核裂解液，混匀，再加2mL 1×细胞核裂解液和150μL 20％SDS，摇匀，至出现粘稠透明状。加10μL20mg/mL蛋白酶K，摇匀。37℃消化6小时以上或过夜。

3)加等体积饱和酚，轻摇混匀，室温3000转/分钟离心10分钟。

4)小心移上清至另一离心管，加等体积酚/氯仿(1:1v/v)混匀，室温3000转/分钟离心10分钟。

5)小心移上清，若上清不清亮透明，则用等体积氯仿再抽提一次。

6)将上清移入另一离心管中，加二倍体积无水乙醇，摇匀，见白色絮状DNA。用火焰灭菌的玻璃钩针将DNA钩出，70％乙醇洗二次，室温干燥5分钟，再将DNA溶于200μL 1×TE中，转鼓溶解过夜。紫外测OD值。

7)TE溶解的DNA，在4℃下可保存一年，如要求长期保存，则需加2倍体积无水乙醇置-70℃保存。

4.2外显子测序

参考人类全外显子测序试剂盒(Agilent)说明书和分子克隆实验室手册(第三版；Molecular Cloning A LABORATORY MANUAL 1SECOND EDITION；New York：Cold SpringHarbor LaboratoryPress，2014)操作指南。

1)取2μg DNA，机械打断，使片段大小在200bp左右，切胶回收150～250bp片段；

2)DNA片段做末端修复和3’末端加A；

3)连接测序接头，对连接产物进行纯化，再行PCR扩增，扩增产物纯化；

4)Agilent试剂盒探针加入纯化后的扩增产物进行杂交捕获，杂交产物经洗脱回收后做PCR扩增，再行最终产物回收，取小样行琼脂糖凝胶电泳进行质控分析；

5)NextSeq500测序仪测序和数据分析。

4.3结果

最终得到1个具有致病意义的基因杂合突变CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A；

c.8077-1G>A突变为第37号内含子紧邻第38号外显子的碱基(第8077-1位)由G突变为A，造成了剪切突变。在1号家系患者(先证者)CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点的基因型是“c.8077-1G>A”杂合突变；在1号家系正常个体该位点的基因型为野生型。

实施例3

Sanger测序验证

对于外显子组测序结果进一步利用Sanger测序法，对CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点进行验证。分别对实施例1中的1号系中Ⅰ1(先证者父亲)、Ⅰ2(先证者母亲)、Ⅱ1(先证者)3名人员和100名家系外正常人进行CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型检测。

具体方法步骤如下：

1、DNA提取

按照实施例1的方法提基因组DNA。

2、候选引物设计、验证及优选

2.1候选引物设计参考人类基因组序列数据库hg19/build36.3(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome，或http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway？redirect＝manual&source＝genome.ucsc.edu)。

2.2针对c.8077-1G>A位点分别设计17对候选引物(见表6)，并利用PCR实验来验证和评价各对候选引物的优劣情况

表6各对候选引物基本情况和验证实验结果一览表

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注：正常PCR扩增结果电泳后只有一条特异性条带，若出现引物二聚体条带、非特异产物条带均是引物异常反应的结果；目标引物尽可能避免这类情况。另外参考如下原则来综合评价和选择最优引物对：

①引物长度为15～30nt，常用为20nt左右；

②G+C含量以40％～60％为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布；

③避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照；

④引物内部不应出现互补序列；

⑤两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3`端的互补重叠；

⑥引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70％，引物3`末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增；

2.3候选引物PCR验证反应

按照表7中的反应体系进行PCR并保持反应体系在冰上；每对引物设置8个反应测试管(表7中序号1至8)。

表7引物检测PCR反应体系

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反应条件：将上述测试反应管放入PCR仪，执行以下反应程序：

第一步：95℃，5分钟；

第二步：30个循环(95℃，30秒→Tm，30秒→72℃，60秒)；(根据表6中各引物Tm值设置PCR扩增参数，如为双引物则取Tm平均值)。

第三步：72℃，7分钟；

第四步：4℃直至取样时。

2.4候选引物PCR结果进行琼脂糖凝胶电泳检测，以评估引物反应的有效性、特异性：

1)用胶带将洗净干燥的凝胶成样器两端封好，置于一水平台面上，在成样器的一端约1cm处放置梳子。

2)称量2g琼脂粉末于一锥形瓶中，加入100mL 0.5×TBE电泳缓冲液，摇匀后置微波炉或电炉上(加石棉网)加热，沸腾后取出摇匀，再加热，直至凝胶完全熔解，取出室温冷却。

3)待凝胶冷却至50℃左右，倒入封好的凝胶成样器，使厚度在5mm左右。

4)凝胶凝固拆除胶带，将凝胶与成样器一起放入电泳槽中。

5)加入电泳缓冲液，使液面高于胶面1-2mm，向上拔出梳子；用微量移液器将样品和DNA大小标准品分别与载样液混匀后，加入各加样孔内，由于载样液中蔗糖比重较大，DNA沉入孔底。

6)盖上电泳槽，接通电源，调至适当电压，开始电泳。根据载样液中溴酚蓝的指示，判断样品的大概位置，决定是否终止电泳。

7)切断电源，取出凝胶，放入0.5g/mL的EB水溶液中染色10-15分钟。

8)将凝胶放到透射式紫外照射仪下观察结果，波长254nm，并用加红色滤色片的相机照相或用凝胶扫描系统记录电泳结果。

2.5结果评价：

1)如果7号管仅出现一条明亮清晰目的条带，无其它条带，则判断该对引物和发应体系有效性好和特异性强；

2)如果7号管没有出现目的条带，则判断该对引物和反应体系无效；

3)如果7号管出现目的条带外的引物引物二聚体带，并在2、3、4、5、6号部分管中也同样出现引物二聚体带，则判断该对引物和反应体系有效性差；

4)如果7号管出现目的条带外的非特异性带，并在5、6号部分管中也同样出现非特异性带，则判断该对引物和反应体系特异性差；

5)如果7号管出现目的条带外的引物二聚体和非特异性带，并在2、3、4、5、6号部分管中也同样出现引物二聚体和非特异性带，则判断该对引物和反应体系有效性和特异性差。

2.6根据表6验证测试后统计的结果，选择其中最优一对(表6中位点1号对候选引物)作为突变家系检测用引物：

针对CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点的PCR扩增引物序列如下：5’-TGTTGGGTAGATGAGGTATG-3’(SEQ ID NO：1)；5’-GTGGTGTTTCCAGTAGCAG-3’(SEQ ID NO：2)。

其他候选引物因为存在引发发夹结构、或引物二聚体、或非特异性结合扩增，导致PCR效果较差，故舍弃。

3、1号家系人员和100名家系外人员突变位点PCR扩增

按照表8中的反应体系进行PCR并保持反应体系在冰上。

表8突变位点PCR反应体系

反应条件：将反应体系放入PCR仪，执行以下反应程序：

针对CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点的PCR扩增程序如下：

第一步：95℃，5分钟；

第二步：30个循环(95℃，30秒→59℃，30秒→72℃，60秒)；

第三步：72℃，7分钟；

第四步：4℃直至取样时。

4、琼脂糖凝胶电泳检测

参照上述2.4步骤。

5、PCR产物酶解法纯化：5μLPCR产物中分别加入0.5μL核酸外切酶I(Exo I)，1μL碱性磷酸酶(AIP)，37℃消化15分钟，85℃使酶失活15分钟。

6、BigDye反应

BigDye反应体系见表9。

表9 BigDye反应体系

测序PCR循环条件：

第一步：96℃，1分钟；

第二步：33个循环(96℃，30秒→55℃，15秒→60℃，4分钟)；

第三步：4℃直至取样时。

7、BigDye反应产物纯化：

1)每管加入1μL 125mM EDTA(pH8.0)，加到管底，再加入1μL 3mol/LNaAc(pH5.2)；

2)加入70μL 70％酒精，震荡混匀4次，室温放置15分钟；

3)3000g，4℃离心30分钟；马上倒置96孔板，185g离心1分钟；

4)室温放置5分钟，让残余的酒精在室温挥发干，加入10μL Hi-Di甲酰胺溶解DNA，96℃变性4分钟，迅速置冰上4分钟，上机测序。

8、测序

将纯化后的BigDye反应产物进行DNA测序。

测序引物则在上述PCR优选引物的基础上设计巢式引物(第二组引物是在第一组引物扩增得到的产物序列范围内设计的)作为测序引物：

针对CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点的测序引物序列如下：

5’-GAACTACTTAGGTATTTCCATTT-3’(SEQ ID NO：3)；

5’-TGAAGGCTCGTCAGGTC-3’(SEQ ID NO：4)。

9、结果分析

图2的Sanger测序结果显示，1号家系1名人员CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型是“c.8077-1G>A”杂合突变。图2测序图中箭头所指位置显示A层CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型是“c.8077-1G>A”杂合突变；图2测序图中箭头所指位置显示B和C层CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型为野生型。

实施例4

CHARGE综合征诊断试剂盒及应用

1、试剂盒组成：

1)扩增引物(每条引物1.2μg)：如实施例3所示；

2)缓冲液(500μL的10×PCR缓冲液：500mmol/L KCl，100mmol/L Tris-Cl(pH8.3)，15mmol/LMgCl

3)Taq酶(20U)；

4)dNTPs(四种dNTP各4mM)；

5)CHD7:c.8077-1G>A阳性突变参考品DNA，阳性参考品为一段双链DNA，具体序列如下所示：

其中，单下划线碱基为PCR扩增上下游引物位置，方框内碱基为点突变位点，双下划线碱基为上下游测序引物位置。

6)测序引物：如实施例3所示。

2、使用方法：

共筛查和检测5个先天性心脏病患儿家系中15位个体，并再次发现如下家系，并将本试剂盒应用于2号家系患者检测(见表10)。

表10CHARGE综合征2号家系成员的临床信息

如图4所示，编号采用Ⅰ(第一代)、Ⅱ(第二代)。

2号家系人员Ⅰ1(父亲)、Ⅰ2(母亲)、Ⅱ1(先证者)外周血DNA和Ⅱ2(胎儿)羊水DNA用于试剂盒检测。

1)基因组DNA提取：提取样本基因组DNA。

2)先采用上述PCR扩增引物、Taq酶、缓冲液、dNTPs、样本基因组DNA等进行PCR扩增反应，如实施例3；

3)对PCR扩增产物进行纯化；

4)采用上述测序引物对纯化的PCR产物进行BigDye反应；

5)对BiyDye反应产物纯化；

6)对BiyDye反应产物测序，测序序列与正常序列相比较。

图4的试剂盒检测结果显示，2号家系先证者CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型是“c.8077-1G>A”杂合突变。图4测序图中箭头所指位置显示A层CHD7:NM_017780.4:exon38:c.8077-1G>A位点基因型是“c.8077-1G>A”杂合突变。检测结果确认先证者为CHARGE综合征患者；先证者父亲、母亲及胎儿未发现携带该突变，遗传咨询建议先证者父母继续妊娠，并做好妊娠期监测。出生后随访结果表明，新生儿未见CHARGE综合征相关表型。

由以上实施例结果可以看出，本发明发现了新的CHD7基因突变体，且确认了新突变体与CHARGE综合征的发病密切相关，所述致病突变体可用于CHARGE综合征的分子诊断及与相关疾病的鉴别诊断。

以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。