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用于治疗癌症的CBP/P300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂的组合

文献发布时间:2023-06-19 19:30:30



发明领域

本发明属于癌症治疗领域。因此,本发明涉及用于治疗患有癌症的患者的CBP/p300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂的组合,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。本发明还涉及包括包含CBP/p300溴结构域抑制剂的药物剂型和包含KRAS抑制剂的药物剂型的试剂盒。此外,本发明涉及包含CBP/p300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂的药物剂型。

发明背景

KRAS突变存在于高达25%的癌症中,其中致癌性变异体在不同的癌症中具有不同的流行率(参见Mullard的专栏(Box)1,Nature reviews DRUG DISCOVERY,第18卷,2019年12月:887-891)。因此,人类癌症中KRAS突变的频率在胰腺中为90%,在结肠中为30-50%,在小肠中为35%,在胆道中为26%,在子宫内膜中为17%,在肺中为19%,在皮肤(黑色素瘤)中为1%,在子宫颈中为8%和在泌尿道中为5%(参见Li等人,Nature Reviews Cancer18,767-777(2018)的表1)。因此,人们对阻断致癌性KRAS变异体诱导的增殖信号传导的试剂具有浓厚的兴趣。

虽然KRAS几十年来一直被认为是不可成药的靶标,但现在临床上至少存在五种KRAS调节剂(参见Mullard,同上的表1)。虽然来自作为非小细胞肺癌和结直肠癌单一疗法的先导KRAS抑制剂的初步临床数据看起来很有希望,但可以提供更深入和更持久反应的组合策略已经在临床研究中被考虑和测试,例如NCT04185883和NCT03785249。这种联合疗法的实例是AMG510(sotorasib)或MRTX849与派姆单抗(pembrolizumab)的组合,KRAS抑制剂和SHP2抑制剂的组合,以及KRAS抑制剂和和CDK4抑制剂的组合(参见Mullard,同上的桥接第888页和889页的段落以及完整的第889页)。

需要进一步的也可以产生更深入和更持久反应的组合策略,理想的是需要克服KRAS抑制剂在作为单一药物给药时(或与其他抗癌疗法联合给药时)随着时间的推移效果下降的组合策略。

发明目的及概述

本发明的发明人惊奇地发现,如果与KRAS抑制剂联合施用,CBP/p300溴结构域抑制剂,即选择性结合CBP/p300的溴结构域的溴结构域抑制剂,提供了对显示KRAS致癌性改变的癌症的有效治疗,而如果单独施用,CBP/p300溴结构域抑制剂不影响癌症细胞的细胞增殖。换句话说,本发明人惊奇地发现,与两种活性物质中的任何一种单独对在KRAS中显示致癌性改变的癌症的作用相比,CBP/p300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂的组合在治疗在KRAS中显示致癌性改变的癌症中更有效。因此,如上所述,CBP/p300溴结构域抑制剂在单独给药时没有效果(其中“没有效果”特别是指对于受试者中的靶病变或非靶病变没有RECIST1.1应答标准所定义的客观应答),而KRAS抑制剂在单独给药时的效果随着时间而降低,这可能是由于对KRAS抑制剂产生了耐药性。

在第一方面,本发明涉及用于治疗患有癌症的患者的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS抑制剂的组合,其中癌症在KRAS中表现出致癌性改变。第一方面也可称为用于治疗患有癌症的患者的(I)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS抑制剂的组合,其中癌症的特征在于在组合(例如,KRAS G12C)中使用的KRAS抑制剂的标签的一个或多个适应症中给出的KRAS突变谱,或者其中癌症的特征在于在临床试验设置中由组合(例如,KRASG12C)中使用的KRAS抑制剂靶向的KRAS突变谱。

在第一方面的优选实施方案中,KRAS中的致癌性改变导致KRAS信号传导的过度活化。KRAS的致癌性改变甚至可能导致组成型活性KRAS信号传导(这意味着GTP结合的KRAS的信号传导活性是组成型活性的)。

在第一方面的进一步优选的实施方案中,KRAS中的致癌性改变是由KRAS基因中的至少一个碱基突变引起的,其导致KRAS中选自G12C、G12V、G12D、G13D、Q61H、Q61L、Q61R、K117N及其组合的氨基酸取代。可以优选的是,KRAS中的致癌性改变是由KRAS基因中的至少一个碱基突变引起的,其导致KRAS中选自G12C、G12V和G12D的氨基酸取代。最优选的是KRAS中的致癌性改变是由KRAS基因中的至少一个碱基突变引起的,其导致KRAS中的氨基酸取代G12C。

在第一方面的另一个实施方案中,癌症选自肺癌、结直肠癌和胰腺癌。肺癌优选是非小细胞肺癌(NSCLC)并且可以是局部晚期或转移性NSCLC,最优选KRAS G12C-突变的局部晚期或转移性NSCLC(其可以用本文所用的语言替代地表述为治疗患有NSCLC,任选地局部晚期或转移性NSCLC的患者,其中NSCLC在KRAS中表现出致癌性改变G12C)。

在第一方面的另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂是小分子抑制剂。因此,在这样的实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂不是基于核酸的抑制剂,例如针对CBP和/或p300的shRNA或RNAi。

在第一方面的另一个实施方案中,KRAS抑制剂是一种小分子抑制剂。因此,在这样的实施方案中,KRAS抑制剂不是基于核酸的抑制剂,例如针对KRAS的shRNA或RNAi。在第一方面的另一个实施方案中,KRAS抑制剂靶向KRAS G12C,即靶向治疗在KRAS中表现出致癌性改变G12C的癌症。这样的抑制剂尤其可以是共价抑制剂,它通过共价相互作用靶向存在于G12C KRAS中的第12位的半胱氨酸。

CBP/p300溴结构域抑制剂可选自化合物A、化合物C、化合物00030、化合物00071、CCS1477、GNE-781、GNE-049、SGC-CBP30、CPI-637、FT-6876、化合物462、化合物424和化合物515。这些化合物是可商购的或公开公布的,如下文进一步概述,或者它们的合成和结构在本申请的实施例中示出。可以优选的是,CBP/p300溴结构域抑制剂选自化合物A、化合物C、CCS1477、GNE-781、GNE-049、CPI-637、化合物462、化合物424和化合物515。

KRAS抑制剂可选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI 1701963、BI1823911、BAY-293、GDC-6036、MRTX1133、RAS(ON)抑制剂(其中RAS(ON)抑制剂优选为RMC-6291或RMC-6236)以及其组合。在一个更优选的实施方案中,KRAS抑制剂是AMG510或MRTX849。可以最优选的是,KRAS抑制剂是AMG510。

需要理解的是,本文所指的(i)和(ii)的组合可以是开放的或封闭的组合。因此,本发明的(i)和(ii)的组合可用于治疗患有癌症的病人,其中癌症在KRAS中表现出致癌性改变,并且其中(i)和(ii)是唯一的活性剂(“封闭”组合)。然而,(i)和(ii)的组合也可用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变,并且其中至少有一种另外的活性剂(iii)可以被施用,例如选自以下的活性剂(iii):PD1抑制剂、MEK抑制剂、SHP2变构抑制剂、泛ErbB酪氨酸激酶抑制剂、PD-L1抑制剂、EGFR抑制剂、化疗方案药物、mTOR抑制剂、CDK抑制剂、VEGF抑制剂、派姆单抗、西妥昔单抗、阿特朱单抗、贝伐单抗以及上述任何组合(“开放”组合)。

在第一方面的一个优选实施方案中,在每个治疗周期中给患者施用该组合。

在第一方面的另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂作为单独的剂型给药或包含在单一剂型中。如果CBP/p300溴结构域抑制剂和KRAS抑制剂以单独的剂型给药,则在每个治疗周期中的给药可以是伴随的或顺序的。这包括首先给药CBP/p300溴结构域抑制剂,然后给药KRAS抑制剂的选择。

在第一方面的另一个实施方案中,与作为唯一活性剂给药时KRAS抑制剂的治疗效果持续时间相比,该治疗导致KRAS抑制剂的治疗效果持续时间延长。在另一个实施方案中,与作为唯一活性剂给药时KRAS抑制剂的治疗功效相比,该治疗导致KRAS抑制剂的治疗功效增加。在另一个实施方案中,该治疗导致对KRAS抑制剂耐药性的预防。

在第一方面的另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂以约1mg至约3000mg,优选约10mg至约2000mg,更优选约15mg至约1000mg的每日用量给药。优选以约10mg、约15mg、约20mg、约50mg、约100mg、约250mg、约500mg、约1000mg、约1500mg、约2000mg、约2500mg或约3000mg的每日用量给药CBP/p300溴结构域抑制剂。给药可以间歇进行,即不是每天,但是在给药的当天,可以给药上述的每日用量。如果将CCS1477、化合物462、化合物424或化合物515用作CBP/p300溴结构域抑制剂,则可以以约10mg至约600mg的每日用量施用相应的化合物。

在第一方面的另一个实施方案中,如果KRAS抑制剂作为唯一的活性剂给药,则KRAS抑制剂以典型每日用量范围内的每日用量给药(特别是标签中提到的KRAS抑制剂的每日用量,如果有的话)。典型的每日用量(或标明的每日用量,如果有的话)取决于将使用的特定EGFR抑制剂。通常,KRAS抑制剂将以约10mg和约2000mg之间的每日用量施用。因此,AMG510可以例如在组合中以约240mg和约1200mg之间、约480mg和约1200mg之间、或约600mg至约1200mg之间、优选约720mg至约1080mg之间、更优选的约840mg和约960mg之间或约960mg的每日用量施用用于本发明的用途。MRTX849可以例如在组合中以约200mg和约1400mg之间,或约400mg和约1300mg之间,优选约600mg和约1200mg之间,最优选约1200mg的每日用量施用用于本发明的用途。

在第一方面的另一个实施方案中,如果KRAS抑制剂作为唯一的活性剂给药,则KRAS抑制剂以低于上述典型每日用量的每日用量给药。换句话说,如果KRAS抑制剂不是作为唯一的活性剂给药,而是在根据本发明使用的组合中给药,则KRAS抑制剂的用量可以低于KRAS抑制剂作为唯一的活性剂给药时的用量。这例如意味着对于上面给出的例子,每日用量将处于给定范围的下限或甚至低于这些范围。

在第一方面的又一个实施方案中,本发明涉及(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS G12D抑制剂(优选MRTX1133)的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12D。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的高度优选的实施方案中,本发明涉及(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS G12C抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。肺癌可以是优选的。还可以优选的是,KRAS G12C抑制剂选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI 1823911、GDC-6036、RAS

在第一方面的另一个优选实施方案中,本发明涉及(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849的组合,其用于治疗患有局部晚期或转移性NSCLC的患者,该患者先前已接受至少一种系统疗法,其中该NSCLC在KRAS中表现出致癌性改变G12C。

在第一方面的另一个实施方案中,本发明涉及(i)化合物A和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的又一个实施方案中,本发明涉及(i)化合物C和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的进一步的实施方案中,本发明涉及(i)CCS1477和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的进一步的实施方案中,本发明涉及(i)GNE-781或GNE-049和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的进一步的实施方案中,本发明涉及(i)CPI-637和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的进一步的实施方案中,本发明涉及(i)化合物462或化合物424或化合物515和(ii)KRAS抑制剂的组合,其用于治疗患有癌症的患者,其中该癌症在KRAS中表现出致癌性改变。在此实施方案中可以优选的是,KRAS抑制剂是KRAS G12C抑制剂,优选AMG510或MRTX849,并且癌症在KRAS中表现出致癌性改变G12C。在此实施方案中可以进一步优选的是,该癌症选自肺癌,优选NSCLC、结直肠癌和胰腺癌。

在第一方面的特别优选的实施方案中,本发明涉及(i)CBP/p300溴结构域抑制剂,其中CBP/p300溴结构域抑制剂是一种小分子抑制剂,和(ii)KRAS抑制剂,其中KRAS抑制剂是一种KRAS G12C小分子抑制剂(优选选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI1823911、GDC-6036、RAS

在第二方面,本发明涉及试剂盒,其包含(i)包含CBP/p300溴结构域抑制剂的药物剂型和(ii)包含KRAS抑制剂的药物剂型。

药物剂型(i)和(ii)可以是口服剂型,如例如片剂。剂型中包含的CBP/p300溴结构域抑制剂的量优选符合上述第一方面所述的每日用量。因此,如果每天给药一次,剂型中的CBP/p300溴结构域抑制剂的量可以是全部的每日用量。然而,如果每天给药两次或通过两片每天给药一次,其也可以少于每日用量,例如每日用量的一半。剂型中包含的KRAS抑制剂的量优选符合上述第一方面所述的每日用量。因此,如果每天给药一次,剂型中的KRAS抑制剂的量可以是全部的每日用量。然而,如果每天给药两次或通过两片每天给药一次,其也可以少于每日用量,例如每日用量的一半。对于AMG510,该量尤其可以是120mg,其中该剂型优选对应于片剂。

每个药物剂型通常含有至少一种药学上可接受的赋形剂,如下文第3节所定义。

在第二方面的优选实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂选自化合物A、化合物C、化合物00030、化合物00071、CCS1477、GNE-781、GNE-049、SGC-CBP30、CPI-637、FT-6876、化合物462、化合物424和化合物515。

在第二方面的另一个优选实施方案中,KRAS抑制剂选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI 1701963、BI 1823911、BAY-293、GDC-6036、MRTX1133、RAS(ON)抑制剂(优选RMC-6291或RMC-6236)以及其组合。

在第二方面的另一个优选实施方案中,该试剂盒包含(i)包含CBP/p300溴结构域抑制剂的药物剂型和(ii)包含AMG510或MRTX849的药物剂型。

第三方面,本发明涉及药物剂型,其包含(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)KRAS抑制剂。

药物剂型可以是口服剂型,如片剂。剂型中包含的CBP/p300溴结构域抑制剂的量优选符合上述第一方面所述的每日用量。因此,如果每天给药一次,剂型中的CBP/p300溴结构域抑制剂的量可以是全部的每日用量。然而,如果每天给药两次或通过两片每天给药一次,其也可以少于每日用量,例如每日用量的一半。剂型中包含的KRAS抑制剂的量优选符合上述第一方面所述的每日用量。因此,如果每天给药一次,剂型中的KRAS抑制剂的量可以是全部的每日用量。然而,如果每天给药两次或通过两片每天给药一次,其也可以少于每日用量,例如每日用量的一半。对于AMG510,该量尤其可以是120mg,其中该剂型优选对应于片剂。

该药物剂型通常含有至少一种药学上可接受的赋形剂,如下文第3节所定义。

在第三方面的一个优选实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂选自化合物A、化合物C、化合物00030、化合物00071、CCS1477、GNE-781、GNE-049、SGC-CBP30、CPI-637、FT-6876、化合物462、化合物424和化合物515。

在第三方面的另一个优选实施方案中,KRAS抑制剂选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI 1701963、BI 1823911、BAY-293、GDC-6036、MRTX1133、RAS(ON)抑制剂(优选RMC-6291或RMC-6236)及其组合。

在第三方面的又一个优选实施方案中,该药物剂型包含(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和(ii)AMG510或MRTX849。

在第四方面,本发明涉及在有需要的患者中治疗癌症的方法,所述方法包括向患者给药有效量的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和有效量的(ii)KRAS抑制剂,其中所述癌症在KRAS中表现出致癌性改变。

在第五方面,本发明涉及延长KRAS抑制剂在有需要的患者中的治疗效果的持续时间的方法,所述方法包括向患者给药有效量的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和有效量的(ii)KRAS抑制剂,其中癌症在KRAS中表现出致癌性改变。换句话说,在癌症治疗中与作为唯一活性剂给药时KRAS抑制剂的治疗效果的持续时间相比,KRAS抑制剂(当以组合形式给药时)的治疗效果的持续时间延长。

在第六方面,本发明涉及在有此需要的患者中增加KRAS抑制剂的治疗效果的方法,所述方法包括向患者给药有效量的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和有效量的(ii)KRAS抑制剂,其中所述癌症在KRAS中表现出致癌性改变。换句话说,在癌症治疗中与作为唯一活性剂给药的KRAS抑制剂的治疗功效相比,KRAS抑制剂(当以组合形式给药时)的治疗功效增加。

在第七方面,本发明涉及阻断癌症细胞增殖的方法,所述方法包括向细胞给药有效量的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和有效量的(ii)KRAS抑制剂,其中癌症细胞在KRAS中表现出致癌性改变。

在第八方面,本发明涉及延缓癌症细胞增殖的方法,所述方法包括向细胞给药有效量的(i)CBP/p300溴结构域抑制剂和有效量的(ii)KRAS抑制剂,其中癌症细胞在KRAS中表现出致癌性改变。

上述第一方面的实施方案同样适用于第四至第八方面的方法。

附图简述

图1:在确定与化合物00004复合的人CREBBP的溴结构域的晶体结构时,该模型的初始Fo-Fc差分电子密度图(轮廓为4.0σ)是在用REFMAC5对化合物建模之前对初始模型进行改进而得到的。

图2A-E:在32天内的SNU-1411融合度,其中细胞按所示处理,即用DMSO(对照),或单独的AMG510或单独的任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂,或用(i)AMG510和(ii)任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂的组合。详情见实施例6。

图3A-E:在32天内的SNU-1411融合度,其中细胞按所示处理,即用DMSO(对照),或单独的MRTX849或单独的任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂,或用(i)MRTX849和(ii)任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂的组合。详情见实施例7。

图4A-E:在49天内的SW837融合度,其中细胞按所示处理,即用DMSO(对照),或单独的AMG510或单独的任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂,或用(i)AMG510和(ii)任何不同的CBP/p300溴结构域抑制剂的组合。详情见实施例8。

图5A-B:经>20天的NCI-H358细胞增殖,其中细胞按所示处理,即用DMSO(对照),或单独的AMG510或单独的两种不同的CBP/p300溴结构域抑制剂之一,或用(i)AMG510和(ii)两种不同的CBP/p300溴结构域抑制剂之一的组合。详情见实施例9。

发明详述

在更详细地描述本发明之前,先介绍以下定义。

1.定义

如在说明书和权利要求中所使用的,单数形式的“一”和“一个”也包括相应的复数形式,除非上下文另有明确规定。

在本发明的上下文中,术语“约”表示本领域技术人员将理解的精度区间,以仍然确保所讨论的特征的技术效果。该术语通常表示偏离所示数值±10%,优选±5%。

需要理解的是,术语“包括”不是限制性的。出于本发明的目的,术语“由……组成”被认为是术语“包含”的优选实施方案。如果在下文中一个组被定义为包括至少一定数量的实施方案,这也意味着包括优选仅由这些实施方案组成的组。

“p300”(也称为EP300和KAT3B)是一种具有许多不同结构域的大蛋白质,可与包括许多DNA结合转录因子在内的多种蛋白质结合。结合蛋白“CBP”的环AMP应答元件结合蛋白(CREB)(也称为CREBBP和KAT3A)是一种与p300密切相关的蛋白质,鉴于它们广泛的序列同一性和功能相似性,这两种蛋白质通常被称为旁系同源物,在此称为“CBP/p300”。CBP/p300是赖氨酸乙酰转移酶,已被证明催化乙酰基连接到组蛋白和其他蛋白质的赖氨酸侧链。已经提出CBP/p300激活转录,其中作用机制似乎在于将DNA结合转录因子桥接到RNA聚合酶机构上或通过帮助装配转录前起始复合物。为此目的,不同的CBP/p300结构域被认为与装配在启动子和增强子上的不同转录因子阵列相互作用,以用于不同基因的转录(参见Dyson和Wright,JBC Vo.291,no.13,pp.6714-6722,图2)。

CBP/p300的多个结构域之一是溴结构域。1992年在果蝇中首次鉴定出溴结构域,并在大约10年后被描述为乙酰赖氨酸的结合模块。在人类中,有许多含溴结构域的蛋白质,根据序列和结构的相似性可分为八类。似乎所有含溴结构域的蛋白质都参与转录程序的调节。致癌基因重排表明,靶向含溴结构域的蛋白质,尤其是它们的溴结构域,可能特别有益于癌症的治疗。

为此,已经开发了几种候选药物,目前正在进行临床试验,其靶向所谓的“溴结构域和超末端基序”蛋白,通常称为BET蛋白,它们构成一组含溴结构域蛋白质。BET-蛋白靶向药物的实例是INCB054329(Incyte Corporation)、ABBV-075(AbbVie)和I-BET762(GlaxoSmithKline)。也有药物选择性地靶向CBP和p300的溴结构域,它们是另一组含溴结构域蛋白质的部分。这种抑制剂包括例如CCS1477(CellCentric),其目前正在进行治疗转移性去势抵抗性前列腺癌和血液恶性肿瘤的临床研究,或FT-7051(Forma TherapeuticsInc.),其目前正在进行治疗转移性去势抵抗性前列腺癌的研究。

本文所用的术语“CBP/p300溴结构域抑制剂”是指一种小分子,它能强烈地和选择性地结合CBP的溴结构域和p300的溴结构域。该术语与术语“选择性结合CBP/p300的溴结构域的溴结构域抑制剂”和“选择性抑制CBP/p300的溴结构域抑制剂”同义。“强结合”在这方面是指当与CBP的溴结构域和p300的溴结构域结合时,Kd小于约300nM,优选小于约100nM。在这方面,“选择性结合”是指与任何其它含溴结构域的蛋白质或BROMOscan

通过如上所述的强选择性结合,通常通过CBP/p300的溴结构域发生的与细胞中相互作用配偶体(interaction partner)的相互作用被抑制,因此该分子被称为“抑制剂”。术语“抑制相互作用”是指优选在CBP/p300的溴结构域和相互作用配偶体之间不再发生任何相互作用(至少没有达到可检测的水平)。然而,当CBP/p300的溴结构域和相互作用配偶体之间的给定相互作用(设定为100%)大大降低时,例如降低至约50%、约40%、约30%、优选约20%、更优选约10%或最优选约5%或更低的水平,这种降低的相互作用仍包含在术语“抑制性相互作用”中。就抑制相互作用的化合物的医学用途而言,可能不需要完全抑制相互作用来达到足够的治疗效果。因此,需要理解的是,本文所用的术语“抑制”也指相互作用的减少,其足以实现期望的效果。

本文所用的术语“KRAS”是指“Kirsten大鼠肉瘤”蛋白。KRAS是一种GTP酶,其是参与肿瘤细胞生长和存活的细胞内信号传导途径的重要介质。在正常细胞中,KRAS充当分子开关,在非活性GDP结合状态与活性GTP结合状态之间切换。加载GTP并激活KRAS的鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)和GTP水解促进了这些状态之间的转换,GTP水解由GTP酶激活蛋白(GAP)催化以使KRAS失活。GTP与KRAS的结合促进了效应子的结合以触发信号转导途径,包括RAF-MEK-ERK(MAPK)途径。体细胞中KRAS的激活突变是癌症的标志并阻止GAP缔合,从而稳定效应子结合并增强KRAS信号传导。患有KRAS突变肿瘤的患者具有显著更差的结局和更糟的预后。

本文所用术语“KRAS抑制剂”是指能够作用于KRAS从而抑制最终导致细胞增殖的细胞内下游信号传导的分子。在本文中,术语“抑制”意味着优选地不再发生下游信号传导。然而,当给定的下游信号(设定为100%)被大大降低时,例如降低至约70%、约60%、约50%、约40%、约30%、优选约20%、更优选约10%或最优选约5%或更低的水平,这种降低的下游信号仍被术语“抑制细胞内下游信号”所涵盖。就抑制下游信号传导的化合物的医学用途而言,可能不需要完全抑制信号传导来达到足够的治疗效果。因此,需要理解的是,本文上下文中使用的术语“抑制”也指下游信号传导的减少,其足以实现期望的效果。KRAS抑制剂可与KRAS共价结合,特别是与KRAS G12C中第12位的半胱氨酸结合。如果KRAS抑制剂靶向和/或结合至此半胱氨酸,该抑制剂通常被称为“KRAS G12C抑制剂”,这种抑制剂的实例有AMG510(CAS-Nr.2296729-00-3)、MRTX849(CAS-Nr.2326521-71-3)、JNJ-74699157/ARS-3248、BI 1823911、GDC-6036和RMC-6291。最近,第一个KRAS G12C调节剂获得了FDA的批准,即LUMAKRAS(sotorasib,其对应于Amgen的AMG510的)片,其用于治疗KRAS G12C突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)。另一种KRAS G12C调节剂预计将很快跟进,即adagrasib(对应于Mirati Therapeutics的MRTX849)。“KRAS G12D抑制剂”是一种针对KRASG12D的抑制剂,以此类推。KRAS G12D抑制剂的一个实例是MRTX1133。另外,KRAS抑制剂可以阻断KRAS与其他蛋白的相互作用,特别是KRAS-SOS1的相互作用。这样的KRAS-SOS1抑制剂是例如BI 1701963和BAY-293(CAS Nr.2244904-70-7)。还有所谓的RAS(ON)抑制剂,它与突变的GTP结合的KRAS结合(例如G12C GTP结合的KRAS或G12V GTP结合的KRAS或G12D GTP结合的KRAS或G13D GTP结合的KRAS或Q61H GTP结合的KRAS或Q61L GTP结合的KRAS或Q61RGTP结合的KRAS),并通过阻断各自KRAS的效应面来防止RAF的参与,因为它们在RAS(ON)抑制剂(一种合成配体)、KRAS和亲环素A之间形成一个三组分复合物(更多细节参见Revolution Medicines,例如WO 2021/091956)。RMC-6291是Revolution Medicines的一种RAS

本文所用的术语“其中癌症在KRAS中表现出致癌性改变”是指肿瘤具有KRAS的突变版本,其中该KRAS的突变版本与癌症的发展有关。换句话说,KRAS的突变版本可被视为与癌症的发展有关或有因果关系,任选地也包括其他因素。KRAS的突变版本由于KRAS基因的改变而存在于肿瘤中,其中这种改变尤其是KRAS基因中的至少一个碱基突变,其导致KRAS中的氨基酸取代。相应的具体改变已在上文概述,其中突出的改变尤其是KRAS G12C改变。如上所述,KRAS突变存在于高达25%的癌症中,其中致癌性变异在不同的癌症中具有不同的流行率(见Mullard,同上的的专栏1)。

本文所用术语KRAS的“过度活化”是指与野生型情况相比,KRAS更有活性,特别是在下游活化和信号传导方面更有活性,从而导致癌细胞生长。

这里使用的术语“小分子”是指具有低分子量的小有机化合物。本发明上下文中的小分子优选具有小于5000道尔顿的分子量,更优选小于4000道尔顿,更优选小于3000道尔顿,更优选小于2000道尔顿或甚至更优选小于1000道尔顿。在一个特别优选的实施方案中,本发明上下文中的小分子具有小于800道尔顿的分子量。在另一个优选的实施方案中,本发明上下文中的小分子的分子量为50至3000道尔顿,优选100至2000道尔顿,更优选100至1500道尔顿,甚至更优选100至1000道尔顿。

本文所用术语“治疗”是指临床干预,以便治愈或改善疾病、防止疾病复发、减轻疾病症状、减少疾病的任何直接或间接病理后果、实现疾病的稳定(即,不恶化)状态、防止转移、降低疾病进展速度和/或与不接受治疗时的预期生存期相比延长生存期。

本文所用的术语“治疗周期”是指在对患者的状况进行初步评估后给药一段时间,其中通常在开始另一个治疗周期前对患者的状况进行再评估。

本文提及的CBP/p300溴结构域抑制剂的细节如下:化合物A、化合物C、化合物00030和化合物00071的结构如本申请的实施例部分所示。此外,这些化合物的合成路线显示在本申请的实施例部分。CCS1477可商购获得,例如在Aobious,其CAS编号为2222941-37-7。GNE-781可在例如MCE(MedChemExpress)购得,其CAS编号为1936422-33-1。GNE-049可在MCE(MedChemExpress)等公司购得,其CAS编号为1936421-41-8。SGC-CBP30可在MCE(MedChemExpress)等公司购得,其CAS编号为1613695-14-9。CPI-637可在MCE(MedChemExpress)等公司购得,其CAS编号为1884712-47-3。FT-6876可在MCE(MedChemExpress)等公司购得,其CAS编号为2304416-91-7(FT-6876也称为“CBP/p300-IN-8”)。化合物462、424和515的结构描述如下,其中这些结构和合成路线在WO 2020/006483中给出(特别参见化合物424于第33和34页,化合物462于第42和43页,以及化合物515于第47和48页):

2.发明人的惊人发现

本发明人鉴定了与CBP/p300的溴结构域强烈结合的新化合物,并表明与CBP/p300的溴结构域的结合也是选择性的,因为众所周知有许多蛋白质包含溴结构域。

CBP/p300已被确定为真核转录调控网络的中心节点,并与400多种转录因子和其他调控蛋白相互作用。CBP/p300调节许多细胞信号通路之间的串扰和干扰,并且被肿瘤病毒靶向以劫持细胞调节机制(参见Dyson和Wright,同上,第6714页,右栏)。CBP/p300是包含几个结构域的大蛋白,可从Dyson和Wright的图1中得出,见上文。这些结构域是NRID、TAZ1、TAZ2、KIX、CRD1、BRD、CH2(包括PHD结构域和RING指结构域(finger domain))、HAT、ZZ和NCBD结构域。从这些蛋白质的大小和它们的不同结构域已经可以明显看出,它们的细胞功能非常多样,例如,由于CBP/p300能够进行多种相互作用,它们可以与许多不同的相互作用配偶体相互作用。CBP/p300作为组蛋白乙酰转移酶的酶活性位于HAT结构域。如上所述,这种酶的功能主要涉及转录激活。CBP/p300也易受翻译后修饰,特别是磷酸化。它们自身的酶活性以及蛋白质受到翻译后修饰,给CBP/p300的各种功能和作用带来了另一个层次的复杂性。Goodman和Smolk,Genes&Development 2000,14:1553-1577在引言部分很好地总结了,这些功能和效果甚至可以被对抗,其中指出,CBP/p300功能中的一个主要矛盾是,这些蛋白质似乎能够促成截然相反的细胞过程,并且CBP/p300是否促进细胞凋亡或细胞增殖似乎高度依赖于环境。对于疾病,特别是癌症的影响,这意味着特定疾病和特定癌症类型的环境将决定CBP/p300如何参与,如果它们参与的话。

鉴于以上所述,在细胞过程中不可能赋予CBP/p300单一功能也就不足为奇了,其可能受到例如一般的“CBP/p300抑制剂”的影响。相反,由于极大水平的复杂性,剖析CBP/p300的各种功能似乎只有在研究CBP/p300的特定结构域时才有可能,即通过分析当例如抑制CBP/p300在其HAT结构域中的酶活性时或当通过阻断(或“抑制”)某些结构域使与相互作用配偶体的特定相互作用变得不可能时所达到的效果。此外,如上所述,这必须放在各自的环境下看待,例如特定的疾病或癌症类型。

因此,本发明人转而研究其在特定情况下的效果,即其抑制剂使通过CBP/p300的溴结构域与相互作用对象的相互作用成为不可能,并鉴于Hou等人最近发表的文章(Hou等人,BMC Cancer(2018)18:641),初步调查了其抑制剂在非小细胞肺癌(NSCLC)细胞中的效果。然而,当单独应用该抑制剂时,发明人未能看到对所测试的NSCLC细胞系的增殖的影响。令人惊讶的是,发明人发现,与单独给药EGFR抑制剂相比,其CBP/p300溴结构域抑制剂延长了EGFR抑制剂在EGFR中表现出致癌性改变的NSCLC细胞中的效果。换句话说,虽然其本身对在EGFR中表现出致癌性改变的NSCLC的增殖没有影响,但本发明人的CBP/p300溴结构域抑制剂与EGFR抑制剂一起表现出效果。更令人惊讶的是,本发明人发现的这种组合概念原来不仅对EGFR信号传导起作用(相应地与EGFR抑制剂一起起作用),而且对KRAS信号传导和KRAS抑制剂也分别起作用,这一点将在接下来概述。

对于他们的实验,发明人使用了结直肠癌细胞系(SNU-1411和SW837,都是携带KRAS G12C突变的直肠腺癌细胞系),以及NSCLC细胞系(NCI-H358,携带KRAS G12C突变)。因此,这些细胞系可被视为一线治疗具有突变的KRAS,特别是KRAS G12C突变的癌症患者的模型系统。AMG510和MRTX849分别作为KRAS抑制剂与CBP/p300溴结构域抑制剂联合使用(见下面的实施例)。

在所有测试的细胞系中,观察到的该组合在长期培养过程中显著的增殖抑制是特别值得注意的,因为--由于耐药性的发展--单独使用KRAS抑制剂时,增殖抑制在一段时间内不会保持完全。正如下面实验部分的数据所示,AMG510和MRTX849在单独使用时都是这种情况。

考虑到他们的CBP/p300抑制剂的结果,发明人继续研究观察到的效果是否可以同样推广到CBP/p300抑制剂。为此,测试了其他CBP/p300溴结构域抑制剂,即CCS1477、FT-6876和GNE-781。值得注意的是,本发明人测试的不同组CBP/p300抑制剂的结构并不相关,因此它们的共同特征仅与这些抑制剂实现的效果相关,即选择性抑制CBP/p300溴结构域。所有测试的CBP/p300抑制剂的结构如下:

还应提及的是,所测试的KRAS抑制剂AMG510和MRTX849在结构上有很大不同,但它们都具有对KRAS G12C的抑制功能(通过作为共价抑制剂)。

此外,本发明人不仅测试了携带在KRAS中的致癌性突变的单一癌症细胞系,而且总体上使用了三种不同的癌症细胞系(SNU-1411和SW837,两种直肠腺癌细胞系,以及NCI-H358,一种NSCLC细胞系)。

3.本发明化合物的药物组合物

“CBP/p300溴结构域抑制剂”和“KRAS抑制剂”是用于本文所要求保护的用途的“药物活性剂”。如上所述,它们可以存在于单独的剂型中或者包含在单一剂型中。

本文所用的“药物活性剂”是指化合物能有效调节患者(即人或动物的体内)的响应。本文使用的术语“药学上可接受的赋形剂”是指通常包含在药物组合物中的赋形剂,这是技术人员已知的。这种赋形剂列举如下。鉴于上文给出的“药物活性剂”的定义,可药用赋形剂可被定义为无药物活性的。

如果市售的KRAS抑制剂与CBP/p300溴结构域抑制剂组合使用,优选通过分开的剂型给药,并且KRAS抑制剂以经过认可的剂型和给药途径给药(例如,这适用于AMG510(在LUMAKRAS中批准)。CBP/p300溴结构域抑制剂可以下述剂型给药,或者以目前正在进行临床试验的剂型给药。

根据本发明使用的剂型可以配制用于口服、含服、鼻、直肠、局部、透皮或肠胃外应用。口服应用是优选的。肠胃外应用也是优选的,包括静脉内、肌肉内或皮下给药。本发明的剂型也可以称为制剂或药物组合物。

通常,根据本发明的药物组合物可以包含各种药学上可接受的赋形剂,这些赋形剂将根据组合物要实现的功能来选择。本发明意义上的“药学上可接受的赋形剂”可以是用于制备药物剂型的任何物质,包括包衣材料、成膜材料、填充剂、崩解剂、改变释放的材料、载体材料、稀释剂、粘合剂和其它佐剂。典型的药学上可接受的赋形剂包括物质如蔗糖、甘露醇、山梨醇、淀粉和淀粉衍生物、乳糖和润滑剂如硬脂酸镁、崩解剂和缓冲剂。

术语“载体”表示药学上可接受的有机或无机载体物质,活性成分与其结合以促进应用。合适的药学上可接受的载体包括,例如,水、盐溶液、醇、油,优选植物油、聚乙二醇、明胶、乳糖、直链淀粉、硬脂酸镁、表面活性剂、香料油、脂肪酸单甘油酯和双甘油酯、petroethral脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮等。药物组合物可以被灭菌,并且如果需要,与助剂混合,如润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、用于影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂、调味剂和/或芳香物质等,它们不会与活性化合物发生有害的反应。

如果本发明考虑液体剂型,这些剂型可以包括药学上可接受的乳剂、溶液、混悬剂和糖浆剂,它们含有本领域常用的惰性稀释剂如水。这些剂型可以含有例如用于填充的微晶纤维素、作为悬浮剂的海藻酸或海藻酸钠、作为增粘剂的甲基纤维素和甜味剂/调味剂。

对于肠胃外应用,特别合适的载体包括溶液,优选油性或水性溶液,以及悬浮液、乳液或植入物。肠胃外给药的药物制剂是特别优选的,并且包括水溶性形式的水溶液。此外,混悬剂可以制成合适的油性注射混悬剂。合适的亲脂性溶剂或载体包括脂肪油如芝麻油,或合成脂肪酸酯如油酸乙酯或甘油三酯,或脂质体。含水注射剂混悬剂可含有增加混悬剂粘度的物质,如羧甲基纤维素钠、山梨醇或葡聚糖。

特别优选的剂型是本发明药物组合物的注射制剂。因此,无菌可注射的水性或油性悬浮液可以例如根据已知技术使用合适的分散剂、润湿剂和/或悬浮剂来配制。无菌注射制剂也可以是在无毒的肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液或悬浮液。可以使用的可接受的载体和溶剂是水和等渗氯化钠溶液。无菌油通常也用作溶剂或悬浮介质。

用于本发明药物组合物直肠给药的栓剂可以通过例如将化合物与合适的无刺激性赋形剂如可可脂、合成甘油三酯和聚乙二醇混合来制备,所述赋形剂在室温下为固体,但在直肠温度下为液体,使得它们在直肠中融化并从所述栓剂中释放活性剂。

对于吸入给药,包含本发明化合物的药物组合物可以使用合适的推进剂,(例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它合适的气体),以气雾剂喷雾的形式从加压包装或喷雾器中方便地递送。在加压气雾剂的情况下,剂量单位可以通过提供阀门以输送计量的量来确定。用于吸入器或吹入器中的例如明胶的胶囊和药筒可以配制成含有化合物和合适的粉末基质如乳糖或淀粉的粉末混合物。

口服剂型可以是液体或固体,包括例如片剂、锭剂、丸剂、胶囊、粉剂、泡腾制剂、糖衣丸和颗粒剂。口服使用的药物制剂可以作为固体赋形剂获得,任选研磨所得混合物,并在加入合适的助剂(如果需要)后加工颗粒混合物,以获得片剂或糖衣丸芯。合适的赋形剂尤其是填充剂,例如糖,包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨醇;纤维素制剂,例如玉米淀粉、小麦淀粉、大米淀粉、马铃薯淀粉、明胶、黄蓍胶、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素钠和/或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。如果需要,可以加入崩解剂,如交联聚乙烯吡咯烷酮、琼脂或海藻酸或其盐,如海藻酸钠。可以配制口服剂型以确保活性剂的立即释放或活性剂的持续释放。

4.进一步的公开和实施方案

受体酪氨酸激酶(RTK)抑制剂和其他激酶抑制剂的临床抗肿瘤效果不持久。通常会对这些抑制剂产生耐药性。更具体地说,EGFR抑制剂(EGFRi)的临床抗肿瘤效果是不持久的。根据治疗药物和临床情况,对EGFR抑制剂的耐药性通常在9至19个月内出现。因此,需要开发一种能够防止癌症患者产生耐药性的癌症治疗模式。历史上,大多数解决耐药性的方法都集中在复发肿瘤的遗传驱动因素上。为了克服已经建立的耐药性,驱动肿瘤再生的新突变蛋白将被单独或与原发性癌症药物联合治疗靶向。EGFRi治疗的一个耐药机制是EGFR蛋白中的看守突变的产生—这种突变会使EGFRi无效。最常见的这种看守突变是T790M突变。突变特异性抑制剂,如奥希替尼用于克服对第一代EGFR抑制剂的已建立的耐药性,该抑制剂不抑制突变的EGFR T790M。EGFRi治疗的另一种耐药机制是旁路信号传导,其通过其他受体酪氨酸激酶激活,例如通过MET、ErbB2、HGF、ErbB3、IGF1R、AXL、NTRK1、BRAF、FGFR3或FGFR1的扩增、过表达或激活。抑制旁路信号传导的治疗干预措施已在临床中进行了试验,结果喜忧参半。

先前的公开如专利申请WO2018022637描述了CBP/p300抑制剂作为新型癌症疗法的用途,特别是用于治疗含有p300突变的癌症。WO2011085039描述了用于治疗癌症的方法,包括抑制CBP/p300组蛋白乙酰转移酶(HAT)的活性,以及CBP/p300 HAT抑制剂用于治疗患有癌症的受试者的用途,特别是与破坏DNA的化疗抗癌剂组合。

需要新的有效方法和组合物来预防癌症耐药性的发展。这尤其由本部分4的实施方案解决。

实施方案1:一种用于治疗动物癌症的方法中的CBP/p300溴结构域抑制剂,该方法包括给有此需要的动物施用CBP/p300溴结构域抑制剂和选自以下的受体酪氨酸激酶抑制剂:EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂,或KRas(Kirsten Rat Sarcoma)或BRAF(原癌基因B-Raf和v-Raf鼠肉瘤病毒癌基因同系物B)抑制剂,其中所述癌症包括相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不会减缓癌症的进展。

实施方案2:一种用于延长动物对受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂癌症疗法的响应持续时间的方法中的CBP/p300溴结构域抑制剂,包括对患有癌症的动物给药CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐,其中与没有给药CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐时对癌症治疗的响应持续时间相比,给药CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐时对癌症治疗的响应持续时间延长,并且其中受体酪氨酸激酶抑制剂选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂。

实施方案3:一种用于治疗癌症的组合物,所述组合物包含CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和选自以下的受体酪氨酸激酶抑制剂的协同组合:EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL的抑制剂,或KRas或BRAF抑制剂,其中所述癌症包括相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不会减缓癌症的进展。

实施方案4:一种抑制癌细胞生长的方法,包括施用CBP/p300溴结构域抑制剂和选自以下的受体酪氨酸激酶抑制剂:EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂,或KRas或BRAF抑制剂,并且其中癌细胞包含相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不抑制癌细胞的生长。

实施方案5:前述任一实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中所述受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变为致癌性改变。

实施方案6:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中所述受体酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂。

实施方案7:根据实施方案6所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中所述受体酪氨酸激酶的改变是EGFR中的突变。

实施方案8:根据前述任一实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中与单独的CBP/p300抑制剂或单独的受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF抑制剂相比,CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐与受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的组合物或组合在治疗癌症中具有协同作用。

实施方案9:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的组合物或组合延迟或降低了癌症对受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的耐药性的风险。

实施方案10:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300溴结构域抑制剂以有效量给药,以防止癌细胞对受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂产生耐药性。

实施方案11:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中所述EGFR抑制剂选自:西妥昔单抗、帕尼单抗、扎芦木单抗、尼妥珠单抗、马妥珠单抗、吉非替尼、厄洛替尼、达可替尼、拉帕替尼、来那替尼、凡德他尼、耐昔妥珠单抗、奥希替尼、阿法替尼、AP26113、EGFR抑制剂(CAS No.879127-07-8)、EGFR/ErbB2/ErbB-4抑制剂(CAS No.881001-19-0)、EGFR/ErbB-2抑制剂(CAS No.17924861-4)、EGFR抑制剂II(BIBX 1382,CAS No.196612-93-8)、EGFR抑制剂III(CAS No.733009-42-2)、EGFR/ErbB-2/ErbB-4抑制剂II(CAS No.944341-54-2)或PKCβII/EGFR抑制剂(CAS No.145915-60-2)。

实施方案12:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300抑制剂是式(I)的化合物

其中

R

R

R

X

R

E不存在或选自–CH

R

其中环A可以进一步被一个或多个R

其中环B为-(任选取代的杂环)或-(任选取代的碳环);

R

其中任选取代的烃基、任选取代的C

其中任选取代的C

实施方案13:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300抑制剂是式(A)的芳基咪唑基异噁唑

其中

R°和R相同或不同,各自为H或C

W为N或CH;

R

Y为-CH

n为0或1;

R

或其药学上可接受的盐,并且其中优选所述芳基咪唑基异噁唑具有式(Aa*):

(Aa*;CCS1477[CAS 2222941-37-7]).

实施方案14:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300抑制剂是式(Ba)的化合物

其中

R

R

或者其中CBP/p300抑制剂是式(Bc)的化合物

其中

R

R

R

R

R

R

m是0至5的整数;

r是从0到5的整数。

实施方案15:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中使用RECIST 1.1反应标准对动物中的靶病变或非靶病变测量癌症的缓慢进展。

实施方案16:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中所述癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。

实施方案17:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300溴结构域抑制剂是实施方案12的式(I)化合物,受体酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂,受体酪氨酸激酶是EGFR,癌症是NSCLC,更优选地,NSCLC包含EGFR T790M突变,更优选地,其中受体酪氨酸激酶抑制剂是奥希替尼.

实施方案18:根据任一前述实施方案所述的用于所述用途或方法的CBP/p300溴结构域抑制剂或组合物,其中CBP/p300溴结构域抑制剂是实施方案13的式(A)化合物,优选CCS1477(CAS 2222941-37-7),受体酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂,受体酪氨酸激酶是EGFR,癌症是NSCLC,更优选NSCLC包含EGFR T790M突变,更优选其中受体酪氨酸激酶抑制剂是奥希替尼。

关于上述实施方案13,注意到式(A)的化合物已经在WO2016170324、WO2018073586和WO2019202332中描述,所有申请和它们的公开内容全部引入本文作为参考,特别是关于式(A)的化合物的合成。

在另一个实施方案中,提供了一种治疗动物癌症的方法,包括给有需要的动物给药CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂,所述抑制剂选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂,或KRas或BRAF抑制剂,其中所述癌症包含相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不会减缓癌症的进展。

在另一个实施方案中,提供了用组合物治疗癌症的方法,所述组合物包含CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂的受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的协同组合,其中所述癌症包含相应受体酪氨酸激酶或Kras或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不会减缓癌症的进展。

在另一个实施方案中,提供了一种延长动物对受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂癌症疗法的反应持续时间的方法,包括给患有癌症的动物施用CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐,其中与没有给药CBP/p300抑制剂或其药学上可接受的盐时对癌症治疗的响应持续时间相比,给药CBP/p300抑制剂或其药学上可接受的盐时对癌症治疗的响应持续时间延长,并且其中所述受体酪氨酸激酶抑制剂选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL或者是KRas或BRAF抑制剂。

在另一个实施方案中,提供了抑制癌细胞生长的方法,该方法包括给癌细胞给药CBP/p300溴结构域抑制剂和选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的受体酪氨酸激酶抑制剂,其中癌细胞包含相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不抑制癌细胞的生长,并且其中以有效量给药CBP/p300溴结构域抑制剂以防止癌细胞对激酶抑制剂产生耐药性。

在另一个实施方案中,提供了一种在癌细胞中诱导细胞死亡的方法,包括给癌细胞给药CBP/p300溴结构域抑制剂和选自EGFR、ALK、MET、HER2、ROS1、RET、NTRK1和AXL抑制剂的受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂,其中所述癌细胞包含相应受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF的改变,并且其中单独的CBP/p300溴结构域抑制剂不诱导癌细胞中的细胞死亡。

在一个实施方案中,受体酪氨酸激酶的改变可以是致癌改变,其中在第4部分的该实施方案中,术语“致癌改变”可以指细胞原癌基因的遗传改变。这些遗传变化/改变的结果可能是赋予细胞生长优势。在一个实施方案中,突变、基因扩增、基因融合和/或染色体重排的遗传机制可以激活人类肿瘤中的致癌基因。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自以下的EGFR基因突变:EGFR-外显子19缺失、EGFR-L858R、EGFR-T790M、EGFR-T854A、EGFR-D761Y、EGFR-L747S、EGFR-G796S/R、EGFR-L792F/H、EGFR-L718Q、EGFR-外显子20插入、EGFR-G719X(其中X是任何其他氨基酸)、EGFR-L861X、EGFR-S768I或者EGFR扩增。在一个优选实施方案中,该改变是EGFR-T790M。在另一个实施方案中,癌症是NSCLC,并且改变是包含EGFR外显子19缺失、L858R或T790M的突变。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自以下的RET基因突变或重排:KIF5B-RET、CCDC6-RET、NCOA4-RET、TRIM33-RET、RET-V804L、RET-L730、RET-E732、RET-V738、RET-G810A、RET-Y806、RET-A807或RET-S904F。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自HER2外显子20插入或突变和HER2-C805S、HER2 T798M、HER2 L869R、HER2 G309E、HER2 S310F或HER2扩增的HER2基因突变。

在另一个实施方案中,致癌改变是ROS1基因融合或重排,其选自:CD74-ROS1、GOPC-ROS1、EZR-ROS1、CEP85L-ROS1、SLC34A2-ROS1、SDC4-ROS1、FIG-ROS1、TPM3-ROS1、LRIG3-ROS1、KDELR2-ROS1、CCDC6-ROS1、TMEM106B-ROS1、TPD52L1-ROS1、CLTC-ROS1和LIMA1-ROS1,或包括ROS1 G2032R、D2033N、S1986Y/F、L2026M和/或L1951R的突变。

在另一个实施方案中,致癌改变是MET基因扩增、MET基因突变如MET Y1230C、D1227N、D1228V、Y1248H以及MET外显子14跳跃,或者选自TPR-MET、CLIP2-MET、TFG-MET融合、KIF5B-MET融合的基因融合或重排。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自G12C、G12V、G12D、G13D、Q61H或L或R、K117N的KRas基因突变。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自以下的ALK基因突变或基因融合或重排:EML4-ALK、TFG-ALK、KIF5B-ALK、KLC1-ALK、NSCLC中的STRN-ALK、EML4-ALK、C2orf44-ALK、EML4-ALK、TPM-ALK、VCL-ALK、TPM3-ALK、EML4-ALK或VCL-ALK。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自V600E或V600K的BRAF基因突变。

在另一个实施方案中,致癌改变是选自以下的NTKR基因融合或重排:TPM3-NTRK1、ETV6-NTRK3、TPM3-NTRK1、TPR-NTRK1、TFG-NTRK1、PPL-NTRK1、ETV6-NTRK3、TPR-NTRK1、MPRIP-NTRK1、CD74-NTRK1、SQSTM1-NTRK1、TRIM24-NTRK2、LMNA-NTRK、ETV6-NTRK3、BCAN-NTRK1、ETV6-NTRK3、AML、GIST、NFASC-NTRK1、BCAN-NTRK1、AGBL4-NTRK2、VCL-NTRK2、ETV6-NTRK3、BTBD1-NTRK3、RFWD2-NTRK1、RABGAP1L-NTRK1、TP53-NTRK1、AFAP1-NTRK2、NACC2-NTRK2、OKI-NTRK2、PAN3-NTRK2,或选自F589L、G595R、G667C/S、A608D的NTKR1基因突变,或选自G623R、G696A的NTRK3基因突变。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂。在另一个实施方案中,所述EGFR抑制剂选自西妥昔单抗、帕尼单抗、扎芦木单抗、尼妥珠单抗、马妥珠单抗、吉非替尼、厄洛替尼、拉帕替尼、来那替尼、凡德他尼、耐昔妥珠单抗、奥希替尼、阿法替尼、达可替尼、AP26113、波奇替尼、EGFR抑制剂(CAS No.879127-07-8)、EGFR/ErbB2/ErbB-4抑制剂(CAS No.881001-19-0)、EGFR/ErbB-2抑制剂(CAS No.17924861-4)、EGFR抑制剂II(BIBX1382,CAS No.196612-93-8)、EGFR抑制剂III(CAS No.733009-42-2)、EGFR/ErbB-2/ErbB-4抑制剂II(CAS No.944341-54-2)或PKCβII/EGFR抑制剂(CAS No.145915-60-2)。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶的改变是EGFR基因中的突变。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是RET抑制剂。在另一个实施方案中,RET抑制剂选自卡博替尼、凡德他尼、乐伐替尼、阿雷替尼、阿帕替尼、帕纳替尼、LOXO-292、BLU-667、或RXDX-105。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是HER2抑制剂。在另一个实施方案中,HER2抑制剂选自曲妥珠单抗、透明质酸酶/曲妥珠单抗fam-trastumzumab deruxtecan、恩美曲妥珠单抗(ado-trastuzumab emtansine)、拉帕替尼、来那替尼、帕妥珠单抗、图卡替尼、波奇替尼,或者达可替尼。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是ROS1抑制剂。在另一个实施方案中,ROS1抑制剂选自克唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、洛拉替尼、恩曲替尼(Etrectinib)、卡博替尼、DS-6051b、TPX-0005。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是MET抑制剂。在另一个实施方案中,MET抑制剂选自:克唑替尼、卡博替尼、MGCD265、AMG208、奥曲替尼(altiratinib)、戈伐替尼(golvatinib)、格来替尼(glesantinib)、福瑞替尼、avumatinib、tivatinib、赛沃替尼、AMG337、卡马替尼和特泊替尼、OMO-1[JNJ38877618]或抗MET抗体奥妥珠单抗(onartuzumab)和依玛妥珠单抗(emibetuzumab)[LY2875358]或抗HGF抗体非拉妥组单抗(ficlatuzumab)[AV-299]和利妥木单抗(rilotumumab)[AMG102]。

在另一个实施方案中,抑制剂是KRas抑制剂。在另一个实施方案中,KRas抑制剂选自AMG510、MRTX849、JNJ-74699157/ARS-3248、BI1701963、BAY-293或“RAS(ON)”抑制剂。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是ALK抑制剂。在另一个实施方案中,ALK抑制剂选自克唑替尼、色瑞替尼、阿来替尼、洛拉替尼或布加替尼。

在另一个实施方案中,抑制剂是BRAF抑制剂。在另一个实施方案中,BRAF抑制剂选自维莫非尼、达拉菲尼、康奈非尼(encorafenib)或任何非特异性RAF抑制剂。

在另一个实施方案中,受体酪氨酸激酶抑制剂是NTRK抑制剂。在另一个实施方案中,NTRK抑制剂选自恩曲替尼、拉罗替尼(larotrectinib)(LOXO-101)、LOCO-195、DS-6051b、卡博替尼、梅沙替尼(merestinib)、TSR-011、PLX7486、MGCD516、克唑替尼、瑞格拉非尼(regorafenib)、多韦替尼(dovitinib)、来他替尼(lestaurtinib)、BMS-754807、达鲁舍替(Danusertib)、ENMD-2076、米哚妥林(midostaurin)、PHA-848125AC、BMS-777607、altriratinib、AZD7451、MK5108、PF-03814735、SNS-314、福瑞替尼、尼达尼布(Nintedanib)、普纳替尼(ponatinib)、ONO-5390556或TPX-0005。

在另一个实施方案中,与单独的CBP/p300抑制剂或单独的受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF抑制剂相比,CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的组合物或组合在治疗癌症中具有协同作用。在第4节的实施方案中,术语“协同”是指两种或多种药物之间的相互作用,其导致药物的总作用大于每种药物的单独作用的总和。在一个优选的实施方案中,协同效应是动物对CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的组合的响应率增加。在另一个实施方案中,响应率的增加被测量为癌症治疗中功效的增加。

在另一个实施方案中,由CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF抑制剂的组合物或组合提供的抗癌作用大于用相同剂量的CBP/p300抑制剂或受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的单一疗法提供的抗癌作用。如在第4节的实施方案的上下文中所使用的,术语“抗癌”是指恶性或癌性疾病的治疗。在另一个实施方案中,本发明提供了用于使用或方法的组合物,其中由CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的组合物或组合提供的抗癌效果为单独的单一疗法的至少2倍、至少3倍、至少5倍或至少10倍。

在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂或其药学上可接受的盐和受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的组合物或组合延迟或降低了癌症对受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂的耐药性风险。如在第4节的实施方案的上下文中所使用的,术语“癌症的耐药性”是指药物疗效的降低;更具体地说,该术语可以指癌细胞产生耐药性。在另一个实施方案中,癌症在至少3个月、6个月、9个月、12个月、24个月、48个月或60个月内不会对受体酪氨酸激酶抑制剂或Kras或BRAF抑制剂产生耐药性。在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂以有效量给药,以防止癌细胞对受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂产生耐药性。

在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂抑制CBP和/或p300的溴结构域。p300(也称为组蛋白乙酰转移酶p300、E1A结合蛋白p300、E1A相关蛋白p300)和CBP(也称为CREB结合蛋白或CREBBP)是两种结构非常相似的转录共激活蛋白。

如在第4节的实施方案的上下文中使用的,术语“CBP/p300溴结构域抑制剂”可以被认为是指与CBP溴结构域和/或p300溴结构域结合并抑制和/或降低CBP和/或p300的生物活性或功能的化合物。在一些实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂可以主要(例如,单独)通过与CBP溴结构域和/或p300溴结构域的接触和/或相互作用来结合CBP和/或p300。在一些实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂可以通过与CBP溴结构域和/或p300溴结构域以及额外的CBP和/或p300残基和/或结构域的接触和/或相互作用而结合至CBP和/或p300。在一些实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂可以基本上或完全抑制CBP和/或p300的生物活性。在一些实施方案中,生物活性可以是CBP和/或p300的溴结构域与染色质(例如,与DNA相关的组蛋白)和/或另一种乙酰化蛋白的结合。在第4节的实施方案的上下文中的某些实施方案中,抑制剂可具有小于约50μM、小于约1μM、小于约500nM、小于约100nM、小于约10nM或小于约1nM的IC

在一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂是式(I)的化合物。在一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂是式(A)的化合物,优选CCS1477(CAS 2222941-37-7)。在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂是FT-7051。在另一个实施方案中,式(I)化合物、式(A)化合物、优选CCS1477或FT-7051是药物的日剂量,其浓度选自包括10mg、15mg、25mg、50mg、100mg、150mg或200mg的列表。在另一个实施方案中,CCS1477每周给药2、3、4、5、6或7天。在另一个实施方案中,CCS1477每天给药两次。在另一个实施方案中,对癌细胞的给药包括使癌细胞与CBP/p300抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂接触。

在另一个实施方案中,剂量取决于多种因素,包括患者的年龄、体重和状况以及给药途径。每日剂量可以在很宽的范围内变化,并且将根据每个特定病例的个体需要进行调整。然而,典型地,当化合物单独给药于成年人时,每种给药途径所采用的剂量可以在0.0001至50mg/kg的范围内,最常见的是在0.001至10mg/kg体重的范围内,例如0.01至1mg/kg。这种剂量可以例如每天给药1至5次。对于静脉注射,合适的日剂量可以是0.0001至1mg/kg体重,优选0.0001至0.1mg/kg体重。日剂量可以单剂量给药或根据分剂量方案给药。

在另一个实施方案中,可以使用RECIST 1.1反应标准对受试者/动物中靶病变或非靶病变来测量癌症的进展或对癌症治疗的反应持续时间。

在另一个实施方案中,术语“不减缓癌症的进展”可以在第4节的实施方案中定义为没有实现任何RECIST 1.1临床反应的受试者。在另一个实施方案中,术语“不减缓癌症的进展”可以在第4节的实施方案中定义为没有实现部分RECIST 1.1临床反应的受试者/动物。在另一个实施方案中,根据RECIST 1.1,术语“不减缓癌症进展”被测量为无客观响应率和/或无进展生存期无增加。在另一个实施方案中,术语“不减缓癌症的发展”被测量为靶病变最长直径总和的减少小于30%,以靶病变最长直径的基线总和作为参考。

在某些实施方案中,癌症选自听神经瘤、急性白血病、急性淋巴细胞白血病、急性髓细胞白血病、急性T细胞白血病、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、脑癌、乳腺癌、支气管癌、宫颈癌、软骨肉瘤、脊索瘤、绒毛膜癌、慢性白血病、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓细胞性白血病、慢性髓细胞性白血病、结肠癌、结肠直肠癌、颅咽管瘤、囊腺癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤、增殖障碍性病变、胚胎癌、子宫内膜癌、内皮肉瘤、室管膜瘤、上皮癌、红白血病、食道癌、雌激素受体阳性乳腺癌、原发性血小板增多症、尤文氏肉瘤、纤维肉瘤、滤泡性淋巴瘤、生殖细胞睾丸癌、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤、胶质肉瘤、重链疾病、头颈癌、成血管细胞瘤、肝癌、肝细胞癌、激素不敏感的前列腺癌、平滑肌肉瘤、白血病、脂肪肉瘤、肺癌、淋巴管内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴母细胞性白血病、淋巴瘤、T细胞或B细胞来源的淋巴恶性肿瘤、髓样癌、髓母细胞瘤、黑色素瘤、脑膜瘤、间皮瘤、多发性骨髓瘤、骨髓性白血病、骨髓瘤、粘液肉瘤、成神经细胞瘤、NUT中线癌(NMC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、少突胶质细胞瘤、口腔癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、乳头状腺癌、乳头状癌、松果体瘤、真性红细胞增多症、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、肉瘤、皮脂腺癌、精原细胞瘤、皮肤癌、小细胞肺癌、实体瘤(癌和肉瘤)、小细胞肺癌、胃癌、鳞状细胞癌、滑膜瘤、汗腺癌、甲状腺癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、睾丸肿瘤、子宫癌和肾母细胞瘤。在某些实施方案中,癌症是黑素瘤、NSCLC、肾癌、卵巢癌、结肠癌、胰腺癌、肝细胞癌或乳腺癌。在任一方法的某些实施方案中,癌症是肺癌、乳腺癌、胰腺癌、结肠直肠癌和/或黑色素瘤。在某些实施方案中,癌症是肺癌。在某些实施方案中,肺癌是非小细胞肺癌NSCLC。在某些实施方案中,癌症是乳腺癌。在某些实施方案中,癌症是黑素瘤。在某些实施方案中,癌症是结肠直肠癌。

在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂作为单一组合物同时给药动物。在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂分别给药动物。在另一个实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂同时给药动物。在另一个实施方案中,在给药受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂之前,给药动物CBP/p300溴结构域抑制剂。在另一个实施方案中,动物是人。

在一个实施方案中,术语药剂(例如药物制剂)的“有效量”可以指在必要的剂量和时间段内达到所需治疗或预防效果的有效量。在一些实施方案中,有效量是指CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的量,其(i)治疗特定疾病、病症或障碍,(ii)减弱、改善或消除特定疾病、病症或障碍的一种或多种症状,或(iii)预防或延迟本文所述特定疾病、病症或障碍的一种或多种症状的发作。在一些实施方案中,有效量的CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂可以减少癌细胞的数量;可能缩小肿瘤大小;可以抑制(即,在一定程度上减缓并优选停止)癌细胞向外周器官的浸润;可以抑制(即,在一定程度上减缓并优选停止)肿瘤转移;可能在一定程度上抑制肿瘤生长;和/或可以在一定程度上缓解一种或多种与癌症相关的症状。对于癌症治疗,功效可以例如通过评估疾病进展时间(TTP)和/或确定响应率(RR)来测量。在一些实施方案中,有效量是本文所述的CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂实体足以显著降低药物耐受性或药物耐受性持续癌细胞的活性或数量的量。

在一个实施方案中,本发明的化合物可以与用于治疗癌症的放射疗法或另一种化疗剂联合给药于人类或动物患者。在另一个实施方案中,可以提供联合治疗,其中CBP/p300抑制剂或RTK抑制剂或KRas或BRAF抑制剂与放疗同时或相继给药;或者与另一种化疗剂或多种化疗剂同时顺序给药或作为联合制剂给药,用于治疗癌症。所述或每种其他化疗剂通常是常规用于所治疗的癌症类型的药剂。在一个实施方案中,用于组合的化疗剂的种类可以是例如用于治疗前列腺癌的雄激素受体拮抗剂,例如恩杂鲁胺,和CYP17A1(17a-羟化酶/C 17,20裂解酶)的抑制剂,例如阿比特龙。在其他实施方案中,联合治疗中的其他化疗剂可以包括多西他赛。在一个实施方案中,第4节中的术语“组合”可以指同时、分别或顺序给药。当依次或分别给药时,第二种组分的延迟给药不应导致组合的有益效果丧失。

在另一个实施方案中,对CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶抑制剂或KRas或BRAF抑制剂的反应是持续的反应。在一个实施方案中,“持续反应”可以指停止治疗后对减少肿瘤生长的持续作用。例如,与给药阶段开始时的大小相比,肿瘤大小可以保持相同或更小。

在另一个实施方案中,术语“治疗”(以及诸如“治疗”或“处理”的变体)可以指试图改变被治疗的个体或细胞的自然进程的临床干预,并且可以为了预防或在临床病理学过程中进行。治疗的理想效果可能包括预防疾病的发生或复发、减轻症状、减少疾病的任何直接或间接病理后果、稳定(即不恶化)疾病状态、预防转移、降低疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、与未接受治疗时的预期生存相比延长生存或改善预后中的一种或多种。在某些实施方案中,CBP/p300溴结构域抑制剂和受体酪氨酸激酶或KRas或BRAF抑制剂可用于延缓疾病或障碍的发展或减缓疾病或障碍的进展。在一个实施方案中,需要治疗的那些个体可以包括已经患有该病症或障碍的那些个体以及倾向于患有该病症或障碍的那些个体(例如,通过基因突变或基因或蛋白质的异常表达)或其中该病症或障碍将被预防的那些个体。

在一个实施方案中,术语“延迟”可以指延缓、阻碍、减缓、迟延、稳定和/或推迟疾病(如癌症)的发展或疾病的耐药性。这种延迟时间长短不一,取决于疾病史和/或接受治疗的个体。对本领域技术人员来说显而易见的是,充分或显著的延迟实际上可以包括预防,因为个体不会发展成疾病。例如,晚期癌症,如转移的发展,可以被延迟。

5.实施例

以下实施例仅仅是说明性的,并且将以进一步的方式描述本发明。这些实施例不应被解释为将本发明限制于此。

化合物00003(化合物B)、00004(化合物A)、00030、00071和化合物C的制备描述如下。如果认为有帮助,给出了中间体化合物和/或接近上述化合物的化合物的合成路线。

一般实验方法

LCMS方法:

方法A:仪器:Agilent 1260Bin.泵:G1312B,脱气装置;自动取样器,ColCom,DAD:Agilent G1315D,220-320nm,MSD:Agilent LC/MSD G6130B ESI,pos/neg 100-800,ELSDAlltech 3300气流1.5mL/min,气体温度:40℃;柱:Waters XSelect

方法B:仪器:Agilent 1260Bin.泵:G1312B,脱气装置;自动取样器,ColCom,DAD:Agilent G1315D,220-320nm,MSD:Agilent LC/MSD G6130B ESI,pos/neg 100-800,ELSDAlltech 3300气流1.5mL/min,气体温度:40℃;柱:Waters XSelect

方法C:仪器:Agilent 1260Bin.泵:G1312B,脱气装置;自动取样器,ColCom,DAD:Agilent G1315C,220-320nm,MSD:Agilent LC/MSD G6130B ESI,pos/neg 100-800;柱:Waters XSelect

方法D:仪器:Agilent 1260Bin.泵:G1312B,脱气装置;自动取样器,ColCom,DAD:Agilent G1315C,220-320nm,MSD:Agilent LC/MSD G6130B ESI,pos/neg 100-800;柱:Waters XSelect

UPLC方法:

方法A:仪器:Agilent Infinity II;Bin.泵:G7120A,多用采样器,VTC,DAD:Agilent G7117B,220-320nm,PDA:210-320nm,MSD:Agilent G6135B ESI,pos/neg 100-1000,ELSD G7102A:Evap 40℃,Neb 50℃,gasflow 1.6mL/min,柱:Waters XSelect CSHC18,50x2.1 mm,2.5μm温度:25℃,流量:0.6mL/min,梯度:t

方法B:仪器:Agilent Infinity II;Bin.泵:G7120A,Multisampler,VTC,DAD:Agilent G7117B,220-320nm,PDA:210-320nm,MSD:Agilent G6135B ESI,pos/neg 100-1000,ELSD G7102A:Evap 40℃,Neb 40℃,气流:1.6mL/min,柱:Waters XSelect

GCMS方法:

方法A:设备:GC:Agilent 6890N G1530N和MS:MSD 5973G2577A,EI-正向,测定温度:280℃质量范围:50-550;柱:RXi-5MS 20m,ID 180μm,df 0.18μm;平均流速:50cm/s;注射体积:1μl;注射器温度:250℃;分流比:100/1;运载气体:He;初始温度:100℃;起始时间:1.5min;溶剂延迟:1.0min;速率:75℃/min;最终温度:250℃;维持时间:4.3min。

方法B:设备:GC:Agilent 6890N G1530N,FID:测定温度:300℃和MS:MSD5973G2577A,EI-正向,测定温度:280℃质量范围:50-550;柱:Restek RXi-5MS 20m,ID 180μm,df 0.18μm;平均流速:50cm/s;注射体积:1μl;注射器温度:250℃;分流比:20/1;运载气体:He;初始温度:60℃;起始时间:1.5min;溶剂延迟:1.3min;速率:50℃/min;最终温度:250℃;维持时间:3.5min.

方法C:设备:GC:Agilent 6890N G1530N,FID:测定温度:300℃ and MS:MSD5973G2577A,EI-正向,测定温度:280℃质量范围:50-550;柱:Restek RXi-5MS 20m,ID 180μm,df 0.18μm;平均流速:50cm/s;注射体积:1μl;注射器温度:250℃;分流比:20/1;运载气体:He;初始温度:100℃;起始时间:1.5min;溶剂延迟:1.3min;速率:75℃/min;最终温度:250℃;维持时间:4.5min.

手性LC:

方法A:(仪器:Agilent 1260Quart.泵:G1311C,自动取样器,ColCom,DAD:AgilentG4212B,220-320nm,柱:

制备型反相色谱:

方法A:设备类型:Reveleris

方法B:设备类型:Reveleris

手性(制备型)SFC

方法A:(柱:SFC仪器模块:Waters Prep100q SFC系统,PDA:Waters2998,馏分收集器:Waters 2767;柱:Phenomenex Lux Amylose-1(250x20 mm,5μm),柱温度:35℃;流速:100mL/min;ABPR:170bar;洗脱液A:CO

方法B:(柱:SFC仪器模块:Waters Prep100q SFC系统,PDA:Waters2998,馏分收集器:Waters 2767;柱:Phenomenex Lux Celulose-1(250x20 mm,5μm),柱温度:35℃;流速:100mL/min;ABPR:170bar;洗脱液A:CO

方法C:(柱:SFC仪器模块:Waters Prep100q SFC System,PDA:Waters2998;柱:Chiralpak IC(100x4.6 mm,5μm),柱温度:35℃;流速:2.5mL/min;ABPR:170bar;洗脱液A:CO

方法D:(柱:SFC仪器模块:Waters Prep 100SFC UV/MS定向系统;Waters2998Photodiode Array(PDA)检测器;Waters Acquity QDa MS检测器;Waters 2767样品管理器;柱:Waters Torus 2-PIC 130A OBD(250x19 mm,5μm);柱温度:35℃;流量:70mL/min;ABPR:120bar;洗脱液A:CO2,洗脱液B:含20mM氨的甲醇;线性梯度:t=0min 10% B,t=4min 50% B,t=6min 50% B;检测:PDA(210-400nm);基于PDATIC的级分收集)。

起始材料

标准试剂和溶剂以最高商业纯度获得并照此使用,购买的具体试剂如下所述。

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关键中间体的合成步骤

中间体1:1-(5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮

在1L钢制高压釜中,向6-甲基烟酸甲酯(100g,662mmol)在乙酸(250mL)中的溶液中加入氧化铂(IV)(0.5g,2.202mmol),之后在10巴氢气气氛并于60℃搅拌反应混合物。观察到快速的氢气消耗,并且将高压釜再填充几次,直到氢气消耗停止并且还原完成。将混合物冷却至室温,用硅藻土过滤。浓缩滤液以提供作为非对映异构体混合物的6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酸盐(143.8g,100%),其原样用于下一步骤。GCMS(方法A):tR 2.40(80%)和2.48min(20%),100%,MS(EI)157.1(M)+,142.1(M-Me)+.向6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酸盐(53克,244毫摩尔)在水(500ml)和二氯甲烷(500ml)混合物中的溶液中小心加入碳酸氢钠(82克,976mmol)(泡腾!!)之后缓慢加入乙酸酐(29.9克,293mmol)。将反应混合物在室温下搅拌2小时。分离有机层,用硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯(49g,100%),为黄色油状物。将1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯(49g,246mmol)的氨的甲醇(7N,500mL,3.5mol)溶液在压力容器中于120℃搅拌40小时。将混合物冷却至室温并浓缩,得到浅黄色固体。将该固体溶解在二氯甲烷中,并通过硅胶塞过滤。浓缩滤液,得到1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲酰胺,为灰白色固体,其原样用于下一步。将上一步得到的1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲酰胺(266mmol)在三氯氧磷(500mL,5.37mol)中的溶液在室温搅拌16小时。真空蒸发反应混合物,得到稠油。该油与甲苯共蒸发两次,并小心在冷饱和碳酸钠(泡腾!)和乙酸乙酯之间区分。将有机层与碱性水层分离,用硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到稠油状产物,静置后固化。将粗产物溶于二氯甲烷中,用硅胶塞过滤(用10%甲醇二氯甲烷溶液洗脱)。这提供了1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲腈(28g,63%),为静置时固化的油状物。GCMS(方法A):tR 3.78(63%)和3.89min(378%),100%,MS(EI)166.1(M)+.向1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲腈(23g,138mmol)在乙醇(300ml)中的溶液中加入羟胺溶液(50%溶于水,25.4mL,415mmol),然后将反应混合物在回流下搅拌16小时。将反应混合物浓缩并与乙酸乙酯共蒸发三次至干,得到粘性固体形式的1-乙酰基-N-羟基-6-甲基哌啶-3-甲脒(carboximidamide)。LCMS(方法A):tR 0.13min,100%,MS(ESI)200.2(M+H)+.假设定量产率,则在下一步中按原样使用产物。向来自前一步骤的1-乙酰基-N-羟基-6-甲基哌啶-3-甲脒(23g,138mmol)在乙醇(500mL)中的溶液中加入乙酸(23.79mL,416mmol)和50%雷尼镍在水(5mL)中的浆液,然后将反应混合物在氢气气氛下于50℃搅拌2天。将混合物用硅藻土过滤,用一些乙醇洗涤并浓缩,得到70g稠油。将其与乙酸乙酯共蒸发两次,并在真空中充分干燥,得到1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲脒乙酸盐(33g,98%),为绿黄色油状物,用于下一步。LCMS(方法A):tR 0.14min,90%,MS(ESI)184.1(M+H)+.在氮气气氛(60mL)下,向钠(18.14g,789mmol)在无水甲醇中的溶液中加入1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲脒乙酸盐(32g,132mmol)和丙二酸二甲酯(26.1g,197mmol),然后将反应混合物在50℃搅拌16小时。浓缩反应混合物,溶于水(300mL),用6N盐酸酸化至pH 4,并使其沉淀。滤出沉淀,得到1-(5-(4,6-二羟基嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮为黄色固体(10.4克,31%),在下一步骤中原样使用。1-(5-(4,6-二羟基嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(10.4g,41.4mmol)的三氯氧磷(200mL,2146mmol)悬浮液在50℃搅拌。约3小时后固体缓慢溶解。5小时后,真空浓缩反应混合物,并用甲苯共蒸发两次。剩余的油用冰小心淬灭,用饱和碳酸氢钠水溶液中和,并用乙酸乙酯(2x 100mL)萃取。合并的有机层用硫酸钠干燥并真空浓缩,得到1-(5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体1,6.8g,57%),为静置时固化的黄色油状物。LCMS(方法A):tR 1.88min,100%,MS(ESI)288.1(M+H)+.

中间体2:1-((2S,5R)-5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮

向N-乙酰基-D-亮氨酸(1kg,5.77mol)在乙醇(1.5L)中的溶液中加入6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯(934g,2.38mol,根据中间体1制备)的乙酸乙酯(3L)溶液,并将混合物加热至40℃。使所得溶液在16小时内达到室温,在此期间发生沉淀。滤出沉淀,用乙醚(500mL)洗涤并风干,得到白色固体形式的粗(3R,6S)-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酰-D-亮氨酸盐(287g,34%)。将粗(3R,6S)-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酰-D-亮氨酸盐(287g,869mmol)从乙醇和乙酸乙酯1:2(1L)的热混合物中结晶出来。滤出沉淀,将滤饼在乙醚和正戊烷1:1(500mL)的混合物中研磨。滤出沉淀并风干,得到白色固体形式的(3R,6S)-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酰-D-亮氨酸盐(128g,44%)。向(3R,6S)-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酰-D-亮氨酸盐(128g,387mmol)的二氯甲烷(1L)溶液中加入饱和碳酸钠溶液(1L)。将两相系统剧烈搅拌10分钟,分离各层。有机层用硫酸钠干燥并过滤,得到透明溶液。然后,加入三乙胺(65mL,465mmol)和乙酸酐(44mL,465mmol),混合物在室温搅拌1小时。用饱和碳酸氢钠溶液洗涤混合物,用硫酸钠干燥并浓缩,得到淡黄色固体形式的(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯(93g)。向高压釜中加入溶于甲醇(600mL,4200mmol)的7N氨水中的(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯(93g,387mmol),并加热至60℃持续3天。将混合物浓缩,得到淡黄色油状的(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲酰胺(102g)。假设定量产率,则在下一步中按原样使用产物。手性LC(方法A)tR=12.35min,>98%ee。向(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲酰胺(50g,271mmol)的二氯甲烷(500mL)溶液中逐份加入三乙基氧鎓四氟硼酸盐(77g,407mmol),并将混合物在室温下搅拌4小时。缓慢加入甲醇中的7N氨水(200ml,9.15mol),并将混合物在室温下搅拌16小时。将混合物浓缩,得到粉红色固体形式的(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲脒(50g),用于下一步。向5.4M甲醇钠的甲醇(99mL,535mmol)溶液于甲醇(200mL)中加入(3R,6S)-1-乙酰基-6-甲基哌啶-3-甲脒(49g,267mmol)的甲醇(400mL)和丙二酸二甲酯(61.4mL,535mmol)溶液。将混合物加热至50℃,并搅拌24小时。用浓盐酸将混合物酸化(pH~3),并浓缩至较小体积。残留物用二氧化硅(20%甲醇二氯甲烷溶液)过滤并浓缩,得到橙色油状物。粗产物用硅胶柱色谱法(0%至20%甲醇二氯甲烷溶液)纯化,得到1-((2S,5R)-5-(4,6-二羟基嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(12g,17%)为无色胶状物。LCMS(方法C):tR 0.17min,100%,MS(ESI)252.1(M+H)+.1-((2S,5R)-5-(4,6-二羟基嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(12g,47.8mmol)的三氯氧磷(80mL,858mmol)溶液在60℃搅拌24小时。浓缩反应混合物,并用甲苯共蒸发两次,得到黄色油状物。将油溶于乙酸乙酯中,并用饱和碳酸氢钠溶液洗涤。水层用乙酸乙酯萃取两次。用盐水洗涤合并的有机层,用硫酸钠干燥并浓缩,得到黄色油状物。用硅胶柱色谱法(0%至20%四氢呋喃于甲苯中)纯化油,得到1-((2S,5R)-5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体2,1.5g,11%),为无色胶状物。LCMS(方法B):tR 3.34min,100%,MS(ESI)288.0(M+H)+;手性UPLC(方法:A)tR 2.54min,>95%ee和de.

中间体3:1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)

在1L钢制高压釜中,向6-甲基烟酸甲酯(100g,662mmol)在乙酸(250mL)中的溶液中加入氧化铂(IV)(0.5g,2.202mmol),然后在10巴氢气气氛下,在60℃搅拌反应混合物。观察到氢气消耗迅速,将高压釜再填充几次,直至氢气消耗停止。将混合物冷却至室温,并用硅藻土过滤。小心浓缩滤液,得到非对映异构体混合物形式的6-甲基哌啶-3-羧酸甲酯乙酸盐(143.8g,100%),用于下一步。GCMS(方法A):t

最终产品的合成程序

实施例1:合成1-((2S,5R)-2-甲基-5-(4-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(00001)和1-((2R,5S)-2-甲基-5-(4-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(00002)

向3-氨基-5-甲基吡啶(0.751g,6.94mmol)在四氢呋喃(20mL)中的溶液中加入1M双(三甲基甲硅烷基)氨基锂在四氢呋喃(6.94mL,6.94mmol)中的溶液,并将混合物在室温下搅拌10分钟。接下来,添加1-(5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体1.1g,3.47mmol)于四氢呋喃(20ml)中的溶液,混合物在室温下搅拌2小时。将混合物倒入饱和氯化铵溶液中,用乙酸乙酯萃取两次。合并的有机层用盐水洗涤一次,用硫酸钠干燥并浓缩,得到黄色固体。用硅胶柱色谱法(0%至5%甲醇的二氯甲烷溶液)纯化固体,得到1-(5-(4-氯-6-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(788mg,60%)为黄色泡沫。LCMS(方法B):tR 1.81min,100%,MS(ESI)360.1(M+H)+.在氮气下,2-(三丁基甲锡烷基)吡嗪(103mg,0.28mmol),1-(5-(4-氯-6-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(50mg,0.14mmol)和双(三苯基膦)二氯化钯(II)(9.75mg,0.01mmol)溶于N,N-二甲基甲酰胺(3mL)中。将混合物加热至80℃并保持24小时,然后冷却至室温。使用乙腈通过C18塞洗脱混合物,用反相色谱法(方法B)纯化滤液并冻干,得到1-(2-甲基-5-(4-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(22mg,37%)为白色固体。将获得的顺式对映异构体混合物提交给手性制备SFC(方法A)并冻干,得到两种立体异构体。1-((2S,5R)-2-甲基-5-(4-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(5mg,22%)LCMS(方法D):tR 3.17min,100%,MS(ESI)404.1(M+H)+;Chiral UPLC(方法:A):tR 3.17min,>95%ee和de.1-((2R,5S)-2-甲基-5-(4-((5-甲基吡啶-3-基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(6mg,27%)LCMS(方法D):tR 3.17min,100%,MS(ESI)404.2(M+H)+;Chiral UPLC(方法A):tR 4.60min,>95%ee和de。

化合物00003(其在本文中也称为化合物B)和00004(其在本文中也称为化合物A)使用类似于实施例1的方法,使用合适的原料制备。

实施例2:合成1-((2S,5R)-5-(4-(咪唑并[1,2-a]吡啶-6-基氨基)-6-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(00013)

在氩气下,将3-(三丁基甲锡烷基)吡啶(607mg,1.65mmol),1-((2S,5R)-5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体2,500mg,1.74mmol)和双(三苯基膦)氯化钯(II)(244mg,0.34mmol)的1,4-二噁烷(20mL)中的溶液加热至100℃,并搅拌32小时。用含1%三乙胺的二氯甲烷稀释混合物,并涂在二氧化硅上。用硅胶柱色谱法(含1%三乙胺的0%至40%乙腈的二氯甲烷溶液)纯化,得到1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(134mg,18%)为橙色胶状物。LCMS(方法C):tR 1.81min,100%,MS(ESI)331.1(M+H)+.向1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(30mg,0.09mmol)的2-丙醇(2ml)溶液中加入咪唑并[1,2-a]吡啶-6-胺(36.2mg,0.27mmol)和盐酸(0.02mL,0.27mmol)。将混合物在60℃搅拌16小时,倒入饱和碳酸氢钠水溶液中,用乙酸乙酯萃取两次。将合并的有机层用硫酸钠干燥并浓缩,得到黄色油状物。油用反相色谱法(方法B)纯化并冻干,得到1-((2S,5R)-5-(4-(咪唑并[1,2-a]吡啶-6-基氨基)-6-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙烷1-酮,呈青色固体。LCMS(方法B):tR 2.19min,100%,MS(ESI)428.1(M+H)+.

化合物00030按照类似于实施例2的方法,使用合适的起始原料制备。

实施例3A:合成1-((2S,5R)-2-甲基-5-(4-((2-甲基吡啶-4-基)氨基)-6-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(00071)

向2-甲基吡啶-4-胺(3.19g,29.5mmol)在无水四氢呋喃(100mL)中的溶液中加入1M双(三甲基甲硅烷基)氨基锂在四氢呋喃(29.5mL,29.5mmol)中的溶液,并将混合物搅拌10分钟。接下来,将1-((2S,5R)-5-(4,6-二氯嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体2,850mg,2.95mmol)的无水四氢呋喃(100mL)溶液在10分钟内加入,混合物在室温下搅拌2小时。将混合物倒入饱和氯化铵溶液中,用乙酸乙酯萃取两次。将合并的有机层用盐水洗涤一次,用硫酸钠干燥并浓缩,得到棕色油状物。所述油状物用硅胶柱色谱纯化(80%至100%乙酸乙酯溶于正庚烷,然后0%至10%甲醇溶于二氯甲烷),得到1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-((2-甲基吡啶-4-基)氨基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(275mg 25%)为黄色油状物。LCMS(方法A):tR 1.49min,100%,MS(ESI)360.1(M+H)+.在氮气下,1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-((2-甲基吡啶-4-基)氨基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(275mg,0.76mmol)、碳酸钠(162mg,1.53mmol)、吡啶-3-硼酸(188mg,1.53mmol)和PdCl

实施例3B:合成1-((2S,5R)-2-甲基-5-(4-((3-(1-甲基-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(化合物C)

向1-((2S,5R)-5-(4-氯-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)-2-甲基哌啶-1-基)乙-1-酮(中间体3,120mg,0.36mmol)的2-丙醇(2mL)溶液中加入3-(1-甲基-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯胺(188mg,1.08mmol)和盐酸(0.08mL,1.08mmol)。将混合物在70℃搅拌16小时,倒入饱和碳酸氢钠水溶液中,用乙酸乙酯萃取两次。将合并的有机层用硫酸钠干燥并浓缩,得到黄色油状物。所述油状物用反相色谱法(方法B)纯化并冻干,得到1-((2S,5R)-2-甲基-5-(4-((3-(1-甲基1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)氨基)-6-(吡嗪-2-基)嘧啶-2-基)哌啶-1-基)乙-1-酮(化合物C,102mg,60%)为白色固体。

实施例4:与化合物00004复合的人CREBBP溴结构域的晶体结构以及化合物A、化合物C和CCS1477的BROMOscan

结晶化

实验设置:用于结晶的构建体包含残基1081至1197。使用悬滴蒸汽扩散装置获得与化合物00004复合的CREBBP晶体。将浓度为20.3mg/ml的CREBBP(10mM Hepes,500mMNaCl,5%甘油,0.5mM TCEP,pH 7.4)用4.3mM(3.0倍摩尔过量)的00004(150mM在DMSO中)预孵育1小时。然后将1μl蛋白质溶液与1μl储库溶液(0.1M MgCl2、0.1M MES/NaOH pH 6.3、18%(w/v)PEG 6000和10%(v/v)乙二醇)混合,并在4℃下用0.4ml储库溶液平衡。良好的衍射晶体出现,并在4天内生长至全尺寸。

数据收集

安装前,通过向结晶液滴中加入10%甘油(最终浓度)对晶体进行低温保护。用钻石光源(Diamond Light Source)(英国Didcot,光束线i03)收集了CREBBP/00004晶体的完整

表1:数据收集统计

结构确定和细化

使用先前确定的CREBBP结构作为起始模型进行分子置换。使用REFMAC5进行几轮交替的手动重建和改进,产生了最终模型(表2)。原子位移因子用每个原子一个各向同性B因子建模。

表2:精细统计

结果:我们制备了CREBBP/00004晶体,衍射至

BromoKdMAX-测定

在DiscoverX进行了BromoKdMAX。该测定可用于确定化合物是否以特定Kd(如100nM或更低)与p300的溴结构域和/或CBP的溴结构域结合。

测定原理如下:BROMOscan

该测定如下进行:对于溴结构域分析,展示溴结构域的T7噬菌体菌株在来自BL21菌株的大肠杆菌宿主中平行生长在24孔块中。大肠杆菌生长至对数生长期,用来自冷冻原液的T7噬菌体感染(感染多样性=0.4),并在32℃振荡温育直至裂解(90-150分钟)。将裂解物离心(5000x g)并过滤(0.2μm),以去除细胞碎片。室温下,用生物素化小分子或乙酰化肽配体处理链霉亲和素包被的磁珠30分钟,以生成用于溴结构域测定的亲和树脂。用过量的生物素封闭配体化的(liganded)珠子,并用封闭缓冲液(SeaBlock(Pierce),1%BSA,0.05%吐温20,1mM DTT)洗涤,以除去未结合的配体并减少非特异性噬菌体结合。结合反应是通过在1x结合缓冲液(17% SeaBlock,0.33x PBS,0.04% Tween 20,0.02% BSA,0.004%叠氮化钠,7.4mM DTT)中结合溴结构域、配体化亲和珠和试验化合物(即化合物A、化合物C或CCS1477)组装的。试验化合物在100% DMSO中以1000X贮备物(stocks)制备。使用11点3倍化合物稀释系列和一个DMSO对照点测定Kd。用于Kd测量的所有化合物均通过声传递(非接触分配)法在100% DMSO中进行分配。然后将化合物直接稀释到测定中,使DMSO的最终浓度为0.09%。所有反应均在聚丙烯384孔板中进行。每份的最终体积为0.02ml。在室温下振荡培养测定板1小时,并用洗涤缓冲液洗涤亲和珠(1x PBS,0.05%吐温20)。然后将珠子重新悬浮在洗脱缓冲液(1x PBS,0.05%吐温20,2μM非生物素化亲和配体)中,并在室温下振荡温育30分钟。通过qPCR测量洗脱液中的溴结构域浓度。

结果如下:

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相应的数据是公开的i)对于SGC-CBP30,例如在Wu等人,NATURE COMMUNICATIONS(2019)10:1915https://doi.org/10.1038/s41467-09672-2的补充资料中;ii)对于GNE-781例如在Romero等人,J.Med.Chem.2017,60,9162-9183中;和iii)对于FT-6876例如在AACR年会2020,虚拟会议II,2020年6月22日至24日(标题为“FT-6876,a potent andselective inhibitor of CBP/p300 with antitumor activity in AR-positive breastcancer”)的海报#3079中。

实施例5

材料和方法:

CBP溴结构域结合测定(TR-FRET):

将10mM的化合物DMSO溶液在DSMO预稀释成25x的DMSO储备溶液。然后在检测缓冲液中稀释至4x。在检测缓冲液中进行了一系列稀释,以保持DMSO浓度稳定。将测定缓冲液中的5μl化合物移入测定板(由测定试剂盒提供)且TR-FRET测定(Cayman chemicals;600850)是按照制造商的说明进行的。在室温下在黑暗中孵育1小时后,使用TR-FRET模式在TecanM1000读板仪中读取分析板(顶部读数;激发340nM带宽20nM;发射620nM带宽7nM;为第一孔确定的最佳增益,闪光次数:5;闪光频率100Hz;积分时间:500μs,滞后时间:100μs,室温)。将670nm发射除以620nm发射计算TR-FRET比值。根据归一化值(DMSO=1)和阳性对照(0)计算EC50。对值进行对数转换,并使用具有可变斜率的非线性回归(4个参数)将数值拟合至剂量-反应曲线,以评估EC50值(见下表3)。

表3:

说明EC50:A*<0.2μM

TR-FRET数据表明,EC50>10μM的化合物00003不符合本文定义的CBP/p300溴结构域抑制剂。

实施例6

材料和方法

细胞增殖的无标记测定:

2000SNU-1411细胞[KCLB;01411,携带KRAS G12C突变的CRC(直肠腺癌)细胞系],在含有10% FCS和2mM L-谷氨酰胺的RPMI培养基中进行药物处理前一天接种到96孔板(Greiner BioOne 655090)中。第二天,使用CELIGO Image Cytometer上的明场成像对孔进行无标记成像,以确定初始细胞融合度。随后用DMSO、单个(单一)药物,即AMG510或以下列出的任何CBP/p300溴结构域抑制剂,或药物组合,即(i)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物A”,(ii)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物C”,(iii)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“CCS1477”,(iv)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“FT-6876”,以及(v)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“GNE-781”,以以下药物浓度处理细胞。使用明场模式(CELIGO Imaging Cytometer)在数周内定期对板进行定期成像,以跟踪每个孔中的细胞融合度。生长培养基和处理物每周补充两次。药物和浓度如下:300nM AMG510(共价KRAS G12C特异性抑制剂,ChemieTek#CT-AMG510),和对于CBP/p300溴结构域抑制剂:1μM化合物A,0.2μM化合物C,0.2μM CCS1477(ChemiTek;CT-CCS1477),1μM FT-6876(“CBP/P300-IN-8”,MedChemExpress;HY-136920)和0.2μM GNE-781(MedChemExpress;HY-108696)。在明场模式中,使用CELIGO软件的内置“融合度”分析工具确定融合度。

图2A至E显示了32天内的SNU-1411融合度的评估。CBP/p300溴结构域抑制剂[(A)化合物A、(B)化合物C、(C)CCS1477、(D)FT-6876和(E)GNE-781)]在没有KRAS G12C抑制剂的情况下不影响KRAS G12C突变的CRC细胞的细胞增殖,但当与AMG510联合使用时,可防止对300nM AMG510发展耐药性。需要注意的是,300nM AMG510处理的DMSO曲线和时间过程在组图2A和D以及图2B、C和E中相同,因为各自的条件(A、D以及B、C和E)在同一板上运行(每板:DMSO:9孔,CBP/p300溴结构域抑制剂:每种3个孔,AMG510:6个孔,和AMG510+CBP/p300溴结构域抑制剂的所有组合:6孔,平均值±SD)。显示了一个示例板。

结果:从图2A-E中可以得出,单独使用时CBP/p300溴结构域抑制剂对SNU-1411细胞的融合度没有/充其量有微弱的影响,而300nM AMG510最初延迟细胞增殖几天。在长期培养物中,如果单独用AMG510处理,SNU-1411细胞会重新生长,而AMG510与不同的CBP/p300溴结构域抑制剂联合使用的共同处理在32天的研究时间内可完全阻止或强烈减少再生长。

实施例7

材料和方法

细胞增殖的无标记测定:

2000SNU-1411细胞[KCLB;01411,携带KRAS G12C突变的CRC(直肠腺癌)细胞系],在含有10% FCS和2mM L-谷氨酰胺的RPMI培养基中进行药物处理前一天接种到96孔板(Greiner BioOne 655090)中。第二天,使用CELIGO Image Cytometer上的明场成像对孔进行无标记成像,以确定初始细胞融合度。随后用DMSO、单个(单一)药物,即MRTX849或以下列出的任何CBP/p300溴结构域抑制剂,或药物组合,即(i)MRTX849和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物A”,(ii)MRTX849和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物C”,(iii)MRTX849和CBP/p300溴结构域抑制剂“CCS1477”,(iv)MRTX849和CBP/p300溴结构域抑制剂“FT-6876”,以及(v)MRTX849和CBP/p300溴结构域抑制剂“GNE-781”,以以下药物浓度处理细胞。使用明场模式(CELIGO Imaging Cytometer)在数周内定期对板进行定期成像,以跟踪每个孔中的细胞融合度。生长培养基和处理物每周补充两次。药物和浓度如下:300nM MRTX849(共价KRASG12C特异性抑制剂,Selleckchem#S8884)和CBP/p300溴结构域抑制剂:1μM化合物A,0.2μM化合物C,0.2μM CCS1477(ChemiTek;CT-CCS1477),1μM FT-6876(“CBP/P300-IN-8”,MedChemExpress;HY-136920)和0.2μM GNE-781(MedChemExpress;HY-108696)。在明场模式中,使用CELIGO软件的内置“融合度”分析工具确定融合度。

图3A至E显示了32天内的SNU-1411融合度的评估。CBP/p300溴结构域抑制剂[(A)化合物A、(B)化合物C、(C)CCS1477、(D)FT-6876和(E)GNE-781)]在没有KRAS G12C抑制剂的情况下不影响KRAS G12C突变的CRC细胞的细胞增殖,但当与MRTX849联合使用时,可防止对300nM MRTX849发展耐药性。需要注意的是,300nM MRTX849处理的DMSO曲线和时间过程在组图3A和D以及图3B、C和E中相同,因为各自的条件(A、D以及B、C和E)在同一板上运行(每板:DMSO:9孔,CBP/p300溴结构域抑制剂:每种3个孔,MRTX849:6个孔,和MRTX849+CBP/p300溴结构域抑制剂的所有组合:6孔,平均值±SD)。显示了一个示例图。

结果:从图3A-E中可以得出,单独使用时CBP/p300溴结构域抑制剂对SNU-1411细胞的融合度没有/充其量有微弱的影响,而300nM MRTX849最初延迟细胞增殖几天。在长期培养物中,如果单独用MRTX849处理,SNU-1411细胞会重新生长,而MRTX849与不同的CBP/p300溴结构域抑制剂联合使用的共同处理在32天的研究时间内可阻止再生长。

实施例8

材料和方法

细胞增殖的无标记测定:

2000SW837细胞[ATCC;CCL-235,携带KRAS G12C突变的CRC(直肠腺癌)细胞系],在含有10% FCS和2mM L-谷氨酰胺的RPMI培养基中进行药物处理前一天接种到96孔板(Greiner BioOne 655090)中。第二天,使用CELIGO Image Cytometer上的明场成像对孔进行无标记成像,以确定初始细胞融合度。随后用DMSO、单个(单一)药物,即AMG510或以下列出的任何CBP/p300溴结构域抑制剂,或药物组合,即(i)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物A”,(ii)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物C”,(iii)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“CCS1477”,(iv)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“FT-6876”,以及(v)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“GNE-781”,以以下药物浓度处理细胞。使用明场模式(CELIGO Imaging Cytometer)在数周内定期对板进行定期成像,以跟踪每个孔中的细胞融合度。生长培养基和处理物每周补充两次。药物和浓度如下:100nM AMG510(共价KRAS G12C特异性抑制剂,ChemieTek#CT-AMG510)和CBP/p300溴结构域抑制剂:1μM化合物A,0.2μM化合物C,0.2μM CCS1477(ChemiTek;CT-CCS1477),1μM FT-6876(“CBP/P300-IN-8”,MedChemExpress;HY-136920)和0.2μM GNE-781(MedChemExpress;HY-108696)。在明场模式中,使用CELIGO软件的内置“融合度”分析工具确定融合度。

图4A至E显示了49天内的SW837融合度的评估。CBP/p300溴结构域抑制剂[(A)化合物A、(B)化合物C、(C)CCS1477、(D)FT-6876和(E)GNE-781)]在没有KRAS G12C抑制剂的情况下不影响KRAS G12C突变的CRC细胞的细胞增殖,但当与AMG510联合使用时,可防止对100nMAMG510发展耐药性。需要注意的是,100nM AMG510处理的DMSO曲线和时间过程在组图4A至E中相同,因为所有条件平行运行(每板:DMSO:18孔,CBP/p300溴结构域抑制剂:每种6个孔,AMG510:12个孔,和AMG510+CBP/p300溴结构域抑制剂的所有组合:12孔,平均值±SD)。

结果:从图4A-E中可以得出,单独使用时CBP/p300溴结构域抑制剂对SW837细胞的融合度没有/充其量有微弱的影响,而100nM AMG510最初阻止细胞增殖。在长期培养物中,如果单独用AMG510处理,SW837细胞会重新生长,而AMG510与不同的CBP/p300溴结构域抑制剂联合使用的共同处理在49天的研究时间内可完全阻止或强烈减少再生长。

实施例9

材料和方法

细胞增殖的无标记测定:

2000NCI-H358细胞[KCLB;25807,携带KRAS G12C突变的非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系],在含有10% FCS和2mM L-谷氨酰胺的RPMI培养基中进行药物处理前一天接种到96孔板(Greiner BioOne 655090)中。第二天,使用CELIGO Image Cytometer上的明场成像对孔进行无标记成像,以确定初始细胞数。随后用DMSO、单个(单一)药物,即AMG510或以下列出的两种CBP/p300溴结构域抑制剂之一,或药物组合,即(i)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物A”,以及(ii)AMG510和CBP/p300溴结构域抑制剂“化合物C”,以以下药物浓度处理细胞。使用明场模式(CELIGO Imaging Cytometer)在数周内定期对细胞进行成像,以跟踪每个孔中随时间的细胞增殖。生长培养基和处理物每周补充两次。药物和浓度如下:100nM AMG510(ChemieTek#CT-AMG510),1μM化合物A,200nM化合物C和100nM AMG510+1μM化合物A或100nM AMG510+200nM化合物C的组合。在明场模式下使用CELIGO软件内置的“直接细胞计数”分析工具确定细胞数量。

图5A和B显示了NCI-H385细胞数量随时间[以天为单位]的评估。在没有KRAS G12C抑制剂的情况下,化合物A(图A)和化合物C(图B)都不会减少KRAS G12C突变的NSCLC细胞系NCI-H358的细胞增殖。然而,当与共价KRAS G12C特异性抑制剂联合使用时,化合物A和C可防止耐药性的发展(对于图5A:DMSO:n=6,化合物A:n=6,AMG510:n=24,AMG510+化合物A:n=24,平均值±SD;对于图5B:DMSO:n=6,化合物C:n=6,AMG510:n=24,AMG510+化合物C:n=24,平均值±SD.)。

结果:单独使用时化合物A和化合物C不会减少NCI-H358细胞数量,而100nMAMG510最初完全阻断细胞增殖。在长期培养中,如果单独用AMG510处理,则NCI-H358细胞重新生长,而AMG510与CBP/p300溴结构域抑制剂化合物A(在A中)或化合物C(在B中)的联合处理分别在研究的时间段(>20天)内完全阻止了再生长。

相关技术
  • 用于治疗癌症的NOTCH和CDK4/6抑制剂的组合疗法
  • 用于治疗癌症的NOTCH和PI3K/MTOR抑制剂的组合疗法
  • 用于治疗EGFR突变型NSCLC的CBP/p300溴结构域抑制剂和EGFR抑制剂的组合
  • 用于治疗癌症的PD-1拮抗剂、VEGFR/FGFR/RET酪氨酸激酶抑制剂和CBP/β-联蛋白抑制剂的组合
技术分类

06120115936136