一种乳腺癌易感基因筛查panel及其检测方法

技术领域

本发明涉及基因检测领域，主要涉及乳腺癌易感基因筛查panel及其检测方法。

背景技术

女性乳腺是由皮肤、纤维组织、乳腺腺体和脂肪组成的，乳腺癌是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤。乳腺癌中99％发生在女性，男性仅占1％。乳腺并不是维持人体生命活动的重要器官，原位乳腺癌并不致命。但由于乳腺癌细胞丧失了正常细胞的特性，细胞之间连接松散，容易脱落。癌细胞一旦脱落，游离的癌细胞可以随血液或淋巴液播散全身，形成转移，危及生命。目前乳腺癌已成为威胁女性身心健康的常见肿瘤。因此，乳腺癌基因检测对于肿瘤防治具有重要意义。国内关于乳腺癌易感基因筛查panel还在研究阶段，对于乳腺癌相关基因突变的检测多以单方面检测为主，检测某一类突变，但全面检测方面的报道鲜有耳闻。而且，现有的生物信息分析流程复杂，需要经验丰富的专业生物信息分析人员才能完成，因此，一种能够全面快速地检测乳腺癌及其肿瘤类型的大基因panel及其检测方法是目前乳腺癌精准医疗的所迫切需要的实际需求。

因此，现有技术还有待于改进和发展。

发明内容

鉴于上述现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种乳腺癌易感基因筛查panel及其检测方法，旨在解决现有技术中不能实现全面快速检测乳腺癌及其肿瘤类型的问题。

本发明的技术方案如下：

一种乳腺癌易感基因筛查panel，其中，所述乳腺癌易感基因筛查panel上设置有用于捕获目标DNA的探针，所述探针分别由以下引物制成：

(1)LOC101928460-LOC101929406：

TGTAGTAAACGTTATGTGAATGTGGTC；

(2)TRIM46：GCTGCCAGGGGACATAGCTCTC；

(3)MUC1：TCATACTCACAGCATTCTTCTCAGT；

(4)NR5A2：TACAGCCTGGACTGATCCTTGTAT；

(5)ETAA1：GCCATTATTTCCAAAAAGAGCCTGT；

(6)HAGLROS：TGCCCTACAAATACCATATCCGTC；

(7)LINC01117-HNRNPA3：CAACTTCGGATCACACAGTGAATC；

(8)DIRC3：AAAAGACCAGGAACTTCACAACTG；

(9)DIRC3：CAGCAGGACAACAGAACTGTGG；

(10)MECOM：CTGTTCACCCACTCAAAATTGATGA。

一种采用如上所述的乳腺癌易感基因筛查panel的检测方法，其中，包括以下步骤：

准备基因库；

使用上述的基因panel捕获靶向DNA；

扩增靶向DNA文库；

测序并进行突变检测，分析乳腺癌基因突变情况。

所述的乳腺癌易感基因筛查panel的检测方法，其中，所述突变检测是通过对比靶向DNA序列与乳腺癌参考基因组序列来进行的，上述乳腺癌基因突变是指与乳腺癌对比参考基因组序列相比，靶向DNA序列发生了核苷酸变化，上述核苷酸变化包括核苷酸变异、核苷酸插入和缺失、拷贝数变异、基因融合、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷以及人类白细胞抗原分型。

所述的乳腺癌易感基因筛查panel的检测方法，其中，上述基因panel捕获靶向DNA的具体条件为：在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时，使用磁珠对捕获的靶向DNA进行分离，然后纯化；使用PCR方法扩增靶向DNA文库并进行纯化。

有益效果：本发明的所提供的乳腺癌易感基因筛查panel，可用于检测乳腺癌相关的多种突变基因，有助于构建乳腺癌评估模型，能够准确评估乳腺癌的患病风险和再发风险。

具体实施方式

本发明提供一种乳腺癌易感基因筛查panel及其检测方法，为使本发明的目的、技术方案及效果更加清楚、明确，以下对本发明进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。

本发明提供一种乳腺癌易感基因筛查panel，所述乳腺癌易感基因筛查panel上设置有用于捕获目标DNA的探针，所述探针分别由以下引物制成：

(1)LOC101928460-LOC101929406：

TGTAGTAAACGTTATGTGAATGTGGTC；

(2)TRIM46：GCTGCCAGGGGACATAGCTCTC；

(3)MUC1：TCATACTCACAGCATTCTTCTCAGT；

(4)NR5A2：TACAGCCTGGACTGATCCTTGTAT；

(5)ETAA1：GCCATTATTTCCAAAAAGAGCCTGT；

(6)HAGLROS：TGCCCTACAAATACCATATCCGTC；

(7)LINC01117-HNRNPA3：CAACTTCGGATCACACAGTGAATC；

(8)DIRC3：AAAAGACCAGGAACTTCACAACTG；

(9)DIRC3：CAGCAGGACAACAGAACTGTGG；

(10)MECOM：CTGTTCACCCACTCAAAATTGATGA。

通过生物信息学对TCGA数据库进行乳腺癌相关患者进行分析，同时结合目前中国乳腺癌基因突变情况，针对BRCA1/2的热点突变位点进行多重PCR引物的设计，并完成了文库构建技术的探索与优化，实现了利用多重PCR进行文库构建后完成二代测序的技术流程。

本发明中还提供一种检测乳腺癌突变基因的方法，包括以下步骤：

准备基因库；

使用上述的基因panel捕获靶向DNA；

扩增靶向DNA文库；

测序并进行突变检测，分析乳腺癌基因突变情况；

其中，上述突变检测是通过对比靶向DNA序列与乳腺癌参考基因组序列来进行的，上述乳腺癌基因突变是指与乳腺癌对比参考基因组序列相比，靶向DNA序列发生了核苷酸变化，上述核苷酸变化包括核苷酸变异、核苷酸插入和缺失、拷贝数变异、基因融合、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷以及人类白细胞抗原分型。

优选地，上述基因panel捕获靶向DNA的具体条件为：在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时，使用磁珠对捕获的靶向DNA进行分离，然后纯化；使用PCR方法扩增靶向DNA文库并进行纯化。

以下通过具体实施例对本发明做进一步说明。

实施例1

根据上述检测方法对标准品LOC101928460-LOC101929406、TRIM46、MUC1、NR5A2、ETAA1、HAGLROS、LINC01117-HNRNPA3、DIRC3、MECOM进行检测，检测结果如下：基因检测准确度>95％，灵敏度>98％，单碱基错误率低于万分之测序有效区域总长>200b。

应当理解的是，本发明的应用不限于上述的举例，对本领域普通技术人员来说，可以根据上述说明加以改进或变换，所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。