用于改善皮肤健康以及用于治疗和预防与真菌及其他病原微生物相关的疾病、病症和病况的组合物和方法

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技术领域

除其他事项外，本公开提供了某些有益的组合物和方法，其使用深蓝紫色杆菌(Janthinobacterium lividum)、粪产碱菌(Alcaligenes faecalis)、高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis)、短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)或枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)及其组合来改善皮肤健康以及抑制、治疗和预防与病原微生物或微生物体相关的疾病、病症和病况，其中每种菌株最初分离自健康人皮肤。并且/或者，含有深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的代谢物、细胞裂解物或后生元代谢物及其组合的组合物、制剂和产品可用于化妆品和消费者用途。

背景技术

病原微生物对皮肤、指甲、粘膜和粘液腔的局部感染是许多人和非人对象的健康问题。这些微生物引起多种细菌、病毒和真菌感染。这些病况可由皮肤、指甲、粘膜和粘液腔的生物失调引起，从而允许病原微生物或病原微生物群落建立。

存在多种影响相对大量人群的感染，例如细菌、病毒、寄生虫、古细菌和真菌感染。这些人的感染可能是单一微生物菌种或菌株或者菌种或菌株组合的结果。

马拉色菌(Malassezia)引起的人感染会影响大部分人群。马拉色菌是常见的、主要亲脂的真菌，其生长在人皮肤的皮脂区域上，包括面部、头皮和上躯干；以及其他哺乳动物皮肤的皮脂区域上。尽管马拉色菌菌种是正常人皮肤菌群的一部分，但它们也可能引起或加重几种皮肤疾病，其临床表现多样，从良性皮肤病况(例如花斑)到免疫受损宿主的真菌血症。目前存在14种所述菌种，即糠秕马拉色菌(M.furfur)、厚皮马拉色菌(M.pachydermatis)、合轴马拉色菌(M.sympodialis)、球形马拉色菌(M.globosa)、钝形马拉色菌(M.obtusa)、限制马拉色菌(M.restricta)、斯洛马拉色菌(M.slooffiae)、马马拉色菌(M.equina)、皮肤马拉色菌(M.dermatis)、日本马拉色菌(M.japonica)、娜娜马拉色菌(M.nana)、M.capre、大和马拉色菌(M.yamatoensis)和M.cuniculi。头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、脂溢性皮炎和毛囊炎都是与马拉色菌感染相关的病况。花斑糠疹或花斑癣是典型的马拉色菌感染，其是一种常见的浅表真菌病，可能是角质层的慢性复发感染。其特征在于白色细鳞状、色素减退或色素沉着斑，这些斑不规则并且最常出现在身体、躯干和四肢的油性部分上。一些患者可能出现瘙痒，但大多数患者无症状。脂溢性皮炎是与马拉色菌相关的第二种最常见的感染，其是一种亚急性或慢性的浅表湿疹性皮炎，特征在于具有干燥或油性鳞屑的红斑斑块。它发生在皮脂区域，如头皮、面部、耳朵、胸部和腋窝区域。局部抗真菌剂是治疗马拉色菌相关疾病的常用方法，并且经常需要持续预防以防止复发。

其他潜在病原皮肤真菌可以是酵母、丝状体或二形体(例如，白色念珠菌(Candidaalbicans))。皮肤真菌是需要角蛋白来滋养并生活在角质层、毛发或指甲以生存的真菌。人皮肤真菌感染通常由毛癣菌(Trichophyton)、小孢子菌(Microsporum)和表皮癣菌(Epidermophyton)菌种引起。红色毛癣菌(Trichophyton rubrum)占全世界皮肤和指甲真菌病的约46％至72％。研究已经证实，红色毛癣菌是最常见的皮肤真菌，也是足癣的病原体。甲癣是一种常见且持续的真菌感染，在全球2％至8％的人口中被诊断出。该疾病导致指甲变形和/或疼痛。对皮肤真菌病的治疗包括局部抗真菌产品(例如，特比萘芬、伊曲康唑、咪康唑等)和/或全身疗法。

发明内容

对某些病原体(例如，真菌)的一些长期治疗的无效性和毒性以及抗真菌药物抗性和感染复发导致需要替代目前可用的治疗。

其中，本公开提供了包含一种或多种细菌(例如，益生菌)的组合物及其用于治疗、抑制或预防一种或多种病原微生物感染的方法。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含益生菌，该益生菌包含(i)有效治疗与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、深蓝紫色杆菌，以及(ii)至少一种第一赋形剂，其中所述第一赋形剂是冷冻保护剂。

在一些实施方案中，疾病、病症或病况存在于哺乳动物中。在一些实施方案中，哺乳动物是人。在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗人皮肤疾病、病症或病况的量施用至有需要的人。在一些实施方案中，疾病、病症或病况包含皮肤疾病。在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗人皮肤上或皮肤中存在的局部病原微生物生长的量施用。在一些实施方案中，局部病原微生物包含马拉色菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与马拉色菌相关。在一些实施方案中，马拉色菌包含限制马拉色菌(Malasseziarestricta)、糠秕马拉色菌(Malassezia furfur)或球形马拉色菌(Malassezia globosa)中的一种或多种，或由其组成。在一些这种实施方案中，疾病、病症或病况选自头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、花斑癣、脂溢性皮炎、毛囊炎或其任何组合。在一些实施方案中，局部病原微生物包含皮肤真菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与皮肤真菌相关。在一些实施方案中，皮肤真菌包含毛癣菌或由其组成。在一些实施方案中，毛癣菌包含须毛癣菌(Trichophyton mentagrophytes)或由其组成。在一些实施方案中，毛癣菌包含红色毛癣菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与革兰氏阳性细菌和葡萄球菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自特应性皮炎、脓疱病、皮肤感染、软组织感染或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与念珠菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自口腔鹅口疮、尿道感染、生殖器感染、皮肤粘膜念珠菌病或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与毛癣菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合。

在一些实施方案中，益生菌包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的一种或多种，其包含与SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5中所示的核酸序列具有至少95％同一性的核酸序列或由其组成。在一些实施方案中，同一性百分比为至少99％。

在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施加至哺乳动物，以治疗由病原微生物感染引起的至少一种症状。在一些实施方案中，包含至少一种第一赋形剂的药物组合物进一步包含第二赋形剂。在一些实施方案中，药物组合物是冷冻的或冻干的。在一些实施方案中，与包含相同的益生菌但不含冷冻保护剂的组合物相比，药物组合物的冷冻保护剂在冷冻或冻干后导致益生菌的恢复百分比更高。在一些这种实施方案中，与包含相同的益生菌但不含冷冻保护剂的药物组合物相比，冷冻保护剂导致药物组合物针对病原生物体的功效、稳定性和/或活力更高。在一些这种实施方案中，与不含冷冻保护剂的组合物相比，含冷冻保护剂的组合物在20天后的恢复百分比高1至3个对数(log)。在一些实施方案中，冷冻保护剂包含二糖。在一些实施方案中，二糖包含海藻糖。在一些实施方案中，海藻糖包含2％-20％的D-海藻糖。

在一些实施方案中，药物组合物进一步包含至少一种另外分离的或合成的益生菌。在一些这种实施方案中，另外分离的益生菌包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。在一些实施方案中，另外分离的微生物包含选自乳杆菌(Lactobacillus)、乳球菌(Lactococcus)、角质杆菌(Cutibacterium)或丙酸杆菌(Propionibacterium)的属的一个或多个成员。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含第一另外分离的微生物和第二另外分离的微生物，其中第一另外分离的微生物和第二另外分离的微生物独立地选自细菌、病毒、酵母、真菌或其任何组合。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含多种另外分离的微生物，该微生物选自细菌、病毒、酵母、真菌或其任何组合。在一些这种实施方案中，分离的微生物是人分离的或合成的微生物。

在一些实施方案中，药物组合物进一步包含抗真菌化合物。在一些实施方案中，抗真菌化合物以治疗量存在于组合物中。在一些实施方案中，抗真菌化合物以亚治疗量存在于组合物中。

在一些实施方案中，药物组合物进一步包含抗细菌化合物。在一些实施方案中，抗细菌化合物以治疗量存在于组合物中。在一些实施方案中，抗细菌化合物以亚治疗量存在于组合物中。

在一些实施方案中，药物组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含至少一种后生元。

在一些实施方案中，药物组合物进一步包含局部可接受的载体。在一些实施方案中，局部可接受的载体进一步包含益生元、代谢物、后生元、细胞裂解物、益生菌或其任何组合。

在一些实施方案中，药物组合物通过冻干干燥成粉末形式。在一些实施方案中，包含的益生菌在复水时至少10％存活。在一些实施方案中，益生菌在冷藏条件下至少90％存活至少约164天。

在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人或非人对象。在一些实施方案中，药物组合物经配制作为乳膏、凝胶、泡沫、软膏、粉末或洗剂(lotion)。在一些实施方案中，药物组合物经配制作为液体、酊剂、喷雾剂(spray)、细雾喷雾剂(mister)或吸入剂。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人皮肤。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人粘膜。

在一些实施方案中，本发明提供了合成的组合物，其包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该菌株包含与SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有95％同一性的核酸序列，其中组合物经配制用于局部施加。在一些实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌核酸序列同一性是与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有99％同一性。在一些实施方案中，组合物经配制用于施加至将与人皮肤、指甲、毛发或粘膜接触的材料。在一些实施方案中，组合物经配制用于施加至人皮肤、指甲、毛发或粘膜。在一些实施方案中，组合物经配制在水性制剂中。在一些实施方案中，组合物经配制用于局部施加至与人接触的表面。在一些实施方案中，组合物经配制用作化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、牙线、滴眼剂或鼻喷雾组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该菌株在16s rRNA基因序列处包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少98％同一性的核酸序列。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的产碱菌(Alcaligenes)或芽孢杆菌(Bacillus)，该菌株包含包括SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的核酸序列。

在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防病原微生物的方法，该方法包括向有需要的对象施用有效量的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。

在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的皮肤病况的方法，其包括向对象局部施用治疗有效量的药物组合物，该药物组合物包含产碱菌属、芽孢杆菌属或紫色杆菌属的益生菌，其中益生菌包含具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQID NO:4或SEQ ID NO:5的16s rRNA基因序列具有至少95％同一性的核酸序列的多核苷酸。

在一些实施方案中，本公开提供了改善包含产碱菌的益生菌功效的方法，该产碱菌包含具有与SEQ ID NO:6的甲基转移酶具有至少95％同一性的甲基转移酶的益生菌。

在一些实施方案中，本公开提供了分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的16srRNA核酸分子。在一些这种实施方案中，分离的产碱菌益生菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的甲基转移酶。在一些实施方案中，药物组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的16s rRNA核酸分子，并且任选地包含具有如SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。在一些实施方案中，合成的组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的16srRNA核酸分子，并且任选地包含具有如SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。在一些实施方案中，化妆品组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的16s rRNA核酸分子，并且任选地包含具有如SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。

在一些实施方案中，本公开提供了分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少98％同一性的16s rRNA核酸序列。

在一些实施方案中，本公开提供了一种组合组合物，其包含至少两种选自产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌中任一种的益生菌，该益生菌包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少98％同一性的16s rRNA核酸序列。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种，其中药物组合物呈局部剂型。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含来自人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的至少一种菌种的代谢物，其中所述代谢物以足以治疗、抑制或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在，其中所述药物组合物呈局部剂型。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种的细胞裂解物，其中药物组合物呈局部剂型。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗、抑制或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种的后生元，其中药物组合物呈局部剂型。

在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗有需要的对象的皮肤障碍的方法，其中该方法包括局部施用包含有效量的益生菌细菌、益生菌细菌的代谢物、益生菌细菌的后生元和/或益生菌细菌的细胞裂解物的制剂；其中益生菌细菌是人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌；并且病症与局部病原微生物的存在相关。在一些这种实施方案中，制剂经配制用于施用至皮肤、指甲或毛发。在一些实施方案中，制剂经配制用于施用至粘膜。在一些实施方案中，粘膜选自阴道、阴茎、尿道、膀胱、肛门、口、鼻、咽喉、支气管、肺、眼和耳和鼻腔的粘膜。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的由至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌产生的代谢物。在一些这种实施方案中，深蓝紫色杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16S rRNA基因序列。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的来自至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的细胞裂解物。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16SrRNA基因序列。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的来自至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的后生元。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16SrRNA基因序列。

在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的至少一种人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌代谢物，经配制用于局部施加。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16S rRNA基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，化妆品组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂或牙线。在一些实施方案中，化妆品组合物包含防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌细胞裂解物，经配制用于局部施加。在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ IDNO:5具有至少95％同一性的16S rRNA基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂或牙线。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌后生元，经配制用于局部施加。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16S rRNA基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂、唇膏或牙线。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的方法，其包括向对象施用包含益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂的组合物，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该冷冻保护剂增加益生菌的至少一种代谢物的水平，其中至少一种代谢物水平的增加与病原微生物相关的疾病、病症或病况的治疗有关。

在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的方法，其包括向对象施用包含益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂的组合物，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该冷冻保护剂降低益生菌的至少一种代谢物的水平，其中至少一种代谢物水平的至少一种降低与病原微生物相关的疾病、病症或病况的治疗有关。

在一些实施方案中，本公开提供了冻干的益生菌组合物，其包含至少一种益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。在一些这种实施方案中，冷冻保护剂包含二糖。在一些实施方案中，与不包含冷冻保护剂的组合物相比，冷冻保护剂导致组合物的功效、稳定性和/或活力得到改善。在一些实施方案中，冻干的制剂进一步包含至少一种益生元。

在一些实施方案中，本公开提供了用作药剂的益生菌组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种和至少一种冷冻保护剂。在一些这种实施方案中，组合物用于治疗与至少一种病原微生物相关的疾病、病症或病况。

在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗与病原微生物相关的感染的益生菌组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种。在一些这种实施方案中，感染是皮肤感染。在一些实施方案中，病原微生物包含马拉色菌或由其组成。在一些实施方案中，病原微生物与头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、花斑癣、脂溢性皮炎、毛囊炎或其任何组合相关。在一些实施方案中，病原微生物包含皮肤真菌或由其组成。在一些实施方案中，病原微生物与须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合相关。在一些实施方案中，益生菌组合物用于治疗足癣或花斑癣。

在一些实施方案中，本公开提供了组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的至少一种代谢物。在一些实施方案中，组合物用于治疗与病原微生物相关的感染。

在一些实施方案中，本公开提供了试剂盒，其包含(i)至少一个包含组合物的小瓶，该组合物包含至少一种稳定化的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌和至少一种第一赋形剂，其中至少一种第一赋形剂是冷冻保护剂；以及(ii)说明书。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含至少一小瓶用于重构的制剂缓冲剂。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含混合和施加的说明书，以及任选地，混合和/或施加的一个或多个工具。在一些实施方案中，组合物呈粉末形式。在一些实施方案中，组合物呈液体形式。

在一些实施方案中，本公开提供了一种细菌。在一些实施方案中，细菌包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌，或由其组成，该细菌最初分离自健康人皮肤或曾最初分离自健康人皮肤。非限制性地，在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法可用于调节宿主的微生物组，以有效地抑制、治疗或预防微生物感染。在一些实施方案中，这些组合物和方法包含本公开提供的一种或多种益生菌产品(例如，组合物、药物组合物等)或由其组成。在一些这种实施方案中，本公开的益生菌产品包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或其活性组分或代谢物，或由其组成。在一些实施方案中，本公开提供的细菌分离自人或是合成的。

本文还提供了局部和化妆品组合物和方法。在一些实施方案中，这些局部和化妆品组合物可用于改善皮肤健康、减少暴露于阳光的影响和衰老。在一些实施方案中，这些局部和化妆品组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或其活性组分或代谢物，或由其组成。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的至少一种益生菌菌株，或基本上由其组成。在一些这种实施方案中，药物组合物进一步包含一种或多种赋形剂。在一些实施方案中，药物组合物以通常有效改善健康和/或抑制、治疗或预防局部微生物和/或它们引起的疾病的量使用。在一些实施方案中，包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和至少一种赋形剂的药物组合物比不包含至少一种赋形剂的药物组合物更有效。

在一些实施方案中，组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或一种或多种源于其的材料，或基本上由其组成。

在一些实施方案中，本公开提供的药物组合物包含人来源的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的一种或多种代谢物，或基本上由其组成。在一些实施方案中，代谢物以有效用于抑制、治疗或预防局部微生物的量施用。

本文还提供了药物组合物，其包含深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的细胞裂解物，基本上由其组成或由其组成。在一些实施方案中，细胞裂解物以有效用于抑制、治疗或预防局部病原微生物的量施用。在一些这种实施方案中，药物组合物进一步包含赋形剂。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料以有效用于抑制、治疗或预防局部微生物感染的量施用。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料是使用这些药物组合物抑制、治疗或预防病原微生物和/或它们引起的疾病的方法的一部分。在一些实施方案中，这些人分离的益生菌可以经配制作为组合物，用于施加至有需要的对象(例如，皮肤、粘膜、毛发、指甲)或施加至与对象接触的物体(例如，布、地板等)。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于施加至皮肤、粘膜、毛发和/或指甲。在一些实施方案中，将药物组合物施加至、包括于或经配制作为例如绷带、防晒剂、牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂、唇膏或牙线。

在一些实施方案中，本文提供了合成的组合物，其包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的益生菌；选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的益生菌的一种或多种代谢物；益生菌深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的细胞裂解物；和/或选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的一种或多种后生元，经配制用于局部施加。在一些实施方案中，这些合成的组合物可以经配制用于施加至有需要的对象(例如，皮肤、粘膜、毛发、指甲)或与对象接触的物体(例如，布、地板等)。在一些实施方案中，这些合成的组合物是化妆品组合物。

在一些实施方案中，本公开的组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，益生元选自氨基酸、生物素、甘油、低聚果糖、低聚半乳糖、菊粉、乳果糖、甘露寡糖、富含果寡糖的菊粉、果寡糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、非天然聚糖和低聚木糖中的一种或多种。

在一些实施方案中，本文提供的药物组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌，并且进一步包含至少一种分离的另外的微生物。在一些实施方案中，另外分离的微生物选自乳杆菌菌种、乳球菌菌种、通常存在于人皮肤上的无害真菌菌种、或丙酸杆菌(Propionibacterium)或角质杆菌(Cutibacterium)菌种。

在一些实施方案中，本文公开的组合物(包括药物组合物)经配制用于与至少一种另外的抗真菌或抗细菌化合物一起施用。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至皮肤或粘膜。在一些实施方案中，组合物是为粘液腔制造的递送装置的一部分。

在一些实施方案中，分别通过对应于粪产碱菌的SEQ ID NO:1、对应于高地芽孢杆菌的SEQ ID NO:2、对应于短小芽孢杆菌的SEQ ID NO:3、对应于枯草芽孢杆菌的SEQ IDNO:4或对应于深蓝紫色杆菌的SEQ ID NO:5鉴定人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌核酸序列。在一些实施方案中，人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含多核苷酸或由其组成，该多核苷酸包含相对于其16s rRNA基因序列(即，如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:5中提供的)，分别与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少90％同一性；或分别与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少93％同一性、至少95％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的核酸序列。

在一些实施方案中，本公开提供的药物组合物用于治疗或预防真菌微生物感染，例如白色念珠菌、光滑念珠菌(C.glabrata)、近平滑念珠菌(C.parapsilosis)、热带念珠菌(C.tropicalis)、耳念珠菌(C.auris)、克柔念珠菌(C.krusei)或乳酒念珠菌(C.kefyr)。

在一些实施方案中，药物组合物用于治疗真菌病原微生物，例如毛癣菌或马拉色菌菌种。

在一些实施方案中，药物组合物用于治疗真菌病原微生物感染，例如红色毛癣菌(T.rubrum)、疣状毛癣菌(T.verrucosum)、断发毛癣菌(T.tonsurans)、土发癣菌(T.terrestre)、指间毛癣菌(T.interdigitale)、须毛癣菌(T.mentagraphytes)。

在一些实施方案中，药物组合物用于治疗细菌病原微生物感染，例如葡萄球菌、假单胞菌、肠球菌和金黄色葡萄球菌。

在一些实施方案中，药物组合物用于治疗病毒病原微生物感染，例如脊髓灰质炎病毒、单纯疱疹病毒、甲型肝炎病毒、轮状病毒、腺病毒、冠状病毒和甲型流感病毒。

在一些实施方案中，药物组合物用于治疗选自阴道加德纳菌(Gardnerellavaginalis)、白色念珠菌、阴道阿托波菌(Atopobium vaginae)、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、假单胞菌和沙门氏菌的病原微生物感染。

在一些实施方案中，提供了深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的分离的代谢物，其用于或作为具有适于局部施加的可溶性制剂的组合物。在一些实施方案中，代谢物选自四氢嘧啶(ectoine)、β内酯、萜烯、间苯二酚、T1PKS、quilolobactin、伯克霍尔德酸(burkhoderic acid)、杆菌巴汀(bacillibactin)、羟胺、环-(L-Pro-Gly)5(SEQ ID NO:36)、苯乙酸、对羟基苯乙酰胺、淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、伊枯草菌素、几丁质酶、衣霉素、丁内酯、膦酸酯、铁载体、吲哚乙酸、热稳定的角蛋白酶、吲哚-3-乙酸、渗透质、生产性过氧化氢酶、淀粉酶、ACC脱氨酶、鸟嘌呤基偏好RNA酶、短小芽孢杆菌核糖核酸酶(binase)、细菌素、非核糖体肽合成酶、塞克肽、溶杆菌素、pseudomonine、丰原素、表面活性素、地衣素、孢子形成杀伤因子、4-苯基丁酸、丁醛、3-甲基-、丙烯、2-丁烯、2-庚酮、6-甲基-5-亚甲基-和6-氧杂二环[3.1.0]己烷、二酮哌嗪类虫草二肽、pumilacidin类、溶菌剂、4-二戊基己烷-2,5-二醇、1,1’-(4,5-二丁基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-醇)、1,1’-(4,5-二丁基-3,6-二甲基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-酮)、抗真菌环脂肽、聚酮化合物(PK)、核糖体和非核糖体合成的肽及其任何组合。

在一些实施方案中，人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌产生抗微生物代谢物，其选自四氢嘧啶、β内酯、萜烯、间苯二酚、β内酯、T1PKS、quilolobactin、伯克霍尔德酸、杆菌巴汀、羟胺、环-(L-Pro-Gly)5(SEQ ID NO:36)、苯乙酸、对羟基苯乙酰胺、淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、伊枯草菌素、几丁质酶、衣霉素、丁内酯、膦酸酯、聚酮化合物、铁载体、吲哚乙酸、热稳定的角蛋白酶、吲哚-3-乙酸、渗透质、生产性过氧化氢酶、淀粉酶、ACC脱氨酶、鸟嘌呤基偏好RNA酶、短小芽孢杆菌核糖核酸酶、细菌素、非核糖体肽合成酶、塞克肽、溶杆菌素、pseudomonine、丰原素、表面活性素、地衣素、孢子形成杀伤因子、4-苯基丁酸、丁醛、3-甲基-、丙烯、2-丁烯、2-庚酮、6-甲基-5-亚甲基-和6-氧杂二环[3.1.0]己烷、二酮哌嗪类虫草二肽、pumilacidin类、溶菌剂、4-二戊基己烷-2,5-二醇、1,1’-(4,5-二丁基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-醇)、1,1’-(4,5-二丁基-3,6-二甲基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-酮)、抗真菌环脂肽、聚酮化合物(PK)、萜烯、核糖体和非核糖体合成的肽或其任何组合。在一些实施方案中，这种抗微生物代谢物可以用于局部施加或施加至粘膜，以预防、抑制或治疗由微生物引起的病况、疾病或病症。

在一些实施方案中，由本文提供的益生菌产生的代谢物不分离自人参考菌株。在一些这种实施方案中，来自人分离的菌株的代谢物以高于不分离自人的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的另一参考菌株的水平存在或被检测到。在一些实施方案中，人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的代谢物选自杆菌巴汀、溶杆菌素、类胡萝卜素、地衣素、丰原素、四氢嘧啶、quinolobactin及其任何组合。

在一些实施方案中，在用单独储存的无菌制剂缓冲剂重构之前，将包含人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或者其一种或多种代谢物的药物组合物冻干、在-20℃冷冻，或在-80℃冷冻。

在一些实施方案中，制剂包含眼润滑剂、氨基酸(例如，色氨酸)、二肽、寡肽、多肽、酪蛋白氨基酸、单糖(包括葡萄糖)、糖醇(包括甘露醇)、简单醇(包括甘油)、寡醇、简单多元醇、复合多元醇、二糖(包括蔗糖和海藻糖)和其异构体、多糖、改性多糖(包括-角叉菜胶)、纤维素和改性纤维素(包括羧甲基纤维素)、淀粉和改性淀粉(包括2-羟乙基淀粉(HES))、其他生物粘附剂(包括卡波姆聚合物)、增稠剂和流变改性剂(例如，CMC)、悬浮和/或乳化稳定剂及其任何组合中的一种或多种。在一些这种实施方案中，一种或多种这种组分包括在用于重构的缓冲剂中。

在一些实施方案中，包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其代谢物的组合物用于治疗或预防由病原微生物引起的疾病或病症的方法中。在一些实施方案中，治疗方法包括抑制、减缓或停止病原微生物生长的方法，或由其组成。在一些实施方案中，该方法包括向有需要的对象施用有效量的人分离的或合成的益生菌、其代谢物和/或细胞裂解物，该益生菌选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，其中人分离的或合成的益生菌、其代谢物和/或细胞裂解物以有效抑制、减缓或停止微生物生长以治疗或预防由这种微生物引起的疾病或病症的量存在。在一些实施方案中，选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的人分离的或合成的益生菌与另外的抗真菌剂、抗病毒剂或抗细菌剂联合施加。在一些实施方案中，组合物包含至少一种另外的益生菌或非病原微生物。

在一些实施方案中，本公开的药物组合物、合成的组合物、化妆品组合物和益生菌组合物含有至少10、10

本文提供了制造包含有效量的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌、任选的代谢物、细胞裂解物和/或益生元以及药学上可接受的赋形剂的药物组合物的方法。该方法包括在含有增强保存的赋形剂的药物制剂的存在下，通过冻干保存人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，并包装保存的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，用于与第二赋形剂制剂重构以在施用前即刻产生制剂。在一些实施方案中，赋形剂选自但不限于DMSO、天然泪液、眼润滑剂、氨基酸、肽、甘油、其他简单多元醇、复合多元醇、改性多元醇、糖醇、葡萄糖、单糖、二糖、寡糖、多糖和改性寡糖和多糖、维生素、蛋白质、缓冲剂及其组合。

本文提供了试剂盒，其包含至少一小瓶稳定化的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，和任选的至少一小瓶用于重构稳定化的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的制剂缓冲剂、混合和施加的说明书，以及任选地混合和施加的一个或多个器具。在一些实施方案中，包括混合和施加的器具，并且包含选自注射器、空无菌容器和雾化器或细雾喷雾剂的一个或多个元件。在一些实施方案中，试剂盒含有多个小瓶的稳定的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，以及至少一小瓶用于重构稳定的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的液体，用于多次施加至有需要的一名或多名对象。在一些实施方案中，制备试剂盒以供医学专业人员施加。在一些实施方案中，制备试剂盒以供有需要的对象施加。

附图说明

图1示出了生长在培养皿上的所有粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的代表性实例。

图2A-图2D示出了人分离的粪产碱菌抑制琼脂板上马拉色菌、红色毛癣菌和金黄色葡萄球菌的生长。图2A和图2D示出了与抗真菌剂特比萘芬(TRB)相比，在糠秕马拉色菌和限制马拉色菌上生长的DB05646周围的抑制区。图2B示出了与抗细菌剂苯唑西林相比，在金黄色葡萄球菌上生长的DB05646周围的抑制区。图2C示出了与无DB05646交叉线条的红色毛癣菌的生长相比，DB05646的交叉线条对红色毛癣菌的抑制。每个象限加入一个红色毛癣菌斑点，总共4个斑点。

图3A-图3D示出了人分离的高地芽孢杆菌抑制琼脂板上马拉色菌、红色毛癣菌和金黄色葡萄球菌的生长。图3A和图3D示出了与抗真菌剂特比萘芬(TRB)相比，在糠秕马拉色菌上生长的DB10033周围的抑制区。图3B示出了与抗细菌剂苯唑西林相比，在金黄色葡萄球菌上生长的DB10033周围的抑制区。图3C示出了菌落两侧周围有和无(模拟)DB10033线条时生长的红色毛癣菌菌落的宽度。

图4A-图4D示出了人分离的短小芽孢杆菌抑制琼脂板上马拉色菌、红色毛癣菌和金黄色葡萄球菌的生长。图4A和图4D示出了与抗真菌剂特比萘芬(TRB)相比，在糠秕马拉色菌上生长的DB03376周围的抑制区。图4B示出了与抗细菌剂苯唑西林相比，在金黄色葡萄球菌上生长的DB03376周围的抑制区。每个实验重复三次。图4C示出了菌落两侧周围有和无(模拟)DB03376线条时生长的红色毛癣菌菌落的宽度。

图5A-图5D示出了人分离的枯草芽孢杆菌抑制琼脂板上马拉色菌、红色毛癣菌和金黄色葡萄球菌的生长。图5A和图5D示出了与抗真菌剂特比萘芬(TRB)相比，在糠秕马拉色菌上生长的DB02475周围的抑制区。图5B示出了与抗细菌剂苯唑西林相比，在金黄色葡萄球菌上生长的DB02475周围的抑制区。每个实验重复三次。图5C示出了菌落两侧周围有和无(模拟)DB02475线条时生长的红色毛癣菌菌落的宽度。

图6示出了通过在接种有金黄色葡萄球菌和深蓝紫色杆菌DB02473或粪产碱菌DB05646的外植体上进行CFU铺板，金黄色葡萄杆菌ATCC 43300 CFU/外植体的丰度。

图7示出了用活性DB05646粪产碱菌(白色)和对照(水凝胶，黑色斜线)条件治疗的对象中花斑癣的体征和症状的临床评分。评分降低(与较早时间点相比)表明临床改善。显示了7个个体的评分。

图8示出了用活性DB05646粪产碱菌(白色)和对照(水凝胶，黑色斜线)治疗的对象中通过qPCR测定的马拉色菌的丰度，显示为与对照位置相比活性治疗位置中相对于基线的马拉色菌水平。

图9示出了DB05646在向对象施加最终治疗后持续存在多达一周(第14天)，其丰度经由qPCR测量。活性(白色)治疗组和对照(水凝胶，黑色斜线)治疗组在基线、第5天和第14天显示DB05646水平。

图10是DB05646的示例性系统发育分析。

图11示出了与粪产碱菌参考菌株相比，DB05646的ANI全基因组分析结果。

图12示出了与其他粪产碱菌参考基因组相比，DB05646和34个已知功能的可变基因之间使用泛基因组分析的相似性百分比。

图13是DB10033的示例性系统发育分析。

图14示出了与DB高地芽孢杆菌菌株和公开获得的高地芽孢杆菌参考菌株相比，DB10033的全基因组分析的ANI分析结果。

图15示出了DB03376的示例性系统发育分析。

图16示出了与其他DB短小芽孢杆菌菌株和公开获得的短小芽孢杆菌参考菌株相比，短小芽孢杆菌DB03376的全基因组序列的ANI分析结果。

图17示出了DB02475的示例性系统发育分析。

图18示出了与其他DB枯草芽孢杆菌菌株和公开获得的枯草芽孢杆菌参考菌株相比，枯草芽孢杆菌DB02475的全基因组序列的ANI分析结果。

图19示出了测试冻干后的深蓝紫色杆菌菌株DB02473的活菌落形成单位(CFU)恢复的实验数据。纵轴是1mL或2mL溶液中0.1g冻干材料的CFU/mL。

图20示出了测试冻干后的深蓝紫色杆菌菌株DB02473的活菌落形成单位(CFU)恢复的实验数据。纵轴是1mL或2mL溶液中0.1g冻干材料的CFU/mL。

图21示出了证明冻干后的粪产碱菌菌株DB05646的活菌落形成单位(CFU)恢复的数据。纵轴是1mL或2mL溶液中含0.1g冻干材料的制剂的CFU/mL。

图22A-图22F示出了证明深蓝紫色杆菌菌株DB02473的活菌落形成单位(CFU)恢复的数据。在-80℃、-20℃、4℃下以预定的时间间隔评估制剂的稳定性。(A)制剂K，(B)制剂L，(C)制剂M，(D)制剂N，(E)制剂O和(F)制剂P。

图23A-图23E示出了证明粪产碱菌菌株DB05646的活菌落形成单位(CFU)恢复的数据。在-80℃、-20℃和4℃下评估制剂的稳定性，同时以预定的时间间隔评估27℃和40℃的稳定性。(A)制剂Q，(B)制剂R，(C)制剂S，(D)制剂T和(E)制剂U。

具体实施方式

尽管本文已经示出和描述了本公开的各种实施方案，但对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅作为实例提供。在不背离本公开的情况下，本领域技术人员可以想到许多变化、改变和替换。应理解，可采用本文所述的本公开实施方案的各种替代方案。

特定术语

在整个申请中，本公开的各种实施方案可以范围形式呈现。应理解，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，而不应被解释为对本公开范围的硬性限制。因此，范围的描述应被认为具有具体公开的所有可能的子范围以及该范围内的单个数值。

应理解，为了清楚起见，在单独实施方案的上下文中描述的本公开的某些特征也可以在单个实施方案中组合提供。相反地，为了简洁起见，在单个实施方案的上下文中描述的本公开的各种特征也可以单独地或以任何合适的子组合或如在本公开的任何其他描述的实施方案中合适地提供。在各种实施方案的上下文中描述的某些特征不应被认为是那些实施方案的必要特征，除非该实施方案在没有那些元件的情况下不起作用。

除非另有说明，否则如本文所用的所有百分比是重量百分比。

必须注意的是，除非上下文另有明确规定，否则如在本说明书和所附权利要求中所用的，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代。

如本文所用，术语“约”包括多达约+/-10％的变化，并且允许产品中的功能等同。

如本文所用，“可接受的”赋形剂是指必须与活性成分相容并且对其所施用的对象无害的赋形剂。

如本文所用，术语“改善”是指在疾病状态(例如，代谢疾病状态)的治疗中产生的任何治疗上有益结果，包括预防、减轻严重性或进展、缓解或治愈。

如本文所用，宿主生物体的“定殖”包括细菌或其他微观生物体的非暂时性停留。如本文所用，病原细菌对宿主对象皮肤(或任何其它微生物生态位)的“减少定殖”包括减少皮肤上病原体的停留时间、减少皮肤上的复制，以及减少皮肤上或粘附于皮肤的病原体数目(或浓度)。测量粘附病原体的减少可例如通过活检样品、通过擦拭、擦洗或刮擦皮肤来证明，或者可间接测量减少。

如本文所用，术语“菌落形成单位”或“CFU”是能够将自身分裂为相同细胞的整个菌落的单个细胞。

如本文所用，两种或更多种细菌的“组合”包括两种细菌在相同材料或产品中或在物理连接的产品中的物理共存，以及两种细菌的暂时共同施用或共同定位。

如本文所用，短语“不含冷冻保护剂”是指具有其他相同的组分或作为其他相同的制剂的组合物，其除去冷冻保护剂并用水代替。换句话说，“不含冷冻保护剂”用于描述其他相同的组合物中存在或不存在特定的冷冻保护剂。

如本文所用，术语“来源于”包括立即取自环境样品的微生物、微生物体或其他活培养物，以及分离自环境来源并随后在纯培养物或分离物中生长的微生物、微生物体或其他活培养物。来源于其他物质的物质包括分离自所列举来源的材料和使用分离的材料获得的材料(例如，从分离自所列举来源的微生物生长的微生物培养物)。相似地，如本文所用，当提及益生菌时，术语“衍生物”包括源自益生菌或是益生菌产物的任何物质，例如但不限于与亲本菌株多核苷酸或多肽具有相似性的一种或多种多核苷酸或多肽、一种或多种代谢物、细胞裂解物等。

如本文所用，当益生菌或益生元组合物以足以以所需方式改变病原微生物和/或对象(例如，患有与病原微生物相关的疾病、病症或病况的对象)的生理学的量施用时，本文提供的组合物的剂量被认为是“有效剂量”。

如本文所用，术语“人分离的”定义为分离自人来源的细菌或其他微生物。

如本文所用，术语“抑制(inhibit、inhibiting或inhibition)”包括停止、减缓、延迟、暂停、减弱、减少病况或生长的进展，或预防病况或生长，或基本上治疗病况或不期望的生长。

如本文所用，术语“体外”是指在与活生物体分离生长的活细胞中发生的过程，例如，在组织培养物中生长。

如本文所用，术语“体内”是指在活生物体中发生的过程。

如本文所用，术语“哺乳动物”包括人和非人哺乳动物，包括但不限于人、非人灵长类动物、犬科动物、猫科动物、鼠科动物、牛科动物、马科动物和猪科动物。

如本文所用，术语“方法”是指用于完成给定任务的方式、手段、技术和程序，包括但不限于化学、药理学、生物学、生物化学和医学领域的从业者已知的或易于从已知方式、手段、技术和程序开发的那些方式、手段、技术和程序。

如本文所用，“微生物”是指微生物体，即微观生物体，并且可用于描述例如任何类型的细菌、真菌(包括酵母和霉菌)、古细菌、原生生物和病毒。

如本文所用，“微生物组”是指可持续和短暂地生活在人体中和人体上的微生物、微生物体或活培养物的群落的遗传内容，包括微真核生物、真菌、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒，即噬菌体)，其中“遗传内容”包括基因组DNA、RNA(例如核糖体RNA)、表观基因组、质粒和所有其他类型的遗传信息。

如本文所用，“微生物群”是指(可持续地或短暂地)存在于动物对象(通常是哺乳动物，例如人)中和其上的微生物体或微生物的群落，包括微真核生物、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒，即噬菌体)。

如所用的，术语“过量产生”和“过量表达”是指生物体产生一种或多种化合物(例如，代谢物)，并且术语“过量表达”是指产生一种或多种化合物(例如，代谢物)的基因的表达。过量产生或过量表达是指相对于其他菌株(例如，参考菌株)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、达1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍或更多的产生或更多的表达(分别)。

如本文所用，术语“病原体”是指与疾病或感染相关的微生物。例如：须癣是一种胡须区域的皮肤真菌感染，最常由须毛癣菌或疣状毛癣菌引起。头癣是一种皮肤真菌病，由断发毛癣菌、犬小孢子菌和头癣小孢子菌或其他毛癣菌菌种(例如，舍恩莱发癣菌、紫色毛癣菌)引起。体癣是一种面部、躯干和四肢的皮肤真菌感染，通常由须毛癣菌、红色毛癣菌和犬小孢子菌引起。股癣是一种皮肤真菌病，通常由红色毛癣菌或须毛癣菌引起。足癣是一种脚部皮肤真菌感染，通常由红色毛癣菌引起。花斑癣是一种胸部、背部、躯干或身体其他部位的皮肤真菌感染，最常见由马拉色菌属真菌引起，在一些情况下是由糠秕马拉色菌引起。甲癣是一种手指甲或脚趾甲、床或板的皮肤真菌感染，通常由红色毛癣菌、小孢子菌菌种或断发毛癣菌引起，但也可以由曲霉、镰刀菌、枝顶孢菌、柱顶孢霉、帚霉、拟青霉、共头霉、Neoscytalidium、毛壳菌、链格孢菌以及Onychocola菌种或酵母(例如白色念珠菌和近平滑念珠菌)引起。皮肤真菌反应是多变的；它们与真菌的局部生长无关，而是对身体其他部位的皮肤真菌病的炎症反应。其他相关但不限于此的疾病、病症或病况是特应性皮炎、脓疱病、皮肤和软组织感染，并且通常由革兰氏阳性细菌葡萄球菌引起。

如本文所用，术语“药物组合物”是指由至少一种活性成分(例如本文所述的任何两种或更多种纯化的细菌菌株)和一种或多种非活性成分(其可包括一种或多种药学上可接受的赋形剂)的混合或组合产生的产物。

如本文所用，术语“后生元”是指由微生物产生的功能性生物活性化合物，其可用于促进健康。

如本文所用，术语“预防(preventing或prevention)”包括完全或基本上降低病症、疾病或障碍的初始临床或美学症状的可能性或发生率或严重性。

如本文所用，术语“益生菌”是指活的微生物体、微生物或活的培养物(包括例如细菌或真菌)，其以足够的数目提供，有益地影响宿主生物体，即通过赋予宿主生物体一种或多种可证明的健康益处。本公开的益生菌至少最初是人源的(即从人皮肤样品中收集的)，即使在之后的某时刻提供了包含益生菌的合成或以其他方式工程化的组合物。

如本文所用，“益生菌细菌(bacterium)”或“益生菌微生物体”或“益生菌微生物”或“益生菌培养物”或“益生菌细菌(bacteria)”是细菌、微生物体、微生物、真菌或培养物，其以足够的数目提供，有益地影响宿主生物体，即通过赋予宿主生物体一种或多种可证明的健康益处。

如本文所用，术语“参考菌株”是指分离自相同属(例如，紫色杆菌、产碱菌、芽孢杆菌等)的菌株，并且可以是或可以不是相同菌种的变体(例如，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、枯草芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、高地芽孢杆菌等)。参考菌株可以是分离自不同环境生态位的菌株，例如，如果测试菌株分离自人皮肤，参考菌株也可分离自人皮肤，或它可分离自另一生物体(例如，蝾螈)的皮肤，或另一来源，例如产物、污物、废水等。

如本文所用，术语“可溶性代谢物”是指存在于细胞培养物上清液中的代谢物，已从该细胞培养物去除存活细胞。在优选实施方案中，培养物生长到细胞密度OD600为至少约0.5。在进一步优选实施方案中，通过离心去除细胞，该实施方案可以称为“无细胞上清液”。在更优选实施方案中，将上清液过滤，并且可以称为“无细胞滤液”。显而易见的是，上清液可直接用于本公开的制剂中，或者可在使用前通过任何合适的手段从上清液中分离一种或多种代谢物。

如本文所用，术语“菌株”定义为与定义的16s rRNA核酸序列具有97％或更高同一性的任何核酸序列。菌株的更优选实施方案是与定义的16s rRNA核酸序列具有大于98％、大于99％同一性的核酸序列。

如本文所用，在两个或更多个核酸或多肽序列的情况下，术语“同一性百分比”是指具有指定百分比的核苷酸或氨基酸残基的两个或更多个序列或子序列，该核苷酸或氨基酸残基在进行最大对应性比较和比对时是相同的，如使用下文所述的序列比较算法中的一种(例如，BLASTP和BLASTN或技术人员可用的其他算法)或通过目测所测量的。根据应用，“同一性”百分比可以存在于被比较的序列的区域上，例如，存在于功能结构域上，或者，存在于待比较的两个序列的全长上。在一些方面，同一性百分比定义为可用于表征两种或更多种生物体(包括两种或更多种微生物)的系统发育相似性的区域。在这些情况下的同一性百分比可以通过在较大序列的背景下鉴定这些序列来确定，较大序列可以包括通过克隆或测序操作(例如，引物、衔接子等)引入的序列，并分析目的区域中的同一性百分比，而不包括在那些分析中引入的不告知系统发生相似性的序列。对于序列比较，通常一个序列用作与测试序列进行比较的参考序列。当使用序列比较算法时，将测试序列和参考序列输入计算机，用于使用程序(例如BLASTP和BLASTN或技术人员可用的其他算法)进行分析，如果需要，则指定后续坐标，并指定序列算法程序参数。然后，基于指定的程序参数，序列比较算法计算测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。用于比较的序列的最佳比对可以例如通过Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法、通过Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)的同源性比对算法、通过Pearson&Lipman,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)的相似性搜索法、通过这些算法的计算机化实现(Wisconsin遗传学软件包(Wisconsin Genetics Software Package,遗传学计算机组,575Science Dr.,Madison,Wis.)中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA)或通过目测(通常见下文Ausubel等人)来进行。适于确定序列同一性和序列相似性百分比的算法的一个实例是BLAST算法，其描述于Altschul等人,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。用于进行BLAST分析的软件可通过美国国家生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation)公开获得。

如本文所用，术语“对象”是指任何动物对象，包括人、实验室动物(例如，灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如，牛、绵羊、山羊、猪、火鸡和鸡)、水生动物(例如，鱼、甲壳类动物、鲸类动物和头足类动物)和家庭宠物(例如，狗、猫和啮齿动物)。对象可能患有生物失调，包括但不限于由病原微生物引起的感染，或可能处于发展或传播至其他人由病原微生物引起的感染的风险中。

如本文所用，术语“足够的量”是指足以产生所需效果的量，例如，足以改变对象微生物群的微生物数的量。

如本文所用，“合成的”是指实验室产生的或者全部或部分非天然衍生的任何物质，使得其在一个或多个方面全部或部分模拟天然存在或来源的对应物。例如，合成的细菌可以是工程化细菌，其具有全部或部分制造或改变的一种或多种组分，使得其模拟或改变(例如，改善)自然界中发现的细菌。

如本文所用，术语“治疗量”是例如为达到治疗效果而规定的抗微生物(例如抗真菌或抗细菌)化合物的量。低于通常规定的浓度称为“亚治疗”量。亚治疗量通常参照用作单一疗法的剂(例如，抗微生物剂，例如，抗真菌剂，例如，抗细菌剂)。

如本文所用，术语“治疗有效量”是有效改善疾病症状的量。治疗有效量可以是“预防有效量”，因为预防可以被认为是治疗。

如本文所用，术语“局部”包括涉及适于施加至身体表面(例如，皮肤、粘膜或粘液膜)的制剂。皮肤包括外表面，例如毛发、手指和脚趾甲。在这方面可提及的粘液膜或粘膜包括阴道、阴茎、尿道、膀胱、肛门、结肠、口腔(包括颊、软腭、牙龈、舌头下表面和口腔底的粘膜)、鼻、咽喉(包括咽、喉、气管和食道的粘膜)、支气管、肺、眼和耳的粘膜。

如本文所用，术语“治疗(treat、treating或treatment)”包括基本上或完全消除、改善、抑制、减缓、预防或逆转病况、疾病或病症的进展，和/或基本上或完全消除、改善、抑制、减缓、预防或逆转一种病况、疾病或病症的一种或多种临床或美学症状。

如本文所用，“存活生物体”是能够生长和增殖的生物体。在一些实施方案中，活力可以通过可以培养的菌落形成单位的数目来评估。在一些实施方案中，活力可以通过其他手段来评估，例如活/死细胞染色和显微镜检查，或流式细胞术和定量聚合酶链反应。

组合物

本文提供了益生菌，其包含人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌菌株或其任何组合，基本上由其组成或由其组成。在一些实施方案中，益生菌包含由SEQ IDNo:1、2、3、4和/或5中所示的16s rRNA序列代表的多核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，本公开提供了组合物，其包含选自人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌或其任何组合的益生菌，该益生菌包含抗微生物和/或其他有益特性。在一些实施方案中，益生菌适合于人宿主，确保组合物对于人施加是安全的，并且有能力在人宿主上生存至少足够长的时间以达到治疗有效。在一些实施方案中，组合物调节施加对象(例如，宿主，例如，有需要的对象)的微生物组。

在一些实施方案中，组合物包含深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其任何组合中一种或多种的益生菌、代谢物、后生元和/或细胞裂解物。在一些实施方案中，益生菌包含DB02473、DB02475、DB03376、DB10033、DB05646或其任何组合，基本上由其组成或由其组成。

在一些实施方案中，本公开的可溶性代谢物和用于本公开的可溶性代谢物包括但不限于来自人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌以及任何另外的微生物(例如双歧杆菌、短杆菌、丙酸杆菌、乳球菌、链球菌、乳杆菌(例如，嗜酸乳杆菌)、肠球菌、片球菌、明串珠菌、酒球菌)及其组合的可溶性代谢物。

在一些实施方案中，本公开的细胞裂解物和用于本公开的细胞裂解物包括但不限于来自人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌以及任何另外的微生物(例如双歧杆菌、短杆菌、丙酸杆菌、乳球菌、链球菌、乳杆菌(例如，嗜酸乳杆菌)、肠球菌、片球菌、明串珠菌、酒球菌)及其任何组合的细胞裂解物。

在一些实施方案中，包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组分或衍生物的组合物通过加入一种或多种另外组分来改进。在一些实施方案中，与不含一种或多种另外组分的组合物相比，改进是功效、稳定性和/或活力更高。在一些实施方案中，一种或多种另外组分可包括但不限于赋形剂，例如，冷冻保护剂。

益生菌

在一些实施方案中，本公开提供的益生菌包含一个或多个属的细菌或由其组成。本公开提供的并可用于本文提供的方法的益生菌细菌包括但不限于人分离的或合成的(即，实验室产生的，例如，工程化细菌)深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌以及任何另外的微生物(例如双歧杆菌、短杆菌、丙酸杆菌、乳球菌、链球菌、乳杆菌(例如，嗜酸乳杆菌)、肠球菌、片球菌、明串珠菌、酒球菌)或其任何组合。

在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的菌株最初来源于人来源。在一些实施方案中，与参考菌株(例如，非人菌株)相比，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株在人皮肤上显示出优异的持久性。在一些实施方案中，与参考菌株相比，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株显示出一种或多种代谢物或后生元的优异产生或过量产生。在这种实施方案中，参考深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株可以是分离自不同环境生态位(例如蝾螈皮肤、产物等)的菌株。

在一些实施方案中，益生菌属包含产碱菌、芽孢杆菌和/或紫色杆菌，或由其组成。

在一些实施方案中，产碱菌包含粪产碱菌或由其组成。

在一些实施方案中，芽孢杆菌包含高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和/或枯草芽孢杆菌，或由其组成。

在一些实施方案中，紫色杆菌包含深蓝紫色杆菌或由其组成。

在一些实施方案中，益生菌包含益生菌粪产碱菌，基本上由其组成或由其组成。在一些这种实施方案中，益生菌包含DB05646或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO:1中所示的核酸序列或由其组成。

在一些实施方案中，益生菌包含益生菌高地芽孢杆菌，基本上由其组成或由其组成。在一些这种实施方案中，益生菌包含DB10033或由其组成。在一些实施方案中，益生菌包含DB02448、DB02457、DB02461、DB02478、DB02549或DB02623，或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO:2中所示的核酸序列或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO 7-SEQ ID NO 12中任一项所示的核酸序列或由其组成。

在一些实施方案中，益生菌包含益生菌短小芽孢杆菌，基本上由其组成或由其组成。在一些这种实施方案中，益生菌包含DB03376或由其组成。在一些实施方案中，益生菌包含DB01269、DB02420、DB02429、DB02430、DB02485、DB02492、DB02548、DB02622、DB02626、DB02680、DB02681、DB02708、DB03355、DB03366或DB03376，或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO:3中所示的核酸序列或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO 13-SEQ ID NO 16和SEQ ID NO 18-SEQ ID NO 26中任一项所示的核酸序列或由其组成。

在一些实施方案中，益生菌包含包括枯草芽孢杆菌的益生菌，基本上由其组成或由其组成。在一些这种实施方案中，益生菌包含DB02475或由其组成。在一些实施方案中，益生菌包含DB01270、DB01298、DB02460、DB02462、DB02946、DB03347、DB03351、DB03353或DB03376，或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO:4中所示的核酸序列或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO 27-SEQ IDNO 35中任一项所示的核酸序列或由其组成。

在一些实施方案中，益生菌包含包括深蓝紫色杆菌的益生菌，基本上由其组成或由其组成。在一些这种实施方案中，益生菌包含DB02473或由其组成。在一些实施方案中，益生菌的特征在于其包含SEQ ID NO:5中任一项所示的核酸序列或由其组成。

紫色杆菌(Janthinobacterium)

紫色杆菌是革兰氏阴性β变形菌的属，通常存在于许多环境生态位中，包括人体。深蓝紫色杆菌被鉴定为具有保护两栖动物免受真菌感染的能力。

在一些实施方案中，紫色杆菌的一个或多个菌种分离自环境来源。在一些实施方案中，紫色杆菌的一个或多个菌种分离自人来源。在一些实施方案中，人来源是人皮肤。在一些实施方案中，人皮肤是健康人皮肤(例如，在采集位置上不存在疾病、病症或病况)。在一些实施方案中，人皮肤是患病人皮肤(例如，在采集位置上存在疾病、病症或病况)。

在一些实施方案中，紫色杆菌包含DB02473或由其组成。在一些实施方案中，紫色杆菌选自NCBI参考菌株。在一些实施方案中，菌种是深蓝紫色杆菌。在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌的特征在于其16s rRNA序列包含SEQ ID NO:5中所示的序列或由其组成。

在一些实施方案中，将深蓝紫色杆菌菌株与参考菌株(例如，NCBI参考菌株)进行比较。在一些实施方案中，参考菌株是分离自相同(例如，人皮肤)或不同(例如，土壤、昆虫、水生生物等)环境生态位的另一种深蓝紫色杆菌菌株。在一些实施方案中，参考深蓝紫色杆菌菌株可以是分离自不同环境生态位(例如动物(例如，脊椎动物)、产物、土壤、水等)的菌株。

在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源深蓝紫色杆菌菌株在人皮肤上显示出优异的持久性。在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源深蓝紫色杆菌菌株显示出代谢物或后生元的益处，例如优异的持久性、产生或过量产生。在一些实施方案中，益处是增加人皮肤的寿命。在一些实施方案中，益处与代谢物产生增加相关。在一些实施方案中，益处与代谢物的产生减少相关。在一些实施方案中，人源深蓝紫色杆菌或分离的人源深蓝紫色杆菌相对于其他菌株(例如，参考菌株)过量产生或过量表达其代谢物。

产碱菌

产碱菌是革兰氏阴性需氧杆状细菌的属，通常存在于脊椎动物(例如，人)的肠道(例如，粪产碱菌)或呼吸道、水、土壤、腐烂材料等。该属不消耗碳水化合物，通常存在于许多环境生态位中，包括人体。

在一些实施方案中，产碱菌的一个或多个菌种分离自环境来源。在一些实施方案中，产碱菌的一个或多个菌种分离自人来源。在一些实施方案中，人来源是人皮肤。在一些实施方案中，人皮肤是健康人皮肤(例如，在采集位置上不存在疾病、病症或病况)。在一些实施方案中，人皮肤是患病人皮肤(例如，在采集位置上存在疾病、病症或病况)。

在一些实施方案中，产碱菌选自DB菌株DB05646(例如，如表1和表19中提供的)。在一些实施方案中，产碱菌选自NCBI参考菌株(例如，如表19中提供的那些，但不限于此)。在一些实施方案中，菌种是粪产碱菌。在一些实施方案中，粪产碱菌的特征在于其16srRNA序列包含SEQ ID NO:1中所示的序列或由其组成。

在一些实施方案中，粪产碱菌进一步包含基因，该基因包含SEQ ID NO:6中所示的核酸序列或由其组成。在一些这种实施方案中，包含SEQ ID NO:6或由其组成的核酸赋予包含具有SEQ ID NO:6表示的基因的益生菌的组合物有利的特性。在一些实施方案中，粪产碱菌不包含具有SEQ ID NO:6序列的核酸，也不包含与SEQ ID NO:6具有90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98.5％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％同一性或更高的任何核酸。

在一些实施方案中，将粪产碱菌菌株与参考菌株(例如，NCBI参考菌株)进行比较。在一些实施方案中，参考菌株是分离自相同(例如，人皮肤)或不同(例如，两栖动物皮肤)环境生态位的另一种粪产碱菌菌株。在一些实施方案中，参考粪产碱菌菌株可以是分离自不同环境生态位(例如蝾螈皮肤、产物等)的菌株。

在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源粪产碱菌菌株在人皮肤上显示出优异的持久性。在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源粪产碱菌菌株显示出代谢物或后生元的益处，例如优异的持久性、产生或过量产生。在一些实施方案中，益处是增加人皮肤的寿命。在一些实施方案中，益处与代谢物产生增加相关。在一些实施方案中，益处与代谢物的产生减少相关。在一些实施方案中，人源粪产碱菌或分离的人源粪产碱菌相对于其他菌株(例如，参考菌株)过量产生或过量表达其代谢物。

芽孢杆菌

芽孢杆菌是革兰氏阳性杆状和通常需氧的属。在一些实施方案中，芽孢杆菌是厌氧的。芽孢杆菌广泛存在于例如土壤和水的地方。

在一些实施方案中，芽孢杆菌的一个或多个菌种分离自环境来源。在一些实施方案中，芽孢杆菌的一个或多个菌种分离自人来源。在一些实施方案中，人来源是人皮肤。在一些实施方案中，人皮肤是健康人皮肤(例如，在采集位置上不存在疾病、病症或病况)。在一些实施方案中，人皮肤是患病人皮肤(例如，在采集位置上存在疾病、病症或病况)。

在一些实施方案中，芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。

在一些实施方案中，芽孢杆菌包含选自DB10033(高地芽孢杆菌)、DB03376(短小芽孢杆菌)或DB02475(枯草芽孢杆菌)的DB菌株，或由其组成。在一些实施方案中，芽孢杆菌选自如表21、表23和/或表25中提供的DB菌株。在一些实施方案中，芽孢杆菌选自NCBI参考菌株(例如，如表21、表23和表25中提供的那些，但不限于此)。在一些实施方案中，菌种是高地芽孢杆菌。在一些实施方案中，菌种是短小芽孢杆菌。在一些实施方案中，菌种是枯草芽孢杆菌。在一些实施方案中，芽孢杆菌的特征在于其16s rRNA序列包含SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3或SEQ ID NO:4中任一项所示的序列或由其组成。在一些实施方案中，芽孢杆菌的特征在于其16s rRNA序列包含SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:37中任一项所示的序列或由其组成。

在一些实施方案中，将DB10033(高地芽孢杆菌)、DB03376(短小芽孢杆菌)或DB02475(枯草芽孢杆菌)菌株与参考菌株(例如，NCBI参考菌株)进行比较。在一些实施方案中，参考菌株是分离自相同(例如，人皮肤)或不同(例如，两栖动物皮肤)环境生态位的另一种芽孢杆菌菌株。在一些实施方案中，参考芽孢杆菌菌株可以是分离自不同环境生态位(例如蝾螈皮肤、产物等)的菌株。

在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)菌株在人皮肤上显示出优异的持久性。在一些实施方案中，与参考菌株相比，人源芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)菌株显示出代谢物或后生元的益处，例如优异的持久性、产生或过量产生。在一些实施方案中，益处是增加人皮肤的寿命。在一些实施方案中，益处与代谢物产生增加相关。在一些实施方案中，益处与代谢物的产生减少相关。在一些实施方案中，人源芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)或分离的人源芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)相对于其他菌株(例如，参考菌株)过量产生或过量表达其代谢物。

益生元

根据本公开的示教，益生元包含促进有益细菌生长的一种或多种组分或由其组成。在一些实施方案中，益生元物质可以被相关益生菌消耗，或以其他方式帮助保持相关益生菌存活或刺激其生长。在一些实施方案中，当以有效量施加或消耗时，益生元还有益地影响对象天然存在的微生物组，并由此赋予健康益处。在一些实施方案中，宿主消耗的食物本身是益生元或包含一种或多种益生元，其进入结肠并用作内源细菌的底物，从而间接地为宿主提供能量、代谢底物和/或必需微量营养素。在一些实施方案中，还可以将益生元加入任何益生菌组合物中，以增强益生菌菌株的有效性或寿命。

益生元帮助益生菌在其环境中持续存在和生长繁殖，因此，它们对健康的益处在很大程度上是间接的。例如，通过肠道微生物群落的结肠发酵产生的代谢物(例如短链脂肪酸)可以在宿主健康中发挥重要的功能作用。益生元可以是有用试剂，用于增强人微生物群落向其宿主提供益处的能力。

根据本公开的实施方案，益生元可包含益生元组合物，其包含但不限于氨基酸、肽、甘油、其他简单多元醇、糖醇、葡萄糖、单糖、二糖、多糖和寡糖、多糖和改性多糖、聚山梨醇酯、维生素、营养前体、蛋白质及其组合。

在一些实施方案中，包含益生元的组合物包含但不限于氨基酸、甘油、糖醇、单糖、二糖、寡糖、多糖、改性多糖和聚山梨醇酯。

在一些这种实施方案中，这些化合物具有增加益生菌数目和增加其相关益处的能力。根据本公开的特定实施方案分类为益生元的寡糖的非限制性实例包括低聚半乳糖、低聚半乳糖、菊粉、异麦芽糖寡糖、乳糖醇(lactilol)、低聚乳果糖、乳果糖、焦糊精、大豆寡糖、反式低聚半乳糖和低聚木糖。

在一些实施方案中，组合物包含益生元，该益生元包含氨基酸或肽。

在一些实施方案中，包括益生元以增加一种或多种有益代谢物的产生。

在一些实施方案中，加入另外用作冷冻保护剂的益生元。

优选实施方案包含改善人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌生长的益生元。在一些这种实施方案中，益生元包含一种或多种聚山梨醇酯或由其组成。在一些实施方案中，益生元包含D-甘露醇、吐温20、吐温40和胞苷中的一种或多种，或由其组成。

优选实施方案包含增强人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的功能的益生元。

更优选实施方案包含增强人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的功能的益生元。

后生元

在一些实施方案中，对于这些微生物组分的所有同义词和相关术语，后生元可以被认为是涵盖性术语。在一些实施方案中，后生元可以包括许多不同的成分，包括代谢物、短链脂肪酸(SCFA，例如，乙酸、丙酸和丁酸)、微生物细胞级分、功能性蛋白质、胞外多糖(EPS)、细胞裂解物、磷壁酸、苯基乳酸、挥发性有机化合物(VOC)、B-维生素合成(生物素、钴胺素、叶酸、烟酸、泛酸、吡哆醇、核黄素和硫胺素)、肽聚糖分离的胞壁肽、抗微生物肽(AMP)和菌毛型结构。

代谢物

在一些实施方案中，本公开提供的益生菌产生一种或多种代谢物。在一些实施方案中，这种代谢物可赋予本文提供的益生菌一种或多种益处。在一些实施方案中，如本文提供的益生菌产生几种代谢物。在一些实施方案中，一种或多种代谢物可具有某些抗微生物作用。例如，在一些实施方案中，代谢物可以是或包含四氢嘧啶、β内酯、萜烯、间苯二酚、T1PKS、quilolobactin、伯克霍尔德酸、杆菌巴汀、羟胺、环-(L-Pro-Gly)5、苯乙酸、对羟基苯乙酰胺、淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、伊枯草菌素、几丁质酶、衣霉素、丁内酯、膦酸酯、铁载体、吲哚乙酸、热稳定的角蛋白酶、吲哚-3-乙酸、渗透质、生产性过氧化氢酶、淀粉酶、ACC脱氨酶、鸟嘌呤基偏好RNA酶、短小芽孢杆菌核糖核酸酶、细菌素、非核糖体肽合成酶、塞克肽、溶杆菌素、pseudo monine、丰原素、表面活性素、地衣素、孢子形成杀伤因子、4-苯基丁酸、丁醛、3-甲基、丙烯、2-丁烯、2-庚酮、6-甲基-5-亚甲基-和6-氧杂二环[3.1.0]己烷、二酮哌嗪类虫草二肽、pumilacidin类、溶菌剂、4-二戊基己烷-2,5-二醇、1,1’-(4,5-二丁基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-醇)、1,1’-(4,5-二丁基-3,6-二甲基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-酮)、抗真菌环脂肽、聚酮化合物(PK)、核糖体和非核糖体合成的肽、N1-四氢呋喃-2-基甲基-2-氰基乙酰胺、Lys-Pro、6-氧代哌啶酸、(1Z)-N-(4-氨基丁基)乙亚胺酸、缬氨酰-4-羟脯氨酸、2-(1-乙氧基乙氧基)丙酸、1-吡咯啉-5-羧酸、甲硫基2-(丙酰氧基)丙酸酯、5-胍基-2-氧代戊酸、乙酰乙酸乙酯、核酮糖-5-磷酸、1-甲基-1H-吡咯、N-乙酰鸟氨酸、D-1-哌啶-2-羧酸、(2S)-4-乙酰胺基-2-氨基丁酸、N6-乙酰-L-赖氨酸、N-乙酰蛋氨酸、6-氧代哌啶酸、2-甲基噻唑烷、组胺、乙酰精氨酸、丙二酸二乙酯、6-氧代哌啶酸、(二甲氨基)乙腈、N-乙酰谷氨酸、3-甲基巴豆酰甘氨酸、腐胺、香草醛、N-乙酰尸胺、1-吡咯啉、8-氮杂双环[3.2.1]辛-3-醇、2-[(1S)-1,羟乙基]-4(1H)-喹唑啉酮、4-吗啉基乙酸、氨乙基乙醇胺、4-吗啉基乙酸、尿刊酸、(2S)-6-氨基-2-[(E)-(羟亚甲基)氨基]己亚胺酸、(Z)-Norendoxifen、Ser-Leu、5-甲基胞嘧啶、尼可刹米、白血生、匹鲁卡品、脯氨酰胺、哌啶酸、氨基己二酸、Gly-Phe、2-乙基烟酰胺、(2R,3S)-3-羟基-8-甲基-8-氮杂双环[3.2.1]辛烷-2-羧酸、3-羟奎宁-3-甲腈盐酸盐、戊腈、异丙基甲氧基吡嗪、2-仲丁基-3-甲氧基吡嗪、4-哌啶酮、(1S,3R,4s)-1,3,4,5-四羟基环己烷甲酸、2,3,5,6-四甲基吡嗪、N-乙酰普鲁卡因酰胺、阿普比妥、Leu-Val、N-乙酰天冬氨酸、γ-谷氨酰-3-(2-亚甲基环丙基)丙氨酸、4-胍基丁酸、乙酰乙酸甲酯、吲哚-3-乙酸甲酯、3-氨基-2-苯基-2H-吡唑并[4,3-c]吡啶-4,6-二醇、N8-乙酰亚精胺、尿苷、己糖二聚体1、N(6)-甲基腺苷、鸟苷、肌苷、4-吗啉丙磺酸、琥保松、尿嘧啶、L-γ-谷氨酰基-L-亮氨酸、5-羟基-2-糠酸、15,16-DiHODE、3-羟丁酸、胸腺嘧啶、NP-008993、N-乙酰色氨酸、4-脱氧-5-C-(3,5-二仲丁基-1-环戊烯-1-基)戊糖酸、糠醛、4-[(3-乙酰胺丙基)氨基]丁酸、胞嘧啶、阿普比妥、5-甲基色氨酸、乙酰丝氨酸、N-乙酰色氨酸、N-异戊酰甘氨酸、5-磷酸核酮糖、鸟苷、3-甲基巴豆酰甘氨酸、2-吡咯烷酮、8-氮杂双环[3.2.1]辛-3-醇、6-氧代哌啶酸、四乙酰乙二胺、2-(羟甲基)丁酸、N6-乙酰-L-赖氨酸、前列腺素E2、呋喃酮、多球壳菌素、3-羟基-5,8-十四碳二烯肉碱、乙酰精氨酸、次黄嘌呤、托品酸/香草乙酮/3-苯基乳酸、尿嘧啶、3-羟基辛酸、地美尼诺、犬尿酸、2-羟基非尔氨酯、(1S,3R,4s)-1,3,4,5-四羟基环己烷甲酸、乙酰丙酸、4,5-双脱氧-3-C-甲基-D-赤型-戊糖酸、3,13,13,17-四甲基-21-氧杂-12-氮杂六环[10.7.1.1～2,17～.0～5,20～.0～6,11～.0～14,19～]二十一-1(20),2,4,6,8,10-己烯、2-乙酰氨基辛酸、4-甲基-2-氧代戊酸(酮亮氨酸)、L-5-羟基色氨酸、丙酮酸、DL-甘油酸、5-甲基胞苷、依达拉奉、3-羟丁酸、Thr-Val、4-吲哚甲醛、2-[(2-甲氧基-2-氧乙基)氨基]乙酸甲酯、苯、L-γ-谷氨酰基-L-亮氨酸、丙氨酰亮氨酸、1-吡咯啉、胸腺嘧啶、吲哚-3-乙酸、乙酰丙酸、戊二酸/乙基丙二酸、蝶呤、N-乙酰-L-亮氨酸、4-脱氧-5-C-(3,5-二仲丁基-1-环戊烯-1-基)戊糖酸、4-(甲基亚硝氨基)-1-(3-吡啶基-N-氧化物)-1-丁醇、N-乙酰-L-苯丙氨酸、酪胺、乙酰苯、烟酸、吲哚-3-羧酸酯、asp-leu、组氨酸、3,3’-(1,4-丁二基二亚氨基)二丙酸、8-羟基喹啉、丙氨酰亮氨酸、4-羟基苯甲醛、2-氨基-4-甲基嘧啶、甲吡唑、3-异丙基苹果酸、2-[(2-甲氧基-2-氧乙基)氨基]乙酸甲酯、高-L-精氨酸、1-(4-氨基丁基)脲、N-(2-羟苯基)羟苯基、乙酰组氨酸、1-乙烯基咪唑、2-[(8E,11E,14Z)-8,11,14-十七碳三烯-1-基]-6-羟基苯甲酸、4-香豆酸、脯氨酰胺或ile-ala中的一种或多种。

在一些实施方案中，本公开的可溶性代谢物和用于本公开的可溶性代谢物包括但不限于来自人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌以及任何另外的微生物(例如双歧杆菌、短杆菌、丙酸杆菌、乳球菌、链球菌、乳杆菌(例如，嗜酸乳杆菌)、肠球菌、片球菌、明串珠菌、酒球菌)或其任何组合的可溶性代谢物。

在一些实施方案中，将深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株与参考菌株进行比较。在一些实施方案中，参考菌株是分离自另一环境生态位的另一种深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌相对于其他菌株(例如，参考菌株)过量产生或过量表达其化合物(例如，代谢物)。如所用的，术语“过量产生”和“过量表达”是指相对于其他菌株(例如，参考菌株)至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、达1.5倍、2倍、2.5倍或3倍更多的产生或更多的表达(分别)。在一些这种实施方案中，参考深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株可以是分离自不同环境生态位(例如蝾螈皮肤、产物等)的菌株。如所用的，术语“过量产生”是指生物体产生化合物(例如，代谢物)，并且术语“过量表达”是指产生化合物(例如，代谢物)的基因的表达。

在一些实施方案中，益生菌产生一种或多种代谢物。在一些实施方案中，代谢物可以是益生元。在一些实施方案中，代谢物可以是后生元。在一些实施方案中，代谢物由单一培养物产生。在一些实施方案中，代谢物由共培养物产生。在一些实施方案中，某些代谢物以比其他代谢物更高的水平(例如，1、2、3、4、5倍或更高)产生。在一些实施方案中，某些代谢物以比其他代谢物更低的水平(例如，1、1/2、1/3、1/4、1/5或更低)产生。在一些实施方案中，代谢物在单一培养物中增加(相对于其他代谢物水平)，并且在共培养物中保持相同或减少(相对于单一培养物)。在一些实施方案中，代谢物在单一培养物中减少(相对于其他代谢物水平)，并且在共培养物中保持相同或增加(相对于单一培养物)。在一些实施方案中，共培养物包含具有糠秕马拉色菌的培养物。

紫色杆菌(例如，深蓝紫色杆菌)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。在一些实施方案中，一种或多种代谢物的产生增加赋予有益效果(例如，与病理性微生物相比具有更大的治疗功效等)。在一些实施方案中，代谢物由单一的紫色杆菌菌株产生。在一些实施方案中，共培养物(例如，与另一种微生物，例如，与糠秕马拉色菌等)中的代谢物浓度增加。在一些实施方案中，代谢物的增加赋予益生菌和/或代谢物的治疗用途另外的益处。

在一些实施方案中，紫色杆菌的代谢物包含紫色杆菌素、吲哚-3-甲醛、灵菌红素、水杨酸盐、2,4-二氨基丁酸盐(2,4-diamabutyrate)、一种或多种羊毛硫抗生素或其任意组合，或由其组成。如本领域技术人员已知的，紫色杆菌素是一种双吲哚化合物，以其紫色而闻名，并且在一些实施方案中，显示一种或多种抗微生物特性。在一些实施方案中，吲哚-3-甲醛(一种杂芳烃甲醛，吲哚生物碱和吲哚类的成员)具有作为植物代谢物、人生物异源物质代谢物、细菌代谢物和海洋代谢物的作用。在一些实施方案中，灵菌红素(一种生物碱，红色色素化的次级代谢物)与沙雷氏菌菌种相关。在一些这种实施方案中，灵菌红素分子通过其共同的吡咯基吡咯亚甲基骨架来鉴定，并且已显示具有多种生物活性，包括抗微生物活性。在一些实施方案中，作为细菌素子集的羊毛硫抗生素是含有分子内环结构的遗传编码的肽，其中许多已显示具有抗微生物特性。在一些实施方案中，羊毛硫抗生素肽被翻译后修饰，以产生它们的特征性环结构。如本领域技术人员所知，最公知的羊毛硫抗生素中的一种是乳链菌肽。

在一些实施方案中，代谢物包含紫色杆菌素、吲哚-3-甲醛、灵菌红素、水杨酸盐、2,4-二氨基丁酸盐和一种或多种羊毛硫抗生素，或由其组成。在一些实施方案中，益处是2-(α-D-甘露糖基)-D-甘油酸、2-酮葡糖酸盐、2-O-乙基抗坏血酸、氨茴霉素、阿普比妥、恶虫威、邻苯二甲酸双(2-乙基己基)酯、顺式-5-四癸烯酰基肉碱、邻苯二甲酸二丁酯、咪唑丙酸酯、吲哚-3-羧酸酯、二氢吲哚-2-酮、N-乙酰-L-天冬氨酸、磷酸、邻苯二甲酸、匹米前列素、三甲双酮和灭草猛的产生增加。

在一些实施方案中，产碱菌(例如，粪产碱菌)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。在一些实施方案中，产碱菌(例如，粪产碱菌)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。在一些实施方案中，一种或多种代谢物的产生增加赋予有益效果(例如，与病理性微生物相比具有更大的治疗功效等)。在一些实施方案中，代谢物由单一的产碱菌菌株产生。在一些实施方案中，共培养物(例如，与另一种微生物，例如，与糠秕马拉色菌等)中的代谢物浓度增加。在一些实施方案中，代谢物的增加赋予益生菌和/或代谢物的治疗用途另外的益处。

在一些实施方案中，产碱菌代谢物包含N1-四氢呋喃-2-基甲基-2-氰基乙酰胺、Lys-Pro、6-氧代哌啶酸、(1Z)-N-(4-氨基丁基)乙亚胺酸、缬氨酰-4-羟脯氨酸或其任何组合，或由其组成。在一些实施方案中，代谢物选自2-(1-乙氧基乙氧基)丙酸、1-吡咯啉-5-羧酸、甲硫基2-(丙酰氧基)丙酸酯、5-胍基-2-氧代戊酸、乙酰乙酸乙酯、核酮糖-5-磷酸、1-甲基-1H-吡咯、N-乙酰鸟氨酸、D-1-哌啶-2-羧酸、(2S)-4-乙酰胺基-2-氨基丁酸、N6-乙酰-L-赖氨酸、N-乙酰蛋氨酸、6-氧代哌啶酸、2-甲基噻唑烷、组胺、乙酰精氨酸、丙二酸二乙酯、(二甲氨基)乙腈、N-乙酰谷氨酸、3-甲基巴豆酰甘氨酸、腐胺、香草醛、N-乙酰尸胺、1-吡咯啉、8-氮杂双环[3.2.1]辛-3-醇、2-[(1S)-1-羟乙基]-4(1H)-喹唑啉酮、4-吗啉基乙酸、氨乙基乙醇胺、4-吗啉基乙酸、尿刊酸、(2S)-6-氨基-2-[(E)-(羟亚甲基)氨基]己亚胺酸、(Z)-Norendoxifen、Ser-Leu、5-甲基胞嘧啶、尼可刹米、白血生、匹鲁卡品、脯氨酰胺、哌啶酸、氨基己二酸、Gly-Phe、2-乙基烟酰胺、(2R,3S)-3-羟基-8-甲基-8-氮杂双环[3.2.1]辛烷-2-羧酸、3-羟奎宁-3-甲腈盐酸盐、戊腈、异丙基甲氧基吡嗪、2-仲丁基-3-甲氧基吡嗪、4-哌啶酮、(1S,3R,4s)-1,3,4,5-四羟基环己烷甲酸、2,3,5,6-四甲基吡嗪、N-乙酰普鲁卡因酰胺、阿普比妥、Leu-Val、N-乙酰天冬氨酸、γ-谷氨酰-3-(2-亚甲基环丙基)丙氨酸、4-胍基丁酸、乙酰乙酸甲酯、吲哚-3-乙酸甲酯、3-氨基-2-苯基-2H-吡唑并[4,3-c]吡啶-4,6-二醇、N8-乙酰亚精胺、尿苷、己糖二聚体1、N(6)-甲基腺苷、鸟苷、肌苷、4-吗啉丙磺酸、琥保松、尿嘧啶、L-γ-谷氨酰基-L-亮氨酸、5-羟基-2-糠酸、15,16-DiHODE、3-羟丁酸、胸腺嘧啶、NP-008993、N-乙酰色氨酸、4-脱氧-5-C-(3,5-二仲丁基-1-环戊烯-1-基)戊糖酸、糠醛、4-[(3-乙酰胺丙基)氨基]丁酸、胞嘧啶或其任何组合。

在一些实施方案中，芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。在一些实施方案中，芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)产生几种代谢物，在一些实施方案中，它们可具有抗微生物作用。在一些实施方案中，一种或多种代谢物的产生增加赋予有益效果(例如，与病理性微生物相比具有更大的治疗功效等)。在一些实施方案中，代谢物由单一的芽孢杆菌菌株产生。在一些实施方案中，共培养物(例如，与另一种微生物，例如，与糠秕马拉色菌等)中的代谢物浓度增加。在一些实施方案中，代谢物的增加赋予益生菌和/或代谢物的治疗用途另外的益处。

在一些实施方案中，芽孢杆菌(例如，高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等)代谢物包含5-甲基色氨酸、乙酰丝氨酸、N-乙酰色氨酸、N-异戊酰甘氨酸、5-磷酸核酮糖、鸟苷、3-甲基巴豆酰甘氨酸、2-吡咯烷酮、8-氮杂双环[3.2.1]辛-3-醇、6-氧代哌啶酸、四乙酰乙二胺、2-(羟甲基)丁酸、N6-乙酰-L-赖氨酸、前列腺素E2、呋喃酮、多球壳菌素、3-羟基-5,8-十四碳二烯肉碱、乙酰精氨酸、次黄嘌呤、托品酸/香草乙酮/3-苯基乳酸、尿嘧啶、3-羟基辛酸、地美尼诺、犬尿酸、2-羟基非尔氨酯、(1S,3R,4s)-1,3,4,5-四羟基环己烷甲酸、乙酰丙酸、4,5-双脱氧-3-C-甲基-D-赤型-戊糖酸、3,13,13,17-四甲基-21-氧杂-12-氮杂六环[10.7.1.1～2,17～.0～5,20～.0～6,11～.0～14,19～]二十一-1(20),2,4,6,8,10-己烯、2-乙酰氨基辛酸、4-甲基-2-氧代戊酸(酮亮氨酸)、L-5-羟基色氨酸、丙酮酸、DL-甘油酸、5-甲基胞苷、依达拉奉、3-羟丁酸、Thr-Val、4-吲哚甲醛、2-[(2-甲氧基-2-氧乙基)氨基]乙酸甲酯、苯、L-γ-谷氨酰基-L-亮氨酸、丙氨酰亮氨酸、1-吡咯啉、胸腺嘧啶、吲哚-3-乙酸、乙酰丙酸、戊二酸/乙基丙二酸、蝶呤、N-乙酰-L-亮氨酸、4-脱氧-5-C-(3,5-二仲丁基-1-环戊烯-1-基)戊糖酸、4-(甲基亚硝氨基)-1-(3-吡啶基-N-氧化物)-1-丁醇、N-乙酰-L-苯丙氨酸、酪胺、乙酰苯、烟酸、吲哚-3-羧酸酯、asp-leu、组氨酸、3,3’-(1,4-丁二基二亚氨基)二丙酸、8-羟基喹啉、丙氨酰亮氨酸、4-羟基苯甲醛、2-氨基-4-甲基嘧啶、甲吡唑、3-异丙基苹果酸、2-[(2-甲氧基-2-氧乙基)氨基]乙酸甲酯、高-L-精氨酸、1-(4-氨基丁基)脲、N-(2-羟苯基)羟苯基、乙酰组氨酸、1-乙烯基咪唑、2-[(8E,11E,14Z)-8,11,14-十七碳三烯-1-基]-6-羟基苯甲酸、4-香豆酸、脯氨酰胺、ile-ala及其任何组合，或由其组成。

菌株的遗传分析

在本文提供的一些实施方案中，使用本领域技术人员已知和可用的方法和资源来遗传分析一种或多种益生菌或其他微生物菌株。在一些实施方案中，遗传分析包括全基因组鸟枪法测序和/或基因组序列组装。在一些这种实施方案中，为每个被分析的菌株(例如，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等)创建鸟枪法测序文库。在一些实施方案中，合并一个或多个鸟枪法文库并测序(例如，使用HiSeq X)。在一些实施方案中，将测序读段(reads)拆分(demultiplexed)(例如，使用标准生物信息学分析方法)。根据说明书，使用Illumina制造的Nextera Flex试剂盒产生菌株。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，通过本领域技术人员已知和可用的标准生物信息学分析程序运行。在一些实施方案中，这种遗传分析的方法产生由干净的测序读段组装的基因组。

在一些实施方案中，使用平均核苷酸鉴定(ANI，见img.jgi.doe.gov/docs/docs/ANI.pdf)分析来分析基因组序列(例如，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等)，以确定相似性和遗传多样性。

在一些实施方案中，使用本领域技术人员已知和可用的方法和方法学(例如，RAxML程序包)来确定和评估系统发育基因组学关系。

在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物。在一些实施方案中，本公开提供了化妆品组合物。在一些实施方案中，药物或化妆品组合物包含至少一种益生菌以及一种或多种另外的组分。在一些实施方案中，药物或化妆品组合物包含至少一种益生菌(例如，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌)或其衍生物(例如，代谢物、细胞裂解物等)和至少一种赋形剂，或基本上由其组成。在一些实施方案中，包含益生菌的药物或化妆品组合物包含如本文公开和提供的人分离的或合成的益生菌。在一些实施方案中，药物或化妆品组合物包含至少一种人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌。在一些这种实施方案中，组合物以有效治疗、抑制或预防局部病原微生物的量包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其任何组合的益生菌，基本上由其组成或由其组成。

在一些实施方案中，本文提供的药物或化妆品组合物是包含益生菌的合成或人分离的组合物，该益生菌包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其任何组合，基本上由其组成或由其组成，并且经配制用于局部施加。

在一些实施方案中，细菌菌株的组合物可经配制用于作为药物或化妆品组合物来施用。在一些实施方案中，基于组合物的预期施用途径来选择药学上或化妆品上可接受的赋形剂，例如用于口服或鼻施用的组合物可包含与用于直肠施用的组合物不同的药学上或化妆品上可接受的赋形剂。赋形剂的实例包括无菌水、生理盐水、溶剂、基质材料、乳化剂、悬浮剂、表面活性剂、稳定剂、调味剂、芳香剂、赋形剂、媒介物、防腐剂、粘合剂、稀释剂、张力调节剂、安慰剂、填充剂、崩解剂、缓冲剂、包衣剂、润滑剂、着色剂、甜味剂、增稠剂和增溶剂。

在一些实施方案中，本文提供的药物或化妆品组合物可进一步包含呈冻干制剂或水溶液形式的任何载体或稳定剂。在一些实施方案中，可接受的赋形剂、载体或稳定剂可包括例如缓冲剂、抗氧化剂、防腐剂、聚合物、螯合试剂和/或表面活性剂。药物或化妆品组合物优选在GMP条件下制造。在一些实施方案中，本文提供的药物或化妆品组合物可以口服、经鼻或肠胃外使用，例如以胶囊、片剂、丸剂、囊剂、液体、粉末、颗粒、细颗粒、膜包衣制剂、微丸、含片、舌下制剂、咀嚼剂、含服制剂、糊剂、糖浆剂、混悬液、酏剂、乳剂、搽剂、软膏、膏药、巴布剂、透皮吸收系统、洗剂、吸入剂、气雾剂、注射剂、栓剂等形式。

本文还提供了药物或化妆品组合物，其包含深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的细胞裂解物，基本上由其组成或由其组成。在一些实施方案中，细胞裂解物以有效用于治疗局部病理性微生物的量施用。在一些这种实施方案中，药物或化妆品组合物进一步包含赋形剂。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料以有效用于治疗局部微生物的量施用。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料是使用这些药物或化妆品组合物治疗病原微生物和/或它们引起的疾病的方法的一部分。在一些实施方案中，这些人分离的益生菌可以经配制作为组合物，用于施加至有需要的对象(例如，皮肤、粘膜、毛发、指甲)或施加至与对象接触的物体(例如，布、地板等)。在一些实施方案中，药物或化妆品组合物经配制用于施加至皮肤、粘膜、毛发和/或指甲。在一些实施方案中，将药物或化妆品组合物施加至、包括在或经配制作为例如绷带、防晒剂、牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂、唇膏或牙线。

制剂和施用

在一些实施方案中，本文提供了组合物，其包含本文公开的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的至少一种，其中组合物经配制用于施用至有需要的对象。

在一些实施方案中，组合物经配制以调节施加对象(例如，宿主，例如，有需要的对象)的微生物组。

在一些实施方案中，人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌代谢物、后生元和/或细胞裂解物的组合物经配制用于施用至皮肤。在另一实施方案中，人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌代谢物、后生元和/或细胞裂解物的组合物经配制用于施用至粘膜。

在一些实施方案中，制剂可包含至少一种益生菌、益生菌的至少一种代谢物、益生菌的至少一种细胞裂解物或益生菌的后生元中的一种或多种。

在一些实施方案中，制剂可包含深蓝紫色杆菌和粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的一种或多种的组合。在一些实施方案中，制剂可包含粪产碱菌和深蓝紫色杆菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的一种或多种的组合。在一些实施方案中，制剂可包含高地芽孢杆菌和深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的一种或多种的组合。在一些实施方案中，制剂可包含短小芽孢杆菌和深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的一种或多种的组合。在一些实施方案中，制剂可包含枯草芽孢杆菌和深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌或短小芽孢杆菌中的一种或多种的组合。

在一些实施方案中，本文提供的制剂可进一步包含多于一种的细菌与深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的一种或多种的组合。例如，在一些实施方案中，制剂可包含至少10、10

在一些实施方案中，制剂可进一步包含多于一种的可溶性代谢物、细胞裂解物或后生元。例如，在一些实施方案中，制剂可包含至少10、10

在一些实施方案中，制剂可包含至少一种益生菌、益生菌的至少一种代谢物、益生菌的至少一种细胞裂解物或益生菌的后生元中的一种或多种。

在一些实施方案中，需要本公开提供的一种或多种组合物的对象患有局部感染或处于患有局部感染的风险中。在一些实施方案中，对象患有由至少一种微生物引起的皮肤和/或粘膜感染。在一些实施方案中，本公开的组合物经配制用于局部施用至有需要的对象。在一些实施方案中，组合物经配制用于局部施用至对象皮肤。在一些实施方案中，组合物经配制用于局部施用至对象头皮。在一些实施方案中，组合物经配制用于施加至粘膜表面。在一些实施方案中，组合物经配制用于口服施用。在一些实施方案中，组合物经配制用于透皮施用。在一些实施方案中，组合物经配制用于注射施用。在一些实施方案中，组合物是选自凝胶、软膏剂、洗剂、乳剂、糊剂、乳膏、泡沫、摩丝、液体、冲洗剂、灌胃剂、喷雾剂、悬浮液、分散体、鼻喷雾剂和气雾剂的制剂。

在一些实施方案中，制剂包含一种或多种赋形剂，以提供所需的形式和所需的粘度、流动性或其他物理或化学特性，用于有效施加、覆盖和粘附至皮肤。

在一些实施方案中，将本公开的人分离的或合成的(例如，包括一种或多种实验室产生的组分，例如，工程化细菌等)深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌干燥(例如，干燥或脱水)。干燥可通过标准实践方法完成，并且可以从例如冻干的方法中选择。干燥的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌的复水产生至少10％、20％存活、至少30％存活、至少50％存活细菌。在一些实施方案中，(例如，经由冻干)干燥的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌的复水产生至少60％存活细菌。

在一些实施方案中，在冻干过程中使用材料以帮助保持微生物的活力。在一些实施方案中，材料可以是冷冻保护剂和/或热变化稳定剂(例如，在例如较低温度下和/或在温度转变期间提供保护的稳定剂等)。在一些实施方案中，冷冻保护剂和/或热变化稳定剂可选自但不限于氨基酸、肽、甘油、其他简单多元醇、复合多元醇、改性多元醇、糖醇、葡萄糖、单糖、二糖、寡糖、多糖和改性寡糖和多糖、维生素、蛋白质、缓冲剂及其组合。在一些实施方案中，冷冻保护剂和/或热变化稳定剂占冻干组合物的0.001％至50％。

在一些实施方案中，液体冻干组合物包含二糖、糖醇、简单多元醇、氨基酸、多糖、改性多糖及其组合。在某些实施方案中，组合物包含海藻糖、蔗糖、磷酸盐缓冲盐水、甘露醇、甘油、色氨酸、羧甲基纤维素(钠盐)、麦芽糖糊精、菌种的单独异构体或混合物及其组合。在一些实施方案中，材料占冻干组合物的0.001％至50％。

在一些实施方案中，液体冻干组合物包含0.1％至50％的海藻糖、0.1％至50％的蔗糖、0.1％至50％的甘露醇、0.1％至50％的甘油、0.001％至1％的色氨酸、0.1％至6％的羧甲基纤维素(钠盐)、0.1％至20％的麦芽糖糊精、0.1％至20％的磷酸盐缓冲盐水、菌种的单独异构体或混合物及其组合。在一些这种实施方案中，冻干物的一种或多种组分在复水时产生改善的组合物(例如，海藻糖等)。

在一些实施方案中，冻干在-45℃至40℃的范围内以一步或多步进行。冻干以在-45℃至-15℃温度、100-1500Torr下冷冻的冷冻冻干溶液开始，随后进行多达三个干燥步骤，其中在-25℃至-5℃、10-2000mTorr下开始进行0.1-100小时的初级干燥循环，随后在0℃至30℃、10-2000mTorr下进行0.1-100小时的二级干燥循环，随后在5℃至40℃、10-2000mTorr下进行0.1-100小时的三级干燥循环。

在一些实施方案中，冻干的干燥产物的水分含量多达15％。在一些实施方案中，冻干的干燥产物的水分含量为0.1％至6％。在一些实施方案中，冻干的干燥产物的水活度多达0.4，或水活度为0.05至0.20。

在一些实施方案中，组合物在室温下包含至少10％的存活微生物至少30、60、90、120、150或更多天。在一些实施方案中，组合物在冷藏条件下包含至少10％的存活微生物至少30、60、90、120、150天或更多天。在一些实施方案中，组合物在冷冻条件下包含至少10％的存活微生物至少30、60、90、120、150天或更多天。还公开了组合物，其中中至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％的微生物存活至少10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180天或多达至少360天。

在一些实施方案中，冻干组合物包含0.001％至90％的微生物。在一些情况下，组合物中微生物在干燥后的活力高达100％。在一些情况下，冻干组合物中微生物在室温下储存多达360天时的活力在室温下为0.0001％至100％。在一些情况下，当在室温或0-10℃下、在氩气、氮气或环境空气中储存多达360天时，微生物0.0001％至100％存活。

在一些实施方案中，微生物占冻干产物的1％至50％。在一些情况下，组合物中微生物在干燥后的活力为10％至100％。在一些情况下，冻干组合物中微生物在室温下储存多达360天时的活力在室温下为10％至100％。在一些情况下，当在室温或0-10℃下、在氩气、氮气和湿度不超过40％中储存多达360天时，微生物10％至100％存活。

在一些实施方案中，微生物占冻干产物的5％至20％。在一些情况下，组合物中微生物在干燥后的活力为50％至100％。在一些情况下，冻干组合物中微生物在室温下储存多达360天时的活力为50％至100％。在一些情况下，当在室温或0-10℃下、在氩气、氮气和湿度不超过30％中储存30-360天时，微生物50％至100％存活。

在一些实施方案中，组合物是药物组合物，其包含如本文所述的组合物和药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中，组合物是所述人分离的或合成的组合物的合成形式。在一些实施方案中，组合物用于化妆品组合物中。

本文公开的组合物可以以包括一种或多种赋形剂的制剂存在，以改善保存期、施加、皮肤渗透和治疗效果中的任何一种或多种。在一些实施方案中，需要赋形剂以改善保存期、施加、皮肤渗透和治疗效果中的任何一种或多种。

在一些实施方案中，本文公开的组合物可以是局部剂型，其中该局部剂型容易施加至表面，例如皮肤、指甲、毛发和/或粘膜。该表面可以是与对象接触的表面。

在某些实施方案中，本文所述的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌组合物经配制用于口服摄取。在一些实施方案中，口服摄取形式可以是丸剂、片剂、胶囊、糊剂、液体悬浮液、胶体、或与各种食品(例如糖果、咀嚼物、酸奶、牛奶、干酪、松软干酪或非乳基或乳糖减少的替代品)混合。在一些实施方案中，制剂可含有改善可食用组合物的风味、气味或口感的另外的非活性成分。在一些实施方案中，制剂还可包括粘合剂、包封膜或保持保存期和生物利用度的赋形剂。

在一些实施方案中，乳剂可描述为一种液体的制剂，该液体以小球形式分布在第二液体的整个主体中。在一些实施方案中，分散的液体是不连续相，并且分散介质是连续相。在一些实施方案中，当油是分散的液体并且水溶液是连续相时，它被称为水包油乳剂，而当水或水溶液是分散相并且油或油质物质是连续相时，它被称为油包水乳剂。在一些实施方案中，油相可至少部分由推进剂(例如HFA推进剂)组成。在一些实施方案中，油相和水相中的任一个或两者可含有一种或多种表面活性剂、乳化剂、乳化稳定剂、缓冲剂和其他赋形剂。在一些实施方案中，例如，赋形剂包含表面活性剂，尤其是非离子表面活性剂；乳化剂，尤其是乳化蜡；和液体非挥发性非水性材料，尤其是二醇类，例如丙二醇，或由其组成。在一些实施方案中，油相可含有其他药学上批准的油性赋形剂。例如，在一些实施方案中，例如羟基化蓖麻油或芝麻油的材料可在油相中用作表面活性剂或乳化剂。

在一些实施方案中，洗剂可描述为低至中等粘度的液体制剂。在一些实施方案中，洗剂可含有通过使用悬浮剂和分散剂而不溶于分散介质的细粉状物质。在一些实施方案中，洗剂可以具有作为分散相的液体物质，其与媒介物不相溶并且通常借助于乳化剂或其他合适的稳定剂分散。在一些实施方案中，洗剂呈粘度为100至1000厘沲的乳剂形式。在一些实施方案中，洗剂的流动性允许在宽的表面积上快速且均匀地施加。在一些实施方案中，洗剂通常旨在在皮肤上干燥，在皮肤表面上留下其药物组分的薄涂层。

在一些实施方案中，乳膏可描述为“水包油”或“油包水型”的粘性液体或半固体乳剂。在一些实施方案中，乳膏可含有乳化剂和/或其他稳定剂。在一些实施方案中，制剂呈粘度大于1000厘沲、通常在20,000-50,000厘沲范围内的乳膏形式。在一些实施方案中，乳膏经常比软膏更优选，因为它们通常更容易展开和更容易去除。

如本领域技术人员理解的，乳膏和洗剂之间的差异是粘度。在一些实施方案中，粘度取决于用于制备制剂的各种油的量/使用和水的百分比。在一些实施方案中，乳膏通常比洗剂更粘稠，并且可具有各种用途，通常根据对皮肤的期望效果会使用更多种的油/黄油。在一些实施方案中，当制剂包含乳膏或由其组成时，水基百分比为总量的约60％-75％，油基为总量的约20％-30％，其他百分比为乳化剂、防腐剂和添加剂，总量为100％。

在一些实施方案中，软膏可描述为含有软膏基质和任选的一种或多种如本公开中提供的活性剂的半固体制剂。例如，在一些实施方案中，合适的软膏基质包括烃基质(例如，凡士林、白凡士林、黄色软膏和矿物油)；吸收基质(亲水性c、无水羊毛脂、羊毛脂和冷膏)；水可去除基质(例如，亲水性软膏)和水溶性基质(例如，聚乙二醇软膏)。在一些实施方案中，糊剂通常与软膏的不同之处在于它们含有较大百分比的固体。在一些实施方案中，糊剂通常比用相同组分制备的软膏更具吸收性且更不油腻。

在一些实施方案中，凝胶可描述为含有小分子或大分子在液体媒介物中的分散体的半固体系统，其通过溶解或悬浮在液体媒介物中的增稠剂或聚合物材料的作用而变成半固体。在一些实施方案中，液体可包括亲脂性组分、水性组分或两者。在一些实施方案中，乳剂可以是凝胶或以其他方式包括凝胶组分。在一些实施方案中，凝胶不是乳剂，因为它们不含有不相溶组分的均化共混物。在一些实施方案中，合适的胶凝剂包括但不限于改性纤维素，例如羟丙基纤维素和羟乙基纤维素；卡波普(carbopol)均聚物和共聚物；及其组合。液体媒介物中的合适溶剂包括但不限于二甘醇单乙醚；烯二醇类，例如丙二醇；二甲基异山梨醇；醇类，例如异丙醇和乙醇。在一些实施方案中，通常根据溶解药物的能力来选择溶剂。在一些实施方案中，还可掺入改善制剂的皮肤感觉和/或软化作用的其他添加剂。例如，在一些实施方案中，这种添加剂可包括但不限于肉豆蔻酸异丙酯、乙酸乙酯、C12-C15烷基苯甲酸酯、矿物油、角鲨烷、环甲基硅酮、癸酸/辛酸甘油三酯及其组合。

在一些实施方案中，泡沫可描述为与气体推进剂组合的乳剂。在一些实施方案中，气体推进剂主要由氢氟烷烃(HFA)组成。合适的推进剂包括HFA，例如1,1,1,2-四氟乙烷(HFA 134a)和1,1,1,2,3,3,3-七氟丙烷(HFA 227)，但这些和目前批准或可能批准用于医疗用途的其他HFA的混合物和掺合物是合适的。在一些实施方案中，推进剂优选不是烃推进剂气体，其在喷雾期间可以产生易燃或易爆的蒸气。此外，在一些实施方案中，组合物优选不含有挥发性醇类，其在使用期间可以产生易燃或易爆的蒸气。

在一些实施方案中，润肤剂可描述为软化或舒缓皮肤的外部施加剂，通常是本领域已知的并且列于药典中，例如“Handbook of pharmaceutical excipients”,第4版,Pharmaceutical Press,2003。在一些实施方案中，润肤剂可以是或包含例如杏仁油、蓖麻油、长角豆提取物、鲸蜡硬脂酰醇、鲸蜡醇、鲸蜡基酯蜡、胆固醇、棉籽油、环甲基硅酮、棕榈硬脂酸乙二醇酯、甘油、单硬脂酸甘油酯、单油酸甘油酯、肉豆蔻酸异丙酯、棕榈酸异丙酯、羊毛脂、卵磷脂、轻质矿物油、中链甘油三酯、矿物油和羊毛脂醇、凡士林、凡士林和羊毛脂醇、大豆油、淀粉、硬脂醇、向日葵油、木糖醇及其组合。在一些实施方案中，润肤剂包含硬脂酸乙基己酯和/或棕榈酸乙基己酯。

在一些实施方案中，表面活性剂是降低表面张力并由此增加产品的乳化、发泡、分散、展开和润湿特性的表面活性剂。在一些实施方案中，合适的非离子表面活性剂包括乳化蜡、单油酸甘油酯、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚山梨醇酯、脱水山梨糖醇酯、苯甲醇、苯甲酸苄酯、环糊精、单硬脂酸甘油酯、泊洛沙姆、聚维酮及其组合。在一些实施方案中，非离子表面活性剂是硬脂醇。

在一些实施方案中，乳化剂是促进一种液体在另一种液体中悬浮并促进油和水的稳定混合物或乳液的形成的表面活性物质。在某些实施方案中，乳化剂是金属皂、某些动物和植物油以及各种极性化合物。在一些实施方案中，合适的乳化剂包括阿拉伯胶、阴离子乳化蜡、硬脂酸钙、卡波姆、鲸蜡硬脂醇、鲸蜡醇、胆固醇、二乙醇胺、棕榈硬脂酸乙二醇酯、单硬脂酸甘油酯、单油酸甘油酯、羟丙基纤维素、羟丙甲纤维素、羊毛脂、含水羊毛脂醇、卵磷脂、中链甘油三酯、甲基纤维素、矿物油和羊毛脂醇、磷酸二氢钠、单乙醇胺、非离子乳化蜡、油酸、泊洛沙姆、泊洛沙姆、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚氧乙烯脱水山梨糖醇脂肪酸酯、聚氧乙烯硬脂酸酯、藻酸丙二醇酯、自乳化单硬脂酸甘油酯、脱水柠檬酸钠、十二烷基硫酸钠、脱水山梨糖醇酯、硬脂酸、向日葵油、黄芪胶、三乙醇胺、黄原胶及其组合。在一些实施方案中，乳化剂是硬脂酸甘油酯。在一些实施方案中，乳化剂是甘油(glycerol)。在一些实施方案中，乳化剂是甘油(glycerin)。

在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以施加至对象头皮。在一些实施方案中，组合物经配制以用作选自洗发剂、护发剂、摩丝、凝胶和喷雾剂的产品。这种组合物可用于治疗脂溢性皮炎。用这种组合物治疗脂溢性皮炎可导致选自头皮屑和头痂的症状减轻。然而，本文公开的组合物可用于治疗除头皮以外的身体其他区域的脂溢性皮炎。其他区域的非限制性实例包括胸部、胃部、皮肤皱襞、臂、腿、腹股沟区域和乳房下。

在一些实施方案中，本文公开的组合物包含缓冲剂，其中缓冲剂控制组合物的pH。优选地，缓冲剂将组合物维持在从pH为约4至pH为约7.5、从pH为约4至pH为约7以及从pH为约5至pH为约7。

在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以提供或维持所需的皮肤pH。在一些实施方案中，所需的皮肤pH在约4.5至约6.5之间。在一些实施方案中，所需的皮肤pH在约5至约6之间。在一些实施方案中，所需的皮肤pH为约5.5。在一些实施方案中，本文公开的组合物与皮肤pH调节剂一起配制。pH调节剂的非限制性实例包括水杨酸、乙醇酸、三氯乙酸、壬二酸、乳酸、天冬氨酸、盐酸盐、硬脂酸、硬脂酸甘油酯、棕榈酸鲸蜡酯、磷酸脲和醋酸生育酚。

在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以向皮肤提供更多的氧。在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以提供更多的氧暴露于皮肤。在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以提供更多的氧扩散至皮肤中。在一些实施方案中，本文公开的组合物经配制以提供更多的氧通过皮肤扩散。在一些实施方案中，本文公开的组合物与向皮肤提供更多氧的试剂一起配制。在一些实施方案中，本文公开的组合物与向皮肤提供更多氧的试剂一起使用。在一些实施方案中，本文公开的组合物在使用向皮肤提供更多氧的试剂之前使用。在一些实施方案中，本文公开的组合物在使用向皮肤提供更多氧的试剂之后使用。向皮肤提供氧的试剂的非限制性实例是叶绿素。

在一些实施方案中，防腐剂可以用于预防真菌和微生物的生长。在一些实施方案中，合适的抗真菌剂和抗微生物剂包括但不限于苯甲酸、对羟基苯甲酸丁酯、对羟基苯甲酸乙酯、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠、丙酸钠、苯扎氯铵、苄索氯铵、苄醇、氯化十六烷基吡啶、氯丁醇、苯酚、苯乙醇和硫柳汞。在一些实施方案中，选择有效预防真菌生长，而不影响组合物在局部施加时其预期目的的有效性的防腐剂浓度。

在一些实施方案中，基于预期的制剂类型选择制剂中的赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂包括明胶、酪蛋白、卵磷脂、阿拉伯胶、胆固醇、黄芪胶、硬脂酸、苯扎氯铵、硬脂酸钙、单硬脂酸甘油酯、鲸蜡硬脂醇、聚西托醇乳化蜡、脱水山梨糖醇酯、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚氧乙烯脱水山梨糖醇脂肪酸酯、聚乙二醇、聚氧乙烯硬脂酸酯、胶体二氧化硅、磷酸盐、十二烷基硫酸钠、羧甲基纤维素钙、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、非结晶纤维素、硅酸镁铝、三乙醇胺、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、糖和淀粉。

本文提供了益生菌组合物，其包含用于局部施加的水性制剂中的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌。在一些实施方案中，益生菌组合物经配制用于施加至皮肤。在一些实施方案中，益生菌组合物经配制用于施加至粘膜。

在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌组合物与一种或多种另外的活性剂共同配制。益生菌组合物可以与一种或多种另外的抗微生物剂共同配制，如在组合章节中详述的。简言之，另外的抗微生物剂可以是抗真菌剂、抗细菌剂、抗寄生虫剂或这些试剂中任一种的组合。

在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌组合物与赋予另外益处的一种或多种另外的活性剂(例如减轻瘙痒、疼痛、变色或其他不期望作用的剂)共同配制。

在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌深蓝紫色杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌益生菌组合物进一步含有另外的微生物。在一些实施方案中，组合物含有至少两种、三种或四种不同的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，其中至少一种分离自人宿主。在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌进一步含有乳杆菌菌种或乳球菌菌种。在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌进一步含有通常存在于人皮肤上的良性或有益真菌菌株或者丙酸杆菌的良性或有益菌株。

在一些实施方案中，根据本公开的乳剂组合物形式的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌组合物是尤其有效的。在一些实施方案中，组合物是乳剂形式并且用于化妆品应用中。在这种情况下，乳剂可以呈水包油乳剂、油包水乳剂、水包油包水乳剂或油包水包油乳剂的形式。或者，本公开的化妆品组合物也可以以非水性组合物的形式使用。非水性组合物的形式的实例是固体、半固体、压制物、摩丝、粉末和棒状。在本公开中，“非水性组合物”是指不用水配制的组合物。

在一些实施方案中，本公开的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌组合物可以与其他剂以组合疗法模式施用，包括抗微生物剂、益生菌、后生元和益生元。施用可以是依次、在数小时或数天内，或同时进行。

在一个实施方案中，细菌组合物包括在与一种或多种抗微生物剂的组合疗法中，该抗微生物剂包括抗细菌剂、抗真菌剂、抗病毒剂和抗寄生虫剂。

在一些实施方案中，抗细菌剂可以包括头孢菌素类抗生素(头孢氨苄、头孢呋辛、头孢羟氨苄、头孢唑啉、头孢噻吩、头孢克洛、头孢孟多、头孢西丁、头孢罗齐和头孢吡普)；氟喹诺酮类抗生素(环丙沙星、左氧氟沙星、氧氟沙星、加替沙星、莫西沙星和诺氟沙星)；四环素类抗生素(四环素、米诺环素、氧四环素和多西环素)；青霉素类抗生素(阿莫西林、氨苄西林、青霉素V、双氯西林、羧苄西林、万古霉素和甲氧西林)；和碳青霉烯类抗生素(厄他培南、多利培南、亚胺培南/西司他丁和美罗培南)。

在一些实施方案中，抗病毒剂可以包括阿巴卡韦、阿昔洛韦、阿德福韦、安普那韦、阿扎那韦、西多福韦、达芦那韦、地拉韦啶、地达诺新、二十二醇、依法韦仑、埃替拉韦、恩曲他滨、恩夫韦地、依曲韦林、泛昔洛韦、膦甲酸、福米韦生、更昔洛韦、茚地那韦、碘苷、拉米夫定、洛匹那韦、马拉韦罗、MK-2048、奈非那韦、奈韦拉平、喷昔洛韦、雷特格韦、利匹韦林、利托那韦、沙奎那韦、司他夫定、替诺福韦、三氟尿苷、伐昔洛韦、缬更昔洛韦、阿糖腺苷、伊巴他滨、金刚烷胺、奥司他韦、金刚烷乙胺(Rimantidine)、替拉那韦、扎西他滨、扎那米韦和齐多夫定。

抗真菌化合物的非限制性实例包括但不限于多烯类抗真菌剂，例如纳他霉素、龟裂霉素、非律平、制霉菌素、两性霉素B、坎底辛和哈霉素；咪唑类抗真菌剂，例如咪康唑、酮康唑、克霉唑、益康唑、奥莫康唑、联苯苄唑、布康唑、芬替康唑、异康唑、奥昔康唑、舍他康唑、硫康唑和噻康唑；三唑类抗真菌剂，例如氟康唑、伊曲康唑、艾沙康唑、雷夫康唑、泊沙康唑、伏立康唑、特康唑和阿巴康唑；噻唑类抗真菌剂，例如阿巴芬净；烯丙胺类抗真菌剂，例如特比萘芬、萘替芬和布替萘芬；和棘白菌素类抗真菌剂，例如阿尼芬净、卡泊芬净和米卡芬净。具有抗真菌特性的其他化合物包括但不限于水蓼二醛、苯甲酸、环吡酮、托萘酯、十一碳烯酸、氟胞嘧啶或5-氟胞嘧啶、灰黄霉素和氯丙炔碘。

在一个实施方案中，细菌组合物包括在与一种或多种皮质类固醇、美沙拉嗪、美沙拉明、柳氮磺吡啶、柳氮磺吡啶衍生物、免疫抑制药、环孢菌素A、巯嘌呤、硫唑嘌呤、泼尼松、甲氨蝶呤、抗组胺剂、糖皮质激素、肾上腺素、茶碱、色甘酸钠、抗白三烯剂、用于鼻炎的抗胆碱能药、抗胆碱能减充血剂、肥大细胞稳定剂、单克隆抗IgE抗体、疫苗及其组合的组合疗法中。

冷冻保护剂

在一些实施方案中，使用冷冻保护剂来保护益生菌。在一些这种实施方案中，冷冻保护剂用于在例如配制过程和/或制备组合物(例如，药物组合物)的过程等过程中保护益生菌。在一些实施方案中，冷冻保护剂可选自但不限于氨基酸、肽、甘油、其他简单多元醇、复合多元醇、改性多元醇、糖醇、葡萄糖、单糖、二糖、寡糖、多糖和改性寡糖和多糖、维生素、蛋白质、缓冲剂及其组合。在一些实施方案中，冷冻保护剂包含海藻糖或由其组成。在一些实施方案中，海藻糖以约2％-20％存在。在一些实施方案中，海藻糖是D-海藻糖。

在一些实施方案中，本文公开的组合物用甘油配制。在一些情况下，组合物中的细菌菌株发酵甘油，从而产生短链脂肪酸。短链脂肪酸的非限制性实例包括乙酸、乳酸和丙酸。在一些情况下，在甘油存在下生长的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌增强一种或多种抗微生物代谢物的产生。

在一些实施方案中，使用渗透增强剂来促进药物穿过皮肤、特别是穿过角质层透皮递送。在一些实施方案中，一些渗透增强剂可以引起皮肤刺激、皮肤毒性和皮肤过敏。然而，在一些实施方案中，更常用的渗透增强剂可包括例如脲、(羰基二酰胺)、咪脲、N,N-二乙基甲酰胺、N-甲基-2-吡咯烷、1-十二烷基-氮杂环庚烷-2-酮、硫代甘氨酸钙(calciumthioglycate)、2-吡咯烷、N,N-二乙基间甲苯甲酰胺、油酸及其酯衍生物(例如单油酸甲酯、单油酸乙酯、单油酸丙酯、单油酸异丙酯、单油酸丁酯、单油酸乙烯酯和单油酸甘油酯)、脱水山梨糖醇酯(例如脱水山梨糖醇单月桂酸酯和脱水山梨糖醇单油酸酯)、其他脂肪酸酯(例如月桂酸异丙酯、肉豆蔻酸异丙酯、棕榈酸异丙酯、己二酸二异丙酯、丙二醇单月桂酸酯、丙二醇单油酸酯)和非离子去污剂(例如

在一些实施方案中，组合物可以经配制以包含特定浓度的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌。例如，在一些实施方案中，组合物可以包含一定量的益生菌，使得微生物可以以有效的量递送/施用。在一些实施方案中，所递送的益生菌的量为至少10

在一些实施方案中，本文公开的微生物可以以至少约10

在一些实施方案中，本文提供的用于局部施加的组合物通常包含约10

在一些实施方案中，本文公开的组合物以至少10

在某些实施方案中，本文公开的组合物以约10

在某些实施方案中，本文公开的用于局部或口服使用的组合物可含有生物稳定性化合物，包括但不限于氨基酸(包括色氨酸)、二肽、寡肽、多肽、酪蛋白氨基酸、单糖(包括葡萄糖)、糖醇(包括甘露醇)、简单醇(包括甘油)、寡醇、简单多元醇、复合多元醇、二糖(包括蔗糖和海藻糖)和异构体、多糖、甘露醇、改性多糖(包括-角叉菜胶)、纤维素和改性纤维素(包括羧甲基纤维素)、淀粉和改性淀粉(包括2-羟乙基淀粉(HES))、生物粘附剂(包括卡波姆聚合物)、增稠剂和流变改性剂、悬浮液和/或乳化稳定剂、表面活性剂、油、改性油、维生素、蛋白质、缓冲剂、盐、无牛培养基(bovine-free media)(例如，胰酶大豆肉汤)、冻干细菌或其他无活性/死细菌及其组合。

形式、包装和试剂盒

在一些实施方案中，在配制后，本文公开的组合物可以以适于由最终使用者递送和使用的方式进行包装。在一个实施方案中，将组合物置于合适的分配器中并运送给最终使用者。最终容器的非限制性实例可包括泵瓶、挤压瓶、罐、管、胶囊或小瓶。

在一些实施方案中，本文公开的组合物可以在包装之前加入施加器中。施加器的非限制性实例包括棉垫、聚酯垫、棉签、海绵和刷子。在一些实施方案中，将施加器置于包装中。包装的非限制性实例包括袋和箔或蜡衬纸包。在一些实施方案中，包装的内部可以是无菌的。在一些实施方案中，在密封之前用真空去除包装中的空气。在一些实施方案中，包装是热封的。在一些实施方案中，包装用粘合剂密封。

在另一实施方案中，本文公开的组合物通过在施加至皮肤之前脱水或通过冻干干燥以进行重构来制备。在一个实施方案中，用一种或多种另外的试剂(例如甘油或其他糖醇)进行冻干。在一些实施方案中，一种或多种另外的试剂改善所选细菌的保存期。在一个实施方案中，制剂组合物不包括海藻糖(α-D-吡喃葡萄糖基-1,1-α-D-吡喃葡萄糖苷)。在一些实施方案中，组合物不需要冷冻。

在一些实施方案中，本文提供的组合物可包装在一个或多个容器中。例如，在一些实施方案中，单个瓶、管、容器或胶囊可分成两个相等或不相等的部分，其中一个部分含有包装形式的(干燥的、冷冻干燥的等)细菌，而另一部分含有活化材料，其可以是液体或凝胶。在一些这种实施方案中，单个瓶或容器可以设计为使得最终使用者可以利用施加至容器上的单一力来分配两个容器部分中内容物的全部或一部分，以将所选择的、转化的或工程化的细菌和活化材料分配至皮肤或其他表面上。在一些实施方案中，试剂盒还可以是包含两个或更多个容器的形式，一个容器具有所选择的、转化的或工程化的细菌群体，另一个容器具有用于与所选择的、转化的或工程化的细菌群体混合的制剂。

在一些实施方案中，两个或更多个容器，一个容器具有所选择的、转化的或工程化的细菌群体，另一个容器具有未选择的、转化的或工程化的天然非病原皮肤细菌，并且第三个容器具有用于与所选择的、转化的或工程化的细菌群体混合的制剂。在另一实例中，组成单个瓶的两个或更多个容器具有连接至两个单独管的一个泵，每个管从不同的室出来。试剂盒还可包括一种或多种补充产品，例如肥皂、沐浴露或具有一定pH的保湿洗剂、洗剂或乳膏。在另一实施方案中，补充产品是益生菌。补充产品可包括任何有利于最初产品的活性并增强其活性以获得持续功效的化合物。另一种预期的包装是其中所选择的、转化的或工程化的细菌作为绷带或膜上的一层被保存，其与将允许细菌活化并且任选地还可限制繁殖/生长因子的绷带/膜的第二层结合。在另一实施方案中，最终产品冷藏储存，其中细菌处于其活性状态。在另一实施方案中，细菌储存在小的水溶性纤维素珠中。该珠可以混合在任何溶液中，例如防晒剂、保湿剂、沐浴露或肥皂。

使用方法

本文提供的方法和组合物可以以一种或多种方式使用。在一些实施方案中，使用方法是或包括治疗方法。在一些实施方案中，使用本公开提供的组合物来治疗和/或预防由对人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌产生的代谢物敏感的寄生微生物的生长引起的感染。这些微生物可以是细菌、病毒、酵母或真菌。

在实施方案中，感染是甲癣。在实施方案中，感染是足癣。在实施方案中，感染是特应性皮炎。在实施方案中，感染是脓疱病。在实施方案中，感染是皮肤或软组织感染。

在实施方案中，感染由皮肤真菌引起。在实施方案中，感染由马拉色菌菌种引起。在实施方案中，感染由毛癣菌菌种引起。在实施方案中，感染由葡萄球菌菌种引起。在实施方案中，感染由红色毛癣菌引起。在实施方案中，感染由金黄色葡萄球菌引起。在实施方案中，感染由糠秕马拉色菌、限制马拉色菌或球形马拉色菌(M.glabosa)引起。在实施方案中，感染由革兰氏阳性细菌引起。

在施用本公开的组合物之前，对象可任选地具有预处理方案，以准备好接受细菌组合物的皮肤。在某些实施方案中，预处理方案是可取的，例如当患者患有极顽固的病原体的急性感染时。在其他实施方案中，预处理方案是完全任选的，例如当引起感染的病原体不顽固时，或患者患有的急性感染已成功治疗，但医生担心感染可能复发。在这些情况下，预处理方案可增强细菌组合物影响患者微生物组的能力。

作为准备给患者施用微生物群落或菌种的一种方式，可施用至少一种抗生素或抗真菌剂以改变患者的微生物。这可以口服或局部施加。

如果患者已接受了用于治疗感染的抗生素，或者如果患者已接受了作为特定预处理方案的一部分的抗生素，则在一个实施方案中，在施用细菌组合物之前，应在足够的时间内停用抗生素，以使抗生素在皮肤上的浓度显著降低。在一个实施方案中，在施用细菌组合物之前，抗生素可停用1、2或3天。在一个实施方案中，在施用细菌组合物之前，抗生素可停用3、4、5、6或7个抗生素半衰期。在另一实施方案中，可选择抗生素使得细菌组合物中的成分的MIC50高于皮肤上抗生素的浓度。

细菌组合物或组合物中的成分的MIC50可通过本领域公知的方法来确定，参见例如，Reller等人,Antimicrobial Susceptibility Testing:AReview of GeneralPrinciples and Contemporary Practices,Clinical Infectious Diseases 49(11):1749-1755(2009)。在这种实施方案中，抗生素施用和细菌组合物施用之间的另外时间不是必需的。如果预处理方案是治疗急性感染的一部分，则可选择抗生素使得感染对抗生素敏感，但细菌组合物中的成分对抗生素不敏感。

在一些实施方案中，在施加深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌组合物之前，用洗涤剂物质预处理对象皮肤，以减少皮肤病原体的量。

在一些实施方案中，用增加有益代谢物产生的物质预处理深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌益生菌。

在一些实施方案中，在对象或表面上测量益生菌(例如，深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌)的相对丰度。在一些实施方案中，例如，从对象头皮、鼻旁位置、眉间等收集样品。在一些实施方案中，将对象上益生菌的相对丰度与对象群体进行比较，以确定疾病、病症或病况的诊断或发展风险。

制造方法

本文提供的任何组合物，包括药物组合物、制品和包含组合物的食品或家用产品，可含有任何形式的细菌菌株，例如水性或油形式(例如溶液或悬浮液)、以半固体形式包埋、粉末形式或冻干形式。在一些实施方案中，组合物或组合物的细菌菌株是冻干的。在一些实施方案中，冻干组合物中细菌菌株的子集。如制造商说明书所建议的，冻干通过在-80℃至-20℃之间冷冻材料、随后以不同的匀变速度和保持时间进行一次干燥和二次干燥来进行。冻干组合物、尤其是包含细菌的组合物的方法是本领域公知的。参见例如，美国专利号3,261,761；4,205,132；PCT公开WO 2014/029578和WO 2012/098358，通过引用全文并入本文。细菌可作为组合冻干和/或细菌可单独冻干并在施用前组合。细菌菌株可在与其他细菌菌株组合之前与药用赋形剂组合，或者多种冻干细菌可以以冻干形式组合，一旦组合，细菌混合物可随后与药用赋形剂组合。在一些实施方案中，细菌菌株是冻干的饼。在一些实施方案中，包含一种或多种细菌菌株的组合物是冻干的饼。细菌菌株可在与其他细菌菌株组合之前与药用赋形剂组合，或者多种冻干细菌可以以冻干形式组合，一旦组合，细菌混合物可随后与药用赋形剂组合。在一些实施方案中，细菌菌株是冻干的粉末。在一些实施方案中，包含一种或多种细菌菌株的组合物是冻干物。

在一些实施方案中，可以使用本领域公知的发酵技术来制造组合物的细菌菌株。在一些实施方案中，使用发酵罐来制造活性成分，其可以支持厌氧细菌菌种的快速生长。发酵罐可以是例如搅拌釜反应器或一次性波浪式生物反应器。培养基(例如LB培养基和TB培养基)或这些培养基的相似形式不含动物成分，可以用于支持细菌菌种的生长。细菌产物可以通过传统技术(例如离心和过滤)从发酵液中纯化和浓缩，并且可以任选地通过本领域公知的技术来干燥和冻干。

本公开的药物或化妆品组合物可根据本领域公知和常规实践的方法来制备(参见例如，Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Mack Publishing Co.第20版.2000)。因此，在一些实施方案中，本公开提供了一种用于制造药剂的组合物，其包含益生菌和至少一种另外的组分。在一些实施方案中，一种另外的组分包含赋形剂或由其组成。在一些实施方案中，赋形剂改善组合物的一种或多种特征，例如治疗或预防一种或多种疾病、病症或病况的功效。

制品

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌经配制作为制品，例如浸有人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、a、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的后生元、裂解物或代谢物的物质。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与布相关。布通常是指适于制成衣服的柔性材料，例如，具有足够的材料强度以承受穿戴者的日常运动。布可以是纤维的、机织的或针织的；它可以由天然存在的材料或合成的材料制成。示例性布材料包括棉、亚麻、羊毛、苎麻、丝、牛仔布、皮革、尼龙、聚酯和氨纶及其共混物。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与纱线相关。纱线通常是指适于针织或机织的长的、细的纺成的柔性材料。在一些实施方案中，纱线可以由例如羊毛、棉、聚酯或一种或多种其他合适的材料及其共混物制成。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与线相关。线通常是指适于缝合的长的、细的纺成的柔性材料。线通常比纱线的直径更细。线可以由例如棉、聚酯、尼龙、丝及其共混物制成。

衣服制品(例如鞋、鞋垫、睡衣、运动鞋、皮带、帽子、衬衫、内衣、运动服、头盔、毛巾、手套、袜子、绷带等)也可用人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌处理。床上用品(包括床单、枕头、枕套和毯子)也可用深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌处理。在一些实施方案中，一段时间内不能洗涤的皮肤区域也可与深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌接触。例如，在愈合过程期间固定受伤肢体的整形外科铸件中包裹的皮肤、与定期佩戴的假体或装置(例如助听器)接触的皮肤区域，以及为了适当愈合必须保持干燥的损伤附近的区域(例如缝合的伤口)可受益于与深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的接触。

在一些实施方案中，本公开提供了一种可穿戴的制品，其包含如本文所述的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌。可穿戴的制品可以是能够以不妨碍行走的方式与使用者的身体紧密相关的轻质制品。

可穿戴的制品的实例包括手表、腕带、头带、弹性发带、发网、淋浴帽、帽子、假发和珠宝。本文所述的包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的可穿戴的制品可例如以一定浓度提供，该浓度提供皮肤病症的治疗或预防、与低亚硝酸盐水平相关的疾病或病症的治疗或预防、体臭的治疗或预防、向对象供应一氧化氮的治疗或抑制微生物生长的治疗中的一种或多种。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与旨在接触毛发的产品相关，例如，刷子、梳子、洗发剂、护发剂、头带、弹性发带、发网、淋浴帽、帽子和假发。接触人类对象表面的制品(例如尿布)可与本公开的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌相关。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与家用物品相关，其可以其他方式用作人皮肤病原体的储存宿主。在一些实施方案中，淋浴帘、浴垫、淋浴垫或排水管浸有深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或者人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的后生元、裂解物或代谢物。

在一些实施方案中，人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌与家用或工业清洁物质(例如用于清洁健身房淋浴的清洁物质)相关。

在一些实施方案中，包装包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的产品。包装可用于压实产品或保护产品免受损坏、污染或降解。包装可包含例如塑料、纸、纸板或木材。在一些实施方案中，包装是细菌不可渗透的。在一些实施方案中，包装是氧气和/或二氧化碳可渗透的。

表1.粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的16srRNA序列。

实施例

实施例1：从人来源分离粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌。

概述

为了鉴定来自人皮肤的具有益生菌潜力的新细菌分离株，对从42个健康年轻成人收集的近700个皮肤微生物组样品进行存活菌落形成单位的筛选。通过单菌落的传代纯化单个分离株。完成了这些单独的细菌分离株中的454个的初步筛选，产生了5个对马拉色菌、金黄色葡萄球菌和/或红色毛癣菌显示出抑制活性的候选菌种。

材料和方法

生物勘察样品

样品来源于并收集于健康人对象的皮肤或患有足癣的人对象的脚趾。按照本领域已知的标准擦洗/擦拭程序，并使用eSwab管(Fisher，货号23-600-900)从人对象收集皮肤微生物组样品。从每名对象的前额、小腿、脚后跟和脚趾收集样品。

菌株分离

将从人皮肤收集的样品直接加工，或在-80℃下用10％ DMSO作为冷冻保护剂储存并在室温下解冻用于加工。在稀释至30-300个菌落/板的程度后，按照标准微生物实践，将皮肤样品铺板至提供有1％甘油的BHI和R2A琼脂板上。将板在环境温度下孵育3-5天，并目视检查细菌菌落。

粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌菌株的分子鉴定

通过传代培养纯化所有样品，并经由16S rRNA测序进行确认。从纯化的菌落中提取DNA，并使用热循环仪和标准27F/1492R引物对通过聚合酶链反应进行扩增。在提交Sanger测序之前，在E-凝胶上检查PCR产物。通过对NCBI数据库搜索获得的序列来确定分类学信息。

结果、解释和结论

粪产碱菌DB05646分离自患有厚皮型足癣的人对象的拇趾甲床，是一种非发酵的革兰氏阴性(NFGN)杆状细菌(图1)。

高地芽孢杆菌DB10033分离自健康人对象的前小腿，短小芽孢杆菌DB03376分离自第二健康人对象的脚后跟，而枯草芽孢杆菌DB02475分离自另一健康人对象的前额，并且是革兰氏阳性杆状细菌(图1)。

实施例2：粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的遗传评估方法和丰度

概述

对本文公开的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株以及具有公开基因组序列的菌株的遗传分析和分子进化研究显示，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株分成至少四个不同的亚组，每个亚组包括分离自各种来源(包括土壤、植物、两栖动物和人皮肤)的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株。在解剖部位测量人宿主上粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的相对丰度。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和基因组序列组装

根据说明书，使用由Illumina制造的Nextera Flex试剂盒生成每种粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株的鸟枪法测序文库。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，通过标准生物信息学分析运行，产生由干净的测序读段组装的基因组。还评估了样品中不同微生物菌种的相对丰度。

粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株的核苷酸水平基因组相似性

粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株的基因组序列以及几种公开的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌基因组(如表17、表19、表22和表24中所示的参考号所示，其序列可以在例如万维网ncbi.nlm.nih.gov/generome/上找到)通过平均核苷酸同一性(“ANI”；参见安全超文本传输协议//img.jgi.doe.gov/docs/docs/ANI.pdf)分析来确定相似性和遗传多样性。

粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌基因组序列的系统发育基因组学分析

使用RAxML程序包按照随附说明书(参见例如，cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/；还参见例如，A.Stamatakis:“RAxML Version 8:A tool forPhylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies.”2014.Bioinformatics)来评估本文所述的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株和具有公开基因组序列的菌株(如表19、表21、表23和表25中所示的参考号所示，其序列可以在例如万维网ncbi.nlm.nih.gov/generome/上找到)的系统发育基因组学关系。

人宿主上粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的相对丰度

使用如上所述的gDNA的16s扩增子测序和宏基因组鸟枪法测序来分析228个健康对象和28个患病对象(诊断为患有皮肤病原体感染的对象)的微生物组。从来自健康和患病参与者的头皮、鼻旁位置和眉间收集样品。粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌在每个解剖部位的平均相对丰度计算为分配给微生物组样品中观察到的每个菌种的总读段的平均百分比。

结果、解释和结论

一旦鉴定了目的菌株粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的身份，并通过本领域技术人员已知和可获得的标准遗传分析程序运行，评估了每个菌种在不同解剖部位的相对丰度。对228个健康对象和28个患病对象的不同解剖部位的全部微生物群落进行分析，以确定粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的丰度(表2)。经发现，所测试的对象在其皮肤上具有不同丰度的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和/或枯草芽孢杆菌。枯草芽孢杆菌在健康解剖部位和一些患病部位具有最高的平均相对丰度，并且粪产碱菌在患病头皮和患病眉间解剖部位具有最高的相对丰度。表2.基于N＝228个健康患者和N＝28个患病患者的采样，基于gDNA的16s扩增子测序和宏基因组鸟枪法测序，在解剖部位的平均相对丰度(观察到的微生物组的平均％)。

实施例3：病原体筛选

概述

测试了粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌抑制1至3种马拉色菌菌种、红色毛癣菌和金黄色葡萄球菌的能力。所筛选的菌株在发酵罐中生长，然后用于改进的抑制测定。该测定是针对所测试的病原体类型而定制的，但在每个实验中，测量由粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌诱导的抑制区，并将其与对照进行比较。经发现，所有四种菌株都抑制球形马拉色菌、糠秕马拉色菌、红色毛癣菌和/或金黄色葡萄球菌的生长。还对DB05646进行了针对限制马拉色菌的测试，并发现其抑制该菌。

材料和方法

微生物菌株

限制马拉色菌MYA4611、糠秕马拉色菌12078、球形马拉色菌MYA4794购自ATCC，并根据随附说明书进行保存。使用16s rRNA序列来确认所有购买的微生物菌株的身份。红色毛癣菌菌株18754购自ATCC，并根据说明书进行保存。金黄色葡萄球菌菌株25923购自ATCC，并根据说明书进行保存。用DMSO或甘油作为冷冻保护剂将粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475菌株储存在-80℃下。

粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌在5L规模的发酵罐中生长。将经历14-15h的摇瓶培养物接种发酵罐，并通过测量600nm处的吸光度来监测25℃下的生长。无菌收获发酵罐培养物，并将细胞沉淀重悬于含有冷冻保护剂和稳定剂的制剂缓冲剂中，以制备冷冻或冻干制剂。在冷冻或冻干之前，在稀释至10

纯度测定

使用摇瓶培养物接种发酵罐，并将收获的培养物重悬于冷冻保护剂媒介物中并稀释，使得铺板的100μl将生长估计30-300个菌落/板。这一估计基于600nm处的吸光度读数和先前测定1OD单位的CFU/mL的实验，并且这种方法是本领域技术人员已知和可获得的。将LB50琼脂或补充有0.5％甘油琼脂的BHI的6-10个板用100μl培养物涂布。将板在室温下孵育多达一周，并监测非粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的生长。

活力测定

收获在摇瓶中生长的培养物，测量600nm处的吸光度，并使用先前计算的OD和CFU之间的关系式计算CFU/mL。如本文所述立即对一个样品进行铺板并分析另一个样品的限制马拉色菌、糠秕马拉色菌、球形马拉色菌和红色毛癣菌生长。使用改进的抑制测定来确定生长，并使用抗生测定来确定葡萄球菌生长。此外，然后从收获物中制备3个样品，使其等于10

马拉色菌抗生测定

建立体外测定。简言之，马拉色菌在YPD-Mal琼脂板上生长5-14天，然后将板上的真菌材料刮到含有1mL无菌水中的5mm玻璃珠的冷冻管中。然后将管涡旋以均化材料。测量OD 600并稀释至0.3。然后使用珠将200μl体积的刮下的培养物涂布到培养基22琼脂板上，并使其干燥以产生新的培养板。将来自冷冻样品或优化的培养物(优化的生长时间和优化的CFU/mL)的一个5μl粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475斑点加入每个板中，并使其干燥。板在27℃下孵育4天。测量抑制区的宽度。

结果是半定量的，因为可以对抑制区进行测量。首先使用ImageJ以像素(直线)为单位对该区的宽度进行测量，并基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

红色毛癣菌抗生测定

按照与Ramsey等人(2015)报道的程序相似的改进的抑制测定建立体外测定，并如本文所述和提供的进行优化。简言之，将粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475培养物在50％ LB-Lennox(LBS-50)中生长24小时，至约2×10

从沙氏葡萄糖琼脂上生长的近2周龄培养物收获红色毛癣菌的分生孢子，使用血细胞计数器在标准光学显微镜下进行计数，并以10

与具有4个红色毛癣菌接种物点但无细菌交叉的对照相比，通过以mm为单位的真菌菌落大小的减少来确定在交叉形成中在板上划掉的细菌对红色毛癣菌的抑制。首先使用ImageJ以像素(直线)为单位测量红色毛癣菌菌落的半径，并基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

金黄色葡萄球菌抗生测定

按照标准实验程序建立体外测定。将一个研究细胞库小瓶的金黄色葡萄球菌25923解冻，并在50％ LB-vegitone培养基(LB50)中稀释100倍。该悬浮液的最终浓度为1×10

结果是半定量的，因为区可以测量。首先使用ImageJ以像素(直线)为单位测量该区的宽度，并基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

结果、解释和结论

与模拟对照上的菌苔相比，成功的结果是实验板或对照板上有清晰至稍微不清晰的抑制区。通过抑制区的宽度和该区的透明度测量抑制程度。

粪产碱菌

粪产碱菌的测定结果示于图2A-图2D中。粪产碱菌菌株DB05646通过抑制马拉色菌菌种、金黄色葡萄球菌和红色毛癣菌显示出高抗微生物活性。在所有实验中，DB05646比抗真菌剂(图2A和图2D)或抗生素(图2B)显著更好地抑制这些病原体的生长，并且具有更大的抑制区。在使用细菌的交叉模式创建四个象限的改进抑制测定中，DB05646使红色毛癣菌的生长停止(图2C)。

高地芽孢杆菌

高地芽孢杆菌的测定结果示于图3A-图3D中。高地芽孢杆菌DB10033显示出对两种马拉色菌菌种、金黄色葡萄球菌和红色毛癣菌的抑制。然而，它不如抗生素(图3A和图3B)或抗真菌剂(图3A和3D)有效，并且抑制金黄色葡萄球菌的抑制区是可变的(图3B)。在使用细菌的交叉模式创建四个象限的改进抑制测定中，DB10033使红色毛癣菌菌落的大小减少了近一半(图3C)。

短小芽孢杆菌

短小芽孢杆菌的测定结果示于图4A-图4D中。短小芽孢杆菌DB03376显示出对两种马拉色菌菌种、金黄色葡萄球菌和红色毛癣菌的抑制。与抗生素(图4B)或抗真菌剂(图4A和图4B)相比，它在抑制马拉色菌和金黄色葡萄球菌方面是相当或更好的。在使用细菌的交叉模式创建四个象限的改进抑制测定中，DB03376使红色毛癣菌菌落的大小减少了近四分之三(图4C)。

枯草芽孢杆菌

枯草芽孢杆菌的测定结果示于图5A-图5D中。枯草芽孢杆菌DB02475显示出对两种马拉色菌菌种、金黄色葡萄球菌和红色毛癣菌的抑制。然而，它不如抗生素(图5B)或抗真菌剂(图5A和图5D)有效，并且抑制金黄色葡萄球菌的抑制区是可变的(图5B)。在使用细菌的交叉模式创建四个象限的改进抑制测定中，DB02475使红色毛癣菌菌落的大小减少了近一半(图5C)。

实施例4：抗生素和抗微生物抗性、质粒和毒力因子

概述

为了评估粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475的生物安全性，测试了这些菌株的毒力因子，并通过进行生物信息学分析和湿实验室实验验证来检查它们的抗生素抗性谱。生物信息学基因组挖掘揭示了在粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475的基因组中没有已知的毒力因子和抗生素抗性基因。抗生素抗性测试显示，所测试的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株在不同程度上对超过24种抗生素敏感。粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475菌株对头孢菌素、喹诺酮和四环素类抗生素敏感，对氨基糖苷类、大环内酯类、氨曲南、碳青霉烯、美罗培南、氯霉素、克林霉素和阿莫西林/克拉维酸盐(4:1)较不敏感，并且对杆菌肽有抗性。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和生物信息学分析

使用Nextera Flex试剂盒(Illumina)生成每种粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌菌株的鸟枪法测序文库。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，并运行标准生物信息学分析，产生由干净的测序读段组装的基因组。

毒力因子、质粒和抗生素抗性的生物信息学测试

使用Abricate(Seemann T,Abricate,Github安全超文本传输协议//github.com/tseemann/abricate)来分析粪产碱菌DB05646、枯草芽孢杆菌DB02475、短小芽孢杆菌DB03376和高地芽孢杆菌DB10033。所用数据库是CARD、Resfinder、VFDB和plasmidfinder。顶层分析显示出菌株无毒力因子和质粒。CARD＝综合抗生素抗性数据库；Resfinder＝抗微生物抗性数据库；VFDB＝毒力因子数据库；Plasmidfinder＝质粒复制子集合数据库。

内部抗生素抗性测试

将一个粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475菌落在50％ BHI琼脂上生长3天，然后在1mL的1x PBS缓冲剂中充分混合，分别稀释10x和100x。将200μl稀释的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌细胞在150mm培养皿中均匀地涂布在R2A/BHI琼脂板上，一式三份。使用盘分配器(BD BBLSensi-Disc Designer分配器系统，12位)分配抗生素盘(BD BBL Sensi-Disc抗微生物敏感性测试盘)。板在室温下孵育2-3天，并在孵育结束时成像。

将vegitone Lb肉汤中生长3天的每种菌株的细菌菌落在1mL的1xPBS缓冲剂中充分混合，分别稀释10x和100x。将200μl稀释的细菌细胞在150mm培养皿中均匀地涂布在vegitone琼脂板上，一式三份。使用盘分配器(BD BBL Sensi-Disc Designer分配器系统，12位)分配抗生素盘(BD BBL Sensi-Disc抗微生物敏感性测试盘)。板在室温下孵育2-3天，并在孵育结束时成像。

每种菌株对抗生素的敏感性由抗生素盘周围细胞的清晰抑制区反映。使用ImageJ测量抑制区，并转换为cm用于分析。

抗生素MIC测试

使用生长自在LB肉汤-vegitone中纯化和生长的培养物的粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475进行抗生素抗性谱和MIC测试。

结果、解释和结论

对所有四种人分离的粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475菌株进行测序，覆盖范围为基因组大小的至少100x。将基因组序列组装为重叠群，并通过建于公开数据库上的标准分析程序运行，包括：综合抗生素抗性数据库(CARD，安全超文本传输协议//card.mcmaster.ca/)、ResFinder 3.2(鉴定的获得性抗微生物抗性基因和/或染色体突变)、Argannot(在万维网上的安全超文本传输协议可用，ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24145532)、PlasmidFinder 2.1和病原细菌的毒力因子(VFDB，超文本传输协议//www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm)。生物信息学检索没有发现编码毒力因子的已知基因。

如使用Abricate分析的，所测试的菌株中没有一个在其基因组中具有质粒或毒力因子(表3)。DB05646没有抗生素或抗微生物抗性基因，然而，DB10033和DB03376具有2个推定的抗生素抗性基因和1个抗微生物抗性基因。DB02475有6个推定的抗生素抗性基因，无抗微生物抗性基因。(表3和4)

表3.使用CARD、Resfinder、VFDB和Plasmidfinder对菌株进行生物信息学分析的结果。

表4.芽孢杆菌菌株中鉴定的特异性抗生素抗性和抗微生物抗性基因。

表5.与标准CLSI对照菌株相比的抗生素抗性的湿实验室测试。

*MIC(μg/mL)测试由生命科学创业研究所(Institute for Life ScienceEntrepreneurship)进行

NBP-无可用的折点信息。

基于CRO(合同研究组织)进行的MIC(最小抑制浓度)，DB05646对以下肠胃外抗生素敏感：

β-内酰胺类：头孢吡肟、头孢曲松、美罗培南，除了氨曲南或阿莫西林/克拉维酸盐(4:1)

氨基糖苷类：阿米卡星、新霉素

四环素类：四环素、米诺环素

喹诺酮类：环丙沙星、左氧氟沙星

大环内酯类：阿奇霉素、红霉素

其他：氯霉素、多粘菌素B

基于MIC，证明了DB05646在其通常存在的浓度下对所有局部抗生素敏感。莫匹罗星以2％(20,000μg/mL)用于局部百多邦乳膏或软膏中。局部氯己定以4％(40,000μg/mL)用于Hibiclens溶液、Betasept手术擦洗液(4％)中，棉签中聚维酮碘以7.5％-10％(75,000-100,000μg/mL)用于Betadine棉签棒或手术擦洗溶液中。除了聚维酮碘，MIC远低于局部治疗浓度。

实施例5：益生菌组合的抑制测定

概述

将深蓝紫色杆菌DB02473、粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475在摇瓶中生长，并划线或点在限制马拉色菌或糠秕马拉色菌的菌苔上。观察这些细菌单独或组合抑制限制马拉色菌或糠秕马拉色菌的能力。当与另一种细菌组合生长时，所测试的菌株中的一些抑制限制马拉色菌或糠秕马拉色菌的能力提高。

材料和方法

菌株

限制马拉色菌MYA4611、糠秕马拉色菌12078、球形马拉色菌MYA4794购自ATCC，并根据说明书进行保存。红色毛癣菌菌株18754购自ATCC，并根据说明书进行保存。

金黄色葡萄球菌菌株25923购自ATCC，并根据说明书进行保存。用DMSO或甘油作为冷冻保护剂将深蓝紫色杆菌DB02473、粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475菌株储存在-80℃下。

建立体外测定。该测定是标准抑制测定的变体，用于测试细菌、真菌或小分子停止或限制病原体生长的能力。将潜在的抑制剂加入病原体菌苔中，并测量抑制剂周围病原体生长的抑制区。

简言之，马拉色菌在YPD-Mal琼脂板上生长5-14天，然后将板上的真菌材料刮到含有1mL无菌水中的5mm玻璃珠的冷冻管中。然后将管涡旋以均化材料。测量OD 600并稀释至0.3。然后使用珠将200μl体积的均化接种物涂布到培养基22琼脂板上，并使其干燥以产生新的培养板。

将深蓝紫色杆菌DB02473、粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475在摇瓶中生长。将冷冻培养物的等分试样接种至250mL带挡板烧瓶中的50mL BHI肉汤中，并在25℃、200rpm下孵育约20-22小时过夜。

将每种细菌菌株在1mL体积中稀释至预定CFU/mL(～10^6，在～10^4-10^8的范围内)。将棉签浸入来自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的稀释液中，从板的中心到周边以直线划线。然后将浸入选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌的其他菌株中的一种或无菌培养基的稀释液中的拭子从板的中心到周边以直线划线，以产生跨过板的直线，该直线包含一种菌株的一半和另一种菌株的一半。如果使用两种细菌，则板的中心是两种细菌菌株在病原体菌苔上混合的界面。

在一些情况下，将一个5μl益生菌接种物(粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌)斑点加入含如上所述制备的马拉色菌菌苔的板的中心。直接在该斑点旁边，加入另外的5μl益生菌接种物斑点或无菌培养基。

将来自冷冻样品或优化的培养物(优化的生长时间和优化的CFU/mL)的深蓝紫色杆菌DB02473、粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475的线或斑点加入每个板中，并使其干燥。板在27℃下孵育4天。观察抑制区的宽度。

结果、解释和结论

当在糠秕马拉色菌的菌苔上一起生长时，与每种菌株单独表现出的抑制相比，枯草芽孢杆菌DB02475与短小芽孢杆菌DB03376的组合生长对糠秕马拉色菌产生更大的抑制。这表明，DB02475和DB03376一起以比单独使用任一益生菌更大的抑制程度来抑制糠秕马拉色菌(表6)。如表6所示，一起生长的菌株DB02475和DB03376抑制限制马拉色菌生长，产生比单独每种菌株更大的抑制区。此外，菌株DB10033和DB03376的组合导致针对限制马拉色菌的抑制区比每种菌株单独所能产生的抑制区更大。当DB10033和DB3376或DB3376和DB02475一起存在时，观察到真菌菌苔的另外清除(数据未显示)。这些数据表明本文所述菌株的某些组合可能比单独的单个菌株更有效地抑制马拉色菌病原体。

表6.用高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376和/或枯草芽孢杆菌DB02475进行针对糠秕马拉色菌和限制马拉色菌的单一培养物和共培养物抑制测定的测试组。

实施例6：离体猪皮肤研究

概述

开发了离体猪皮肤测定，以测试粪产碱菌(DB05646)和深蓝紫色杆菌(DB02473)在模拟人皮肤的系统中的病原体生长抑制能力。将两种细菌作为益生菌在已用金黄色葡萄球菌定植的猪皮肤外植体上进行测试。通过对从外植体恢复的菌落形成单位进行计数来测量粪产碱菌、深蓝紫色杆菌和金黄色葡萄球菌的存在。与PBS和媒介物对照相比，观察DB05646和DB02473益生菌对金黄色葡萄球菌的抑制活性。

材料和方法

将DB05646和DB02473在5L规模的发酵罐中生长。将经历14-15h的摇瓶培养物接种发酵罐，并通过测量600nm处的吸光度来监测25℃下的生长。在16小时时收获细胞，离心，并重悬于液体媒介物中。

为了制备金黄色葡萄球菌ATCC 43300培养物，将单个菌落置于5mL THB肉汤中，并置于37℃的振荡培养箱中过夜。在猪皮肤外植体准备好感染之前近2.5小时，将20μl的ATCC43300培养物转移至2mL新鲜THB肉汤中，并使其在37℃振荡培养箱中继续生长。通过光密度(OD)读数以OD 0.6为目标检查细胞密度，其对应于5×10^8CFU/mL。将最终培养物的等分试样置于MSA板上，以验证菌落计数。

猪皮肤外植体从当地供应商处获得。通过外科擦洗刷和水擦洗来完全去除污垢和碎屑。通过修剪去除毛发，然后用一次性剃刀重复剃毛。产生直径8mm的外植体，并浸泡在含2％青霉素/链霉素和0.2％两性霉素B的RPMI中，涡旋30秒，超声处理2min，并再次涡旋30秒。更换含2％青霉素/链霉素和0.2％两性霉素B的RPMI，并在37℃下将组织浸没在溶液中孵育30分钟。将外植体用～10mL的新鲜RPMI冲洗3次，以去除任何其它溶液，然后浸没在不含抗生素的RPMI中孵育30分钟。将外植体皮肤面朝上置于底部有迁移小室(transwell)和2mL RPMI的6孔板中。

用20μl金黄色葡萄球菌ATCC 43300培养物接种外植体，最终浓度为10^7CFU/外植体。在用基于益生菌的药物产品治疗之前，使金黄色葡萄球菌在37℃下生长2小时。对于每种药物产品、媒介物和PBS，将5μl施加至每个外植体。接种的外植体在25℃下孵育48小时。以10^8CFU/mL的剂量配制DB02473药物产品，并以10^10CFU/mL的剂量配制DB05646药物产品。对于10x或100x稀释的DB05646药物产品，使用媒介物相应地稀释最初的药物产品。

为了确定细胞丰度，从板中取出外植体并置于填充有1mL 1xPBS的2mL管中。通过涡旋30秒、超声处理2分钟和再涡旋30秒释放细菌。将样品涂布在BHI琼脂上用于益生菌CFU计数，并涂布在MSA上用于金黄色葡萄球菌CFU计数。MSA板在37℃下孵育，并且BHI板在25℃下孵育。在0、7和24小时，使用标准CFU计数方法来测量金黄色葡萄球菌ATCC 43300的CFU/mL。对每种益生菌浓度或媒介物对照进行三个外植体重复。双向ANOVA和Tukey HSD事后测试用于结果的静态分析。

结果、解释和结论

总共进行了四个实验来评估DB02473和DB05646对每个外植体的金黄色葡萄球菌丰度的治疗效果。尽管数据的可变性很高，但在两个实验中，与PBS和媒介物对照相比，在治疗后7小时、24小时和48小时，DB02473和DB05646的存在显著降低了猪皮肤外植体上金黄色葡萄球菌的CFU/mL的量。相反，媒介物和PBS对照在每个时间点没有导致猪皮肤外植体上金黄色葡萄球菌的CFU/mL的变化(即，无可检测到的变化或无显著增加)。

与0小时对照相比，10^9CFU/mL浓度的DB05646在显著降低猪皮肤外植体上的金黄色葡萄球菌方面最有效，而与0小时对照相比，DB05646以及10^10和10^8CFU/mL不显著降低金黄色葡萄菌CFU计数。与0小时对照相比，10^9CFU/mL的DB02473略微但不显著降低外植体上金黄色葡萄球菌的量(图6)。然而，当在24小时时间点与PBS和媒介物对照相比时，DB02473和DB05646药物产品都显著降低猪皮肤外植体上的金黄色葡萄球菌丰度。

这些数据表明，在离体皮肤模型中，DB02473和DB05646都对金黄色葡萄球菌的生长具有抑制作用。

实施例7.临床试验

概述

测试了粪产碱菌菌株DB05646用于治疗和预防皮肤疾病。DB05646在IIa期、随机、双盲、媒介物和水凝胶控制的患者内比较临床试验中显示出改善花斑癣体征和症状的初步趋势。该临床试验证明，当在马拉色菌附近施加粪产碱菌DB05646时，用分离自人来源的粪产碱菌DB05646进行的益生菌治疗与一些对象的马拉色菌丰度降低相关。一些对象证明了DB05646在最终治疗施加后持续存在直至一周。

材料和方法

筛选时，符合入选/排除标准的对象被纳入本研究四个队列中的一个。随机分配给每名对象一定剂量的DB05646益生菌、媒介物凝胶或水性凝胶，施加至位于其胸部和背部的花斑癣感染皮肤。队列1有六名对象在一处花斑癣感染躯干位置接受了10^6CFU/ml供试品的DB05646，并在另一处接受了水凝胶。队列2有六名对象在一处花斑癣感染躯干位置接受了10^8CFU/ml供试品的DB05646，并在另一处接受了水凝胶。队列3有六名对象在一处花斑癣感染躯干位置接受了10^10CFU/ml供试品的DB05646，并在另一处接受了水凝胶。这三个队列的每一个中的两名对象接受单一剂量的供试品，4名对象在连续5天接受剂量(多剂量)。队列4有四名对象在一处花斑癣感染躯干位置接受了媒介物，并在另一处接受了水凝胶。对象接受了含有DB05646益生菌的药物产品、媒介物和/或水凝胶，在诊所将其施加至对象胸部或背部上具有花斑癣感染皮肤的不同解剖位置。媒介物凝胶与水凝胶队列纳入有四名对象，连续五天接受每日一次的治疗剂量。

对象在诊所就诊，连续施加药物产品多达5天，然后在最终药物产品施用后近一周进行随访。在每次就诊时收集用于微生物丰度(真菌和细菌)的棉签。使用5分量表对花斑癣的体征和症状进行临床评估，并进行局部耐受性的评估以及针对局部耐受性的评估。

使用标准qPCR方法来测量马拉色菌和粪产碱菌的绝对丰度。使用全基因组测序来评估微生物组的相对微生物丰度。

结果、解释和结论

本临床试验证明，当将粪产碱菌DB05646施加于马拉色菌附近时，在一些对象中，粪产碱菌DB05646与花斑癣和马拉色菌丰度的临床评分降低相关。

如图7所示，与用水凝胶对照处理相比，某些浓度的含有DB05646的活性药物产品导致较低的评分，这表明临床体征和症状得到改善。将活性药物产品分别以10^9或10^10CFU/mL浓度施用至队列2的6名对象(2名单剂量对象和4名多剂量对象)和队列3的6名对象(2名单剂量对象和4名多剂量对象)。与用水凝胶对照处理的解剖位置相比，在12名对象中，用DB05646益生菌处理解剖位置的7名对象的临床评分出现了可量化的降低，5名对象的临床得分下降更多(图7)。该差异在所有对象中在第14天最显著(图7，所有组)。另外，在试验过程中，如通过qPCR所测量的，许多对象治疗部位的马拉色菌的绝对丰度出现了降低(图8)。一些对象还证明了DB05646在最终治疗施加后持续存在直至一周(图9)。

实施例8.代谢物

概述

分析粪产碱菌DB05646和短小芽孢杆菌DB03376提取物的代谢物。通过液相色谱-质谱(LC-MS)分析糠秕马拉色菌培养物存在和不存在的情况下粪产碱菌的代谢谱。开发了由粪产碱菌分离物产生的代谢物和在糠秕马拉色菌培养物存在的情况下由粪产碱菌上调的那些代谢物的全光谱组，并示于表7-表16中。

材料和方法

将粪产碱菌DB05646和短小芽孢杆菌DB03376与马拉色菌分别共孵育，使用0.4μm过滤器插入物将两种培养物在12孔板的孔中彼此分离。将OD600为5的培养基22中的2mL每种益生菌培养物加入12孔板的4个重复孔中。将2mL的培养基22加入12孔板的4个重复孔中作为阴性对照。将带有0.4μm过滤器的插入物(Greiner Bio One，货号700388)置于每个孔中。为了建立益生菌-马拉色菌共孵育，将来自新鲜生长琼脂板的马拉色菌刮入含有5-10个5mm玻璃珠的RPMI体积中。将其涡旋，并测量悬浮液的OD600。在培养基22中制备新悬浮液，OD600为0.05，将1mL加入重复插入物中。作为对照，向每个插入物中加入1mL的培养基22肉汤。将板在27℃、180rpm下振荡48小时，此时从每个孔中收集两个1mL样品至单独的管中。

使用设置为40％强度的探针超声波仪将1.2mL样品超声处理3×40s，超声之间在冰上间隔20s。该步骤裂解粪产碱菌。将超声处理的材料在14,000xg下离心2分钟。将700μl上清液转移至新管中。盖上管盖，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃下。在快速冷冻后，将剩余的裂解物上清液储存在-80℃冰箱盒子中。

根据标准方法进行半极性代谢物检测。在LC-MS分析前，使用含0.1％甲酸的10mM甲酸铵将每个用过的培养基样品稀释20次。使用与高分辨率四极杆-轨道阱质谱仪(QExactive HF复合四极杆-轨道阱质谱仪，Thermo Fisher Scientific)偶联的UPLC系统(Vanquish，Thermo Fisher Scientific)进行LC-MS分析。使用电喷雾电离界面作为电离源。以阴性和阳性模式进行分析。以MS/MS模式分析QC样品以鉴定化合物。使用Catalin等人,UPLC/MS monitoring of water-soluble vitamin Bs in cell culture media inminutes,Water Application note 2011,720004042en描述的方案的略微改进版本进行UPLC。

使用Compound Discoverer 3.1(Thermo Fisher Scientific)来处理LS-MS数据。用从1级至3级的三级注释鉴定化合物(表7-表16中用“化合物ID”标记的化合物)。基于色谱图的面积生成给定样品中每种化合物的数值。

结果、解释和结论

由DB05646或DB03376显著增加(以5倍或更多产生)的化合物是令人特别感兴趣的。在DB05646/DB03376单一培养物中和/或与糠秕马拉色菌的共培养物中，DB05646/DB03376过量产生五组化合物。

经发现，DB05646显著产生了总共89种化合物。

第1组化合物仅在DB05646单一培养物中显著产生(表7)。

第2组化合物在DB05646单一培养物、糠秕马拉色菌单一培养物和共培养物中显著产生(表8)。第2组化合物中特别感兴趣的是与糠秕马拉色菌单一培养物相比，在DB05646M和糠秕马拉色菌共培养物中显著产生的六种化合物：2-(1-乙氧基乙氧基)丙酸；1-吡咯啉-5-甲酸；甲硫基2-(丙酰氧基)丙酸酯；5-胍基-2-氧代戊酸；乙酰乙酸乙酯和核酮糖-5-磷酸。

第3组化合物在DB05646单一培养物和共培养物中显著产生(表9)。值得注意的是，在第3组的29种化合物中，与糠秕马拉色菌单一培养物相比，在共培养物中也显著产生了24种化合物。这表明DB05646对共培养物中这22种化合物的产生有显著贡献。

第4组化合物在DB05646单一培养物和糠秕马拉色菌单一培养物中都显著产生，但在共培养物中未产生(表10)。在第4组的六种化合物中，两种化合物鸟苷和肌苷在共培养物中显著降低，这表明这两种化合物对共培养物中的相互作用是关键的。

第5组化合物仅在共培养物中上调(表11)。与培养基22相比，第5组14种化合物中的九种在共培养物中未显著升高，但与糠秕马拉色菌相比，在共培养物中显著升高，这表明这些化合物是由DB05646产生的，但在共培养物中被糠秕马拉色菌消耗。

对于在DB05646存在的情况下共培养物中显著降低5倍或更多的44种化合物，两种化合物高瓜氨酸和丙二酸是令人特别感兴趣的。与培养基22相比，这两种化合物在DB05656单一培养物中略微降低，但与糠秕马拉色菌相比，在共培养物中显著降低。这两种化合物可能在糠秕马拉色菌生长抑制中发挥重要作用，例如经由糠秕马拉色菌的营养饥饿机制。

相似地，DB03376在各种条件下显著产生总共77种化合物。

第1组化合物仅在DB03376单一培养物中显著产生(表12)。

第2组化合物在DB03376单一培养物、糠秕马拉色菌单一培养物和共培养物中显著产生(表13)。

第3组化合物在DB03376单一培养物和共培养物中显著产生(表14)。值得注意的是，与糠秕马拉色菌单一培养物相比，第3组化合物中的全部八种在共培养物中也显著产生。这表明DB03376在共培养物中对这些化合物的产生有显著贡献。

第4组中只有两种化合物在DB03376单一培养物和糠秕马拉色菌单一培养物中都显著产生，但在共培养物中未产生(表15)。在这两种化合物中，次黄嘌呤在共培养物中显著降低，这表明这两种化合物对共培养物中的相互作用是关键的。

第5组化合物仅在共培养物中上调(表16)。与培养基22相比，第5组化合物中大部分(50/57)在共培养物中未显著升高，但与糠秕马拉色菌相比，在共培养物中显著升高，这表明这些化合物是由DB05646产生的，但在共培养物中被糠秕马拉色菌消耗。

相似地，对于在DB03376存在的情况下显著降低的化合物，四种化合物mudifloramide、N,N’-二[4-(2,6-二甲基吗啉代)苯基]硫脲、磷酸胆碱和(Z)-norendoxifen是令人特别感兴趣的。与培养基22相比，这四种化合物在DB03376单一培养物中检测到水平较低，但与糠秕马拉色菌相比，在共培养物中显著降低。这些化合物可能在糠秕马拉色菌生长抑制中发挥重要作用，例如经由糠秕马拉色菌的营养饥饿机制。

表7.仅在DB05646单一培养物中显著产生的化合物。

表8.在DB05646单一培养物、糠秕马拉色菌单一培养物和共培养物中显著产生的化合物。

表9.在DB05646单一培养物和共培养物中显著产生的化合物。

表10.在DB05646单一培养物和糠秕马拉色菌单一培养物中都显著产生，但在共同培养物中未显著产生的化合物。

表11.仅在DB05646-糠秕马拉色菌共培养物中显著产生的化合物。

表12.仅在DB03376单一培养物中显著产生的化合物。

表13.在DB03376单一培养物、糠秕马拉色菌单一培养物和共培养物中显著产生的化合物。

表14.在DB03376单一培养物和共培养物中显著产生的化合物。

表15.在DB03376单一培养物和糠秕马拉色菌单一培养物中都显著产生，但在共同培养物中显著未产生的化合物。

表16.仅在DB03376-糠秕马拉色菌共培养物中显著产生的化合物。

实施例9：粪产碱菌的基因组比较研究

概述

为了鉴定来自人皮肤的具有益生菌潜力的新细菌分离株，对从42个健康年轻成人收集的近700个皮肤微生物组样品进行存活菌落形成单位的筛选。通过单菌落的传代纯化单个分离株。对这些单个细菌分离株中的454个进行初步筛选，产生了5个对马拉色菌、金黄色葡萄球菌和/或红色毛癣菌显示出抑制活性的候选菌种。

为了对粪产碱菌DB05646进行生物信息学分析，针对NCBI参考菌株进行了各种分析，包括菌株组装、分类学分类、同一性和安全性(表19)。分析包括菌株测序数据的组装和分类学分类，以及整个基因组与公开和市场可用的基因组的比对，以评估菌株的系统发育。用平均核苷酸同一性(ANI；本领域技术人员已知，本文进一步描述以供参考)评估菌株同一性，并建立了具有潜在药物应用的次级代谢物谱。

表17.分析中使用的来自NCBI数据库的粪产碱菌DB05646和菌株。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和基因组序列组装

根据制造商的说明书，使用由Illumina制造的Nextera Flex试剂盒对DB05646进行鸟枪法测序。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，并进行标准生物信息学分析，产生由干净的测序读段组装的基因组。

全基因组比对/系统发育

进行全基因组分析。将组装的基因组以及参考基因组(即，表17中)与来自公开数据库的外组用于全基因组比对。使用Homblocks进行全基因组比对，其在背景中使用渐进性淡紫色进行比对，并提取局部共线区块(LCB)。LCB是似乎没有基因组重排的保守区段。使用全基因组比对来建立系统发育。一旦产生比对文件，则使用RaxML来构建DB05646和NCBI参考菌株的系统发生树(表17)，以及来自不同属的木糖氧化无色杆菌作为参考细菌用作外组，以产生显示菌株进化关系的树(参见图10)。

平均核苷酸同一性

平均核苷酸同一性(ANI)与全基因组比对相似，但使用BLAST进行基因组之间的核苷酸基因组相似性。ANI广泛用于比较原核基因组，其给出该菌种的菌株水平同一性分辨率。使用平均核苷酸同一性python脚本来进行ANI。表17中的所有菌株用于进行比较。使用95％的临界值来建立菌种水平同一性，使用100％来建立菌株水平同一性。

泛基因组分析

Roary用于泛基因组分析。它需要组装体的注释gff文件(由prokka生成)来分离属于核心基因组(100％覆盖和99％同一性或更高)、辅助基因组或可变(低于99％同一性但仍有一些匹配或对菌株特异的基因)的基因。对表17中的组装体进行泛基因组分析。在分析中使用的所有基因组组装体(DB specific、refseq和genbank)使用prokka(原核注释工具)进行注释。所得gff文件用于Roary中以构建泛基因组。特异性评估可变基因，以建立DB05646和参考菌株之间的遗传差异。

Antismash

Antismash是一种基于web浏览器的工具，用于鉴定和注释细菌基因组中次级代谢物生物合成基因簇。它可以挖掘基因组组装体，以获得可能具有潜在药物应用的次级代谢谱。对粪产碱菌菌株LK36、MB207、NBIB-017、HPC1271和MUB14(GCF_010092625.1)的全基因组组装体进行Antismash分析。

结果、解释和结论

系统发育

DB05646显示出与外组木糖氧化无色杆菌(不同菌种)的明显分离。DB05646也与所有22个参考菌株分离，并且不与来自相同菌种的另一菌株共享进化枝。平均核苷酸同一性

图11所示热图中表示的数据显示，DB05646与NCBI参考菌株中的一些(包括分离自人宿主的菌株)具有超过95％的菌种水平同一性，并且显示出与外组木糖氧化无色杆菌明显分离，其差异百分比比其他粪产碱菌参考菌株更大。DB05646组与其他粪产碱菌菌种具有置信度，但在菌株水平上，它在遗传上不同于参考菌株，并且与它们中的任一种具有远低于100％的同一性。DB05646是一种粪产碱菌菌种，但是一种在遗传上与参考菌株不同的菌种。

泛基因组分析

使用泛基因组分析来确定DB05646和34个已知功能的可变基因之间的相似性百分比。在该34个可变基因的组中，在其他菌株或blastdb覆盖范围中发现33个基因，其同一性百分比低于被分类为核心基因的同一性，但仍存在于所有基因组中(图12)。

有趣的是，来自DB05646的一个基因ycgJ(推定的甲基转移酶；SEQ ID NO:6)仅存在于DB05646中，而不在来自NCBI的任何其他粪产碱菌菌株中。这通过对所有粪产碱菌参考菌株的局部BLAST和对整个NCBI nr/nt数据库的在线BLAST来确认。在该新发现的基因与任何其他已知菌株之间没有发现相似性。在一些实施方案中，该甲基转移酶可在表观遗传学中起作用。在一些实施方案中，该甲基转移酶基因可对DB05646用于有效治疗病原体的能力起作用。因此，该甲基转移酶基因的使用可被认为是粪产碱菌和/或一种或多种其他菌株的添加剂，以开发对一种或更多种病原体的另外基于粪产碱菌的治疗。

>HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)

ATGGCTATCAATTTTCATGATCAAAAGAATCGCAAAACCTACGCCACTCGTGAGGCGGAC

GGCTCCTGGGTGCAAGCTATCGAAACCCTGATCAACCTGTTCGGTTTGCGTGTGGCCGAT

ATAGGTTGCGGCGGCGGGATTTATTCCTCGGCCTTTCTGGATCAGGGCGCAAGCAGCGTG

GTGGGCGTGGATTTTTCTCAGGCCATGATTTCTGGCGCTCAAGAACGCAATGCGGGCCGG

GAGGGGATTGAGTTCCGTCAGGGGGACGCGACGGCGACCGGCTTGCCCTCTGAGAGTGTG

GACCTGGTTTTTCAGCGCGCCTTGATTCATCACCTGACAGACTATGAGGCCTGCTTTACC

GAAGCCAAGCGTTTGCTGGTTCCGGGTGGCGCTTTGCTGGTGCAGGACCGGACGGCGGTG

GATGTGCAGCAGCCTGCTTCAGCCTCTCATTTGCGGGGCTACTTCTTTGAATGTTTCCCC

CGCCTGTTGGAGGTGGAGCTGAAACGCCGCCCCGATACGTCCAAGGTACAGGCAGCACTG

CAGGCCGTCGGTTTTGTGGATCTGCAATCCAGCACCGTGTGGGAAGACCGGCGCTACTAC

AACAGCTTTGAGGACTATGCTCAGGAGCTGGTCCAGCGTACCGGGCGCTCTATCTTGCAT

GAGCTAAGTGACGCCGAGCTGCAAGAGCTGATCGACTATATTCGCGCCCGAGTTCCTGCG

AATCAGTCCTTTGTGGAGCGTGATTGCTGGACCTTGTGGTTAGGCAAGCGGGGCAGATAA

保守基因和代谢物

Antismash挖掘全基因组组装体的次级代谢物谱。经发现，DB05646具有四氢嘧啶、杆菌巴汀、Quinolobactin、伯克霍尔德酸和Emulsan代谢物谱。如表18A中所示，这些谱也存在于基因组NCBI参考菌株(分离自人和/或具有抗微生物活性)LK36、MB207、NBIB-017、HPC1271和MUB14(GCF_010092625.1)中。

表18A.存在于粪产碱菌菌株全基因组组装体中的次级代谢物谱。

为了进一步评估保守途径，首先用PROKKA注释工具注释所有细菌基因组组装体，用于保守途径比较。将含有功能性氨基酸序列的所得.faa文件用作blastkoala搜索的输入。将该文件上传到blastkoala服务器上，并使用属级分类群KEGG直系同源数据库运行。该工具根据基于直系同源的搜索给基于直系同源的氨基酸序列分配K数(k number)。这些K数表示根据功能性直系同源物的分子功能。使用该方法对所有基因组生成K数。

使用自定义R脚本分离分类群比较的基因组之间的常见K数(功能性氨基酸)。使用KEGG途径重构的web服务器(万维网上的安全超文本传输协议，mLkegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)将来自基因组比较的所得常见K数重构为途径。一旦上传了常见K数，就从常见保守途径生成代表这些K数的途径，基于文献综述进一步探索具有抗生素和抗真菌特性的那些途径。

基于对粪产碱菌菌株LK36、MB207、NBIB-017、HPC1271和MUB14(GCF_010092625.1)中保守抗微生物途径的分析，数据显示出萜类化合物和聚酮化合物生物合成途径以及生物异源物质降解途径是保守的(表18B)。每个路径内映射的K数被标记在途径数后面。例如，途径“M00793 dTDP-L-鼠李糖生物合成(4)(完成3/4)”具有四个路径内映射的K数；在四个K数中，其中三个在这些菌株中是常见的。

表18B.粪产碱菌中的保守途径

实施例10：高地芽孢杆菌的基因组比较研究

概述

为了对分离自人皮肤样品的高地芽孢杆菌(DB菌株)进行生物信息学分析，在DB组中针对参考菌株进行了各种分析，包括菌株组装、分类学分类、同一性和安全性(表19)。分析包括菌株测序数据的组装和分类学分类，以及整个基因组与一些公开和市场可用的基因组的比对，以评估菌株的系统发育。

用平均核苷酸同一性(ANI；本领域技术人员已知，本文进一步描述以供参考)评估菌株同一性，并建立了具有潜在药物应用的次级代谢物谱。

表19.分析中使用的由DermBiont分离的高地芽孢杆菌菌株和来自NCBI数据库的菌株。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和基因组序列组装

根据制造商的说明书，使用由Illumina制造的Nextera Flex试剂盒对表21中的所有DB菌株进行鸟枪法测序。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，并进行标准生物信息学分析，产生由干净的测序读段组装的基因组。

全基因组比对/系统发育

进行全基因组分析。将组装的基因组以及所选择的参考基因组与来自公开数据库的外组用于全基因组比对。使用Homblocks进行全基因组比对，其在背景中使用渐进性淡紫色进行比对，并提取局部共线区块(LCB)。LCB是似乎没有基因组重排的保守区段。使用全基因组比对来建立系统发育。一旦产生比对文件，则使用RaxML来构建所有DB菌株和NCBI参考菌株的系统发生树(表19)，以及来自不同属的嗜盐喜盐芽孢杆菌(Halobacillushalophilus)作为参考细菌用作外组，以产生显示菌株进化关系的树(参见图13)。

平均核苷酸同一性：

平均核苷酸同一性(ANI)与全基因组比对相似，但使用BLAST进行基因组之间的核苷酸基因组相似性。ANI广泛用于比较原核基因组，其给出该菌种的菌株水平同一性分辨率。使用平均核苷酸同一性python脚本来进行ANI。表19中的所有菌株用于进行比较。使用95％的临界值来建立菌种水平同一性，使用100％来建立菌株水平同一性。

Antismash

Antismash是一种基于web浏览器的工具，用于鉴定和注释细菌基因组中次级代谢物生物合成基因簇。它可以挖掘基因组组装体，以获得可能具有潜在药物应用的次级代谢谱。对表19中的所有DermBiont(DB)菌株的全基因组组装体进行Antismash分析。

结果、解释和结论

系统发育

生成了系统发育树，显示出各种高地芽孢杆菌DB菌株之间的基因组差异(图13)。DB10033(高地芽孢杆菌；SEQ ID NO:2)、DB02448(SEQ ID NO:7)、DB02457(SEQ ID NO:8)、DB02461(SEQ ID NO:9)、DB02478(SEQ ID NO:10)、DB02549(SEQ ID NO:11)和DB02623(SEQID NO:12)显示出与外组嗜盐喜盐芽孢杆菌明显分离。喜盐芽孢杆菌是与芽孢杆菌关系密切的属。所测试的所有“DB”菌株也显示出与系统发育分析中使用的19个公开可用的基因组的共有进化枝差异(图13)。

平均核苷酸同一性：

图14所示热图中表示的数据显示，所有七种DB高地芽孢杆菌菌株在DB组内与参考高地芽孢杆菌基因组相比具有约98％-99％的相似性范围的同一性。这确认了高地芽孢杆菌是所测试的所有七种DB菌株的菌种。DB菌株中没有一个与DB组或与参考基因组相比具有100％同一性，这证明了明显的菌株水平差异(图14)。

Antismash

使用Antismash来产生存在于所有DB高地芽孢杆菌菌株(即，如表21中提供的)中的常见化合物列表。DB高地芽孢杆菌菌株显示出具有作为抗生素、抗肿瘤药或降胆固醇药的潜在药物应用的谱(表20A)。

存在于DB高地芽孢杆菌菌株中的常见化合物包括溶杆菌素、类胡萝卜素、地衣素和丰原素。此外，在三种DB菌株中检测到抗细菌化合物，包括Baclillibactin(DB02461)或孢子形成杀伤因子(DB02478和DB02623)。

表20A.DB高地芽孢杆菌菌株中的保守次级代谢物谱。

为了进一步评估保守途径，首先用PROKKA注释工具注释所有细菌基因组组装体，用于保守途径比较。将含有功能性氨基酸序列的所得.faa文件用作blastkoala搜索的输入。将该文件上传到blastkoala服务器上，并使用属级分类群KEGG直系同源数据库运行。该工具根据基于直系同源的搜索给基于直系同源的氨基酸序列分配K数(k number)。这些K数表示根据功能性直系同源物的分子功能。使用该方法对所有基因组生成K数。

使用自定义R脚本分离分类群比较的基因组之间的常见K数(功能性氨基酸)。使用KEGG途径重构的web服务器(万维网上的安全超文本传输协议，kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)将来自基因组比较的所得常见K数重构为途径。一旦上传了常见K数，就从常见保守途径生成代表这些K数的途径，基于文献综述进一步探索具有抗生素和抗真菌特性的那些途径。

基于菌株DB10033、DB2448、DB02457、DB02461、DB02478、DB02549、DB02623中保守抗微生物途径的分析，数据显示出萜类化合物、聚酮化合物和次级代谢物途径在所有DB高地芽孢杆菌之间是保守的(表20B)。每个路径内映射的K数被标记在途径数后面。例如，途径“M00096 C5类异戊二烯生物合成，非甲羟戊酸途径(8)(完成8/8)”具有八个途径内映射的K数；在八个K数中，其中所有在这些菌株中都是常见的。

表20B.高地芽孢杆菌中的保守途径。

实施例11：短小芽孢杆菌菌株的基因组比较研究

概述

为了对分离自人皮肤样品的短小芽孢杆菌菌株(DB菌株)进行生物信息学分析，在DB组中针对参考菌株进行了各种分析，包括菌株组装、分类学分类、同一性和安全性(表22)。分析包括菌株测序数据的组装和分类学分类，以及整个基因组与一些公开和市场可用的基因组的比对，以评估菌株的系统发育。

用平均核苷酸同一性(ANI；本领域技术人员已知，本文进一步描述以供参考)评估菌株同一性，并建立了具有潜在药物应用的次级代谢物谱。

表22.分析中使用的由DermBiont分离的短小芽孢杆菌菌株和来自NCBI数据库的菌株。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和基因组序列组装

根据制造商的说明书，使用由Illumina制造的Nextera Flex试剂盒对表22中的所有DB菌株进行鸟枪法测序。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，并进行标准生物信息学分析，产生由干净的测序读段组装的基因组。

全基因组比对/系统发育

进行全基因组分析。将组装的基因组以及表22中的参考基因组与来自公开数据库的外组用于全基因组比对。使用Homblocks进行全基因组比对，其在背景中使用渐进性淡紫色进行比对，并提取局部共线区块(LCB)。LCB是似乎没有基因组重排的保守区段。使用全基因组比对来建立系统发育。一旦产生比对文件，则使用RaxML来构建所有DB菌株和NCBI参考菌株的系统发生树(表22)，以及来自不同属的嗜盐喜盐芽孢杆菌(Halobacillushalophilus)作为参考细菌用作外组，以产生显示菌株进化关系的树(参见图15)。

平均核苷酸同一性

平均核苷酸同一性(ANI)与全基因组比对相似，但使用BLAST进行基因组之间的核苷酸基因组相似性。ANI广泛用于比较原核基因组，其给出该菌种的菌株水平同一性分辨率。使用平均核苷酸同一性python脚本来进行ANI。表22中的所有菌株用于进行比较。使用95％的临界值来建立菌种水平同一性，使用100％来建立菌株水平同一性。

Antismash

Antismash是一种基于web浏览器的工具，用于鉴定和注释细菌基因组中次级代谢物生物合成基因簇。它可以挖掘基因组组装体，以获得可能具有潜在药物应用的次级代谢谱。对表22中的所有DermBiont(DB)菌株的全基因组组装体进行Antismash分析。

结果、解释和结论

系统发育

生成了系统发育树，显示出各种短小芽孢杆菌DB菌株之间的基因组差异(图15)。DB01269(SEQ ID NO:13)、DB02420(SEQ ID NO:14)、DB02429(SEQ ID NO:15)、DB02430(SEQID NO:16)、DB02485(SEQ ID NO:17)、DB02492(SEQ ID NO:18)、DB02548(SEQ ID NO:19)、DB02622(SEQ ID NO:20)、DB02626(SEQ ID NO:21)、DB02680(SEQ ID NO:22)、DB02681(SEQID NO:23)、DB02708(SEQ ID NO:24)、DB03355(SEQ ID NO:25)、DB03366(SEQ ID NO:26)、DB03376(SEQ ID NO:3)显示出与外组嗜盐喜盐芽孢杆菌明显分离。喜盐芽孢杆菌是与芽孢杆菌关系密切的属。所测试的所有“DB”菌株也显示出与系统发育分析中使用的19个公开可用的基因组的共有进化枝差异。平均核苷酸同一性

图16所示热图中表示的数据显示，15种DB短小芽孢杆菌菌株中有14种在DB组内与参考短小芽孢杆菌基因组相比具有约95％-99％的相似性范围的同一性，除了DB02548。这确认了短小芽孢杆菌是所测试的15个DB基因组中14个的菌种。DB菌株中没有一个在DB组内或与参考基因组相比具有100％同一性，这证明了明显的菌株水平差异(图16)。除了DB02548(SEQ ID NO:19)，表22中的DB短小芽孢杆菌菌株与市场可用的ATCC菌株的基因组也显示出96％-98％同一性，这提供了足够的信息来推断菌种水平同一性，但不是菌株水平(图16)。

Antismash

使用Antismash来产生存在于所有DB短小芽孢杆菌菌株(即，如表22中提供的)中的常见化合物列表。

存在于几种提供的DB短小芽孢杆菌菌株中的常见化合物是溶杆菌素、类胡萝卜素、地衣素、丰原素和杆菌巴汀(表23A)。两种次级代谢物Plantazolicin和DeserrioxamineE存在于DB菌株的一些中，但不存在于DB03376中。

表23A.短小芽孢杆菌DermBiont菌株中的保守次级代谢物谱。

为了进一步评估保守途径，首先用PROKKA注释工具注释所有细菌基因组组装体，用于保守途径比较。将含有功能性氨基酸序列的所得.faa文件用作blastkoala搜索的输入。将该文件上传到blastkoala服务器上，并使用属级分类群KEGG直系同源数据库运行。该工具根据基于直系同源的搜索给基于直系同源的氨基酸序列分配K数(k number)。这些K数表示根据功能性直系同源物的分子功能。使用该方法对所有基因组生成K数。

使用自定义R脚本分离分类群比较的基因组之间的常见K数(功能性氨基酸)。使用KEGG途径重构的网络服务器(万维网上的安全超文本传输协议，kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)将来自基因组比较的所得常见K数重构为途径。一旦上传了常见K数，就从常见保守途径生成代表这些K数的途径，基于文献综述进一步探索具有抗生素和抗真菌特性的那些途径。

基于菌株DB01269、DB02420、DB02429、DB02430、DB02485、DB02492、DB02548、DB02622、DB02626、DB02680、DB02681、DB02708、DB03355、DB03366、DB03376中保守抗微生物途径的分析，数据显示出萜类化合物和聚酮化合物以及次级代谢物生物合成途径是保守的(表23B)。每个路径内映射的K数被标记在途径数后面。例如，途径“M00096 C5类异戊二烯生物合成，非甲羟戊酸途径(8)(完成8/8)”具有八个途径内映射的K数；在八个K数中，其中所有在这些菌株中都是常见的。

表23B.短小芽孢杆菌中的保守抗微生物途径

实施例13：枯草芽孢杆菌的基因组比较研究

概述

为了对分离自人皮肤样品的枯草芽孢杆菌菌株(DB菌株)进行生物信息学分析，在DB组中针对参考菌株进行了各种分析，包括菌株组装、分类学分类、同一性和安全性(表24)。分析包括菌株测序数据的组装和分类学分类，以及整个基因组与一些公开和市场可用的基因组的比对，以评估菌株的系统发育。

用平均核苷酸同一性(ANI；本领域技术人员已知，本文进一步描述以供参考)评估菌株同一性，并建立了具有潜在药物应用的次级代谢物谱。

表24.分析中使用的由DermBiont分离的枯草芽孢杆菌菌株和来自NCBI数据库的菌株。

材料和方法

全基因组鸟枪法测序和基因组序列组装

根据制造商的说明书，使用由Illumina制造的Nextera Flex试剂盒对表24中的所有DB菌株进行鸟枪法测序。合并鸟枪法文库，并在HiSeq X平台中测序。将测序读段自动拆分为单独的FASTA文件，并进行标准生物信息学分析，产生由干净的测序读段组装的基因组。

全基因组比对/系统发育

进行全基因组分析。将组装的基因组以及如表24中提供的参考基因组与来自公开数据库的外组用于全基因组比对。使用Homblocks进行全基因组比对，其在背景中使用渐进性淡紫色进行比对，并提取局部共线区块(LCB)。LCB是似乎没有基因组重排的保守区段。使用全基因组比对来建立系统发育。一旦产生比对文件，则使用RaxML来构建所有DB菌株和NCBI参考菌株的系统发生树(表24)，以及来自不同属的嗜盐喜盐芽孢杆菌作为参考细菌用作外组，以产生显示菌株进化关系的树(参见图17)。

平均核苷酸同一性

平均核苷酸同一性(ANI)与全基因组比对相似，但使用BLAST进行基因组之间的核苷酸基因组相似性。ANI广泛用于比较原核基因组，其给出该菌种的菌株水平同一性分辨率。使用平均核苷酸同一性python脚本来进行ANI。表24中的所有菌株用于进行比较。使用95％的临界值来建立菌种水平同一性，使用100％来建立菌株水平同一性。

Antismash

Antismash是一种基于网络浏览器的工具，用于鉴定和注释细菌基因组中次级代谢物生物合成基因簇。它可以挖掘基因组组装体，以获得可能具有潜在药物应用的次级代谢谱。对表24中提供的所有DB菌株进行Antismash分析。

结果、解释和结论

系统发育

生成了系统发生树，显示出各种枯草芽孢杆菌DB菌株之间的基因组差异(图17)。DB01270(SEQ ID NO:27)、DB01298(SEQ ID NO:28)、DB02460(SEQ ID NO:29)、DB02462(SEQID NO:30)、DB02946(SEQ ID NO:31)、DB03347(SEQ ID NO:32)、DB03351(SEQ ID NO:33)、DB03353(SEQ ID NO:34)、DB03367(SEQ ID NO:35)和DB02475(SEQ ID NO:4)显示出与外组嗜盐喜盐芽孢杆菌明显分离。喜盐芽孢杆菌是与芽孢杆菌关系密切的属。所测试的所有“DB”菌株也显示出与系统发育分析中使用的20个公开可用的基因组的共有进化枝差异。DB枯草芽孢杆菌菌株与市场可用的ATCC菌株的进化枝不同(图17)。

平均核苷酸同一性

图18所示热图中表示的数据显示，10种DB枯草芽孢杆菌菌株中有8种在该DB菌株组内与参考枯草芽孢杆菌基因组相比具有约95％-99％的相似性范围的同一性，除了DB02462和DB02475。这确认了枯草芽孢杆菌是所测试的10个基因组中8个的菌种。DB菌株中没有一个在DB组内或与参考基因组中任一个相比具有100％同一性，这证明了明显的菌株水平差异(图18)。DB枯草芽孢杆菌菌株也显示出与市场可用的ATCC菌株基因组多达99％的同一性，这表明菌株水平差异(图18)。

Antismash

使用Antismash来产生存在于所有DB短小芽孢杆菌菌株(即，如表25中提供的)中的常见化合物列表。

存在于所有提供的DB枯草芽孢杆菌菌株中的常见化合物是溶杆菌素、枯草芽孢杆菌素(Subtilosin)、杆菌巴汀、杆菌烯(Bacillaene)和丰原素。有趣的是，DB菌株DB2475不含有除溶杆菌素以外的次级代谢物的重叠基因。

表25.枯草芽孢杆菌DermBiont菌株中的保守次级代谢物谱。

实施例13A：枯草芽孢杆菌的途径分析

为了进一步评估保守途径，用PROKKA注释工具注释所有细菌基因组装配体，用于保守途径比较。将含有功能性氨基酸序列的所得.faa文件用作blastkoala搜索的输入。将该文件上传到blastkoala服务器上，并使用属级分类群KEGG直系同源数据库运行。该工具根据基于直系同源的搜索给基于直系同源的氨基酸序列分配K数。这些K数表示根据功能性直系同源物的分子功能。使用该方法对所有基因组生成K数。

使用自定义R脚本分离分类群比较的基因组之间的常见K数(功能性氨基酸)。使用KEGG途径重构的网络服务器(万维网上的安全超文本传输协议，kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)将来自基因组比较的所得常见K数重构为途径。一旦上传了常见K数，就生成代表这些K数的途径。从常见的保守途径出发，基于文献综述进一步探索具有抗生素和抗真菌特性的那些途径。

基于菌株DB01270、DB01298、DB02460、DB02462、DB02946、DB03347、DB03351、DB03353和DB02475中保守抗微生物途径的分析，生成数据以显示途径保守性。

实施例14：DB02473深蓝紫色杆菌与赋形剂(包括冷冻保护剂)的冻干。

材料和方法

深蓝紫色杆菌菌株DB02473在5L规模的Bioflo-3000发酵罐中生长。将经历14-15h的50mL摇瓶培养物接种发酵罐，使生物体生长15-16h。在发酵罐中，通过加入磷酸/氢氧化铵将pH控制在7.0±0.1。通过使用连续空气吹扫和搅拌将溶解氧控制在30％。根据氧气的需要，改变搅拌以使溶解氧含量保持在30％。在600nm处吸光度为4-5Au时，收获发酵罐，以8000RPM离心30分钟，并无菌收集细胞沉淀。然后将浓缩的细胞沉淀以约10^9-10^10CFU/mL的浓度重悬于液体媒介物中。

共混/配制

将深蓝紫色杆菌沉淀重悬于包含2-20％二糖(冷冻保护剂)、PBS和超纯水的混合物中。

冻干

使用Labconco Freezone-12冻干机和根据制造商的说明书优化的参数进行冻干。

在5mL小瓶中第一次冻干2mL体积的组合物。在托盘中第二次冻干24mL体积的组合物，并在托盘中第三次冻干48mL的组合物。

稳定性测量和CFU铺板

冻干后(第0天)立即测量样品，或在4℃下储存图19中所示的天数。然后重构样品，并测量菌落形成单位(CFU)。

通过连续稀释评估CFU/mL，并在琼脂上将来自每个冻干实验方法的样品铺板。为了测试冻干材料的稳定性和恢复，将0.1g冻干样品重悬于1mL溶液中。对于每个样品，进行七次10x连续稀释，并将最后3次稀释液铺板用于评估。将0.1mL的每次稀释液全部涂布到LBS-50板上，并在室温下孵育48hr。对每个板的CFU进行计数，并计算稳定性和活细菌恢复率。

结果、解释和结论

在1或2mL溶液中重构的0.1g冻干后干材料持续恢复了10^9CFU/mL。图19描绘了随着时间的推移，冻干后的深蓝紫色杆菌DB02473的活CFU的恢复结果。活力随着时间的推移非常稳定，冻干后第0天至第164天，活细菌细胞的浓度保持在10^9CFU/mL。冻干过程得到的粉末材料在储存期间水活度不超过0.25。稳定性的结果示于图19中。因此，用本文提供的制剂和赋形剂，该冻干产物的活力在4℃下保持至少多达164天。在5mL小瓶中冻干制剂G，在托盘中冻干H，在两倍体积的托盘中冻干I，并且J与I制剂相同但储存在干燥条件下。

实施例14A：DB02473深蓝紫色杆菌与赋形剂(包括冷冻保护剂)的冻干。

材料和方法

深蓝紫色杆菌菌株DB02473在5L规模的Bioflo-3000发酵罐中生长。将经历14-15h的50mL摇瓶培养物接种发酵罐，使生物体生长15-16h。在发酵罐中，通过加入磷酸/氢氧化铵将pH控制在7.0±0.1。通过使用连续空气吹扫和搅拌将溶解氧控制在30％。根据氧气的需要，改变搅拌以将溶解氧含量保持在30％。在600nm处吸光度为4-5Au时，收获发酵罐，以8000RPM离心30分钟，并无菌收集细胞沉淀。然后将浓缩的细胞沉淀以约10^9-10^10CFU/mL的浓度重悬于液体媒介物中。

共混/配制

用由灭菌的0-20％二糖(冷冻保护剂)、0-10％糖醇、0-1.0％氨基酸、0-1-1.0％简单醇、0-3％增稠剂以及PBS和超纯水组成的混合物重悬深蓝紫色杆菌沉淀。

冻干

使用5mL小瓶中的2mL体积组合物和Labconco Freezone-12冻干机以及根据制造商的说明书优化的参数进行冻干。

稳定性测量和CFU铺板

冻干后(第0天)立即测量样品，或在4℃下储存所示的天数。然后重构样品，并测量菌落形成单位。

通过连续稀释评估CFU/mL，并在琼脂上将来自每个冻干实验方法的样品铺板。为了测试冻干材料的稳定性和恢复，将0.1g冻干样品重悬于1或2mL溶液中。对于每个样品，进行5次10倍连续稀释，并将最后3次稀释液铺板用于评估。将0.1mL的每次稀释液涂布到LBS-50板上，并在室温下孵育48hr。对每个板的CFU进行计数，并计算稳定性和活细菌恢复率。

结果、解释和结论

如图20所示，在1或2mL溶液中重构的0.1g冻干后干材料在储存后的CFU恢复和活力较低。冻干过程得到的粉末材料在储存期间水活度不超过0.35。因此，使用本文提供的制剂的冻干产物在4℃下即使20天也不保持活力(图20，制剂B’、C’、D’和F’)。制剂B’是包括冷冻保护剂二糖、氨基酸、简单醇和增稠剂的复合制剂。制剂C’包括含简单醇的冷冻保护剂。制剂D’包括含氨基酸的冷冻保护剂，并且制剂F’仅由糖醇组成。

实施例15：粪产碱菌与赋形剂(包括冷冻保护剂)的冻干。

材料和方法

粪产碱菌菌株DB05646在5L Bioflo 3000发酵罐中生长，用极品肉汤培养基(terrific broth)作为营养培养基。将经历15-16h的摇瓶培养物接种发酵罐。在发酵罐中，通过加入磷酸/氢氧化铵控制pH。通过使用连续空气吹扫和搅拌将溶解氧保持在30％。根据氧气的需要，改变搅拌以将溶解氧含量保持在30％。在600nm处吸光度为9-10AU时，收获发酵罐，以8000RPM离心30分钟，并无菌收集细胞沉淀。然后将浓缩的细胞沉淀以约10^9-10^11CFU/mL的浓度重悬于液体媒介物中。

共混/配制

用由灭菌的0-10％二糖(冷冻保护剂)、0-10％糖醇、0-1.0％氨基酸、0-1.0％简单醇、0-3％增稠剂以及PBS和超纯水组成的混合物重悬粪产碱菌。

冻干

使用5mL小瓶中的2mL体积的组合物和Labconco Freezone-12冻干机以及根据制造商的说明书优化的参数进行冻干。

稳定性测量和CFU铺板

冻干后(第0天)立即测量样品，或在4℃下储存图21中所示的天数。然后重构样品，并测量菌落形成单位(CFU)。

通过连续稀释评估CFU/mL，并在琼脂上将来自每个冻干实验方法的样品(即，来自每个制剂的样品；一种容器的方法，但不同配方)铺板。为了测试冻干材料的稳定性和恢复，将0.1g冻干样品重悬于1mL溶液中。对于每个样品，进行八次10倍连续稀释，并将最后3次稀释液铺板用于评估。将0.1mL的每次稀释液涂布到LBS板上，并在37℃下孵育48hr。对每个板的CFU进行计数，并计算稳定性和活细菌恢复率。

结果、解释和结论

当在1或2mL溶液中重构时，0.1g冻干后干材料持续恢复了近10^10CFU/mL。当储存在4℃时，活力随时间的推移是非常稳定，冻干后第0天至第164天，活细菌细胞的浓度保持在约10^10CFU/mL(图21，制剂B、C、D、E和F)。10^10CFU/mL的活力在室温下也维持至少7天。不含二糖的制剂F未显示出相同的活力保持。冻干过程得到的粉末材料在储存期间水活度不超过0.25。稳定性的结果示于图20中。因此，该冻干产物的活力在4℃下保持至少多达164天(图21)。制剂B是包括冷冻保护剂二糖、氨基酸、简单醇和增稠剂的复合制剂。制剂C包括含简单醇的冷冻保护剂。制剂D包括含氨基酸的冷冻保护剂，制剂E不含除冷冻保护剂以外的另外赋形剂，并且制剂F仅由糖醇组成。

实施例16：深蓝紫色杆菌与赋形剂(包括冷冻保护剂)的冷冻制剂。

材料和方法

深蓝紫色杆菌菌株DB02473在5L规模的Bioflo-3000发酵罐中生长。将经历14-15h的50mL摇瓶培养物接种发酵罐，使生物体生长15-16h。在发酵罐中，通过加入磷酸/氢氧化铵将pH控制在7.0±0.1。通过使用连续空气吹扫和搅拌将溶解氧控制在30％。根据氧气的需要，改变搅拌以将溶解氧含量保持在30％。在600nm处吸光度为4-5AU时，收获发酵罐，以8000RPM离心30分钟，并无菌收集细胞沉淀。然后将浓缩的细胞沉淀以约10^9-10^10CFU/mL的浓度重悬于液体媒介物中。

共混/配制

将赋形剂溶解并过滤灭菌。过滤后分配不可过滤的添加剂。将深蓝紫色杆菌沉淀重悬于赋形剂和冷冻保护剂的各种制剂中。重悬后，使用液氮快速冷冻或在-80℃冰箱中缓慢冷冻样品。所测试的制剂主要由2％-20％二糖、0.1％-5.0％多糖、0-1.0％糖醇、0.1％-2％简单醇和0.1％-2.0％增稠剂、0-0.1％氨基酸组成。

1.制剂K：2％-20％二糖、0.1％-2％简单醇和0.1％-5.0％多糖。

2.制剂L：2％-20％二糖、0.1％-2％简单醇、0-0.1％氨基酸和0.1％-5.0％多糖。

3.制剂M：2％-20％二糖、0.1％-2％糖醇、0.1％-5.0％多糖。

4.制剂N：2％-20％二糖、0.1％-0-1.0％糖醇和0.1％-5.0％多糖。

5.制剂O：2％-20％二糖、0.1％-1.0％糖醇、0.1％-5.0％多糖、0.1％-2％简单醇和0-0.1％氨基酸。

6.制剂P：2％-20％二糖、0.1％-1.0％糖醇、0.1％-5.0％多糖、0.1％-2％简单醇和0-0.1％氨基酸。通过测量CFU以预定时间间隔评估-80℃、-20℃和4℃下储存的制剂的稳定性。稳定性数据示于图22A-图22F中。

通过连续稀释评估CFU/mL，并在琼脂上将来自每个喷雾干燥实验方法的样品铺板。为了测试冷冻材料的稳定性和恢复，将1mL样品解冻。对于每个样品，进行7次10倍连续稀释，并将最后3次稀释液铺板用于评估。将0.1mL的每次稀释液涂布到LBS-50板上，并在室温下孵育48hr。对每个板的CFU进行计数，并计算稳定性和活细菌恢复率。

结果、解释和结论

在-80℃下维持冷冻的1mL每种组合物恢复10^9至10^10CFU/mL。当储存在-80℃下时，活力随时间的推移是非常稳定的，在一些制剂中，活细菌细胞的浓度保持恒定至少一个月且直至4个月(参见图22A-图22F，其示出了DB02473中CFU的恢复以及在-80℃、-20℃、4℃下不同时间间隔(包括基线、一周、两周、一个月、二个月、三个月、四个月、五个月和/或六个月)的稳定性)。在测试期间，制剂L中含深蓝紫色杆菌DB02473的制剂在-80℃下是稳定的(图22B)。在较高的储存温度下稳定性降低，并且在所有制剂中变得更可变。在-20℃和4℃温度下的所有制剂中，储存1周后，活力几乎呈对数损失或更多。存在一些例外，例如在4℃下2周的制剂K、在4℃下1周的制剂L、在-20℃下一个月后的制剂M、在-20℃下一个月后的制剂P，它们全部都维持与组合物在时间0时的初始活力相当的活力(分别为图22A-图22C和图22F)。

实施例18：粪产碱菌DB05646与赋形剂(包括冷冻保护剂)的冷冻制剂。

材料和方法

粪产碱菌菌株DB05646在5L Bioflo 3000a发酵罐中生长，用极品肉汤培养基作为营养培养基。将经历15-16h的摇瓶培养物接种发酵罐。在发酵罐中，通过加入磷酸/氢氧化铵控制pH。通过使用连续空气吹扫和搅拌将溶解氧控制在30％。根据氧气的需要，改变搅拌以将溶解氧含量保持在30％。在600nm处吸光度为9-10AU时，收获发酵罐，离心30分钟，并无菌收集细胞沉淀。然后将浓缩的细胞沉淀以约10^10-10^11CFU/mL的浓度重悬于液体媒介物中。

共混/配制

将赋形剂溶解并过滤灭菌。过滤后分配不可过滤的添加剂。将粪产碱菌沉淀重悬于赋形剂和冷冻保护剂的各种制剂中。所测试的制剂是2％-20％二糖、0.2％-5.0％多糖、0-1.0％糖醇、0.1％-2％简单醇和0-0.1％氨基酸的混合物。

1.制剂Q：2％-20％二糖和0.1％-2.0％多糖

2.制剂R：2％-20％二糖、0.1％-2％简单醇和0.1％-5.0％多糖。

3.制剂S：2％-20％二糖、0-1.0％糖醇和0.1％-2.0％增稠剂。

4.制剂T：2％-20％二糖、0.2％-5.0％多糖、0-1.0％糖醇、0.1％-2％简单醇和0-0.1％氨基酸。

5.制剂U：2％-20％二糖、0-1.0％糖醇、0.1％-5.0％多糖和0-0.1％氨基酸。

通过测量CFU以预定时间间隔评估-80℃、-20℃、4℃、27℃和40℃下储存的制剂的稳定性。稳定性数据示于图23A-图23E中。

通过连续稀释评估CFU/mL，并在琼脂上将来自每个喷雾干燥实验方法的样品铺板。为了测试冷冻材料的稳定性和恢复，将1mL样品解冻。对于每个样品，进行8次10倍连续稀释，并将最后3次稀释液铺板用于评估。将0.1mL的每次稀释液涂布到LBS板上，并在37℃下孵育48hr。对每个板的CFU进行计数，并计算稳定性和活细菌恢复率。

结果、解释和结论

DB05646制剂Q的稳定性数据显示，样品在-80℃、-20℃、4℃、27℃和40℃下稳定多达至少6个月(收集数据的最长时间点)(参见图23A)。在较高的温度下，观察到活力有轻微损失，这将CFU减少约一个对数。制剂R、S、T和U中所示的其他制剂在行为上相似，在-80℃、-20℃、4℃下活力超过一个月没有损失(分别参见图23B至图23E)。

在-80℃下维持冷冻的1mL制剂Q恢复10^10至10^11CFU/mL(图23A)。当在-80℃、-20℃和4℃下储存多达4个月时，活力随时间的推移非常稳定，但在约6个月左右开始出现一些活力的损失。在27℃和40℃下，制剂Q的稳定性在所有测试时间段也降低(图23A)。在所有制剂中，组合物在-80℃、-20℃和4℃的温度下是稳定的，并且10^10CFU/mL可恢复多达一个月(图23A至图23E)。

实施例19：工程化粪产碱菌组合物

本实施例提供了包含粪产碱菌益生菌的工程化组合物。获得了如表19中提供的参考菌株。菌株工程化为编码SEQ ID NO:6的vegJ甲基转移酶或其变体。

方法

来自粪产碱菌菌株DB05646的基因组DNA用于标准高保真PCR，该PCR使用引物，例如F-AGATCTTACCGATAGTTAAAAGTACTA(SEQ ID:37)和R-CCTAGGTTATCTGCCCCGCTTGCCTAAC(SEQID:38)。将PCR产物在琼脂糖凝胶上跑胶，并使用标准技术来切除和纯化对应于HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)基因大小的正确大小的条带。使用限制酶XbaI和BamHI或合适的限制酶来消化PCR产物，随后在连接至所选择的载体之前进行纯化。使用XbaI和BamHI或合适的限制酶来线性化合适的载体(例如，来自Sigma Aldrich的PSF-OXb13培养基表达大肠杆菌载体)，并使用标准技术进行纯化。使用制造商的说明书，将PCR产物连接至PSF-OXb13培养基表达大肠杆菌载体中。经由电穿孔，用含有HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)基因的PSF-OXB13大肠杆菌质粒转化感受态大肠杆菌细胞或ATCC粪产碱菌细胞LRA 410282。卡那霉素或其他合适的抗生素用作选择转化细菌的抗生素。挑选、培养、储存近二十五个单菌落(如果需要可以更多)，并通过质粒的直接Sanger测序确认了具有SEQ ID NO:6。测试转化菌株对红色毛癣菌、金黄色葡萄球菌和马拉色菌菌种的抑制活性。

用于功能丧失实验的靶向诱变

按照制造商的说明书，使用靶向诱变试剂盒(例如，New England Biolabs Q5试剂盒)去除存在于DB05646中的推定的HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)。使用引物，例如F-AGATCTTACCGATAGTTAAAAGTACTA(SEQ ID:39)和R-CCTAGTTATCTGCCCGTTGCCTAAC(SEQ ID:40)以及标准PCR热循环仪设置，通过PCR筛选突变体以确认靶基因的去除。测试缺失假定靶基因的恢复菌株抑制红色毛癣菌、金黄色葡萄球菌和马拉色菌菌种的能力。与菌株DB05646相比，下述抑制测定用于确定突变体抑制病原生物体的能力，以确定HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)基因在抑制中的作用。

马拉色菌抗生测定

建立体外测定，以测试转化的含有ycgJ基因的大肠杆菌对马拉色菌的抑制。简言之，马拉色菌在YPD-Mal琼脂板上生长5-14天，然后将板上的真菌材料刮到含有1mL无菌水中的5mm玻璃珠的冷冻管中。将管涡旋以均化材料。测量OD 600并稀释至0.3。使用珠将200μl体积的刮下的培养物涂布到培养基22琼脂板上，并使其干燥以产生新的培养板。将含HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)基因的一个5μl转化的大肠杆菌斑点加入每个板，并使其干燥。板在27℃下孵育4天。对任何抑制区的宽度进行测量。

结果是半定量的，因为对抑制区进行测量。使用ImageJ以像素(直线)为单位对区的宽度进行测量，并基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

红色毛癣菌抗生测定

按照与Ramsey等人(2015)报道的程序相似的改进的抑制测定建立体外测定，并如本文所述和提供的进行优化。简言之，将粪产碱菌DB05646、高地芽孢杆菌DB10033、短小芽孢杆菌DB03376或枯草芽孢杆菌DB02475培养物在50％ LB-Lennox(LBS-50)中生长24小时，至约2×10

从沙氏葡萄糖琼脂上生长的近2周龄培养物收获红色毛癣菌的分生孢子，使用血细胞计数器在标准光学显微镜下计数，并以10

与具有4个红色毛癣菌接种物点但无细菌交叉的对照相比，通过以mm为单位的真菌菌落大小的减少来确定在交叉形成中在板上划掉的细菌对红色毛癣菌的抑制。首先使用ImageJ以像素(直线)为单位测量红色毛癣菌菌落的半径，然后基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

金黄色葡萄球菌抗生测定

按照标准实验程序建立体外测定。将一个研究细胞库小瓶的金黄色葡萄球菌25923解冻，并在50％ LB-vegitone培养基(LB50)中稀释100倍。该悬浮液的最终浓度为1×10

结果是半定量的，因为可以对区进行测量。首先使用ImageJ以像素(直线)为单位对区的宽度进行测量，并基于培养皿的像素测量值将其转换为mm。

序列

>DB05646_16s rRNA序列(SEQ ID NO:1)

GAACGGCAGCGCGAGAGAGCTTGCTCTCTTGGCGGCGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATAT

ATCGGAACGTGCCCAGTAGCGGGGGATAACTACTCGAAAGAGTGGCTAATACCGCATACG

CCCTACGGGGGAAAGGGGGGGATCGCAAGACCTCTCACTATTGGAGCGGCCGATATCGGA

TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCTCACCAAGGCAACGATCCGTAGCTGGTTTGAGAGGA

CGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGA

ATTTTGGACAATGGGGGAAACCCTGATCCAGCCATCCCGCGTGTATGATGAAGGCCTTCG

GGTTGTAAAGTACTTTTGGCAGAGAAGAAAAGGTACCTCCTAATACGAGGTACTGCTGAC

GGTATCTGCAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGT

GCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTCGGAAAGAAAGAT

GTGAAATCCCAGGGCTCAACCTTGGAACTGCATTTTTAACTGCCGAGCTAGAGTATGTCA

GAGGGGGGTAGAATTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGTGGAGGAATACCGAT

GGCGAAGGCAGCCCCCTGGGATAATACTGACGCTCAGACACGAAAGCGTGGGGAGCAAAC

AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTAGCTGTTGGGGCCGTT

AGGCCTTAGTAGCGCAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGAT

TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGA

TGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGTCTGGAAAGCCGAAGAGATTTGGCCG

TGCTCGCAAGAGAACCGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA

TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTACGCAAGAGCACT

CTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGC

CCTTATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGGTCGGGACAGAGGGTCGCCAACCCGCG

AGGGGGAGCCAATCTCAGAAACCCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGC

GTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGT

CTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTTCACCAGAAGTAGGTAGCCTAAC

CGTAAGGAGGGCGCTTACCACGGTGGGATTCAT

>DB10033_16S rRNA序列(SEQ ID NO:2)

GACTTCACCCCAATCATCTGCCCCACCTTCGGCGGCTGGCTCCATAAAGGTTACCTCACC

GACTTCGGGTGTTGCAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACG

TATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTT

GCAGACTGCGATCCGAACTGAGAACAGATTTGTGGGATTGGCTAAACCTTGCGGTCTCGC

AGCCCTTTGTTCTGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGAT

TTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACT

GAATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCAC

GACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGTCCCCGAAGGGAAAGCCCTA

TCTCTAGGGTTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTA

AACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCG

ACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCC

CCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGC

TCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGT

GTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGC

ACTCAAGTTTCCCAGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGA

CTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTA

CGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAG

GTGCAAGCAGTTACTCTTGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAA

CCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTA

CTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCT

CAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCC

GCGGGTCCATCTGTAAGTGACAGCCGAAACCGTCTTTCATCCTTGAACCATGCGGTTCAA

GGAACTATCCGGTATTAGCTCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTAC

CCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACATCCGGGAGCAAGCTCCCTTCTGTCCGCTC

GACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGC

>DB03376_16s rRNA序列(SEQ ID NO:3)

TCATCTGTCCCACCTTCGGCGGCTGGCTCCATAAAGGTTACCTCACCGACTTCGGGTGTT

ACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGC

ATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATC

CGAACTGAGAACAGATTTATGGGATTGGCTAAACCTTGCGGTCTCGCAGCCCTTTGTTCT

GTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCC

CACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTAAATGCTGGCAAC

TAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGAC

GACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGTCCCCGAAGGGAAAGCCCTATCTCTAGGGTTGT

CAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCC

ACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCA

GGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGC

ACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTC

GCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATC

TCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTTCCC

AGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGC

CTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGG

CTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCGAGCAGTTA

CTCTCGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCA

CGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCG

TAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACG

CATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTG

TAAGTGACAGCCGAAACCGTCTTTCATCCTTGAACCATGCGGTTCAAGGAACTATCCGGT

ATTAGCTCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTC

ACCCGTCCGCCGCTAACATCCGGGAGCAAGCTCCCTTCTGTCCGCTCGACTTGCA

>DB02475_16s rRNA序列(SEQ ID NO:4)

GCAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTTTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGTCTTGACATCCTCTGACTCCTAGAATAGGACGTCCCCTTCGGGGCAAGACGGCATATGGCGTCAGCTCGGTCTGAGTTGGGTAGTCCGCACGACGGCGCACCGATCTCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACTAACCA

>DB02473_16S rRNA序列(SEQ ID NO:5)

AAGGAGGTGATCCAGCCGCACCTTCCGATACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCACGAATCCTACCGTGGTAAGCGCCCTCCTTACGGTTAAGCTACCTACTTCTGGTAAAACCCGCTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGTATTCACCGCGACATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGCAGTCGAGTTGCAGACTACAATCCGGACTACGATACACTTTCTGCGATTAGCTCCCCCTCGCGGGTTGGCGGCGCTCTGTATGTACCATTGTATGACGTGTGAAGCCCTACCCATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCATTAGAGTGCCCTTTCGTAGCAACTAATGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTGTACTGGTTCTCTTTCGAGCACTCCCCAATCTCTCGAGGATTCCAGCCATGTCAAGGGTAGGTAAGGTTTTTCGCGTTGCATCGAATTAATCCACATCATCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGTCTACTTCACGCGTTAGCTGCGTTACCAAGTCAATTAAGACCCGACAACTAGTAGACATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCATGAGCGTCAATCTTGACCCAGGGGGCTGCCTTCGCCATCGGTGTTCCTCCACATATCTACGCATTTCACTGCTACACGTGGAATTCTACCCCCCTCTGCCAGATTCTAGCCTTGCAGTCTCCAATGCAATTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCAGACTTACAAAACCGCCTGCGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGATTAACGCTTGCACCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTCAGGTACCGTCATTAGCAAGAGATATTAGCTCTCACCGTTTCTTCCCTGACAAAAGAGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACTCACGCGGCATTGCTGGATCAGGCTTTCGCCCATTGTCCAAAATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGATGCCTTGGTAGGCTTTTACCCTACCAACTAGCTAATCAGATATCGGCCGCTCCACGAGCATGAGGTCTTGCGATCCCCCACTTTCATCCTTAGATCGTATGCGGTATTAGCGTAACTTTCGCTACGTTATCCCCCACTCTAGGGTACGTTCCGATATATTACTCACCCGTTCGCCACTCGCCACCAGAGCAAGCTCCGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTAAGGCATGCCGCCAGCGTTCAATCTGAGCCAGGATCAAACTCT

>HDLJNHPI_02397ycgJ推定的甲基转移酶(SEQ ID NO:6)

ATGGCTATCAATTTTCATGATCAAAAGAATCGCAAAACCTACGCCACTCGTGAGGCGGAC

GGCTCCTGGGTGCAAGCTATCGAAACCCTGATCAACCTGTTCGGTTTGCGTGTGGCCGAT

ATAGGTTGCGGCGGCGGGATTTATTCCTCGGCCTTTCTGGATCAGGGCGCAAGCAGCGTG

GTGGGCGTGGATTTTTCTCAGGCCATGATTTCTGGCGCTCAAGAACGCAATGCGGGCCGG

GAGGGGATTGAGTTCCGTCAGGGGGACGCGACGGCGACCGGCTTGCCCTCTGAGAGTGTG

GACCTGGTTTTTCAGCGCGCCTTGATTCATCACCTGACAGACTATGAGGCCTGCTTTACC

GAAGCCAAGCGTTTGCTGGTTCCGGGTGGCGCTTTGCTGGTGCAGGACCGGACGGCGGTG

GATGTGCAGCAGCCTGCTTCAGCCTCTCATTTGCGGGGCTACTTCTTTGAATGTTTCCCC

CGCCTGTTGGAGGTGGAGCTGAAACGCCGCCCCGATACGTCCAAGGTACAGGCAGCACTG

CAGGCCGTCGGTTTTGTGGATCTGCAATCCAGCACCGTGTGGGAAGACCGGCGCTACTAC

AACAGCTTTGAGGACTATGCTCAGGAGCTGGTCCAGCGTACCGGGCGCTCTATCTTGCAT

GAGCTAAGTGACGCCGAGCTGCAAGAGCTGATCGACTATATTCGCGCCCGAGTTCCTGCG

AATCAGTCCTTTGTGGAGCGTGATTGCTGGACCTTGTGGTTAGGCAAGCGGGGCAGATAA

表31：表21中列出的高地芽孢杆菌的序列。

表32：表23中列出的短小芽孢杆菌的序列。

表33：表25中列出的枯草芽孢杆菌的序列。

援引并入

出于所有目的，本申请中引用的所有出版物、专利、专利申请和其他文献均通过引用全文并入本文，其程度如同每个单独的出版物、专利、专利申请或其他文献被单独地表明出于所有目的通过引用并入。

等同物

虽然已说明和描述了各种具体实施方案，但上述说明书不是限制性的。应理解，在不背离本公开精神和范围的情况下，可以进行各种改变。在阅读本说明书后，许多变化对于本领域技术人员将变得显而易见。

                               序列表

<110> 德慕拜昂生物科技公司

<120> 用于改善皮肤健康以及用于治疗和预防与真菌及其他病原微生物相关的疾病、病症和病况的组合物和方法

<130> DER-004WO

<140>

<141>

<150> 63/091,783

<151> 2020-10-14

<160> 40

<170> PatentIn版本3.5

<210> 1

<211> 1413

<212> DNA

<213> 粪产碱菌

<400> 1

gaacggcagc gcgagagagc ttgctctctt ggcggcgagt ggcggacggg tgagtaatat      60

atcggaacgt gcccagtagc gggggataac tactcgaaag agtggctaat accgcatacg     120

ccctacgggg gaaagggggg gatcgcaaga cctctcacta ttggagcggc cgatatcgga     180

ttagctagtt ggtggggtaa aggctcacca aggcaacgat ccgtagctgg tttgagagga     240

cgaccagcca cactgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga     300

attttggaca atgggggaaa ccctgatcca gccatcccgc gtgtatgatg aaggccttcg     360

ggttgtaaag tacttttggc agagaagaaa aggtacctcc taatacgagg tactgctgac     420

ggtatctgca gaataagcac cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggt     480

gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgtgtgta ggcggttcgg aaagaaagat     540

gtgaaatccc agggctcaac cttggaactg catttttaac tgccgagcta gagtatgtca     600

gaggggggta gaattccacg tgtagcagtg aaatgcgtag atatgtggag gaataccgat     660

ggcgaaggca gccccctggg ataatactga cgctcagaca cgaaagcgtg gggagcaaac     720

aggattagat accctggtag tccacgccct aaacgatgtc aactagctgt tggggccgtt     780

aggccttagt agcgcagcta acgcgtgaag ttgaccgcct ggggagtacg gtcgcaagat     840

taaaactcaa aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gatgatgtgg attaattcga     900

tgcaacgcga aaaaccttac ctacccttga catgtctgga aagccgaaga gatttggccg     960

tgctcgcaag agaaccggaa cacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgtcgtgaga    1020

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgtcatt agttgctacg caagagcact    1080

ctaatgagac tgccggtgac aaaccggagg aaggtgggga tgacgtcaag tcctcatggc    1140

ccttatgggt agggcttcac acgtcataca atggtcggga cagagggtcg ccaacccgcg    1200

agggggagcc aatctcagaa acccgatcgt agtccggatc gcagtctgca actcgactgc    1260

gtgaagtcgg aatcgctagt aatcgcggat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt    1320

cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga gtgggtttca ccagaagtag gtagcctaac    1380

cgtaaggagg gcgcttacca cggtgggatt cat                                 1413

<210> 2

<211> 1482

<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 2

gacttcaccc caatcatctg ccccaccttc ggcggctggc tccataaagg ttacctcacc      60

gacttcgggt gttgcaaact ctcgtggtgt gacgggcggt gtgtacaagg cccgggaacg     120

tattcaccgc ggcatgctga tccgcgatta ctagcgattc cagcttcacg cagtcgagtt     180

gcagactgcg atccgaactg agaacagatt tgtgggattg gctaaacctt gcggtctcgc     240

agccctttgt tctgtccatt gtagcacgtg tgtagcccag gtcataaggg gcatgatgat     300

ttgacgtcat ccccaccttc ctccggtttg tcaccggcag tcaccttaga gtgcccaact     360

gaatgctggc aactaagatc aagggttgcg ctcgttgcgg gacttaaccc aacatctcac     420

gacacgagct gacgacaacc atgcaccacc tgtcactctg tccccgaagg gaaagcccta     480

tctctagggt tgtcagagga tgtcaagacc tggtaaggtt cttcgcgttg cttcgaatta     540

aaccacatgc tccaccgctt gtgcgggccc ccgtcaattc ctttgagttt cagtcttgcg     600

accgtactcc ccaggcggag tgcttaatgc gttagctgca gcactaaggg gcggaaaccc     660

cctaacactt agcactcatc gtttacggcg tggactacca gggtatctaa tcctgttcgc     720

tccccacgct ttcgctcctc agcgtcagtt acagaccaga gagtcgcctt cgccactggt     780

gttcctccac atctctacgc atttcaccgc tacacgtgga attccactct cctcttctgc     840

actcaagttt cccagtttcc aatgaccctc cccggttgag ccgggggctt tcacatcaga     900

cttaagaaac cgcctgcgag ccctttacgc ccaataattc cggacaacgc ttgccaccta     960

cgtattaccg cggctgctgg cacgtagtta gccgtggctt tctggttagg taccgtcaag    1020

gtgcaagcag ttactcttgc acttgttctt ccctaacaac agagctttac gatccgaaaa    1080

ccttcatcac tcacgcggcg ttgctccgtc agactttcgt ccattgcgga agattcccta    1140

ctgctgcctc ccgtaggagt ctgggccgtg tctcagtccc agtgtggccg atcaccctct    1200

caggtcggct acgcatcgtc gccttggtga gccgttacct caccaactag ctaatgcgcc    1260

gcgggtccat ctgtaagtga cagccgaaac cgtctttcat ccttgaacca tgcggttcaa    1320

ggaactatcc ggtattagct ccggtttccc ggagttatcc cagtcttaca ggcaggttac    1380

ccacgtgtta ctcacccgtc cgccgctaac atccgggagc aagctccctt ctgtccgctc    1440

gacttgcatg tattaggcac gccgccagcg ttcgtcctga gc                       1482

<210> 3

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 3

tcatctgtcc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

acaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

accgcttgtg cgggcccccg tcaattcctt tgagtttcag tcttgcgacc gtactcccca     600

ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

tctacgcatt tcaccgctac acgtggaatt ccactctcct cttctgcact caagtttccc     840

agtttccaat gaccctcccc ggttgagccg ggggctttca catcagactt aagaaaccgc     900

ctgcgagccc tttacgccca ataattccgg acaacgcttg ccacctacgt attaccgcgg     960

ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

ctctcgcact tgttcttccc taacaacaga gctttacgat ccgaaaacct tcatcactca    1080

cgcggcgttg ctccgtcaga ctttcgtcca ttgcggaaga ttccctactg ctgcctcccg    1140

taggagtctg ggccgtgtct cagtcccagt gtggccgatc accctctcag gtcggctacg    1200

catcgtcgcc ttggtgagcc attaccccac caactagcta atgcgccgcg ggtccatctg    1260

taagtgacag ccgaaaccgt ctttcatcct tgaaccatgc ggttcaagga actatccggt    1320

attagctccg gtttcccgga gttatcccag tcttacaggc aggttaccca cgtgttactc    1380

acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg tccgctcgac ttgca         1435

<210> 4

<211> 1550

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 4

ttatcggaga gtttgatcct ggctcaggac gaacgctggc ggcgtgccta atacatgcaa      60

gtcgagcgga cagatgggag cttgctccct gatgttagcg gcggacgggt gagtaacacg     120

tgggtaacct gcctgtaaga ctgggataac tccgggaaac cggggctaat accggatgct     180

tgtttgaacc gcatggttca aacataaaag gtggcttcgg ctaccactta cagatggacc     240

cgcggcgcat tagctagttg gtgaggtaac ggctcaccaa ggcaacgatg cgtagccgac     300

ctgagagggt gatcggccac actgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag     360

cagtagggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg tgagtgatga     420

aggttttcgg atcgtaaagc tctgttgtta gggaagaaca agtaccgttc gaatagggcg     480

gtaccttgac ggtacctaac cagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa     540

tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agggctcgca ggcggtttct     600

taagtctgat gtgaaagccc ccggctcaac cggggagggt cattggaaac tggggaactt     660

gagtgcagaa gaggagagtg gaattccacg tgtagcggtg aaatgcgtag agatgtggag     720

gaacaccagt ggcgaaggcg actctctggt ctgtaactga cgctgaggag cgaaagcgtg     780

gggagcgaac aggattagat accctggtag tccacgccgt aaacgatgag tgctaagtgt     840

tagggggttt ccgcccctta gtgctgcagc taacgcatta agcactccgc ctggggagta     900

cggtcgcaag actgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt     960

ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt accaggtctt gacatcctct gacaatccta    1020

gagataggac gtccccttcg ggggcagagt gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg    1080

tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgatctt agttgccagc    1140

attcagttgg gcactctaag gtgactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg    1200

tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatgga cagaacaaag    1260

ggcagcgaaa ccgcgaggtt aagccaatcc cacaaatctg ttctcagttc ggatcgcagt    1320

ctgcaactcg actgcgtgaa gctggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg    1380

aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca cgagagtttg taacacccga    1440

agtcggtgag gtaacctttt aggagccagc cgccgaaggt gggacagatg attggggtga    1500

agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt               1550

<210> 5

<211> 1523

<212> DNA

<213> 深蓝紫色杆菌

<400> 5

aaggaggtga tccagccgca ccttccgata cggctacctt gttacgactt caccccagtc      60

acgaatccta ccgtggtaag cgccctcctt acggttaagc tacctacttc tggtaaaacc     120

cgctcccatg gtgtgacggg cggtgtgtac aagacccggg aacgtattca ccgcgacatg     180

ctgatccgcg attactagcg attccaactt catgcagtcg agttgcagac tacaatccgg     240

actacgatac actttctgcg attagctccc cctcgcgggt tggcggcgct ctgtatgtac     300

cattgtatga cgtgtgaagc cctacccata agggccatga ggacttgacg tcatccccac     360

cttcctccgg tttgtcaccg gcagtctcat tagagtgccc tttcgtagca actaatgaca     420

agggttgcgc tcgttgcggg acttaaccca acatctcacg acacgagctg acgacagcca     480

tgcagcacct gtgtactggt tctctttcga gcactcccca atctctcgag gattccagcc     540

atgtcaaggg taggtaaggt ttttcgcgtt gcatcgaatt aatccacatc atccaccgct     600

tgtgcgggtc cccgtcaatt cctttgagtt ttaatcttgc gaccgtactc cccaggcggt     660

ctacttcacg cgttagctgc gttaccaagt caattaagac ccgacaacta gtagacatcg     720

tttagggcgt ggactaccag ggtatctaat cctgtttgct ccccacgctt tcgtgcatga     780

gcgtcaatct tgacccaggg ggctgccttc gccatcggtg ttcctccaca tatctacgca     840

tttcactgct acacgtggaa ttctaccccc ctctgccaga ttctagcctt gcagtctcca     900

atgcaattcc caggttgagc ccggggattt cacatcagac ttacaaaacc gcctgcgcac     960

gctttacgcc cagtaattcc gattaacgct tgcaccctac gtattaccgc ggctgctggc    1020

acgtagttag ccggtgctta ttcttcaggt accgtcatta gcaagagata ttagctctca    1080

ccgtttcttc cctgacaaaa gagctttaca acccgaaggc cttcttcact cacgcggcat    1140

tgctggatca ggctttcgcc cattgtccaa aattccccac tgctgcctcc cgtaggagtc    1200

tggaccgtgt ctcagttcca gtgtggctgg tcgtcctctc agaccagcta ctgatcgatg    1260

ccttggtagg cttttaccct accaactagc taatcagata tcggccgctc cacgagcatg    1320

aggtcttgcg atcccccact ttcatcctta gatcgtatgc ggtattagcg taactttcgc    1380

tacgttatcc cccactctag ggtacgttcc gatatattac tcacccgttc gccactcgcc    1440

accagagcaa gctccgtgct gccgttcgac ttgcatgtgt aaggcatgcc gccagcgttc    1500

aatctgagcc aggatcaaac tct                                            1523

<210> 6

<211> 780

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<221> 来源

<223> /注释="未知的描述：

      HDLJNHPI_02397 ycgJ 推定的甲基转移酶序列"

<400> 6

atggctatca attttcatga tcaaaagaat cgcaaaacct acgccactcg tgaggcggac      60

ggctcctggg tgcaagctat cgaaaccctg atcaacctgt tcggtttgcg tgtggccgat     120

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<210> 7

<211> 1482

<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 7

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<210> 8

<211> 1482

<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 8

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<210> 9

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<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 9

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<211> 1482

<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 10

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<210> 11

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<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 11

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<210> 12

<211> 1482

<212> DNA

<213> 高地芽孢杆菌

<400> 12

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<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 13

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<213> 短小芽孢杆菌

<400> 14

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actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

tctacgcatt tcaccgctac acgtggaatt ccactctcct cttctgcact caagtttccc     840

agtttccaat gaccctcccc ggttgagccg ggggctttca catcagactt aagaaaccgc     900

ctgcgagccc tttacgccca ataattccgg acaacgcttg ccacctacgt attaccgcgg     960

ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

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cgcggcgttg ctccgtcaga ctttcgtcca ttgcggaaga ttccctactg ctgcctcccg    1140

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taagtgacag ccgaaaccgt ctttcatcct tgaaccatgc ggttcaagga actatccggt    1320

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 15

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 15

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

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ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

tctacgcatt tcaccgctac acgtggaatt ccactctcct cttctgcact caagttcccc     840

agtttccaat gaccctcccc ggttgagccg ggggctttca catcagactt aagaaaccgc     900

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ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 16

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 16

tcatctgtcc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

acaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

accgcttgtg cgggcccccg tcaattcctt tgagtttcag tcttgcgacc gtactcccca     600

ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

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ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

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taggagtctg ggccgtgtct cagtcccagt gtggccgatc accctctcag gtcggctacg    1200

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<210> 17

<211> 808

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 17

gcactaaggg gcggaaaccc cctaacactt agcactcatc gtttacggcg tggactacca      60

gggtatctaa tcctgttcgc tccccacgct ttcgctcctc agcgtcagtt acagaccaga     120

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attccactct cctcttctgc actcaagttt cccagtttcc aatgaccctc cccggttgag     240

ccgggggctt tcacatcaga cttaagaaac cgcctgcgag ccctttacgc ccaataattc     300

cggacaacgc ttgccaccta cgtattaccg cggctgctgg cacgtagtta gccgtggctt     360

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cagtcttaca ggcaggttac ccacgtgtta ctcacccgtc cgccgctaac atccgggagc     780

aagctccctt ctgttcgctc gacttgca                                        808

<210> 18

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 18

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

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ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

ctctcgcact tgttcttccc taacaacaga gctttacgat ccgaaaacct tcatcactca    1080

cgcggcgttg ctccgtcaga ctttcgtcca ttgcggaaga ttccctactg ctgcctcccg    1140

taggagtctg ggccgtgtct cagtcccagt gtggccgatc accctctcag gtcggctacg    1200

catcgtcgcc ttggtgagcc attaccccac caactagcta atgcgccgcg ggtccatctg    1260

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 19

<211> 1367

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 19

tcgtggtgtg acgggcggtg tgtacaaggc ccgggaacgt attcaccgcg gcatgctgat      60

ccgcgattac tagcgattcc agcttcacgc agtcgagttg cagactgcga tccgaactga     120

gaacagattt gtgggattgg ctaaaccttg cggtctcgca gccctttgtt ctgtccattg     180

tagcacgtgt gtagcccagg tcataagggg catgatgatt tgacgtcatc cccaccttcc     240

tccggtttgt caccggcagt caccttagag tgcccaactg aatgctggca actaagatca     300

agggttgcgc tcgttgcggg acttaaccca acatctcacg acacgagctg acgacaacca     360

tgcaccacct gtcactctgt ccccgaaggg aaagccctat ctctagggtt gtcagaggat     420

gtcaagacct ggtaaggttc ttcgcgttgc ttcgaattaa accacatgct ccaccgcttg     480

tgcgggcccc cgtcaattcc tttgagtttc agtcttgcga ccgtactccc caggcggagt     540

gcttaatgcg ttagctgcag cactaagggg cggaaacccc ctaacactta gcactcatcg     600

tttacggcgt ggactaccag ggtatctaat cctgttcgct ccccacgctt tcgctcctca     660

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acgtagttag ccgtggcttt ctggttaggt accgtcaagg tgcaagcagt tactcttgca     960

cttgttcttc cctaacaaca gagctttacg atccgaaaac cttcatcact cacgcggcgt    1020

tgctccgtca gactttcgtc cattgcggaa gattccctac tgctgcctcc cgtaggagtc    1080

tgggccgtgt ctcagtccca gtgtggccga tcaccctctc aggtcggcta cgcatcgtcg    1140

ccttggtgag ccgttacctc accaactagc taatgcgccg cgggtccatc tgtaagtgac    1200

agccgaaacc gtctttcatc cttgaaccat gcggttcaag gaactatccg gtattagctc    1260

cggtttcccg gagttatccc agtcttacag gcaggttacc cacgtgttac tcacccgtcc    1320

gccgctaaca tccgggagca agctcccttc tgtccgctcg acttgca                  1367

<210> 20

<211> 1421

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 20

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

accgcttgtg cgggcccccg tcaattcctt tgagtttcag tcttgcgacc gtactcccca     600

ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

tctacgcatt tcaccgctac acgtggaatt ccactctcct cttctgcact caagtttccc     840

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ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

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cgcggcgttg ctccgtcaga ctttcgtcca ttgcggaaga ttccctactg ctgcctcccg    1140

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg t                        1421

<210> 21

<211> 1117

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 21

caccggcagt caccttagag tgcccaacta aatgctggca actaagatca agggttgcgc      60

tcgttgcggg acttaaccca acatctcacg acacgagctg acgacaacca tgcaccacct     120

gtcactctgt ccccgaaggg aaagccctat ctctagggtt gtcagaggat gtcaagacct     180

ggtaaggttc ttcgcgttgc ttcgaattaa accacatgct ccaccgcttg tgcgggcccc     240

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caataattcc ggacaacgct tgccacctac gtattaccgc ggctgctggc acgtagttag     660

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gtctttcatc cttgaaccat gcggttcaag gaactatccg gtattagctc cggtttcccg    1020

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tccgggagca agctcccttc tgtccgctcg acttgca                             1117

<210> 22

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 22

tcatctgtcc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

acaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

accgcttgtg cgggcccccg tcaattcctt tgagtttcag tcttgcgacc gtactcccca     600

ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

tctacgcatt tcaccgctac acgtggaatt ccactctcct cttctgcact caagtttccc     840

agtttccaat gaccctcccc ggttgagccg ggggctttca catcagactt aagaaaccgc     900

ctgcgagccc tttacgccca ataattccgg acaacgcttg ccacctacgt attaccgcgg     960

ctgctggcac gtagttagcc gtggctttct ggttaggtac cgtcaaggtg cgagcagtta    1020

ctctcgcact tgttcttccc taacaacaga gctttacgat ccgaaaacct tcatcactca    1080

cgcggcgttg ctccgtcaga ctttcgtcca ttgcggaaga ttccctactg ctgcctcccg    1140

taggagtctg ggccgtgtct cagtcccagt gtggccgatc accctctcag gtcggctacg    1200

catcgtcgcc ttggtgagcc attaccccac caactagcta atgcgccgcg ggtccatctg    1260

taagtgacag ccgaaaccgt ctttcatcct tgaaccatgc ggttcaagga actatccggt    1320

attagctccg gtttcccgga gttatcccag tcttacaggc aggttaccca cgtgttactc    1380

acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 23

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 23

tcatctgtcc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

acaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

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<210> 24

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 24

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

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actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

gctcctcagc gtcagttaca gaccagagag tcgccttcgc cactggtgtt cctccacatc     780

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 25

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 25

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

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<210> 26

<211> 1435

<212> DNA

<213> 短小芽孢杆菌

<400> 26

tcatctgccc caccttcggc ggctggctcc ataaaggtta cctcaccgac ttcgggtgtt      60

gcaaactctc gtggtgtgac gggcggtgtg tacaaggccc gggaacgtat tcaccgcggc     120

atgctgatcc gcgattacta gcgattccag cttcacgcag tcgagttgca gactgcgatc     180

cgaactgaga acagatttat gggattggct aaaccttgcg gtctcgcagc cctttgttct     240

gtccattgta gcacgtgtgt agcccaggtc ataaggggca tgatgatttg acgtcatccc     300

caccttcctc cggtttgtca ccggcagtca ccttagagtg cccaactaaa tgctggcaac     360

taagatcaag ggttgcgctc gttgcgggac ttaacccaac atctcacgac acgagctgac     420

gacaaccatg caccacctgt cactctgtcc ccgaagggaa agccctatct ctagggttgt     480

cagaggatgt caagacctgg taaggttctt cgcgttgctt cgaattaaac cacatgctcc     540

accgcttgtg cgggcccccg tcaattcctt tgagtttcag tcttgcgacc gtactcccca     600

ggcggagtgc ttaatgcgtt agctgcagca ctaaggggcg gaaaccccct aacacttagc     660

actcatcgtt tacggcgtgg actaccaggg tatctaatcc tgttcgctcc ccacgctttc     720

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acccgtccgc cgctaacatc cgggagcaag ctcccttctg ttcgctcgac ttgca         1435

<210> 27

<211> 2009

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 27

agtcatcatg ggaatccctg cgtacggcta tgactgggat gtaaaagacg gaagtaccag      60

cacaataagg gaatggaatg agctcaaatc cctcatcaaa aaacaaaaag caaagccggc     120

attcaacaaa aaatcaggct cgatgacatt ttcttatgtt gacaaaaaga agcataaaca     180

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taaaatagca ggtgtttcag tttacgcatt aggaaacgag tcagaatcct tttggaaagc     300

cattcgaaaa gggacaaaat aacagtttct tttttctctg aagttattga cagttaaaag     360

agaagcacgt atattatgtt aatatattca gatcataaaa tttgagtttt tcagaaaact     420

aaaacacata gattgggagc agtaaaagaa agtgatcaga acagagagct gcggggtggt     480

gcgacgcagc ctgattcttc tttgaactcg cccgggagtg gtaagacgga acggaataga     540

ttgaatattc cctatgtttt aacggctaac cttcgttaca ggtcaaaagc aggattcttc     600

atgaagaatc aacaagagtg gtaccgcggt cagccgaagg ctcgtcgtct ctttatctat     660

tagattaggt aggagacggc gggctttttt gtttttgaaa acgagaatga gaggtagaag     720

aggatgaaaa acgacaatca aacgttaaaa cgcacgatga cgtcccgcca tattatgatg     780

atggcgctgg gcggagcaat cggcgcaggt ttatttaagg ggagcagctc agcgatcgat     840

gtggcagggc catctgtcat tatcgcatac ctgctcggcg ggattatttt gctgtttatt     900

atgcaggggc tggcggaaat ggctgttcga aaccgtaacg ccagaacctt ccgtgatctt     960

gtccagcagg tattgggaaa ttacgctgct tactttttgg actggatcta ctggaaaatg    1020

tgggtgctta acattgcggc tgaagctgtt gtagctgcga ttttcattca atattggctg    1080

ccgggctgcc cgatctgggt gttggcatta ggaatttctc ttatcgtcac gattgtaaac    1140

ttgctttctg ttaaaatctt cgccgaaact gaatattggc tggcaatgat caagattacc    1200

gttattatta tctttattat tctgggattg ctgctcttat ttgtatcatt cggtgatcat    1260

acagcatccg gattttccaa cctgacagac cacggcggat ttttcccgca cggcggcaca    1320

gggctgatca cggcgatgct tgtcgtcatc tactcttacg gcggtacaga aattatcggt    1380

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tggaaccaag tcaattcggt tccggaaagt cctttcgtga tggtctttaa aatggtaggc    1560

attccgggcg cggatcatat catgaatgca gtcatcctgc tggcgatcat ttcttctatg    1620

aattcaggtt tatacggatc atcacgcatt ttgtatacac aggcaagtga cggaaggctt    1680

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tatttaatgg gatcattggg atataccgtt ttattcattt ggctgatcat cggattcgct    1860

catttaaaat cgagaaaaca gcaaacggaa acaccggcct attatgtaaa atggttcccg    1920

tacacgacat ggtttgcgat tgtggcatta ctcgccattc tgatcggggt catcatgaca    1980

acatcaattg tcattaccgg cattactgc                                      2009

<210> 28

<211> 2009

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 28

gcagtaatgc cggtaatgac aattgatgtt gtcatgatga ccccgatcag aatggcgagt      60

aatgccacaa tcgcaaacca tgtcgtgtac gggaaccatt ttacataata ggccggtgtt     120

tccgtttgct gttttctcga ttttaaatga gcgaatccga tgatcagcca aatgaataaa     180

acggtatatc ccaatgatcc cattaaataa ttaaatgttt ggcttcctgc gaacagagaa     240

atcaatacgc caatatagag agaagaagtg cacatcagaa tcgcaaacat cggtacgttt     300

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atgcgtgatg atccgtataa acctgaattc atagaagaaa tgatcgccag caggatgact     420

gcattcatga tatgatccgc gcccggaatg cctaccattt taaagaccat cacgaaagga     480

ctttccggga cggaattgac ttggttccat ggaatcaggc tgacgatgat gaaaaacggc     540

agcaggtaaa acgcgacaat ccgtgtcagt gtgctgcgga cagctttcgg gacaaccttt     600

tccggatttt ttgtctctgc aagcgttaca ccgataattt ctgtaccgcc gtaagagtag     660

atgacgacaa gcatcgccgt gatcagccct gtgccgccgt gcgggaaaaa tccgccgtgg     720

tctgtcagat ttgaaaatcc ggatgctgta tgatcaccga atgatacaaa taagagcagc     780

aatcccagaa taataaagat aataataacg gtaatcttga tcattgccag ccaatattcg     840

gtttcggcga agattttaac agaaagcaag tttacaatcg tgacgataag agaaattcct     900

aatgccaaca cccagatcgg gcagcccggc agccaatatt gaatgaaaat cgcagctaca     960

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cctgcgccga ttgcgccgcc cagcgccatc atcataatat ggcgggacgt catcgtgcgt    1260

tttaacgttt gattgtcgtt tttcatcctc ttctacctct ccttctcgtt ttcaaaaaca    1320

aaaaagcccg ccgtctccta cctaatctaa tagataaaga gacgacgagc cttcggctga    1380

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ttagccgtta aaacataggg aatattcaat ctattccgtt ccgtcttacc actcccgggc    1500

gagttcaaag aagaatcagg ctgcgtcgca ccaccccgca gttctctgtt ctgatcactt    1560

tcttttactg ctcccaatct atgtgtttta gttttctgaa aaactcaaat tttatgatct    1620

gaatatatta acataatata cgtgcttctc ttttaactgt caataacttc agagaaaaaa    1680

gaaactgtta ttttgtccct tttcgaatgg ctttccaaaa ggattctgac tcgtttccta    1740

atgcgtaaac tgaaacacct gctattttat attgctttgc cagatggctt ttcgtttgaa    1800

cggttttttc gttttcatac cacacgacat gtttatgctt ctttttgtca acataagaaa    1860

acgtcatcga gcctgatttt ttgttgaatg ccggctttgc tttttgtttt ttgatgaggg    1920

atttgagctc attccattcc cttattgtgc tggtacttcc gtcttttaca tcccagtcat    1980

agccgtacgc agggattccc atgatgact                                      2009

<210> 29

<211> 2009

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 29

gcagtaatgc cggtaatgac aattgatgtt gtcatgatga ccccgatcag aatggcgagt      60

aatgccacaa tcgcaaacca tgtcgtgtac gggaaccatt ttacataata ggccggtgtt     120

tccgtttgct gttttctcga ttttaaatga gcgaatccga tgatcagcca aatgaataaa     180

acggtatatc ccaatgatcc cattaaataa ttaaatgttt ggcttcctgc gaacagagaa     240

atcaatacgc caatatagag agaagaagtg cacatcagaa tcgcaaacat cggtacgttt     300

ttcgatgaaa gcttcgagaa gatttttgga agccttccgt cacttgcctg tgtatacaaa     360

atgcgtgatg atccgtataa acctgaattc atagaagaaa tgatcgccag caggatgact     420

gcattcatga tatgatccgc gcccggaatg cctaccattt taaagaccat cacgaaagga     480

ctttccggaa ccgaattgac ttggttccat ggaatcaggc tgacgatgat gaaaaacggc     540

agcaggtaaa acgcgacaat ccgtgtcagt gtgctgcgga cagctttcgg gacaaccttt     600

tccggatttt ttgtctctgc aagcgttaca ccgataattt ctgtaccgcc gtaagagtag     660

atgacgacaa gcatcgccgt gatcagccct gtgccgccgt gcgggaaaaa tccgccgtgg     720

tctgtcaggt tggaaaatcc ggatgctgta tgatcaccga atgatacaaa taagagcagc     780

aatcccagaa taataaagat aataataacg gtaatcttga tcattgccag ccaatattca     840

gtttcggcga agattttaac agaaagcaag tttacaatcg tgacgataag agaaattcct     900

aatgccaaca cccagatcgg gcagcccggc agccaatatt gaatgaaaat cgcagctaca     960

acagcttcag ccgcaatgtt aagcacccac attttccagt agatccagtc caaaaagtaa    1020

gcagcgtaat ttcccaatac ctgctggaca agatcacgga aggttctggc gttacggttt    1080

cgaacagcca tttccgccag cccctgcata ataaacagca aaataatccc gccgagcagg    1140

tatgcgataa tgacagatgg ccctgccaca tcgatcgctg agctgctccc cttaaataaa    1200

cctgcgccga ttgctccgcc cagcgccatc atcataatat ggcgggacgt catcgtgcgt    1260

tttaacgttt gattgtcgtt tttcatcctc ttctacctct cattctcgtt ttcaaaaaca    1320

aaaaagcccg ccgtctccta cctaatctaa tagataaaga gacgacgagc cttcggctga    1380

ccgcggtacc actcttgttg attcttcatg aagaatcctg cttttgacct gtaacgaagg    1440

ttagccgtta aaacataggg aatattcaat ctattccgtt ccgtcttacc actcccgggc    1500

gagttcaaag aagaatcagg ctgcgtcgca ccaccccgca gctctctgtt ctgatcactt    1560

tcttttactg ctcccaatct atgtgtttta gttttctgaa aaactcaaat tttatgatct    1620

gaatatatta acataatata cgtgcttctc ttttaactgt caataacttc agagaaaaaa    1680

gaaactgtta ttttgtccct tttcgaatgg ctttccaaaa ggattctgac tcgtttccta    1740

atgcgtaaac tgaaacacct gctattttat attgctttgc cagatggctt ttcgtttgaa    1800

cggttttttc gttttcatac cacacgacat gtttatgctt ctttttgtca acataagaaa    1860

atgtcatcga gcctgatttt ttgttgaatg ccggctttgc tttttgtttt ttgatgaggg    1920

atttgagctc attccattcc cttattgtgc tggtacttcc gtcttttaca tcccagtcat    1980

agccgtacgc agggattccc atgatgact                                      2009

<210> 30

<211> 2009

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 30

gcagtaatgc cggtaatgac aattgatgtt gtcatgatga ccccgatcag aatggcgagt      60

aatgccacaa tcgcaaacca tgtcgtgtac gggaaccatt ttacataata ggccggtgtt     120

tccgtttgct gttttctcga ttttaaatga gcgaatccga tgatcagcca aatgaataaa     180

acggtatatc ccaatgatcc cattaaataa ttaaatgttt ggcttcctgc gaacagagaa     240

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<210> 31

<211> 2009

<212> DNA

<213> 枯草芽孢杆菌

<400> 31

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<211> 2009

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<400> 33

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<210> 34

<211> 2009

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<210> 36

<211> 10

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<221> 来源

<223> /注释="人工序列的描述：合成的

      肽"

<400> 36

Pro Gly Pro Gly Pro Gly Pro Gly Pro Gly

1               5                   10

<210> 37

<211> 27

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<221> 来源

<223> /注释="人工序列的描述：合成的

      引物"

<400> 37

agatcttacc gatagttaaa agtacta                                          27

<210> 38

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<221> 来源

<223> /注释="人工序列的描述：合成的

      引物"

<400> 38

cctaggttat ctgccccgct tgcctaac                                         28

<210> 39

<211> 27

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<221> 来源

<223> /注释="人工序列的描述：合成的

      引物"

<400> 39

agatcttacc gatagttaaa agtacta                                          27

<210> 40

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<221> 来源

<223> /注释="人工序列的描述：合成的

      引物"

<400> 40

cctaggttat ctgccccgct tgcctaac                                         28