一种基于芯片检测的HRD评分计算方法

技术领域

本发明涉及肿瘤基因检测领域，具体涉及一种基于芯片检测的HRD评分计算方法。

背景技术

Affymetrix的OncoScan CNV FFPE的基因芯片是利用分子倒置探针(MIP)技术，可以鉴定拷贝数改变和杂合性丢失(LOH)，分析使用MIP探针来捕获超过22万个SNP，这些SNP均匀分布在整个基因组中，并且在约900个癌基因中的增加探针密度，样本量仅需80ngFFPE DNA，可以完成全基因组的拷贝数以及基因组中≤10Mb的杂合性丢失(LOH)的检测，重点癌基因可到高分辨率(50-125kb)拷贝数检测，检测低至25％的异常细胞中的拷贝数改变，且拷贝数线性范围在50+个拷贝，由于Affymetrix OncoScan CNV FFPE的基因芯片价格便宜检测速度快速，并且能覆盖全基因组，目前已广泛应用于各种基因检测。

但是，目前没有对同源重组缺陷(HRD)进行综合评分的方法，不能准确地判断被检肿瘤样本的同源重组缺陷状态。

因此，发明一种基于芯片检测的HRD评分计算方法来解决上述问题很有必要。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于芯片检测的HRD评分计算方法，通过提供建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法、建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法、建立大片端迁移LST的计算方法和建立HRD的计算方法，能对石蜡样本进行HRD评分计算，适用比较广，采用Affymetrix OncoScan CNV FFPE基因芯片的数据结合本发明的HRD评估方法可以对肿瘤组织的HRD进行评估，通过HRD的分数可更为准确地判断被检肿瘤样本的同源重组缺陷状态，以解决技术中的上述不足之处。

为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种基于芯片检测的HRD评分计算方法，具体操作步骤为：

步骤一：建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法；

步骤二：建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法；

步骤三：建立大片端迁移LST的计算方法；

步骤四：建立HRD的计算方法。

优选的，所述步骤一中建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法具体操作步骤为：

S1：长于15Mb；

S2：短于整个染色体LOH区域数量；

S3：每个满足上述两个条件的杂合性缺失LOH则计1分，LOH得分＝所有染色体上符合上述定义的区域的计数总和。

优选的，所述步骤二中建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法具体操作步骤为：

S1：跨域亚端粒区域；

S2：不与中心着丝粒交叉；

S3：长度大于11Mb的等位基因不平衡区域；

S4：每个满足上述三个条件的端粒等位基因不平衡TAI则计1分，TAI得分＝所有染色体上符合上述定义的断点数的计数总和。

优选的，所述步骤三中建立大片端迁移LST的计算方法具体操作步骤为：

S1：过滤掉小于3Mb的片段；

S2：长于10Mb区域之间的断点数；

S3：每个满足上述两个条件的大片端迁移LST则计1分，LST得分＝所有染色体上符合上述定义的区域的计数总和。

优选的，所述步骤四中建立HRD的计算方法具体操作步骤为：

S1：HRD评分＝LOH得分+TAI得分+LST得分。

在上述技术方案中，本发明提供的技术效果和优点：

本发明通过提供建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法、建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法、建立大片端迁移LST的计算方法和建立HRD的计算方法，能对石蜡样本进行HRD评分计算，适用比较广，采用Affymetrix OncoScan CNV FFPE基因芯片的数据结合本发明的HRD评估方法可以对肿瘤组织的HRD进行评估，通过HRD的分数可更为准确地判断被检肿瘤样本的同源重组缺陷状态，同时无需进行其他额外的实验，且只需80ng的样本量进行检查，操作者仅需按照说明书的要求进行操作，在48小时内可出数据，具有成本低，操作方便快捷的优点。

附图说明

下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

图1为本发明的判断端粒等位基因不平衡(TAI)的方法示意图；

图2为本发明的判断大片端迁移(LST)的计算方法示意图。

具体实施方式

为了使本领域的技术人员更好地理解本发明的技术方案，下面将结合附图对本发明作进一步的详细介绍。

实施例1：

本发明提供了如图1-2所示的一种基于芯片检测的HRD评分计算方法，具体操作步骤为：

1)：取确诊肿瘤病人的FFPE(Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded，FFPE)样本制作H&E染色切片，观察肿瘤细胞含量(TC％，Tumor Cell Percentage)，确定肿瘤细胞含量不小于30％；

2)：取步骤1)步骤中经过肿瘤细胞含量筛选的FFPE样本，提取DNA(可采用商品化FFPE样本DNA提取试剂盒)，要求提取浓度不低于12ng/μL，提取体积不低于6.6μL；

3)：采用Affymetrix

4)：按照下述方法进行计算：

步骤一：建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法，所述步骤一中建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法具体操作步骤为：

S1：长于15Mb；

S2：短于整个染色体LOH区域数量；

S3：每个满足上述两个条件的杂合性缺失LOH则计1分，LOH得分＝所有染色体上符合上述定义的区域的计数总和；

步骤二：建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法，所述步骤二中建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法具体操作步骤为：

S1：跨域亚端粒区域；

S2：不与中心着丝粒交叉；

S3：长度大于11Mb的等位基因不平衡区域；

S4：每个满足上述三个条件的端粒等位基因不平衡TAI则计1分，TAI得分＝所有染色体上符合上述定义的断点数的计数总和；

步骤三：建立大片端迁移LST的计算方法，所述步骤三中建立大片端迁移LST的计算方法具体操作步骤为：

S1：过滤掉小于3Mb的片段；

S2：长于10Mb区域之间的断点数；

S3：每个满足上述两个条件的大片端迁移LST则计1分，LST得分＝所有染色体上符合上述定义的区域的计数总和；

步骤四：建立HRD的计算方法，所述步骤四中建立HRD的计算方法具体操作步骤为：

S1：HRD评分＝LOH得分+TAI得分+LST得分。

本发明还提供了如图1-2所示的一种基于芯片检测的HRD评分计算方法的应用，如下所示：

S1：判断不同癌种组织中同源重组缺陷(HRD)的状态；

S2：需要根据被检样本的HRD评分出具评估HRD状态的基因检测报告；

S3：判断不同癌种组织中基因组杂合性缺失(LOH)的状态；

S4：判断不同癌种组织中端粒等位基因不平衡(TAI)的状态；

S5：判断不同癌种组织中大片端迁移(LST)的状态。

本实施例中通过建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法、建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法、建立大片端迁移LST的计算方法和建立HRD的计算方法，能对石蜡样本进行HRD评分计算，适用比较广，采用Affymetrix OncoScan CNV FFPE基因芯片的数据结合本发明的HRD评估方法可以对肿瘤组织的HRD进行评估，通过HRD的分数可更为准确地判断被检肿瘤样本的同源重组缺陷状态，同时无需进行其他额外的实验，且只需80ng的样本量进行检查，操作者仅需按照说明书的要求进行操作，在48小时内可出数据，具有成本低，操作方便快捷的优点。

以上只通过说明的方式描述了本发明的某些示范性实施例，毋庸置疑，对于本领域的普通技术人员，在不偏离本发明的精神和范围的情况下，可以用各种不同的方式对所描述的实施例进行修正。因此，上述附图和描述在本质上是说明性的，不应理解为对本发明权利要求保护范围的限制，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。