用于检测SARS-COV-2的测定

相关申请的交叉引用

本申请要求2020年8月4日提交的美国临时申请号63/060,975；2020年8月14日提交的63/065,898；2020年8月18日提交的63/067,051；和2020年12月16日提交的63/126,336的权益，所述申请各自的内容以引用的方式整体并入本文。

序列表声明

与本文一起提交的名为“38691-601_SEQUENCE_LISTING_ST25”的计算机可读序列表的文本创建于2021年8月4日，文件大小为13,107字节，其特此以引用的方式整体并入。

技术领域

本公开涉及用于检测SARS-CoV-2抗原的组分和方法。

背景技术

2019年底，一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2(2019-nCoV))以人病原体形式出现，引起发烧、严重呼吸系统疾病和肺炎。与SARS-CoV-2(2019-nCoV)相关的疾病被命名为COVID-19。新型冠状病毒是β冠状病毒属的成员，与若干种蝙蝠冠状病毒和严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS-CoV)密切相关。然而，与SARS-CoV不同的是，SARS-CoV-2(2019-nCoV)在人与人之间迅速传播。

截至2021年7月底，在超过200个国家确诊了超过1.9亿例的COVID-19病例，COVID-19并发症被认为是超过400万人的死因。因为SARS-CoV-2传播带来的健康风险，所以需要评估冠状病毒在人类中的传播的方法和试剂盒，包括确定获自受试者的一个或多个样品中的SARS-CoV-2蛋白的存在和/或检测其量的方法。

发明内容

本公开提供了用于检测来自受试者的样品中SARS-CoV-2的存在或确定其量的方法、装置和试剂盒。

在一些实施方案中，所述方法包括：在允许来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段(如果存在于样品中的话)与第一抗体或其抗原结合片段结合的条件下，使获自受试者的样品与第一抗体或其抗原结合片段接触，所述第一抗体或其抗原结合片段特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段；使样品与包含第二抗体和可检测标记的缀合物接触，所述第二抗体特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段；以及评估来自可检测标记的信号的存在，其中来自可检测标记的信号的存在表明样品中存在来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段。

在一些实施方案中，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段是核衣壳(N)蛋白。第一抗体或其抗原结合片段和第二抗体或其抗原结合片段可以识别来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质(例如，SARS-CoV-2病毒核衣壳(N)蛋白)的不同表位。

第一抗体或其抗原结合片段可以包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:1具有至少70％同一性的互补决定区1(CDR)氨基酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，以及(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:4具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:7具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:8具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:17具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:18具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

第二抗体或其抗原结合片段可以包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:9具有至少70％同一性的互补决定区1(CDR)氨基酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:11具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，以及(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:12具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:14具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。在一些实施方案中，第二抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:15具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:16具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述方法使用免疫测定执行。免疫测定可以是酶联免疫吸附测定(ELISA)或侧流免疫测定(LFA)。

样品可以是来自包含或怀疑包含SARS-CoV02的受试者的任何样品。在一些实施方案中，样品包括鼻或鼻咽拭子或刷子、唾液、粘液、血液、血清或血浆。

本文还公开了侧流装置，其包含：第一抗体或其抗原结合片段，其特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段；和第二抗体或其抗原结合片段，其特异性结合来自SARS-CoV-2的蛋白质或其片段。在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段是固定的。在一些实施方案中，测试线包括第一抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，第二抗体或其抗原结合片段包含可检测标记。在一些实施方案中，样品垫包括第二抗体或其抗原结合片段。

在一些实施方案中，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段是核衣壳(N)蛋白。第一抗体或其抗原结合片段和第二抗体或其抗原结合片段可以识别来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质(例如，SARS-CoV-2病毒核衣壳(N)蛋白)的不同表位。

第一抗体或其抗原结合片段可以包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:1具有至少70％同一性的互补决定区1(CDR)氨基酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，以及(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:4具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:7具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:8具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:17具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:18具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

第二抗体或其抗原结合片段可以包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:9具有至少70％同一性的互补决定区1(CDR)氨基酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:11具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，以及(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:12具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:14具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。在一些实施方案中，第二抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:15具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:16具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

还公开了包括本文所述的侧流装置的试剂盒。试剂盒还可以包括提取缓冲液和取样装置(例如，鼻拭子)中的至少一者或两者。

根据以下详细描述和附图，本公开的其他方面和实施方案将是显而易见的。

附图说明

图1是测试钩状效应的示例性侧流测定的剂量响应的图表。

具体实施方式

本公开至少部分基于使用一对抗体的方法的开发，所述方法允许以增加的特异性和更低的检测限来检测SARS-CoV-2。

如本文所用，术语“包含(comprise)”、“包括(include)”、“具有(having)”、“具有(has)”、“可以(can)”、“含有(contain)”及其变体旨在是开放式的过渡性短语、术语或词语，其不排除附加行为或结构的可能性。除非上下文中另外明确指定，否则单数形式“一种/一个(a)”、“一种/一个(an)”和“所述(the)”包括复数个指代物。本公开还考虑了“包含本文呈现的实施方案或元素”、“由其组成”以及“基本上由其组成”的其他实施方案，无论是否明确阐述。

对于本文中数值范围的叙述，明确考虑具有相同精确度的介于其间的每个数字。例如，对于6至9的范围，除了6和9之外还考虑数字7和8，并且对于6.0至7.0的范围，明确考虑数字6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9和7.0。

如本文所用，术语“免疫球蛋白”或“抗体”是指在脊椎动物的血液或其他体液中发现的蛋白质，其被免疫系统用来鉴别和中和异物，诸如细菌和病毒。通常，免疫球蛋白或抗体是包含至少一个互补决定区(CDR)的蛋白质。CDR形成抗体的“高变区”，所述高变区负责抗原结合(下文进一步讨论)。完整的免疫球蛋白通常由四个多肽组成：重(H)链多肽的两个相同拷贝和轻(L)链多肽的两个相同拷贝。每条重链含有一个N末端可变(V

每对轻链和重链的可变区形成抗体的抗原结合位点。V

框架区由三个CDR连接。如上文所讨论的，称为CDR1、CDR2和CDR3的三个CDR形成抗体的“高变区”，所述高变区负责抗原结合。CDR形成连接由框架区形成的β片层结构并且在一些情况下包含其一部分的环。虽然轻链和重链的恒定区不直接参与抗体与抗原的结合，但恒定区可以影响可变区的方向。恒定区还表现出各种效应子功能，诸如经由与效应分子和细胞的相互作用参与抗体依赖性补体介导的裂解或抗体依赖性细胞毒性。

如本文所用，当抗体或其他实体(例如，抗原结合结构域)“特异性识别”或“特异性结合”抗原或表位时，它优先识别蛋白质和/或大分子的复杂混合物中的抗原，并且结合抗原或表位的亲和力显著高于与不展示抗原或表位的其他实体的亲和力。在这方面，“显著更高的亲和力”意指亲和力足够高使得能够使用期望的测定或测量设备来检测与实体区分开的抗原或表位。通常，这意指具有至少10

如本文所用的“抗体”是指：单克隆抗体；单特异性抗体(例如，可以是单克隆的，或者也可以通过除由普通生殖细胞产生单特异性抗体外的方式产生)；多特异性抗体；人抗体；人源化抗体(完全或部分人源化)；动物抗体，诸如但不限于，鸟(例如鸭或鹅)、鲨鱼、鲸鱼和哺乳动物，所述哺乳动物包括非灵长类动物(例如牛、猪、骆驼、美洲鸵、马、山羊、兔、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、狗、大鼠、小鼠等)或非人灵长类动物(例如猴、黑猩猩等)；重组抗体、嵌合抗体、单链可变片段(“scFv”)、单链抗体、单结构域抗体、Fab片段、F(ab')片段、F(ab')

抗体的术语“抗体的片段”、“抗体片段”和“抗原结合片段”在本文中可互换地用于指代抗体的一个或多个片段，其保留特异性结合抗原的能力(通常参见Holliger等人，Nat.Biotech.,23(9):1126-1129(2005))。任何本文所述的抗体的抗原结合片段都在本发明的范围内。抗体片段期望地包含例如一个或多个CDR、可变区(或其部分)、恒定区(或其部分)或其组合。在一些实施方案中，所述部分不包括完整抗体的Fc区的恒定重链结构域(即，CH2、CH3或CH4，取决于抗体同种型)。抗体片段的实例包括但不限于：(i)Fab片段，它是由V

可通过已知技术来生成识别特定表位的抗体片段。例如，Fab和F(ab’)

如本文所用的“片段抗原结合片段”或“Fab片段”是指结合抗原并且含有一个抗原结合位点、一条完整的轻链和一条重链的一部分的抗体片段。Fab是由V

如本文所用的“F(ab')

如本文所用的“框架”(FR)或“框架序列”可以意指可变区减去CDR的剩余序列。因为CDR序列的确切定义可以由不同的系统确定，所以框架序列的含义对应地倾向于不同的解释。六个CDR(轻链的CDR-L1、-L2和-L3以及重链的CDR-H1、-H2和-H3)还将轻链和重链上的框架区划分为每条链上的四个亚区(FR1、FR2、FR3和FR4)，其中CDR1位于FR1与FR2之间，CDR2位于FR2与FR3之间，并且CDR3位于FR3与FR4之间。在不将特定亚区指定为FR1、FR2、FR3或FR4的情况下，框架区(如其他人所称)表示单个天然存在的免疫球蛋白链的可变区内的组合FR。如本文所用，一个FR表示四个亚区之一，并且多个FR表示构成框架区的四个亚区中的两个或更多个。

人重链和轻链FR序列是本领域已知的，其可以用作重链和轻链“受体”框架序列(或简称为“受体”序列)以使用本领域已知的技术将非人抗体人源化。在一个实施方案中，人重链和轻链受体序列选自公开可用的数据库(诸如V-base(超文本传输协议：vbase(dot)mrc-cpe(dot)cam(dot)ac(dot)uk))中或国际

“重组抗体”是指通过一个或多个步骤制备的抗体，所述步骤包括通过重组技术将编码一种或多种单克隆抗体的全部或部分的核酸序列克隆到适当的表达载体中，并且随后在适当的宿主细胞中表达抗体。所述术语包括但不限于重组产生的单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体(完全或部分人源化)、由抗体片段形成的多特异性或多价结构、双功能抗体、异源缀合抗体、

术语“核酸”、“多核苷酸”、“核苷酸序列”和“寡核苷酸”在本文中可互换使用，并且是指嘧啶和/或嘌呤碱基的聚合物或寡聚物，所述嘧啶和/或嘌呤碱基分别优选胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶，以及腺嘌呤和鸟嘌呤(参见Albert L.Lehninger,Principles ofBiochemistry,at 793-800(Worth Pub.1982))。所述术语涵盖任何脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸或肽核酸组分及其任何化学变体，诸如这些碱基的甲基化、羟甲基化或糖基化形式。聚合物或低聚物在组成上可以是异质的或同质的，可以从天然存在的来源分离，或者可以是人工或合成产生的。此外，核酸可以是DNA或RNA或其混合物，并且可以以单链或双链形式(包括同源双链体、异源双链体和杂交状态)永久或暂时存在。在一些实施方案中，核酸或核酸序列包含其他种类的核酸结构，诸如像DNA/RNA螺旋、肽核酸(PNA)、吗啉代核酸(参见例如Braasch和Corey,Biochemistry,41(14):4503-4510(2002)和美国专利5,034,506)、锁核酸(LNA；参见Wahlestedt等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,97:5633-5638(2000))、环己烯基核酸(参见Wang,J.Am.Chem.Soc.,122:8595-8602(2000))和/或核酶。术语“核酸”和“核酸序列”还可以涵盖包含非天然核苷酸、修饰的核苷酸和/或非核苷酸构造块(例如，“核苷酸类似物”)的链，所述非天然核苷酸、修饰的核苷酸和/或非核苷酸构造块可以表现出与天然核苷酸相同的功能。

术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，并且是指任何长度的氨基酸的聚合形式，其可以包括编码和非编码氨基酸、化学或生物化学修饰的或衍生的氨基酸以及具有修饰的肽骨架的多肽。

术语“免疫原”和“抗原”在本文中可互换使用，并且是指在动物(例如，哺乳动物)中诱导免疫反应的任何分子、化合物或物质。“免疫反应”可能需要例如抗体产生和/或免疫效应细胞的激活。本公开的上下文中的抗原可以包括在哺乳动物中引起免疫反应的任何蛋白质或非蛋白质(例如，碳水化合物或脂质)分子的任何亚基、片段或表位。“表位”意指被抗体或抗原受体识别的抗原序列。表位在本领域中也称为“抗原决定簇”。在某些实施方案中，表位是被抗体特异性结合的抗原区域。在某些实施方案中，表位可以包括分子的化学活性表面基团，诸如氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基。在某些实施方案中，表位可以具有特定的三维结构特征(例如，“构象”表位)和/或特定的电荷特征。抗原可以是病毒、细菌、寄生虫、真菌、原生动物、朊病毒、细胞或细胞外来源的蛋白质或肽，其在哺乳动物中引起免疫反应，优选导致保护性免疫。

如本文所用，术语“可检测标记”和“标记”是指可以产生可通过视觉或仪器方式检测的信号的部分。在一些实施方案中，标记是直接标记，例如，在其自然状态下肉眼或借助滤光片和/或施加的刺激(例如促进荧光的紫外光)容易看到的实体。例如，诸如染料溶胶、金属溶胶(例如金)和有色乳胶颗粒的微小的有色颗粒是非常合适的。在一些实施方案中，标记是间接标记，诸如酶，例如碱性磷酸酶和辣根过氧化物酶。间接标记通常需要添加一种或多种显影试剂(诸如底物)才可检测到可见信号。

如本文所用，词语“存在”或“不存在”(或者，替代地，“存在的”或“不存在的”)以相对意义使用以描述特定实体(例如，分析物)的量或水平。例如，当分析物被称为在测试样品中是“存在的”时，这意指此分析物的水平或量高于预定阈值；相反，当分析物被称为在测试样品中是“不存在的”时，这意指此分析物的水平或量低于预定阈值。预定阈值可以是与用于检测分析物的特定测试相关的可检测性的阈值或任何其他阈值。当样品中“检测到”分析物时，它在样品中是“存在的”；当“未检测到”分析物时，它在样品中是“不存在的”。此外，其中“检测到”分析物或其中分析物是“存在的”的样品是分析物“阳性”的样品。其中“未检测到”分析物或其中分析物是“不存在的”的样品是分析物“阴性”的样品。

如本文所用，术语“分析物”是指通过特异性结合配体、受体或酶(例如，抗体或抗原)来检测和/或测量的化合物或组合物。在一些实施方案中，分析物是蛋白质或核酸。在一些实施方案中，分析物是抗原。在一些实施方案中，分析物是抗原的片段。在一些实施方案中，分析物是分析物类似物或分析物衍生物(例如，通过化学或生物学方法改变的分析物)。在一些实施方案中，分析物是表位。在一些实施方案中，术语“分析物”是指来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质和/或核酸。在一些实施方案中，分析物是来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质和/或核酸的片段和/或表位。在一些实施方案中，分析物是SARS-CoV-2刺突蛋白(由UniProtKB登录号P0DTC2提供的“S”蛋白)或刺突蛋白受体结合结构域(参见例如Wrapp(2020)“Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation”Science367:1260-63；Walls(2020)“Structure,Function,and Antigenicity of the SARSCoV-2Spike Glycoprotein”Cell 180:1-12，所述文献各自以引用的方式并入本文)。在一些实施方案中，分析物是病毒转录和/或复制蛋白(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC1提供的复制酶多蛋白1a(R1a)或如由UniProtKB登录号P0DTD1提供的复制酶多蛋白1ab(R1ab)。在一些实施方案中，分析物是病毒出芽蛋白(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC3提供的蛋白3a或如由P0DTC4提供的包膜小膜蛋白(E))。在一些实施方案中，分析物是病毒形态发生蛋白(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC5提供的膜蛋白(M))。在一些实施方案中，分析物是非结构蛋白6(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC6提供)、蛋白7a(NS7A)(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC7提供)、蛋白7b(NS7B)(例如，如由UniProtKB登录号P0DTD8提供)、非结构蛋白8(NS8)(例如，如由UniProtKB登录号P0DTC8提供)或蛋白9b(例如，如由UniProtKB登录号P0DTD2提供)。在一些实施方案中，分析物是病毒基因组包装蛋白(例如核蛋白(例如N)，例如，如由UniProtKB登录号P0DTC9提供)。在一些实施方案中，分析物是未表征的蛋白质(例如，如由UniProtKB登录号P0DTD3或A0A663DJA2提供)。

如本文所用，“系统”是指为了共同目的一起操作的多个真实和/或抽象的组件。在一些实施方案中，“系统”是硬件和/或软件组件的集成组合体。在一些实施方案中，系统的每个组件与一个或多个其他组件相互作用和/或与一个或多个其他组件相关。在一些实施方案中，系统是指用于控制和指导方法的组件和软件的组合。

如本文所用，术语“样品”是指包含SARS-CoV-2或其一部分或组分，或可能包含SARS-CoV-2或其一部分或组分的任何样品。因此，术语“样品”是指待测试以得到分析物(例如SARS-CoV-2)或其一部分或组分的存在或量的材料。优选地，样品是流体样品，优选液体样品。例如，样品可以是体液，诸如血液(包括例如毛细血管血、静脉血、干血斑等)、血清、血浆、眼液、尿液、粘液、精液、鼻拭子液或鼻咽拭子液、咽拭子、眼泪、汗水或唾液。粘性液体、半固体或固体标本可以用于产生可为样品的液体溶液、洗脱液、悬浮液或提取液。例如，可以将咽拭子或生殖器拭子悬浮在液体溶液中以制备样品。

“医疗点装置”是指用于在医疗点或在其附近(即，实验室之外)、在患者护理的时间和地点(诸如在医院、医生办公室、紧急或其他医疗护理机构、患者家中、疗养院和/或长期护理和/或临终关怀机构)提供医疗诊断测试的装置。医疗点装置的实例包括由AbbottLaboratories(Abbott Park,IL)(例如，i-STAT和i-STAT Alinity，Universal Biosensors(Rowville，Australia)(参见US2006/0134713)、Axis-Shield PoC AS(Oslo，Norway)和Clinical Lab Products(Los Angeles，USA)生产的那些。

如本文所用的测定的“敏感性”是指结果为阳性的受试者被正确鉴定为阳性(例如，正确鉴定那些患有他们正在接受测试的疾病或医学病状的受试者)的比例。例如，这可以包括从未感染或尚未感染冠状病毒(诸如β冠状病毒)的受试者中正确鉴定出感染了冠状病毒(诸如β冠状病毒)的受试者。在一些方面，可以通过评价测定的信噪(S/N)比的变化来确定测定的敏感性。例如，在一些方面，S/N比的增加可能表明针对特定分析物(例如SARS-CoV-2核衣壳蛋白)的测定敏感性提高。

如本文所用的测定的“特异性”是指结果为阴性的受试者被正确鉴定为阴性(例如，正确鉴定那些不患有他们正在接受测试的疾病或医学病状的受试者)的比例。例如，这可以包括从尚未感染冠状病毒(诸如β冠状病毒)的受试者中正确鉴定出感染了冠状病毒(诸如β冠状病毒)的受试者。

除非本文另有定义，否则与本公开结合使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。术语的含义和范围应明确；如果存在任何潜在的歧义，本文提供的定义优先于任何字典或外部定义。此外，除非上下文另有要求，否则单数术语应包括复数并且复数术语应包括单数。

尽管与本文所述的那些方法和材料类似或等效的方法和材料可用于本公开的实践或测试中，但下文描述了优选的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献以引用的方式整体并入。本文公开的材料、方法和实例仅是说明性的并且不旨在限制。

1.抗体

根据所公开的方法，使样品与特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段的第一抗体或其抗原结合片段(例如，Fab)和特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段的第二抗体或其抗原结合片段(例如，Fab)接触。第一抗体或其抗原结合片段和第二抗体或其抗原结合片段识别来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段的不同表位。在一些实施方案中，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质是病毒基因组包装蛋白(例如，核衣壳(N)蛋白，例如，如由UniProtKB登录号P0DTC9提供)。

第一抗体或其抗原结合片段包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:1具有至少70％(例如75％、80％、85％、90％、95％、98％)同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:2具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:3具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，以及(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:4具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:5具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:6具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。

或者，第一抗体或其抗原结合片段可以包含分别与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和/或SEQ ID NO:3具有至少90％同一性的重链可变区CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列，和/或分别与SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和/或SEQ ID NO:6具有至少90％同一性的轻链可变区CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。

在一个实施方案中，(i)重链可变区CDR1、CDR2和/或CDR3氨基酸序列中的每一个分别包含SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和/或SEQ ID NO:3、基本上由其组成或由其组成，并且(ii)轻链可变区CDR1、CDR2和/或CDR3氨基酸序列中的每一个分别包含SEQ ID NO:4、SEQID NO:5和/或SEQ ID NO:6、基本上由其组成或由其组成。当所公开抗体的重链和/或轻链CDR1、CDR2和CDR3基本上由上述氨基酸序列组成时，CDR中可以包括不实质性影响抗体或其抗原结合片段的额外组分(例如，促进纯化或分离的蛋白质部分，诸如生物素)。当所公开抗体的重链和/或轻链CDR1、CDR2和CDR3由上述氨基酸序列组成时，每个CDR不包含任何额外组分(例如，对CDR而言不是内源性的组分)。

在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含：重链可变区(V

在其他实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段可以包含与SEQ ID NO:7具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:8具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

在一些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段包含：重链可变区(V

在其他实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段可以包含与SEQ ID NO:17具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:18具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

第二抗体或其抗原结合片段包含：(i)重链可变区，其包含与SEQ ID NO:9具有至少70％(例如75％、80％、85％、90％、95％、98％)同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:10具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:11具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列，和(ii)轻链可变区，其包含与SEQ ID NO:12具有至少70％同一性的CDR1氨基酸序列、与SEQ ID NO:13具有至少70％同一性的CDR2氨基酸序列和与SEQ ID NO:14具有至少70％同一性的CDR3氨基酸序列。

或者，第二抗体或其抗原结合片段可以包含分别与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和/或SEQ ID NO:11具有至少90％同一性的重链可变区CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列，和/或分别与SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13和/或SEQ ID NO:14具有至少90％同一性的轻链可变区CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。

在一个实施方案中，(i)重链可变区CDR1、CDR2和/或CDR3氨基酸序列中的每一个分别包含SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和/或SEQ ID NO:11、基本上由其组成或由其组成，并且(ii)轻链可变区CDR1、CDR2和/或CDR3氨基酸序列中的每一个分别包含SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13和/或SEQ ID NO:14、基本上由其组成或由其组成。当所公开抗体的重链和/或轻链CDR1、CDR2和CDR3基本上由上述氨基酸序列组成时，CDR中可以包括不实质性影响抗体或其抗原结合片段的额外组分(例如，促进纯化或分离的蛋白质部分，诸如生物素)。当所公开抗体的重链和/或轻链CDR1、CDR2和CDR3由上述氨基酸序列组成时，每个CDR不包含任何额外组分(例如，对CDR而言不是内源性的组分)。

在一些实施方案中，第二抗体或其抗原结合片段包含：重链可变区(V

在其他实施方案中，第二抗体或其抗原结合片段可以包含与SEQ ID NO:15具有至少70％同一性的重链可变区氨基酸序列和与SEQ ID NO:16具有至少70％同一性的轻链可变区氨基酸序列。

如本文所述，核酸或氨基酸序列“同一性”可以通过将感兴趣的核酸或氨基酸序列与参考核酸或氨基酸序列进行比较来确定。同一性百分比是感兴趣的序列与参考序列之间相同(例如，同一)的核苷酸或氨基酸残基数除以最长序列的长度(例如，感兴趣的序列或参考序列的长度，以较长者为准)。许多用于获得最佳比对和计算两个或更多个序列之间的同一性的数学算法是已知的，并且被并入许多可用的软件程序中。此类程序的实例包括CLUSTAL-W、T-Coffee和ALIGN(用于核酸和氨基酸序列的比对)、BLAST程序(例如BLAST2.1、BL2SEQ及其更新版本)和FASTA程序(例如，FASTA3x、FAS

上文提及的抗体或其抗原片段的一个或多个氨基酸可以被不同的氨基酸替换或取代。氨基酸“替换”或“取代”是指给定位置或残基处的一个氨基酸被多肽序列内的相同位置或残基处的另一个氨基酸替换。

此外，可以将一个或多个氨基酸插入到抗体或其抗原结合片段中(例如，插入到重链和/或轻链可变区氨基酸序列中)。可以将任何数量的任何合适的氨基酸插入到抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列中。在这方面，可以将至少一个氨基酸(例如，2个或更多个、5个或更多个、或者10个或更多个氨基酸)，但不多于20个氨基酸(例如，18个或更少、15个或更少、或者12个或更少的氨基酸)插入到抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列中。例如，可以将1-10个氨基酸(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸)插入到抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列中。在这方面，可以在任何合适的位置将氨基酸插入到抗体或其抗原结合片段中。优选地，将氨基酸插入到抗体或其抗原结合片段的CDR(例如，CDR1、CDR2或CDR3)中。

本发明方法中采用的抗体或其抗原结合片段不限于包含本文所述的特定氨基酸序列的多肽。实际上，抗体或其抗原结合片段可包含与本发明的抗体或其抗原结合片段竞争结合替诺福韦(tenofovir)或替诺福韦衍生物的任何重链多肽或轻链多肽。可以使用常规肽竞争测定来测定抗体竞争，所述测定例如像ELISA、蛋白质印迹或免疫组织化学方法(参见例如，美国专利4,828,981和8,568,992；和Braitbard等人,Proteome Sci.,4:12(2006))。

抗体可以通过本领域已知的许多技术中的任一种来产生。例如，由宿主细胞表达，其中通过标准技术将编码重链和轻链的表达载体转染到宿主细胞中。术语“转染”的各种形式旨在涵盖通常用于将外源DNA引入原核或真核宿主细胞的多种技术，例如电穿孔、磷酸钙沉淀、DEAE-葡聚糖转染等。尽管可以在原核或真核宿主细胞中表达抗体，但优选在真核细胞中表达抗体，并且最优选在哺乳动物宿主细胞中表达抗体，因为此类真核细胞(特别是哺乳动物细胞)比原核细胞更有可能组装和分泌正确折叠且具有免疫活性的抗体。

用于表达重组抗体的示例性哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢(CHO细胞)(包括dhfr-CHO细胞，其描述于Urlaub和Chas in,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,77:4216-4220(1980)，与DHFR可选择标志物一起使用，例如，如Kaufman和Sharp,J.Mol.Biol.,159:601-621(1982)中所述)、NS0骨髓瘤细胞、COS细胞和SP2细胞。当将编码抗体基因的重组表达载体引入哺乳动物宿主细胞后，通过将宿主细胞培养一段时间来产生抗体，所述时间足以允许抗体在宿主细胞中表达，或更优选地，抗体分泌到宿主细胞生长的培养基中。可以使用标准蛋白质纯化方法从培养基中回收抗体。在一些方面，可以使用本领域已知的常规技术在CHO和/或HEK细胞中纯化抗体。

宿主细胞还可以用于产生功能性抗体片段，诸如Fab片段或scFv分子。应当理解，可以执行上述程序的变体。例如，可能期望用编码抗体轻链和/或重链的功能性片段的DNA转染宿主细胞。重组DNA技术还可以用于去除编码轻链和重链中的一者或两者的DNA中的一些或全部，所述轻链和重链中的一者或两者对于结合感兴趣的抗原不是必需的。由此类截短的DNA分子表达的分子也涵盖在抗体内。

在用于重组表达抗体或其抗原结合部分的优选系统中，通过磷酸钙介导的转染将编码抗体重链和抗体轻链两者的重组表达载体引入dhfr-CHO细胞。在重组表达载体内，抗体重链和轻链基因各自与CMV增强子/AdMLP启动子调节元件可操作地连接，以驱动基因的高水平转录。重组表达载体还携带DHFR基因，所述DHFR基因允许使用甲氨蝶呤选择/扩增来选择已经用所述载体转染的CHO细胞。培养选定的转化体宿主细胞以允许表达抗体重链和轻链，并且从培养基中回收完整抗体。使用标准分子生物学技术来制备重组表达载体，转染宿主细胞，选择转化体，培养宿主细胞，以及从培养基中回收抗体。更进一步地，本公开提供了一种通过在合适的培养基中培养宿主细胞直至合成重组抗体来合成重组抗体的方法。所述方法还可以包括从培养基中分离重组抗体。

人源化抗体可以是抗体或其变体、衍生物、类似物或者其片段或部分，其特异性结合感兴趣的抗原，并且其包含基本上具有人抗体的氨基酸序列的框架(FR)区和基本上具有非人抗体的氨基酸序列的互补决定区(CDR)。人源化抗体可以来自结合期望抗原的非人物种抗体，所述抗体具有一个或多个来自非人物种的互补决定区(CDR)和来自人免疫球蛋白分子的框架区。

如本文所用，在CDR的上下文中，术语“基本上”是指具有与非人抗体CDR的氨基酸序列具有至少90％、至少95％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列的CDR。人源化抗体包含基本上全部的或至少一个并且通常两个可变结构域(Fab、Fab'、F(ab')

人源化抗体可以选自任何类别的免疫球蛋白，包括IgM、IgG、IgD、IgA和IgE，以及任何同种型，包括但不限于IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。人源化抗体可以包含来自多于一类或同种型的序列，并且可以使用本领域众所周知的技术选择特定的恒定结构域以优化期望的效应子功能。

人源化抗体的框架(FR)和CDR区不需要与亲本序列精确对应，例如，供体抗体CDR或共有框架可以通过至少一个氨基酸残基的取代、插入和/或缺失进行诱变，使得该位点处的CDR或框架残基与供体抗体或共有框架不对应。然而，在一个实施方案中，此类突变将不是广泛的。通常，至少90％、至少95％、至少98％或至少99％的人源化抗体残基将对应于亲本FR和CDR序列的残基。如本文所用，术语“共有框架”是指共有免疫球蛋白序列中的框架区。如本文所用，术语“共有免疫球蛋白序列”是指由相关免疫球蛋白序列家族中出现频率最高的氨基酸(或核苷酸)形成的序列(参见例如Winnaker,From Genes to Clones(Verlagsgesel lschaft,Weinheim,Germany 1987))。在免疫球蛋白家族中，共有序列中的每个位置都被家族中该位置出现频率最高的氨基酸占据。如果两个氨基酸出现的频率相同，则任何一个都可以包括在共有序列中。

人源化抗体可以被设计以最大限度地减少对啮齿类动物抗人抗体的不需要的免疫反应，所述免疫反应限制了那些部分在人接受者中的治疗应用的持续时间和有效性。人源化抗体可以具有从非人来源引入到人源化抗体中的一个或多个氨基酸残基。这些非人残基通常被称为“输入”残基，它们通常取自可变结构域。可以通过用高变区序列取代人抗体的对应序列来执行人源化。因此，此类“人源化”抗体是嵌合抗体，其中显著小于完整的人可变结构域已被来自非人物种的对应序列取代。例如，参见美国专利号4,816,567，其内容以引用方式并入本文。人源化抗体可以是人抗体，其中一些高变区残基和可能的一些FR残基被来自啮齿动物抗体中类似位点的残基取代。本公开的抗体的人源化或工程改造可以使用任何已知方法执行，诸如但不限于美国专利号5,723,323；5,976,862；5,824,514；5,817,483；5,814,476；5,763,192；5,723,323；5,766,886；5,714,352；6,204,023；6,180,370；5,693,762；5,530,101；5,585,089；5,225,539；和4,816,567中所述的那些。

人源化抗体可以保留对SARS-CoV-2抗原的高亲和力和其他有利的生物学性质。人源化抗体可以通过使用亲本和人源化序列的三维模型分析亲本序列和各种概念性人源化产物的过程来制备。三维免疫球蛋白模型是普遍可用的。说明和显示选定的候选免疫球蛋白序列的可能的三维构象结构的计算机程序是可用的。检查这些显示允许分析残基在候选免疫球蛋白序列的功能中的可能作用，例如，分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。通过这种方式，可以从受体和输入序列中选择和组合框架残基，使得实现期望的抗体特征，诸如针对SARS-CoV-2的增加的亲和力。一般来讲，高变区残基可以直接且最实质性地参与影响抗原结合。

作为人源化的替代方案，可以生成人抗体(在本文中也称为“完全人抗体”)。例如，可以经由PROfus ion和/或酵母相关技术从库中分离人抗体。还可以产生转基因动物(例如小鼠，其在免疫后能够在不存在内源免疫球蛋白产生的情况下产生完整的人抗体库。例如，嵌合和种系突变小鼠中抗体重链连接区(J

2.方法

所公开的方法包括在允许来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位(如果存在于样品中的话)与第一抗体或其抗原结合片段结合以形成第一复合物的条件下，将获自受试者的样品与第一抗体或其抗原结合片段接触，所述第一抗体或其抗原结合片段包含可检测标记，并且特异性结合如本文所述的来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位。在一些实施方案中，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质是病毒基因组包装蛋白(例如，核衣壳(N)蛋白，例如，如由UniProtKB登录号P0DTC9提供)。

在与第一抗体或其抗体结合片段接触之前，样品可以经历一个或多个处理步骤。在一些实施方案中，此类处理步骤包括添加一种或多种防腐剂或稳定剂以方便样品的储存或样品从收集位置到测试位置的运输。在一些实施方案中，此类处理步骤包括纯化步骤(例如，使用过滤器、离心等)，所述纯化步骤从样品中去除一种或多种组分以富集感兴趣的分析物的样品。

可以使用本领域已知的任何合适的方法使第一抗体或其抗原结合片段与样品接触。如本文所用，术语“接触”是指任何类型的组合作用，其使抗体，特别是固定在固体支持物上的抗体，与样品中感兴趣的分析物(例如，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质)足够接近，使得如果样品中存在针对抗体具有特异性的感兴趣的分析物，则发生结合相互作用。可以多种不同的方式实现接触，所述不同的方式包括将样品与抗体或其抗原结合片段直接组合，或者通过引入固体支持物，使其与样品靠的很近，而将样品暴露于包含抗体或其抗原结合片段的固体支持物。接触可以根据需要重复多次或持续必需的一定量的时间，使得发生结合相互作用。

本文所述的方法期望地使用免疫测定进行。如本文所用，术语“免疫测定”是指通过使用抗体或抗原来测量溶液中大分子或小分子的存在或浓度的生化测试。可以使用任何合适的免疫测定，并且多种免疫测定类型、配置和形式是本领域已知的并且在本公开的范围内。合适类型的免疫测定包括但不限于酶联免疫吸附测定(ELISA)、侧流测定、竞争性抑制免疫测定(例如，正向和反向)、放射免疫测定(RIA)、荧光免疫测定(FIA)、化学发光免疫测定(CLIA)、计数免疫测定(CIA)、酶倍增免疫测定技术(EMIT)、一步抗体检测测定、均质测定、异质测定、飞行中捕获测定(capture on the fly assay)、单分子检测测定等。此类方法公开于例如美国专利6,143,576；6,113,855；6,019,944；5,985,579；5,947,124；5,939,272；5,922,615；5,885,527；5,851,776；5,824,799；5,679,526；5,525,524；5,480,792；11,022,598；国际专利申请公开WO 2016/161400；和Adamczyk等人,Anal.Chim.Acta,579(1):61-67(2006)中。

免疫测定形式可以是“直接”或“间接”“夹心”。夹心形式涉及使用捕获和检测抗原来固定和检测样品中的抗原。具体地，固体支持物(例如，ELISA板、珠等)的表面涂覆有捕获抗体或其抗原结合片段，所述捕获抗体结合并固定施加于其中的样品中存在的靶抗原。然后将检测抗体添加至复合物中或使其接触复合物。检测抗体可以直接用抗体标记(“直接夹心免疫测定”)以允许检测和量化抗原。或者，如果检测抗体是未标记的，则可以使用第二酶缀合的检测抗体(“间接夹心测定”)。

因此，所公开的方法还可以包括使样品与包含第二抗体的缀合物接触，其中第二抗体或其抗原结合片段(缀合物的一部分)特异性结合靶抗原(例如，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位)，这导致缀合物与捕获的分析物的键联以及免疫夹心(在本文中也称为“免疫夹心复合物”)的形成。应当理解，在夹心免疫测定形式中，第一抗体和第二抗体识别靶分析物/抗原上的两个不同的非重叠表位。

在某些实施方案中，第一抗体或其抗原结合片段可以附接至固体支持物或固定在固体支持物上。术语“固相”和“固体支持物”在本文中可互换使用，并且是指可以用于附接和/或吸引和固定一种或多种抗体的任何材料。本领域已知的任何固体支持物都可以用于本文所述的方法。合适的固体支持物的实例包括电极、试管、珠子、微粒、纳米粒子、微孔板或多孔板的孔、凝胶、胶体、生物细胞、片材、条和芯片。

在一个实施方案中，固体支持物期望地包含固定在其表面上的多个(例如，2个或更多个、50个或更多个、100个或更多个、1,000个或更多个、或者5,000个或更多个)抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段与来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位结合。如本文所用，术语“固定”是指结合成员与固体支持物表面的稳定缔合。如本文所讨论，固体支持物与样品之间孵育足够时间后，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位(如果存在于样品中的话)期望地经由固定的抗体在固体支持物的表面上被捕获。

抗体或抗体片段可以经由键联附接至固体支持物，所述键联可以包括促进抗体附接至支持物的支持物和/或抗体的任何部分、功能化或修饰。抗体与支持物之间的键联可以包括一个或多个化学或物理键(例如，经由范德华力的非特异性附接、氢键、静电相互作用、疏水/亲水相互作用等)和/或提供此类键的化学间隔物。可以使用任何数量的技术将抗体附接至多种固体支持物(参见例如美国专利5,620,850；和Hel ler,Acc.Chem.Res.,23:128(1990))。

在一些实施方案中，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位与第一或第二抗体或抗体片段之间的结合亲和力应当足以在测定条件下保持结合，所述测定条件包括去除非特异性结合的分子或粒子的洗涤步骤。期望地将接触(例如，孵育)维持足够长的时间，以允许来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位与第一或第二抗体或抗体片段之间发生结合相互作用。此外，孵育可以在促进特异性结合相互作用的结合缓冲液中进行，例如像白蛋白(例如，BSA)、非离子洗涤剂(Tween-20、Triton X-100)和/或蛋白酶抑制剂(例如，PMSF)。第一或第二抗体或抗体片段的结合亲和力和/或特异性可以通过改变结合缓冲液在测定中操纵或改变。

任何未结合的抗体、抗体片段或缀合物组分可以通过任何合适的方式从免疫夹心中分离，所述方式例如像液滴驱动、电泳、电润湿、介电泳、静电驱动、电场介导、电极介导、毛细管力、色谱法、离心法、抽吸法或基于表面声波(SAW)的洗涤方法。

所述方法还包括评估来自与第二抗体缀合的可检测标记的信号的存在，其中来自可检测标记的信号的存在表明样品中存在来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位。

合适的可检测标记包括各种酶、辅基、荧光材料、发光材料和放射性材料(参见例如Zola,Monoclonal Antibodies:A Manual of Techniques,CRC Press,Inc.(1987))。例如，可检测标记可以是放射性同位素(例如

应当理解，上述抗原捕获和免疫夹心形成方法的不同构象在本公开的范围内。事实上，上述固体支持物、缀合物和可检测标记的各种组分可以以任何合适的组合、构象或形式排列或利用。例如，所公开的方法可以以一步、延迟一步或两步形式执行，其中样品与第一抗体一起孵育然后与第二抗体一起孵育，反之亦然。测定试剂(例如，微粒、缀合物、荧光团等)可以视情况预先混合或按顺序添加。

在一个实施方案中，使用侧流测定。侧流测定提供了使用抗原-抗体相互作用(例如，使用免疫色谱法)在短时间内定性检测和/或定量测量分析物的技术。这些测试通常使用测定测试条形式的测定装置或其中测定条安装在塑料盒内的装置。参见例如国际专利申请公开号WO2011102563A1；美国专利号8,828,739，所述专利各自以引用的方式并入本文。

侧流测定通常在包括以下的装置中提供：侧流测试条(例如，硝化纤维素或滤纸)、样品施加区域(例如，样品垫)、测试结果区域(例如，测试线)、任选的对照结果区域(例如，对照线)，以及与可检测标记(例如，有色颗粒或酶检测系统)结合的分析物特异性结合试剂。参见例如美国专利号6,485,982；6,187,598；5,622,871；6,565,808；6,809,687；和10,717,082，所述专利各自以引用的方式并入本文。在一些实施方案中，技术涉及包括试剂浸渍测试条以提供特异性结合测定(例如免疫测定)的测试装置。

在一些实施方案中，本公开涉及这样一种侧流装置，其适合在家庭、诊所或医院中使用，并且旨在以最小程度的技能和用户参与快速给出分析结果。在一些实施方案中，本文所述的装置的使用涉及用户执行一系列操作以提供可观察的测试结果的方法。

在一些所述法中，侧流装置包括：第一抗体，其特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段；和第二抗体，其特异性结合来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段。上文提供的抗体的描述与本文所述的侧流装置相关。在一些实施方案中，装置的测试线包括第一抗体。在一些实施方案中，样品垫包括第二抗体。

在一些实施方案中，将样品施加到测试条的一部分并且允许渗透通过条带材料，通常借助于洗脱溶剂(诸如水)和/或合适的提取缓冲液(例如，任选地包含洗涤剂)。这样做时，样品进入或通过测试条中的检测区，其中固定了怀疑在样品中存在的分析物(例如，来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或者其片段或表位)的特异性结合试剂(例如，抗体)。样品中存在的分析物因此可以在检测区内结合。分析物结合在该区域中的程度可以借助标记的试剂来确定，所述标记的试剂也可以随后掺入到测试条中或施加到测试条上。

在一些实施方案中，分析型测试装置包括由不透湿的固体材料构建的中空外壳，所述外壳含有干燥的多孔载体，所述多孔载体直接或间接地与外壳的外部连通，使得可以将液体测试样品施加到多孔载体。在一些实施方案中，装置还包括用于分析物的标记的特异性结合试剂，并且当处于潮湿状态时，所述标记的特异性结合试剂在多孔载体内自由移动。在一些实施方案中，装置包括用于相同分析物的未标记的特异性结合试剂，并且所述未标记的试剂永久固定在载体材料上的检测区中，因此在潮湿状态下不移动。标记的试剂和检测区的相对定位使得施加到装置的液体样品可以获得标记的试剂并随后渗透到检测区中，并且装置提供标记的试剂进入待观察检测区的程度(如果存在的话)。

在一些实施方案中，装置包括多孔固相材料，其在第一区域中携带标记的试剂，当多孔材料处于干燥状态时，所述标记的试剂保留在第一区域中，但当多孔材料潮湿时(例如通过施加怀疑含有分析物的含水液体样品)，所述标记的试剂自由迁移通过多孔材料。在一些实施方案中，多孔材料在空间上不同于第一区的第二区中包括未标记的特异性结合试剂，所述试剂针对分析物具有特异性，并且能够与标记的试剂一起参与“夹心”或“竞争”反应。未标记的特异性结合试剂牢固地固定在多孔材料上，使得当多孔材料处于潮湿状态时，未标记的特异性结合试剂不自由迁移。

在一些实施方案中，使如本文所述的装置与怀疑含有分析物的含水液体样品接触，使得样品通过毛细管作用渗透通过多孔固相材料，经由第一区进入第二区，并且标记的试剂随之从第一区迁移到第二区，样品中分析物的存在通过观察标记的试剂在第二区中结合的程度(如果有的话)来确定。

在一些实施方案中，标记的试剂是分析物的特异性结合配偶体。标记的试剂、分析物(如果存在)和固定的未标记特异性结合试剂在“夹心”反应中协同作用。如果样品中存在分析物，那么这会导致标记的试剂在第二区中结合。在夹心形式中，两种结合试剂对分析物上的不同表位具有特异性。在一些实施方案中，第一抗体是固定的。在一些实施方案中，第二抗体包含可检测标记。

在一些实施方案中，测试条(例如，载体材料)包含硝化纤维素。这比一些其他条带材料(诸如纸)具有相当大的优势，因为它具有无需事先敏化即可结合蛋白质的天然能力。可以将特异性结合试剂，诸如免疫球蛋白，直接施加于硝化纤维素并固定在其上。不需要可能干扰试剂的基本特异性结合活性的化学处理。随后可以使用简单的材料(诸如聚乙烯醇)封闭硝化纤维素上未使用的结合位点。此外，可容易获得各种孔径的硝化纤维素，并且这有助于选择特别适合要求(诸如样品流速)的载体材料。

在一些实施方案中，多孔固相材料与多孔接收构件连接，可以将液体样品施加到所述多孔接收构件并且样品可以从所述多孔接收构件渗透到多孔固相材料中。在一些实施方案中，多孔固相材料包含在不透湿的外壳(cas ing)或壳(hous ing)内，并且与多孔固相材料连接的多孔接收构件延伸出壳并且可以用作允许液体样品进入壳并且渗透多孔固相材料的装置。所述壳应当设置有能够从壳外部观察到多孔固相材料(携带固化的未标记特异性结合试剂)的第二区，使得可以观察到测定结果的装置(例如，适当放置的孔)。如果期望，所述壳还可以设置有其他装置，所述装置使得能够从壳外部观察到多孔固相材料的另一个区域，并且所述另一个区域掺入使得能够给出关于测定程序是否已完成的指示的对照试剂。在一些实施方案中，所述壳设置有可移除的帽或护罩，其可以在使用之前的储存期间保护突出的多孔接收构件。如果期望，可以在样品施加之后将帽或护罩重新放置到突出的多孔接收构件上，同时执行测定程序。任选地，标记的试剂可以掺入到装置内的其他地方，例如吸水性样品收集构件中，但这不是优选的。

在一些实施方案中，装置被设置为适合在医院、诊所或家庭中使用的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包括多个(例如，两个)装置，其单独包裹在不透湿的包装中，并且与对用户的适当说明书一起包装。

在一些实施方案中，装置包括任选的“对照区”。如果存在，所述“对照”区可以设计为向用户传达设备已工作的无关信号。例如，对照区可以加载抗体(例如，山羊抗兔IgG)以确认样品已渗透测试条，所述抗体将与来自第一区的标记的抗体(例如，标记的兔IgG)结合。在一些实施方案中，第一区包括与分析物无关并且在对照区特异性捕获的抗原和/或抗体。在一些实施方案中，对照区可以含有当被润湿时产生颜色变化或颜色形成的无水试剂，例如当被含水样品润湿时将变成蓝色的无水硫酸铜。作为另一个替代方案，对照区可以含有与来自第一区的过量的标记试剂反应的固定的分析物。由于对照区的目的是向用户指示测试已经完成，因此对照区应当位于记录期望测试结果的第二区的下游。因此，阳性对照指示物告诉用户样品已经渗透了通过测试设备的所需距离。

理想情况下，测定的结果应该可以通过眼睛辨别，并且为了促进这一点，直接标记有必要集中在检测区。在一些实施方案中，可检测标记是直接标记，例如，在其自然状态下肉眼或借助滤光片和/或施加的刺激(例如促进荧光的紫外光)容易看到的实体。例如，诸如染料溶胶、金属溶胶(例如金)和有色乳胶颗粒的微小的有色颗粒是非常合适的。将标记集中到小区域或体积(例如，测试线)中会产生易于检测的信号，例如，强烈着色的区域。如果期望，这可以通过眼睛或通过仪器评价。

在一些实施方案中，所述技术包括使用间接标记。可以使用间接标记，诸如酶，例如碱性磷酸酶和辣根过氧化物酶，但这些通常需要添加一种或多种显影剂(诸如底物)才能检测到可见信号。此类额外的试剂可以掺入到多孔固相材料或样品接收构件(如果存在)中，使得它们溶解或分散在含水液体样品中。或者，可以在与多孔材料接触之前将显影剂添加到样品中，或者可以在发生结合反应之后使多孔材料暴露于显影剂。

在一些实施方案中，使样品流持续超过检测区并且将足够的样品施加到多孔材料以使得这可能发生，并且来自第一区的不参与第二区中的任何结合反应的任何过量的标记的试剂被这种持续流冲离检测区。如果期望，可以在载体材料的远端设置吸收性“槽”。吸收槽可以由例如Whatman 3MM层析纸组成，并且应当提供足够的吸收能力以允许任何未结合的缀合物从检测区洗掉。作为这种槽的替代方案，具有延伸超过检测区的一定长度的多孔固相材料就足够了。

在一些实施方案中，载体材料处于条带或片材的形式，在空间上不同的区域中将试剂施加到载体材料上，并且允许液体样品渗透通过片材或条带，从一侧或一端到另一侧或另一端。

在一些实施方案中，包含多孔固相的材料是硝化纤维素。这样做的优点是第二区中的抗体无需事先化学处理即可牢固地固定。例如，如果多孔固相材料包括纸，则需要使用例如CNBr、羰基二咪唑或三苯酚氯通过化学偶联来执行第二区中的抗体固定。

在将抗体施加到检测区之后，对多孔固相材料的剩余部分进行处理以封闭别处任何剩余的结合位点。例如，可以通过用蛋白质(例如，牛血清白蛋白或乳蛋白)或用聚乙烯醇或乙醇胺或这些试剂的任何组合处理来实现封闭。然后可以将用于第一区的标记的试剂分配到干燥载体上并且所述标记的试剂当处于潮湿状态时将在载体中移动。在这些不同的处理步骤(敏化、施加未标记的试剂、封闭和施加标记的试剂)中的每一个之间，将多孔固相材料干燥。

所公开的方法可以包括质量对照组分。在本文所述的免疫测定和试剂盒的上下文中的“质量对照组分”包括但不限于校准物、对照和敏感性组。可以使用“校准物”或“标准品”(例如，一个或多个，诸如多个)以便建立分析物(诸如抗原)浓度的内插校准(标准)曲线。或者，可以使用接近参考水平或对照水平(例如，“低”、“中”或“高”水平)的单个校准物。可以结合使用多种校准物(例如，多于一种校准物或不同量的校准物)以构成“敏感性组”。校准物任选地是一系列校准物的一部分，其中每种校准物都与所述系列中的其他校准物不同，例如像浓度或检测方法(例如，比色或荧光检测)不同。

除了SARS-CoV-2之外，所公开的方法还可以包括检测一种或多种病原体或其抗原。病原体可以是引起感兴趣的感染性疾病，或者可以引起需要鉴别诊断以进行适当治疗的疾病症状的任何感染性生物体。感兴趣的感染性生物体包括细菌(包括但不限于埃希氏菌属(Escherichia)物种、链球菌属(Streptococcus)物种、嗜血杆菌属(Haemophi lus)物种、葡萄球菌属(Staphylococcus)物种和奈瑟菌属(Neisseria)物种)、病毒(包括但不限于腺病毒、肠病毒、艾柯病毒(Echovirus)、人疱疹病毒、腮腺炎病毒(Mumps virus Ag)、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)、其他人冠状病毒、鼻病毒、人偏肺病毒)或真核病原体(包括真菌和原生动物)。在一些实施方案中，所述方法还包括检测流感病毒、鼻病毒、RSV和/或腺病毒。

其他病原体的检测可以使用与用于检测SARS-CoV-2抗原的方法类型相同的方法，例如，如上所述的免疫测定。或者，其他病原体的检测可以使用检测的非免疫测定，包括但不限于核酸检测(例如，微阵列)、核酸扩增(例如，RT-PCR)和/或测序(例如，下一代测序)、免疫荧光测定、血清学测定和基于细胞培养的检测。

其他病原体的检测可以在检测SARS-Cov-2抗原的同时、之前或之后进行。例如，如果检测其他病原体的方法是相同类型的免疫测定，那么样品可以与其他病原体的检测试剂一起孵育，同时与用于检测SARS-Cov-2抗原的试剂一起孵育(例如，侧流测定中用于多个测试条的单个样品垫)。

3.试剂盒和仪器

本文还提供了用于执行上述方法的试剂盒。包括在试剂盒中的说明书可以贴在包装材料上，或者可以作为包装插页包括在内。说明书可以是书面材料或印刷材料，但不限于此。本公开考虑了能够存储此类说明书并且将其传达至终端用户的任何媒介。此类媒介包括但不限于电子存储媒介(例如，磁盘、磁带、盒式磁带、芯片)、光学媒介(例如，CD ROM)等。如本文所用，术语“说明书”可以包括提供说明书的互联网站点的网址。

试剂盒可以包括如本文所述的侧流装置。在一些实施方案中，侧流装置在密封包装中(例如，包裹在不透湿的包装中)。侧流装置可以是一次性的。在一些实施方案中，装置被设置为适合在医院、诊所或家庭中使用的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包括多个(例如，两个)装置，其单独包裹在不透湿的包装中，并且与对用户的适当说明书一起包装。

试剂盒可以包括样品容器。样品容器可以是吸收池。样品架可以是包括微流体模块的筒。样品架可以是ELISA板。样品容器可以包括一种或多种可用于实施本文公开的方法的试剂(例如，结合缓冲液和抗体)。样品架还可以包括从用户的角度来看可能期望的其他材料，诸如缓冲液、稀释剂、标准品(例如校准物和对照)和/或可用于样品处理、洗涤或进行测定的任何其他步骤的任何其他材料。

试剂盒还可以包括用于检测样品中来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段的参考标准品。参考标准品可以用于建立来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段浓度的内插和/或外推标准曲线。试剂盒可以包括浓度水平不同的参考标准品。例如，试剂盒可以包括一种或多种具有高浓度水平、中等浓度水平或低浓度水平的参考标准品。就参考标准品的浓度范围而言，这可以根据测定进行优化。

试剂盒还可以包括质量对照组分(例如，敏感性组、校准物和阳性对照)。质量对照试剂的制备是本领域众所周知的，并且在多种免疫诊断产品的插页上有所描述。敏感性组成员任选地用于建立测定性能特征，并且是试剂盒试剂完整性和测定标准化的有用指标。

试剂盒还可以任选地包括检测样品中的额外病原体所需的其他试剂，以及其任何参考标准品或质量对照组分。

试剂盒还可以任选地包括进行测定或促进质量对照评价所需的其他试剂，诸如缓冲液、盐、酶、酶辅助因子、底物、检测试剂等。其他组分，诸如用于测试样品的分离和/或处理的缓冲液和溶液(例如，预处理试剂或提取缓冲液)也可以包括在试剂盒中。试剂盒可以额外包括一种或多种其他对照。可以将试剂盒的组分中的一种或多种冻干，在这种情况下，试剂盒还可以包含适合于复溶冻干组分的试剂。组分中的一种或多种可以是液体形式的。

试剂盒的各种组分根据需要任选地提供在合适的容器中。试剂盒还可以包括用于容纳或存储样品的容器(例如，用于样品的容器或筒)。在适当的情况下，试剂盒可以任选地含有反应容器、混合容器和有助于制备试剂或测试样品的其他部件。试剂盒还可以包括一个或多个用于帮助获得测试样品的样品收集/采集仪器(例如，用于获得、存储或吸取组织样品的微量取样装置、微针或其他微创无痛采血方法；血液收集管；柳叶刀；毛细血管采血管；其他单指尖穿刺采血方法；口腔拭子、鼻/咽拭子；16号或其他尺寸的针头、手术刀或激光(例如，特别是手持式的)、注射器、无菌容器或插管)。

如本文所述的概念、试剂盒和方法可以在任何系统或仪器上实施，包括用于进行免疫测定的任何手动、自动或半自动系统。在某些实施方案中，本文所述的测定、试剂盒和试剂盒组分可以在医院、家庭或诊所中实施。

在某些实施方案中，本文所述的测定、试剂盒和试剂盒组分可以在高通量免疫测定实验室系统上实施，例如像，在Abbott

在某些实施方案中，本文所述的测定、试剂盒和试剂盒组分可以在电化学或其他手持式或医疗点测定系统上实施，例如像，在执行夹心测定和Axi s-Shield POC AS的Abbott Point of Care

4.实施例

实施例1

侧流测定

提供了使用夹心型测定、用于检测SARS-CoV-2的示例性侧流测定。具体来讲，装置包括第一区(例如，试剂区)，所述第一区包括对来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段具有特异性的标记的抗体，例如用可检测标记进行标记的单克隆抗体。装置包括固定在第二区(例如，检测区)的第二抗体，所述第二抗体对来自SARS-CoV-2病毒的蛋白质或其片段的不同表位具有特异性。检测区处(例如，测试线处)出现可见线表示阳性测试。

装置的初始测试是对稀释到(被施加至试剂区的)泡沫拭子上的热灭活SARS-CoV-2病毒执行的。发现LOD为22.5 50％组织培养感染剂量(TCID

未观察到与许多其他所测试病毒的交叉反应性，所述病毒包括腺病毒(1型、5型和7型)、肠病毒(EV68和D68)、艾柯病毒(1型和2型)、人疱疹病毒(1型和2型)、腮腺炎病毒、甲型流感病毒(H1N1毒株(A/Virginia/ATCC1/2009)、H1N1毒株(A/WS/33)和H3N2毒株(A/Hongkong/8/68))、乙型流感病毒(毒株(B/Lee/40))、副流感病毒(1型、2型、3型和4A型)、呼吸道合胞病毒或RSV(A型和B型)、人冠状病毒(HKU1、NL63、OC43和229E)、鼻病毒(A16型)、MERs-CoV和人偏肺病毒(16A1型)。此外，与非SARS-CoV-2病毒(甲型流感病毒、鼻病毒、RSV或腺病毒)共同感染不影响接近检测限的SARS CoV-2检测。

然而，当使用25ng/mL至25μg/mL的人SARS冠状病毒核蛋白时，观察到与人SARS冠状病毒的交叉反应性，这可能是由于SARS-CoV的基因组与SARS-CoV-2的基因组之间有79.6％的相似性。包含2.5ng/mL人SARS冠状病毒核蛋白的样品不导致交叉反应。

未观察到与其他生物体的交叉反应性，所述生物体包括白色念珠菌(Candidaalbicans,Chlamydia pneumoniae)、化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)(A 19615组)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、腐生葡萄球菌(Staphylococcussaprophyticus)、奈瑟菌属物种(乳糖奈瑟菌(Neisseria lactamica))、大肠杆菌(Escherichia coli)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、副溶血嗜血杆菌(Hemophilus parahaemolyticus)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、坏死梭杆菌(Fusobacterium necrophorum)和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)。此外，未观察到与汇集的人鼻洗液样品的交叉反应性。

还执行了包括多种已知干扰物质的测试，所述物质包括：内源性物质，诸如粘蛋白、血红蛋白、甘油三酯、黄疸(胆红素)、类风湿因子、抗核抗体、妊娠和全血，以及祛痰剂，诸如愈创木酚甘油醚；支气管扩张剂，诸如沙丁胺醇和麻黄碱；抗组胺药，诸如氯苯那敏(chlorpheniramine)和苯海拉明(diphenhydramine)；鼻减充血剂，诸如盐酸去氧肾上腺素(phenylephrine hydrochloride)和盐酸羟甲唑啉(oxymetazoline hydrochloride)；抗病毒药物，诸如利巴韦林(ribavirin)、奥司他韦(oseltamivir)和扎那米韦(zanamivir)；抗生素药物，诸如阿莫西林(amoxicillin)；常用药物，诸如乙酰水杨酸和布洛芬；抗高血压药物，诸如氯噻嗪(chlorothiazide)和吲达帕胺(indapamide)；抗糖尿病药物，诸如格列美脲(磺脲类)和吲达帕胺；以及推定的COVID-19药物，诸如伊维菌素(ivermectin)、洛匹那韦(lopinavir)、利托那韦(ritonavir)和磷酸氯喹。将干扰物质的溶液掺入到泡沫拭子或样品库上，并且如上所述完成测试。在所测试的浓度下未观察到干扰。

实施例2

侧流测定试剂盒

示例性侧流测定试剂盒单独地或在侧流装置内包括以下中的至少一者或全部：提取缓冲液；侧流装置；阳性对照拭子，其包含1X XTBE和1％BSA溶液中的重组SARS-CoV-2N蛋白；具有测试线和对照线的硝酸纤维素测试条；患者拭子(例如，泡沫头涂药器)；以及第一和第二抗体或其片段中的至少一个或两个。侧流装置包括测试条组件，其包括：桥垫(例如，Ahlstrom 1281-Ahlstrom Filtration Inc.，Mt.Holly Springs,Pa.)、缀合物垫(例如，PNPK002123)、样品垫(例如，Ahlstrom 1281-Ahlstrom Filtration Inc.，Mt.HollySprings,Pa.)、抗体垫(例如，Ahlstrom 904-Ahlstrom Filtration Inc.，Mt.HollySprings,Pa.)和壳。提取缓冲液包含200mM Tricine、1.2％ NaCl、0.75％ Zwi ttergent、0.5％ Tween 20和0.0125％叠氮化物，pH值为8.8。将测试线嵌入溶液或用溶液处理，所述溶液包含：2mg/mL BSA-Fab、1.5％海藻糖、50mM Tris、0.1％叠氮化物和0.02％Intrawhite(UV)。将对照线嵌入溶液或用溶液处理，所述溶液包含：1mg/mL鸡IgY、1％海藻糖、50mMTris、0.1％叠氮化物和0.05％ FD&C蓝色染料。

第二抗体或缀合物抗体或其片段与以下缓冲液一起提供：重悬缓冲液(例如，5mM硼酸盐、0.1％酪蛋白、0.01％ PEG化合物和0.01％叠氮化物，pH 7.4)和干燥缓冲液(例如，5mM硼酸盐、2％酶促酪蛋白(N-Z Case)、0.1％ Tri ton X-100、2％ Tween 20、6％蔗糖和0.02％叠氮化物，pH 8)。第二抗体或缀合物抗体或其片段可以包含EQ ID NO:15和EQ IDNO:16或其衍生物，以及不含BSA的驴抗鸡。

实施例3

侧流测定试剂盒

使用从过去7天内怀疑暴露于COVID-19或出现COVID-19症状的个体收集的243个鼻咽标本(60个PCR阳性和183个PCR阴性)测试包含如本文公开的第一和第二抗体的示例性侧流装置。结果显示，总体一致性百分比为97.9％(表1)。

表1：

实施例4

侧流测定比较

测试了示例性侧流装置针对参考方法的临床敏感性和特异性，所述参考方法包括来自怀疑患有COVID-19感染的患者的鼻拭子的样品中的SARS-CoV-2的实时PCR(RT-PCR)。一个示例性侧流装置包括本文所述的第一和第二抗体的全长形式，而第二侧流装置包括第一和第二抗体的Fab抗体片段。收集每位患者的两份鼻拭子；一份用于使用侧流测定进行直接测试，而另一份被放置在病毒转移介质中并冷却至2-8℃以供后续的RT-PCR分析。鼻拭子收集的顺序是随机的。

发现与RT-PCR分析相比，包括全长抗体的示例性侧流装置对于所有样品(仅有症状的患者)具有大约68％的阳性一致性百分比(表2)。与可培养病毒测量值(CT截止值＝23)相比，阳性一致性百分比大约为90％，尽管阴性一致性百分比轻微下降(表3)。大多数患者(100)出现症状的时间少于7天，并且结果与如表2所示的所有患者的总结结果相似。然而，出现症状的时间为8-10天、11-14天或大于15天的患者的较小样本量导致较大的95％置信区间。

表2：

表3：

与使用全长抗体的装置相比，包括Fab抗体片段的示例性侧流装置产生明显更高的阳性一致性百分比。所有患者样品(有症状和无症状患者)的阳性一致性百分比大约为90％；对于有症状的患者，阳性一致性百分比为91.5％(表4)。将Fab侧流装置与可培养病毒(CT截止值＝23)进行比较，发现了类似的结果。由于样本量低，无症状患者的阳性一致性百分比存在较大误差，如95％置信区间所示。(表4)。

表4：

大多数有症状的患者(102/126)出现症状的时间少于7天。在那些样品中，阳性一致性百分比和总体一致性百分比全部增加，分别增加至97.1％和98.0％；阴性一致性百分比基本保持不变。然而，与无症状患者总数类似，症状持续8-10天(5名患者)、11-14天(13名患者)和超过15天(6名患者)的有症状患者的低样品量导致阳性一致性百分比测量值的大量误差，所述误差分别为100.0％(29.2，100.0)、62.5％(24.5，91.5)和100.0％(2.5，100.0)。如表5所示，来自持续10天或更短时间的有症状患者的样品导致大约98％的总体一致性百分比。

表5：

使用Fab抗体片段代替侧流装置中的全长抗体，将所测试的所有患者样品的阳性一致性百分比从大约68％提高到大约90％，并且将总体一致性百分比从大约88％提高到大约95％，并且增加了来自症状持续10天或更短时间的患者的样品的阳性一致性百分比、阴性一致性百分比和总体一致性百分比。

实施例5

侧流测定

使用包含如本文所述的第一和第二抗体的全长形式的侧流装置对从确诊阳性患者分离的热灭活SARS-CoV-2执行额外的测试。发现LOD为79 50％组织培养感染剂量(TCID

样品还用于确定是否存在钩状效应(也称为高剂量钩状效应)。钩状效应是由过量的靶蛋白引起的，所述过量的靶蛋白与固定和标记的抗体同时并瞬时发生反应。因此，钩状效应是指当测试样品中存在非常高水平的靶标时可以看到的假阴性结果。为了克服钩状效应，可能必须稀释标本。如(图1)所示，在高达和包括1.0x 10

实施例6

使用侧流装置对鼻咽和鼻标本进行临床评价

使用示例性侧流装置针对参考方法进行敏感性和特异性的临床评价，所述参考方法包括来自怀疑患有COVID-19感染的患者的鼻咽标本的样品中的SARS-CoV-2的实时PCR(RT-PCR)。示例性侧流装置包括本文所述的第一和第二抗体的全长形式。

发现与RT-PCR分析相比，包括全长抗体的示例性侧流装置对所有样品具有大约91％的敏感性(上文也称为阳性一致性百分比)(表6)。特异性(上文也称为阴性一致性百分比)超过99％。

还基于症状发作后的天数对样品进行了分类。如表7所示，症状发作后0-7天的所有阳性受试者的敏感性大于90％。此外，症状发作后0-3天的阴性受试者的特异性为100％，并且症状发作后4-7天的阴性受试者的特异性大于99％。

表6：

表7：

使用示例性侧流装置来测试针对参考方法的临床敏感性和特异性，所述参考方法包括来自怀疑患有COVID-19感染的患者的鼻拭子的样品中的SARS-CoV-2的实时PCR(RT-PCR)。示例性侧流装置包括本文所述的第一和第二抗体的全长形式。

发现与RT-PCR分析相比，包括全长抗体的示例性侧流装置对所有样品具有大约91％的敏感性(表8)。特异性大于99％。

还基于症状发作后的天数对样品进行了分类。如表9所示，症状发作后0-7天的所有阳性受试者的敏感性大于90％。此外，症状发作后4-7天的阴性受试者的特异性为100％，并且症状发作后4-7天的阴性受试者的特异性大于99％。

表8：

表9：

此外，如实施例4中所述和上文所用，在侧流测定中使用一部分或大部分样品之后，使用剩余的样品来完成RT-PCR，而不是使用第二样品。

发现与剩余样品的RT-PCR分析相比，包括全长抗体的示例性侧流装置对所有样品具有大约98％的敏感性(表10)。特异性大于99％。总体一致性大于99％。

还通过症状发作后的天数对样品进行了分组。如表11所示，症状发作后0-3天的所有阳性受试者的敏感性为100％，并且症状发作后4-7天的所有阳性受试者的敏感性大于96％。此外，症状发作后4-7天的阴性受试者的特异性为100％，并且症状发作后4-7天的阴性受试者的特异性大于99％。

表10：

表11：

实施例7

SARS-CoV-2变体

为了评价在循环SARS-CoV-2毒株(包括δ和λ毒株)中发现的核衣壳突变的影响，制备了携带在临床标本中鉴定的突变的重组蛋白用于测试。单独或组合测试的突变包括：D63G、R203K、R203M、G204R、R209I、A220V、Q229H、M234I、S235F、D348Y、P365S、E367Q、A376T、D377Y和野生型(WT)参考对照。这些突变代表了若干种循环谱系的独特核衣壳序列谱：B.1.1.7、B.1.617.1、B.1.617.2、B.1.617.3、B.1.618、AY.1、AY.2、P.2、B.1.526、B.1.526.1、B.1.526.2以及一组来自意大利的毒株。使用如本文所公开的抗体进行的蛋白质印迹和高通量免疫测定证实了以与WT对照相当的敏感性检测所有突变体和WT重组抗原(rAg)。

应当理解，前述详细描述和所附实施例仅是说明性的，并且不应被视为对本公开范围的限制，本公开范围仅由所附权利要求书及其等同物限定。

所公开的实施方案的各种变化和修改对本领域技术人员将是显而易见的，并且可以在不偏离所公开的实施方案的精神和范围的情况下进行各种变化和修改。

序列表

<110>雅培快速诊断国际无限责任公司(Abbott Rapid DiagnosticsInternational Unlimited Company)

<120>用于检测SARS-COV-2的测定

<130>ALERE-38691.601

<150>US 63/126,336

<151>2020-12-16

<150>US 63/067,051

<151>2020-08-18

<150>US 63/065,898

<151>2020-08-14

<150>US 63/060,975

<151>2020-08-04

<160>18

<170>PatentIn version 3.5

<210>1

<211>15

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>1

Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Ser Tyr Trp Met His Trp

1 5 1015

<210>2

<211>18

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>2

Met Ile Asp Pro Ser Asp Ser Glu Thr Arg Leu Asn Gln Arg Phe Lys

1 5 1015

Asp Lys

<210>3

<211>15

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>3

Cys Ala Arg Ser Leu Leu Arg Gly Val Tyr Ala Met Asp Tyr Trp

1 5 1015

<210>4

<211>13

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>4

Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Ser Asn Asp Val Ala Trp

1 5 10

<210>5

<211>13

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>5

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1 5 10

<210>6

<211>11

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>6

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<211>120

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

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1 5 1015

Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Ser Tyr

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Met Gln Leu Ser Ser Pro Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys

859095

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Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210>8

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<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>8

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1 5 1015

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Ser Asn Asp

202530

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Leu Leu Ile

354045

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505560

Ser Gly Tyr Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Thr Val Gln Ala

65707580

Glu Asp Leu Ala Val Tyr Phe Cys Gln Gln Asp Tyr Ser Ser Pro Tyr

859095

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<212>PRT

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<223>合成多肽

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Gly

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<212>PRT

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<223>合成多肽

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Gly Tyr Trp Gly Ser Gly Tyr His Tyr Tyr Gly Met Asp Val

1 5 10

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<211>11

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

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Gly Gly Asn Asn Ile Gly Ser Lys Ser Val His

1 5 10

<210>13

<211>7

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

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1 5

<210>14

<211>11

<212>PRT

<213>人工序列(Artificial sequence)

<220>

<223>合成多肽

<400>14

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1 5 10

<210>15

<211>225

<212>PRT

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<220>

<223>合成多肽

<400>15

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Lys Lys Pro Gly Ser

1 5 1015

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Thr Phe Ser Ser Tyr

202530

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505560

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