一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法

技术领域

本发明涉及水稻育种及分子遗传学领域，尤其是一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法。

背景技术

水稻是我国60％以上人口的主粮，水稻生产是粮食安全的重要保障。传统移栽种植模式在长时间内对我国的粮食增产、农民增收、农业发展起到了重要作用。但随着城镇化的推进，农村劳动力大幅减少，而插秧对劳动力需求大、依赖高，严重阻碍了传统移栽模式的发展。直播稻具有用水量少、淹水时间短、用水效率高、便于机械化操作等优点。因此，水稻直播已成为一种高效、经济、节约的轻简栽培模式。

然而，出苗率低是阻碍水稻直播的关键问题。水稻直播过程中由于田面不平、坑洼积水、种子淹水等，致使有氧呼吸被抑制、极易烂芽烂根烂苗，导致直播稻缺苗严重，产量下降。因此，解决缺苗问题是促进直播发展的关键环节，选育萌发期耐淹的水稻品种被证明是最有效的措施。水稻萌发耐淹性是一个由多基因控制的复杂性状，已有研究表明不同水稻品种的耐淹萌发能力存在显著差异，可以确定这一性状受不同遗传位点控制。通过传统回交转育的手段进行耐淹育种十分困难。因此，挖掘高耐淹种质和克隆具有育种应用价值的水稻萌发耐淹基因，开展分子标记辅助选择育种可以有效地解决这一问题。

发明内容

(一)解决的技术问题

针对现有技术的不足，本发明提供了一种科学的、合理并具有重要应用前景的水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法。

(二)技术方案

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，包括以下步骤:

步骤1、选取母本、父本的F

步骤2、对候选区段进行效应验证：针对候选区段设计了多对SSR标记，利用初定位两端的标记对以多个BC

步骤3、对区间进行进一步筛选，利用侧翼标记对多个BC

步骤4、获得与水稻萌发耐淹性主效QTL紧密连锁的分子标记。

本发明改进有，所述步骤1中，利用1086个F

本发明改进有，所述步骤1中，所述水稻萌发耐淹性主效QTL的物理位置在13.95-17.34Mb范围内，为新的萌发耐淹性主效QTL。

本发明改进有，所述步骤2中，针对定位区间设计了177对SSR标记，利用初定位两端的标记对186个BC

本发明改进有，在步骤1之前还包括筛选双亲萌发耐淹性差异步骤，选取父本、母本及F

(三)有益效果

与现有技术相比，本发明提供了一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，具备以下有益效果：

通过对水稻萌发耐淹性状进行初定位，获得控制该性状的主效QTL并对候选区段进行效应验证，结合进一步的精细定位，最终获得与水稻萌发耐淹性主效QTL紧密连锁的分子标记。挖掘高耐淹种质并从中克隆具有育种应用价值的水稻萌发耐淹基因，对于直播稻分子标记辅助育种具有重要的应用前景。附图说明

图1是本发明的水稻萌发耐淹性状为多基因控制的数量性状图；

图2是本发明的SNP-index关联值在水稻染色体上的分布图；

图3是本发明的186个BC2F2单株胚芽鞘长度的分布(a)和不同qGS9-1基因型材料的胚芽鞘长度的柱形图(b)；

图4是本发明的qGS9-1的精细定位；

图5是本发明的BC

具体实施方式

下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

本发明提供一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，包括以下步骤:

筛选双亲萌发耐淹性差异步骤，选取父本、母本及F

参照附图1，选取了母本852、父本IR42及F

步骤1、利用1086个F

步骤2、对候选区段进行效应验证：为了验证qGS9-1的效应，针对上述区段设计了177对SSR标记，利用初定位两端的标记对186个BC

步骤3、基于初定位结果，我们把qGS9-1位点定位在了侧翼标记RM24240和RM24497约3.3Mb之间(图4a)。为了筛选到更小区间，利用侧翼标记又对979个BC

步骤4、获得的与水稻萌发耐淹性主效QTL紧密连锁的标记RM24371和RM24382，对于直播稻分子标记辅助育种具有重要的应用前景。

尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。